主文
１ 原判決中，控訴人の敗訴部分を取り消す。
２ 上記取消し部分に係る被控訴人の請求を棄却する。
３ 被控訴人の附帯控訴を棄却する。
４ 訴訟費用は第１，２審とも被控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１ 当事者の求めた裁判
１ 控訴の趣旨
主文と同旨
２ 附帯控訴の趣旨
（１） 原判決中，被控訴人の敗訴部分を取り消す。
（２） 控訴人が被控訴人の平成３年４月１日から平成４年３月31日までの事業年度の法人税について平成６年７月29日付けでした更正処分のうち，所得金額127億1504万9822円，納付すべき税額43億9946万2000円を超える部分及び過少申告加算税1768万5000円を超える部分の賦課決定処分を取り消す。
（３） 控訴人が被控訴人の平成３年４月１日から平成４年３月31日までの事業年度の法人臨時特別税について平成６年７月29日付けでした更正処分のうち，課税標準法人税額47億6514万2600円，納付すべき税額１億1912万8600円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
（４） 訴訟費用は第１，２審とも控訴人の負担とする。
第２ 事案の概要
１ 事案の概要，法令等の定め，前提事実，本件各処分の適法性に関する控訴人の主張，争点及び争点に関する当事者双方の主張は，次のとおり補正し，当審における双方の補充的主張を付加するほか，原判決の「事実及び理由」第二に記載のとおりであるから，これを引用する。
（１） 原判決７頁９行目（編注・訟務月報本号（以下月報巻号省略）1069ページ17行目）の次に「４」として，次のとおり加える。
「これを要するに，短期所有に係る土地に借地権を設定した場合において，借地権の価格がその土地の更地価格の50パーセント以上となるものについては，土地重課が課されるのである。」
（２） 原判決27頁６行目〈編注・1076ページ26行目〉の「締結が，」から次行の「としても，」までを「履行が不可能であったといえないとしても，」と，同７行目〈編注・1076ページ27行目〉の「本件契約」を「本件売買契約」と，31頁末行〈編注・1078ページ15行目〉の「本件売買等契約」を「本件売買契約」と，32頁５行目〈編注・1078ページ19行目〉の「J社」を「J社」とそれぞれ改める。
２ 当審における双方の補充的主張
（１） 控訴人
Ａらは平成元年10月２日，K社との間でAAビル新築工事の協定書（〈証拠略〉）を取り交わし，同年12月８日，上記ビルの建築確認を申請している（平成２年３月７日付けで建築確認を取得）から，このことからも，本件売買契約締結当時，Ａらと共同でL共同ビルを建設するという本件特約の履行が不可能であったことは明らかである。
（２） 被控訴人
ア ＡらがAAビルの建設を進めていたとしても，L共同ビルの建設と並行して検討していたということもあり得るし，Ａらが上記ビルの建築確認申請をしたのは本件売買契約締結後のことであるから，その当時，L共同ビルの建設が履行不可能となっていたとまではいえない。まして，被控訴人は，本件売買契約締結当時，Ａらの上記ビルの建設については知らされておらず，本件違約金はM物件との相互売買として行われたL売買契約の履行を強制するために定められたものである。
イ 「法人税の重加算税の取扱いについて（事務運営指針）」と題する通達は，国税通則法68条１項の適用につき，二重帳簿の作成や帳簿書類の破棄，隠匿，改ざん等の行為を例示し，重加算税を課す場合を脱税意思が明確である場合に限ろうとしているところ，本件では上記通達にいう帳簿書類の改ざん等の不正行為はない。したがって，被控訴人の行為は法人税の重加算税の課税要件を満たすものではない。
第３ 判断
１ 事実認定
次のとおり付加し訂正するほか，原判決の「事実及び理由」第三の一に記載のとおりであるから，これを引用する。
（１） 原判決41頁９行目〈編注・1081ページ30行目〉の「〈証拠略〉」を「〈証拠略〉」と改める。
（２） 原判決47頁10行目〈編注・1084ページ５行目〉の次に改行して，次のとおり加える。
「さらに，被控訴人は，「M借地権方式概要」と題する書面（〈証拠略〉）を作成したが，同書面には，[1] 所有権取引の場合，土地価格は昭和64年４月取引で42億7600円（建物との合計82億1300万円）であること，[2] これを借地権方式に分けた場合，借地権は条例により50パーセントを超えないことが条件となっているため，底地権を55パーセント（23億5200万円），借地権を45パーセント（19億2400万円）としたこと，[3] 当社のメリット（相手側のデメリット）として，重課対策上最低３年は底地の売却ができないため，相手側は地代とその金利分の負担を負うことなどが記載されていた。上記書面は，本件売買契約の内容と符合することなどから，被控訴人の内部資料として昭和63年以降に作成されたものと推認される。」
（３） 原判決53頁末行〈編注・1086ページ11行目〉の次に，次のとおり加える。
「その後，L共同ビルの建設については，被控訴人とＡらの間に何らの合意が成立しないまま，平成元年７月末日が経過した。」
（４） 原判決54頁１行目〈編注・1086ページ12行目〉の「Lビル」を「L単独ビル」と改め，56頁10行目〈編注・1087ページ13行目〉末尾に改行して，次のとおり加える。
「ところで，本件売買契約が締結された平成元年10月２日，ＡらはK社との間において，Ａらの所有する<略>の土地に単独ビル（仮称AAビル）を建設する協定書（〈証拠略〉）を取り交わし，平成２年３月７日にはその建築確認を得た。そして，ＡらとK社との間で上記協定書が交わされた後，ＡらとJ社らとの間でL共同ビルの建設につき話合いや交渉がもたれた形跡はうかがえない。」
（５） 原判決56頁末行〈編注・1087ページ14行目〉冒頭から58頁10行目〈編注・1088ページ４行目〉末尾まで及び60頁３行目〈編注・1088ページ19行目〉冒頭から61頁４行目〈編注・1089ページ１行目〉末尾までをいずれも削除する。
（６） 原判決61頁６行目〈編注・1089ページ4行目〉末尾に次のとおり加える。「なお，J社は，本件売買契約の締結と同時に，本件違約金の支払を担保するため，被控訴人に対し，N銀行の額面23億円の定期預金証書を預けていたが（〈証拠略〉），本件違約金は上記定期預金を解約することにより支払われたものである。」
（７） 原判決63頁末行〈編注・1090ページ１行目〉の末尾に改行して，次のとおり加える。
「また，Ｂは，平成５年４月９日付けで，東京国税局の担当調査官に対して「確認書」と題する書面（〈証拠略〉）を提出したが，同書面には，本件特約は，「被控訴人がこの取引の土地代を23億円圧縮し，土地代とは別の名目で当該金額を収入とすることを目的として付したものです。」，「具体的には，この取引と相互売買の関係にあったLビルの取引に絡めて，契約日現在（平成元年10月２日）では履行できないことが明らかな特約条項に基づく違約金としてJ社から圧縮した土地代23億円を収受したものです。」などとする内容が記載され，同人は原審において，同旨の証言をした。」
２ 争点１について
（１） 争点１は，被控訴人がJ社から受領した23億円が本件借地権設定の対価の一部を違約金と仮装したものかどうかであるが，上記認定事実（前提事実を含む。）によれば，本件の場合，本件借地権の価格が所有権価格（本件土地の更地価格）の50パーセントを超えるときは土地重課が課されるところ，本件売買契約の契約書には，本件借地権の価格（12億9689万4000円）が明示され，これが「所有権価格の45パーセント」である旨が記載されている。したがって，被控訴人は，本件借地権の価格を設定する上で，土地重課を意識し，これを回避しようとする意図を有していたことがうかがわれ，そのことは，被控訴人の内部資料として作成された前記「M借地権方式概要（〈証拠略〉）等からも裏付けられる。
そこで，以下，[1]本件借地権の価格の合理性の有無，[2]本件特約ないし本件違約金の定めの合理性の有無の観点から，本件違約金の性質について検討する。
（２） 本件借地権の価格の合理性の有無
ア 上記のとおり，本件売買契約において，本件借地権の価格は12億9689万4000円とされ，これが所有権価格（本件土地の更地価格）の45パーセントである旨が明示されている（なお，上記認定のとおり，本件売買契約の際，被控訴人からJ社に対し，本件土地の底地権を平成４年10月２日（本件売買契約締結の日から３年，被控訴人が本件土地を取得した昭和60年10月31日から５年を経過した日）に15億8509万3000円で売却する旨の念書が交付され，J社は平成３年10月24日，被控訴人から本件土地の底地権を15億8500万円で買い受けた。）。
そして，上記借地権の価格から本件土地の所有権価格（更地価格）を算出すると，原判決別紙計算表（一）〈略〉のとおり28億8198万7000円となる。
