主文
１ 本件各控訴をいずれも棄却する。
２ 控訴費用は控訴人らの負担とする。
事実及び理由
第１ 控訴の趣旨
１ 原判決を取り消す。
２ （主位的請求）
被控訴人らは，控訴人ら各自に対し，連帯して，400万円及びこれに対する平成12年９月12日から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え。
（予備的請求）
被控訴人Ｙ1は，控訴人ら各自に対し，400万円及びこれに対する平成12年９月12日から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え。
３ 訴訟費用は，第１，２審を通じ，被控訴人らの負担とする。
第２ 事案の概要
１ 本件は，平成12年９月11，12日に愛知県を中心とする東海地方において発生した集中豪雨（本件豪雨）に伴う庄内川及び新川の増水により，新川の左岸堤防が決壊し（本件破堤），浸水被害（本件水害）を受けた１審原告（死亡者については承継前１審原告，単に「１審原告」ということがある。）ら37名が，被控訴人Ｙ1に対しては，主位的に国家賠償法２条１項に基づき，建設大臣（平成13年１月６日中央省庁等改革基本法（平成10年法律第103号）施行後は国土交通大臣。以下同じ。）が管理する新川洗堰又は庄内川の管理に瑕疵があったとして，損害賠償（損害発生の日から民法所定の年５分の割合による遅延損害金を含む。）を，予備的に憲法29条３項に基づき，建設大臣の管理する庄内川の破堤被害を防止するために１審原告らが特別の犠牲を負わされたとして，損失補償（上記同様の遅延損害金を含む。）を求め，被控訴人Ｙ2（被控訴人Ｙ2）に対しては，国家賠償法２条１項に基づき，愛知県知事が管理する新川治水緑地の管理又は新川の管理に瑕疵があったとして，損害賠償（上記同様の遅延損害金を含む。）を求めた事案である。
２ 原審は，１審原告らの請求をいずれも棄却したところ，控訴人（死亡者については承継前控訴人）ら21名が原判決を不服として控訴した。
なお，当審係属中の平成20年５月10日に承継前控訴人Ａが死亡し，控訴人Ｘ1がその権利義務を相続により承継した。また，平成21年10月30日に承継前控訴人Ｂが死亡し，控訴人Ｘ2がその権利義務を相続により承継した。
３ 前提事実
本件の認定及び判断の前提となる事実は，次のとおり補正するほかは，原判決「事実及び理由」欄の第２の２の（１）ないし（８）（原判決２頁８行目（編注・訟務月報本号（以下月報巻号省略）2758ページ４行目）から８頁15行目〈編注・2763ページ９行目〉）に記載のとおりであるから，これを引用する。（なお，証拠の摘示のない事実は，当事者間に争いがない。）
（１） 原判決２頁10行目〈編注・2758ページ６行目〉の「原告ら」から11行目〈編注・2758ページ７行目〉の「Ｃである。）」までを「承継前１審原告Ｄ，同Ｃ，承継前控訴人Ｂ，同Ａ及び上記４名の訴訟承継人を除く控訴人ら」に改める。
（２） 同２頁21行目〈編注・2758ページ16行目〉から３頁２行目〈編注・2758ページ23行目〉までを以下のとおりに改める。
「イ被控訴人Ｙ1は，昭和44年３月20日政令31号により，庄内川水系が平成９年法律第69号による改正前の河川法（以下「改正前河川法」という。）４条１項の水系に指定されたことに伴い，同法９条１項に基づき，庄内川，新川その他同水系内の一級河川を，その行政機関たる建設大臣に管理させている者であり，建設大臣は同条２項，昭和46年建設省告示第396号により，いわゆる機関委任事務（「地方分権の推進を図るための関係法律の整備等に関する法律」（平成11年法律第87号）施行後は法定受託事務）として愛知県知事にその管理の一部を行わせている。
ウ 愛知県知事は，建設大臣の指定を受けて，一級河川である新川の管理の一部を行う者であり，被控訴人Ｙ2は，法定受託事務としてその事務を処理する地方公共団体である（河川法９条２項，同法施行令２条１項，３項，地方自治法２条９項１号）。」
（３） 同３頁16行目〈編注・2759ページ７行目〉から19行目〈編注・2759ページ10行目〉までを以下のとおりに改める。
「新川は，庄内川からの分派点（新川洗堰）を上流端として，新地蔵川，大山川及び合瀬川と合流し，名古屋市と北名古屋市の境界を流れながら鴨田川及び水場川を合わせ，清須市において五条川と合流して，伊勢湾に注ぐ，流域面積約258.9km2，河川延長約24.3kmの一級河川である。
新川に合流する一次支川（直接合流する支川）は五条川，水場川，鴨田川，合瀬川，大山川及び新地蔵川であり，二次支川（一次支川に合流する支川），三次支川（二次支川に合流する支川）等を含めると，新川に合流する一級河川は22に及ぶ。新川の支川である大山川，合瀬川，五条川は，もともと庄内川に直接流入していたが，庄内川の河床上昇に伴う堤防決壊の防止と，支川の排水状態改善のために，これらの河川を直接伊勢湾へ導くよう，天明４年から７年（西暦1784年から1787年）にかけて人工河川の開削が行われた。これが現在の新川である。（〈証拠略〉）
前記のとおり，昭和44年４月１日，庄内川水系は改正前河川法４条１項に定める一級水系に指定され，幹川である庄内川は，新川を含む支派川とともに一級河川に指定された（昭和44年３月20日政令31号）。新川については，同時に指定区間告示がなされ，その支川である大山川，合瀬川，五条川等と共に愛知県知事の管理区間となった。
平成12年４月１日に改正地方自治法（平成11年法律第87号）が施行された後は，河川法９条２項及び同法施行令２条１項の規定により，地方自治法２条９項１号に規定する第１号法定受託事務として，建設大臣が指定した区間である新川の管理の一部を愛知県知事が行うこととなった。」
（４） 同３頁21行目〈編注・2759ページ12行目〉から24行目〈編注・2759ページ14行目〉までを以下のとおりに改める。
「新川洗堰は，新川の開削の際に築造された越流堤であり，庄内川右岸の河口から約19.4kmの地点に位置する（以下，河口からの距離を表記する際は，単位をkmとして「19.4Ｋ」等と表記する。）。
新川の開削及び新川洗堰の築造工事の内容は，味鋺村（現在の北名古屋市）地内の庄内川右岸堤防を40間（約73ｍ）にわたって切り下げて，間口30間の洗堰とし，庄内川の洪水をこの洗堰から右岸へ溢流させて大蒲沼に流入させ，大山川等の流入する大蒲沼からは田面より深さ数尺の河床とした緩勾配の水路を榎津村まで庄内川に並行して堀り割り，庄内川の洪水の一部，大山川等の支流の洪水と沿岸の排水を伊勢湾へ流すものであった。」
（５） 同４頁３行目〈編注・2759ページ19行目〉冒頭から５頁15行目〈編注・2760ページ25行目〉の「規定する。」までを以下のとおりに改める。「（５）関係法令の規定（以下，平成９年法律第69号による改正後の河川法を「河川法」，平成９年政令342号による改正前の「河川法施行令」（昭和40年政令14号）を「改正前施行令」，同改正後の河川法施行令を「河川法施行令」という。）
ア 改正前河川法
第４条（一級河川）
１項この法律において「一級河川」とは，国土保全上又は国民経済上特に重要な水系で政令で指定したものに係る河川（公共の水流及び水面をいう。以下同じ。）で建設大臣が指定したものをいう。
２項建設大臣は，前項の政令の制定又は改廃の立案をしようとするときは，あらかじめ，河川審議会及び関係都道府県知事の意見をきかなければならない。３項建設大臣は，第１項の規定により河川を指定しようとするときは，あらかじめ，関係行政機関の長に協議するとともに，河川審議会及び関係都道府県知事の意見をきかなければならない。
４項前２項の規定により関係都道府県知事が意見を述べようとするときは，当該都道府県の議会の議決を経なければならない。
５項建設大臣は，第１項の規定により河川を指定するときは，建設省令で定めるところにより，水系ごとに，その名称及び区間を公示しなければならない。第７条（河川管理者）
この法律において「河川管理者」とは，第９条第１項又は第10条の規定により河川を管理する者をいう。
第９条（一級河川の管理）
１項一級河川の管理は，建設大臣が行なう。
２項建設大臣は，その指定する区間（以下「指定区間」という。）内の一級河川については，当該一級河川の部分の存する都道府県を統轄する都道府県知事に，政令で定めるところにより，その管理の一部を行なわせるものとする。
第16条（工事実施基本計画）
１項河川管理者は，その管理する河川について，計画高水流量その他当該河川の河川工事の実施についての基本となるべき事項（以下「工事実施基本計画」という。）を定めておかなければならない。
２項工事実施基本計画は，水害発生の状況並びに水資源の利用の現況及び開発を考慮し，かつ，国土総合開発計画との調整を図って，政令で定める準則に従い，水系ごとに，その水系に係る河川の総合的管理が確保できるように定められなければならない。
３項河川管理者は，工事実施基本計画を定めるに当たっては，降雨量，地形，地質その他の事情によりしばしば洪水による災害が発生している区域につき，災害の発生を防止し，又は災害を軽減するために必要な措置を講ずるように特に配慮しなければならない。
４項建設大臣は，工事実施基本計画を定めようとするときは，あらかじめ，河川審議会の意見をきかなければならない。
第79条（建設大臣の認可）
１項都道府県知事は，第９条第２項の規定により行うものとされた一級河川の管理で政令で定めるものを行おうとするときは，建設大臣の認可を受けなければならない。
イ 改正前施行令
第２条（指定区間内の一級河川の管理の委任）
１項改正前河川法第９条第２項の規定により，指定区間内の一級河川について，建設大臣が都道府県知事に行わせる管理は，次の各号に掲げるもの以外のものとする。
２号改正前河川法第16条第１項の規定により工事実施基本計画を定めること。第10条（工事実施基本計画の作成の準則等）
１項改正前河川法第16条第１項に規定する工事実施基本計画は，次の各号に定めるところにより作成しなければならない。
[1] 洪水，高潮等による災害の発生の防止又は軽減に関する事項については，過去の主要な洪水，高潮等及びこれらによる災害の発生の状況並びに災害の発生を防止すべき地域の気象，地形，地質，開発の状況等を総合的に考慮すること。[2] 河川の適正な利用及び流水の正常な機能の維持に関する事項については，流水の占用，舟運，漁業，観光，流水の清潔の保持，塩害の防止，河口の閉塞の防止，河川管理施設の保護，地下水位の維持等を総合的に考慮すること。
２項工事実施基本計画には，次の各号に掲げる事項を定めなければならない。[1] 当該水系に係る河川の総合的な保全と利用に関する基本方針
[2] 河川工事の実施の基本となるべき計画に関する事項
イ 基本高水（洪水防御に関する計画の基本となる洪水をいう。）並びにその河道及び洪水調節ダムへの配分に関する事項
ロ 主要な地点における計画高水流量に関する事項
ハ 主要な地点における流水の正常な機能を維持するため必要な流量に関する事項
[3] 河川工事の実施に関する事項
イ 主要な地点における計画高水位，計画横断形その他河道計画に関する重要な事項
ロ 主要な河川工事の目的，種類及び施行の場所並びに当該河川工事の施行により設置される主要な河川管理施設の機能の概要
第45条（建設大臣の認可）
改正前河川法第79条第１項の一級河川の管理で政令で定めるものは，次の各号に掲げるものとする。
[1] 工事実施基本計画において定められた河川の総合的な保全と利用に関する基本方針に沿って計画的に実施すべき改良工事
ウ 河川法
第７条（河川管理者）
この法律において「河川管理者」とは，第９条第１項又は第10条第１項若しくは第２項の規定により河川を管理する者をいう。
第９条（一級河川の管理）
１項一級河川の管理は，国土交通大臣が行なう。
２項国土交通大臣が指定する区間（以下「指定区間」という。）内の一級河川に係る国土交通大臣の権限に属する事務の一部は，政令で定めるところにより，当該一級河川の部分の存する都道府県を統轄する都道府県知事が行うこととすることができる。
第16条（河川整備基本方針）
１項河川管理者は，その管理する河川について，計画高水流量その他当該河川の河川工事及び河川の維持（次条において「河川の整備」という。）についての基本となるべき方針に関する事項（以下「河川整備基本方針」という。）を定めておかなければならない。
２項河川整備基本方針は，水害発生の状況，水資源の利用の現況及び開発並びに河川環境の状況を考慮し，かつ，国土形成計画及び環境基本計画との調整を図って，政令で定めるところにより，水系ごとに，その水系に係る河川の総合的管理が確保できるように定められなければならない。
３項国土交通大臣は，河川整備基本方針を定めようとするときは，あらかじめ，社会資本整備審議会の意見を聴かなければならない。
４項都道府県知事は，河川整備基本方針を定めようとする場合において，当該都道府県知事が統括する都道府県に都道府県河川審議会が置かれているときは，あらかじめ，当該都道府県河川審議会の意見を聴かなければならない。
第16条の２（河川整備計画）
１項河川管理者は，河川整備基本方針に沿って計画的に河川の整備を実施すべき区間について，当該河川の整備に関する計画（以下「河川整備計画」という。）を定めておかなければならない。
２項河川整備計画は，河川整備基本方針に即し，かつ，公害防止計画が定められている地域に存する河川にあっては当該公害防止計画との調整を図って，政令で定めるところにより，当該河川の総合的な管理が確保できるように定められなければならない。この場合において，河川管理者は，降雨量，地形，地質その他の事情によりしばしば洪水による災害が発生している区域につき，災害の発生を防止し，又は災害を軽減するために必要な措置を講ずるように特に配慮しなければならない。
３項河川管理者は，河川整備計画の案を作成しようとする場合において必要があると認めるときは，河川に関し学識経験を有する者の意見を聴かなければならない。
第79条（国土交通大臣の認可）
１項都道府県知事は，第９条第２項の規定により行うものとされた一級河川の管理で政令で定めるものを行おうとするときは，国土交通大臣の認可を受けなければならない。
改正附則第２条（河川整備基本方針及び河川整備計画に関する経過措置）
１項この法律の施行の日以後河川法第16条第１項の規定に基づき当該河川について河川整備基本方針が定められるまでの間においては，この法律の施行の際現に改正前河川法第16条第１項の規定に基づき当該河川について定められている工事実施基本計画の一部を，政令で定めるところにより，河川法第16条第１項の規定に基づき当該河川について定められた河川整備基本方針とみなす。
２項この法律の施行の日以後河川法第16条の２第１項の規定に基づき当該河川の区間について河川整備計画が定められるまでの間においては，この法律の施行の際現に改正前河川法第16条第１項の規定に基づき当該河川について定められている工事実施基本計画の一部を，政令で定めるところにより，河川法第16条の２第１項の規定に基づき当該河川の区間について定められた河川整備計画とみなす。
エ 河川法施行令
第２条（都道府県知事又は指定都市の長による指定区間内の一級河川の管理）１項河川法第９条第２項の規定により，指定区間内の一級河川について，都道府県知事が行うこととされる管理は，次に掲げるもの以外のものとする。
２号河川整備基本方針を定め，又は変更すること。
第10条（河川整備基本方針及び河川整備計画の作成の準則）
河川整備基本方針及び河川整備計画は，次に定めるところにより作成しなければならない。
[1] 洪水，高潮等による災害の発生の防止又は軽減に関する事項については，過去の主要な洪水，高潮等及びこれらによる災害の発生の状況並びに災害の発生を防止すべき地域の気象，地形，地質，開発の状況等を総合的に考慮すること。[2] 河川の適正な利用及び流水の正常な機能の維持に関する事項については，流水の占用，舟運，漁業，観光，流水の清潔の保持，塩害の防止，河口の閉塞の防止，河川管理施設の保護，地下水位の維持等を総合的に考慮すること。
[3] 河川環境の整備と保全に関する事項については，流水の清潔の保持，景観，動植物の生息地又は生育地の状況，人と河川との豊かな触れ合いの確保等を総合的に考慮すること。
第10条の２（河川整備基本方針に定める事項）
河川整備基本方針には，次に掲げる事項を定めなければならない。
[1] 当該水系に係る河川の総合的な保全と利用に関する基本方針
[2] 河川の整備の基本となるべき事項
イ 基本高水（洪水防御に関する計画の基本となる洪水をいう。）並びにその河道及び洪水調節ダムへの配分に関する事項
ロ 主要な地点における計画高水流量に関する事項
ハ 主要な地点における計画高水位及び計画横断形に係る川幅に関する事項
ニ 主要な地点における流水の正常な機能を維持するため必要な流量に関する事項
第10条の３（河川整備計画に定める事項）
河川整備計画には，次に掲げる事項を定めなければならない。
[1] 河川整備計画の目標に関する事項
[2] 河川の整備の実施に関する事項
