主文
１ 本件の各事件の請求に係る各処分を別紙Ａ「処分目録」記載のとおりいずれも取り消す。
２ 訴訟費用は被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 第１事件
別紙Ａ「処分目録」第１項及び第２項に同じ。
２ 第２事件
別紙Ａ「処分目録」第３項に同じ。
３ 第３事件
別紙Ａ「処分目録」第４項及び第５項に同じ。
第２ 事案の概要（以下使用する略称は，別紙２「略語表」中の「定義語」欄各記載のとおりであり，当該略称に係る定義は同別紙の「定義内容」欄各記載のとおりであり，本文及び添付の各別紙においても用いることとする。）本件は，外国法人であるＡａを唯一の社員とする同族会社であった原告（内国法人）が，平成14年２月に海外の親会社であるＡａからＡｂの発行済株式の全部の取得（本件株式購入）をし，その後，平成17年12月までに３回にわたり同株式の一部をそれを発行した法人であるＡｂに譲渡（本件各譲渡）をして，当該株式の譲渡に係る対価の額（利益の配当とみなされる金額に相当する金額を控除した金額）と当該株式の譲渡に係る原価の額との差額である有価証券（Ａｂの株式）の譲渡に係る譲渡損失額を本件各譲渡事業年度の所得の金額の計算上損金の額にそれぞれ算入し，このようにして本件各譲渡事業年度において生じた欠損金額に相当する金額を，平成20年１月１日に連結納税の承認があったものとみなされた連結所得の金額の計算上損金の額に算入して平成20年12月連結期の法人税の確定申告をしたところ，処分行政庁が，法人税法132条１項の規定を適用して，本件各譲渡に係る上記の譲渡損失額を本件各譲渡事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入することを否認する旨の更正の処分（本件各譲渡事業年度更正処分。〈証拠略〉）をそれぞれするとともに，そのことを前提として，①平成16年12月期，平成18年12月期及び平成19年12月期並びに平成20年12月連結期の各法人税の更正の処分（〈証拠略〉），②平成21年12月連結期及び平成23年12月連結期の各法人税の更正の処分及び各過少申告加算税の賦課決定処分（〈証拠略〉）並びに③原告がした平成22年12月連結期の法人税につき更正をすべき旨の請求（平成22年分更正の請求。〈証拠略〉）に対する更正をすべき理由がない旨の通知の処分（平成22年分通知処分。〈証拠略〉）をそれぞれしたため，原告が，本件各譲渡事業年度更正処分（〈証拠略〉）は同項の規定を適用する要件を満たさずにされた違法なものであるとして，本件各更正処分等の取消しを求める事案である。
１ 関係法令の定め
別紙３「法人税法の定め」に記載したとおりである（同別表に記載した規定に係る改正及び適用の関係は，同別紙に記載したとおりである。）。
２ 前提となる事実関係
本件の各事件の前提となる事実関係は，別紙４「前提となる事実関係」に記載のとおりである（証拠等の掲記のない事実は，当事者間に争いがないか，当事者において争うことを明らかにしない事実である。以下「前提事実」という。なお，同別紙に記載された法令の改正の関係については，以下においてはそれに係る記載を全て省略する。）。
３ 本件各更正処分等の根拠及び適法性に関する被告の主張
後記５に掲げるほか，別紙５「本件各更正処分等の根拠及び適法性」〈略〉に記載のとおりである。
４ 争点
⑴本件各譲渡による有価証券の譲渡に係る譲渡損失額が本件各譲渡事業年度において原告の所得の金額の計算上損金の額に算入されて欠損金額が生じたことによる法人税の負担の減少が，法人税法132条１項にいう「不当」なものと評価することができるか否か（争点１）
⑵前記⑴において法人税の負担の減少が法人税法132条１項にいう「不当」なものと評価することができる場合に，処分行政庁による本件各譲渡事業年度の課税標準等に係る引き直し計算が適法であるか否か（争点２）⑶本件更正理由（〈証拠略〉）に理由の附記の不備による違法があるか否か（争点３）
５ 争点に関する当事者の主張の要点
前記４に記載した各争点に関する被告の主張の要点は別紙６のとおりであり，原告の主張の要点は別紙７のとおりである。
第３ 当裁判所の判断
１ 法人税法132条１項について
