主文
１ 原判決を取り消す。
２ 被控訴人の請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は，第１，２審とも被控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１ 控訴の趣旨
主文同旨
第２ 事案の概要
原判決の「事実及び理由」中「第２事案の概要等」記載のとおりであるから，これを引用する。
第３ 当裁判所の判断
１ 本件青色申告承認取消処分の適法性
（１） 事実経過
原判決４頁23行目（編注・訟務月報本号（以下月報巻号省略）169ページ 16行目）ないし15頁13行目〈編注・178ページ11行目〉記載のとおりであるから，これを引用する。ただし，原判決５頁14行目〈編注・170ページ１行目〉「に対して」の後に「，年に数回，被控訴人診療所を訪れて」を加え，17行目〈編注・170ページ４行目〉「っており」から20行目〈編注・170ページ７行目〉末尾までを「うほか，G会が委託されていた総勘定元帳及び決算書等の作成のためのコンピューターへのデータの入力作業を行っていた。」と改め，同10頁25行目〈編注・174ページ18行目〉末尾の後に「被控訴人は，さらに，「守秘義務に係る話になりそうになったら，退席してもらうことでどうか。」とも提案したが，Ｂ調査官は，調査の際は，色々な質問をするが，その都度守秘義務違反を問われるかどうかを判断することはできないとして，これを拒絶した。」を，同13頁22行目〈編注・176ページ30行目〉末尾の後に「この日の調査の際，被控訴人は，終始，Ｂ調査官に対し，用意した帳簿を見て調査を進めるよう要求していた。」をそれぞれ加え，同15頁８行目〈編注・178ページ７行目〉「だけ」を「及び父」と，同行目〈編注・178ページ７行目〉「Ａら」を「Ａ及び弟」とそれぞれ改め，13行目〈編注・178ページ11行目〉末尾の後に「なお，この日も，被控訴人は，Ｂ調査官に対し，用意した帳簿を見て調査を進めるよう繰り返し要求した。」を加える。
（２） 控訴人の主張の要旨
控訴人は，「青色申告者の税務職員に対する帳簿書類の提示拒否は，帳簿の備付け，記録及び保存が正しく行われていることが確認できないものとして，所得税法150条１項１号の青色申告承認の取消事由に当たる。被控訴人は，Ｂ調査官がＡら第三者を調査の際の口頭のやりとりが聞こえる可能性のない場所に移動させることを根気強く説得したにもかかわらず，Ａを完全に排除して帳簿書類を提示することを拒否し，守秘義務違反にならない態様での税務調査の実現を妨げたものであり，これによって，帳簿書類についての前記確認ができなかったから，青色申告承認の前記取消事由が存在する。」旨主張する。
（３） 判断
[1] 申告納税制度は，本来，納税者の正確な記帳に基づく申告があってこそ適正な納税制度として機能するものであるが，青色申告制度は，納税者の正確な記帳を推奨し，援助するため，一定の信頼できる帳簿書類を備え付け，これへの記録に基づいて申告する納税者に種々の特典を与えようとするものと解される。このような青色申告制度の趣旨に基づき，所得税法148条１項は，青色申告者が，省令で定めるところにより，帳簿書類を備え付け，これに所定の事項を記録し，かつ，これを保存すべき旨を定め，同法150条１項１号は，青色申告者が，帳簿書類の備付け，記録及び保存が省令に定めるところに従って行われていないことを青色申告承認の取消事由とする。同法150条１項１号は，その文言からすると，青色申告者が省令の定めに従った帳簿書類の備付け，記録又は保存をしていない場合のみがこの取消事由に該当するかにも解される。しかし，そもそも，税務職員が，省令に従った帳簿書類の備付け等がなされているか否かを確認できなければ，税務署長が，同法150条１項１号の取消事由の存否を判断することは不可能であるところ，青色申告者の非協力等によってこの確認ができないような場合，これを放置するしかないとするなら，この規定は空文化し，青色申告制度の公平適正な執行は期待できない。この点からすると，前記の場合のほか，税務職員が，同法234条１項に基づく質問検査権を適法に行使して帳簿書類の備付け，記録及び保存が正しくなされているか否かを調査確認しようとしたのに対し，青色申告者が質問検査権の行使を妨げ，あるいは，拒否するなどして，この調査確認を不能にした場合も，同法150条１項１号の取消事由に該当すると解するのが相当である。
