主文
１ 原判決を取り消す。
２ 被控訴人が平成12年７月６日付けで控訴人の平成10年度分所得税についてした更正のうち納付すべき税額406万7900円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定を取り消す。
３ 第１，第２審（差戻し前），上告審及び当審における訴訟費用は，被控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１ 控訴の趣旨
主文と同旨
第２ 事案の概要
１ 事案の要旨
控訴人は，平成10年分の所得税の確定申告及び修正申告において，長期譲渡所得の金額の計算上，三条土地改良区へ支払った決済金等113万6171円（以下「本件決済金等」という。）は譲渡費用に当たるとして，この金額を収入金額から控除して申告したところ，被控訴人は，これを否認し，平成12年７月６日付けで増額更正（以下「本件更正」という。）及び過少申告加算税賦課決定（以下「本件賦課決定」という。また，本件更正と併せて「本件更正等」という。）を行った。
本件は，控訴人が，本件決済金等は譲渡費用に当たるとして，本件更正のうち修正申告額を超える部分及び本件賦課決定の取消しを求めた事案である。
２ 本件訴訟の経過
（１） 控訴人は，平成14年２月７日，本件更正のうち修正申告額を超える部分及び本件賦課決定の取消しを求めて新潟地方裁判所に提訴した（平成14年（行ウ）第３号）。
同裁判所は，平成14年11月28日，本件決済金等は譲渡費用に当たらないので，本件更正及び本件賦課決定は適法であるとして，控訴人の請求を棄却した。
（２） これに対して，控訴人は東京高等裁判所に控訴した（平成14年（行コ）第312号）。
同裁判所は，平成15年５月15日，第１審判決と同様に判示して，控訴人の控訴を棄却した。
（３） これに対して，控訴人は最高裁判所に上告（平成15年（行ツ）第208号）及び上告受理申立て（平成15年（行ヒ）第217号）をした。
最高裁判所は，平成18年２月２日，控訴人の上告についてはこれを棄却する決定をしたが，上告受理申立てについてはこれを受理する旨の決定をした。そして，平成18年４月20日，本件決済金等は基本的に譲渡費用に当たるが，本件決済金等の中の決済金のうち土地を転用目的で譲渡するか否かにかかわらず決済の時点で既に支払義務が発生していた賦課金等の未納入金は土地の譲渡費用には当たらないと判示して，前記東京高等裁判所の判決を取り消すとともに，本件決済金等の中に，上記未納入金が含まれていたかどうかについて審理させるために，東京高等裁判所に差し戻した。
３ 前提となる事実等
当事者間に争いのない事実，〈証拠略〉により認定することのできる前提となる事実等は，以下のとおりである。
（１）ア土地改良法42条２項は，土地改良区の組合員が，組合員たる資格に係る権利の目的たる土地の全部又は一部についてその資格を喪失した場合において，同条１項の承継又は同法３条２項の規定による交替がないときは，その者及び土地改良区は，その土地の全部又は一部につきその者の有するその土地改良区の事業に関する権利義務について必要な決済をしなければならない旨定めている。この規定を受けて，三条土地改良区は，その地区内の農地の転用に伴う権利義務の決済等について定めるため，地区除外等処理規程（以下「本件処理規程」という。）を制定している。本件処理規程によれば，三条土地改良区の組合員は，その地区内の土地につき，農地法４条１項又は５条１項の規定による許可の申請を行う場合には，同土地改良区に対し，転用許可の申請をする旨の通知をするとともに，地区除外の申請をしなければならず，同土地改良区は，地区除外の申請がされたときは，除外すべき土地に係る決済金の額を所定の決済金算定基準により確定し，速やかにその決済をするものとされている。そして，上記決済金算定基準においては，決済金の額は，三条土地改良区が当該組合員から徴収すべき金銭の額と同土地改良区が当該組合員に対し支払うべき金銭の額との差額とされ，決済の範囲については，平成９年当時，別紙（１）〈略〉のとおり定められていた。
イ また，三条土地改良区は，土地改良施設を他の目的に使用させるときの取扱い等について定めるため，施設等使用規程（以下「本件使用規程」という。）を制定している。本件使用規程によれば，三条土地改良区に関係する区域内において開発行為を行おうとする者は，同土地改良区から土地改良施設を使用することにつき許可を受けなければならず，同土地改良区の理事長は，上記の許可の申請のあったときは，開発行為による農地及び土地改良施設への影響を検討し，三条土地改良区施設等使用負担金徴収規程（以下「本件徴収規程」という。）に基づいて定める施設等の使用負担金を一時金として徴収した上，土地改良施設の使用を承諾することができるものとされている。
そして，本件徴収規程は，施設等使用負担金として，[1] 協力金（従来の土地改良施設等の補修及び整備を図るための協力金），[2] 特別排水負担金（転用に伴う単位排水量の増加分に対する負担金），[3] 分区負担金（分区会計のうち用排水施設を管理するものについての転用に伴う単位排水量の増加分に対する負担金）を徴収するものと定めている。
（２） 控訴人は，三条土地改良区内に別紙（２）〈略〉記載の農地（以下「本件土地」という。）を所有していたところ，本件土地について農地以外のものに転用するために権利を移転したいとして，平成９年８月11日に農地法（平成10年法律第56号による改正前のもの。以下同じ。）５条の規定による許可の申請をし，同年10月21日にその許可を受けた。
