主文
1 本件訴えのうち、還付通知の義務付けを求める部分を却下する。
2 原告のその余の請求をいずれも棄却する。
3 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第1 請求
1⑴名古屋法務局Ａ支局登記官が、別紙物件目録〈略〉記載1から9までの各専有部分の所有権移転又は持分全部移転の不動産登記につき平成28年12月8日に納付された登録免許税に係る原告の還付通知請求に対し、平成29年5月24日付けでした還付通知をすることはできない旨の通知処分を取り消す。
⑵名古屋法務局Ａ支局登記官は、前項の還付通知請求に関し、Ｂ税務署長に対し1425万9700円を還付せよとする通知処分をせよ。
2 被告は、原告に対し、1425万9700円を支払え。
第2 事案の概要
1 事案の要旨
原告は、別紙物件目録〈略〉記載1から9までの（一棟の建物の表示）欄記載の建物（以下「本件建物」という。）の各専有部分（以下、同目録記載の番号に従い「本件専有部分１」などといい、本件専有部分1から9までを併せて「本件各専有部分」という。）の区分所有権又は共有持分を売買により取得し、合計2037万0900円の登録免許税を納付して本件各専有部分につき所有権移転登記又は持分全部移転登記（以下「本件登記」という。）を受けた。本件は、原告が、本件登記に係る登録免許税の額は611万1200円を超えることはないから納付した登録免許税は過大であったとして、名古屋法務局Ａ支局（以下「Ａ支局」という。）登記官に対し、登録免許税法（以下「法」という。）31条2項に基づき、Ｂ税務署長に同条1項の通知をすべき旨の請求（以下「本件還付通知請求」という。）をしたものの、Ａ支局登記官から、登録免許税の過誤納がなく、Ｂ税務署長に対して同項の通知をすることはできない旨の通知（以下「本件拒否通知」という。）を受けたことから、被告に対し、⑴本件拒否通知の取消し（前記第1の1⑴）及び同項の通知をすることの義務付け（前記第1の1⑵。以下「本件義務付けの訴え」という。）を求めるとともに、⑵これらの請求とは選択的に、国税通則法56条に基づき、過大に納付した1425万9700円の支払（前記第1の2）を求める事案である。
2 関係法令の定め
⑴法
ア 法9条は、登録免許税の課税標準及び税率は、法に別段の定めがある場合を除くほか、登記等の区分に応じ、法別表第一の課税標準欄に掲げる金額又は数量及び同表の税率欄に掲げる割合又は金額による旨規定している。そして、法別表第一は、1号の定める不動産の登記（以下「不動産登記」という。）のうち不動産の所有権の移転の登記の場合における課税標準を不動産の価額とする旨規定している。
イ 法10条は、1項（令和元年法律第31号による改正前のもの。以下、同項について同じ。）において、不動産登記に係る登録免許税の課税標準たる不動産の価額は、当該登記の時における不動産の価額による旨規定し、2項において、不動産登記をする場合において、当該登記が不動産の所有権の持分の取得に係るものであるときは、当該不動産の価額は、当該登記の時における不動産の価額に当該持分の割合を乗じて計算した金額による旨規定している。
ウ 法31条は、1項3号において、登記機関は、過大に登録免許税を納付して登記等を受けた事実があるときは、遅滞なく、当該納付された登録免許税の額を当該登録免許税に係る納税地の所轄税務署長に通知しなければならない旨規定している。そして、同条は、2項において、登記等を受けた者は、当該登記等の申請書に記載した登録免許税の課税標準又は税額の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったこと又は当該計算に誤りがあったことにより、登録免許税の過誤納があるときは、当該登記等を受けた日から5年を経過する日までにその旨を登記機関に申し出て、前項の通知をすべき旨の請求をすることができる旨規定している。
エ 法附則7条は、不動産登記に係る不動産価額の特例として、不動産登記の場合における法10条1項の課税標準たる不動産の価額は、当分の間、当該登記の申請の日の属する年の前年12月31日現在又は当該申請の日の属する年の1月1日現在において地方税法341条9号に掲げる固定資産課税台帳に登録された当該不動産の価格（以下、同号の固定資産課税台帳に登録された不動産の価格を「台帳価格」という。）を基礎として政令で定める価額によることができる旨規定している。
