税務訴訟資料第２７４号（順号１４０２３）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（東京上野税務署長）
令和６年９月２７日認容・控訴
判決
原告Ｄ株式会社
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士別紙１代理人等目録の１記載のとおり
同訴訟復代理人弁護士別紙１代理人等目録の２記載のとおり
同補佐人税理士別紙１代理人等目録の３記載のとおり
被告国
同代表者法務大臣小泉龍司
処分行政庁東京上野税務署長
對馬郁
同指定代理人別紙１代理人等目録の４記載のとおり
主文
１ 東京上野税務署長が令和元年６月２８日付けで原告に対してした原告の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの連結事業年度の法人税の更正処分のうち、連結所得金額２４億８０７８万２２５６円及び納付すべき税額５億７９７８万８１００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
２ 東京上野税務署長が令和元年６月２８日付けで原告に対してした原告の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの課税事業年度の地方法人税の更正処分のうち、課税標準法人税額５億７９８３万円及び納付すべき税額２５５１万２５００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
３ 訴訟費用は被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
主文同旨
第２ 事案の概要等（以下において用いる略称及び略語は、別紙２略称・略語一覧表記載のとおりであり、初出時にゴシック体にしている。）
１ 事案の概要
本件は、Ｅ株式会社（Ｅ）を被合併法人とする合併（本件合併１）をしたＦ株式会社（Ｆ）に加え、Ｇ株式会社（Ｇ）、Ｈ株式会社（Ｈ）及びＩ株式会社（Ｉ）を被合併法人とする合併（本件合併２）をした原告が、法人税法（平成２９年法律第４号による改正前のもの）２条１２号８所定の適格合併が行われた場合に適用される同法５７条２項及び８１条の９第２項２号の各規定により、Ｅの本件合併１の直前における欠損金額５７億８１４８万７６３５円（本件未処理欠損金額）を原告の連結欠損金額とみなして、平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの連結事業年度（本件連結事業年度）の法人税の連結確定申告及び平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの課税事業年度（本件課税事業年度）の地方法人税の確定申告をしたところ、東京上野税務署長が、法人税法１３２条の２の規定により、本件未処理欠損金額を原告の連結欠損金額とみなすことを認めず、本件法人税更正処分及び本件地方法人税更正処分並びに過少申告加算税の各賦課決定処分（本件各更正処分等）をしたことから、原告がこれらの処分（ただし、本件法人税更正処分については連結確定申告による連結所得金額及び納付すべき税額を超える部分、本件地方法人税更正処分については確定申告による課税標準法人税額及び納付すべき税額を超える部分）の取消しを求めた事案である。
２ 主な関係法令の規定
主な関係法令の規定は、別紙３のとおりである（なお、別紙３において定義した略語については、以下においても用いることとする。）。
３ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実又は掲記の証拠若しくは弁論の全趣旨により容易に認められる事実。なお、書証は、特記しない限り、枝番号のあるものは枝番号を全て含む。以下同じ。）
（１）原告及びＬグループの主な法人等
ア 原告
原告は、昭和２６年３月●日に商号を「株式会社Ｊ」として設立された、ゴルフ場の保有を主要な事業とする株式会社であって、平成１６年１２月頃から平成３０年●月●日まではＫ株式会社（Ｋ）を、同年●月●日以降はＬ株式会社（Ｌ）を持株会社とする企業グループ（Ｌグループ）の構成法人の一つである。（乙５、６、１１、弁論の全趣旨）
イ Ｌグループの主な法人
平成２０年１２月３１日時点においてＬグループを構成する主な法人は別紙４の１の表の、平成２１年１月１日以後にＬグループを構成するに至った主な法人は別紙４の２の表の、各記載のとおりである。
なお、Ｌグループは、令和３年３月時点で、グループ全体で１４０か所以上のゴルフ場を保有していた。
（２）Ｌグループにおける組織再編成
Ｌグループは、継続的に、経営破綻したゴルフ場運営会社や、ゴルフ場事業の売却を模索しているゴルフ場運営会社の買収を行っており、本件各合併の１０年以上前から、買収したゴルフ場運営法人をグループ内で合併させ、子会社数を削減することを繰り返していた。（弁論の全趣旨）
（３）Ｍの株式取得等（本件買収）
ア 平成２０年頃、ＬグループとＮ株式会社（Ｎ）との間で、同社が保有していた、●●を運営するＭ株式会社（Ｍ。後のＥ）、●●を運営するＨ及び●●を運営するＯ株式会社（Ｏ。後のＩ）の全株式をＬグループが譲り受けるという話が持ち上がった。（弁論の全趣旨）
イ Ｌグループは、Ｍ等に対する法務監査を法律事務所に依頼し、平成２１年１月８日付けの法務監査報告書（甲１４、９９）によりその報告を受けたところ、同報告書には、平成●年●月までＭ及びＯの代表取締役であった乙（乙）が、Ｍの資金を自己投資資金に流用したり、Ｍに無断で同社の名義で約束手形に裏書をしたりするなど様々な不正行為をしていること、乙による業務上横領行為については、関連する訴訟・紛争は大半が和解等により終結し、係属中の訴訟についてはＮへ承継される予定であることからおおむね解決済みといえるものの、同業務上横領行為に関連して、可能性としては、偶発債務がＭ又はＯに発生するリスクが残ることなどが指摘されていた。
また、Ｌグループは、平成２０年１２月１８日付けで、Ｎに対し、乙の不正行為に起因する、Ｍ及びＯが負う又は負う可能性のあった損害賠償義務等の簿外債務（本件簿外債務）に係るリスクを切り離し、Ｍが保有するゴルフ場事業のみを譲渡するスキームにより買収を行いたい旨の意向を表明したが、Ｎは、これに応じなかった。（甲１４、１５、９９、弁論の全趣旨）
ウ ＬグループのＰ株式会社（Ｐ）は、平成２１年２月２日付けで、Ｎとの間でＭ、Ｈ及びＯの株式及び貸付債権の譲渡に関する契約（本件譲渡契約）を締結し、同年４月２８日にＮから、Ｍの全株式（１０００株）及び同社に対して有する貸付債権を、それぞれ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■で取得する（本件買収）などした。
この時点で、Ｍには、Ｎの子会社時代に税務上申告加算していた金額に相当する約１４５億円の利益積立金額があった。その大部分は「コース勘定」及び「土地」に係る金額であり、Ｎの子会社時代に会計上減損損失を計上したものを税務上申告加算したことにより発生した、いわゆる税務上の含み損であった。
Ｍは、平成２１年４月２８日、Ｅへと商号変更をした。
エ Ｐは、本件簿外債務に係るリスクを含めたまま、Ｍの全株式を譲り受けることとなったが、本件譲渡契約に係る契約書（本件讓渡契約書）には、ＮがＭ及びＯの株式を譲渡した日からそれぞれ３年間に限り、本件簿外債務に関するトラブル、クレーム、請求、訴訟、その他一切の紛争（「新たな問題」）が生じた場合には、ＰがＮに速やかに書面により通知するとともに、Ｐ及びＮは「新たな問題」の解決のために互いに協力する旨等が記載されていた。
（４）Ｅの会社分割（本件分割）及び分割承継法人株式の譲渡（本件株式譲渡）
ア 本件分割
（ア）Ｅは、平成２１年６月１７日付けで新設分割計画書を作成し、同年７月●日、Ｅの営むゴルフ場経営及びこれに付帯し、又は関連する一切の事業（本件ゴルフ場事業等）に係る、以下のａからｄの資産、債務、雇用関係その他の権利義務を新設分割（本件分割）によりＱ株式会社（Ｑ）に承継させるとともに、分割承継法人であるＱが発行した同社の全株式（２００株）を本件分割の対価として取得した。
ａ 本件ゴルフ場事業等に属する一切の資産（ただし、一部の預金債権を除く。）
ｂ 乙の業務上の不正行為に起因してＥが第三者に対して負う現在及び将来の一切の金銭支払債務を除く一切の債務
ｃ 本件ゴルフ場事業等に属する売買契約、賃貸借契約、リース契約、使用許諾契約、その他本件ゴルフ場事業等に属する一切の契約上の地位及び権利義務（ただし、乙の業務上の不正行為に起因してＥに帰属する現在及び将来の一切の契約上の地位及び権利義務を除く。）
—
ｄ 本件ゴルフ場事業等に従事するＥの従業員のうち、平成２１年７月●日において在籍している者
（イ）Ｅは、本件分割に伴い、税務上、Ｎの子会社であった過去の事業年度から引き継いだ利益積立金額のうち合計１４４億７７１１万２４７５円を「Ｑ株式」の価額に振り替えた。
イ 本件株式譲渡
（ア）その後、Ｅは、平成２１年８月１３日付けで、ＬグループのＲ株式会社（Ｒ）との間でＱの株式の譲渡に関する契約を締結し、同年９月１日、Ｑの全株式（２００株）を総額８６９万０１６９円でＲに対して譲渡した（本件株式讓渡）。
（イ）Ｅは、本件株式譲渡に伴い、平成２１年４月２８日から平成２２年３月３１日までの事業年度（以下、「平成２２年３月期」と表記し、他の事業年度（ただし、始期及び終期の月日が異なるものもある。）も同様に表記する。他の法人についても同じ。）において、会計上、特別利益として８６億８６３３万４４３７円の「関係会社株式売却益」を計上する一方、法人税の確定申告書において、税務上、「Ｑ株式売却損」として１４４億７７１１万２４７５円を計上した。この会計処理等の結果、Ｅの平成２２年３月期において、税務上の欠損金額５７億６９８４万７９０５円が生じた。
（５）Ｋの株式の取得
株式会社Ｓ（Ｓ社）は、平成２３年１２月５日にＬグループの持株会社であったＫの発行済株式の８０．４９％を取得し、その後、平成２７年８月１日には、Ｋを完全子会社化した。
（６）Ｆによる同社優先株式の取得等について
ア 平成２７年３月３１日時点において、Ｐによる原告及びＦの発行済株式の保有割合は、いずれも９９．９９％であり、原告及びＦの発行済株式の一部（原告のＡ種優先株式（本件原告優先株式）及びＦのＡ種優先株式（本件Ｆ優先株式））は、いずれもＴ株式会社（Ｔ）が保有していた。
イ 原告及びＴは、平成２７年３月３１日、本件原告優先株式２５株のうち１０株（平成１７年１０月１３日発行の５株及び平成１８年７月１日発行の５株）につき、Ｔが平成３２年６月３０日まで取得請求権を行使しないことを合意した。（乙５７）
ウ Ｆは、平成２７年１０月９日、Ｔから本件Ｆ優先株式を１０万円で取得（本件優先株式取得）した上で消却した。これにより、Ｐは、Ｆの発行済株式の全部を保有することとなった。
（７）本件合併１及び本件合併２（本件各合併）について
ア 本件合併１
Ｆは、平成２８年１２月１４日付けで、Ｅとの間で合併契約を締結し、平成２９年●月●日にＦを合併法人、Ｅを被合併法人とする合併をした（本件合併１）。
イ 本件合併２
原告は、本件合併１に係る合併契約の契約日と同日である平成２８年１２月１４日付けで、Ｆ、Ｇ、Ｈ及びＩ（Ｆら）との間で合併契約を締結し、本件合併１の効力発生を停止条件として、本件合併１と同日（平成２９年●月●日）に原告を合併法人、Ｆらを被合併法人とする合併をした（本件合併２）。
ウ 本件各合併の概略図等
本件各合併前におけるＬグループの組織概略図は以下の（ア）のとおりであり、本件各合併の概略図は、以下の（イ）のとおりである。
（ア）本件各合併前のＬグループ組織概略図
（イ）本件各合併の概略図
ＫＰＴＬＵＥＦ
原告
ＸＹＶＷＧＩＨＺ
100.0％
100.0％
100.0％
100.0％
100.0％
100.0％
99.99％
0.01％
100.0％
100.0％
100.0％
100.0％
100.0％
100.0％
100.0％
ＫＰＥＦ
原告
ＧＩＨ
100.0％
100.0％
100.0％
99.99％
100.0％
100.0％
100.0％
本件合併２
本件合併１
本件合併２
;
•
:
:
；；
;
i
=..........●.......... :
エ 完全支配関係等
本件各合併の日の前日である平成２９年●月●日時点で、Ｆ及びＥの発行済株式の全部をＰが保有し、また、原告の発行済株式のうち９９．９９％をＰが保有していたため、ＥとＦとの間に同一の者であるＰによる完全支配関係（法人税法２条１２号の７の６）があり、また、原告とＥ又はＦとの間に同一の者であるＰによる支配関係（同条１２号の７の５）があった。
（８）本件訴えの提起に至る経緯等
ア 原告による申告
原告は、本件連結事業年度の法人税について、本件連結事業年度の法人税連結確定申告書（本件法人税連結確定申告書）に別紙５の１の表の「連結確定申告」欄のとおり記載して、法定申告期限までに申告した。
原告は、当該申告において、本件各合併が、適格合併（法人税法２条１２号の８）に該当し、法人税法５７条２項及び８１条の９第２項２号イ（法人税法５７条２項等）の要件を満たしていることを前提にして、Ｅが本件合併１の直前に有していた、前９年内事業年度において生じた欠損金額（法人税法５７条２項。未処理欠損金額）５７億８１４８万７６３５円（本件未処理欠損金額）及びＦが本件合併２の直前に有していた未処理欠損金額５億７７８６万１５７２円の合計額６３億５９３４万９２０７円を、原告の平成２１年１２月期から平成２６年１２月期及び平成２８年３月期の各連結事業年度において生じた連結欠損金額とみなして、連結所得の金額の計算上、損金の額に算入した。
また、原告は、本件課税事業年度の地方法人税について、本件法人税連結確定申告書に記載した法人税額に基づき課税標準法人税額を算定して、本件課税事業年度の地方法人税確定申告書（本件地方法人税確定申告書）に別紙５の２の表の「確定申告」欄のとおり記載して、法定申告期限までに申告した。
イ 本件各更正処分等
東京上野税務署長（処分行政庁）は、令和元年６月２８日付けで、本件各合併は、法人税法５７条２項等の要件を形式的に満たしているが、組織再編成を利用して本件未処理欠損金額を原告の連結欠損金額とみなして本件連結事業年度の損金の額に算入することにより税負担を減少させることを意図したものであり、法人税法の上記規定の本来の趣旨及び目的から逸脱する態様でその適用を受けるものであって、本件各合併を容認し、本件未処理欠損金額を原告の連結欠損金の当期控除額として本件連結事業年度の損金の額に算入することは「法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるもの」（法人税法１３２条の２）に該当する旨判断して、別紙５の各表の各「更正処分及び賦課決定処分」欄のとおり、本件連結事業年度の法人税の更正処分（本件法人税更正処分）をするとともに、これを前提に本件連結事業年度の法人税の過少申告加算税賦課決定処分並びに本件課税事業年度の地方法人税の更正処分（本件地方法人税更正処分）及び過少申告加算税賦課決定処分をした（本件各更正処分等）。（甲１、２、弁論の全趣旨）
ウ 審査請求等
原告は、令和元年９月１９日付けで、別紙５の各表の各「審査請求」欄のとおり、本件各更正処分等を不服として審査請求をしたが、国税不服審判所長は、令和２年１１月２日付けで、いずれも棄却する旨の裁決をした。
エ 本件訴え
原告は、令和３年４月３０日、本件訴えを提起した。
４ 争点
本件の争点は、本件各更正処分等の適法性であり、具体的には、本件各合併が法人税法１３２条の２にいう「法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるもの」（不当性要件）に該当するか否かである。
５ 争点に関する当事者の主張
争点に関する当事者の主張は、以下のとおりである。このほか、本件各更正処分等の根拠及び適法性に関する被告の主張は、別紙６のとおりである。
（被告の主張）
（１）不当性要件の判断枠組み等
組織再編成は、その形態や方法が複雑かつ多様であるため、これを利用する巧妙な租税回避行為が行われやすく、租税回避の手段として濫用されるおそれがあることから、法人税法１３２条の２は、税負担の公平を維持するため、組織再編成において法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められる行為又は計算が行われた場合に、それを正常な行為又は計算に引き直して法人税の更正又は決定を行う権限を税務署長に認めたものと解され、組織再編成に係る租税回避を包括的に防止する規定として設けられたものである。このような同条の趣旨及び目的からすれば、同条にいう「法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるもの」とは、法人の行為又は計算が組織再編税制に係る各規定を租税回避の手段として濫用することにより法人税の負担を減少させるものであることをいうと解すべきであり、その濫用の有無の判断に当たっては、①当該法人の行為又は計算が、通常は想定されない組織再編成の手順や方法に基づいたり、実態とは乖離した形式を作出したりするなど、不自然なものであるかどうか（考慮要素①）、②税負担の減少以外にそのような行為又は計算を行うことの合理的な理由となる事業目的その他の事由が存在するかどうか（考慮要素②）等の事情を考慮した上で、当該行為又は計算が、組織再編成を利用して税負担を減少させることを意図したものであって、組織再編税制に係る各規定の本来の趣旨及び目的から逸脱する態様でその適用を受けるもの又は免れるものと認められるか否かという観点から判断するのが相当である（最高裁平成２８年判決参照）。
