主文
１ 原判決第２項及び第３項を取り消す。
２ １審原告の境界の確定を求める訴えを却下する。
３ １審原告の所有権確認請求についての予備的請求を棄却する。
４ １審原告の控訴を棄却する。
５ 訴訟費用は第１，２審とも１審原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 控訴の趣旨
１ １審原告
（１） 原判決中，１審原告敗訴部分を取り消す。
（２） １審原告が別紙物件目録記載１の土地（以下「本件土地」という。）について同記載２の範囲で所有権を有することを確認する。
（３） 本件土地と国有地の境界は，原判決添付別紙図面（以下「原判決図面」といい，別紙測量データ１〜５を添付〈略〉する。）のＨ.149，Ｈ１ないしＨ.41，Ｋ141の各点を順次直線で結んだ線，同図面のＨ.149，Ｋ.11ないしＫ.48の各点を順次直線で結んだ線であることを確定する。
２ １審被告
（１） 原判決中，１審被告敗訴部分を取り消す。
（２） 本件土地と国有地との境界の確定を求める訴えを却下する。
（３） １審原告の請求をいずれも棄却する。
第２ 事案の概要
本件は，１審原告が１審被告に対し，１審原告は本件土地を所有しているところ，本件土地は，主位的には別紙物件目録記載２の範囲の土地（以下「本件係争地」という。）であり，予備的には，本件係争地の一部である同目録記載３の範囲の土地であると主張して，その所有権の確認及び本件土地とこれに隣接する国有地との境界の確定を求めた事案であるが，本件係争地が諫早湾内の干潟であることから，１審原告が海面下の土地である本件係争地の所有権を取得しうるか否かが主として争われた。
１ 争いのない事実及び各項末尾掲記の証拠により認定しうる事実
（１） 本件土地の土地台帳には，「字 N」，「地番1569番」「地目原野，草生地（明治31年に「原野」に更正）」，「地積20反，地価３円，地租7.5銭」，「所有主Ａ（ただし，この登記年月日欄は空欄）」と，それぞれ表示されていた。そして，明治30年５月20日付けで作成された登記簿には，本件土地は，「北高来郡<略>字N1569番原野２町歩」と表示されたが，昭和46年６月１日に，現在の「諫早市O町3686番」に所在地・地番が変更された。（〈証拠略〉）
（２） 本件土地の登記簿謄本には，Ａから後の所有権移転として，次のとおり記載されている。（〈証拠略〉）
ア 年月日明治30年５月17日
原因売買
取得者Ｂ
イ 年月日明治34年３月１日
原因家督相続
取得者Ｃ
ウ 年月日明治41年４月30日
原因売買
取得者Ｄ
エ 年月日大正６年２月４日
原因家督相続
取得者Ｅ
オ 年月日大正８年７月23日
原因売買
取得者Ｆ
カ 年月日大正９年２月10日
原因売買
取得者Ｇ
キ 年月日大正13年４月14日
原因家督相続
取得者Ｈ
ク 年月日平成４年８月３日
原因売買
取得者１審原告
（３） 本件係争地は，昭和61年10月に着手された国営諫早湾干拓事業により干拓がなされる範囲内にある。国営諫早湾干拓事業は，昭和27年に長崎大干拓構想として発表されていたが，平成９年４月14日に潮受堤防が締め切られたものの，未だ終了に至っていない。
本件係争地は，諫早湾内の干潟の一部であり，上記潮受堤防の締め切り以前の昭和63年当時には，春分秋分の日など年間90日間位は，満潮時において海面下に水没していた（〈証拠略〉）。
（４） 原判決図面〈略〉表示のＨ.149，Ｈ.１ないしＨ.41の各地点を順次直線で結んだ線（本件係争地の海側境）付近には，ほぼ一列に石積み（以下「本件石積み」という。）が築造されている。
２ 主たる争点及びこれに関する当事者の主張
（１） 争点１（１審原告は本件係争地について所有権を有しているか）（１審原告）
１審原告は本件係争地について所有権を有している。
ア 海面下の土地の払い下げに関する法制度について
明治４年８月大蔵省達第39号（以下「明治４年大蔵省達」という。）は「荒蕪不毛之地」の開墾を希望する者があれば，入札の上，払い下げるものとし，明治８年２月７日内務省達乙第13号（以下「明治８年内務省達」という。）は，海面の開墾を希望する者があれば，無償で下げ渡すものとしていたものであり，明治４年大蔵省達及び明治８年内務省達は，海面下の土地について，私人が払い下げにより排他的総括支配権を取得することを認めていた。
１審被告は，明治６年太政官布告第257号（以下「明治６年太政官布告」という。）により，明治４年大蔵省達による払い下げは原則として禁止された旨主張するが，明治６年太政官布告による原則的停止政策は，山林原野を対象とするもので，海面の払い下げは対象とされていないし，例外としての払い下げが現実には多く行われていた。
（なお，明治12年３月４日内務省地理局通知「水面埋立願ニ付取調上心得」（以下「明治12年地理局通知」という。）以後，海水面のまま私人に払い下げることは普通行われなくなり，必要な場合も単にこれを埋め立てる権利を私人に免許し，海水面は依然，公有水面として公共の用に供され，竣工認可を条件にその公用を廃止し，免許を受けた者に埋立地についての私法上の所有権を取得させるにとどまることとなったことは認める。）
イ Ａの本件係争地の所有権の取得
Ａは，明治６年ころ以降，当時いずれも干潟であった本件係争地及びその南東側に隣接する現在の「P」部分の土地を，干拓のため国より，明治４年大蔵省達により払い下げもしくは明治８年内務省達により下げ渡しを受けて，その所有権を取得した。
このことは，本件土地が土地台帳及び登記簿に記載され，その最初の所有者としてＡが記載されていること，本件土地の所在が記載された旧公図が作成され保管されていたこと，Ａの歴史的業績，本件石積みの存在，１審原告の本件係争地の占有，管理の状況等により推認することができる。
なお，地租改正法令，地租改正条例は，地租を賦課徴収する目的で制定・実施されたものであることから，開墾による鍬下年期による免租地，荒地による免租地については，精確かつ十分なる測量及び地図の作製がなされなかったものであって，本件係争地の実測面積と本件土地の登記簿上の面積に齟齬があり，本件係争地の形状と１審原告主張の形状も異なることについて，特に異とする理由はない。特に，本件土地が干拓が困難な諫早湾内の干潟についての干拓であり，かつ，莫大な資産と労力を要する干拓事業により払い下げもしくは下げ渡しされたものであるという特殊事情によれば，上記齟齬については，十分説明，理解できることである。１審被告は，Ａが明治４年大蔵省達もしくは明治８年内務省達による手続によって，本件係争地を取得したことは立証されていないと主張する。しかし，Ａが，真実，適法に払い下げあるいは下げ渡しを受けなければ，土地台帳への記載，旧公図の作成，保管，その後の登記簿への記載等もなかったはずであり，国（１審被告）が長期間にわたり本件土地を「土地」として扱い，その所有権を認めて公示し，さらに，平成５年３月31日発行の「諫早湾干拓のあゆみ」に１審原告主張の本件土地に関する歴史的事実を掲載し，最高裁判所昭和55年（行ツ）第147号昭和61年12月16日第３小法廷判決（民集40巻７号1236頁，以下「田原湾最高裁判決」という。）後も本件土地の存在及び権利移転を公証していた以上，信義則，禁反言の原則からいっても，本件土地の所有権は究極的に確定されたものと認められてしかるべきであり，Ａの権利（排他的総括支配権）を否定するのであれば，１審被告の方がこれを立証すべきである。
ウ １審原告の本件係争地の所有権の取得
（ア） １審原告は，上記イのとおり，本件係争地の所有権を取得したＡから，前記第２の１（２）の登記簿記載のとおりの経過で，所有権を取得した（ただし，同キ記載のＨの後，昭和41年12月26日に相続によりＩが所有権を取得し，同人から，同ク記載のとおり，１審原告が所有権を取得した。）。
（イ） 仮に，Ａが所有権を取得したことが立証されていないとしても，国（１審被告）が，明治４年大蔵省達による払い下げか，明治８年内務省達による下げ渡しにより，私人に本件土地の所有権を付与した後，本件土地につき，土地台帳，不動産登記簿上の権利者としてＡの権利を認め，それ以降も転々と所有権移転の事実を認め，放置していた状況のもとにおいては，国（１審被告）は，民法110条の法意あるいは民法94条２項の類推適用により，本件土地につき，登記が実態に即したものと信じ，これを譲り受けたＧ，その後これに基づき，権利譲渡を受けた１審原告に対し，本件係争地の所有権がなかったことを主張できない。
