主文
本件控訴を棄却する。
控訴費用は控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１ 当事者の求めた裁判
１ 控訴人
（１） 原判決を取り消す。
（２） 被控訴人が平成13年６月15日付けでした控訴人の平成11年９月１日から平成12年８月31日までの事業年度の法人税に関する過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
（３） 被控訴人が控訴人の平成11年９月１日から平成12年８月31日までの事業年度の法人税の更正の請求に対して平成14年２月12日付けでした更正をすべき理由がない旨の通知処分を取り消す。
２ 被控訴人
本件控訴を棄却する。
第２ 事案の概要
１ 事案の要旨
（１） 控訴人は，平成11年９月１日から平成12年８月31日までの事業年度（以下「平成12年８月期」という。）の法人税につき，平成12年10月31日被控訴人に確定申告書（以下「本件確定申告書」という。）を提出したところ，被控訴人の担当者から，本件確定申告書において退職給与引当金超過額戻入として96万5598円を所得金額から減算していること（以下「本件減算処理」という。）は誤りであると指摘されたため，平成13年４月10日，その指摘に従った内容の修正申告書（以下「本件修正申告書」という。）を提出した。被控訴人は，同年６月15日付けで，控訴人に対し過少申告加算税の賦課決定（以下「本件賦課決定」という。）をした。その後，控訴人は，本件確定申告書の本件減算処理は誤りではなかったとして，同年10月23日被控訴人に更正の請求をしたところ，被控訴人は，平成14年２月12日付けで，更正をすべき理由がない旨の通知（以下「本件通知」という。）をした。本件は，控訴人が，本件賦課決定及び本件通知はいずれも違法であるとして，これら各処分の取消しを求めている事案である。
（２） 原判決は，本件減算処理は誤りであり，本件賦課決定及び本件通知はいずれも適法であるとして，控訴人の請求をいずれも棄却した。これに対して控訴人が不服を申し立てたものである。
２ 前提事実及び当事者の主張等
以上のほかの事案の概要は，次に付加訂正するほか，原判決の事実及び理由欄第２記載（２頁〈編注・訟務月報本号（以下月報巻号省略）1285ページ〉以下）のとおりであるから，これを引用する。
（控訴人の当審における主張）
（１） 本件通知について
ア 退職給与引当金制度を創設した理由（立法趣旨）は，従業員に対し確実に退職給与金が支給されることを確保することであるが，その累積限度額に関する法人説法の改正により，無税引当分の退職給与引当金の許容額が大幅に減少し，有税引当分の退職給与引当分の積立金額が増大したところ，このような状況の中では，退職する者について，要支給額の100％が退職給与引当金として積み立てられているとはいえないから，退職者に対する前期末要支給額の100％を取り崩さなければならない合理的な理由はない。
イ また，法人税法施行令（平成13年政令第135号による改正前のもの。以下「施行令」という。）107条１項１号は，「その使用人の退職の時における退職給与引当金勘定の金額のうち当該退職給与の額に相当する金額に達するまでの金額」を取り崩さなければならないと定めているところ，その「当該退職給与の額に相当する金額」の「当該退職給与」が，その直前に規定されている「その使用人が前事業年度終了の時において自己の都合により退職するものと仮定した場合にその時において定められている退職給与規程により退職給与の支給を受けるべきとき」の「退職給与」を指しているというのであれば，従業員に不正行為があり，不正行為を行った場合の「退職給与規程」により退職給与が減額された場合には，「当該退職給与の額」とは現実に支給された退職給与額を意味することになる。
ウ 退職給与引当金の制度は，無税引当分の退職給与引当金だけで，従業員に対し確実に退職給与金が支給されるようにとの目的で創設されたものであるのに，累積限度額をどんどん逓減し，法人に対し，有税引当分の退職給与引当金の積立てを間接的に強制することは退職給与引当金の制度を創設した目的に違反する。また，有税引当分の退職給与引当金は，利益積立金となり課税対象となる。有税引当分の退職給与引当金の積立てを間接的に強要し，その上その取崩しを制限し，毎年毎年課税することは，退職給与引当金制度を創設した立法目的に違反する。
