税務訴訟資料第２７４号（順号１４０２０）
仙台地方裁判所令和●●年（○○）第●●号所得税等更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（仙台中税務署長）
令和６年９月２６日却下・棄却・確定
判決
当事者の指示別紙１当事者目録記載のとおり
主文
１ 本件訴えのうち、別紙２訴え却下目録記載１及び同２の部分に係る訴えをいずれも却下する。
２ その余の部分に係る原告らの請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は原告らの負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 仙台中税務署長が甲に対し令和３年７月８日付けでした、甲の令和元年分の所得税及び復興特別所得税の更正処分（いずれも令和３年１２月２０日付けでされた再調査決定によりその一部が取り消された後のもの）のうち、分離長期譲渡所得の金額１億６６３８万２８９６円、納付すべき税額２５４１万７３００円を超える部分、並びに、過少申告加算税の賦課決定処分（令和３年１２月２０日付けでされた再調査決定によりその一部が取り消された後のもの。以下、令和３年１２月２０日付けでされた再調査決定によりその一部が取り消された後の所得税及び復興特別所得税の更正処分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を併せて「甲更正処分等」という。）をいずれも取り消す。
２ 仙台中税務署長が原告乙に対し令和３年７月８日付けでした、原告乙の令和元年分の所得税及び復興特別所得税の更正処分（いずれも令和３年１２月２０日付けでされた再調査決定によりその一部が取り消された後のもの）のうち、分離長期譲渡所得の金額１億３４６４万５５８９円、納付すべき税額２０６０万４３００円を超える部分、並びに、過少申告加算税の賦課決定処分（令和３年１２月２０日付けでされた再調査決定によりその一部が取り消された後のもの。以下、令和３年１２月２０日付けでされた再調査決定によりその一部が取り消された後の所得税及び復興特別所得税の更正処分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を併せて「原告乙更正処分等」という。また、甲更正処分等と原告乙更正処分等を併せて「本件各更正処分等」という。）をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要等
１ 事案の概要
甲及び原告乙は、医療法人Ａ（以下「本件医療法人」という。）の出資持分の譲渡（以下「本件Ｍ＆Ａ」という。）に関連して、株式会社Ｂ（以下「Ｂ」という。）に支払った仲介手数料（以下「本件Ｍ＆Ａ仲介手数料」という。）及び丙公認会計士（補佐人）に支払った手数料（以下「本件業務手数料」といい、本件Ｍ＆Ａ仲介手数料と併せて「本件仲介手数料等」という。）の全額を、本件Ｍ＆Ａと同時に行った本件医療法人に対する別紙３の区分①～⑤の宅地５筆（以下、順に「本件①土地」～「本件⑤土地」といい、これらを併せて「本件土地」という。）の譲渡に係る分離長期譲渡所得の金額の計算上、収入金額から控除する資産の譲渡に要した費用（以下「譲渡費用」という。）に算入してそれぞれ所得税及び復興特別所得税（以下、併せて「所得税等」という。）の確定申告を行った。
本件は、処分行政庁が、本件仲介手数料等は本件Ｍ＆Ａの実現に要した費用であって、その全額が本件土地の譲渡に要した費用には当たらないとして、甲及び原告乙に対してそれぞれ所得税等の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分（本件各更正処分等）を行ったところ、再調査決定によって一部取り消された後の処分を不服として、甲の相続人であり甲の国税の納付義務を承継した原告らが甲更正処分等の取消しを求め、原告乙が原告乙更正処分等の取消しを求める事案である。
２ 関係法令等の定め
別紙４のとおり。
３ 前提事実（争いがないか、掲記する証拠及び弁論の全趣旨により容易に認めることができる事実をいう。以下、特に断りのない限り証拠には枝番を含む。）
（１）当事者等
原告乙は医師として本件医療法人の理事長を、甲は本件医療法人の理事を務めてきた者であり、両者とも本件医療法人の出資持分を有していた。また、本件土地は、本件医療法人の経営する病院の敷地として利用されており、原告乙及び甲が本件土地を所有又は共有していた。