⑵登録免許税法施行令（以下「施行令」という。）
ア 施行令附則3項は、法附則7条に規定する政令で定める価額は、台帳価格のある不動産については、次に掲げる当該不動産の登記の申請の日の属する日の区分に応じ次に掲げる金額に相当する価額とし、台帳価格のない不動産については、当該不動産の登記の申請の日において当該不動産に類似する不動産で台帳価格のあるものの次に掲げる当該申請の日の区分に応じ次に掲げる金額を基礎として当該登記に係る登記機関が認定した価額とする旨規定している。
ア 登記の申請の日がその年の1月1日から3月31日までの期間内であるものは、その年の前年12月31日現在における当該不動産の台帳価格に100分の100を乗じて計算した金額
イ 登記の申請の日がその年の4月1日から12月31日までの期間内であるものは、その年の1月1日現在における当該不動産の台帳価格に100分の100を乗じて計算した金額
イ 施行令附則4項は、不動産登記で不動産の価額を課税標準とするものについて登録免許税を課税する場合において、登記官が当該登記の目的となる不動産について増築、改築、損壊、地目の変換その他これらに類する特別の事情があるため前項の規定により計算した金額に相当する価額を課税標準の額とすることを適当でないと認めるときは、同項の規定にかかわらず、法附則7条に規定する政令で定める価額は、前項の規定により計算した金額を基礎とし当該事情を考慮して当該登記官が認定した価額とする旨規定している。
⑶国税通則法
国税通則法56条1項は、国税局長、税務署長又は税関長は、国税に係る過誤納金があるときは、遅滞なく、金銭で還付しなければならない旨規定している。
3 前提事実（当事者間に争いのない事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実等。以下、書証番号は特記しない限り枝番を含む。）
⑴本件建物は、鉄骨鉄筋コンクリート造地下3階付6階建の百貨店であり、Ｃ株式会社（以下「Ｃ」という。）は、平成28年12月8日当時、本件専有部分1～4・8・9を所有し、本件専有部分5～7を共有していた。原告は、同日、Ｃとの間で、原告が本件専有部分1～4・8・9の区分所有権及び本件専有部分5～7の共有持分をＣから代金5010万円で買い受ける旨の売買契約（以下「本件売買契約」という。）を締結した。〈証拠略〉⑵原告は、平成28年12月8日、Ｃと共同して、Ａ支局に対し、本件各専有部分について、登記原因を平成28年12月8日売買とするＣから原告への所有権移転（本件専有部分1～4・8・9）又は持分全部移転（本件専有部分5～7）の登記申請（以下「本件登記申請」という。）を行った。〈証拠略〉⑶原告は、本件登記申請の際、法10条及び法附則7条並びに施行令附則3項に基づいて、平成28年1月1日現在における本件各専有部分の台帳価格（以下「本件台帳価格」という。）により本件登記申請による登記（本件登記）について課されるべき登録免許税の額を、次のとおり合計2037万0900円と算出した上、別紙納税目録記載のとおり同額を納付し、平成28年12月8日、本件登記を完了した。〈証拠略〉
ア 本件専有部分1～4・8・9
ア 平成28年1月1日現在の台帳価格合計6億7985万0231円（内訳）
本件専有部分1 8748万2817円
本件専有部分2 1億0885万1141円
本件専有部分3 1億2797万8521円
本件専有部分4 1億2410万6865円
本件専有部分8 1億1625万6352円
本件専有部分9 1億1517万4535円
イ 課税標準の額合計6億7985万円（国税通則法118条1項の規定により1000円未満の端数を切り捨てた後の金額。以下、課
税標準の額につき同じ。）
ウ 登録免許税の額合計1359万7000円（前記イの金額に税率2％を乗じた金額。ただし、国税通則法119条1項の規定によ
り100円未満の端数を切り捨てた後の金額。以下、
登録免許税の額につき同じ。）
イ 本件専有部分5
ア 平成28年1月1日現在の台帳価格 2億3652万6097円
イ 原告が取得した持分割合 34万1933分の30万0353
ウ 課税標準の額 2億0776万3000円（前記アの金額に前記イの割合を乗じた金額）
エ 登録免許税の額 415万5200円（前記ウの金額に税率2％を乗じた金額）
ウ 本件専有部分6
ア 平成28年1月1日現在の台帳価格 7147万2554円
イ 原告が取得した持分割合 100万分の66万0781
