主文
１ 本件控訴を棄却する。
２ 控訴費用は控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１ 控訴の趣旨
１ 原判決を取り消す。
２⑴東税務署長が控訴人に対して平成18年３月30日付けでした平成11年４月１日から平成12年３月31日までの事業年度（以下「平成12年３月期」という。）の法人税の更正処分（以下「平成12年３月期更正処分」という。ただし，平成24年11月８日付け国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）のうち，所得金額15億4107万4493円，納付すべき税額４億3445万4200円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（ただし，平成24年11月８日付け国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）を取り消す。⑵東税務署長が控訴人に対して平成18年３月30日付けでした平成12年４月１日から平成13年３月31日までの事業年度（以下「平成13年３月期」という。）の法人税の更正処分（以下「平成13年３月期更正処分」という。ただし，平成24年１l月８日付け国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）のうち，所得金額18億0419万9372円，納付すべき税額４億8037万3400円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（ただし，平成24年11月８日付け国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）を取り消す。⑶東税務署長が控訴人に対して平成18年３月30日付けでした平成13年４月１日から平成14年３月31日までの事業年度（以下「平成14年３月期」という。）の法人税の更正処分（以下「平成14年３月期更正処分」という。ただし，平成24年11月８日付け国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）のうち，所得金額12億9164万0717円，納付すべき税額２億8862万0100円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（ただし，平成24年11月８日付け国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）を取り消す。⑷東税務署長が控訴人に対して平成18年３月30日付けでした平成14年４月１日から平成15年３月31日までの事業年度（以下「平成15年３月期」という。）の法人税の更正処分（以下「平成15年３月期更正処分」という。ただし，平成22年１月28日付け減額更正処分及び平成24年11月８日付け国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）のうち，所得金額13億6287万0614円，納付すべき税額２億4079万1286円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（ただし，平成22年１月28日付け変更決定処分及び平成24年11月８日付け国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）を取り消す。⑸東税務署長が控訴人に対して平成18年３月30日付けでした平成15年４月１日から平成16年３月31日までの事業年度（以下「平成16年３月期」といい，平成12年３月期，平成13年３月期，平成14年３月期及び平成15年３月期と総称して「本件各事業年度」という。）の法人税の処分（以下「平成16年３月期更正処分」といい，平成12年３月期更正処分，平成13年３月期更正処分，平成14年３月期更正処分及び平成l５年３月期更正処分と総称して「本件各更正処分」という。ただし，平成22年１月28日付け減額更正処分及び平成24年11月８日付け国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）のうち，所得金額19億1053万8473円，納付すべき税額３億5557万8500円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下，本件各更正処分に係る過少申告加算税の賦課決定処分を総称して「本件各賦課決定処分」といい，本件各更正処分と併せて「本件各更正処分等」という。ただし，平成22年１月28日付け変更決定処分及び平成24年11月８日付け国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）のうち過少申告加算税の額16万2000円を超える部分を取り消す。
第２ 事案の概要（略語は，特に断らない限り，原判決の例による。以下同じ。）
１ めっき薬品（めっき用化学品）の製造販売等を業とする控訴人は，平成18年法律第10号による改正前の租税特別措置法（措置法）66条の４第１項に規定する国外関連者（以下単に「国外関連者」という。）であるＡ社及びＢ社との間でめっき薬品の製造・販売に係る技術やノウハウ等の無形資産の使用許諾及び役務提供の取引（本件国外関連取引）を行い，当該取引について当該国外から支払を受けた対価の額を益金の額に算入して平成12年３月期ないし平成16年３月期の法人税の確定申告したところ，東税務署長から，上記支払を受けた対価の額は同条２項２号ロ，平成16年政令第105号による改正前の租税特別措置法施行令（措置法施行令）39条の12第８項所定の方法（利益分割法）のうちの残余利益分割法と同等の方法によって算定した独立企業間価格に満たないとして，その独立企業間価格によって当該取引が行われたものとみなして所得金額を計算され，本件各更正処分及び本件各賦課決定処分（本件各更正処分等）を受けた。
本件は，控訴人が，本件国外関連取引の独立企業間価格の算定方法として残余利益分割法と同等の方法を採用するのは不相当であり，その算定過程にも誤りがあるなどとして，本件各更正処分等（ただし，法人税の減額更正処分，過少申告加算税の変更決定処分及び国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）のうち申告額等を超える部分の取消しを求める訴訟である。原判決は，①本件国外関連取引に係る独立企業間価格の算定につき，措置法66条の４第２項１号イないしハに掲げる方法（基本三法）と同等の方法を用いることはできないと認められ，本件の事実関係の下では上記基本三法に準ずる方法その他政令で定める方法と同等の方法（同号ニ，同項２号ロ）として残余利益分割法と同等の方法を用いることは合理的であり，②具体的な独立企業間価格の算定に関し，被控訴人の主位的主張は，本件Ａ取引に係る分割対象利益の算定の前提となるＡ社の売上高に誤りがあるからこれを本件各更正処分等の適法性の根拠として採用することはできないが，被控訴人の予備的主張１については，その算定過程が事実的基礎及び合理性を有するものと認められ，これを前提に本件各事業年度の控訴人の所得金額及び納付すべき法人税額並びに過少申告加算税額を計算すると，本件各更正処分等（ただし，本件減額更正処分等及び本件裁決による一部取消し後のもの）はいずれも適法であるとして，控訴人の請求をいずれも棄却した。そこで，控訴人がこれを不服として控訴した。
被控訴人は，原審においては，本案前の答弁として，平成15年３月期更正処分及び平成16年３月期更正処分の取消しを求める訴えの一部についてその適法性を争っていたが，原判決は当該訴えの適法性を認めた。被控訴人は，当審において，この点について争わない旨を明らかにしたため，当審では争点となっていない。また，被控訴人は，原審における主位的主張を撤回し，原審における予備的主張１を主位的主張，予備的主張２を予備的主張とした。なお，本件Ｂ社ライセンス取引による所得の国外移転について，日本とマレーシアの権限ある当局間に相互協議の合意（本件相互協議の合意）が成立しているため，控訴人は，平成15年３月期及び平成16年３月期における本件Ｂ社ライセンス取引による所得の国外移転額については，本件訴訟において争っていない。
２ 関係法令等の定め，前提事実並びに争点及び当事者の主張は，次のとおり原判決を補正し，後記第３の２及び３のとおり控訴人の当審における主張及びこれに対する被控訴人の反論を摘示するほかは，原判決の「事実及び理由」中の「第２事案の概要」の１ないし３（原判決別紙，別表及び付表を含む。）に記載のとおりであるから，これを引用する。
⑴原判決７頁17行目〈編注・訟務月報本号（以下月報巻号省略）1682ページ16行目〉から同頁24行目〈編注・1682ページ22行目〉までを次のとおり改める。
「ウ控訴人は，本件各事業年度において，Ａ旧契約書若しくはＡ新契約書による契約又はその他の合意に基づき，Ａ社に対し，めっき薬品に係る製造ノウハウ等の無形資産の使用を許諾するとともに，技術訓練，技術指導等の役務を提供する取引（以下「本件Ａライセンス取引」という。）を行った。本件Ａライセンス取引の対象製品は，必ずしもＡ旧契約書又はＡ新契約書に明記された製品に限られず，控訴人とＡ社の間で実際に製造ノウハウ等の無形資産の使用許諾及び役務提供の取引の対象とされた全ての製品を含む（後記の本件Ｂライセンス取引，本件Ｄライセンス取引及び本件Ｅライセンス取引について同じ。）。」
⑵原判決９頁６行目〈編注・1683ページ22行目〉同頁９行目〈編注・1683ページ25行目〉までを次のとおり改める。
「ウ控訴人は，本件各事業年度において，Ｂ旧契約書若しくはＢ新契約書による契約又はその他の合意に基づき，Ｂ社に対し，めっき薬品に係る製造ノウハウ等の無形資産の使用を許諾するとともに，技術訓練，技術指導等の役務を提供する取引（以下「本件Ｂライセンス取引」といい，本件Ａライセンス取引と併せて「本件国外関連取引」という。）を行った。」⑶原判決26頁26行目〈編注・1698ページ６行目〉の「ア主位的主張」を「ア原審における主位的主張」と改め，同行末尾の後に改行して次のとおり加える。
「被控訴人の原審における主位的主張（以下「原審主位的主張」という。）は以下のとおりである。被控訴人は，本件Ａ取引に係る分割対象利益の算定において計上するＡ社の売上高につき，〈証拠略〉のデータには仕入販売取引に係るデータが混入している旨の控訴人の主張を踏まえ，当審において，原審主位的主張を撤回したが，当審における後記の主位的主張（原審において予備的主張１として主張していたもの。以下「当審主位的主張」という。）は，原審主位的主張に修正を加えたものであるため，原審主位的主張に係る本件Ａ取引及び本件Ｂ取引に係る分割対象利益の額及びその算定過程を以下に示す。」
⑷原判決33頁21行目〈編注・1703ページ16行目〉の「別紙３主位的主張額」を「原判決別紙３原審主位的主張額」と改める。
⑸原判決34頁２行目〈編注・1703ページ23行目〉から38頁６行目〈編注・1707ページ６行目〉までを次のとおり改める。
「イ当審主位的主張
被控訴人の当審主位的主張（原審における予備的主張１）に係る本件Ａ取引及び本件Ｂ取引に係る分割対象利益の額及びその算定過程は，原判決別表７-１及び７-２の各「分割対象利益の計算」欄に記載のとおりである。当審主位的主張は，原審主位的主張に係る算定方法に対し，①本件Ａ取引に係る分割対象利益の算定において計上するＡ社の売上高につき，〈証拠略〉のデータには仕入販売取引に係るデータが混入している旨の控訴人の主張を踏まえ，仕入販売取引を除いた製造販売取引のみのデータを算定し直した上，他の算定過程にもこれに伴う修正を加える，②本件裁決において控訴人に有利となる修正及び変更がされた部分につき，これに沿った計算に修正する，③控訴人の営業利益（分割対象利益）を算定するに当たり，控訴人のロイヤルティ収入から当該ロイャルティ収入を得るために要した費用（研究開発費）を控除するという各変更を加えたものである。
これを前提に，本件各事業年度の控訴人の所得金額及び納付すべき法人税額並びに過少申告加算税額を計算すると，原判決別紙４当審主位的主張額の内訳のとおりとなり，いずれも本件各更正処分等（ただし，本件減額更正処分等及び本件裁決による一部取消し後のもの）におけるこれらの金額を上回るから，本件各更正処分等（ただし，本件減額更正処分等及び本件裁決による一部取消し後のもの）は，適法である。
ウ 当審における予備的主張（以下「当審予備的主張」という。）前記イ③の算定方法によると，控訴人の国外移転所得額が増加することとなるところ，念のためより謙抑的に，前記イ①及び②のみを考慮して各修正を行った計算過程及び結果は，原判決別表８-１及び８-２に示すとおりである。
