税務訴訟資料第２７４号（順号１４０５９）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（麹町税務署長）
令和６年１２月１０日却下・棄却・控訴
判決
原告株式会社Ｄ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士宮岡孝之
同訴訟復代理人弁護士長船龍
被告国
同代表者法務大臣鈴木馨祐
処分行政庁麹町税務署長
小巻則仁
指定代理人印南真吾
同小埜寺信哉
同檀原健悟
同秋山真優美
同廣川勲平
ほか
主文
１ 本件訴えのうち、麹町税務署長が原告に対し令和３年６月２９日付けでした平成２９年８月１日から平成３０年７月３１日までの事業年度の法人税の更正処分中所得金額４３６０万２４８３円を超え４３６１万５２５７円を超えない部分、納付すべき法人税額８９５万１９００円を超え８９５万４９００円を超えない部分の取消しを求める部分を却下する。
２ 原告のその余の請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 麹町税務署長が原告に対し令和３年５月１３日付けでした平成２７年８月１日から平成２８年７月３１日までの事業年度以後の法人税の青色申告の承認の取消処分を取り消す。
２ 麹町税務署長が原告に対し令和３年６月２９日付けでした次の各処分を取り消す。
（１）平成２７年８月１日から平成２８年７月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額１３０１万１６９９円、納付すべき法人税額１５５万７４００円を超える部分及び重加算税賦課決定処分
（２）平成２８年８月１日から平成２９年７月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額２２７２万７６０１円、納付すべき法人税額３４８万３７００円を超える部分並びに過少申告加算税及び重加算税の各賦課決定処分
（３）平成２９年８月１日から平成３０年７月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額４３６０万２４８３円、納付すべき法人税額８９５万１９００円を超える部分及び重加算税賦課決定処分
（４）平成２７年８月１日から平成２８年７月３１日までの課税事業年度の地方法人税の更正処分のうち課税標準法人税額１５５万８０００円、納付すべき地方法人税額６万８５００円を超える部分及び重加算税賦課決定処分
（５）平成２８年８月１日から平成２９年７月３１日までの課税事業年度の地方法人税の更正処分のうち課税標準法人税額３４８万４０００円、納付すべき地方法人税額１５万３２００円を超える部分及び重加算税賦課決定処分
（６）平成２９年８月１日から平成３０年７月３１日までの課税事業年度の地方法人税の更正処分のうち課税標準法人税額８９５万４０００円、納付すべき地方法人税額３９万３９００円を超える部分及び重加算税賦課決定処分
（７）平成２７年８月１日から平成２８年７月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額１９７６万３３００円及び納付すべき地方消費税額５３２万７５００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
（８）平成２８年８月１日から平成２９年７月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額２１８５万８５００円及び納付すべき地方消費税額５８９万３４００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
（９）平成２９年８月１日から平成３０年７月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額７８９万１３００円及び納付すべき地方消費税額２１２万９３００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
第２ 事案の概要等
原告は、麹町税務署長（以下「処分行政庁」という。）から、①平成２７年８月１日から平成２８年７月３１日までの事業年度（以下「平成２８年７月期」といい、他の事業年度も同様に表記する。）において架空の仕入高を計上していたことを理由に平成２８年７月期以後の青色申告の承認の取消処分（以下「本件青色申告承認取消処分」という。）を受け、②平成２８年７月期ないし平成３０年７月期（以下「本件各事業年度」という。）において仕入高等の過大計上があったことなどを理由に、本件各事業年度の法人税及び平成２７年８月１日から平成２８年７月３１日までの課税事業年度（以下「平成２８年７月課税事業年度」といい、原告の他の課税事業年度も同様に表記する。）ないし平成３０年７月課税事業年度（以下「本件各課税事業年度」という。）の地方法人税並びに平成２７年８月１日から平成２８年７月３１日までの課税期間（以下「平成２８年７月期課税期間」といい、原告の他の課税期間も同様に表記する。）ないし平成３０年７月期課税期間（以下「本件各課税期間」という。）の消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の各更正処分（以下「本件各更正処分」といい、特定のそれを表す場合には「平成２８年７月課税事業年度地方法人税更正処分」などと表記する。）並びに各加算税賦課決定処分（平成２９年７月期の法人税については過少申告加算税及び重加算税であり、その余は重加算税のみである。以下「本件各賦課決定処分」といい、特定の税目に伴うものを「平成２８年７月期法人税賦課決定処分」などと表記する。）を受けた。
本件は、原告が、被告を相手に、本件青色申告承認取消処分、本件各更正処分のうち申告額を超える部分及び本件各賦課決定処分の取消しを求める事案である。
１ 関係法令の定め
（１）法人税法
ア 法人税法２２条３項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、①当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価の額（１号）、②上記①に掲げるもののほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額（２号）及び③当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るもの（３号）とする旨規定している。