甲は、令和４年１月●日に死亡し、同人の相続人である原告乙、原告丁、原告戊、原告Ｃが甲の国税の納付義務を承継した（甲１）。
（２）本件の経緯
甲及び原告乙は、本件医療法人の経営を他に引き継ぐため、平成３０年９月１１日、Ｂとの間で、本件医療法人の法人提携を目的とした仲介業務委託契約（以下、「本件Ｍ＆Ａ仲介契約」といい、同契約に係る契約書を「本件Ｍ＆Ａ仲介契約書」という。乙７）を締結し、同日、補佐人との間で、本件Ｍ＆Ａ仲介契約に係る業務に対する助言業務を目的とした業務委託契約（以下「本件業務契約」といい、同契約に係る契約書を「本件業務契約書」という。乙８）を締結した。そして、甲及び原告乙の本件医療法人の出資持分が、Ｄ株式会社（当時の商号は、合同会社Ｄ。以下、商号変更の前後を通じ「Ｄ社」という。）に対して譲渡されるとともに、令和元年１０月１７日には、甲及び原告乙の所有又は共有する本件土地を本件医療法人に対して譲渡する旨の契約（以下「本件土地売買契約」といい、同契約に係る契約書を「本件土地売買契約書」という。乙３）が締結された（乙３、７、８、弁論の全趣旨）。
原告乙は、令和元年１０月３１日、甲の分も含め、Ｂの子会社である株式会社Ｅに対して本件Ｍ＆Ａ仲介手数料を支払い、同年１１月５日、補佐人に対して本件業務手数料を支払った。
（３）令和元年分の所得税等の申告
甲及び原告乙は、令和２年３月１２日、処分行政庁に対し、それぞれ法定申告期限内に確定申告（以下、甲のした確定申告を「甲確定申告」といい、甲の提出した確定申告書を「甲確定申告書」といい、原告乙のした確定申告を「原告乙確定申告」といい、原告乙の提出した確定申告書を「原告乙確定申告書」という。乙１、２）をした。
上記各確定申告の内容は別紙５の「確定申告」欄記載のとおりである。甲は分離長期譲渡所得の金額を１億６６４５万９７２２円（乙１〔３枚目、「６１」欄〕）、納付すべき税額を２５４２万９１００円（乙１〔１枚目、「４７」欄〕）であるとして申告し、原告乙は分離長期譲渡所得の金額を１億３４６７万２６５７円（乙２〔３枚目、「６１」欄〕）、納付すべき税額を２０６０万８４００円（乙２〔１枚目、「４７」欄〕）であるとして申告した。
また、甲及び原告乙は、甲確定申告書及び原告乙確定申告書における分離長期譲渡所得の金額の計算に当たり、本件Ｍ＆Ａ仲介手数料４１８２万４８９８円と本件業務手数料９１０万６５５３円の全額を本件土地の譲渡費用とした上で、これを本件土地売買契約において甲及び原告乙がそれぞれ受け取る売買代金額（甲が２億０４５２万８６００円、原告乙が１億６５４７万１４００円。乙３）の割合によってあん分計算した額を、甲及び原告乙のそれぞれの譲渡費用であるとした。
（４）更正処分等
処分行政庁は、令和３年７月８日付けで甲及び原告乙に対し、本件仲介手数料等は、本件土地の譲渡に係る分離長期譲渡所得の金額の計算上、いずれも譲渡費用に当たらないとして、別紙５の「更正処分等」欄に記載のとおり、それぞれ令和元年分の所得税等の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分をした（乙３０の１・２）。
（５）再調査の請求
ア 甲及び原告乙は、上記（４）の令和元年分の所得税等の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分を不服として、令和３年９月８日付けで、再調査審理庁（処分行政庁）に対してそれぞれ再調査の請求をした（乙３１の１・２）。
イ 再調査審理庁（処分行政庁）は、令和３年１２月２０日付けで、上記（４）の令和元年分の所得税等の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分の一部を取り消す旨の決定（以下「本件再調査決定」という。）をした（乙３２の１・２）。
上記決定において、本件Ｍ＆Ａ仲介手数料及び本件業務手数料の一部は、本件土地の譲渡に係る分離長期譲渡所得の金額の計算上譲渡費用に当たるとされ、甲に課すべき所得税等及び過少申告加算税の額は別紙５（１）の「再調査決定」欄記載のとおりとされ、原告乙更正処分等において、原告乙に課すべき所得税等及び過少申告加算税の額は別紙５（２）の「再調査決定」欄記載のとおりであるとされた。
（６）審査請求
甲及び原告乙は、令和４年１月１３日、本件各更正処分等を不服として、国税不服審判所長に対してそれぞれ審査請求をした（乙３３の１・２）。