これを前提に，本件各事業年度の控訴人の所得金額及び納付すべき法人税額並びに過少申告加算税額を計算すると，原判決別紙５当審予備的主張額の内訳のとおりとなり，本件各更正処分等（ただし，本件減額更正処分等及び本件裁決による一部取消し後のもの）は，少なくともその限度では適法というべきである。
（控訴人の主張）
ア Ａ社の自社開発製品の売上高の混入について
被控訴人の主張するＡ社の売上高には，Ａ社が自社開発した製品の売上高が，同じくその売上原価には，Ａ社が自社開発した製品の売上高に対応するものが含まれている。被控訴人が主張する独立企間価格は，Ａ社の自社開発製品の売上高等もＡ社ライセンス製品の売上高等であることを前提として算定されたものであるから，誤っている。
イ その他被控訴人の当審主位的主張及び当審予備的主張について被控訴人は，原審主位的主張に係る算定方法に対し，Ａ社の仕入販売取引を除いたとして，国外移転所得額を算定しているが，その前提とした売上高の期間とこれに乗じる製造製品の売上割合の期間とが一致しておらず，Ａライセンス製品の売上高が誤っているし，その売上原価にも同様の誤りがあるから，国外移転所得額を正確に算定したものではない。
ロイヤルティ収入を得るための費用の控除について
被控訴人は，控訴人が収益（ロイヤルティ収入）を得るために要した費用を控除するとしているが，①控訴人が本件各事業年度に支出した研究開発費は，将来製造を開始する新製品を開発するためのものであって，控訴人がＡ社にライセンスを与えている各製品の開発のために支出されたものではないし，②製品の開発期間と販売期間とは異なるため，１年間に支出された研究開発費は，当該１年間のロイヤルティ収入に対応する費用ではなく，これらの点において被控訴人の計算は誤っている。
平成12年３月期及び平成13年３月期につき，Ａ旧契約書に基づく合意の対象は，同契約書に特定明記された５品目だけであり，そのうち実際の取引対象は，Ａ社が新たに製造ノウハウの開示を受けて製造を開始した３品目（Ｉ，Ｇ及びＨ）であって，上記５品目以外の製品（以下「既存製品」という。）については，控訴人がＡ社に対して製造ノウハウの開示と原料の販売を一体の取引として行っていたものである。このように，既存製品はＡ旧契約書の取引対象ではないから，更正処分の対象取引とはいえず，これを含めて独立企業間価格を算定することは誤りである。仮にこれを含めて独立企業間価格を算定するとしても，残余利益分割法と同等の方法の適用に当たり，一体の取引の対価である原料の売買代金の中に含まれている製造ノウハウの開示の対価部分の金額を分割対象利益に加算すべきであり，これを加算していない被控訴人の計算は誤りである。」
⑸原判決別紙３の表題中「主位的主張額」を「原審主位的主張額」と，同別紙項目欄14行目の「主位的主張」を「原審主位的主張」とそれぞれ改める。
⑹原判決別紙４の表題の「予備的主張額の内訳（予備的主張１）」を「当審主位的主張額の内訳」と，同別紙項目欄14行目の「予備的主張１」を「当審主位的主張」とそれぞれ改める。
⑺原判決別紙５の表題の「予備的主張額の内訳（予備的主張２）」を「当審予備的主張額の内訳」と，同別紙項目欄14行目の「予備的主張２」を「当審予備的主張」とそれぞれ改める。
⑻原判決別表６-１及び２並びに同付表１中の各「主位的主張」をいずれも「原審主位的主張」と改める。
⑼原判決別表７-１及び２中の各「予備的主張１」をいずれも「当審主位的主張」と改める。
⑽原判決別表８-１及び２中の各「予備的主張２」をいずれも「当審予備的主張」と改める。
第３ 当裁判所の判断
１ 当裁判所も控訴人の請求はいずれも理由がないと判断する。その理由は，次のとおり原判決を補正し，後記２及び３のとおり，控訴人の当審における主張及びこれに対する被控訴人の反論を摘示し，後記４のとおりこれらに対する判断を付加するほかは，原判決「事実及び理由」中の「第３当裁判所の判断」の１ないし４に記載のとおりであるから，これを引用する。⑴原判決53頁７行目〈編注・1719ページ８行目〉の「Ｌ社」を「Ｄ社」と改める。
⑵原判決57頁15行目〈編注・1722ページ16行目〉の「あるものの」から同頁16行目〈編注・1722ページ17行目〉の「対象とされていない」までを「ある。しかしながら，本件Ｂライセンス取引においては，Ｍが対象たる製品に含まれていることが重要である一方，同製品は本件Ｄライセンス取引及び本件Ｅライセンス取引の対象には含まれていない」と改める。
⑶原判決64頁23行目〈編注・1728ページ11行目〉から65頁７行目〈編注・1728ページ21行目〉までを次のとおり改める。
「イ被控訴人の原審主位的主張について
被控訴人が撤回前に原審主位的主張として主張していた本件Ａ取引及び本件Ｂ取引に係る分割対象利益の額及びその算定過程は，原判決別表３-１及び３-２（原判決別表６-１及び６-２の各「分割対象利益の計算」欄）に記載のとおりである。
被控訴人は，本件Ａ取引に係る分割対象利益の算定において計上したＡ社の売上高には，本件Ａライセンス取引により製造されたＡライセンス製品の売上高だけでなく，①Ａ社が自社開発した製品の売上高や，②Ａ社が仕入販売しためっき薬品の売上高も含まれている旨の控訴人の主張を受け，このうち②を踏まえて，当審において，原審主位的主張を撤回し，上記②の指摘を反映した原審における予備的主張１を当審における主位的主張（後記ウ）とした一方，上記①の点については当審においても争っている。
Ａ社の自社開発製品の売上高の混入の有無について」
⑷原判決69頁21行目〈編注・1732ページ３行目〉から74頁12行目〈編注・1735ページ19行目〉までを削る。
⑸原判決74頁13行目〈編注・1735ページ20行目〉，同頁14行目〈編注・1735ページ21行目〉，同頁17行目〈編注・1735ページ24行目〉の各「予備的主張１」をいずれも「当審主位的主張」と，同行の「主位的主張」を「原審主位的主張」と，76頁12行目〈編注・1737ページ７行目〉，78頁14行目〈編注・1738ページ27行目〉，同頁18行目〈編注・1738ページ30行目〉，同頁23行目〈編注・1739ページ５行目〉，79頁14行目〈編注・1739ページ22行目〉，同頁17行目〈編注・1739ページ25行目〉から18行目〈編注・1739ページ25行目〉にかけて，同頁20行目〈編注・1739ページ28行目〉，80頁12行目〈編注・1740ページ16行目〉の各「予備的主張１」をいずれも「当審主位的主張」と，81頁１行目〈編注・1740ページ30行目〉から２行目〈編注・1741ページ１行目〉にかけての「別紙４予備的主張額の内訳（予備的主張１）」を「原判決別紙４当審主位的主張額の内訳」とそれぞれ改める。
⑹原判決80頁１行目〈編注・1740ページ５行目〉の「付表２」を「原判決別表７-１の68欄，別表７-２の29欄，付表２の14欄及び16欄」と改め，同頁２行目〈編注・1740ページ６行目〉の「部分」の後に「（原判決別表７-１の69欄）」を，同頁４行目〈編注・1740ページ８行目〉の「部分」の後に「（原判決別表７-２の33欄）」をそれぞれ加える。
２ 当審における控訴人の主張
⑴本件国外関連取引のうち役務提供取引に係る「支払を受ける対価の額」の主張立証がないことについて（当審における追加主張）
措置法66条の４第１項を適用した更正処分が適法であるためには，処分の対象である国外関連取引が特定され，その特定された国外関連取引について「支払を受ける対価の額」が独立企業間価格に満たないことが必要である。課税要件事実については，処分が適法であることを主張する被控訴人にその立証責任があるから，課税要件事実である「国外関連取引」の特定とその特定された国外関連取引における「支払を受ける対価の額」については，被控訴人が主張立証しなければならず，その立証がない場合には，処分は取り消されなければならない。
ところが，被控訴人は，本件各更正処分の対象とされた本件国外関連取引のうちのノウハウの使用許諾取引に係る「支払を受ける対価の額」について主張するのみで，役務提供取引については，処分の対象である国外関連取引（移転価格税制の適用対象である出張）を具体的に特定せず，控訴人が国外関連者からその対価として支払を受けた金額（当該海外出張に要する交通費・宿泊費等のコスト相当額）の主張もしていないのであって，これらについての立証もない。
したがって，本件各更正処分のうち，役務提供取引を対象とした処分は違法である。
⑵本件国外関連取引に対する残余利益分割法と同等の方法の適用の可否（争点２）について
ア 基本三法（特に独立価格比準法）と同等の方法が適用できること独立企業間価格の算定の単位及び比較可能性の判断の単位
ａ 独立企業間価格算定の単位である取引は，価格設定の単位により判断されるべきものであって，複数の取引が行われている場合も，個別の取引ごとに独立企業間価格を算定するのが原則であり，例外的に複数の取引を一の取引として独立企業間価格を算定することが認められるのは，一方の取引の価格が他方の取引を考慮して決定されている場合だけである。
また，独立企業間価格の算定の単位の問題（措置法66条の４第１項の「当該取引」の解釈）と比較可能性の判断の単位の問題（同条２の「当該国外関連取引」の解釈）を混同すべきではなく，前者は，個々の取引が密接に結びついている場合や継続的な取引がされている場合など，国外への所得移転の有無及び所得移転額を取引全体についてまとめて算定すべき場合があるが，後者の比較可能性の判断は，個々の取引ごとに行うべきであり，文言の自然な意味と異なる解釈を行うべき特段の理由はない。
さらに，移転価格税制は，法人とその国外関連者が実際に行った取引を前提に，所得計算上だけ，その対価が独立企業間価格で行われたとみなして所得計算を行う制度であり，国外関連者との間で行われた実際の取引を別の取引に置き換えることを認める制度ではない。
ｂ 控訴人は，本件各事業年度において，Ａ社及びＢ社との間で，多数のめっき薬品の製造ノウハウの使用許諾取引をしていた（控訴人は，めっき薬品の管理及び使用等のノウハウや販売ノウハウの使用許諾取引は行っていない。）。各取引は相互に独立であって，めっき薬品ごとに異なる時期にＡ社又はＢ社からの製造ノウハウの使用許諾取引開始の申込みを受けた控訴人が，その可否を検討したうえで承諾したことにより成立した複数の個別取引の集合体である。
個別のめっき薬品の価格は，他のめっき薬品の対価の額を考慮することなく，業界水準を考慮して個別に設定されていた。各めっき薬品の価格は，当該めっき薬品の正味製造価格又は純販売価格のみによって定まり，Ａ新契約書の締結後に新たに製造ノウハウ等の使用許諾取引が開始されるめっき薬品があっても，そのことによってロイヤルティ料率の見直しは行われなかった。Ｂ社と各めっき薬品の製造ノウハウの使用許諾取引についても同様である。そして，個別のめっき薬品のノウハウ使用許諾取引の対価の額は，各めっき薬品の売上高の５％として，各めっき薬品の売上高に基づいて個別に算出されている。各めっき薬品の売上高及びロイヤルティの額を個別に算出して合計しなければ，ロイヤルティの総額を計算することはできないのであって，対価の額は個別のめっき薬品ごとに設定されていることが明らかである。このように，控訴人とＡ社及びＢ社とのめっき薬品の製造ノウハウの使用許諾取引の価格は，個別のめっき薬品ごとに設定されているのであって，他の取引を考慮して価格設定がされているとはいえないから，本件においては，独立企業間価格の算定も比較対象取引の有無の判断も，各めっき薬品についての製造ノウハウの使用許諾取引ごとに行わなければならない。
c 以上に対し，原判決は，めっき薬品の特徴や控訴人グループの事業内容等を理由に，本件Ａライセンス取引及び本件Ｂライセンス取引をそれぞれ一体の取引として独立企業間価格を算定すべきとするが，各種めっき薬品は，一般にユーザーに対してパッケージで販売されるのが定型的な販売方法であるという関係にはなく，その製造ノウハウの使用許諾取引にも関連性があるわけではない。
また，複数のめっき薬品をユーザーに販売する場合があるとしても，そのことは各めっき薬品の製造ノウハウの使用許諾の対価であるロイヤルティの額が，他のめっき薬品の取引を考慮して設定されていることを示すものではないから，一体の取引として独立企業間価格を設定しなければならない理由とはならない。品揃えが豊富であることによって製品が多く売れるという関係があったとしても，そのことによって，各めっき薬品の製造ノウハウの使用許諾取引の対価の額が，他の各めっき薬品の製造ノウハウの使用許諾取引を考慮して決定されていることを示すものとはいえない。
被控訴人は，様々な機能を有する表面処理加工を実現できる多様なめっき薬品を揃え，これをプロセスごとに提供できることは，単に個々のめっき薬品を製造販売することそのものの価値を足し合わせたもの以上の付加価値を有する旨主張するが，複数のめっき薬品を用いた場合に単体のめっき薬品を用いた以上の価値を生み出すということはない。また，顧客の需要を満たすために新たな製品を販売することは，新たな収益を生み出すものであって，どのようなビジネスでも重要であることは当然のことであるが，そのことによって既存の製品を高く販売できるようになるということはないから，品揃えを理由に，すべての製品のノウハウ使用許諾取引をまとめて独立企業間価格を設定すべきであるとする被控訴人の主張は理由がない。
