主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
処分行政庁が平成19年２月６日付けでした原告の平成16年７月分の源泉徴収に係る所得税納税告知処分及び不納付加算税賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は，株式会社である原告が，その従業員持株会に対する貸付金を回収するため，同会が保有する原告の発行済株式を代物弁済により取得したところ，処分行政庁が，当該代物弁済により消滅した債権のうち，取得した株式に対応する資本等の金額を超える部分は「みなし配当」に該当し，原告には源泉徴収義務があるとして，原告に対し，源泉徴収に係る所得税の納税告知処分及び不納付加算税の賦課決定処分をしたことから，原告がこれらの処分の取消しを求めた事案である。
１ 前提事実等（事実は，当事者間に争いがないか，掲記の証拠（書証番号には枝番号を含む。以下同じ。）により容易に認められる。）
（１） 当事者
ア 原告は，総合建設業を営む株式会社である（争いがない）。
イ Ａ持株会（以下「本件持株会」という。）は，その規約（以下「本件規約」という。）により，会員に原告の株式を保有（共有）することを奨励し，その取得を容易ならしめ，もって会員の財産形成に資することを目的として組織された原告の従業員持株会である（〈証拠略〉）。
（２） 代物弁済とこれによる株式の取得
原告は，平成16年７月１日，本件持株会の理事長との間で，本件持株会の原告に対する借入金残高が321億2973万5400円であることを確認した上で，その弁済に代えて，本件持株会が所有する原告の株式（普通株式793万3268株）の所有権の移転を受ける旨合意した（〈証拠略〉。以下上記合意を「本件代物弁済」といい，これによって消滅した本件持株会の上記債務を「本件借入金債務」，原告が取得した上記株式を「本件株式」，原告がした株式取得を「本件株式取得」，本件代物弁済に係る契約書を「本件契約書」という。なお，本件借入金債務及び本件代物弁済の効果の帰属主体や，本件契約書２条に記載された本件持株会による本件株式の「所有」の意義をどのように捉えるかについては，争いがある。）。
（３） 課税処分の経緯等
ア 処分行政庁は，本件代物弁済により消滅した本件借入金債務の額のうち281億4184万0242円は，所得税法（平成17年法律第21号による改正前のもの。以下同じ。）25条１項５号に規定された「みなし配当」に該当し，原告には，同法181条１項に基づき，所得税の源泉徴収及び納付の義務があると認定し，平成19年２月６日，国税通則法（以下「通則法」という。）36条１項２号，67条１項本文に基づき，別表〈略〉「課税の経緯（源泉所得税）」のとおり，原告の平成16年７月分の源泉徴収に係る所得税納税告知処分及び不納付加算税賦課決定処分を行った（以下，それぞれ「本件告知処分」，「本件賦課決定処分」といい，両者を併せて「本件課税処分」という。）。
イ 原告は，本件課税処分を不服として，平成19年４月４日付けで異議申立てをしたところ，処分行政庁は同年６月12日付けで，原告の申立てを棄却する旨の決定をした。
ウ 原告は，上記異議決定を不服として，平成19年７月12日付けで審査請求をしたが，国税不服審判所長は，平成20年６月18日付けで，原告の審査請求を棄却する旨の裁決をした。
（以上アからウまでにつき，いずれも当事者間に争いがない。）
エ 原告は，平成20年12月10日，本件訴えを提起した（顕著な事実）。
２ 被告の主張する本件課税処分の根拠
（１） 本件告知処分の根拠
ア 本件持株会の法的性格
本件規約によれば，本件持株会は，「民法667条１項の定めに基づく組合として組織する」とし（本件規約１条），民法上の組合として設立されたものであることを明らかにしている。
また，本件規約によれば，「本件持株会は，その目的を達成するために，会員のための持株制度の管理，運営及びそれに附帯する事業を行」い（同４条），「会員は，本件規約４条に定める事業運営のため，本件持株会への出資として，原告の株式及び出資金を拠出する」とされており（同19条），民法667条１項が規定する組合契約の成立要件（各当事者が出資を為して共同の事業を営むこと）を充足している上，本件持株会が保有する財産は会員の共有とされており（本件規約22条，24条及び31条等），同法668条が規定する「組合財産は，総組合員の共有に属する」にも合致している。
さらに，従業員持株会が民法上の組合として設立された場合，従業員持株会の稼得した配当所得は組合員への分配を待たず組合員への配当所得として所得税の課税対象となり（いわゆるパススルー課税），組合員が配当所得として所得税の確定申告をすることにより，配当控除（所得税法92条）の適用を受けることができるところ，本件持株会は，原告から支払を受けた原告の決算配当のうち配分済株式（本件持株会が保有する株式のうち，個々の会員の出資に応じて割り当てられ，本件持株会の「会員別持分明細表」に登録され管理されているものをいう。以下同じ。）に係る部分について，「名義人受領の配当所得の調書合計表」を作成するとともに，会員に対し「名義人受領の配当所得の調書」を発行し，本件持株会が民法上の組合であることを前提とした計算処理を行い，パススルー課税の扱いを受けていた。
以上のとおり，本件持株会は，その規約において，民法上の組合である旨自ら明確に宣言するとともに，民法の定めるその要件を充足するものとして組織され，自らを民法上の組合として扱うことによって税法上の利益も享受してきており，原告も，本件持株会に対する決算配当についてそのような前提での税務処理を行ってきたものであるから，本件持株会は，民法上の組合である。
