税務訴訟資料第２６８号－３０（順号１３１３５）
大阪地方裁判所平成●●年（○○）第●●号更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（神戸税務署長）
平成３０年３月１４日棄却・確定
判決
原告
株式会社Ａ
同代表者代表取締役
甲
同訴訟代理人弁護士
益田哲生
同
田中崇公
被告
国
同代表者法務大臣
上川陽子
処分行政庁
神戸税務署長
高山孝
指定代理人
別紙１指定代理人目録記載のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
神戸税務署長が平成２６年７月２９日付けで原告に対して行った、原告の平成２１年３月１日から平成２２年２月２８日までの事業年度（以下「平成２２年２月期」という。）、同年３月１日から平成２３年２月２８日までの事業年度（以下「平成２３年２月期」という。）、同年３月１日から平成２４年２月２９日までの事業年度（以下「平成２４年２月期」という。）及び同年３月１日から平成２５年２月２８日までの事業年度（以下「平成２５年２月期」という。）に係る法人税の各更正処分及び過少申告加算税の各賦課決定処分（平成２６年１０月３１日付け異議決定並びに平成２８年１２月２２日付け更正処分及び過少申告加算税の変更決定処分によりその一部が取り消された後のもの）のうち、以下の部分を取り消す。
（１）平成２２年２月期に係る更正処分のうち所得金額１１億０６６１万０４２２円、差引納付すべき税額５５万９２００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分のうち加算税の基礎となる税額５５万円、加算税額５万５０００円を超える部分
（２）平成２３年２月期に係る更正処分のうち所得金額９億６００７万８２６９円、差引納付すべき税額３３万１５００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分のうち加算税の基礎となる税額３３万円、加算税額３万３０００円を超える部分
（３）平成２４年２月期に係る更正処分のうち所得金額１３億９４２１万７１７８円、差引納付すべき税額２６万８５００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分のうち加算税の基礎となる税額２６万円、加算税額２万６０００円を超える部分
（４）平成２５年２月期に係る更正処分のうち所得金額１６億４６６２万２４５５円、差引納付すべき税額２０万５８００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分のうち加算税の基礎となる税額２０万円、加算税額２万円を超える部分
第２ 事案の概要
本件は、菓子及びパン（以下「パン等」という。）の製造、販売等を目的とする株式会社である原告が、パン等の製造に使用している別表１「パン等製造機器一覧表」（以下「別表１」という。）記載の各機器（以下「本件各機器」という。）のうち番号２、５、７、９、１０、１３、１４及び１６の各機器（以下「本件各資産」という。）について、法人税法施行令（以下「施行令」という。）１３条７号の「器具及び備品」（以下、単に「器具及び備品」という。）に該当するとして減価償却費を計算し、これを前提に平成２２年２月期、平成２３年２月期、平成２４年２月期及び平成２５年２月期の４事業年度（以下「本件各事業年度」という。）の法人税について確定申告をしたところ、神戸税務署長から、本件各資産はいずれも施行令１３条３号の「機械及び装置」（以下、単に「機械及び装置」という。）に該当するとして、これを前提とする内容の各更正処分及び過少申告加算税の各賦課決定処分（ただし、平成２６年１０月３１日付け異議決定並びに平成２８年１２月２２付け更正処分及び過少申告加算税の変更決定処分によりその一部が取り消された後のもの。以下、各更正処分を「本件各更正処分」と、過少申告加算税の各賦課決定処分を「本件各賦課決定処分」といい、本件各更正処分と本件各賦課決定処分を併せて「本件各処分」という。）を受けたことから、本件各処分の一部の取消しを求める事案である。
１ 関係法令の定め
（１）法人税法
ア 法人税法２１条は、内国法人に対して課する各事業年度の所得に対する法人税の課税標準は、各事業年度の所得の金額とする旨規定し、同法２２条１項は、内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする旨規定する。そして、同条３項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、次の各号に掲げる額とする旨規定する。
（ア）１号当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価の額
（イ）２号同項１号に掲げるもののほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額
（ウ）３号当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るもの
イ 法人税法２条２３号は、同法において、減価償却資産とは、建物、構築物、機械及び装置、船舶、車両及び運搬具、工具、器具及び備品、鉱業権その他の資産で償却すべきものとして政令で定めるものをいう旨規定し、同法３１条１項は、内国法人の各事業年度終了の時において有する減価償却資産につきその償却費として同法２２条３項（各事業年度の損金の額に算入する金額）の規定により当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入する金額は、その内国法人が当該事業年度においてその償却費として損金経理をした金額のうち、その取得をした日及びその種類の区分に応じ政令で定める償却の方法の中からその内国法人が当該資産について選定した償却の方法（償却の方法を選定しなかった場合には、償却の方法のうち政令で定める方法）に基づき政令で定めるところにより計算した金額に達するまでの金額とする旨規定する。
（２）施行令
ア 施行令１３条（平成２３年政令第１８１号、同年政令第１９１号、平成２８年政令第４３号による各改正前のもの。以下、同条について同じ。）は、法人税法２条２３号に規定する政令で定める資産は、棚卸資産、有価証券及び繰延資産以外の資産のうち次の各号に掲げるもの（事業の用に供していないもの及び時の経過によりその価値の減少しないものを除く。）とする旨規定する。
（ア）１号建物及びその附属設備（暖冷房設備、照明設備、通風設備、昇降機その他建物に附属する設備をいう。）
（イ）２号構築物（ドック、橋、岸壁、桟橋、軌道、貯水池、坑道、煙突その他土地に定着する土木設備又は工作物をいう。）
（ウ）３号機械及び装置
（エ）４号船舶
（オ）５号航空機
（カ）６号車両及び運搬具
（キ）７号工具、器具及び備品（観賞用、興行用その他これらに準ずる用に供する生物を含む。）
（ク）８号鉱業権等の無形固定資産
（ケ）９号牛等の生物（７号に掲げるものに該当するものを除く。）
イ 施行令４８条１項（平成２３年政令第１９６号による改正前、同第３７９号による改正前及び同号による改正後のもの。以下、同項について同じ。）は、平成１９年３月３１日以前に取得をされた減価償却資産の償却限度額（法人税法３１条１項〔減価償却資産の償却費の計算及びその償却の方法〕の規定による減価償却資産の償却費として損金の額に算入する金額の限度額をいう。）の計算上選定をすることができる同項に規定する政令で定める償却の方法は、次の各号に掲げる資産の区分に応じ当該各号に定める方法とする旨規定する。
（ア）１号省略
（イ）２号施行令１３条１号（減価償却資産の範囲）に掲げる建物の附属設備及び同条２号から７号までに掲げる減価償却資産（略）次に掲げる方法
ａ 旧定額法（当該減価償却資産の取得価額からその残存価額を控除した金額にその償却費が毎年同一となるように当該資産の耐用年数に応じた償却率を乗じて計算した金額を各事業年度の償却限度額として償却する方法）
ｂ 旧定率法（当該減価償却資産の取得価額にその償却費が毎年一定の割合で逓減するように当該資産の耐用年数に応じた償却率を乗じて計算した金額を各事業年度の償却限度額として償却する方法）
（ウ）３号から６号まで省略
ウ 施行令４８条の２（平成２２年政令第５１号、平成２３年政令第３７９号、平成２８年政令第１４６号による各改正前のもの。以下、同条について同じ。）は、平成１９年４月１日以後に取得をされた減価償却資産の償却限度額の計算上選定をすることができる法人税法３１条１項（減価償却資産の償却費の計算及びその償却の方法）に規定する政令で定める償却の方法は、次の各号に掲げる資産の区分に応じ当該各号に定める方法とする旨規定する。
（ア）１号省略
（イ）２号施行令１３条１号（減価償却資産の範囲）に掲げる建物の附属設備及び同条２号から７号までに掲げる減価償却資産（略）次に掲げる方法
ａ 定額法（当該減価償却資産の取得価額にその償却費が毎年同一となるように当該資産の耐用年数に応じた償却率を乗じて計算した金額を各事業年度の償却限度額として償却する方法）
ｂ 定率法（当該減価償却資産の取得価額にその償却費が所定の償却率を乗じて計算した金額を各事業年度の償却限度額として償却する方法）
（ウ）３号から６号まで省略
エ 施行令５６条（平成２８年政令第１４６号による改正前のもの。以下、同条について同じ。）は、減価償却資産の４８条１項１号及び３号並びに４８条の２第１項１号から３号まで（減価償却資産の償却の方法）に規定する耐用年数、４８条１項１号並びに４８条の２第１項１号及び２号に規定する耐用年数に応じた償却率については、財務省令で定めるところによる旨規定する。
（３）減価償却資産の耐用年数等に関する省令（平成２３年財務省令第８１号による改正前及び同号による改正後のもの。以下「耐用年数省令」という。）
ア 耐用年数省令１条１項は、法人税法２条２３号に規定する減価償却資産のうち鉱業権、坑道等所定の資産以外のものの耐用年数につき、１号において、施行令１３条１号、２号及び４号から７号までに掲げる資産（坑道を除く。）は別表第一（機械及び装置以外の有形減価償却資産の耐用年数表。以下「別表第一」という。）の定めるところによる旨を、２号において、施行令１３条３号に掲げる資産は別表第二（機械及び装置の耐用年数表。以下「別表第二」という。）の定めるところによる旨をそれぞれ規定する。