ウ 課税標準の額 4722万7000円（前記アの金額に前記イの割合を乗じた金額）
エ 登録免許税の額 94万4500円（前記ウの金額に税率2％を乗じた金額）
エ 本件専有部分7
ア 平成28年1月1日現在の台帳価格 1億1625万6352円
イ 原告が取得した持分割合 100万分の72万0051
ウ 課税標準の額 8371万円（前記アの金額に前記イの割合を乗じた金額）
エ 登録免許税の額 167万4200円（前記ウの金額に税率2％を乗じた金額）
⑷原告は、平成29年4月11日、Ａ支局登記官に対し、本件登記に係る登録免許税の額は最大でも611万1200円であり、法31条1項3号に該当するとして、同条2項に基づき、Ｂ税務署長に同条1項の通知をすべき旨の請求（本件還付通知請求）をした。〈証拠略〉
⑸Ａ支局登記官は、平成29年5月24日付けで、本件還付通知請求に対し、登録免許税の過誤納の事実は認められないので、Ｂ税務署長に法31条1項の通知をすることはできない旨の通知（本件拒否通知）をした。〈証拠略〉⑹原告は、平成29年8月17日、国税不服審判所長に対し、本件拒否通知について審査請求をした。〈証拠略〉
⑺国税不服審判所長は、平成30年5月31日付けで、原告の前記⑹の審査請求を棄却する旨の裁決をした。〈証拠略〉
⑻原告は、平成30年10月17日、本件訴えを提起した。（顕著な事実）
4 主たる争点及びこれに関する当事者の主張
本件の主たる争点は、本件登記に係る登録免許税の納付について過誤納金があったか否かであり、これに関する当事者の主張は次のとおりである。（原告の主張）
⑴法10条1項は、不動産登記に係る登録免許税の課税標準は、当該登記の時における不動産の価額としており、この課税標準たる不動産の価額は不動産の時価を意味するものであると解される。そして、法附則7条は、法10条1項の課税標準たる不動産の価額は、当分の間、台帳価格を基礎として政令で定める価額によることができるとされているが、法附則7条が「当分の間」に限り、「よることができる」と規定していることからすれば、同条は、不動産登記に係る登録免許税の課税標準が不動産の価額であることを変更するものではなく、簡易迅速な処理が要請される登記手続において、登録免許税を徴収する登記官が個々の物件の時価を即時に検証するのは不可能であることから、登記官の負担の軽減のため、登記官において不動産登記に係る登録免許税の課税標準たる不動産の価額を台帳価格を基礎として政令で定める価額によることが許容される旨を規定したものにすぎないと解すべきである。
そうすると、法附則7条及び施行令附則3項により台帳価格を基礎として算出される不動産の価額を課税標準とした登録免許税の額が納付された場合、登記官は、不動産登記をすることができるが、当該登記が完了した後に当該不動産の時価を課税標準とする登録免許税の額を前提として法31条2項に基づく過誤納金の還付通知請求を受けたときには、法附則7条及び施行令附則3項により台帳価格を基礎として算出される不動産の価額によることなく、法10条に基づいて自ら適宜の方法で不動産の時価を算出し、同時価を登録免許税の課税標準として過誤納金の還付手続の要否を決定する必要があるというべきである。なお、このように解したとしても、一般に台帳価格は不動産の時価を下回っているから、納税者の還付通知請求の件数は少数にとどまるものと考えられ、登記官の日々の運用に障害があるとはいえない。⑵また、仮に、被告が主張するとおり、台帳価格のある不動産については、台帳価格が無効である場合又は施行令附則4項の規定する場合でない限り、不動産登記に係る登録免許税の課税標準たる不動産の価額を法附則7条及び施行令附則3項により台帳価格を基礎として算出される価額によるべきであるとしても、本件台帳価格は、以下の理由により無効である。
ア 本件台帳価格が本件各専有部分の時価と乖離していること
原告は本件売買契約により本件建物全体の専有面積の55.42％を代金5010万円で購入したから、このことから本件建物全体の時価を算定すると約9040万円になる。また、原告が行った不動産鑑定の結果〈証拠略〉からすると本件建物の時価は約1億円強となる。これらに対して、平成28年1月1日現在の本件建物の台帳価格は18億3799万1670円である。そうすると、本件建物の時価は、同日現在の本件建物の台帳価格の約20分の１にすぎず、このように同日現在の本件建物の台帳価格が時価と著しく乖離していることからすれば、同日現在の本件建物の台帳価格は無効であり、これに基づく本件台帳価格も無効である。