イ 本件代物弁済に伴う「みなし配当」
本件代物弁済により，原告が自己株式である本件株式を取得する一方，株主の本件借入金債務が消滅したのであるから，所得税法25条１項５号が規定する，法人の株主等が当該法人の自己の株式の取得により金銭その他の資産の交付を受けた場合に該当し，同項柱書きにより，本件借入金債務のうち，当該法人の資本等の金額のうちその交付の基因となった本件株式に対応する部分の金額を超える部分は，利益の配当とみなされ（みなし配当），同法24条１項に規定する配当等となる。
本件におけるみなし配当額は，次のとおり，281億4184万0242円となる（〈証拠略〉）。
本件借入金債務の額 321億2973万5400円‥[1]
原告の資本等の金額 502億6800万円‥[2]
（内訳）
資本金500億円，資本積立金（資本剰余金）２億6800万円
本件株式数 793万3268株‥[3]
原告の発行済株式数１億株（〈証拠略〉）‥[4]
本件株式に対応する資本等の金額 39億8789万5158円‥[5]
[2]×[3]÷[4]≒39億8789万5158円
みなし配当額 281億4184万0242円
[1]−[5]＝281億4184万0242円
ウ 原告の源泉徴収義務
原告は，上記みなし配当につき「居住者に対し日本国内において‥配当等の支払をする者」（所得税法181条１項）に該当するから，原告には，同項に基づき，所得税の源泉徴収・納付義務がある。
源泉徴収は，「配当等‥の支払の際‥にしなければならない」（所得税法181条１項）と規定されているところ，代物弁済により債務が消滅した場合もここでいう「支払」に該当するから，本件においては，本件代物弁済により本件借入金債務が消滅した平成16年７月１日に「支払」がされたものといえ，この時に源泉徴収義務が発生し，同項の定めるところにより，同年８月10日が源泉所得税の納付期限となる。
源泉徴収・納付すべき所得税の額は，配当等の金額に100分の20の税率を乗じて計算した金額とされており（同法182条２号），上記イのみなし配当所得281億4184万0242円に100分の20を乗じた56億2836万8048円が，原告において源泉徴収・納付すべき所得税の額となる。
エ まとめ
以上のとおり，原告は，本件代物弁済によるみなし配当所得につき，平成16年７月分として（法定納期限は同年８月10日），56億2836万8048円の源泉所得税を徴収・納付すべき義務を負っていたから，処分行政庁が，通則法36条１項２号に基づき，「所得の種類」を「配当」，「年月分」を「平成16年７月」（「法定納期限」は「平成16年８月10日」），「本税」を「56億2836万8048円」として行った本件告知処分は適法である。
（２） 本件賦課決定処分の根拠
原告は，本件代物弁済に伴い「みなし配当」が発生したことから源泉所得税の徴収・納税義務を負っていたにもかかわらず，法定納期限を経過してもその義務を履行しなかったのであるから，通則法67条１項本文に基づき，不納付加算税を徴収される。そして，不納付加算税の額は，本件告知処分によって原告が納付すべき所得税の額（別表〈略〉「課税の経緯（源泉所得税）」の「本件告知処分等」欄の「本税額」欄に記載されたもの）から１万円未満の端数を切り捨てた金額（通則法118条３項）に100分の10の割合を乗じた金額が不納付加算税の額であるから，本件賦課決定処分は適法である。
３ 本件の争点は，本件代物弁済に伴い「みなし配当」が発生したか否かであり，争点に関する当事者の主張は，以下のとおりである。
（１） 原告の主張
ア みなし配当該当性に係る主張
（ア） 本件持株会は，原告の従業員の財産形成に資することを目的として組織されたものであるところ，本件代物弁済は，多額の債務（本件借入金債務）を抱え危機に瀕していた本件持株会，ひいては，従業員持株制度を維持することにより従業員の福利厚生対策の危機を救済するために行われたものであり，原告にとって，単なる資本取引としての自己株式取得にゆえんするものではないから，所得税法25条１項５号に該当する事実関係は認められない。
（イ） 仮に，本件代物弁済がみなし配当に該当するとしても，本件代物弁済が福利厚生目的でされたものであることからすれば，本件代物弁済において消滅した本件借入金債務の金額には，本件株式を取得するための正当な対価（本来の取得価額）に充てられた部分のみが資本等取引としてみなし配当に該当し，その余の部分は福利厚生費に充てられた損益取引とみるべきである。本件株式の時価は類似業種比準価額によれば１株当たり630円と評価することができ，これを上回る部分についてはみなし配当はなかったものとみるべきである。
イ 本件持株会の法的性格及びこれに関連する主張
（ア） 本件持株会は，その運営実態等に照らせば，人格のない社団の実体を有する団体として実在しており，人格のない社団であるから，仮に，本件代物弁済がみなし配当に該当するとしても，その受給者は社団である本件持株会とされるべきところ，本件課税処分は，本件持株会が民法上の組合であり，会員（組合員）が受給者であることを前提としてされており，受給者を誤っていることから，違法というべきである。