イ 別表第一は、種類「器具及び備品」のうち、構造又は用途「１家具、電気機器、ガス機器及び家庭用品（他の項に掲げるものを除く。）」、細目「電気冷蔵庫、電気洗濯機その他これらに類する電気又はガス機器」の耐用年数を６年とする旨規定する。
ウ 別表第二は、設備の種類「食料品製造業用設備」の耐用年数を１０年とし、設備の種類「飲食料品小売業用設備」の耐用年数を９年とする旨規定する。
２ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
（１）原告の業務内容等
ア 原告は、パン等の製造、販売等を目的とする株式会社であり、「Ｂ」、「Ｃ」、「Ｄ」、「Ｅ」等のブランドで店舗を全国各地に展開し、同店舗においてパン等の販売を行っている。（乙２の１）
イ 原告は、店舗で販売するパン等について、小麦粉から生地を仕込み、成形して焼き上げるまでの全工程を一貫して行うという製造方式（Ｆ方式）を採用しており、原告の店舗で販売されるパン等は、基本的に、全国６箇所（兵庫、東京、名古屋、京都、九州、北海道）にある製造工場（以下「本件各工場」という。）、又は店舗に併設された工房（以下「本件各インストア工房」といい、本件各インストア工房と本件各工場を併せて「本件各パン製造場」という。）において前記の製造方式により製造されている。（乙１、２の１・２、４～７）
ウ 本件各パン製造場においてパン等を製造する場合の製造工程は、おおむね、①原料の受入れ及び保管、②生地の生成、③生地の一次発酵、④生地の小分け、⑤生地の寝かし、⑥生地の成形、⑦生地の二次発酵、⑧生地の焼成、⑨スライス及び包装によって構成されているが、本件各工場の１つであるＧ工場では、別紙図面１－１～３に記載されている作業がその記載場所で行われており、本件各インストア工房の１つであるＨ本店では、別紙図面２－１～５に記載されている作業がその記載場所で行われている（前記各別紙図面上の記載のうち、「仕込」は前記②に、「分割成型」が前記④・⑥に、「発酵」が③・⑦に、「包装」が前記⑨に対応するものと認められる。）。（乙４、５）
エ 前記ウの製造工程においては、別表１記載の資産（本件各機器）が使用されている。本件各機器の用途ないし機能は、同別表のそれぞれの機器に対応する「機能等」欄に記載のとおりであり、本件各工場にはその全部が設置されているが、本件各インストア工房には同別表の番号１～１２の各機器が設置されている。（乙３～６）
Ｇ工場では、本件各機器のうち、別紙図面１－１～３に記載されている作業に使用するものがその記載場所に設置されるとともに、別紙図面１－１～３の緑色・黄色・赤色部分に冷蔵庫及び冷凍庫が設置されている。また、Ｈ本店では、本件各機器のうち、別紙図面２－１～５に記載されている作業に使用するものがその記載場所に設置されるとともに、別紙図面２－１～５の緑色・黄色部分に冷蔵庫及び冷凍庫が設置されている。
オ 本件各パン製造場における本件各機器の設置及び使用の状況は、本件各工場についてはＧ工場と、本件各インストア工房についてはＨ本店とおおむね同様である。
（２）本件各処分の経緯
ア 原告は、本件各事業年度の法人税につき、別表２－１～４の各「確定申告」欄記載のとおり、確定申告を行った。原告は、平成２２年２月期の法人税につき、平成２３年２月２日、別表２－１の「修正申告」欄記載のとおり、修正申告を行い、同月２５日、同別表の「賦課決定処分」欄記載のとおり、過少申告加算税の賦課決定処分を受けた。
イ 原告は、前記アの確定申告ないし修正申告において、本件各パン製造場で使用されている冷蔵庫等を「器具及び備品」に該当するとして減価償却費を計算していたところ、神戸税務署長は、平成２６年７月２９日付けで、本件各事業年度の法人税につき、原告が「器具及び備品」に該当するとしていた冷蔵庫等は「機械及び装置」に該当し、その耐用年数は１０年であるなどと判断して、別表２－１～４の各「更正処分等」欄記載のとおり、各更正処分及び各賦課決定処分をした。（甲１の１～４）
ウ 原告は、平成２６年８月１１日、前記イの各更正処分及び各賦課決定処分について、大阪国税局長に対し、異議の申立てをしたところ、大阪国税局長は、同年１０月３１日、本件各パン製造場で使用されている冷蔵庫等は「機械及び装置」に該当するが、その耐用年数は本件各工場で使用されているものは１０年、本件各インストア工房で使用されているものは９年とすべきであるなどとして、別表２－１～４の各「異議決定」欄記載のとおり、前記イの各更正処分及び各賦課決定処分の一部を取り消す旨の決定をした。（甲２）
エ 原告は、平成２６年１２月５日、国税不服審判所長に対し、前記ウの異議決定を経た後の前記イの各更正処分及び各賦課決定処分について、本件各資産は「器具及び備品」に該当する旨主張して審査請求を行ったところ、国税不服審判所長は、平成２７年１０月２１日、同審査請求を棄却する旨の裁決をした。（甲３）
オ 神戸税務署長は、平成２８年１２月２２日、別表２－３・４の各「減額更正処分等」欄記載のとおり、前記ウの異議決定を経た後の前記イの各更正処分及び各賦課決定処分のうち平成２４年２月期及び平成２５年２月期に係るものについて、法人税の減額更正処分及び過少申告加算税の減額変更決定処分をした（前記ウ及びオによりその一部が取り消された後の前記イの各更正処分及び過少申告加算税の各賦課決定処分が本件各処分である。）。（乙２３の１・２）
（３）本件訴えの提起
原告は、平成２８年４月１９日、本件訴えを提起した。（顕著な事実）
３ 本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張
被告が本件訴訟において主張する本件各処分の根拠等は、別紙２「本件各処分の根拠及び適法性」記載のとおりであるところ、原告は、後記４の争点に関する部分を除き、その計算の基礎となる金額及び計算方法を明らかに争わない。
４ 争点
（１）本件各資産が「機械及び装置」と「器具及び備品」のいずれに該当するか。（争点１）
（２）本件各事業年度の法人税の申告が過少申告となったことについて国税通則法６５条４項（平成２８年法律第１５号による改正前のもの。以下、同項について同じ。）の「正当な理由」があるか。（争点２）
５ 争点に関する当事者の主張
（１）争点１（本件各資産が「機械及び装置」と「器具及び備品」のいずれに該当するか。）（被告の主張）
ア 「機械及び装置」と「器具及び備品」の区別の基準
（ア）「機械及び装置」と「器具及び備品」の意義に関しては、法人税法及び他の法令において、これを明確に定義づけた規定はなく、その言葉の通常の用法からもその意義を一義的に決することはできないが、これらはいずれも法令上の用語であるから、その範囲については、その用語が使用され、その適用が問題となっている法規の立法趣旨及びその法規に関連する他の法規上の用例・意義並びにそれらとの整合性を考慮して解釈すべきである。
（イ）法人税法２条２３号は、減価償却資産の範囲を政令に委任し、同号の委任を受けた施行令１３条は、減価償却資産として、３号において「機械及び装置」を、７号において「器具及び備品」を規定している。そして、施行令５６条は、「機械及び装置」、「器具及び備品」等の耐用年数等を財務省令の定めるところによるものとし、同条の委任を受けた耐用年数省令１条１項は、１号において、「器具及び備品」の耐用年数は、別表第一に定めるところによるものとする一方、２号において、「機械及び装置」の耐用年数は、別表第二に定めるところによるものとしている。以上のような法人税法、施行令及び耐用年数省令の定めからすると、ある減価償却資産が「機械及び装置」と「器具及び備品」のいずれに該当するかを判断するに当たっては、それが別表第二の「機械及び装置」と別表第一の「器具及び備品」のいずれに該当するかを検討するのが相当である。
（ウ）上記の観点から「機械及び装置」と「器具及び備品」の区別についてみると、別表第二は、「機械及び装置」を総合償却資産として、個別の設備細目１つ１つについて個別の耐用年数を定めるのではなく、産業用設備の種類ごとに一括りで耐用年数を定めているところ、耐用年数省令が「機械及び装置」について前記のような総合償却方式を採用しているのは、機械設備は最初の工程より最後の工程に至るまで有機的に牽連結合して活動し、資産の内容についてみても細目ごとの区分は必ずしも明瞭でないことから、一括して耐用年数を算定することでその簡易化を図るとともに、固定資産は企業において長期間にわたって収益を生み出す源泉であり、その減価償却は投下資本の回収及び減価償却資産の更新のための資金準備の意味を持つことから、産業用設備については、これを構成する個別の資産に細分化するのではなく、一括りにした上で、当該産業用設備全体により生み出される収益による投下資本の回収期間を考慮し、当該設備全体に一の耐用年数を適用するのが相当と考えられるからである。また、別表第二の「機械及び装置」は、日本標準産業分類の中分類に従って「○○業用設備」として５５に区分されているところ、その字句を文理解釈すれば、「○○業のために用いられている機器」が「機械及び装置」に該当するものというべきであり、製造業であれば、製品製造のための原料の受入れから製造した製品の完成前の間における全部又は一部の工程において、その製造のために用いることが必要な又は用いられている機器の集合体をいうものと解釈することが自然である。このような別表第二の規定の仕方等からすると、各機器が製品製造等の一連の生産工程の中で供用され、それぞれの果たす機能により製造設備等の一部を構成している場合の当該各機器は、別表第二の「機械及び装置」に該当するというべきである。これに対して、別表第一は、別表第二と異なり、個別の資産ごとに耐用年数を規定しており、このような別表第一の規定の仕方からすると、それ自体で固有の機能を果たし、独立して使用される機器が、別表第一の「器具及び備品」に該当するというべきである。
イ 本件各資産が「機械及び装置」に該当すること
（ア）本件各資産を含む本件各機器は、本件各工場にはその全部が、本件各インストア工房には本件各機器のうち別表１の番号１～１２の各機器が、それぞれ設置され、パン等の製造工程で使用されるものであり、パン等の製造工程において別表１の各機器に対応する「機能等」欄記載の機能を果たすものであって、本件各パン製造場においてパン等を製造する設備の一部を構成しているということができる。