（２） 本件賦課決定について
ア 過少申告加算税は，修正申告又は更正があった場合に課されるが，このうち，修正申告があった場合において，その修正申告が，その国税について調査があったことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないとき（国税通則法65条５項）は，過少申告加算税を課さないことになっている。この「予知してされたもの」とは，同法24条に規定する通常業務である机上調査を越えて，納税者に対する当該国税に関する実地又は呼出等の具体的調査がされた後にされた修正申告をいうと解すべきである。すなわち，同法65条５項の課税庁の調査とは，課税庁に「手数をかける調査」をいうものと解するのが相当である。したがって，税務調査の通常業務である机上調査を越えるような実地又は呼出等の具体的調査が実施される前に提出した修正申告書は，「更正を予知してされたもの」には該当しないことになる。
本件修正申告に関する調査は，実地又は呼出はもちろん調査担当者との面接も全く行われていないのであるから，上記のような「手数をかける調査」はなされておらず，国税通則法65条５項を適用すべきである。
イ 控訴人は，平成12年８月期における無税引当分の退職給与引当金（868万8340円）が累積限度額（924万0099円）の範囲内であることから，平成11年８月期において発生し，繰り越された累積限度超過額（96万5598円）を除算（損金算入）した当初申告は正当であると信じていたが，Ｂ税理士の助言に従い，自主的に修正申告書を提出したのであり，「更正を予知して」したものではない。
第３ 当裁判所の判断
当裁判所も，控訴人の請求は理由がないものと判断する。その理由は，以下に述べるほか，原判決理由記載のとおりであるから，これを引用する。
１ 本件の事実経過
原判決事実及び理由欄第２の３の前提事実によれば，本件の事実経過は，以下のようなものであると認められる。
（１） 当事者
控訴人は，雑貨等の販売等の業務を営む株式会社であり，法人税法（平成13年法律第６号による改正前のもの。以下同じ。）54条１項及び同法施行令105条の定める退職給与規程を有している。
（２） 控訴人の平成11年８月期（前事業年度）の経理処理及び確定申告控訴人は，平成11年８月期の経理処理においては，貸借対照表の負債の部に退職給与引当金勘定の金額を1287万4640円と計上し，このうち96万5598円については，当該事業年度の退職給与引当金繰入限度超過額として，当該事業年度の法人税の確定申告書の別表四「所得の金額の計算に関する明細書」（以下，単に「別表四」という。）において，同金額を所得金額に加算する申告調整をするとともに，別表五（一）「利益積立金額の計算に関する明細書」（以下，単に「別表五（一）」という。）において，同金額を利益積立金額の当期中増額分として計上した。その結果，翌期首（平成12年８月期首）現在の退職給与引当金に係る利益積立金額は，96万5598円となった。
（３） 控訴人の平成12年８月期（本事業年度）の経理処理及び確定申告
ア 控訴人は，平成12年８月期中に退職した使用人７名に対し，合計885万4750円の退職給与を支給したが，各使用人の退職給与支給額及び前期末退職給与要支給額は，原判決別紙「平成12年８月期の退職者の退職給与等について」記載のとおりであり，退職給与支給額は885万4750円，前期末退職給与要支給額は1143万5200円である。
イ 控訴人は，平成12年８月期の経理処理において，退職給与引当金勘定の金額のうち1143万5200円を取り崩した上，上記退職給与支給額885万4750円との差額である258万0450円を退職給与戻入として収益（益金）に計上し，他方，当期の退職給与引当金繰入として976万0680円を費用（損金）に計上した。そして，貸借対照表の負債の部に退職給与引当金勘定の金額を1120万0120円と計上した（期首退職給与引当金残高1287万4640円−退職給与引当金取崩額1143万5200円＋退職給与引当金繰入額976万0680円＝期末退職給与引当金残高1120万0120円）。