（イ） また，人格のない社団である本件持株会の資産としては，本件株式が唯一のものであり，その時価額（類似業種比準価額である１株当たり630円で算定した49億9795万8840円）と本件借入金債務の額（321億2973万5400円）とを対比すれば，本件持株会は著しい債務超過の状態にあり，以後において収支が改善する見込みもなかったから，債務を弁済することが著しく困難であった。原告は，本件持株会がこのような状態にあることについて会計監査人から是正を求められており，本件持株会がこれを放置すれば，原告としては法的手続をとって債権回収に当たらざるを得なかった。このように，本件持株会は通則法２条10号にいう強制換価手続の執行が避けられない状況にあったから，仮に，本件代物弁済がみなし配当に該当するとしても，所得税法９条１項10号の非課税所得規定が適用される。
（ウ） 被告の主張するように，本件持株会が民法上の組合に該当するとした場合，本件代物弁済によって生じた債務の消滅に係る利益を本件持株会の会員らに分配して計算することは，複雑な清算関係や法律関係が生じるため，不可能である。このことからすれば，本件代物弁済について所得税法が予定しているようなみなし配当課税を行うことはそもそも無理があると考えられる。
仮に，本件持株会が民法上の組合に該当するとして税法上の課税関係が各会員個人に帰属するというのであれば，未配分株式（本件持株会が保有する株式のうち，配分済株式以外のものをいう。以下同じ。）の代物弁済による本件借入金債務の消滅という利得は，本件株式を配分済株式として割り当てられていた当時の会員個人，又は貸付金の実行を受けた本件持株会に対して自身の配分済株式を返還売却しその対価を受け取った当時の会員個人を実質的債務者として，当該会員個人に分配して計算するのが最も公平かつ合理的な税務処理というべきである。本件代物弁済により消滅したことが利得と評価された本件借入金債務は経年により累積，累増してきたものであり，その時々によって会員個人は変動しているから，本件代物弁済当時の会員のみを債務者としてみなし配当課税の責めを負わせることは不公平，不合理である。
（エ） 株式の発行会社と株主との間に本件持株会のような事業体が介在し，当該株主の株式売買が専ら当該事業体との間で行われており，当該事業体と発行会社との間で株式の精算取引（結果的には，自己株式の取得）が行われている場合には，みなし配当課税に係る現行の所得税法の規定（25条１項４号）が定めているみなし配当課税の除外事由と同様に，除外して考えるべきである。
ウ 処分行政庁の担当職員による指導に係る主張
（ア） 本件持株会においては，処分行政庁の担当職員の指導により，本件代物弁済の対象となった未配分株式に対する配当金を各会員個人に分配しておらず，配分済株式に対する配当金だけを分配するシステムを構築していた。このような経緯の下で，本件のみなし配当に係る利得だけを会員個人に分配することは，技術的に困難であり，各会員に納得させるだけの理屈や根拠もないのであるから，これを利得とみてみなし配当の対象とするのは不合理である。
（イ） 本件持株会が未配分株式に対する配当金を会員個人に分配していないのは，処分行政庁の担当職員による事実上の拘束力をもつ税務指導によるものであり，その結果，未配分株式に対する配当金に係る所得税が源泉徴収されたまま，還付金等の取戻しができない状態が20年間継続してきた。このような経緯の下で，上記指導に反する本件課税処分がされたことは青天の霹靂というべき事態であって，本件課税処分は不誠実である。
（２） 被告の反論
ア みなし配当該当性に係る原告の主張について
（ア） 原告は，本件代物弁済が従業員の福利厚生対策としてされていることから，所得税法25条１項５号に該当する事実関係が認められない旨主張する。
しかしながら，仮に，原告が本件持株会との間で本件代物弁済に係る契約を締結するに当たって，従業員の福利厚生を図る目的を併せて有していたとしても，本件代物弁済の時点において，本件持株会の会員ら（本件持株会を民法上の組合と解した場合）又は本件持株会（本件持株会を人格のない社団と解した場合）は，原告に対し本件借入金債務を負っており，本件代物弁済によって本件借入金債務が消滅したという事実関係がある以上，このような本件代物弁済は所得税法25条１項柱書き及び５号が規定する要件を充足し，このことは，原告が本件代物弁済を行った目的いかんによって左右されるものではない。
（イ） 原告は，本件代物弁済において消滅した本件借入金債務の金額には，本件株式を取得するための正当な対価（本来の取得価額）に充てられた部分（資本等取引）のほかに福利厚生費に充てられた部分（損益取引）が混在しているとみた上，本件株式の時価は，類似業種比準価額である１株当たり630円と評価することができることから，これを上回る部分については，みなし配当はなかったことになるとも主張する。しかしながら，所得税法25条１項柱書き及び５号は，株主等が交付を受けた「金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額」が，「当該法人の‥資本等の金額‥のうちその交付の基因となった当該法人の株式‥に対応する部分の金額」を超えるときに，みなし配当が生じる旨を規定しており，取得の対象とされた自己株式に対応する資本等の金額との間で比較の対象とすべきものは，株主等が交付を受けた金銭の額等であるから，法文上，取得の対象とされた自己株式の時価を比較対象としてみなし配当の額を計算すべきものと解釈する余地はない。
なお，この点をおき，仮に，時価を基準としてみなし配当の額を計算することとしても，本件持株会は，本件代物弁済に先立つ平成14年12月20日，Ｄ社に対し，１株当たりの価額を4050円として原告株式を売却しており，かかる取引事例のあることからすれば，原告株式１株当たりの時価は4050円とみるのが相当であるから，原告の上記主張を前提としても，本件告知処分におけるみなし配当の額の計算には何ら誤りはない。