（ウ） 本件土地の埋立が完了しないまま約120年もの期間が経過したことを根拠に，その所有権が消滅する旨の１審被告の主張は争う。
（１審被告）
１審原告が本件係争地の所有権を取得したとの主張を否認する。
ア 海面下の土地の払い下げに関する法制度について
本件係争地は，平成９年の潮受堤防締め切り以前は諫早湾内の干潟であったところ，海面下の土地は原則として私的所有権の対象とはならず，例外的な法政策によって私的所有権の対象となりうるものである。
１審原告は，本件係争地は，明治４年大蔵省達ないし明治８年内務省達に基づいて払い下げられたものであると主張するところ，明治４年大蔵省達が私的所有権の前身である排他的総括支配権を払い下げるものであったことは認めるが，明治８年内務省達は，海面下の土地について，所有権を認めてこれを払い下げるという性格のものではなく，海面の埋立権を付与するものにすぎない。そして，明治４年大蔵省達に基づく払い下げが有効であった期間は，明治６年太政官布告により，明治４年大蔵省達による払い下げが原則的に禁止された明治６年７月20日までである。仮に，明治８年内務省達が，私的所有権の前身である排他的総括支配権を払い下げるものであったとしても，明治12年地理局通知は，海面のままでは私法上の所有権を認めない立場を明らかにしたから，私人が海面下の土地の所有権を取得したものと認められるためには，明治12年３月以前に払い下げがなされたことが証拠上認定できなければならない。
イ Ａの本件係争地の所有権の取得
Ａが明治４年大蔵省達もしくは明治８年内務省達による手続によって，本件係争地の所有権を取得したことを認めるに足りる証拠はない。
田原湾最高裁判決に照らしても，地券の下付があったからといって，それによって払い下げられたものということはできないし，土地台帳や登記簿に所有者として記載がなされたとしても，私的所有権の前身である排他的総括支配権の払い下げがあったと認定することはできない。
ウ １審原告の本件係争地の所有権の取得
（ア） １審原告の前記ウ（ア）の主張事実は知らない。
（イ） 本件は，本件係争地に対する排他的総括支配権ひいては所有権が成立するかどうかが問題となっているのであって，目的物が私人の所有権の対象となっていることを前提とする民法94条２項類推適用の法理が当てはまる場面ではない。また，本件において，１審被告が許容した何らかの外観が他者によって変形ないし拡大されたという事情は認められないから，民法110条の法意が適用される場面でもない。１審原告の民法110条，94条２項の類推適用等の主張は，Ａが本件係争地に対する排他的総括支配権ひいては所有権を取得したことを前提とするものであって，主張自体矛盾している。
（ウ） 明治４年大蔵省達だけではなく明治８年内務省達も，海面下の土地の所有権を払い下げる性格のものであると評価する余地があるとしても，海のままでの土地所有を終局的に認めるものではなかったと解すべきであって，一定年限の猶予を定めて，その期間に埋立てが完了しない場合には，所有権を失う旨の定めがあり（〈証拠略〉），払い下げ後，当該海面下の土地の干拓ないし埋立工事が完成せず，海のままの状態が相当期間継続した場合には，その権利は消滅するものと解するのが相当である。そして，仮に，Ａに対し，上記各手続により本件土地について所有権が付与されたとしても，その後，本件土地は，平成９年４月に潮受堤防の締め切りによって干陸化するまでの約120年もの間，一度も陸地化することなく，海のままであったのであるから，陸地が長期間海没して，これに対する排他的支配や経済的な利用が不可能となっていた場合と同じく，１審原告の本件土地に対する所有権は消滅したというべきである。
（２） 争点２（境界確定の訴えの適法性）
（１審原告）
本件境界確定の訴えは適法である。
境界確定訴訟は，民有地間の場合においては，地番の付された土地の間に定められた公法上の境界の認定，判断ないし形成をするものであるが，国有地については地番の付されていないことも多く，この場合にも隣地との境界が不明な隣接地の各所有者において境界確定訴訟を提起できるのであるから，その意味においては，地番の付されていないいわゆる無番地の土地についても実体法上の土地所有者は境界確定訴訟の当事者たり得るものである（最高裁判所平成元年（オ）第239号平成５年３月30日第３小法廷判決・訟務月報39巻11号2326頁参照）。
そして，本件土地に隣接する公有水面下の土地も，既に潮受堤防の締切により干陸化しており，地番の付されていない国有地であるから，これとの境界確定を求める本件請求は適法である。
（１審被告）
本件境界確定の訴えは不適法であって，却下を免れない。
ア 前記のとおり，１審原告は本件係争地を所有していない。したがって，１審原告は，境界確定訴訟の当事者適格を欠いている。
イ 本件係争地を含む公有水面については国営諫早湾干拓事業が行われているが，同事業についてその工事竣工の通知がなされていない以上，本件係争地の周辺の干拓地の法的性格は公有水面であり，本件境界確定の訴えには，本件土地と公有水面の地盤との境界の確定を求める部分が含まれている。しかし，境界確定訴訟の対象となる「境界」とは，一筆と一筆の土地（または地番と地番）の境界線を指すものと解されている。すなわち，「境界」とは，元来海洋に囲繞された一個の物体であるはずの土地を複数の個人の権利の客体とする私的土地所有の制度的前提として，公的に設定（または認証）された地番と地番との境界線を指すものであって，個々の私的な所有権の限界線を指すものではなく，境界確定訴訟は，私的な所有権の対象である「土地」と「土地」との公法上の境界を定める訴訟であるから，土地と海（海面下の地盤）との境は，境界確定訴訟の対象な（ママ）らない。本件土地と公有水面の地盤との境に上記のような意味の公的な境界が設定ないし認証されたことはなく，本件土地と公有水面の地盤との境界の確定はおよそ不可能であって，これが許されないことは明らかである。したがって，少なくとも，本件土地と公有水面の地盤との境界の確定を求める部分は不適法である。
（３） 争点３（本件土地と国有地との境界）
（１審原告）
ア 主位的主張
本件土地と国有地との境界は原判決図面〈略〉のＨ.149，Ｈ.１ないしＨ.41，Ｋ.141の各点を順次直線で結んだ線，同図面〈略〉のＨ.149，Ｋ.11ないしＫ.48の各点を順次直線で結んだ線である。なお，各Ｋ点は，国土調査における１審被告主張の公有水面と国有堤防との境界線である。
イ 予備的主張
本件土地と国有地との境界は原判決図面〈略〉のＫ.73，Ｋ.146，Ｋ.112の各点を順次直線で結んだ線である。
（１審被告）
１審原告主張にかかる各Ｋ点（ただし，Ｋ.146の点を除く。）が国土調査における公有水面と国有堤防との境界線であることは認めるが，その余の主張は争う。
第３ 争点に対する判断
１ 争点（１）（１審原告は本件係争地について所有権を有しているか）について
（１） 海面下の土地の払い下げに関する法制度について
前記第２の１（３）記載の事実からすると，本件係争地は明治初年以前から海のままの状態にあることが認められるところ，海水とその敷地（海床）とをもって構成される統一体としての海が土地に当たるかどうかについては，次のとおり解される（田原湾最高裁判決）。