[2] 本件についてこれをみると，Ｂ調査官は，４月15日以降，被控訴人に対する本件調査を試みたが，本件帳簿書類の調査に着手せず，被控訴人に対する質問調査もしないまま，６月26日に本件調査を打ち切った。調査がされなかった主な原因は，被控訴人とＢ調査官との間で，調査の時間及び回数をどの程度とするか及びＡらの立会を認めるかどうかの２点について意見が対立していたことにあると解されるが，前者については，被控訴人が６月17日及び同月26日に時間を都合したことから，当面の調査の時間は確保された。後者の立会について，被控訴人は，当初，G会関係者や家族の立会に固執していたが，６月17日には，Ａ以外の家族及びG会関係者が最終的にはＢ調査官の退席要請に納得しないまでもこれを容れる形で自主的に同調査官及び被控訴人のいる部屋から一旦退去し，最後にＡのみが一部にしか間仕切りのない隣室に残った。Ｂ調査官は，被控訴人に対し，Ａも隣室から退席させるよう要求したが，断られた。Ｂ調査官は，別室での調査等の提案もしたが，被控訴人は応ぜず，この間，退去していた父が戻って来てやり取りに加わるなどして数十分間経過したが，互いに譲らず，硬直状態となって同調査官はこの日の調査を打ち切った。Ｂ調査官と被控訴人は，６月26日にも，隣室に残ったＡを退席させるかどうかをめぐって同様のやりとりをしたが，同調査官は，打開の目処が立たないと判断し，本件調査を打ち切った。
結局，Ａが隣室に待機している状態を立会と表現するかどうかはともかく，このようなＡの待機状態を排除して帳簿調査，質問調査を開始しようとしたＢ調査官の行為が，適法な質問検査権の行使といえるかどうかが問題となる。この点については，このような実体法に規定のない質問検査権行使の細目に亘る事項については，税務職員の合理的裁量に委ねられていると解される。そして，【判示事項１】Ａは，本件帳簿書類のうち平成８年分の一部及び平成９年分の記帳指導をするなどその作成に関与し，その限りでいわゆる記帳補助者と見られるが（平成８年７月に被控訴人がG会に入会する以前の記帳分については，記帳にＡの関与がないことが明らかである。），税理士資格はなく（〈証拠略〉），守秘義務を負わないこと，したがって，Ｂ調査官が，Ａもその内容を聞き取れる状態で，被控訴人に対し，帳簿調査に伴う質問調査をすると，同調査官に守秘義務違反（国家公務員法100条，所得税法243条）が生ずる可能性があること，検証の結果によれば，Ｂ調査官が，６月17日及び同月26日，隣室にＡが待機した状態で調査を進めれば，被控訴人に対する質問調査のやり取りの内容がＡに聞き取られる蓋然性があったと認められることからすると，同調査官が隣室に待機するＡを排除して帳簿調査，質問調査を開始しようとしたのは，合理的裁量の範囲内の判断であると認められる。
なお，このように，Ａを排除して調査を開始することが相当であるとすることは，当然に，その後においても，Ａの立会等をさせないことまでを相当と認めるものではない。仮に，調査開始後，合理的必要性が生じたのに，ことさら，Ａの立会を拒否し，あるいは，Ａに質問すべき事項について，被控訴人に対して無意味又は回答困難な質問をして応答を迫るなどすれば，合理的裁量の範囲を逸脱したとの評価を受けることがある。これに関連し，被控訴人が，６月９日に提案したように，Ａを同席させて調査を開始した上，守秘義務違反のおそれが生じたらその時点で退席させるとの方法を採ることも考えられないではないが，Ａを排除してから調査を開始し，後に必要があれば立会を認め，あるいは積極的にＡに質問するなどして調査を進めるか，そうではなく，最初から立会を認めて，後に問題が生じた段階で退席させるかは，税務職員の合理的裁量に委ねられた事項であると解され，後者を優先的に選択すべきであるとはいい得ない。また，被控訴人がＢ調査官の面前に本件帳簿書類と説明した書類（この被控訴人の説明を疑うべき証拠はない。）を用意してこれを見ることを要求していたこと，及び同調査官と隣室のＡとの距離等からすれば，隣室にＡが待機した状態であっても，同調査官は，被控訴人に対する質問調査を交えない純粋の帳簿調査のみなら支障なくなし得たとも考えられるが，同調査官がこれをしなかったことが不合理であるともいえない。