イ 本件持株会の法的性格及びこれに関連する原告の主張について
（ア） 原告は，本件持株会が，民法上の組合ではなく，人格のない社団である旨主張するが，一般に，従業員持株会は，民法上の組合と権利能力なき社団との両方の性格を備えているものとされており，ある従業員持株会がそのいずれであるかは，団体がそれを構成する当事者の意思によって創設・維持されるものであることからすれば，法律行為の解釈に関する一般原則と同様に，当該団体の運営実態等から当事者の意思を合理的に解釈して決するほかない。そして，本件持株会については，前記２（１）アにおいて述べた事実関係に照らし，本件持株会の運営実態等から当事者の意思を合理的に解釈すれば，本件持株会が民法上の組合として組織され運営されてきたことは明らかである。また，源泉所得税に係る納付告知書には，「納付すべき税額」，「納期限」，「納付場所」及び「納付の目的」の記載が要求されているにとどまり（通則法36条２項，国税通則法施行令43条，国税通則法施行規則６条１項），支払を受ける者の氏名や支払年月日等，支払事実ごとに成立，確定する個々の源泉所得税の納税義務を識別するに足りる事項の記載は一切要求されていない。このことからすると，仮に，本件持株会の法的性格が人格のない社団であると解したとしても，本件告知処分は課税要件を満たしており，処分の同一性が欠けることにもならないから，その適法性に影響を与えることはない。以上の点は，源泉徴収制度において，支払者（源泉徴収義務者）は国に対し，一般の納税義務と同列に扱われている源泉徴収義務を負うのに対し，国と受給者（源泉納税義務者）との間には直接の法律関係が存しないこと（最高裁判所平成４年２月18日第三小法廷判決・民集46巻２号77頁参照）からも裏付けられている。
（イ） 原告は，本件代物弁済については，所得税法９条１項10号の非課税所得規定が適用されるとも主張するが，本件持株会は，「資力を喪失して債務を弁済することが著しく困難である場合」に該当せず，また，本件代物弁済も「強制換価手続による資産の譲渡」等に該当しないから，原告の上記主張は失当である。
（ウ） 原告は，本件代物弁済によって生じた債務の消滅に係る利益を本件持株会の会員らに分配することが不可能であることや，そのような処理をすることは本件借入金及びその消滅によって生じた利得と直接関係しない本件代物弁済当時の会員のみに負担をさせることになって不公平であること等を主張する。
しかしながら，本件代物弁済が行われた時点において，本件持株会に所属する会員らを特定することは可能であるから，上記のような計算を行うことも可能であるし，むしろ，本件規約上，本件持株会が民法上の組合とされている以上，組合員が多数で計算が困難であることを理由に分配を拒否することはできないというべきである。また，所得税法25条１項柱書き及び５号が，自己株式の取得の基因となった金銭等の交付を捉えて，みなし配当の発生原因としていることに照らせば，このような金銭等の交付（本件では，本件借入金債務の消滅）が行われるに至った経緯に関与したにすぎない者（本件代物弁済の対象とされた未配分株式の元所有者や本件借入金債務に係る借入金を原資として自身の配分済株式を本件持株会に返還売却した元会員）を対象として課税処理を行うことは，法律上予定されていないというべきである。
さらに，本件持株会は，規約上会員の退職等に伴う構成員の変動を予定しており，そうである以上，本件持株会の債務が長年累積することとなれば，その間に本件持株会の会員の構成に変動が生じることも当然予定されているというべきであり，所得税法が，自己株式の取得の基因となった金銭等の交付を捉えて，みなし配当の発生原因として規定していることにも照らすと，本件借入金債務が累積する過程において構成員の変動が生じているからといって，本件代物弁済時の会員にみなし配当が生じることを「不公平，不合理」などとはいえない。
（エ） 原告は，本件代物弁済については，現行の所得税法の規定（25条１項４号）が定めているみなし配当課税の除外事由に倣い，みなし配当課税の規定の適用対象から除外して考えるべきであるとも主張するが，みなし課税に関する現行法令の規定を無視した主張であって，失当である。そもそも，租税法は，原則として，強行法の性質を持つのであるから，法令の文言上，課税要件の除外事由に該当しないことが明らかであるにもかかわらず，除外事由に該当するものと取り扱うべきことにはならない。
ウ 処分行政庁の担当職員による指導に係る原告の主張について
原告は，本件持株会が未配分株式に対する配当金を会員個人に分配していないのは，処分行政庁の担当職員による事実上の拘束力を持つ税務指導によるものであり，本件持株会では，配分済株式に対する配当金だけを分配するシステムを構築していたことから，本件のみなし配当に係る利得だけを会員個人に分配することは困難であることや，上記指導により，未配分株式に係る配当金は源泉徴収されたまま，還付金等の取戻しができない状態が20年間継続してきたにもかかわらず，本件課税処分がされたのは不誠実であること等を主張する。
しかし，原告の主張する事実関係を踏まえても，上記担当職員は，実務上，未配分株式を会員に割り当てるなどして早期に処理することが求められていることを前提にした上で，未配分株式に係る配当について支払調書の提出が不要であることを述べたことがうかがわれるにすぎない。本件持株会が多数の未配分株式を抱えていたのは，こうした早期の処理を怠った結果にすぎないから，処分行政庁の対応に非難されるべきところはないというべきである。
第３ 争点に対する判断