すなわち，海は，社会通念上，海水の表面が最高高潮面に達した時の水際線をもって陸地から区別されている。そして，海は，古来より自然の状態のままで一般公衆の共同使用に供されてきたところのいわゆる公共用物であって，国の直接の公法的支配管理に服し，特定人による排他的支配の許されないものであるから，そのままの状態においては，所有権の客体たる土地に当たらないというべきである。しかし，海も，およそ人の支配の及ばない深海を除き，その性質上当然に私法上の所有権の客体となりえないというものではなく，国が行政行為などによって一定範囲を区画し，他の海面から区別してこれに対する排他的支配を可能にした上で，その公用を廃止して私人の所有に帰属させることが不可能であるということはできず，そうするかどうかは立法政策の問題であって，かかる措置をとった場合の当該区画部分は所有権の客体たる土地に当たると解することができる。ところで，現行法は，海について，海水に覆われたままの状態で一定範囲を区画しこれを私人の所有に帰属させるという制度は採用していない。しかしながら，過去において，国が海の一定範囲を区画してこれを私人の所有に帰属させたことがあったとしたならば，現行法が海をそのままの状態で私人の所有に帰属させるという制度を採用していないからといって，その所有権客体性が当然に消滅するものではなく，当該区画部分は今日でも所有権の客体たる土地としての性格を保持しているものと解すべきである。そして，明治４年大蔵省達（明治６年７月20日太政官布告第257号により廃止）は，「荒蕪不毛之地」の開墾を希望する者があれば入札のうえ払い下げるものとし，明治８年内務省達は，海面の開墾を希望する者があれば無償で下げ渡すものとしていたところ，これらは，海水の常時侵入する地所についても，これを払い下げにより私人の取得しうる権利の対象としており，現場で区画を定めて私人に払い下げられその後陸地となった海岸寄洲及び海面については，上記の私人が払い下げにより排他的総括支配権を取得したと解することができる。しかし，その後の明治12年地理局通知は，水面埋立てについては，まず埋立ての許可を与え，埋立工事が完了した時点で無代価で下与するか払い下げるものとし，以後は，海のまま私人に払い下げる法制度は存在せず，海については単にこれを埋め立てる権利を私人に免許し，海水面は依然，公有水面として公共の用に供され，竣工認可を条件にその公用を廃止し，免許を受けた者に埋立地についての私法上の所有権を取得させるにとどまることとなった。
（２） Ａの本件係争地の所有権の取得について
ア 前記（１）で判断したところによれば，Ａが本件係争地の所有権を取得するためには，明治12年地理局通知発令以前に，明治６年太政官布告により廃止される前の明治４年大蔵省達あるいは明治８年内務省達により，本件土地の所有権を取得したことが認められなければならない。そこで，検討するに，〈証拠略〉によれば，以下の事実を認定することができる。
（ア） 有明海の干潮時と満潮時との差は，平均でも５メートル以上と国内で最大であり，また，干潮時には，海岸線から５ないし７キロメートルの沖合まで干潟となって露出し，干潟も年間で多いところでは５センチメートル，平均で数センチメートル潟がせり上がっている。したがって，諫早湾においては，古くは鎌倉時代から干潟の干拓が行われ，当初は，干拓が容易な干潟について，個人による事業として行われていたが，江戸時代以降は，干拓が困難な干潟についても干拓がなされるようになっていた。昭和初期ころまでの干拓工事は，汐止め，築堤工事から始め，松杭を打ち，柴を大きく束ねて両側から交互に重なるように締め付け，その上に栗石を積む作業を何回も繰り返し，沈下が止まったところで，間知石（けんちいし）を積み上げるという方法であった。（〈証拠略〉）
（イ） 本件土地の土地台帳には，最初，「字 N」，「地番1569番」「地目原野，草生地（明治31年に「原野」に更正）」，「地積20反，地価３円，地租7.5銭」，「所有主Ａ」と，それぞれ表示されていた。
本件土地については，明治30年５月20日付けで登記簿が作成され，「北高来郡<略>字N1569番原野２町歩」と表示され，昭和46年６月１日に，現在の「諫早市O町3686番」に所在・地番が変更された。
本件土地は，土地台帳には，大正９年に大正17年まで免租された旨の記載があり，現在は非課税地となっているところ，過去に徴税されたことがあるかどうかについては不明である。
（〈証拠略〉）
（ウ） 本件土地については，旧公図（〈証拠略〉）が存在し，これによれば，本件土地の東側は，堤塘・溝を挟んで「N1570番」と隣接しており（その余の３面には何らの記載もない。），その形状は長方形であり，表示された大きさは「N1570番」と大差がない。本件土地は，所在，地番が「諫早市O町3686番」に変更された昭和46年６月以降に作成された旧字図（以下「旧字図」という。）及び現字図には記載されていない。（〈証拠略〉）
（エ） 上記「N1570番」（現在の「諫早市O町3687番」）は，原判決図面〈略〉の南東角の「3687」と表示されている部分に所在する。同土地は，明治33年８月15日受付けで，「新開地３町６反３畝16歩」として登記され，昭和27年４月12日受付けで錯誤により「宅地266坪」に更正登記がなされている。
同土地の土地台帳によれば，同土地は明治33年６月22日受付けでＪ及びＧが所有者として登記され，同年８月15日受付けでＧに，明治35年８月１日受付けでＫにそれぞれ所有権移転登記がなされ，その後所有権が転々としているが，その途中には，本件土地と同様，明治41年４月27日受付けでＤに，大正８年３月21日受付けでＥに，大正８年７月23日受付けでＦに，それぞれ所有権移転登記がなされている。（〈証拠略〉）
（オ） 本件土地の前地番にあたる「諫早市O町3685番」は，現字図には記載されていないが，旧字図では，原判決図面〈略〉表示Ｋ.49地点の南側に位置する「3684」の北側に表示されていた。（〈証拠略〉）
（カ） 本件土地の土地台帳及び登記簿に最初の所有者として記載されているＡは，幕末ころの天保元年（1830年）に諫早で出生し，医学を志して，長崎市内，淡路島，大阪の優秀な医師の下で内科と眼科を修得し，大阪では，一流の医師として名を馳せ，旧家や財閥家の往診も勤めるほどとなって多額の財をなすに至った。Ａは，関西で習得した医術を故郷の諫早で施そうと考えて，明治６年ころ，大阪の家屋敷を処分して，諫早に移り住んだが，帰郷まもなく，長崎を出国時に脱藩してその後明治維新の国事に加わったのではないかと疑われて投獄された。Ａは，眼科のみを診るという条件で釈放されたが，釈放後も病気になるなどしたため，帰郷後約２年間は開業どころではなかった。その後，Ａは，Q（諫早市(略)）で開業し，開業した病院は繁盛したものの，Q部落の中ではよそ者として村八分にされていたが，医師として非常に有能であったことなどから，漸く明治20年ころまでには，村八分は自然解消した。Ａは，明治23年４月８日に，平民から本来の士族に訂正され，それまで名乗っていたＬ姓からＡ姓に変更した。（〈証拠略〉）
（キ） 本件土地の土地台帳及び登記簿に，Ａから所有権を取得した者として記載されているＢは，天保11年（1840年）生れのR銀行の創業者であり，長崎財界の著名な財界人で，明治25年には，衆議院議員となった人物である。
同じく，Ｂの子息Ｃから本件土地を取得した者として記載されているＤは，長崎で学んだ高僧であり，仏教布教のためには富国が大切であるとの考えから，佐賀，長崎，熊本の各県で広大な干拓地を築いた人物である。
（〈証拠略〉）
（ク） １審原告代表者の祖父に当たるＧは，元治元年（1864年）生れであり，諫早湾内の干拓のための築堤工事に現場監督的な立場で従事していた。諫早湾内では，本件係争地の東側に所在し，前記「諫早市O町3687番」の所在する「P」の干拓が，1897年（明治30年）ころから開始され，同干拓は1917年（大正６年）ころ完成した。（〈証拠略〉）
（ケ） 大日本帝国陸地測量部作成の明治33年測量の地図には既に，本件石積みの位置を思わせる点線が記載されており，その後の地図にも同様の記載がなされているものが存在する。（〈証拠略〉）
イ これらの認定事実を前提に，１審原告の主張について検討する。
（ア） １審原告は，旧公図及び旧字図を総合すると，本件土地は「諫早市O町3687番」の堤防・溝を挟んで西隣に所在するとともに，本件土地の前地番である「諫早市O町3685番」と後番地である「諫早市O町3687番」との間に所在すると考えられる，したがって，本件係争地が本件土地であると主張する。
しかしながら，旧公図以外に，本件土地が記載された字図や公図は存在しないこと，本件係争地は，旧公図上の本件土地の形状及び大きさ並びに本件土地の登記簿上の面積と著しく異なること，本件土地は，地名は「N」という干拓地の呼称となっているが，地目は，「原野，草生地」，「原野」となっていて，海面下の土地を指すものとしては不自然さをぬぐえないことなどからすると，そもそも，本件土地が本件係争地に所在すると認定すること自体を躊躇せざるを得ない。