d さらに，Ａ社及びＢ社においては，控訴人から技術者の派遣を受けることなく，製造販売の事業が完結している取引がほとんどであり，控訴人に対する技術者の派遣の要請は，特定のめっき薬品及び特定の顧客対応についてしか生じず，極めて例外的な場合だけである。
控訴人のＫ研究所の技術者の出張による役務の提供は，Ａ社及びＢ社へのめっき薬品の製造ノウハウの使用許諾取引並びにＡ社による顧客へのめっき薬品販売活動の不可欠な要素ではないし，めっき薬品の製造ノウハウの使用許諾取引の対価は正味製造価格又はその純販売価格の５％などに設定され，他方，役務提供取引の価格は，台湾への出張に要する交通費・宿泊費等の費用相当額と設定されているのであって，両取引の価格は，他の取引の価格を考慮して設定されているのではない。
複数のめっき薬品の製造ノウハウの使用許諾取引及び役務提供取引をパッケージとしてされた一体取引とみなし，比較可能性の有無を判断することは認められない。
本件国外関連取引に係る比較対象取引の有無
ａ 本件においては，控訴人によるＡ社及びＢ社に対する個々のめっき薬品の製造ノウハウの使用許諾取引について，控訴人とＤ社の間の個々のめっき薬品の使用許諾取引及び控訴人とＥ社との間の個々のめっき薬品の使用許諾取引は，独立価格比準法と同等の方法を適用するための要件である「同種」の要件及び「同様の状況」の要件をいずれも満たしているから，これらの取引を比較対象取引とする独立価格比準法と同等の方法を適用することができる。
したがって，基本三法（特に独立価格比準法）と同等の方法を適用することができる以上，残余利益分割法を用いて独立企業間価格を算定してされた本件各更正処分は違法である。
⒜「同種」の要件
製造ノウハウの使用許諾取引においては，棚卸資産取引と異なり，通常，（販売価格などの絶対額ではなく）販売金額などに対する一定の料率を対価として取引が行われるのであり，異なる製品の製造ノウハウであっても，そのノウハウを構成する内容に類似性があり，その製造に必要な設備等が類似しており，大きな追加投資やリスク負担をすることなくある製品の製造を行うか別の製品の製造を行うかの選択を行うことができるような場合には，「同種」の要件は満たしていると判断し得るものと解される。
そして，めっき薬品については，その製造ノウハウは複数の原料を一定の比率で投入し攪拌することにあり，また，同一の設備で製造が可能であり，別のめっき薬品の製造に際して大きな追加投資やリスク負担は生じない。したがって，本件Ａライセンス取引を構成する各めっき薬品の製造ノウハウの使用許諾取引及び本件Ｂライセンス取引を構成する各めっき薬品の製造ノウハウの使用許諾取引と，本件Ｄライセンス取引を構成する各めっき薬品の製造ノウハウのライセンス取引及び本件Ｅライセンス取引を構成する各めっき薬品の製造ノウハウの使用許諾取引は，それぞれ「同種」の要件を満たす。以上に対し，原判決は，ライセンスの対象となる製品の品揃えが異なることや用途の違いをもって比較可能性がないと述べる。しかしながら，個々の製品ごとに「同種」の要件は判断すべきであるから，品揃えの違いは比較可能性を否定する理由となり得ないし，控訴人は用途を限定してめっき薬品のライセンス取引を行っているのではなく，また，用途の差異が対価の額（ロイヤルティ料率）に影響を及ぼすことが明らかであることを示す客観的証拠も存在しないので，用途が異なることも「同種」の要件を満たさないことの理由とはならない。
⒝「同様の状況」の要件
差異の存在を理由として比較可能性の要件が否定されるのは，その差異が価格に重大な影響を及ぼすことが客観的に明らかな場合だけである。本件において，本件Ａライセンス取引を構成する各めっき薬品の製造ノウハウの使用許諾取引及び本件Ｂライセンス取引を構成する各めっき薬品の製造ノウハウの使用許諾取引と，本件Ｄライセンス取引を構成する各めっき薬品の製造ノウハウの使用許諾取引及び本件Ｅライセンス取引を構成する各めっき薬品の製造ノウハウの使用許諾取引の間には，それぞれ①無形資産の使用許諾の対象たる製品の市場となる国・地域，②ライセンス取引により付与される権利の独占性の有無，③対象製品の市場におけるシェアについて違いがあるが，いずれも価格に重大な影響を及ぼすことが客観的に明らかであるといえる証拠は何も存在しない。したがって，「同一の状況の下での取引」ではないと判断することはできず，「同一の状況」の要件も満たす。むしろ，①については，ライセンス対象者が所在する国が異なっても同一のロイヤルティ料率で取引がされている客観的事実が存在し，また，製造ノウハウの対象となっている製品の販売価格が異なっていても技術が同種である限り，同一のロイヤルティ料率で使用許諾取引がされることがあることは公知の事実であるから，製品の販売価格の差異と対価の額の差異との間に相関関係はない。②についても，製造ノウハウの使用許諾取引は，複数の製造者の競争による製品価格の下落や漏えいの危険を考慮して，通常一地域において一事業者としか実施されない。Ｄ社が有するのは非独占的権利であるが，控訴人が韓国で製造ノウハウの使用許諾をしているのはＤ社１社のみである。他方，関連者間の契約については独占的権利として契約が締結されていても，控訴人に必要が生じればいつでも契約条件を非独占に変更し，他の者と製造ノウハウのライセンス契約を締結することが可能である。実質的には，独占的権利を付与されているＡ社と非独占的権利を付与されているＤ社の置かれている状況は同一であって，両取引の取引条件に実質上差異はない。さらに，③についても，ＰＷＢ用途のめっき薬品の市場において，台湾のＡライセンス製品のシェアは80％，韓国のＤ社ライセンス製品のシェアは14％余りであるなどシェアの違いはあるものの，このようなシェアの違いは，Ａ社が控訴人とのライセンス契約の締結後に，Ａ社のユニークなビジネスモデルによって圧倒的なシェアを獲得するに至ったものであって，ライセンス契約締結時に予測されていたものではなく，また製品自体の価格競争力や収益力に由来するものではないから，シェアの違いはロイヤルティ料率に影響を与え得る差異ではない。
ｂ 本件Ａ・Ｉ使用許諾取引及び本件Ｂ・Ｍ使用許諾取引についてさらに，以下のとおり，少なくとも，①本件Ａライセンス取引のうち，控訴人とＡ社との間のＩの製造ノウハウの使用許諾取引（以下「本件Ａ・Ｉ使用許諾取引」という。）については，控訴人とＤ社との間のＩの製造ノウハウの使用許諾取引（以下「本件Ｄ・Ｉ使用許諾取引」という。）を，②本件Ｂライセンス取引のうち，控訴人とＢ社との間のＭの製造ノウハウの使用許諾取引（以下「本件Ｂ・Ｍ使用許諾取引」という。）については，控訴人とＤ社との間のＮの製造ノウハウの使用許諾取引（以下「本件Ｄ・Ｎ使用許諾取引」という。）をそれぞれ比較対象取引とする独立価格比準法と同等の方法を適用することができることは明らかである。
それにもかかわらず，本件Ａライセンス取引及び本件Ｂライセンス取引について，それぞれＩ，Ｍを含めた全てのめっき薬品に残余利益分割法と同等の方法を適用し，本件Ａ・Ｉ使用許諾取引及び本件Ｂ・Ｍ使用許諾取引に，独立価格比準法と同等の方法を適用せずに独立企業間価格を算定してされた本件各更正処分は違法である。
⒜「同種」の要件
本件Ａ・Ｉ使用許諾取引と本件Ｄ・Ｉ使用許諾取引は，いずれも同じＩを対象とするものであり，「同種」の要件を満たす。
また，本件Ｂ・Ｍ使用許諾取引の対象であるＭと本件Ｄ・Ｎ使用許諾取引の対象であるＮは，ほぼ同時期に開発製品化されたいずれも高リンタイプの無電解ニッケルめっき液であり，同様の生産設備を用いて生産することができ，原料の構成も錯化剤濃度に多少の差異があるだけであって，期待される利益に著しい差異はないので，「同種」の要件を満たす。
⒝「同様の状況」の要件
本件Ａ・Ｉ使用許諾取引と本件Ｄ・Ｉ使用許諾取引は，①いずれもＩをプリント配線板メーカーに販売することを目的として，②ほぼ同時期に開示を受け，③それぞれの地域で同シリーズの各製品のノウハウ使用許諾取引を受けているのは１社のみであり（台湾はＡ社，韓国はＤ社），④ノウハウの開示移転の方法として，いずれもノウハウを記載した書面の交付による方法だけではなく，控訴人技術者の派遣によるノウハウの開示移転が合意され（費用はライセンシー負担），⑤本件各事業年度における契約期間は同じ５年であり，⑥顧客層も共通しており，また，それぞれの顧客はさらなる共通の顧客層から交渉圧力を受けており，さらに，⑦無電解ニッケルめっき液の販売に関し同一の競合他社と販売を競い合っているなど「同様の状況」にあった。本件Ｂ・Ｍ使用許諾取引と本件Ｄ・Ｎ使用許諾取引も，差異はあるものの前記ａ⒝のとおりいずれもそれぞれ価格に重大な影響を与えることが明白な差異があるとは認められないから，「同様の状況」を満たしていた。
イ 基本三法が適用できない場合もＤ社及びＢ社とのライセンス取引を独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法として適用することができること仮にＡ社及びＢ社に対するめっき薬品の製造ノウハウの使用許諾取引の一部又は全部について，Ｄ社及びＢ社とのライセンス取引との間の差異を理由に「同種」又は「同様の状況」の要件が満たされていないと判断される場合であっても，Ｄ社及びＥ社との取引を比較対象とする方法は，独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法に該当する。
「独立価格比準法と同等の方法」と「独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法」は，その効果に違いがある。前者に該当すれば，基本三法優先の結果，残余利益分割法等その他の方法との信頼性を比較することなく，同方法を適用して算出された価格が独立企業間価格として用いられることになる一方，後者に該当する場合は，残余利益分割法等その他の方法との比較の結果，独立企業間で成立するであろう価格（「理想的な価格」）に最も近似する価格を算出する方法であると判断されれば適用されるが，その他の方法の算出結果の方が独立企業間で成立するであろう価格の近似値を算出すると判断されれば適用されることはない。
価格に影響を与える差異が存在し，独立価格比準法と同等の方法といえるまでに正確な独立企業間価格を算定し得ない方法であったとしても，残余利益分割法よりも独立企業間価格に近似する価格を算定し得る場合には，独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法となると解して，他の方法との比較においていずれが独立企業間価格に最も近似する価格を算定するかによって，実際に適用される独立企業間価格の算定方法が決まると解すべきである。本件においては，業界の一般的なロイヤルティの水準を基準に各めっき薬品のロイヤルティ料率を決定するという一般的な慣行に合致した方法で価格設定がされているから，独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法を適用して算定する独立企業間価格は「理想的な価格」からの乖離が大きくないものと推定されるのに対し，残余利益分割法と同等の方法は，後記のとおり信頼性に疑問を生じさせる多くの問題があるから，これにより算定する独立企業間価格は，理想的な価格・所得配分から著しく乖離したものになると考えられる。
被控訴人は，残余利益分割法と同等の方法が独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法よりも適切な方法であることを立証していないので，残余利益分割法と同等の方法を適用して行った本件各更正処分等は違法である。
ウ 残余利益分割法と同等の方法を適用することはできないこと
処分の適法性についての立証責任は被控訴人にあるから，東税務署長が残余利益分割法を適用して行った本件各更正処分が適法であるためには，被控訴人は控訴人の研究開発活動が超過利益の源泉であることを立証しなければならないが，被控訴人は何の立証も行っていない。
Ａ社は競合他社にはない極めてユニークな「アフターサービス」をユーザーに提供しており，その結果，競合他社に対して競争上の優位を形成しており，台湾において極めて高いマーケットシェアを実現するとともに，高い価格でのめっき薬品の販売が可能となっている。このマーケティングの無形資産は，台湾における超過利益（レント）の発生に大きく貢献していることは明白である。