被控訴人が，医療活動に専心する極めて多忙な医師であり，しかも，本件帳簿書類の内容について十分説明し得る知識を有していなかったところ，Ａを交えて調査を進めれば，より効率的な調査がなし得て，被控訴人の負担を軽減できる可能性があったとも見られるが，Ａがどの程度調査に協力的姿勢で臨むかなど，不確定要素もあるので断定はできず，したがって，この被控訴人の負担軽減の可能性を考慮しても，なおＢ調査官の裁量判断に誤りがあったとはいえない。被控訴人本人は，前記引用の原判決認定の「でっち上げ事件」があったので，Ｂ調査官と二人だけの密室状態で調査をされることに不安を覚え，Ａを同席させようとした旨供述するが，「でっち上げ事件」の客観的事実関係は必ずしも明らかではないから，被控訴人がG会又はその関係者から得た情報により前記のような不安を覚えたのは事実であるとしても，この不安を解消するため，Ｂ調査官が，Ａの同席又は隣室での待機を認めるべきであったとまではいえない。
以上によれば，Ｂ調査官が，６月17日及び同月26日，隣室に待機していたＡを排除して調査を開始しようとしたことが，質問検査権の行使方法として，被控訴人の私的利益との衡量において社会通念上相当な限度を逸脱したものとはいえず，同調査官に委ねられた合理的裁量の範囲内の選択であったというべきであるから，適法である。
なお，前記引用の原判決認定の事実経過によれば，６月26日の時点で，Ａの立会又は待機についてのＢ調査官と被控訴人との意見の対立は，もはや解消の見込みがなくなっていたと認められるから，同調査官が，それ以上の説得を断念して本件調査を打ち切ったのは合理的判断といえる。
[3] そうすると，【判示事項２】被控訴人は，待機するＡの排除要請を拒否することにより，Ｂ調査官の適法な質問検査権の行使を妨げ，帳簿書類の備付け，記録及び保存が正しくなされているか否かの調査確認を不能にしたというほかないから，所得税法150条１項１号の青色申告承認取消事由が存在したといえる。したがって，控訴人のした本件青色申告承認取消処分は適法である。
２ 本件更正処分等の適法性
（１） 控訴人の主張の要旨
[1] 推計の必要性
被控訴人は，第三者の立会に固執して，Ｂ調査官が質問検査を行えない状況を作り出して，帳簿書類を提示せず，申告額を正当とする具体的な理由の説明もしなかったから，推計課税の必要性があった。
[2] 総所得金額
被控訴人の本件係争各年分の総所得金額は，別紙課税等経過表〈略〉（原判決の別紙課税等経過表〈略〉と同一）の「更正処分等」欄記載のとおり，平成７年分が5190万7240円，平成８年分が6051万1427円及び平成９年分が6634万4266円である。[3] 総所得金額の内訳
ア 事業所得金額
別紙課税等経過表〈略〉の「更正処分等」欄記載のとおり，平成７年分が5160万9240円，平成８年分が6051万1427円及び平成９年分が6592万0366円である。
イ 給与所得金額
別紙課税等経過表〈略〉の「更正処分等」欄記載のとおり，平成７年分が29万8000円，平成８年分が０円及び平成９年分が42万3900円であり，同確定申告欄記載のとおり，被控訴人の申告額である。
[4] 事業所得金額の推計の合理性
ア 被控訴人の総収入金額
本件係争各年分の被控訴人の保険診療振込金額を，類似同業者の保険収入率で除して総収入金額を推計した。
被控訴人の保険診療振込金額は，別紙事業所得の算定表〈略〉１記載のとおり，平成７年分が１億2325万6348円，平成８年分が１億4294万2059円，平成９年分が１億4575万9152円である。類似同業者の保険収入率は，別紙事業所得の算定表〈略〉２及び別紙同業者の保険収入率及び特前所得率の平均値（平成７年分ないし平成９年分）〈略〉各記載のとおり，平成７年分が86.67パーセント，平成８年分が87.19パーセント，平成９年分が85.35パーセントである。
総収入金額は，別紙事業所得の算定表〈略〉２記載のとおり，平成７年分が１億4221万3393円，平成８年分が１億6394万3180円，平成９年分が１億7077万8151円である。
イ 事業所得の金額
被控訴人の総収入金額に，類似同業者の総収入金額に占める青色申告特典控除の額控除前の所得金額の割合（以下「特前所得率」という。）の平均値（以下「平均特前所得率」という。）を乗じて，事業所得金額を推計した。
類似同業者の平均特前所得率は，別紙事業所得の算定表〈略〉２及び別紙同業者の保険収入率及び特前所得率の平均値（平成７年分ないし平成９年分）〈略〉各記載のとおり，平成７年分が36.29パーセント，平成８年分が36.91パーセント，平成９年分が38.60パーセントである。