イ ところで，上記認定のとおり（原判決の事実認定一３），被控訴人の昭和62年10月22日の定例取締役会で了承された建設案による収支予想においては，M物件の分譲による売上高は106億2240万円（土地が68億5596万1000円，建物が37億6643万9000円）と計上され，同年12月ころの収支予想では，M物件（全体）の評価価格は93億5700万円，取引価格は82億1300万円とされていた。したがって，これを本件売買契約における価格と比較すると，本件建物については当初の収支予想から２億円余りを上回る価格が設定されているのに対し，本件土地の価格は40億円近くも低い価格が設定されていたことになる。
一方，本件違約金23億円を本件借地権設定の対価の一部とし，これに基づいて本件土地の価格を算出すると，原判決別紙計算表（一）〈略〉のとおり51億8198万7000円となり，上記の収支予想に近い価格となる。
ウ 以上のとおり，本件売買契約において定められた借地権の価格は極めて低額であって，その価格に合理性があるということは困難であり，他方，本件違約金を本件借地権設定の対価の一部であるとしたときは，本件売買契約上，本件借地権の価格が低額に設定された意味を理解することができる。
もっとも，上記認定のとおり（原判決の事実認定一12），被控訴人の依頼に基づくO銀行の鑑定評価（平成元年９月６日付け）によれば，本件土地の価格は34億9000万円（本件建物は34億7400万円）とされているところ，被控訴人は，本件違約金を本件借地権設定の対価の一部とした場合には，本件土地の価格（約51億8000万円）は上記鑑定評価額の約1.5倍となる旨主張する。しかしながら，被控訴人が認定した本件土地の所有権価格（本件借地権の価格から算出した約28億8000万円）は上記鑑定評価額をも大幅に下回るものであること，被控訴人が，M物件の収支予想が上記のようなものであったにもかかわらず，上記鑑定評価額に従って本件土地等の価格を設定しなければならなかった事情はうかがえないことなどに照らすと，O銀行による上記の鑑定評価があるからといって，本件売買契約において定められた借地権の価格に合理性があったものということはできない。
（３） 本件特約ないし本件違約金に定めの合理性の有無
ア 被控訴人とJ社がM物件の取引と<略>の土地建物の取引とを一体として行うこと（相互売買）を予定していたことは前記認定のとおりである。しかしながら，前記認定のとおり，Ａらとの間で協議されていたL共同ビルの建設計画は，平成元年６月27日，Ａらから被控訴人に対し，同年７月末日までに合意に達しない場合は共同事業を打ち切る旨が表明され，その後，何らの合意が成立しないまま上記期限を経過したこと，本件売買契約が締結された平成元年10月２日，ＡらはK社との間で，Ａらの所有する<略>の土地に単独ビル（仮称ABビル）を建設する協定書を取り交わし，平成２年３月７日には建築確認を得たこと，ＡらとK社との間で上記協定書が取り交わされた後，ＡらとJ社ないし被控訴人との間でL共同ビルの建設につき話合いや交渉がもたれた形跡はうかがえないことが認められるのであって，上記事実によれば，被控訴人とJ社が本件特約の前提としていたL共同ビルの建設計画は，本件売買契約締結の時点において，客観的には既に実現が不可能であったというべきである。
もっとも，前記認定のとおり（原判決の事実認定一15），J社は平成２年３月15日付けで「状況報告書」と題する書面（〈証拠略〉）を，また，被控訴人とJ社は同年３月30日付けで「覚書」と題する書面（〈証拠略〉）を作成し，これらの書面には，本件特約からＡらとの共同事業を除外して計画を進める趣旨が記載されている。しかしながら，国税調査官のＣからの聴取書（〈証拠略〉）によれば，上記各書面は，いずれも被控訴人に対する法人税の調査が開始された後，その対策として作成されたものと認められるのであって，その記載内容をにわかに信用することはできない。
被控訴人は，本件売買契約締結当時，L共同ビルの建設が実現不可能であったとしても，被控訴人はそのことを知らなかった旨主張し，原審証人Ｄ及びＥはその旨供述する。しかしながら，前記のとおり，Ａらとの間で協議されていたL共同ビルの建設計画は，平成元年６月27日，Ａらから被控訴人に対し，同年７月末日までに合意に達しない場合は共同事業を打ち切る旨が表明され，その後，何らの合意が成立しないまま期限を経過していること及びＢの原審証言等に照らし，上記供述を採用することはできない。
イ ところで，J社の代表取締役であったＣは，税務当局の調査の際，L共同ビルの建設は履行不可能であり，本件違約金は土地重課対策として名目上設定されたものである旨を述べ（〈証拠略〉。原判決の事実認定一18参照），また，前記のとおり（前記１（７）の当審付加部分参照），被控訴人の担当部長であったＢが税務当局に提出した「確認書」と題する書面（〈証拠略〉）にも同趣旨が記載され，同人は原審において同旨の証言をする。
被控訴人は，Ｃは本件建物の取引等に関して被控訴人と係争中の当事者であり，また，ＢはJ社から多額の金品を受領し，その見返りとして事実に反する証言をしているから，両名の供述に信用性はない旨主張する。しかしながら，上記両名の税務当局に対する申述（〈証拠略〉）及びＢの原審証言は具体的で客観的事実とも符合し，特に本件売買契約締結当時，ＡらとL共同ビルを建設する話は決裂し，ＡらはK社との間で単独ビル建設の協定書を取り交わすに至っていたことなどの証言内容は，当審で提出された上記協定書（〈証拠略〉）及び国税訟務官ら作成の調査報告書（K社の担当者からの事情聴取）等により裏付けられるのであって，被控訴人の上記非難は当たらない。
ウ 以上のとおり，被控訴人とJ社が本件特約の前提としていたL共同ビルの建設計画は，本件売買契約締結の時点において，客観的には既に実現が不可能であったと認められるところ，この事実と前記認定の各事実，すなわち，[1]本件違約金は平成２年３月末日までにL売買契約を締結することができない場合は，理由の如何にかかわらず，直ちに支払うものとされていたこと，[2]J社は，本件売買契約の締結と同時に，本件違約金の支払を担保するため，被控訴人に対し，額面23億円の定期預金証書を預け入れていること，[3]本件違約金が23億円もの高額であるにかかわらず，本件売買契約締結後，J社がＡらとL共同ビルの建設につき話合いや交渉をした形跡はうかがえないこと，[4]本件違約金は平成２年７月４日，J社から被控訴人に対し，特段の問題もなく支払われていることなどの事実を併せ考え，また，Ｃ及びＢの上記供述等に照らすと，本件特約ないし本件違約金の定めは，土地重課を免れるために仮装されたものと認めることができる。
（４） 以上によれば，【判示事項１】本件違約金23億円は，本件借地権設定の対価の一部であり，土地重課を免れる目的で違約金を仮装して支払われたものと認めるのが相当である。
３ 争点２について
上記認定説示のとおり，本件違約金は本件借地権設定の対価の一部であって，土地重課を免れる目的で違約金を仮装して支払われたものであり，前記認定事実によれば，その支払は本件売買契約締結時において確定していたものと認められる。そうすると，【判示事項２】本件違約金23億円は，本件売買契約が締結された平成２年３月期をもってその収益計上時期とすべきである。
４ 本件各処分の適法性について
以上のとおり，本件違約金は本件土地の借地権設定の対価の一部であり，平成２年３月期をもってその収益計上時期とすべきところ，これを前提として再計算した被控訴人の平成２年３月期，平成３年３月期及び平成４年３月期の各事業年度の所得金額，法人税額，法人臨時特別税額及び加算税額（ただし，重加算税を除く。）が控訴人主張のとおりとなることは被控訴人において明らかに争わない。平成２年３月期については，本件借地権設定の対価の一部を本件違約金とする仮装行為が認められるとして重加算税が課されているところ，被控訴人はその賦課処分を違法と主張して争うので判断する。
上記認定事実及び弁論の全趣旨によれば，被控訴人は，本件売買契約を締結した当時，違約金として23億円を被控訴人に支払うとする本件特約を設け，本件借地権設定の対価からこの額を除外して土地重課を免れるよう画策し，本件借地権設定の対価が短期所有土地等の譲渡の要件に該当しないものとして法人税を過少に申告したものと認められ，この行為は，国税通則法68条１項に規定する「課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし，又は仮装し，その隠ぺいし，又は仮装したところに基づき納税申告書を提出していたとき」に当たるというべきであるから，上記重加算税の賦課処分は適法である。被控訴人は，帳簿書類の改ざん等の不正行為を行っていないので重加算税の課税要件がない旨主張するが，上記のとおり，被控訴人が土地重課を免れるため仮装行為をしたことは明らかというべきである。
以上によれば，本件各処分は適法であるから，その取消しを求める被控訴人の請求は理由がない。
５ 結論
以上のとおりであるから，被控訴人の請求はいずれも理由がないのでこれを棄却すべきところ，その一部を認容した原判決は相当でないので，原判決中控訴人の敗訴部分を取り消した上，被控訴人の請求（附帯控訴を含む。）を棄却することとし，主文のとおり判決する。
（裁判官大内俊身佐藤武彦田代雅彦）
〔参考〕第１審東京地裁平成９年（行ウ）第57号平成13年５月25日判決
主文
一被告が原告の平成元年一〇月一日から平成二年三月三一日までの事業年度の法人税について平成六年七月二九日付けでした更正処分のうち、所得金額金三三億九八九六万五四八九円、課税土地譲渡利益金額金〇円、納付すべき税額金一〇億九五九八万一一〇〇円をそれぞれ超える部分及び重加算税の賦課決定処分を取り消す。