１ 配当所得及びみなし配当に関する所得税法の規定
所得税法の定める配当所得とは，法人から受ける利益の配当，剰余金の分配等に係る所得をいい（同法24条１項），配当所得の金額は，その年中の配当等の収入金額とされている（同条２項）。
配当とは，一般的には，企業活動によって生じる一定期間の利益の処分として株主等出資者に対してされる利益分配を意味するが，税法上の配当所得の概念は，これよりも拡張されており，本来は利益の配分の性格を持たない基金利息や利益の前払の性格をもつ中間配当を含み，さらに，配当，利子，証券の売却益等各種収益の混合から成る証券投資信託の収益の分配等まで取り込まれ，さらには，会社の正式な決算手続に基づき利益が分配されたものでなくても，実質的にみてそれが出資者が出資者の立場で受ける利益の分配とみられる限りにおいて，配当所得として取り扱うこととされている。一方，人格のない社団等からの剰余金の配当，利益又は剰余金の分配等については，所得税法上の配当所得とはされない（同条24条１項）。
所得税法25条は，形式的には法人の利益配当ではないが，資本の払戻し，法人の解散による残余財産の分配等の方法で，実質的に利益配当に相当する法人利益が株主等に帰属したものと認められる行為が行われたときに，その経済的実質に着目し，これを配当とみなして（みなし配当）株主等に課税する趣旨の規定である。
２ 認定事実
前記前提事実等（第２の１）に加え，〈証拠略〉を総合すれば，本件持株会の設立の経緯等について，以下の事実を認めることができる。
（１） 原告は，総合建設業を営む株式会社であり，その株式が金融商品取引所に上場されていない非上場会社であるところ，原告の従業員持株会として，昭和63年以前には「Ｂ」が存在していた。ただし，本件持株会と異なり，「Ｂ」の会員には原告の役員も含まれていた。（〈証拠略〉）
（２） 昭和63年11月１日，本件規約に基づき，本件持株会が設立された。本件規約等の概要は，次のとおりである。（〈証拠略〉）
ア 本件持株会は，民法667条１項の定めに基づく組合として組織し（１条），会員に原告の株式を保有（共有）することを奨励し，その取得を容易ならしめ，もって会員の財産形成に資することを目的とし（３条），この目的を達成するために，会員のための持株制度の管理・運営及びこれに付帯する事業を行う（４条）。
イ 本件持株会の会員は，原告の総合職をもって構成し（５条），この資格を有する者は，別に定める運営細則の手続によって入会し，会員がこの資格を喪失したときは，自動的に退会するほか，理事長に届け出て退会することができる（６条）。
ウ 本件持株会には，役員として，理事長，副理事長，理事及び監事を置き（７条），理事及び監事は，原告の各本支店所属の会員から候補者を選出し，総会において選任し，理事長及び副理事長は，理事の互選により選任し（８条），理事長が本件持株会を代表し，その業務を執行する（９条）。
エ 本件持株会には，機関として，総会及び理事会を置く（11条）。
このうち，総会は，本件規約に定めるもののほか，規約の改廃，決算の承認，解散及び清算並びにその他理事会が必要と認めた事項を決議し（13条），理事会は，本件規約に定めるもののほか，持株制度の管理・運営に関する事項，運営細則の改廃及びその他会務運営に関する事項を決議する（17条）。
オ 運営
（ア） 会員は，本件持株会の事業運営のため，本件持株会への出資として，会社株式及び出資金（本件持株会設立時に拠出された会員の出資金（以下「運営出資金」という。）並びに積立金，奨励金及び配当分配金（以下，積立金以下３者を一括して「拠出金」という。）をいう。）を拠出し，本件持株会は，拠出された会社株式，運営出資金及び拠出金を，それぞれ「会社株式持分」，「運営出資金持分」及び「拠出金持分」として算出し，「会員別持分明細表」に登録する（19条から22条まで）。
（イ） 本件持株会は，運営出資金及び拠出金によって，退会者の持分返還による株式，会員の持分一部返還による株式，会社の増資による割当株式及びその他関係株主所有の株式を購入し（ただし，運営出資金及び拠出金が不足する場合，原告から借入れを行うことができる。），購入した株式を所定の基準日に会員の「申込株式持分数」に応じて配分計算するとともに，これを「会員別持分明細表」に追加登録する（23条，24条）。
（ウ） 会員は，本件持株会が保有する株式を管理の目的をもって理事長に信託して，株式は理事長名義とし（25条），出資持分に係る権利を他に譲渡又は担保提供することができない（ただし，事前に理事会の承認を得たときは，この限りでない。26条）。会員は，その株式持分について，株式による返還を受けることはできず，退会するときは，その株式持分の全部を本件持株会に売却しなければならない。この場合，本件持株会は，当該会員の株式持分数に本件規約の定める株式評価額を乗じて算出した金額を現金で支払う。（27条，29条）
会員が本件持株会を退会するときは，本件持株会は，当該会員の拠出金持分及び運営出資金持分の全部を現金で返還する（28条）。
カ 解散及び清算
本件持株会は，[1]その目的を達成し，事業を完了したとき，[2]事業遂行が不能となったとき，又は[3]その他これらに準じた状況が生じたときは，理事会の決議を経た上，総会に付議して解散を決定する（30条）。
解散及び清算は，民法その他の法令を準用し，残余財産は，会員のそれぞれの持分に応じて配分する（31条）。