イ 平成28年1月1日現在の本件建物の台帳価格の算定に不備があること台帳価格は、地方税法388条1項の委任を受けて定められた固定資産評価基準（以下「評価基準」という。）により算定されるものであるところ、地方都市における百貨店事業の衰退に加え、本件建物が所在する愛知県Ａ市（以下「Ａ市」という。）の中心市街地（Ｄ地区）の衰退により本件建物の価値が大きく低下していることからすれば、平成28年1月1日現在の本件建物の台帳価格を算出するに当たっては需給事情による減点補正率0.3が適用されるべきであった。ところが、前記の台帳価格の算定においては、評価基準の需給事情による減点補正に関する規定が抽象的に過ぎること、又はＡ市長が前記規定の適用を誤ったことにより、需給事情による減点補正は一切されていない。そうすると、前記の台帳価格は無効であり、これに基づく本件台帳価格も無効である。
⑶以上のとおり、本件登記に係る登録免許税の課税標準たる本件各専有部分の価額は、法附則7条及び施行令附則3項により本件台帳価格となるものではなく、本件各専有部分の時価となる。そして、平成28年1月1日現在の本件建物の台帳価格は18億3799万1670円であり、本件建物の台帳価格の算定においては、需給事情による減点補正率0.3が適用されるべきであるから、同日現在の本体建物のあるべき台帳価格は5億5139万7501円となり、本件建物の時価は同額を上回ることはない。そこで、本件建物の時価と本件建物の台帳価格（18億3799万1670円）との比率に基づいて、実際に納付された登録免許税の額（2037万0900円）から本件各専有部分の時価を課税標準とした場合の本件登記に係る登録免許税の額を算出すると、その額は611万1200円（2037万0900円×5億5139万7501円／18億3799万1670円。100円未満切り捨て）となる。したがって、原告は、本件登記に係る登録免許税を1425万9700円過大に納付したことになり、これは、本件登記申請における登録免許税の課税標準が国税に関する法律の規定に従っていなかったことによるものであるから、Ａ支局登記官は本件登記につき法31条1項に基づく通知をすべきであるし、被告は国税通則法56条により同額を還付すべきである。（被告の主張）
⑴法10条1項によれば、不動産登記に係る登録免許税の課税標準たる不動産の価額は、当該登記の時における不動産の価額によるべきものとされ、不動産の価額とは当該不動産の時価であると解される。
もっとも、不動産の時価を客観的に決めることは極めて困難であり、売却が行われない限り容易に認識し得ず、たとえ売却が行われたとしても、売却価額は、偶然的な要素の入った価額であることも多く、納税者の申告をそのまま採用することも不公平になりがちであるため、売却価額やその申告価額を時価とすると、国民の課税の公平に対する信頼感が失われることになる。他方、法制定当時、さしあたって法に即した独自の客観的かつ統一的な不動産の価額の基準を設けることも事実上困難であった。そこで、法は、附則7条において、不動産登記に係る登録免許税の課税標準となる不動産の価額は、当分の間、地方税法において不動産の時価とされている台帳価格（地方税法341条5号）を基礎とした価額によることとしつつ、台帳価格が必ずしも客観的に正当な時価であるとはいえないことから、台帳価格を基礎として政令で定める価額とすることができるものとして調整する余地を残したのである。そして、法附則7条を受けた施行令附則3項は、台帳価格のある不動産については同項1号及び2号に掲げる区分に応じ、当該各号に掲げる金額に相当する価額を課税標準とし、同じく法附則7条を受けた施行令附則4項は、登記官が、増築、改築、損壊、地目の変換その他これらに類する特別の事情があるため台帳価格を課税標準とすることを適当でないと認めるときは、台帳価格を基礎として当該事情を考慮して登記官が認定した価額によることとしている。
以上によれば、不動産登記に係る登録免許税の課税標準たる不動産の価額は、台帳価格によることとされているのであって、これが客観的な時価と一致しない場合であっても、その隔差は施行令附則3項及び4項により調整されることが予定されているから、台帳価格のある不動産については、台帳価格が無効である場合、又は施行令附則4項に該当する場合でない限り、不動産登記に係る登録免許税の課税標準たる不動産の価額は台帳価格によるべきである。