そして、組織再編税制においては、形式的に適格判定の要件に該当すれば適格組織再編成（適格合併）として取り扱われ、逆に形式的に同要件に該当しなければ非適格組織再編成（非適格合併）として取り扱われるとされているところ、組織再編成が行われる場合にあっては、不当な行為又は計算により、本来は非適格組織再編成（非適格合併）であるものを形式的に適格判定の要件に該当させ適格組織再編成（適格合併）としたり（適格作り）、本来は適格組織再編成（適格合併）であるものを形式的に適格判定の要件に当たらないようにして非適格組織再編成（非適格合併）としたりする（非適格作り）などの手法で租税回避が行われることが想定される。
また、考慮要素②については、行為又は計算の不自然さの程度との比較や税負担の減少目的と事業目的との主従関係等に鑑み、行為又は計算の合理性を説明するに足りる程度の事業目的等が存在するかどうかという点を考慮すべきであるし、考慮要素①及び②の判断に当たり、組織再編税制に係る各規定の本来の趣旨及び目的を踏まえる必要がある。
（２）組織再編税制の基本的考え方と法人税法５７条２項等の趣旨・目的
ア 平成１３年度税制改正により導入された組織再編税制の基本的な考え方は、実態に合った課税を行うという観点から、原則として、組織再編成により移転する資産等（移転資産等）についてその譲渡損益の計上を求めつつ、組織再編成により経済実態に実質的に変更がない場合（移転資産等に対する支配が継続している場合）には、その譲渡損益の計上を繰り延べて従前の課税関係を継続させるものである。
この点、組織再編成につき、移転資産等の譲渡損益の計上の繰り延べを認めるに当たり、税制調査会法人課税小委員会（小委員会）は、被合併法人の有する未処理欠損金額の引継ぎの前提となる組織再編成について、移転資産等の譲渡損益の計上の繰延べ及び従前の課税関係の継続を認める基本的な考え方として、移転資産等に対する支配が合併後においても実質的に継続するものであること、換言すれば、組織再編成により移転した事業が組織再編成後において継続するものであることが必要であると考えていたものと認められる（甲５、乙６５、６６）。また、組織再編税制の立案担当者（丙税理士）も、適格合併等の判定に係るいわゆる従業者引継要件について説明をする際、従前の課税関係を継続させる適格組織再編成は、組織再編成前に行われていた事業が組織再編成後も継続されることを前提とした説明をしている（乙６８）。さらには、国税庁による平成１９年税制改正の解説（乙６９）においても、「移転資産に対する支配が組織再編成後も継続していると認められるものについては、移転資産の譲渡損益の計上を繰り延べることとしてい」るとした上、「この移転資産に対する支配の継続とは、その営まれる事業に着目すれば、『事業を営んできた当事者が引き続き事業を営む』実態の継続と言い換えることもでき」、「このような視点で組織再編成の実態等をみると、①持株割合５０％超の支配株主がいる企業グループ内で組織再編成が行われる場合には、組織再編成後もその支配株主が事業を営む実態が継続すると考えることができる、②このような支配株主がいない場合であっても、組織再編成の当事者（事業を営んできた法人）が共同で事業を営むために組織再編成を行う場合で、それぞれの事業の規模に著しい格差がないなどの場合であれば、組織再編成後も両当事者が事業を営む実態が継続すると考えることができる、と整理することができる」と説明されている。
以上のことからすれば、合併を行う場合において、移転資産等の譲渡損益の計上の繰延べ及び被合併法人の未処理欠損金額の引継ぎを含む従前の課税関係の継続が認められることになる「移転資産に対する支配の継続」とは、被合併法人の営む事業に着目すれば、「合併後も合併法人が被合併法人の事業を営む実態が継続する」ことを意味するということができる。
イ そして、企業グループ内の適格合併（法人税法２条１２号の８イ（完全支配関係適格合併）及びロ（支配関係適格合併））と共同事業を営むための適格合併（同号ハ。共同事業適格合併）のいずれについても、移転資産の対価として株式又は出資以外の資産の交付がされないことが要件とされているところ、これは、これらの交付がされる場合には、その経済実態は通常の売買取引と異なるところがなく、移転資産等に対する支配が継続していないこととなるなど、組織再編成の前後で経済実態に実質的な変更がないとはいえなくなるからであると考えられる。また、上記要件に加えて、共同事業適格合併については共同事業要件（法人税法施行令４条の３第４項各号）が必要とされ、企業グループ内の適格合併についても、完全支配関係がある場合と異なり支配関係があるにすぎない場合には、従業者引継要件及び事業継続要件が必要とされている。この点、従業者引継要件として被合併法人の一定数の従業者が合併後に合併法人の業務に従事することを要求されているのは、事業の遂行に必要な要素である「人」の引継ぎを要件とすることで、合併により移転する資産が「独立した事業単位での移転」であるかどうかを判定しようとするものである。すなわち、合併により被合併法人の一定数の従業者が合併法人に引き継がれる場合は、その合併による資産の移転が「独立した事業単位での移転」であり、単なる「個別の資産の売買取引」ではないといい得ることになる。また、事業継続要件として主要な事業の移転が要求されているのは、合併により移転する資産が「独立した事業単位での移転」であり、かつ、合併前後の「経済実態に実質的な変更がない」ものであるかどうかを判定しようとするものである。すなわち、合併により被合併法人が営んでいた主要な事業が合併法人に引き継がれ、その合併後に引き続きその合併法人において営まれる場合には、その合併による資産の移転が「独立した事業単位での移転」であり、かつ、合併前後の「経済実態に実質的な変更がない」ものであって、単なる「個別の資産の売買取引」ではないといえることになる。
これら法人税法等の規定に加え、前記アの組織再編税制の基本的な考え方における「移転資産等に対する支配が継続している場合」としては、当該移転資産等の果たす機能の面に着目するならば、被合併法人において当該移転資産等を用いて営んでいた事業が合併法人に移転し、その事業が合併後に合併法人において引き続き営まれることが想定されていることからすれば、組織再編税制は、組織再編成による資産の移転を個別の資産の売買取引と区別するために、資産の移転が独立した事業単位で行われること及び組織再編成後も移転した事業が継続することを想定しているものと解される。そして、完全支配関係がある法人間の合併の場合には、経済的、実質的に完全に一体の法人間で合併するものであり、合併による事業の移転及び合併後の事業の継続が当然の前提とされていることから、これを担保する事業継続要件等の要件をあえて設ける必要はないものと考えられるのに対し、支配関係があるにすぎない法人間の合併や共同事業を営むための法人間の合併の場合には、少数株主の持分が存在するため完全支配関係がある場合の合併に比べて法人間の経済的同一性・実質的一体性が希薄であることから、上記の基本的な考え方を踏まえて、従業者引継要件及び事業継続要件等の要件を付加することによって、合併による事業の移転及び合併後の事業の継続を担保しているものと考えられる。このように、組織再編税制は、完全支配関係がある法人間の合併についても、他の２類型の合併と同様、合併による事業の移転及び合併後の事業の継続を想定しているものと解される。
ウ 法人税法５７条１項による欠損金額の繰越控除は、一の法人において、各事業年度の所得によって課税するという法人税の原則を貫くときには、複数の事業年度を通じてみると、税負担が過重になる場合があることを勘案し、当該原則の例外として設けられた制度であり、経理方法に一貫した同一性が継続維持されることを前提として初めて認められるものであって、平成１３年度税制改正前においては、被合併法人が有する欠損金額を合併法人が引き継いで当該合併法人の損金の額に算入することは認められていなかった（最高裁昭和４３年判決参照）。
このように、同項による欠損金額の繰越控除は「事業の継続」に着目して認められたものであるといえるところ、平成１３年度税制改正において、上記のような同項の考え方を前提としつつ、組織再編税制の一環として同条２項が規定されたものであって、合併によって被合併法人は消滅するものの、適格合併は、移転資産等に対する支配が合併後においても実質的に継続するといえることから、同条２項は、これを前提として、移転資産等の譲渡損益に係る取扱いに合わせて、被合併法人の有する未処理欠損金額の合併法人への引継ぎという租税法上の効果を認めたものであり、被合併法人の有する未処理欠損金額の合併法人への引継ぎは、合併前に被合併法人が行っていた事業が合併法人に引き継がれることを前提としているものである。
エ 前記アからウによれば、法人税法５７条２項等（同法８１条の９第２項２号イは、同法５７条２項と趣旨・目的を同じくするものである。）は、完全支配関係適格合併の場合も含めて、合併による事業の移転及び合併後の事業の継続を前提として、被合併法人の有する未処理欠損金額の合併法人への引継ぎを認めたものと解すべきである。
（３）考慮要素①について
ア（ア）前記のとおり、法人税法５７条２項等は、合併による事業の移転及び合併後の事業の継続を前提として、被合併法人の有する未処理欠損金額の合併法人への引継ぎを認めたものと解すべきであるところ、Ｅが本件各合併当時に「事業」を営んでいたか否かは、特段の事情がない限り、法人税法施行規則３条１項１号の判定基準によるべきである。
（イ）そして、Ｅは、事務所等の固定施設を有していたとは認められず（同号イ非該当）、本件ゴルフ場事業等に従事していた従業者はＱに雇用されることとなり、従業者を有していなかったと認められる（同号ロ非該当）。また、本件簿外債務への対応についてはＮやその指定した弁護士が行い、Ｅは遅くとも平成２５年１２月以降、具体的な活動を一切行っていなかったと認められる上、Ｌグループ内においても、Ｅは事業を営んでおらず、実質的に休眠会社であると認識されていたことが認められるから、Ｅは、平成２９年●月●日の本件各合併当時、対価を得て又は対価を得るための活動を継続して行っていたとは認められない（同号ハ非該当）。
したがって、Ｅは、本件各合併当時、「事業」を営んでいたとは認められず、原告は、本件各合併により、Ｅから事業の移転を受けない一方で、本件未処理欠損金額のみを引き継いだことになるのであって、本件各合併は、組織再編税制において想定される事業の移転・継続の実質を備えているということはできない。
イ（ア）原告とＥとの間にはＰによる支配関係があるところ、Ｅは「事業」を営んでおらず、従業者も有していなかったため、原告とＥとが直接合併した場合には、従業者引継要件及び事業継続要件を満たさず、適格合併とはならない（非適格合併となる）ものの、本件優先株式取得及び消却（前提事実（６）ウ）によりＥとＦとの間にはＰによる完全支配関係が形成されたため、ＥとＦとの合併は、被合併法人の株主等に合併法人株式又は合併親法人株式のいずれか一方の株式又は出資以外の資産が交付されないものとの要件（合併対価要件。法人税法２条１２号の８）及び合併前に被合併法人と合併法人との間に同一の者による完全支配関係があり、かつ、当該合併後に当該同一の者と合併法人との間に同一の者による完全支配関係が継続することが見込まれているとの要件（完全支配関係継続要件。法人税法施行令４条の３第２項２号）を満たせば、適格合併として取り扱われるものであったから、両社が合併した上で合併法人であるＦと原告とが支配関係適格合併をすることにより、本来は非適格合併であった原告とＥとの合併が、適格合併として取り扱われる形式を作出することができる環境が整えられることとなった。
（イ）また、Ｌグループは、本件買収の前に、本件分割及び本件株式譲渡を実行すればＭ（Ｅ）に本件未処理欠損金額相当の多額の未処理欠損金額が発生することを容易に認識することができる状況にあった。そして、その後、同グループ内では、原告にＥの繰越欠損金（本件未処理欠損金額）を原告に引き継がせるという最終的な目的を達成するためには、組織再編税制上、原告とＥとが直接合併しても非適格合併として取り扱われることになるため、前提条件としてＰによるＦ株式の保有割合を１００％にした上で、合併法人をＦとし、被合併法人をＥとする合併を行い、その後に合併法人を原告とし、被合併法人をＦとする二段階の合併が必要であることなどが確認され、そのための問題点の洗出しや具体的な手順等が繰り返し検討されていた。
このように、Ｌグループは、本件買収の前にＭ（Ｅ）が税務上多額の含み損を有していることを把握した上で、同社の繰越欠損金の利用が制限される場合について検討するなどしていたところ、遅くとも平成２６年６月以降、Ｌグループ内において、ＰによるＦの株式の保有割合を１００％にした上で二段階の合併を行うことにより、本来は組織再編税制上の非適格合併である原告とＥとの合併が適格合併として取り扱われる形式を作出することで、原告に本件未処理欠損金額を引き継がせるという最終的な目的を達成することができると認識していた。
（ウ）本件合併１及び本件合併２に係る各合併契約は、いずれも平成２８年１２月１４日付けで締結されたが、そのうち本件合併２に係る合併契約においては、本件合併１の効力発生を停止条件として本件合併２の効力が発生するとの合意がされ、本件合併１、本件合併２の順序で合併の効力が発生するものとされたため、その順序に従ってそれぞれ適格判定が行われる状況となった。その結果、本件未処理欠損金額については、本件合併１が完全支配関係適格合併の要件を満たすものとして法人税法５７条２項の規定によりＦへ引き継がれるのと同時に、本件合併２が支配関係適格合併の要件を満たすものとして同法８１条の９第２項２号イの規定により原告に引き継がれる形式が作出された。
（エ）Ｅは、事業を営んでいない休眠会社であったから、原告にとってもＦにとっても、組織再編成による事業の拡大・縮小を行うことに伴う競争力の強化等といった、Ｅを吸収合併する事業上の必要はなく、同社の有する本件未処理欠損金額を引き継ぐという目的と必要のために同社の吸収合併がされたものであり、原告に対する本件未処理欠損金額の引継ぎが実現されないことのほかに、原告とＥとが直接合併することを妨げる事情は見当たらない。そして、本件未処理欠損金額を原告に引き継がせるためには、原告とＥとの合併が適格合併として取り扱われる必要があったところ、原告とＥとが直接合併した場合には、適格合併として取り扱われる余地はなかったため、本件各合併については、原告に対する本件未処理欠損金額の引継ぎを実現させること以外に事業上必要のないＥとＦとの完全支配関係適格合併（本件合併１）を差し挟んだ上で、Ｆと原告とが支配関係適格合併（本件合併２）を行うという、本件各合併を二段階に分けて実行することによって、原告とＥとが直接合併した場合の従業者引継要件及び事業継続要件の欠缺を回避し、同合併が形式上適格合併として取り扱われることを可能にしたものと評価することができる。
（オ）以上を踏まえると、本件各合併は、Ｅの繰越欠損金を最終的に原告に引き継がせるための具体的な手順等をＬグループ内において繰り返し検討した上で、原告を含む関係法人が、原告に本件未処理欠損金額を引き継がせること以外に事業上の必要性のない本件合併１を同日に差し挟んだ上で、本件合併２を行い、本件各合併を二段階に分けて実行するというあえてう遠な手順や方法をとることにより、本来は組織再編税制上の非適格合併である原告とＥとの合併が適格合併として取り扱われるという形式をあえて作出したもの（適格作り）ということができる。
ウ したがって、本件各合併は、通常は想定されない組織再編成の手順や方法に基づくものであり、実態としては、事業の移転・継続を伴わないものである以上、実態とは乖離した適格合併の形式を作出するものであって、明らかに不自然なものである。
（４）考慮要素②について
ア 前記（３）イのような本件各合併に至る経緯からすると、本件各合併の目的は、本件未処理欠損金額を原告に引き継がせることにより、原告の税負担を減少させることであったと認められる。
そして、以下のとおり、本件各合併は、原告に本件未処理欠損金額を引き継がせることにより原告の税負担を減少させること以外に、本件各合併を二段階で行うことの合理的な理由となる事業目的その他の事由があったとは認められない。
イ（ア）すなわち、本件各合併当時、Ｅは全く事業を営んでいなかったから、本件未処理欠損金額の引継ぎを除けば、Ｅを被合併法人とする吸収合併を行うことには、Ｅが存続することによる諸経費の支出を削減すること以外に合理的な目的を見いだせないところ、Ｌグループにおける組織再編成の検討の状況からすれば、本件各合併の目的の最優先事項が原告の税負担の減少にあり、事務の効率化の効果は数値化することのできない、又は数値化する必要もない程度に微々たるものにとどまり、本件各合併の目的としては極めて薄弱であるといえるから、本件各合併の目的が専ら「被合併法人の繰越欠損金を引継ぐことによる税金費用の削減」（乙５２）にあったことは明らかである。
（イ）この点、本件各合併を決議した合併当事者６社の株主総会決議では、本件各合併の目的が「事務管理費の削減と経営効率の向上を図るため」とされていた（甲３０～３５）が、合併に伴い法人数が削減されることにより事務管理費の削減や経営効率の向上が図られることは、合併に伴い必ず生じる効果であるから、仮に、合併に伴い必ず生じる事務管理費の削減等を他の目的と併存し、又は他の目的を上回る合併の重要な目的であると評価し、これを重視したり、強調したりするのであれば、法人税法１３２条の２が死文化してしまうこととなるから、同条所定の不当性要件の該当性を検討する上では、その効果が数値などに基づいて具体的に検討され、相当の削減が見込まれる場合等の事案でなければ、これを当該合併における重要な事業目的と評価することは相当でない。