（３） 本件持株会は，保有する原告株式に係る配当を原告から一括して受け取っており，このうち配分済株式に係る部分については会員からの拠出金（上記（２）オ（ア））に振り替え，未配分株式に係る部分については「有価証券配当金」に振り替えて本件持株会の収入としていた。さらに，配分済株式に係る部分については，「名義人受領の配当所得の調書合計表」を作成するとともに，会員に対し，その配分済株式に対する配当金額及びその源泉徴収税額を記載した「名義人受領の配当所得の調書」を発行していた。他方，原告では，本件持株会に一括して支払った配当額及び源泉徴収税額を記載した支払調書を発行していた。（〈証拠略〉）
（４） 本件持株会は，退会者から株式持分を買い戻す場合等に行う不足資金の借入れ（前記（２）オ（イ））につき，原告との間で，昭和63年11月１日付けの協定書を交わしていたが，退会する会員から購入した配分済株式を割り当てるだけの新たな会員の入会や拠出金が確保できない状態となったため，平成８年頃から，未配分株式数及び原告からの不足資金の借入れが増加を続け，平成14年12月20日時点で，原告からの借入金の額は260億円に達していた。こうした状況を受けて，本件持株会は，原告に金利免除や借入条件の変更を申し入れるなどしたほか，同日には，Ｄ社に対し，１株当たりの価額を4050円として原告株式100万株を売却した。（〈証拠略〉）。
（５） 原告と本件持株会は，本件代物弁済を行うに当たり，１株当たりの価額を4050円と定めた上で，その価額に対応する借入債務を消滅させるものとして本件契約書を作成した。また，原告は，平成16年１月１日から同年12月31日までの事業年度の法人税の確定申告時に提出した「所得の金額の計算に関する明細書」には，本件代物弁済につき，「区分」欄に「自己株式取得」，「処分」，「社外流出」欄に「配当281億4184万0242円」と記載した。（〈証拠略〉）
（６） 本件持株会の保有する原告株式の内訳は，平成16年１月１日時点では，配分済株式1082万0851株，未配分株式745万5359株であったところ，本件代物弁済を実施した後である平成16年12月31日時点では，配分済株式988万0469株，未配分株式46万2473株となった（〈証拠略〉）。
３ 本件持株会の法的性格等について
（１） 原告は，本件持株会が，民法上の組合ではなく，人格のない社団である旨主張するので検討するに，一般に従業員持株会については，権利能力なき社団として組織することも，民法上の組合とすることも可能であると考えられるところ，特定の従業員持株会がそのいずれであるかは，一般に団体がそれを構成する当事者の意思によって創設・維持されるものであることからすれば，法律行為の解釈に関する一般原則と同様に，当該従業員持株会の運営実態等から当事者の意思を合理的に解釈して決するのが相当である。
（２） これを本件持株会についてみれば，本件持株会は，これを権利能力なき社団（人格のない社団）として組織することが可能であったと考えられるにもかかわらず，本件規約１条で，あえて民法上の組合として組織することを明確に宣言し，自らを民法上の組合として扱っているところ，昭和63年に実施された本件規約の上記条項は，今日に至るまで改正されていない。また，あえて実体と異なるものとして上記条項を定めなければならない合理的な理由は見当たらず，これをうかがわせる証拠もないところである。
（３） もっとも，本件規約が会員，役員，機関，運営等として定める内容（前記２（２））をみると，独立した組織として原告の従業員（総合職）によって構成され，理事長が代表し，運営の重要な事項は会員から選出された理事会において決定され，その運営に要する費用は，原告から受け取る株式の配当を充当するなど，本件持株会は団体としての組織を備えている。また，総会・理事会は多数決によって議事の決定を行い，議決権の行使については，会員の意思に基づき理事長が代表して行い，株式の購入，売却等の財産の処分は総会において決定するなど，多数決の原則が行われているし，原告の総合職として採用された者は，入会手続を執ることによって本件持株会の会員となり，会社を退職したとき又は退会手続を執ったときに本件持株会を退会することとされ，構成員の変更にかかわらず団体が存続している。さらに，原告との関係では，原告株式は理事長名で本件持株会が単独保有する形をとり，会員はその持分を有し，理事会は，理事長から本件持株会の資産及び運営の状況に係る報告を定期的に受け，これを承認し，配当金は会社から源泉徴収された金額を受領した後，持分に応じて会員に配分し，理事長は会員の選出した理事の互選により決定し，会員は持分を売却したいときは，本件持株会に対して持分の譲渡を行い，持分の購入は，本件持株会が保有する未配分株式を基に，年度ごとに購入可能枠が設定され，会員の意思で持分の譲渡を受けることとされているから，組織における代表の方法，総会の運営，財産の管理等団体としての要点が確定しているといえる。そして，本件持株会においては，実際にも，総会や理事会が開催されるなどの本件規約に従った運営がされていると認められ（〈証拠略〉），これらの特徴をみる限り，本件持株会は，最高裁判所昭和39年10月15日第一小法廷判決（民集18巻８号1671頁）の示した権利能力なき社団の成立要件を充足しているようにもみえる。
（４） しかしながら，上記判決は，法人格のない団体が権利能力なき社団として認められるための必要条件を示したものであって，判示された要件を充足する場合には必ず権利能力なき社団であると解すべきである旨判示したものではないから，本件持株会が上記判決の示した要件を充足するとしてもそのことから直ちに人格なき社団に当たるということにはならない。