平成12年８月期の退職給与引当金繰入限度額は724万8900円であり，前記退職給与引当金繰入額976万0680円のうち同繰入限度額を超える額である251万1780円が当該事業年度の退職給与引当金繰入限度超過額であった。
控訴人は，上記退職給与引当金繰入限度超過額251万1780円について，本件確定申告書の別表四において，所得金額に加算する申告調整をするとともに，別表五（一）において，同金額を利益積立金額の当期中増額分として計上したが，他方で，別表四において，退職給与引当金超過額戻入として96万5598円を所得金額から減算する申告調整をするとともに，別表五（一）において，同金額を利益積立金額の当期中減額分として計上した。
ウ これらに基づき，控訴人は，平成12年10月31日，被控訴人に対し，同年８月期の所得金額を１億3520万5718円，差引所得に対する法人税額を4365万2400円とする本件確定申告書〈証拠略〉を提出した。
（４） 本件修正申告書の提出及びそれに至る経緯等
ア 当時浜松東税務署の特別国税調査官部門に所属していたＡ（以下「Ａ調査官」という。）は，本件確定申告書の審査を担当することとなり，本件確定申告書及びその添付書類の内容を検討した結果，本件減算処理は誤りであると判断した。そこで，Ａ調査官は，平成13年３月28日，電話で，本件確定申告書の作成を担当したＢ税理士に対し，退職給与引当金超過額戻入として96万5598円を別表四で減算しているのは誤りである旨を告げ，その検討を促した。これに対し，Ｂ税理士は，検討した上で改めて連絡すると回答した。
イ Ｂ税理士は，同月29日，電話で，Ａ調査官に対し，早急に修正申告書を提出すると伝えた。
ウ ところが，同年４月10日になっても修正申告書が提出されなかったので，Ａ調査官は，同日，Ｂ税理士の事務所に電話をして，Ｂ税理士又はその事務員に対し，修正申告書の提出はいつになるかと尋ねたところ，Ｂ税理士又はその事務員は，Ａ調査官に対し，その日に提出する旨を回答した。
エ 控訴人は，前同日，被控訴人に対し，本件修正申告書〈証拠略〉を提出した。控訴人は，Ａ調査官の指摘に従って，本件修正申告書の別表四においては本件減算処理をせず，退職給与引当金超過額戻入を計上しないこととするとともに，別表五（一）においても利益積立金額の当期中減額分を計上しなかった。その結果，本件修正申告書においては，控訴人の平成12年８月期の所得金額を１億3617万1316円（本件確定申告書における所得金額１億3520万5718円に，本件減算処理に係る退職給与引当金超過額戻入額96万5598円を加えた金額に相当する。），差引所得に対する法人税額を4398万3900円とした。
オ そして，控訴人は，同日，被控訴人に対し，本件修正申告に基づく増加税額33万1500円を納付した。
（５） 本件賦課決定及びこれに対する異議申立て
その後，被控訴人は，平成13年６月15日付けで，控訴人に対し，過少申告加算税３万3000円を賦課する旨の本件賦課決定をした。
控訴人は，本件賦課決定を不服として，平成13年７月19日，被控訴人に対し異議申立てをしたが，これに対して，被控訴人は，同年10月５日付けで棄却の決定をした。控訴人は，この決定を不服として，同月23日，国税不服審判所長に対し審査請求をした。
（６） 更正の請求及び本件通知
控訴人は，平成13年10月23日，本件確定申告書の本件減算処理は誤りではなく，本件修正申告書の提出が誤りであったとして，所得金額及び法人税額を本件確定申告書のとおりの金額とすべき旨の更正の請求をした。
この更正の請求に対し，被控訴人は，平成14年２月12日付けで，控訴人に対し，更正をすべき理由がない旨の本件通知をした。
（７） その後の不服申立て
控訴人は，本件通知を不服として，平成14年４月１日，被控訴人に対し異議申立てをしたが，これに対して，被控訴人は，同年５月23日付けで棄却の決定をした。控訴人は，この決定を不服として，同年６月10日，国税不服審判所長に対し審査請求をした。
同所長は，同年12月３日付けで，本件賦課決定及び本件通知に対する各審査請求につき，いずれも棄却する旨の裁決をし，同月５日，控訴人に同裁決書謄本が送達された。
２ 本件減算処理の適否（本件通知の適否）について