すなわち、パン等の製造においては、その工程を通じて、生地の温度、発酵状態、湿度等の管理調整が非常に重要であり、生成した生地を焼成するまでの工程において、冷蔵庫、冷凍庫、生地保管庫、プレハブ冷蔵庫、パイルーム等が別表１の各機器に対応する「機能等」欄記載の機能を果たしている。なお、冷蔵庫及び冷凍庫の中には原材料又は完成品の保管のみを行うものも存在するが、①別表第二では「機械及び装置」に該当する資産を「○○業用設備」として区分しており、○○業のために用いられている機器が別表第二の「機械及び装置」に該当すると解されること、②製造業は、原材料から製品を製造するために、製品開発、原材料の調達、在庫管理等を行い、製品を製造し、これを顧客に供給する業種であるから、原材料又は完成品の保管を行う機器も製造業のために用いられているものということができることからすれば、原材料又は完成品の保管のみを行う冷蔵庫及び冷凍庫も「機械及び装置」に該当するというべきである。
また、焼き上げたパン等の顧客への提供及び工場から店舗への移送、各機器やパン箱の洗浄等においては、本件各機器のうち、ブレッドスライサー、真空包装機並びに洗浄機及び乾燥機（以下、洗浄機と乾燥機を併せて「洗浄乾燥機」という。）が別表１の各機器に対応する「機能等」欄記載の機能を果たしているのである（なお、洗浄乾燥機は、パン等の製造機能自体は有しないものの、本件各工場のパン等の製造工程に沿ってその機能を果たせるよう、本件各機器の他のものと近接する位置に設置され、パン等の製造工程の中で供用されているミキサーのボウル、パン箱、包あん機等の機械部品を洗浄するために使用されていることなどからすれば、洗浄乾燥機もパン等製造の一連の生産工程の中で供用され、その果たす機能によってパン等の製造設備の一部を構成しているということができる。）。
このように、本件各資産は、原告のパン等製造の生産工程の中で供用され、それぞれの果たす機能により、他の機器とともに、パン等製造設備の一部を構成するものと認められるのであり、本件各資産は、「機械及び装置」に該当するというべきである。
（イ）また、平成２０年財務省令第３２号による改正前の耐用年数省令別表第二（以下「旧別表第二」という。）においては、「機械及び装置」について、具体的な個別の設備が３９０区分に細分化されて掲げられており、それぞれの設備ごとにそのモデルプラント（標準設備）を想定し、それを構成する個々の資産の個別耐用年数を総合した年数により、その全体に適用される１つの総合耐用年数が算定されていたところ、同号による改正によって、旧別表第二の「機械及び装置」の区分は、産業用設備の種類ごとに大括り化されて５５区分となったが、前記改正は、日本標準産業分類の中分類に従って「機械及び装置」の区分の整理を行うものにすぎず、前記のモデルプラントの考え方は、耐用年数算定のベースとして現在の別表第二の解釈においても妥当するものというべきである。そうすると、旧別表第二に掲げられていた設備のモデルプラントに含まれる機器については、現在の別表第二の産業用設備に含まれ、「機械及び装置」に該当するものといえる。そして、旧別表第二では、「２３パン又は菓子類製造設備」の細目の「生パン類製造設備」のモデルプラントとして、「発酵機」、「切断機」、「包装機」等が掲げられており、本件各資産のうち、ドゥコンディショナーは前記の「発酵機」に、ブレッドスライサーは前記の「切断機」に、真空包装機は前記の「包装機」にそれぞれ該当する。したがって、本件各資産のうち、少なくとも、ドゥコンディショナー、ブレッドスライサー及び真空包装機が「機械及び装置」に該当することは明らかである。
（ウ）以上によれば、本件各資産は、「機械及び装置」に該当するということができる。
ウ 原告の主張に対する反論
（ア）原告は、別表第一の「器具及び備品」に具体的に例示されている減価償却資産に該当するものは、「器具及び備品」に該当し、「機械及び装置」に当たらないと主張するが、施行令１３条は、「機械及び装置」と「器具及び備品」を並列的に規定しており、別表第一と別表第二の間に優先関係がある旨の規定もない。
（イ）原告は、最高裁平成●●年（○○）第●●号同２０年９月１６日第三小法廷判決・民集６２巻８号２０８９頁（以下「平成２０年判決」という。）を引用して本件各資産がそれぞれ別個の減価償却資産となることから、本件各資産が「器具及び備品」に該当すると主張するが、減価償却資産の単位の問題は、減価償却資産の取得価額という課税要件をいかなる基準をもって認定すべきかという問題であり、その減価償却資産が「器具及び備品」又は「機械及び装置」のいずれに該当するかという問題とは別の問題である。
（ウ）原告は、ある減価償却資産が「器具及び備品」と「機械及び装置」のいずれにも該当し得る場合には、いずれによって減価償却を行うかは納税者において選択し得ると主張するが、耐用年数省令は、別表第一の表題を「機械及び装置以外の有形減価償却資産の耐用年数表」とし、別表第二の表題を「機械及び装置の耐用年数表」として、「器具及び備品」に該当する減価償却資産と「機械及び装置」に該当する減価償却資産が重複しないことを明文で定めている上、減価償却について納税者に選択を認める規定も置いていない。
（原告の主張）
ア 本件各資産が「器具及び備品」に該当すること
（ア）「機械及び装置」と「器具及び備品」については、法令上明確な定義がないため、その意義及び区分は解釈による必要があるところ、その解釈は、法的安定性、明確性、納税者の予見可能性という見地からなされなければならない。そして、別表第一においては「器具及び備品」に該当する具体的な資産が個別に例示され、別表第二においては「機械及び装置」として設備の種類が抽象的に挙げられているにすぎないから、納税者としては、別表第一の「器具及び備品」に該当するとして例示されている資産については、「機械及び装置」ではなく「器具及び備品」に該当するものと判断するのは当然であり、そのような資産については、「器具及び備品」に該当するというべきである。そうであるところ、本件各資産は、別表第一の「器具及び備品」として掲げられている「１家具、電気機器、ガス機器及び家庭用品（他の項に掲げるものを除く。）」のうち「電気冷蔵庫、電気洗濯機その他これに類する電気又はガス機器」に該当することは明らかであるから、「器具及び備品」に該当するというべきである。
（イ）耐用年数省令は、「器具及び備品」については具体的な資産を個別に例示しているのに対し、「機械及び装置」については設備全体を構成する資産について一律の耐用年数を定めているところ、これは、「器具及び備品」は、物理的にも機能的にも独立したものであるのに対し、「機械及び装置」は、工程の最初から最後に至るまで有機的に牽連結合して活動し、個々の資産の内容をみても細目ごとの区分が必ずしも明瞭でなく、区分が不可能ないし困難なものであることによるものである。そうであるところ、本件各資産は、その内容から細目ごとの区分が明瞭で、区分は容易に可能である上、本件各資産は、物理的にも機能的に他の資産から独立している。また、減価償却資産の単位は、本来の機能を発揮し得る取引単位ごとに判定すべきであり（平成２０年判決）、本件各資産が物理的にも機能的にも他の資産から独立し、実際上も現実の損耗状態等を考慮して個別に買換えが行われていることからすれば、本件各資産は、減価償却資産の単位としても別個のものである。
以上のことからすると、本件各資産は、それぞれが物理的にも機能的にも独立したものであり、「器具及び備品」に該当するというべきである。
（ウ）以上のとおり、本件各資産は、「器具及び備品」に該当するというべきである。もっとも、仮に、本件各資産が「機械及び装置」にも該当し得るものであるとしても、①租税法規が侵害規範であり、その解釈適用は予見可能性が担保されたものである必要性が極めて高いこと、②申告納税制度の下、納税者が第一次的に上記解釈をする責任を負担していることを考慮すれば、原告は、本件各資産につき、「器具及び備品」と「機械及び装置」のいずれで減価償却を行うかを任意に選択できると解するのが相当である。
イ 被告の主張に対する反論
（ア）冷蔵庫、冷凍庫及び生地保管庫について
ａ 冷蔵庫、冷凍庫及び生地保管庫では生地の保管が行われているところ、冷蔵庫、冷凍庫及び生地保管庫による生地の保管を経なくてもパン等は製造できるのであるから、冷蔵庫、冷凍庫及び生地保管庫による生地の保管はパン等の製造に不可欠なものではない。また、冷蔵庫、冷凍庫及び生地保管庫による生地の保管は生地を貯蔵しているにすぎず、生地に直接変化を与える機能を有するものではない。したがって、冷蔵庫、冷凍庫及び生地保管庫による生地の保管をもってこれらの機器がパン等製造の生産工程の中で供用されているということはできず、冷蔵庫、冷凍庫及び生地保管庫が「機械及び装置亅に該当するということはできない。
ｂ 冷蔵庫及び冷凍庫は、原材料又は完成品の保管のみを行うか、又は原材料又は完成品の保管を主目的とするものであるところ、①パン等の製造工程は、小麦粉から生地を仕込み、成形して焼き上げるまでの工程をいうものであり、原材料又は完成品の保管は製造工程ではない上、冷蔵庫及び冷凍庫における原材料又は完成品の保管はそれらに直接変化を与えるものではない。また、②本件各工場の冷蔵庫及び冷凍庫は、製造活動が行われている場所とは別の場所に配置されており、物理的に生産工程から分離されている。さらに、③冷蔵庫及び冷凍庫の温度設定等については、機器の納入時に納入業者が設定を行っており、製造部門が積極的に管理していない。しかも、④原告の店舗では、カフェスペースで用いられ「器具及び備品」に該当するとされている冷蔵庫と同一又は同様の様式の冷蔵庫が店舗に併設された工房で使用されているものがあり、このような場合に工房で使用されている冷蔵庫を「機械及び装置」に該当するとすることは、設置場所によって減価償却の取扱いに差異を設けることとなり、資産の損耗の程度に着目して耐用年数を決する減価償却資産制度の本旨に反するものである。加えて、⑤原告では、同一の冷蔵庫が店舗の工房で原材料の保管等に使用された後、カフェスペースで利用されることも十分にあり得るのであり、そのような場合において、同一の資産であるにもかかわらず、工房で使用されているときには「機械及び装置」に該当し、カフェスペースで利用されているときは「器具及び備品」に該当するとするのでは、用途によって「機械及び装置」に該当するか否かが異なることとなり、納税者の予測可能性が著しく損なわれる。これらの事情に照らすと、冷蔵庫及び冷凍庫は、「機械及び装置」には当たらないというべきである。
（イ）洗浄乾燥機について
