税務訴訟資料第２６４号－１３９（順号１２５２０）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（麻布税務署長）
平成２６年８月２８日認容・控訴
判決
原告
Ａ株式会社
同代表者代表取締役
甲
同訴訟代理人弁護士
宮崎裕子
藤枝純
宇野総一郎
神田遵
南繁樹
平川雄士
中島慧
吉川翔子
被告
国
同代表者法務大臣
谷垣禎一
処分行政庁
麻布税務署長
大坪亮太
同指定代理人
小西俊輔
小柳誠
中村友亮
大原高夫
木村快
今井努
原正子
神谷明夫
牧迫洋行
松隈日出海
主文
１ 処分行政庁が原告に対し平成１６年６月２９日付けでした原告の平成９年４月１日から平成１０年３月３１日までの事業年度の法人税の更正（ただし、平成１９年７月９日付け異議決定による一部取消し後のもの）のうち納付すべき税額４８３億７４８６万３５００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定（ただし、上記異議決定による一部取消し後のもの）を取り消す。
２ 処分行政庁が原告に対し平成１６年６月２９日付けでした原告の平成１０年４月１日から平成１１年３月３１日までの事業年度の法人税の更正のうち納付すべき税額４６９億４８７４万６８００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定を取り消す。
３ 処分行政庁が原告に対し平成１６年６月２９日付けでした原告の平成１２年４月１日から平成１３年３月３１日までの事業年度の法人税の更正のうち納付すべき税額マイナス（還付金の額に相当する税額）１６億１７０６万４５０６円を下回る部分及び過少申告加算税賦課決定のうち過少申告加算税の税額１４１９万１０００円を超える部分を取り消す。
４ 処分行政庁が原告に対し平成１６年６月２９日付けでした原告の平成１３年４月１日から平成１４年３月３１日までの事業年度の法人税の更正のうち納付すべき税額６６億５６１７万７０００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定のうち過少申告加算税の税額８９万２０００円を超える部分を取り消す。
５ 処分行政庁が原告に対し平成１８年３月２８日付けでした原告の平成１４年４月１日から平成１５年３月３１日までの事業年度の法人税の更正のうち納付すべき税額８８億８０２２万８７００円を超える部分及び平成１６年６月２９日付けでした過少申告加算税賦課決定（ただし、平成１７年４月２７日付け変更決定による一部取消し後のもの）のうち過少申告加算税の税額３４６６万１０００円を超える部分を取り消す。
６ 訴訟費用は、被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 当事者の求めた裁判
１ 請求の趣旨
(1) 主文第１項ないし第４項同旨（以下、いずれも処分行政庁が原告に対し平成１６年６月２９日付けでした、①原告の平成９年４月１日から平成１０年３月３１日までの事業年度の法人税の更正（ただし、平成１９年７月９日付け異議決定による一部取消し後のもの）を「本件更正１」と、その更正に係る過少申告加算税賦課決定（ただし、上記異議決定による一部取消し後のもの）を「本件賦課決定１」と、②原告の平成１０年４月１日から平成１１年３月３１日までの事業年度の法人税の更正を「本件更正２」と、その更正に係る過少申告加算税賦課決定を「本件賦課決定２」と、③原告の平成１２年４月１日から平成１３年３月３１日までの事業年度の法人税の更正を「本件更正３」と、その更正に係る過少申告加算税賦課決定を「本件賦課決定３」と、④原告の平成１３年４月１日から平成１４年３月３１日までの事業年度の法人税の更正を「本件更正４」と、その更正に係る過少申告加算税賦課決定を「本件賦課決定４」と、それぞれいう。また、本件更正１と本件賦課決定１を併せて「本件更正等１」と、本件更正２と本件賦課決定２を併せて「本件更正等２」と、本件更正３と本件賦課決定３を併せて「本件更正等３」と、本件更正４と本件賦課決定４を併せて「本件更正等４」と、それぞれいう。）
(2) 次のア又はイの選択的併合
