主文
１ 本件控訴を棄却する。
２ 控訴費用は控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１ 当事者の求めた裁判
１ 控訴の趣旨
（１） 原判決を取り消す。
（２） 被控訴人が平成12年７月６日付けで控訴人の平成10年分所得税についてした更正処分のうち納付すべき税額406万7900円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
（３） 訴訟費用は，第１，２審とも，被控訴人の負担とする。
２ 控訴の趣旨に対する答弁
主文と同旨
第２ 事案の概要
１ 本件は，平成10年分の所得税の確定申告及び修正申告において，控訴人が長期譲渡所得の金額の計算上，三条土地改良区へ支払った決済金等113万6171円が譲渡費用に当たるとして，この金額を譲渡所得金額から控除して申告したところ，被控訴人がこれを否認し，平成12年７月６日付けで更正処分及びこれに係る過少申告加算税賦課決定処分を行ったことから，控訴人が，被控訴人に対し，これらの取消しを求めた事案である。
本件訴訟の中心的争点は，上記譲渡所得の計算上上記決済金等が譲渡費用に当たるか否かである。
２ 第１審裁判所は，上記決済金等が譲渡費用に当たらないとした上記更正処分は適法であり，これを前提とした上記過少申告加算税賦課決定処分もまた適法であるとして，控訴人の請求は理由がないものと判断した。
３ 前提となる事実，争点及び当事者の主張は，次のとおり補正するほか，原判決の「事実及び理由」欄の第２の１及び２と同じであるから，これを引用する。原判決６頁８行目（編注・訟務月報本号（以下月報巻号省略）2707ページ14行目）の「仕組みとなっているのであるから」を「仕組みとなっており，本件譲渡契約の仲介業者の申出により農地の転用手続が開始し，一連の手続及び必要な決済金等の支払を控訴人に代わって上記仲介業者がすべて行ったこと，仮に本件決済金等を支払わずに転用許可手続を進めたとしても，本件譲渡自体が成立しないし，履行することもできないのであって，上記転用許可手続は本件譲渡に不可欠な手続といえ，」に改め，同11行目〈編注・2707ページ17行目〉の「本件譲渡は，」の次に「土地改良区の組合員であり農地の所有者である控訴人から，非農業経営者である譲受人に引き渡すために，」を，同14行目と15行目〈編注・2707ページ20行目と21行目〉の間に「また，転用許可によって譲渡価額が格段に増加しているので，本件決済金等は譲渡価額を増加させるために本件譲渡に際して支出した費用に当たり，直接譲渡に要したか否かにかかわらず，譲渡費用とされるべきである。そもそも『直接必要』という規定がないにもかかわらず，本件決済金等が直接必要な費用でないとした判断は，憲法に反した所得税法解釈として取り消されるべきである。」をそれぞれ加える。
第３ 当裁判所の判断
１ 譲渡費用の意義について
（１） 所得税法33条３項は，譲渡所得の金額につき，総収入金額から当該所得の基因となった資産の取得費及びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額を控除し，その残額の合計額から譲渡所得の特別控除を控除した金額とする旨規定している。
譲渡所得とは，資産の譲渡による所得をいう（所得税法33条１項）。譲渡所得に対する課税の本質は，所有資産の価値の増加益（キャピタルゲイン）に対する課税であって，資産が譲渡によって所有者の手を離れるのを機会に，その所有期間中の増加益を清算して課税しようとするものである。そうすると，上記「資産の譲渡に要した費用」すなわち譲渡費用とは，事業所得等の控除項目である必要経費に関する規定（所得税法37条１項）との対比からすると，資産の譲渡に直接関連した必要な費用であれば足り，具体的には，当該資産の譲渡を実現するために直接必要な支出として実質的関連性がある費用又はその資産の譲渡に際しての増加益のために必要な支出として合理的関連性のある費用をいうものと解すべきである。
（２） 控訴人は，上記「直接必要」という要件について，基準が明確でない，法律に規定されていないなどと主張するが，当該要件は，譲渡所得の金額の計算上控除されるべき取得費及び譲渡費用の機能及び趣旨が事業所得等における必要経費の控除と同じであることから当然の前提として導かれるものであって，形式的に規定されていないという批判は当たらないし，その判断基準が不明確であるとも考えられない。
また，控訴人は，所得税法改正の経緯等から資産の譲渡に係る当事者間の交渉において付された条件を満たすために支出された費用や経費は全て譲渡費用に当たると主張するようである。しかし，譲渡費用の範囲をどこまで認めるかは改正経緯とは別個の問題であって，控訴人の主張するような譲渡費用の範囲を事実上資産の譲渡を契機として必要とされた費用にまで広げるという趣旨とは認められない。その他，控訴人は，譲渡費用の意義に関して種々の主張をするが，いずれも理由がなく，採用することはできない。
２ 以上のような観点から，本件決済金等が譲渡費用に該当するか否かを検討するに，〈証拠略〉によると，以下の事実が認められる。
（１） 控訴人が三条土地改良区に支払った本件決済金等の内訳は，以下のとおりである。