（イ） また，本件土地は，土地台帳や登記簿に記載され，Ａらがその所有者として順次登記されてはいるが，水面埋立てについて埋立ての許可を与え，埋立てが完了した時点で払い下げ等するものとしたものの，埋立てが完了せず，いまだ排他的総括支配権を取得していないにもかかわらず，地券が交付され，土地台帳や登記簿が作成されて私人が所有者として記載されたり，地券発行後，埋立てが完了せず，あるいは再び海没等した場合にも土地台帳や登記簿に記載されることもある（田原湾最高裁判決，〈証拠略〉）のであって，このことからすると土地台帳や登記簿に記載されていることのみから，Ａが海面下の土地であったとされる本件土地について完全な所有権を取得したものと推認することはできない。なお，１審原告は，信義則や禁反言を根拠に，本件土地の所有権を認めるべきであると主張するが，信義則等を根拠に，本来，私的所有権の客体とならない土地について，所有権を認めることができるはずはなく，採用することができない。
（ウ） Ａが，諫早湾干拓事業に資金を提供するだけの資力を有していた可能性は否定できないし，本件土地のその後の取得者であるＢやＤらの略歴からすると，同人らが本件土地を干拓目的で取得したと推認しても不自然ではない。しかし，本件土地の土地台帳にはＡが本件土地を取得した日やその原因については何ら記載がなく，Ａがいつ，どのような経緯で本件土地を取得したかを認めるに足りる証拠はないうえ，かえって，Ａが明治８年ころまで，前記のような事情で病院を開業することもできず，さらに，明治20年ころまで村八分にあっていたことからすると，Ａが，明治12年以前に，干拓事業を行うことを志し，これが許可されて，本件土地の払い下げを受けることは困難であったのではないかと推認される。また，１審原告は，Ａは，明治６年ころ以降，当時いずれも干潟であった本件係争地及びその南東側に隣接する現在の「P」部分の土地を取得したものであり，「P」は，Ａが取得したことからか「S」とも称され，「T」の読みである「U」に因んだものともみることができると主張するが，「P」内に所在する「諫早市O町3687番」の土地の土地台帳及び登記簿の所有者欄には，Ａの名は記載されていないのであって，Ａが諫早湾の干拓事業に関与したこと自体についても，これに言及する〈証拠略〉は，同人の一代の事跡を記載した〈証拠略〉に同人の干拓事業への関与について何らの言及がないことに照らし，ただちに採用することができず，また，〈証拠略〉には，「明治６年にＡが干拓を始める」「干拓事業の起業者Ａ」といった言及があるが，いずれも古老からの伝聞ないし再伝聞によるものであって，Ａが干拓に関与したことを証するものとはいえず，他にこれを認めるに足りる証拠はない。
（エ） １審原告は，本件石積みの存在は，本件土地が本件係争地に所在し，歴代の所有者が干拓事業を行ってきた証である旨主張する。確かに，本件石積みは，相当の労力及び資金をかけて，人為的に築造されたものであることは明らかであって，干拓目的で築造されたものと推認するのが最も合理的であり，本件石積みは明治33年以前に既に存在していたとみるべきところ，これを誰がどのような権利に基づいて築造したのかについては，全く不明であるというほかはないのであって，本件石積みの存在は，明治30年代ころに本件係争地の干拓が試みられたことを示すとしても，ここから，本件係争地について，すでに排他的総括支配権を得ていた者があったことを推認しうるものではない。また，〈証拠略〉によれば，Ｇが，昭和初期に，船で石を運んで堤防工事を施工したことは認められるものの，これが本件石積みに関する工事なのか，P等他の堤防に関する工事なのかは判然とせず，また，Ｇがどのような権利に基づいて，このような工事をしたのかも明らかではない。【判示事項】以上のとおりであって，１審原告が指摘する各事実をもってしても，国が本件係争地の全部又は一部を区画し，他の海面から区別してこれに対する排他的支配を可能にした上で，Ａに対し，明治４年大蔵省達ないし明治８年内務省達により，本件土地として払い下げないし下げ渡しをしたと認定するには足りず，他にこれを認めるに足りる証拠はない。
なお，１審原告代表者は，原審において，Ｇの行った干拓事業に関する書類や買受けた権利に関する書類がＧ家に保存されていたが昭和22年の火災で消失したと供述するところ，これを信用するとしても，本件土地，本件係争地に関してどのような内容の書類が存在したのかは明らかでないというのであるから，それらの書類が存在しないために充分な立証が行えないことの負担を１審原告に帰することはやむをえないところである。また，１審原告は，明治初年に取得されたと主張する権利について，これを直接証拠により立証すべきことを求めるのは不当であると主張するが，前判示の認定，判断は，直接証拠がないから，権利取得が認められないというのではなく，１審原告が立証しえた事実からはその権利取得があったことを認定（推認）することができないというものであって，上記主張が妥当する場面ではない。古い時代の事柄であるからといって，根拠の乏しい証拠によって認定した事実によって安易に推認をかさねることが許されるものではない。
（３） １審原告の本件係争地の所有権の取得
ア 前記（２）によれば，本件係争地は私的所有権の客体たる土地とは認められず，Ａが本件土地の所有権を取得したとはみれないから，１審原告が本件土地を承継取得することもありえない。
イ １審原告は，民法110条の法意あるいは民法94条２項の類推適用を主張するが，前述のとおり，本件係争地については，そもそも，私的所有権の客体たる土地であるとは認められないから，民法94条２項の類推適用等の余地はないというべきである。
（４） 結論
よって，１審原告が本件係争地を主位的主張の範囲及び予備的主張の範囲のいずれについても，所有していると認めることはできないから，本件所有権確認請求はいずれも理由がない。
２ 争点（２）（境界確定の訴えの適法性）について
前記１で判断したとおり，１審原告が本件係争地を所有しているとは認められないから，本件境界確定の訴えは不適法である。
３ 結論
以上によれば，その余の点について判断するまでもなく，１審原告の所有権確認請求はいずれも棄却し，境界確定の訴えは却下すべきであるから，１審被告の控訴に基づき，これと異なる原判決を主文のとおり変更し，１審原告の本件訴訟は棄却することとする。
（裁判官小林克已内藤正之白石史子）
物件目録
１ 所在諫早市O町
地番 3686番
地目原野
地積 19834平方メートル
２ 原判決添付別紙図面〈略〉表示のＨ.149，Ｈ１ないしＨ.41，Ｋ141ないしＫ11，Ｈ.149の各点を順次直線で結んだ範囲の土地（基点は諫早市(略)の建設省の道路に設けられた水色の鋲，Ｔ，Ｏの各点），実測面積390930.48平方メートル
３ 原判決添付別紙図面〈略〉表示のＫ.73ないしＫ.112，Ｋ146，Ｋ73の各点を順次直線で結んだ範囲の土地（基点は諫早市(略)の建設省の道路に設けられた水色の鋲，Ｔ，Ｏの各点），実測面積19834平方メートル
〈参考〉第１審（長崎地裁大村支部平成10年（ワ）第105号平成13年３月23日判決）
主文
１ 原告の所有権確認に関する主位的請求を棄却する。
２ 原告が別紙物件目録記載１の土地について同記載３の範囲で所有権を有することを確認する。
３ 別紙物件目録記載１の土地と国有地との境界は，別紙図面〈略〉のＫ.73，Ｋ.146，Ｋ.112の各点を順次直線で結んだ線であることを確定する。
４ 訴訟費用は，これを20分し，その19を原告の負担とし，その余は被告の負担とする。
事実及び理由
第一 請求
一所有権確認
１ 主位的請求
原告が別紙物件目録記載１の土地について同記載２の範囲で所有権を有することを確認する。
２ 予備的請求
主文２項同旨
二境界確定
別紙物件目録記載１の土地と国有地との境界の確定を求める。
第二 主張
一事案の概要
本件は，原告が被告に対し，諫早湾内の別紙物件目録記載１の土地（以下「本件土地」という。）が原告の所有であると主張して，その確認（主位的には同目録記載２の範囲，予備的には同目録記載３の範囲）及び本件土地とこれに隣接する国有地との境界の確定を求めた事案である。
