主文
１ 一審被告の控訴に基づき，原判決中一審被告敗訴部分を取り消す。
一審原告の請求を棄却する。
２ 一審原告の控訴を棄却する。
３ 訴訟費用は，第１，２審とも，一審原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 控訴の趣旨
１ 一審原告
（１） 原判決中，一審原告敗訴部分を取り消す。
（２） 一審被告が，一審原告に対し，平成13年１月19日付けでした一審原告の平成９年分の所得税に係る更正処分のうち，課税総所得金額１億4773万円，納付すべき税額6197万2700円を超える部分を取り消す。
（３） 一審被告が，一審原告に対し，平成13年１月19日付けでした一審原告の平成10年分の所得税に係る更正処分のうち，課税総所得金額２億0532万5000円，納付すべき税額9162万6700円を超える部分を取り消す。
（４） 一審被告が，一審原告に対し，平成13年４月３日付けでした一審原告の平成11年分の所得税に係る更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分のうち，課税総所得金額２億2079万7000円，納付すべき税額7450万6200円を超える部分を取り消す。
（５） 一審被告が，一審原告に対し，平成13年10月31日付けでした一審原告の平成12年分の所得税に係る更正処分のうち，課税総所得金額１億2362万7000円を超え，還付される税額1078万6600円を下回る部分を取り消す。
（６） 訴訟費用は，第１，２審とも，一審被告の負担とする。
２ 一審被告
主文１及び３と同旨
第２ 事案の概要
１ 本件は，一審原告がその勤務していた親会社から付与されたストック・オプションを行使して得た権利行使利益（行使時の株価と権利行使価格との差額に相当する経済的利益）について，所得税法上の給与所得に当たるか一時所得に当たるかが，主な争点として争われた事案である。
一審原告は，日本法人Ａ株式会社（以下「日本Ａ社」という。）に従業員又は取締役として勤務していた者であるが，その親会社であるアメリカ合衆国法人Ｂ・コーポレーション（以下「米国Ｂ社」という。）から付与されたストック・オプションを行使して得た権利行使利益のうち，平成９年分から平成12年分までのものについて，譲渡所得又は一時所得として申告又は更正の請求をしたところ，一審被告は，上記権利行使利益が給与所得に当たるとして，更正処分又は更正をすべき理由がない旨の通知処分及び過少申告加算税賦課処分をした。
そこで，一審原告は，これらの処分が違法であるとして，各処分のうち，上記権利行使利益を一時所待として計算した金額を超える部分の取消しを求めた。
２ 原審は，一審原告の請求のうち，過少申告加算税賦課処分の取消しの請求を認容し，その余を棄却した。
そこで，一審原告及び一審被告は，それぞれの敗訴部分について，不服として控訴した。
３ 「基礎となる事実」，「本件各課税処分の根拠に関する当事者の主張」，「争点」及び「争点に関する当事者の主張」は，原判決の「事実及び理由」の第３から第６までに記載のとおりであるから，これを引用する。
なお，当審において，一審原告は，信義則違反の主張を追加したが，その主張のほか，当審において補足された双方の主張は，控訴理由に照らし，適宜，当裁判所の判断中において摘示することとする。
第３ 当裁判所の判断
１ 当裁判所は，【判示事項１】争点[1]について，本件各権利行使利益は給与所得に該当し，争点[2]及び[3]について，本件各更正処分に理由附記の不備及び租税法律主義違反による違法はないと判断するが，当審で追加された前記の争点について，本件各更正処分及び本件通知処分に信義則違反の違法はないと判断した上，争点[4]については，本件各加算税賦課処分には違法がないと判断する。その理由は，争点[1]，[2]及び[3]については，控訴理由に照らし，そのうち争点[1]について後記２のとおり説示を加えるほかは，原判決の「事実及び理由」中「第
７ 当裁判所の判断」に記載のとおりであるから，これを引用し，当審で追加された争点である信義則違反については後記３に，争点[4]については後記５に説示する。
２ 争点[1]（本件権利行使利益の所得区分）について
（１） 本件ストック・オプションの内容
ア 前記引用に係る原判決の「基礎となる事実」によれば，本件ストック・オプションは，米国Ｂ社による本件Ｃ・プランに基づき付与されたものであるが，本件Ｃ・プランは，Ｄグループ各社について，従業員等の経済的利益と株式を長期に保有することによる価値とを結びつけることにより，実質的に責任ある職に最もふさわしい人材を誘引し，かつ，保持し，さらに，その者に付加的なインセンティブを提供し，もって同社の事業の成功を促進させることを目的として，Ｄグループ各社の従業員等に対してのみストック・オプションを付与するもので，日本Ａ社においては，ストック・オプションを昇給・賞与の一つとして位置付け，同社及びその従業員等のみならず，米国Ｂ社においても，ストック・オプションを行使することによって得られる経済的利益について，従業員等の日本Ａ社に対する労務の提供に対して与えられる給与と同じ性質のものであるものと了解されていたものである（ストック・オプションの位置づけに係る認識について，〈証拠略〉。なお，当審で提出された〈証拠略〉によっても，上記の認定，判断を覆し得ない。）。
ストック・オプションの付与に当たっては，米国Ｂ社の取締役会において，従業員等の過去における実績，将来に及ぶ同社への長期的貢献及び当該個人が退職した場合の潜在的な影響等の要因が考慮された上，日本Ａ社による人事考課及びその推薦を得て，付与の条件が決定され，被付与者は，その決定に従って米国Ｂ社と付与契約を締結することになる。そして，その権利は，付与日における株価を権利行使価格として同社の普通株式を取得することができるもので，遺言又は相続法に基づく方法以外で，ストック・オプションの売却，質入れ，譲渡，担保権設定，移転又は処分することはできず，その行使は，ストック・オプション保有者の生存中は，その保有者に限られ，しかも一定期間に限定されている。
イ 一審原告に付与されたストック・オプションは，米国Ｂ社の普通株式を権利行使価格で取得しうる権利であるが，そもそもストック・オプションの行使は被付与者である一審原告に委ねられ，その行使がされるか否かは不確定であるということができる。そして，その権利が行使されたときに，米国Ｂ社から一審原告に普通株式が付与されて初めてその経済的利益も実現することになり，一審原告において，権利の行使の時期における株価に従い，行使時点の株価と権利行使価格との差額分を取得し，一方，米国Ｂ社においては，その差額分を負担することになり，したがって，経済的にみれば，権利行使利益が米国Ｂ社から被付与者である一審原告に移転することになる。
また，上記のストック・オプションは，米国Ｂ社から一審原告に付与されるものであるが，一審原告の日本Ａ社の従業員等の地位と不可分に結びついたものであって，一審原告が同社に精勤することにより，同社の業績を向上させ，それを通して，米国Ｂ社の事業にも貢献することをもって，同社において，その貢献に報いるとともに，一審原告に対して，ストック・オプションの行使によって得られる経済的利益を増加させるという目的意識を付与し，その目的達成のために日本Ａ社で一層精勤するように動機付けることを目的とした長期インセンティブ報酬の一種であるということができる。
ウ 本件ストック・オプションの性質について，一審原告は，権利行使利益は含み益に過ぎず，あくまで市場から得られるものであり，自己株式方式，新株引受権方式のいずれの場合にも，権利行使時に権利行使利益が付与会社から被付与者に移転するとはいえないと主張した上，[1]自己株式方式についていえば，ストック・オプションが将来行使されることにより成立する譲渡の価格については，ストック・オプションの付与日にあらかじめ約定され，権利の行使の際には，被付与者が当該譲渡価額によって株式の発行を受け，又は自己株式を譲り受けるにすぎず，法人税法施行令136条の４の規定によって，ストック・オプションを付与した法人側にとって，あらかじめ定められた譲渡価額によって譲渡することが正常な取引条件によって行われたものとされていることに照らしても，低額譲渡とはいえず，また，付与会社は，付与契約によって権利行使価格で株式を付与する旨の合意に拘束されて，自己株式を任意の価格で処分することができないから，付与時以降に自己株式を市場で売却すれば得られたはずの権利行使利益が，付与会社に帰属しているということはできないのであり，[2]新株発行方式の場合は，付与会社は，あらかじめ取締役会等において所定の手続を経て認められた権利行使価格によって新株を発行するものであるから，権利行使時において，付与会社が未発行の株式の含み益を有していたということはできないと主張する。
しかし，自己株式方式の場合に，付与会社は，ストック・オプションの権利が行使されるまでは，保有している自社株を任意の価格で売却し，含み益を現実化することができるものの，権利が行使されたときは，付与契約に基づき，被付与者に対し，権利行使価格で自社株を譲渡する義務を負い，当該株式が被付与者に移転するが，それに伴い，付与会社に帰属していた株式の価値（付与後に株価が上昇したことによる株式の含み益を含む。）も被付与者に移転するというべきである。なお，付与会社は，権利行使時までに自己株式を調達して，権利行使時にそれを譲渡すれば足りるから，付与契約後には自己株式を他に任意の価格で売却できなくなるとはいえない。また，新株引受権方式の場合には，権利が行使されたときは，付与会社は，付与契約に基づき，被付与者に対し，新株を発行する義務を負い，当該株式が被付与者に移転するが，それに伴い，当該会社の株式の価値の希釈化が生じうるものの，一旦は付与会社に帰属した当該価値が被付与者に移転するというべきである。それによって，被付与者には，権利行使利益が発生し，一方，付与会社には，新株発行により得る資金額が市場価格（時価）での株式発行の場合より少ないことによる差額（権利行使利益）に相当する実質的損失が生じることになる。いずれの場合も，付与契約の実質は，低額譲渡に当たる。一審原告が指摘する法人税法施行令136条の４は，内国法人が，商法210条ノ２第２項（平成13年法律第79号による改正前のもの）の決議に基づき内国法人とその役員又は使用人との間に締結された契約によりこれらの者に対して与えられた同項３号に規定する株式譲渡請求権の行使があった場合における所得の計算について，あらかじめ定められた譲渡価額（権利行使価額）をもってされた自己の株式の譲渡が正常な取引条件でされたものとして，当該内国法人のその譲渡の日の属する事業年度の所得の金額を計算することを定めているのであって，そもそも本件ストック・オプションとは異なるものである上，法人税課税の合目的性の観点から，法人の会計処理との連動性をも考慮に入れて，その取扱いを明らかにしたものにすぎず，同施行令の規定が，株式譲渡請求権の行使時に，権利行使利益に相当する分という経済的利益が付与会社から被付与者に移転することを否定する趣旨によるものと解することはできない。
したがって，一審原告の上記主張を採用することはできない。
（２） 給与所得該当性
ア 所得税法28条１項に，給与所得とは，俸給，給料，賃金，歳費及び賞与並びにこれらの性質を有する給与に係る所得をいうと規定されているが，これによれば，給与所得とは，雇用契約又はこれに類する原因に基づき使用者の指揮命令に服して提供した労務の対価として使用者から受ける給付をいうものと解される。したがって，ある給付が給与所得に該当するかどうかの判断に当たっては，給与支給者との関係において，何らかの空間的，時間的な拘束を受け，継続的ないし断続的に労務又は役務の提供があり，その対価として支給されるものであるかどうかが重視されなければならない（最高裁昭和52年（行ツ）第12号昭和56年４月24日第２小法廷判決・民集35巻３号672頁）。
イ 上記の判旨を受けて，一審原告は，所得税法28条１項が，給与所得について，労務の提供先である給与支給者（使用者）から労務の対価として支払を受ける給付に限ることを当然の前提として，当該労務が雇用契約又はこれに類する関係において，使用者の指揮命令の下に提供されるものであること（雇用類似要件），当該給付が当該労務の提供による対価であること（対価性要件）の二つの要件を満たす必要があるとした上，[1]一審原告と米国Ｂ社との間には，雇用契約又はこれに準ずる契約が存在しないから，同社をもって使用者ということはできず，[2]一審原告は，日本Ａ社に対して労務を提供したものであり，米国Ｂ社に対して労務を提供したものではないから，本件権利行使利益が，対価性の要件を満たさないのみならず，[3]権利行使利益は，被付与者の判断に委ねられている上，株価は，企業の業績のほか，金利，為替，株式の格付け，国際情勢等の不確実な材料が複合的に作用して形成され，権利行使利益の発生は，極めて偶発的なものであるということができ，しかも，子会社の従業員等の精勤と親会社の株価の上昇とは直接的には関係しないから，権利行使利益を労務の提供の対価ということはできないと主張する。
ウ たしかに，前記引用に係る原判決の「基礎となる事実」のとおり，一審原告は，日本Ａ社との間で雇用契約を締結し，この雇用契約上の地位に基づいて，その従業員等として，同社の指揮命令に服して労務を提供していたものであって，その親会社である米国Ｂ社に勤務したことはなく，また，本件ストック・オプションは，日本Ａ社ではなく，米国Ｂ社から付与されたものであり，その行使による権利行使利益も，実質は，米国Ｂ社に属する経済的利益が被付与者である一審原告に移転したものである。
しかし，所得税法28条１項は，俸給，給料，賃金等を掲げて，通常，雇用契約法上の使用者が給付する給与を例示しているが，明文で，第三者から給付されたものを除外したり，給与所得を使用者から給付されるものに限定しているわけではなく，かえって，俸給，給料，賃金等の性質を有する給与と同一の性質を有する給与を給与所得とすることを定めているのである。そもそも，所得税法は，所得がその源泉や性質によって，担税力が異なるという前提に立って，所得を10種類に分類し，担税力の相違に応じて計算方法や課税方法を定めている。したがって，所得区分の判断に当たっても，その所得の源泉や性質の内実を把握すべきであって，従業員等が使用者である子会社に対して提供した労務に対して給付される経済的利益が，使用者である子会社により給付されたか，又は第三者である親会社により給付されたかにより，担税力を異にするものではなく，使用者以外からの給付である一事をもって給与所得に当たらないということはできない。なお，上記の判決は，弁護士の顧問料収入が事業所得か給与所得かが争われた事案において，事業所得との区別という観点から，給与所得の性質を説示したものであり，使用者と給与支給者とが異なる場合は想定されていないから，上記の判断が同判決に抵触するものではない。
次に，本件ストック・オプションは，前記のとおり，一審原告が日本Ａ社に精勤することにより，同社の業績を向上させ，それを通して，米国Ｂ社の事業に貢献したことに報いるために付与され，一方，その行使により経済的利益を獲得できる権利を与えるとともに，ストック・オプションを行使することによって得られる権利行使利益を増加させることを誘因として日本Ａ社に対して一層の精勤を動機付け，ひいては，米国Ｂ社の事業の成功を一層促進させることを目的とするもので，長期インセンティブ報酬の一種として位置づけられ，本件ストック・オプションの権利行使をするには，一審原告が日本Ａ社の従業員等としての継続的な地位を有することが重要な条年となっている。このように，本件ストック・オプションは，一審原告の日本Ａ社における従業員等としての地位と不可分に結びついたものであって，日本Ａ社が米国Ｂ社の100パーセント子会社であることを前提にして，一審原告が日本Ａ社の従業員等として精勤してきたことを原因及び条件として付与されるものであり，将来も継続して精勤することが，その行使を可能ならしめるものであるから，日本Ａ社における一審原告の労務の提供と親会社である米国Ｂ社により本件権利行使利益が給付されることとの間には，給与所得の要件としての対価性があるというべきである。さらにいえば，一審原告の日本Ａ社に対する労務の提供は，ストック・オプションの付与された後，これを行使できるための原因及び条件であり，その間，一審原告にあっては空間的・時間的拘束を受け，一方，米国Ｂ社にあっても，日本Ａ社の親会社という立場で，使用者である日本Ａ社と一審原告との間における上記の関係を利用し，かつ，その成果を得ることができる関係にあるから，これをもって米国Ｂ社と一審原告との間には，所得税法上，雇用契約に類する関係があるということもできる。
最後に，対価性についてみると，なるほど，権利行使利益の発生及び多寡は，従業員等による権利の行使に係る判断に委ねられ，しかも，行使時点の株価に従うものであり，その株価といえば，企業の業績のほか，金利，為替，株式の格付け，国際情勢等の不確実な材料が複合的に作用して形成されるものであるから，そもそも偶発的要素に関わるものであり，その上，被付与者が勤務先会社に対して提供した労務の質ないし量とストック・オプションを行使して得られる権利行使利益との関係は，間接的であり，希薄であって，その間に数量的な相関関係を見出すことは困難ないし不可能であるといわざるを得ない。しかし，権利行使利益の発生及び多寡が，被付与者の個人的判断要素に関わる部分があるとしても，その判断要素といえども，あくまで会社と従業員等との間であらかじめ締結された付与契約の内容に従うものであり，また，複合的要素によって形成される株価に従うとしても，株価の形成において当該会社の業績がその重要な要素であることは否定し難く，その業績は，従業員等によって供された労務の集合によって作り出されるものであり，被付与者による労務の提供もその業績の作出に寄与していることも否めない。そして，本件のストック・オプション制度の趣旨，目的及びその内容に照らせば，付与会社である米国Ｂ社において，同社の業績を向上させ，その株価に影響を与える一要素として，従業員の業績，将来性等を考慮した上で，子会社の従業員等たる一審原告に対し，ストック・オプションを付与し，一審原告にとっては，労務の提供又は会社の業績に対する貢献に対して会社から支給されたものであり，たとえ権利行使利益と労務の質及び量との間に数量的な相関関係が認められないとしても，その発生等にたまたま他の要因が与っているというにすぎず，ストック・オプションの被付与者である一審原告の労務の提供の見返りとして給付がされたという関係が肯定されるから，担税力に質的な相違を認めるべきではないと解され，労務の提供とその給付との間に対価的関係があるというべきである。付与の時点で給付額が不確定であり，本件権利行使利益と一審原告の労務の質及び量との間に直接の相関関係が認められないことをもって，給与所得の要件として要求される労務の提供とその給付との対価性の要件を否定する主張は，採用の限りでない。