これを本件各合併についてみると、買収によるスケールメリットの追求と徹底した経営効率化の推進により収益を生み出すというＬグループ全体のビジネスモデルは、本件各合併における事業目的の有無を検討するに当たっての一事情にすぎない。特に、本件各合併における事業目的の有無の検討に当たっては、本件合併１をした上で本件合併２をするという二段階に分けて本件各合併を行うことの事業目的の有無を検討する必要があるところ、そもそも、事務管理費の削減と経営効率の向上を図るという目的を達成するだけであれば、本件各合併を二段階に分けて実行する必要はない。また、Ｌグループ内では、Ｅの繰越欠損金を原告に引き継がせるための問題点の洗出しや具体的な手順等が繰り返し検討され、本件未処理欠損金額の引継ぎによる原告の税負担の減少については数値を踏まえた検討がされていたが、本件各合併による事務管理費の削減と経営効率の数値効果が具体的に検討された形跡はない。そうすると、上記のＬグループ全体のビジネスモデルを踏まえても、Ｅを吸収合併により消滅させるために、二段階に分けて本件各合併を実行した合理的な理由となる事業目的その他の事由は見いだせない。
ウ 前記ア、イのとおり、本件各合併の最終的な目的は、Ｅの繰越欠損金（本件未処理欠損金額）を原告に引き継がせることにより、原告の税負担を減少させることにあったと認められる。そして、本件未処理欠損金額が最終的に原告に引き継がれることにより減少する原告の法人税額は、本件連結事業年度だけでも１３億５２８６万７９００円に上る。
これに対し、事業を営んでいなかったＥの平成２４年１２月期以降の損益計算書に計上されている費用等の額は、事業税等を含めても多い期で３０万円程度であったことからすれば、Ｅを吸収合併することによる「事務管理費の削減」の効果は極めて限定的であったと認められる。
そうすると、本件各合併を決議した合併当事者６社の全ての株主総会決議などにおいて、本件各合併の目的が「事務管理費の削減と経営効率の向上を図るため」とされていたことを踏まえても、本件各合併に関する行為又は計算の不自然さの程度との比較や税負担の減少目的と事業目的との主従関係等に鑑みれば、本件各合併の目的は専ら税負担の減少であり、本件各合併に関する行為・計算の合理性を説明するに足りる程度の事業目的その他の事由が存在するとは認められない。
（５）以上のとおり、本件各合併は、①通常は想定されない組織再編成の手順や方法に基づいたり、実態とは乖離した形式を作出したりするなど、不自然なものであり、②税負担の減少以外に合理的な理由となる事業目的その他の事由が存在しないから、組織再編成を利用して税負担を減少させることを意図し、組織再編税制に係る各規定の本来の趣旨及び目的から逸脱する態様でその適用を受けるものと認められ、「組織再編税制に係る各規定を租税回避の手段として濫用することにより法人税の負担を減少させるもの」といえるから、不当性要件に該当する。
したがって、処分行政庁が、法人税法１３２条の２に基づき、本件各合併を否認し、本件未処理欠損金額に相当する金額を本件連結事業年度の連結所得の金額の計算上、損金の額に算入しないものとしたことは正当であり、かかる判断を前提にした本件各更正処分等は、いずれも適法である。
（６）原告の主張に対する反論
ア 国税庁が公表している「三社合併における適格判定について（照会）」と題する文書回答事例（甲４９、乙６４。本件文書回答事例）は、個々の合併に順序が付されているときは、その順序に従って個々の合併に対する適格判定を行う旨の見解を示したものにすぎず、これに従った三社合併であれば、すべからく「通常は想定されない組織再編成の手順や方法」に該当せず、法人税法１３２条の２が適用されることはないとの見解を示したものではないのであって、あえて順序を付して複数の合併を行うことにより、本来は非適格組織再編成（非適格合併）であるものが適格組織再編成（適格合併）とされ（適格作り）、法人の税負担が減少した場合には、法人税法１３２条の２の不当性要件を満たすことはあり得る。
被告は、本件各合併当時、Ｅが「事業」を営んでいたとは認められないことや、原告とＥとが直接合併するに当たり、原告に対する本件未処理欠損金額の引継ぎが実現されないことのほかにこれを妨げる事情が見当たらないことなどの具体的な事実関係を踏まえ、本件各合併は「通常は想定されない組織再編成の手順や方法に基づいたり、実態とは乖離した形式を作出したりするなど、不自然なものである」と主張しているのであって、単に、本件各合併が二段階に分けて実行された部分のみを取り上げて「不自然なものである」と主張しているのではない。
イ 平成２２年度税制改正について
平成２２年度税制改正は、適格合併が行われた場合に、合併による事業の移転及び合併後の事業の継続を想定して被合併法人の有する未処理欠損金額の合併法人への引継ぎを認める法人税法５７条２項等の趣旨及び目的に影響を及ぼすものではない。
ウ Ｌグループの本件ビジネスモデルについて
原告は、本件各合併は、Ｌグループの本件ビジネスモデルに基づき、６社の合併を行うという事業目的を達成するために、一連の組織再編成の最終形態を実現させる上で必要不可欠な行為のみを行ったものである旨主張するが、あえて本件合併１を行わずとも、原告とＥを直接合併させることにより、当該目的を達成することは可能である。
また、本件合併１を行わなくとも、本件合併２における被合併法人にＥを追加するだけで原告の主張する「最終形態」を実現することが可能であるから、本件各合併を二段階に分けて実行することが「一連の組織再編成の最終形態を実現させる上で必要不可欠な行為」であるとは認められない。
したがって、本件ビジネスモデルは、本件各合併をあえて本件合併１及び本件合併２の二段階に分けて実行する合理的な理由とはならない。
エ 本件各合併における合併比率の計算等に関して
原告は、本件各合併を二段階に分けて実行することには合併事務手続を煩雑化させないなどの事業上の必要性が存在した旨主張するが、Ｌグループにおける組織再編成に係る検討過程において、株式の割当ての関係で合併事務が煩雑とならないようにすることを検討していた形跡は全く見受けられず、原告の上記主張は、本件各合併の不自然性を指摘されて後付けで考え出された可能性がある。
この点を措くとしても、原告とＥとの合併比率についても、何ら煩雑なものではない原告とＦとの合併比率の計算（乙７５）と同様に計算すればよいだけのことであるから、合併比率の計算が煩雑なものであったとは認められない。また、合併対価である原告の株式の割当てについても、原告は株券不発行会社であるから、会社法所定の手続を経た上で、合併の効力発生日にＥ及びＦの株主であり、原告と同じくＬグループの一法人であるＰに対して原告の株式を割り当てれば足りるから、ＦとＥの２社分の株式の割当てをすることは、Ｆの１社分の株式の割当てをすることに比べ、それほど事務手続を煩雑にするものとは考えられない。
そして、Ｌグループが、従前から組織再編成を繰り返し行っており、合併に係る手続について十分な知識と経験を有していることや、本件各合併を二段階で行うことにより、２通の合併契約書を作成するなどの手続が発生することも踏まえれば、ＦとＥの２社分の株式について原告の株式をＰに割り当てて吸収合併を１回にまとめて行う場合とＦの１社分の株式について原告の株式をＰに割り当てて吸収合併を２回に分けて行う場合とを比較して、事務手続上に有意な差があるとは認められない。
したがって、本件各合併における合併比率の計算等は、本件各合併を二段階に分けて実行する合理的な理由となるものではない。
オ Ｔが原告の株式の一部を保有していることに関して
原告は、原告が本件簿外債務のリスクを抱えているＥを単体で吸収合併する場合には、Ｔが難色を示す可能性があり、保有する株式の議決権の有無や持分割合にかかわらず、吸収合併等に対する差止請求（会社法７９６条の２）や株式買取請求（同法７９７条）を行い得る同社には配慮しなければならなかったから、比較の問題として本件合併１を先行させる方が経済合理性を有する選択肢であった旨主張する。
しかしながら、Ｌグループにおける組織再編成に係る検討過程において、Ｔが難色を示さない円滑な合併が事業上必要である等として検討されていた形跡は全く見受けられず、上記主張は、本件各合併の不自然性を指摘されて後付けで考え出された可能性があるし、本件合併１を先行させたとしても、本件合併１の効力発生を停止条件として本件合併２の効力が発生するものとされており、同じ日に原告がＥを吸収合併することに変わりはなく、Ｔが原告とＥとの合併に難色を示す可能性があったとしても、そのことは、本件各合併を二段階に分けて実行する合理的な理由となるものではない。
これらの点を措くとしても、議決権がない上に持分割合が極めて少ない株主であるＴが、Ｌグループにおける組織再編成に反対するなど原告が主張する事態が起こることは通常想定されない上、そのことが原告とＥとが直接合併することの障害になり得るものであったとは考えられない。
したがって、Ｔが原告の株式の一部を保有していることは、本件各合併を二段階に分けて実行する合理的な理由とはならない。
カ 形式と実態には乖離がない旨の原告の主張に関して
原告は、本件各合併は、一連の組織再編成の最終形態を実現させる上で必要不可欠な行為のみを行ったものであり、本件各合併の前後で合併の当事者である６社の経済実態には何ら実質的な変更がなく、合併の順序のいかんにかかわらず、「形式」も「実態」も原告を合併法人として６社が合併するというものであって、「形式」と「実態」の間には何らの乖離もない旨主張する。
前記のとおり、本件合併１を差し挟まなかったとしても、本件合併２における被合併法人にＥを追加するだけでかかる「最終形態」を実現することは可能であるから、原告は、Ｅが有していた本件未処理欠損金額を原告に引き継がせることを最終的な目的として、上記「最終形態」を達成する上で全く必要のない本件合併１を差し挟むことにより、本来は組織再編税制上の非適格合併である原告とＥとの合併が適格合併となる形式を作出し、法人税の負担を減少させる結果をもたらしたのであって、本件各合併は、「実態」としては非適格合併であるＥと原告との合併を、「形式」としては適格合併である合併として取り扱われる手順や方法を作出したものというべきである。
（原告の主張）
（１）不当性要件の判断枠組み
不当性要件の該当性を判断するに当たり、最高裁平成２８年判決が示した判断枠組みに従い、「当該法人の行為又は計算が、通常は想定されない組織再編成の手順や方法に基づいたり、実態とは乖離した形式を作出したりするなど、不自然なものであるかどうか」（考慮事情①）や「税負担の減少以外にそのような行為又は計算を行うことの合理的な理由となる事業目的その他の事由が存在するかどうか」（考慮事情②）等の事情を適切に考慮する必要はあるものの、同判決からすれば、最終的には、当該行為又は計算が、組織再編税制に係る各規定の本来の趣旨及び目的から逸脱する態様でその適用を受けるもの又は免れるものと認められるか否かという観点から不当性要件の該当性を判断すべきである。
（２）法人税法５７条２項等の趣旨・目的について
本件各合併が不当性要件に該当するか否かは、組織再編税制が、組織再編成の前後で「経済実態に実質的な変更がない」場合には課税関係を継続させるという基本的な考え方に基づいて創設された制度であることに照らし、最終的には、本件各合併が合併の前後で「経済実態に実質的な変更がない」ものについて課税関係を引き継がせるという法人税法２条１２号の８及び同法５７条２項等の本来の趣旨及び目的から逸脱する態様でその適用を受けるもの又は免れるものと認められるか否かという観点から判断すべきである。
そして、平成１３年度税制改正による組織再編税制創設時の上記基本的な考え方に照らし、完全支配関係適格合併についても何らかの意味において合併による「事業」の移転・継続がなされることが求められていたと考えられるが、完全支配関係適格合併には「事業」の移転・継続の必要性を具現化する要件があえて設けられなかったことに照らし、完全支配関係適格合併において移転・継続が求められていた「事業」とは、組織再編成の前後で経済実態に実質的な変更がなく、移転資産等に対する支配が継続しているといえる程度に何らかの業務が継続していれば足りると解すべきである。もっとも、平成２２年度税制改正により、組織再編税制の創設時に根底に置かれていた「事業」の移転・継続を求めるという考え方は後景へと退き、組織再編税制の各規定の趣旨及び目的は大きく変化したというべきであるから、同税制改正後の法人税法２条１２号の８及び同法５７条２項等の本来の趣旨及び目的は、合併による「事業」の移転及び合併後の「事業」の継続の有無を問わず、合併の前後で「経済実態に実質的な変更がない」と認められる限り、被合併法人の合併前の課税関係を合併後の合併法人に引き継がせ、被合併法人の未処理欠損金額を合併法人に引き継がせる点にあると解すべきである。
（３）考慮事情①について
ア 組織再編税制に当たっては、複数の法人を被合併法人とする吸収合併が同日に行われる場合があるが、会社法上３社以上を同時に合併させる場合には、複数の合併を同日に行うものと解されており、そのような３社以上の合併（三社合併）を行うに当たっては、当事者が個々の合併に自由に順位を付することができる。そして、複数の吸収合併を行う際に、互いの吸収合併の効力発生に条件や順位を付けることは、極めて一般的な方法であり、実務上も行われているところ、一般的には、第一合併の効力発生を第二合併の実施に係る停止条件とすることにより、第一合併の効力発生がないと第二合併の効力が発生しないような契約内容とするという手法が採られている。税制上も、かかる私法上の取扱いに合わせて個々の合併について適格判定を行うものとされており、三社合併に係る個々の合併に順序が付された場合も、私法上の効力発生順序どおりに合併が行われたものとして、それぞれの合併について適格判定を行うものとされており、このことについては、国税庁も本件文書回答事例（甲４９、乙６４）において明確に認めている。
したがって、二段階で行うことを含め、条件及び順位を付けて複数の吸収合併を行うことは、会社法上及び税法上認められた極めて一般的な手順・方法といえる。
イ 前記アのとおり、複数の合併に条件や順位を付けることは全く問題なく認められており、複数の実例も存在するところ、Ｌグループがグループ会社６社による本件各合併を行うに当たり、原告にはＴという外部株主が存在していた。そのため、原告を合併法人とし、Ｆ及びＥを被合併法人とする吸収合併を行う場合には、原告とＦとの合併比率及び原告とＥとの合併比率をそれぞれ計算した上で、Ｐに対し、ＦとＥの２社分の株式について、原告の株式を割り当てることが必要となるところ、Ｋの１００％子会社（孫会社）であり外部株主が存在しないＥとＦとの合併を第一合併として先行させ、同日、第一合併の効力発生を停止条件とする第二合併として原告とその１００％子会社３社及び第一合併後のＦとを合併させれば、Ｆの１社分の株式についてのみ原告の株式を割り当てれば足りることとなる。また、少数株主であっても、吸収合併等に対する差止請求（会社法７９６条の２）や株式買取請求（同法７９７条）を行い得るのであり、保有する株式の議決権の有無や持分割合等にかかわらず、実務上は少数株主の意向に注意を払いながら組織再編成が行われているところ、本件合併１を先行させる場合との比較の問題として、Ｅは本件簿外債務リスクを管理する事業を行っていたため、原告がＥのみを吸収合併することについては、外部株主であるＴが同社にとって経済合理性を欠くとして難色を示す可能性があると想定されたことから、ゴルフ事業を営み収益力を有するＦとＥを先に合併させた上で、原告との合併を行うことが適当と考えられた。
そこで、原告は、経済合理性及び合併の円滑化の観点から、合併事務手続が煩雑となる上に円滑に合併が行えないリスクもある手順・方法（Ｅ及びＦらの直接吸収合併）を採用することはせず、合併事務手続が比較的簡素であり円滑な合併が可能となる手順・方法である、本件各合併を本件合併１及び２という二段階のものとして行うという方法を採用した。
なお、本件各合併を二段階のものとして行うという方法を採用するに当たり、Ｔの存在のほか、本件未処理欠損金額の存在を念頭に置き、当該金額に係る税法上の取扱いを重要な要素として考慮したことを否定するものではないが、かかる考慮は、複数考えられる合併方法の選択肢の中から最も合理的な方法を選択するに当たって企業として当然行わなければならない合理的な「節税」行為であり、何ら非難されるべきものではない。
ウ また、本件各合併の最終形態は、原告以外の合併当事者５社を吸収合併した原告のみが存続するというものであるところ、かかる最終形態は、本件合併１及び本件合併２の双方を行ったことで実現されたものであり、仮に本件合併２のみが行われていたとすれば、上記の最終形態はもたらされず、原告を合併法人とし、原告以外の合併当事者５社を被合併法人とする６社の合併を行うという事業目的を達成することも不可能であったのであり、本件各合併は、本件ビジネスモデルに基づき６社の合併を行うという事業目的を達成するために必要不可欠な行為のみを行ったものである。すなわち、本件においては、合併の前後で合併の当事者である６社の経済実態には何ら実質的な変更がなく、合併の順序のいかんにかかわらず、「形式」は原告を合併法人として６社が合併するというものであり、「実態」もまた原告を合併法人として６社が合併するというものなのであって、「形式」と「実態」の間には何らの乖離もなく、本件各合併は、不自然なものではない。