法人税法132条１項は，税務署長は，内国法人である同族会社（同項１号）に係る法人税につき更正又は決定をする場合において，その法人の行為又は計算で，これを容認した場合には法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは，その行為又は計算にかかわらず，税務署長の認めるところにより，その法人に係る法人税の課税標準若しくは欠損金額又は法人税の額を計算することができる旨を定めており，同項は，その趣旨，目的に照らすと，上記の「法人税の負担を不当に減少させる結果になると認められる」か否かを，専ら経済的，実質的見地において当該行為又は計算が純粋経済人の行為として不合理，不自然なものと認められるか否かを基準として判定し，このような客観的，合理的基準に従って同族会社の行為又は計算を否認する権限を税務署長に与えているものと解するのが相当である（最高裁昭和53年判決参照）。
２ 争点１（本件各譲渡による有価証券の譲渡に係る譲渡損失額が本件各譲渡事業年度において原告の所得の金額の計算上損金の額に算入されて欠損金額が生じたことによる法人税の負担の減少が，法人税法132条１項にいう「不当」なものと評価することができるか否か）のうち本件各譲渡を容認して法人税の負担を減少させることが法人税法132条１項にいう「不当」なものと評価されるべきであるとして被告が主張する評価根拠事実について被告は，本件において，本件各譲渡を容認して法人税の負担を減少させることは法人税法132条１項にいう「不当」なものと評価されるべきである旨主張し，その評価根拠事実として，①原告をあえてＡｂの中間持株会社としたことに正当な理由ないし事業目的があったとはいい難いこと，②本件一連の行為を構成する本件融資は，独立した当事者間の通常の取引とは異なるものであること及び③本件各譲渡を含む本件一連の行為に租税回避の意図が認められることを挙げるから，順次検討を加えることとする。
３ 原告をあえてＡｂの中間持株会社としたことに正当な理由ないし事業目的があったとはいい難いか否か（前記２①）について
⑴認定事実
前提事実，〈証拠略〉によれば，次のような事実が認められる。
ア 「中間持株会社（Ｈ型）」の意義及びその役割について
ア 持株会社の定義
我が国の法令においては，持株会社は，「子会社（中略）の株式（中略）の取得価額（最終の貸借対照表において別に付した価額があるときは，その価額）の合計額の会社の総資産の額（中略）に対する割合が100分の50を超える会社」と定義されており（原告が日本におけるＡグループを成す会社の持株会社とされた当時（平成14年４月22日当時）につき，同年法律第47号による改正前の私的独占の禁止及び公正取引の確保に関する法律９条３項参照），全経済活動に関する国際標準産業分類（ＩＳＩＣ）第４版においては，持株会社は，「財務活動を行い，子会社グループの支配的水準の持分を主要な資産として保有するが，当該子会社の事業に対してその他の役務を提供することはない単位組織」をいうものとされ，持株会社は，子会社に対して戦略又は経営機能を提供しないものとされるとともに，そのような機能を提供するもの（本部）については，「企業の他の単位組織の監督及び管理，会社又は企業における戦略的又は組織的な企画及び意思決定，並びに関連する単位組織の日常的な業務管理及び運営」を含むものとして定義されている。（〈証拠略〉）
イ 「中間持株会社（Ｈ型）」の定義等
米国の多国籍企業は，完全子会社又は過半数の発行済株式を所有する子会社の階層から成る複雑なネットワークの構造を形成していることをその一つの特徴としているところ，そのような構造の中で，上層の組織の子会社でありながら自らも子会社を有する会社を中間会社と称することがある。そのような中間会社には，①事業と子会社の経営を同時に行ういわゆる事業会社（中間事業会社），②経営全般及び戦略機能を担う会社（「中間本部（Ｍ型）」）及び③財務的活動を行うが経営全般又は戦略機能を有しない会社（「中間持株会社（Ｈ型）」）の３つのものがあるとされる。そして，米国の多国籍企業は，「中間持株会社（Ｈ型）」を一般的かつ広範に利用しているとされる。（〈証拠略〉）
ウ 「中間持株会社（Ｈ型）」の意義，役割等