国税不服審判所長は、令和４年１１月１日付けで、甲の地位を承継した原告らと原告乙のそれぞれの審査請求をいずれも棄却する裁決をした（乙３４の１・２）。
（７）本訴の提起
原告らは、令和５年３月３０日、本件各更正処分等の取消しを求めて本件訴えを提起した（当裁判所に顕著な事実）。
４ 争点
（１）納税者の申告した課税標準又は税額を更正の請求によらずに納税者に有利に変更できるか否か（本案前の争点）
（２）本件仲介手数料等のうち所得税法３３条３項の譲渡費用に該当する部分
５ 争点に関する当事者の主張
（１）争点１（納税者の申告した課税標準又は税額を更正の請求によらずに納税者に有利に変更できるか否か（本案前の争点））について
（被告の主張）
所得税のような申告納税方式による国税は、その納付すべき税額が納税者の申告により確定することを原則とし（通則法１５条１項、１６条１項１号及び２項１号）、納税者が自ら行った申告により一旦確定した課税標準等又は税額等を自己に有利に変更しようとする場合には、更正の請求（通則法２３条）の手続によらなければならず、その他の救済手段によることは許されないから、更正処分のうち申告額を超えない部分について、更正の請求の手続を経ないで取消しを求めることは、不適法なものとして許されない。
これを本件についてみると、甲更正処分等のうち分離長期譲渡所得の金額１億６６４５万９７２２円及び納付すべき税額２５４２万９１００円を超えない部分については甲確定申告により確定し、原告乙更正処分等のうち分離長期譲渡所得の金額１億３４６７万２６５７円及び納付すべき税額２０６０万８４００円を超えない部分については原告乙確定申告により確定し、いずれについても更正の請求の手続は行われていないから、上記各部分の取消しを求める原告らの訴えは、不適法なものであり、却下されるべきである。
（原告らの主張）
甲確定申告及び原告乙確定申告の記載内容の過誤の原因は、本件土地④の購入代金が２００万円であることが判明していなかったこと及び本件土地売買契約書に貼付した収入印紙代６万円が未計上であったというものである。当該過誤は被告も認めており、当事者間で争いがないものである以上、当該過誤が是正される必要性は非常に大きい。
仮に本件訴えによって当該過誤を是正することが認められない場合、既に分離長期譲渡所得の金額に関する不服申立ての手続が係属しているにもかかわらず、原告らにおいて別途、更正の請求の手続を行わなければならず、原告らの手続の負担が増大し、仮に更正の請求をしたとしても本件再調査決定の税額は確定申告額を大きく上回っているため、結果として税額が変更されることはなく、更正の請求が無意味となる可能性もある。
以上によれば、本件においては、更正の請求の手続によらずに、甲確定申告及び原告乙確定申告における過誤の是正が認められるべきである。
（２）争点２（本件仲介手数料等のうち所得税法３３条３項の譲渡費用に該当する部分）について
（原告らの主張）
本件Ｍ＆Ａは本件医療法人の経営の引継ぎが目的であり、Ｂを介して甲、原告乙及びＤ社との間で協議した結果、本件土地の譲渡を条件とした本件医療法人の出資持分の譲渡という手法が採用され、本件医療法人の出資持分及び病院底地である本件土地をＤ社が総額３億７０００万円で買収することになり、本件医療法人の出資持分と本件土地の価額は、上記３億７０００万円を割り振る形をとることになったのであるから、上記出資持分の譲渡と本件土地の譲渡は一体の取引であった。
Ｂは、甲及び原告乙に対し、その希望する条件に沿う譲受人としてＤ社を紹介し、甲及び原告乙とＤ社との間の協議を仲介した。補佐人も、上記出資持分の譲渡と本件土地の譲渡が一体となった本件Ｍ＆Ａの全体に対する助言を行った。したがって、Ｂ及び補佐人は、本件土地の譲渡のために必要な業務を行ったということができる。
そして、上記出資持分の譲渡と本件土地の譲渡は密接不可分の関係にあり、これに係るＢ及び補佐人の報酬である本件仲介手数料等を、上記出資持分の譲渡に係る部分と本件土地の譲渡に係る部分に明確に区分することはできない。
この場合、担税力に応じた課税という租税上の原則を踏まえると、本件仲介手数料等のうち上記出資持分の譲渡に係る部分と本件土地の譲渡に係る部分は、それぞれの譲渡による収入金額に応じてあん分して得た金額とするのが合理的である。そうすると、本件仲介手数料等の金額を上記出資持分の譲渡価額３円と本件土地の譲渡価額３億７０００万円であん分することになるから、本件仲介手数料等の全額が本件土地の譲渡に必要な費用として譲渡費用に該当する。