エ したがって，本件ストック・オプションの行使により発生した本件権利行使利益は，一審原告の日本Ａ社の指揮命令に服して提供した労務の対価として米国Ｂ社から一審原告に対して給付されたものというべきである。
（３） 課税対象としての権利行使利益
ア 一審原告は，本件ストック・オプションについて，権利行使可能時に株式を取得できる法的権利として，それ自体に財産的価値があり，その行使に制約があるとしても，付与会社から付与された時点において，被付与者である一審原告が保有する権利として確定しているのであるから，その付与時に課税されるべきであり，権利行使利益を給与所得の課税対象とするということは，所得税法の解釈上あり得ないと主張する。
所得税法は，所得金額の計算の通則として，その年分の所得の金額の計算上収入金額とすべき金額として，別段の定めがある場合を除き，その年において「収入すべき金額」と定め（36条１項），現実の収入があった場合のほか，現実の収入がない場合であっても，収入の原因となる権利が確定的に発生したときには，その時点で所得の実現があったものとして，権利発生の時期の属する年度の課税所得を計算するものとしている。
本件ストック・オプションは，付与後の継続的勤務等を条件として株式譲渡契約を成立させる権利であって，その行使は，原則として付与された本人に限られ，しかも一定期間の労務の提供後でなければすることはできない上，譲渡性がなく，これを取引の対象とする市場も存在しないから，本件ストック・オプションを付与されたことをもって，担税力を増加させる経済的利得があったものと評価することは困難であり，現実の収入として課税することはできず，また，所得の実現があったと評価しうるような収入の原因となる権利を取得したということもできない。
イ ところで，一審原告は，擬似ストック・オプションのうちの成功報酬型ワラントにあっては，会社が給与に代えてワラントを無償で支給した時点で，価額相当部分について給与所得として課税されることからすると，ストック・オプションの権利行使利益を課税対象とするのは不合理である旨主張する。
たしかに，〈証拠略〉によれば，会社が分離型の新株引受権付き社債（平成13年法律第128号による改正前の商法341条ノ８第２項５号）を発行した場合に，その後に新株引受権と社債とを分離して，会社が市場から新株引受権証券（ワラント，同法341条ノ13）を買い戻して従業員等に支給するときは，新株引受権証券が支給された時点で，当該新株引受権の価額相当部分について給与所得として課税されることが認められる。しかし，新株引受権証券については，有価証券上の権利を表象するものとして譲渡性があり，しかも，社債と分離して流通に置かれることが予定され，それ自体に客観的な市場価値があるので，所得税法36条１項の金銭以外の物として，その価値を把握することができるから，上記のとおり課税され，同時に，当該新株引受権の価額相当部分が権利行使利益の現在価値に相当するから，権利行使時に重ねて権利行使利益に課税されることがないのであって，このことをもって権利行使時に発行会社から権利者に経済的利益の移転がないことを意味するということはできない。本件ストック・オプションにあっては，証券が発行されず，譲渡性がなく，擬似ストック・オプションと性質が異なる以上，新株引受権証券の場合と異なる扱いがされることがあっても，不合理とはいえない。さらに，譲渡制限された新株引受権であっても，会社との関係では合意違反の問題を生じるものの，ワラント自体の譲渡性を奪うことはできず（前記商法341条ノ８第２項５号），また，権利行使により経済的利益を得た場合には，所得税法施行令84条３号に基づき，権利行使時に権利行使利益に対し課税されることになるから，上記の結論を左右するものではない。
ウ 一審原告は，ストック・オプションが相続された場合をとらえて，相続時における株価と権利行使価格との差額について相続税を課すことからすれば，ストック・オプションそれ自体を課税対象にしているというべきであるから，本件権利行使利益が所得税の対象となり得ないと主張する。
ストック・オプションが付与されると，付与された従業員等だけがストック・オプションを行使することができる地位を取得するが，その者が死亡した場合，付与契約において，相続人がストック・オプションを相続することができる旨合意されていれば，相続人が，被相続人の有していたストック・オプションを行使することができる地位を相続する。そして，相続税は，人の死亡による財産の無償取得によって生じた経済的価値の増加に対して課されるもので，相続税の課税物件は，相続により取得した財産であり（相続税法２条１項），経済的価値のあるすべてのものが含まれるため，ストック・オプションによる権利を行使することができる地位も，経済的価値を有する以上，課税物件に含まれ，しかも，相続税法が，いわゆる時価主義（同法22条）を採用しているので，相続時点での株価と権利行使価格との差額相当額に相続税が課税されることとなる。一方，所得税の課税物件は，所得税法上の所得であり，ストック・オプションに係る所得は，権利行使利益であって，権利の行使がされない限り，所得税法上の所得が未発生であるため，その付与時に課税されることがないというにすぎない。したがって，一審原告の上記主張を採用することはできない。
（４） 関係法令との整合性
一審原告は，租税特別措置法29条の２の規定が，ストック・オプションについて一般的に行使時に給与所得として課税することを定めているものではない旨主張する。
租税特別措置法29条の２は，商法上のストック・オプションのうち，いわゆる税制適格型のものについては，権利行使による株式の取得に係る経済的利益（権利行使利益）に対して所得税を課さないこととしているが，同条が「第２章所得税法の特例」中の「第３節給与所得及び退職所得」の中に置かれていることに加えて，所得税法施行令84条が，同条各号所定の商法上のストック・オプションを付与された場合における所得税法36条の収入金額について，権利行使利益をもって所得税の課税対象とすることを明らかにしていることからすると，租税特別措置法29条の２は，権利行使利益が給与所得として課税される性質のものであることを前提にして，税制適格型のものについて，所得税法36条の「別段の定め」として，株式の譲渡時まで課税の繰り延べを認める趣旨であるものと解するのが自然である。また，租税特別措置法29条の２が発行済株式の総数の100分の50を超える数の株式を直接又は間接に保有する関係にある法人の取締役又は使用人に付与されたストック・オプションについても，上記非課税特例の対象としていることからすれば，同条は，付与会社と被付与者との間に直接の雇用関係等がある場合に限らず，上記のような子会社の従業員等に付与されたストック・オプションに係る権利行使利益についても，給与所得に該当することを前提にしているものと解するのが相当である。本件ストック・オプションについては，上記の法令の適用がされないが，その権利行使利益についての所得税法上の所得区分を決定する上において，上記のような商法上のストック・オプションの権利行使利益と異なる取り扱いをすべき特段の事情も認められないから，本件権利行使利益を給与所得として課税対象とすることは，関係法令の規定とも整合性があるということができる。
３ 新たな争点（信義則違反）について
（１） 当事者の主張
ア 一審原告は，本件各更正処分が信義則に違反することについて，当審において，次のとおり主張する。
ストック・オプションに係る所得の区分について，当時の課税庁において，「回答事例による所得税質疑応答集」の記載のとおり，一時所得であると認識し，ひいてはその認識が税務官庁の公的見解であったことを一審被告も自認していること，一審原告は，初めてストック・オプションの権利を行使した平成８年分の所得税の申告に当たり，一審原告の妻を通じて，藤沢税務署に赴き，ストック・オプションに関する資料をすべて税務署職員に提示して，申告の相談したところ，税務署職員から譲渡所待として申告するように指導されたので，その指導に従って本件行使利益を譲渡所得として申告し，平成９年及び平成10年における権利行使利益の申告に当たっても，一審原告の妻を通じて，事前に税務署に赴き，税務署職員に，ストック・オプションに係る利益が譲渡所得であることを確認した上で申告書を提出したこと，平成11年分の所得税の申告に当たり，その申告前に，日本Ａ社内で会計事務所によるストック・オプションに関する納税についての説明会が開かれ，以後は給与所得として申告するようにとの助言があったので，一審原告は，給与所得として申告したこと，その後，一審原告は，課税庁が権利行使利益を一時所得とする公的見解を表示していることを知ったので，平成９年分及び平成10年分については，譲渡所得から一時所得とする修正申告を，平成11年分については給与所得から一時所得とする更正の請求を，平成12年分については一時所得として申告をしたこと，一審原告は，納税分を差し引いた権利行使利益で，自宅を建築することを計画し，自宅建築用の土地を購入するとともに，業者と建築請負契約を結んで設計も完了し，着工寸前にまでに至ったが，平成13年１月に命じられた更正処分等によって突如として約２億円もの税金を納めなければならなくなったため，業者に対し設計料及び違約金を支払って建築請負契約を解除したほか，上記自宅用土地を売却し，その売却代金を追加納税の資金としなければならなくなったこと，これらの事情によれば，一審原告が一時所得として確定申告等をし，自宅の建築等の経済的活動をしたのは，いずれも公的見解の表示を信頼したことによるものであり，かつ，一審原告には責めに帰すべき事由はないから，納税者の信頼を保護しなければ正義に反するといえるような事情があるということができ，したがって，本件各更正処分は信義則に反し違法である。
さらに，予備的主張として，本件において，判例の掲げる要件を満たさなくとも，ストック・オプションに係る権利行使利益について，課税庁において，約15年間にわたり一時所得として課税し，「回答事例による所得税質疑応答集」にその旨を掲載し，税務相談においても同様の回答をしてきたものであり，納税者には責めに帰すべき事由がないから，本件事案の具体的な内容を考慮すれば，信義則の法理によって，一審原告は保護されるべきである。
イ これに対し，一審被告は，次のとおり反論する。
一審原告の主張する内容では，未だ税務官庁による公的見解の表示があったということはできない上，一審原告の主張する各行為は，課税庁が権利行使利益について給与所得に当たるとの見解に立っていることを認識しながらされたもので，税務官庁による公的見解の表示を信頼してされたものではない。また，一審原告が主張する経済的不利益は，課税処分により税額が正しいものに増額されたことを意味するにすぎず，その主張する支出も課税庁の行為に起因するものではない。したがって，本件各更正処分には信義則違反の違法はない。一審原告の上記主張は，独自の見解にすぎない。
（２） 判断
ア 租税法規に適合する課視処分について，法の一般原理である信義則の法理の適用により，当該課税処分を違法なものとして取り消すことができる場合があるとしても，租税法律主義の原則の下にある租税法律関係においては，同法理の適用については慎重でなければならず，租税法規の適用における納税者間の平等，公平という要請を犠牲にしてもなお当該課税処分に係る課税を免れさせて納税者の信頼を保護しなければ正義に反するといえるような特別の事情がある場合に，初めて同法理の適用がされうるものである。そして，上記特別の事情があるといえるためには，少なくとも，[1]税務官庁が納税者に対し，信頼の対象となる公的見解を表示したこと，[2]納税者がその表示を信頼し，その信頓に基づいて行動したこと，[3]後にその表示に反する課税処分が行われ，そのために納税者が経済的不利益を受けたこと，[4]納税者が税務官庁の表示を信頼して行動したことについて納税者の責めに帰すべき事由がないことが必要である（最高裁昭和60年（行ツ）第125号昭和62年10月30日第３小法廷判決・裁判集民事152号93頁）。
イ そこで，まず，本件において，納税者にとって信頼の対象となる公的見解の表示がされたか否かについて検討すると，〈証拠略〉によれば，ストック・オプション制度は，米国において，1980年代（昭和55年）以降本格的に導入されるようになったものの，わが国においては，未だ存在しなかった状況下で，課税庁が，昭和50年代に，外資系企業からストック・オプションについて問い合わせを受け，権利行使利益が一時所得となるとの回答をした先例はあるが，昭和60年当時，ストック・オプションを付与される者も外資系企業に勤務する従業員等に限られていたことから，課税庁において，米国のストック・オプション制度に関する正確な認識に乏しかったこともあり，ストック・オプションが給与等に代えて付与されたと認められたとき以外は，権利行使利益が一時所得となると理解し，財団法人大蔵財務協会発行で，東京国税局直税部長（平成４年版以降のものは，同課税第１部長）監修，同所得税課長編による「回答事例による所得税質疑応答集」昭和60年版には，外国親会社から子会社従業員に対し付与されたストック・オプションの権利行使利益について，ストック・オプションが給与等に代えて付与されたと認められたとき以外は一時所得として課税される旨が記載され，平成６年版までの「回答事例による所得税質疑応答集」にも同旨の記載がされていたこと，その後平成９年分所得税の確定申告期（平成10年２月ないし３月）ころまで，一時所得としての申告が容認されていたこと，平成７年11月に，特定新規事業実施円滑化臨時措置法の改正により，我が国において初めてストック・オプション制度が導入され，平成９年に，経済構造改革の一環としてストック・オプションを一般的に導入する旨の閣議決定がされた後，同制度が商法改正により本格的に導入されるに伴い，課税庁において，権利行使利益が一時所得ではなく，給与所得であるとの共通の認識が形成され，平成10年分の所得税の確定申告期以降，給与所得とする統一的な取扱いがされるに至ったこと，そこで，平成８年版（同年６月発行）「回答事例による所得税質疑応答集」では，平成６年版までの前記の記載が削除され，平成10年版（平成10年７月発行）では，外国親会社から付与されたストック・オプションの権利行使利益について，給与所得として課税される旨記載されるに至ったことが認められ，一審被告にあっても，このような一時所得から給与所得への記載内容の変更は，その当時の課税庁の認識を反映したものであることを自認している。
上記の認定事実，とりわけ，当時の課税実務の状況と併せて，「回答事例による所得税質疑応答集」に，これらが私的な出版物であるとはいうものの，客観的に税務に担当する者によるものと認めうる方法で課税実務が解説され，もって当時の課税庁の認識を反映し，あるいはその意向を受けたものと客観的に認められ，これらの記述が，課税庁の課税行政の内容を国民に周知させる上で，補完的な意味を有するとともに国民に対して指針的なものとして一定の影響力を持ち，国民にとっても，そこに示された内容について，一定の信頼を置くものと推認しうることに照らせば，外国親会社から付与されたストック・オプションの権利行使利益について，一時所得として課税される扱いについて，平成10年ころ以前は，課税庁による公的見解の表示があったのと同様の状態にあったとみることができる。
ウ 一審原告は，譲渡所得あるいは一時所得とする課税庁の見解に従って，納税申告をしたことをもって不利益を受けたものと主張するが，そもそも，一審原告が，上記の公的見解の表示に類する状況を信頼して一時所得等として申告したという点は，後記のとおり大いに疑問であるが，その点をおいても，納税申告をすることは，所得の発生により国税の納付義務としてすべきことであり，その場合に，所得の把握によって負担すべき納税額に相違を生じることがあるのは当然であって，一定の見解に依拠した申告行為自体を保護すべきものとする一審原告の主張は，採用しがたい。
また，一審原告は，一時所得であるとの公的見解の表示を信頼し，この信頼に基づき，納税分を差し引いた権利行使利益で自宅を建築することを計画していたにもかかわらず，約２億円もの税金を納めなければならなくなったために，業者に対し設計料及び違約金を支払って建築請負契約を解除したほか，上記自宅用土地を売却し，その売却代金を追加納税の資金としなければならなくなったと主張し，それに沿う一審原告本人及びその妻Ｅの陳述書（〈証拠略〉）を提出する。しかし，これらの陳述書によっても，未だその具体的な事実は不分明ではあるが，たとえその事実を認めうるとしても，一審原告の上記主張に係る納税は，課税庁の方針変更によるものとしても，本来の所得区分に認定された上，本来あるべき課税がされたにすぎないのであるから，結局，一審原告が主張する経済的不利益は，課税処分により税額が本来納付すべきものに増額されたことを意味するにすぎず，未だ経済的不利益を被ったともいえない。また，自宅の建築計画に関する行為とそれに伴う支出についてみても，単に課税額に対する期待に依拠したというに留まるものであり，納税の必要について目算を誤ったにすぎず，加えて，本件ストック・オプションの行使は，米国Ｂ社の株価の推移状況を考慮して一審原告の経済的判断によってされたというべきであり，権利行使利益が一時所得として課税される旨の公的見解の表示を信頼したことによってされたという関係にはなく，したがって本件権利行使利益を使用して上記契約を締結したことやそれに伴う支出についても課税庁の行為あるいは課税庁の作出した状況に起因するものということはできない。しかも，一審原告が上記契約を締結した時期が，平成11年分の確定申告後であるとすれば，一審原告にあっては，後記のとおり，その時点における課税庁の見解が，権利行使利益を給与所得と扱うというものであることをすでに認識していたというべきであるから，さらに因果関係を認めることはできない。一審原告の主張する行為を租税法規の適用における納税者間の平等，公平という要請を犠牲にしてもなお課税を免れさせて保護すべきものに当たるとは到底いうことができない。