他方，控訴人のめっき薬品に関する研究開発活動は，めっき薬品の製造販売事業を継続するうえで極めて重要な活動であることは間違いないが，競合他社も同様の研究開発活動を行っており，競合他社に対して競争上の優位を形成するユニークなノン・ルーティン活動といえるのかは疑問があり，台湾における超過利益の発生に果たして貢献をしているのか明白ではない。被控訴人は，めっき薬品の微妙な原料の配合比がノウハウであるから，顧客のニーズに沿っためっき薬品を生み出す場合には，それ自体価値の高い，独自性のある無形資産といえるのであって，超過利益の源泉となる重要な無形資産であると主張するが，論理の飛躍がある。「超過利益」が発生するためには，高く売れなければならず，ノウハウが含まれた商品であって顧客のニーズに合致した商品であるというだけでは，そのノウハウの価値が高いとはいえない。また，ノウハウの含まれた商品の販売価格が高くても，商品の販売とともに役務の提供がされている場合には，ノウハウの価値が高いから販売価格が高いのか，提供された役務の価値が高いから販売価格が高いのかは事案により異なるから，いずれによって高い販売価格が実現したのかにつき証拠を提出しなければ，高い販売価格の結果実現した超過利益の源泉が何であるのかは不明である。
⑶残余利益分割法と同等の方法による場合の本件国外関連取引に係る独立企業間価格の算定（争点３）について
ア 分割対象利益の算定方法に誤りがあること
Ａ社の営業利益の算定
被控訴人による分割対象利益の計算には，Ａ社の営業利益として，控訴人ライセンス製品ではない製品の売上げが混入しているから，その計算には誤りがある。課税処分の適法性については被控訴人が立証責任を負うのであるから，被控訴人の主張する全ての製品について，具体的に控訴人の製品（<証拠略>のプロダクトリスト掲載の製品）のどの製品に対応するのかを主張立証しなければ，被控訴人の計算が正しいことの立証がされたとはいえない。少なくとも別紙１〈略〉に掲げる製品は，控訴人が本件各事業年度においては有していなかったデスミア関連の製品，第三者から購入した市販品をもとにＡ社が開発した製品又は顧客からの製造依頼に基づき顧客仕様の製品を製造したものであるから，いずれも控訴人ライセンス製品とはいえない。控訴人は，何がＡ社の自社開発製品であったかを全て列挙しており，それが独自性のあるものであるか否かについて，Ｋ研究所の職員という技術の専門家が中立的な立場から判断した結果を何の合理的な根拠もないのに否定することは許されない。ましてや，被控訴人が，否定する論拠を全く見つけられない製品の売上高がごくわずかであるとか，営業利益もごくわずかであるなどと根拠なく決めつけ，計算の誤りを放置することが許されるわけがない。残余利益分割法に影響を及ぼさないことについて被控訴人の立証がないから，被控訴人の主張は失当であり，また，本来の所得移転以上の課税は，その金額の多寡にかかわらず，本来の所得移転額を超える部分について違法である。控訴人の営業利益の算定
本件のライセンス取引の対象製品は，過去において開発された製品である。他方，控訴人が期間損益として計上した研究開発費は，将来のめっき薬品の開発及び基礎技術の研究のための費用であり，新たに開発された製品の全てが必ずしも既存のライセンシーに対しライセンスされるわけではないから，Ａ社やＢ社にとっては，自社にライセンスされるかどうか不明な製品の開発費である。独立企業間での取引で，そのような研究開発費をライセンシーが負担することはあり得ない。分割対象利益の算定において研究開発費を控除するということは，残余利益の発生に対する貢献の割合に応じて，そのような研究開発費をＡ社やＢ社が負担することを意味し，独立企業間ではあり得ない利益分割の結果となる。
したがって，独立企業間でされるであろう利益分割の結果に近似させる算定方法となるためには，研究開発費を分割対象利益の算定において控除するのは誤りである。
本件の試験研究費は，収益に直接に対応する費用でないことはもちろん，収益に期間的に対応する費用でもなく，収益に全く対応しない費用であるから，そのような試験研究費を控除して分割対象利益を計算するのは誤りである。
イ 基本的利益の算定に誤りがあること（Ａ社，Ｂ社の基本的利益の算定の際に比較対象とされた企業の比較可能性がないこと）
本件において，被控訴人がＡ社の基本的利益の算定のための比較対象企業として選定したもののうち，ＴCorporaton（以下「Ｔ社」という。）及びＵ Co.,Ltd（以下「Ｕ社」という。）については，比較可能性がなく，比較対象企業として不適切である。
Ｔ社は，タイヤ，コンベアベルト等に使用される合成ゴム製品の製造・販売会社であり，その取扱製品はＡ社の取り扱うものとは大きく異なっている上，製造設備の規模（Ｔ社は大規模設備が必要であるのに対し，Ａ社は溶解槽等が必要なだけで特別な製造装置を必要としない。）に起因した製造活動に係る重大な差異も存在している。
また，Ｕ社は，プラスチック製品，樹脂，溶剤といった石油化学製品の製造・販売会社であり，その取扱製品はＡ社の取り扱うものとは大きく異なっている上，Ｕ社の主たる事業は製造業ではなく，卸売業である。
ウ 残余利益の配分に誤りがあること
本件において残余利益の配分比率の算定基準として用いられた控訴人及び国外関連者がそれぞれの無形資産にして支出した本件各事業年度の費用割合は，「所得の発生に寄与した程度を推測するに足りる要因」（措置法施行令39条の12第８項）によるものではなく，本件の残余利益の配分には誤りがあって違法である。
台湾における控訴人ライセンス製品の製造販売の極めて高い利益の源泉は，Ａ社のユニークなビジネスモデルにあり，めっき薬品の開発機能の貢献度合いは大きいものとはいえない。
本件の残余利益分割法と同等の方法は，異なる無形資産それぞれによってもたらされるレント（超過利益）を特定せず，超過利益の全体を控訴人の研究開発費のうち本件Ａ取引に関連して支出したと認められる部分と，Ａ社については研究開発費のうち本件Ａ取引に関連して支出したと認められる部分（実質はユーザーへの技術サービスというマーケティング関連の費用）の比率で分割するのは合理的ではない。
被控訴人が残余利益の配分のために用いた指標は，控訴人の研究開発とＡ社の技術支援の費用であって，「無形資産の価値」ではない。無形資産の価値は，無形資産の生み出す利益との関係で定まるものであって，例えば，その無形資産によって将来生み出されるキャッシュフローの現在価値が無形資産の価値である。被控訴人は，「無形資産の価値」に応じて「合理的に」残余利益の配分を行っているのではない。
しかも，被控訴人が，残余利益分割法の適用において控訴人に配分する残余利益を計算するための分割要因として用いたのは，控訴人が本件国外関連者に使用許諾し本件国外関連者がめっき薬品の製造販売事業に用いたノウハウの開発のために支出された費用等の額ではなく，開発が成功するかどうか不明であり，開発が成功しても本件国外関連者に使用許諾されるかどうか不明な本件国外関連取引の対象であるめっき薬品とは異なる別のめっき薬品のノウハウであるから，「当な無形資産の開発のために支出された費用等の額」ではない。
残余利益分割法は，残余利益を残余利益の発生に寄与した程度，言い換えれば，残余利益の発生に貢献した割合に応じて分割しなければならないのであって，例えば，法人及び国外関連者の支出しの額の割合は，その費用の額の割合が残余利益の発生の貢献の割合であると推測し得るという要件を満たす場合，その費用の額の割合を用いて，残余利益を分割することが，平成23年度の改正後の措置法施行令39条の12第８項１号ハにより認められている。
法人及び国外関連者の支出した費用の額の割合が残余利益の発生の貢献の割合の近似値であるという要件が満たされない場合には，法令上，その費用の額を分割要因として残余利益分割法を適用することは認められない。本件において，処分の適法性についての立証責任を負う被控訴人は，法人と国外関連者の支出費用の額の割合が法人と国外関連者の残余利益の発生の割合と近似しているという点について立証をしていない。
３ 当審における控訴人の主張に対する被控訴人の反論
⑴本件国外関連取引のうち役務提供取引に係る「支払を受ける対価の額」の主張立証がない旨の主張（当審における追加主張）に対する反論本件各更正処分の対象となった本件国外関連取引は，「めっき薬品の製造ノウハウ等に関する技術情報の使用許諾取引並びに技術訓練及び支援等の役務提供取引」であり，控訴人ライセンス製品の製造販売等に関して本件国外関連者に対して提供する技術指導等の役務提供の全てがこれに当てはまるものであって，本件国外関連取引の内容となる役務提供取引の特定に欠けるところはない。また，その対価は，ライセンス契約に基づきロイヤルティとして支払われているものであって，役務提供取引について「支払を受ける対価の額」の主張がないとする控訴人の主張は失当である。交通費・宿泊費等の支払は，出張に伴う単なる費用負担にすぎず，無形資産の提供の対価といえるものではない。
仮に，本件役務提供取引に関し，国外関連者の負担に係る交通費等の上記費用についても，控訴人が国外関連者から得た本件役務提供取引の対価として控訴人の収益の額に含めるべきと解するとしても，控訴人は交通費等の上記費用相当額の支払を受けるとともに，同額を技術者の派遣等のための費用として支出し，その収益の額と同額が控訴人の費用となるので，結局，本件における控訴人側の営業利益の計算上は，当該部分の営業利益はプラスマイナスゼロとなる。したがって，本件における分割対象利益の計算上，上記費用を収益の額に含めるか否かによる影響はない。
⑵本件国外関連取引に対する残余利益分割法と同等の方法の適用の可否（争点２）の主張に対する反論
ア 基本三法（特に独立価格比準法）と同等の方法が適用できる旨の主張に対する反論
独立企業間価格の算定の単位及び比較可能性の判断の単位
ａ 独立企業間価格の算定は，個別の取引ごとに行うのが原則であるが，個々の取引が密接に結び付いていたり，一定期間継続していたり，これらを個別に見たのではその価格を適正に評価できないような場合には，まとめて一の取引として独立企業間価格を算定すべきであり，比較可能性の判断も，そのように一の取引として評価された取引ごとに行われるべきである。なお，措置法66条の４第１項における「取引」又は「当該取引」の意義は同項内で定義づけられた上，これを同条内においては「国外関連取引」と略称することとされているから，同条第１項の「取引」又は「当該取引」の意義は，同条第２項の「国外関連取引」の意義と同一であることが文理上明らかである。
原判決は，国外関連者との間で行われた実際の取引を別の取引に置き換えるものではなく，実際に行われた取引に着目して判示しているものであるから，控訴人の批判は当たらない。
ｂ そして，本件国外関連取引の対価の額は，①Ａ旧契約書及びＡ新契約書が，いずれも製品ごとの技術の先進性や開発コストの多寡などを捨象して一律のロイヤルティ料率を定めていること，②控訴人自身，Ａ新契約書の締結後に使用許諾される製造ノウハウ等であっても，その対価の額が当然かつ一律にＡ新契約書の定めに従い決定されるものであったことを自認していること，③本件Ａライセンス取引のロイヤルティ料率が定められた経緯（個別のめっき薬品ごとにその製法等の無形資産の価値を計測して定められたものではなく，当該めっき薬品の製法等の開発コスト（控訴人の研究開発費）の受益者負担という観点から，Ａ社の財務状況や，台湾当局による規制等を踏まえて定められた。その際，業界水準のロイヤルティ料率は５％という判断の下，すべての許諾製品，製造販売許諾地域について，一律に正味販売金額の５％を許諾料率としてノウハウ・ライセンス契約を締結することを基本方針とした。）からも明らかなとおり，個別のめっき薬品の使用許諾取引ごとに設定されたものではない。
c そして，本件Ａライセンス取引及び本件Ｂライセンス取引においては，控訴人からＡ社及びＢ社に対して，控訴人の有するめっき薬品の製造等に係る技術情報等のノウハウが提供されるとともに，控訴人から両社に対する技術訓練や支援等も行われることとされており，これら両取引は，いわば役務提供付きのライセンス取引といえるものである。控訴人の有するめっき薬品等の製造等に係る技術情報は，単にめっき薬品等のノウハウの開示を受けることによってのみならず，技術訓練や支援等の役務提供によっても控訴人の国外関連者に対して提供されるものといえるから，ロイヤルティは，技術情報等のノウハウの提供の対価であるとともに，技術訓練や支援等の役務提供の対価であるといえる。
この点からも，ライセンス取引と役務提供取引とを区別して，別々にその対価を計算することは合理的ではなく，これらを一体としてその対価を検討するべきである。
原判決が適切に判示するとおり，本件国外関連取引の実態等に照らせば，本件国外関連取引は，Ａ社及びＢ社それぞれに対する複数のめっき薬品に係る製造ノウハウ等の使用許諾取引及び技術訓練等の役務提供取引を一の取引として，その独立企業間価格を算定するのが相当である。
本件国外関連取引に係る比較対象取引の有無