かえって，従業員持株会が民法上の組合として設立された場合，従業員持株会の稼得した配当所得は組合員への分配を待たずに組合員への配当所得（所得税法24条）として所得税の課税対象となり，組合員が配当控除（同法92条）の適用を受けることができるのに対し，従業員持株会を人格のない社団として設立した場合には，配当金が従業員持株会から構成員に分配されたとしても，構成員の雑所得（同法35条）となり，構成員は配当控除を受けられないという税法上の扱いの差違があることを受けて，本件持株会は，原告から支払を受けた原告の決算配当のうち配分済株式に係る部分について，「名義人受領の配当所得の調書合計表」を作成するとともに，会員に対し，その配分済株式に対する配当金額及びその源泉徴収税額を記載した「名義人受領の配当所得の調書」を発行する（前記認定事実（３））など，配分済株式に係る部分については，本件持株会が業務に関連して他人のために配当所得の支払を受ける者（所得税法施行規則97条１項参照）であることを前提とした計算処理を行い，本件持株会が民法上の組合であることを前提としたパススルー課税の扱いを受けていたというのである。
こうした本件持株会の運営実態等に係る事実から当事者の意思を合理的に解釈すれば，本件持株会は，税法上の扱いに即して，民法上の組合という組織形態を積極的に選択した上，これに沿った運営が行われてきたことは明らかであり，以上によれば，本件持株会の法的性格は民法上の組合であると認めることができる。
なお，本件持株会は未配分株式も保有しており，本件代物弁済が行われた当時，その数が配分済株式と対比しても相当な割合に達していたことは前記２（６）のとおりであり，これらの株式についてはパススルー課税の扱いを受けていなかったことになる。しかし，会員ごとに管理されている株式（配分済株式）に当たらないものであっても，その出資等の割合に対応した持分が観念でき，これを会員らの共有に属する組合財産とみることが可能である。また，パススルー課税の扱いを受けていないことについても，権利帰属の実体に即した会員らへの割当てをせず，その便益を享受しなかっただけのことであるから，これらの事実をもって，本件持株会を民法上の組合とみることの妨げにはならないというべきである。
（５） 原告は，本件持株会の前身であるＢについて，人格なき社団である旨を判示した大阪地方裁判所の判決（〈証拠略〉）があることから，Ｂの法的性格が人格なき社団であることについて，関係当事者が共通の認識をもち，審理に当たった裁判所も同様の認定判断をしたことが分かるところ，本件持株会の設立に当たって，Ｂの法的地位に変更が加えられることはなかったから，本件持株会も，人格なき社団である旨主張する。しかしながら，上記判決によれば，Ｂが行う社員持株制度は，会員の会社株式の保有を奨励し，その実行を容易ならしめて会員の財産形成に資することを目的とするものであることや，規約上，会員が定年，死亡又はその他の事由により会社を退社するときは，社員持株制度の維持協力のためその時点における持株全部をＢに譲渡しなければならないとされていること等が認定されているものの，Ｂの規約において，本件持株会と同様に，民法上の組合として設立されたことが明記されているか否か，Ｂの会員が配当控除を受けていたのか否かといった点は明らかでない。
そうすると，仮に，Ｂについて，人格のない社団であると評価できる事情があったとしても，民法上の組合であるか否かを判断するための重要な指標となる事情の有無に関し，Ｂが本件持株会と同様であるか否かは不明であり，上記判決をもって，本件持株会も同様に人格なき社団であると判断することはできない。また，制度の目的や，退社の際の持株の処分方法等については，民法上の組合であれ，人格なき社団であれ，認められる事情であるし，規約に民法上の組合として設立されたことが明記されている以上，本件持株会の設立に当たって，関係者において，Ｂの法的地位に変更を加える意図がないということはできず，本件持株会がＢと同様に人格なき社団であったと結論づけることもできない。
（６） 原告は，本件代物弁済によって生じた債務の消滅に係る利益を本件持株会の会員らに分配されたとみることは不可能であり，そのような処理に伴って本件代物弁済当時の会員のみに源泉納税義務を負担させるのも不公平であるように主張する。しかし，まず，本件代物弁済が行われた時点において，本件持株会に所属する会員らを特定することは可能であるから，上記のような計算を行うことも不可能とはいえないし，所得税法25条１項柱書き及び５号が，自己株式の取得の基因となった金銭等の交付を捉えて，みなし配当の発生原因としていることに照らせば，このような金銭等の交付（本件では，本件借入金債務の消滅）が行われるに至った経緯に関与したにすぎない，本件代物弁済の対象とされた未配分株式を割り当てられていた元会員又は自身の配分済株式を返還売却する際，本件借入金債務に係る借入金を原資として対価の支払を受けた者を対象として課税処理を行うことは，法律上予定されていないというべきであるから，原告の上記各主張も失当である。
（７） 以上のとおり，本件持株会の法的性格は民法上の組合とみるべきであり，これと異なる前提に立つ原告の主張（前記第２の３（１）イ（ア）から（エ）まで）はいずれも理由がない。
４ みなし配当該当性に係る原告の主張（前記第２の３ア）について
（１） 原告は，本件代物弁済が従業員の福利厚生対策としてされていることから，所得税法25条１項５号に該当する事実関係が認められない旨主張する。