なお，一審原告は，平成９年分及び平成10年分の所得税の確定申告において，税務職員の指導により，本件権利行使利益を株式等に係る譲渡所得に当たるものとして申告したと主張し，それに沿う上記陳述書を提出する。その主張のとおりの事実を認めうるとしても，当該税務相談の態様，対応者の立場等が明らかでないから，その対応をもって直ちに公的見解が表示されたものと判断するのは困難であり，しかも，一審原告自身認めるように，一審原告は，平成11年分の所得税の確定申告に先立ち，ストック・オプション課税に関する国税庁の取扱いが変更して給与所得として課税されることになったことを知った上，平成11年分の所得税について，平成12年３月６日に，権利行使利益を給与所得として申告し，後記のとおり，平成９年分及び平成10年分の本件権利行使利益に申告漏れがあることが指摘されたことにより，平成12年６月27日，修正申告をしたのであるから，たとえ以前に上記のとおり税務職員の指導があったとしても，このことと給与所得に区分するとする課税庁の見解をすでに認識した後にされた上記の確定申告や修正申告との間には直接の因果関係はないというべきである。
そのほか，前記見解を信頼したことによって権利行使をしたとか，それによって予想に反する課税処分を受けたという以上に特別に経済的不利益を受けたことを認めうる具体的な立証はない。
エ 一審原告は，予備的主張として，本件については，上記の判例が掲げる要件を満たさなくとも，信義則の法理を適用すべき特別の事情があると主張するが，上記のほかに，一審被告の事情において信義則に違反し，一審原告の事情において特に保護しなければ正義に反するといえるような特別の事情があることを認めるに足りる証拠はなく，信義則の法理の適用により，本件更正処分等を違法なものとして取り消すべきであるということはできない。
４ 本件各更正処分及び本件通知処分の適法性について
本件権利行使利益は，前示のとおり，給与所得に該当するものであり，その余の一審原告の本件係争各年分の所得税の課税根拠については当事者間に争いがないので，これを前提とした一審原告の本件係争各年分の所得税に係る課税総所得金額及び納付すべき税額は，原判決別紙課税根拠表の各年分の課税総所得金額及び納付すべき税額欄にそれぞれ記載のとおりの額と認められる。
そして，これらの額は，いずれも本件各更正処分及び平成11年分の確定申告に係る納付すべき税額と同額又はこれを上回るから，本件各更正処分及び本件通知処分はいずれも適法である。
５ 争点[4]（本件各加算税賦課決定処分に係る違法の有無）について
（１） 当事者の主張
ア 一審原告は，本件各更正処分に係る納税申告には国税通則法65条４項にいう正当な理由があると主張し，その根拠として，親会社から子会社の従業員等に付与されたストック・オプションに関する課税関係については，法令や通達にも定めがなく，権利行使利益について一時所得とする見解にも一応の根拠があるといえること，課税庁は，少なくとも平成10年分の所得税の申告期までの10年を超える期間にわたり，多くの事案で，権利行使利益を一時所得として取り扱ってきたこと，所得税課税事務を所掌する職員の名義で権利行使利益を一時所得に当たるとの見解が公表されていたこと，一審原告は，当初，税務署職員から本件権利行使利益が譲渡所得に該当するとの指導を受け，それに従って申告していたことなどの事実を指摘し，また，一審原告が平成11年分の所得税について給与所得として申告したことについて，会計事務所の説明によって権利行使利益が給与所得であるとの認識を持ったからではなく，会計事務所から，併せて，後に給与所得の見解が改められても，更正の請求により給与所得と一時所得の差額分の還付を受けることができると説明があったからであると指摘して，一審被告の主張には誤りがあると反論した。
イ 一審被告は，一審原告においては，課税庁が本件権利行使利益を給与所得とする取扱いをしていることを知りながら，あえて自己の見解に固執して一時所得として修正申告又は確定申告をしたものであり，国税通則法65条４項にいう正当な理由があるとはいえないと反論し，その根拠として，一審原告が，平成９年分及び平成10年分の確定申告に当たり，本件権利行使利益の一部について申告をしなかったために，一審被告からの申告漏れがある旨の指摘を受けた際，その所得区分が給与所得であることを指摘され，あるいは平成11年分の確定申告の前には，会計事務所の説明によりストック・オプションの権利行使利益が給与所得であることを聞き知り，同年分の確定申告では給与所得として申告していたにもかかわらず，平成12年分の確定申告では，一転して一時所得として申告するなど，課税庁の過去の取扱い等とは無関係に，一審原告の独自の判断で，本件権利行使利益を譲渡所得又は一時所得として修正申告又は確定申告をしたことを指摘する。
（２） 判断
ア 過少申告加算税は，期限内申告書が提出された場合において，修正申告又は更正があったときに，課せられるものであるが，過少の申告について正当な理由があるときは，その部分については課されない（国税通則法65条４項）。過少申告加算税の趣旨は，国税において申告納税方式を採用して，納税義務の確定を納税者の申告によっていることに照らし，適正な申告の実現を図り，もって申告納税制度の信用を維持し，ひいては適正に申告納付した者とこれを怠った者との不公平を是正するために，申告納税義務の不履行に対して経済的制裁を課すことにある。その趣旨に照らせば，修正申告又は更正があった場合であっても，過少申告加算税が課されないのは，過少な申告にも正当理由があるときに限られるのであり，正当な理由がある場合とは，過少に税額を申告することにつき，納税者の責めに帰すべきではない客観的にやむを得ないと認めうる具体的な事情が存在する場合をいうものと解するのが相当である（最高裁平成８年（行ツ）第54号平成11年６月10日第１小法廷判決・裁判集民事193号315頁参照）。
イ そこで，一審原告の確定申告等に係る状況についてみると，前記引用に係る原判決の「基礎となる事実」及び〈証拠略〉によれば，平成９年分及び同10年分の所得につき，一審原告は，それぞれ平成10年３月２日，同11年２月24日に確定申告をしたが，各年分の本件権利行使利益につき申告漏れがあったために，平成12年６月27日に修正申告書を提出し，その際，権利行使利益について，株式等に係る譲渡所得あるいは一時所得として申告したこと，これに対し，一審被告は，平成13年１月19日付けで，権利行使利益について給与所得に該当するとして，本件各更正処分をしたこと，平成11年分の所得について，一審原告は，平成12年３月６日，権利行使利益について給与所得に該当するとして確定申告をしたが，平成13年１月４日に一時所得に該当するとして更正の請求をしたこと，これに対し，一審被告は，同年４月３日付けで，更正をすべき理由がない旨の通知処分をしたこと，平成12年分の所得について，一審原告は，同年６月15日付けで，予定納税額の通知を受けたものの，同年７月15日，権利行使利益について一時所得に該当するから，申告納税見積額が予定納税基準額に満たないものと見込まれるとして，予定納税額の減額の承認の申請をしたこと，これに対し，一審被告は，同月28日付けで，権利行使利益について給与所得に該当するとした上で，一審原告の申請の一部を認める通知処分をしたこと，以上の事実が認められる。
一方，ストック・オプションに対する課税をめぐる当時の状況を見ると，確かに，前示のとおり，親会社から子会社の従業員等に付与されたストック・オプションに関する課税上の取扱いについて，明文をもって定めた法令や通達は存在せず，しかも，平成９年分の所得税の確定申告期ころまでは，ストック・オプションが行使されたことによって取得した権利行使利益について，一時所得とする申告が容認され，平成10年分の所得税の確定申告期以降から給与所得とする統一的な取り扱いが始まったのであり，同年３月ころまでは一時所得とする公的な見解があったものと同視しうる状態があったのであるから，その当時に所得税の申告をする者にとっては，この見解に従うことにも一応の合理性があったということができ，一審原告にあっては，平成９年分及び同10年分の所得税の確定申告について，当てはまる余地があるということができる。
しかしながら，一審原告にあっては，さらに以下の事情を認めることができる（〈証拠略〉）。一審原告は，上記のとおり，平成９年分及び同10年分の所得につき，平成12年６月27日に修正申告書を提出したのであるが，修正申告前の同年４月から行われた上記各年分の所得の調査において，調査担当職員から，本件権利行使利益に申告漏れがあること（それぞれの確定申告において，本件権利行使利益２億4771万円のうち１億8143万円，３億6791万円のうち１億9708万円が申告されたに留まる。）に併せて，権利行使利益の所得区分が給与所得であることの指摘を受け，しかも，一審原告は，平成11年分確定申告に先立って行われた社内説明会において，会計事務所の説明によりストック・オプションに関する課税上の取扱いが給与所得とすることに変更になったことを知り，それにもかかわらず，修正申告においては，平成９年分及び同10年分の本件権利行使利益のうち，すでに譲渡所得として確定申告をした分は維持した上，申告漏れ分を一時所得として申告し，平成11年分の所得について，上記のとおり，一旦は権利行使利益について給与所得に該当するとして確定申告をしながら，平成13年１月４日に一時所得に該当するとして更正の請求をしたことが認められる。なお，一審原告は，平成11年分の所得税について給与所得として申告したことについて，会計事務所から，後に給与所得の見解が改められても更正の請求により給与所得と一時所得の差額分の還付を受けることができると説明があったことによる旨主張するが，一審原告が課税庁の権利行使利益の取扱が変更されたことを認識した事実を左右するものではない。
以上の事実によれば，【判示事項２】たしかに，一審原告が，平成９年及び平成10年にストック・オプションを行使した時点においては，課税庁も権利行使利益が一時所得に該当するとの認識を有していたのであるから，両年分の権利行使利益には同見解が適用されると一審原告が考えたとしても不合理であるということはできないのみならず，両年分の所得につき，確定申告がされた時点では，一審原告においても，本件権利行使利益を一時所得として申告することに肯きうる事情があると一応いうことができる。しかし，課税庁において適正な課税状況に改めることは租税の公平負担の要請からしても，何ら非難されるべきではなく，一審原告において，当該権利行使利益について申告漏れが生じたことを機縁として修正申告をするに至り，しかも，その時点において，自ら給与所得であることを認識し，調査担当者からその旨の指摘を受けながらも，なお一時所得として申告していることは，修正申告の時点においては，一審原告においてもはや一時所得と申告することに正当な理由があるとは到底認め得ないものである。さもなければ，適正な申告の実現を図る機会を看過することに帰し，ひいては，適正に申告納付しうる時期において適正に申告納付する者とこれを怠る者との間に不公平を生じうることになりかねないからである。上記の事情は，後記のとおり，平成11年度及び平成12年度の申告や更正請求における一審原告の対応からも十分にうかがえるものである。なお，一審原告は，平成９年分及び10年分の所得税の修正申告において，本件権利行使利益の一部を譲渡所得として申告しているが，これについては，前示のとおり，確定申告するに当たり，税務署職員から，譲渡所得に該当するとの説明を受けたためであると主張し，それに沿う上記陳述書を提出するが，一審原告自身認めるように，前示のとおり，一審原告は，平成11年分の所得税の確定申告に先立ち，ストック・オプション課税に関する国税庁の取扱いが変更して給与所得として課税されることになったことを知った上，同年分の所得税について，平成12年３月６日に権利行使利益を給与所得として申告し，平成９年分及び平成10年分の所得税についても本件権利行使利益の部分に申告漏れがあったことから，平成12年６月27日に両年分について修正申告をしたことからすると，たとえ，以前に上記のとおり税務職員の指導があったとしても，このことと給与所得に区分するとする課税庁の見解をすでに認識した後にされた確定申告や修正申告との間には直接の因果関係はないというべきである。
次に，平成12年分の所得税の確定申告についてみると，前示のとおり，一審原告は，平成11年分の所得税の確定申告に先立ち，ストック・オプション課税に関する国税庁の取扱いが変更され，給与所得として課税されることになったことを知り，同年分の所得税については，平成12年３月６日，一旦は権利行使利益を給与所得として申告したにもかかわらず，翌13年１月４日に一時所得とする更正の請求をしたのであり，また，一審原告は，平成12年６月15日付の予定納税額の通知に対して，同年７月15日，権利行使利益について一時所得に該当するとして，予定納税額の減額の承認の申請をし，これに対し，一審被告から，同月28日付けで，権利行使利益について給与所得に該当するとした上で，通知処分を受け，さらに，同年12月25日付けの上記予定納税の通知処分に係る異議決定においても，本件権利行使利益を給与所得と該当する旨明示されながら，平成12年分の権利行使利益について一時所得として申告したというのであるから，公的見解にもかかわらず自己の独自の見解に従って申告したというべきであって，一時所得として申告することについて客観的にやむを得ないと認めうる具体的な事情が存在するとは到底いえず，国税通則法65条４項にいう正当な理由は認められない。
さらにいえば，正当な理由については，過少の申告がされた時点を基準に客観的にやむをえないと認めうる具体的事情の存否を判断すべきであるから，当該所得の区分に過去に見解の相違があった場合であっても，その後当該申告の前に課税庁の公的見解が表明されたり，課税庁の職員から当該税務申告の具体的な場面で新たな指導があったときに，なおも従来の異なる見解に従って申告することを是認することはできず，また，たとえ当該申告について不服申立ての段階にある場合であっても，適正な申告の実現を図り，適正に申告納付しうる時期において適正に申告納付する者とこれを怠る者との間に不公平を生じさせない過少申告加算税の趣旨からみて，上記の結論を左右するものではない。また，納税義務の確定を納税者の申告にかからしめている趣旨からすると，しかも，権利行使利益の内容に応じて扱いが異なりうる余地があるとすれば，所得の源泉たる事実が明示されていることをもって，申告納税方式の目的が達せられているということもできない。
ウ 以上により，本件過少申告加算税賦課処分は，適法である。
第４ 結論
以上の次第であって，一審原告の請求は，いずれも理由がないから，棄却すべきである。
よって，一審被告の控訴に基づき原判決主文１項から３項までを取り消して一審原告の請求を棄却し，一審原告の控訴を棄却することとし，主文のとおり判決する。
（裁判官門口正人高橋勝男長秀之）
〔参考〕第１審横浜地裁平成13年（行ウ）第54号，平成14年（行ウ）第43号，同年（行ウ）第70号平成16年１月21日判決
主文
１ 被告が，原告に対し，平成13年１月19日付けでした原告の平成９年分の所得税に係る過少申告加算税賦課決定処分（ただし，平成13年９月３日付け加算税の変更決定処分により減額された後のもの。）を取り消す。
２ 被告が，原告に対し，平成13年１月19日付けでした原告の平成10年分の所得税に係る過少申告加算税賦課決定処分（ただし，平成13年９月３日付け加算税の変更決定処分により減額された後のもの。）を取り消す。
３ 被告が，原告に対し，平成13年10月31日付けでした原告の平成12年分の所得税に係る過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
４ 原告のその余の請求をいずれも棄却する。
５ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 当事者の求めた裁判
１ 原告
（１） 被告が，原告に対し，平成13年１月19日付けでした原告の平成９年分の所得税に係る更正処分のうち，課税総所得金額１億4773万0000円，納付すべき税額6197万2700円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分（ただし，平成13年９月３日付け更正処分及び加算税の変更決定処分により減額された後のもの。）を取り消す。
（２） 被告が，原告に対し，平成13年１月19日付けでした原告の平成10年分の所得税に係る更正処分のうち，課税総所得金額２億0532万5000円，納付すべき税額9162万6700円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分（ただし，平成13年９月３日付け加算税の変更決定処分により減額された後のもの。）を取り消す。
（３） 被告が，原告に対し，平成13年４月３日付けでした原告の平成11年分の所得税に係る更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分のうち，課税総所得金額２億2079万7000円，納付すべき税額7450万6200円を超える部分を取り消す。
（４） 被告が，原告に対し，平成13年10月31日付けでした原告の平成12年分の所得税に係る更正処分のうち，課税総所得金額１億2362万7000円を超え，還付される税額1078万6600円を下回る部分及び過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
（５） 訴訟費用は被告の負担とする。
２ 被告
（１） 原告の請求をいずれも棄却する。
（２） 訴訟費用は原告の負担とする。
第２ 事案の概要
本件は，原告が，平成９年分ないし平成12年分の所得税について，自己の勤務する会社の親会社から付与されたストック・オプションを行使して得た利益（権利行使利益）を譲渡所得又は一時所得として申告ないし更正の請求をしたところ，被告が，上記権利行使利益は給与所得に当たるとして，更正処分ないし更正をすべき理由がない旨の通知処分及び過少申告加算税賦課決定処分をしたことから，原告が，これらの処分は違法であるとして，各処分のうち，上記権利行使利益を一時所得として計算した金額を超える部分の取消しを求める事案である。