本件各工場の洗浄乾燥機は、本件各機器の他のものとは全く別の場所に配置され、パン等の製造工程から外れて製造部品の洗浄乾燥のために稼働しているにすぎないし、パン等製造において原材料に直接変化を与える機能を有するものでもない。また、洗浄乾燥機のうち箱洗浄機は、外注先の業者が洗浄作業を行い、点検管理も当該業者が行っている。これらの事情に照らせば、本件各工場の洗浄乾燥機がパン等製造の生産工程の中で供用されているとはいえず、「機械及び装置」には該当しないというべきである。
（２）争点２（本件各事業年度の法人税の申告が過少申告となったことについて国税通則法６５条４項の「正当な理由」があるか。）
（原告の主張）
本件各処分がされる以前に、本件各資産が「器具及び備品」に該当するとの原告の判断に対し、神戸税務署長から異議を述べられることはなく、神戸税務署長において本件各資産が「器具及び備品」に該当することを是認してきたといえる。また、耐用年数の短縮の申請の場面においては、旧別表第二において採用されていたモデルプラントの考え方（具体的な設備ごとにモデルプラントを想定し、それを構成する個々の資産の個別耐用年数を総合した年数により、全体に適用される１つの総合耐用年数を算定する考え方）が生きているなどとする耐用年数の適用等に関する取扱通達（以下「耐用年数通達」という。）の解説（乙１６、１８）が公開されている以上、納税者としては、モデルプラントに掲げられていない冷蔵庫等の資産については、別表第二の適用においても「機械及び装置」に該当しないと考えてもやむを得ないといえる。さらに、耐用年数通達は、「構築物」と「機械及び装置」との区分については「生産工程の一部としての機能を有するものを機械及び装置とする」旨の定めを置きながら、「機械及び装置」と「器具及び備品」との区分については何らの定めを置いていないのであり、そうであるにもかかわらず、「各資産が生産工程の一部として機能を有するか否か」との基準によって「機械及び装置」と「器具及び備品」を区別することを納税者に要求することは酷である。
以上の諸点に照らせば、仮に、本件各資産が「器具及び備品」に該当するとの原告の判断が誤っていたとしても、原告が本件各資産を「器具及び備品」に該当すると判断したことにより本件各事業年度の法人税の申告が過少申告となったことについては、国税通則法６５条４項の「正当な理由」があるというべきである。
（被告の主張）
納税者間の不公平を制度的に是正し、これにより申告納税制度に対する信用を維持し、適正な期限内申告の実現を図ることを目的として設けられたという過少申告加算税の趣旨からすれば、その例外としての「正当な理由」は限定的に解釈すべきであり、これが認められる場合は、納税者において、申告時に過少申告とならない申告をする契機が客観的に与えられていなかったような場合に限られると解すべきである。
原告が、過去の税務調査において、本件各資産が「機械及び装置」に該当する旨の指摘を受けたことがなかったとしても、そのことから、直ちに、課税庁において、本件各資産が「器具及び備品」に該当するものとして是認してきたということはできないし、ましてやその旨の公的見解を示したことになるわけでもない。また、旧別表第二にモデルプラントとして掲げられた機器の名称は、「設備の種類」ごとに、その区分に属する個々の機器のうち、主要なものを掲げたにすぎず、このことは、旧別表第二の細目欄に「その他」と掲げられていることからも明らかである。そうすると、冷蔵庫等の具体的名称が旧別表第二の細目欄に具体的に掲げられていないからといって、これらの機器が「機械及び装置」に該当しないと考えてもやむを得ないなどとは到底いえない。さらに、申告納税制度の下、どのように資産を区分し、減価償却費として計上するかについては、一義的に納税者の責任において行われるのであり、仮に税法の解釈について疑義があるのであれば、税務官庁に対して照会を行う等の方法も取り得るのであるから、単に通達がないとの理由で、「機械及び装置」と「器具及び備品」との区分を納税者に要求することが酷に過ぎるとは到底いえない。
以上によれば、原告が本件各資産が「器具及び備品」に該当すると判断して本件各事業年度の法人税の申告をしたことにつき、真に納税者の責に帰することのできない客観的な事情があるとはいえず、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になるともいえないから、本件各資産を「器具及び備品」に該当すると判断したことにより本件各事業年度の法人税の申告が過少申告となったことについて、国税通則法６５条４項の「正当な理由」があるとは認められない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（本件各資産が「機械及び装置」と「器具及び備品」のいずれに該当するか。）について
（１）「機械及び装置」の意義等について
ア 減価償却資産は、法人の事業に供され、その用途に応じた本来の機能を発揮することによって収益の獲得に寄与するものであるところ（平成２０年判決）、法人税法２条２３号の委任を受けた施行令１３条は、減価償却資産として、建物及びその附属設備、構築物、機械及び装置、船舶、航空機、車両及び運搬具、工具、器具及び備品、鉱業権等の無形固定資産、牛等の生物を定めている。租税法規の解釈は、法的安定性の要請から、原則として文理解釈によるべきであり、「機械及び装置」の意義についても、その字句が通常意味するところにより解釈されるべきであるところ、施行令１３条は、「機械及び装置」、「工具」並びに「器具及び備品」以外の減価償却資産として、①土地の定着物としての性質を有する（ａ）建物及びその附属設備（暖冷房装置、照明設備、通風設備、昇降機その他建物に附属する設備）並びに（ｂ）構築物（ドック、橋、岸壁、桟橋、軌道、貯水池、坑道、煙突その他土地に定着する土木設備及び工作物）を、②人又は物の運搬を目的とする船舶、航空機、車両及び運搬具を、③無形固定資産である鉱業権等を、④生物である牛等をそれぞれ定めているから、「機械及び装置」、「工具」並びに「器具及び備品」は、前記①から④までのもの以外の減価償却資産を意味するものと解される。
また、代表的な辞典である広辞苑（第六版）によれば、「機械」は外力に抵抗し得る物体の結合からなり、一定の相対運動をなし、外部から与えられたエネルギーを有用な仕事に変形するものであって、主に人力以外の動力による複雑で大規模なものを、「装置」はある目的のために機械・道具などを取り付けたしかけを、「工具」は工作に用いる器具を、「器具」はしくみの簡単な器械を、「備品」は備え付けておく品物をそれぞれ意味するとされており（公知の事実）、このような「機械及び装置」、「工具」並びに「器具及び備品」の通常の意味に応じて、前記①から④までのもの以外の減価償却資産を区分するならば、「機械及び装置」は、製品の生産・製造又は役務の提供を目的として、１つの機器が単体で、又は２つ以上の機器が有機的に結合することにより１つの設備を構成する有形資産を意味するものと解される。
イ 法人税法２条２３号は、減価償却資産の範囲につき、複数の資産を例示した上、その具体的範囲を政令に委任し、施行令１３条はこの委任に基づいて減価償却資産を定めているところ、減価償却資産は、企業において長期間にわたって収益を生み出す源泉であるから、その取得に要した金額は、将来の収益に対する費用の一括前払の性質を有しており、費用収益対応の原則からすれば、取得の年度に一括して費用に計上するのではなく、使用又は時間の経過による減価に応じて徐々に費用化すべきものであって、減価償却制度は、前記のような考え方に基づき、減価償却資産の取得費用をその耐用年数にわたって配分することにより、各事業年度の損益計算を適正なものとし、投下資本の回収を図ることを目的とするものと解される。そうすると、法人税法２条２３号及び施行令１３条は、減価償却資産によって将来の収益に対する寄与の度合い、態様等が異なり、その取得費用を適正に配分する方法が異なり得ることから、これらの点に着目して減価償却資産を類型化したものと解される。そうであるところ、減価償却資産のうち、製品の生産・製造又は役務の提供を目的として、１つの機器が単体で、又は２つ以上の機器が有機的に結合することにより１つの設備を構成する有形資産は、当該資産の種類、構造等の当該資産の属性のほか、当該資産が設備を構成することによりはじめて法人の収益を生み出すものとなるという特質を有する点において、他の減価償却資産と異なるものであり、このような特質を有する減価償却資産については、当該資産の取得金額の費用化を、それぞれの資産ごとに行うのではなく、当該設備について行うのが減価償却資産制度の趣旨に照らして合理的であるということができる。そうすると、製品の生産・製造又は役務の提供を目的として、１つの機器が単体で、又は２つ以上の機器が有機的に結合することにより１つの設備を構成する有形資産を「機械及び装置」として減価償却資産とすることも法人税法２条２３号及び施行令１３条の趣旨に沿うものというべきである。
ウ 以上の諸点に鑑みると、「機械及び装置」とは、製品の生産・製造又は役務の提供を目的として、１つの機器が単体で、又は２つ以上の機器が有機的に結合することにより１つの設備を構成する有形資産をいうものと解するのが相当である。そして、資産の生み出す収益に応じてその取得金額を費用化するという減価償却資産制度の趣旨からすれば、当該資産が製品の生産・製造又は役務の提供を目的として、１つの機器が単体で、又は２つ以上の機器が有機的に結合することにより１つの設備を構成するものか否かについては、当該資産の用途、機能、実際の設置使用状況等（以下「当該資産の使用状況等」という。）に基づいて判断するのが相当である（したがって、通常は「器具及び備品」に当たるとされる資産も、一定の設置使用状況等の下では「機械及び装置」に当たることもあり得ることになる。）。
（２）本件各資産が「機械及び装置」に該当するかについて