イ 法人税法１２７条１項柱書き及び同項３号は、同法１２１条１項の承認を受けた内国法人につき、その事業年度に係る帳簿書類に取引の全部又は一部を隠蔽し又は仮装して記載し又は記録し、その他その記載又は記録をした事項の全体についてその真実性を疑うに足りる相当の理由がある場合には、納税地の所轄税務署長は、当該事業年度まで遡って、その承認を取り消すことができる旨規定している。
（２）消費税法
ア 消費税法２条１項１２号は、課税仕入れとは、事業者が、事業として他の者から資産を譲り受け、若しくは借り受け、又は役務の提供を受けること（当該他の者が事業として当該資産を譲り渡し、若しくは貸し付け、又は当該役務の提供をしたとした場合に課税資産の譲渡等に該当することとなるものに限る。）をいう旨規定している。
イ 消費税法３０条１項（平成２７年９月３０日以前に行った課税仕入れについては平成２７年法律第９号による改正前のもの、平成２７年１０月１日以降に行った課税仕入れについては平成２４年法律第６８号３条による改正前のもの。以下同じ。）は、事業者が国内において行う課税仕入れについては、当該課税仕入れを行った日の属する課税期間の課税標準額に対する消費税額から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額を控除する旨規定している（以下、同項の規定による控除を「仕入税額控除」という。）。
（３）国税通則法（昭和３７年法律第６６号。ただし、平成２９年１月１日前に法定申告期限が到来する国税については平成２８年法律第１５号による改正前のもの。以下、同改正の前後を通じて「通則法」という。）
ア 通則法６５条１項は、期限内申告書が提出された場合において、更正があったときは、当該納税者に対し、その更正に基づき納付すべき税額に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課する旨規定し、同条４項１号（平成２９年１月１日前に法定申告期限が到来する国税については、平成２８年法律第１５号による改正前の同項。以下、同改正の前後を通じて「通則法６５条４項」という。）は、当該納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちにその更正前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、当該納付すべき税額からその正当な理由があると認められる事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除して、同条１項の規定を適用する旨規定している。
イ 通則法６８条１項は、６５条１項の規定に該当する場合において、納税者がその国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠蔽し、又は仮装し、その隠蔽し、又は仮装したところに基づき納税申告書を提出していたときは、当該納税者に対し、政令で定めるところにより、過少申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額に係る過少申告加算税に代え、当該基礎となるべき税額に１００分の３５の割合を乗じて計算した金額に相当する重加算税を課する旨規定している。
２ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実並びに掲記証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実。なお、特に断りのない限り証拠番号は枝番を含む。）
（１）当事者等
ア 原告は、平成１０年７月●日に設立された、各種電子部品の製造及び販売等を目的とする株式会社であり、本件各事業年度における原告の代表取締役は、甲（以下「甲代表」という。）であった（甲１）。
原告は、平成１０年９月１日から平成１１年８月３１日までの事業年度以降の事業年度について、法人税の青色申告の承認を受けていた（乙７）。
イ Ｅ株式会社（以下「Ｅ社」という。）は、昭和５９年６月●日に設立された、電子機器及び電子部品の販売等を目的とする株式会社であり、原告の本件各事業年度におけるＥ社の代表取締役は、乙（以下「乙氏」又は「Ｅ社乙氏」という。）であった（乙８）。
ウ 有限会社Ｆ（以下「Ｆ社」という。）は、平成１３年９月●日に設立された、遊戯機器、アミューズメントマシン等の娯楽関連機器の設計、開発及び製造等を目的とする特例有限会社であり、丙（以下「丙氏」又は「Ｆ社丙氏」という。）は平成２０年１２月２６日にＦ社の取締役に就任し、平成２７年１１月１日に取締役を辞任後、平成３０年１２月１日に再度、取締役に就任した（乙１６）。
エ Ｇ株式会社（以下「Ｇ社」という。）は、平成８年１０月●日に設立された、コンピューター及び関連機器の製造、販売等を目的とする株式会社であり、丁（以下「丁氏」又は「Ｇ社丁氏」という。）は、原告の本件各事業年度におけるＧ社の取締役であった（乙１７）。
（２）本件各事業年度におけるＥ社、Ｆ社及びＧ社に係る原告の経理処理について原告は、Ｅ社、Ｆ社及びＧ社との取引に係る費用であるとして、以下のとおり、原告の本件各事業年度の総勘定元帳（以下「本件各元帳」といい、特定の事業年度の総勘定元帳を表記する場合にはその終期の属する年に応じて「平成２８年元帳」などという。）に、「仕入高」、「試験研究費」及び「外注費」を計上した。
ア Ｅ社に係る仕入高及び試験研究費
原告は、本件各事業年度において、Ｅ社名で原告宛てに発行された請求書（乙１８）及び領収証（乙１９）に記載された金額（税抜額）を、別表１－１の「総勘定元帳」欄のとおり本件各元帳の仕入高勘定（乙２０ないし２２）に計上し（別紙１のＡ。以下、原告が上記のとおり計上したＥ社に係る仕入高を「本件Ｅ仕入高」という。）、別表１－２の「総勘定元帳」欄のとおり平成２９年元帳の試験研究費勘定（乙２３）に計上した（別紙１のＢ。以下、原告が上記のとおり計上したＥ社に係る試験研究費を「本件Ｅ試研費」といい、本件Ｅ仕入高と本件Ｅ試研費を併せて「本件Ｅ仕入高等」という。）。
原告が本件各事業年度に計上した本件Ｅ仕入高の合計額は、平成２８年７月期が８６２０万５５５６円、平成２９年７月期が１５６８万５０００円、平成３０年７月期が３０００万５８００円（別表１－１の各事業年度の合計の「金額」欄）であり、平成２９年７月期に計上した本件Ｅ試研費の額は１４９５万円（別表１－２の「金額」欄）であった。
イ Ｆ社に係る試験研究費
原告は、平成２８年７月期において、Ｆ社名で原告宛てに発行された請求書（乙２４）及び領収証（乙２５）に記載された金額（税抜額）３８３１万円を、別表１－３の「総勘定元帳」欄のとおり、平成２８年元帳の試験研究費勘定（乙２６）に計上した（別紙２。以下、原告が上記のとおり計上したＦ社に係る試験研究費を「本件Ｆ試研費」という。）。
ウ Ｇ社に係る仕入高及び外注費