イ 河川工事の目的，種類及び施行の場所並びに当該河川工事の施行により設置される河川管理施設の機能の概要
ロ 河川の維持の目的，種類及び施行の場所
第10条の４（関係都道府県知事等の意見の聴取等）
１項河川管理者は，河川整備計画を定め，又は変更しようとするときは，あらかじめ，国土交通大臣である場合にあっては関係都道府県知事の意見を，都道府県知事である場合にあっては関係市町村長の意見を聴かなければならない。
２項前項の場合において，関係都道府県知事が意見を述べようとするときは，あらかじめ，関係市町村長の意見を聴かなければならない。
３項河川管理者は，河川整備計画に高規格堤防の設置に係る河川工事の施行の場所を定めたときは，速やかに，その場所を関係都道府県知事に通知するものとする。
第45条（国土交通大臣の認可）
河川法第79条第１項の一級河川の管理で政令で定めるものは，次に掲げるものとする。
[1] 河川整備計画を定め，又は変更すること。
[2] 次に掲げる施設に係る改良工事
ダム（基礎地盤から堤頂までの高さが15メートル未満のものを除く。）
改正附則第２条（経過措置）
１項河川法附則第２条第１項の規定により当該河川について定められた河川整備基本方針とみなされる当該河川について現に定められている工事実施基本計画の部分は，改正前施行令第10条第２項第１号，第２号及び第３号イに係る当該工事実施基本計画の部分とする。
２項河川法附則第２条第２項の規定により当該河川の区間について定められた河川整備計画とみなされる当該河川について現に定められている工事実施基本計画の部分は，改正前施行令第10条第２項第３号ロに係る当該工事実施基本計画の部分とする。」
（６） 同５頁18，19行目〈編注・2760ページ28行目，29行目〉の「ダムで洪水調節等の人工的な操作の」を「ダム等の洪水調節施設で人工的な操作が」に改め，19行目〈編注・2760ページ29行目〉の「をいう」の次に「（河川法施行令10条の２，２号イ）」を加える。
（７） 同６頁６行目〈編注・2761ページ12行目〉の「配分流量をいう。」を「配分流量，すなわち，河川法16条１項に規定する河川整備基本方針（改正前河川法では工事実施基本計画）に従って，過去の主要な洪水及びこれらによる災害の発生の状況並びに流域及び災害の発生を防止すべき地域の気象，地形，地質，開発の状況等を総合的に考慮して，河川管理者が定めた高水流量をいう。（河川管理施設等構造令（昭和51年政令199号。以下「構造令」という。）２条）。」に改める。
（８） 同６頁10行目〈編注・2761ページ16行目〉から11行目〈編注・2761ページ17行目〉までを「計画高水位とは，河川整備基本方針ないし工事実施基本計画に従って，計画高水流量及び計画横断形に基づいて，又は流水の貯留を考慮して，河川管理者が定めた高水位で（構造令２条），河道の改修計画の基本となるものである。」に改める。
（９） 同６頁12行目〈編注・2761ページ18行目〉の「計画高水流量の」から13行目〈編注・2761ページ19行目〉の「形状をいい，」までを「計画高水流量の流水を流下させ，背水又は計画高潮位の高潮が河川外に流出することを防止し，河川を適正に利用させ，及び流水の正常な機能を維持するために必要な河川の横断形で，河川整備基本方針ないし工事実施基本計画に従って，河川管理者が定めたものをいう。（構造令２条）」に改める。
（10） 同６頁18行目〈編注・2761ページ23行目〉から７頁15行目〈編注・2762ページ16行目〉までを以下のとおりに改める。
「（ア）昭和45年３月「庄内川水系工事実施基本計画」策定（以下「昭和45年計画」という。）
改正前河川法により，河川管理は従来の区間主義から水系主義に改められた（改正前河川法４条１項，５条１項，16条２項）。同法16条では，河川管理者が水系ごとに，水系に係る河川の総合的管理が確保できるよう工事実施基本計画を定めるものとされた。
工事実施基本計画とは，河川工事の実施に関する当該水系全体の総合的な基本計画で，河川工事の実施に関し基幹となる水系ごとの計画である。
一級水系に属する一級河川の河川管理者は建設大臣であり，新川を含む庄内川水系の工事実施基本計画である昭和45年計画（〈証拠略〉）は，昭和45年３月31日建設大臣により決定され，庄内川水系が一級水系に指定された昭和44年４月１日に遡って施行された。
（イ） 昭和50年４月計画変更
建設大臣は，昭和50年４月，降雨量等の基礎データや庄内川流域の開発状況を踏まえて昭和45年計画高水位の内容を大幅に改定した（以下，改定後の庄内川水系工事実施基本計画（〈証拠略〉）を「本件計画」という。）。
本件計画では，新川洗堰を通じて流入する庄内川から新川への分派量を０m3/sと定めている。
なお，平成９年法律第69号による河川法改正により，水系全体の河川工事の基本計画は，従来の工事実施基本計画から河川整備基本方針と河川整備計画という新たな計画制度となり（河川法16条，16条の２），経過措置として，工事実施基本計画のうち長期的な方針の部分が河川整備基本方針とみなされ，具体的な河川整備の計画に関する部分が河川整備計画とみなされることとなり（河川法附則２条及び河川法施行令附則２条），本件豪雨時点では，本件計画の一部が庄内川水系の河川整備基本方針及び河川整備計画とみなされていた。
イ 新川に関する河川計画
（ア） 庄内川水系全体計画
ａ 改正前河川法９条２項の規定により都道府県知事が行うものとされた一級河川の管理で政令で定めるものについて，都道府県知事が河川改修や改修計画の策定を行う場合には，建設大臣の認可が必要とされるところ（改正前河川法79条１項，改正前施行令45条１号），建設省河川局長から各都道府県知事あてに発出された通達河川局所管国庫補助事業に係る全体計画の認可について（昭和51年４月12日建設省河総発第138号）には，以下のとおり定められている（〈証拠略〉）。記
Ｉ河川改良工事全体計画認可申請について
１項河川法第79条第１項及び第２項第２号に基づく建設大臣の認可を要する全体計画は，河川の一連区間又は一定区域について改良工事（ダム等の建設事業を除く。以下同じ。）の基本となる事項を定めた「河川改良工事全体計画」及びダム等の建設事業の基本となる事項を定めた「ダム等建設事業全体計画」とし，認可対象事業は別表（略）のとおりとする。
２項河川改良工事全体計画は，次に掲げる事項を定めるものとする。
[1] 計画区間又は計画区域
[2] 改良工事を必要とする理由及び計画方針並びに改良工事の効果
[3] 計画高水流量，計画高潮位に関する事項
[4] 計画平面形，計画縦断形及び計画横断形その他河道計画に関する事項[5] 改良工事の施行により設置される河川管理施設の概要
[6] 改良工事に必要な費用の概要
[7] その他必要な事項
ｂ 新川については，愛知県知事が，本件計画に沿って，昭和52年３月，庄内川水系全体計画（〈証拠略〉。以下「全体計画」という。）を策定し，同月31日付けで建設大臣の認可を得た（〈証拠略〉）。
その後，上記のとおり平成９年に河川法が改正され，河川整備基本方針及び河川整備計画が策定されるまでの間は，本件計画が河川整備基本方針及び河川整備計画とみなされていたため，新川の河川改修は，本件計画に沿って策定された全体計画に従って実施されていた。
（イ） 新川流域整備計画・治水暫定計画
昭和52年６月に開催された国の第33回河川審議会の「総合的な治水対策の推進方策についての中間答申」において，総合治水対策を強力に推進するよう提言がなされた。総合治水対策とは，河川流域の開発，特に都市化が急速に進展し，治水安全度の低下が著しい都市部の河川については，治水施設の整備（河川の改修）を積極的に進めるだけでなく，その流域の持つ保水・遊水機能を適正に確保するなどの総合的な治水対策を推進することにより，水害の防止又は軽減を図るものである。愛知県は，新川及びその流域がこれに該当するものとして，昭和53年10月から調査に着手し，昭和55年９月，「土地利用を含めた総合的な治水対策を講ずることにより，水害を防止し，又は軽減すること」を目的として，新川流域内の19市町村と建設省中部地方建設局とともに新川流域総合治水対策協議会を設置し，昭和57年２月の同協議会において，新川流域整備計画案が了承された。
新川流域整備計画は，都市化の進展に対応できるよう，流域の持つ保水・遊水機能の適正な確保を図る流域貯留の整備という総合的な治水対策の計画（流域総合計画）であり，河川の整備計画と流域対策計画に分かれ，後者は流域内の特性に応じた保水・遊水機能の維持・増大，適正な開発誘導等を目指すものである。この総合治水対策の施策を含めた新川流域整備計画の中の河川の整備計画として，新川の治水暫定計画（〈証拠略〉。以下「暫定計画」という。）が策定された。（〈証拠略〉）
これにより，新川は，暫定計画に基づく改修が順次進められていた。本件豪雨は，この暫定計画の実施中に発生したものであった。
（ウ） 直轄河川改修計画
庄内川水系における建設大臣の権限は，改正前河川法98条及び改正前施行令53条により，その一部が中部地方建設局長に委任されているところ，中部地方建設局長は，直轄管理区間の改修計画として，平成元年に直轄河川改修計画（〈証拠略〉）を策定し，堤防標準断面等の基本的事項を定めた。（〈証拠略〉）
４ 争点
（１） 本件破堤の原因（争点（１））
（２） 新川洗堰は，堤防として通常有すべき安全性を欠いた瑕疵ある堤防か。（主位的主張）（争点（２））
（３） 被控訴人Ｙ1（建設大臣）による庄内川の河川管理に瑕疵があるか。（争点（３））
ア 河川管理の瑕疵についての判断基準
イ 庄内川の改修計画及びその内容の合理性の有無
（ア） 本件計画に新川に関する工事実施基本計画が存在しない点において「格別不合理」（後述する大東水害訴訟判決要旨２に示された，改修中の河川については，改修計画が，全体として，過去の水害の発生状況その他諸般の事情を総合的に考慮し，河川管理の一般水準及び社会通念に照らして，格別不合理なものと認められないときは，特段の事由がない限り，当該河川の管理に瑕疵があるということはできないとする判断基準にいう「格別不合理」を検討する趣旨で用いることとする。以下同じ。）か。（予備的主張１）
（イ） 直轄河川改修計画書で新川の諸事情が検討されていない点において「格別不合理」か。
（ウ） 本件計画に改修の時期・順序が定められていない点において「格別不合理」か。（予備的主張２）
ウ 被控訴人Ｙ1が実施した庄内川の河川改修事業の合理性の有無（予備的主張３）
（ア） 新川の治水上の脆弱性
ａ 新川流域における外水被害の有無とその原因について
ｂ 昭和54年総合治水対策（国の総合治水対策特定河川事業）について
（イ） 新川と庄内川の安全度の比較
ａ 計画規模による比較
ｂ 堤防の安全度の比較
ｃ 河口水位
ｄ 現況流下能力
ｅ 本件豪雨時における庄内川と新川の安全度の検証
（ウ） 庄内川についてなすべき改修方法
ａ 一色大橋下流右岸の暫定嵩上げ
ｂ 小田井遊水地について
ｃ 庄内川左岸側排水ポンプの停止又は制限を組み入れた新川洗堰の閉鎖
（４） 損失補償（争点（４））
（５） 被控訴人Ｙ2の河川管理責任（争点（５））
（６） 損害額（争点（６））
５ 争点に対する当事者の主張
（１） 争点（１）（本件破堤の原因）について
争点（１）についての控訴人らの主張は原判決８頁17行目〈編注・2763ページ11行目〉から９頁９行目〈編注・2763ページ28行目〉に，被控訴人Ｙ1の主張は同35頁10行目〈編注・2784ページ８行目〉から14行目〈編注・2784ページ12行目〉に，被控訴人Ｙ2の主張は同65頁19行目〈編注・2807ページ26行目〉から66頁７行目〈編注・2808ページ10行目〉に，各記載のとおりであるからこれを引用する。
（２） 争点（２）（新川洗堰は，堤防として通常有すべき安全性を欠いた瑕疵ある堤防か。（主位的主張））について
ア 控訴人らの主張
（ア） 国家賠償法２条１項の営造物の設置又は管理の瑕疵とは，営造物が通常有すべき安全性を欠き，他人に危害を及ぼす危険性のある状態をいい（最高裁昭和51年（オ）第395号同56年12月16日大法廷判決・民集35巻10号1369頁参照），かかる瑕疵の内容については，当該営造物の構造，用法，場所的環境及び利用状況等，諸般の事情を総合考慮して個別的具体的に判断すべきものである（最高裁昭和53年（オ）第76号同年７月４日第三小法廷判決・民集32巻５号809頁参照）。堤防とは，流水が河川外に流出することを防止するために設けられる河川管理施設である（構造令17条）ところ，新川洗堰は庄内川から新川へ洪水を越流させる構造になっており，上記基準に照らし，堤防として通常有すべき安全性を欠いた瑕疵ある堤防である。
（イ） 慣習ないし条理上，一河川から，別河川に洪水を流入させることは許されない。
河川流域内の降雨による洪水は，その流域内で処理し，他流域に持ち込まないのが洪水排除に関する根本原則であり，慣習ないし条理上，別河川に洪水を流入させることは原則として許されず，やむを得ず他流域に洪水を分水するときは，分水先河川の処理能力に分水量分の処理能力を自らの負担で増加させた分水をしなければならない。
新川と庄内川は別河川であるから，庄内川の洪水を新川に流入させることは許されず，庄内川の新川洗堰部分は，本堤を設置して，洪水の流入を止めなければならない。
したがって，新川洗堰は，本堤を設置すべきところに洗堰の形状になったままの堤防が存在すること自体において，堤防として通常有すべき安全性を欠いていると評価すべきであり，堤防自体に瑕疵が存するのである。
原判決は，新川洗堰は越流堤であり本堤ではないから控訴人らの主張は前提を誤っているとするが，控訴人らの主張は，河川管理の瑕疵ではなく，堤防の瑕疵を問題にしているのであり，上記判断は控訴人らの主張を正解しないものである。
（ウ） 新川が庄内川とは「別河川」であることは，[1]新川開削から水系分離に至る経過，[2]自然条件，[3]河川管理の状況からみて，明らかである。
ａ 新川開削から水系分離に至る経緯は原判決９頁15行目〈編注・2764ページ４行目〉から12頁８行目〈編注・2766ページ７行目〉に記載のとおりであるからこれを引用する。
ｂ 新川の庄内川水系に対する別個独立性
（ａ） 自然条件における別河川性
河川は集水域から水を集めて平常時から水が流れるところであるから，派川は本川と河道が繋がっていて，平常時に水が流れているか，流れる構造になっていなければならない。庄内川と新川の間には洗堰があり，構造的に河道が繋がっているとはいえず，平常時，庄内川から新川へ水の流れはない。
新川は，平常時から，大山川・合瀬川，更に下流で五条川の水を集めて伊勢湾に流入している。すなわち，新川の集水域となり水源となっているのは，大山川・合瀬川及び五条川であって，庄内川ではない。新川は，上記三川など，庄内川右岸に合流していた支川を，庄内川に流れ込まないように庄内川から分離するように開削された河川だからであり，新川は，その構造ないし自然条件として，庄内川とは別の河川であり，派川ではない。
（ｂ） 河川管理における別河川性
[1] 庄内川と新川の各河川管理の実態は原判決13頁３行目〈編注・2766ページ26行目〉から16頁４行目〈編注・2769ページ２行目〉に記載のとおりであるからこれを引用する。ただし，15頁25，26行目〈編注・2768ページ28行目，29行目〉の「20周年記念庄内川その流域と治水史」と題する冊子」の次に「（〈証拠略〉。平成元年11月建設省庄内川工事事務所編集）」を加える。
[2] 特に，本件計画においては，新川についてはその管理に属する河川であれば定めなければならない主要な地点の計画高水流量その他河川工事の実施に関する基本的事項（工事実施基本計画）が記載されていない。新川に関する計画高水流量その他工事実施基本計画は，被控訴人Ｙ2が策定した全体計画に定められている。被控訴人Ｙ2は，本件計画とは独立して，別個に，全体計画を定めているのである。被控訴人Ｙ1は，被控訴人Ｙ2の全体計画に対する昭和43年２月６日付認可指示事項の２項において，新川について分派量を０m3/sとしたとき，ないし，水系から分離されたときの問題点を検討することを指示している（〈証拠略〉）。被控訴人Ｙ1は，分派量を０m3/sとして新川洗堰を閉鎖することは「水系分離」であって，新川を庄内川から分離して管理するものと認識しているのである。
改修事業の内容についても，庄内川は，年超過確率200分の１（下流部），計画高水位の河口水位T.P. 2.90ｍとする本件計画によって改修が行われているのに対して，新川は，年超過確率５分の１，計画高水位の河口水位T.P. 1.20ｍ，さらに流域対応を行う暫定計画によって改修が行われている。このように庄内川と新川は，実態として別々の主体により，規模や設定条件の違う計画によって管理されている。
イ 被控訴人Ｙ1の主張
（ア） 新川洗堰は，洪水調節用の遊水地又は一定の水位以上の水だけを分流させる分水路に用いられる越流堤といわれる河川堤防技術の一種であり，庄内川の洪水を越流させることをその本来的機能とするものである。
したがって，新川洗堰が洪水時の水流をその流路内に完全に制限して氾濫を防止することをその本来的機能とする堤防であることを前提とする控訴人らの主張は失当である。