ａ 独立価格比準法は，国外関連取引に係る価格と比較対象取引に係る価格とを直接比較することにより，独立企業間価格を算定する方法であるため，その適用においては，何よりも取引の対象となる資産の内容について厳格な同種性が要求されるほか，取引状況についても価格に影響するような差異がないことが必要となるという点に特徴があり，基本三法の中でも要求される比較可能性の程度が特に高いとされる。独立価格比準法と同等の方法も，同じく価格を直接比較する方法であるから，取引の対象となる資産の内容について厳格な同種性が要求される。
これに対し，控訴人の前記２⑵アａ⒜の主張は，実質的には，独立価格比準法と同等の方法において求められる「同種」性を根拠もなく緩和しようとするものであるから理由がない上，無形資産の内容同士を比較せず，無形資産を「構成する」内容同士を比較すれば足りるかのようにいう点や，対価の額に影響を及ぼす無形資産そのものの異とは直接関係のない設備の類似性や当事者の引き受けるリスク負担によって無形資産の同種性を判断しようとする点において，独立価格比準法と同等の方法において求められる「同種」性の解釈を誤った独自の見解といわざるを得ず，理由がない。
ｂ⒜「同種の」要件
一体としての取引である本件Ａライセンス取引と本件Ｄライセンス取引とを比較した場合，原判決が適切に判示したとおり，両取引の対象となっている無形資産等には，対価の額に影響を及ぼす差異が存在する。
控訴人は，用途を限定してめっき薬品のライセンスを行っているのではない上，用途の差異がロイヤルティ料率を及ぼすことが明らかであることを示す客観的証拠は何もないなどと主張するが，独立価格比準法と同等の方法において比較対象取引となるのは，「対価の額」に影響を及ぼす差異がない取引であって，「ロイヤルティ料率」に影響を及ぼす差異があるか否かではない。
⒝「同様の状況」の要件
本件Ａライセンス取引と本件Ｄライセンス取引とを比較した場合，両取引の行われた状況には，原判決が適切に判示するとおり，対価の額に影響を及ぼす差異が存在し，その影響を具体的に把握することは極めて困難であって，生じる対価の額の差を調整できるとはいえないから，両取引が「同様の状況」の下でされたものということはできない。
なお，控訴人は，差異の存在を理由として比較可能性の要件が否定されるのは，その差異が価格に重大な影響を及ぼすことが客観的に明らかな場合だけである旨主張するが，独立価格比準法と同等の方法についての措置法66条の４第２項２号イ，同項１号イの規定上は，価格に「重大な」影響を与える差異の有無を問題とすべきとする解釈上の明確な根拠があるとはいえない。さらに，仮に「同様の状況」の判断において，取引価格への重大な影響の有無を問題にすべきであると解したとしても，本件における取引状況の違いは重大なものであって，そのような重大な差異から生じる価格への影響もまた重大なものというべきである。
イ 基本三法が適用できない場合もＤ社及びＢ社とのライセンス取引を独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法として適用することができる旨の主張に対する反論
控訴人の主張は，控訴人が主張する「独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法」（本件Ｄライセンス取引を比較対象取引とするもの。以下「本件独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法」という。）と他の方法（東税務署長が適用した残余利益分割法と同等の方法）のいずれが独立企業間価格（控訴人のいう「理想的な価格」）の近似値を算定し得るかを比較し，より近似する値を算定し得る前者を適用すべきであるというものであると解される。しかしながら，控訴人の主張によれば，そもそも独立企業間価格（「理想的な価格」）がいくらであるかが客観的に明らかでなければ，本件独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法と他の方法とのどちらが独立企業間価格の近似値を算定し得るのかは判断できないはずである。また，取引の対象及び状況に相当程度の差異が存在するにもかかわらず，なぜ本件独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法の方が，残余利益分割法による算定方法よりも独立企業間価格（「理想的な価格」）に近似する価格を算定し得るのかについても，控訴人は何ら合理的な説明をしていない。
控訴人の主張は，措置法等に規定された移転価格税制における独立企業間価格の算定方法を正解しないものである上，そのような複数の算定結果から「理想的な価格」の「近似値」を選択するための方法についての説明もないものであって，結局のところ，本件独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法が「理想的な価格」の「近似値」を算定できるはずだという結論ありきの失当なものである。
さらに，控訴人の主張によっても，本件独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法が，独立価格比準法と同等の方法においては比較可能性がないと判断される取引（本件Ｄライセンス取引及び本件Ｅライセンス取引）について，何の差異調整も行わないままに，独立価格比準法と同等の方法を適用しようとするものであることは明らかであって，「そのような方法により独立企業間価格を算定することが『独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法』として許容されるのか，疑問があるといわざるを得ない。」との原判決の評価は，極めて的確である。
ウ 残余利益分割法と同等の方法を適用することはできない旨の主張に対する反論
原判決が認定説示するとおり，本件国外関連取引については，控訴人及びその国外関連者が有する重要な無形資産が利益獲得に寄与していることからすれば，その独立企業間価格の算定には，基本的利益を配分した上で残余利益を重要な無形資産の価値に応じて配分する残余利益分割法と同等の方法を用いるのが合理的であるということができる。
原料の配合比というノウハウは，それが顧客のニーズに沿っためっき薬品を生み出す場合には，それ自体が極めて価値の高い，独自性のある無形資産といえる。また，控訴人の有する無形資産は，個々のめっき薬品をプロセスとして用いる場合における技術情報やノウハウ，顧客のめっきライン立ち上げ及び不具合発生時の技術サポートをも包含するものである。このような控訴人の重要な無形資産は，控訴人による研究開発活動により形成・維持・強化されてきたものであるから，控訴人の研究開発活動が台湾における超過利益の発生に貢献していることは明らかである。
競合他社も同様の研究開発活動を行っていることは，そのような他の競合他社も，そのような活動を行っていない法人に比して，超過利益を生む重要な無形資産を有しているということを示しているだけであって，何ら控訴人が超過利益の源泉となる重要な無形資産を有していることを否定する根拠とはならない。
控訴人は，超過利益が発生するためには，高く売れなければならないと主張するが，「超過利益」とは「基本的利益」と対になる概念であって，重要な無形資産を有しない場合に得られる利益（基本的利益）を超える部分の利益は全て「超過利益」とされるのであり，控訴人は超過利益の理解を誤っている。
さらに，控訴人は，Ａ社の有する重要な無形資産のどちらか片方のみが超過利益の源泉であることを前提に，その「いずれにより」超過利益が生じているのか不明である旨を主張するが，被控訴人は，控訴人の有するめっき薬品の製造等のノウハウとＡ社の行う技術サポート等が共に重要な無形資産であり，その両方から超過利益が生み出されていることを前提として，残余利益分割法と同等の方法による独立企業間価格の算定を行っているのであるから，控訴人の主張は前提を誤っている。
⑶残余利益分割法と同等の方法による場合の本件国外関連取引に係る独立企業間価格の算定（争点３）についての主張に対する反論
ア 分割対象利益の算定方法に誤りがある旨の主張に対する反論
Ａ社の営業利益の算定
控訴人は，分割対象利益の計算において，Ａ社の営業利益として，控訴人ライセンス製品以外の製品の売上げが混入しているから，その計算には誤りがある旨主張するが，原審における主張の繰り返しにすぎない。
控訴人は，被控訴人の主張する全ての製品について，具体的に控訴人の製品のどの製品に対応するのかを主張立証しなければならない旨を主張するが，控訴人自身の税務調査担当者に対する説明等の内容や，開発の開始から新製品の商品化・販売まで相当程度の期間を要することから，本件各事業年度においてＡ社による自社開発製品が販売された事実はないことが推認できる。したがって，その推認を妨げる事情については，控訴人において具体的に主張立証すべきである。
控訴人がＡ社の自社開発品として主張する製品は，いずれも控訴人ライセンス製品の一部を改変した類似品ないし改良品である可能性が高いものというべきであり，仮に，控訴人の主張するＡ社の自社開発品として主張する製品の一部に，控訴人の開示する製造ノウハウによらずに独自に開発されたものが含まれていたとしても，そのような製品はごく僅かであり，その売上げにより獲得される営業利益もごく僅かであったものといえ，これが残余利益へ混入したことにより，国外移転所得額の算定に影響を及ぼすとは到底いえない。
控訴人の営業利益の算定
控訴人は，研究開発費を分割対象利益の算定において控除するのは誤りであるとして，被控訴人の計算は誤っている旨主張するが，原審における主張の繰り返しにすぎない。
研究開発費については，一般に，企業会計処理上，各期の総利益に期間的に対応する費用として発生時に費用処理するとの会計基準が採用されており，法人税に係る損金算入に関しても，原則として，収益との直接の対応関係が要求される原価（法人税法22条３項１号）ではなく，期間対応の費用である一般管理費（同項２号）に当たるものであることからすれば，本件Ａ取引及び本件Ｂ取引に係る控訴人の営業利益（分割対象利益）の算定に当たっても，本件各事業年度のロイヤルティ収入から当該事業年度において支出された研究開発費を控除するのが相当である。
また，控訴人は，研究開発費の控除を認めれば，ライセンシーが研究開発費を負担することになるから不合理であると主張するが，被控訴人は，控訴人側（ライセンサー側）の分割対象利益の計算上，研究開発費を控除すべきと主張しているのであって，ライセンシーに研究開発費を分担させようとしているわけではない。控訴人の理屈によれば，ライセンシー側の分割対象利益の計算上，販売管理費を控除することも許されないこととなってしまうから，そのような解釈が妥当とは到底いえない。
イ 基本的利益の算定に誤りがある旨の主張に対する反論（Ａ社，Ｂ社の基本的利益の算定の際に比較対象とされた企業の比較可能性の有無）控訴人は，本件で基本的利益を算定するために用いられた比較対象企業のうち，Ｔ社について製造設備の規模に起因した製造活動に係る重大な差異が存在しており，比較可能性がない旨を主張するが，本件で利益指標として用いる営業利益率は，製品（棚卸資産）自体の差異によって影響を受けにくい上，各比較対象企業の利益率の中央値を用いることにより，個別的差異はある程度捨象される。
また，控訴人が製造設備の規模の違いを示す指標として用いる「有形固定資産回転率」，「総資産製造設備比率」あるいは「売上高設備投資比率」といった指標の違いが，どのような機序で，Ａ社の基本的利益に係る営業利益率に影響するかについては全く明らかでないのであり，上記のような指標上の差異が営業利益率の算定に影響を与えることが客観的に明らかであるとはいえず，Ｔ社が比較可能性を欠くとは認められない。
また，控訴人は，Ｕ社について，主たる事業が製造業ではなく卸売業であるなどとして，比較可能性がない旨主張する。
しかしながら，Ｕ社は，ＶでＷコード2800番台（「化学品及び関連品製造業」）に分類され，ＡＡというデータベースにおいてはその事業内容についてmanufacturing,processing and trading of industrial chemicals（工業薬品の製造，加工，貿易）と記載されていることなどが確認できたために，同社がプラスチック製品等を製造する有機化学工業を営む法人であるものと認めて，比較対象企業に選定したものである。
さらに，Ｕ社のホームページを見ても，会社の沿革を記した箇所に，主要な経営業務として，化学品等の「製造加工」が挙げられており，平成12年に土地を取得して，翌年に工場を建設したこと，平成16年には更にその隣区の土地を借り，工場の運営を拡大してきたことが記載されている。したがって，本件各事業年度において，Ｕ社が製造業を営んでいたことは否定されない。なお，仮にＵ社の事業が卸売業であり，結果的に比較可能性を有しないとしても，Ａ社の基本的利益の算定においては，選定された19法人（平成12年３月期は18法人）の営業利益率の中央値を用いており，業種の異なる法人が一社混入していたからといって，結果に大きな影響はなく，実際，Ｕ社を除外してＡ社の基本的利益に係る営業利益率を再計算し，これに基づき国外移転所得金額を再計算してみても，その金額は本件各更正処分における国外移転所得金額を上回るのであって，いずれにしても，本件各更正処分等の適法性に影響を与えるものではない。