⑵仮に、原告が主張するように、不動産登記に係る登録免許税の課税標準たる不動産の価額を登記の時における不動産の時価と解すると、台帳価格のある不動産について、一旦、台帳価格を基礎として計算した登録免許税の額を納付して登記を完了した後にその額が時価に比して過大であるとして過誤納金の存在を主張し得ることになるが、そのように解することは、関係者間で時価の認識がまちまちに分かれることを回避して迅速な登記を実現するという法附則7条の趣旨を損なうことになりかねず、登記官としては、個々の不動産について客観的な時価の評価をすることができるだけの資料・技能を持たない中、同条に基づいて大量の不動産について台帳価格を課税標準として登録免許税を徴収した後に、鑑定等が行われるなどして常に税額が覆る危険性があることとなり、大量の登記申請の処理を行っている登記官の日々の運用に不可能を強いるものであって相当でない。
⑶また、原告は、本件台帳価格の算出に当たり、本件建物の所在地であるＡ市のＤ地区の衰退を理由として、需給事情による減点補正がされるべきであるのに、これがされていないことから本件台帳価格は無効である旨主張する。
しかし、台帳価格の決定及びこれに基づいてされた課税処分が無効となるのは、それらの内容上の過誤が課税要件の根幹について存在し、徴税行政の安定とその円滑な運営という要請を斟酌してもなお、台帳価格についての審査の申出期間の徒過による不可争的効果の発生を理由として被課税者に当該処分等による不利益を甘受させることが著しく不当と認められるような例外的な事情のある場合に限られるところ、原告が主張するような、本件台帳価格を決定する過程において需給事情による減点補正を行わなかったことが前記の例外的な事情のある場合に当たるということはいえない。かえって、評価基準の需給事情による減点補正は、当該家屋の需要が減少し、当該家屋の交換価値を減少させることが明らかな客観的な地域的状況が認められる場合に行われることがあるものであり、前記の状況については狭くとも市町村単位で捉えられるべきであるところ、Ａ市の同業種（小売販売業）の売上高、転用の困難性、Ａ市の人口の推移、地価、本件建物周辺の交通事情等を総合的に考慮すると、Ａ市長が本件台帳価格の決定過程において需給事情の減点補正を適用しなかったことは合理的である。
したがって、本件台帳価格が無効であるとはいえず、原告の前記主張は採用することができない。
第3 当裁判所の判断
1 判断枠組み
⑴法10条1項は、不動産登記に係る登録免許税の課税標準たる不動産の価額は、当該登記の時における不動産の価額による旨規定しているところ、不動産登記に係る登録免許税が、不動産登記を受けることにより第三者に対する対抗力を備え、権利が保護されるなどの利益を享受することに着目し、登記を担税力の間接的表現として捉えてこれを課税の対象とする流通税であることからすれば、前記の課税標準たる不動産の価額とは、登記の時における不動産の時価（客観的な交換価値）をいうものと解される。そして、登録免許税の納税義務は、登記等の時に成立し、納付すべき税額は納税義務の成立と同時に特別の手続を要しないで確定するとされているから（国税通則法15条2項12号、3項5号〔平成30年法律第16号による改正前のもの。以下、同条について同じ。〕）、不動産登記に係る登録免許税の課税標準及び税額は、登記の時に直接法令の規定によって具体的に確定することとなる。もっとも、法は、課税標準及び税額の認定に専門的知識を有する者の判断を介在させることが合理的であることから、登記等をする前においては、登記機関が登記等につき課されるべき登録免許税の額の納付の事実を確認し（25条）、登記等の申請書に記載された当該登記等に係る登録免許税の課税標準の金額等又は登録免許税の額が国税に関する法律の規定に従っていなかった等のときは、登記機関の調査したところにより認定した課税標準の金額等又は登録免許税の額を当該登記等を受ける者に通知するものとしており（26条1項本文）、登記等をした後においても、登記機関は、登記等を受けた者が当該登記につき納付すべき登録免許税の額を納付していない事実を知ったときは、所轄税務署長に所定の事項を通知しなければならず（28条1項）、過大に登録免許税を納付して登記等を受けた事実があるときは、過大に納付した登録免許税の額を所轄税務署長に通知しなければならないとしている（31条1項3号）。
