上下水道の特別会計を有する地方公共団体ですが、この度、地方公営企業法適用の特別会計に移行することとなりました。移行前の特別会計で適格請求書発行事業者の登録申請を行い登録番号の付番を受けていましたが、移行に当たっては当該登録番号も移行されるのでしょうか。
適格請求書発行事業者の登録は、登録を受けようとする事業者ごとに行うものです。地方公共団体の特別会計が、地方公営企業法の規定を適用する特別会計に移行する場合、通常、現在の特別会計（以下「旧特別会計」といいます。）は廃止され、新たな特別会計が設置されることとなります。
そのため、旧特別会計においては「事業廃止届出書」の提出が必要となり、それに伴い旧特別会計の登録番号は失効することとなりますので、移行後の新たな特別会計において改めて適格請求書発行事業者の登録申請を行い、登録番号の付番を受ける必要があります（消法57①三、消法57の２②、⑩）。
なお、新たに特別会計を設置した場合には、設置日以後に登録申請を行うこととなりますが、特別会計の設置日の属する課税期間の初日から登録を受けようとする旨を記載した登録申請書を、その課税期間の末日までに提出した場合、その課税期間の初日に登録を受けたものとみなされる特例が設けられています（消令70の４、消規26の４、基通１－４－７、１－４－８）。ただし、登録申請書を提出してから、登録通知を受けるまでは一定の期間を要することから、早期に適格請求書等を交付するためには、設置日以後速やかに登録申請を行い、登録番号の通知を受ける必要があることにご留意ください。
（参考）課税期間の初日に登録を受けたものとみなされる特例に関する詳細は、問11《新たに設立された法人等の登録時期の特例》をご参照ください。
（注）登録日（課税期間の初日）から適格請求書等を交付する義務は生じますが、通知を受けるまでの間、適格請求書等を交付することはできませんので、例えば次のように対応することが考えられます。
・事前に適格請求書等の交付が遅れる旨を取引先に伝え、通知後に適格請求書等を交付する。
・取引先に対して、通知を受けるまでは、登録番号のない請求書等を交付し、通知後に改めて適格請求書等を交付し直す。
・取引先に対して、通知を受けるまでは、登録番号のない請求書等を交付し、その請求書等との関連性を明らかにした上で、適格請求書等に不足する登録番号を書類やメール等でお知らせする。