（イ） 新川は庄内川水系に属する庄内川の派川であって，別河川ではない。（ウ）ａ新川開削の経緯については原判決35頁18行目〈編注・2784ページ16行目〉から36頁14行目〈編注・2785ページ７行目〉に記載のとおりであるからこれを引用する。
ｂ 自然条件における別河川性の主張について
控訴人らは，新川が庄内川と河道が繋がっておらず，降水の集水域という自然条件として，庄内川とは別流域を有する別河川であったと主張するが，河道が繋がっていないこと，主な集水域が本川とは別の支川であることなどは，いずれも派川であることとは関係がない。庄内川と新川は，越流堤である新川洗堰という河川管理施設を介して繋がっているのであり，本件計画において，新川洗堰からの越流量が300m3/sから０m3/sに変更されたのは，将来の目標であって，現時点においても新川洗堰の改修が行われず，洪水時に庄内川の洪水が流入する構造になっている以上，新川は庄内川の派川であり，別流域を有する別河川ではない。
ｃ 河川管理における別河川性の主張について
控訴人らは，庄内川と新川が，実態として別々の主体によって規模や設定条件の違う計画によって管理されていると主張する。
しかし，都道府県知事は，改正前河川法９条２項により，一級河川のうち指定区間の管理の一部を行い，同法79条１項及び改正前施行令45条１号により，「工事実施基本計画において定められた河川の総合的な保全と利用に関する基本方針に沿って計画的に実施すべき改良工事」を行う場合は建設大臣の認可を受けることとされているところ，これらの規定に基づいて，指定区間である新川の管理の一部を行う愛知県知事は，新川の全体計画を策定し，建設大臣の認可を受けているのであり，被控訴人Ｙ1は，河川法の規定に基づく水系一貫管理の下で，本件計画以下の諸計画を策定・認可しているのであるから，控訴人らの主張は誤りである。
また，本件計画の下位計画であり，新川の最終的な目標である全体計画における計画規模は年超過確率１／100であり，暫定計画はあくまでも庄内川水系全体計画の達成に至る過程の段階的なものであって，新川が庄内川の派川ではないという理由にはならない。
さらに，新川は，河川法の規定に基づく水系指定上も庄内川水系に属する一級河川であり，庄内川と新川は同一水系に属する河川であって，本川と派川の関係にあるというべきである。
すなわち，庄内川水系は，前記のとおり，昭和40年３月24日政令43号により改正前河川法４条１項の水系に指定され，次いで昭和44年３月20日政令31号により，庄内川水系に属する庄内川，矢田川，香流川，隅除川，天神川，瀬戸川，新川，大山川等の河川が一級河川に指定されたものである。
控訴人らの主張は，いずれも独自の見解によるものであり，誤りである。
（３） 争点（３）（被控訴人Ｙ1（建設大臣）による庄内川の河川管理に瑕疵があるか。）について
ア 控訴人らの主張
（ア） 河川管理の瑕疵についての判断基準
ａ 原判決は，河川管理の瑕疵についての判断基準として，同一水系に属する本川と派川においても，最高裁昭和59年１月26日第一小法廷判決（民集38巻２号53頁参照。以下「大東水害訴訟判決」という。）の判断枠組み，すなわち「河川の管理についての瑕疵の有無は，過去に発生した水害の規模，発生の頻度，発生原因，被害の性質，降雨状況，流域の地形その他の自然的条件，土地の利用状況その他の社会的条件，改修を要する緊急性の有無及びその程度等の諸般の事情を総合的に考慮し，右諸制約の下での同種同規模の河川の管理の一般水準及び社会通念に照らして是認し得る安全性を備えていると認められるかどうかを基準として判断すべきである」（以下「大東水害訴訟判決要旨１」という。）との判断枠組みが当てはまるとしたが，誤りである。
大東水害訴訟判決は，一河川の流域内における河川の未改修による水害に関する判断枠組を示したものであり，流域内から発生した洪水を処理するための川幅拡張などの河道の流下能力を高める河川改修事業が完成しておらず，未改修であった堤防が溢水破堤して当該流域に水害が生じた事案について，河道の流下能力の増大等の河道の洪水処理量を確保して洪水に対する安全性を高めるための河川改修がなされていなかったことによって生じた水害についての判断基準を示したものである。他方，本件は，別流域を持つ別河川において，一方河川から他方河川に洪水を流入させて，他方河川で生じた水害，特に他方河川が一方河川からの流入洪水を受け入れる計画になっていない上，自己流域の洪水に対する安全の確保のための改修工事も未了のときに，一方河川から他方河川に洪水を流入させて，他方河川で水害が生じたという事案であり，大東水害訴訟判決の事案とは全く類型を異にしている。本件水害は，庄内川の破堤によるものではなく，また，新川洗堰の嵩上げは，それによって庄内川の流下能力を高めることにはならないので，その嵩上げ未了による庄内川の水害発生の危険というものはあり得ない。また，本件で問題となっている新川洗堰の嵩上げは，それによって庄内川の流下能力を増大させるものではなく，むしろ減少させるものであって，庄内川の危険性を高めるものであるから，河川をより安全性の高い段階にする「河川改修」には該当しない。
ｂ 改修計画において工事の時期と順序が定められていなければ，大東水害訴訟判決にいうような「すでに定められた改修計画に基づいて現に改修中に，その後の事情の変動により，当初の計画の時期を繰り上げたり工事の順序を変更する」ことはあり得ない。したがって，大東水害訴訟判決の判断枠組みである「改修計画に基づいて現に改修中である河川については，右計画が，全体として，過去の水害の発生状況その他諸般の事情を総合的に考慮し，河川管理の一般水準及び社会通念に照らして，格別不合理なものと認められないときは，その後の事情の変動により未改修部分につき水害発生の危険性が特に顕著となり，早期の改修工事を施行しなければならないと認めるべき特段の事由が生じない限り，当該河川の管理に瑕疵があるということはできない。」との部分（以下「大東水害訴訟判決要旨２」という。）は，改修計画において工事の時期と順序が定められていることを前提としているものと解すべきである。
しかし，本件計画には，新川洗堰の閉鎖だけでなく改修工事の時期，順序すら記載されておらず，これらは定められていない。したがって，本件計画には，大東水害訴訟判決要旨２の基準が適用される前提が備わっておらず，本件には同基準は適用されない。
（イ） 庄内川の改修計画とその計画内容に合理性がないこと
仮に，本件に大東水害訴訟判決の判断基準が適用されるとしても，庄内川の改修計画の内容は，以下のとおり「格別不合理」であり，被控訴人Ｙ1による庄内川の管理に瑕疵があったことは明らかである。
ａ 本件計画に新川に関する工事実施基本計画が存在しないこと（予備的主張１）
（ａ） 本件計画には，新川についての基本高水及び計画流量の決定に関する検討，計画高水位，計画横断形その他河川工事の実施に関する基本的事項の検討に関する記載がなく，また，新川の計画高水流量その他河川工事の実施についての基本となるべき事項（工事実施基本計画）が定められていない。一級河川の工事実施基本計画は，被控訴人Ｙ1が自ら定めなければならず，指定区間についてもこれを都道府県知事に定めさせることは許されない（改正前施行令２条２号）。この点については，原判決18頁２行目〈編注・2770ページ19行目〉から19頁20行目〈編注・2771ページ30行目〉の記載を引用するほか，以下のとおりである。
被控訴人Ｙ1は，新川流域も都市化が次第に進行しており，これに伴って流出機構に変化が生じ得ることが想定されたことなど，新川の流域開発の事情を考慮した旨主張するが，その程度の認識を持っていたとしても，新川の計画高水流量その他工事の実施に関する基本的事項について検討していなければ，大東水害訴訟判決の判断基準が前提とする改修計画策定において行われるべき調査・検討に値しないことは明らかである。
このように，庄内川水系全体を管理する計画が定められていない以上，庄内川の管理について，改正前河川法16条１項にいう工事実施基本計画が存在しないといわざるを得ない。
原判決は，この違反を認めながら形式的なものにすぎないとしたが，仮に新川が庄内川の派川であるとすると，新川についての工事実施基本計画は庄内川水系の工事実施基本計画の一部であり，新川のような重要な河川について工事実施基本計画が定められていないということは，河川管理者による管理が実態を伴っていないことを示すものであるから，その不備は形式的なものとはいえない。
（ｂ） また，庄内川水系全体を管理する計画が存在しないということは，水系一貫管理が行われていないことに他ならない。
ｂ 直轄河川改修計画書で新川の諸事情が検討されていないこと
直轄河川改修計画書の計画内容の合理性の有無についての控訴人らの主張は，原判決19頁21行目〈編注・2772ページ１行目〉から20頁13行目〈編注・2772ページ17行目〉に記載のとおりであるから，これを引用する。ただし，原判決19頁24行目〈編注・2772ページ３行目，４行目〉の「同計画は，」の次に「大東水害訴訟判決の基準によっても，」を加え，20頁13行目〈編注・2772ページ17行目〉の末尾に改行の上，以下のとおり加える。
「被控訴人Ｙ1は，直轄河川改修計画書に指定区間である新川について記載がないことに違法性や不合理な点はないと主張するが，控訴人らの主張は，直轄区間の改修を進めるに当たって，新川の諸事情を考慮すべきであるのに考慮していないということであり，具体的には，新川洗堰の越流を放置したまま庄内川の改修を進めてよいのかどうかの検討の必要性の問題である。被控訴人Ｙ1の主張は，控訴人らの主張に対する反論たり得ないものである。」
ｃ 本件計画に改修の時期・順序が定められていないこと（予備的主張２）
（ａ） 大東水害訴訟判決要旨２では，「既に定められた改修計画に基づいて現に改修中である河川については，右計画が，全体として，過去の水害の発生状況その他諸般の事情を総合的に考慮し，河川管理の一般水準及び社会通念に照らして，格別不合理なものと認められないときは，その後の事情の変動により，当該河川の未改修部分につき水害発生の危険性が特に顕著となり，当初の計画の時期を繰り上げ，又は工事の順序を変更するなどして早期の改修工事を施行しなければならないと認めるべき特段の事由が生じない限り，当該河川の管理に瑕疵があるということはできない。」と判示されており，改修の時期・順序が定められていることを前提とするものであることは明らかである。
しかし，庄内川について，改修の時期・順序が定められた改修計画は存在しない。
したがって，仮に本件における新川と庄内川との関係において大東水害訴訟判決要旨２の基準が適用されるとしても，庄内川の改修計画は，同判決が前提とする改修計画の要件を備えていない格別不合理なものである。
（ｂ） 被控訴人Ｙ1は，工事実施基本計画には改修の時期や順序を定めることとされていないし，直轄河川改修計画書にも改修の時期や順序を定めることとされておらず，河川改修については下流優先の原則に従って改修工事が行われることが前提となっているのであるから，それだけで大東水害訴訟判決の基準を満たさないとはいえないと主張する。
しかしながら，下流優先の原則は改修の順序に関する絶対的な原則ではなく，また，それだけでは改修時期を定める基準にはなり得ないことからすると，下流優先の原則から時期と順序が定められているということはできない。改修計画では，下流優先の原則を踏まえて改修の順序と時期が具体的に定められていなければならない。
そして，大東水害訴訟判決は，河川管理の特殊性から，改修途上河川に関する管理の瑕疵を，一定の要件の下，他の公の営造物の管理の瑕疵よりも狭く解しており，とりわけ同要旨２は同要旨１を適用することなく，「当初の計画の時期を繰り上げ，又は工事の順序を変更する特段の事情のない限り」，「既に定められた改修計画に基づいて現に改修中であ」ればよいというのであるから，大東水害訴訟判決の示した要件は厳格に適用しなければならない。
したがって，本件計画には改修の時期と順序が定められていないから，大東水害訴訟判決要旨２の要件を満たさない格別不合理なものである。
（ウ） 被控訴人Ｙ1が実施した庄内川の河川改修事業の合理性の有無（予備的主張３）
仮に，本件に大東水害訴訟判決の判断基準が適用されるとしても，被控訴人Ｙ1が実施した庄内川の河川改修事業，すなわち，庄内川及び新川につき，新川洗堰を嵩上げ閉鎖せず新川への庄内川洪水の流入を残したまま庄内川の改修，特に庄内川下流の改修をしたことは，大東水害訴訟判決要旨１に挙げられた諸事情を総合的に考慮し，河川管理における財政的，技術的及び社会的諸制約のもとでの同種・同規模の河川の管理の一般水準及び社会通念に照らして是認しうる安全性を備えているとはいえず，明らかに不合理なものである。
すなわち，被控訴人Ｙ1は，庄内川の河川管理である河川改修事業において，以下に述べるような新川の諸事情，特に治水上の脆弱性，庄内川の堤防の安全性の状況と改修事業の進め方，新川洗堰を閉鎖しても庄内川左岸側のポンプ排水を停止すれば水位の上昇はないことなど，河川改修において考慮すべき事情があることを知り，又は少なくとも知り得たにもかかわらず，あるいは，下流部の堤防嵩上げにおいてこれらの諸事情を当然検討すべきであるにもかかわらず，本件計画や直轄河川改修計画書に新川の計画高水流量など工事実施基本計画として定めなければならない事項すら全く記載せず，これらを全く検討しないまま庄内川下流の改修を行ったものであり，庄内川の河川管理において瑕疵があったことは明らかである。
ａ 新川の治水上の脆弱性
（ａ） 新川流域における外水被害の有無とその原因について
昭和44年の庄内川の直轄編入以後，本件豪雨までの間に，新川周辺では38回の水害が発生したが，その他にも，原判決別紙新川周辺浸水被害一覧表記載のとおり，新川の支川である青木川，五条川，合瀬川，鴨田川及び水場川などで生じた浸水被害も，新川流域における浸水被害にあたる。
これらの浸水被害はそのほとんどが内水被害であるが，これは，新川に十分な流下能力がなかったこと，すなわち，暫定計画によると，新川の現況計画対象高水は750m3/sであり，現況河川分担流量は380m3/s，現況流域負担流量は370m3/sとなっており，現況流下能力は約50％でしかなかったことに加え，新川洗堰からの庄内川流水をも流下させなければならない状況におかれていたことにより，新川の溢水・破堤による外水被害を避けるため，堤内から支川や新川への流入が制限された結果，堤内での湛水被害として生じたものであって，実質的には外水被害であった。原判決は，本件水害前に新川洗堰からの越流により外水被害が生じたことがなかったとして，河川管理の瑕疵を否定しているが，誤りである。
また，原判決は，新川の河川状況について，暫定計画の記述を引用して，新川流域の「内水被害」の原因は新川の河川勾配という地理的要因であると判示しているが，暫定計画には，新川に流入する河川の河床勾配に比べて新川本川の河床勾配が緩いことは，新川本川を越水・破堤の危険にさらしていると記載されているのであり，河床勾配が原因で内水被害が起こるとは記載されていない。すなわち，河床勾配のより急な河川が，より緩やかな河川に合流すると，河床勾配の緩やかな河川は洪水流量が増大し，越水・破堤の危険にさらされる。この危険を防止するには，合流してくる支川の流量を減らさなければならず，そのためには堤内から支川に流入してくる水を支川に入れないようにすることが必要である。その結果，支川に流入できない水が堤内に滞留して浸水被害が生じる。この被害は，堤内に水が溜まっているため，内水被害のようにみえるがそうではなく，本川の流下能力を超える洪水による越水・破堤という外水被害を防ぐために，堤内から支川に水を入れないようにしていることによって生じているのであって，河川流下能力を超える洪水による外水被害なのである。
（ｂ） 昭和54年総合治水対策（国の総合治水対策特定河川事業）について河川整備による洪水氾濫対策だけでは計画目標とする降雨に対する安全度の確保が困難な河川については，流域から河川への流出量を抑制することが求められる。このため，都市化が急激に進んでいる河川では，河川整備とあわせて流域からの流出量を抑制する流域対策が急務であるとの認識から，流域の保水・浸透機能の回復及び保全を図るために，流域内の地方公共団体の任意の合意に基づく流出抑制対策を洪水氾濫対策に位置づけた「総合治水対策」が昭和54年度から開始され，17河川で実施されたが，新川はこの17の総合治水対策河川の一つである。
この総合治水対策はあくまで河川の氾濫防止のための外水対策であって，都市部で頻発している内水被害を念頭において実施したものではない。総合治水対策では，概ね10か年以内に暫定的な目標安全度である生起確率１／10程度の降雨に対応するため，河川整備とあわせ，流域を治水上の役割及びその地形，地質特性によって「保水地域」「遊水池域」「低地地域」の三地域に区分し，それぞれの地域特性に応じた保水・浸透機能の維持・向上を図ることとしている。