以上のように、法は、前記のような登録免許税のいわゆる自動確定の性格を前提とした上で、課税標準及び税額の認定に登記機関の判断を介在させているが、不動産の時価を認定することは必ずしも容易ではなく、登記の都度、登記機関において個々の不動産の時価を評価するものとした場合には、登記事務の迅速な処理が妨げられるとともに、登記官の個人差による評価の不均衡が生ずるおそれがある。そこで、法は、①固定資産税の課税標準である土地又は家屋の価格が適正な時価とされており（地方税法341条5号、349条1項）、その評価は、各市町村全体の評価の均衡を図るとともに評価に関与する者の個人差に基づく評価の不均衡を解消するため、全国一律の統一的な評価基準により行われること（同法388条1項、403条1項）、②評価基準により決定された土地又は家屋の価格については、その評価の適正及び公平を確保するため、当該価格等が記載された帳簿が固定資産税の納税者に縦覧され（同法416条）、その価格に不服がある固定資産税の納税者は、固定資産の評価について学識経験を有する者等で構成される第三者的機関である固定資産評価審査委員会に対して審査の申出をすることができるとされており（同法423条3項、432条1項）、同委員会の決定に不服があるときは、その取消しの訴えを提起することができるとされていること（同法434条1項）、③法が制定された昭和42年当時、全国の不動産について法に則した独自の客観的で統一的な評価の基準を設けることは事実上困難であったことなどを考慮し、不動産登記に係る登録免許税における不動産評価の迅速、適正及び公平を図るため、不動産登記に係る登録免許税の課税標準に関する暫定的措置として、附則7条において、不動産登記に係る登録免許税の課税標準たる不動産の価額については、台帳価格を用いることとした上、台帳価格が登記の時の不動産の時価を表していると認められない場合もあり得ることから、前記の不動産の価額は、台帳価額を基礎として政令で定める価額によることとしたものと解される〈証拠略〉。このような法附則7条の趣旨に照らすと、同条は、不動産登記に係る登録免許税の課税標準たる不動産の価額は、台帳価格のある不動産については、当該台帳価格の決定が無効でない限り、当該台帳価格を基礎として政令で定める額によることを要する趣旨の規定であると解するのが相当である。そして、同条を受けた施行令は、台帳価格のある不動産について、法附則7条の規定する価額を台帳価格とした上（附則3項）、登記官が当該不動産に増築、改築、損壊、地目の変換その他これらに類する特別の事情があるために台帳価格を同条の規定する価額とすることを適当でないと認めるときは、台帳価格を基礎とし前記事情を考慮して登記官が認定した価額とする旨規定している（附則4項）。
以上のことからすると、〔判示事項1〕台帳価格のある不動産の不動産登記の場合における登録免許税の課税標準たる不動産の価額は、当該台帳価格の決定が無効である場合、又は施行令附則4項に該当する場合でない限り、当該不動産の台帳価格となり、台帳価格のある不動産の不動産登記について台帳価格を課税標準とした登録免許税が納付されれば当該登録免許税について過誤納金が生ずることはないというべきである。
⑵この点につき、原告は、法附則7条が「当分の間」に限り、台帳価格を基礎として政令で定める価額に「よることができる」と規定していることからすれば、同条は、不動産登記に係る登録免許税の課税標準が不動産の価額であることを変更するものではなく、登記官が不動産登記をするに当たり登録免許税の課税標準たる不動産の価額を台帳価格を基礎として政令で定める価額によることを許容する旨を規定したものにすぎないと解すべきであると主張する。そして、原告は、前記の解釈を前提として、納税者は、台帳価格を基礎として算出される不動産の価額を課税標準とした登録免許税の額を納付して不動産登記が完了した後、納付した登録免許税の額が当該不動産の時価を課税標準とする登録免許税の額を上回るとして過誤納金の存在を主張することができ、納税者が登記官に対して法31条2項に基づく同条1項の通知をすることを請求した場合には、登記官は、法10条に基づいて自ら適宜の方法で不動産の時価を算出し、同時価を登録免許税の課税標準として過誤納金の還付手続の要否を決定する必要があるなどと主張する。