（被告の主張）
所得税法３３条３項にいう「その資産の譲渡に要した費用」（譲渡費用）は、資産の譲渡を実現するために直接に必要な支出を意味し、資産の譲渡に当たって支出された費用が所得税法３３条３項にいう譲渡費用に当たるかどうかは、一般的、抽象的に当該資産を譲渡するために当該費用が必要であるかどうかによって判断するのではなく、現実に行われた資産の譲渡を前提として、客観的に見てその譲渡を実現するために当該費用が必要であったかどうかによって判断すべきである。
Ｂが行った業務は、本件Ｍ＆Ａ仲介契約に基づいて本件医療法人の出資持分の譲渡を内容とする本件Ｍ＆Ａを助言するための仲介業務であって、本件土地の譲渡に関する仲介業務は含まれていないし、補佐人が行った業務も本件Ｍ＆Ａを成就させるための助言業務であって、本件土地の譲渡に関する業務は含まれていない。
以上によれば、本件仲介手数料等は、いずれも客観的に見て本件土地の譲渡を実現するために必要な支出であったということはできず、本件仲介手数料等は、甲及び原告乙の令和元年分の所得税等における分離長期譲渡所得の金額の計算上、譲渡費用に該当しない。
第３ 当裁判所の判断
１ 認定事実
前記前提事実並びに後掲各証拠及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実を認めることができる。
（１）本件Ｍ＆Ａの仲介業務に係る契約
甲及び原告乙並びに本件医療法人は、平成３０年９月１１日、Ｂとの間で、要旨、以下の内容の仲介業務委託契約（本件Ｍ＆Ａ仲介契約）を締結した（乙７）。
ア 第１条（目的）
本件医療法人、甲及び原告乙は、本件医療法人の法人提携（以下「本件提携」という。）を実現するため、Ｂに対し、本件提携の仲介に関する専門的な業務を行うことを委託し、Ｂはこれを受託するものとする。
イ 第２条（定義）
（ア）本件提携とは、以下の場合のいずれかを指すものとする。
ａ 社員及び役員（役員は理事並びに監事及び評議員を指すものとする。）の交代ただし、出資持分を有する場合には、出資持分譲渡を伴うものとする。
ｂ 法人合併・分割、事業譲渡等
ｃ 技術提携・販売提携等の業務上の提携
ｄ 前各号の他、法人が業務上の相乗効果を期待して行う、相互協力のための一切の手段
（イ）「本件業務」とは、本件提携の仲介に関して行う、次条各号に列挙する業務をいう。
（ウ）「対象法人等」とは、本件医療法人又は本件提携の内容が事業譲渡である場合における当該事業をいう。
ウ 第３条（本件業務の範囲）
Ｂは、本件医療法人、甲及び原告乙に対し、以下に列挙する本件業務を、第２１条に規定する仲介者としての義務を遵守の上、本件提携の進捗等に応じて適宜執り行うものとする。
（ア）対象法人等についての法人価値判断の参考資料の作成
（イ）本件提携に必要な情報の収集・調査及び資料の作成
（ウ）候補先の選定及び候補先に対する情報提供
（エ）本件提携の基本スキームの立案及び助言
（オ）本件提携に関する実務手続上の助言及び交渉のスケジューリング
（カ）本件提携に必要な契約書等の草案の作成
（キ）本件提携交渉の立会い及び助言
（ク）本件提携に必要な法人精査（デューデリジェンス）のセッティング、立会い及び助言（ケ）その他本件提携の進捗状況に応じ必要なサービスの提供
エ 第５条（成功報酬）
（ア）最終契約が締結された場合、本件医療法人、甲及び原告乙は、Ｂに対し、成功報酬として、本件医療法人の時価総資産価額（営業権を含む。）について以下の報酬表の区分毎の手数料率を乗じて得られた金額の累計額（ただし、当該累計額が２０００万円を下回るときは、２０００万円とする。）に消費税相当額を加算した金額を支払うものとする。
報酬表
譲渡法人の時価総資産価額（営業権を含む。）
手数料率
５億円以下の部分
５％
５億円超１０億円以下の部分
４％
１０億円超５０億円以下の部分
３％
５０億円超１００億円以下の部分
２％
１００億円超の部分
１％
（イ）時価総資産価額は、本件医療法人の譲渡価額算定の基準日となった時点の貸借対照表に基づき、営業権に相当する金額を含めて算出する。
（ウ）事業譲渡の場合における時価総資産価額は、譲渡対象事業に係る移動時価総資産価額（営業権を含む。）とする。
（２）補佐人（丙公認会計士）との業務委託契約