境界確定について，原告は，主位的には，別紙図面〈略〉のＨ.149，Ｈ.１ないしＨ.41，Ｋ.141の各点を順次直線で結んだ線，同図面〈略〉のＨ.149，Ｋ.11ないしＫ.48の各点を順次直線で結んだ線であると主張し，予備的には，主文３項の線であると主張した（なお，原告は，上記の主張を境界確定に関する主位的請求と予備的請求としているが，境界に関する主張に順位を付したものと善解した。）。二当事者間に争いのない事実等
１ 本件土地は，諫早湾内の干潟の一部であり，昭和61年10月に着手された国営諫早湾干拓事業により干拓がなされる範囲内にある。国営諫早湾干拓事業は，昭和27年に長崎大干拓構想として発表されていたが，平成９年４月14日に潮受堤防が締め切られたものの，未だ終了に至っていない。
２ 本件土地の土地台帳（〈証拠略〉）には，本件土地の最初の「所有主氏名」欄には，Ａと記載されている。さらに，本件土地の地積は20反，地価３円，地租75銭と表示され，かつ，最初の地目は，「原野，草生地」と表示されている。
３ 本件土地の登記簿謄本（〈証拠略〉）には，ＡからＢへの明治30年５月17日付けで売買を原因とする所有権移転登記が同月20日付けでなされている。
４ 本件土地の登記簿謄本には，Ｂからの所有権移転として，以下のとおり記載されている。
（１） 年月日明治34年３月１日
原因家督相続
取得者Ｃ
（２） 年月日明治41年４月30日
原因売買
取得者Ｄ
（３） 年月日大正６年２月４日
原因家督相続
取得者Ｅ
（４） 年月日大正８年７月23日
原因売買
取得者Ｆ
（５） 年月日大正９年２月10日
原因売買
取得者Ｇ
（６） 年月日大正13年４月14日
原因家督相続
取得者Ｈ
（７） 年月日昭和41年12月26日
原因相続
取得者Ｉ
（８） 年月日平成４年８月３日
原因売買
取得者原告
三確認した主要な争点及びこれに関する当事者の主張
１ 争点１
原告が本件土地について所有権を有するか。
（一）原告
本件土地は原告の所有である。
（１） Ａは，明治10年ころ，当時干潟であった本件土地及びその南東側に隣接する「P」の部分のもと干潟であった土地を干拓のため国より払下げもしくは下渡しを受け，本件土地を取得して，「S」と称して干拓に着手した。
ところで，明治４年８月大蔵省達第39号（〈証拠略〉・以下「大蔵省達」という。）は「荒蕪不毛之地」の開墾を希望する者があれば，入札の上，払い下げるものとし，明治８年２月７日内務省達乙第13号（以下「内務省達」という。）は，海面の開墾を希望する者があれば，無償で下げ渡すものとしていた。すなわち，内務省達は，「昨七年第百二十号地所名称区別官有地第三種之内湖海沼池ノ類ヲ埋立耕宅地等ニ自費開墾致度趣ヲ以払下出願ノ節故障ハ勿論他ニ望人無之候得ハ水面埋立ノ分海面ハ満潮ノトキ水下トナルモノ無代価可下渡附寄洲或ハ自然堆積乾燥シテ平常水浸ササルモノハ都テ一般ノ成規ニ照シ相当代価ヲ以払下可申最望人両人以上有之候得ハ水面ト雖入札払ノ積ヲ以取調可伺出此旨為心得相達候事」と定めていた。Ａは，上記いずれかの手続により，本件土地の払下げもしくは下渡しを受けたものとみられる。
したがって，Ａは，本件土地の所有権を取得した。
（２） Ａは，明治30年５月17日，Ｂに本件土地を同日付け売買契約により譲渡し，同月20日付けで所有権移転登記を了した。この時点で，Ａの本件土地所有権についての登記簿謄本が作成された。そして，上記登記簿には，本件土地は，「北高来郡(略)字N一五六九番原野二町歩」と表示されていた。また，土地台帳には，「原野，草生地」と表示されている。
（３） その後，本件土地は，以下のとおり所有権が移転されており，現在は原告が所有者である。
[1] 年月日明治34年３月１日
原因家督相続
取得者Ｃ
[2] 年月日明治41年４月30日
原因売買
取得者Ｄ
[3] 年月日大正６年２月４日
原因家督相続
取得者Ｅ
[4] 年月日大正８年７月23日
原因売買
取得者Ｆ
[5] 年月日大正９年２月10日
原因売買
取得者Ｇ
[6] 年月日大正13年４月14日
原因家督相続
取得者Ｈ
[7] 年月日昭和41年12月26日
原因相続
取得者Ｉ
[8] 年月日平成４年８月３日
原因売買
取得者原告
よって，原告は，本件土地を所有している。
そして，その範囲は，主位的には，築堤がなされていた部分を特定した別紙物件目録記載２の範囲であり，予備的には同目録記載３の範囲である。
（４） 被告は，本件土地の取得について，まず，Ａが大蔵省達もしくは内務省達による手続によってしたのではなく，徳川幕府に対する開田許可を得た場合にも同様に地券が下付された場合があるから，これによった場合には，海面の埋立権を得たにとどまり，当該海面についての所有権を取得したものではないと主張する。しかし，Ａは，明治６年ころ，故郷である諫早に戻ってきたのであるから，江戸時代にこのような海面の埋立権を取得していたとは考えられない。
また，被告は，仮に，Ａが大蔵省達による払下げもしくは内務省達により下渡しを受けていたとしても，大蔵省達もしくは内務省達の解釈として，当然に所有権を取得したとはいえない旨主張する。しかしながら，上記各手続は，払下げもしくは下渡しによりいずれも所有権を取得する旨定めたものと解するのがその文言などからしても相当であるし，上記手続によって，所有権を取得することは，従前の羽田国際空港二重登記事件に関する凡例（最高裁昭和51年（オ）第1182ないし第1185号同52年12月12日第一小法廷判決・訟務月報24巻１号25頁）においても認められている。
さらに，本件土地の埋立が完了しないまま約120年もの期間が経過したことを根拠に，その所有権が消滅する旨の被告の主張は争う。
（二）被告
本件土地について，原告は所有権を取得していない。
原告主張の所有権取得原因は，いずれも否認する。また，所有権移転登記に伴い実体としての所有権が移転したとの主張は争う。
原告は，Ａが大蔵省達もしくは内務省達による手続で本件土地の所有権を取得した旨主張するが徳川時代に開発許可を受けながら，検地に至らないで明治時代に入った土地についても，田原湾内の干潟に関する最高裁判所昭和55年（行ツ）第147号同61年12月16日第三小法廷判決の事案のように，地租改正の際に，「新開試作地」として地券が交付され，登記されて取引の対象となっているものがあり，地租改正の際に「新開試作地」として地券が交付されているからといって，これが大蔵省達もしくは内務省達に基づいて国から払下げもしくは下渡しを受けた土地とは限らない。
また，本件土地につき，仮に，原告の主張するとおり，明治30年５月17日にＢがＡからこれを取得し，同年５月20日付けで所有権移転登記がなされたとしても，上記事実からは，Ａが，いつ，どのような根拠に基づいて本件土地の埋立許可もしくは払下げを受けたのかは明らかではないし，そもそも，Ａ自身が埋立許可もしくは払下げを受けたかどうかすらも明らかではないというべきである。
原告が主張する大蔵省達及び内務省達は，海底の土地について私的所有権を認めてこれを払い下げるという性格のものではなく，海面の埋立権を付与するものに過ぎない。
仮に，これが海底の土地の所有権を払い下げる性格のものであると評価する余地があるとしても，海底のままでの土地所有を終局的に認めるものではなかったと解すべきであって，一定年限の猶予を定めて，その期間に埋立が完了しない場合には，所有権を失う旨の定めがあり（〈証拠略〉），払下げ後，当該海面の干拓ないし埋立工事が完成せず，海面のままの状態が相当期間継続した場合には，その権利は消滅するものと解するのが相当である。
また，仮に，Ａに対して，本件土地について海底の土地所有権が付与されたとしても，上記払下げ後，本件土地は，平成９年４月に潮受堤防の締切によって干陸化するまでの約120年もの間，一度も陸地化することなく，海底のままであったのであるから，陸地が長期間海没して，これに対する排他的支配や経済的な利用が不可能となっていた場合と同じく，原告の本件土地に対する所有権は消滅したというべきである。
２ 争点２
原告の境界確定請求の適法性
（一）原告
原告の本件境界確定請求は適法である。