二原告のその余の請求を棄却する。
三訴訟費用はこれを一〇分し、その四を原告の負担として、その余を被告の負担とする。
事実及び理由
第一 原告の求めた裁判
一主文第一項同旨
二被告が原告の平成三年四月一日から平成四年三月三一日までの事業年度の法人税について平成六年七月二九日付けでした更正処分のうち、所得金額金一二七億一五〇四万九八二二円、納付すべき税額金四三億九九四六万二〇〇〇円を超える部分及び過少申告加算税金一七六八万五〇〇〇円を超える部分の賦課決定処分を取り消す。
三被告が原告の平成三年四月一日から平成四年三月三一日までの課税事業年度の法人臨時特別税について平成六年七月二九日付けでした更正処分のうち、課税標準法人税額金四七億六五一四万二六〇〇円、納付すべき税金一億一九一二万八六〇〇円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
第二 事案の概要
本件は、原告の平成元年一〇月一日から平成二年三月三一日までの事業年度（以下「平成二年三月期」という。）の法人税について被告が平成六年七月二九日付けでした更正処分及び重加算税賦課決定処分、原告の平成三年四月一日から平成四年三月三一日までの事業年度（以下「平成四年三月期」という。）の法人税について被告が平成六年七月二九日付けでした更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分、原告の平成四年三月期の法人臨時特別税（「湾岸地域における平和活動を支援するため平成二年度において緊急に講ずべき財政上の措置に必要な財源の確保に係る臨時措置に関する法律」に基づくもの。）について被告が平成六年七月二九日付けでした更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分につき、原告が、これらを不服として右各処分の取消しを求めている事案である。
一法令等の定め
１ 租税特別措置法（以下「措置法」という。）六三条一項（平成三年法律第一六号による改正前のもの。）は、法人が土地の譲渡等をした場合には、当該法人に対して課する各事業年度の所得に対する法人税の額は、法人税法の所定の規定により計算した法人税の額に、当該土地の譲渡等に係る譲渡利益金額の合計額に一〇〇分の二〇の割合を乗じて計算した金額を加算した金額とする旨規定しており（以下右規定による課税を「土地重課」という。）、土地重課が課される場合として、他の者から取得した土地又は土地の上に存する権利で、短期所有土地等に該当するものの譲渡（賃借権の設定その他契約により他人に土地を長期間使用させる行為で政令で定めるもの等を含む。）を挙げている（同項一号）。
２ 措置法六三条一項にいう「短期所有土地等」とは、法人が昭和六二年一〇月一日から平成二年三月三一日までの間に土地の譲渡等をした場合においては、当該法人がその取得をした日から引き続き所有していた土地等で所有期間（その取得をした日の翌日から当該土地の譲渡をした日の属する年の一月一日までの所有期間とする。）が五年以下であるものをいう（措置法六三条二項、七項）。
３ また、措置法六三条一項にいう「譲渡」について政令で定めるものとしては、借地権設定の直前における土地の価格のうち当該価格から借地権設定の直後における土地の価格を控除した残額の占める割合が一〇分の五以上となる場合が該当する（租税特別措置法施行令三八条の四第一項、法人税法施行令一三八条一項一号）。
二前提事実（〈証拠略〉）
１ 原告は、不動産業を営む法人であり、土木建物の管理、賃貸、売買、仲介及び鑑定等を目的とする株式会社である。
２ 本件における係争取引の概要
（一）原告は、昭和六〇年三月五日、別紙物件目録Ｉ〈略〉記載の土地（以下「本件土地」という。）を購入し、同年一〇月三一日をもってその取得の日とした。その後、原告は、右土地上に、同目録II〈略〉記載の建物（以下「本件建物」といい、本件土地と併せて「M物件」という。）を建築して所有していた。（二）原告は、株式会社J（以下「J社」という。）との間で、平成元年一〇月二日、[1]原告がJ社に対して、本件建物を代金三九億九三三一万円（消費税を含む。）で譲渡すること（以下「本件売買」という。）、[2]J社が原告から本件土地を賃借し、原告に対して賃借権（以下「本件借地権」という。）設定の対価として一二億九六八九万四〇〇〇円（所有権価格の四五パーセント）を支払うことを内容とする契約書を作成して売買契約を締結した（以下、右契約を「本件売買契約」という。）。
（三）本件売買契約書には、以下の特約（以下「本件特約」という。）が記載されていた。
（１） J社と原告は、別紙物件目録III〈略〉記載の土地及び建物の売買契約（以下「L売買契約」という。）を別途締結することを前提に、本件売買契約を締結するものであることを確認する。
（２） J社は原告に対し、平成二年三月末日までに、左記事項の全てを完了の上、J社・原告間にて売買契約を締結する。
記
ア 別紙物件目録III—２〈略〉記載の土地（東京都目黒区<略>五五六番一一（Ｆ所有）及び同所五五六番一二の土地（Ｇほか五名（以下「Ｇら」という。）による共有）、面積合計三五二・六九平方メートル。以下「五五六番一一の土地等」という。）について追加買収すること。
イ 同目録III—３〈略〉記載の土地（同所五五五番二及び三の土地、面積合計三八七・七二平方メートル。以下「五五五番二の土地等」という。）の所有者であるＡ他三名（以下「Ａら」という。）と、同目録III〈略〉記載の建物を共同にて建設し、賃貸事業を行う旨の共同事業契約を締結すること（以下、ＧらおよびＡらとの共同事業により建設されるビルを「L共同ビル」という。）。
ウ 同目録III〈略〉記載の建物の建築確認を取得すること。
（３） J社が、前項所定事項をその期間内に完了し、同目録III〈略〉記載の物件につき売買契約を締結することができない場合は、理由の如何にかかわらず、J社は原告に対し、違約金として金二三億円（以下「本件違約金」という。）を直ちに支払う。
（４） J社は原告に対し、前項の違約金の担保として、N銀行P支店の定期預金に当該銀行の許可を得て質権を設定し、預金証書を原告に引き渡す。
（四）その後、J社は、本件特約（２）を履行することができず、平成二年七月四日、原告に対して金二三億円を支払い、原告はこれを同年一一月三〇日に雑収入として益金の額に計上した。
３ 原告の平成二年三月期及び平成四年三月期の法人税並びに平成四年三月期の法人臨時特別税に関して原告がした確定申告等、右に関して被告がした各更正処分（以下「本件各更正処分」という。）及び各加算税賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」という。）の経緯は、別表一ないし三〈略〉記載のとおりである。
４ 原告は、本件各更正処分及び本件各賦課決定処分（以下「本件各処分」という。）をいずれも不服として、平成六年九月一六日、国税不服審判所長に対し、本件各処分について審査請求をしたが、同所長は、平成八年一二月九日付けでこれらをいずれも棄却する旨の裁決をした。
三本件各処分の適法性に関する被告の主張
１ 原告は、本件土地について、昭和六〇年一〇月三一日をもって取得の日としていることから、右から五年以内の期間内である平成元年一〇月二日に本件土地を譲渡すれば、土地重課の対象となる。そこで、原告は、本件売買契約に際し、以下のとおり、土地重課を免れるための操作をした。
（一）本件土地の所有権自体の譲渡とはせずに、本件土地に借地権を設定した。
（二）本件特約により、借地権設定の対価の一部を本件違約金と仮装して、表面上の対価を一〇分の五未満とし、政令に定める場合に該当しないようにした。（三）原告は、平成三年一〇月二四日に本件土地の底地権を譲渡し、底地権の譲渡も土地重課の対象とならないようにした。
２ 平成二年三月期の法人税に係る処分について
（一）被告が本訴において主張する原告の平成二年三月期の所得金額は次表１[9]、法人税額は次表１[12]のとおりであり、その計算内訳は次のとおりである。（表１）
（二）表１[4][6]について
原告が平成二年一一月三〇日付けで本件違約金として不動産販売業収益に計上した二三億円は、原告が株式会社Jとの間で平成元年一〇月二日に締結した本件売買契約における本件土地の借地権の代金の一部であるから、平成二年三月期に収益として計上すべきである。