甲及び原告乙は、平成３０年９月１１日、補佐人との間で、要旨、以下の内容の業務委託契約（本件業務契約）を締結した（乙８）。
ア 柱書き
甲及び原告乙と補佐人とは、本件Ｍ＆Ａ仲介契約に係る業務に対する助言業務として、以下のとおり契約する。
イ 第１条（目的）
補佐人は、甲及び原告乙が出資している本件医療法人の業務移転等に関して、甲及び原告乙のために必要な助言を行うこととする。
ウ 第３条（報酬及び支払時期）
報酬と支払時期は、本件Ｍ＆Ａ仲介契約書記載の報酬及び支払時期と同様とするが、同契約書第４条（法人評価料及び案件化料）の規定は適用せず、同契約書第５条（成功報酬。前記（１）エ）については、最低報酬の規定は適用せず、手数料率を１％とする。
（３）本件医療法人の出資持分の譲渡（本件Ｍ＆Ａ）の状況等
ア Ｂは、複数の候補先に本件医療法人の買収を提案していたところ、Ｄ社は、Ｂから本件医療法人を紹介され、令和元年８月２７日、Ｄを通じ、本件医療法人に対し、希望譲受価格を３億７０００万円として同法人の経営権の譲受けを希望する旨の意向を表明した書面（以下「本件意向表明書」という。乙９）を送付した（乙９、２２、２４）。
本件意向表明書には、本件医療法人の経営権の譲受けのスキームとして、Ｄ社又は同社グループの法人若しくは自然人による本件医療法人の全出資持分の譲受け及びＤ社又は同社グループの法人が指定する者による本件医療法人の社員・役員への就任が想定されていること、並びに、希望譲受価格は３億７０００万円であり、その内訳は①役員退職慰労金の合計額を含む出資持分の譲受価格、②役員借入金の全額の返済、③甲及び原告乙の所有する本件医療法人の病院の底地の買取価格の合計額であるとの記載があった（乙９）。
イ 甲及び原告乙は、令和元年９月３０日、Ｄ社との間で、甲及び原告乙の本件医療法人の出資持分をＤ社に対し２円で譲渡する旨の出資持分譲渡契約（以下「第一次出資持分譲渡契約」という。）を締結した。
上記契約の１７条は、甲及び原告乙が本件医療法人に対し、譲渡日までに本件土地を合計３億７０００万円（税別）で売却する手続を行い、Ｄ社は、本件医療法人に当該手続を行わせる旨定めている（乙１１）。
ウ 甲は、令和元年１０月３１日、本件医療法人に１億３８４８万３２７３円を出資し、同日、Ｄ社との間で、これによる出資持分（１億３８４８万３２７３口）をＤ社に対し１円で譲渡する旨の出資持分譲渡契約を締結した（乙１１、１２、２６、３２の１・２）。
（４）本件土地の譲渡等
ア 甲及び原告乙は、令和元年１０月１７日、本件医療法人との間で、本件土地を本件医療法人に対して代金合計３億７０００万円で譲渡する旨の契約を締結した（本件土地売買契約）。本件土地売買契約において、本件医療法人は、売買代金総額３億７０００万円のうち、甲に対して２億０４５２万８６００円を、原告乙に対して１億６５４７万１４００円を支払う旨定めている（乙３）。
イ 本件土地の売買代金並びに甲及び原告乙の出資持分の取引額について、Ｄ社において、本件医療法人の経営を黒字経営にするためには買取価格は３億７０００万円が限度であったが、本件土地の鑑定評価額が３億７０００万円を超えてしまったため、本件土地の購入に関して低額譲受けに伴う受増益の計上といった税務上の問題が発生しないように、本件土地の売買代金は３億７０００万円、税務上の問題のない出資持分の取引額は３円とされた（乙２４）。
（５）本件仲介手数料等の支払状況
ア 本件Ｍ＆Ａ仲介手数料の額は、本件Ｍ＆Ａ仲介契約書５条（前記（１）エ）に従い、本件医療法人の令和元年７月３１日付けの貸借対照表記載の総資産合計８億４３１４万８５６３円（本件土地の金額３億１３４０万８９１１円を含む。）に対し、レーマン方式（本件Ｍ＆Ａ仲介契約書５条の「報酬表」）により５億円以下５％、５億円超１０億円以下４％を乗じて算出した額（３８７２万５９４３円）とされた（乙２７、２８）。
原告乙は、令和元年９月３０日付けで、「本件医療法人の出資持分譲渡に関わる仲介手数料」として、上記３８７２万５９４３円及び消費税（８％）３０９万８０７５円の合計額である４１８２万４０１８円の支払の請求を受け、令和元年１０月３１日、株式会社Ｅの口座に上記金員を振り込んで支払うとともに、振込手数料８８０円を別途負担した（合計額は４１８２万４８９８円）。なお、上記請求はＢが上記Ｅ名義で行ったものであり、上記Ｅ名義の口座に振り込まれた金員はＢに対する支払として処理されている（乙１４、１９の１・２、２７）。