ａ 中間持株会社（Ｈ型）」は，「中間本部（Ｍ型）」と異なり，常勤の役員や従業員がほとんどいない又は全くいないことがあるとされ，その役員ないし取締役は，多くの場合，当該「中間持株会社（Ｈ型）」の親会社，子会社又はいわゆる兄弟会社等のいずれかの役員であるとされる（〈証拠略〉）。
ｂ 中間持株会社（Ｈ型）」に該当するとされる持株会社は，配当施策を決定するなどの資金管理を集中的に行う機能を必ず有しているものとまではいえず，その存在自体にいわゆる金融仲介機能に係る法的，経済的な固有の意義があるとされる場合がある（〈証拠略〉）。また，事業所在地国内の中間持株会社が企業を買収するということそれ自体に，他の方法（事業所在地国内の中間事業会社又は当該国外の親会社若しくは子会社）による企業の買収と比較し，買収を先行させて組織上の位置付け等を買収後に検討することを可能にするなどの取引の柔軟性を確保したり，取引のコストを減少させたりすることができるという独自の役割を有するとされる（〈証拠略〉）。
イ 原告が関与した事例に係る事情等
ア Ａｂ等４社を原告の子会社とした事情等
Ａｃ及びＡグループにおいては，製造と販売を異なる事業と認識し，各国に１社ずつ販売事業者を置くものとされ，日本においては，Ａｂが販売事業を行うための会社との位置づけがされていた。他方，製造事業については，世界中での販売事業における需要に応えるためにＡｃが直轄で管理するものとされていたところ，Ａｃ及び日本におけるＡグループにおいては，Ａｂの事業と指揮や命令の系統が異なる事業は，Ａｂと分離しておくことが経営管理上必要かつ当然であると考えられており，そのような事業がＡｂの決算等に影響を与えないようにすることが必要であると考えられていた。
Ａａが原告の持分を取得した当時，日本におけるＡグループを成す会社には，Ａｂ以外に，アジア太平洋地域にあるＡグループの事業を支援していたＡｄ並びに製造事業を行うＡｆ（液晶パネルの製造）及びＡｅ（半導体等の製造）があったが，これらについては，上記のとおり，Ａｂと全く事業内容が異なっていたため，Ａｄ，Ａｆ及びＡｅについて，Ａｂの子会社としてＡｂの業績に反映させることは考えられていなかった。（〈証拠略〉）
イ Ａｃが主導した企業の買収に係る事情等
ａ 日本におけるＢｂの買収
Ｂによるコンサルティング業務に係る事業（Ｂｂ）のうち日本におけるものは，従業員約1650名を擁する大きな事業であったところ，Ａグループが全世界においてＢｂを買収するに当たり，日本においては，⒜いわゆる企業文化，労働条件等がＡｂと全く異なっていること等から，コンサルティング業務に従事している者の市場における流動性が高いこともあって多数の従業員が退職するおそれがあったこと，⒝システムの設計と構築を分離して発注する日本の官公庁による慣習の下では，Ａｂがこれまで受注してきたシステムの構築業務の受注をすることができなくなるおそれがあったこと，⒞日本におけるＢｂは，Ａｂの競業会社を顧客としており，これらの顧客から契約を解除されるおそれがあったこと，⒟Ｂｃの社長が，Ａｂの社長（当時）であったＡ1よりもＡｂの入社年次の高いＢ1であったため，同人の処遇の問題が生じることという諸事情があったことから，これらの事情を踏まえ，Ａｃは，ＡｂにＢｃを直接吸収合併させるよりも，同社からその事業を譲り受けたＧを原告の子会社とし，当分の間，Ａｂといわゆる兄弟会社の形とする方が妥当であると判断し，実際にもＧ（商号の変更後はＡｇ）をＡｂに吸収合併させるまでに約７年半を要した（〈証拠略〉）。
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。）
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報61巻11号1995頁。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2014/pdf/12469.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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