税務訴訟資料第２７４号（順号１４０５０）
札幌地方裁判所令和●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（岩見沢税務署長）
令和６年１１月２９日棄却・控訴
判決
原告有限会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士澤田昌廣
被告国
同代表者法務大臣鈴木馨祐
処分行政庁岩見沢税務署長
山崎勝
同指定代理人荻野文則
同田中真理子
同坂田祐輔
同佐藤瑠梨
同大西規行
同高山勇司
同堀善貴
同鈴木郁朗
同後藤友彰
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 岩見沢税務署長が原告に対して令和４年３月１１日付けでした平成３１年１月１日から令和元年１２月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額１２９８万８５８３円、納付すべき税額２３４万３１００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
２ 岩見沢税務署長が原告に対して令和４年３月１１日付けでした平成３１年１月１日から令和元年１２月３１日までの課税事業年度の地方法人税の更正処分のうち課税標準法人税額２３５万７０００円、納付すべき税額１０万３７００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、畜産業等を営む有限会社である原告が、平成３１年１月１日から令和元年１２月３１日までの事業年度又は課税事業年度に係る法人税及び地方法人税の確定申告に当たって、農業経営基盤強化準備金として積み立てた金額を損金に算入したものの、各確定申告書に農林水産大臣が発行した証明書を添付しなかったところ、岩見沢税務署長（処分行政庁）が、上記証明書の添付がないことを理由として、租税特別措置法（平成３１年法律第６号による改正前のもの。以下「租特法」という。）６１条の２第１項１号に規定する農業経営基盤強化に要する費用の支出に備えるものとして政令で定める金額は存在せず、農業経営基盤強化準備金積立額の損金算入額の計算における積立限度額は０円であるとして、上記事業年度に係る法人税及び上記課税事業年度に係る地方法人税の各更正処分並びに同法人税及び同地方法人税に係る各過少申告加算税の賦課決定処分（これらの処分をまとめて以下「本件各処分」ともいう。）をしたのに対し、原告が、本件各処分の取消しを求める事案である。
１ 関係法令の定め
本件に関連する法令の定めは別紙１ないし７のとおりである（同別紙に定める略称等は、以下においても用いる。）。
２ 前提事実（当事者間に争いのない事実及び弁論の趣旨により容易に認められる事実）
（１）農業経営基盤強化準備金制度
農業経営基盤強化準備金制度は、青色申告書を提出する認定農地所有適格法人に該当する者が、農業の担い手に対する経営安定のための交付金の交付に関する法律に規定する交付金その他これに類する交付金又は補助金の交付を受けた場合において、認定計画の定めるところに従って行う農業経営基盤強化に要する費用に充てるため、一定の金額を損金経理の方法により農業経営基盤強化準備金として積み立てたときは、その積み立てた金額を損金の額に算入することができる制度であり、その目的は、他産業並みの年間労働時間で他産業並みの生涯所得をあげ得る効率的かつ安定的な農業経営を実現するために、税制上、農業の担い手の経営の安定を図ることにある。
（２）原告による確定申告
ア 原告は、畜産業等を目的とする有限会社である。原告は、法人税及び地方法人税につき青色申告の承認を受けており、認定農地所有適格法人に該当する（弁論の全趣旨）。
イ 原告は、平成３１年１月１日から令和元年１２月３１日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）ないし課税事業年度（以下「本件課税事業年度」という。）についての確定申告に際し、損金経理をした農業経営基盤強化準備金積立額として４７０５万４０００円を計上した。
ウ 原告は、本件事業年度に係る法人税につき、法定申告期間内である令和２年３月１日、所得金額を１２９８万８５８３円、納付すべき税額を２３４万３１００円とする確定申告（青色申告）をした。
エ 原告は、本件課税事業年度に係る地方法人税につき、法定申告期限内である令和２年３月１日、課税標準法人税額を２３５万７０００円、納税すべき地方法人税額を１０万３７００円とする確定申告（青色申告）をした。
オ 原告は、上記ウ及びエの各確定申告の際に提出した確定申告書に、租特法６１条の２第１項１号に規定する金額の損金算入に関する記載をし、当該金額の計算に関する明細書を添付したが、租特法施行規則２１条の１８の２第２項が規定する、農林水産大臣の認定計画に記載された農用地等の取得に充てるための金額である旨を証する書類（以下「準備金証明書」という。）を添付しなかった。