（１） 控訴人は，[1]退職した使用人に不正等があったため退職給与が減額された結果，当該使用人に現実に支給された退職給与の額が当該使用人に係る前期末要支給額を下回る場合には，当該使用人の退職時における退職給与引当金勘定の金額のうち取り崩さなければならない金額は，上記現実に支給された退職給与の額である，[2]この場合において，上記前期末要支給額に相当する金額を取り崩したときは，このうち上記現実支給額を超える部分の取崩額については，任意に取り崩したものにすぎず，施行令107条１項３号及び基本通達11−４−14にいう「正当な理由」による取崩しとなる，[3]そして，上記越える部分の取崩額のうち，繰入限度超過額に達するまでの金額を確定申告書において損金の額に算入したときは，基本通達11−４−16の定めにより，その損金算入が認められる，と主張し，それを前提に，本件減算処理は適法であると主張する。
（２）アしかし，法人税法54条２項，施行令107条１項柱書及び同項１号は，法人税法54条１項により各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された退職給与引当金勘定の金額を有する内国法人は，その使用人が退職した場合において，当該使用人が前事業年度終了の時において自己の都合により退職するものと仮定した場合にその時において定められている退職給与規程により退職給与の支給を受けるべきときは，当該使用人の退職の時における退職給与引当金勘定の金額のうち「当該退職給与の額に相当する金額」に達するまでの金額を取り崩さなければならない旨を定めているところ，ここで取り崩さなければならないとされているのは，当該使用人に係る前期末退職給与要支給額（当該使用人が前期末において自己都合退職すると仮定した場合に退職給与規程により支給を受けるべき退職給与の額）に達するまでの金額であると解される。
イ このことは，施行令107条１項１号の「当該退職給与の額に相当する金額」の「当該退職給与」が，その直前に規定されている「その使用人が前事業年度終了の時において自己の都合により退職するものと仮定した場合にその時において定められている退職給与規程により退職給与の支給を受けるべきとき」の「退職給与」を指しているとみられることから明らかである。また，実質的にみても，当該使用人が退職した以上，当該使用人の退職に備えて退職給与要支給額として引き当てておいた金額は，以後はもはや引き当てておく理由が存しなくなることから，その取崩しを行うべきものとされているのであり，このことからも，上記の解釈が正当であるというべきである。したがって，施行令によって取り崩さなければならない額が，控訴人主張のように現実に支給された退職給与の額であると解することはできない。
ウ 上記の点に関し，控訴人は，退職給与引当金制度を創設した理由（立法趣旨）は，従業員に対し確実に退職給与金が支給されることを確保することであるが，その累積限度額に関する法人税法の改正により，無税引当分の退職給与引当金の許容額が大幅に減少し，有税引当金の退職給与引当分の積立金額が増大したところ，このような状況の中では，退職する者について，要支給額の100％が退職給与引当金として積み立てられているとはいえないから，退職者に対する前期末要支給額の100％を取り崩さなければならない合理的な理由はないと主張する。
しかし，退職する者について，要支給額のすべてが退職給与引当金として積み立てられているか否かという問題と，退職者に対する前期末要支給額のすべてを取り崩すべきか否かということは別個の問題であるといわざるを得ない。そして，上記のような施行令107条１項１号の文言や，退職給与引当金の制度趣旨からすれば（退職給与引当金は，退職給与が支給されるのは使用人の退職時であるが，退職給与の性格等にかんがみ，費用収益対応の観点からあらかじめ見越して計上することを認めたものと解される。），使用人の退職の時において退職給与引当金勘定の金額から取り崩さなければならないのは，当該使用人に係る前期末退職給与要支給額に達するまでの金額，すなわち，その全額であると認めるのが相当である。
上記控訴人の主張は採用し難い。
エ そして，たとえ当該使用人に不正等があったため退職給与が減額された結果，当該使用人に現実に支給された退職給与の額が当該使用人に係る前期末要支給額を下回る場合であっても，以上の理は異なるところはないから，法人は，当該使用人に係る前期末要支給額に達するまでの金額を取り崩さなければならないというほかはなく，当該使用人に現実に支給された退職給与の額を取り崩せば足りるとする控訴人の上記（１）[1]の主張は失当である。