境界確定訴訟は，民有地間の場合においては，地番の付された土地の間に定められた公法上の境界の認定，判断ないし形成をするものであるが，国有地については地番の付されていないことも多く，この場合にも隣地との境界が不明な隣接地の各所有者において境界確定訴訟を提起できるのであるから，その意味においては，地番の付されていないいわゆる無番地の土地についても実体法上の土地所有者は境界確定訴訟の当事者たり得るものである。（最高裁判所平成元年（オ）第239号同５年３月30日第三小法廷判決・訟務月報39巻11号2326頁参照）。
そして，本件土地に隣接する公有水面下の土地も，既に潮受堤防の締切により干陸化しており，地番の付されていない国有地であるから，これとの境界確定を求める本件請求は適法である。
（二）被告
原告の本件境界確定請求は不適法であって，却下を免れない。
本件土地が所有権の客体たる土地，すなわち境界確定訴訟の対象となる土地といえるかについては問題があるが，この点をおくとしても，原告のいう国有地には，公有水面の地盤が含まれていると解されるところ，同請求は，境界確定請求の要件を欠くものである。
境界確定訴訟の対象となる「境界」とは，一筆と一筆の土地（または地番と地番）の境界線を指すものと解されている。
すなわち，「境界」とは，元来海洋に囲繞された一個の物体であるはずの土地を複数の個人の権利の客体とする私的土地所有の制度的前提として，公的に設定（または認証）された地番と地番との境界線を指すものであって，個々の私的な所有権の限界線を指すものではないのである。
原告は，本件土地と公有水面の地盤との境界の確定を求めるものであるところ，本件土地と公有水面の地盤との境に上記のような意味の公的な境界が設定ないし認証されたことはなく，本件土地と公有水面の地盤との境界の確定はおよそ不可能であって，これが許されないことは明らかである。
本件土地と公有水面の地盤との境は，海底と陸地との区別に関する法的解釈及び現実の海潮位線等の事実により変動するものであり，形式的形成訴訟である境界確定訴訟の対象ではなく，私人の権利義務を弁論主義のもとに確認する所有権確認訴訟の対象とすべきものである。
したがって，本件境界確定の訴えは，速やかに却下されるべきである。
なお，原告は，本件土地を含む国営諫早湾干拓事業により陸地化すべき部分の土地について，既に干陸化したと主張するが，同事業が未だ完了していない以上，このような主張は認められない。
３ 争点３
本件土地と国有地との境界
（一）原告
（１） 主位的主張について
本件土地と国有地との境界は別紙図面〈略〉のＨ.149．Ｈ.１ないしＨ.41，Ｋ.141の各点を順次直線で結んだ線，同図面〈略〉のＨ.149，Ｋ.11ないしＫ.48の各点を順次直線で結んだ線である。
なお，各Ｋ点は，国土調査における被告主張の公有水面と国有堤防との境界線である。
（２） 予備的主張について
本件土地と国有地との境界は，別紙図面〈略〉のＫ.73，Ｋ.146，Ｋ.112の各点を順次直線で結んだ線である。
（二）被告
原告主張にかかる各Ｋ点（但し，予備的主張にかかるＫ.146の点を除く。）が国土調査における公有水面と国有堤防との境界線であることは認めるが，その余の主張はいずれも争う。
第三 争点に関する当裁判所の判断
一争点１について
１ 本件土地は，諫早湾内の干潟であり，本来，満潮時には，海面下となる土地である。このような海面下の土地が，そもそも所有権の客体となり得るかは問題であるが，特定がなされ，これに対する排他的支配が可能であって経済的価値がある限り，法的保護に値するといえるから，所有権の客体となり得ると解するのが相当である。もっとも，このような所有権を認めるか否かは，立法政策によるのであって，現行法制上，海面下の土地は，いわゆる海として公共用物とされ，そのままでは，ただちに私人に所有権を認めていない。しかし，過去の法制において，これを認めていたのであれば，現行法制上も，これを所有権として認めるのが相当である。
原告が主張する所有権取得の根拠について検討するに，大蔵省達は，「荒蕪不毛之地」の開墾を希望する者があれば，「入札」の上，「払下」げるものとし，内務省達は，海面の開墾を希望する者があれば，無償で「下渡」すものとしていた。これにより取得する権利の内実については，単に海面の埋立権に過ぎないのかあるいは当該土地に対する排他的総括支配権であるのかが問題である。
これを海面の埋立権を取得するに過ぎないと解するときには，埋立を完工した際の排他的総括支配権の帰属が問題となるが，上記手続においては，単に，「払下」もしくは「下渡」との文言のみが定められ，徳川幕府に対する開田の許可を得ていた場合の検地の手続や現行の公有水面埋立法22条１項による所有権取得の手続に相当する埋立工事完工後の排他的総括支配権取得の手続については，何ら定めがない。そして，明治政府が殖産興行の促進を図っており，干拓が奨励されていたと考えられることや明治政府以前の徳川幕府において，検地の手続を定めながら，敢えて，これに相当する手続を定めていないことからすると，上記「払下」もしくは「下渡」との文言を素直に解釈して，これにより海面下の土地に対する排他的総括支配権の取得が認められていたものと解するのが相当である。そして，この土地に対する排他的総括支配権は，明治政府により民法制定前に認められたものであるけれども，明治政府が民法による近代的土地所有権制度の制定を控えていたことやいわゆる物権法定主義（民法175条）の趣旨に則れば，法令の制限以外の制約がない権利と考えられるから，民法上の所有権として捉えるのが相当である。この点に関する被告の主張は採用できない。
これに対して，徳川幕府に対する開田の許可を申し出ていた場合には，現行法制（公有水面埋立法２条１項，22条１項）と同様に，当該海面の埋立権を取得したにとどまり，当該埋立工事を完了して，検地の手続を履践していない限り当該土地の排他的総括支配権（所有権）を取得することはできないと解される。
本件土地についての権利取得の手続について検討するに，原告が主張する向井が大蔵省達により払下げもしくは内務省達による下渡しを受けたことを示す直接の証拠はない（本件土地の土地台帳（〈証拠略〉）には，最初の「所有主」としてＡの名前が記載されているものの，その取得の日や原因については何ら記載されていない。また，原告代表者本人は，本件土地の取得に関する書類などを熊本の本家が昭和22年に火災にあった際に焼失したと陳述するが具体的にどのような内容の書類があったかについては明らかにできない。）。反面，被告が主張するようなＡが徳川時代に幕府に対して本件土地の開田を願い出たことを示す直接の証拠もない。
２ そこで，原告が主張するＡが大蔵省達もしくは内務省達により所有権を取得したことが推認されるかについて検討することとする。
〈証拠略〉によれば，以下の事実を認定することができ，上記認定に反する証拠はない。
（１） 有明海の干潮時と満潮時との差は，約５メートルと国内で最大であり，また，干潮時には，海岸線から５ないし７キロメートルの沖合まで干潟となって露出し，干潟も年間で多いところでは５センチメートル，平均で数センチメートル成長する。この状況については，明治時代と現在とで，特段の差はない。そして，諫早湾において，容易に干拓ができる干潟の部分については，個人による事業として古くは鎌倉時代から，干拓がなされていた。しかし，容易に干拓できる干潟はおおむね干拓され，江戸時代以降は，干拓が困難な干潟についても干拓がなされるようになっていた。このような干潟については，個人が事業として始めたものの，干拓事業には莫大な資産と労力を要することから，途中で他の者に権利を譲渡してしまったり，あるいは，幕府が直営として，いわば公共事業として実施されたものもあった。本件土地の陸側（別紙図面〈略〉の各Ｋ点（Ｋ.146の点を除く）の南側）であるO（(略)）の干拓は，西暦1854年から1859年までなされていたが，幕府が直営で行い，その規模もそれまで困難と考えられていた範囲について，広範に行うものであり（〈証拠略〉），堤防の内側にこれに沿う形で水路も設けられていた。
（２） 干拓は，順次，海側に向かってなされていくが，既に干拓された土地の堤が完成してから，さらに海側に干拓工事を開始するのは，干潟が堆積していくのを待ってからなされるのが通常であり，この新たに干拓を始めるまでの期間を干拓周期と呼んでおり，諫早湾においては，おおむね17年程度はかかると推測されている。