ア 三条土地改良区決済金（本件決済金） 64万6435円
イ 三条土地改良区協力金７万0890円
ウ 三条土地改良区特別排水負担金 39万6984円
エ 三条土地改良区井栗区負担金２万1862円
このうち，本件決済金（上記ア）は，下記（２）のとおり，「地区除外等処理規程」に基づき，また，本件協力金等（上記イ，ウ，エ）は，下記（３）のとおり，「施設等使用規程」及び「施設等使用負担金徴収規程」に基づき徴収されたものである。
（２） 本件決済金について
土地改良法42条２項は，土地改良区の組合員がその資格に係る権利の目的である土地についてその資格を喪失した場合において，その者が当該土地について有する土地改良区の事業に関する権利義務の移転がないときは，組合員及び土地改良区は上記権利義務について必要な決済をしなければならない旨規定している。上記規定が地区内の農用地が農用地以外のものに転用される場合に適用されることは明らかであるが，これを受けて，三条土地改良区では，「地区除外等処理視程」を制定し，三条土地改良区の地区内農地の転用等に伴う権利義務の決済等についての定めを行っている。
「地区除外等処理規程」２条及び５条は，三条土地改良区の地区内の土地につき，農地法４条１項本文又は同法５条１項本文の規定による許可の申請等が行われる場合には，当該土地に係る組合員（以下「転用組合員」という。）は，三条土地改良区に対し，転用許可の申請等をする旨の通知をし，また，地区除外の申請をしなければならない旨を定め，同６条は，地区除外の申請がされたときは，除外すべき土地に係る決済金の額を別記の「決済金算定基準」により確定し，速やかに決済をすべき旨を定めている。
「決済金算定基準」では，決済金の額は，土地改良区が徴収すべき金銭の額と土地改良区が支払うべき金銭との差額とし，本件決済金が確定された平成９年当時は，決済の範囲を以下のとおり定めていた。
ア 土地改良区が徴収すべき金銭の額
（ア） 賦課金等
決済年度以前の年度に係る賦課金等の決済時点における未納入金額
（イ） 償還金及び年賦支払金
土地改良区の借入金にかかる償還金及び土地改良区が負担する国営土地改良事業（決済年度の前年度以降に完了したものに限る。）の負担金に係る年賦支払金で決済年度の翌年度以降のものにつき定款の定めるところにより，算定する当該土地の負担相当額
（ウ） 土地改良区営土地改良事業に係る事業費
ａ 維持管理事業以外の事業に係るもの
決済時点において土地改良区が行う土地改良事業（維持管理事業を除く。）に係る事業費のうち決済年度の翌年度以降の自己負担分につき定款の定めるところにより算定する当該土地の負担相当額（転用に伴い事業費が減額される場合にあっては，自己負担分のうち当該減額に対応する額を当該算定額から控除して得た額）
ｂ 維持管理事業に係るもの
決済時点において土地改良区が行う土地改良事業（維持管理事業に限る。）に係る維持管理費のうち，決済年度の翌年度以降の自己負担分につき定款に定めるところにより算定する当該土地の20年分の額（転用に伴い事業費が減額される場合にあっては，自己負担のうち当該減額に対応する額を当該算定額から控除して得た額）
（エ） 国営又は県営土地改良事業に係る負担金又は分担金
ａ 維持管理事業以外の事業に係るもの
決済時点において国又は県が行う土地改良事業（維持管理事業を除く。）に係る事業費のうち，決済年度の翌年度以降において土地改良区が負担又は分担すべき額につき定款の定めるところにより算定する当該土地の負担相当額（転用に伴い事業費が減額される場合にあっては，土地改良区が負担又は分担すべき額のうち当該減額に対応する額を当該算定額から控除して得た額）
ｂ 維持管理事業に係るもの
決済時点において国又は県が行う土地改良事業（維持管理事業に限る。）に係る維持管理費のうち，決済年度の翌年度以降において土地改良区が負担又は分担すべき額につき定款の定めるところにより算定する当該土地の20年分の額（転用に伴い事業費が減額される場合にあっては，土地改良区が負担又は分担すべき額のうち当該減額に対応する額を当該算定額から控除して得た額）
（オ） 県営圃場整備事業本成寺地区内のパイプ移設維持管理費に係るものなお，本件土地は井栗地区内に存在するため，この項目は本件土地とは関係がない。
（カ） 経費に係るもの
前各事項の決済金額算定の規定にかかわらず，各事業に共通する土地改良区の運営に要する経費に係るための経常費の決済金額は，決済年度の翌年度以降のものにつき，定款の定めるところにより算定する当該土地の20年分の額
イ 土地改良区が支払うべき金銭の額
過誤納賦課金その他土地改良区が当該組合員に対して支払うべきものとして，定款・規約・規程又は総代会の議決により定められた金銭の額のうち当該土地に係るもの
（３） 本件協力金等（前記（１）のイ，ウ，エ）について
「施設等使用規程」は，土地改良施設（以下，この項においては「施設」という。）を他の目的に使用させるときの取扱い等について規定するものであるが（１条），同規程にいう施設とは，「用排水路・堤塘・農道・井堰・橋梁・機場等」をいうものであると定義したうえで（２条），土地改良区に関係する区域内において開発行為を行おうとする者は，土地改良区から施設を使用することの許可を受けなければならないこと（14条），施設を使用することの許可の申請があった場合に，理事長は，開発行為による農地及び土地改良施設への影響を検討したうえで，施設等使用負担金を一時金として徴収のうえ，土地改良施設の使用を承諾することができること（15条）が規定されている。