原告は、本件各事業年度において、Ｇ社名で原告宛てに発行された請求明細書（乙２７）に記載された金額（税抜額）を、別表１－４の「総勘定元帳」欄のとおり本件各元帳の仕入高勘定（乙２０ないし２２）に計上し（別紙３のＡ。以下、原告が上記のとおり計上したＧ社に係る仕入高を「本件Ｇ仕入高」という。）、別表１－５の「総勘定元帳」欄のとおり平成２９年元帳及び平成３０年元帳の外注費勘定（乙２８及び２９）に計上した（別紙３のＢ。以下、原告が上記のとおり計上したＧ社に係る外注費を「本件Ｇ外注費」と、本件Ｇ仕入高と本件Ｇ外注費を併せて「本件Ｇ仕入高等」といい、本件Ｅ仕入高等、本件Ｆ試研費及び本件Ｇ仕入高等を併せて「本件各仕入高等」という。）。
原告が本件各事業年度に計上した本件Ｇ仕入高は、平成２８年７月期の合計額が２６９８万１０００円、平成２９年７月期の合計額が１９３１万０６４９円、平成３０年７月期の合計額が２２３１万４３００円（別表１－４の各事業年度の合計の「金額（税抜）」欄）であり、平成２９年７月期及び平成３０年７月期に計上した本件Ｇ外注費は、平成２９年７月期の合計額が８２２万５０００円、平成３０年７月期の合計額が６９万２０００円（別表１－５の各事業年度の合計の「金額（税抜）」欄）であった。
（３）本件Ｅ試研費及び本件Ｆ試研費に係る契約書等について
ア 本件Ｅ試研費に係る契約書等について
平成２８年３月３日付け開発委託基本契約書（甲４１の１。以下「本件Ｅ開発契約書」という。）は、外形上、原告とＥ社が作成した体裁となっており、第２条（委託業務）において、原告がＥ社に対し、●●冶具一式（①冶具２台、②取扱説明書１部）の開発を委託する旨記載されている（なお、冶具とは、●●というスロットの島を制御する基板が正常に動作するか否かを検査するための器具である（乙３０・問５の答）。）。
イ 本件Ｆ試研費に係る契約書について
平成２５年１１月２２日付け開発委託基本契約書（乙３２。以下「本件Ｆ開発契約書」という。）は、外形上、原告とＦ社が作成した体裁となっており、第２条（委託業務）において、原告がＦ社に対し、「①画像基板関連の製品開発（●●の搭載）」及び「②画像基板（●●の搭載）のＦＣＴ検査用基板及び検査用ソフト一式の開発」を委託する旨記載されている。
（４）本件Ｇ仕入高等について
ア 本件各事業年度において、外形上、Ｇ社が原告宛てに発行した体裁となっている各請求明細書があるところ（乙２７。別紙３の「③請求書等発行」）、その「商品コード／商品名」欄のいずれにも「●●ジャンクション基板動作検査代」ないし「●●検査」と記載されている。
イ Ｇ社は、Ｇ社名義のＨ信用金庫藤野支店普通預金口座（乙３３記載のもの。以下「本件Ｇ口座」という。）において、別表２の「Ｇ社」の「Ｈ信金／藤野」の各欄のとおり、原告から入金を受け、Ｉの屋号で活動する戊（以下「戊氏」又は「Ｉ戊氏」という。）へ送金している。
また、Ｇ社は、平成２９年９月２９日、Ｇ社名義のＪ信用組合●●支店普通預金口座（乙３４記載のもの。以下、本件Ｇ口座と併せて「本件Ｇ口座等」という。）から、別表２の「Ｇ社」の「Ｊ信組」欄のとおり、戊氏へ送金している。
ウ 戊氏は、Ｉ戊名義のＫ銀行大山支店普通預金口座（乙３５記載のもの。以下「本件Ｉ口座」という。）において、別表２の「Ｉ戊氏」の欄のとおり、Ｇ社から入金を受け、現金で出金している。
（５）本件訴訟に至る経緯
ア 原告は、Ｅ社、Ｇ社及びＦ社に対する本件各仕入高等の各金額を損金の額に算入するとともに、本件各仕入高等に係る消費税額につき仕入税額控除を適用した上で、本件各事業年度の法人税、本件各課税事業年度の地方法人税及び本件各課税期間の消費税等について、いずれも法定申告期限までに申告した（乙１ないし６）。
イ 東京国税局査察部は、平成３０年１２月１８日、原告を犯則嫌疑者として、通則法に基づく犯則調査（以下「本件査察調査」という。）に着手した。
ウ 処分行政庁は、東京国税局査察部が本件査察調査に基づき作成した資料の引継ぎを受け、同資料を調査した結果に基づき、令和３年５月１３日付けで、別紙４の別表１「青色申告の承認の取消処分」欄の記載のとおり、本件青色申告承認取消処分をし、令和３年６月２９日付けで、別紙４の別表２－１ないし４－３の各「更正処分等」欄の記載のとおり、本件各更正処分及び本件各賦課決定処分をした（甲３ないし１１）。
エ 原告は、令和３年８月１３日、本件青色申告承認取消処分の全部の取消しを求めて審査請求をした上、同年９月２８日、本件各更正処分の一部（前記アの各申告額を超える部分。ただし、平成３０年７月期法人税更正処分にあっては、所得金額４３６１万５２５７円、納付すべき税額８９５万４９００円を超える部分に限る。）及び本件各賦課決定処分の各取消しを求めて審査請求をした（乙３６及び３７）。
オ 国税不服審判所長は、令和４年８月１日付けで、原告の上記エの審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした（甲１２）。
カ 原告は、令和５年１月３０日、本件訴訟を提起した（顕著な事実）。
３ 課税処分の根拠及び適法性に関する被告の主張
本件において被告が主張する課税処分の根拠及び適法性に関する主張は、後記５に記載するほか、別紙５に記載のとおりである（なお、同別紙において定める略称等は、以下においても用いることとする。）。
４ 争点
（１）本件各仕入高等は架空のものか（法人税法２２条３項に規定する損金の額への算入の可否、消費税法３０条１項に規定する課税仕入れに係る支払対価の額への算入の可否）
（２）通則法６８条１項に規定する「隠蔽し、又は仮装し」に該当する事実の有無（３）法人税法１２７条１項３号に規定する青色申告の承認の取消事由の有無
５ 争点に関する当事者の主張の要旨
（１）争点（１）（本件各仕入高等は架空のものか）について
（被告の主張の要旨）
原告が本件各事業年度において計上した本件各仕入高等に係る取引は、以下のとおり、いずれも実体のない架空取引であるから、本件各仕入高等は、法人税法２２条３項に規定する損金の額に算入することはできず、また、消費税法３０条１項に規定する課税仕入れに係る支払対価の額に算入することもできない。
ア 本件Ｅ仕入高等について
本件各事業年度において、原告が、Ｅ社から商品を仕入れたことはなく、本件Ｅ仕入高に係る取引は架空取引である。また、平成２９年７月期において、原告がＥ社に対して開発委託をしたことはなく、本件Ｅ試研費に係る取引は架空取引である。これらは、Ｅ社乙氏が、本件査察調査の担当者に対してその旨を供述していること、原告に本件Ｅ仕入高等に係る取引代金の支払原資が存在しないことからも裏付けられている。
イ 本件Ｆ試研費について
平成２８年７月期において、原告がＦ社に開発委託をしたことはなく、本件Ｆ試研費に係る取引は架空取引である。これは、Ｅ社乙氏が、本件査察調査の担当者に対してその旨を供述していることから裏付けられている。