オ なお，控訴人は，施行令107条１項１号の「当該退職給与の額に相当する金額」の「当該退職給与」が，その直前に規定されている「その使用人が前事業年度終了の時において自己の都合により退職するものと仮定した場合にその時において定められている退職給与規程により退職給与の支給を受けるべきとき」の「退職給与」を指しているというのであれば，従業員に不正行為があり，不正行為を行った場合の「退職給与規程」により退職給与が減額された場合には，「当該退職給与の額」とは現実に支給された退職給与額を意味することになると主張する。
しかし，上記の「退職給与規程」とは，使用人に対する契約上の債務として又は労働条件を明示するものとして企業に対する拘束力を有するものを意味し，それに基づき算出される退職金が将来費用として支出される蓋然性が高いものを指すと解するのが相当であり，それが不正行為による退職金の減額等の事由までを含んだ意味で用いられているとは解し難い。
したがって，上記控訴人の主張は採用し難い。
（３）アそして，上記（２）のように解した場合，本件の平成12年８月期において，控訴人が退職給与引当金勘定の金額につき法人税法54条２項，施行令107条１項の規定により取り崩さなければならない金額は，退職した使用人７名の前期末要支給額である1143万5200円（上記１（３）ア）であるところ，控訴人が取り崩した1143万5200円はこれと同額であり，これを超えて任意的に取り崩したものとは認められないから，本件について，超える部分の取崩額（任意的取崩額）のうち繰入限度超過額に達するまでの金額を所得金額から減算することを認めた基本通達11−４−16の適用はないというべきである。
イ また，控訴人が平成12年８月期首退職給与引当金勘定の金額1287万4640円のうち1143万5200円を取り崩すときに，無税引当分の退職給与引当金は1190万9042円（上記退職給与引当金勘定の金額1287万4640円から，期首現在の退職給与引当金に係る利益積立金額96万5598円を控除した金額）であったから，控訴人は，その無税引当分から取り崩さなければならなかったものであり，ここで有税引当分の退職給与引当金から取り崩したとしてそれを損金として認容することは許されない。控訴人は，本件のような場合には，有税引当分の退職給与引当金から取り崩すこともできると解すべきであると主張するが，同主張が採用し難いことは，原判決事実及び理由欄第３の１（２）ア記載（18頁〈編注・1299ページ〉以下）のとおりである。
ウ 以上のほか，本件減算処理を正当化し得る法的根拠は見いだせない。したがって，本件減算処理は，違法な税務処理というべきである。
（４） 控訴人は，退職給与引当金の制度は，無税引当分の退職給与引当金だけで，従業員に対し確実に退職給与金が支給されるようにとの目的で創設されたものであるのに，累積限度額をどんどん逓減し，法人に対し，有税引当分の退職給与引当金の積立てを間接的に強制することは退職給与引当金の制度を創設した目的に違反すると主張する。
しかし，上記のような法人税法改正の経緯があったとしても，それは退職給与引当金の制度をどのようにするかという立法政策の問題であるところ（控訴人は退職給与引当金の立法趣旨をいうが，法人税法は，累積限度額の定めについても施行令に譲っているものである。），それが憲法等に違反するものとは認め難いし，また，それが直ちに本件減算処理の適否に結びつくものではない。
また，控訴人は，有税引当分の退職給与引当金は，利益積立金となり課税対象となるところ，有税引当分の退職給与引当金の積立てを間接的に強要し，その上その取崩しを制限し，毎年毎年課税することは，退職給与引当金制度を創設した立法目的に違反すると主張するが，この点も同様である。
３ 国税通則法65条５項該当性（本件賦課決定の適否）について
（１）ア国税通則法65条５項は，「修正申告書の提出があった場合において，その提出が，その申告に係る国税についての調査があったことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないとき」には過少申告加算税を課さない旨を規定している（過少申告加算税は，申告納税制度において正確な申告の確保が必要であることにかんがみて設けられたものと解され，国税通則法65条５項は，申告納税制度の普及を図るため，自発的な修正申告を奨励することを目的とするものと解される。）。