前記（１）の観点から、本件各資産が「機械及び装置」に該当するかについてみると、前記前提事実（１）及び証拠（甲８、９、１２、１３、乙３、４）並びに弁論の全趣旨によれば、①原告は、パン等の製造、販売等を目的とする株式会社であり、本件各パン製造場において大量のパン等を反復的継続的に製造していること、②本件各機器は、業務用の機器であり、その用途ないし機能は、別表１の各機器に対応する「機能等」記載のとおりであって、本件各機器は、本件各工場においてはその全部が、本件各インストア工房においては別表１の番号１～１２の各機器が、それぞれパン等の製造のために設置使用されているものであること、③本件各機器は、大量のパン等を反復的継続的に製造する工程において、それぞれ工程の一部を分担し、ある機器による作業成果を前提に次の工程を担当する機器による作業が行われており、本件各機器のうち、冷蔵庫、冷凍庫及び生地保管庫は、生地の発酵の調節及び低温発酵、温度管理が必要な原材料及び完成品の保管を行い、洗浄乾燥機は、パン等の製造機器の洗浄乾燥を行っており、これらの機器による作業成果を前提として前記の反復的継続的な製造工程が実施されていること、④本件各パン製造場における本件各機器の設置状況は、本件各工場はＧ工場（別紙図面１－１～３）と、本件各インストア工房はＨ本店（別紙図面２－１～５）とおおむね同様であるところ、前記の工場又は店舗では、本件各機器のうち、前記各図面に記載されている作業に使用するものがその記載場所に設置されるとともに、別紙図面１－１～３の緑色・黄色・赤色部分及び別紙図面２－１～５の緑色・黄色部分にそれぞれ冷蔵庫及び冷凍庫が設置されており、本件各機器が互いに近接した場所に、パン等の製造工程に沿った作業が効率的に可能となるよう配置されていることが認められる。
以上の事実によれば、本件各資産を含む本件各機器は、当該資産の使用状況等に照らし、本件各パン製造場において、有機的に結合し一体となって大量のパン等を反復的継続的に製造しているものということができるから、パン等の製造を目的として有機的に結合することにより１つの設備を構成しているというべきであり、「機械及び装置」に該当すると認められる。
（３）原告の主張について
ア 原告は、別表第一においては「器具及び備品」に該当する具体的な資産が個別に例示され、別表第二においては「機械及び装置」として設備の種類が抽象的に挙げられているにすぎないから、別表第一に「器具及び備品」として掲げられている資産については、「機械及び装置」ではなく「器具及び備品」に該当するというべきであるとした上、本件各資産は、別表第一の「器具及び備品」として掲げられている「１家具、電気機器、ガス機器及び家庭用品（他の項に掲げるものを除く。）」のうち「電気冷蔵庫、電気洗濯機その他これに類する電気又はガス機器」に該当することは明らかであるから、「器具及び備品」に該当すると主張する。
しかしながら、前記（１）のとおり、「機械及び装置」は、製品の生産・製造又は役務の提供を目的として、１つの機器が単体で、又は２つ以上の機器が有機的に結合することにより１つの設備を構成する有形資産をいうと解されるのであり、通常は「器具及び備品」に当たるとされる資産も、一定の設置使用状況等の下では「機械及び装置」に当たることもあり得ることになるのであるから、別表第一に「器具及び備品」として掲げられている資産に該当し得るものであることをもって「機械及び装置」に該当しないということはできない。
したがって、原告の前記主張は採用することができない。
イ 原告は、①本件各資産は、その内容から細目ごとの区分が明瞭で、区分は容易に可能である上、物理的にも機能的にも他の資産から独立している、②減価償却資産の単位は、本来の機能を発揮し得る取引単位ごとに判定すべきであるところ（平成２０年判決）、本件各資産は、減価償却資産の単位としても別個のものであるなどとして、本件各資産は、それぞれが物理的にも機能的にも独立したものであり、「器具及び備品」に該当すると主張する。
①については、確かに、前記前提事実（１）エ及び弁論の全趣旨によれば、本件各資産は機器としては別個のものであり、その用途又は機能は、別表１の各機器に対応する「機能等」欄記載のとおりであることが認められるのであって、本件各資産は、物理的及び機能的に他の資産から区別し得るものであるとはいえる。しかしながら、前記（２）のとおり、本件各機器は、本件各パン製造場におけるパン等の製造のために設置使用され、有機的に結合し一体となって大量のパン等を反復的継続的に製造しているものであり、当該資産の使用状況等に照らし、パン等の製造を目的として有機的に結合することにより１つの設備を構成しているものというべきであるから、原告の主張する事実をもって本件各資産が「器具及び備品」に該当するということはできない。また、②については、減価償却資産の単位の問題と減価償却資産の区分の問題とは別個の問題であるから、本件各資産を別個の減価償却資産とすべきものであるとしても、そのことから本件各資産が「器具及び備品」に該当するということはできない。
したがって、原告の前記主張は採用することができない。
ウ 原告は、本件各資産が「器具及び備品」と「機械及び装置」の両方に該当し得る場合には、①租税法規が侵害規範であり、その解釈適用は予見可能性が担保されたものである必要性が極めて高いこと、②申告納税制度の下、納税者が第一次的に上記解釈をする責任を負担していることから、原告は、本件各資産につき、「器具及び備品」と「機械及び装置」のいずれで減価償却を行うかを任意に選択できると主張する。
しかしながら、前記（１）イのとおり、法人税法２条２３号及び施行令１３条は、減価償却資産によって将来の収益に対する寄与の度合い、態様等が異なり、その取得費用の適正な配分方法が異なり得ることから、これらの点に着目して減価償却資産を類型化したものと解されるから、ある資産が「器具及び備品」に該当すると同時に「機械及び装置」にも該当することを法人税法２条２３号及び施行令１３条が予定しているとは考え難い。また、ある資産がいずれの減価償却資産に区分されるべきかについて納税者が選択権を有する旨の規定は見当たらないところ、法人税法は、減価償却資産の取得費用をその耐用年数にわたって配分することにより、各事業年度の損益計算を適正なものとし、投下資本の回収を図ることを目的とする減価償却制度について、減価償却を適正に行うためには耐用年数、取得価額、償却方法等が合理的なものでなければならず、これらを法人の自主性に委ねることは会計慣行の実情、税務行政上の見地から問題が少なくないことから、法人が選定し得る償却の方法、償却費の計算に関する基本的事項をすべて法定し限度額を設けたものと解されるのであって、明文の規定がないにもかかわらず、いずれの減価償却資産に該当するかを納税者の選択に委ねることは前記のような法人税法の趣旨に反するというべきである。
したがって、原告の前記主張は採用することができない。
エ 原告は、冷蔵庫、冷凍庫及び生地保管庫につき、①冷蔵庫、冷凍庫及び生地保管庫による生地の保管を経なくてもパン等は製造できるのであるから、冷蔵庫、冷凍庫及び生地保管庫の生地の保管は、パン等の製造に不可欠なものではないこと、②冷蔵庫、冷凍庫及び生地保管庫による生地の保管は、生地を貯蔵しているにすぎず、生地に直接変化を与える機能を有するものではないことなどから、冷蔵庫、冷凍庫及び生地保管庫による生地の保管をもってそれらの機器がパン等製造の生産工程の中で供用されているということはできず、「機械及び装置」に該当しないと主張する。
しかしながら、①については、前記（１）のとおり、「機械及び装置」は、製品の生産・製造又は役務の提供を目的として、１つの機器が単体で、又は２つ以上の機器が有機的に結合することにより１つの設備を構成する有形資産をいうと解するのが相当であり、当該資産が実際に他の機器と有機的に結合することにより１つの設備を構成して製品の生産等を行っている以上、当該資産の用途又は機能が製品の生産等に不可欠なものでないことは「機械及び装置」に該当するか否かの判断を左右するものではないというべきである。また、②については、冷蔵庫、冷凍庫及び生地保管庫による生地の保管は、（ａ）顧客の需要に応じてパン等を提供するため生地の発酵を調節すること、（ｂ）低温発酵させること、（ｃ）生地とバターを馴染ませることなどを目的として行われるものであって（乙３、４）、冷蔵庫、冷凍庫及び生地保管庫による生地の保管が生地に直接変化を及ぼさないということはできない。
したがって、原告の前記主張は採用することができない。
オ 原告は、本件各パン製造場の冷蔵庫及び冷凍庫は、原材料又は完成品の保管のみを行い、又は原材料又は完成品の保管を主たる目的とするものであるところ、①パンの製造工程は、小麦粉から生地を仕込み、成形して焼き上げるまでの工程をいうものであり、原材料又は完成品の保管は製造工程ではない上、冷蔵庫及び冷凍庫における原材料又は完成品の保管はそれらに直接変化を与えるものではないこと、②本件各工場の冷蔵庫及び冷凍庫は、製造活動が行われている場所とは別の場所に配置されており、物理的に生産工程から分離されていること、③冷蔵庫及び冷凍庫の温度設定等については、機器の納入時に納入業者が設定を行っており、製造部門が積極的に管理しているものではないこと、④原告の店舗では、カフェスペースで用いられ「器具及び備品」に該当するとされている冷蔵庫と同一又は同様の様式の冷蔵庫が店舗に併設された工房で使用されているものがあり、このような場合に工房で使用されている冷蔵庫を「機械及び装置」に該当するとすることは、設置場所によって減価償却の取扱いに差異を設けることとなり、資産の損耗の程度に着目して耐用年数を決する減価償却資産制度の本旨に反すること、⑤同一の冷蔵庫が店舗の工房で原材料の保管等に使用された後、カフェスペースで利用される場合に、同一の資産であるにもかかわらず、工房で使用されているときには「機械及び装置」に該当し、カフェスペースで利用されているときは「器具及び備品」に該当するとするのでは、用途によって「機械及び装置」に該当するか否かが異なることとなり、納税者の予測可能性が著しく損なわれることなどから、冷蔵庫及び冷凍庫は、「機械及び装置」には当たらないと主張する。
しかしながら、次のとおり、原告の前記主張は採用できないというべきである。