第３ 基礎となる事実
（以下の事実は，当事者間に争いがない事実であるか，各段落等の末尾に記載した証拠ないし弁論の全趣旨により容易に認められる事実である。）
１ ストック・オプションについて
（１） ストック・オプションの内容
ストック・オプションとは，会社が自社又は子会社の役員，従業員等（以下「従業員等」という。）に対して付与する，自社株式を一定の期間内にあらかじめ定められた権利行使価格で取得することができる権利である。
このようなストック・オプションを会社が自社又は子会社の従業員等に付与する制度（ストック・オプション制度）は，米国において考案され，発展してきたものであり，長期インセンティブプランとしての報酬制度の一類型と位置付けられるものである。
（２） ストック・オプション制度に関する我が国の法規制の推移
ア 会社がストック・オプション制度を実施するためには，その従業員等に対して付与する自社株式を手当てする必要があるところ，これについては，従前の商法の下においても，新株の有利発行又は自社株式の取得という方法により対応することが可能であったが，前者については株主総会の決議の効力が６か月に制限され，後者についても自己株式の償却期間が６か月に制限されていたことから，法制度上，我が国の会社がストック・オプション制度を導入することは実質的に困難な状況にあった〔〈証拠略〉〕。
イ しかし，平成７年11月，特定新規事業実施円滑化臨時措置法（以下「新規事業法」という。）の改正（平成７年法律第128号）により，商法の特例措置として，特定の株式未公開企業に限り，自社の取締役又は使用人に対する新株の有利発行のための株主総会の特別決議の効力を10年に延長することなどが規定され，これらの企業については，新株の有利発行の方法によるストック・オプション制度の導入が可能となった〔〈証拠略〉〕。
ウ さらに，平成９年５月，商法の改正（平成９年法律第56号）により，株式会社について，自社の取締役又は使用人に譲渡するための自己株式の取得に関し，取得可能な自己株式の数量が増加し，償却期間も10年に延長されたこと（商法210条ノ２）などにより，自己株式を取得する方法によるストック・オプション制度の導入が可能となり，また，一定の要件の下に自社の取締役又は使用人に新株引受権を付与する方法のストック・オプション制度も新設された（同法280条ノ19）。しかし，この時点では，我が国の株式会社がその株式を子会社の従業員等に付与する形式のストック・オプション制度の導入を可能にするための規定は設けられなかった。〔〈証拠略〉〕
エ なお，その後，平成13年11月の商法改正（平成13年法律第128号）による新株予約権制度の導入（商法280条ノ19）により，ストック・オプション制度は新株予約権の有利発行の一場面として位置付けられるとともに，自社の従業員等以外の者にもストック・オプションを付与することができるとされるなど，我が国の株式会社のストック・オプション制度の利用に関する法規制が大幅に緩和されるに至っている。
（３） ストック・オプションに関する課税上の取扱いの推移
ア 平成７年11月の新規事業法の改正以前においては，ストック・オプション一般に関する課税上の取扱いについて規定した法令及び通達は存在しなかった。もっとも，当時の商法下でも，株主総会決議後６か月間に限って，従業員等に有利な発行価額により新株等を取得する権利を付与することは可能であったところ，これが付与された場合の課税について，所得税法施行令（平成10年政令第104号による改正前のもの）84条は，上記権利に係る所得税法36条の収入金額を，原則として，当該権利に基づく払込みに係る期日における新株等の価額から当該新株等の発行価額を控除した金額による旨を規定し，また，所得税基本通達23〜35共−６（ただし，平成８年６月の改正前のもの。）は，発行法人から有利な発行価額による新株等を取得する権利を与えられた場合には，それを行使して新株等についての申込みをしたときに，その付与された権利に基づく発行価額と権利行使時の株価との差額に対し，一時所得として課税することを原則としつつ，当該権利がその発行法人の役員又は使用人に対し支給すべきであった給与等又は退職手当等に代えて与えたと認められる場合には，給与所得又は退職所得として課税することとしていた。
イ 平成７年11月の新規事業法の改正により，一定の範囲で新株の有利発行の方法によるストック・オプション制度の導入が可能となったことに伴い，平成８年３月，租税特別措置法29条の２が改正（平成８年法律第17号）され，新規事業法上のストック・オプションについて，一定の場合には，権利の行使による株式の取得に係る経済的利益については所得税を課さず，取得した株式の譲渡時に，払込価額を取得価額とした上で，譲渡所得として課税を行う旨が定められた。
他方，商法上の有利な発行価額による新株等を取得する権利を与えられた場合に関する所得税基本通達23〜35共—６についても，平成８年６月，当該権利を与えられた場合の所得について，一時所得とする原則を維持しつつ，当該発行法人の役員又は使用人に対しその地位又は職務等に関して当該権利を与えたと認められる場合には給与所得とし，これらの者の退職に基因して当該権利を与えたと認められる場合には退職所得とすると改められた。〔〈証拠略〉〕
ウ さらに，平成９年５月の商法の改正によって，自己株式方式及び新株引受権方式によるストック・オプション制度がすべての株式会社に認められるようになったことを踏まえて，平成10年３月，所得税法施行令84条が改正（平成10年政令第104号）され，商法上のストック・オプションに係る所得税法36条の収入金額を，権利行使により取得した株式のその行使の日における価額から権利行使価格を控除した額とする旨が定められるとともに，租税特別措置法29条の２が改正（平成10年法律第23号）され，一定の要件を満たす商法上のストック・オプションについては，権利の行使による株式の取得に係る経済的利益については所得税を課さず，取得した株式の譲渡時に，譲渡所得として課税する旨が定められた。
また，所得税基本通達23〜35共−６についても，上記各法令の改正に対応し，平成10年10月，ストック・オプションに関する課税上の取扱いを明確にするための改正がされ，商法210条ノ２第２項の決議に基づいて与えられた同項３号に規定する権利（所得税法施行令84条１号）及び商法280条ノ19第２項の決議に基づいて与えられた同項に規定する新株の引受権（所得税法施行令84条２号）を取締役又は使用人が行使して株式を取得した場合の所得について，原則として給与所得とし，主として職務の遂行に関連を有しない利益の供与の場合には雑所得とすることとされた。しかし，この時点でも，親会社から子会社の従業員等に対して付与される親会社の株式に係るストック・オプション等，上記以外のストック・オプションに関する課税上の取扱いについて，直接，明文をもって定めた法令の規定は存在せず，また，通達上も，特段の定めは設けられなかった。
〔〈証拠略〉〕
エ なお，その後，平成13年11月の商法改正を受けて，租税特別措置法29条の２が改正され（平成14年法律第15号），株式の取得に係る経済的利益の非課税特例の適用対象となる権利として新株予約権が加えられ，また，同特例の適用対象者に，ストック・オプションの付与会社が直接又は間接に100分の50を超える数の株式等を保有する関係にある他の法人の従業員等が加えられた〔〈証拠略〉〕。また，上記商法の改正を受けて，所得税法施行令84条についても所要の改正がされた（平成14年政令第103号）。
さらに，所得税基本通達23〜25共−６についても，平成14年の改正により，有利発行による新株予約権（所得税法施行令84条３号）を与えられた者がこれを行使した場合に，雇用契約又はこれに類する関係に基因して当該権利を与えられたと認められるときは，所得税法施行令84条１号及び２号に掲げる権利を与えられた場合に準じた取扱いをすることとされ，さらに，発行法人が外国法人の場合についても，同様の取扱いとすることとされた。
２ 本件ストック・オプションについて
（１） 米国Ｂ社と日本Ａ社との関係
米国ワシントン州所在のＢ・コーポレーション（以下「米国Ｂ社」という。）は，昭和61年２月17日，100パーセント子会社として，日本にＡ株式会社（以下「日本Ａ社」という。）を設立した。
そして，現在に至るまで，米国Ｂ社は，日本Ａ社の全株式を保有している。
（２） 原告の地位
原告は，平成４年に日本Ａ社に入社し，平成10年に米国Ｂ社の子会社である米国法人Ｆ・アジア・リミテッドに転籍するまで，日本Ａ社において従業員ないし取締役として勤務していた。原告は，その後，平成11年に同じく米国Ｂ社の子会社である米国法人Ｇ・プロダクト・ディペロップメント・リミテッドに転籍し，さらに，平成12年から，日本Ａ社から株式会社Ｈに出向して役員として勤務している。〔〈証拠略〉〕
（３） 米国Ｂ社のストック・オプションの内容
ア 米国Ｂ社の「1991年ストック・オプションプラン」（以下「本件Ｃ・プラン」という。）によれば，同社のストック・オプションは，同社，その親会社及び子会社（以下，併せて「Ｄグループ各社」という。）が雇用する従業員
（Employee）（役員も含むものとされている。）に対して付与され得るものとされている（本件Ｃ・プラン第５条（ａ），第２条（ｈ））。
この米国Ｂ社のストック・オプションの付与は，従業員の経済的利益と株式を長期に保有することによる価値を結びつけることにより，実質的に責任ある職に最もふさわしい人材を誘引しかつ維持すること，当該人材に対して付加的なインセンティブを提供すること，及び，米国Ｂ社の成功を促進することを目的としている（本件Ｃ・プラン第１条）。
そして，本件Ｃ・プランに基づくストック・オプション制度は，米国Ｂ社の取締役会又はこれによって任命された委員会（以下，単に「取締役会」という。）によって運営され，この取締役会が，ストック・オプション付与の対象となる従業員及び付与株数等の条件を決定することとされている（本件Ｃ・プラン第４条）。また，本件Ｃ・プランによれば，ストック・オプションを付与された者の「従業員としての継続的な地位」（従業員としての役務の中断又は終了が存在しないことを意味する（本件Ｃ・プラン第２条（ｆ））。）が終了した場合，当該オプション保有者は，その終了の日に行使できる限度まで，当該終了の日の後３か月以内かつ付与契約に定められたオプションの期間の終了日以前に，オプションを行使しなければ，当該オプションは消滅することとされている。ただし，オプション保有者が全体的かつ永続的な障害の結果として「従業員としての継続的な地位」を終了した場合や，その死亡の場合には，当該終了の日ないし死亡の日から一定の期間，権利行使をすることができる。また，上記の定めにかかわらず，取締役会は，適切とみなす場合に発行済みのオプションの終了日を延長する権限を有している（本件Ｃ・プラン第９条）。
さらに，本件Ｃ・プランに基づくオプションは，遺言又は相続法による場合を除き，売却，質入れ，譲渡，担保権設定，移転又は処分をすることができず，オプション保有者が生存中は，その者のみが行使することができることとされている（本件Ｃ・プラン第10条）。〔〈証拠略〉〕
また，米国Ｂ社のホームページにおける同社のストック・オプション制度の説明によれば，同社のストック・オプションは，付与の日から１年後に対象株式の８分の１について権利行使が可能となるもので，その後半年ごとに順次８分の１ずつ権利行使が可能となり，付与の日から４年半後に全株式についての権利行使が可能となるものとされている〔〈証拠略〉〕。
イ 米国Ｂ社のストック・オプションの付与対象者や付与株数等は，取締役会において，過去における実績，将来に及ぶ米国Ｂ社への長期的貢献及び当該個人が退職した場合の潜在的影響といった要因等を考慮して決定されている〔〈証拠略〉〕。
（４） 原告のストック・オプションの行使
原告は，日本Ａ社に勤務中に，米国Ｂ社から，本件Ｃ・プランに基づき，同社の株式に係るストック・オプションを付与され，これを平成８年ないし平成12年に行使した（このうち，原告が米国Ｂ社から付与され，平成９年ないし平成12年に行使したストック・オプションを「本件ストック・オプション」という。）〔〈証拠略〉〕。
本件ストック・オプションの行使により，原告は，平成９年に２億4771万9385円，平成10年に３億6791万4175円，平成11年に４億0432万4384円，平成12年に２億0628万9391円の経済的利益をそれぞれ得た。これらの利益は，ストック・オプションの行使によって取得した株式の権利行使時の時価から権利行使価格を控除したものに相当する（以下，ストック・オプションを行使することにより得られる，取得株式の権利行使時の時価と権利行使価格との差額に相当する経済的利益を「権利行使利益」という。また，原告が本件ストック・オプションの行使により得た権利行使利益を「本件権利行使利益」という。）。
３ 本件課税処分の経緯等
（１） 平成９年分及び平成10年分の所得税について
ア 原告は，平成９年分及び平成10年分の所得税について，いずれも，本件ストック・オプションの行使に係る所得が株式等に係る譲渡所得に該当するとして確定申告をした後，申告漏れの権利行使利益について，一時所得に当たるものとして修正申告をした。これに対し，被告は，原告に対し，平成12年11月28日付けで，各修正申告により新たに納付すべき税額に関し，それぞれ過少申告加算税賦課決定処分をした。
イ さらに，被告は，原告に対し，平成13年１月19日付けで，平成９年分及び平成10年分の所得税について，本件権利行使利益は給与所得に該当するとして，それぞれ更正処分をするとともに，各更正処分により新たに納付すべき税額に関し，それぞれ過少申告加算税賦課決定処分をした。
ウ これに対し，原告は，被告に対し，同年３月８日，上記イの各処分を不服として異議申立てをしたが，異議申立ての日の翌日から起算して３か月を経過しても決定がされなかった。
エ そこで，原告は，国税不服審判所長に対し，同年７月16日，上記イの各処分についての審査請求をした。
オ その後，被告は，原告に対し，同年９月３日付けで，平成９年分については減額更正処分及び加算税の変更決定処分を，平成10年分については加算税の変更決定処分を，それぞれした。
カ 上記エの審査請求の日の翌日から起算して３か月を経過しても裁決がされなかったことから，原告は，同年10月25日，上記イの各処分（ただし，上記オによる減額後のもの。）についての取消訴訟を提起した（平成13年（行ウ）第54号事件）。
なお，国税不服審判所長は，平成14年４月26日付けで，上記エの審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした〔〈証拠略〉〕。
（２） 平成11年分の所得税について
ア 原告は，平成11年分の所得税について，本件権利行使利益が給与所得に該当するとして確定申告をした後，平成13年１月４日，被告に対し，本件権利行使利益が一時所得に当たるとして更正の請求をした。
イ これに対し，被告は，原告に対し，同年４月３日付けで，更正をすべき理由がない旨の通知処分をした。
ウ 原告は，被告に対し，同年５月29日，上記通知処分を不服として異議申立てをしたが，被告は，同年８月22日付けで異議を棄却する旨の決定をした。
エ そこで，原告は，国税不服審判所長に対し，同年９月25日，上記通知処分についての審査請求をしたところ，国税不服審判所長が平成14年４月26日付けでこれを棄却する旨の裁決をしたことから，同年７月19日，同通知処分についての取消訴訟を提起した（平成14年（行ウ）第43号事件）。
（３） 平成12年分の所得税について
ア 原告は，平成12年分の所得税について，本件権利行使利益が一時所得に該当するとして確定申告をした。
イ これに対し，被告は，原告に対し，平成13年10月31日付けで，本件権利行使利益は給与所得に該当するとして，平成12年分の所得税に係る更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分をした。
ウ 原告は，被告に対し，同年11月29日，上記イの各処分を不服として異議申立てをしたが，被告は，平成14年２月26日付けで，異議をいずれも棄却する旨の決定をした。
エ これに対し，原告は，国税不服審判所長に対し，同年３月13日，上記イの各処分についての審査請求をしたところ，国税不服審判所長が同年８月27日付けでこれをいずれも棄却する旨の裁決をしたことから，同年11月18日，上記イの各処分についての取消訴訟を提起した（平成14年（行ウ）第70号事件）。
（４） 原告の平成９年分ないし平成12年分（以下，「本件係争各年分」という。）の所得税に係る確定申告，上記各課税処分及びこれらに対する不服申立て等の経緯は，それぞれ別表１ないし４〈略〉記載のとおりである。
また，以下，被告が原告に対して，平成13年１月19日付けでした平成９年分及び平成10年分の所得税に係る各更正処分（ただし，平成９年分については，平成13年９月３日付け更正処分により減額された後のもの。）及び平成13年10月31日付けでした平成12年分の所得税に係る更正処分を「本件各更正処分」と，平成13年４月３日付けでした平成11年分の所得税に係る更正をすべき理由がない旨の通知処分を「本件通知処分」と，平成13年１月19日付けでした平成９年分及び平成10年分の所得税に係る過少申告加算税賦課決定処分（ただし，いずれも平成13年９月３日付け変更決定処分により減額された後のもの。）並びに平成13年10月31日付けでした平成12年分の所得税に係る過少申告加算税賦課決定処分を「本件各加算税賦課決定処分」といい，本件各更正処分，本件通知処分及び本件各加算税賦課決定処分を併せて「本件各課税処分」という。
なお，本件各更正処分の各更正通知書には，いずれも処分の理由は記載されていなかった。
第４ 本件各課税処分の根拠に関する当事者の主張
〈被告の主張〉
１ 主位的主張
本件権利行使利益は給与所得に該当するものであり，これに基づく原告の本件係争各年分の課税総所得金額，納付すべき税額及び過少申告加算税額（平成９年分，平成10年分及び平成12年分）並びにその根拠は，別紙課税根拠表〈略〉に記載のとおりである。
２ 予備的主張
仮に，本件権利行使利益が給与所得に該当するものでないとすれば，本件権利行使利益は雑所得に該当する。
本件権利行使利益が雑所得に該当する場合の原告の本件係争各年分の課税総所得金額及び納付すべき税額は，いずれも主位的主張におけるものよりも多額になる。〈原告の主張〉