（３） Ａは，幕末ころの天保元年（1830年）に諫早で出生し，医学を志して，長崎市内で内科と眼科を開業するＭ医師のもとでこれを修得したが，非常に有能であったため，さらにその能力を伸ばすため，淡路島の名医のもとに旅立ち，さらに大阪の名医のもとに移った。大阪では，一流の医師として名を馳せ，旧家や財閥家の往診も勤めるほどであった。そして，大阪の財閥であるV一門や豪商達の内科としての診断などによる収入だけでも年間100両にもなり，毎日の一般診療収入などと合わせて財をなすに至った。そして，Ａは，眼科医としても名医に３年間ほど弟子入りした後，関西で習得した医術を故郷の諫早で施そうと考えて，明治６年ころ，大阪の家屋敷を処分して，諫早に移り住み，医院を開業した。Ａは，明治23年４月８日に，平民から本来の士族に訂正され，それまで名乗っていたＬ姓からＡ姓に変更している。
（４） 原告代表者の祖父に当たるＧは，元治元年（1864年）生まれであり，肥後の巡査を退職し，佐賀県有田への陶石輸送業をしていたところ，「長崎県北高来郡森山村十六開新開の堤防決壊の築止め工事を完成した者に十六開新開の36町歩の土地の権利半分を譲渡する」旨の懸賞報告に接して，これに応募し，明治26年，十六開新開の築堤工事を完成させた。十六開とは，明治16年に工事が始められた干拓地の意味である。当時の干拓工事は，汐止め，築堤工事から始め，松杭を打ち，柴を大きく束ねて両側から交互に重なるように締め付け，その上に栗石を積む作業を何回も繰り返し，沈下が止まったところで，間知石（けんちいし）を積み上げるという方法であった。
さらに，Ｇは，明治27年には，同郡の山田村の山田干拓280町歩の干拓事業にも従事した。次いで，明治30年，ＧはO村の本件土地を含む干拓事業をＡから譲り受けていたＢから干拓工事一切を任され，これを遂行していった。その後，権利者に変更はあったものの，Ｇが工事を進めていくうちに，大正３年の台風により，築堤途中の堤防はほとんど全壊したので，堤防復旧工事のため当初の計画を縮小変更して，本件土地の南東側に隣接する約15町歩の干拓をとりあえず，完成させた。この干拓地は，工事を担当した者の名称を付けて，「P」と呼ばれている。Pの範囲は，上記（１）のOの干拓地から海側に突出したものとなっており，工事がされた期間は，1897年から1917年までであった。そして，Pについては，本件土地と同様にＡが取得したことからか「S」とも称され，「T」の読みである「U」に因んだものとみることができる。
（５） 本件土地については，工事が続行される予定であったところ，当時の土地所有者の資金調達ができない等の理由により，Ｇが，大正９年２月10日，全財産を投じて，これを譲り受け，自ら事業主として干拓工事をＧにおいて，その権利を譲り受け，干拓工事を続行した。そして，別紙物件目録記載２の土地の海側（境界確定の主位的主張の線（Ｋ点を除く。））に沿って，石積みの築堤がなされていった。
（６） Ｇの子であり，原告代表者の父であるＨも，上記干拓工事に参画し，Ｇが大正13年に死亡してからは，事業を引き継いだ。しかし，諫早湾を含む有明海は，南からの台風による高潮による被害を受けやすく，本件土地についても昭和２年９月の台風により発生した高潮によって，干拓堤防の築堤を流失してしまう被害を受けた。昭和４年には災害復旧工事は完成したものの，世界的恐慌や戦時体制への移行による物資の統制などの影響を受けて，工事の続行が困難となった。そこで，昭和８年には，Ｈは，干拓工事を中断していたところ，満州事変，日中戦争を経て，大東亜戦争が勃発し，干拓工事ができない状況が続いた。しかし，昭和20年８月には戦争が終了し，昭和23年２月20日には，Ｈは原告会社を設立し，建設業を興した。そして，昭和27年には本件土地をその範囲に含む長崎大干拓構想が発表されるに至った。
（７） 別紙物件目録記載２の土地の干拓による石積みは，今なお，その海側の線に沿ってその一部が残っており，シチメン草が自生していた。
当事者間に争いのない事実及び上記認定の事実を総合して判断すると，Ａが大阪で医業を営んでいた当時，本件土地は，既になされてきた干拓地と比較すると，干拓工事をするのが困難な部分であって，Oの干拓が完了してからすぐに干拓事業を始めるような状況にはなかったとみられ，Ａが大阪にいた当時に，徳川幕府から海面の埋立権を取得して，干拓工事を始めようとした（敢えて，現在の状況に喩えれば，国営諫早湾干拓事業による潮受堤防のさらに海側の埋立を地元に在住しない医師が企図するに等しい。）とみることは不自然である。また，このような干拓地に関する法制も，明治13年３月４日内務省地理局通知における「水面埋立願ニ付調査上心得」や明治23年10月20日内務省訓示第36号公有水面埋立及使用免許取扱方など，現行の公有水面埋立方に連なる埋立の許可を得た上，埋立工事が竣成した場合に，排他的総括支配権もしくは所有権を与えるという制度に変遷しており，このような制度のもとにおいて，埋立が未だ完了していないのに，本件土地におけるように地租が定められ，土地についての登記がなされたとは考えにくい（被告が主張する田原湾の干潟に関する事案のように，海面の埋立権を取得したにとどまると考えられるにもかかわらず，地券が交付され，登記もなされた事例が，上記の手続においても存したことを認めるに足りる証拠はない。）。そして，実際に，本件土地について干拓工事が始められた時期などを考え合わせると，原告が主張するように，Ａは，大阪から諫早に戻ってから，大阪での医業で築いた財産によって，明治６年以降，大蔵省達による払下げもしくは内務省達による下渡しの手続を経て本件土地に関する排他的総括支配権を取得したと推認するのが相当である（原告は明治10年にＡが取得したと主張し，原告代表者本人尋問の結果中にもこれに沿う部分があるが，その時期の特定には必ずしも明確な根拠があるとみられず，少なくとも，上記認定事実による推認に優るとは認めがたい。）。
なお，被告は，このように取得した権利についても，干拓に至らなければ，事後的に，権利を失う手続が予定されている旨主張する（もっとも，被告提出の「新田開発」（〈証拠略〉）によると，鍬下年季は，「開発奨励策として新田ができても年貢をとらない猶予期間をいう」とされており，年貢が猶予されていたのは，必ずしも，干拓工事が未了の場合とは限られていない旨記載されている。）。確かに，大蔵省達若しくは内務省達による排他的総括支配権を取得した場合においても，明治10年１月20日太政官布告第８号民有荒地処分規則は，地主がその権利を持ち続ける意思を有する場合には，税の猶予（年期）を認め，さらに，同規則の５条は，「年期明ニ至リ原形ニ復セサルモノハ又拾年以内ノ年期ヲ継キ猶依然タルモノハ付与スル処ノ券状ヲ還納セシメ荒地ノ名称ヲ除去シ全ク川海湖地即チ官有ニ帰スルモノトス・・・」と定めていた。また，それ以降の法制においても，同様の制度が設けられていた。しかし，本件土地についてこのような「荒地」の名称を除去するなどの手続がとられたことを認めるに足りる証拠はない。かえって，上記認定のように，干拓工事は続けられていたから，明治時代にＧが本件土地の埋立を断念していたとは考えられないところ，本件土地の土地台帳（〈証拠略〉）には，地租に関して，大正９年の許可により免租年期が同15年まで続けられたとの記載があり，少なくとも，明治時代に，免租年期経過後，当該排他的総括支配権もしくは所有権が消滅したことを認めるに足りる証拠はない。さらに，大正時代以降においても，本件土地の地目が原野とされ，滅失登記処分などがなされることなく，取引の対象とされてきたことから，かかる手続によって所有権が消滅したとは認めがたい。したがって，被告の上記主張は採用できない。
そして，本件土地について原告主張のように登記がなされて取り引きされ，しかも，地目が当初の「原野，草生地」から「原野」に変更されていることや地目の内容自体からすると，Ａの取得した排他的総括支配権は，上記１で判断したように，当該土地に対して，法令による制限以外には何ら制約のない権利として，民法制定後，登記の表示に対応する土地所有権として認められ，原告主張の所有権移転の経緯をもって，譲渡され，原告がこれを取得したと認められる。