ウ 本件Ｇ仕入高等について
本件各事業年度において、原告が、Ｇ社に対し、●●ジャンクション基板の動作検査業務を発注したり商品を仕入れたりする等の取引をしたことはなく、本件Ｇ仕入高等に係る取引は架空取引である。これはＧ社丁氏がその旨を供述していることからも裏付けられている。Ｇ社に対し、●●ジャンクション基板の動作検査業務を委託していたのは、原告ではなく、株式会社Ｌ（以下「Ｌ社」という。）である。
（原告の主張の要旨）
ア 本件Ｅ仕入高等について
原告は、本件各事業年度において、Ｅ社から商品を仕入れたものであり、本件Ｅ仕入高に係る取引の実体はある。原告は、Ｅ社から仕入れた商品の一部をＬ社に対して販売した。これらは、Ｅ社が発行した領収証が存在することのほか、原告の日付別売上明細表にＥ社からの仕入取引が記録されていること、同仕入れを同時期にＬ社等に販売した記録があり、それに対応する納品書が存在することからも裏付けられている。
原告は、Ｅ社に対し、本件Ｅ開発契約書のとおり●●の冶具等の開発を委託し、平成２８年１０月１８日、Ｅ社から上記冶具の納品を受けたものであり、本件Ｅ試研費に係る取引の実体はある。
イ 本件Ｆ試研費について
原告は、Ｆ社に対し、本件Ｆ開発契約書のとおり、●●という電子部品を搭載したパチンコ台本体のアニメーション画像を映し出すための画像基板の製品の開発を委託し、Ｆ社は、Ｅ社に対して上記開発を再委託し、Ｅ社がその開発を行ったものであって、本件Ｆ試研費に係る取引の実体はある。これは、上記契約の成果物である基板設計図及び回路図が実在し、原告が各種電子部品を実装した液晶サブ基板をＬ社へ販売していること、原告からＦ社に対して開発委託費用が支払われていることからも裏付けられている。
ウ 本件Ｇ仕入高等について
原告は、Ｇ社から商品を仕入れたものであって、本件Ｇ仕入高等に係る取引の実体はある。これは、原告の日付別仕入明細表にＧ社からの仕入れが記録されていることからも裏付けられている。原告は、Ｇ社に対し、●●ジャンクション基盤の動作検査業務を発注し、Ｇ社は、Ｅ社が開発した上記アの冶具を用いて上記検査業務を行った。これは、Ｇ社が原告から同業務の委託を受けていたことを示すメールのやり取りが存在することからも裏付けられている。
（２）争点（２）（通則法６８条１項に規定する「隠蔽し、又は仮装し」に該当する事実の有無）について
（被告の主張の要旨）
前記（１）のとおり、原告が本件各事業年度において計上した本件各仕入高等に係る取引は、いずれも実体のない架空取引である。原告は、関係者に架空の請求書等を作成させるなどして、当該請求書等に基づき本件各元帳に本件各仕入高等を計上するなどの行為をしており、通則法６８条１項に規定する「隠蔽し、又は仮装し」に該当する。
（原告の主張の要旨）
前記（１）のとおり、原告が本件各事業年度において計上した本件各仕入高等に係る取引は、いずれも実体のある取引であり、架空の請求書等を作成させたことはないから、通則法６８条１項に規定する「隠蔽し、又は仮装し」に該当しない。
（３）争点（３）（法人税法１２７条１項３号に規定する青色申告の承認の取消事由の有無）について
（被告の主張の要旨）
前記（１）のとおり、原告が本件各事業年度において計上した本件各仕入高等に係る取引は、いずれも実体のない架空取引である。原告は、関係者に架空の請求書等を作成させるなどして、当該請求書等に基づき本件各元帳に本件各仕入高等を計上するなどの行為をしており、法人税法１２７条１項３号に規定する青色申告の承認の取消事由に該当する。
（原告の主張の要旨）
前記（１）のとおり、原告が本件各事業年度において計上した本件各仕入高等に係る取引は、いずれも実体のある取引であり、架空の請求書等を作成させたことはないから、法人税法１２７条１項３号に規定する青色申告の承認の取消事由はない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点（１）（本件各仕入高等は架空のものか）について
（１）本件Ｅ仕入高等及び本件Ｆ試研費について
ア 認定事実
前記前提事実、後掲各証拠及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実が認められる。
（ア）Ｅ社について
ａ Ｅ社は、その所有する東京都新宿区●●所在の区分所有建物（以下「Ｅ新宿事務所」という。）を、平成１３年２月２０日以降本店所在地としていたが、平成２３年１０月１９日、東京地方裁判所がＥ新宿事務所について担保不動産競売開始決定をしたため、その所有権は、平成２４年４月３日、担保不動産競売による売却を原因として第三者に移転した（乙８及び９・各１及び２枚目）。
ｂ Ｅ社は、その所有する神奈川県中郡●●所在の土地上に工場を有していたが、平成２２年９月６日、横浜地方裁判所小田原支部が上記土地について担保不動産競売開始決定をしたため、上記土地の所有権は、平成２３年８月２６日、担保不動産競売による売却を原因として、第三者に移転した（甲５０・問５の答及び乙１０・１及び２枚目）。
ｃ Ｅ社は、Ｅ新宿事務所におけるガス、水道及び電気の利用を次の日時までに順次終了し、平成２４年５月２２日、Ｅ新宿事務所を退去した（乙１１・問１６の答及び資料２）。
（ａ）ガス平成２３年６月２日まで（乙１２・２枚目）
（ｂ）水道平成２４年２月６日まで（乙１３・２枚目）
（ｃ）電気平成２３年１１月１１日まで（乙１４・２枚目）
ｄ Ｅ社は、Ｍ銀行荻窪支店にＥ社名義の複数の預金口座を有していたが、平成２４年１０月３１日までに全ての口座を解約した（乙１５の１）。また、Ｅ社は、Ｎ銀行新宿支店にＥ社名義の普通預金口座を有していたが、同口座では、平成２３年２月以降同年８月までの間、毎月１０回を超える数の取引があったものの、同年９月から取引数が減少し、平成２４年９月２７日の取引以降、平成３１年２月２８日（「検索基準日」の末日）までの間、平成２７年４月の２回を除いて取引はない（乙１５の２）。
ｅ Ｅ社が、上記ａ及びｃのとおり、Ｅ新宿事務所の所有権を失って同所から退去した後において、少なくとも令和５年５月２５日（履歴事項全部証明書（乙８）の取得日）に至るまで、Ｅ社の登記記録上、その本店所在地がＥ新宿事務所の所在地から変更されたり、他の所在地に支店を設置した事実は確認されていない（乙８）。
ｆ 当裁判所は、令和６年４月３日、Ｅ社乙氏の証人尋問の採用決定（呼出し）をし、Ｅ社の令和５年５月２５日付けの履歴事項全部証明書（乙８）に記載された乙氏の住所地及びＥ新宿事務所の住所地並びに令和６年４月１５日付けの乙氏の戸籍の附票に記載された最新の住所地に宛てて呼出状の送達を試みたものの、いずれもあて所尋ねあたらずとして返送され奏功しなかった（顕著な事実）。