新川についての総合治水対策の暫定的な目標安全度である生起確率は１／10ではなく，さらに低い１／５である。この生起確率の降雨（時間雨量50mm）による河川氾濫防止のために，河川整備と共に河川への流出量を抑制する流域対策を実施することになっている。
河川への流出量の抑制削減には，流域での保水，遊水及び浸透機能の確保が必要である。新川の鴨田川合流後から五条川合流前の区間については，流域対策として，鴨田川流域及び水場川流域に各１箇所自然遊水地区と雨水貯留施設設置区域が設けられている。
このように，河道流下能力の拡大や流域対策の進捗度が低水準な河川で，河川の氾濫・破堤を防止するには，河川に流入する小河川について河川への排水能力を計画規模まで整備せず低水準にしておき，流域からの河川への流入を抑制しておくほかない。新川流域の低地でポンプ排水が必要な地域に対して，それは制限，抑制されることとなり，本来は新川河道へ排水されるべき洪水が，流域内に溜まり，浸水状態が発生することになる。
総合治水対策の暫定計画での基本高水流量（水場川は90m3/s，鴨田川は60m3/s）に対して，水場川排水機場の排水能力は昭和54年から本件水害時は30m3/s，鴨田川排水機場の排水能力は12.5m3/sしかなく，両河川の新川への流入量はいずれも３分の１以下に抑制されている。
このように河川の氾濫・破堤の防止のために流域から河川への流入量が抑制されれば，当然のことながら，流域では降雨の遊水や滞留が生じることとなり，河川に流入する小河川では氾濫が生じ，これらによる浸水被害が発生することになる。この浸水被害は，河川が本来必要な河道流下能力がなく，河川の氾濫・破堤の防止のために生じているのであって，外水被害と評価すべきである。
ｂ 新川と庄内川の安全度の比較
（ａ） 計画規模及び計画内容による比較
庄内川では下流部（基準地点枇杷島上流域）での年超過確率１／200，上流部（基準点多治見上流域）での年超過確率１／100の本件計画が実施されていたのに対し，新川では，年超過確率１／100の全体計画が策定されたが，この全体計画は実施困難であったため，総合治水対策を組み込んだ，年超過確率１／５の暫定計画が策定されて実施されていたのであって，庄内川と新川とでは実施されている洪水防御計画の計画規模の差が極端に大きい。
原判決は，新川の治水上の脆弱性を認めながら，庄内川と新川とでは，河川の大きさ，洪水防御計画の対象となる地域の社会的経済的重要性，想定される被害の質量及び過去の災害の履歴などが異なるから，洪水防御計画の計画規模や現況堤防の高さや幅によって，その安全度の高低を評価することはできないと結論付けているが，上記のような計画規模の差はまさに新川の治水上の脆弱性を基礎づける事実というべきであり，安全度の高低そのものに直結する事実である。
また，庄内川の治水計画では専ら河川対応の河川計画で行うことになっているのに対し，新川の治水計画では，総合治水対策がとられ，河道，治水緑地，放水路を含めた河川分担のみでは対処できず，自然遊水地区，雨水貯留施設などの流域分担も含めた治水対策がとられている。この点で，新川は，専ら河川対応の治水対策がとられている庄内川とは異なり，河川の流下能力が小さく，それだけでは洪水を処理できないため，流域分担によって洪水処理をする計画となっている。
（ｂ） 堤防の安全度の比較
庄内川と新川の堤防の安全度の比較については，原判決24頁14行目〈編注・2775ページ23行目〉から26頁13行目〈編注・2777ページ８行目〉に記載のとおりであるから，これを引用する。
（ｃ） 計画高水位の河口水位の点からの安全度の比較
計画堤防高は計画高水位に余裕高を加えたものであるから，計画高水位の高さにより堤防の安全度が定まるところ，計画高水位の決定のためになされる不等流計算では河口として０Ｋ地点の水位を出発点として順次上流へ水位計算していくから，計画高水位の決定において河口水位を高く設定すると計画高水位は高い水位になる関係にあり，河口水位を比較検討することで両河川の安全度の比較が可能となる。庄内川の河口水位は，本件計画においてT.P. 2.90ｍとされ，新川の河口水位は，全体及び暫定計画においてT.P. 1.20ｍとされ，庄内川の方が1.7ｍ高く設定されており，その結果庄内川の計画高水位は新川の計画高水位よりも1.7ｍ高くなっている。したがって，計画高水位に基づく安全度は，庄内川の方が高い。
庄内川の５Ｋより下流で現況堤防高が計画高水位を超えるところがあるが，それは，上記のように新川に比べて計画高水位の河口水位が1.7ｍ高く設定されていることの結果である。したがって，庄内川の５Ｋより下流部では現況堤防高が計画高水位を下回っているところがあるが，新川との比較では，洪水に対する安全度が低いわけではない。
新川と庄内川の各3.6−５Ｋの両河川の距離はおよそ０−１kmにすぎないが，同区間の現況堤防高は新川はT.P. ４−５ｍ程度，庄内川はT.P. ４−６ｍ程度と新川の方が低い。庄内川のみが現況堤防高が計画高水位を下回っているが，それは，上記のように高い河口水位によって計画高水位が設定されているからである。そして，新川の同区間の現況堤防高は，計画潮位に基づく計画堤防高5.0ｍ（庄内川は6.2ｍ）にもなっていない。
河口水位は計画高水位決定の前提となる重要なものであるにもかかわらず，この点を看過した原判決は失当である。
（ｄ） 現況流下能力
本件豪雨時の流下能力の整備水準は，同じ年超過確率１／100規模の流量について比較した場合，庄内川は，新川と比べて，一色大橋下流の直上下流より高さが低いところでは同程度の水準であり，それ以外の区間では上回っていたし，一色大橋下流を直上下流と連続的な高さになるように早急になすべき暫定嵩上げをすれば，全川にわたって新川を上回る流下能力の水準となる。そして，破堤を起こすような堤防損傷もなく洪水を流下できる流下能力では，庄内川は年超過確率１／100規模の流量（本件豪雨時の流量に相当）の流下が可能であるのに対して，新川は年超過確率１／30規模の流量（本件豪雨時の第１ピーク流量に相当）であった。
（ｅ） 本件豪雨時における庄内川と新川の安全度の検証
本件豪雨時における庄内川と新川の安全度の検証については，原判決26頁14行目〈編注・2777ページ９行目〉から29頁10行目〈編注・2779ページ12行目〉に記載のとおりであるからこれを引用する。
ｃ 庄内川についてなすべき改修方法
（ａ） 一色大橋下流右岸の暫定嵩上げ
庄内川の5.4Ｋの上流では，現況堤防高は，計画高水位＋1.2ｍ（余裕高の構造令基準）がほぼ満たされており，構造令基準をほぼ充足していた。
また，計画高水位＋1.5ｍ（19.6Ｋより上流の余裕高の基準）もほぼ満たされていた。現況堤防高が計画高水位＋1.5ｍ以下でないのは，左岸合計3.2km，右岸合計で1.8kmで両岸合計で５km程度であり，最大差は約0.8ｍで，概ね0.2−0.3ｍ以下である。
庄内川の5.4Ｋの下流では，計画高水位は高潮による水位上昇を加えて洪水による水位よりも1.7ｍ高くなっており，現況堤防高はほぼ計画高水位以上である。現況堤防高が計画高水位以下の区間は左岸右岸とも各約800ｍであり，その計画高水位との最大差は約0.8ｍである。
以上の高さの不足している区間の現況堤防高は，いずれもその直上流はもちろん直下流よりも低い。
上記の堤防高の不足区間は，構造令基準さらに19.6Ｋより上流基準や計画高水位を充足しているその上下流より堤防高さの安全度が低いことが明らかである。その上，当該区間の直下流よりも堤防高が低く，格別に高さの安全度が低いことも明らかである。したがって，上記の堤防高の不足区間は，暫定的にも最優先して，上下流と安全度が等しくなるように，パラペットで堤防の嵩上げをすることが必要である。
5.4Ｋより下流は計画高水位，5.4Ｋより上流は計画高水位＋1.5ｍの堤防高にする暫定嵩上げは，その区間は，左岸合計4.0km，右岸合計2.6km，両岸総合計6.6kmであり，高さも最大は右岸14.8Ｋの0.8ｍ（数値による），左岸12.0Ｋの0.6ｍで，概ね0.3ｍ以下と僅かである。暫定嵩上げとして橋梁の架け替えも必要がない。上記のような暫定嵩上げがなされると，堤防高が，5.4Ｋの上流では全区間で計画高水位＋1.5ｍ以上，5.4Ｋの下流では全区間で計画高水位以上となり，堤防高さの安全度が全川的に大きく向上する。
改修途上河川の洪水に対する安全度は段階的に向上させるべきものであり，このような堤防嵩上げは，安全度の段階的向上として，最も効果的かつ効率的な方法である。最下流から完成堤防を順次築いていくよりも，改修途上における堤防高さの安全度をはるかに早くかつ全川的に等しく向上させることができる。
したがって，上記の堤防高の高さ不足区間の暫定的嵩上げは，まず行うべき改修工事であった。
（ｂ） 小田井遊水地について
本件計画では，小田井遊水地の分派量は170m3/sである。小田井遊水地は平成元年度に概成し，越流堤高は，計画堤高のT.P. 8.35ｍではなく暫定堤として T.P. 7.85ｍとする設計で施工され，計画高より0.5ｍ低かったため，低い河川水位で遊水地内に越流が始まってしまい，本件水害のように河川水位が高くなったときには既に遊水地が湛水し，貯水できる容量がなくなっており，流量削減能力は失われていた。小田井遊水地は最も流量の削減をしなければならない大洪水のときに，流量削減ができない構造であった。したがって，平成元年度に概成した小田井遊水地は，その時の越流堤の設計に誤りがある欠陥遊水地であった。
したがって，越流堤の堤高を嵩上げすることも，庄内川の水位を下げるために必要な改修工事であった。
（ｃ） 庄内川左岸側排水ポンプの停止又は制限を組み入れた新川洗堰の閉鎖庄内川左岸側排水ポンプの停止又は制限を組み入れた新川洗堰の閉鎖の必要性，すなわち，上記ポンプ運転を停止すれば，新川洗堰を閉鎖してもその下流の水位は上昇せず変化しないことについては，原判決29頁11行目〈編注・2779ページ13行目〉から30頁20行目〈編注・2780ページ16行目〉に記載のとおりであるから，これを引用する。
イ 被控訴人Ｙ1の主張
（ア） 河川管理の瑕疵についての判断基準
本件水害は，一河川から他の河川に洪水を流入させたことによって他の河川に生じた水害であることを前提として，流出元の河川管理の当否という観点から判断すべき問題ではないし，また，新川の安全性を守るために洗堰の嵩上げを行うか，庄内川の流下能力を維持するために洗堰の嵩上げを行わないかの選択の問題でもない。
庄内川と新川は，同一水系に属する本川と派川の関係にあり，河川管理の瑕疵の有無の判断においても，両河川を一体のものとして，大東水害訴訟判決の判断枠組みを当てはめるべきである。
（イ） 庄内川の改修計画とその計画内容の合理性について
庄内川の改修計画とその計画内容の合理性を検討する前提となる改修経過についての被控訴人Ｙ1の主張は，原判決37頁20行目〈編注・2786ページ６行目〉から52頁11行目〈編注・2797ページ15行目〉に記載のとおりであるから，これを引用する。
ａ 本件計画に新川に関する工事実施基本計画が存在しないとの主張（予備的主張１）について
控訴人らは，[1]被控訴人Ｙ1が，新川について計画高水流量その他河川工事の実施に関する基本的事項（工事実施基本計画）を定めていないもので，改修計画の元となる本件計画からして格別不合理なものである，[2]さらに，本件計画の策定において，新川について，計画高水流量，計画高水位，計画横断形その他河川工事の実施に関する基本的事項の検討がなされておらず，同計画は一層，「格別不合理」であると主張する。
控訴人らの主張は，本件計画中に新川についての記載がないことを理由とするものであるが，失当である。
すなわち，建設大臣は，新川を含めた庄内川水系の工事実施基本計画を策定して，新川の最上流部における計画高水流量を０m3/sとし，これを前提として，河川法９条２項の規定に基づき新川の河川管理の一部を行う愛知県知事が，全体計画において，新川の改良工事に必要な計画高水流量等を定めている。そして，建設大臣がこの全体計画を妥当なものと認めて認可しているのであり，以上によって，庄内川水系について，河川法に基づく水系一貫管理が行われているのである。
ｂ 直轄河川改修計画書で新川の諸事情が検討されていないとの主張について改正前河川法９条２項により，一級河川のうち指定区間の管理の一部は都道府県知事が行うこととされているが，指定区間を除いた区間は，一般に指定区間外区間と呼ばれる。また，この指定区間外区間は，都道府県知事に管理の一部を委任せず，建設大臣自ら管理を行うことから，一般に直轄管理区間とも呼ばれる。直轄河川改修計画書は，建設大臣から委任を受けた中部地方建設局長が，直轄管理区間について，改良工事の基本的事項を定めたものであるから，指定区間である新川について記載がないことに違法性や不合理な点はない。
なお，庄内川水系における建設大臣の権限は，改正前河川法98条及び改正前施行令53条により，その一部が中部地方建設局長に委任されていることから，中部地方建設局長が庄内川の直轄河川改修計画書を定めている。
本件計画では，新川の流域開発の諸事情を考慮し，建設大臣によって将来的には新川への分派量は０m3/sとされたが，中部地方建設局長が定める直轄河川改修計画書においても，これを前提として，直轄管理区間の改良工事の実施に必要な事項として堤防標準断面等の完成形が定められている。
このように，直轄管理区間の管理を行う中部地方建設局長は，本件計画に従って，直轄管理区間における改良工事の実施に必要な堤防標準断面等の完成形を定め，庄内川全川においてできる限りのバランスに意を用いつつも，河口付近を中心とした下流部の安全を確保することを優先させて，段階的に治水事業を進めていたのであり，新川において水害発生の危険性が特に顕著となるなど，新川洗堰の閉鎖を検討するような事情の変化はなかった。
ｃ 本件計画に改修の時期・順序が定められていないとの主張（予備的主張２）について
控訴人らは，「新川の計画高水流量などの河川工事の実施に関する事項および改修工事の時期と順序が定められていない被控訴人Ｙ1の庄内川の改修計画は，大東水害訴訟判決が前提とする改修計画の要件を備えていない，「格別不合理」なものである」とも主張する。
しかしながら，本件計画は，長期的視野に立って河川管理の基本的事項を定めたものであり，そこには，詳細な内容や実施時期等は定められないが，例えば予算規模の裏付けもないままに実施時期を定めても無意味であることを考えれば明らかなとおり，本件計画の中で一定の改修が定められていても，それをいつの時点で，どのような手順で実施するかの判断は，行政庁による裁量（実施裁量）に委ねられているのである。
新川洗堰についていえば，本件計画においては，急速に進む新川流域の開発・都市化を考慮し，最終的な分派量を０m3/sとしているものの，河川管理の特殊性，特に技術的制約から，新川洗堰の閉鎖・嵩上げに先立ち，流下能力が不足する庄内川下流部の改修を優先して実施することは当初から明らかであったし，庄内川下流部の改修が終わらない中で，新川洗堰の閉鎖を早期に実施する特段の事情もなかったのであるから，上記裁量の逸脱はない。
（ウ） 被控訴人Ｙ1が実施した庄内川の河川改修事業の合理性の有無（予備的主張３）について
ａ 新川の治水上の脆弱性に関する主張について
（ａ） 新川流域における外水被害の有無とその原因について
外水被害とは「河道から越流や破堤などにより水が溢れ出し浸水すること（外水氾濫）」をいい，内水被害とは「洪水時，川の水位の上昇や流域内の多量の降雨等により堤内地の排水が困難となり浸水すること（内水氾濫）」をいう。したがって，上記内水被害を指して外水被害などとする控訴人らの主張は，独自の見解であって失当である。
実質的にも，控訴人らの多くが居住している〈住所略〉（当時）においては，下水路の整備が進捗しておらず，未だ，その多くが計画段階にあった。
また，昭和44年の庄内川の直轄編入以後，本件水害までの間に，新川周辺において水害が発生したのは38回であるが，新川の水位が高かった平成３年には浸水被害が発生しているものの，同じく水位が高かった平成６年には，〈住所略〉において浸水被害は発生していない。一方，浸水被害が発生している年の新川の水位は低く，例えば，昭和54年の水位は，32年間における水位のうち下から第３位となっているなど，これらの浸水被害は流域の処理能力不足によるものといえる。
また，新川周辺の内水被害の発生は，新川周辺の地形が概して低平地であり，かつ，既開発地が多いことから内水被害を受けやすい地形特性を持つことによるのである。
なお，控訴人らは，新川の河道流下能力について，新川流域整備計画によれば，新川の現況計画対象高水は750m3/sであり，現況河川分担流量は380m3/s，現況流域分担流量は370m3/sとなっており，現況の河川処理流量は高水の50％でしかないことを挙げる。しかしながら，新川の総合治水対策である新川流域整備計画（〈証拠略〉）における「流量分担計画図」は，計画対象高水に対して河川及び流域で分担する流量を定めたものであるが，控訴人らが主張するような，「現況の河川処理流量は高水の50％でしかない」ことを示すものではない。