被告の主張のうち，本件係争各年分の権利行使利益の額はいずれも認めるが，本件権利行使利益は一時所得に該当するものである。そこで，被告の主張のうち，本件権利行使利益が給与所得に該当するとして計算された本件係争各年分の給与所得の金額，総所得金額，課税総所得金額，課税総所得金額に対する税額，納付すべき税額及び過少申告加算税額は，いずれも否認し，争うが，その余の金額は認める。原告は，本件各課税処分のうち，それぞれ本件権利行使利益を一時所得として計算した場合の各額を超える部分の取消しを求めるものである。
第５ 争点
本件の主たる争点は以下の各点であるが，[1]が中心的争点である。
[1] 本件ストック・オプションの権利行使利益（本件権利行使利益）の所得区分，すなわち，本件権利行使利益は，給与所得，雑所得，一時所得のいずれに該当するか。
[2] 本件各更正処分は，理由附記の不備により違法であるかどうか。[3] 本件各更正処分は，租税法律主義違反により違法であるかどうか。[4] 本件各加算税賦課決定処分が違法であるかどうか。
第６ 争点に関する当事者の主張
１ 争点[1]（本件権利行使利益の所得区分）について
〈被告の主張〉
本件権利行使利益は，所得税法上，給与所得に該当する。仮にそうでないとしても，雑所得に該当する。
（１） ストック・オプションの性格
ア ストック・オプションを付与された従業員等は，当該株式の時価が権利行使価格を上回った場合，この権利を行使して株式を取得し，当該株式の時価と権利行使価格の差額相当の経済的利益（権利行使利益）を享受することができる。ストック・オプション制度は，ストック・オプションを従業員等に付与することにより，当該従業員等の精勤意欲の向上が期待され，付与会社も，優秀な人材を誘引，確保するとともに会社の業績向上を図ることを期待することができるという，長期インセンティブ報酬（業績連動型報酬）制度の一種である。この長期インセンティブ報酬の目的を達成するために，付与の対象となるのは従業員等のみであり，また，付与契約において一定期間の勤務，権利行使期間，権利行使価格等の条件が定められ，さらに，付与されたストック・オプションの譲渡が禁止され，退職等により雇用契約等（雇用契約又は取締役等の役員についての委任契約をいう。以下同じ。）が消滅した場合等には，権利が消滅したり権利行使期間が制限されたりするのが通常である。
このように，ストック・オプション制度は，「付与→一定期間の勤務→株価の上昇→権利行使による時価より低額での株式売買」という一連の過程を経て，初めて従業員等において権利行使利益を取得できるもので，インセンティブ報酬として勤務先会社における勤務と不可分に結びつけられた仕組みである。従業員等としての地位にあるからこそストック・オプションが付与され，かつ，現実に勤務を継続しなければ権利行使の機会を得られず，したがって権利行使利益も得られないのである。
イ ストック・オプション付与契約は，従業員等とその勤務先会社との雇用契約等に付された従たる契約（予約）というべきものであって，権利行使利益を従業員等に取得させるため，会社と従業員等との間の雇用契約等を不可欠の前提として締結される，売買（株式譲渡）の一方の予約に類似する契約であり，従業員等の地位にあるストック・オプションの被付与者（以下，単に「被付与者」ということがある。）のみが予約完結権を行使するものとして譲渡が禁止され，かつ，会社における一定期間の勤務等という停止条件が付されたものということができる。そして，従業員等の地位にある被付与者が，労務を提供してストック・オプション（予約完結権）を行使することができるようになり，これを行使して初めて株式譲渡契約（本契約）が成立し，被付与者は，付与会社に対し，具体的な株式引渡請求権を取得する一方，付与会社は，被付与者に対し，権利行使価格相当額の金員支払請求権を取得することとなり，その結果，付与会社が当該株式を市場で売却（発行）すれば得られたはずのキャッシュフロー（当該株式の時価から権利行使価格相当額を差し引いた額）を，被付与者である従業員等にその労務の対価として移転するものである。
（２） ストック・オプションに係る課税の対象及び時期について
ア 所得税法は，「現実収入」があったときに「収入金額」（同法36条１項）が発生したとして課税することを原則としつつ，いまだ現実収入はないが「（現実）収入の原因となる権利」が確定したときはその時点で「収入金額」が発生したとして課税するという，権利確定主義を採用しているものと解される。
そして，所得税法36条の規定に照らせば，金銭以外の物，権利又は経済的利益も現実収入となり得るが，現実収入に対しては所得税課税がされることから，「現実収入」に該当するためには，経済的・実質的観点から，所得税課税にふさわしい内実のある利益等でなければならず，容易に現金に換価され得るものを受領した場合であることを要すると解される。また，「収入の原因となる権利」とは，現実収入としての金銭，物，権利又は経済的利益の交付ないし引渡しを請求する権利であると考えられる。
イ これをストック・オプションについてみると，本件ストック・オプションのように，譲渡が禁止され，被付与者以外は行使できず，これを取引の対象とする市場も存在しないものについては，これを付与されただけでは，換価可能性がないものを与えられたにすぎないから，付与されたストック・オプションそれ自体が現実収入に当たるとはいえない。市場性のないストック・オプションのように，将来権利行使利益を得ることに対する期待権にすぎないものについて，所得税を課税することはあり得ないのである。
そうすると，本件のようなストック・オプションにおいては，権利行使利益が「現実収入」であり，ストック・オプションを行使して発生する株式引渡請求権が「収入の原因となる権利」に該当するものというべきである。
ウ 以上のとおり，本件ストック・オプションにおける所得税課税の対象は，権利行使利益であり，その課税時期が権利行使時であることは明らかである。そして，このように解することは，商法上のストック・オプションに関し，租税特別措置法29条の２及び所得税法施行令84条が，権利行使時における権利行使利益に対する課税を前提とした規定をしていることとも整合的である。
（３） 本件権利行使利益が給与所得に該当することについて
ア ストック・オプションに関する課税実定法規について
租税特別措置法29条の２は，第２章「所得税法の特例」，第３節「給与所待及び退職所得」の中に置かれていることからすれば，ストック・オプションの行使により生じる経済的利益は原則として給与所得として課税されることを前提とした上で，同条所定のいわゆる税制適格型のものについては，権利行使時において権利行使利益に所得税を課さずに，株式の譲渡時まで課税の繰延べを認める趣旨のものと解される。また，所得税法施行令84条は，商法上のストック・オプションについて権利行使利益に課税する旨を明示している。
そうすると，現行法上，租税特別措置法29条の２の要件を充たさない税制非適格型のストック・オプションについては，権利行使時に権利行使利益に対して給与所得として課税されるものであって，これと同様の性質を有する本件ストック・オプションについても，所得税法36条の解釈として，権利行使時に権利行使利益に対して給与所得として課税されると解するのが，上記各規定の趣旨に照らしても相当である。
イ 給与所得の意義について
給与所得とは，「俸給，給料，賃金，歳費及び賞与並びにこれらの性質を有する給与に係る所得」（所得税法28条１項）であり，勤労性所得（人的役務からの所得）のうち，雇用契約又はこれに類する原因に基づき使用者の指揮命令に服して提供された労務の対価を広く含むものである。
そして，その認定に際しては，支払者と受給者間の形式的法律関係のみではなく，支払の原因となった法律関係についての支払者と受給者の意思ないし認識，労務の提供や支払の具体的態様等を考察して，客観的，実質的に判断すべきである。また，この給与所得の本質は非独立的・従属的労働の対価という点にあるが，この場合の対価は，雇用契約等の反対給付（取締役委任契約に基づく報酬，雇用契約に基づく給料等）に限定されるものではなく，従業員等の地位に基づいて給付される限り，労務の対価としての性質を有し，給与所得に該当するというべきである。
ウ 勤務先会社からストック・オプションが付与される場合について
（ア） ストック・オプション付与契約は，前記（１）のとおり，従業員等とその勤務先会社との雇用契約等を不可欠の前提として締結される契約であって，権利行使利益を，従業員等に労務の対価として取得させるためのものである。したがって，従業員等の地位に基づいて付与されたストック・オプションの行使に係る経済的利益（権利行使利益）は，労務の対価としての性質を有するから，給与所得に該当することとなる。
（イ） これに対し，ストック・オプションの被付与者が権利行使利益を取得するかどうか及び取得する利益の額は，株価の変動という偶発的な要素や被付与者の権利行使の時期に関する判断に大きく基因するものであるから，権利行使利益は付与会社から被付与者に対して与えられた経済的利益と評価することはできないといった見解がある。
しかし，このような見解は，株価の変動を前提とする権利行使利益に一時的，偶発的な要素があることにとらわれすぎて，労務と不可分に結び付けられたストック・オプション制度の本質を見誤ったものである。もともと，株価の変動や被付与者に権利行使時期の選択を委ねているといった要素は，いずれもストック・オプション制度自体に内在するものであり，ストック・オプション自体が，いわば価格の変動等を織り込み済みのものとして，その制度の枠内で一定期間の勤務等の条件を満たした被付与者が権利を行使する限り，付与会社において，その従業員等に労務の対価として低額譲渡の利益を与えるものである。会社に勤務していたからこそストック・オプションが付与され，かつ，現実に勤務を継続したからこそ権利行使利益を取得できたという点で，権利行使利益は労務の対価としての性質を有するのであり，そうである以上，権利行使利益の額がいかに株価変動の偶然性や行使時期に関する判断といった要素に左右されようとも，権利行使利益は給与所得に該当することは明らかである。
（ウ） また，使用者から受ける給付が「労務の対価」であると評価できるためには従業員等が提供した労務の質ないし量と当該給付との間に経済的合理性に基づいた相関関係があることが必要であるとし，この観点からストック・オプションの権利行使利益の「労務の対価」性すなわち給与所得性を否定する見解もある。しかし，このように給与所得該当性に関し，労務の質ないし量と給付との間に何らかの相関関係を要求する見解は，従来の判例・実務の一般的な理解とは異なる独自の見解である。「労務と給付額との相関関係」は給与所得の要件ではなく，当該従業員等が提供した具体的な労務の質ないし量と給付額との間に何ら相関関係がなくても，従業員等としての地位に基づいて受ける給付は，すべて労務の対価であり，給与所得に該当するというべきである。
なお，仮に，労務の質ないし量と給付との間に何らかの相関関係を要するとの立場に立ったとしても，ストック・オプションの付与会社は，従業員等の貢献度等に応じて，付与するストック・オプションの数量，権利行使価格，権利行使期間等権利行使利益の多寡に影響する一定の条件を決めているのであるから，その点において，給付としての権利行使利益は労務の質ないし量と相関関係を有するものということができる。
（エ） 以上によれば，勤務先会社から付与されたストック・オプションに係る権利行使利益が給与所得に該当することは，明らかである。
エ 親会社からストック・オプションが付与される場合について
（ア） 付与会社が親会社の場合に異なるのは，付与会社が直接の雇用契約等の当事者でないという点のみであり，従業員等が勤務先会社に勤務していたからこそストック・オプションを付与され，かつ，現実に勤務を継続していたからこそ権利行使利益を取得できたという点では何ら異なることはない。
（イ） 所得税法28条１項は，給与所得を雇用契約等の当事者である使用者からの給付に限定するとは規定しておらず，使用者以外の第三者からの給付であることのみをもって，当該給付を給与所得から除外しているとは解されない。
この点に関連して，最高裁判所昭和56年４月24日第二小法廷判決・民集35巻３号672頁（以下「最高裁昭和56年判決」という。）は，「使用者から受ける給付」であることを給与所得の要件としているようにもみえるが，同判決は，給与支給者と雇用契約等の当事者（使用者）とが一致する通常の場合について判断したものであり，同判決が雇用契約等の当事者以外の第三者からの給付を給与所得から除外する趣旨とは解されない。
また，租税特別措置法29条の２は，親会社から付与されたストック・オプションが，子会社に対する労務提供の対価であることを当然の前提としており，本件でも同条の趣旨を踏まえた解釈がされるべきである。
（ウ） 給与所得に該当するか否かの判断要素は，従業員等の立場からみて，それが従業員等としての地位に基づき，一定期間に空間的・時間的な支配を受けつつ労務を提供したことの対価と認められるか否かという実質的な点に求められるべきである。そして，この場合，空間的・時間的支配を受けた先が親会社であるか子会社であるかは従業員等の立場からは特段の意味を持つとはいえないから考慮する必要はないし，親会社においても，従業員等に対する子会社の空間的・時間的支配を前提に給付しているのであるから，それは従業員等の地位に基づく給付とみて支障はなく，本件権利行使利益についても，給与所得に該当することは明らかであり，このように解しても何ら所得税法28条１項及び判例に反するものではない。被付与者である子会社の従業員等は，子会社の従業員等の地位にあって，子会社の指揮命令に服して一定期間勤務して初めて権利行使利益を取得することができるのであり，このような労務の提供なくしては権利行使利益を得られない関係にあるから，権利行使利益に労務の対価性があることは明らかである。
また，親会社が，被付与者である子会社の従業員等に対し，実質的には自らの負担において経済的利益（権利行使利益）を与える理由は，被付与者の子会社における労務の提供にある。これは，被付与者の子会社における勤務により子会社の業績が向上すれば，親会社も利益を受ける関係にあると認識されているからにほかならない。
さらに，使用者は，従業員等の勤労の成果が使用者に帰属するという関係にあるからこそ従業員等に給与を支給するものであるところ，使用者以外の第三者であっても，使用者を通じてその従業員等の労働力を利用し勤労の成果を得ることができる関係にある者が，当該従業員等に支給した金銭ないし経済的利益は，給与ということができる。この点，親会社は，株式や出資持分の保有を通じて，子会社を経営支配しており，子会社の従業員等の労働力を利用し，その勤労の成果を得ることができる関係にあるといえるのである。
加えて，親会社が子会社等のグループ企業の従業員等をも対象とするストック・オプション付与制度を有している場合には，その子会社等も，その従業員等の勤労意欲の向上等により会社の業績が向上することを期待できるから，自社における労務を前提として，その従業員等に対し，親会社が権利行使利益を与えることを容認しているものといえる。
（エ） このような事情に照らせば，被付与者である子会社の従業員等が取得するストック・オプションに係る権利行使利益は，直接の雇用契約関係にない親会社から受けるものであるが，使用者である子会社の指揮命令に服しての労務の提供に基因して得られるものであり，子会社における労務の対価として給与所得に該当するものというべきである。
オ 本件権利行使利益の給与所得該当性
原告の勤務していた日本Ａ社が本件ストック・オプションの付与会社である米国Ｂ社の100パーセント子会社であることから，日本Ａ社が原告の勤労の成果を得る結果，米国Ｂ社も利益を受ける関係にある。さらに，米国Ｂ社のストック・オプション制度に照らせば，本件ストック・オプションの付与は，原告が日本Ａ社に勤務し，同社に対し労務を提供することを基礎として，米国Ｂ社が，当該労務提供の対価として，権利行使利益を原告に与える趣旨のものと認められる。
そうすると，本件権利行使利益が給与所得に該当することは明らかというべきである。
（４） 一時所得に該当しないことについて
ア 偶発的，一時的な性格について
ストック・オプションの権利行使利益の取得自体が，行使時期の判断を委ねられている従業員等による選択の結果であり，従業員等は，確実に意図した利益を得ることができる状況の下で権利を行使しているのであるから，権利行使利益は偶然に取得したものとはいえない。この点において，宝くじが当たるのとは質的に異なる。
イ 一時所得の消極的要件としての対価性について
一時所得（所得税法34条１項）に該当するためには，その所得が「労務その他の役務・・・の対価としての性質」を有しないものでなければならない。この一時所得の消極的要件としての「役務の対価性」の点は，その所得が一時所得か，それとも雑所得かの区分の基準となるところ，ここでいう「対価」とは，給与所得に関して述べたとおり，双務契約における一方の履行に対する他方の給付という狭い意義にとどまらず，当該労務その他の役務を提供したことを評価し，これに対して金銭その他の経済的利益が給付された場合を含むものである。そして，ストック・オプションに係る権利行使利益は，子会社の従業員等としての地位及びその勤務に密接に関係する所得であることは明白であって，所得税法34条１項の「労務その他の役務・・・の対価としての性質」を有するから，一時所得には該当しないものである。
ウ 偶発的，一時的な要素を持つ所得についての所得区分について
そもそも，一般に所得は何らかの経済取引から生じるものであり，その発生過程の中に，物の価格等の偶発的な要素及び当該所得を稼得した者の経済状況についての判断が含まれることは，むしろ当然である。このような要素は，所得の有無や多寡を決定する要素にすぎないのであって，所得税法が所得の源泉ないし性質に応じて所得区分を定めた趣旨に照らせば，当該要素をそれらの経済活動によって発生した所得の所得区分を判定する基礎とするのは誤りであるから，株価の変動が偶発的であるからという理由で，株式を対象として生じた所得が一時所得になるということはできない。
エ 小括
以上のように，仮に本件権利行使利益が給与所得に当たらないとしても，一時所得と解する余地はなく，同利益は，少なくとも雑所得には該当する。
（５） 本件各更正処分及び本件通知処分の適法性