イ 補佐人は、令和元年９月３０日付けで、「Ｍ＆Ａ手数料」として８４３万１４８５円及び消費税（８％）６７万４５１８円の合計額である９１０万６００３円の支払を請求し、原告乙は、同年１１月５日、補佐人に対し、同金員を支払うとともに、振込手数料５５０円を別途負担した（合計額は９１０万６５５３円）（乙１４、２０の１・２）。
（６）本件再調査決定の要旨（乙３２の１・２）
本件再調査決定においては、要旨次のとおりの判断がされた。
ア 本件Ｍ＆Ａ仲介契約に基づくＢの業務は、本件医療法人の法人提携を目的としたものであり、甲及び原告乙から本件医療法人に対してされた本件土地の移転は、その目的の実現のために行った一連の取引によって生じたものと認められる。そして、本件仲介手数料は、上記法人提携を実現させたことによる成功報酬であり、本件土地売買契約に係る業務に対する報酬を含むと認められる。
譲渡費用は、資産の譲渡を実現するために必要な費用であったかどうかにより判断されるところ、Ｂの本件土地売買契約に係る業務は、上記法人提携を実現させた一連の業務の一部であると認められることから、本件仲介手数料の全額を譲渡費用として認めることは相当ではない。本件仲介手数料が本件土地を含む本件医療法人の全資産の合計金額を算定根拠としていることに鑑み、本件医療法人の総資産の金額に占める本件土地の金額の割合により、本件仲介手数料を本件土地売買契約に係る金額とそれ以外の金額にあん分して譲渡費用を算定することが合理的であると認めることができる。
また、本件業務契約は、本件Ｍ＆Ａ仲介契約に係る助言業務の報酬等を定めたものであり、本件業務手数料は、本件仲介手数料と同様とすると定められていることから、譲渡費用に当たる部分についても、本件仲介手数料と同様に算定することが合理的であると認められる（乙３２の１〔２２、２３頁〕・２〔２２、２３頁〕）。
イ 甲についての本件土地の譲渡費用は、以下のとおりである（乙３２の１〔２３～２５頁〕）。
（ア）甲の本件土地の譲渡所得に係る収入金額は、本件土地売買契約に係る甲の譲渡価額２億０４５２万８６００円に、本件土地の固定資産税相当額精算金５９万２０００円のうち３２万７２４５円を加算した２億０４８５万５８４５円になる。
（イ）本件Ｍ＆Ａ仲介手数料のうち譲渡費用に該当する金額は、本件Ｍ＆Ａ仲介手数料４１８２万４０１８円と振込手数料８８０円の合計額４１８２万４８９８円を、本件土地売買契約の代金総額３億７０００万円及び本件土地の固定資産税相当額精算金５９万２０００円との合計額３億７０５９万２０００円に占める前記（ア）の甲の収入金額の割合によりあん分し、これによって得た額を本件医療法人の総資産の金額８億４３１４万８５６３円に占める本件土地の金額３億１３４０万８９１１円の割合（以下「本件土地割合」という。）によりあん分した８５９万３９８３円である。
（ウ）本件業務手数料のうち譲渡費用に該当する金額は、本件業務手数料９１０万６００３円と振込手数料５５０円の合計９１０万６５５３円を、本件土地売買契約の代金総額３億７０００万円及び本件土地の固定資産税相当額精算金５９万２０００円との合計額３億７０５９万２０００円に占める前記（ア）の甲の収入金額の割合によりあん分し、これによって得た額を本件土地割合によりあん分した１８７万１１７２円（１円未満切上げ）である。
（エ）本件土地売買契約書に収入印紙６万円の貼付が認められることから、収入印紙代６万円を、本件土地売買契約の代金総額３億７０００万円及び本件土地の固定資産税相当額精算金５９万２０００円との合計額３億７０５９万２０００円に占める前記（ア）の甲の収入金額の割合によりあん分した金額３万３１６７円（１円未満切上げ）を譲渡費用として認める。
ウ 原告乙についての本件土地の譲渡費用は、以下のとおりである（乙３２の２〔２３～２５頁〕）。
（ア）原告乙の本件土地の譲渡所得に係る収入金額は、本件土地売買契約に係る原告乙の譲渡価額１億６５４７万１４００円に、本件土地の固定資産税相当額精算金５９万２０００円のうち２６万４７５４円を加算した１億６５７３万６１５４円になる。
（イ）本件Ｍ＆Ａ仲介手数料のうち譲渡費用に該当する金額は、本件Ｍ＆Ａ仲介手数料４１８２万４０１８円と振込手数料８８０円の合計額４１８２万４８９８円を、本件土地売買契約の代金総額３億７０００万円及び本件土地の固定資産税相当額精算金５９万２０００円との合計額３億７０５９万２０００円に占める前記（ア）の原告乙の収入金額の割合によりあん分し、これによって得た額を本件土地割合によりあん分した６９５万２８５８円である。