この点に関し，本件持株会の法的性格等として上記３で認定したとおり，本件持株会が原告の従業員の財産形成に資すること等の福利厚生を目的としていることは否定できない。しかし，そのことに加えて，本件代物弁済による本件借入金債務の消滅が，そのような目的を有する本件持株会ないし従業員持株制度を維持して従業員の福利厚生対策の危機を救済するという性質を有するものであるとしても，本件代物弁済の時点において，民法上の組合である本件持株会の会員らは，原告に対し本件借入金債務を負っており，本件代物弁済によって本件借入金債務が消滅したという事実関係がある以上，本件代物弁済は所得税法25条１項柱書き及び５号が規定する要件を充足しており，このことは，原告が本件代物弁済を行った目的いかんによって左右されるものではない。
（２） 原告は，本件代物弁済において消滅した本件借入金債務の金額には，本件株式を取得するための正当な対価（本来の取得価額）に充てられた部分（資本等取引）のほかに福利厚生費に充てられた部分（損益取引）が混在しているとみた上，本件株式の時価は，類似業種比準価額である１株当たり630円と評価することができることから，これを上回る部分については，みなし配当はなかったことになるとも主張する。しかしながら，所得税法25条１項柱書き及び５号は，株主等が交付を受けた「金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額」が，「当該法人の‥資本等の金額‥のうちその交付の基因となった当該法人の株式‥に対応する部分の金額」を超えるときに，みなし配当が生じる旨を規定しており，取得の対象とされた自己株式に対応する資本等の金額との間で比較の対象とすべきものは，株主等が交付を受けた金銭の額等であって，法文上，取得の対象とされた自己株式の時価を比較対象としてみなし配当の額を計算すべきものと解釈する余地はなく，本件代物弁済の結果，原告の株主としての地位に基づき，本件借入金債務が消滅するという利益が発生しているのであるから，上記資本等の金額を上回る部分をみなし配当とみるほかないというべきである。
（３） 以上の次第であるから，原告の上記各主張はいずれも採用できない。
５ 処分行政庁の担当職員による指導に係る原告の主張（前記第２の３ウ）について〈証拠略〉によれば，昭和63年に本件持株会が設立され，Ｂの保有していた原告株式の承継等が行われたことに伴い，その課税関係について疑問が生じ，原告担当者が東税務署を訪ねて税務相談を行ったこと，その際，処分行政庁の担当者からは，原告から本件持株会に支払われる配当金については，持株会１名のみを受給者として記載した支払調書等を作成して提出すれば足り，会員ごとの内訳を記載する必要はないこと，本件持株会から会員に支払われる配当分配金については，所得税法施行規則97条に基づき，本件持株会が会員に代わって配当を受領したものとして，「名義人受領の配当所得の調書」等を作成して提出する必要があるが，「持株会の繰越共有持分」に係る配当金についてこれを提出する必要がないこと等を説明した事実が認められる。
原告は，上記の事実から，本件持株会が未配分株式に対する配当金を会員個人に分配していないのは，処分行政庁の担当職員による事実上の拘束力を持つ税務指導によるものであり，本件持株会では，配分済株式に対する配当金だけを分配するシステムを構築しており，本件のみなし配当に係る利得だけを会員個人に分配することは困難であること，上記指導により，未配分株式に係る配当金は源泉徴収されたまま，還付金等の取戻しができない状態が20年間継続してきたにもかかわらず，本件課税処分がされたのは青天の霹靂ともいうべき事態であること等から，本件課税処分は不誠実であると主張する。しかしながら，一般に従業員持株会において会員への配分が行われなかった未配分株式については，配当金の分配や議決権の行使に当たり問題が生じ得ることから，一時的に従業員持株会に株式をプールするとしても，その後早期にその状態を解消することが適切な処理とされている（〈証拠略〉）。そうすると，原告担当者が処分行政庁の担当職員から，「持株会の繰越共有持分」に係る配当について「名義人受領の配当所得の調書」等の提出は不要であること等の説明を受けたとしても，これは，「繰越共有持分」とあるとおり，未配分株式が早期に解消されることを前提とした上で，暫定的な税務処理について説明を加えたものとみるのが自然であり，原告が主張するように，相当数の未配分株式が恒常的に存在することを念頭に置いた説明であるとは考えにくく，未配分株式に係る配当金の会員個人への分配の要否について具体的な指導があったとは認められないし，他にそのような指導がされたことを認めるに足りる証拠もない。そうすると，原告の上記各主張はいずれも採用できないというべきであり，原告主張の事情が本件課税処分の違法事由となることもないというべきである。
６ 結論
以上のとおりであるから，原告の納付すべき本税額及び不納付加算税の額は，別表〈略〉「課税の経緯（源泉所得税）」の「本件告知処分等」欄のとおりであり，本件課税処分は適法である。
よって，原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとし，主文のとおり判決する。
（裁判官吉田徹小林康彦五十部隆）
別表〈略〉
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報58巻11号3876頁。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2011/pdf/11644.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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