（イ）本件Ｅ仕入高等に係る原告の経理処理の内容について
ａ 平成２８年７月期
原告は、平成２８年元帳において、本件Ｅ仕入高等の一部について、株式会社Ｏ（以下「Ｏ社」という。）からの借入金（平成２７年８月１８日に３９６万５２３７円、同月２０日に３５６２万５７４４円）を原資として、Ｅ社に対する買掛金を支払ったとする経理処理を行っている（乙６３ないし６５）。
Ｏ社の平成２８年３月期の貸借対照表には貸付金勘定が存在せず、Ｏ社の平成２８年３月期の総勘定元帳の現金勘定の期首の現金残高１０万円に動きはなく、同総勘定元帳には預金勘定もない（乙７５及び７６・各２枚目）。
ｂ 平成２９年７月期
原告は、平成２９年元帳において、本件Ｅ仕入高等の一部について、Ｏ社からの借入金（平成２８年８月９日に６００万５０００円）を原資として、Ｅ社に対する買掛金を支払ったとする経理処理を行っている（乙６９ないし７１）。
Ｏ社の平成２９年３月期の総勘定元帳の短期貸付金勘定には上記借入金に該当する貸付けは計上されておらず、Ｏ社の平成２９年３月期の法人税の確定申告書に添付された「貸付金及び受取利息の内訳書」の期末現在高１億３３０５万２６８４円は上記短期貸付金勘定の期末残高１億３３０５万２６８４円と一致しており、Ｏ社には上記短期貸付金以外の貸付けは存在しない（乙７８及び７９・５枚目）。
イ Ｅ社乙氏の供述の要旨
原告の本件各事業年度におけるＥ社の代表取締役であった乙氏は、本件査察調査の担当者に対し、令和元年５月１４日（乙３０）、同年１０月１７日（甲４９）及び同年１１月１４日（甲５１及び乙３８）、大要、本件Ｅ仕入高等及び本件Ｆ試研費に係る取引はいずれも実体のない架空取引であるとして、要旨以下のとおり供述した。
（ア）本件Ｅ仕入高関係について
ａ 平成２５年頃、甲代表から、甲代表の指示に従って架空の納品書、請求書、領収証を作成すれば、架空の取引に加担した報酬として手数料を渡すと持ち掛けられた。Ｅ社は手形の不渡りを出して債務超過となっており、乙氏も金に困っていた時期だったため、架空の取引に協力することとした。（甲４９・問１３の答）
ｂ Ｅ社は、パチスロ機器製造業を営むＬ社と最終取引を行った時点で納品できるものはほとんど納品しており、在庫についても、遅くとも平成２４年半ば頃に●●の完成品を原告に売り切って以降、原告に販売したことはない（甲４９・問３の答）。
ｃ 甲代表から、電話で、架空の納品書等を作成するため原告の本社事務所に来るよう指示を受けた。乙氏が原告の本社事務所に赴くと、甲代表に指示されて、Ｅ社名義の原告宛て納品書等に商品名や金額を記載した。甲代表からは、その場で、当該納品書等の作成に対する手数料として、甲代表が記載を指示した請求金額の約３パーセントから５パーセントで、多くて５０万円の現金を手渡された。（甲４９・問１４及び１５の各答）
ｄ 甲代表から受け取った原告の仕入台帳（甲４９・資料３）に記載されている取引は、いずれも架空の取引である（同・問１７の答並びに甲５１・問１３及び２１の各答）。
（イ）本件Ｅ仕入高に係る取引のうち、原告とＰ株式会社（以下「Ｐ社」という。）との間にＥ社を介した取引関係について
ａ 甲代表から、原告がＰ社から商品を調達する取引について、Ｅ社がＰ社から商品を調達し、その商品をＥ社が原告に販売したことにするので、架空の伝票類を作成するよう指示を受けた（以下、上記３社間の架空取引を「本件Ｐ取引」という。）。見返りの謝礼金目当てに協力することとし、注文書等の伝票類（甲５１・資料１ないし３）に、甲代表から指示されたとおり記載した（同・問４、５、９、１２ないし１５、１９及び２０の各答）。
ｂ 本件Ｐ取引は、事実上、原告がＰ社と行った取引であり、Ｅ社は全くと言っていいほど取引に関与していない。平成２６年１１月の取引では、Ｐ社の担当者と会った際も挨拶程度しかしておらず、商品の代金も甲代表が用意してＰ社の担当者に現金で直接支払っており（甲５１・問５、７及び１０の各答）、平成２７年７月の取引については、商品及び代金の受渡しの場にも呼ばれなかった（同・問１６の答）。
（ウ）本件Ｅ試研費関係について
ａ 本件Ｅ開発契約書が締結されたとされている平成２８年３月３日時点において、Ｅ社は既に倒産状態だったため、冶具の開発を行える状況になく、Ｅ社は本件Ｅ開発契約書に記載されている内容について何一つ行っていない（乙３０・問６及び１１の各答）。
ｂ 甲代表から、Ｅ社名で原告宛ての開発委託に係る請求書等を作成するためには開発委託に係る契約書が必要であるとして同契約書に押印するよう指示されて、その指示どおりに、甲代表が用意した本件Ｅ開発契約書に押印した（乙３０・問８及び１０ないし１２の各答）。
ｃ 本件Ｅ開発契約書に記載のある「取扱い説明書」についても、Ｅ社には乙氏以外に従業員はおらず、乙氏はパソコンで文章を作成しないため、「取扱い説明書」をＥ社で作成して原告に納品することはできない（乙３０・問１４の答）。
（エ）本件Ｆ試研費関係について
ａ 本件Ｆ試研費に係る取引について、平成２７年か平成２８年頃に原告の本社事務所において、甲代表から、原告とＥ社との架空取引の間にＦ社を入れて架空取引を行うので、Ｆ社宛てに納品書、請求書及び領収書を作成するよう指示され、これらを作成した（乙３８・問５、６、９及び１０の各答並びに資料１及び２）。
ｂ 上記請求書等の作成日付である平成２８年７月当時は、Ｅ社には本件Ｆ開発契約書に係る開発をする場所も資金も人材もなかった（乙３８・問１０の答）。
ウ 乙氏の供述の信用性
（ア）前記（１）ア（ア）ａないしｅのとおり、Ｅ社は、平成２３年８月２６日に工場の敷地の所有権を失い、平成２４年４月３日に本店所在地であるＥ新宿事務所の所有権をも失って同年５月には同所を退去していた上、新たな仕入れやそれに伴う代金決済を実質的にした形跡も見当たらないから、本件各事業年度においては休業状態であったといえる。そうすると、甲代表の求めに応じて虚偽の納品書等の作成したのは、Ｅ社が手形を不渡りとするなど債務超過であり、自分自身も金銭に窮していたことによる謝礼金目当てからである旨の乙氏の供述や、本件Ｅ開発契約書が締結された時点でＥ社は倒産状態であったため、Ｅ社はその記載内容を何一つ行っていない旨の乙氏の供述、平成２８年７月当時、Ｅ社には本件Ｆ開発契約書に係る開発をする場所も人材も資金もなかった旨の乙氏の供述は、客観的事実による裏付けがあるといえる。
（イ）また、前記（１）ア（イ）のとおり、平成２８年７月期及び平成２９年７月期の本件Ｅ仕入高等の一部について、支払原資とされたＯ社からの借入金が客観的に存在しておらず、その余の本件Ｅ仕入高等の支払原資が原告に具体的に存在したことをうかがわせる資料もないのであって、これらの事実は、本件Ｅ仕入高に係る取引が架空取引であった旨の乙氏の供述を裏付けるものといえる。