ア 処分行政庁が原告に対し平成１６年６月２９日付けでした原告の平成１４年４月１日から平成１５年３月３１日までの事業年度の法人税の更正（ただし、平成１７年４月２７日付け更正による一部取消し後のもの。以下「本件更正５－１」という。）のうち納付すべき税額８７億８８９３万３９００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定（ただし、同日付け変更決定による一部取消し後のもの。以下「本件賦課決定５」といい、本件更正５－１と併せて「本件更正等５－１」という。）のうち過少申告加算税の税額３４６６万１０００円を超える部分を取り消す。
イ 主文第５項同旨（以下、処分行政庁が原告に対し平成１８年３月２８日付けでした、原告の平成１４年４月１日から平成１５年３月３１日までの事業年度の法人税の更正を「本件更正５－２」という。また、本件更正１ないし４並びに本件更正５－１及び本件更正５－２を併せて「本件各更正」と、本件賦課決定１ないし５を併せて「本件各賦課決定」と、本件更正等１ないし４並びに本件更正等５－１及び本件更正５－２を併せて「本件各更正等」と、それぞれいう。）
２ 請求の趣旨に対する答弁
(1) 本件各訴えのうち本件更正５－１及び本件更正５－２の各一部取消しを求めるものを却下する。
(2) 原告のその余の請求をいずれも棄却する。
第２ 事案の概要
本件は、自動二輪車、四輪車の製造及び販売を主たる事業とする内国法人である原告が、その間接子会社であり、ブラジル連邦共和国（以下「ブラジル」という。）アマゾナス州に設置されたマナウス自由貿易地域（以下「マナウスフリーゾーン」という。）で自動二輪車の製造及び販売事業を行っている外国法人であるＢＬｔｄａ．（以下「Ｂ社」という。）及びその子会社との間で、自動二輪車の部品等の販売及び技術支援の役務提供取引（以下「本件国外関連取引」という。）を行い、それにより支払を受けた対価の額を収益の額に算入して、平成１０年３月期（平成９年４月１日から平成１０年３月３１日までの事業年度をいう。以下、他の事業年度についても同じ。）、平成１１年３月期、平成１３年３月期、平成１４年３月期及び平成１５年３月期（以下、これらの事業年度を併せて「本件各事業年度」という。）の法人税の確定申告をしたところ、処分行政庁から、上記の支払を受けた対価の額が租税特別措置法（平成１０年３月期、平成１１年３月期及び平成１３年３月期については平成１３年法律第７号による改正前のもの、平成１４年３月期については平成１４年法律第７９号による改正前のもの、平成１５年３月期については平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下、これらの改正前のものを包括して「措置法」という。）６６条の４第２項１号ニ及び２号ロ、租税特別措置法施行令（平成１０年３月期、平成１１年３月期及び平成１３年３月期については平成１３年政令第１４１号による改正前のもの、平成１４年３月期及び平成１５年３月期については平成１６年政令第１０５号による改正前のもの。以下、これらの改正前のものを包括して「措置法施行令」という。）３９条の１２第８項に定める方法（以下「利益分割法」という。）により算定した独立企業間価格（以下「本件独立企業間価格」という。）に満たないことを理由に、措置法６６条の４第１項の国外関連者との取引に係る課税の特例（以下、この特例に基づく税制度を「移転価格税制」という。）の規定により、本件国外関連取引が本件独立企業間価格で行われたものとみなし、本件各事業年度の所得金額に本件独立企業間価格と本件国外関連取引の対価の額との差額を加算すべきであるとして、本件各更正等を受けたため、処分行政庁の所属する国を被告として、本件各更正等の一部又は全部の取消しを求める事案である。
原告は、Ｂ社及びその子会社はマナウスフリーゾーンで事業活動を行うことによる税制上の利益（以下「マナウス税恩典利益」といい、その基礎となる税制度を「マナウス税恩典」という。）を享受して多額の利益を得ているが、それはＢ社及びその子会社が事業活動を行う市場の条件に基づくものであるからＢ社及びその子会社に帰属すべきものであり、それが原告とＢ社及びその子会社に配分されるべきものであることを前提としてされた処分行政庁による本件独立企業間価格の算定は違法であるなどと主張している。