まず、①については、前記（１）のとおり、「機械及び装置」は、製品の生産・製造又は役務の提供を目的として、１つの機器が単体で、又は２つ以上の機器が有機的に結合することにより１つの設備を構成する有形資産をいうと解するのが相当であるところ、前記（２）に認定したところに弁論の全趣旨を総合すれば、（ａ）本件各パン製造場の冷蔵庫及び冷凍庫は、本件各パン製造場において大量のパン等を反復的継続的に製造することを可能とするため、他のパン等の製造機器に近接した位置に、パン等の製造工程に沿った作業が効率的に可能となるよう配置されていること、（ｂ）温度管理が必要な原材料及び完成品を一定量保管し、パン等の製造に必要な原材料を供給し、店舗への出荷まで完成品を保管する機能を果たしていることが認められ、このような本件各パン製造場の冷蔵庫及び冷凍庫の使用状況等に照らせば、それらは他のパン等の製造機器と有機的に結合し一体となってパン等の製造を行っているということができる。そうすると、本件各パン製造場の冷蔵庫及び冷凍庫は、パン等の製造を目的とする１つの設備を構成するものということができるのであって、冷蔵庫及び冷凍庫による原材料又は完成品の保管がパン等の製造活動そのものではないことをもって冷蔵庫及び冷凍庫が「機械及び装置」に該当しないということはできない。また、冷蔵庫及び冷凍庫による原材料及び完成品の保管は、適切な温度管理によって常温であれば生ずる物品の変化を生じさせないようにするものであるから、前記の保管が保管の対象物に直接変化を与えないということはできない。
次に、②については、前記（２）に認定したとおり、本件各工場における本件各機器の設置状況は、Ｇ工場（別紙図面１－１～３）とおおむね同様であるところ、前記の工場では、前記各図面に記載されているとおり、冷蔵庫及び冷凍庫を含む本件各機器が、互いに近接した場所に、パン等の製造工程に沿った作業が効率的に可能となるよう配置されていることが認められるのであって、本件各工場において原材料及び完成品を保管する冷蔵庫及び冷凍庫が、生産工程から分離されているということはできない。
また、③については、前記（１）のとおり、ある資産が製品の生産・製造又は役務の提供を目的として、単体で、又は他の資産と有機的に結合することにより１つの設備を構成しているか否かは、当該資産の使用状況等に基づいて判断されるべきであり、前記のような冷蔵庫及び冷凍庫の使用状況等に照らせば、冷蔵庫及び冷凍庫の温度を製造部門が積極的に管理していないことをもって、冷蔵庫及び冷凍庫がパン等の製造を目的として有機的に結合することにより１つの設備を構成していることが否定されるものではない。
そして、④及び⑤については、前記（１）のとおり、ある資産が製品の生産・製造又は役務の提供を目的として、単体で、又は他の資産と有機的に結合することにより１つの設備を構成しているか否かは、当該資産の使用状況等に基づいて判断されるべきであるから、同一の機器であっても、その設置場所や用途によって「機械及び装置」に該当するか否かの判断が異なることは当然であるといえる。
カ 原告は、①本件各工場の洗浄乾燥機は、本件各機器の他のものとは全く別の場所に配置され、パン等の製造工程から外れて製造部品の洗浄乾燥のために稼働しているにすぎないし、パン等製造において原材料に直接変化を与える機能を有するものでもない、②洗浄乾燥機のうち箱洗浄機は、外注先の業者が洗浄作業を行い、点検管理も当該業者が行っているなどとして、本件各工場の洗浄乾燥機がパン等製造の生産工程の中で供用されているとはいえず、「機械及び装置」に該当しないと主張する。
しかしながら、①のうち洗浄乾燥機の設置位置の点については、前記（２）に認定したとおり、本件各工場における本件各機器の設置状況は、Ｇ工場（別紙図面１－１～３）とおおむね同様であるところ、前記の工場では、前記各図面に記載されているとおり、洗浄乾燥機を含む本件各機器が、互いに近接した場所に、パン等の製造工程に沿った作業が効率的に可能となるよう配置されていることが認められるのであって、本件各工場の洗浄乾燥機が、生産工程から分離されているということはできない。
また、①のうち洗浄乾燥機の機能の点については、「機械及び装置」は、製品の生産・製造又は役務の提供を目的として、１つの機器が単体で、又は２つ以上の機器が有機的に結合することにより１つの設備を構成する有形資産をいうと解するのが相当であるところ、前記の本件各工場における洗浄乾燥機の設置状況及び弁論の全趣旨によれば、本件各工場の洗浄乾燥機は、業務用の機械であり、本件各工場において大量のパン等を反復的継続的に製造することを可能とするため、パン等の製造機器の洗浄乾燥を行っていることが認められる。このような本件各工場の洗浄乾燥機の使用状況等に照らせば、それらは他のパン等の製造機器と有機的に結合し一体となってパン等の製造を行っているということができ、本件各工場の洗浄乾燥機は、パン等の製造を目的とする１つの設備を構成するものということができるのであって、洗浄乾燥機が洗浄乾燥を行うものであり、原材料に直接変化を与えるものでないことをもって、洗浄乾燥機が「機械及び装置」に該当することが否定されるものではない。
また、②については、前記（１）のとおり、ある資産が製品の生産・製造又は役務の提供を目的として、単体で、又は他の資産と有機的に結合することにより１つの設備を構成しているか否かは、当該資産の使用状況等に基づいて判断されるべきであり、前記のような本件各工場における洗浄乾燥機の使用状況等に照らせば、外注先の業者が洗浄作業及び洗浄乾燥機の点検管理を行っていることをもって、箱洗浄機がパン等の製造を目的として有機的に結合することにより１つの設備を構成していることが否定されるものではない。
したがって、原告の前記主張は採用することができない。
（４）まとめ
以上によれば、本件各資産は、「機械及び装置」に該当するというべきである。
２ 争点２（本件各事業年度の法人税の申告が過少申告となったことについて国税通則法６５条４項の「正当な理由」があるか。）について
（１）国税通則法６５条４項に定める「正当な理由」の意義
過少申告加算税は、過少申告による納税義務違反の事実があれば、原則としてその違反者に対し課されるものであり、これによって、当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする行政上の措置である。この趣旨に照らせば、過少申告があっても例外的に過少申告加算税が課されない場合として国税通則法６５条４項が定めた「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、上記のような過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁、最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年１０月２４日第三小法廷判決・民集６０巻８号３１２８頁参照）。
（２）「正当な理由」の有無
原告は、①本件各処分がされる以前に、本件各資産が「器具及び備品」に該当するとの原告の判断に対し、神戸税務署長から異議を述べられることはなく、神戸税務署長において本件各資産が「器具及び備品」に該当することを是認してきたといえる、②耐用年数の短縮の申請の場面においては、旧別表第二において採用されていたモデルプラントの考え方（具体的な設備ごとにモデルプラントを想定し、それを構成する個々の資産の個別耐用年数を総合した年数により、全体に適用される１つの総合耐用年数を算定する考え方）が生きているなどとする耐用年数通達の解説が公開されている以上、納税者としては、「機械及び装置」のモデルプラントに掲げられていない冷蔵庫等の資産については、別表第二の適用においても「機械及び装置」に該当しないと考えてもやむを得ないといえる、③耐用年数通達は、「構築物」と「機械及び装置」との区分については定めを置きながら、「器具及び備品」と「機械及び装置」との区分については何らの定めを置いていないのであり、そうであるにもかかわらず、「各資産が生産工程の一部として機能を有するか否か」との基準によって両者を区別することを納税者に要求することは酷であるなどとして、原告が本件各資産が「器具及び備品」に該当すると判断して本件各事業年度の法人税の申告をしたことについて、国税通則法６５条４項の「正当な理由」があると主張する。
しかしながら、①については、確かに、本件各処分までに本件各資産を「器具及び備品」に当たるとしてされた原告の確定申告に対して神戸税務署長が異議を述べていない事実が認められるが（弁論の全趣旨）、この事実をもって、神戸税務署長が本件各資産が「器具及び備品」に該当することを是認したとまではいえない。また、②については、原告の主張する耐用年数通達の解説は、別表第二は、モデルプラントにより耐用年数を定める考え方に基づかないものであることを前提として、耐用年数の短縮の申請の可否を判断する場面ではモデルプラントの考え方が残されている旨を説明するものにすぎないことは明らかである（乙１６、１８）。そうすると、本件各資産が旧別表第二の「機械及び装置」のモデルプラントに具体的に掲げられていないことから別表第二の「機械及び装置」に該当しないと判断することは合理的理由に欠けるものと言わざるを得ず、原告の主張する耐用年数通達の解説の存在をもって本件各資産が「器具及び備品」に該当すると判断することが、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情によるものであるということはできない。さらに、③については、確かに、耐用年数通達では、「構築物」と「機械及び装置」の区分については、「生産工程の一部としての機能を有している」か否かにより判断する旨の定めがあるのに対し、「器具及び備品」と「機械及び装置」の区分についての定めはないことが認められるものの（乙１６）、耐用年数通達における「構築物」と「機械及び装置」の区分の定めは、「次に掲げるもののように生産工程の一部としての機能を有しているものは、構築物に該当せず、機械及び装置に該当するものとする。」というものであり（乙１６）、生産工程の一部としての機能を有していることが「機械及び装置」の特質であることを前提とするものと理解し得るから、「生産工程の一部としての機能を有しているか否か」の基準により「機械及び装置」に該当するか否かを判断することが納税者にとって酷であるということはできない（なお、前記の耐用年数通達における「生産工程の一部としての機能を有している」とは、「機械及び装置」の意義として前記１（１）に説示した「製品の生産・製造又は役務の提供を目的として、１つの機器が単体で、又は２つ以上の機器が有機的に結合することにより１つの設備を構成する有形資産」と同趣旨であると解される。）。
以上によれば、原告が主張する事情をもって、原告が本件各資産が「器具及び備品」に該当すると判断したことにより本件各事業年度の法人税の申告が過少申告となったことについて、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、前記（１）に説示した過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合に該当するということはできず、他に国税通則法６５条４項の「正当な理由」があることを認めるに足りる証拠はない。