（ウ）さらに、Ｐ社の元従業員であったＱは、本件査察調査の担当者に対し、本件Ｐ取引は、事実上はＰ社と原告との取引であり、具体的なやり取りは甲代表と行っていたものであって、Ｐ社が作成したＥ社宛ての請求書（甲４８・資料３及び５）等も、甲代表から、宛先をＥ社としてほしい旨依頼されて作成したものであると供述する（同・問１６、１９、２３及び２６の各答）ところ、その供述内容は、本件Ｐ取引がＰ社と原告との取引であって実質的なＥ社の関与はないという乙氏の供述と一致している。
（エ）そして、証拠（甲４８・資料３及び５並びに５１・資料３（末尾頁））及び弁論の全趣旨によれば、本件Ｐ取引の商品である●●について、平成２６、２７年当時において原告がこれをＰ社から直接仕入れる場合の単価は５５円ないし５７円であるのに対し、Ｅ社を介する場合の単価は８７９円であることが認められるから、本件Ｐ取引は経済的な合理性があるとはいい難いことも、本件Ｐ取引が架空取引であることを裏付けているものといえる。原告は、この点について、同商品は正規ルートでは入手不可能な状況であり経済的な合理性があった旨主張するが、事実上休眠状態にあったＥ社を介しなければその調達が困難であったことの具体的な裏付けはないから、上記主張は採用することができない。
加えて、原告がＥ社から仕入れてＬ社に販売したとする●●について、証拠（乙５２ないし５５、６２）及び弁論の全趣旨によれば、原告が同商品をＲ株式会社（以下「Ｒ社」という。）から仕入れていること、Ｒ社からのその仕入個数及び原告がＬ社に対し売り上げたその個数を反映させた棚卸商品の入出荷の状況表（別表３－１）のとおり、その販売の過程で在庫数が不足することはなかったことが認められ、また、原告がＥ社から仕入れてＬ社に販売したとする●●ジャンクション基板についても、証拠（乙５３、５６及び６２）及び弁論の全趣旨によれば、原告が同商品をＲ社から仕入れていること、Ｒ社からのその仕入個数及び原告がＬ社に対し売り上げたその個数を反映させた棚卸商品の入出荷の状況表（別表３－２）のとおり、その販売の過程で在庫数が不足することはなかったことが認められる。これらの事実もまた、本件Ｅ仕入高に係る取引が架空取引であることを裏付けているものといえる。
さらに、証拠（甲１、乙３１、５３及び８０）及び弁論の金趣旨によれば、本件査察調査の担当者が原告の本社事務所で差し押さえたＵＳＢメモリーには、「２０１６．７．１２」との日付が記載された「●●ジャンクション基板冶具取扱説明書」のデータが保存されており、当該データの作成者は「Ｓ」とされていたこと、原告には同日時点で「Ｓ」という名字を有する従業員がいたことが認められることから、同「取扱説明書」を作成したのは原告の従業員であることが推認されるところ、同事実は、原告がＥ社に対し●●の冶具等の開発を依頼したことと整合せず、本件Ｅ試研費に係る取引が架空取引であることを裏付けている。
（オ）なお、Ｆ社の取締役である丙氏は、証人尋問において、本件Ｆ開発契約書の第２条に記載されている「①画像基板関連の製品開発（●●の搭載）」及び「②画像基板（●●の搭載）のＦＣＴ検査用基板及び検査用ソフト一式の開発」について、Ｆ社は何もしておらず、その能力もないことを認め（証人丙・６、７及び１２頁）、納期について原告と協議したこともなく（証人丙・７頁）、●●という内容はよく分からないものの、甲代表の指示に従って、Ｆ社名で原告宛ての請求書を作成し（証人丙・５及び１２頁）、原告から委託を受けた業務はＥ社に再委託したが（証人丙・６頁）、Ｅ社から成果物が原告に納品されたとは思うものの実際に現認したことはない（証人丙・１３頁）旨を証言しているところ、これらは、本件Ｆ開発契約書の内容が架空であることと矛盾するものではない。
（カ）以上に加え、乙氏の上記イの供述内容は、具体的であって特段合理性に疑いを生じさせるものともいえないことからすると、信用できるものというべきである。
エ 小括
したがって、本件各事業年度において、①原告が、Ｅ社から商品を仕入れたことはないから、本件Ｅ仕入高に係る取引は架空取引であるといえ、②平成２９年７月期において、原告がＥ社に対して開発委託をしたことはないから、本件Ｅ試研費に係る取引は架空取引であるといえ、③平成２８年７月期において、原告がＦ社に開発委託をしたことはないから、本件Ｆ試研費に係る取引は架空取引であるといえる。
オ 原告のその余の主張について
（ア）原告は、Ｅ社が発行した領収証の存在をもって取引の実体があると主張するが、前記説示のとおり、同領収証は乙氏が甲代表から依頼されて作成した架空のものといわざるを得ないから、原告の主張は採用することができない。
（イ）原告は、日付別売上明細表にＥ社からの仕入取引が記録されていることをもって取引の実体があると主張するが、甲代表の意思により取引の実体がなくても同記録をすることは可能であるから、これをもって取引の実体があるということはできない。
（ウ）原告は、本件Ｅ仕入高に係る取引によって仕入れた基板を在庫として保管していたとして、その写真（甲２９の２、７８及び８０）を提出し、Ｅ社から仕入れた液晶中継基板が段ボールに入っている状態であると主張するが、同段ボールに貼付された「現品票」には「製造元」としてＲ社の名称が記載されているのであって、同写真は原告がＥ社から仕入れをしていたことを裏付けるものではない。甲代表は、Ｒ社の段ボールにＥ社の製品を入れて保存していた旨供述するが（原告代表者・４頁）、同写真（甲７８）では段ボールのほとんどはビニールのようなもので梱包されており、Ｒ社を製造元とする段ボールが未だ開封されていないものとうかがわれることなどからしても同供述は不自然であって、前記エまでに認定説示した部分を覆すには足りない。
原告は、「Ｔ」や「●●」などの記載があるラベルが貼付された段ボール箱の写真等（甲７９）を提出し、Ｅ社との取引が実際にあったと主張するが、これらの写真に仕入先等に関する記載はなく、同主張は採用することができない。
（エ）原告は、本件Ｅ仕入高によって仕入れた商品が実際に販売されていた旨主張するが、前記ウ（エ）において認定説示したとおり、原告がＥ社から仕入れていたと主張する●●画像ボード及び●●について、原告は、Ｒ社からの当該仕入れによりＬ社に対して販売した数量の在庫を確保することができていたのであり、他に原告の主張を裏付けるに足りる証拠はない。
（オ）原告は、本件Ｆ試研費につき、契約の成果物である基板設計図等が実在し、原告からＦ社に対して開発委託費用が支払われているなどとして、取引の実体があった旨主張するが、原告が提出する回路図等（甲５４）を踏まえても、Ｅ社が画像基板等を開発したことはうかがわれず、原告の主張を裏付けるには足りない。