流量分担計画図は，計画された分担量に対し，「現況」の数値（流域分担計画図の括弧内の数値），すなわち，流量分担計画図が策定された時点における現実の貯留量や流量を示したものであって，流量や貯留量の能力の最大値（現況能力）を示したものではない。
つまり，計画対象高水750m3/sのうち，370m3/sは河川に流入する前に保水地域等の流域で湛水し，河川には380m3/sしか流入してこないという趣旨であって，必ずしも380m3/sしか流せないということではない。新川の河道能力が計画高水の50％しかないという控訴人らの主張は誤りである。
（ｂ） 昭和54年総合治水対策（国の総合治水対策特定河川事業）について総合治水対策とは，近年，都市及び都市周辺地域の開発の進行に伴う人口の集中，洪水時の河川への流出量の増大等により，治水安全度の低下の著しい特定の都市河川について，流域の持つ保水・遊水機能の確保及び災害の発生のおそれがある地域での土地利用の誘導等の措置と併せて河川改修事業を重点的に実施することにより，流域の変ぼうと調和のとれた治水施設の整備を図り，もって国土の保全と民生の安定に資することを目的とするものである。
被控訴人Ｙ1は，昭和54年度に新川を総合治水対策の対象河川とし，これにより，被控訴人Ｙ1の定めた要領，指針に基づき，被控訴人Ｙ2及び流域の市町が新川の総合治水対策を実施してきたところ，これを根拠として，新川流域の内水被害のように見える浸水被害は，新川が本来必要な河道流下能力がなく，その氾濫・破堤の防止のために生じているものであり，その実態は外水被害であるなどとする控訴人らの主張は独自の見解に基づくものであり，失当である。
ｂ 新川と庄内川の安全度の比較について
新川と庄内川の安全度の比較についての被控訴人Ｙ1の主張は，原判決60頁３行目〈編注・2803ページ15行目〉から65頁15行目〈編注・2807ページ22行目〉に記載のとおりであるから，これを引用する。ただし，同61頁15行目〈編注・2804ページ21行目〉末尾に改行の上，以下のとおり加え，16行目〈編注・2804ページ22行目〉の「（ｃ）」を「（ｄ）」に，63頁７行目〈編注・2806ページ２行目〉の「（ｄ）」を「（ｅ）」に，23行目〈編注・2806ページ16行目〉の「（ｅ）」を「（ｆ）」に，それぞれ改める。
「（ｃ）なお，控訴人らは，本件豪雨当時の新川の現況流下能力について，新川河口から五条川合流点560m3/s，五条川合流点から水場川合流点307m3/sと主張するけれども，これらは昭和53年当時のものであって，本件豪雨当時のものではない。
暫定計画における流量分担計画は，総合治水対策整備計画調査の結果（〈証拠略〉）に基づき策定されたものであるが，この調査報告書は，被控訴人Ｙ2が，昭和53年から関係市町村の協力の下に調査を開始し，昭和57年の新川流域整備計画の策定に至る経過の中で，当該調査の結果をとりまとめたものである。そのうち，新川の現況河道流下能力については，堤防余裕高を考慮した現況流下能力は，五条川合流地点付近についてみると，新川河口から8.8から11.0Ｋの区間では560m3/sとされ，同じく河口から11.0から12.4Ｋの区間では780m3/sとされている。この数値が，昭和53年当時に把握された新川のその当時の現況流下能力であった。
本件豪雨当時の新川の流下能力については，「総合治水対策特定河川工事の内設計業務委託一級河川庄内川水系新川（激特事業計画検討）報告書」（〈証拠略〉）おいて，ほぼ明らかにされているが，これによれば，新川河口から五条川合流地点（河口から12.4Ｋ）の区間では，流下能力がもっとも低い地点（河口から10.6Ｋ）でも954m3/sの流下能力があったとされており，控訴人らの主張する560m3/sを大きく上回っている。また，五条川合流地点（河口から12.4Ｋ）から水場川合流地点（河口から15.8Ｋ）の区間においても，流下能力が最も低い地点（河口から13.8Ｋ）でも487m3/sの流下能力があったとされており，控訴人らの主張する307m3/sを大きく上回っている。」
ｃ 庄内川についてなすべき改修方法について
（ａ） 一色大橋下流右岸の暫定嵩上げについて
控訴人らは，庄内川の5.4Ｋより上流については余裕高を1.2ｍや1.5ｍに置き換え，また，5.4Ｋより下流については河川改修計画の完成に至っていないときの最下流部の改修途上における安全度としては，計画高水位で評価すれば十分であると主張する。
しかし，そもそも控訴人らの主張は，河川の規模や特性などを勘案し，基準に基づき適正に定められた計画余裕高や計画高水位を根拠のない数値に置き換えたものであり，意味はない。
庄内川の堤防は土堤であるため，計画高水位以下の流量を安全に流下させるためには，その河川の規模や特性によって定める余裕高が不可欠なのであり，堤防高が計画高水位以上であれば安全であるという控訴人らの主張は失当である。
また，本件豪雨の際に，実際に越水が起こった一色大橋下流右岸は，堤防上には占用家屋が連なっていたため，それら占用家屋や民地の家屋の移転が必要であったのであり，加えて，堤防の嵩上げは橋梁の架け替え事業と一体として施行する必要があったところ，この区間には，桁下高が計画高水位さえも下回る一色大橋と正徳橋があったのである。
すなわち，この区間の堤防嵩上げは，占用家屋の移転，及び橋梁の架け替えを行わなければ実現できなかったのであり，平成10年度に正徳橋架け替えが着手され（平成15年度完成），平成11年度末に，右岸下之一色地区の占用家屋等が５戸を残すのみとなり，同年度に，一色大橋を架け替える特定構造物改築事業が採択され，架け替えが着手されたばかりのところで，本件豪雨が発生したのである。
なお，控訴人らは，「僅かな嵩上げ」と述べているが，堤防を嵩上げすることは，単純に現況天端に嵩上げすればよいのではなく，それに伴い，堤防幅も拡幅しなければならない。例えば，0.5ｍの嵩上げを行う場合，庄内川の堤防法勾配は２割勾配（高さ１に対して幅２の比率）なので，それに伴い，川表側に１ｍ及び川裏側に１ｍの合計２ｍの拡幅となり，この拡幅部分の用地確保が必要となるのである。
（ｂ） 小田井遊水地について
控訴人らは，小田井遊水地は，平成元年度に概成させた工事に際して越流堤を計画堤高ないし本件水害後の激特事業によって嵩上げされた越流堤高に施行しておれば，流量削減のための分派量を確保できて，庄内川の大洪水時の水位を下げることができ，治水安全度をもっと高くすることが可能であったと主張する。
しかし，小田井遊水地は，本件豪雨当時には下流の河道の流下能力に見合った越流堤の高さで洪水調整機能を持った施設として概成していたのであり，庄内川下流の河道の流下能力向上にしたがって越流堤の高さが整備されていくものなのである。すなわち，本件豪雨当時，小田井遊水地は，既に適切な越流堤高で概成していたのであり，庄内川下流部の流下能力を上回る未曾有の豪雨において，越流堤高が不足していたとする控訴人らの主張は失当である。
（ｃ） 庄内川左岸側排水ポンプの停止又は制限を組み入れた新川洗堰の閉鎖について
庄内川左岸側排水ポンプの停止又は制限を組み入れた新川洗堰の閉鎖の必要性についての被控訴人Ｙ1の主張は，前記引用に係る原判決63頁８行目〈編注・2806ページ３行目〉から22行目〈編注・2806ページ15行目〉に記載のとおりである。
（４） 争点（４）（損失補償）について
争点（４）についての控訴人らの主張は原判決33頁22行目〈編注・2783ページ１行目〉から34頁２行目〈編注・2783ページ７行目〉に記載のとおりであるからこれを引用するが，原判決が指摘した，新川洗堰がもともと江戸時代から庄内川の洪水を調節するものとして存在したことや，庄内川下流部で破堤した場合の被害がより甚大であると予想されたこと，本件水害以前に外水被害が生じていなかったことは，いずれも控訴人らの特別の犠牲を否定する根拠となるものではなく，新川洗堰からの越流による新川破堤の危険性が相当程度あったのに，庄内川下流部での破堤を回避するために，敢えて新川洗堰を閉鎖していなかったところ，新川洗堰から越流して本件破堤に至り，控訴人らに深刻な本件水害の被害が発生したのである。新川流域住民にとって，庄内川下流部のために本件破堤の被害を受忍すべき理由は何ら見あたらず，新川洗堰が庄内川左岸側のポンプ排水による内水排除のはけ口とされた実態に照らせば，控訴人らの本件水害による損失は庄内川左岸側の内水被害回避のための特別の犠牲というべきである。
被控訴人Ｙ1は，補償責任の存在を否定し，新川洗堰を閉鎖・嵩上げすれば，庄内川下流部の水位が上昇して破堤の危険が伴い，控訴人ら居住地に対しても一層危険が増すこととなり，庄内川が破堤した場合の浸水被害は，本件豪雨による新川沿川の被害を上回る甚大なものになったと予測されるので，控訴人らの被害は特別の犠牲には当たらない旨主張した。
（５） 争点（５）（被控訴人Ｙ2の河川管理責任）について
ア 控訴人らの主張
争点（５）についての控訴人らの主張は，原判決32頁１行目〈編注・2781ページ16行目〉から33頁20行目〈編注・2782ページ29行目〉に記載のとおりであるから，これを引用する。ただし，同32頁14行目〈編注・2781ページ29行目〉の「治水緑地としての役割」の次に続けて「すなわち，約110m3/sを貯留する遊水地としての役割」を加える。
イ 被控訴人Ｙ2の主張
争点（５）についての被控訴人Ｙ2の主張は，原判決66頁９行目〈編注・2808ページ12行目〉から81頁11行目〈編注・2820ページ３行目〉に記載のとおりであるから，これを引用する。
（６） 争点（６）（損害額）について
争点（６）についての控訴人らの主張は原判決34頁３行目〈編注・2783ページ８行目〉から35頁８行目〈編注・2784ページ６行目〉に，被控訴人Ｙ2の主張は同81頁13行目〈編注・2820ページ５行目〉から82頁４行目〈編注・2820ページ22行目〉に各記載のとおりであるから，これを引用する。
第３ 当裁判所の判断
当裁判所も，控訴人らの請求は，以下に述べるとおり，いずれも理由がないものと判断する。
１ 前提となる事実関係についての当裁判所の認定判断は，原判決「事実及び理由」欄の第３の１（原判決82頁６行目〈編注・2820ページ24行目〉から121頁２行目〈編注・2851ページ７行目〉）に記載のとおりであるから，これを次のとおり補正して引用する。
（１） 原判決82頁７行目〈編注・2820ページ25行目〉の「〈略〉」の次に「〈略〉」を加える。
（２） 同82頁22行目〈編注・2821ページ７行目〉の「堀込み河道や山付き河道」を「堀込み河道（堤内地盤高が計画高水位より高い河道）や山付き河道（川の片岸又は両岸が山などの自然河岸となっている河道）」に改める。
（３） 同83頁４，５行目〈編注・2821ページ15行目，16行目〉の「戦後の昭和25年の流域市町の人口は」を「昭和25年には」に改める。
（４） 同83頁16行目〈編注・2821ページ27行目〉から84頁２行目〈編注・2822ページ９行目〉までを以下のとおりに改める。
「江戸時代中頃の庄内川では，上流部の瀬戸地方を中心とした焼物産業による山の荒廃から土砂の流出が増大し，一方河口付近での干拓新田の開発による流路の延長などのため，河床が高まるとともに水はけが悪化して溢水破堤の危険が生じ，堤防の嵩上げを余儀なくされ天井川化が進行していた。庄内川右岸の味鋺村付近では，大山川を始め，合瀬川，中江川等の支流が大蒲沼を経由して庄内川へ合流していたが，庄内川の河床の上昇に伴って排水は更に滞り，大蒲沼は東方へ拡大して，周辺は後背湿地的な地形になっていった。庄内川の破堤被害は，味鋺村から五条川合流付近までの右岸では，江戸時代に入ってからは寛永９年（1632年），宝暦７年（1757年），明和２年（1765年），明和４年（1767年），安永８年（1779年）に発生していた。
尾張藩によるこの地域の抜本的な水害対策として，新川の開削工事が天明４年から７年（1784年から1787年）にかけて行われた。その内容は，味鋺村地内の庄内川右岸堤防を40間にわたって切り下げて五合水（河床から堤防高の半分）の高さで間口30間の洗堰とし，庄内川の洪水をこの新川洗堰から右岸へ越流させて大蒲沼に流入させ，大山川等の流入する大蒲沼からは田面より深さ数尺の河床とした緩勾配の水路を榎津村まで庄内川に並行して掘り割り，この新川を通して庄内川の洪水の一部及び大山川等の支流の洪水と沿岸の排水を海へ流すものであり，これによって庄内川の洪水を軽減して破堤を防ぐとともに，右岸一体の排水を改良したものであった。」
（５） 同84頁９行目〈編注・2822ページ16行目〉から11行目〈編注・2822ページ17行目〉までを以下のとおりに改める。
「新川流域は，愛知県西部に位置し，名古屋市，一宮市，春日井市，犬山市，江南市，小牧市，稲沢市，岩倉市，清須市，北名古屋市，豊山町，春日町，大口町，扶桑町，甚目寺町，大治町の10市６町からなり，流域面積は約250km2である。このうち小牧市が約21％，一宮市が約12％を占めている。
道路網としては，流域中央部を東西に名神高速道路が横断し，名古屋市を中心に，西部に国道22号，中央部に国道41号，東部に国道19号，南部に国道１号が横断している。
鉄道網としては，西部の流域界にＪＲ東海道本線，ＪＲ東海道新幹線，中央部に名鉄犬山線，名鉄小牧線，東部にＪＲ中央本線，南部にＪＲ関西本線，近鉄名古屋線が横断している。
新川流域は，中京経済圏の中心をなす名古屋市の一部又は隣接地域であり，かつ交通の便に恵まれていることから，近年著しく開発が進み，保水機能を有していた上流部の丘陵地や，自然の遊水機能を有していた水田・畑地等にも人口及び資産の集積が進んでいる。
流域の人口は，昭和30年では約20万人，昭和50年では約72万人であったが，平成２年には約81万人，平成12年時点では約87万人に増加していた。また，土地利用状況は，昭和25年頃は，流域面積のうち宅地は約10パーセントであったが，その後，都市化の進展が進み，昭和52年頃には約50％まで拡大し，平成９年頃には約60パーセントに達していた。」
（６） 同84頁18行目〈編注・2822ページ23行目〉から23行目〈編注・2822ページ28行目〉までを以下のとおりに改め，24行目〈編注・2822ページ29行目〉の「エ」を「ウ」に改める。
「イ新川洗堰は，前記のとおり，天明４年（1784年）に始まった新川開削工事の一環として築造され，その後，庄内川の水害は減少したが，河床はなおも高まり，新川洗堰からは五合水に達する以前に溢流するようになった。出水の度に新川洗堰は破堤と復旧を繰り返していたが，洗堰の高さは一定せず，新川へ分派される水量は甚だしく不安定であったため，溢流が始まる高さの取り決めは，庄内川本川の沿岸と新川沿岸住民の間で意見の分かれるところであった。このため明治16年（1884年）には，抜本的な修繕が行われ，新川洗堰は石材を用いた堅牢なものとなり，高さも固定された。」
（７） 同85頁４行目〈編注・2823ページ４行目〉の「調節池」を「調節地」に改める。
（８） 同88頁７行目〈編注・2825ページ20行目，21行目〉の「同資料の概要は」を「同資料は，既往の大洪水の規模を推定し，庄内川の計画高水流量，洪水調節計画，改修計画等について，昭和45年計画の内容を再検討した結果を示したものであり，その概要は」に改める。
（９） 同90頁24行目〈編注・2827ページ25行目〉の末尾に改行の上，以下のとおり加える。
「前記のとおり，改正前河川法16条１項は，河川管理者が管理する河川について，工事実施基本計画の策定義務を規定し，同条２項において，工事実施基本計画は，政令で定める準則に従い，水系ごとに，その水系に係る河川の総合的管理が確保できるように定められなければならないと規定している。本件計画では，これらの規定を受けた改正前施行令10条２項２号に基づき，河川工事の実施の基本となるべき計画に関する事項として，以下のとおり定めている。」
（10） 同95頁10行目〈編注・2831ページ８行目〉の「調節池」を「調節地」に改める。
（11） 同95頁20行目〈編注・2831ページ17行目，18行目〉の「不当流計算」を「不等流計算」に改める。
（12） 同105頁11行目〈編注・2838ページ24行目〉の「本件計画当時」の次に「及び本件豪雨当時」を加える。
２ 争点（１）（本件破堤の原因）について
本件破堤の原因についての当裁判所の判断は，原判決「事実及び理由」欄の第３の２（原判決121頁３行目〈編注・2851ページ８行目〉から20行目〈編注・2851ページ27行目〉，ただし，４行目及び６行目〈編注・2851ページ９行目及び11行目〉の「流入水」をそれぞれ「洪水」に改める。）に記載のとおりであるからこれを引用する。
３ 争点（２）（新川洗堰は，堤防として通常有すべき安全性を欠いた瑕疵ある堤防か。（主位的主張））について
（１） 控訴人らは，新川が庄内川と同一水系に指定されていても，それは形式的なものにすぎず，開削の経緯，自然条件及び河川管理の状況からみれば，両者は別河川であって，このような庄内川とは別河川である新川に庄内川の洪水を越流させる機能を有する新川洗堰は，洪水を他の流域に持ち込まない洪水排除の原則に反し，慣習上ないし条理上許されないから，堤防として通常有すべき安全性を欠くものであると主張する。