カ なお、原告は、同年１月２０日に農業経営基盤強化準備金に関する証明申請書及び農業経営基盤強化準備金に関する計画書兼実績報告書を作成し、同月下旬、これらをＢ農業協同組合に提出した。Ｂ農業協同組合は、同年３月２日、上記申請書等をＣ事務所に提出し、これを受けて、農林水産大臣は、同月１２日、原告の上記申請に係る準備金証明書を発行した。
（３）本件各処分に至る経緯
ア 札幌中税務署の特別国税調査官は、令和３年１０月２５日、原告に対する税務調査を開始し、同年１１月１９日、原告に対し、確定申告書への準備金証明書の添付漏れを指摘した。
イ これを受けて、原告は、上記（２）カの準備金証明書を上記税務調査の担当者に送付し、上記調査官は、同月２２日に同準備金証明書を受領した。
ウ 岩見沢税務署長は、令和４年３月１１日、確定申告書に上記準備金証明書が添付されていなかったことを理由として、原告には本件事業年度において租特法６１条の２第１項を適用できないとして、原告に対し、所得金額を６００４万２５８３円、納付すべき税額を１０９１万６５００円とする本件事業年度に係る法人税の更正処分及び課税標準法人税額を１３２７万３０００円、納付すべき税額を５８万４０００円とする本件課税事業年度に係る地方法人税の更正処分並びに同法人税及び同地方法人税に係る各過少申告加算税の賦課決定処分（本件各処分）をした。
（４）審査請求及びこれに対する裁決
原告は、令和４年３月１８日、国税不服審判所長に対し、本件各処分を不服として審査請求をしたが、同所長は、令和５年２月１６日、同審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした。
（５）なお、原告が、上記（２）ウ及びエの各確定申告書を提出した際に、仮に、上記（２）カの準備金証明書が発行され、これを添付していたならば、岩見沢税務署長は、上記の各確定申告書の記載内容を相当なものと認め、本件各処分をしなかった。
３ 争点
租特法６１条の２第１項によって農業経営基盤強化準備金積立額を損金に算入するために、確定申告書を提出する際に準備金証明書が発行され、これが添付されること（租特法施行規則２１条の１８の２第２項）を要するか。
４ 争点についての当事者の主張
（原告の主張）
（１）租税法律主義のもとでは、課税要件のみならず、賦課、納付、徴税の手続も法律によって規定すべきものとされ、法律がこれらの事項を政令以下の行政命令に一般的・白紙的に委任することは許されず、許されるのは、徴収手続の細目を委任するとか、個別具体的な限定をして委任するなど、租税法律主義の本質を損なわないものに限られる。そして、租税法律主義のもとで租税法規を解釈する場合には、ある事項が課税要件として課されているかどうかにつき法律上明文の定めがない場合、当該事項は課税要件と解すべきではない。
租特法６１条の２第１項１号は、「当該交付金等の額のうち農業経営基盤強化に要する費用の支出に備えるものとして政令で定める金額」と規定するのみで、準備金証明書の添付という手続的な事項を課税要件とすることを規定していない。仮に、準備金証明書の添付を課税要件として定めるのであれば、準備金証明書の添付という手続的な事項を課税要件とすること自体は法律で規定した上で、手続の細目を政令等に委任すれば足りる。このような規定をしていない以上、租特法６１条の２第１項が積立限度額を算定するために手続的事項を課税要件としているとも、手続的事項を課税要件として規定することを政令等に委任しているともいえないから、積立限度額を算定するために確定申告書に準備金証明書の添付を求めた租特法施行令３７条の２第１項及び租特法施行規則２１条の１８の２第２項は、法律の有効な委任がないのに準備金証明書の添付要件を加重したものとして、租税法律主義に照らして無効である。
（２）租特法及び法人税法上の「確定申告書」には当該申告書に係る期限後申告書が含まれ、また、租特法施行規則２１条の１８の２第２項は、準備金証明書の添付という手続的事項を積立限度額の確認という手続的な効果を有する限度で有効であるところ、期限後申告書に準備金証明書を添付することによっても同項の要件は満たされる。原告が適用を受けようとする事業年度の確定申告期限を徒過しているのに、農林水産大臣が原告に対して準備金証明書を発行していることもその証左である。
（被告の主張）
（１）租特法６１条の２第１項１号は、政令で定める手続内容について、いかなる場合に当該交付金等の額のうち認定計画の定めるところに従って行う農業経営基盤強化に要する費用の支出に備えるものと認められるかという個別具体的な委任をしており、一般的・白紙的委任ではない。
そして、農業経営基盤強化準備金として積み立てた金額は、既に支出済みの確定的な金額という性質のものではなく、将来的な費用の支出に充てることが予定されている金額を基準とすることから、法人によって任意に調整可能なものである。また、農業経営基盤強化に要する費用の支出については、認定計画に従って行われたものであることを要する。そのため、農業経営基盤強化準備金として積み立てられた金額であるかは、制度上、納税者の申告のみによって定まるものではなく、農林水産省その他行政機関による判定等がなければならないのは当然である。それゆえ、租特法６１条の２第１項１号は、「費用の支出に備えるもの」と認められるための要件として、農林水産大臣による証明を要することを当然に予定しているものである。