エ Ｅら５社を最終的に吸収合併しようとしていた原告としては、一挙に５社を吸収合併する方法、５社のうちの一部を先行して合併させ、当該第一合併の効力発生を停止条件として第二合併を行う方法、さらには合併を３段階以上に分けて行う方法など、様々な選択肢を有していることになる。加えて、合併を二段階以上に分けて行う場合に、第一合併の当事者としてどの会社を選択するかについても、原告ら当事者が自らの判断で決定すべき事項である。すなわち、原告は、本来は１回で行われるべき合併を２回に分けたということにはならず、５回の合併をどのような手順で行うかについて複数の選択肢がある中で、本件合併１及び２を行うという選択肢を選んだということになるが、営利法人である株式会社として最も合理的な方法を選択するに当たって、税法上の取扱いを重要な要素として考慮することは当然の「節税」行為であり、何ら非難されるような不自然な行為ではない。むしろ、このような選択肢の中から、あえて税法上不利益となる選択をすることは、場合によっては取締役の善管注意義務違反を問われる事態すら招きかねない不自然・不合理な行為といえる。
オ 以上からすれば、原告が、外部株主の存在しないＥとＦとの合併を第一合併として先行させ、第二合併として外部株主の存在していた原告とその１００％子会社３社及び第一合併後のＦとを合併させることにより、合併手続の簡素化及び円滑化を図るとともに、本件未処理欠損金額の存在及び法人税法５７条２項の適用も意識しつつ、本件合併を二段階のものとして順位を付して行ったことは、上記５社を吸収合併する手続の簡素化及び円滑化並びに税法上の取扱い全ての考慮要素において、最も合理的かつ自然な選択肢であったのであり、およそ、「通常は想定されない組織再編成の手順や方法に基づいたり、実態とは乖離した形式を作出したりするなど、不自然なものである」と評価され得るものではない。
（４）考慮事情②について
ア（ア）Ｌグループのビジネスモデル（本件ビジネスモデル）の柱の一つは、買収によって規模を拡大させるというスケールメリットの追求であり、スケールメリットが生み出した豊富な資金力を生かしてサービスの質を向上させ、大規模なゴルフ場チェーンを展開することにより得られる多数の顧客のニーズや来場傾向といった有益な情報を活用して最適な価格設定を行い、単体で運営されるゴルフ場では提供することのできない価値を顧客に提供するなどして、集客力を高めているのであって、買収による規模の拡大は、Ｌグループの成長の要となるものである。
そして、本件ビジネスモデルのもう一つの柱は、グループ内における合併による法人数の削減等を通じた経営の効率化である。すなわち、Ｌグループは、買収による規模の拡大と合併による法人数の削減等を通じた経営効率化を車の両輪として成長してきたのであり、本件各合併も、このような本件ビジネスモデルに基づく経営効率化策の一環として行われたものにほかならない。
上記のとおり、Ｌグループは、ゴルフ場運営法人の買収により規模を拡大し、徹底してスケールメリットを追求してきたが、それと同時に、経費削減策の一環として、買収により増え続ける子会社の数を合併により削減することなどにより、徹底した経営効率化を追求し続けてきたのであり、特段の必要性がない限り、買収した法人は適宜の段階で既存のグループ内法人と合併させて法人数を削減することが既定路線であり、新たに買収したどの法人をどの時点でどの既存法人と合併させるかという手続面の検討がされることはあっても、個々の合併によりどのような面においてどの程度経営が効率化され、どの程度の事務管理費が削減されるかということについて、あえて具体的に取り上げて検討がなされることは稀であった。なぜならば、経済的効果の程度は事案により異なるとはいえ、合併を行わない場合と比べ、合併を行って法人数を削減することが経営効率化に資する方向に働くことは明らかである以上、合併を行わない理由はなく、あえて手数や人件費等のコストをかけて、当該合併がどの程度の事務管理費の削減につながるか等を逐一検討すること自体、非効率であり無駄というほかないからである。
このように、Ｌグループにおいては、買収したゴルフ場運営法人について、特別な事情がない限り、例外なく合併の対象とすることにより本件ビジネスモデルを実践し、そのような合併の積み重ねにより、徹底的に効率化された経営を行っていくことこそが極めて重要であった。
実際に、Ｌグループは、本件各合併の１０年以上前から、買収によってＰの子会社数がある程度溜まる都度、グループ内での吸収合併を繰り返し、最終的には原告にこれらの会社を吸収合併させることによって、ゴルフ場の保有機能を原告に集約させつつ、Ｐの子会社の数を削減するための合併を繰り返しており、また、当該法人がゴルフ場事業を営んでいるか否かに関わらず、グループ内での合併を繰り返している。このような方針に従ってグループ内での吸収合併が繰り返された結果、原告には延べ５３社ものゴルフ場保有子会社が吸収合併され、Ｌグループの子会社数は１０社（令和３年３月１日時点）に止まっており、これにより経営の効率化が確保されている。そして、平成１８年から令和元年の約１５年間で、Ｌグループの経理・財務部員は、僅か３分の１にまで減少しているし、Ｌグループの法人数も、３分の１以下にまで減少しているのであって、Ｌグループの事業モデルは、多数のゴルフ場運営会社を買収した後、グループ内で吸収合併させることによって法人数を減少させ、経理・財務業務等の管理業務の事務管理費を削減し、経営効率の向上を図るものであることが明確である。また、Ｌグループにおける監査報酬・税理士報酬の累計削減金額は、上記約１５年間で７７３４万円に達しているのであって、これも、Ｌグループにおいては、監査業務・税理士業務の対象となる法人数を減少させることで、監査報酬・税理士報酬を削減し、経営効率の向上を図ってきたことを示すものである。
そのほかにも、機動的な意思決定が可能になること、取締役会や株主総会の開催、各議事録作成、決算公告など会社法上の各種手続を始めとする様々な事務手続への対応が不要になることなど、容易に数値化しづらい様々な経営効率化効果がもたらされることになる。
実際、Ｌグループにおいては、合併に伴って被合併法人から合併法人へ未処理欠損金額は引き継がれず、特段の節税効果は見込まれない案件においても合併が行われており、節税効果があるか否かを問わず、本件ビジネスモデルの実践として、合併を繰り返してきた。
すなわち、本件各合併も、Ｌグループが繰り返してきた他の合併と同様、本件ビジネスモデルの一環として、節税効果の有無に関わらず必ず行われることとなっていたはずの合併なのである。
（イ）そして、合併による法人数削減が繰り返される中、本件各合併により存続会社となった原告に最終的に吸収された５社のうち、Ｅ以外の４社は、いずれも優良なゴルフ場を保有しゴルフ場事業を営む会社であり、これらの法人をあえて存続させておく特段の必要性はみられなかったため、前述のとおり繰り返されてきた組織再編成の一環として平成２９年に行われた本件各合併により、原告が存続会社として最終的に吸収するものとされた。
また、Ｅは、本件簿外債務に係るリスク管理に係る業務を行う会社であり、平成２１年７月●日に本件分割が行われた時点においては、本件簿外債務に係るリスクをＬグループ全体から可及的に切り離すという役割を担っており、実際に債権者と称する者への対応を行っていたため、法人として残しておくべき特段の必要性があったものの、平成２２年１０月頃以降は債権者と称する者からの接触がない状況が続いており、本件分割から７年以上が経過した平成２９年２月時点においては、本件簿外債務に係るリスクが顕在化する可能性は、既存法人との合併により当該リスクをＬグループ全体が引き受けることとなったとしても支障がないと考えられる程度にまで低減していたため、あえてＥを既存法人と合併させずに残しておくべき特段の必要性は見いだし難くなっていた。そのため、Ｅも、Ｌグループがかねてから繰り返してきた組織再編成の一環として平成２９年に行われた本件各合併により、吸収するものとされた。
このように、本件各合併は、Ｌグループが本件ビジネスモデルに基づき繰り返し行ってきたグループ内の合併の一つにほかならない。
（ウ）また、本件各合併の目的がＬグループの本件ビジネスモデルに基づく経費削減及び経営効率向上にあったことは、本件合併当事者６社の全ての株主総会において、本件各合併の目的は「事務管理費の削減と経営効率の向上を図るため」であるとして本件各合併が決議されていることや、本件各合併を行うことが決議されたＫの取締役会議事録（甲４３）における本件各合併の目的も、Ｆ、Ｅ及び原告の取締役決定書（甲４０～４２）における本件合併１及び２の目的も、同様に記載されている一方、本件未処理欠損金額の引継ぎについては一切言及されていないことからも裏付けられている。
なお、原告は、本件各合併の具体的な手順・方法を検討するに当たり、本件未処理欠損金額の存在及び法人税法５７条２項の規定が念頭にあったことを否定するものではないが、これらは本件各合併の具体的な手順・方法を決定する上での考慮事情の一つであって、本件各合併を行う目的ではない。そして、本件ビジネスモデルの実践のため、いつ、どのグループ会社を対象とし、どのような手順・方法で合併を行うかという具体的な事項を検討するに当たって、重要な考慮要素の一つとして税法上の取扱いを検討することは、会社として当然かつ合理的で健全な行動であり、まさに税法が予定する節税の範ちゅうの行為である。
（エ）以上のとおり、本件各合併は、本件ビジネスモデルを貫徹し例外なく実践していくというＬグループにとって最も大切な意義を有する行為として行われたものであるから、具体的にどれだけの事務管理費が削減できたかを問うまでもなく、「合理的な理由となる事業目的その他の事由」が存在することが明らかである。
イ また、前述のとおり、会社法上も税法上も、複数の合併を同日に行いつつ、これらに順位を付けて、当該順位に従って個々の合併について適格判定を行うということは全く問題なく認められているところ、複数の選択肢の中から一つの手順・方法を選択するに当たり、ある選択肢を選択すれば、僅かでも事務手続が簡素化でき、また外部株主に反対されるリスクを回避できると考えられるものを選択することが合理的かつ自然であり、本件各合併が二段階のものとして行われた背景には、原告にＴという外部株主が存在したことに伴い、合併事務手続の煩雑化を回避するとともに、同社がＥのみの吸収合併に難色を示す可能性を想定しておく必要があるという事情が存在したのであるから、二段階のものとして行われたということについて、「税負担の減少以外にそれを行うことの合理的な理由となる事業目的その他の事由が存在する」ことは明らかである。
（５）以上のとおり、本件各合併は、Ｌグループのビジネスモデルに基づく正当なビジネス上の行為であり、およそ、組織再編税制に係る各規定を租税回避の手段として濫用するものではない。本件簿外債務に係るリスクを管理することによって上記リスクがＬグループ全体に及ぼす影響を可及的に遮断する役割を担っていたという合併前のＥ（被合併法人）の経済実態は、同社が行っていたことを「事業」と呼ぶかどうかを問わず、何らの変更も加えられないまま、本件各合併によりＦから原告（合併法人）へと順次引き継がれており、本件各合併の前後において「経済実態に実質的な変更がない」ことに何らの疑義もないのであるから、本件各合併における被合併法人の未処理欠損金額を合併法人に引き継がせることは、正に法人税法５７条２項等の本来の趣旨及び目的に沿うものである。
したがって、本件各合併は、組織再編税制に係る各規定を租税回避の手段として濫用することにより法人税の負担を減少させるものではなく、不当性要件に該当しない。
（６）被告の主張に対する反論
ア 二段階合併することに事務手続上有意な差はない旨の主張及びＴに反対される可能性について
被告は、原告が直接Ｅを合併することと二段階合併とすることとの間には、事務手続上有意な差があるとは考えられないなどと主張するが、複数の選択肢の中から一つの手順・方法を選択するに当たり、わずかでも事務手続が簡素化でき、外部株主に反対されるリスクを回避できる選択肢を選択することが合理的かつ自然であるから、簡素化できる事務手続の分量がどの程度のものかということや、実際に外部株主に反対される可能性がどの程度あるかということは全く問題とならないのであって、被告の上記主張は、失当である。
イ 本件各合併の主目的は税負担の減少にあった旨の被告の主張について
被告は、Ｅと他の法人を合併させてもＬグループの「スケールメリット」や「経営効率化」に資するものでなく、Ｅを吸収合併することによる「事務管理費の削減」の効果は極めて限定的であったなどと主張する。
しかしながら、前記のとおり、Ｌグループにおいては、個々の組織再編成において具体的にどれだけの事務管理費が削減でき、どれだけの経営効率化につながるかという個別具体的事情はさほど重要ではなく、買収したゴルフ場運営法人について、特別な事情がない限り、例外なく合併の対象とすることによりビジネスモデルを実践し、そのような合併の積み重ねにより、徹底的に効率化された経営を行っていくこと自体が極めて重要なのであるから、Ｅの合併により具体的に削減できた事務管理費の多寡は、考慮事情②の判断に影響するものではない。
第３ 当裁判所の判断
当裁判所は、本件各合併は、法人税法１３２条の２にいう「法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるもの」に該当するとはいえず、これに該当することを前提に行われた本件各更正処分等は違法であり、原告の請求はいずれも理由があるものと判断する。その理由は、以下のとおりである。
１ 認定事実
前提事実及び当事者間に争いがない事実に加え、掲記の各証拠及び弁論の全趣旨を総合すると、次の事実が認められ、この認定を左右するに足りる的確な証拠はない。
（１）Ｌグループのビジネスモデル等（甲８、６６、１０５、１１０、前提事実（２）、弁論の全趣旨）
ア Ｌグループにおいては、経営危機に陥るなどしたゴルフ場運営法人を買収して規模を拡大させ、多数のゴルフ場を本部で集中管理し、ゴルフ用品等を一括購入するなどしてスケールメリットを追求するとともに、買収により増え続ける子会社の数を合併により削減することにより、経営の合理化・効率化を追求するというビジネスモデル（本件ビジネスモデル）の下、事業を営んでいる。
なお、ここでいう経営の合理化・効率化とは、単に、一括購入による調達費用の削減や税務申告コストの削減等にとどまらず、経営に係る意思決定や監査の迅速化・合理化・効率化を包含するものである。
イ Ｌグループは、本件ビジネスモデルに基づき、本件各合併の１０年以上前から、買収によってＰの子会社の数がある程度増える都度、グループ内での吸収合併を繰り返し、最終的には原告にこれらの会社を吸収合併させることによって、ゴルフ場の保有機能を原告に集約させつつ、Ｐの子会社の数を削減するための合併を繰り返していた。このような合併に当たり、ゴルフ場事業を営んでいない法人も合併の対象となったほか、合併に伴って被合併法人から合併法人へ未処理欠損金額が引き継がれない合併も複数あった。
こうして買収と吸収合併が繰り返された結果、平成１７年から本件各合併の日（効力発生日）の前年である平成２８年までの間に、Ｌグループでは、合計４６の法人を取得又は設立する一方、合計５３ものゴルフ場保有子会社等が吸収合併され（他に、他社に売却した法人が１社）、毎年末のグループ内の法人数は、平成１８年末の３６をピークに、おおむね右肩下がりに減少し、平成２８年末の時点では１５であった。
なお、平成２９年から令和５年までの間でみると、取得した法人数は１４、吸収合併された法人数は２１であり、令和５年末の時点におけるグループ内の法人数は、８であった。
また、本件記録上、平成１７年から令和５年までの間に、Ｌグループ内の法人について、清算が行われたことはうかがわれない。
ウ 平成１８年から令和元年の約１５年間で、Ｌグループの経理・財務部員及び法人数は、それぞれ３分の１程度に減少し、また、同グループにおける監査報酬・税理士報酬の累計削減金額は、上記約１５年間で７７３４万円であった。
（２）本件買収等
ア Ｍら３社が買収対象となった経緯
（ア）Ｎ及び同社の関係会社は、平成１９年３月頃、Ｍ、Ｏ、Ｈ等のゴルフ場運営会社６社を保有していた。
（イ）Ｎは、Ｌグループに対し、前記（ア）のゴルフ場運営会社６社の買収を打診し、これを受けたＰは、平成１９年６月７日付けで、上記６社の買収に係る提案書を提出し、当該買収に係る協議が開始された。
Ｐは、平成２０年８月４日付けで、Ｎに対して前記（ア）の６社のうち５社の買収に係る意向表明書を提出し、Ｎから当該ゴルフ場運営会社に関する様々な資料の開示を受けるなどし、本件ビジネスモデルの下、継続的に行っているゴルフ場運営会社買収案件の一つとして、当該買収を行うことの適否について検討を進めた。
なお、この時点では、本件簿外債務の存在は判明していなかった。（甲９２、９３、１０５、弁論の全趣旨）
（ウ）その後、ＬグループとＮとの間では、Ｎからの要請により、Ｍ、Ｏ及びＨの３社の買収が検討されることとなった。（甲１０５）
イ 本件買収における本件簿外債務に係るリスクをＮに負わせることの検討状況（ア）Ｌグループは、前記ア（ウ）の３社の買収の適否を検討するに当たり、Ｎから様々な資料の開示を受け、検討を進めたところ、とりわけ、Ｍについては、Ｌグループが過去に買収した他のゴルフ場運営会社と比較しても、優良と評価できる額の売上げ及び利益を生み出すことが見込まれるものと判断した。そのため、Ｌグループは、Ｍを主たる買収対象として、上記３社の買収に係る検討を具体的に進めることとした。（甲１０５）