（２） しかしながら，水系の指定は，国土保全（治水）上又は国民経済上，特に重要な水系について政令をもって行われ，水系を指定する政令の制定又は改廃の立案に際しては，河川審議会及び関係都道府県知事の意見を聴くべきものとされ，一級河川の指定は，上記政令で指定された水系にかかる河川を建設大臣が指定する方法で行われる（改正前河川法４条）。
そして，水系が国土保全上特に重要であるとは，当該水系に係る河川について洪水，高潮等の災害が発生した場合に想定される人命，財産等の被害が広範囲に及び，又は多数，多額にのぼるため，その防止が国家的見地からして重要とされることを意味するものと解される。
以上のとおり，法令上，水系は，単に水面が連続する本川及び支派川を総称するものではなく，国士保全又は国民経済の観点から，学識経験者及び関係地方公共団体の意見を反映して，一貫した管理の必要性の有無を実質的に判断して指定されているのであるから，水系指定が形式的なものであることを前提とする控訴人らの主張は採用できない。
（３） 控訴人らは，新川開削の経緯に照らし，庄内川の支川であった大山川，合瀬川及び五条川が新川に付け替えられて，それらの流域が庄内川と分離されたことにより，新川と庄内川とは別河川になった旨，そして，新川の集水域となり水源となっているのは，大山川，合瀬川及び五条川であり，庄内川ではないとして，両者は自然条件としても別河川であると主張する。
しかし，上記のような庄内川の支川の流路についての人為的な変更は，天明年間に，治水に関する当時の知識や技術に基づいて行われた河川改修方法の一つにすぎず，新川はなお新川洗堰を通じて庄内川と繋がり，庄内川の洪水が流入する構造を有しており，その機能を廃してはいないのであるから，庄内川と別河川になったということはできない。
また，控訴人らは，新川については被控訴人Ｙ1による管理の実態がないとして，両者が別河川であるとも主張するが，そうであるとすれば，前記のとおりの水系指定の趣旨に照らして，河川管理者による管理の瑕疵の有無を問題とすべきものである上，その管理の実態は，後述するとおり河川法の規定に基づく水系一環管理として被控訴人Ｙ1の関与のもとに行われているものと認められるから，控訴人らのこの主張も採用することができない。
（４） 新川洗堰の瑕疵についての控訴人らの主位的主張は，上記のとおり理由がないが，その主張は，結局のところ，河川施設として築造された新川洗堰が，その設計上予定される安全性を欠き，当該施設として内在的な欠陥があることをいうものではなく，庄内川の右岸19.4Ｋの地点に，庄内川の洪水を新川へ越流させる構造と機能を有する越流堤を設置した状態にしておくことの当否，即ち，河川管理者が行う河川管理の瑕疵を問題とすることに他ならないのであるから，これについては争点（３）においてさらに検討することとする。
４ 争点（３）（被控訴人Ｙ1（建設大臣）による庄内川の河川管理に瑕疵があるか。）について
（１） 河川管理の瑕疵についての判断基準
ア 国家賠償法２条１項の営造物の設置又は管理の瑕疵とは，営造物が通常有すべき安全性を欠き，他人に危害を及ぼす危険性のある状態をいい（最高裁昭和51年（オ）第395号同56年12月16日大法廷判決・民集35巻10号1369頁参照），これを河川施設についてみると，河川施設の構造又は管理の実態が，洪水を氾濫させない安全性を欠いて，他人に危害を及ぼす危険性のある状態ということができる。
ところで，一般に河川は自然発生的な公共用物であつて，管理者による公用開始のための特別の行為を要することなく自然の状態において公共の用に供される物であるから，道路等のように通常当初から人工的に安全性を備えた物として設置され，管理者の公用開始行為によつて公共の用に供される営造物とは性質を異にし，もともと洪水等の自然的原因による災害をもたらす危険性を内包しているものである。
もっとも，新川は上述したとおり，地形に沿った水流から自然発生した河川とは異なり，人工的に開削された河川であって，新川洗堰も庄内川の洪水を新川に分派させるために人工的に築造されたものであるという点で，自然公物たる河川とは異なるものであるが，新川の開削及び新川洗堰の築造は，天明年間に当時の知識や技術に基づいて行われたものであって，自然の河川と比べて洪水等に関する安全性が優れていたわけではないことは容易に推認できるところであり，自然の河川と同様に本来的に洪水等による災害をもたらす危険性を内包するものであって，その管理における諸制約についても異なるところはないから，その管理の瑕疵の有無についての検討に当たっては，これを自然に発生した河川と別異に扱うべきものとは解されない。
河川の管理は，このように本来的に災害発生の危険性をはらむ河川を対象として開始されるのが通常であって，河川の通常備えるべき安全性の確保は，管理開始後において，予想される洪水等による災害に対処すべく，堤防の安全性を高め，河道を拡幅・掘削し，流路を整え，又は放水路，ダム，遊水地を設置するなどの治水事業を行うことによって徐々に達成されていくことが当初から予定されているものということができる。この治水事業は，もとより一朝一夕にして成るものではなく，しかも全国に多数存在する未改修河川及び改修の不十分な河川についてこれを実施するには莫大な費用を必要とするものであるから，結局，原則として，議会が国民生活上の他の諸要求との調整を図りつつその配分を決定する予算のもとで，各河川につき過去に発生した水害の規模，頻度，発生原因，被害の性質等のほか，降雨状況，流域の自然的条件及び開発その他土地利用の状況，各河川の安全度の均衡等の諸事情を総合勘案し，それぞれの河川についての改修等の必要性・緊急性を比較しつつ，その程度の高いものから逐次これを実施していくほかはない。また，その実施にあたっては，当該河川の河道及び流域全体について改修等のための調査・検討を経て計画を立て，緊急に改修を要する箇所から段階的に，また，原則として下流から上流に向けて行うことを要するなどの技術的な制約もあり，更に，流域の開発等による雨水の流出機構の変化，地盤沈下，低湿地域の宅地化及び地価の高騰等による治水用地の取得難その他の社会的制約を伴うことも看過することができない。しかも，河川の管理においては，道路の管理における危険な区間の一時閉鎖等のような簡易，臨機的な危険回避の手段を採ることもできない。河川の管理には，以上のような諸制約が内在するため，すべての河川について通常予測し，かつ，回避しうるあらゆる水害を未然に防止するに足りる治水施設を完備するには，相応の期間を必要とし，未改修河川又は改修の不十分な河川の安全性としては，上記諸制約のもとで一般に施行されてきた治水事業による河川の改修，整備の過程に対応するいわば過渡的な安全性をもって足りるものとせざるを得ないのであって，当初から通常予測される災害に対応する安全性を備えたものとして設置され公用開始される道路その他の営造物の管理の場合とは，その管理の瑕疵の有無についての判断の基準もおのずから異なったものとならざるを得ない。
結局，河川の管理についての瑕疵の有無は，過去に発生した水害の規模，発生の頻度，発生原因，被害の性質，降雨状況，流域の地形その他の自然的条件，土地の利用状況その他の社会的条件，改修を要する緊急性の有無及びその程度等諸般の事情を総合的に考慮し，前記諸制約のもとでの同種・同規模の河川の管理の一般水準及び社会通念に照らして是認しうる安全性を備えていると認められるかどうかを基準として判断すべきであると解するのが相当である。（大東水害訴訟判決要旨１）そして，既に改修計画が定められ，これに基づいて現に改修中である河川については，同計画が全体として上記見地からみて格別不合理なものと認められないときは，その後の事情の変動により当該河川の未改修部分につき水害発生の危険性が特に顕著となり，当初の計画の時期を繰り上げ，又は工事の順序を変更するなどして早期の改修工事を施行しなければならないと認めるべき特段の事由が生じない限り，同部分につき改修がいまだ行われていないとの一事をもって河川管理に瑕疵があるとすることはできないと解すべきである。（大東水害訴訟判決要旨２）（最高裁昭和53年（オ）第492号，第493号，第494号同59年１月26日第一小法廷判決・民集38巻２号53頁参照（大東水害訴訟判決））
イ 控訴人らは，本件水害は，新川が自己流域の計画規模が年超過確率１／５という小さな規模の洪水さえも処理する河道流下能力がないにもかかわらず，別河川である庄内川の洪水を流入させたために生じたものであって，一河川流域内における改修工事が未了であるために発生した水害について河川管理の瑕疵の有無の判断基準を示した大東水害訴訟判決とは事案を異にする旨主張する。
しかしながら，本件は，庄内川水系という同一の水系において，本川と派川の関係にある庄内川と新川が，河川管理施設である新川洗堰によって連結され，一定の水位を超えた庄内川の洪水を新川に流入させる構造になっており，新川が庄内川の洪水を調節する機能を果たすことが予定されているところ，新川洗堰を閉鎖ないし嵩上げすることは庄内川の流量を増加させることにつながり，逆に新川洗堰を存続させることは新川の流量を増加させることにつながるという関係にある中で，本件豪雨当時，河川管理者が，新川洗堰を閉鎖ないし嵩上げするなどの措置を講じていなかったことについて，河川管理の瑕疵の有無が問題とされている事案であり，上記のとおり洪水等の災害の危険を内包する河川について，上記の諸制約の下で，同一の水系全体にかかわる河川管理施設の総合的，計画的な改修や管理を行ってその安全性を高める治水事業を遂行していく過程の問題である点において，上記の事案と異なるところはないから，前記の過渡的安全性の確保を前提とする基準に従ってこれを検討すべきものと解するのが相当である。
ウ なお，新川は，上記のとおり人工的に開削された河川であるが，自然の河川と異なる基準によるべき理由がないことは上述したところから明らかである。
（２） 庄内川の改修計画及びその内容の合理性の有無
ア 本件計画に新川に関する工事実施基本計画が存在しない点において「格別不合理」か。（予備的主張１）
（ア） 工事実施基本計画は，改正前河川法によって，河川管理者にその策定が義務づけられた，河川工事の実施に関する当該水系全体の総合的な基本計画である。（同法16条）
河川管理は，公共の安全を保持し，かつ，公共の福祉を増進することを目的として，河川について，洪水，高潮等による災害の発生を防止し，その適正な利用と流水の正常な機能の維持を図るため，これを総合的に管理しなければならないとされ（同法１条），河川管理の重要な部分を占める河川工事については，河川の流水によって生じる公利を増進し，公害を除却，軽減するため河川について行われる工事とされている（同法８条）。
そして，治水事業は，国又は地方公共団体が行う，国土の基礎に係わる公共性の高い事業であるため，工事実施基本計画によって，国土全域にわたっての国土保全上の役割を社会の進展の度合いを基準として定め，各河川の基本的な洪水防御（治水）又は水利用（利水）の方針を策定し，その方針に基づいて各河川の基本的な計画を策定すべきものとされているものであり，その内容については，治水安全度の全国的な均衡等を考慮しつつ，長期的な観点に立って定める河川整備の最終目標であるから，客観性及び公平性を十分に確保するため，一級河川においては，河川について専門的知見を持った高度に学識経験を有する者から構成される河川審議会の意見を聴くこととされている（同法16条，同施行規則10条）。
（イ） また，治水事業は，国土の基礎に係わる大規模なものであるため，多大の経費と期間とを要し，その効果は，事業の進行に応じて徐々に拡大していくものであり，また当該治水事業の目的内容も社会の変化に応じて変化していくべきものであるため，時期に応じて計画の修正，改定がなされるべき性質のものであって，常に当該時期までに積み上げられた治水投資の成果を出発点として，次の段階の投資を上乗せして，機能を漸増させていくという性質を有している。（〈証拠略〉）そうすると，工事実施基本計画は，水系一貫管理の観点を踏まえて計画的な河川工事の実施を確保するため，将来にわたっての長期的な治水事業の目標を定め，そのために必要とする河川工事の基本的な内容を明らかにするものというべきであるから，その目標達成の具体的な時期，それに要する経費や，具体的な事業計画の詳細等については，必ずしもこれを工事実施基本計画において定めることを予定しているものではないと解するのが相当である。
（ウ） 本件計画には，前記引用に係る原判決「事実及び理由」欄の第３の１（７）ア（ウ）（原判決90頁５行目〈編注・2827ページ７行目〉から93頁16行目〈編注・2829ページ27行目〉）に記載のとおり，庄内川について基本高水並びにその河道及び洪水調節ダムへの配分・計画高水流量・計画高水位，計画横断形等が定められているが，新川については，基本高水の河道配分として新川洗堰からの分派量を０m3/sとする旨が定められているに止まり，それ以外の定めの記載はない。控訴人らは，上記計画が，新川について計画高水流量その他河川工事の実施に関する基本的事項（工事実施基本計画）を定めず，その検討すら行っていないものであって，「格別不合理」であると主張するけれども，
ａ 上記のとおり，本件計画は，庄内川水系の長期にわたる河川整備の最終的な自標を定めたものであり，その目標の達成時期や，それに要する経費，具体的な事業計画の詳細等については，必ずしも本件計画中に定めておくことが河川法の要請であるとは解されないこと，
ｂ 本件計画の下位計画と位置づけられる全体計画には，前記引用にかかる原判決「事実及び理由」欄の第３の１（７）イ（ア）（原判決94頁18行目〈編注・2830ページ22行目〉から98頁５行目〈編注・2833ページ14行目〉）に記載のとおり，新川について，基本高水及び計画高水流量等が記載されていること，
ｃ 被控訴人Ｙ1は，愛知県知事による全体計画の策定について，「全体計画審査意見書」により，意見や指示事項を示し，策定後はその内容を水系一貫管理の観点等から審査した上これを認可し，認可後，暫定計画の策定についても新川流域総合治水対策協議会の構成員として参画していること（〈証拠略〉），
ｄ 他方，新川は，前記のとおり，庄内川と河道の連続性はなく，越流堤のみによって連結され，庄内川の洪水を流入させる構造と機能を有するものであり，庄内川からの分派点を上流端とする河川であるところ，このような両河川の関係に鑑みれば，新川の工事実施基本計画の策定にあたり，水系一貫管理の観点から，庄内川からの分派量を定めておくことが不可欠である（分派量は，分派形態の変化等によって変動し得るものであるから，一定の分派量を定めておかなければ，本川及び派川において，統一性を欠いた改修工事が行われ，水系全体の一貫管理が阻害される虞れが生じる。）が，その余の事項は，下位計画である全体計画において策定することによって，水系の一貫管理に支障はないと解されること，
これらの諸点によってみれば，本件計画中には，新川の工事実施基本計画として，庄内川からの分派量を０m3/sとする旨の記載があるに止まることをもって，本件計画が不合理であるということはできないから，控訴人らの上記主張は採用することができない。
イ 直轄河川改修計画書で新川の諸事情が検討されていない点において「格別不合理」か。
控訴人らは，直轄河川改修計画書において新川の諸事情を検討せず，新川の諸事情や河川工事の実施に関する事項の記載がないことは「格別不合理」であると主張する。
しかし，直轄河川改修計画書は，改正前河川法98条及び改正前施行令53条に基づき，建設大臣から委任を受けた中部地方建設局長による直轄管理区間（現行指定区間外区間）の改修計画書であり，これは，直轄管理区間の改良工事の実施にあたり堤防標準断面等を定めるものである（〈証拠略〉）から，上記計画書に指定区間である新川についての記載がないことは当然であり，したがって同計画書が不合理であるとする控訴人らの主張は採用できない。
ウ 本件計画に改修の時期・順序が定められていない点において「格別不合理」か。（予備的主張２）
控訴人らは，大東水害訴訟判決が前提とするのは改修の時期及び順序が定められた改修計画であって，本件計画は庄内川の改修工事の時期及び順序が定められていないから「格別不合理」であると主張する。
しかしながら，改正前河川法が，河川管理者に工事実施基本計画の策定を義務付けた趣旨は，前記のとおり，長期的視野に立って河川整備の目標を定めるとともに，そのために必要な河川工事の基本的事項を定めて水系一貫管理を達成させる点にあり，工事実施基本計画の性質はそのような行政目標を定めるものであって，それ自体が具体的な事業計画ではないこと，具体的な工事は予算単年度主義の制約のもとに行われる性質のものであること，そして，建設大臣の指定を受けて，指定区間の河川管理の一部を行う都道府県知事が一定の管理を行うときは，建設大臣の認可を受けなければならないことなどの諸事情に鑑みると，工事実施基本計画の中で改修の時期及び順序が明示されていないことをもって，その計画が不合理であるということはできない。