しかしながら、原告の主張によれば、台帳価格のある不動産の不動産登記が完了した後に当該台帳価格が当該不動産の時価を上回っているとして法31条2項に基づいて同条1項の通知をするよう請求された場合、登記機関は常に当該不動産の時価を評価しなければならないこととなり、前記のような法附則7条の趣旨に反することとなる。
また、原告の主張によれば、台帳価格のある不動産の不動産登記においては、登録免許税の納税義務自体は不動産の時価を課税標準とした税額で成立するが、登記官は、登記申請に際しては、これと異なる価格を課税標準とした登録免許税の額が納付された場合にも当該不動産につき不動産登記をすることができることになる。しかしながら、法は、登録免許税の納税義務は、登記等の時に成立し、納付すべき税額は納税義務の成立と同時に特別の手続を要しないで確定すること（国税通則法15条2項12号、3項5号）を前提としつつ、登記等をする前において、登記官が、登記等につき課されるべき登録免許税の額の納付の事実を確認し（25条）、登記等の申請書に記載された当該登記等に係る登録免許税の課税標準の金額等又は登録免許税の額が国税に関する法律の規定に従っていなかった等のときは、登記機関の調査したところにより認定した課税標準の金額等又は登録免許税の額を当該登記等を受ける者に通知するものとしているのであり（26条1項本文）、その上で、この通知を受けた者は、当該通知に係る登記等を受けることをやめる場合を除き、当該通知を受けた登録免許税の額と当該登記等の申請書に記載された登録免許税の額との差額に相当する登録免許税を国に納付しなければならないとし（同条2項）、不動産登記法は、登記官は、登録免許税を納付しないときは理由を付した決定で登記の申請を却下しなければならないものとしている（25条12号）。これらの規定に照らすと、法及び不動産登記法は、不動産登記に先立ち、国税に関する規定に従って当該登記の時に成立することとなる登録免許税の納税義務の額を納付することを予定していると解され、登記官が登記の時に成立することとなる登録免許税の納税義務の額と異なる金額が納付された場合にも不動産登記をすることができるとすることは、前記のような法及び不動産登記法の規定と整合しないというべきである。さらに、法附則7条の文言についてみても、同条は、「当分の間」として、同条による措置が暫定的なものであるとしているが、不動産登記に係る登録免許税の課税標準に関して暫定的措置を定めることができない理由はなく、前記⑴に説示したところからすれば、同条は、法が制定された昭和42年当時、全国の不動産について法に則した独自の客観的で統一的な評価の基準を設けることが事実上困難であったことから、そのような基準ができるまでの措置として不動産登記に係る登録免許税の課税標準に関する暫定的措置を定める趣旨であると解される。また、前記⑴に説示した法附則7条の趣旨に照らせば、同条が台帳価格を基礎に政令で定める価額に「よることができる」としているのは、登記官にそのような取扱いをする法律上の権能を与える趣旨にとどまり、そのような取扱いをしない裁量を認める趣旨ではないと解すべきである。
したがって、原告の前記主張は採用することができない。
2 本件台帳価格の決定が無効であるかについて
原告は、本件登記を受ける際に本件台帳価格を課税標準とした額の登録免許税を納付しているから、前記1に説示したところによれば、当該登録免許税について過誤納金が生じ得るのは、本件台帳価格が無効である場合、又は施行令附則4項に該当する場合に限られる。そうであるところ、原告は、本件台帳価格について、①原告は本件売買契約により本件建物全体の専有面積の55.42％を代金5010万円で取得したから、このことから本件建物の時価を算定すると約9040万円となり、原告が行った不動産鑑定の結果〈証拠略〉からすると本件建物の時価は約1億円強ということになるから、本件建物の時価と平成28年1月1日現在の本件建物の台帳価格は大きく乖離しており、同日現在の本件建物の台帳価格は無効であって、これに基づく本件台帳価格も無効である、②同日現在の本件建物の台帳価格の算定においては、評価基準の需給事情による減点補正がされるべきであったのに、評価基準の需給事情に関する規定が抽象的に過ぎること、又はＡ市長が前記規定の適用を誤ったことにより需給事情による減点補正がされなかったから同日現在の本件建物の台帳価格は無効であり、これに基づく本件台帳価格も無効であると主張する。