（イ）他方で、Ｌグループは、前記（ア）で開示を受けた資料により、本件簿外債務の存在を把握したが、その時点においては判明していない乙による不正行為が新たに判明するなどの不測の事態が起こる可能性があるのではないかと考えた。また、当該開示資料の中に、Ｍが、平成１９年度、乙の不正行為に関連して、債権者との間の訴訟和解金及び弁護士費用等として約２億４０００万円の「その他特別損失」を計上していたことを示す資料も含まれていたことから、Ｌグループは、当該金額は想定されたＭの売上額等と比較して大きいものと評価して、本件買収の適否を検討するに当たり、本件簿外債務に係るリスクの存在を重大な懸念事項として捉え、何らかのリスク低減策が講じられない限り、本件買収を実行することはできないと考えた。上記リスクとしては、具体的には、本件買収後に本件簿外債務が顕在化した場合には、債権者からのゴルフ場敷地の差押え等により、Ｍのゴルフ場事業がＬグループから流出する可能性等を懸念していた。（甲９４、９５、１０５）
（ウ）そこで、Ｐは、平成２０年１１月１１日付けで、Ｎに対し、Ｍ及びＯの買収に係る意向表明書において、本件簿外債務に係るリスクを可能な限りＮに負わせるための条件を示して、Ｍ及びＯの買収を提案したが、Ｎは、同月２１日、上記提案は受け入れられない旨を回答した。（甲１６、９６、９７）
（エ）これに対し、Ｌグループは、平成２０年１２月１８日付けの意向表明書において、Ｎに対し、本件簿外債務に係るリスクを切り離してＭが保有するゴルフ場事業のみを譲渡するスキームにより買収を行いたい旨の意向を表明したが、Ｎは、これについても拒絶した。（甲９８、１０５、前提事実（３）イ）
ウ 本件買収の検討の際における本件分割の検討等
（ア）Ｌグループは、法律事務所に対し、Ｍ、Ｏ及びＨに係る法務監査を依頼し、その結果、平成２１年１月８日付けの法務監査報告書（甲１４、９９）を受領した。当該報告書においても、乙の不正行為の詳細や今後のリスクに関する指摘がされていたため、Ｌグループは、本件買収を進めるために、本件簿外債務に係るリスクをＮから引き受けた上で、その影響がＬグループ全体に及ぶことをできる限り防止する方策を検討することとなった。（甲１４、９９、１０５、前提事実（３）イ）
（イ）前記（ア）の検討の結果、Ｌグループは、本件買収後に本件分割及び本件株式譲渡を行うことにより、本件簿外債務に係るリスクを低減することが可能であると判断し、本件買収を行うことにした。すなわち、本件分割及び本件株式譲渡は、Ｅ（Ｍ）について、分社型分割を実施し、本件簿外債務はＥに残す一方で、同社が営むゴルフ場事業については新設したＱに承継させた上で、本件分割の対価としてＥが取得したＱの全株式をＲに譲渡するというものであり、本件分割により、ゴルフ場事業を営まず不動産等の主要な資産を有しないＥに本件簿外債務に係るリスクを負わせることによりＱが本件簿外債務に係る弁済をすること等を回避し、また、本件株式譲渡により、本件簿外債務に係るＥの債権者がＱの株式を差し押さえるのを防止することとした。（甲１０５、前提事実（４））
エ 本件買収に係る本件譲渡契約の締結等
（ア）Ｐは、平成２１年２月２日付けで、Ｎとの間で本件買収に係る本件譲渡契約を締結した。（前提事実（３）ウ）
（イ）本件譲渡契約書においては、Ｍの株式譲渡実行日から３年間は、「新たな問題」を解決するに当たり、Ｐが負担する費用及び損害については、実際に発生した損害に限り、Ｎに対して損害賠償請求をすることができ、ＮがＰに対して費用の補償を行う場合の「新たな問題」への対応は、原則として、Ｎの判断において行うことができるが、「新たな問題」に対する費用の額が所定の補償額の上限を上回ることが双方において合理的に予想できる場合にはこの限りでないとされた。（甲１７、乙８、前提事実（３）エ）
（ウ）Ｅは、前記ウ（イ）の判断を踏まえ、平成２１年７月●日、本件分割を実施し、同年９月１日には本件株式譲渡を実施した。（前提事実（４）ア、イ（ア））
（３）Ｅによる本件簿外債務への対応等
ア 本件簿外債務に係る債権者と称する者が、平成２２年３月４日付けで、Ｅに対し、Ｍに貸し付けたとする５０００万円等の返済を請求したことを受け、Ｐは、同月１０日付けで、Ｎに対し、同請求が「新たな問題」であると考えられる旨通知した。その後、これを「新たな問題」と捉えたＮの意向も踏まえ、当該「新たな問題」の当事者はＥであることを前提に、Ｎ指定の法律事務所がＥの代理人として上記の者に継続的に対応し、同年９月３０日付けで、同人に対し、乙氏の個人的な借入れであるため上記請求には応じられない旨の文書を送ったところ、これ以降、上記の者からの反応はなくなった。（甲６７～７０、乙１３～２０、２４、２９、弁論の全趣旨）
イ 前記アとは別の、本件簿外債務に係る債権者と称する者が、平成２２年７月７日、Ｎに対し、同人がＭに３００万円を貸し付けたとする書面等をファックス送信するなどしたことを受け、Ｐは、同月９日付けで、Ｎに対し、同人からのかかる連絡を「新たな問題」であると考えられる旨通知した。その後、これを「新たな問題」と捉えたＮの意向も踏まえ、当該「新たな問題」の当事者はＥであることを前提に、前記アの法律事務所がＥの代理人として、上記の者に継続的に対応し、平成２３年５月１７日付けで、同人の代理人に対し、現段階での和解は困難である旨などを記載した文書をファックス送信したところ、これ以降、上記の者からの反応はなくなった。（甲６７、７１、７３～７６、乙１５、２１～２３、３０、３４、３５、３９、弁論の全趣旨）
ウ 本件簿外債務に係る「新たな問題」は、前記ア、イ以外に発生していない。（乙１５の２、弁論の全趣旨）
エ Ｅは、遅くとも平成２５年１２月以降、本件簿外債務への対応に関する具体的な活動をしておらず、同社においては、平成２２年１２月期及び平成２３年１２月期の各損益計算書に、Ｎから受け取った本件簿外債務への対応に係る補償金等が収入として計上されたのみであり、平成２４年１月以降、収入は全く計上されていなかった。（乙１２）
（４）Ｌグループにおける本件各合併に関係する検討状況等
ア Ｌグループにおいては、本件ビジネスモデルの下、継続的に買収や合併を繰り返していたところ、平成２１年頃、グループ内の法人数が増えてきていたことから、削減を検討する必要があるとして、Ｌグループの組織再編について、様々なスキームを多角的に検討するようになった。数年間にもわたるこの過程において、多岐にわたる案が検討され、グループ内の法人の合併についても、様々な合併を想定して、合併期日、欠損金の状況、欠損金の引継ぎ制限の有無、メリット・デメリット等が検討された。（乙４１から５５）
この検討において作成された「パターン別合併メリット・デメリット」と題する書面（乙５２）においては、様々な合併のパターンごとに、メリットとデメリットが整理されており、各合併においてメリットとして挙げられた「税理士法人の税務申告料の削減」等やデメリットとして挙げられた「合併コスト」等については、具体的な金額（影響額）が記載されていたが、全てのパターンにおいて挙げられていたメリットである「法人数を減らすことによる事務の効率化」については、他のメリット・デメリットとは異なり、具体的な金額は記載されていなかった。
また、上記書面において、本件各合併によるメリットとして「被合併法人の繰越欠損金を引き継ぐことによる税金費用の削減」が挙げられるとともに、この一連の検討の過程において、本件各合併につき、Ｅが「休眠会社」であることや、原告に対してＥの繰越欠損金（本件未処理欠損金額）を引き継がせるに当たり、組織再編税制上、原告とＥが直接合併すると従業者引継要件及び事業継続要件の欠缺により適格合併ではなく非適格合併として取り扱われることになるため、ＰによるＦの株式の保有割合を１００％にした上で、ＥとＦが合併した後に、合併法人であるＦが原告と合併する二段階の合併が必要であることなどが指摘されていた。（乙４４～４７、４９、５０、５２、５３）
なお、平成２８年６月頃作成された、平成２８年度のＬグループ内の組織再編成に係る「２０１６年度Ｌグループ組織再編」と題する検討資料においては、本件各合併のほか、２つの合併が検討され、本件各合併含め当該３つの合併の「合併理由」が「事務処理の軽減」である旨記載されていた。（甲１０４、１０５）
イ（ア）Ｋは、資金調達のため、平成２６年２月２５日付けで、株式会社ａ銀行等との間で合計３５０億円の資金を借り受ける旨のシンジケートローン契約（本件シンジケートローン契約）を締結した。
本件シンジケートローン契約においては、Ｋが、同契約の締結日以降、同契約上の全ての債務の履行を完了するまでの間、契約締結日現在における連結子会社に対する直接又は間接の議決権割合を１００％に維持することを確約するとの条項（本件コベナンツ条項）が付与されており、Ｋが同条項に違反した場合には、Ｋは全貸付人及びエージェントに対する同契約上の全ての債務について、通知により期限の利益を失い、直ちに上記元本並びに利息及び清算金その他同契約に基づきＫが支払義務を負担する全ての金員を支払わなければならないものとされていた。（甲２２）
（イ）平成２７年１０月９日時点において、ＴがＦのＡ種優先株式（本件Ｆ優先株式）を保有していたところ、本件Ｆ優先株式は議決権を有しないものとされていたため、本件コベナンツ条項に違反する状況ではなかったが、本件Ｆ優先株式には、発行日から１０年を経過した日以降、Ｆに対して当該優先株式の取得を請求できる権利が付与され、その場合、Ｆは、その取得と引換えに普通株式を交付することとされていた。
そして、平成２７年１０月１３日の経過をもって、上記１０年が経過することとなっていた。（甲２３、弁論の全趣旨）
（なお、Ｔは、本件Ｆ優先株式のほかに本件原告優先株式を保有していたところ、本件原告優先株式については、２５株のうち１０株につき、Ｔが平成３２年６月３０日まで取得請求権を行使しないことを原告と合意していた（前提事実（６）イ）。これに対し、本件Ｆ優先株式について、同様の合意が成立していたことを認めるに足りる証拠は提出されていない。）
（ウ）このような状況下、Ｆは、平成２７年１０月９日を「取得日」として、Ｔから本件Ｆ優先株式を１０万円で取得（本件優先株式取得）した上で消却した。これにより、Ｐは、Ｆの発行済株式の全部を保有することとなった。（前提事実（６）ウ、甲２７）
ウ（ア）Ｌグループにおける組織再編成に携わってきたＬの管理本部経営企画部の従業員は、平成３０年１１月２８日、本件各更正処分等に先立つ東京国税局の調査において、Ｍにつき、元代表者の横領事件があり、簿外債務等のリスクを避けるために本件分割を行った、その後はリスクが顕在化する可能性があったため静観していた、状況を静観して約８年が経過したので、リスクはゼロではないが、「新たな問題」は発生しないだろうと考えて合併した、その際、清算よりも合併の方が手続が簡便であること、Ｌグループでは過去に清算の経験が少なかったこと及び清算の公告をすると潜在的債権者を刺激して何か反応をされる可能性があることから、清算ではなく合併をすることにしたなどと供述した。（乙５４）
（イ）また、同従業員は、本件訴訟において、Ｅを平成２８年度に計画する本件各合併の対象会社の一つとして選定した理由及び経緯につき、平成２２年１０月以降本件簿外債務に係る債権者からの接触がない状況が続いており、新たな債権者が現れる可能性は低いと考えられた上、仮に新たな債権者が現れたとしても、原告の流動資産で賄いきれないほどの多額の債務の弁済を余儀なくされ、その結果、原告が有するゴルフ事業を第三者に売却せざるを得なくなるといった致命的な状況が生じる可能性はほとんど消滅したといってよいと考えていたこと、乙がＭの代表取締役であったのは平成●年●月までであり、平成２８年１２月時点において、本件簿外債務に係る債権はおおむね時効により消滅していると考えられたことから、本件簿外債務に係るリスクが顕在化する可能性は、既存法人との合併により当該リスクをＬグループ全体が引き受けることになったとしても支障がないと考えられる程度にまで低減しており、Ｅを本件ビジネスモデルに基づく組織再編成の対象から除外して、既存法人と合併せずに残しておくべき特段の必要性は見いだし難くなっていたと判断したためである旨を陳述した。（甲１０５）
（５）本件各合併の実行等
ア 本件各合併の実行
（ア）Ｌグループは、原告がＥ及びＦら５社を吸収合併することをその組織再編成の「最終形態」とすることとし、まず、Ｆ及びＥは、平成２９年●月●日にＦを合併法人、Ｅを被合併法人とする本件合併１を行い、これと同日に、原告及びＦらは、本件合併１の効力発生を停止条件として、原告を合併法人、Ｆらを被合併法人とする本件合併２を行った。（前提事実（７）ア、イ、弁論の全趣旨）
（イ）原告は、本件合併２に際して、普通株式１１万８２３６株を発行し、Ｆの株主であるＰに対して、その保有するＦの普通株式１株につき、原告の普通株式０．４株の割合をもって割当て交付した。他方で、Ｆは、本件合併１に際して、Ｅの株主であるＰに対して、Ｆの株式又はこれに代わる金銭等の交付及び割当てを行わなかった。（甲３０）
イ Ｋの取締役会の決議等における本件各合併の「目的」
（ア）本件合併１
Ｆの平成２８年１２月１４日付けの取締役決定書及びＥの同日付けの取締役決定書には、本件合併１における「合併目的」につき、それぞれ、「２社を合併することにより、事務管理費の削減と経営効率の向上を図るため」と記載されている。（甲４０、４１）
（イ）本件合併２
Ｆの平成２８年１２月１４日付けの取締役決定書及び原告の同日付けの取締役決定書には、本件合併２における「合併目的」につき、それぞれ、「５社を合併することにより、事務管理費の削減と経営効率の向上を図るため」と記載されている。（甲４０、４２）
（ウ）本件各合併
Ｋにおいて平成２８年１２月１４日に開催され、本件各合併を行うことが決議された定例取締役会に係る議事録の資料には、本件各合併の「合併の目的」につき、「グループ会社５社を合併することにより、事務管理費の削減と経営効率の向上を図るため」と記載されている。（甲４３）
ウ 本件各合併の決議に係る株主総会における本件各合併の「目的」
（ア）本件合併１
本件合併１を決議した、Ｆ及びＥにおける平成２８年１２月２６日付けの各臨時株主総会議事録には、本件合併１の「合併目的」につき、それぞれ、「２社を合併することにより、事務管理費の削減と経営効率の向上を図るため」と記載されている。（甲３１、３５）
（イ）本件合併２
本件合併２を決議した、原告、Ｆ、Ｈ、Ｇ及びＩにおける平成２８年１２月２６日付けの各臨時株主総会議事録には、本件合併２の「合併目的」につき、それぞれ、「５社を合併することにより、事務管理費の削減と経営効率の向上を図るため」と記載されている。（甲３０～３４）
（６）３社以上の法人の合併に係る会社法上及び課税実務上の取扱い等
ア 組織再編成においては、実務上、複数の法人を被合併法人とする合併が同日に行われる場合があるが、会社法上、吸収合併は、単一の存続会社と単一の消滅会社との間で行われるものと整理されていることから（会社法２条２７号、７４９条参照）、２社以上の消滅会社と単一の存続会社との間で一体のものとして吸収合併を行う場合であっても、各消滅会社と存続会社との間で各別に吸収合併が行われるものとして整理されることとなり、吸収合併契約も消滅会社ごとに各別のものとして存在することとなる。
そして、このような複数の吸収合併を実質的に一体のものとして行うため、実務上、同日付けで複数の吸収合併を実施する場合には、例えば、第一合併の効力発生を停止条件として第二合併を実行するなど、各吸収合併に順序を付し、その効力発生に条件を付けるという方法が一般に採られている。（甲７８～８１、１０６～１０９、弁論の全趣旨）
このような順序及び条件の付いた合併としては、単一の存続会社が複数の消滅会社を同日に吸収合併するものだけでなく、平成２８年に行われた株式会社ｂの事例（甲８０）やｄ株式会社の事例（甲１０７）のように、Ａ社をＢ社が吸収合併し、その効力発生を停止条件として、同日付けでＢ社をＣ社が合併するという、二段階にわたる重層的な合併も行われている。（甲８０、８１、１０６～１０９）
イ 課税実務上も、前記アの整理及び合併の実務を踏まえ、三社合併が行われた場合、適格合併に当たるか否かの判定は、当該三社合併に係る個々の合併ごとに行うこととされ、三社合併に係る個々の合併に順序が付されている場合には、私法上は原則としてその順序に応じ個々の合併の効力が生ずることとなるから、税制上もその順序どおり合併が行われたものとして、適格合併に当たるか否かの判定を行うこととされている。（甲４９、乙６４、弁論の全趣旨）
（なお、本件文書回答事例は、国税庁のウェブサイトに掲載されたものであり、これにより国税庁の見解が示されているものと認められる（被告作成の証拠説明書（１）も参照）。また、本件文書回答事例に記載された事例は、単一の存続会社が複数の消滅会社を同日に吸収合併するというものであるが、そこに記載された上記のような考え方は、二段階にわたる重層的な合併の場合にも妥当し得るものであるし、本件における被告の主張も、かかる見解を前提とするものであって、課税実務上、そのような場合に本件文書回答事例に示された見解とは異なる見解に基づいて適格合併の判定が行われているとの事実は認められない。）
ウ 平成１３年度税制改正により組織再編税制が導入された際に大蔵省（財務省）●●として立法作業に関与した丙税理士は、本件訴訟において、前記ア及びイを踏まえ、３社以上の法人の同日合併においては、税法上有利になるように合併に順序を付すのが通常かつ自然である旨の意見書を提出している。（甲６２、６６）
２ 不当性要件に係る判断枠組み