したがって，この点についての控訴人らの主張も採用できない。
（３） 被控訴人Ｙ1が実施した庄内川の河川改修事業の合理性の有無（予備的主張３）
ア 新川の治水上の脆弱性
（ア） 新川流域における外水被害の有無とその原因について
控訴人らは，新川流域で発生してきた内水被害のように見える浸水被害は，新川に本来必要な河道流下能力がないことから，その氾濫・破堤の防止のために生じているものであり，実質的には外水被害であると主張する。
しかしながら，堤内地に湛水した内水を排除するためには，道路側溝，下水道，排水路等の整備を進め，これらによる排水能力が降雨量を上回っていることが必要であり，これらが機能した上で，排水先の河川の流下能力が問題となるのであるから，堤内地で発生した浸水被害が直ちに新川の流下能力不足によるものであるということはできず，他にこれを認めるに足る証拠はない。
（イ） 昭和54年総合治水対策（国の総合治水対策特定河川事業）について控訴人らの主張は，新川が脆弱な河川であるために，新川及びその支川の流域では，河川への流入量を抑制・削減する必要が生じ，その手段として総合治水対策が実施されているという趣旨と解される。
しかしながら，総合治水対策は，著しく流域の都市化が進む河川について，河川の改修・整備だけでは都市化によって増加する雨水の流入量を処理することがきわめて困難となることに対し，河川整備のみならず，流域が従来から有している保水，遊水機能の維持，増大を図る方策を広く関係機関の合意のもとに推進するため，治水施設の整備の促進，流域の開発計画，土地利用計画等との有機的な連携，調整等を図り，流域内における雨水の流出抑制を目的とした対策であって，堤内や支川からの排水を制限すること自体を目的とするものではない。このような総合治水対策の必要性は，いわゆる高度成長期以降，急速な開発と都市化の進展という全国的な事情を背景に，全国規模で推進が要請され，昭和52年６月の第33回河川審議会の「総合的な治水対策の推進方策についての中間答申」に至ったものであって，これをもって特定の河川の脆弱性を根拠づけることはできない（〈証拠略〉）。
イ 新川と庄内川の安全度の比較
本件豪雨当時の庄内川と新川の改修計画の内容及び実施状況は前記引用にかかる原判決「事実及び理由」欄第３の１（７）及び（８）（原判決87頁23行目〈編注・2825ページ11行目〉から109頁８行目〈編注・2842ページ２行目〉）に記載のとおりであり，庄内川と新川のそれぞれの洪水により想定される被害状況は同（９）（同109頁９行目〈編注・2842ページ３行目〉から116頁18行目〈編注・2847ページ25行目〉）に記載のとおりである。
（ア） 計画規模による比較
前記のとおり，河川管理の特質と諸制約のもとでは，すべての河川において通常予測される洪水のすべてを防御し得るまでには長い年月を要することであり，それまでの間の河川行政としては，全国的に均衡のとれた洪水防御対策を推進していく必要から，長期的展望にたった河川計画を定める一方で，河川の重要度を指標とする統一基準に基づき，河川ごとに，前記諸制約のもとで合理的かつ実現可能な防御目標を設定し，その実現を図るという方向で行われてきており，改正前河川法も，このような趣旨により河川管理者に対して工事実施基本計画の策定を義務付け，同計画においては，基本高水並びにその河道及び洪水調節ダムへの配分に関する事項，主要な地点における計画高水流量などを定めなければならないものとしたものと解される。
洪水対策の計画規模は，基本高水を決定する前提となる計画降雨の規模を，降雨量の年超過確率で評価したものであり，その決定にあたっては，河川の重要度を重視するとともに，既往洪水による被害の実態，経済効果等を総合的に考慮して定めるものとされており（〈証拠略〉），それは洪水防御をどの程度の降雨に対して図るかという目標であるところ，庄内川と新川はいずれも水系一貫管理の理念を踏まえた計画に基づいて改修途上にある河川であって，しかもなお前記の諸制約から未だ計画された安全性に達していない段階にあるのであるから，上記計画規模をもってそれらの安全性を比較するのが適切とは解されない。
（イ） 堤防の安全度の比較
控訴人らは，庄内川と新川の各現況堤防高と，計画高水位に構造令の余裕高基準値（庄内川につき1.2ｍ，新川につき１ｍ）を加えた高さとを比較して，庄内川の安全度が高い旨を主張している。
しかしながら，前記のとおり，庄内川下流部においては，本件豪雨当時，現況堤防高が計画高水位を下回る区間（左岸側3.8Ｋから4.4Ｋ付近，右岸側4.0Ｋから4.4Ｋ付近，いずれも正徳橋上流から一色大橋下流までの区間）があり，これに対して新川の現況堤防高は，全川にわたり，全体計画の計画高水位より高かったのであり，堤防の高さの点から庄内川の安全度が高かったと評価することはできない。控訴人らは，庄内川下流で現況堤防高が計画高水位を下回るのは，庄内川の計画高水位が新川に比べて1.7ｍ高いことによるものであり，これは，庄内川の河口水位即ち河口の計画高水位が潮位偏差を加算して平均満潮位より1.7ｍ高く設定されていることによるものであるから，河口水位を新川と同様に設定すれば，庄内川の現況堤防高も計画高水位を下回ることはないとも主張するが，河口部の計画高水位については，河口部付近における水理事象の中で，計画に取り入れることが妥当と判断されるものを考慮する必要があるとされているところ，庄内川についても，流域の規模，河口付近の地形状況，河口付近の河道部の背後地の重要性から，計画規模と同一の確率偏差を考慮した河口水位が設定されたことが認められ（〈証拠略〉），これらの経緯を考慮に入れることなく現況堤防高を比較すべきであるとする控訴人らの主張は採用できない。
（ウ） 現況流下能力
控訴人らは，年超過確率１／100の同じ規模の流量について比較した場合，庄内川の流下能力の水準が新川のそれを上回っていると主張するが，前記のとおり，庄内川と新川とは，河川の重要度，既往洪水による被害の実態，経済効果等を総合的に考慮した上で，それぞれ異なる規模の計画に基づいて改修が進められることを予定しているのであり，その安全性は，それぞれの計画内容との関係で相対的に評価すべきものであるから，控訴人らの上記主張は採用できない。
（エ） 本件豪雨時における庄内川と新川の安全度の検証
控訴人らは，本件豪雨により庄内川の安全度が高いことが検証された旨主張する。
しかしながら，
ａ 前記のとおり，本件豪雨により，庄内川の水位は，新川洗堰付近からＪＲ関西本線橋までの一連区間約12kmにわたって計画高水位を超過し，枇杷島観測地点では約４時間にわたり計画高水位を超え，堤防の余裕高部分まで達して破堤の危険があったこと，
ｂ 庄内川左岸側3.8Ｋから4.4Ｋ付近及び右岸側4.0Ｋから4.4Ｋ付近（いずれも正徳橋上流から一色大橋下流までの区間）は堤防高が計画高水位を下回っていたところ，本件豪雨により上記区間の一色大橋下流右岸で越水し，また同区間は越水寸前の状態となり，越水により堤防川裏（堤内地側）が洗掘され，堤防の弱体化により破堤する危険があったこと（〈証拠略〉），
ｃ 本件豪雨時における庄内川の流下能力は，「出発水位は，本件豪雨による0.0Ｋ地点洪水痕跡水位の左右岸平均T.P. 1.64ｍとする。余裕高は，激特計画流量（激特事業における計画流量）を激特事業後堤防高−余裕高1.2ｍ程度の水位で流下させることのできる河道を設定する。」との基本条件（〈証拠略〉「平成12年度庄内川新河道計画検討業務報告書（激特河道計画編）における対策河道の検討の基本条件）のもとに算出すると，最も低いのは4.4Ｋ右岸の2032m3/sであったのに対し，本件豪雨では枇杷島地点で最大約3500m3/sもの流量を記録し，庄内川の河道が満杯の状況で流れた区間があり，流下能力の点からも破堤する危険があったこと（〈証拠略〉，弁論の全趣旨），
ｄ 橋梁は，洪水の流下に対して大きな障害物となり，桁下高不足による橋桁の流失は非常に多いところ，本件豪雨発生時，一色大橋（4.6Ｋ付近）は，橋梁の桁下高が計画高水位に達しておらず，本件豪雨による洪水の水位が橋梁の桁下まで達して，流失の危険も含めて非常に危険な状況にあり，庄内川が狭さくしている枇杷島地区にあるＪＲ東海道新幹線庄内川橋梁，ＪＲ東海道本線枇杷島橋梁，枇杷島橋についても，本件豪雨による洪水の水位が橋梁の桁下まで達しており，非常に危険な状況にあったこと（〈証拠略〉），
以上の事実が認められるのであり，これらに照らしてみれば，本件豪雨当時，庄内川は破堤等の危険にさらされる状態となっていたものと認められるから，控訴人らの上記主張は採用できない。
ウ 庄内川についてなすべき改修方法
（ア） 一色大橋下流右岸の暫定嵩上げ
控訴人らは，庄内川の水位が計画高水位を超えても，堤防の余裕高を考慮すれば，直ちに破堤の危険が現実化するとはいえず，本件豪雨の際にも，庄内川堤防には裏法崩れなどの損傷は生じていないとして，庄内川堤防のうち，現況堤防高が計画高水位に達しない箇所について，暫定的に直上下流と連続的な高さになるように嵩上げをすべきであったと主張する。
しかしながら，構造令19条本文は，「堤防は，盛土により築造するものとする。」と定められているところ，その趣旨は，いわゆる「土堤原則」を規定したものであって，それは，工事の費用が比較的低廉であること，材料の取得が容易であり，構造物としての劣化現象が起きにくいこと，堤防は連続した長大構造物であり不同沈下が起きやすいが，この修復が容易であること，基礎地盤と一体としてなじむこと，嵩上げ，拡幅等が容易であることなど，他の材料に比して利点を有するからであると解されている。（〈証拠略〉）
そして，構造令19条ただし書の「コンクリート構造若しくはこれに準ずる構造の胸壁を有するもの」とは，いわゆるパラペット構造の特殊堤をいうものと解されるところ，パラペット構造の特殊堤については，構造令20条４項に盛土部分の高さの規定があり，「計画高水位以上の高さの土堤にパラペットが設けられたもの」とされており，また，パラペットの高さは，余裕高未満であれば構造令違反とはならないが，それが高すぎると，視界を遮り，河川巡視等の河川管理に支障を来す虞れがあるので，極力低くするものとし，高くても１ｍ程度，できれば80ｃｍ程度以下にとどめることが望ましいとされている。（〈証拠略〉）
控訴人らは一色大橋下流右岸の堤防高が計画高水位を下回る区間の土堤に設置されているパラペットについて，パラペットの高さを調節すれば，容易に堤防高を直上下流と同様に嵩上げすることができ，越水を防止できたと主張するが，上述したとおり，パラペットは，計画高水位以上の余裕高部分に設置されるものであり，当該区間は土堤の堤防高が計画高水位以下であるので，パラペットだけを嵩上げすることは構造令に違反し，また，流水を安全に流下させるための抜本的な対策ともいえないから，控訴人らの主張は採用できない。なお，控訴人らが主張する，一色大橋下流右岸の堤防高が計画高水位より低い区間におけるパラペットは，構造令が制定される以前に，伊勢湾台風の被災を受け災害復旧により短期間で整備されたものである。（〈証拠略〉）
また，一色大橋下流部の堤防高不足は，前記のとおり，桁下高が不足している一色大橋があることにもよるものである。桁下高が不足する橋梁は，洪水時において洪水の流下を阻害し，橋梁による水位の堰上げを招き，その上流部付近で越水や破堤による甚大な被害を発生させる虞れがある。このような橋梁が存在する場合に，堤防高の不足する堤防の嵩上げを行うには，橋梁架け替えと同時に行わなければ改修の効果が発揮できないことは明らかであるから，この点においても控訴人らの主張は採用することができない。
（イ） 小田井遊水地について
遊水地は，主として河川の中流部の平地において，洪水を計画的に一時貯留し，洪水の最大流量を低下させて，下流河川の負担を軽減する機能を持つ施設であり，越流堤の高さは調節開始流量に直接関係することになる。すなわち，越流堤から遊水地への流入が始まる流量を大きくとれば，計画規模の出水に対しての調節効果は大きいが，中小洪水に対しては調節効果を十分発揮できない。逆に小さくとれば，中小洪水に対しては十分な調節効果を有するが，計画規模の出水に対する調節効果が減少する場合が多いので，調節の目的，洪水流出の特性，遊水地の容量等を考慮して，所期の効果を確実にあげるよう決定する必要があるとされている。（〈証拠略〉）また，下流の流下能力が十分でない場合に，越流堤の高さを高くとった場合，遊水地による調節開始までに下流に危険を生じさせる結果となることは容易に推認し得るところである。
小田井遊水地は，庄内川右岸の名古屋市西区山田町小田井地先に，下流の洪水の安全な流下を図る目的で築造された遊水地であるところ，控訴人らは，小田井遊水地の越流堤高が低いため，低い河川水位で越流が開始され，大洪水のときに流量削減ができない点で欠陥があると主張するけれども，上述した観点及び庄内川下流の流下能力が不十分な状況に照らせば，これを直ちに採用することはできない。
（ウ） 庄内川左岸側排水ポンプの停止又は制限を組み入れた新川洗堰の閉鎖控訴人らは，新川洗堰を閉鎖してポンプ排水を停止したとき，本件豪雨時と同程度あるいはそれ以下の水位になれば，新川洗堰の閉鎖は可能となると主張するが，庄内川下流部の治水安全度が極めて低いことは前記のとおりであり，その改修が未了である以上，新川洗堰の閉鎖について検討する状況には至っていなかったというべきであるから，控訴人らの上記の主張も採用できない。
（４） 捕(ママ)足的検討
以上のとおり，控訴人らが被控訴人Ｙ1による河川管理の瑕疵として主張するところは，いずれも採用することが困難であるが，なお，控訴人らが上記瑕疵を基礎付ける事実として主張する諸事情を踏まえ，前記４（１）に判示した判断基準に基づいて，被控訴人Ｙ1による庄内川の管理の瑕疵の有無について検討する。
ア 本件において考慮すべき河川管理上の諸制約その他総合考慮すべき事由は，以下のとおりである。
（ア） 河川管理上の諸制約について
ａ 技術上の制約（下流優先の原則）
一般に，河川の改修においては，水系全体の安全を確保する必要があるため，一定箇所の整備を実施した結果，それより下流の安全性が損なわれることが予想される場合には，当該箇所の工事の実施に先立って，下流の安全性を確保する工事を行う必要がある。
本件では，前記のとおり，下流に拡散型氾濫域が広がる地形であったことに加えて，庄内川河口付近を中心とした最下流部の一連区間における治水安全度が極めて低いため，これよりも上流の箇所で流量の増加を招く改修を実施するには，これに先だって上記最下流部の一連区間の安全性を確保する必要があった。
ｂ 社会的制約
（ａ） 下之一色地区の占用家屋
下之一色地区（右岸側3.2Ｋから4.4Ｋ付近）の堤防の改修を行うためには，堤防脇や堤防上に存在している占用家屋等の移転を進める必要があったが，昭和45年度当初には，右岸下之一色地区には約180戸の占用家屋等が，左岸地区では約40戸の占用家屋等が存在していた。河川敷の土地は堤内地の土地に比べて取引価格が低額であることや，占用家屋については土地に対する補償がないこと等のため，工事の実施に先立つ占用家屋の移転や用地買収は難航し，昭和47年度以降，順次移転事業を実施したが，昭和58年度には右岸下之一色地区に150戸，左岸下之一色地区に約20戸となり，平成11年度においても右岸下之一色地区で５戸，左岸下之一色地区では一色大橋上下流付近の５戸が残っていた。（〈証拠略〉）
（ｂ） 橋梁の架け替え
また，堤防の嵩上げは橋梁の架け替え事業と一体として施行する必要があるところ，庄内川右岸3.2Ｋから4.4Ｋ付近（明徳橋上流から一色大橋下流までの区間）の上流に位置する一色大橋（4.6Ｋ付近）の架け替え事業は，平成12年に着手され，下流に位置する正徳橋（3.8Ｋ付近）の架け替え事業は，平成10年に着手されたが，本件豪雨時点では未だ完了していなかった。
一色大橋は，国道一号線という主要幹線道路であり，架け替えのために幹線道路としての機能を停止することは困難であり，旧橋を残したまま別の箇所に仮設の橋梁を設置し，その上で旧橋を撤去して新設橋を設置し，その後仮橋を撤去して周辺堤防及び護岸の完成に至るため，仮設の橋梁の位置に合わせて道路の線形を変え，そのための道路用地の確保や，橋梁の架け替え工事自体に相当の年月を要する。そして，仮設の橋梁自体についても桁下余裕高を確保して洪水に対する安全性を考慮する必要がある。（〈証拠略〉）
また，枇杷島地区のＪＲ東海道新幹線庄内川橋梁やＪＲ東海道本線枇杷島橋梁については，道路橋と同様の迂回路及び仮橋を通行させるという方法を採ることができず，当初から新橋梁を設置する必要があるが，そのためには数百メートルにわたる線路の付け替えのため，広大な用地買収が必要となり，道路橋以上に時間及び資金を要することになる。（〈証拠略〉）
ｃ 財政上の制約