そして，15条に定める施設等使用負担金は，別に定める三条土地改良区施設等使用負担金徴収規程に基づいて定めるとされているところ（16条），三条土地改良区の「施設等使用負担金徴収規程」では，施設等使用負担金を次のとおり定めている。
ア 特別排水負担金
転用に伴う単位排水量の増加分に対する負担金として一時金を徴収する。
イ 分区負担金
分区会計のうち，用排水施設を管理するものについて，転用に伴う単位排水量の増加分に対する負担金として一時金を徴収する。
ウ 協力金
従来の土地改良施設等の補修・整備をはかるため，全地域の転用地から協力金として，一時金を徴収する。ただし，徴収額の２分の１を関係部落へ交付する。
３ 検討
（１） 本件決済金は，土地改良法42条２項に基づく決済として支払われたものであるところ，同条の決済は，土地改良区の組合員たる資格の喪失に際し，土地改良区の事業に関する権利義務の移転がない場合に，土地改良区と組合員との間の当該土地についての事業に関する権利義務を清算するために行われるものである。具体的には，前記２（２）のとおり，土地改良区が徴収すべき金銭の額と土地改良区が支払うべき金銭との差額であって，そのうち，土地改良区が徴収すべき金銭の内訳は，前記２（２）アの（ア）ないし（カ）のとおり，決済年度以前の年度に係る賦課金等の未納入金額，決済時点の属する年度の翌年度以降の事業費，負担金，分担金等である。
これらの費用は，本件土地が三条土地改良区内に存在する農地である限り将来において負担すべきものであったが，本件土地の転用による組合員の資格喪失に伴い土地改良区との間で一時にその決済が必要となった清算金にすぎないものであるから，農地の転用移転の許可自体の法律的手続に不可欠な決済の支払とはいえないし，土地改良区への本件決済金の支払が実際上必要とされるような運用がされていたとしても，あくまで土地改良区が円滑に本件決済金の清算手続をするために事実上本件土地の転用許可手続に関連させているだけであって，所得税法上，譲渡を実現するために直接必要な支出として実質的関連性があるとまでは認められない。また，本件決済金の支払の前提となった土地改良事業の結果本件土地の譲渡価格が増加したとしても，後述のように本件決済金の支払は取得費としてみる余地があり得るだけのことであり，譲渡に際しての増価益のために必要な支出として合理的関連性があるものとは認められない。
したがって，本件決済金は，譲渡費用には該当しない。
（２） 本件協力金等は，前記２（３）とおり，転用等により土地改良区から除外される土地を開発する者が土地改良施設を使用するために負担する施設等使用負担金であり，具体的には，前記２（３）アないしウのとおりの負担金及び協力金である。
これらの費用は，転用された土地について，土地改良区内の土地改良施設を将来にわたって使用するための負担金であって，当該資産の将来における維持管理に要する費用に過ぎず，譲渡を実現するために直接必要な支出として実質的関連性は認められないし，譲渡に際しての増価益のために必要な支出として合理的関連性があるものとも認められない。
したがって，本件決済金同様，譲渡費用には当たらないというべきである。
（３） 控訴人は，本件決済金等が本件土地の転用許可手続に必要な費用の支払であり，上記転用許可手続は本件土地の譲渡にとって不可欠であるなどと，本件決済金等が譲渡費用に該当する旨について種々主張するが，いずれも前記判断を左右するに足るものとはいえず，採用することはできない。なお，本件決済金等の中には，土地改良区の事業や土地改良施設の使用等に対応した受益者として負担すべき性質のものであると考えられるのであるから，「改良費」（所得税法38条１項）として，本件土地の取得費（所得税法33条３項）に該当すると解する余地があるので，控訴人が本件決済金等を譲渡所得の金額の計算上控除したいということであれば，上記のように本件土地の取得費の問題として検討されるべきものといえる。しかし，本件確定申告において，控訴人は，租税特別措置法31条の４第１項に基づき，本件譲渡所得に係る取得費を収入金額の５％に相当する金額としている以上（〈証拠略〉），仮に本件決済金等の全部又は一部が取得費に該当するとしても，本件譲渡所得に係る所得税額には影響を及ぼさないこととなる。
（４） したがって，本件譲渡所得の金額の計算上，本件決済金等が譲渡費用に当たらないとした本件更正処分は適法であり，これを前提とした本件過少申告加算税賦課決定処分もまた適法である。
４ 結論
以上によれば，控訴人の本件請求は理由がないのでいずれも棄却すべきであって，これと同旨や原判決は相当である。
よって，控訴人の本件控訴を棄却することとして，主文のとおり判決する。
（裁判官鬼頭季郎納谷肇任介辰哉）
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報53巻9号2692頁。
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