ウ 類似同業者の選定
被控訴人が，内科専門の無床診療所（医師は被控訴人１名）を営むことから，次の基準に該当する同業者を選定した。選定した同業者数は，別紙同業者の保険収入率及び特前所得率の平均値（平成７年分ないし平成９年分）〈略〉各記載のとおり，平成７年分及び平成８年分が20名，平成９年分が17名である。
ａ 被控訴人の事務所の所在する伊予三島税務署及び隣接する税務署の管内に事業所を有する内科専門の無床診療所を営む個人
ｂ 本件係争各年分の青色申告書を提出している者
ｃ 医師の資格を持つものが当該診療所に本人１名である者
ｄ 本件係争各年分を通じて事業を継続している者
ｅ 本件係争各年分において不服申立て及び訴訟が係属中でない者
ｆ 保険診療に係る収入金額が，平成７年分については6162万8174円から２億4651万2696円まで，平成８年分については7147万1030円から２億8588万4118円まで，平成９年分については7287万9567円から２億9151万8304円までの範囲内にある者（いわゆる倍半基準であり，被控訴人との事業規模の類似性を担保する。）
（２） 判断
[1] 推計の必要性について
前記認定説示のとおり，控訴人は，被控訴人が控訴人の部下職員による適法な税務調査を妨げたことにより，本件帳簿についての質問調査を伴う帳簿調査をなし得なかったから，本件係争各年分の所得税の更正処分当時，推計課税の必要性が存したと認められる。
[2] 被控訴人の事業所得金額
ア 前記第３，２，（１），[4]で控訴人の主張する被控訴人の事業所得の金額算定方法は，被控訴人の業種，業態（被控訴人が，内科専門の無床診療所（医師は被控訴人１名）を営むことは，前記第２引用の原判決記載のとおりである。）に照らし，類似同業者の選定基準を含め合理性があると認められる。この点につき，被控訴人は，その本人尋問において，被控訴人は，薬剤につき薬価の高い一流品を使用していること，１日の診療時間が長いことから看護婦（当時）等の職員を通常の医院より多数雇用していることから，同業者より経費率が高い旨供述するが，被控訴人本人の供述する点に関し，平均値による推計の方法を採ることにより，平均値を求める過程で捨象される同業者間の営業条件等の通常の差違を超え，その過程で捨象されず，平均値による推計を全く不合理にする程度に顕著な事業形態の差違が存することを認めるに足りる客観的証拠はない。
イ 〈証拠略〉によれば，被控訴人の本件係争各年分の保険診療振込額は，前記第３，２，（１），[4]，アで控訴人が主張するとおりであると認められる。
ウ 〈証拠略〉によれば，前記選定基準に従って抽出された被控訴人の類似同業者の保険収入率及び特前所得率は，別紙同業者の保険収入率及び特前所得率の平均値（平成７年分ないし平成９年分）〈略〉各記載のとおりであり，その各平均値は，前記第３，２，（１），[4]，ア，イで控訴人が主張するとおりであると認められる。
以上により，被控訴人の本件係争各年分の事業所得の金額を算定すると，前記第３，２，（１），[3]，アで控訴人が主張するとおりとなる。
[3] 給与所得金額
〈証拠略〉によれば，本件係争各年分における被控訴人の給与収入の金額は，前記第３，２，（１），[3]，イで控訴人が主張するとおりであると認められる。[4] 被控訴人の総所得金額
以上によれば，本件係争各年分の被控訴人の総所得金額は，前記第３，２，（１），[2]で控訴人が主張するとおりである。
[5] まとめ
したがって，本件更正処分等は適法である。
３ 結論
以上の次第で，被控訴人の本訴請求は，いずれも理由がないから棄却すべきところ，これと結論を異にする原判決は失当である。
よって，原判決を取り消して被控訴人の本訴請求をいずれも棄却することとし，主文のとおり判決する。
（裁判官松本信弘佐藤明種村好子）
別紙課税等経過表〈略〉
別紙事業所得の算定表〈略〉
別紙同業者の保険収入率及び特前所得率の平均値平成７年分〈略〉
別紙同業者の保険収入率及び特前所得率の平均値平成８年分〈略〉
別紙同業者の保険収入率及び特前所得率の平均値平成９年分〈略〉
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報51巻1号153頁。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。