なお、本件の当事者等及び本件国外関連取引の概要は、別図（Ａ（株）取引関係図）のとおりである。また、本判決の本文及び各別紙において定める用語のうち主要なものは、別紙１（略語一覧）のとおりであり、各別紙において定める用語の意義は、以下の本文においても同一であるものとする。
１ 法令等の定め
本件に関係する法令等の定めは、別紙２（関係法令等の定め）のとおりである（なお、措置法及び措置法施行令については、便宜上、平成１５年３月３１日現在のものを掲記する。）。
２ 前提事実（証拠等を掲げていない事実は、当事者間に争いのない事実である。なお、以下、書証については、枝番を含むものとする。）
(1) 当事者等
ア 原告は、自動二輪車、四輪車、汎用製品の製造、販売等を主たる事業とする内国法人である。
イ Ｂ社は、１９７５年（昭和５０年）にブラジルで設立された外国法人であり、後述するマナウスフリーゾーンで自動二輪車を製造し、主としてブラジル国内向けに販売しているものである（以下、Ｂ社が製造し販売する自動二輪車を「本件製品」ということがある。）。Ｂ社を設立し、その発行済株式の総数の９９％超を保有しているＣ Ltda．（旧商号Ｄ Ltda．。以下「Ｃ社」という。）は、１９７１年（昭和４６年）にブラジルで設立された外国法人であり、原告は、その発行済株式の総数の９９％超を保有している。したがって、原告は、Ｂ社の発行済株式の総数の９９％超を間接に保有していることになる。（乙１６、１７、１９、２８）
ウ Ｂ社は、１９８５年（昭和６０年）にブラジルで設立された自動二輪車の部品の製造を主たる事業とする外国法人であるＥ Ltda．（以下「Ｅ社」という。）及び１９９２年（平成４年）にブラジルで設立された自動二輪車の製造設備の調整及び補修並びに金型の製作及び補修を主たる事業とする外国法人であるＦ Ltda．（以下「Ｆ社」という。）という二つの連結子会社を有している、（以下、Ｂ社と、Ｅ社及びＦ社の２社を併せて「Ｂ社等」という。）。Ｅ社は、Ｂ社がマナウスフリーゾーンに有する工場の敷地内において、Ｂ社が製造する自動二輪車の部品を製造し、Ｂ社に販売しており、Ｆ社は、同敷地内において、Ｂ社及びＥ社が使用する製造設備の調整及び補修並びに金型の製作及び補修をしている。Ｂ社は、Ｅ社及びＦ社の各発行済株式の総数の９９％超を保有しており、したがって、原告は、Ｃ社及びＢ社を通じて、Ｅ社及びＦ社の各発行済株式の総数の９９％超を間接に保有していることになる。（乙１６、１７、１９、２８）
エ 株式会社Ｇ（以下「Ｇ社」という。）は、昭和３５年に原告の研究開発部門を分離して設立された内国法人であり、原告の委託を受けて技術や商品の研究開発を行っているものである。Ｇ社は、我が国に自動二輪車製品全般の開発を行う事業所としてＨ（以下「Ｈ」という。）を、ブラジルに自動二輪車の市場調査等を行う海外駐在事務所としてＩ（以下「Ｉ」という。）を、それぞれ設置している。（乙１８）
Ｊ Ltda．（以下「Ｊ社」という。）は、Ｃ社が１９８１年（昭和５６年）にブラジルで設立した外国法人であり、ブラジル特有の販売形態であるコンソルシオ販売の管理運営、あっせん等の業務を行っているものである。コンソルシオ販売は、ブラジルにおいてハイパーインフレーション等を背景に金融機関から融資を受けることができない低所得者向けに発達した特有の販売形態であり、ある商品の購入希望者が講（コンソルシオ）を構成し、金員を出し合い、購入可能な数の商品を購入し、抽選で当たった参加者から順次商品の引渡しを受けるというものである。（乙１６）
(2) マナウス税恩典利益
法人がマナウスフリーゾーンで事業活動を行うことにより享受する税制上の利益であるマナウス税恩典利益の概要は、次のとおりである。（弁論の全趣旨）
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/84779/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2014/pdf/12520.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。