ウ 残余利益の配分に誤りがある旨の主張に対する反論
控訴人は，残余利益の配分比率の算定基準として用いた，控訴人及び国外関連者がそれぞれの無形資産に関連して支出した本件各事業年度の費用割合が「所得の発生に寄与した程度を推測するに足りる要因」（措置法施行令39条の12第８項）ではなく違法であると主張するが，本件では，控訴人側においても，国外関連者側においても，めっき薬品に係るノウハウ等を形成・維持・強化しているものと認められる研究開発費を分割要因として用いているのであって，残余利益の分割要因として合理的なものであるから，控訴人の主張は理由がない。
控訴人は，控訴人及びＡ社それぞれの無形資産によりもたらされた超過利益を特定して，その帰属を明らかにすべきであり，被控訴人が適用する本件の分割方法では，実際には超過利益の獲得に高く貢献しているはずの「Ａ社のユニークなマーケティング」を適正に評価できない旨主張する。しかしながら，重要な無形資産が関連する国外関連取引に係る利益のうち，特定の重要な無形資産の貢献によってのみもたらされる超過利益を直接把握することが実際上困難であるため，被控訴人による算定方法においては，分割対象利益から基本的利益を控除した残余利益を，「当該重要な無形資産の価値に応じて，合理的に配分する方法」（措置法通達66の４⑷－５）により配分しているのであって，控訴人の主張は前提を誤っている。
また，控訴人は，Ａ社の無形資産が「マーケティングの無形資産」であるとした上，台湾における超過利益の発生に寄与したのは，顧客にサービスを提供するＡ社研究開発部の費用等を含むＡ社の販売管理費であるかのように主張する。
しかしながら，Ａ社において行う技術サービスは，顧客のめっきラインにおいて生じた不具合に24時間体制で対応するサポート体制を始めとする技術支援を内容とするものであって，いずれもめっき薬品に係る使用及び管理等に係るノウハウ等の無形資産を有しなければ行えない業務である。このような無形資産は，本件国外関連者の研究により形成・維持・強化されているものであり，Ａ社の無形資産は，広告宣伝費のような販売促進活動に係る費用ではなく，めっき薬品に係る使用及び管理等のノウハウを含む技術サービスに係る研究開発活動の費用により形成・維持・強化されているものである。他方，控訴人が有する無形資産は，めっき薬品の製造のための原料の配合比にとどまらない，めっき薬品の使用及び管理等に係るノウハウもその研究開発活動によって形成・維持・強化がされているものと認められ，このようなノウハウは，主に国外関連者に対する役務提供等の技術支援を通じて利用されている。
このように，控訴人及びＡ社の有する無形資産は，異質なものではないから，超過利益に対する無形資産の寄与の程度を測るために，無形資産の形成・維持・強化の活動を反映する支出費用の額に用いることは，評価が困観な無形資産の価値を，当該無形資産に密接に関連する客観的かつ定量的な基準に基づき評価し比較しようとするものとして合理性がある。
さらに，控訴人は，被控訴人が残余利益の配分のために用いた指標は，控訴人の研究開発費用とＡ社の技術支援の費用であって，「無形資産の価値」ではない旨を主張する。
しかしながら，無形資産の価値の測定方法は，ディスカウント・キャッシュ・フロー法（ＤＣＦ法）を含む，収益から無形資産の価値を測定する方法（インカムアプローチ）のほか，コストアプローチやマーケットアプローチといった複数の方法が存在するのであり，また，残余利益分割法（これと同等の方法を含む。）における残余利益の配分は，残余利益に対する重要な無形資産の寄与の程度に応じて行うことから，それぞれが有する無形資産の相対的な価値の割合を把握することで足りるのであり，その寄与の程度を測るためには，当該無形資産の取得原価や当該無形資産の形成・維持・発展の活動を反映する各期の支出費用等の額による方法を用いることができるものと解される。したがって，残余利益の分割を，無形資産の絶対的価値によって行わなければならないことを前提とする控訴人の上記主張は，その前提を欠いており，理由がない。
以上に加え，控訴人は，無形資産として異質であるかどうかは，超過利益を生み出す程度が同一であるかどうかにより判断されるべきである旨も主張する。
控訴人の上記主張は，本件国外関連者の技術サービスの費用１円当たりと，控訴人の研究開発費１円当たりとで，超過利益に対する寄与の度合いが同じでなければ，それぞれの費用の比率で超過利益を分割することは認められないと主張するものと解されるが，これらがどのような割合で残余利益の発生に貢献したかが明らかではない場合においても，これを等しいものと考えて残余利益の分割要因とすることは，他にその割合をより合理的に調整する方法がない限り，なお合理性を有するというべきである。
４ 当審における当事者の主張に対する判断
⑴本件国外関連取引のうち役務提供取引に係る「支払を受ける対価の額」の主張立証がない旨の主張（当審における追加主張）について
措置法66条の４第１項を適用した更正処分が適法であるためには，処分の対象である国外関連取引が特定され，その特定された国外関連取引について支払を受ける対価の額が独立企業間価格に満たないことが必要であるところ，課税処分の取消訴訟においては，被控訴人（国）が所得の存在について主張立証責任を負うのであるから，処分に係る国外関連取引の存在，当該国外関連取引につき控訴人（納税者）が国外関連者から支払を受ける対価の額及びこれが独立企業間価格に満たないことについては，いずれも被控訴人が主張立証責任を負う。
控訴人は，本件国外関連取引のうちの役務提供取引について，国外関連取引が特定されておらず，これに係る支払を受ける対価の額の主張立証がされていないから，本件各更正処分のうち役務提供取引を対象とした処分は違法であると主張する。
そこで検討するに，本件各更正処分に係る国外関連取引（本件国外関連取引）は，本件各事業年度におけるめっき薬品の製造ノウハウ等に関する技術情報の使用許諾取引並びに技術訓練及び支援等の役務提供取引とされており，控訴人ライセンス製品の製造販売等に関して控訴人から国外関連者（Ａ社及びＢ社）に対して提供された技術支援，技術指導等の役務提供全てがこれに該当するのであって，その特定に欠けるところはない。そして，本件国外関連取引は，めっき薬品の製造ノウハウ等に関する技術情報の使用許諾取引と技術訓練及び支援等の役務提供取引が一体となったものであり（後記⑵ア参照），使用許諾と役務提供の対価として，本件Ａライセンス取引及び本件Ｂライセンス取引のロイヤルティが支払われている。両社から支払われたロイヤルティについては主張立証がされているところであるから，本件国外関連取引のうち役務提供取引について支払を受ける対価の額の主張立証がないとはいえず，控訴人の主張を採用することはできない。
⑵本件国外関連取引に対する残余利益分割法と同等の方法の適用の可否（争点２）について
本件各更正処分は，基本三法に準ずる方法その他政令で定める方法（措置法66条の４第２項１号ニ，同項２号ロ）と同等の方法である残余利益分割法を適用して行われているところ，基本三法に準ずる方法その他政令で定める方法と同等の方法は，基本三法と同等の方法を用いることができない場合に限り，用いることができる（基本三法優先の原則。同項１号括弧書き及び２号括弧書き）。前記のとおり，課税処分の取消訴訟においては，被控訴人（国）が所得の存在について主張立証責任を負うから，基本三法を用いることができないこと及び残余利益分割法を用いることができることについても，被控訴人（国）が主張立証責任を負う。
ア 基本三法（特に独立価格比準法）と同等の方法の適用の可否について独立企業間価格の算定の単位及び比較可能性の判断の単位
ａ 独立企業間価格は，対象となる国外関連取引が，非関連者間で，同様の状況の下で行われた場合に成立するであろう合意に係る価格をいうのであるから，その算定は，納税者による取引の方法を尊重し，原則として，個別の取引ごとに行われるべきである。もっとも，個々の取引が密接に結びついている又は継続的に行われているため，これらを個別に見たのでは，その価格を適正に評価することができないような場合には，これら取引を一の取引として独立企業間価格を算定し，比較可能性の判断もそのように一の取引として評価された取引ごとに行うことが合理的である（措置法通達66の４⑶－１参照）。
そして，そのように複数の取引を一の取引として独立企業間価格を算定し，比較可能性の判断を行うことが合理的な場合に当たるか否かの判断は，単に，事実として個々の取引が密接に結びついているか否か，継続的に行われているか否かという点から行うのではなく，そのような事実が当該国外関連取引における価格設定に影響を与えるものであるか否かをも重要な要素として判断するのが相当である。
以上に関し，控訴人は，独立企業間価格の算定の単位となる措置法66条の４第１項の「取引」の解釈と，比較可能性の判断の単位となる同条第２項の「当該国外関連取引」の解釈が異なる旨を主張するが，同条は，第１項において「当該取引」を「……以下この条において『国外関連取引』という。」として定義しているから，文理上も同条第２項の「国外関連取引」と同条第１項の「当該取引」は同一の意味内容を有すると解すべきであり，実質的にみても，比較可能性の検討は，独立企業間価格を算定するために行うのであるから，両者の単位となる「取引」は同一であると解するべきである。したがって，控訴人の主張を採用することはできない。
また，控訴人は，複数の取引を一の取引として独立企業間価格を算定し，比較可能性の判断を行うことができるのは，一方の取引の価格が他方の取引を考慮して決定されている場合に限られる旨を主張するが，上記のとおり，価格設定に影響を与えるものであれば足り，必ずしも一方の取引の価格が他方の取引を考慮して決定されている必要はないと解される。
ｂ⒜以上を踏まえて検討すると，本件においては，Ａ社及びＢ社それぞれに対する複数のめっき薬品に係る製造ノウハウ等の使用許諾取引及び技術訓練等の役務提供取引を一の取引として，その独立企業間価格を算定することが合理的であることは，引用に係る原判決第３の２⑵アのとおりである。⒝これに対し，控訴人は，前記２⑵アｂ，ｃのとおり主張するが，控訴人とＡ社は，Ａ旧契約書及びＡ新契約書等によって，製品ごとの技術の先進性や開発コストの多寡などは捨象し，一律に対象となるめっき薬品の正味製造価格又は純販売価格の５％を対価とすることを合意しており，控訴人は，本件各事業年度において，かかる合意に基づき個別の製品のノウハウ等の開示，使用許諾をした（引用に係る原判決第２の２⑵）。しかも，上記対価は，個別のめっき薬品ごとに対象となる製造ノウハウ等の無形資産の価値を算定して定められたものではなく，控訴人の研究開発費をＡ社が受益者として応分に負担するという観点から，Ａ社の財務状況や，台湾当局による規制等を踏まえて定められたものであった（引用に係る原判決第３の２⑴ウ）。その上，控訴人によれば，Ａ新契約書の締結後に新たに製造ノウハウ等の使用許諾取引が開始されるめっき薬品があっても，ロイヤルティ料率の見直しは行われなかったというのである（以上の事情は，Ｂ社と各めっき薬品の製造ノウハウの使用許諾取引についても同様であり，控訴人とＢ社は，Ｂ旧契約書及びＢ新契約書等によって，製品ごとの技術の先進性や開発コストの多寡などは捨象して，一律に対象となるめっき薬品の純売上高の５％を対価とすることを合意している（引用に係る原判決第２の２⑶）。このように合意された対価は，本件Ｂライセンス取引に基づき，所定のめっき薬品の製造ノウハウ等の提供を受け，技術支援等の役務提供を受けることの全体についての対価であって，個別のめっき薬品の使用許諾ごとの対価を定めたものではないというべきである。）。
また，本件国外関連取引においては，控訴人から国外関連者に対して，控訴人の有するめっき薬品の製造等に係る技術情報等のノウハウが提供されるとともに，控訴人から両社に対する技術訓練や支援等も行われることとされており，控訴人の有するめっき薬品等の製造等に係る技術情報は，薬品等のノウハウの開示を受けることによってのみならず，技術訓練や支援等の役務提供を通じて控訴人の国外関連者に対して提供され，それらの対価としてロイヤルティが支払われている。
そうすると，本件においては，そもそも控訴人の選択した取引の方法は，基本契約（現在及び将来に控訴人と国外関連者（Ａ社及びＢ社）との間で合意される製造ノウハウ等の使用許諾取引について，対価を含む共通の取引条件を定めたもの）というべき各契約書等による合意に基づいて，個別のめっき薬品の製造ノウハウ等の使用許諾取引及び役務提供取引を実施する取引であったと認めるのが相当であり，その価格も個別のめっき薬品ごとに設定されていたとはいい難い。試験研究費の原資を得るという動機からＡ社との価格交渉を開始したが，その動機とは離れてロイヤルティ料率は各めっき薬品ごとに相当なものが設定され，結果的にすべてのめっき薬品の相当なロイヤルティ料率が５％であったにすぎないとの控訴人の主張は，これを裏付ける的確な証拠もなく，前記認定説示したところに照らしても，これを採用することはできない。