（１）組織再編成は、その形態や方法が複雑かつ多様であるため、これを利用する巧妙な租税回避行為が行われやすく、租税回避の手段として濫用されるおそれがあることから、法人税法１３２条の２は、税負担の公平を維持するため、組織再編成において法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められる行為又は計算が行われた場合に、それを正常な行為又は計算に引き直して法人税の更正又は決定を行う権限を税務署長に認めたものと解され、組織再編成に係る租税回避を包括的に防止する規定として設けられたものである。このような同条の趣旨及び目的からすれば、同条にいう「法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるもの」とは、法人の行為又は計算が組織再編税制に係る各規定を租税回避の手段として濫用することにより法人税の負担を減少させるものであることをいうと解すべきであり、その濫用の有無の判断に当たっては、①当該法人の行為又は計算が、通常は想定されない組織再編成の手順や方法に基づいたり、実態とは乖離した形式を作出したりするなど、不自然なものであるかどうか、②税負担の減少以外にそのような行為又は計算を行うことの合理的な理由となる事業目的その他の事由が存在するかどうか等の事情を考慮した上で、当該行為又は計算が、組織再編成を利用して税負担を減少させることを意図したものであって、組織再編税制に係る各規定の本来の趣旨及び目的から逸脱する態様でその適用を受けるもの又は免れるものと認められるか否かという観点から判断するのが相当である（最高裁平成２８年判決等参照）。
（２）そして、①適格合併が行われた結果、未処理欠損金額が引き継がれ、租税負担が減少する場合があるというのは、組織再編成税制が予定しているものであること（むしろ、適格合併の場合に譲渡損益の計上を繰り延べて従前の課税関係を継続させることは、組織再編税制の趣旨そのものである。後記３参照）、②利益を生み出し、これを株主に対して還元することを究極の目的とする株式会社において、一定規模以上の取引をするに当たり、税務上の影響を全く考慮しないことは考え難く（甲６４参照）、むしろ、かかる考慮をしないで取引を行えば、取締役の責任を追及される事態も生じかねないのであって、株式会社が事業の目的に沿って種々の経済活動を遂行するに当たり、業務の管理・遂行上、財務上又は税務上等の様々な観点から、利益を最大化し得る方法を法令の許容する範囲内で自由に選択することができると解されることからすると、行為・計算の不自然性が全く認められない場合や、そのような行為・計算を行うことの合理的な理由となる事業目的等が十分に存在すると認められる場合には、他の事情を考慮するまでもなく、組織再編税制に係る各規定を租税回避の手段として濫用したものということはできず、不当性要件に該当すると判断することは困難である（甲６０参照）。
したがって、株式会社が合理的な事業目的のある組織再編成を行うに当たり、通常は想定されない手順や方法ではなく、実態と乖離した形式を作出するものでもない、不自然性の全く認められない複数の手順や方法の中から最も税負担の少ないものを採ったとしても、そのことから直ちに組織再編税制に係る各規定を租税回避の手段として濫用したものということはできない（例えば、引き継がれる未処理欠損金額は、合併の時期によって差異が生ずるが（５７条２項、３項、５７条の２等参照）、いつ合併するかは基本的に当事者の自由であり、合併につき合理的な事業目的がある場合には、税務上の効果が最大となる時期を見定めて合併を実行したとしても、そのことから直ちに不当性要件に該当すると判断することはできないと解される。）。
３ 組織再編税制に係る法人税法５７条２項等の趣旨及び目的
（１）本件は、適格合併の場合に認められる被合併法人の有する未処理欠損金額の合併法人への引継ぎの可否を争点とする事案であるから、不当性要件に該当するか否かは、適格合併が行われた場合における未処理欠損金額の取扱いを定めた法人税法５７条２項及び同法８１条の９第２項２号イ（同法５７条２項等）の規定の本来の趣旨及び目的を踏まえた上で判断する必要がある。
そこで、以下、法人税法５７条２項等の規定の本来の趣旨及び目的等について検討する。
（２）平成１３年度税制改正により導入された組織再編税制の基本的な考え方は、実態に合った課税を行うという観点から、原則として、移転資産等についてその譲渡損益の計上を求めつつ、組織再編成により資産を移転する前後で経済実態に実質的な変更がない場合には、その譲渡損益の計上を繰り延べて従前の課税関係を継続させるというものであり、この考え方に基づき、組織再編成において、移転資産に対する支配が再編成後も継続していると認められるものについては、経済実態に実質的な変更がないことから、移転資産の譲渡損益の計上を繰り延べることとしたものである（甲５、弁論の全趣旨）。このような考え方から、組織再編成による資産等の移転が形式と実質のいずれにおいてもその資産等を手放すものであるとき（非適格組織再編成）は、その移転資産等を時価により譲渡したものとされ、譲渡益又は譲渡損が生じた場合、これらを益金の額又は損金の額に算入しなければならないが（法人税法６２条等）、他方、その移転が形式のみで実質においてはまだその資産等を保有しているということができるものであるとき（適格組織再編成）は、その移転資産等について帳簿価額による引継ぎをしたものとされ（同法６２条の２等）、譲渡損益のいずれも生じないものとされている。
組織再編成に伴う未処理欠損金額の取扱いについても、基本的に、移転資産等の譲渡損益に係る取扱いに合わせて従前の課税関係を継続させることとするか否かを決めることとされており、適格合併が行われた場合につき、被合併法人の前９年内事業年度において生じた未処理欠損金額は、それぞれ当該未処理欠損金額の生じた前９年内事業年度の開始の日の属する合併法人の各事業年度において生じた欠損金額とみなすものとして（同法５７条２項）、その引継ぎが認められるものとされている。
（３）法人税法５７条２項等の適用の前提の一つである適格合併については、同法２条１２号の８において定義されているところ、適格合併には、大別して、企業グループ内の適格合併（法人税法２条１２号の８イ（完全支配関係適格合併）及びロ（支配関係適格合併））と共同事業を営むための適格合併（同号ハ。共同事業適格合併）がある。同条及びこれを受けた法人税法施行令においては、完全支配関係適格合併、支配関係適格合併及び共同事業適格合併のいずれについても、移転資産の対価として株式又は出資以外の資産の交付がされないこと（合併対価要件）が要件とされているところ、これは、株式又は出資以外の資産の交付がされる場合には、その経済実態は通常の売買取引と異なるところがなく、組織再編制の前後で経済実態に実質的な変更がないとはいえないためであると解される。
そして、企業グループ内の適格合併のうち、支配関係があるにすぎない場合（支配関係適格合併）には、上記要件に加えて、従業者引継要件及び事業継続要件が必要とされており、共同事業適格合併については、更に共同事業要件が必要とされているが、完全支配関係適格合併については、同法２条１２号の８イの文言上、これら従業者引継要件及び事業継続要件等のいずれについても必要とされていない。
この点に関し、税制調査会法人課税小委員会（小委員会）が平成１２年に組織再編税制について議論した際、組織再編成の前後で経済実態に実質的な変更がない場合には、その譲渡損益の計上を繰り延べて従前の課税関係を継続させるという組織再編税制の基本的な考え方を基に、経済実態に実質的な変更がないか否かは、移転資産等に対する支配の継続の有無によって判断することとされた上で、資産の移転等を「個別の資産の売買取引と区別する観点」から、「資産の移転が独立した事業単位で行われること」と「組織再編成後も移転した事業が継続すること」を要件とすることが必要とされつつ、「ただし、完全に一体と考えられる持分割合の極めて高い法人間で行う組織再編成については、これらの要件を緩和することも考えられる。」との見解が示されていた（甲５）。このように、小委員会において示された組織再編税制の基本的な考え方は、飽くまで、組織再編成の前後で経済実態に実質的な変更がない場合には、その譲渡損益の計上を繰り延べて従前の課税関係を継続させるというものであり、この観点から、移転資産等に対する支配が組織再編成後も継続しているものについて、譲渡損益の計上を繰り延べるというものであって、「資産の移転が独立した事業単位で行われること」と「組織再編成後も移転した事業が継続すること」が必要とされたのは、「個別の資産の売買取引と区別する観点」からにすぎない。
そして、国会審議を含め、組織再編税制の立法の過程において、このような見解が否定されたり修正されたりしたことをうかがわせる事情は見当たらない。
（４）以上によれば、組織再編税制に係る法人税法５７条２項等の趣旨及び目的は、組織再編成により資産を移転する前後で経済実態に実質的な変更がない場合には、その譲渡損益の計上を繰り延べて従前の課税関係を継続させるというものであり、経済実態に実質的な変更がないか否かを判断するなどのために、法人税法２条１２号の８及びこれを受けた法人税法施行令４条の３等において、適格合併と判定するための具体的な要件が定められているものと認められる。
なお、「投資法人が共同で事業を営むための合併を行う場合の適格判定について（照会）」に係る国税庁の見解（甲４７、弁論の全趣旨）は、従業員引継要件や事業継続要件等が法令上明文で必要とされている共同事業適格合併の該当性の判断につき、形式的にはこれらの要件を満たさない場合であっても、合併の前後で経済実態に実質的な変更が生ずるか否かなどといった観点を踏まえてその該当性を判断するのが相当な事案があることを示唆するものといえる。このことからも、組織再編税制の本質（本来の趣旨及び目的）は、組織再編成により資産を移転する前後で経済実態に実質的な変更がない場合において、その譲渡損益の計上を繰り延べて従前の課税関係を継続させるという点にあることがうかがわれるというべきである。
（５）アこれに対し、被告は、「移転資産等に対する支配が継続している場合」としては、当該移転資産等の果たす機能の面に着目するならば、被合併法人において当該移転資産等を用いて営んでいた事業が合併法人に移転し、その事業が合併後に合併法人において引き続き営まれることが想定されているなどとして、法人税法５７条２項等は、完全支配関係適格合併の場合も含めて、合併による事業の移転及び合併後の事業の継続を前提として、被合併法人の有する未処理欠損金額の合併法人への引継ぎを認めたものと解すべきであり、また、被合併法人が「事業」を営んでいたか否かは、特段の事情がない限り、法人税法施行規則３条１項１号の判定基準によるべきであるとして、このような観点から不当性要件の該当性を判断すべきである旨主張する。
イ（ア）しかしながら、租税法律主義の原則に照らすと、租税法規はみだりに規定の文言を離れて解釈したり拡張適用したりすべきではない（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同４８年１１月１６日第二小法廷判決・民集２７巻１０号１３３３頁、最高裁平成●●年（○○）第●●号同２２年３月２日第三小法廷判決・民集６４巻２号４２０頁等参照）。
これは、租税法規の解釈に関する我が国の伝統的な通説及び確立した判例であって、組織再編税制も、これを踏まえて立法されたものと認められる。
それにもかかわらず、前記（３）のとおり、法人税法及びこれを受けた法人税法施行令の規定上、支配関係適格合併及び共同事業適格合併においては、従業者引継要件及び事業継続要件等が必要とされているのに対し、完全支配関係適格合併については、これら従業者引継要件及び事業継続要件等のいずれについても必要とされていない。また、法５７条２項等の規定をみても、完全支配関係のある法人間の合併について、事業の継続がない場合には一律に適用がない旨をうかがわせる文言はない。
（イ）確かに、小委員会において組織再編税制について議論された際、資産の移転等を個別の資産の売買取引と区別する観点から、「資産の移転が独立した事業単位で行われること」及び「組織再編成後も移転した事業が継続すること」を要件とすることが必要とされたが、これに引き続いて、「ただし、完全に一体と考えられる持分割合の極めて高い法人間で行う組織再編成については、これらの要件を緩和することも考えられる。」との見解が示されていたものであり、組織再編税制の立法の過程において、このような見解が否定されたり修正されたりしたことをうかがわせる事情は見当たらず（前記（３））、これを踏まえて、支配関係適格合併や共同事業適格合併の要件よりも緩和された完全支配関係適格合併の要件が定められたと解するのが自然である。また、組織再編税制の立法の過程において、完全支配関係適格合併の場合にも「事業の継続」が一律に適用の前提となっていたことを認めるに足りる的確な証拠はない。
そして、企業グループにおいて、完全子会社の事業継続が困難となった場合に、当該完全子会社を解散し清算するという方法は手続が煩雑であることなどから、親会社が当該完全子会社を吸収合併した上で、継続困難となった当該事業を廃止するということは一般的にみられ、中には完全子会社である休眠会社を吸収合併するような合併の事例もあることからすると（弁論の全趣旨）、組織再編税制の議論に当たり、これらの事例が容易に想定し難いものであったとはいえない。
（ウ）むしろ、小委員会で示された組織再編税制の基本的な考え方（前記（２））である「経済実態に実質的な変更があるか否か」という観点からみると、前記（イ）のような完全子会社の吸収合併の場合において、合併対価要件を満たすときは、基本的に、従業員引継要件及び事業継続要件を問うまでもなく、合併の前後で経済実態に実質的な変更がなく、個別の資産の売買取引との区別も問題とならないということができる。
（エ）現に、平成１３年度税制改正により組織再編税制が導入された際に大蔵省（財務省）●●として立法作業に関与した丙税理士は、本件訴訟において、組織再編制の前後で経済実態に実質的な変更がない場合には課税関係を継続させるというのが組織再編税制の最も基本的な考え方であり、我が国の企業グループが組織再編成を柔軟に行えるようにすることや完全支配関係にある法人間の関係の実態は完全に一体の関係という状況にあると考えられることもできることなどを考慮して、完全支配関係にある法人間の合併については、あえて従業者引継要件及び事業継続要件を設ける必要はないという判断により、これらの要件が設けられなかったものであって、１００％グループ内の合併において、合併による事業の移転及び合併後の事業の継続は厳格に考えることはしないとされた旨の意見書等を提出している（甲４５、６１、６２、６６）。丙税理士の上記見解は、組織再編税制の基本的な考え方（前記（２））と整合し、合理的なものということができる。
（オ）しかも、完全子会社の事業継続が困難となり、親会社が当該完全子会社を吸収合併した上で、継続困難となった当該事業を取り止めるというような事案において、課税実務上、資産の移転が独立した事業単位で行われておらず、合併後に事業が継続していないという理由により、法人税法１３２条の２に基づき親会社の行為又は計算を否認するとの取扱いがされていることはうかがわれない（弁論の全趣旨）。
（カ）これらの事情によれば、組織再編税制の立法に当たっては、小委員会の前記（イ）の見解も踏まえた上で、前記（イ）のような完全子会社の吸収合併の場合も含め、完全支配関係があり対価要件を満たす法人間の合併の場合には、基本的に、合併の前後で経済実態に実質的な変更がなく、個別の資産の売買取引との区別も問題とならないことから、支配関係適格合併及び共同事業適格合併とは異なる、より緩和された適格合併の要件があえて定められ、従業員引継要件及び事業継続要件が必要とされなかったと解するのが相当であって、法令上、上記のような合併の場合に組織再編税制の適用を一律に否定するとの趣旨を読み取ることはできない。
ウ（ア）以上の点につき、被告は、完全支配関係がある法人間の合併の場合は合併による事業の移転及び合併後の事業の継続が当然の前提とされていることから、これを担保する事業継続要件等の要件をあえて設ける必要はないものと考えられるなどと主張するが、前記イ（イ）で述べた完全子会社に係る合併の実情からすると、完全支配関係がある法人間の合併の場合には合併による事業の移転及び合併後の事業の継続が当然の前提とされているとまでは認め難い。加えて、前記イで説示したところに照らすと、被告の上記主張は、にわかに採用することができない。
（イ）また、被告は、組織再編税制の立案担当者（丙税理士）は、適格合併等の判定に係るいわゆる従業者引継要件について説明をする際、従前の課税関係を継続させる適格組織再編成は、組織再編成前に行われていた事業が組織再編成後も継続されることを前提とする説明をしている（乙６８）旨主張するが、上記説明は、従業員引継要件が「要件の一つ」となっている場合、すなわち、支配関係適格合併及び共同事業適格合併を念頭にされたものであることがその文脈上明らかであるし、適格組織再編成として従前の課税関係を継続されるものにつき、「基本的には」独立した事業単位が移転をするものと考えられている旨説明していることからすると（乙６８）、上記説明をもって、組織再編税制の立案担当者（丙税理士）が完全支配関係適格合併についても一律に「事業の継続」を前提とする説明をしたとは認められない。
同様に、国税庁による平成１９年税制改正の解説（乙６９）も、完全支配関係適格合併について「事業の継続」を必要とする趣旨を説明したものとはにわかに断じ難い。
（ウ）さらに、被告は、最高裁昭和４３年判決を引用しつつ、法人税法５７条１項による欠損金額の繰越控除は、事業の継続に着目して認められたものであり、同条２項が同条１項の考え方を前提に新たに規定されたものであるとも主張するが、最高裁昭和４３年判決は、欠損金額の繰越控除は、「経理方法に一貫した同一性が継続維持されること」を前提として認められるものであり、合併会社に被合併会社の経理関係全体がそのまま継続するものとは考えられないものについては認められない旨を判示したものであり、「事業の継続」を基準としたものではない。被告の上記主張は、最高裁昭和４３年判決あるいは法人税法５７条１項の趣旨を正解しないものであり、採用できない。