そうすると、本件借地権の設定は、措置法六三条一項一号の短期所有土地等の譲渡に該当することとなる。すなわち、別紙計算表（一）〈略〉のとおり、本件売買契約書記載の本件借地権設定の対価一二億九六八九万四〇〇〇円（同表[1]）が、所有権価額の四五パーセントであることから（本件売買契約書第二条）、更地価額は二八億八一九八万七〇〇〇円（同表[2]）となり、これに本件違約金二三億円（同表[3]）を加算すれば、本件借地権の設定の直前における本件土地の価額は五一億八一九八万七〇〇〇円（同表[4]）となる。他方、本件借地権の設定の直前における本件土地の価額（同表[4]）から本件借地権の設定の直後における本件土地の価額一五億八五〇九万三〇〇〇円（同表[5]、いわゆる底地価額）を控除すると、その残額は三五億九六八九万四〇〇〇円（同表[6]）となる（これは、本件売買契約書記載の借地権設定の対価である右一二億九六八九万四〇〇〇円及び本件違約金二三億円の合計額でもある）。そして、右三五億九六八九万四〇〇〇円（同表[6]）を五一億八一九八万七〇〇〇円（同表[4]）で除すると、その割合は、一〇分の五以上となる。そこで、被告は、右の認定に基づき、平成二年三月期について本件違約金二三億円を益金の額に算入し、右益金に対応する原価一二億六九二二万五〇〇九円（同表[8]）を損金の額として減算することにより同期の所得の金額及び法人税額の再計算を行うとともに、別紙計算表（二）〈略〉のとおり、課税土地譲渡利益金額（同表[7]）に対する税額二〇パーセント（同表[8]）を増加させることとした。なお、平成三年三月期については、右の平成二年三月期の更正処分に伴い、益金の額に算入されていた本件違約金二三億円を益金の額から減算する更正処分をした。
（三）原告には、本件借地権の設定対価を本件違約金とする仮装行為の事実が認められる。すなわち、原告は、本件売買契約を締結した当時、違約金として二三億円を原告に支払うとする本件特約を設け、本件借地権の設定の対価の額からこの額を除外して土地重課を免れるよう画策し、本件借地権の設定の対価の額が短期所有土地等の譲渡の要件に該当しないものとして法人税を過少に申告していたことが認められるところ、このような原告の行為は、国税通則法六八条一項に規定する「課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装したところに基づき納税申告書を提出していたとき」に該当するものである。
３ 平成四年三月期の法人税に係る処分について
（一）被告が本訴において主張する原告の平成四年三月期の所得金額は表２[12]、法人税額は表２[15]のとおりであり、その計算内訳は次のとおりである。（表２）
（二）表２[2]について
本件土地の帳簿価額のうち一二億六九二二万五〇〇九円が既に平成二年三月期の更正処分において本件借地権の譲渡原価として損金の額に算入されることとなったため、同額につき平成四年三月期の損金算入を否認する更正処分をした。（三）なお、表２のうち、[3]ないし[6]、[13]については当事者間に争いがない。
４ 以上によって計算された所得金額、法人税額、法人臨時特別税額及び加算税額は、別表一ないし三〈略〉に記載したものと同額であるから、本件各処分は適法である。
四争点
本件の争点は、[1]原告がJ社から違約金名下で受領した金員は、本件売買契約における本件土地の借地権の設定の対価の一部を違約金と仮装したものであるといえるかどうか、[2]右金員が借地権設定の対価の一部であるとした場合、本件特約に係る対価の収益計上時期は平成二年三月期とすべきか否かという点であり、これらの点に関する当事者の主張は以下のとおりである。
（被告の主張）
１ 本件違約金の性質
本件売買契約には、以下で述べるとおり不自然な点があり、また、その他の事情も考慮すれば、本件違約金は、本件借地権の設定の対価の一部であるというべきである。
（一）本件売買契約の不自然な点
（１） 契約書の第二条には、本件借地権設定の対価を明示した上、「所有権価格の四五パーセント」とする旨の記載があるが、通常、借地権設定の対価を明記することはまれであることに加え、「所有権価格の四五パーセント」と明記していることは、土地重課が意識されていたことを推認させるものであること。なお、本件土地の取引時点の同地区の借地権割合は一般的に六〇パーセントとなっているから、本件売買契約における借地権の右評価割合そのものも合理的でない。
（２） 本件特約は、本件土地及び本件建物とは全く別個の物件であるL共同ビルに関する特約条項であって、本件売買契約の他の条項と関連性がなく、唐突であること。
（３） 本件特約により、J社は、六ケ月という短期間に実現するには困難な義務を負わされるのに対して、二三億円という多額の違約金が課されており、このような条件を設定することは、経済人の行為として、不合理・不自然であるから、当事者間においては、当初からそのような条件の履行は実行不可能なものとして、すなわち、本件違約金は本件売買契約当時から無条件で原告が収受できるような仕組みになっていたことを強く推測させること。
（４） J社は、本件違約金の支払の担保として、定期預金に質権を設定しているが、L共同ビルについていまだ売買契約が締結されていない状況の下で、このように資金を固定化することは、通常の商取引からして不自然であること。
（二）その他の事情
（１） Ａらは、本件売買契約の締結日と同じ日に、独自のビルの開発を行うべく、他の建設会社と開発に係る協定書を締結していることから、本件売買契約が締結された当時、J社が本件特約にあるL共同ビルを建設することは事実上不可能な状況にあったこと。
（２） 原告が昭和六〇年三月に本件土地を取得した際の価格である一七億二八〇七万一〇〇〇円に、相続税路線価を基準とした地価上昇率を乗じると、平成元年一〇月当時の本件土地の価格は五一億〇五一五万円と算出されるところ、本件売買契約の契約書上の本件借地権設定の対価を借地権割合で除すことにより得られる本件土地の価格である二八億八一九八万六六六七円は、右算出価格に比較して著しく低廉であること。そして、右価格に本件違約金を加算して計算した本件土地の価格は五一億八一九七万七〇〇〇円であり、右算出価格に近似すること。
（３） 原告内部においては、本件土地及び本件建物に関する譲渡予定価格として、昭和六二年一〇月二二日付け取締役会においては一〇六億二二四〇万円と報告され、また、「L取引価額折衝経過」と題する資料には、昭和六二年一二月ころの段階で、九三億五七〇〇万円との記載があること。
２ 本件特約に係る対価の収益計上時期
（一）本件違約金は、本件売買契約当時において原告が無条件で収受できるような仕組みになっていたことは前記のとおりであり、本件売買契約締結当時、L売買契約の締結を行うことは、事実上不可能であったものであるから、本件特約に係る対価は本件借地権の設定の対価の一部というべきであり、右対価は、平成二年三月期の収入として計上されるべきである。
（二）仮にL売買契約の締結が、履行不可能であったとはいえないとした場合であったとしても、本件特約が、本件契約第二条と相まって、M物件について独立して契約する場合における本件借地権設定の対価の額を明確に定めている以上、その対価の額自体は当事者間で確定しているのであって、あとは、その支払いを金銭で行うか、後に行われる別件売買契約において支払うべき代金の額を減額することによって行うかが問題になるにすぎないのであるから、右の附款は、対価自体に関するものではなく、その支払方法に関するものと解するのが相当である。
また、仮に、右の附款が、対価の額自体に関する条件であると解するとしても、本件特約の内容が実行不可能ともいえる過酷な内容となっていることや、原告が、本件売買当時から本件違約金の支払いの担保として定期預金に質権を設定し、資金を固定化していることなどからみて、当事者間においては、L売買契約が現実に締結されることを予定していたとは解されない。したがって、右附款が対価の額自体に関する条件であるとすれば、それは、本件借地権設定の対価を原則として本件契約第二条所定の一二億九六八九万四〇〇〇円に二三億円を加えた金額とするが、仮に万が一L売買契約が締結されることがあれば、右対価の額を二三億円減額するという趣旨の解除条件と解するのが相当である。
（三）本件特約における附款の意味を、前記（二）のように支払方法に関する附款と解すると、その収益計上時期が平成二年三月期であることは疑いがないが、これを対価にかかる解除条件と解すると、その収益を平成二年三月期の収益として計上すべきか、解除条件不成就が絶対的に確定する翌事業年度の収益として計上すべきかが問題となる。
法人税法における損益の認識基準については、法人税法二二条四項の規定からすれば発生主義が妥当であると解すべきである。すなわち、所得の発生の時点については、所得の実現の時点を基準とすべきであり、原則として、財貨の移転や役務の提供などによって債権が確定したときに収益が発生する（権利確定主義）と解すべきである。
また、税法上所得金額の算定に当たっての帰属年度の決定は、益金となるべき事実関係が単に生じたというにとどまらず、一定の経済的利益の変動が金額、安定性等の面で課税適状にあるとみられる程度に「確定」した段階に至った時期によるべきである。
これを本件違約金についてみると、本件の事実関係においては、[1]L売買契約が締結されることが確定的に履行不能とまでいえないとしても、現実にほとんど考えられないこと、[2]本件売買契約は、M物件の建物の所有権の移転及び本件土地に借地権を設定することを目的とするものであり（本件売買契約第一条）、現実に右建物の所有権の移転及び本件土地に借地権が設定され、平成元年一〇月二日、右建物が原告からJ社に引き渡されていること、[3]原告は、右売買代金を受領するとともに、質権が設定された定期預金の預金証書の引き渡しを受けることによって、本件違約金についても管理支配していたものと認められることなどからみて、原告がその平成二年三月期において本件第一八条特約に係る対価を得ることは確実であり、原告の収益は経済的実態において三五億九六八九万四〇〇〇円と「確定」していたということができる。