また，国外関連者からの申請を受けて控訴人内部において開示するか否かを決定する手順が採られ，その結果，製造ノウハウ等の開示・使用許諾の開始時期が異なっていたこと及び控訴人が開示を拒絶した例が少なくとも１件存在することが認められ（<証拠略>），ロイヤルティの計算が個別のめっき薬品ごとにされているとしても，それによって，本件において，個別のめっき薬品の製造ノウハウ等の使用許諾取引が独立のものであって，個別のめっき薬品が価格設定の単位であったと認めることはできない。
⒞そして，前記引用に係る原判決が認定説示するとおり，めっき薬品の製造販売事業においては，様々な機能を有する表面処理加工を実現できる多様なめっき薬品を揃え，これをめっきプロセスごとに提供できること及び複数のめっき薬品の製造ノウハウ等の使用許諾を得て顧客の多様な要望に応えられる様々な表面処理加工を実現できることにより，付加価値が生まれるといえる。また，製造ノウハウ等の開示・使用許諾に付随して技術支援等を受ける役務取引と上記複数のめっき薬品の製造ノウハウ等についての使用許諾取引が結びつくことによって，当該取引には更なる付加価値が生まれる。このような付加価値は当然に取引の価格に反映されるから，上記のような事実は，価格設定（ロイヤルティ料率）に影響を与えるものであるといえる。（なお，控訴人は，複数のめっき薬品を用いた場合，単体のめっき薬品を用いた以上の価値を生み出すということはなく，また，品揃えによって既存の製品を高く販売できるようになるということはないから，これらを理由に，すべての製品のノウハウ使用許諾取引をまとめて独立企業間価格を設定すべきであるとする被控訴人の主張には理由がないなどとも主張するが，ここでの議論は，パッケージで提案又は販売されるめっき薬品（棚卸資産）自体の価値・価格の議論ではなく，顧客に対し，めっき薬品・プロセスをパッケージで提案・提供できるような（現実にパッケージで成約できたかどうかではない。）製造ノウハウ等の開示・使用許諾を受けられる権利の価値（価格）の議論であり，控訴人は，ライセンスの価格の議論とライセンスを受けて製造販売する棚卸資産の価格の議論を混同していることがうかがわれる。）⒟本件国外関連取引は以上のような性質を有するものであり，このような取引の対価を適正に算定するためには，個々のめっき薬品に係る製造ノウハウ等の使用許諾取引ごとに取引を分解するのではなく，複数のめっき薬品に関する製法，使用，管理等に関するノウハウが包括的に開示されるとともに，顧客先への技術支援に必要となる技術指導や技術者の派遣等の無形資産の使用を伴った役務提供が不可分一体のものとして行われた取引として評価するのが相当である。
したがって，控訴人の当審における主張を考慮しても，個別のめっき薬品の製造ノウハウ等の使用許諾取引が独立のものであって，個別のめっき薬品が価格設定の単位であったということはできない。
本件国外関連取引に係る比較対象取引の有無
ａ 本件Ａライセンス取引及び本件Ｂライセンス取引のいずれについても比較対象取引がなく，控訴人が主張する本件Ｄライセンス取引及び本件Ｅ取引のいずれも，本件Ａライセンス取引及び本件Ｂライセンス取引と「同種」，「同様の状況」の要件を満たさず，比較対象取引とはならないことは，引用に係る原判決第３の２⑵ア，のとおりである。
ｂ 控訴人は前記２⑵アのとおり主張するが，本件において独立企業間価格の算定及び比較可能性の判断の単位となる取引は，一の取引としての本件Ａライセンス取引及び本件Ｂライセンス取引であるから，これらの各取引に含まれる個別のめっき薬品の製造ノウハウの使用許諾取引との比較可能性を問題にする控訴人の主張は，前提を欠き，採用することができない。また，差異の存在を理由として比較可能性の要件が否定されるのは，その差異が対価の額に重大な影響を及ぼす場合であって，その調整をすることができないときであると解するのが相当であるが，控訴人が「同種」及び「同様の状況」の要件について主張するところは，実質的に原審における主張を繰り返すものにすぎず，いずれも引用に係る原判決第３の２⑵ア，の認定判断を左右しない。
したがって，本件において独立価格比準法と同等の方法を適用し得る比較対象取引は存在しないから，独立価格比準法と同等の方法を用いて算定することはできず，また，再販売価格基準法と同等の方法及び原価基準法と同等の方法を適用することができないことは，引用に係る原判決第３の２⑵イ，ウのとおりであるから，本件において基本三法と同等の方法を用いることはできない。
イ 本件独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法の適用の可否について控訴人は，基本三法と同等の方法を用いることができない場合であっても，本件Ｄライセンス取引又は本件Ｅライセンス取引を比較対象取引とする本件独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法を適用することができ，同方法により算定される独立企業間価格の方が，残余利益分割法よりも独立企業間で成立するであろう価格（「理想的な価格」）に近似する価格を算定し得ると考えられるところ，被控訴人は，残余利益分割法と同等の方法が独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法よりも適切な方法であることを立証していないので，残余利益分割法と同等の方法を適用して行った本件各更正処分等は違法である旨主張する。
しかしながら，控訴人の上記主張は，差異が存在し又は差異が存在しその調整をすることができないとして「同種」及び「同様の状況」の要件を満たさず，本件国外関連取引との比較可能性が認められないと判断された本件Ｄライセンス取引及び本件Ｅライセンス取引について，何の差異調整も行わないままに，独立価格比準法と同等の方法を適用するのと同様の結果を生じさせるものであり，これを採用することができないことは，引用に係る原判決第３の２⑵ウのとおりである。
被控訴人は，基本三法を用いることができないことについては主張立証責任を負うが，残余利益分割法と同等の方法が本件独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法よりも適切な方法であることまで立証すべき義務を負うとする法令上の根拠は認められない。控訴人の主張は，本件国外関連取引における「理想的な価格」が客観的に明らかであって，本件独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法と残余利益分割法のいずれが当該「理想的な価格」と近似する価格を算出する方法であるのか特定できることが前提となるが，およそ現実的とはいえない。
したがって，控訴人の主張は独自の見解であるといわざるを得ず，これを採用することはできない。
ウ 残余利益分割法と同等の方法の適用の可否について
引用に係る原判決第３の２⑶のとおり，本件国外関連取引については，控訴人及びその国外関連者が有する重要な無形資産が利益獲得に寄与していることからすれば，その独立企業間価格の算定には，基本的利益を配分した上で残余利益を重要な無形資産の価値に応じて配分する残余利益分割法と同等の方法を用いるのが合理的であるということができる。
これに対し，控訴人は，被控訴人は，控訴人の研究開発活動が本件の超過利益の源泉であることを立証しなければならないが，何の立証も行っていない，台湾における超過利益がＡ社のマーケティングの無形資産であることは明白であるが，控訴人が超過利益の源泉となる重要な無形資産を有していることは立証されていないと主張する。
しかしながら，「超過利益」とは「基本的利益」と対になる概念であって，重要な無形資産を有しない場合に得られる利益（基本的利益）を超える部分の利益は全て「超過利益」となるのであり，控訴人がその研究開発活動により形成・維持・強化してきた，一定の品揃えを伴った複数のめっき薬品に関する製法，使用，管理等のノウハウ等の重要な無形資産を有していること，本件国外関連取引においてＡ社がその開示・使用許諾を受けて控訴人ライセンス製品を製造・販売したことにより超過利益が生じたのであるから，控訴人が超過利益の源泉となる重要な無形資産を有していることは明らかである。また，控訴人とＡ社のいずれの無形資産の貢献がより大きいかは，残余利益分割法の適用の可否に影響しない。したがって，控訴人の上記主張を採用することはできない。
本件において，基本三法と同等の方法，本件独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法によって独立企業間価格を算定できないことは前記ア，イのとおりであって，そのほかに，本件国外関連取引の独立企業間価格の算定方法として残余利益分割法と同等の方法以外に合理的な方法があるとはいえないから，本件国外関連取引については，残余利益分割法と同等の方法により独立企業間価格を算定するのが相当である。
なお，控訴人は，Ａ社の超過利益の源泉につき，Ａ社の研究開発部や営業部による顧客サービスが著しく貢献していること，控訴人の研究開発活動が利益に貢献しているとは認められないことの統計的立証として，ＡＢ准教授の「Ａ社の利益源泉に関する意見書」及び「回答書に対する再意見書」（以下「ＡＢ意見書」と総称する。<証拠略>）を提出する。しかしながら，ＡＢ意見書が用いる分析モデルは，１つのモデルにすぎず，また，様々な仮定が置かれていて必ずしも実情を反映しているとは限らない上，被控訴人の提出するＡＣ教授及びＡＤ准教授の「回答書」（<証拠略>）によれば，Ａ社における超過利益の源泉が研究開発費であるか否かを分析する方法として適当とはいえないし，当該分析モデルの適用においても，統計分析上の欠陥が多々あるため誤った分析であると批判されていることに照らすと，これに基づいてＡ社の超過利益に対する控訴人とＡ社の貢献を判断するのは相当でないというべきである。
⑶残余利益分割法と同等の方法による場合の本件国外関連取引に係る独立企業間価格の算定（争点３）について
ア 分割対象利益の算定方法
Ａ社の営業利益の算定
控訴人は，被控訴人による分割対象利益の計算には，Ａ社の営業利益として，控訴人ライセンス製品ではない製品の売上げが混入しているから，その計算には誤りがある，課税処分の適法性については被控訴人が立証責任を負うのであるから，被控訴人の主張する全ての製品について，具体的に控訴人の製品のどの製品に対応するのかについて主張立証しなければ，被控訴人の計算が正しいことの立証がされたとはいえない旨を主張し，別紙１〈略〉にＡ社の自社開発製品と主張する製品の品名，開発年月，種類・用途・特徴を掲げ，本件各事業年度においてＡ社の自社開発製品があったことの裏付けとして，これに沿う控訴人専務取締役ＡＥの陳述書（<証拠略>）を提出する。しかしながら，引用に係る原判決第３の３⑴イで認定説示するとおり，Ａ社の研究所の設立時期，控訴人自身の税務調査担当者に対する説明等の内容，Ｋ研究所からＡ社の研究所の所長に就任したＯの電子メール等，開発の開始から新製品の商品化・販売までには相当程度の期間を要すると解されることに照らせば，別異の事実を認めるに足りる証拠がない限り，本件各事業年度において，Ａ社が自社開発しためっき薬品が販売されたことはないと認めるのが相当である。
控訴人がＡ社の自社開発製品であると主張する別紙１〈略〉記載の製品の中にも，控訴人のプロダクトリストに掲載されているめっき薬品と品名が類似する製品が複数存在し，前記ＡＥは「Ａ社が開発した製品が独自性のあるものであることは，その点が問題となった際にＫ研究所で検証し確認済みである」と陳述するにすぎないことからすれば，当審における主張立証を踏まえても，本件各事業年度においてＡ社が自社開発しためっき薬品が販売されたことはないという認定は覆されるものではない。したがって，被控訴人のＡ社の営業利益の算定が誤っているという控訴人の主張を採用することはできない。
控訴人の営業利益の算定
控訴人は，控訴人の営業利益の算定について，本件国外関連取引の対象となっているめっき薬品は過去において開発されたものであるから，分割対象利益の算定に当たって，収益（本件国外関連取引に係るロイヤルティ収入）に直接対応する費用でも，収益に期間的に対応する費用でもなく，収益に全く対応しない費用である本件各事業年度において控訴人が期間損益として計上した研究開発費を控除して分割対象利益を計算するのは誤りである旨主張する。