（ウ）本件業務手数料のうち譲渡費用に該当する金額は、本件業務手数料９１０万６００３円と振込手数料５５０円の合計９１０万６５５３円を、本件土地売買契約の代金総額３億７０００万円及び本件土地の固定資産税相当額精算金５９万２０００円との合計額３億７０５９万２０００円に占める前記（ア）の原告乙の収入金額の割合によりあん分し、これによって得た額を本件土地割合によりあん分した１５１万３８４９円（１円未満切上げ）である。
（エ）本件土地売買契約書に収入印紙６万円の貼付が認められることから、収入印紙代６万円を、本件土地売買契約の代金総額３億７０００万円及び本件土地の固定資産税相当額精算金５９万２０００円との合計額３億７０５９万２０００円に占める前記（ア）の原告乙の収入金額の割合によりあん分した金額２万６８３４円（１円未満切上げ）を譲渡費用として認める。
エ 本件土地の取得費について
甲更正処分等について、甲確定申告の際には判明していなかった本件土地④の購入代金２００万円を取得費として認める（乙３２の１〔２４頁〕、弁論の全趣旨）。
２ 争点１（納税者の申告した課税標準又は税額を更正の請求によらずに納税者に有利に変更できるか否か（本案前の争点））について
所得税法は、申告納税制度を採用して、その納付すべき税額が納税者の申告により確定することを原則とし（通則法１５条１項、１６条１項１号及び同条２項１号）、確定申告書記載事項の過誤の是正の方法については、更正の請求（通則法２３条）という特別の規定を設けていることに照らすと、納税者の申告に過誤があったことを理由として申告額を超えない部分について更正の請求の手続を経ないで取消しを求めることは、当該過誤が客観的に明白かつ重大であって、更正の請求による方法以外にその是正を許さないならば、納税義務者の利益を著しく害すると認められる特段の事情がある場合でなければ、不適法なものとして許されないというべきである。
これを本件についてみると、前記第２の３（３）のとおり、甲更正処分等のうち、分離長期譲渡所得の金額１億６６４５万９７２２円及び納付すべき税額２５４２万９１００円を超えない部分については、甲の確定申告により確定したものであり、甲及び原告らは更正の請求の手続を行っておらず（甲８〔１５頁〕、弁論の全趣旨）、原告乙更正処分等のうち、分離長期譲渡所得の金額１億３４６７万２６５７円及び納付すべき税額２０６０万８４００円を超えない部分については、原告乙の確定申告により確定したものであり、原告乙は更正の請求の手続を行っていない（甲９〔１５頁〕、弁論の全趣旨）。
これに対し、原告らは、確定申告の際の過誤は被告も認めているものであるほか、更正の請求の手続を経なければならないとすれば手続の負担が増大し、仮に更正の請求をしたとしても本件における再調査決定の税額は確定申告額を大きく上回っているため、結果として税額が変更になることはない旨主張するが、上記主張をもって、更正の請求による方法以外にその是正を許さないならば、納税義務者の利益を著しく害すると認められる特段の事情があるとは認められない。
以上によれば、請求の趣旨第１項につき、甲更正処分等のうち、分離長期譲渡所得の金額１億６６４５万９７２２円及び納付すべき税額２５４２万９１００円を超えない部分、並びに、請求の趣旨２項につき、原告乙更正処分等のうち、分離長期譲渡所得の金額１億３４６７万２６５７円及び納付すべき税額２０６０万８４００円を超えない部分の取消しを求める原告らの訴えは不適法であるから、これらを却下すべきである。
３ 争点２（本件仲介手数料等のうち所得税法３３条３項の譲渡費用に該当する部分）について（１）本件仲介手数料等が譲渡費用に該当するという原告の主張を前提に検討するとしても、前記認定事実（１）エ、（２）ウ及び（５）のとおり、本件Ｍ＆Ａ仲介手数料は、令和元年７月３１日付けの本件医療法人の貸借対照表の総資産額（本件土地の金額を含む。）を基準に計算されており、本件業務手数料についても、Ｂの本件Ｍ＆Ａ仲介手数料と同様の計算方法とするとしているから、譲渡費用に該当し得るのは、本件仲介手数料等の全額ではなく、本件仲介手数料等を本件医療法人の総資産の金額に占める本件土地の金額の割合（本件土地割合）によりあん分して得た金額に限られるとするのが相当である。