（カ）原告は、乙氏が脱税をしていた旨の発言を過去にしていたことをもって乙氏の供述は信用性を欠く旨主張するが、乙氏の前記イの供述内容は、脱税に加担していたというものであり、同発言と必ずしも矛盾するものではなく、そのことをもって信用性を欠くとはいえない。また、Ｅ社が債務超過であっても手持ち在庫の販売は可能であると指摘するが、Ｅ社が原告の本件各事業年度の当時において客観的にそれを行うことができる状況にあったことの裏付けはないし、かえって、前記イ（ア）ｂにおいて認定説示したとおり、乙氏は遅くとも平成２４年半ば頃以降の原告向け在庫の存在を否定している。その他、原告が乙氏の供述の信用性を欠く旨の主張は、いずれも採用することができない。
（２）本件Ｇ仕入高等について
ア Ｇ社丁氏の証言の要旨
原告の本件各事業年度におけるＧ社の代表取締役である丁氏は、証人尋問において、大要、本件Ｇ仕入高に係る取引はいずれも実体のない架空取引であるとして、要旨以下のとおり証言した。
（ア）平成１７年春頃、甲代表から、Ｌ社の仕事を紹介する見返りとして原告とＧ社との間で架空取引を行い、その代金を自分にバックしてくれと依頼された（証人丁・１２頁）。Ｇ社にも利益配分があるとのことで、当時経営状態が良くなかったＧ社の債務を減らすために少しでもお金になればと考え、甲代表に協力することにした（証人丁・６頁）。架空取引に係る注文書、納品書及び請求書については、丁氏の指示によりＧ社の業務部の者に作成させた（証人丁・２及び７頁）。
（イ）原告とＧ社との間の正当な取引は平成２６年頃が最後であり、その後はＧ社が原告から仕事を請け負ったことや原告に商品を販売したことはない（証人丁・１２及び１３頁）。
（ウ）Ｇ社は、●●ジャンクション基板の検査業務を行っていたが、当該検査業務は、Ｌ社から受注していた（証人丁・１３及び１４頁）。本件各事業年度において、Ｇ社は原告から同業務の受注をしていなかったが、甲代表の指示により、原告に対する同業務に係る請求書を発行した（証人丁・１４及び１５頁）。甲代表から、●●ジャンクション基板の検査冶具の完成時期を問い合わせる内容のメール文書を作成して自分に送信するよう電話で指示され、この指示に従い、言われたとおりのメール文書を作成して甲代表に送信した（乙４１・１３頁、証人丁・２０頁）。
（エ）甲代表に金をキックバックするために、Ｉ戊氏に協力してもらった。原告から本件Ｇ口座への振込みがされ、Ｇ社から本件Ｉ口座に振込みをした後、戊氏から現金を受領して、これを甲代表にバックしていた（証人丁・１６及び２４頁）。戊氏から甲代表にバックする現金は、中央高速の永福パーキングエリアで受領することが多かった（証人丁・１８頁）。戊氏からは、銀行の白地に赤色の記載のある封筒に入った現金を受け取り、原告の本社事務所にて、甲代表にバックすべき現金を手渡していた（証人丁・１７及び１８頁）。
（オ）甲代表及び戊氏に会って現金をバックしていた日時等については、Ｇ社丁氏が使用していた平成２７年分ないし平成３０年分の手帳（乙４３。以下「本件手帳」という。）に記載していた。例えば、本件手帳に「１６：３０Ｉ」とあるのは、１６時３０分に戊氏に会って、原告にバックする現金を受け取ったことを意味し、「１０：００Ｄ」とあるのは、１０時に甲代表に会い、現金をバックしたことを意味する。（証人丁・１８ないし２０頁）
イ Ｉ戊氏の証言の要旨
Ｉ戊氏は、証人尋問において、要旨以下のとおり証言した。
Ｇ社との取引がないにもかかわらず、Ｇ社丁氏から依頼され、Ｇ社に対する架空の請求書及び納品書を作成した（証人戊・９及び１０頁）。Ｇ社から本件Ｉ口座に振り込まれた金額のうち、請求書や納品書に記載の税抜金額に９６パーセント（以前は９５パーセント）を乗じた額を出金し、Ｇ社丁氏に戻していた（証人戊・４、１０及び１１頁）。丁氏に対しては、本件Ｉ口座から現金で出金した後に、永福サービスエリアで、当時のＫ銀行の赤色の帯の封筒に入れた現金を渡していた（証人戊・１１及び１２頁）。
ウ 丁氏及び戊氏の証言の信用性
（ア）丁氏と戊氏の証言は、Ｇ社から本件Ｉ口座に振込みがあった後に戊氏が丁氏に現金をバックするまでの具体的な経過について一致しているものといえる。
（イ）また、Ｌ社の購買部に所属するＵは、本件査察調査の担当者に対し、Ｌ社は、原告に対し、●●ジャンクション基板の作成を発注したが、同基板の検査業務を依頼したことはない（乙４９・問５及び１４の各答並びに乙５０・問３の答）と供述しており、原告は●●ジャンクション基板の検査業務を担っていなかったとの丁氏の証言と一致しているものといえる。
（ウ）さらに、証拠（乙２１、３３及び３５）及び弁論の全趣旨によれば、原告の平成２９年元帳に計上された平成２８年１１月３０日のＧ社に対する仕入高１７５万円の例でいえば、平成２８年１１月３０日に本件Ｇ口座に原告から１８８万９２４４円の振込入金があり、その後、同年１２月２日には、本件Ｇ口座から本件Ｉ口座に１７１万７２００円が送金され、その３日後の同月５日に、本件Ｉ口座から「現払」として、１００万円及び６２万円が出金されていることが認められるところ、この客観的な資金の流れは、丁氏及び戊氏の証言内容と合致するものである。
また、証拠（乙４４ないし４６）及び弁論の全趣旨によれば、戊氏名義のＥＴＣカードの利用履歴には、戊氏が本件Ｉ口座から１６２万円を出金した日である平成２８年１２月５日に、西池袋から高井戸まで往復した利用履歴があり、また、Ｇ社名義のＥＴＣカードの利用履歴には、同日に、Ｇ社の本社事務所所在地の近くにある相模湖から高井戸まで往復した利用履歴があるところ、高井戸インターチェンジは、丁氏及び戊氏が、甲代表にバックする現金の受領場所の一つとして証言する永福パーキングエリアと直線距離で２キロメートル余りと近接した場所にあることが認められる。
加えて、証拠（乙４３の３及び４７の２）及び弁論の全趣旨によれば、本件手帳の平成２８年１２月５日欄には、「Ｉ１３：００」及び「１４：００Ｄ」の記載があり、甲代表が使用していたカレンダーの同日には「１４：００丁」と記載があることが認められるが、この「Ｉ１３：００」は、丁氏が１３時に戊氏に会って、原告にバックする現金を受け取ったことを意味する旨の丁氏の証言に合致し、１４時に甲代表に会って、現金をバックしたとの丁氏の証言にも合致する。
（エ）以上に加え、丁氏及び戊氏の証言内容は、本件査察調査の担当者に対してした供述と基本的に変わらないものであり、供述に一貫性があることのほか、架空取引に加担して原告のほ脱に協力したことを認めるものであって、自己の刑事責任を問われかねない不利益な内容のものであり殊更虚偽の供述をする動機も見当たらないことからすると、いずれも信用できるものというべきである。
エ 小括
したがって、本件各事業年度において、原告が、Ｇ社に対し、●●ジャンクション基盤の動作検査業務を発注したり商品を仕入れたりする等の取引をしたことはなく、本件Ｇ仕入高等は架空取引であるといえる。
