(1)中小・地域金融機関向け監督指針を巡るこれまでの経緯
金融審議会金融分科会第二部会報告「リレーションシップバンキングの機能強化に向けて」（平成15年３月27日）を踏まえ、中小・地域金融機関（注）の不良債権問題の解決に向けて、「リレーションシップバンキングの機能強化に関するアクションプログラム」が、平成15年３月に公表された。
同プログラムにおいては、「各金融機関の資産、自己資本、収益力、流動性リスク、市場リスク等従来の早期是正措置及び早期警戒制度が視野に入れていた領域に加え、コーポレートガバナンスや経営の質、地域貢献が収益力・財務の健全性に与える影響等の観点も取り入れた、より多面的な評価に基づく総合的な監督体系を確立し、業務改善命令を含め監督上の対応を的確に行うこととする。このため、平成15年度中を目途に『中小・地域金融機関向けの総合的な監督指針』（以下「本監督指針」という。）を策定するとともに、ルールの明確化を図る」こととされた。
これを踏まえ、本監督指針を策定することとしたものである。
（注） 中小・地域金融機関については、上記金融審議会金融分科会第二部会報告を踏まえ、地方銀行、第二地方銀行、信用金庫、信用組合とする。なお、本監督指針においては、労働金庫についても規定している。
（参考） リレーションシップバンキングの機能強化に関するアクションプログラム（平成15年３月29日、様式・参考資料編 資料２）
(2)中小・地域金融機関向け監督指針策定の趣旨
本監督指針策定の趣旨については、上記金融審議会金融分科会第二部会報告において、以下のとおりとされている。
①中小・地域金融機関の業務については、
営業地域が限定されており、特定の地域、業種に密着した営業展開を行っている
中小企業又は個人を主要な融資対象としている
等の基本的特性を有しており、リレーションシップバンキング、すなわち、金融機関が顧客との間で親密な関係を長く維持することにより顧客に関する情報を蓄積し、この情報を基に貸出等の金融サービスの提供を行うビジネスモデルを展開している。
②本来、このようなビジネスモデルは、中小企業や地域経済の実態に根差した情報が活用されることで、地域の中小企業への金融の円滑、貸し手・借り手双方の健全性の確保が図られるものであり、これにより、中小企業の再生と地域経済の活性化に果たす役割は大きいと考えられる。
③一方、中小・地域金融機関は、地方経済を取り巻く厳しい環境の下、中小企業や地域経済から期待される役割を果たすため、取引先や地域への過大なコミットメントコストを負担することにより、かえって収益力や健全性の低下といった状況を招いている場合がある。このように、中小・地域金融機関の実態は、リレーションシップバンキング本来のあり方から乖離している面があり、リレーションシップバンキングの機能強化を図り、地域の金融ニーズへの一層適切な対応や、持続可能性（サステイナビリティ）の確保を図る必要があると考えられる。
④さらに、リレーションシップバンキングが有効に機能するためには、
中小・地域金融機関、とりわけ非上場行や協同組織金融機関は、市場による経営チェックが行われにくいため、相対的にガバナンスが弱いのではないか等の指摘があること
中小・地域金融機関の経営の健全性が損なわれた過去の事例をみると、「創業者一族による長期経営」、「経営トップによる過度なワンマン経営」、「特定大口先の融資拡大」等の弊害が明らかとなっていること
等を踏まえると、中小・地域金融機関自らの取組みに加え、経営に対する外部からの規律付けを十分に図っていく必要があり、情報開示等による規律付けとともに、当局による規律付けの必要性も大きいと考えられる。
⑤以上の点を踏まえれば、これまでの早期是正措置や早期警戒制度が視野に入れている領域にとどまらず、コーポレートガバナンスや経営（マネジメント）の質、地域社会や取引先企業へのコミットメント（地域貢献）が収益力や財務の健全性に与える影響等の観点も取り入れた、より多面的な評価に基づく総合的な監督体系を構築する方向で検討することが必要であると考えられる。）
(3)検査・監督の見直しを踏まえた監督指針の改訂
平成20年には、サブプライムローン問題を発端としたアメリカ大手投資銀行の破綻や、これに連鎖したグローバルな金融危機の発生等の混乱が生じたものの、我が国の金融市場は概ね安定的に推移してきた。しかしながら、その後、少子高齢化による国内市場の縮小や世界的な低金利環境の継続、技術革新を通じた新たな競争等により、金融機関の経営環境は厳しさを増し、また、金融機関を巡るリスクの性質と所在の変化が加速している。こうした環境変化の下で、金融機関においては、自らの創意工夫により、持続可能なビジネスモデルを構築し将来にわたる健全性を確保し、また、将来を見据えた適切なコンプライアンス・リスク管理態勢を構築すること等の必要性がこれまで以上に高まっている。
金融庁においても、環境変化や新たな課題の発生に機動的・予防的に対応していく観点から、財務の健全性やコンプライアンス等に係る重大な問題発生の蓋然性等の将来を見据えた分析に基づく早め早めの対応を行うため、検査・監督のあり方について様々な見直しを行っている。
平成30年６月に、金融行政の基本的な考え方や検査・監督の進め方、当局の態勢整備について整理し「金融検査・監督の考え方と進め方（検査・監督基本方針）」を策定し、ここにおいて、金融機関のチェックリストによる形式的確認を改め、創意工夫を進めやすくする観点から、検査マニュアルは廃止することとしている。
また、同年７月には、金融機関の継続的なモニタリング等を効果的・効率的に行うための組織再編を行い、これまで立入検査を検査局、各種ヒアリング等を監督局が担当していた組織体制を変更し、オン・オフのモニタリングの一体化を進めている。
こうした見直しの一環として、令和元年12月に、金融検査マニュアルの廃止と併せて、本監督指針についても、上記の見直しを踏まえた必要な改正等を行っている。具体的には、実態把握や対話等を通じたオン・オフ一体のモニタリングのあり方や監督指針の位置付け等を改めて整理、過度に細かく特定の方法が記載されている等金融機関の創意工夫を妨げる可能性がある規定について修正等を行った。こうした点については、今後も引き続き検討していく。