これに対し、原告らは、本件医療法人の出資持分の譲渡と本件土地の譲渡は密接不可分の関係にあることに加え、税負担は各人の担税力に応じて配分されるべきものであるから、本件仲介手数料等のうち上記出資持分の譲渡に係る部分と本件土地の譲渡に係る部分は、それぞれの譲渡による収入金額に応じてあん分して得た金額とするのが合理的であるとして、本件各手数料の全額を譲渡費用に算入すべきであると主張する。
しかし、本件仲介手数料等の金額は、本件土地を含む本件医療法人の令和元年７月３１日付けの貸借対照表記載の総資産額を基準に算定されていることは上記のとおりであり、成約に至った譲渡による収入額を基準に算定されることとはされていないことに照らすと、本件仲介手数料等の金額を本件医療法人の出資持分の譲渡による収入金額と本件土地の譲渡による収入金額であん分し、本件仲介手数料等の全額を譲渡費用とすべきであるとの原告の主張を採用することはできない。
（２）前記認定事実（６）のとおり、本件再調査決定においては、本件仲介手数料等のうち譲渡費用に該当する部分について、甲及び原告乙のいずれについても、本件土地割合であん分した金額についてのみ譲渡費用に該当すると認めている。そして、前記認定事実によれば、そのあん分計算の基礎となる事実に誤りがあるとは認められない。また、本件各更正処分等における甲及び原告乙の令和元年の所得税等に関する分離長期譲渡所得の金額が、適法な分離長期譲渡所得の金額を超えることとなるべき事情は見当たらない。
（３）また、本件各更正処分等のうち甲及び原告乙それぞれの過少申告加算税の賦課決定処分についても、甲及び原告乙が本件仲介手数料等の全額が譲渡費用に該当するとして分離長期譲渡所得の計算を誤って行ったことによるものであり、譲渡費用に該当するか否かの判断を誤ったことについて、甲及び原告乙の責めに帰することのできない客観的な事由が存在したとは認められないことから、通則法６５条４項に規定する「正当な理由」は認められない。したがって、本件各更正処分等のうち甲及び原告乙の過少申告加算税の賦課決定処分についても違法なものであるとは認めることはできない。
（４）以上によれば、本件仲介手数料等が譲渡費用に該当するという原告の主張を前提に検討するとしても、本件仲介手数料等のうち所得税法３３条３項の譲渡費用に該当する部分は、本件再調査決定で譲渡費用であると認められた部分に限られるから、これを前提とする本件各更正処分等は、甲及び原告乙に課されるべき適法な税額を超えないことは明らかであり、本件各更正処分等が違法であるとは認めることはできない。
第４ 結論
以上によれば、本件訴えのうち、別紙２訴え却下目録記載１及び同２の部分に係る訴えは不適法であるから、いずれも却下することとし、その余の部分に係る原告らの請求はいずれも理由がないからこれを棄却することとして主文のとおり判決する。
仙台地方裁判所第２民事部
裁判長裁判官 前田志織
裁判官 根本宜之
裁判官 東影将希
〔PDF 12頁は画像のため本文テキストなし〕
別紙２
訴え却下目録
１ 仙台中税務署長が甲（以下「甲」という。）に対し令和３年７月８日付けでした、甲の令和元年分の所得税及び復興特別所得税の更正処分（いずれも令和３年１２月２０日付けでされた再調査決定によりその一部が取り消された後のもの）のうち、分離長期譲渡所得の金額１億６６３８万２８９６円、納付すべき税額２５４１万７３００円を超える部分を取り消す旨の訴えのうち、分離長期譲渡所得の金額１億６６４５万９７２２円、納付すべき税額２５４２万９１００円を超えない部分の取消しを求める部分。
２ 仙台中税務署長が原告乙（以下「原告乙」という。）に対し令和３年７月８日付けでした、原告乙の令和元年分の所得税及び復興特別所得税の更正処分（いずれも令和３年１２月２０日付けでされた再調査決定によりその一部が取り消された後のもの）のうち、分離長期譲渡所得の金額１億３４６４万５５８９円、納付すべき税額２０６０万４３００円を超える部分を取り消す旨の訴えのうち、分離長期譲渡所得の金額１億３４６７万２６５７円、納付すべき税額２０６０万８４００円を超えない部分の取消しを求める部分。
以上
〔PDF 14～20頁は画像のため本文テキストなし〕
別紙３省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2024/pdf/14020.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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