（原告の主張）
１ 本件違約金の性質
（一）本件特約に基づく違約金の支払は、M物件敷地の借地権の設定の対価の一部であるという被告の主張は、以下の理由により誤りであるというべきである。
（１） 被告は、本件売買等契約を締結した当時、L共同ビルを建設することは事実上不可能であったと主張する。しかしながら、原告は、右当時、Ａらが独自にビルを開発すべく他の建設会社と協定書を締結していたことを認識しておらず、J社からそのような報告を受けていなかった。
（２） 原告は、J社からL共同ビルを一二三億円で買受ける予定であったところ、本件違約金の二三億円は、その二〇パーセント以内の金額であり、違約罰として妥当な水準である。また、本件違約金は、L共同ビルを取得し不動産小口投資商品として分譲した場合の得べかりし利益という観点から算定したものである。
（３） 本件特約において、J社名義の定期預金に質権を設定することは、L共同ビルの完成と原告への売渡しの証として、J社から提案されたものであり、原告としてもL共同ビルの実現を担保するためにその提案を受け入れたものである。
（４） 本件建物の譲渡価額及び本件借地権の設定の対価の額は、本件売買契約当時の鑑定評価額及び土地取引事例等を参考にして、国土利用計画法で認められる価額を設定し、原告とJ社との協議の結果合意したものである。
仮に被告の主張に従うとすれば、本件土地の当時の更地価額は、坪当たり金四五六万六〇〇〇円となるが、これは当時の鑑定評価額及び取引事例に照らし約一・五倍の高値であり、不動産取引精通者間でこのような取引が行われるはずがない。被告は、路線価の上昇率を参照して本件土地の時価を算定しているが、路線価の動きが取引相場よりも遅れることは公知の事実であるから、合理的とはいえない。取締役会に付議されたM物件の価格及び「L取引価額折衝経過」の内容は、いずれも本件売買契約が締結される約二年前のものであること、前者は一般需要者に分譲する場合の収支予想を作成するため暫定的に設定したものであること、後者についても、M物件の譲渡価格を確定したものではないことからすれば、これらをもって価格を認定することは相当ではない。
（５） J社の代表取締役Ｃは、本件建物等の取引に関して原告と係争中の当事者であり、また、原告の元第三事業部長Ｂは、J社から多額の金品を受けその見返りとして事実に反する証言をしているものであるから、両名の申述の信憑性はない。（二）本件の経緯
本件売買契約は、単独で締結されたものではなく、M物件とL共同ビルの売買が、相互売買を意図する経緯において締結されたものである。相互売買とは、契約当事者において、片方の売買では締結するのに十分な動機・誘引がなく、もう一方の売買と交換的に取引されることによって事業利益が得られるとみなされて契約締結の動機・誘因となっているものである。
原告とJ社との間では、昭和六二年ころから、J社が<略>に所有する土地にJ社がインテリジェントビルを建設して原告がこれを買受けることと、原告が所有する物件をJ社が買受けることとを、相互売買の形で行うことが検討されていたが、当時は契約の意図が表明された段階に過ぎなかった。J社は、昭和六三年二月ころ、同社所有土地のみを敷地としたビル（以下「L小案」という。）の建設に着工した。しかしながら、原告においては、<略>に建設されるビルは、周辺土地と一体開発するなどして国道二四六号線との接面を十分に確保し、賃貸ビルとして十分な魅力があるものでなければならないとの方針があったため、J社の所有土地に加えて、Ａらの所有に係る五五五番二の土地等と、Ｇらの所有に係る五五六番一一の土地等をもその敷地としたビル（以下「L大案」という。）でなければ買受けないことをその方針としていた。
そこで、J社は、L大案の実現に向けてＡらとの共同事業について交渉し、ビルの設計変更などを行っていたが、Ａらとの交渉の進展が思わしくないので、原告もこれに関与することとし、昭和六三年一二月には、原告との間で、Ａら所有地に建設する建物を原告へ一括賃貸することを主たる内容とする共同事業に関する基本的な合意書を取り交わした。そして、J社は、その後もＡらとの間で契約条件に関する交渉をしたが、平成元年六月ころになっても、事業比率（土地建物の共有比率）をめぐって合意に達しなかった。しかしながら、J社はこの時期においても引き続き交渉を行う意図を有しており、L大案が実現しない状況であると原告に伝えたことはなかった。
このような状況のもと、J社は、相互売買が成立せず、M物件が取得できなくなることを恐れ、売買契約の書面化を求めた。これに対して、原告は、L大案による詳細な契約条件を設定することができない状態であったことから、それが実現することを前提として、買収価格、事業収益予想等を試算し、その買受申込書をJ社に差し入れるとともに、M物件に関して売買契約を締結することとした。
以上の経緯から明らかなとおり、本件売買契約は、将来においてL大案によるL売買契約が成立することを前提にしており、あくまで相互売買契約を企図して締結されたものである。原告は、M物件の売却価格につき、L大案の実現による事業利益の見込みを背景として、市場価格の幅の中で原告としてできる限り低い価格を選択して取引価格を決したのである。したがって、L売買契約（あるいはその事業利益）は、M物件の売買契約といわば対価関係にあるというべきであり、単純な個別の契約による場合は、M物件の価格が本件売買契約の代金よりも高くなっていた可能性は否定しない。原告は、当時、賃貸資産保有拡大を経営方針としており、一時的に生じる不動産売却収益を継続的に生じる賃貸収益へと転換する取引を行ったのであって、M物件単独での売買を行うつもりはなく、J社もこのことを認識していた。そして、原告は、本件売買契約を締結するに当たって、L大案によるL売買契約が実現せず、右の対価関係が崩れることを慮って、本件特約を挿入し、本件違約金に関する条項を設定したものである。
以上のとおり、本件特約は、仮装の条項ではなく、相互売買契約を企図するときの相互性に関する違約条項（条件とされたプロジェクトの実現の債務不履行についての違約条項）である。
（三）被告は、原告は土地重課を免れるために、既に確定的に成立しないことが決定していたＡらとの間に計画されたL大案があたかも未だ成立するかのごとく仮装し、本件売買契約における借地権設定の対価をごまかしたと主張している。しかしながら、もし原告がL大案が確定的に不能であると知っていたならば、取引の対価の一部を不動産売買では極めて異例な違約金とすることに意味はなく、単に違約金相当額を土地の対価に加算したうえで借地権割合を五割未満とすれば足り、土地の対価を減額する必要はなかったのである。したがって、原告には、被告が指摘するような事実の隠ぺい、仮装の必然性はまったくない。
また、被告の主張は、本件違約金が何故土地譲渡対価のうちの底地価格の一部ではなく本件借地権価格の一部であるのか何ら明らかにしておらず、恣意的である。
２ 本件特約に係る対価の収益計上時期
被告が債権が確定したとみるべき根拠として主張する各事情をもってしても、本件違約金の支払が確定したことの理由とはならないというべきであり、本件違約金が本件売買契約を締結した日に確定するとの主張は不当である。
第三 当裁判所の判断
一事実認定
〈証拠略〉によれば、以下の事実が認められる。
１ 原告は、昭和六一年一〇月ころ、東京都目黒区<略>五五五番五、五五六番九、五五六番一三の土地の共有持分を有していたところ、右一団の土地は、土地の形状及び国道との接道状況が優れなかったことから、隣接する同所五五五番一の土地（以下「五五五番一の土地」という。）と一体化して開発することを検討し、右土地の所有者であった株式会社Qに対して買入れを打診したが、同社から了解は得られなかった。
J社は、不動産の売買等を目的とする会社であり、昭和五九年に原告の子会社が所有地を売却する際に仲介を行って以来原告と取引を行っていたところ、その代表取締役であったＣは、昭和六一年一一月ころ、原告から右の件を聞き及んだので、五五五番一の土地につき、株式会社Qとの間で買収することを交渉し、その結果、同社はJ社に右土地を譲渡することを了解した。そして、J社は、右土地につき、昭和六三年一月三〇日受付の登記により所有権移転請求権仮登記を得た。なお、この間、原告が共有持分を有していた右五五五番五ほか二筆の土地については、昭和六二年四月二四日受付の登記により、株式会社Rの所有名義となり、その後、平成元年四月七日受付の登記により、J社の所有名義とされた。
２ 原告とJ社は、昭和六二年三月二四日、両社が五五五番一の土地、五五五番五、五五六番九、五五六番一三等の土地（面積合計約八二三平方メートル）に共同でインテリジェントビルを建設する事業を行うことを目的とする旨の「協定書」（〈証拠略〉）を締結した。右協定書においては、設計管理は株式会社S等が行うこと、建築施工会社はT株式会社等の共同事業とすること、基本設計及び仕様が決定される時点を昭和六二年六月上旬とし、その時点において、売買金額、支払条件、契約時期等の諸条件を協議し、合意の上、別途売買契約書を締結するものとされていた。