イ ここにいう【判示事項】調査とは，課税標準等又は税額等を認定するに至る一連の判断過程の一切を意味し，課税庁の証拠資料の収集，証拠の評価あるいは経験則を通じての課税要件事実の認定，租税法その他の法令の解釈適用を含む税務調査全般を指すものと解され，いわゆる机上調査のような租税官庁内部における調査をも含むものと解される。
ウ この点に関し，控訴人は，修正申告があった場合において，その修正申告が，その国税について調査があったことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないときは，過少申告加算税を課さないことになっているところ，この「予知してされたもの」とは，国税通則法24条に規定する通常業務である机上調査を越えて，納税者に対する当該国税に関する実地又は呼出等の具体的調査がされた後にされた修正申告を言うと主張する。
しかし，調査があったことにより当該国税について更正があるべきことを予知して」と規定する国税通則法65条５項は，同法24条の「調査」を前提としているとみられるし，両条項の「調査」の意義について別異に解すべき合理的理由もないこと，また，机上調査の過程で，あるいはその結果に基づいて，課税庁から納税者に連絡がされ，修正申告が促されるなどにより，納税者は，上記調査の内容を認識し，更正があるべきことを予知することがあるが，こうした場合に，過少申告加算税を付加することとしても，国税通則法65条５項の趣旨が損なわれるともいえないことを考慮すれば，調査の意義を控訴人主張のように限定して解すべき根拠はないというべきである。
なお，控訴人は，国税通則法65条５項にいう課税庁の調査とは，課税庁に「手数をかける調査」をいうとも主張するけれども，そのように解すべき合理的根拠はなく，採用し難い。
（２）ア上記１（４）認定事実からすれば，本件で，Ａ調査官は，本件確定申告書等の内容を精査して本件減算処理の問題があることを発見し，それについて検討した結果，本件減算処理が法令に照らし誤りであると判断したこと，そこで，Ａ調査官は，Ｂ税理士に対し電話で連絡をとり，本件減算処理が誤りである旨を告げ，その検討を促して修正申告を慫慂したところ，Ｂ税理士は，修正申告書を提出する旨を述べ，後日，被控訴人に対し本件修正申告書を提出したことが認められる。
イ 前述のところからすれば，Ａ調査官が上記のように本件確定申告書を精査検討したことは，国税通則法65条５項の「調査」に該当すると認められるし，上記の事実経過からすれば，Ａ調査官がその調査の結果に基づき，Ｂ税理士に対して上記連絡をしたことにより，控訴人の側は，仮に修正申告をしなければ被控訴人による更正があるであろうことを予知し，その上で本件修正申告書の提出をしたものと認められる。
ウ この点に関し，控訴人は，自らは当初申告は正当であると信じていたが，Ｂ税理士の助言に従い，自主的に修正申告書を提出したのであり，「更生を予知」したものではないと主張する。しかし，Ｂ税理士が上記のような助言をしたとすれば，それは，上記の調査に基づく指摘をそのまま放置すれば，いずれ更正があるであろうことを予知したからであると認めるのが相当であるし，そのような事情は，控訴人においても認識していたからこそ，その助言にしたがったものと推認される。そうすると，この点も，上記の判断に影響を及ぼすものではない。
エ したがって，本件は，国税通則法65条５項の「調査があったことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないとき」に該当するものとは認められない。
第４ 結論
以上によれば，本件賦課決定及び本件通知はいずれも適法であり，控訴人の請求は理由がないから，これを棄却した原判決は相当であり，本件控訴を棄却することとする。
よって，主文のとおり判決する。
（裁判官岩井俊及川憲夫竹田光広）
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報52巻4号1269頁。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。