３ 本件各処分の適法性について
以上説示したところに弁論の全趣旨を総合すれば、①原告の本件各事業年度の法人税に係る所得金額及び納付すべき税額は、別紙２記載１のとおりとなり、本件各更正処分における納付すべき税額と同額となること、②本件各更正処分に伴って原告に賦課されるべき過少申告加算税の額は、同別紙記載３のとおりとなり、本件各賦課決定処分の額と同額となることがそれぞれ認められる。したがって、本件各処分はいずれも適法である。
第４ 結論
以上のとおり、原告の請求は、いずれも理由がないからこれらを棄却することとし、主文のとおり判決する。
大阪地方裁判所第２民事部
裁判長裁判官三輪方大
裁判官角谷昌毅
裁判官黒田吉人
別紙１
指定代理人目録
秋山幸奈、長西研太、足立昌隆、福本一法、川城明彦、石田武史、平山峻次
以上
別紙２
本件各処分の根拠及び適法性
償却不足額の頭部に「△」を付したものは、償却限度額の計算において差し引かれる金額であることを示すものである。
１ 本件各更正処分の根拠
原告の本件各事業年度の所得金額及び納付すべき法人税額は、次のとおりである。
（１）平成２２年２月期
ア 所得金額（別表３「平成２２年２月期」④欄）
１１億４４６４万５８２４円
上記金額は、下記（ア）の金額に（イ）の金額を加算した金額である。
（ア）申告所得金額（別表３「平成２２年２月期」①欄）
１１億０４７４万６７３８円
上記金額は、原告の平成２２年２月期の法人税の平成２３年２月２日付け修正申告書に記載された所得金額である。
（イ）減価償却の償却超過額（別表３「平成２２年２月期」②欄）
３９８９万９０８６円
上記金額は、下記ａないしｅの金額の合計額である。
ａ ＰＯＳレジスター等に係る減価償却の償却超過額
７４万９４９９円
上記金額は、ＰＯＳレジスター等について、別表第一に掲げる「事務機器」の「金銭登録機」に該当し、その耐用年数は５年であるにもかかわらず、原告は耐用年数が４年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却超過額の合計額である。
ｂ 平成１９年３月３１日以前取得の食料品製造業用設備に係る減価償却の償却超過額１１２万６２２４円
上記金額は、本件各工場に設置された本件各資産について、別表第二に掲げる「食料品製造業用設備」に該当し、その耐用年数は１０年であるにもかかわらず、原告は別表第一に掲げる「器具及び備品」に該当するとして耐用年数が５年又は６年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却超過額の合計額である。
ｃ 平成１９年４月１日以後取得の食料品製造業用設備に係る減価償却の償却超過額４９１万７８４６円
上記金額は、下記（ａ）及び（ｂ）の金額の合計額である。
（ａ）本件各工場に設置された本件各資産以外の一部資産に係る減価償却の償却超過額１１１万４１８５円
上記金額は、本件各工場に設置された本件各資産以外の一部資産について、別表第二に掲げる「食料品製造業用設備」に該当し、その耐用年数は１０年であるにもかかわらず、原告は耐用年数が９年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却超過額の合計額である。
（ｂ）本件各工場に設置された本件各資産に係る減価償却の償却超過額
３８０万３６６１円
上記金額は、本件各工場に設置された本件各資産について、別表第二に掲げる「食料品製造業用設備」に該当し、その耐用年数は１０年であるにもかかわらず、原告は別表第一に掲げる「器具及び備品」に該当するとして耐用年数が５年又は６年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却超過額の合計額である。
ｄ 平成１９年３月３１日以前取得の飲食料品小売業用設備に係る減価償却の償却超過額１０１１万１８７２円
上記金額は、本件各インストア工房に設置された本件各資産について、別表第二に掲げる「飲食料品小売業用設備」に該当し、その耐用年数は９年であるにもかかわらず、原告は別表第一に掲げる「器具及び備品」に該当するとして耐用年数が５年又は６年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却超過額の合計額である。
ｅ 平成１９年４月１日以後取得の飲食料品小売業用設備に係る減価償却の償却超過額２２９９万３６４５円
上記金額は、下記（ａ）及び（ｂ）の金額の合計額である。
（ａ）本件各インストア工房に設置された本件各資産に係る減価償却の償却超過額２４８１万１８６５円
上記金額は、本件各インストア工房に設置された本件各資産について、別表第二に掲げる「飲食料品小売業用設備」に該当し、その耐用年数は９年であるにもかかわらず、原告は別表第一に掲げる「器具及び備品」に該当するとして耐用年数が５年又は６年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却超過額の合計額である。
（ｂ）本件各インストア工房に設置された本件各資産以外の一部資産に係る減価償却の償却不足額
△１８１万８２２０円
上記金額は、本件各インストア工房に設置された本件各資産以外の一部資産について、別表第二に掲げる「飲食料品小売業用設備」に該当し、その耐用年数は９年であるにもかかわらず、原告は別表第二に掲げる「食料品製造業用設備」に該当し、その耐用年数は１０年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却不足額の合計額である。なお、各事業年度の償却限度額の計算は、耐用年数省令に規定する減価償却資産の設備の種類の区分ごとに、かつ、当該耐用年数及び償却方法の異なるごとに計算した金額とされることから（法人税法施行規則１９条１項）、当該区分ごとに、償却不足額は償却超過額と通算する（以下の事業年分においても同じ。）。
イ 課税所得金額に対する法人税額（別表３「平成２２年２月期」⑥欄）
３億４３３９万３５００円
上記金額は、前記アの所得金額１１億４４６４万５０００円（国税通則法〔以下「通則法」という。〕１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、法人税法６６条（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの）に規定する税率を乗じて算出した金額である。
ウ 法人税額から控除される所得税額等の額（別表３「平成２２年２月期」⑦欄）１６９８万２００４円
上記金額は、法人税法６８条に規定する法人税額から控除される所得税の額９１１万６５５４円、法人税法６９条（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの）に規定する法人税額から控除される外国税額７８６万５４５０円の合計金額である。
エ 納付すべき法人税額（別表３「平成２２年２月期」⑧欄）
３億２６４１万１４００円
上記金額は、前記イの金額から前記ウの金額を差し引いた金額（通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てたもの）である。
オ 確定申告及び修正申告により既に納付の確定した法人税額（別表３「平成２２年２月期」⑨欄）
３億１４４４万１７００円
上記金額は、原告の平成２２年２月期の法人税の平成２３年２月２日付け修正申告書に記載された納付すべき法人税額である。
カ 差引納付すべき法人税額（別表３「平成２２年２月期」⑩欄）
１１９６万９７００円
上記金額は、前記エの金額から前記オの金額を差し引いた金額である。
（２）平成２３年２月期
ア 所得金額（別表３「平成２３年２月期」④欄）
９億８２６５万３５１４円
上記金額は、下記（ア）の金額に（イ）の金額を加算し、（ウ）及び（エ）の金額を減算した金額である。
（ア）申告所得金額（別表３「平成２３年２月期」①欄）
９億５８９７万３８７５円
上記金額は、原告の平成２３年２月期の法人税の平成２３年５月２日付け確定申告書に記載された所得金額である。
（イ）減価償却の償却超過額（別表３「平成２３年２月期」②欄）
２６８１万５８１３円
上記金額は、下記ａないしｅの金額の合計額である。
ａ ＰＯＳレジスター等に係る減価償却の償却超過額
７９万９１１６円
上記金額は、ＰＯＳレジスター等について、別表第一に掲げる「事務機器」の「金銭登録機」に該当し、その耐用年数は５年であるにもかかわらず、原告は耐用年数が４年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却超過額の合計額である。
ｂ 平成１９年３月３１日以前取得の食料品製造業用設備に係る減価償却の償却超過額４９万７４２４円
上記金額は、本件各工場に設置された本件各資産について、別表第二に掲げる「食料品製造業用設備」に該当し、その耐用年数は１０年であるにもかかわらず、原告は別表第一に掲げる「器具及び備品」に該当するとして耐用年数が５年又は６年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却超過額の合計額である。
ｃ 平成１９年４月１日以後取得の食料品製造業用設備に係る減価償却の償却超過額４２１万５３３７円
上記金額は、下記（ａ）及び（ｂ）の金額の合計額である。
（ａ）本件各工場に設置された本件各資産以外の一部資産に係る減価償却の償却超過額５２万３５５２円
上記金額は、本件各工場に設置された本件各資産以外の一部資産について、別表第二に掲げる「食料品製造業用設備」に該当し、その耐用年数は１０年であるにもかかわらず、原告は耐用年数が９年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却超過額の合計額である。
（ｂ）本件各工場に設置された本件各資産に係る減価償却の償却超過額
３６９万１７８５円
上記金額は、本件各工場に設置された本件各資産について、別表第二に掲げる「食料品製造業用設備」に該当し、その耐用年数は１０年であるにもかかわらず、原告は別表第一に掲げる「器具及び備品」に該当するとして耐用年数が５年又は６年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却超過額の合計額である。