３ Ｂは、昭和六二年当時、原告のデュエット事業本部第三事業部長の職にあり、<略>の土地の開発を担当していたところ、ＢとＣとの間においては、<略>の土地及びその敷地上にJ社が建設した建物を原告がJ社から譲り受けることと、原告が所有する他の物件をJ社へ譲渡することとを同時に行うという、相互取引の形をとることが話し合われていた。
右取引において、原告がJ社に譲渡する物件としては、当初、千葉県に所在するUゴルフ場用地が検討されたが、次いで、原告が昭和六一年ころから既に販売を開始していたマンションである「V」の一部住戸（以下「Vマンション」という。）が候補として検討された。
他方、原告の第二事業部においては、M物件の建設が計画されており、昭和六二年一〇月二二日の定例取締役会においてその建設案（〈証拠略〉）が付議され、建設が了承された。右建設案における収支予想では、M物件の一般への分譲による売上高として一〇六億二二四〇万円（土地が六八億五五九六万一〇〇〇円、建物が三七億六六四三万九〇〇〇円）が計上されていた。
しかるところ、Ｂは、Vマンションにおいて譲渡可能な戸数が当初の見込よりも大幅に減少したことから、M物件もJ社への譲渡物件の候補とすることとし、部下のＨをして、昭和六二年一二月ころ、「L取引価格折衝経過」と題する書面（〈証拠略〉）を作成させた。
右書面には、同年一二月二二日時点において、Vマンション（一二戸）の価格が二五億七〇〇〇万円、M物件の価格が九三億五七〇〇万円、<略>の土地建物及び利益の合計が八三億七七〇〇万円との記載があった。また、M物件の専有単価の計算において、昭和六二年一〇月二三日の欄に「五五〇〇千円／坪（重課分五五〇千円／坪のうち五〇〇千円／坪Down）」、同年一一月一四日の欄に「五四五〇千円／坪（重課分五五〇千円／坪を六〇〇〇千円／坪から差引）」との記載があった。
また、原告は、そのころ、「Lプロジェクト事業組」と題する書面（〈証拠略〉）と同趣旨のものを作成した。右書面には、M物件について、評価価格が九三億五七〇〇万円、取引価格が八二億一三〇〇万円、<略>の土地建物について、評価価格が八三億七七〇〇万円、取引価格が六八億八〇〇〇万円とそれぞれ表示されていた。（なお、原告は、「Lプロジェクト事業組」と題する書面（〈証拠略〉）のうち、中央部にある「簿価圧縮」との文字、およびその上下にある斜線二本を原告が記載したことは否認し、その余の部分も原告によって作成されたものではない旨主張する。しかしながら、右否認部分を除き、「Lプロジェクト事業組」と題する書面と同趣旨の書面を作成したことがあることは、原告の従業員である証人Ｅの証言から認められる。）
４ 原告とJ社は、右の相互取引について、以下のとおり、それぞれ買受け申込書及び売渡承諾書を作成した。右各書面の作成は、J社が<略>の土地等を担保として金融機関から融資を受けることを主たる目的とするものであった。
（一） <略>の土地（同所五五五番一ほか三筆、合計二四六・七〇坪）及び右土地上の建物（敷地面積二三一・四二坪、以下「L単独ビル」という。）を対象とするもの。
（１） 原告の買受申込書（〈証拠略〉。昭和六二年一二月二六日付け）買受金額は一〇二億七三五〇万円。建物は、昭和六二年一一月一〇日付け建築確認申請図書に基づくものであること。
（２） J社の売渡承諾書（〈証拠略〉。昭和六三年一月八日付け）
（二） M物件及びVマンションを対象とするもの。
（１） J社の買受申込書（〈証拠略〉。昭和六二年一二月二六日付け）買受け金額は、M物件につき一〇六億二〇〇〇万円、Vマンションにつき、二八億三〇〇〇万円。
（２） 原告の売渡承諾書（〈証拠略〉。昭和六三年一月付け）
なお、右の買受申込書及び売渡承諾書における原告側の作成名義は、原告においてデュエット事業本部の担当常務取締役であったＤ名義であった。
５ 他方、原告とJ社は、昭和六二年一二月二六日付けで、「確約書」と題する書面（〈証拠略〉）を作成した。右書面には、前記４記載の各買受申込書に基づく各売買代金は、既に双方で合意した調整価格をもって実施することを確約するとし、調整価格として、L単独ビルについては五〇億〇三〇〇万円、M物件については六五億五八〇〇万円、Vマンションについては一九億九五〇〇万円とする旨の記載があった。
６ J社は、L単独ビルについて、昭和六三年一月二七日付けで建築確認を得て、同年二月ころその建設工事に着工した。
７ ところで、原告においては、建物を賃貸事業物件として取得するに当たっては、投資に対する利回りを高めることが重要視されていたところ、L単独ビルは、<略>五五五番一外の土地を敷地とするものであったが、右一団の土地の南側に位置する隣接地は、容積率を六〇〇パーセントとすることが可能な用途地域であり、また、これをも取り込むことができれば、国道二四六号線への接道部分をさらに拡大することができ、賃貸事業物件としての魅力を極大化できることから、原告とJ社との間では、右隣接地（五五五番二の土地等、面積合計約三八七平方メートル）の所有者であるＡらとの共同ビルを建設するとの案が検討された。さらに、Ａらの所有に係る土地に加えて、右一団の土地の南側に位置するＧらの所有に係る五五六番一一の土地等（面積合計約三五二平方メートル）も含めて一体化し、ビルを拡張するという案（L大案、L共同ビル）が検討された。そこで、Ｃは、Ａらとの間で、共同ビルの建設に関する諸条件についての交歩（ママ）を開始し、その後、原告も直接交渉に関与することとなった。
８ 原告とＡらは、昭和六三年一二月二一日付けで、「基本合意書」（〈証拠略〉）を作成した。右書面においては、[1]Ａらが所有する土地上に、賃貸収益事業用の建物を建設する事業を推進すること、[2]Ａらは、右事業に関する企画業務を原告に委託し、設計管理業務及び施工業務を原告に発注すること、[3]Ａらは、完成した建物を原告に一括賃貸し、原告は第三者に転貸することが合意された。
９ 平成元年四月ころ、M物件が完成し、建物について同年五月一八日受付の表示の登記がなされたが、原告による一般への分譲はなされないままになっていた。
10 Ｂは、Ａらに対して、平成元年六月二〇日、<略>の建物の建設事業に関して、「最終条件書」（〈証拠略〉）を示した。右最終条件書においては、[1]建設する建物の総床面積一六四八・六六坪のうち三五・七二パーセントに当たる五八八・九〇坪をＡらの持分、総床面積の六四・二八パーセントに当たる一〇五九・七六坪を原告の持分とし、[2]Ａらの建設費負担は八億八三三五万円を目標とし、[3]賃料は、建物竣工後一か月後より一坪当たり月額二万二〇〇〇円とし、これに専有床面積を乗じた賃料額を保証する等の条件提示をし、また、この最終条件書に対する最終回答書を平成元年六月二七日までに提出するよう求めるものであった。これに対し、Ａらは、平成元年六月二七日、原告に対し、「（仮称）L共同ビル建設並びに運営に関する条件提示」と題する書面（〈証拠略〉）を示した。Ａらは、この書面において、[1]事業比率については、建物の総床面積一六四七坪の三八・五二パーセントに当たる六三五坪をＡらの持分とし、総床面積の六一・四八パーセントに当たる一〇一二坪を原告の持分とする条件を提示したが、その余の条件については、原告が提示した最終条件書のとおりとし、さらに、同年七月末日までに両者合意に達しない場合はこの共同事業を打切り、別途事業を行うことを表明した。
11 他方、Lビルの建設工事については、着工後、敷地面積の増加を前提にして設計の変更が行われ、それに基づく工事が一部施工されたものの、増築に関する建築申請はされないままになっていた。
そして、工事関係者の打合せにおいては、平成元年六月八日の段階で、施主との打合せにより増築計画は中止するとの報告がされ、同年八月二四日の段階では、区役所の監察係が現場を視察し確認申請図と異なることを指摘したため現状のまま工事を中止することとなり、Ａらとの共同事業の交渉をJ社が再度行うが八月中に結論を出すのはむずかしいとの報告がされた。そして、同年九月二一日の段階では、用途地域の見直し、共同事業化の時期等を考慮し、躯体工事は完全に停止し、現状のまま凍結することとなった。
12 原告は、平成元年八月二五日、L大案を前提として建築されるLビルを総額一二三億円で買い受ける旨の「買受申込書」（〈証拠略〉）を作成し、J社に差し入れた。
また、原告とJ社は、同年八月三〇日、M物件について、借地権割合四五パーセントとして、借地権価格一三億七五二五万三〇〇〇円、建物価格三九億三七〇〇万円、合計予定価格五三億一二二五万三〇〇〇円と記載した国土法所定の土地売買等届出書（〈証拠略〉）を杉並区役所に提出した。これに対し、東京都知事は、同年九月二九日付けで不勧告通知をした。
さらに、原告は、M物件について、O銀行株式会社不動産鑑定部に鑑定評価を依頼し、平成元年九月六日付けで、建物及びその敷地の完全所有権価格六九億六四〇〇万円（土地の再調達原価三四億九〇〇〇万円及び建物の再調達原価三四億七四〇〇万円の合計額）の鑑定評価書（〈証拠略〉）を受領した。
13 原告とJ社は、平成元年一〇月二日付けで、本件売買契約を締結したところ、その内容は、前記第二の二２（二）及び（三）記載のとおりであった。
また、原告は、同日付けで、J社との間で、本件土地について、期間を三〇年、賃料月額を七九二万七六一五円とする土地賃貸借契約（〈証拠略〉）を締結した。さらに、原告は、同日付けで、本件土地の底地権を本件売買契約締結日から三年経過する日の平成四年一〇月二日に一五億八五〇九万三〇〇〇円で売却する旨の原告のＤ常務名義の「念書」（〈証拠略〉）をJ社に交付した。