そこで検討すると，分割対象利益は営業利益を対象とするものであるから，収益から費用を控除して算定すべきである。控訴人においては，個別のめっき薬品に係るノウハウ等の無形資産に係る研究開発費は，製造原価ではなく期間対応の費用である一般管理費として取り扱われており（弁論の全趣旨），また，本件国外関連取引の対象となっているめっき薬品に係るノウハウ等の開発期間や製品寿命（プロダクト・ライフサイクル）は一律ではないことがうかがわれる。したがって，各事業年度に受領するロイヤルティとそれに要した実際の研究開発費を正確に対応させることは困難であるといわざるを得ない。
他方，控訴人における研究開発費は，おおむね年間10億円前後で推移しており，平成13年３月期から平成24年３月期までの平均が９億7400万円であることが認められ，年度による大きな変動はない（<証拠略>）。そうすると，控訴人が指摘するとおり，本件各事業年度に支出された研究開発費が，将来開発されることとなるめっき薬品のノウハウ等のための費用であるとしても，ロイヤルティを受け取った事業年度の研究開発費を当該事業年度の収益（ロイヤルティ収入）に対する費用として取り扱うことも，相応に合理的な方法ということができる。
また，このようにしてロイヤルティ収入から控除されることになる研究開発費の中には，開発が成功しないものや，製品化され本件Ａライセンス取引又は本件Ｂライセンス取引の対象となったものの実際の開示を受けないままとなるものについての研究開発費も含まれることになるが，非関連者間の取引においては，無形資産自体の価値に加えて，開発に係るリスク・費用も勘案した上でその開示・使用許諾取引の対価の額が定められると解されるので，上記のような取扱いも必ずしも不合理とはいえない。
したがって，当審における控訴人の主張を踏まえても，引用に係る補正後の原判決第３の３⑴ウの認定判断を左右しない。
イ 基本的利益の算定（Ａ社，Ｂ社の基本的利益の算定の際に比較対象とされた企業の比較可能性の有無）について
控訴人は，被控訴人がＡ社の基本的利益の算定のための比較対象企業として選定したもののうち，Ｔ社及びＵ社は，比較可能性がなく比較対象企業として不適切である旨主張するので，以下検討する。
基本的利益算定のための比較対象企業の類似性（比較可能性）
残余利益分割法における基本的利益は，国外関連取引の事業と同種の事業を営み，市場，事業規模等が類似する重要な無形資産を有しない法人を抽出し，当該法人の売上高に対する営業利益の割合等の利益指標を算出した上で，その利益指標に基づいて算定される（<証拠略>）。
基本的利益を算定するために参照する比較対象企業には，当該国外関連取引の事業と同種の事業を営み，市場，事業規模等が類似するものであり，かつ，重要な無形資産を有していないことなどの類似性（比較可能性）が求められる。もっとも，営業利益の水準で比較を行う方法の場合，営業利益の水準は，取引の当事者が果たす機能の差異によって影響を受けることがあるものの，事業を行う場合に遂行される機能の差異は，一般的に機能の遂行に伴い支出される販売費及び一般管理費の水準差として反映され，売上総利益（粗利益）の水準では大きな差があっても営業利益の水準では一定程度均衡すると考えられるため，当事者の果たす機能その他の差異が営業利益率に与える影響は限定され，営業利益指標の算定に影響を及ぼすことが客観的に明らかな差異が認められない限り，比較対象取引として採用することが可能であると考えられている（<証拠略>）。
Ｔ社
控訴人は，Ｔ社について，取扱製品がタイヤ，コンベアベルト等に使用される合成ゴム製品の製造販売会社であり，製造設備の規模に起因した製造活動に係る重大な差異が存在しているから，比較可能性がない旨を主張する。しかしながら，本件で利益指標として用いられている営業利益率は，製品（棚卸資産）自体の差異によって影響を受けにくい上，各比較対象企業の利益率の中央値を用いることにより，個別的差異はある程度捨象される（前記）。
また，控訴人が製造設備の規模の違いを示す指標として用いる指標の違いが，営業利益率の算定に重大な影轡を与えるかどうか不明であり，Ｔ社が比較可能性を欠くとは認められない。さらに，めっき薬品と合成ゴム製品はいずれも化学工業（Ｗ:2800番台）であり，営業利益の水準を利益指標とする場合，取扱製品の違いにより重大な差異があるとは認められない。
Ｕ社
控訴人は，Ｕ社についても，取扱製品が石油・化学製品（プラスチック，樹脂，溶剤）であり，主たる事業が製造業ではなく卸売業であるなどとして，比較可能性がない旨主張しており，Ｕ社のホームページには同社の事業が卸売業である旨が記載されていること，平成15年度（平成15年12月31日に終了する事業年度）の組織系統図に製造部門の記載がなく，原材料や仕掛品の項目の記載がないことが認められる（<証拠略>）。
しかしながら，他方で，Ｕ社のホームページによれば，主要な経営業務として，化学品等の「製造加工」が挙げられており，平成12年に土地を取得して翌年に工場を建設したこと，平成16年には更にその隣区の土地を借り工場のを拡大してきたことが記載されていること，ＶでＷコード2800番台（「化学品及び関連品製造業」）に分類され，調査担当者が比較対象企業を選定した時点では，ＡＡに同社の内容についてmanufacturrng，processng andtradingofindustrialchemicals（工業薬品の製造，加工，貿易）と記載されていたことが認められる（<証拠略>）ことも併せ考えると，本件各事業年度当時は，Ｕ社が製造業を営んでいたことが推認される。
小括
したがって，Ｔ社及びＵ社のいずれも，本件各事業年度においては，Ａ社の基本利益を算定するための比較対象企業として適切であると認めることができる。控訴人の主張は採用できない。
ウ 残余利益の配分方法の合理性について
残余利益分割法は，第１段階として，非関連者間取引において通常得られる利益に相当する金額（基本的利益）を配分し，第２段階として，当該配分した金額の残額（残余利益）を重要な無形資産の価値に応じて合理的に配分することにより，重要な無形資産の貢献度を分割対象利益の配分に反映させるものであるが，当該重要な無形資産の価値による配分を当該重要な無形資産の開発のために支出した費用等の額により行っている場合には，合理的な配分として認められ（措置法通達66の４⑷－５注参照），「所得の発生に寄与した程度を推測するに足りる要因」（措置法施行令第39条の12第８項）に応じて独立企業間価格を算出したと取り扱われることになる。
本件における残余利益の配分は，控訴人については，研究開発費のうち本件Ａ取引又は本件Ｂ取引に関連して支出したと認められる部分，Ａ社については，研究開発費のうち本件Ａ取引に関連して支出したと認められる部分，Ｃ社については，営業技術関連費用のうち本件Ａ取引又は本件Ｂ取引に関連して支出したと認められる部分をそれぞれ基礎として行われたものであり，合理的な配分と認められる（引用に係る補正後の原判決第３の３⑶）。これに対し，控訴人は，①異なる無形資産それぞれによってもたらされるレント（超過利益）を特定せず，超過利益の全体を控訴人の研究開発費のうち本件Ａ取引に関連して支出したと認められる部分と，Ａ社については研究開発費のうち本件Ａ取引に関連して支出したと認められる部分の比率で分割するのは合理的ではない，②被控訴人が残余利益の配分のために用いた指標は，控訴人の研究開発費用とＡ社の技術支援の費用であって，「無形資産の価値」ではなく，しかも③Ａ社及び控訴人がそれぞれの無形資産に関連して支出した各年度の費用割合は，開発が成功するかどうか，開発が成功しても本件国外関連者に使用許諾されるかどうか不明なめっき薬品の無形資産の開発のための費用であるから，「当該重要な無形資産」（本件国外関連取引の対象であるめっき薬品に係る無形資産）の開発のために支出された費用等の額ではない，④法人及び国外関連者の支出した費用の額の割合が残余利益の発生の貢献の割合の近似値であるという要件が満たされない場合には，法令上，その費用の額を分割要因として残余利益分割法を適用することは認められないが，被控訴人は近似値であることを立証していないとして，本件の残余利益の配分が「所得の発生に寄与した程度を推測するに足りる要因」に応じてされておらず違法である旨を主張する。
しかしながら，①，②については，複数の重要な無形資産が関連する国外関連取引において，特定の重要な無形資産の貢献によってのみもたらされる超過利益を直接把握することは，多くの場合極めて困難ないし不可能であり，それゆえ，残余利益分割法は，分割対象利益から基本的利益を控除した残余利益を「当該重要な無形資産の価値に応じて，合理的に配分する方法」により配分することを認めているのであり，被控訴人は，これを重要な無形資産の開発のために支出した費用等の額により行っているから，合理的な配分として認められる。
また，③についても，残余利益を配分するために重要な無形資産の寄与の程度を把握する目的においては，必ずしも当該無形資産の絶対的な価値を把握するまでの必要はなく，その相対的な価値の割合を把握することで足りるといえ，控訴人のように毎年の研究開発費の支出額が大きく変動しない法人については，当該無形資産の取得原価や当該無形資産の形成・維持・発展の活動を反映する各期に支出した費用等の額による方法を用いることも許容されるものと解される。
さらに，④についても，本件の超過利益に貢献しているＡ社の重要な無形資産は，マーケティングの無形資産ではあるものの，広告宣伝等の費用により形成・維持されるものではなく，顧客に対する手厚い技術的サポート体制を始めとする技術支援を通じて，形成・維持・強化されているものである。そして，このような技術支援は，めっき薬品に係る使用及び管理等のノウハウ等に基づくものであり，Ａ社における技術サービスに係る研究開発活動の費用により形成・維持・強化されるものといえる。本件の超過利益に貢献している控訴人の重要な無形資産も，めっき薬品の製造，使用及び管理等に係るノウハウ等であり（Ａ社は，原料の配合比のノウハウを使用することで顧客のニーズに沿っためっき薬品を製造して提供することが可能になり，めっき薬品の使用及び管理等に係るノウハウ等を利用することで，顧客に対する手厚い技術支援を行うことが可能となっている。），その研究開発活動によって形成・維持・強化がされているものと認められる。このように，控訴人及びＡ社の有する無形資産は，異質なものではなく，いずれもその研究開発費の支出により形成・維持・強化されてきたものであるといえる。したがって，超過利益に対する無形資産の寄与の程度を測るために，無形資産の形成・維持・強化の活動を反映する研究開発費の額を用いることは，当該無形資産に密接に関連する客観的かつ定量的な基準により，評価が困難な無形資産の価値を評価し比較しようとするものとして合理性が認められる。
小括
そうすると，本件Ａ社取引における控訴人及び国外関連者（Ａ社）への残余利益の配分は，控訴人側においても国外関連者側においても，めっき薬品に係る製造ノウハウ等を形成・維持・強化しているものと認められる研究開発費を分割要因として用いているのであって，残余利益の分割要因として合理的なものといえる。したがって，本件における残余利益の配分方法（控訴人については，研究開発費のうち本件Ａ取引又は本件Ｂ取引に関連して支出したと認められる部分，Ａ社については，研究開発費のうち本件Ａ取引に関連して支出したと認められる部分，Ｃ社については，営業技術関連費用のうち本件Ａ取引又は本件Ｂ取引に関連して支出したと認められる部分をそれぞれ基礎として配分する方法）は合理的であるといえるから，控訴人の主張は理由がない。
⑷以上のほか，控訴人は，独立企業原則に照らして，本件Ｄ取引及び本件Ｅ取引を比較対象取引とする独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法で算定した価格と，本件において用いられた残余利益分割法と同等の方法により算定した価格のいずれが，独立企業間で取引がされたのであれば成立したであろう価格に近似するといえるかも争点であるなどと主張するが，独自の見解に基づくものか，実質的に原審における主張の繰り返しにすぎないものであるから，いずれも採用することができない。
第４ 結語
以上によれば，控訴人の請求はいずれも理由がないからこれらを棄却すべきところ，これと同旨の原判決は相当である。よって，本件控訴は理由がないからこれを棄却することとし，主文のとおり判決する。
（裁判官萩原秀紀矢向孝子河田泰常）
別紙１〈略〉
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報65巻12号1665頁。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2019/pdf/13292.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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