被告は，海面下の土地について，所有権が認められたとしても，本件土地が約120年間にわたって，埋立工事が完工していないことから，海面下に沈んだ場合と同様，所有権の客体として認めることはできず，所有権を喪失した旨主張する。しかしながら，大蔵省達もしくは内務省達により海面下の土地の排他的総括支配権が認められた趣旨は，海面下の土地について，当時の土木技術をもってしても，埋立工事が可能であることに着目して，これを排他的に支配し得ると認め，このような権利の客体として法的保護を与えることにあると解される。したがって，海面下の土地がその埋立工事を完工し得る可能性を失うなど特段の事情がない限り，埋立工事が完工していないからといって，その排他的総括支配権，引いては所有権を喪失すると解することは相当ではない。したがって，被告の上記主張は採用できない。
３ 次に，原告が取得した土地の範囲について検討する。
原告の主位的請求にかかる土地については，上記認定のように，Ｇにおいて，干拓のための石積みをした範囲であることが認められるが，その実測面積は39万0930.48平方メートルであり，土地台帳及び登記簿に一貫して記載されている公簿面積（２町もしくは20反，１万9834.72平方メートル）と比較すると，いわゆる縄延びが20倍近く生じることとなる。しかしながら，Ａの本件土地取得の経緯を勘案すると，果たして，このような縄延びが生じ得るかは，極めて疑問があるといわなければならない。すなわち，本件土地については，大正９年から同15年まではいわゆる地租の年期が定められ，無税とされており，土地台帳作成以前においても，埋立工事自体が完工していなかったことには変わりはなく，同様に地租について年期が定められていた可能性が高いから，Ａにおいて，ことさら過小な土地として，本件土地の公簿面積を画する必要に乏しかったと考えられるし（原告本人尋問の結果中には，税負担を免れるために実測面積よりも過小な公簿面積とされている旨聞いたことがある旨述べる部分があるが，具体的に誰が公簿面積を過小なものとしたかについて明確に述べるものではなく，かつ，上記のような事情に照らすと，直ちに採用できない。），また，Ａは，従前，私人が所有していた土地を承継取得したのではなく，海面下の土地の排他的総括支配権を払下げもしくは下渡しにより，その範囲を特定された上で取得したのであり，当然，このような払下げもしくは下渡し時において特定された範囲の面積の限度で所有権を取得したものと考えられ，これを無視して，公簿面積を画したとみることもできない（被告提出の「新田開発」（〈証拠略〉）においても，２割程度の縄延びがあるはずであるとの文献が引用されているが，本件におけるような20倍近い縄延びの根拠とはならない。）。また，境界確定についての原告の主位的主張線に残っている石積みは，Ａが施工したものではなく，Ｇがこれを造営するまでには，本件土地の所有者は，数人移転しており，果たしてその所有者間においてＡが取得した範囲を正確に引き継いだかも疑問である上，当時の測量技術により誤差が生じていたことも考えられるけれども，いかに海面下であるとはいえ，干潮時には，十分実地で測量することができたと考えられるから，単純に測量技術に由来する誤差等によっては，上記の公簿面積と実測面積との齟齬を理解することは困難である。さらに，本件土地については，隣接するのは，私有地ではなく，国が所有する海面であり，大蔵省達もしくは内務省達による手続においては，干拓した範囲について確認する手続は予定されていないし，当時，干拓事業が奨励されていたと考えられることからしても，当初，払下げもしくは下渡しを受けた土地の範囲以上にＧが干拓工事を試みた可能性は否定できない。しかも，本件土地の公図の形状はおおむね長方形であるのに比して，本件土地は扇状になっており，その形状の比較においても齟齬が大きいといわなければならない。したがって，別紙物件目録記載２の範囲が本件土地について払下げもしくは下渡しを受けた範囲とみることはできないから，この範囲の土地について，原告が所有権を有することは認められず，主位的請求は理由がないことに帰する。これに対して，原告は，主位的請求にかかる広範な規模でなければ，埋立事業として成り立たない旨主張し，原告代表者本人尋問の結果中にはこれに沿う部分があるけれども，このような事情があるとしても，排他的総括支配権の及ぶ土地の範囲が左右されるものではないから，採用の限りではない。
次に，原告の所有権確認に関する予備的請求については，その地積は，公簿面積と合致し，〈証拠略〉によれば，その形状や隣接する土地との配置状況もおおむね公図等と符合する上，前後の地番の配置とも矛盾しないから，その範囲は，払下げもしくは下渡しを受けた範囲内であると考えられる。そうすると，別紙物件目録記載３の範囲で原告が所有権を有することが認められ，予備的請求は理由があることに帰する。
二争点２について
まず，本件土地は，干潟であって，これについての排他的総括支配権に淵源を有する所有権については，海没により消滅することはないと解されるから，最高潮位線の変動によってはその範囲が変更することはない。この点，被告は，海に囲繞された土地と公有水面の地盤との境界は，海底と陸地との区別に関する法的解釈及び現実の海潮位線等の事実により変動するものであり，形式的形成訴訟である境界確定訴訟の対象ではない旨主張する。確かに，海没することによって所有権が消滅することのあり得べき土地と公有水面の地盤との境に関しては，その主張が妥当すると考えられるけれども，本件土地については，上記のように，最高潮位線よりも低く，海水に覆われることがあるとしても海没によりその所有権が消滅すると解することはできないから，そもそも本件土地の所有権が海没により消滅することを前提とする上記主張は採用できない。そして，本件土地が大蔵省達もしくは内務省達による手続によって特定され，公有水面の地盤とが隣接し，当該公有水面は，国営諫早湾干拓事業の実施される範囲内にあり，客観的に排他的支配が可能である上，本件口頭弁論終結時においては，事実上，干陸化しており，未だ，同事業は完了していないものの，通常の土地と同様に使用収益が客観的に可能な状態にあるといわざるを得ない。そして，同事業が完了していないとしても，公有水面埋立法により私人が海面下の土地の所有権を埋立工事完了まで取得できないのと異なり，国はもともと所有権を有しているのである。そうすると，かかる公有水面の地盤について，地番が付されていないとしても，本件土地と隣接する以上，当該両土地の境界を確定することが可能であり，かつ，必要であると解すべきである。
三争点３について
そこで，本件土地と公有水面の地盤との境界について判断するに，原告の所有権確認に関する主位的請求にかかる土地については，原告が取得した土地の範囲としては認めることができず，その予備的請求にかかる土地の範囲において，所有権が認められることは，上記で判断したとおりである。そうすると，大蔵省達もしくは内務省達による手続により，区画された範囲で公有水面の地盤との境界を確定すべきであって，これと異なる境界を示す証拠もないから，本件土地と公有水面の地盤との境界は原告が予備的に主張する境界線が境界と確定するのが相当である。四結論
よって，原告の請求のうち，本件土地の所有権確認を求める主位的請求については理由がないから，これを棄却し，その予備的請求については理由があるから，これを認容し，本件土地の境界について，原告が予備的に主張する線で確定することとし，訴訟費用の負担については，民事訴訟法61条，64条を適用して，主文のとおり判決する。
（裁判官島田睦史）
物件目録
１ 所在諫早市O町
地番 3686番
地目原野
地積 19834平方メートル
２ 上記１の土地，但し，別紙図面〈略〉（求面積）のＨ.149，Ｈ.１ないしＨ.41，Ｋ.141ないしＫ.11，Ｈ.149の各点を順次直線で結んだ範囲の土地（基点は諫早市(略)の建設省の道路に設けられた水色の鋲，Ｔ，Ｏの各点），実測面積390930.48平方メートル
３ 上記１の土地，但し，別紙図面〈略〉（求面積）のＫ.73ないしＫ.112，Ｋ.146，Ｋ73の各点を順次直線で結んだ範囲の土地（基点は諫早市(略)の建設省の道路に設けられた水色の鋲，Ｔ，Ｏの各点），実測面積19834平方メートル
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報49巻10号2891頁。
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