なお、Ｂは、国税不服審判所に対して、本件売買契約締結当時において、Ａらは別の建設会社との間でＡらの所有土地上にビルを建設する旨の請負契約についての協定書を作成していたと答述している（〈証拠略〉）が、右協定書の存在及びその具体的内容については、これを認めるに足りる的確な証拠がない。また、Ｃの陳述書（〈証拠略〉）中には、本件売買契約締結時には、本件特約の履行は不可能となっていたとの部分がある。しかし、同陳述書（〈証拠略〉）中には、前記10のとおりＡらから原告に対して平成元年六月二七日付けの書面で回答がされてからまもないころ、J社の社員をＡ方に派遣して翻意を促したが断られたとの部分があるものの、同陳述書中には、同社がその後Ａと交渉したことをうかがわせる記載がないし、Ｇら所有地の取得を検討した点についても言及がないが、前記11のとおり、J社は同年八月末ころにおいてもＡらと交渉を予定していたのであり、L物件については、前記７及び後記14のとおり、Ｇら所有地の取得も含めて検討されていたことが明らかであり、証人Ｂの証言中にも、同人が本件売買契約締結時においてＧら所有地の取得の可能性があると認識していた部分があることなどと対比すると、同陳述書の信用性には疑問があるといわざるを得ない。さらに、証人Ｂは、本件売買契約締結時には、Ａらとの共同事業は不可能となっていたと供述しているが、前記11のとおり、J社は独自にＡらと交渉を続けており、それは本件売買契約締結の直前に至ってもうち切られていたとは認め難いから、右供述部分は、同人の認識としてはともかく、客観的事実関係に合致しているか否かは明らかでないと言わざるを得ない。
14 被告は、原告に対して、平成二年二月ころ、原告の平成元年九月末日までの事業年度に関する法人税の調査を行った。
15 J社は、平成二年三月一五日付けで、「状況報告書」と題する書面（〈証拠略〉）を作成した。右書面には、[1]Ａらとの共同事業については、平成二年二月、先方の一方的都合により単独ビル建設に及んだこと、[2]Ｇについては、任意処分の方向で価格交渉を進めており、ここ二、三か月の内に決着する見通しであること、[3]Ｆについては、代替物件を調整中であり、ここ三か月を目途に決着可能であること、[4]原告との間で、本件特約の期間の延長について協議したいことなどが記載されていた。
原告とJ社は、平成二年三月三〇日付けで「覚書」と題する書面（〈証拠略〉）を作成した。右書面には、[1]本件特約から、Ａらとの共同事業を行うことを除外すること、[2]Ｇら所有地について、平成二年六月末日までに売渡承諾書を取得すること、[3]右[2]の交渉状況について月次報告書を原告に提出することなどが記載されていた。
なお、Ｂの平成五年四月九日付け確認書（〈証拠略〉）及びＣの平成五年三月二五日付け聴取書（〈証拠略〉）中には、右状況報告書及び覚書が真実に基づくものではないとの趣旨の部分があるが、右確認書及び聴取書はいずれも後記18のとおりＣの申し出後に開始された本件税務調査の過程において作成されたものであり、しかもＢは原告を退社していたことなど、右両名の立場及び書類作成の経緯に照らして直ちに信用するには躊躇せざるを得ないものである上、Ｃはそれ以前に詳細な陳述書（〈証拠略〉）を作成しているにもかかわらず、このことには何ら触れていない点で不自然というほかないし、原告が本件特約の当初の期限である平成二年三月末日をすぎても二三億円という多額の違約金について担保権の実行をせず、後記16のとおり、右覚書の期限後である同年七月四日に至ってようやく支払を受けていることに照らすと、本件特約は右覚書記載のとおりに変更されたものと認めるのが相当であり、これに反する右確認書及び聴取書の記載は採用できない。
16 J社は、原告に対し、平成二年七月四日、本件違約金として、二三億円を支払った。また、平成二年一一月ころ、L単独ビルが完成した。
17 他方、そのころ、J社は、L単独ビルを原告以外の者に売却することを検討し、その旨の「覚書」「仮契約書」を作成し、原告に対して融資先の斡旋を依頼するなどしていたが、売却には至らなかった。
その後、J社は、Wグループの重鎮であるＩを通じて原告と交渉をし、原告はJ社から、平成三年一〇月二四日、L単独ビルを総額一二九億五三三四万円で買い取ることとなった。他方、J社は、原告から、右同日、本件土地の底地権を一五億八五〇〇万円で買い取り、本件土地につき所有権移転登記を経由した。
J社は、原告に対して、平成四年二月二八日付けで、「通告書」と題する書面（〈証拠略〉）を送付した。右書面の内容は、原告に対しM物件の分譲に協力すること、分譲の時期を失したこと等に起因する損害の賠償をすることを求めるとともに、J社はＢの執拗な要求に応じて金品を交付し、その総額は金二億円に及んでいるとのものであった。
さらに、J社は、原告に対して、平成四年六月ころ、原告はJ社が行うM物件の販売について適正な利益を確保するために協力することを合意したのにこれを怠っていると主張し、原告がM物件を買戻すことを求めて渋谷簡易裁判所に調停の申立てをし、Ｃ作成の陳述書（〈証拠略〉）を提出した。
他方、Ｂは、平成四年五月三一日付けで原告を退社した。
18 被告は、原告に対して、平成五年八月ころ、原告の平成元年一〇月以降の事業年度に関する法人税の調査を行った。右に先立つ平成五年三月二五日、Ｃは、新宿税務署の担当者に対して、原告とJ社との間におけるM物件の売買に対して、「原告は土地重課対策として三年間の土地賃借権譲渡方式を主張し」、「最終的に九三億五七〇〇万円で合意し、賃借権及び建物を五二億九〇〇〇万円、底地代金を三八億八〇〇〇万円とした、内二三億円をLビルの調整金名目として、偽の特約内容に入れました。」と述べた。
二争点についての判断
１ 本件違約金の性質
（一）本件特約は、その文言上、L売買契約を締結するという義務が履行できない場合には違約金を支払う旨の内容となっている。
この趣旨については、前記一で認定した以下の事実、すなわち、原告とJ社とは、M物件の取引と<略>の土地建物の取引とを一体のものとして行うことを予定していたこと、原告においては、L売買契約についてはL大案でなければ締結しないとの姿勢を示していたこと、しかるに、Ａらの土地に関する部分については、本件売買契約当時、共同事業化の目処がたたず、M物件の取引を先行させることとなったこと、Ｂは、Ｇらの所有土地の買収の可能性はないわけではなく、それが成功し利回りが全うできる場合にはＧらの所有土地を加えた敷地に建設したビルを買う余地があると考えていたこと、及び本件特約は、平成二年三月三〇日付けで内容が変更され、Ａらとの共同事業が除外されるとともに、期限が延長されたことなどの諸事実を勘案すれば、当時、本件特約記載のL売買契約が締結できるか否かは不確定の状態にあり、それが履行されない場合に原告に生じる損害を填補することにあると解すべきである。
（二）そうすると、右にいう原告に生じる損害の内容が問題となるが、当時L物件についてL大案を前提とする契約は締結されておらず、原告がそれに向けて何らかの費用負担等をした事実も証拠上認められないのであるから、仮にL大案を前提とする契約が締結に至らないとしても、同物件についての取引自体について原告がJ社に対して多額の違約金を請求し得る根拠は見出し難いところである。この点については、本件特約自体がL大案を前提とした売買予約の性質を有すると解することができれば、その予約不履行に伴う違約金を定めたものとの解釈も可能となるが、ある物件についての売買契約中の特約条項において他の物件についての売買予約をするということは不自然というほかないし、J社が本件特約によって右のような契約を締結すべき法的義務を負ったものと認めるに足りる証拠はない。
他方、原告は、前記一３ないし５で認定したとおり、M物件の売却については、相互取引が検討され始めた昭和六二年当時から、「調整価格」により相互取引を行うことにより、それぞれの物件の売買価格を引き下げることを検討しており、現に、本件売買契約においては、前記一３の当初の収支予想と比較すると、建物代金は二億円余り上回る金額が定められているのに対し、契約当事者間で合意された借地権設定の対価とその土地所有権価格に占める割合から算出した土地の価格は約二八億八〇〇〇万円（別紙計算表（一）〈略〉参照）と四〇億円近くも低い価格となっている。そして、原告も、前記四（原告の主張）１（二）のとおり、本件売買契約の代金は、L大案の実現による事業利益の見込みを背景として、市場価格の幅の中でできる限り低い価格を選択したものであるとし、仮にL大案と無関係に本件売買契約のみが締結された場合には代金が本件売買契約よりも高額になった可能性を否定していない。
これらのことからすると、本件特約記載のL売買契約が締結できない場合に原告に生ずる損害とは、結局のところ、本件売買契約における代金額取り分け借地権設定の対価をL売買契約の締結を前提として低く設定しすぎたことによるものというほかない。そして、このような損害の発生は契約締結の際に代金を条件付きで変動させる旨の合意することにより容易に避けられるのであり、代金の定めを固定的なものとすることにより将来の損害発生のおそれを生じさせた上、その損害を填補するために違約金についての合意をすることは、あえて迂遠かつ拙劣な法的構成を採るものであって、当事者の意思を素直かつ直接的に表現するものとはいい難い。したがって、本件違約金に関する約定は、その各称にかかわらず、条件付きで代金（特にそのうちの借地権設定の対価）を増額する約定であると認めるのが当事者双方の意思に合致するものというべきである。