国及び地方公共団体の限られた租税負担のもとにおける資金は，多種多様な行政需要に応じなければならから，その中で治水事業に投下し得る資金には自ずから限界があり，必要とされる治水事業であっても短期間に達成することはできない。本件豪雨による甚大な水害の発生を契機として，平成12年度から平成16年度にかけて，河川激甚災害対策特別緊急事業が行われ，事業費として庄内川につき約400億円をかけて，新川洗堰より下流の約16Ｋ区間において，築堤，堤防の強化，河道掘削等を行って流下能力を増加させ，新川洗堰について約１ｍの嵩上げを実施し，また新川につき約320億円をかけて，堤防の強化，河床掘削，排水ポンプの増強，遊水地の整備等を行い，その結果，洪水時の庄内川から新川への最大越流量を270m3/sから70m3/sに低減したが，なお新川洗堰の完全閉鎖には至っていない。（〈証拠略〉）
（イ） 過去に発生した水害の規模，発生原因，被害の状況
昭和44年の庄内川の直轄編入以降，本件豪雨までに発生した水害は以下のとおりである。
ａ 庄内川
前記のとおり，庄内川では，破堤や決壊による被害は生じていない。庄内川下流部において外水被害が発生したのは本件水害のみである。
ｂ 新川
新川周辺では38回の水害が発生しているが，堤内地における破堤・溢水等による外水被害は発生していない。また，上記水害のうち，庄内川の洪水が越流したのは９回であり，29回は庄内川の洪水が新川洗堰を越流していないにもかかわらず，新川周辺において水害が発生している。他方，新川洗堰から越流しても新川周辺で水害が発生しなかったこともあり，発生した場合でも外水被害は生じていない。（〈証拠略〉）
（ウ） 降雨状況
本件豪雨では，総降雨量200mm以上を観測した地域が愛知県のほぼ全域に広がり，三重県中部・南部から愛知県西部にかけて，総降水量500mmを観測した地域が帯状に連なった。特に，愛知県西部に位置する名古屋地方気象台及び愛知県のアメダス観測地点「東海」では，平成12年９月11日午後７時までの１時間にそれぞれ93mm，114mmの雨量を観測するなど，短時間に局地的な豪雨となり，従来の最大値を更新する記録的豪雨となった。（〈証拠略〉）
（エ） 流域の地形
庄内川流域の地形は，東部上流部の山間部地域（多治見市，土岐市）と西部下流部の平野部地域（名古屋市，春日井市，尾張旭市）に分けることができるが，全般的に，流域勾配が緩やかであり，特に下流部はほぼ平野部地域を流れるため，勾配は極めて緩やかである。加えて，江戸時代には上流部の陶土採掘などにより山林が荒廃して流出土砂が増大したため，下流部では流出土砂が堆積して河床が上昇しやすいという特徴がある。（〈証拠略〉）
また，上流部である東部山間部では，前記の堀り込み河道や山付き河道が多くを占めるが，下流部では流出土砂の堆積による河床の上昇が生じやすく，天井川化しているため，堤防が破堤して堤内地へ洪水が氾濫した場合には，浸水被害が広範囲に及ぶ拡散型氾濫域となっている。このため，庄内川の治水においては，下流部の対策が重要となる。
（オ） 土地の利用状況
庄内川は，中部圏の中核都市である名古屋市及びそのベッドタウンである春日井市，尾張旭市，瀬戸市の近傍を流れる都市河川であり，特に下流域において高度な都市化傾向がみられ，人口・資産が集中していることから，洪水が発生した場合には被害が甚大となる危険性が高い。
（カ） 改修を要する緊急性の有無，程度
ａ 庄内川
本件計画で定められた計画高水位を前提とした場合，庄内川全川にわたって現況堤防高が計画高水位に達しない箇所が散見されたが，特に，堤防による洪水防御が不可欠な下流部のうち，新川洗堰から下流の一連区間では現況堤防高が計画高水位よりも低い状況にあった。すなわち，庄内川下流右岸では，河口から約4.0Ｋから約5.4Ｋまでの一連区間の堤防高は計画高水位よりも約１ｍ低く，また，左岸でも河口から約4.0Ｋから約4.4Ｋまでの一連区間の堤防高は計画高水位よりも約0.2ｍ低い状況であった。
また，新川洗堰より下流の庄内川下流部に架けられている明徳橋，正徳橋，一色大橋，大当郎橋及び前田橋の５橋梁の桁下高は計画高水位より低い状況であった。橋桁の低い橋梁は，洪水時に洪水の流下を阻害し，橋梁による水位の堰上げを招いて，その上流部付近で越水や破堤による甚大な被害を発生させる虞れを生じさせるとともに，橋梁の流失，損傷等により交通や物流の大動脈を遮断し，社会的にも大きな影響を与えかねないため，橋梁の改築は急を要していた。また，ＪＲ東海道新幹線庄内川橋梁，ＪＲ東海道本線枇杷島橋梁，枇杷島橋等の主要橋梁の桁下高が計画堤防高を下回っていた。
ｂ 新川
本件豪雨当時の新川の堤防高については，全川にわたり，全体計画の計画高水位より高く，また，一部の狭さく区間等を除いて，ほぼ計画堤防高まで達しており，河床掘削が残っている状況であった。（〈証拠略〉）
なお，新川流域整備計画による新川の改修を施設整備ベースでみた場合，平成12年度末時点においては，新川本川で86パーセント，新川水系主要５河川で69パーセントであり，新川は同種同規模の河川と比較して水準以上の改修状況にあった。（〈証拠略〉）
（キ） 計画内容及び計画実施状況
本件計画，全体計画及び暫定計画の内容及びこれらの実施状況は，前記引用にかかる原判決「事実及び理由」欄第３の１（７）及び（８）（原判決87頁23行目〈編注・2825ページ11行目〉から109頁８行目〈編注・2842ページ２行目〉）に記載のとおりである。
ａ 本件計画策定後，被控訴人Ｙ1は，本件水害発生までの間に，庄内川につき，主として，小里川ダム建設，脇之島排水機場設置，平和町の引堤，土岐市関連工事，大当郎地区の堤防の改修，明徳橋左岸引堤，小田井遊水地の概成，下之一色地区の改修等の庄内川の工事，前田橋，大当郎橋の架け替えを行い，名古屋市が明徳橋を付け替えた。しかし，下之一色地区の改修，正徳橋，一色大橋，ＪＲ東海道新幹線庄内川橋梁，ＪＲ東海道本線枇杷島橋梁，枇杷島橋の改修は未了で，本件水害発生時には本件計画を計画目標とする河川改修の途上であった。
ｂ 他方，新川については，昭和52年３月に策定された全体計画で，計画規模，基本高水，計画高水流量等が決定され，昭和57年２月に策定された暫定計画において，全体計画の達成に至る過程の段階的な計画として，年超過確率１／５を前提とした計画が策定された。その後，暫定計画に基づき，被控訴人Ｙ2において，新川の法河川（昭和46年３月指定）24.278kmのほぼ全ての区間において，堤防嵩上工や，鋼矢板工等による河川整備が進められ，本件豪雨時点では，昭和54年度から継続して実施されていた国庫補助事業の総合治水対策特定河川事業が進行していた。昭和54年度から平成11年度までの21年間における被控訴人Ｙ2の管理にかかる河川全体の事業費は約9900億円で，主な事業として国庫補助事業及び法人事業超過課税を特定財源とした県単独費による緊急防災対策事業をみると，総額7100億円を投入しており，新川本川については約240億円であった。
暫定計画達成に向けての改修計画としては，地盤沈下，老朽化により弱体化した堤防の質的強化と流下能力の向上のための河川断面の拡大があった。
橋梁については，本件豪雨の時点では19箇所の橋梁について，暫定計画に対応した改築等が未了の状態であったが，未了のものについても改築中のものが２箇所，改築に伴う用地買収や補償に着手していたものが２箇所であり，改築は順次進められていた。ただし，近鉄名古屋線（昭和13年竣工），関西本線（大正９年竣工），名鉄名古屋本線（大正３年竣工），東海道新幹線という民間の鉄道事業者が管理する主要な鉄道橋の改築は未了であった。橋梁の改築については，その管理者との調整，用地買収，補償を伴い，特に鉄道橋については，鉄道事業の重要性から調整等に時間を要するもので，河川改修の制約要因となっていた。
また，河川改修に必要な用地を取得する場合，地域住民の利害，権利や生活問題等が錯綜して絡んでくるほか，地下の高騰・下落の影響も大きく，河川管理者の計画どおりに進めることは困難であるが，この事情は新川においても同様であり，例えば新川町土器野新田地区は，新川橋付近の洪水の流下断面が不足している地区で，民有地を買収して河道を広げる工事を必要としていたが，この工事を実施するために必要な用地買収面積は，2834ｍ2，物件の移転補償件数は140件と多いこと，補償金額が不満で交渉が折り合わない者がいること，家屋で河川占用している者については，補償は家屋のみとなるため，土地代が不足して移転先が見つからないこと，さらに，民有地の境界争いが原因で土地の境界が画定しないために用地買収が進められない物件がある等，用地取得は非常に困難な状況であった。
また，新川治水緑地は，全体計画及び暫定計画において，新地蔵川，大山川，合瀬川の流水の一部を貯留する調節地として計画されているが，本件豪雨の時点では，新川治水緑地の整備のための用地取得の交渉が難航しており未了であった。新川流域整備計画による新川の改修を施設整備ベースでみた場合，平成12年度末時点においては，新川水系主要５河川で69％，新川本川で86パーセントとなっていた。（〈証拠略〉）
イ 以上の事実を踏まえて検討してみると，次のようにいうことができる。
（ア） 庄内川と新川について，水系一貫管理の見地から本件計画とその下位計画である全体計画及び暫定計画が策定され，本件計画において庄内川から新川への分派量を０m3/sとしており，これらの本件計画に定められた基本方針に沿って，建設大臣の関与の下に策定された全体計画中に，新川についての工事の実施についての基本となるべき事項が定められ，さらに全体計画に基づいて段階的に治水安全度を向上させるための計画として暫定計画が策定されたものであって，これらは全体として一貫性のある総合的な治水計画と評価することができる。また，本川である庄内川と派川である新川とは河川の規模自体が大きく異なり，洪水防御計画の対象となる地域の社会的経済的重要性，想定される被害の質及び量並びに過去の災害の履歴なども異なることから，それぞれ規模の異なる計画降雨を前提として防御対策が推進されていたことは，河川管理の前記諸制約に照らし，不合理とはいえない。
（イ） 新川は，その開削当初から新川洗堰を通じて庄内川の洪水調節の機能を果たしてきたものであるところ，庄内川とは流域及び河道の規模が異なるため，中小規模の洪水については，新川が洪水のピークを終えた後に庄内川の洪水のピークが到来するため，新川の洪水調節機能によって，庄内川右岸地域を含む庄内川流域の治水に貢献していたが，その一方で，大規模の洪水の場合には，新川の流下能力を超えた洪水が庄内川から流入する危険性を内包していたことも否定できないから，流域の都市化の進行に伴って，最終的には新川洗堰を完全に閉鎖することが望ましいということができる。
本件計画及びその下位計画において，新川洗堰の閉鎖の具体的な時期は定められていないが，既に述べたとおりの両河川についての治水の安全性をめぐる諸状況，予想される洪水被害の規模，内容，社会的，経済的影響などの諸事情に照らし，庄内川下流部の改修工事を新川洗堰の閉鎖に優先すべきものとし，新川については，新川洗堰を完全に閉鎖するまでの整備をその管理者である愛知県知事に委任した全体計画及び上記暫定計画の策定状況やこれらに基づく新川の改修工事が諸制約の中で進捗していたことを総合すると，【判示事項】本件計画は，河川管理の一般水準及び社会通念に照らして是認し得る安全性を備えていたものというべきであり，全体として格別不合理なものとは認められない。
また，本件計画策定後の事情の変動により，未改修部分である新川洗堰につき水害発生の危険性が特に顕著となり，当初の計画の時期を繰り上げ，又は工事の順序を変更するなどして，早期の改修工事を施行しなければならないと認めるべき特段の事由が生じていたことを認めるに足る証拠はない。
そうすると，被控訴人Ｙ1（建設大臣）において庄内川の河川管理に瑕疵があったと認めることはできない。
５ 争点（４）（損失補償）について
控訴人らは，本件水害は，庄内川左岸側の内水排除のためのポンプ排水を含む庄内川の洪水を，新川洗堰を通じて新川に流入させることによって庄内川左岸側の水害を回避したことから生じたものであり，それは，新川流域住民である控訴人らに特別の犠牲を負わせたものに他ならないから，控訴人らは憲法29条３項に基づいて損失補償請求権を取得した旨を主張する。
憲法29条３項に基づく損失補償の請求権は，公共目的遂行のために特定の国民に生じさせた財産的損失について，これを国民全体で負担するのが公平であるとの公平の原則に根拠を有するものと理解することができる。
本件水害については，上述したとおり，被控訴人Ｙ1の新川洗堰の設置及び管理に瑕疵があるとは認められないから，それは異常な記録的豪雨によって発生した自然災害というほかはないところ，これを回避するための水害対策等が完備するに至るまでには，前述したとおりの，財政的，技術的，社会的，その他の諸制約のもとで，水系一貫管理の見地をふまえて可能な対策を段階的に進めていくべきものであり，これらの施策が，社会的な観点に照らして合理的かつ公平に策定され，進められている限り，それらが完成するに至るまでに生じた自然災害による損失は，これを全体の負担において補償しなければ公平の観念に照らして是認できない特別の犠牲ということはできないと解される。
そして，本件水害が発生した当時，庄内川水系の治水対策の進行状況の中で新川洗堰の閉鎖ないし嵩上げが可能な段階にまでは至っていなかったこと，新川の堤防等の防災対策は，本件計画の下位計画である全体計画や暫定計画において策定され，これによる諸対策が進められていたことは既に判示したとおりであって，それら計画の策定や進行状況が，合理性及び公平性を欠くものであったとは認められないから，本件水害について控訴人ら主張に係る損失補償請求権が発生する余地はないといわなければならない。
したがって，控訴人らの損失補償についての請求は理由がない。
６ 争点（５）（被控訴人Ｙ2の河川管理責任）について
（１） 新川治水緑地の管理の瑕疵について
ア 控訴人らは，本件計画においては，新川洗堰を閉鎖，嵩上げし，新川洗堰からの越流量を０m3/sとすることとしており，その計画の下で河川貯留施設である新川治水緑地を整備することとしたのであるから，新川治水緑地の庄内川側に堤防がないのは，新川治水緑地が治水緑地としての役割を果たしていないことになり，通常有すべき安全性を欠いていたことになる旨主張するが，新川治水緑地は，全体計画及び暫定計画において，新川の洪水（新地蔵川，大山川及び合瀬川からの流水）を約110m3/s調節する遊水地とし，新川本川の流水量を調整することを目的として計画されたものであって，新川洗堰からの越流水を貯留することを目的としたものではない（〈証拠略〉）から，控訴人らの上記主張は採用できない。
イ また，控訴人らは，新川治水緑地の治水施設としての内在的欠陥のほか，被控訴人Ｙ2において，新川又は新川治水緑地の管理者として，新川治水緑地上に新川洗堰からの越流を防止する堤防を築造し，又は自ら新川洗堰を閉鎖しもしくは被控訴人Ｙ1に対して新川洗堰の閉鎖を求めるべき義務があるにもかかわらずこれを怠った旨主張しているとも解されるが，新川洗堰からの越流量を０m3/sとすることは庄内川の計画事項であって，新川治水緑地や新川の計画事項ではない。したがって，水系一貫管理の要請（改正前河川法４条１項，16条２項）から，被控訴人Ｙ2において，自ら新川洗堰を閉鎖し又は被控訴人Ｙ1に対して新川洗堰の閉鎖を求めるべき権限や義務を認める余地はなく，新川治水緑地上に堤防を築造することも，被控訴人Ｙ1による新川洗堰の閉鎖の時期や方法の判断を待たずに行うことはできないから，控訴人らの上記主張は採用できない。
（２） 新川の河川管理の瑕疵について
河川管理の瑕疵の判断基準は前記４（１）に判示のとおりであり，同判断基準に照らし，本件計画に，新川洗堰からの分派量を０m3/sとする以外に新川自体の河川工事の実施についての基本となるべき事項が記載されていないことをもって不合理とはいえないこと，本件計画が全体として格別不合理と認められないことは前記４（２）及び（４）に各判示のとおりである。
したがって，本件計画の下位計画である全体計画について，控訴人らが主張するような，上位計画となるべき工事実施基本計画に基づかない瑕疵があるということはできず，同主張は失当といわざるを得ない。
また，前記認定のとおり，本件計画及び全体計画が策定された当時，庄内川の下流の改修工事を実施することは新川洗堰の完全な閉鎖よりも緊急性が高いものであったと認められるところ，その後の事情の変動により，未改修部分である新川洗堰につき水害発生の危険性が特に顕著となり，当初の計画時期を繰り上げ，又は工事の順序を変更するなどして早期の改修工事を施行しなければならないと認めるべき特段の事由が生じたことを認めるに足る証拠はない。
したがって，愛知県知事による新川の河川管理につき瑕疵があったとは認められない。
７ 結論
よって，控訴人らの請求を棄却した原判決は相当であるから，本件各控訴をいずれも棄却することとし，主文のとおり判決する。
（裁判官中村直文福井美枝野々垣隆樹）
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報56巻12号2681頁。
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