本件権利行使利益が給与所得に該当する場合の，原告の本件係争各年分の納付すべき税額は，前記第４，１のとおりで，いずれも本件各更正処分及び平成11年分の確定申告に係る納付すべき税額と同額かこれを上回る。また，本件権利行使利益が雑所得に該当する場合の納付すべき税額は，前記第４，２のとおり，いずれも本件各更正処分及び平成11年分の確定申告に係る納付すべき税額を上回る。したがって，本件各更正処分及び本件通知処分は，いずれも適法である。〈原告の主張〉
本件権利行使利益は，所得税法上，一時所得に該当する。
（１） ストック・オプションに係る課税の対象及び時期
被告は，ストック・オプションに係る所得税の課税の対象及び時期について，権利確定主義を根拠に，ストック・オプション自体に対する課税はあり得ず，権利行使時に権利行使利益に対して課税すべきであると主張する。しかし，課税実務上，ストック・オプションの行使前において相続が開始した場合の相続税について，相続時における株価と権利行使価格との差額をもってストック・オプションの価格と評価されていることや，擬似ストック・オプションのうち，いわゆる成功報酬型ワラントについて，ワラントの付与時の課税が採用されていることからすれば，ストック・オプション自体も経済的な価値を有するものとして課税の対象となるはずであり，権利確定主義を根拠に権利行使時における権利行使利益に対する課税を説明することはできない。ストック・オプションについて権利行使時に権利行使利益に対して課税する理由は，むしろ，ストック・オプション付与時の価値を算定することが事実上困難であることにあるものと解される。
（２） 給与所得に該当しないことについて
ア 租税特別措置法29条の２の解釈について
被告は租税特別措置法29条の２の存在を指摘するが，同条は我が国の商法上のストック・オプションに関する規定であって，ストック・オプション一般についての所得区分を明らかにした規定ではない。また，同条は，ストック・オプションについて，権利行使時に給与所得として課税することを前提として定められたものということもできない。
イ 給与所得の意義について
給与所得（所得税法28条１項）の解釈につき，最高裁昭和56年判決は，「給与所得とは雇用契約又はこれに類する原因に基づき使用者の指揮命令に服して提供した労務の対価として使用者から受ける給付をいう。なお，給与所得については，とりわけ，給与支給者との関係において何らかの空間的，時間的な拘束を受け，継続的ないし断続的に労務又は役務の提供があり，その対価として支給されるものであるかどうかが重視されなければならない。」と判示した。
これに従えば，給与所得に該当するためには，[1]雇用契約又はこれに類する原因において使用者の指揮命令の下に労務を提供すること，[2]付与される経済的利益が当該労務提供の対価であること，が必要になる。
ウ 権利行使利益は会社から従業員等に給付されるものではないこと
そもそも，ストック・オプションの付与会社は，その権利行使に伴って特別の出捐をしたり損失を被るわけではなく，権利行使利益は，いわば既存株主全体から権利行使をして新たに株主となった者へ移転されるものであって，これをストック・オプションの付与会社からの給付とみることはできない。法人税法上，ストック・オプションを付与した法人があらかじめ定められた譲渡価額によって自己株式を譲渡したときは，その譲渡は正常な取引条件でされたものとして計算することとされているように（同法施行令136条の４），権利行使時の当該株価と譲渡価額との差額は，当該法人には帰属していないものというべきであり，当該法人がこの差額相当の利益を従業員等に与えたものということはできないのである。
エ 雇用類似要件を欠くこと
所得税法上の給与所得は，使用者から支給される給付であることを当然の前提としており，上記最高裁判決も，使用者から支給される給付をもって給与所得に該当すると解していることは明らかである。
本件の事案である親会社から子会社の従業員等へのストック・オプション付与の場合，親会社と子会社の従業員等には雇用契約や委任契約といった契約は存在せず，しかも親会社に事実上勤務するような実態もない。また，ストック・オプション付与契約において，子会社への勤務が原因や条件とされているとしても，親会社が子会社の従業員等に一定の空間的，時間的な拘束の下における労務の提供を義務付けたものではないことは明らかである。
本件ストック・オプションは，親会社から子会社の従業員等に支給され，かつ，当該従業員等が親会社に対して何らの勤務関係を義務付けられていない以上，法的には，このような親会社と子会社の従業員等との間に雇用契約又はこれに類する原因があるとはいえない。親会社及び子会社といったグループ関係にある企業であっても，別個独立した存在であり，仮にこのようなグループ間の関係を広義の雇用関係もしくは委任関係に類するものとして課税するのであれば，少なくとも税法上明文のみなし規定が必要であるというべきである。
このように，親会社と子会社の従業員等との間に，雇用契約又はこれに類する原因が存在するということはできないのである。
オ 労務の対価に当たらないこと
権利行使利益は，親会社の株価の上昇によって発生するところ，子会社の従業員等の精勤と親会社の株価の上昇は直接的には関係しないから，権利行使利益を労務提供の対価ということはできない。すなわち，株価は，企業の業績のほか，金利，為替，株価格付け，国際情勢等の様々な要因によって形成されるものであり，１子会社の１従業員等の精勤によってその親会社の株価が上昇することは，まず考えられず，権利行使利益はあくまで株価の上昇及び原告の権利行使という行為によって生じるものである。
権利行使利益には，通常の給与のように，何時間働いたからいくらの報酬がもらえるといった対価性がないことは明らかであり，株価の上昇という非常に不確実な要素に基づく権利行使利益について労務との対価性を認めることは，現行法上できないというべきである。
そうすると，本件権利行使利益が労務の対価でないことは明らかである。
カ 給与としての性質を有しないこと
所得税法28条１項は俸給，給料等を例示しているところ，これらは，使用者において金額等や支給のタイミングを決めて自らの判断で支給するものであるのに対し，権利行使利益は，従業員等の自らの判断で権利を行使して得られる利益であり，余りに性質を異にするから，これが同項の「これらの性質を有する給与」に該当するということはできない。
キ 小括
以上のことからすれば，本件権利行使利益を給与所得と解することはできないというべきである。
（３） 一時所得に該当することについて
一時所得に該当するには，[1]利子所得，配当所得，不動産所得，事業所得，給与所得，退職所得，山林所得及び譲渡所得に該当しないこと，[2]一時の所得であること（一時性・偶発性）及び[3]労務その他の役務又は資産の譲渡の対価としての性質を有しないものであることが必要である（所得税法34条１項）。
これを本件権利行使利益についてみると，これが給与所得に該当しないことは上記（２）のとおりであり，その他の７つの所得区分にも該当しない。また，本件権利行使利益が労務の対価でないことは，上記（２）オのとおりである。
そして，ストック・オプションの権利行使利益は株価の上昇により生じるものであるところ，株価は，将来の予想収益，金利，為替等の不確実な要素により変動し，しかも複数の要素が総合的に作用して形成されるものであるから，そのような偶発的な事実によって実現するストック・オプションの権利行使利益が偶発性を有する所得であることは明らかである。ストック・オプションの付与自体が臨時的な給付であるし，仮にストック・オプションの付与自体に偶発性がなかったとしても，権利行使利益は上記のとおり偶発性を有する所得であり，オプションの付与とその行使による利益とは，明確に区別されるべきである。
このように，本件権利行使利益が一時所得に該当することは明らかである。
（４） 雑所得に該当しないことについて
上記のとおり，本件権利行使利益が一時所得に該当することは明らかであるから，本件権利行使利益は雑所得には該当しない。
（５） 本件各更正処分及び本件通知処分の違法性
以上のとおり，本件権利行使利益は一時所得と解すべきところ，本件各更正処分及び本件通知処分のうち，本件権利行使利益を一時所得として計算した額を上回る部分は，いずれも違法である。
２ 争点[2]（理由附記の不備による違法の有無）について
〈原告の主張〉
本件各更正処分は，その更正通知書に処分の理由の記載がなかったから，いずれも違法である。
〈被告の主張〉
所得税の更正処分は，極めて大量かつ回帰的に行われるものである上，その内容も，各事案に関する個々具体的な事実関係に多数の関係法令を適用して得られることから，すべての所得税の更正処分に理由を附記するとするときには，理由附記の事務負担が著しく増大し，その他の事務の円滑な遂行が損なわれ，その結果として公平な課税の実現も損なわれることになりかねない。他方，一般に行政処分に理由附記を要求する趣旨は，処分庁の判断の慎重と公正妥当を担保してその恣意を抑制する（処分適正化機能）とともに，処分理由を相手方に知らせることによって不服申立ての便宜を図る（争点明確化機能）ことにあると解されるところ，所得税の更正処分については，原則として，異議申立て及び審査請求の各段階において，処分庁である税務署長から更正処分の理由が明示されることが予定されており，これらの手続を通じて処分の適正化と争点の明確化が図られることが保障されている。これらの事情を総合較量すると，所得税法が155条２項所定の更正処分以外の更正処分について理由附記を要求していないことが違法ということはできず，被告が同項所定の更正処分ではない本件各更正処分に理由を附記しなかったとしても，それが違法であるとはいえない。
３ 争点[3]（租税法律主義違反による違法の有無）について
〈原告の主張〉
本件権利行使利益を給与所得として課税できる法律上の根拠はないから，本件各更正処分は租税法律主義に反し違法である。
〈被告の主張〉
海外の親会社から日本にある子会社の従業員等に付与されたストック・オプションの権利行使利益の所得区分について，直接，明文をもって定めた法令の規定はないが，このような権利行使利益は，所得税法28条の解釈上，同条１項所定の「俸給，給料，賃金，歳費及び賞与並びにこれらの性質を有する給与」に該当すると解されるのであって，被告は，同条に基づき，本件権利行使利益を給与所得と取り扱って本件各更正処分を行ったものであり，何ら租税法律主義に違反するものではない。
４ 争点[4]（本件各加算税賦課決定処分に係る違法の有無）について〈被告の主張〉
被告は，本件各更正処分により新たに納付すべきこととなった税額を基礎として，国税通則法65条に基づき，次のとおり過少申告加算税を賦課決定したものであり，本件各加算税賦課決定処分はいずれも適法である。
（１） 平成９年分について
原告が平成９年分の更正処分により新たに納付すべきこととなった税額6428万2100円から国税通則法65条４項に該当する金額（同法施行令27条により計算した額。以下同じ。）4977万2600円を差し引いた後の税額（同法118条３項の規定により１万円未満の端数切り捨てた後のもの。以下同じ。）1450万円に同法65条１項の規定に基づき100分の10の割合を乗じて算出した金額である，145万円を賦課した。
（２） 平成10年分について
原告が平成10年分の更正処分により新たに納付すべきこととなった税額9161万0400円から同法65条４項に該当する金額5536万1900円を差し引いた後の税額3624万円に同条１項及び２項の規定に基づき算出した金額である，533万6000円を賦課した。
（３） 平成12年分について
原告が平成12年分の更正処分により新たに納付すべきこととなった税額3405万円に同法65条１項の規定に基づき100分の10の割合を乗じて算出した金額である，340万5000円を賦課した。
〈原告の主張〉
本件各加算税賦課決定処分は，上記のとおり違法な本件各更正処分に基づいてされたものであるから，違法である。
第７ 当裁判所の判断
１ 争点[1]（本件権利行使利益の所得区分）について
（１） 論点の整理
ア ストック・オプションは，前記第３の基礎となる事実１（１）のとおり，会社が自社又は子会社の従業員等に対して付与する，自社株式を一定の期間内にあらかじめ定められた権利行使価格で取得することができる権利である。
このストック・オプションを付与された者は，付与契約に定められた条件を満たせば，付与会社の株式の時価が権利行使価格を上回っている場合に，権利を行使して付与会社から株式を取得し，その時価と権利行使価格との差額に相当する経済的利益すなわち権利行使利益を得ることができる。そして，ストック・オプションを行使した被付与者は，権利の行使によって取得した株式を，権利行使後即時に又は時機を見て譲渡することによって換価し，その経済的利益を金銭的に把握することができる。
本件ストック・オプションも上記のような性質を有するものであるが，前記基礎となる事実２のとおり，本件ストック・オプションは，米国の親会社から我が国の子会社の従業員等に対して付与されたものであって，原則として譲渡が禁じられ，一定の事由による場合を除き，雇用契約等（本件Ｃ・プランにいう「従業員としての継続的な地位」とは，従業員等が勤務先会社との雇用契約等に基づき労務を提供する地位をいうものと認められる。）が終了すれば権利が短期間で消滅するなどの条件が付されたものであった。
イ そして，原告が本件ストック・オプションを行使した平成９年ないし平成12年当時，ストック・オプションを付与された者が得る所得に対する所得税の課税については，前記基礎となる事実１（３）のとおり，新規事業法又は商法上認められたストック・オプションに関する課税上の取扱いを定める法令の規定が存在したものの，本件ストック・オプションのように親会社から子会社の従業員等に対して付与されたものの取扱いについて，直接，明文をもって定めた法令の規定は存在しなかった。
したがって，本件ストック・オプションに係る原告の所得についての課税関係は，所得税法その他租税関係法令の規定の解釈によって決せられることとなる。
ウ ところで，本件は，原告が本件ストック・オプションを行使することにより本件権利行使利益を取得した事実に関し，被告において本件権利行使利益をもって本件ストック・オプションに係る所得税法上の課税所得であると把握してした本件各課税処分の適法性が争われている事案であるところ，被告は，本件権利行使利益が所得税法の所得区分における給与所得に該当するものであり，仮にそうでないとしても雑所得に該当すると主張しているのに対し，原告は，本件権利行使利益が課税の対象になることについては争わず，本件権利行使利益は一時所得に該当すると主張し，本件各課税処分の適法性を争っているところである。
このように，本件における課税の根拠に関する争点は，本件権利行使利益が給与所得又は雑所得（被告の主張）あるいは一時所得（原告の主張）のいずれに該当するか，という所得区分の問題そのものである（ちなみに，ストック・オプションの行使により被付与者が得る株式の時価と権利行使価格との差額に相当する権利行使利益は所得税法上の所得に該当するところ，被付与者は，権利を行使することにより，付与会社に対して当該権利行使に対応した株式の引渡請求権を取得し，これにより，権利行使利益を収入すべき権利が確定することになる（所得税法36条１項参照）から，この権利行使時において，権利行使利益を対象として課税をすることに合理的な根拠があることは明らかである。）。
したがって，当裁判所は，ストック・オプションの付与時ないし権利行使が可能となった時点における所得税課税の可否等の論点に立ち入ることなく，以下，端的に，争点である本件権利行使利益の所得区分の問題について検討することとする。
（２） 所得税法における所得区分の意義と区分の仕方について
ア 所得税法の定める所得区分についてみると，同法は，居住者に対して課する所得税に関し，所得を，利子所得，配当所得，不動産所得，事業所得，給与所得，退職所得，山林所得，譲渡所得，一時所得，雑所得の10種類の所得に区分し，これらの各種の所得ごとに，所得の金額の計算方法を規定している（同法23条ないし35条）。
イ そして，所得税法が，上記のように，所得を10種類に区分し，各種の所得ごとに所得の金額の計算方法を規定しているのは，所得はその源泉ないし性質に基因して担税力を異にしていると考えられることから，各種の所得ごとの担税力に応じた課税を実現し，居住者の租税負担の公平を図ろうとしたものと解されるところである。
したがって，本件権利行使利益の所待区分についての検討は，このような所得税法における所得区分の意義を踏まえたものでなければならないことはいうまでもない。
ウ ところで，所得税法は，給与所得とは，「俸給，給料，賃金，歳費及び賞与並びにこれらの性質を有する給与（給与等）に係る所得をいう」と規定し（同法28条１項），また，一時所得とは，雑所得以外の，給与所得を含む他の８種類の所得以外の所得のうち，「営利を目的とする継続的行為から生じた所得以外の一時の所得で労務その他の役務又は資産の譲渡の対価としての性質を有しないものをいう」と規定し（同法34条１項），さらに，雑所得とは，他の所得区分のいずれにも該当しない所得をいうと規定している（同法35条１項）。
このような所得税法における所得区分の仕方からすれば，本件権利行使利益の所得区分については，まず給与所得に該当するかどうかを検討した上で，これに該当しない場合には，一時所得に該当するかどうか，さらには雑所得に該当するかどうかを検討するのが相当というべきである。
そこで，以下，このような観点から本件権利行使利益の所得区分について検討を進めることとする。
（３） 本件権利行使利益が給与所得に該当するかどうかについて
ア 給与所得の意義について
（ア） 所得税法28条１項に規定する給与所得，すなわち「俸給，給料，賃金，歳費及び賞与並びにこれらの性質を有する給与（給与等）に係る所得」とは，雇用契約又はこれに類する原因に基づき使用者の指揮命令に服して提供した労務の対価として受ける給付をいうものと解される（最高裁昭和56年判決参照）。このような給与所得の意義からすれば，一定の所得が給与所得に該当するといえるためには，[1]雇用契約又はこれに類する原因に基づき使用者の指揮命令に服して労務を提供したこと（雇用契約類似原因関係の存在），[2]当該労務の対価として受ける給付であること（労務の対価性の存在），が必要であり，かつ，それで十分であるというべきである。