（３） 控訴人は，平成９年８月11日，上記（２）の許可を申請するに当たり，三条土地改良区に対し，次のアないしエ記載の金員の合計113万6171円の本件決済金等を支払った（〈証拠略〉）。
ア 決済金 64万6435円
イ 協力金７万0890円
ウ 特別排水負担金 39万6984円
エ 分区（井栗区）負担金２万1862円
アの決済金（以下「本件決済金」という。）は本件処理規程に基づき徴収されたものであり，イの協力金，ウの特別排水負担金及びエの分区（井栗区）負担金（以下，これらを併せて「本件協力金等」という。）は本件使用規程及び本件徴収規程に基づき徴収されたものである。
また，本件決済金の中には，本件土地を転用目的で譲渡するか否かにかかわらず，決済の時点で既に支払義務が発生していた賦課金等の未納入金は含まれていなかった。
（４） 控訴人は，平成10年３月22日，株式会社Ａとの間で，農地法等による許可を停止条件として本件土地を代金4654万円で売り渡す旨の売買契約（以下「本件売買契約」という。）を締結した。そして，本件土地について，登記原因を同月23日売買とする控訴人から上記会社への所有権移転登記がされた。
（５） 控訴人は，平成10年分の所得税の確定申告及び修正申告において，長期譲渡所得の金額の計算上，本件決済金等を所得税法33条３項にいう「その資産の譲渡に要した費用」（以下「譲渡費用」という。）として収入金額から控除した。
（６） 被控訴人は，本件決済金等が譲渡費用に当たることを否認し，控訴人の平成10年分の所得税につき増額の本件更正及び本件賦課決定をした。
控訴人の確定申告・修正申告，被控訴人の本件更正等及びその後の不服申立ての経緯並びにその税額等は，別紙（３）〈略〉のとおりであり，また，修正申告及び本件更正における分離長期譲渡所得の金額及びその内訳は別紙（４）〈略〉のとおりである。
４ 争点及び当事者の主張
争点及び当事者の主張は，原判決の事実及び理由の２（３頁以下〈編注・訟務月報本号（以下月報巻号省略）2705ページ１行目〉）に記載のとおりであるから，これを引用する。
第３ 当裁判所の判断
１ 譲渡所得に対する課税は，資産の値上がりによりその資産所有者に帰属する増加益を所得として，その資産が所有者の支配を離れて他に移転するのを機会に，これを清算して課税する趣旨のものである。しかしながら，所得税法上抽象的に発生している資産の増加益そのものが課税の対象となっているわけではなく，原則として，資産の譲渡により実現した所得が課税の対象となっているものである。そうであるとすれば，資産の譲渡に当たって支出された費用が所得税法33条３項にいう譲渡費用に当たるかどうかは，一般的，抽象的に当該資産を譲渡するために当該費用が必要であるかどうかによって判断するのではなく，現実に行われた資産の譲渡を前提として，客観的に見てその譲渡を実現するために当該費用が必要であったかどうかによって判断すべきである。
前記前提となる事実等によれば，本件売買契約は，農地法等による許可を停止条件としていたというのであるから，本件売買契約においては，本件土地を農地以外の用途に使用することができる土地として売り渡すことが契約の内容となっていたものである。そして，前記前提となる事実等によれば，控訴人が本件土地を転用目的で譲渡する場合には土地改良法42条２項及びこれを受けて制定された本件処理規程により本件決済金の支払をしなければならなかったのであるから，本件決済金は，客観的に見て本件売買契約に基づく本件土地の譲渡を実現するために必要であった費用に当たり，本件土地の譲渡費用に当たるというべきである。ただし，前記認定事実によると，転用目的での農地の譲渡に伴う決済に当たり三条土地改良区が，組合員から徴収すべき金銭の中には決済年度以前の年度に係る賦課金等の未納入金が含まれているところ，仮に本件決済金の中に本件土地を転用目的で譲渡するか否かにかかわらず決済の時点で既に支払義務が発生していた賦課金等の未納入金が含まれていた場合には，本件決済金のうち上記未納入金に係る部分は本件土地の譲渡費用に当たらないというべきである。
２ また，前記認定事実によれば，三条土地改良区の組合員が，その地区内の農地を転用目的で譲渡するに当たり，本件使用規程及び本件徴収規程に基づく施設等使用負担金を支払った場合には，転用された土地のために土地改良施設を将来にわたり使用することができることとなるのであるから，上記の施設等使用負担金の支払は当該土地の譲渡価格の増額をもたらすものということができる。そうであるとすれば，控訴人が上記の施設等使用負担金として支払った本件協力金等は，本件土地の譲渡費用に当たるというべきである。
３ そして，前提となる事実等のとおり，本件決済金の中には，本件土地を転用目的で譲渡するか否かにかかわらず決済の時点で既に支払期が到来していた賦課金等の未納金は含まれていなかったのであるから，結局，本件決済金から控除すべきものは存在しないこととなる。
そうすると，本件決済金等が譲渡費用に当たらないとしてされた本件更正のうち納付すべき税額406万7900円（修正申告における金額）を超える部分及び本件賦課決定は違法であるから，これらを取り消すべきものである。
第４ 結論
以上によれば，控訴人の本件請求は理由があるところ，原判決は控訴人の請求を棄却しているので原判決を取り消した上で，改めて原告の本件請求を認容することとし，主文のとおり判決する。
（裁判官岩井俊及川憲夫長久保守夫）
（別紙（１））〈略〉
（別紙（２））〈略〉
（別紙（３））〈略〉
（別紙（４））〈略〉
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報53巻9号2692頁。
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