（三）これに対し、原告は、本件売買契約における措地権設定の対価は当時の客観的な土地価格を前提とするものであって、違約金相当額を借地権設定の対価に含めると、その金額は不相当に高額なものとなる旨主張する。
確かに、前記一12の鑑定評価書は原告の右主張に沿うものであるし、〈証拠略〉によると、平成元年七月ころのM物件周辺の地価公示地における公示価格が坪当たり三〇〇万円程度の水準にあったことが認められ、このことも原告の右主張に沿うものである。
しかし、一般に売買代金の額は、契約当事者が取引に至る一切の事情及び将来の予測に基づいて決定するものであるから、客観的な時価と一致するとは限らないのであり、前記一３のとおり、原告は、昭和六二年一〇月の時点でM物件の土地を六八億円余りで売却することを前提とする収支予測をしているところ、〈証拠略〉によると、東京都区部南西部の住宅地の地価は、全体として、昭和六二年七月一日から昭和六三年七月一日までの間に三・九パーセント、昭和六三年七月一日から平成元年七月一日までの間に六・八パーセント下落したものの、平成元年七月一日から同年一〇月一日までの間には〇・四パーセント上昇していることが認められ、これらの変動率を右収支予測に乗じると、六〇億円余りとなるのであるから、本件売買契約書に記載された借地権設定の対価とその土地所有権価格に占める割合から算出した土地の価格約二八億八〇〇〇万円に違約金の額二三億円を加えた五一億円をもって、当時原告がM物件の土地の価格と考えていたとしても何ら不自然ではなく、原告の右主張は失当である。
２ そこで、本件違約金が借地権の対価の一部であるとして、その収益の計上時期はいつになるかを検討する。
（一）被告は、本件特約は、対価自体に関する附款ではなく、対価自体は確定した上で、その支払方法に関する附款であると解すべきであるとし、仮に本件特約が対価の額自体に関する条件であると解するとしても、本件借地権設定の対価を原則として本件契約第二条所定の一二億九六八九万四〇〇〇円に二三億円を加えた金額とするが、仮に万が一L売買契約が締結されることがあれば、右対価の額を二三億円減額するという趣旨の解除条件と解すべきであると主張する。
しかしながら、前記認定の事実関係からすると、本件売買契約当時、本件特約の内容のうちＡらの土地を利用した共同事業については、その実現がかなり困難な状態にあったものの、関係者全員がそれが不可能なものと認識していたとは認め難く、しかも事の成否はＡらの意向のみにかかっていたのであって、物理的又は法規制上の不都合があったわけではないから、その性質上、特約で定められた期限の最終日に至るまで、その実現の可能性は消滅してはいないというほかない。しかも、本件特約は、当初の履行期限の直前である平成二年三月三〇日付けの「覚書」で変更されてなお存続し、その実行の困難さがやや緩和されたという経緯にかんがみれば、当事者双方ともに、本件売買契約上、M物件について、本件違約金の金額を加算した額において対価が確定していたと認識していたと認めることはできない。また、原告が、本件売買当時から本件違約金の支払の担保として定期預金に質権を設定し、事実上資金を固定化していたとしても、その状態のままでは原告においてこれを自由に処分することはできないのであるから、それは支払を確保するための手段にすぎず、この点をとらえて、本件売買契約当時において、本件違約金についてまで支払義務が発生していたとはいうことはできない。
（二）右のとおり、借地権設定の対価は既に確定していたとは認め難いから、本件特約はその支払方法つ（（ママ））いての附款にすぎないとはいえず、借地権設定の対価についての条件付き合意であるというほかない。
被告はこの条件付き合意の内容を解除条件付きの対価減額の合意であると主張するが、本件特約の文言自体からして、そのように解するのは困難であり、むしろ停止条件付きの対価増額の合意と解するのが素直な解釈というほかないし、解除条件と解する以上はまず代金全額が支払われるべきものであるが、本件においては確実な担保権は設定されているものの条件成就に至るまで条件に係る代金が支払われた事実はなく、しかも当初合意された条件の成否が決まる期限前に条件が緩和されるとともに期限自体も延期されていることなど前記認定の事実関係からすると、本件特約の趣旨をあえて文言に反してまで解除条件付き対価減額の合意と解すべき特段の事情は見当たらない。
したがって、本件特約は、期限までにL売買契約の締結ができないことを停止条件として、本件借地権の対価を増額する旨の附款であると解するほかはない。（三）そうすると、本件特約に係る金員は本件借地権の譲渡の対価の一部であるものの、平成二年三月期においては、財貨の移転や役務の提供により債権が確定したとはいえないから、原告がその余の点において課税標準等又は税額の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺい又は仮装していたか否かにかかわらず、これを平成二年三月期の収益として計上することはできないというべきである。三本件各処分の適法性
（一）平成二年三月期
前記二で判示したところによれば、本件違約金について、平成二年三月期の不動産販売業収益計上もれとして加算することはできないこととなるから、本件各処分のその余の項目を考慮しても、被告がした平成二年三月期に係る本件各処分は違法であるから、原告主張の限度で取消しを免れない。
（二）平成四年三月期
被告は、平成四年三月期に係る更正処分の所得の計算において、本件土地の取得原価の一部を、不動産販売業原価過大計上分（以下「過大計上分」という。）として加算しており（前記第二の三３（一）表２[2]）、右について、法人税法施行令一三八条一項に基づき、過大計上分は本来平成二年三月期の損金の額に算入されるべきであったと主張する。
ところで、前記認定の事実関係からすると、本件特約は停止条件付きの借地権設定の対価増額の合意であって、その停止条件成就により借地権設定の対価は二三億円増額され、平成二年七月四日にその支払がされたのであるから、遅くともこの時点までに法人税法施行令一三八条一項の適用を受ける借地権の設定がされたものと認めることができる。そうすると、平成三年一〇月二四日に原告がJ社に本件土地所有権を譲渡した時点では、原告が有していた所有権はいわゆる底地権というものにすぎないのであるから、その取得原価として計上し得る額は、それまでに借地権設定をめぐる課税関係がどのようなものであったかにかかわらず、本件土地の取得原価のうち底地権の割合に相当する額、すなわち、本件土地の取得原価から本件借地権の取得原価に相当する額を控除した額に限られるものというべきである。したがって、原告が平成四年三月期において本件土地の取得原価全額を損金に計上したのは本件借地権の取得原価に相当する額の限度で過大な計上というほかなく、前記のとおり、本件違約金を借地権設定の対価とみる以上、本件借地権の取得原価は、別紙計算表（一）〈略〉のとおり、一二億六九二二万五〇〇九円となるから、平成四年三月期に係る更正処分お（（ママ））いて右金額の不動産販売業原価過大計上があるとした点は、その結論において相当であったこととなる。そして、前記第二の三３（一）表２の[3]ないし[6]、[13]については当事者間に争いがなく、同表[7]ないし[11]については、同表[2]ないし[6]の加算に基づく再計算の結果、加算又は減算すべきものであるから、被告がした平成四年三月期に係る本件各処分は適法というべきである。
四結論
よって、原告の請求は、被告が原告の平成二年三月期の事業年度の法人税について平成六年七月二九日付けでした更正処分のうち、所得金額金三三億九八九六万五四八九円、課税土地譲渡利益金額金０円、納付すべき税額金一〇億九五九八万一一〇〇円をそれぞれ超える部分及び重加算税の賦課決定処分の取消しを求める限度で理由があるからこれを認容し、その余の請求は棄却することとし、訴訟費用の負担につき行政事件訴訟法七条、民事訴訟法六一条、六四条本文を適用して、主文のとおり判決する。
（裁判官藤山雅行谷口豊加藤聡）
別紙物件目録Ｉ〈略〉
別紙物件目録II〈略〉
別紙物件目録III−１ないし３〈略〉
別表一の一平成元年一０月一日から平成二年三月三一日までの事業年度の法人税の更正処分等の経緯〈略〉
別表一の二平成元年一０月一日から平成二年三月三一日までの事業年度の課税土地譲渡利益金額〈略〉
別表二の一平成三年四月一日から平成四年三月三一日までの事業年度の法人税の更正処分等の経緯〈略〉
別表二の二平成三年四月一日から平成四年三月三一日までの事業年度の課税土地譲渡利益金額〈略〉
別表三平成三年四月一日から平成四年三月三一日までの事業年度の法人臨時特別税の更正処分等の経緯〈略〉
別紙計算表（一）〈略〉
別紙計算表（二）〈略〉
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報50巻3号1052頁。
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