その上、農業経営基盤強化準備金の損金算入に係る税制上の優遇制度は、申告納税制度を前提とした法人税法の特例であることからすると、納税額が具体的に確定すべき確定申告書の提出等の時点において、農林水産大臣による証明書類を添付して提出することを要するのも当然であり、租特法６１条の２第１項１号が、このような手続内容を政省令に委任する趣旨であることも明らかである。
したがって、租特法施行令３７条の２第１項は租特法６１条の２第１項１号の実施のために必要な技術的な事項を定めたものであって、同項の委任の趣旨に沿う規定であり、租特法施行規則２１条の１８の２第２項は租特法施行令３７条の２第１項の実施のために必要な技術的な事項を定めたものであって、同項の委任の趣旨に沿う規定である。
以上から、租特法６１条の２第１項１号は租税法律主義に反するものではなく、租特法施行令３７条の２第１項及び租特法施行規則２１条の１８の２第２項は、租特法６１条の２第１項１号の委任を受けた規定として有効である。
（２）上記（原告の主張）（２）は争う。
原告に準備金証明書が発行されたのは令和２年３月１２日であり、原告が本件事業年度に係る法人税の確定申告書を提出した同月１日の時点では、準備金証明書は発行されていなかった。
また、原告は、法定期限内に確定申告書を提出したから、法律上、期限後申告をすることはできない。
加えて、農林水産大臣は、準備金証明書を発行するにあたり、法定申告期限や、対象法人が既に確定申告書を提出しているか否かを考慮して準備金証明書の発行の可否を判断しない。
第３ 当裁判所の判断
１ 租特法６１条の２第１項１号の委任内容
（１）日本国憲法（以下「憲法」という。）は、国民は法律の定めるところにより納税の義務を負う旨を定めるとともに（３０条）、新たに租税を課し、又は現行の租税を変更するには、法律又は法律の定める条件によることを必要とする旨を定めて（８４条）、租税法律主義を採用するところ、租税の創設又は改廃のみならず、課税要件や租税の賦課徴収の手続も法律により明確に定められることを要請していると解される（最高裁昭和●●年（○○）第●●号・昭和３０年３月２３日大法廷判決民集９巻３号３３６頁、最高裁昭和●●年（○○）第●●号・昭和６０年３月２７日大法廷判決民集３９巻２号２４７頁、最高裁平成●●年（○○）第●●号・同年（○○）第●●号・平成１８年３月１日大法廷判決民集６０巻２号５８７頁参照）。
他方で、租税法規は、複雑かつ多様な経済事象をその規律の対象とするものであるところ、法律の形式で課税要件等の全てを規定することは困難であり、課税の公平及び徴税の適正等を図るために専門的かつ技術的な規定を設ける必要があることからすると、憲法も、課税要件等の規定について、一定の範囲において政令その他の下位法令に委任することを許容していると解される。もっとも、その反面、租税法律主義に係る憲法の上記趣旨に照らせば、法律が、課税要件等につき、個別・具体的な限定をして技術的・細目的な事項を政令等に委任することは許されるが、課税要件等の定めを政令等に一般的又は概括的に委任することは許されないと解される。
（２）以上を前提に、租特法６１条の２第１項１号が政令に委任する内容を検討すると、たしかに、同号には、農業経営基盤強化準備金として積み立てた金額の損金算入をするために、確定申告書等に農林水産大臣による準備金証明書を添付することを求める文言はない。
また、同条６項が準用する租特法５５条の２第３項には、確定申告書等に積み立てた金額の計算に関する明細書を添付する必要がある旨の規定があるものの、その他の書類を確定申告書等に添付する必要がある旨の規定はない。
しかし、同項は、上記損金算入が認められるために必要な要件を規定したにすぎず、同項所定の要件を満たしさえすれば、上記損金算入が認められるとまでは解されない。
また、租特法６１条の２第１項１号は、その文言のみをみても、農業経営基盤強化に要する費用の支出に備える「金額」がどのようなものであるかを定めることを政令に委任していると解され、「金額」を確定するために、納税者以外の者による判定を受けることや当該判定の内容を証する書面の提出を要することを排除する趣旨とは解されない。
なお、租特法６１条の３第２項は、「当該確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書その他財務省令で定める書類の添付がある場合に限り」との文言により、明細書のほか、財務省令で定める書類を確定申告書等に添付することを要件にすることを明示している一方、租特法６１条の２にはこのような明示はないが、そうであるとしても、上記「金額」を確定するための書面の提出をおよそ不要とする趣旨とまでは解されない。