固定資産の価格決定は、地方税法410条1項に基づく市町村長が行う行政処分であるところ、行政処分が無効であるというためには、単に処分に瑕疵があるというだけでは足りず、その瑕疵が重大かつ明白であると認められることが必要である。そして、行政処分の瑕疵が明白であるというためには、当該行政処分に係る行政庁の認定に誤りがあることが、権限ある機関の判断を待つまでもなく、何人の判断によっても、ほぼ同一の結論に達し得る程度に明らかであることを要するというべきである（最高裁昭和37年7月5日第一小法廷判決・民集16巻7号1437頁参照）。
しかるに、前記①については、不動産の売買契約における代金額は、当該不動産の利用目的、取引当事者の属性等の個別的な事情により左右されるものであるし、不動産の鑑定評価は、その性質上、一定の幅があり得るものであることからすると、原告が主張するところを前提としても、本件台帳価格の決定に、権限ある機関の判断を待つまでもなく、何人の判断によってもほぼ同一の結論に達し得る程度に明らかな瑕疵があるということはできない。また、前記②については、原告の主張するところは、要するに、地方都市における百貨店事業の衰退やＡ市の中心市街地の衰退により本件建物の価値が大きく低下しているから本件建物の価格を評価基準により評価する場合には需給事情による減点補正が行われるべきであるのにこれが行われなかったというものにとどまり、このような原告の主張する瑕疵をもって直ちに本件台帳価格の決定に、権限ある機関の判断を待つまでもなく、何人の判断によってもほぼ同一の結論に達し得る程度に明らかな瑕疵があるということはできない。かえって、Ａ市長は、平成28年1月1日現在の本件建物の台帳価格を決定するに当たり、Ａ市の同業種（小売販売業）の売上高が大きく下落しているとはいえないこと、本件建物が所在地域の状況により転用が困難となっているとはいえないこと、Ａ市の人口が全体としては増加傾向が継続していること、地価（商業地の平均価格）が継続的な下落傾向にあるとまではいえないこと、本件建物の建物周辺の交通上の利便性に特段の問題がないこと等を総合的に考慮して需給事情による減点補正をしなかったものであり、同日現在の本件建物の台帳価格の算定において需給事情による減点補正をしなかったことが評価基準に反するものではないことが窺われる〈証拠略〉。以上によれば、平成28年1月1日現在の本件建物の台帳価格の決定が無効であるとはいえず、これに基づく本件台帳価格の決定も無効であるということはできない。
3 まとめ
以上のとおり、本件台帳価格の決定が無効であるということはできず、本件建物につき施行令附則4項に該当する事情があることの主張立証はない。そうすると、〔判示事項2〕本件登記に係る登録免許税の課税標準たる本件各専有部分の価額は本件台帳価格となり、原告は、本件登記をするに際し本件台帳価格を課税標準とした額の登録免許税を納付しているから、本件登記につき登録免許税を過大に納付した事実はないというべきである。したがって、本件拒否通知は適法であり、本件訴えのうち本件拒否通知の取消しを求める部分には理由がない。そして、本件義務付けの訴えは、行政事件訴訟法3条6項2号所定のいわゆる申請型の義務付け訴訟として提起されたものであるところ、本件拒否通知は適法なものであって、取り消されるべきものでないことは前記のとおりであるから、本件義務付けの訴えは、同法37条の3第1項2号所定の要件を満たさず、不適法である。
また、登録免許税の納税義務者は過大に登録免許税を納付して登記等を受けた場合には、国税通則法56条により過誤納金の還付を受けることができるが（登録免許税法31条8項4号参照）、前記のとおり、本件登記について原告が登録免許税を過大に納付した事実はないから、原告が国税通則法56条に基づいて本件登記に係る登録免許税の過誤納金の支払を求める請求も理由がない。
4 結論
よって、本件訴えのうち、本件義務付けの訴えは不適法であるからこれを却下し、原告のその余の請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとし、訴訟費用の負担につき、行政事件訴訟法7条、民事訴訟法61条を適用して、主文のとおり判決する。
（裁判官角谷昌毅山田亜湖湯浅雄士）
（別紙）〈略〉
別紙物件目録〈略〉
（別紙）〈略〉
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報68巻4号283頁。
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