オ 原告のその余の主張について
（ア）原告は、日付別売上明細表にＧ社からの仕入取引が記録されていることをもって取引の実体があると主張するが、甲代表の意思により取引の実体がなくても同記録をすることは可能であるから、これをもって取引の実体があるということはできない。
（イ）原告は、Ｇ社が原告から業務の委託を受けていたことを示すメールのやり取りが存在すると主張するが、信用できる前記ア（ウ）の丁氏の証言によれば、同メールは甲氏の指示によって作成された虚偽の内容のものといえるから、同メールの存在をもって取引の実体があるということはできない。
（ウ）原告は、丁氏と戊氏の証言に不一致があると指摘するが、同指摘部分は両証言の核心部分とはいえず、それらの信用性を減殺するようなものではない。原告は、丁氏の証言が具体性を欠き不自然である、虚偽供述の動機があるなどと主張するが、そのような事実を認めることはできず、いずれも採用できない。
（３）まとめ
以上によれば、原告が本件各事業年度において計上した本件各仕入高等に係る取引は、いずれも実体のない架空取引であると認められるから、本件各仕入高等は、法人税法２２条３項に規定する損金の額に算入することはできず、消費税法３０条１項に規定する課税仕入れに係る支払対価の額に算入することもできないものというべきである。
２ 争点（２）（通則法６８条１項に規定する「隠蔽し、又は仮装し」に該当する事実の有無）について
前記１で認定説示した内容並びに証拠（乙１８及び１９）及び弁論の全趣旨によれば、甲代表は、Ｅ社乙氏をしてＥ社名で原告宛ての架空取引に係る請求書及び領収証等を発行させるなどすることにより、当該請求書及び領収証等に記載された金額を基に、本件各元帳の仕入高勘定に架空費用（本件Ｅ仕入高）を計上したこと、Ｅ社乙氏をして虚偽の本件Ｅ開発契約書にＥ社の社印を押させ、Ｅ社名で原告宛ての架空取引に係る請求書及び領収証を発行させることにより、当該請求書及び領収証に記載された金額を基に、原告の平成２９年元帳の試験研究費勘定に架空費用（本件Ｅ試研費）を計上したものと認められる。
また、前記１で説示した内容並びに証拠（乙２４ないし２６及び３２）及び弁論の全趣旨によれば、甲代表は、Ｆ社丙氏をして本件Ｆ開発契約書に押印等させ、Ｆ社名で原告宛ての架空取引に係る請求書及び領収証等を発行させるなどすることにより、当該請求書及び領収証に記載された金額を基に、平成２８年元帳の試験研究費勘定に架空費用（本件Ｆ試研費）を計上したことが認められる。
さらに、前記１で認定説示した内容並びに証拠（乙２０ないし２２及び２７ないし２９）及び弁論の全趣旨によれば、甲代表は、Ｇ社丁氏をしてＧ社名で原告に対して請求書を発行させることにより、同請求書に記載された金額を基に、原告の仕入高勘定（別表１－４）及び外注費勘定（別表１－５）に架空経費（本件Ｇ仕入高等）を計上したことが認められる。そして、甲代表は、Ｇ社がＩ戊氏に外注するという形態を取る（別紙３のＡ及びＢ）ことによって、①原告から本件Ｇ口座に金員が振り込まれる（別紙３の④）、②本件Ｇ口座等から本件Ｉ口座へ振り込まれる（別紙３の④）、③戊氏が本件Ｉ口座から現金として出金し、その現金のうち一部を不正加担の手数料として受け取った上、残金をＧ社丁氏に渡す（別紙３の⑤）、④丁氏が当該金員を甲代表へ渡すという流れを作って、原告からＧ社に移転した資金の大部分を原告にバックしていたと認められる。
したがって、原告の上記行為は、通則法６８条１項に規定する「隠蔽」又は「仮装」に該当するものというほかはない。
３ 争点（３）（法人税法１２７条１項３号に規定する青色申告の承認の取消事由の有無）について
前提事実（２）のとおり、原告は、平成２８年７月期において、原告の総勘定元帳に、Ｅ社及びＧ社に対する仕入高計１億１３１８万６５５６円及びＦ社に対する試験研究費３８３１万円（本件Ｆ試研費）を計上しているところ、前記１及び２において認定説示したとおり、これらの仕入高及び試験研究費計１億５１４９万６５５６円は、いずれも取引の事実がないにもかかわらず、甲代表がＥ社乙氏、Ｇ社丁氏及びＦ社丙氏に原告宛ての請求書、納品書及び領収証の作成を依頼し、当該請求書等に基づき総勘定元帳に計上したものである。
したがって、原告は、その事業年度に係る帳簿書類に取引の全部又は一部を隠蔽し又は仮装して記載し又は記録したものといえるから、法人税法１２７条１項３号に規定する青色申告の承認の取消事由があるものというべきである。
よって、本件青色申告承認取消処分は適法である。
４ 本件各更正処分のうち申告額を超える部分及び本件各賦課決定処分の適法性について前記１ないし３に加え、証拠（甲３ないし１１及び乙１ないし６）及び弁論の全趣旨によれば、原告の本件各事業年度の法人税に係る所得金額及び納付すべき税額、原告の本件各課税事業年度の地方法人税に係る課税標準法人税額及び納付すべき地方法人税額、原告の本件各課税期間の消費税等に係る各課税標準額及び納付すべき消費税等の額、本件法人税各賦課決定処分に係る各加算税の額、本件地方法人税各賦課決定処分に係る各加算税の額並びに本件消費税等各賦課決定処分に係る各加算税の額は、別紙５に記載のとおりと認められ、本件各更正処分のうち申告額を超える部分及び本件各賦課決定処分と同額であることが認められるから、これらの処分は、いずれも適法である。
５ なお、証拠（乙３７・２、３６頁）によれば、原告は、平成３０年７月期法人税更正処分については、審査請求の段階でその一部（別紙５の２（１）ウ（ア）ｂ（ｄ））を認め、所得金額４３６１万５２５７円、納付すべき税額８９５万４９００円を超える部分の取消しのみを求めていたことが認められ、上記各金額を下回る部分については適法な審査請求を経由していないものといわざるを得ないから、当該部分の取消しを求める訴えは不適法である。
第４ 結論
よって、本件訴えのうち平成３０年７月期法人税更正処分中所得金額４３６０万２４８３円を超え４３６１万５２５７円を超えないまでの部分、納付すべき法人税額８９５万１９００円を超え８９５万４９００円を超えないまでの部分の取消しを求める部分については却下し、原告のその余の各請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第５１部
裁判長裁判官 岡田幸人
裁判官 曽我学
裁判官 大門全
〔PDF 19～63頁は画像のため本文テキストなし〕
別表１－１～３－２省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2024/pdf/14059.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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