（イ） そして，被告が本件権利行使利益の給与所得該当性の基礎として主張している労務とは，原告が日本Ａ社に対して提供した労務であるから，本件においては，[1]当該労務が雇用契約又はこれに類する原因に基づき使用者である日本Ａ社の指揮命令に服して提供したものであるかどうか，[2]本件権利行使利益が当該労務の対価としての性質を有するものであるかどうか，を検討すべきであるということができる（なお，原告は，[1]の雇用契約類似原因関係の存否の点に関し，所得税法上の給与所得は「使用者から支給される給付」であることを当然の前提としているとし，この立場から論旨を展開している（争点[1]に関する原告の主張（２）エ）。しかし，当裁判所はそのような限定的な解釈をとるものではないので，労務の対価の支給者と使用者の同一性の要否の点については，別途，後記エにおいて，当裁判所の見解を示すこととする。）。
イ 雇用契約類似原因関係の存否について
前記基礎となる事実２のとおり，原告は，本件ストック・オプションが付与された時期を含め，平成10年まで，日本Ａ社に従業員ないし役員として勤務していた。そして，原告が，日本Ａ社に勤務中，日本Ａ社との雇用契約等の契約関係に基づき，これによる義務の履行として同社の指揮命令に服して同社に労務を提供していたことについては，当事者間に争いがない。
会社とその役員との間の委任契約も雇用契約に類する原因に当たるというべきであるから，原告は，雇用契約又はこれに類する原因に基づき，使用者である日本Ａ社の指揮命令に服して労務を提供していたものと認めることができる。
ウ 労務の対価性の存否について
（ア） 所得税法は，上記（２）ア，イのように，租税負担の公平を図るために，所得をその源泉ないし性質に応じて区分し，それぞれの担税力に応じた課税を実現しようとしているところである。
そして，労務は，一般に，これにより利益を受ける者による当該労務に対する給付を期待することができるという点において，所得の源泉としての性質を有するものであるところ，所得税法は，その所得区分において，このような労務に基因する勤労性所得のうち，雇用契約又はこれに類する原因に基づき使用者の指揮命令に服して提供するという労務の性質と，これに対応する担税力に着目して，そのような非独立的・従属的労務の対価としての性質を有する所得を給与所得として規定したものと解される。
そうすると，本件において労務の対価性を問題とする意義は，本件権利行使利益か，上記のような労務の有する所得の源泉としての性質の現れとして，原告が日本Ａ社との雇用契約又はこれに類する原因に基づきその指揮命令に服して提供した労務に基因する給付である，といえるかどうかを識別することにあるということができる。
（イ） ところで，上記のような本件における労務の対価性の意義を踏まえて，本件権利行使利益が労務の対価としての性質を有するものであるかどうかを検討する前提として，本件権利行使利益の給付者が誰であるかを確定する必要がある。そこで，まず，この点について検討すると，ストック・オプションの被付与者は，付与会社との間で締結されたストック・オプション付与契約に定めるところに従って，ストック・オプションを行使して付与会社から株式を取得することにより，当該株式の時価と権利行使価格との差額に相当する権利行使利益を得るところ，反対に，付与会社は，この権利行使により，市場において売却ないし発行すれば時価相当の経済的利益を得ることのできる自社抹式を，被付与者に権利行使価格をもって取得させることにより，当該権利行使利益の額に相当する経済的利益を得る地位を失うという関係にあるのであるから，ストック・オプションの権利行使利益は，権利行使に伴いストック・オプションの付与会社から被付与者に移転するものというべきであり，これは，ストック・オプション付与契約に基づいて付与会社が被付与者に対してした給付であるということができる。そして，このようにみることは，もともと，ストック・オプション制度自体が長期インセンティブプランとしての報酬制度の一類型と位置付けられるものであることや，後記（ウ）ｂ，ｃのような本件Ｃ・プランの内容等から窺われるストック・オプション付与契約を締結した当事者の意思にも整合するものというべきである。
確かに，ストック・オプションの権利行使利益の額は権利行使時における当該株式の価格によって変動するものであるから，権利行使利益の額は，被付与者がいかなる時点でいかなる量のストック・オプションを行使するかによって最終的に定まるものであるが，ストック・オプションの付与会社は，付与契約に従い，このように確定した権利行使利益を被付与者に給付すべき地位にあるのであって，上記の点は，権利行使利益の給付者が誰であるかについての認定判断を何ら左右するものではない。
また，この点に関し，原告は，法人税法施行令136条の４の規定との整合性を問題とするが（争点[1]に関する原告の主張（２）ウ），同条は，内国法人が，平成13年法律第79号による改正前の商法210条ノ２第２項の決議に基づき内国法人とその役員又は使用人との間に締結された契約によりこれらの者に対して与えられた株式譲渡請求権を行使した者に対し，あらかじめ定められた譲渡価額（権利行使価額）をもって自己の株式を譲渡した場合における，当該内国法人の所得の金額の計算の方法について，このような株式譲渡請求権に係る自己株式の譲渡に関する法人税課税の合目的性の観点から，その取扱いを明らかにした規定にすぎないのであって，同条の規定を論拠として，被付与者が得た経済的利益であって，所得税課税の対象となる所得としてのストック・オプションの権利行使利益に関し，課税の前提となる所得区分の観点から考察した上記のような権利行使利益の給付者についての認定判断が不当であるとすることもできない。
以上のところよりすれば，本件権利行使利益は，本件ストック・オプションの付与会社である米国Ｂ社が，被付与者である原告に対して給付したものというべきである。
（ウ） そこで，次に，本件権利行使利益が，原告が日本Ａ社に対して提供した労務の対価としての性質を有するものといえるかどうかについて検討する。本件権利行使利益が，上記（ア）のように，労務の有する所得の源泉としての性質の現れとして，原告が日本Ａ社との雇用契約又はこれに類する原因に基づきその指揮命令に服して提供した労務に基因する給付であるといえるかどうかを判断するについては，本件権利行使利益の給付の原因となった本件ストック・オプション付与契約の性質ないし目的についての検討が基本であることはいうまでもない。また，本件においては，上記のように，本件権利行使利益を原告に給付した者が，原告の使用者ではない米国Ｂ社であるという特質が認められるところ，このような本件における給付の特質に照らすと，本件権利行使利益が，労務の有する所得の源泉としての性質の現れとして，原告が日本Ａ社との雇用契約又はこれに類する原因に基づきその指揮命令に服して提供した労務に基因する給付であるといえるためには，給付者である米国Ｂ社において，原告の当該労務により自らが得る利益を認識し，当該労務に対応するものとしてした給付であることが必要であると解するのが相当である。
そこで，以下，上記のような観点から，検討を進めることとする。
ａ 前記基礎となる事実２（３）のとおり，本件Ｃ・プランによれば，米国Ｂ社のストック・オプションは，従業員の経済的利益と株式を長期に保有することによる価値を結びつけることにより，実質的に責任ある職に最もふさわしい人材を誘引しかつ維持すること，当該人材に対して付加的なインセンティブを提供すること，及び，米国Ｂ社の成功を促進することを目的としている。そして，このストック・オプションは，原則として譲渡できず，被付与者のみが行使でき，死亡等の一定の場合を除き，原則として，Ｄグループ各社との雇用契約等が終了すれば，権利が短期間で消滅することとされている。
ｂ このように，本件Ｃ・プランが，原則として，ストック・オプションの譲渡を禁止して権利行使を被付与者に限定し，かつ，雇用契約等が終了すれば権利が消滅することとして権利行使時において被付与者がＤグループ各社と雇用関係等にあることを要求しているのは，米国Ｂ社において，被付与者が，権利行便利益を得るために，付与時から権利行使までの間，Ｄグループ各社との雇用契約等を継続し，労務を提供することを企図しているからであるということができる。すなわち，被付与者は，ストック・オプションの付与による経済的利益を取得するためには，自ら権利を行使する必要があり，しかも，この権利を行使するためには，付与時から権利行使までの間，Ｄグループ各社との雇用契約等を継続し，労務を提供する必要があるから，米国Ｂ社としては，このような内容のストック・オプションを有能な人材に付与することにより，有能な人材が権利行使利益を取得するためにＤグループ各社との雇用契約等を継続し，労務を提供することを合理的に期待することができるのである。米国Ｂ社のストック・オプションについて，行使可能な範囲が付与日の１年後から４年半後にかけて段階的に増加するものとされているのも，雇用契約等の期間に応じて権利行使の可能な範囲が増加するものとすることで，米国Ｂ社において，被付与者が，権利行便利益を取得する目的で，特に権利行使が可能になるまでの期間，雇用契約等を継続して労務を提供することを意図しているからというべきである。
また，ストック・オプションに係る権利行使利益の発生の有無及び利益の額は，付与会社の株価の変動に応じて変化するところ，米国Ｂ社としては，その従業員等にストック・オプションを付与することにより，被付与者が，より多額の権利行使利益を取得しようとしてより有益な労務を提供することを期待しているものといえるが，このことは，本件のように，被付与者が米国Ｂ社がその全株式を保有している子会社の従業員等である場合にも，同様にいえることである。すなわち，会社の業績が当該会社の株価の基本的な形成要素であることはいうまでもないが，その全株式を保有する子会社の業績自体も，当該親会社の株価の形成要素となるものであることから，子会社である勤務先会社の親会社の米国Ｂ社からストック・オプションを付与された者は，勤務先会社の業績向上のために，勤務先会社に対しより有益な労務を提供することが動機付けられる関係にあるからである。米国Ｂ社が，長期インセンティブ報酬の一種として発達したストック・オプションを，子会社の従業員等にも付与しているのは，このような効果を企図したものと解するのが合理的である。
そして，本件Ｃ・プランにおいて，米国Ｂ社のストック・オプション制度の目的として，実質的に責任ある職に最もふさわしい人材を誘引しかつ維持することや，当該人材に対して付加的なインセンティブを提供することを掲げているのは，本件Ｃ・プランに基づくストック・オプションが上記のような性質を有しているからにほかならないのである。
ｃ 本件Ｃ・プランに基づく本件ストック・オプションも，米国Ｂ社において，原告が，日本Ａ社との雇用契約等を継続し，労務の提供をすること，また，日本Ａ社に対しより有益な労務を提供することの動機付けとなることを期待して，付与したものと認めることができる。
そして，米国Ｂ社が原告に対し本件ストック・オプションを付与したのは，原告の日本Ａ社に対する労務の提供が，自社の利益になると認識していたからであることは明らかである。すなわち，米国Ｂ社は，日本Ａ社の全株式を保有する親会社であり，実質的に日本Ａ社の経営を支配しているものであるから，日本Ａ社の業績の向上は米国Ｂ社の業績の向上につながる性質を有しており，このような両社の関係からすれば，原告が日本Ａ社に対して提供する労務について，米国Ｂ社の利益をもたらす性質のものと認識することに合理性を肯定することができるのであり，米国Ｂ社が原告に対し本件ストック・オプションを付与したのは，このような自社の利益に着目したものと認められるのである。本件Ｃ・プランが，米国Ｂ社の成功を促進することを目的に掲げつつ，同社のみならず子会社の従業員等にもストック・オプションを付与することとしているのは，このような趣旨と解される。
また，既に述べたとおり，本件Ｃ・プランに基づく本件ストック・オプションの内容として，原告が権利行使利益を取得するためには，原則として，権利行使時まで日本Ａ社との雇用契約等を継続し，労務を提供することが条件とされており，原告は，日本Ａ社に対して権利行使時まで労務の提供を継続することによって，権利行使利益を取得することができるという関係にある（本件において，原告は，日本Ａ社から転籍後にも権利を行使しているが，この場合には，本件Ｃ・プランで雇用契約等終了後も一定期間の権利行使が認められる事由によって雇用契約等が終了するまで，日本Ａ社に対して労務を提供することによって，権利行使利益を取得できるという関係にある。）。そして，上記のように，このような原告の労務の提供及びその継続に対する期待が，米国Ｂ社が原告に対し本件ストック・オプションを付与した理由であることからすれば，本件ストック・オプションの付与は，米国Ｂ社において，その権利行使利益を，原告の日本Ａ社に対する労務の提供及びその継続に対応するものとして給付しようとする趣旨のものということができる。そうであるとすれば，本件ストック・オプションは，米国Ｂ社において，原告が日本Ａ社に対し継続して提供する労務（具体的には，本件ストック・オプションの各付与時から各権利行使時ないし雇用契約等終了時までのもの。）により自らが得る利益を認識し，原告に対し，当該労務に対応するものとしての権利行使利益を給付しようとする趣旨で，本件ストック・オプション付与契約に基づき付与したものと認めることができ，したがって，このような本件ストック・オプションの行使により原告が取得した本件権利行使利益は，原告が日本Ａ社との雇用契約又はこれに類する原因に基づきその指揮命令に服して提供した労務に基因する給付であると認めることができる。すなわち，本件権利行使利益は，原告が日本Ａ社に対して提供した労務の対価としての性質を有するものというべきである。
ｄ この点について，原告は，子会社の従業員等の労務とその親会社の株価の上昇とに直接的な関係はなく，権利行使利益は様々な要因による親会社の株価の上昇と原告の権利行使という行為によって生じたものにすぎないから，本件権利行使利益は原告の労務の対価とはいえないとの趣旨の主張をする（争点[1]に関する原告の主張（２）オ）。
確かに，ストック・オプションに係る権利行使利益の発生の有無及び利益の額は，様々な要因による株価の変動と被付与者の権利行使の時期によって最終的に定まるものである。
しかし，ストック・オプションは，このように権利行使利益の額が株価の変動に対応して変化することから，被付与者が有利な時期を自ら選択して権利を行使することができるという魅力を有するのであり，そうであるからこそ，米国Ｂ社は，同社のストック・オプションについて，原則として，譲渡を禁じるとともに権利行使時までの雇用契約等の継続を要求して，権利行使利益をもって，被付与者が権利行使時まで勤務先会社との雇用契約等を継続し，労務を提供する誘因たらしめているのである。
また，ストック・オプション制度がインセンティブ報酬制度として機能しているのは，被付与者の労務の提供が権利行使利益の額の形成要因の一つであるということが関係者間の共通認識となっているからであって，それゆえ，被付与者が勤務先会社に対するより有益な労務の提供を動機付けられるからである。そして，本件のような子会社の従業員等の労務の提供が親会社の株価の変動要因として寄与する程度は相対的に低いということを否定できないが，このことは，当該ストック・オプションの精勤のインセンティブとしての機能の程度の問題にすぎないのである。このように，権利行使利益の発生の有無及び利益の額が株価の変動に対応して変化するということは，むしろ，権利行使時まで，原告が日本Ａ社との雇用契約等を継続し，労務を提供する誘因として機能するものということができるのであって，米国Ｂ社は，まさにそのような性質の権利行使利益を原告の労務の対価として給付したものというべきであり，権利行使利益の額が様々な要素によって変動することをもって労務の対価性を否定する論拠とすることはできない。
なお，これまで述べてきたことからすれば，ストック・オプションの権利行使利益が，雇用契約又はこれに類する原因に基づき使用者の指揮命令に服して提供した労務に基因する給付として，当該労務の対価としての性質を有するものといえるためには，権利行使利益の額と被付与者が提供した労務の質ないし量との定量的な相関関係を必要と解すべき合理的な理由がないことは明らかである。
ｅ また，労務の対価性が認められるためには，対価の給付者との関係で当該労務の提供が義務付けられているか，又は事実として給付者に対して当該労務を提供したことが必要であるとの指摘もある。
しかし，労務の提供を直接受ける者以外の者であっても，当該労務により利益を受ける立場にある者が，その利益を認識し，当該労務の提供をさせるために，あるいは提供された労務に対して一定の給付をすることは，取引社会の通念に照らしても何ら不合理な経済活動とはいえないところである。そして，このような給付が，当該給付の原因となった法律関係の性質いかんによっては，所得税課税の観点から，給与所得における労務の対価としての性質を有するものと評価される場合があり得ることは当然であって，そのような場合において，このような要件を加重することにより，当該給付に対する給与所得としての課税を否定する合理的な理由は見出し難いというべきである。
そして，本件における給付である本件権利行使利益は，上記ｃのとおり，米国Ｂ社において，原告が使用者である日本Ａ社との雇用契約又はこれに類する原因に基づきその指揮命令に服して提供する労務により自ら得る利益を認識し，本件ストック・オプション付与契約に基づき，原告に対し，当該労務に対応するものとして，本件ストック・オプションを付与することにより給付したものであって，これが，給与所得における労務の対価としての性質を有するものである以上，原告が，当該労務を直接米国Ｂ社に提供していないことをもって，本件権利行使利益の給与所得該当性を否定することはできないというべきである。
エ 労務の対価の支給者と使用者の同一性の要否について
（ア） 上記イ，ウのとおり，原告は，雇用契約又はこれに類する原因に基づき，使用者である日本Ａ社の指揮命令に服して労務を提供し，当該労務の対価として，米国Ｂ社から本件権利行使利益の給付を受けたものであるから，上記アの説示よりすれば，本件権利行使利益は，給与所得に該当することになる。