エ 確かに、休眠会社を利用した組織再編成によって不当な租税回避行為が行われるおそれは否定できないが、不当性要件の該当性の判断、すなわち、法人の行為又は計算が組織再編税制に係る各規定を租税回避の手段として濫用することにより法人税の負担を減少させるものであるか否かの判断は、飽くまで、組織再編成に係る個別的な事情を踏まえ、①当該法人の行為又は計算が、通常は想定されない組織再編成の手順や方法に基づいたり、実態とは乖離した形式を作出したりするなど、不自然なものであるかどうか、②税負担の減少以外にそのような行為又は計算を行うことの合理的な理由となる事業目的その他の事由が存在するかどうか等の事情を考慮した上で、当該行為又は計算が、組織再編成を利用して税負担を減少させることを意図したものであって、組織再編税制に係る各規定の本来の趣旨及び目的から逸脱する態様でその適用を受けるもの又は免れるものと認められるか否かという観点から行うのが相当であり、（前記２（１））、かつ、それで足りるというべきであって、法令上に明記されていない一律の「前提」（事実上の要件）を明確な根拠もなく想定すべきではない。
オ したがって、完全支配関係適格合併の場合において、「合併による事業の移転及び合併後の事業の継続」が法人税法５７条２項等の適用の「前提」となっているとか、「合併による事業の移転及び合併後の事業の継続」がない完全支配関係適格合併に上記規定を適用することはその本来の趣旨及び目的に反するなどと解することはできない。
被告の前記アの主張は、理由がない。
４ 本件における不当性要件該当性の検討
（１）Ｅを合併することについて
ア まず、本件買収は、Ｌグループにおいて、Ｎからの買収打診を契機として、Ｍがゴルフ場運営会社として優良と評価できる額の売上げ及び利益を生み出すことが見込まれると判断して買収交渉を行い、本件簿外債務が判明した後は、これに係るリスクを引き受けないための交渉も繰り返し行ったが、Ｎがこれに応じず、結局、本件買収後に本件分割及び本件株式譲渡を行うことにより上記リスクを低減することが可能であるなどと判断したことにより行われたものであり（認定事実（２））、本件分割及び本件株式譲渡も、Ｑが本件簿外債務に係る弁済をすること等を回避し、本件簿外債務に係る債権者がＱの株式を差し押さえるのを防止することを目的として行われたものである（認定事実（２）ウ、エ）。
このように、本件買収、本件分割及び本件株式譲渡は、Ｌグループにおいて、利益の追求とリスクの最小化を図る過程において行われたものであり、Ｍ（Ｅ）が有し得る未処理欠損金額の引継ぎを目的として行われたものではない。
イ（ア）Ｌの管理本部経営企画部の従業員は、Ｌグループ内においてＥを吸収合併することとした経緯等につき、認定事実（４）ウのとおり供述ないし陳述するところ、かかる陳述等は、本件株式譲渡後において、本件簿外債務に係る債権者と称する者２名がＥに対し、Ｍに金銭を貸し付けたとしてその返済を請求するなどしたが、それぞれ平成２２年９月３０日付けないし平成２３年５月１７日付けの文書により対応した後は反応がなく、また、当該２名に係るもの以外に本件簿外債務に係る「新たな問題」は発生しておらず（認定事実（３）ア〜ウ）、Ｅは、遅くとも平成２５年１２月以降、本件簿外債務への対応に関する具体的な活動をしていなかったこと（認定事実（３）エ）、乙がＭの代表取締役であったのは平成●年●月までであり（前提事実（３）イ）、その退任後、本件各合併に係る各合併契約が締結された平成２８年１２月１４日までに９年以上が経過していたことといった事実と整合するものである。そして、これらの事情から、本件簿外債務に係るリスクが顕在化する可能性は、既存法人との合併により当該リスクをＬグループ全体が引き受けることになったとしても支障がないと考えられる程度にまで低減しており、Ｅを本件ビジネスモデルに基づく組織再編成の対象から除外して、既存法人と合併せずに残しておくべき特段の必要性は見いだし難くなっていたと判断したため、Ｅを平成２８年度に計画する本件各合併の対象会社の一つとして選定した旨の同従業員の陳述等は、十分に合理性があるものと認められる。
また、上記従業員は、東京国税局の調査において、清算よりも合併の方が手続が簡便であること、Ｌグループでは過去に清算の経験が少なかったこと及び清算の公告をすると潜在的債権者を刺激して何か反応をされる可能性があることから、清算ではなく合併をすることにしたなどと供述しているところ、かかる供述は、Ｌグループにおいては、本件ビジネスモデルの下、買収と吸収合併を繰り返す一方、平成１７年以降、清算が行われたとはうかがわれないこと（認定事実（１）ア、イ）とも整合し、また、その内容も合理的なものと認められる。
（イ）以上によれば、上記従業員の当該陳述等は十分信用できるものといえるのであって、その陳述等のとおり、Ｌグループにおいて、Ｅを同グループ内の既存法人に吸収合併することとしたのは、本件簿外債務に係る新たな債権者が現れる可能性が低く、本件簿外債務に係る債権はおおむね時効により消滅しており、本件簿外債務に係るリスクが顕在化する可能性は低減していると評価し、Ｅを本件ビジネスモデルに基づく組織再編成の対象から除外して残存させておくべき特段の必要性はないと判断したことによるものと認められる。
（ウ）そして、たとえ休眠会社であっても、残存させておけば、何らの利益を生み出さないにもかかわらず、毎年一定の管理コストが継続的に発生し得ること、我が国においては、バブル経済の崩壊後、全国各地でゴルフ場の経営が大幅に悪化したなどのため、多くのゴルフ場運営会社において経営の合理化が模索・実践されていること（弁論の全趣旨）、特に、Ｌグループにおいては、本件ビジネスモデルの下、繰り返し合併を行い、子会社の数を削減することにより、経営に係る意思決定や監査の迅速化等を包む経営の合理化・効率化を継続的に追求しており、これにより大幅な費用の削減が実現されていること（認定事実（１））からすると、平成２９年に行われたＬグループの組織再編成において、前記（イ）のような判断の下、Ｅを残存させず、Ｌグループ内の既存法人に吸収合併することには、合理的な理由となる事業目的が十分に存在するといえる上、何ら不自然なものではない。
ウ これに対し、被告は、Ｅは、事業を営んでいない休眠会社であったから、同社を吸収合併することによる「事務管理費の削減」の効果は極めて限定的であり、原告にとってもＦにとっても、組織再編成による事業の拡大・縮小を行うことに伴う競争力の強化等といった、Ｅを吸収合併する事業上の必要はない旨主張するが、前記イの説示に照らし、採用することができない（なお、被告も、Ｅを吸収合併することにより、これが存続することによる諸経費の支出を削減できること自体は認めている。）。
（２）本件各合併に係るスキームについて
ア 原告がＦらを吸収合併したのは、Ｌグループの採用する本件ビジネスモデルに基づくものと認められ（甲１０５、弁論の全趣旨）、特に不自然なものではなく、かつ、合理的な理由となる事業目的が十分に認められる。また、ＥをＬグループ内の既存法人に吸収合併することに合理的な理由となる事業目的が十分に存在する上、何ら不自然なものではないといえることは、前記（１）のとおりである。
もっとも、本件各合併は、いずれも平成２９年●月●日に行われたものであるが、Ｆを合併法人、Ｅを被合併法人とする本件合併１の効力発生を停止条件として、原告を合併法人、Ｆらを被合併法人とする本件合併２の効力が発生することとされており（前提事実（７）ア〜ウ、認定事実（５）ア（ア））、本件未処理欠損金額を有していたＥを原告が直接合併するのではなく、Ｅを吸収合併した後のＦと原告が合併するという二段階で実施されたものである。
そこで、以下、このようなスキームで実行された本件各合併につき、組織再編税制に係る各規定を租税回避の手段として濫用することにより法人税の負担を減少させるものに当たるか否かを検討する。
イ（ア）株式会社の合併には、取締役会決議や株主総会決議を要し、合併後は商業登記手続等を要することなどから、複数の株式会社を吸収合併しようとする際は、同一の機会にこれを行うのが効率的であると考えられ、実際、複数の法人を被合併法人とする合併が同日に行われる例が見受けられる。しかし、会社法上、吸収合併は、単一の存続会社と単一の消滅会社との間で行われるものと整理されていることから、２社以上の消滅会社と単一の存続会社との間で一体のものとして吸収合併を行う場合であっても、各消滅会社と存続会社との間で各別に吸収合併が行われるものと整理され、吸収合併契約も消滅会社ごとに各別のものとして存在することとなっており、このような複数の吸収合併を実質的に一体のものとして行うため、実務上、同日付けで複数の吸収合併を実施する場合には、例えば、第一合併の効力発生を停止条件として第二合併を実行するなど、各吸収合併に順序を付し、その効力発生に条件を付けるという方法が採られている。このような順序及び条件の付いた合併としては、単一の存続会社が複数の消滅会社を同日に吸収合併するものだけでなく、Ａ社をＢ社が吸収合併し、その効力発生を停止条件として、同日付けでＢ社をＣ社が合併するという、二段階にわたる重層的な合併も行われている（認定事実（６）ア）。
そして、課税実務上も、このような整理及び合併の実務を踏まえ、三社合併が行われた場合、適格合併に当たるか否かの判定は、当該三社合併に係る個々の合併ごとに行うこととされ、三社合併に係る個々の合併に順序が付されている場合には、私法上は原則としてその順序に応じ個々の合併の効力が生ずることとなるから、税制上もその順序どおり合併が行われたものとして、適格合併に当たるか否かの判定を行うこととされている（認定事実（６）イ）。
（イ）したがって、本件各合併が二段階で行われたからといって、必ずしも、通常は想定されない手順や方法が採られたということはできない。
被告の主張のうち、本件各合併が二段階で行われたことの不自然さをいう部分は、このような合併の実情を的確に踏まえたものとはいえない。
ウ（ア）しかも、ＥとＦには外部株主が存在しないのに対し、原告には外部株主（Ｔ）が存在していたから、①本件各合併のスキームを採れば、Ｐに対しては、Ｆの１社分の株式についてのみ、原告の株式を割当て交付すれば足りるのに対し、②仮に、本件合併１を経ずに、Ｅ及びＦをそれぞれ被合併法人とし、原告を合併法人とする各合併を実施した場合には、原告とＥとの合併比率及び原告とＦとの合併比率をそれぞれ計算した上で、Ｐに対してＦとＥの２社分の株式について、原告の株式を割り当てることが必要となると認められ、この点において、一定の事務の煩雑さがあることは否めない（現に、原告は、本件合併２に際し、Ｐに対して原告の普通株式を割当て交付しているが、Ｆは、本件合併１に際し、Ｐに対してＦの株式等の交付及び割当てを行っていない。認定事実（５）ア（イ））。これに対し、原告が直接Ｅを吸収合併するのではなく、本件各合併のスキームを採ることにより、事務負担が大幅に増大するとは認められない。
これらのことからすると、原告が直接Ｅを吸収合併するのではなく、ＦがＥを吸収合併した上で、原告がＦを吸収合併したのは、客観的にみて、効率的な事務の遂行に資するものであったと評価することができる。
（イ）被告は、原告とＥとが直接合併することを妨げる事情は見当たらず、本件各合併はあえてう遠な手順ないし方法を採ったものである旨主張するが、直接合併する場合には前記（ア）のような事務の煩雑さが生ずるし、前記イのような合併の実情をも併せ考慮すると、そもそも、原告が直接Ｅを吸収合併することのみが通常の手順ないし方法であるとも、本来そうすべきであるともいえない。
したがって、本件各合併のスキームについて、通常は想定されない手順や方法を採るものであるとか、通常（本来）とは異なり、あえてう遠な手順や方法を採るものであるなどと評価することはできない。
エ これらの事情を踏まえると、原告がＥ及びＦら（合計５社）の全てを直接吸収合併するのではなく、ＦがＥを吸収合併し（本件合併１）、その効力発生を停止条件として、原告がＦらを吸収合併したこと（本件合併２）は、「通常は想定されない組織再編成の手順や方法に基づくもの」などではなく、むしろ、一般に採られている合理的な手順・方法の一つと認められる。
オ また、ＥとＦはいずれもＰの完全子会社であり、完全支配関係があるから、本件合併１は、完全支配適格合併に当たると認められるのであって、そこに実態と乖離した形式の作出はみられない。被告の主張のうち、ＥからＦに事業が引き継がれないこと（ひいてはＥから原告に事業が引き継がれないこと）を捉えて本件各合併につき実態と乖離した適格合併の形式を作出した旨をいう部分は、完全支配関係適格合併の場合において、「合併による事業の移転及び合併後の事業の継続」が法人税法５７条２項等の適用の「前提」となっているものではない上（前記３）、Ｅの合併には合理的な事業目的が存在するのであり（前記（１））、かつ、本件合併１の前後で経済実態に実質的な変更がないことからすると、採用することができない。
さらに、本件各合併を総体としてみても、原告を合併法人としてＥ、Ｆら及び原告の６社が合併するというものであり、本件各合併の前後で経済実態に実質的な変更はないのであって、その実態と形式との間に乖離はみられない。
カ（ア）確かに、原告がＥを直接吸収合併する場合には適格合併とならず、本件未処理欠損金額は原告に引き継がれないのに対し、本件各合併によれば、本件合併１及び本件合併２がいずれも適格合併であるため、本件未処理欠損金額は原告に引き継がれることとなる。
（イ）しかしながら、このような差異が生ずるのは、会社法上、吸収合併の当事者が２社に限られており、同日付けで複数の吸収合併が行われる場合には順序及び条件を付けるとの取扱いが行われ、課税実務上もこれを踏まえて適格合併か否かを判定していること（認定事実（６）ア、イ）の帰結にすぎない。また、上記のとおり合併に順序及び条件を付すに当たり、税務上の観点を考慮して順序及び条件を付すことは制限されておらず、むしろ、かかる観点も考慮して順序及び条件を付すのは通常のことと考えられる（認定事実（６）ウ参照）。
そして、株式会社が合理的な事業目的のある組織再編成を行うに当たり、通常は想定されない手順や方法ではなく、実態と乖離した形式を作出するものでもない、不自然性の全く認められない複数の手順や方法の中から最も税負担の少ないものを採ったとしても、そのことから直ちに組織再編税制に係る各規定を租税回避の手段として濫用したものということはできないところ（前記２（２））、前記アからオまでにおいて認定、説示したとおり、Ｅ及びＦらを吸収合併することは、本件ビジネスモデルに基づくものであり、合理的な事業目的が十分に認められる上、本件各合併のスキームをみても、通常は想定されない手順や方法ではなく、一般に採られている合理的な手順・方法の一つと認められ、かつ、実態と形式との間に乖離はみられない。
しかも、本件各合併のスキームは、①課税上のメリットがなく、かつ、事務効率化のメリットもない（事務の煩雑さがある）手順・方法（原告が直接Ｅを吸収合併する場合）と、②課税上のメリットがあり、かつ、事務効率化のメリットもある（事務の煩雑さが生じない）手順・方法（本件各合併の場合）のうち、後者を採用したというものであるから、事務効率化のメリットを数値化したり、課税上のメリットと事務効率化のメリットの大小や目的の主従関係を比較したりして検討するまでもなく、営利企業にとって合理的な経済活動と評価できるものであって、何ら不自然なものではない。
（ウ）したがって、前記（ア）の点をもって、本件各合併につき、組織再編税制に係る各規定の本来の趣旨及び目的から逸脱する態様でその適用を受けるものということはできず、組織再編税制に係る各規定を租税回避の手段として濫用することにより法人税の負担を減少させるものと評価することもできない。
キ（ア）また、Ｌグループがグループの再編について多角的に検討する際、原告に対してＥの繰越欠損金（本件未処理欠損金額）を引き継がせるに当たり、組織再編税制上、原告とＥが直接合併すると従業者引継要件及び事業継続要件の欠缺により適格合併ではなく非適格合併として取り扱われることになるため、ＰによるＦの株式の保有割合を１００％にした上で、ＥとＦが合併した後に、合併法人であるＦが原告と合併する二段階の合併が必要であることなどが指摘されており（認定事実（４）ア）、現に、Ｆは、本件各合併に先立ち（ただし、本件各合併に係る契約締結の１年以上前）、Ｔから本件Ｆ優先株式を取得（本件優先株式取得）及び消却することにより、Ｐの完全子会社となり、これにより、本件合併１に係る完全支配関係が生ずることとなったものである（前提事実（６）ウ、同（７）エ、認定事実（４）イ（ウ））。
（イ）しかしながら、Ｆは、適法な手続に従って本件Ｆ優先株式を取得（本件優先株式取得）及び消却することにより、Ｐの完全子会社となったものであって、何らかの仮装をしたり虚偽の外観を作出したりしたものでないのはもとより、それ自体、通常は想定されない手順や方法に基づくものでも、実態とは乖離した形式を作出したものでもなく、何ら不自然なものではない。
しかも、Ｋが平成２６年２月２５日付けで締結した本件シンジケートローン契約には本件コベナンツ条項が付与されていたから（認定事実（４）イ（ア））、Ｔが本件Ｆ優先株式を保有しているままでは、平成２７年１０月１４日以降（同日１３日の経過以降）、ＴがＦに対し、その取得を請求できる権利を行使し、その取得と引換えに普通株式がＴに交付される結果、本件コベナンツ条項に違反する状態が生じ、Ｋが本件シンジケートローン契約上の期限の利益を失うというリスク（本件コベナンツ条項に係るリスクのうち本件Ｆ優先株式に起因するリスク）が存在していた。そうすると、本件優先株式取得等は、かかるリスクを抜本的に解消するための合理的な方法であったと認められる。そして、本件Ｆ優先株式と同様にＴが保有し、本件コベナンツ条項に係るリスクの原因となり得る本件原告優先株式については、そのうち平成１７年１０月１３日発行の５株を含む１０株につき、上記リスクが最初に顕在化し得る平成２７年１０月１４日に先立ち、同年３月３１日、Ｔが平成３２年６月３０日まで取得請求権を行使しない旨、原告とＴとの間で合意していること（前提事実（６）イ）からすると、Ｌグループが遅くとも平成２７年３月までに本件コベナンツ条項に係るリスクを認識していたことは明らかである。