（３）また、農業経営基盤強化準備金として積み立てた金額は、既に支出した確定的な金額ではなく、「農業経営基盤強化…に要する費用の支出に備えるため」のものであるから、事業年度ごとに法人がその額を任意に決めることが可能である上、農業経営基盤強化に要する費用の支出は、認定計画の定めるところに従って行う必要がある（租特法６１条の２第１項柱書）。そして、認定計画とは、市町村による認定を受けた農業経営改善計画のことをいうものであること（農業経営基盤強化促進法１２条１項、１３条１項）も考慮すると、上記積立額の上限を画する租特法６１条の２第１項１号の「金額」は、行政機関などの納税者以外の者による判定を含む認定計画を踏まえた基準によって定まることが想定されていると解される。
さらに、同項による損金経理は青色申告書を提出する法人を対象とするものであり、青色申告の承認を受けた法人に対する税務調査は当該法人の帳簿書類を調査することによって行われるものであるところ（法人税法１３０条１項）、青色申告の承認を受けた法人による損金算入であっても、租税官庁による確定申告に係る書類の確認や帳簿書類の調査によって、同項１号の「金額」を確定させ、農業経営基盤強化準備金として積み立てた金額の損金算入の適法性を判断することはできない。これに加えて、法人税法が税額確定の手続として申告納税制度を採用していること（国税通則法１６条１項１号、２項１号、法人税法７４条）に照らせば、同号の「金額」を確定させ、租税官庁が上記損金算入の適法性を判断するためには、納税者が上記損金算入の適法性を判断するために必要な資料を提出する必要があるといえる。
（４）以上のような、法律に規定された上記損金算入に係る制度の仕組みに照らせば、租特法６１条の２第１項１号は、同号の「金額」の確定方法として、納税者による損金算入に関する申告にとどまらない、認定計画を踏まえた基準を求めるとともに、上記損金算入の適法性を判断するために必要となる「金額」の確定に係る資料を納税者に提出させることを含め、政令にこれらの事項に関する技術的・細目的な事項を規定することを委任することを具体的に規定したものと解される。
２ 租特法施行令３７条の２第１項及び租特法施行規則２１条の１８の２第２項の有効性租特法施行令３７条の２第１項及びその委任を受けた租特法施行規則２１条の１８の２第２項は、租特法６１条の２第１項１号の「金額」の確定方法として、同項の適用を受けようとする事業年度の確定申告書等に、農林水産大臣の準備金証明書を添付することを規定するところ、これらの事項は、上記１で検討した同項１号の委任内容に関する技術的・細目的な事項といえるから、同号の委任の趣旨に適合するものであって、有効である。
３ 準備金証明書の提出時期に関する原告の主張について
原告は、本件事業年度又は本件課税事業年度に係る各確定申告書を提出し、法定の申告期限が過ぎた後に税務調査を受けたことから、確定申告後に農林水産大臣が発行した本件事業年度及び本件課税年度に係る準備金証明書を上記税務調査の担当者に送付しているところ、これにより租特法施行規則２１条の１８の２第２項の要件は満たされる旨を主張する。
しかし、租特法施行規則２１条の１８の２第２項の「確定申告書等」には期限後申告書も含まれるが（租特法施行規則１条２項、租特法２条２項２７号、法人税法２条３１号、３４号、国税通則法１８条１項、２項）、原告は、本件事業年度に係る法人税及び本件課税事業年度に係る地方法人税につき、法定申告期限内に確定申告をしているから（前提事実（２）ウ及びエ）、期限後申告は認められない。
そして、原告が各確定申告書を提出した時点では、準備金証明書は発行されていなかったのであるから、租特法施行令３７条の２が規定する「財務省令で定めるところにより証明がされた金額」はそもそも存在しなかったのであり、その後に準備金証明書が発行されたからといって、遡って、原告が提出した各確定申告書に記載した農業経営基盤強化準備金積立額が、租特法施行令３７条の２、租特法施行規則２１条の１８の２第２項により証明されたものとはならない。
農林水産大臣が、原告による本件事業年度又は本件課税事業年度の確定申告の後に準備金証明書を発行したことは、上記判断に抵触するものではない
したがって、原告の上記主張は採用できない。
なお、農林水産大臣による準備金証明書の発行が何らかの原因によって遅延した場合には、租特法６１条の２第１項による損金算入は認められないことになるが、租特法施行規則２１条の１８の２第２項が準備金証明書を確定申告書等に添付することを求めており、上記１及び２のとおり、かかる規定が有効であることからすると、上記事情は上記判断を左右しない。
４ 結論
よって、原告の請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとして、主文のとおり判決する。
札幌地方裁判所民事第５部
裁判長裁判官 守山修正
裁判官 石川紘紹
裁判官 滝嶌秀輝
〔PDF 8～10頁は画像のため本文テキストなし〕
(2項以下略）
〔PDF 12～21頁は画像のため本文テキストなし〕
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2024/pdf/14050.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。