しかし，原告は，所得税法上の給与所得は「使用者から支給される給付」であることを当然の前提としているとし，この点からも本件権利行使利益は給与所得に該当しないとの趣旨の主張をする（争点[1]に関する原告の主張（２）エ）ので，労務の対価の支給者と使用者が同一であることが，当該対価が給与所得に該当するための要件であると解すべきかどうかについての当裁判所の見解を示しておくこととする。
（イ） 既に繰り返し述べてきたとおり，所得税法は，租税負担の実質的公平を図るため，所得をその源泉ないし性質に応じて分類し，それぞれの担税力に応じた課税を実現しようとしているところ，所得区分上，給与所得は，労務に基因する勤労性所得について，その所得の源泉である労務の性質に着目し，勤労性所得のうち，雇用契約又はこれに類する原因に基づき使用者の指揮命令に服して労務を提供したことに基因する所得について規定したものと解するのが相当である。そして，雇用契約又はこれに類する原因に基づき使用者の指揮命令に服して提供した労務の対価として受ける給付は，それが使用者以外の者によるものであったとしても，そのような労務の性質と，これに対応する担税力に着目して給与所得という区分を設けた法の趣旨に照らせば，これを使用者からの給付の場合と区別して取り扱う合理的な理由はないというべきである。
もとより，所得税法28条１項は，文言上，給与等の支給者を使用者に限定しているものではなく，同条２，３項の給与所得控除制度も，給与所得が雇用契約又はこれに類する原因に基づき使用者の指揮命令に服して提供した労務の対価であるという性質に着目した課税方法の定めと解されるのであって，これが使用者からの給付のみを前提とした規定であると解すべき根拠を見出すことはできない。また，最高裁昭和56年判決も，業務の遂行ないし労務の提供から生ずる所得が事業所得と給与所得のいずれに該当するかを判断するに際し，使用者と給付者が一致する通常の事案において，当該所得の所得区分の判断の基準とすべき労務の提供の態様について判示したものであって，使用者以外の者からの給付は給与所得の範囲から当然に除外されることを前提とした判断であるということはできない。
確かに，使用者と給与の支給者とは，通常の場合，一致するものであるが，それは，一般の取引社会において，使用者の指揮命令に服して提供した労務の対価を使用者以外の者が支給することが経済的合理性に適合するという利益状況が存在することが少ないからにすぎない。仮に，給与所得に該当するための要件として「使用者から支給される給付」であることが必要であるとすれば，本件のように，雇用契約又はこれに類する原因に基づき使用者の指揮命令に服して労務を提供したことにより，当該労務の対価としての性質を有する給付を受けた場合であっても，その給付者と使用者との同一性が肯定されない場合には，給付の給与所得該当性が否定され，その結果，その余の所得として（それは，労務の対価性が否定されない以上，一時所得に該当することはなく，結局，雑所得として取り扱われることになろう。）課税されることになるが，給付者が使用者ではないという理由のみによってこのような区別をする合理的理由は見出し難いといわなければならない。
（４） 小括
以上のとおり，【判示事項相当部分】本件権利行使利益は，給与所得に該当するものというべきである。
（５） 現行の租税関係法令の規定との整合性について
なお，付言すると，所得税法施行令84条は，商法上のストック・オプションについて，これを与えられた場合における当該権利に係る所得税法36条の収入金額は権利行使利益によることとして，権利行使利益をもって所得税の課税の対象とすることを明らかにしている。
そして，租税特別措置法29条の２は，商法上のストック・オプションのうち，同条が定めるいわゆる税制適格型のものについて，権利行使による株式の取得に係る経済的利益（権利行使利益）については所得税を課さないこととして，課税の繰り延べを認めているが，同条が租税特別措置法第２章「所得税法の特例」，第３節「給与所得及び退職所得」の中に置かれていることからすれば，同条は，権利行使利益が給与所得として課税される性質のものであることを前提にして，その課税上の特例を設けたものと解することが自然である。また，同条が付与会社がその発行済株式の総数の100分の50を超える数の株式を直接又は間接に保有する関係にある法人の取締役又は使用人等に付与されたストック・オプションについても，上記非課税特例の対象としていることからすれば，同条は，付与会社と被付与者との間に直接の雇用契約等がある場合に限らず，このような子会社の従業員等に付与されたストック・オプションに係る権利行使利益についても，給与所得に該当することを前提にしているものと理解されるところである。
これに対し，本件ストック・オプションは，外国法人から我が国の子会社の従業員等に付与されたものであるが，その権利行使利益について，上記のような商法上のストック・オプションの場合と比較して，所得税課税における所得区分上，有意な性質の差異を見出すことはできない。
そうであるとすると，当裁判所は，既に説示してきたように，本件ストック・オプションに係る本件権利行使利益の所得区分の問題について，主として，本件ストック・オプション付与契約の性質や所得税法28条が規定する給与所得の意義についての検討に基づいて，本件権利行使利益が給与所得に該当するとの判断に至ったものであるが，この判断は，上記のような現行の租税関係法令の規定から導き出される所得税課税におけるストック・オプションに係る権利行使利益の位置付けとの関係においても整合性を有しているものということができる。
２ 争点[2]（理由附記の不備による違法の有無）について
本件各更正処分の各更正通知書にその更正の理由の附記がなかったことについては，当事者間に争いがない。
所得税法は，居住者の提出した青色申告書に係る年分の総所得金額等の更正処分については，原則として更正通知書にその更正の理由を附記すべきものとを定めている（同法155条２項）が，それ以外の更正処分については，理由の附記を要求する規定を置いていない。
ところで，一般に行政処分に理由附記を要求する趣旨は，処分庁の判断の慎重と公正妥当を担保してその恣意を抑制するとともに，処分理由を相手方に知らせることによって不服申立ての便宜を図ることにあると解されるのであるが，所得税更正処分については，更正通知書にその更正に係る年分の総所得金額等の所得別の内訳が附記される（所得税法154条２項）ほか，不服申立手続において処分庁から処分の理由が明らかにされることが予定されており（国税通則法84条４項，５項，93条２項），処分庁の恣意的課税の抑制と納税者に対する処分理由の開示が一定の範囲で制度的に担保されているのであり，これに，所得税課税事務の円滑な遂行の要請を考慮すれば，所得税法が上記のように青色申告書に係る一定の更正処分以外の更正処分については更正通知書に理由を附記することを要求していないことに，一応の合理性を認めることができるのである。
したがって，所得税法155条２項が規定する更正処分以外の更正処分に係る更正通知書に理由の附記がされていないことが，当該更正処分の違法事由となるものではないというべきである。
そして，本件各更正処分は，いずれも所得税法155条２項の適用のある更正処分ではないから，その通知書に理由の附記がないことをもって，本件各更正処分が違法となるものではない。
３ 争点[3]（租税法律主義違反による違法の有無）について
前記１のとおり，本件権利行使利益は，所得税法その他租税関係法令の規定の解釈上，所得税法28条１項の給与所得に該当するものであるから，この解釈に基づいてされた本件各更正処分は，租税法律主義に違反するものではない。
４ 本件各更正処分及び本件通知処分の適法性について
前記第４のとおり，原告の本件係争各年分の所得税の課税根拠について，本件権利行使利益の所得区分を除けば当事者間に争いはないところ，前記１のとおり，本件権利行使利益は給与所得に該当するものであり，これを前提とした原告の本件係争各年分の所得税に係る課税総所得金額及び納付すべき税額は，別紙課税根拠表〈略〉の各年分の課税総所得金額及び納付すべき税額欄にそれぞれ記載のとおりの額と認められる。
そして，これらの額は，いずれも本件各更正処分及び平成11年分の確定申告に係る納付すべき税額と同額又はこれを上回るから，本件各更正処分及び本件通知処分はいずれも適法である。
５ 争点[4]（本件各加算税賦課決定処分に係る違法の有無）について
（１） 上記４のとおり，原告には，本件各更正処分により新たに納付すべき税額が生じているところであるが，その計算の基礎となった事実のうちに各更正処分前の税額（平成９年分及び平成10年分については平成12年６月27日にされた各修正申告，平成12年分については確定申告に係る額である。）の計算の基礎とされていなかったことについて「正当な理由」があると認められるものがある場合には，当該部分については過少申告加算税は課せられない（国税通則法65条４項）。
（２） ところで，過少申告加算税は，申告納税制度の下において，国税に関する法律の適正な執行が妨げられることがないように，納税者がその申告義務を適正に行うことを担保するため，過少な納税申告を行った納税者に対し，行政上の制裁として税の形式で賦課されるものである。
この過少申告加算税について，上記のように，国税通則法65条４項は，過少申告について「正当な理由」がある場合には，加算税を課さない旨を定めているところ，上記規定にいう「正当な理由」がある場合とは，過少申告加算税が，上記のように申告納税制度の下における適正な課税を担保するために課せられる行政上の制裁であることに照らして，申告納税者に対し，そのような制裁を課すことが相当ではないと認められる具体的な事情が存在する場合をいうものと解するのが相当である。
（３） これを本件についてみると，〈証拠略〉によれば，以下の事実が認められる。
ア 前記基礎となる事実１（３）のとおり，従前から，商法その他特別法上のストック・オプションに関する課税上の取扱いについて規定した法令及び通達上の定めはあったものの，本件各課税処分後に至るまでは，本件ストック・オプションのように親会社から子会社の従業員等に付与されたストック・オプションに関する課税上の取扱いについて，直接，明文をもって定めた法令の規定は存在せず，また，これに関する通達の定めも存在しなかった。
イ 東京国税局直税部長監修（平成４年版以降は同局課税第一部長監修）・同局所得税課長編に係る「回答事例による所得税質疑応答集」の昭和60年版には，米国会社の日本の子会社の役員が当該米国会社からストック・オプションを付与された場合の課税について，給与又は退職金に代えてストック・オプションを与えられた場合を除き，権利行使時に，その経済的利益に対して一時所得として課税される旨が記載されており，少なくとも平成６年版までは，同様の見解が記載されていた。また，昭和60年５月６日発行の「週間税務通信1881号」には，国税庁審理室補佐の地位にある者の見解として，米国会社から日本の子会社に勤務している者に対して株式購入選択権が付与された場合の課税について，選択権行使時において，株式の時価と選択権の行使価額との差額に対し原則として一時所得として課税されるものと考えられる旨が記載されていた。
ウ 国税庁及び各課税庁は，親会社から子会社の従業員等に対して付与されたストック・オプションの権利行使利益について，平成10年分の所得税の確定申告期以降は，これを給与所得として課税するとの統一的処理をするに至ったものの，それ以前においては，多くの事案において，一時所得に該当するものとして取り扱っていた。
エ 原告は，ストック・オプションの行使に係る所得を申告するに当たり，税務署に相談に行ったところ，税務職員から，譲渡所得に該当するとの説明を受けたため，平成９年分及び平成10年分の所得税の確定申告において，ストック・オプションの行使に係る所得を株式等に係る譲渡所得に当たるものとして申告した。ところが，原告は，平成11年分の所得税の確定申告に先立ち，ストック・オプション課税に関する国税庁の取扱いが変更して給与所得として課税されることになったことを知り，平成11年分の所得税については，平成12年３月６日，権利行使利益を給与所得として申告した。
その後，原告は，平成９年分及び平成10年分に行使したストック・オプションに係る利益について申告漏れがあったことから，平成12年６月27日，両年分について修正申告をしたが，この際，権利行使利益を一時所得として申告した。これに対し，被告は，原告に対し，平成13年１月19日付けで，平成９年分及び平成10年分の所得税について，権利行使利益は給与所得に該当するとして更正処分をした。さらに，原告は，平成12年分の所得税について，権利行使利益が一時所得に該当するとして確定申告をした。
（４）ア上記認定のとおり，親会社から子会社の従業員等に対して付与されたストック・オプションの権利行使利益について，国税庁及び各課税庁の課税上の取扱いが統一されたのは，平成10年分の所得税の確定申告期からであって，それまでは，多くの事案において一時所得に該当するものとして取り扱われていたのであり，また，昭和60年ころから少なくとも平成６年ころまでは，国税庁や東京国税局において租税法規の解釈に当たり，あるいは，所得税課税事務を所掌する地位にある職員名義で，上記権利行使利益が原則として一時所得に当たるとの見解が公表されていた。また，原告は，当初，税務職員から，ストック・オプションの行使に係る所得は譲渡所得に該当するとの説明を受けていたところであり，ストック・オプションに係る原告の所得についての課税庁側の対応が一貫していたわけでもなかった。
確かに，原告は，上記（３）エのとおり，平成11年分の所得税の確定申告に先立ち，国税庁がストック・オプションの権利行使利益を給与所得として取り扱うようになったことを知ったところであり，また，平成13年１月には権利行使利益が給与所得に該当するとして更正処分を受けたものであるが，それまでには上記のような事情や経緯が存在したところである。また，上記（３）アでも指摘したとおり，本件各課税処分後に至るまでは，本件ストック・オプションのように親会社から子会社の従業員等に付与されたストック・オプションに関する課税上の取扱いについては，直接，明文をもって定めた法令の規定や通達の定めは存在しなかったのであり，かつ，このようなストック・オプションに係る権利行使利益を一時所得とする見解にも一応の根拠があるということができるところである。このような事情や経緯よりすれば，原告が，本件権利行使利益が一時所得に該当するものとの見解の下に申告（平成９年分及び平成10年分については平成12年６月27日にした各修正申告，平成12年分については確定申告）をしたことには相応の理由があるというべきである。
さらに，もともと，上記各申告における原告の本件ストック・オプションの権利行使利益についての一時所得としての申告は，所得税法における所得区分に関する解釈問題にとどまるものであり，一時所得としての申告ではあっても，その基礎となる事実としての権利行使利益の取得及びその金額について，正しく事実に基づいた申告がされている限り，客観的にみて，その申告により申告納税制度の下における適正な課税の実現が阻害されるものとして制裁を課すべき必要性に乏しいものといわざるを得ない。
上記の諸点を総合考慮すれば，本件においては，上記各申告について，申告納税者である原告に対し，制裁としての過少申告加算税を課することが相当ではないと認められる具体的な事情が存在するというべきである。
以上のことからすれば，原告の平成９年分及び平成10年分の所得税について平成12年６月27日にされた各修正申告並びに平成12年分の所得税についての確定申告において，本件権利行使利益が一時所得として計算され，給与所得として税額の計算の基礎とされていなかったことには，いずれも国税通則法65条４項にいう「正当な理由」があるというべきである。
イ また，原告は，平成９年分及び10年分の所得税の修正申告において，ストック・オプションの行使に係る利益の一部を譲渡所得として申告しているが，これは，上記（３）エのとおり，確定申告の際の，ストック・オプションの行使に係る所得が譲渡所得に当たるとの税務職員の説明に従ったためであると認められるから，当該部分についても，修正申告において給与所得として税額の計算の基礎とされていなかったことについて，正当な理由があるというべきである。なお，この点は，被告も，平成９年分及び平成10年分の過少申告加算税額の算定において，同様の見解をとっているものと解されるところである。
（５）アそして，平成９年分及び平成10年分の所得税については，いずれも，平成12年６月27日にされた修正申告の際に，本件権利行使利益全額に相当する額が一時所得又は譲渡所得として申告されていると認められるから，同各年分の各更正処分に関し，原告に過少申告加算税を賦課することはできない。
したがって，被告が平成13年１月19日付けで原告に対してした平成９年分及び平成10年分の所得税に係る過少申告加算税賦課決定処分（ただし，いずれも平成13年９月３日付け変更決定処分により減額された後のもの。）は，いずれも違法である。
イ 一方，平成12年分については，確定申告において，同年分に行使した権利行使利益全額に相当する額が一時所得として申告されていると認められるものの，同年分の更正処分の基礎となった事実のうち，給与所得及び雑所得の一部が申告されていなかったものと認められ，当該部分については，国税通則法65条４項の規定する正当な理由は認められない。しかし，これを前提に，同法65条４項及び同法施行令27条に従って過少申告加算税額を算定すると，同法119条４項により，その確定金額の全額が切り捨てられることとなるから，過少申告加算税を賦課することはできない。
したがって，被告が平成13年10月31日付けで原告に対してした平成12年分の所得税に係る過少申告加算税賦課決定処分は，違法である。
第８ 結論
以上のとおりであって，原告の本件各請求は，上記第７，５に説示した限度で理由があるから，その範囲でこれを認容し，その余の請求はいずれも理由がないから，これらを棄却することとし，訴訟費用の負担について行政事件訴訟法７条，民事訴訟法61条，64条ただし書きを適用して，主文のとおり判決する。
（裁判官川勝隆之菊池絵理貝阿彌亮）
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/14969/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報51巻12号3312頁。