それにもかかわらず、本件原告優先株式と同様に本件コベナンツ条項に係るリスクの原因となり得る本件Ｆ優先株式について、本件原告優先株式に係る上記合意のような合意は締結されず（認定事実（４）イ（イ））、かえって、上記リスクが最初に顕在化し得る同年１０月１４日の直前である同月９日を「取得日」とする本件優先株式取得等が行われたことからすると（同（ウ））、本件優先株式取得等には、Ｌグループにおいて、上記リスクへの対処という意義も込められていたことが優に認められるのであって、合理的な理由となる事業目的が存在したと認められる。
このことは、被告提出の証拠（乙４１～５５）等によっても、Ｌグループにおけるグループ再編の検討に当たり、本件シンジケートローン契約の締結より前にＦの完全子会社化について検討されていたとまでは認められず、Ｆの完全子会社化に係る検討は、本件コベナンツ条項に係るリスクが存在する状況下で行われていたこととも符合する。
そして、平成２１年頃以降に行われたＬグループの組織再編に係る一連の検討においては、合併の時期や欠損金額の引継ぎ制限の有無等についても検討されていたところ、上記の事情も踏まえると、かかる検討において、原告が本件未処理欠損金額を引き継ぐための前提条件としてＦの完全子会社化について指摘することは、営利企業であるＬグループが組織再編による税務上の影響を検討する上での通常の行動にすぎない。
（なお、仮に、本件Ｆ優先株式について、本件原告優先株式に係る上記合意のような合意が締結されていたとしても、本件優先株式取得は、本件Ｆ優先株式に起因する本件コベナンツ条項に係るリスクを抜本的に解消するものであるから、そこに合理的な事業目的が存在したとの上記認定は左右されない。）
（ウ）これらの事情によれば、前記（ア）の点をもって、本件各合併につき、通常は想定されない組織再編成の手順や方法に基づいたり、実態とは乖離した形式を作出したりするなど、不自然なものということはできず、しかも、Ｆの完全子会社化には合理的な事業目的が存在したから、組織再編税制に係る各規定の本来の趣旨及び目的から逸脱する態様でその適用を受けるものとはいえないのであって、組織再編税制に係る各規定を租税回避の手段として濫用することにより法人税の負担を減少させるものと評価することはできない。
ク（ア）なお、Ｅ及びＦらの吸収合併が本件ビジネスモデルに基づくもので、合理的な理由となる事業目的が十分に存在するものであり（前記ア）、また、本件各合併に当たり、本件合併１と本件合併２との二段階で行ったことが通常は想定されない、又はう遠な手順や方法をあえて採るものではなく（前記イ、ウ）、一般に採られている合理的な手順・方法の一つであるとしても（前記エ）、Ｌグループが本件各合併のスキームを採用するに当たり、本件未処理欠損金額の原告への引継ぎを重視したことは否定し難い（認定事実（４）ア参照。原告も、かかる考慮をしたことを認めている。）。
（イ）しかしながら、本件各合併は、Ｌグループで繰り返されていた組織再編成の一環として本件ビジネスモデルに基づき事務管理費の削減と経営効率の向上を図ることを目的として実行されたものであり、しかも、前記ウ、カ、キのような事情があったから、本件各合併に係るスキームを採用したことについても、合理的な理由となる事業目的その他の事由が存在していたということができる。
（ウ）また、そもそも、株式会社が一定規模以上の取引をするに当たり、税務上の影響を全く考慮しないことは考え難く、そのような考慮をすることはむしろ当然であって、株式会社が合理的な事業目的のある組織再編成を行うに当たり、通常は想定されない手順や方法ではなく、実態と乖離した形式を作出するものでもない、不自然性の全く認められない複数の手順や方法の中から最も税負担の少ないものを採ったとしても、そのことから直ちに組織再編税制に係る各規定を租税回避の手段として濫用したものということはできない。
そして、前記イからキまでにおいて認定、説示したとおり、本件各合併に係るスキームは、通常は想定されない手順や方法に基づいたり、実態とは乖離した形式を作出したりするなどといった、不自然なものでは全くないのであるから、そのスキームの採用に当たり、本件未処理欠損金額の原告への引継ぎを重視したとしても、このことをもって、組織再編税制に係る各規定の本来の趣旨及び目的から逸脱する態様でその適用を受けるものということはできない（前記２（２）参照）。
（３）以上を総合すると、ＦがＥを吸収合併し（本件合併１）、その効力発生を停止条件として、原告がＦらを吸収合併する（本件合併２）という本件各合併について、その各部分を個別にみた場合においても、その全体をみた場合においても、「通常は想定されない組織再編成の手順や方法に基づくもの」でも、「実態とは乖離した形式を作出したりするもの」でもなく、何ら不自然なものとはいえないし、かかるスキームを採用して合併を行うことの「合理的な理由となる事業目的その他の事由」が存在することからすると、組織再編税制に係る各規定の本来の趣旨及び目的から逸脱する態様でその適用を受けるものとは認められない。
これに反する被告の主張は、理由がない。
５ 小括
したがって、本件各合併は、組織再編税制に係る法人税法５７条２項等の各規定を租税回避の手段として濫用することによって法人税の負担を減少させるものとはいえず、「法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるもの」（同法１３２条の２）に当たるということはできないから、これに該当することを前提に行われた本件各更正処分等は、いずれも違法である。
第４ 結論
以上によれば、原告の請求にはいずれも理由があるから、これらを認容することとし、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官篠田賢治
裁判官下和弘
裁判官鈴木真耶
〔PDF 42頁は画像のため本文テキストなし〕
（別紙２）
略称・略語一覧表
１ 法人名に係る略称
・ＮＮ株式会社
・ＭＭ株式会社（Ｅの旧商号）
・ＯＯ株式会社（Ｉの旧商号）
・ＶＶ株式会社
・Ｗ株式会社Ｗ
・ＺＺ株式会社
・ＧＧ株式会社
・Ｓ社株式会社Ｓ
・ＨＨ株式会社
・ＴＴ株式会社
・ＬＬ株式会社
・ＬグループＬ（平成３０年●月●日以前においてはＫ）を持株会社とする企業グループ
・ＫＫ株式会社
・ＲＲ株式会社（旧商号：ｅ株式会社）
・ＩＩ株式会社（旧商号：Ｏ株式会社）
・ＦＦ株式会社
・ＦらＦ、Ｇ、Ｈ及びＩを併せたもの
・ＵＵ株式会社
・ＰＰ株式会社
・ＱＱ株式会社
・ＥＥ株式会社（旧商号：Ｍ株式会社）
２ 個人名に係る略称
・乙乙
・丙税理士丙税理士
３ 略語
・「新たな問題」本件簿外債務に関して生じるトラブル、クレーム、請求、訴訟、その他一切の紛争
・移転資産等組織再編成により移転する資産等
・合併対価要件被合併法人の株主等に合併法人株式又は合併親法人株式のいずれか一方の株式又は出資以外の資産が交付されないものとの要件（法人税法
２条１２号の８）
・完全支配関係一の者が法人の発行済株式等の全部を直接若しくは間接に保有する関係として政令で定める関係（当事者間の完全支配の関係）又は一の者と
の間に当事者間の完全支配の関係がある法人相互の関係（法人税法２
条１２号の７の６、法人税法施行令４条の３第２項）
・完全支配関係継続要件合併前に被合併法人と合併法人との間に同一の者による完全支配関係があり、かつ、当該合併後に当該同一の者と合併法人との間に同一の
者による完全支配関係が継続することが見込まれているとの要件（法
人税法施行令４条の３第２項２号）
・完全支配関係適格合併被合併法人と合併法人との間にいずれか一方の法人による完全支配関係その他の政令で定める関係がある場合の合併（法人税法２条１２号
の８イ、法人税法施行令４条の３第２項）
・期限内申告税額通則法６５条３項２号に規定する期限内申告税額
・共同事業適格合併被合併法人と合併法人とが共同で事業を営むための合併として政令で定めるもの（法人税法２条１２号の８ハ）
・共同事業要件法人税法施行令４条の３第４項各号に規定される要件
・考慮要素（考慮事情）①当該法人の行為又は計算が、通常は想定されない組織再編成の手順や方法に基づいたり、実態とは乖離した形式を作出したりするなど、不
自然なものであるかどうかの事情
・考慮要素（考慮事情）②税負担の減少以外にそのような行為又は計算を行うことの合理的な理由となる事業目的その他の事由が存在するかどうかの事情
・最高裁昭和４３年判決最高裁昭和●●年（○○）第●●号同４３年５月２日第一小法廷判決・民集２２巻５号１０６７頁
・最高裁平成２８年判決最高裁平成●●年（○○）第●●号同２８年２月２９日第一小法廷判決・民集７０巻２号２４２頁
・事業継続要件合併に係る被合併法人の当該合併前に営む主要な事業が、当該合併後に当該合併に係る合併法人において引き続き営まれることが見込まれ
ていることとの要件（法人税法２条１２号の８ロの（２））
・支配関係一の者が法人の発行済株式若しくは出資（当該法人が有する自己の株式又は出資を除く。発行済株式等）の総数若しくは総額の１００分の
５０を超える数若しくは金額の株式若しくは出資を直接若しくは間接
に保有する関係として政令で定める関係（当事者間の支配の関係）又
は一の者との間に当事者間の支配の関係がある法人相互の関係（法人
税法２条１２号の７の５、法人税法施行令４条の３第３項）
・支配関係適格合併被合併法人と合併法人との間にいずれか一方の法人による支配関係その他の政令で定める関係がある場合の合併で従業者引継要件及び事業
継続要件の各要件の全てを満たすもの（法人税法２条１２号の８ロ、
法人税法施行令４条の３第３項）
・従業者引継要件合併に係る被合併法人の当該合併の直前の従業者のうち、その総数のおおむね１００分の８０以上に相当する数の者が当該合併後に当該合
併に係る合併法人の業務に従事することが見込まれていることとの要
件（法人税法２条１２号の８ロの（１））
・小委員会税制調査会法人課税小委員会
・処分行政庁東京上野税務署長
・前９年内事業年度法人税法５７条２項に規定する、適格合併が行われた場合における当該適格合併に係る被合併法人の当該適格合併の日前９年以内に開始し
た各事業年度
・通則法国税通則法
・適格合併法人税法２条１２号の８所定の、同号のイからハまでのいずれかに該当する合併で被合併法人の株主等に合併法人株式又は合併親法人株式
のいずれか一方の株式又は出資以外の資産が交付されないもの（法人
税法２条１２号の８）
・不当性要件「法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるもの」（法人税法１３２条の２）
・平成２２年３月期Ｅの平成２１年４月２８日から平成２２年３月３１日までの事業年度（他の法人においても同様に表記する。）
・法人税法平成２９年法律第４号による改正前の法人税法
・法人税法５７条２項等法人税法５７条２項及び同法８１条の９第２項２号イを併せたもの・法人税法施行令平成２９年政令第１０６号による改正前の法人税法施行令
・法人税法施行規則平成２９年財務省令第１７号による改正前の法人税法施行規則・本件各合併本件合併１及び本件合併２を併せたもの
・本件合併１平成２９年●月●日に行われた、Ｆを合併法人、Ｅを被合併法人とする合併
・本件合併２平成２９年●月●日に行われた、原告を合併法人、Ｆ、Ｇ、Ｈ及びＩ（、Ｆら）を被合併法人とする合併
・本件各更正処分本件法人税更正処分及び本件地方法人税更正処分を併せたもの・本件各更正処分等本件法人税更正処分、本件地方法人税更正処分及び本件各賦課決定処分を併せたもの
・本件各賦課決定処分処分行政庁が令和元年６月２８日付けで行った、本件連結事業年度の法人税の過少申告加算税賦課決定処分及び本件課税事業年度の地方法
人税の過少申告加算税賦課決定処分を併せたもの
・本件課税事業年度原告の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの課税事業年度
・本件株式譲渡Ｅが平成２１年９月１日にＲに対して行った、Ｑの株式２００株の譲渡
・本件原告優先株式原告のＡ種優先株式
・本件コベナンツ条項Ｋが、本件シンジケートローン契約の締結日以降、同契約上の全ての債務の履行を完了するまでの間、契約締結日現在における連結子会社
に対する直接又は間接の議決権割合を１００％に維持することを確約
する旨の同契約上の条項
・本件コベナンツ条項に係るリスクＴが本件原告優先株式又は本件Ｆ優先株式の取得を請求できる権利を行使し、その取得と引換えに普通株式がＴに交付される結果、
本件コベナンツ条項に違反する状態が生じ、Ｋが本件シンジケートロ
ーン契約上の期限の利益を失うというリスク
・本件ゴルフ場事業等Ｅの営むゴルフ場経営及びこれに付帯し、又は関連する一切の事業・本件譲渡契約ＰとＮとの間で平成２１年２月２日付けで締結された、Ｍほか２社の株式及び貸付債権の譲渡に関する契約
・本件譲渡契約書本件譲渡契約に係る契約書
・本件シンジケートローン契約Ｋが平成２６年２月２５日付けで株式会社ａ銀行等との間で締結したシンジケートローン契約
・本件地方法人税確定申告書本件課税事業年度の地方法人税確定申告書（乙５９）
・本件地方法人税更正処分処分行政庁が令和元年６月２８日付けで行った、本件課税事業年度の地方法人税の更正処分
・本件買収Ｐが平成２１年４月２８日に行った、Ｍの全株式及び同社に対して有する貸付債権のＮからの取得
・本件ビジネスモデル経営危機に陥るなどしたゴルフ場運営法人を買収して規模を拡大させ、多数のゴルフ場を本部で集中管理し、ゴルフ用品等を一括購入するな
どしてスケールメリットを追求するとともに、買収により増え続ける
子会社の数を合併により削減することにより、経営の合理化・効率化
を追求するというＬグループのビジネスモデル
・本件Ｆ優先株式ＦのＡ種優先株式
・本件分割Ｅが平成２１年７月●日に行った、本件ゴルフ場事業等に係る権利義務（一部の資産等を除く。）を新設したＱに承継させた分割
・本件文書回答事例「三社合併における適格判定について（照会）」と題する文書回答事例（甲４９、乙６４）
・本件法人税更正処分処分行政庁が令和元年６月２８日付けで行った、本件連結事業年度の法人税の更正処分
・本件法人税連結確定申告書本件連結事業年度の法人税連結確定申告書（乙５９）
・本件簿外債務Ｍ及びＯの元代表取締役である乙の業務上の不正行為に起因する債務・本件未処理欠損金額Ｅが本件合併１の直前に有していた未処理欠損金額５７億８１４８万７６３５円
・本件優先株式取得Ｆが平成２７年１０月９日に行った、Ｔからの本件Ｆ優先株式の取得・本件連結事業年度原告の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの連結事業年度
・未処理欠損金額法人税法５７条２項に規定する、前９年内事業年度において生じた欠損金額
〔PDF 47～59頁は画像のため本文テキストなし〕
（別紙４）
１ 平成２０年１２月３１日時点でＬグループを構成する主な法人
法人名（略語）
法人の概要
Ｋ
ゴルフ場の企画、建設、開発、所有、管理、運営及び経営等の事業を営む
会社並びにこれに相当する業務を営む外国会社の株式又は持分を直接的又は
間接的に保有することにより、当該会社の事業活動を支配・管理することを
目的として平成１６年１２月●日に設立された法人（持株会社）である。Ｌ
と平成３０年●月●日に合併し解散した。
Ｐ
ゴルフ場等に関する企画設計業務等を目的として平成１６年２月●日に設
立された法人である。Ｌと平成３０年●月●日に合併し解散した。
Ｌ
ゴルフ場等の経営等を目的として昭和６１年１０月●日に設立された法人
である。
Ｒ
ゴルフ場等の経営等を目的として平成４年１０月●日に設立された法人で
ある。原告と平成２２年６月●日に合併して解散した。
Ｆ
ゴルフ場の所有及び運営等を目的として昭和４５年８月●日に設立された
法人であり、平成２２年３月３１日に商号をｆ（沖縄）株式会社から現商号
に変更した。原告と平成２９年●月●日に合併し解散した。
Ｇ
ゴルフ場等の企画及び経営等を目的として平成２０年６月●日に設立され
た法人である。原告と平成２９年●月●日に合併して解散した。
２ 平成２１年１月１日以降にＬグループを構成するに至った主な法人
法人名（略語）
法人の概要
Ｈ
ゴルフ場等の企画及び経営等を目的として平成２年８月●日に設立された
法人である。原告と平成２９年●月●日に合併して解散した。
Ｉ
ゴルフ場等の企画及び経営等を目的として昭和６３年１月●日に設立され
た法人であり、平成２１年４月１日に商号をＯ株式会社から現商号に変更し
た。原告と平成２９年●月●日に合併して解散した。
Ｅ
ゴルフ場等の経営等を目的として平成２年４月●日に設立された法人であ
り、平成２１年４月２８日に商号をＭ株式会社から現商号に変更した。Ｆと
平成２９年●月●日に合併し解散した。
Ｑ
ゴルフ場の所有及び運営等を目的としてＥから分社型分割により平成２１
年７月●日に設立された法人である。Ｇと平成２１年１２月●日に合併し解
散した。
〔PDF 61～68頁は画像のため本文テキストなし〕
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2024/pdf/14023.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。