ｄ 平成１９年３月３１日以前取得の飲食料品小売業用設備に係る減価償却の償却超過額４０４万０７００円
上記金額は、本件各インストア工房に設置された本件各資産について、別表第二に掲げる「飲食料品小売業用設備」に該当し、その耐用年数は９年であるにもかかわらず、原告は別表第一に掲げる「器具及び備品」に該当するとして耐用年数が５年又は６年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却超過額の合計額である。
ｅ 平成１９年４月１日以後取得の飲食料品小売業用設備に係る減価償却の償却超過額１７２６万３２３６円
上記金額は、下記（ａ）ないし（ｃ）の金額の合計額である。
（ａ）本件各インストア工房に設置された本件各資産以外の一部資産に係る償却不足額△１３７９円
上記金額は、本件各工場から本件各インストア工房に当事業年度の中途に移動された本件各資産以外の一部資産について、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却不足額の合計額である。
（ｂ）本件各インストア工房に設置された本件各資産に係る減価償却の償却超過額２０７３万６１１１円
上記金額は、本件各インストア工房に設置された本件各資産について、別表第二に掲げる「飲食料品小売業用設備」に該当し、その耐用年数は９年であるにもかかわらず、原告は別表第一に掲げる「器具及び備品」に該当するとして耐用年数が５年又は６年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却超過額の合計額である。
（ｃ）本件各インストア工房に設置された本件各資産以外の一部資産に係る減価償却の償却不足額
△３４７万１４９６円
上記金額は、本件各インストア工房に設置された本件各資産以外の一部資産について、別表第二に掲げる「飲食料品小売業用設備」に該当し、その耐用年数は９年であるにもかかわらず、原告は別表第二に掲げる「食料品製造業用設備」に該当し、その耐用年数は１０年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却不足額の合計額である。
（ウ）減価償却超過額の損金算入額（別表３「平成２３年２月期」③欄）
７万５３７４円
上記金額は、ＰＯＳレジスター等に係る前事業年度の繰越償却超過額のうち、当事業年度において損金の額に算入される金額の合計額である。
（エ）事業税の損金算入額（別表３「平成２３年２月期」③欄）
３０６万０８００円
上記金額は、平成２２年２月期の更正処分により増加した所得金額に対する事業税相当額の損金算入額である。
イ 課税所得金額に対する法人税額（別表３「平成２３年２月期」⑥欄）
２億９４７９万５９００円
上記金額は、前記アの所得金額９億８２６５万３０００円（通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、法人税法６６条（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの）に規定する税率を乗じて算出した金額である。
ウ 法人税額から控除される所得税額等の額（別表３「平成２３年２月期」⑦欄）２４３７万１５４０円
上記金額は、法人税法６８条に規定する法人税額から控除される所得税の額１１９４万４０２８円、法人税法６９条（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの）に規定する法人税額から控除される外国税額１２４２万７５１２円の合計金額である。
エ 納付すべき法人税額（別表３「平成２３年２月期」⑧欄）
２億７０４２万４３００円
上記金額は、前記イの金額から前記ウの金額を差し引いた金額（通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てたもの）である。
オ 確定申告及び修正申告により既に納付の確定した法人税額（別表３「平成２３年２月期」⑨欄）
２億６３３２万０３００円
上記金額は、原告の平成２３年２月期の法人税の平成２３年５月２日付け確定申告書に記載された納付すべき法人税額である。
カ 差引納付すべき法人税額（別表３「平成２３年２月期」⑩欄）
７１０万４０００円
上記金額は、前記エの金額から前記オの金額を差し引いた金額である。
（３）平成２４年２月期
ア 所得金額（別表３「平成２４年２月期」④欄）
１４億０７９１万５７１５円
上記金額は、下記（ア）の金額に（イ）の金額を加算し、（ウ）及び（エ）の金額を減算した金額である。
（ア）申告所得金額（別表３「平成２４年２月期」①欄）
１３億９３３２万２９４７円
上記金額は、原告の平成２４年２月期の法人税の平成２４年４月２６日付け確定申告書に記載された所得金額である。
（イ）減価償却の償却超過額（別表３「平成２４年２月期」②欄）
１６６６万１３９９円
上記金額は、下記ａないしｅの金額の合計額である。
ａ ＰＯＳレジスター等に係る減価償却の償却超過額
１０６万０７７２円
上記金額は、ＰＯＳレジスター等について、別表第一に掲げる「事務機器」の「金銭登録機」に該当し、その耐用年数は５年であるにもかかわらず、原告は耐用年数が４年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却超過額の合計額である。
ｂ 平成１９年３月３１日以前取得の食料品製造業用設備に係る減価償却の償却超過額１５万３３７１円
上記金額は、本件各工場に設置された本件各資産について、別表第二に掲げる「食料品製造業用設備」に該当し、その耐用年数は１０年であるにもかかわらず、原告は別表第一に掲げる「器具及び備品」に該当するとして耐用年数が５年又は６年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却超過額の合計額である。
ｃ 平成１９年４月１日以後取得の食料品製造業用設備に係る減価償却の償却超過額３３９万０５７６円
上記金額は、下記（ａ）及び（ｂ）の金額の合計額である。
（ａ）本件各工場に設置された本件各資産以外の一部資産に係る減価償却の償却超過額１７万００９０円
上記金額は、本件各工場に設置された本件各資産以外の一部資産について、別表第二に掲げる「食料品製造業用設備」に該当し、その耐用年数は１０年であるにもかかわらず、原告は耐用年数が９年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却超過額の合計額である。
（ｂ）本件各工場に設置された本件各資産に係る減価償却の償却超過額
３２２万０４８６円
上記金額は、本件各工場に設置された本件各資産について、別表第二に掲げる「食料品製造業用設備」に該当し、その耐用年数は１０年であるにもかかわらず、原告は別表第一に掲げる「器具及び備品」に該当するとして耐用年数が５年又は６年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却超過額の合計額である。
ｄ 平成１９年３月３１日以前取得の飲食料品小売業用設備に係る減価償却の償却超過額８７万２１３４円
上記金額は、本件各インストア工房に設置された本件各資産について、別表第二に掲げる「飲食料品小売業用設備」に該当し、その耐用年数は９年であるにもかかわらず、原告は別表第一に掲げる「器具及び備品」に該当するとして耐用年数が５年又は６年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却超過額の合計額である。
ｅ 平成１９年４月１日以後取得の飲食料品小売業用設備に係る減価償却の償却超過額１１１８万４５４６円
上記金額は、下記（ａ）ないし（ｃ）の金額の合計額である。
（ａ）本件各インストア工房に設置された本件各資産以外の一部資産に係る償却不足額△７７５８円
上記金額は、本件各工場から本件各インストア工房に当事業年度の中途に移動された本件各資産以外の一部資産について、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却不足額の合計額である。
（ｂ）本件各インストア工房に設置された本件各資産に係る減価償却の償却超過額１６４０万０７５３円
上記金額は、本件各インストア工房に設置された本件各資産について、別表第二に掲げる「飲食料品小売業用設備」に該当し、その耐用年数は９年であるにもかかわらず、原告は別表第一に掲げる「器具及び備品」に該当するとして耐用年数が５年又は６年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却超過額の合計額である。
（ｃ）本件各インストア工房に設置された本件各資産以外の一部資産に係る減価償却の償却不足額
△５２０万８４４９円
上記金額は、本件各インストア工房に設置された本件各資産以外の一部資産について、別表第二に掲げる「飲食料品小売業用設備」に該当し、その耐用年数は９年であるにもかかわらず、原告は別表第二に掲げる「食料品製造業用設備」に該当し、その耐用年数は１０年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却不足額の合計額である。
（ウ）減価償却超過額の損金算入額（別表３「平成２４年２月期」③欄）
２５万２０３１円
上記金額は、ＰＯＳレジスター等に係る前事業年度の繰越償却超過額のうち、当事業年度において損金の額に算入される金額の合計額である。
（エ）事業税等（事業税及び地方法人特別税をいう。以下同じ。）の損金算入額（別表３「平成２４年２月期」③欄）
１８１万６６００円
上記金額は、平成２３年２月期の更正処分により増加した所得金額に対する事業税等相当額（事業税等として納付すべき税額の見積額をいう。以下同じ。）の損金算入額である。
イ 課税所得金額に対する法人税額（別表３「平成２４年２月期」⑥欄）
４億２２３７万４５００円
上記金額は、前記アの所得金額１４億０７９１万５０００円（通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、法人税法６６条（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの）に規定する税率を乗じて算出した金額である。
ウ 法人税額から控除される所得税額等の額（別表３「平成２４年２月期」⑦欄）２５３４万７９６７円
上記金額は、法人税法６８条に規定する法人税額から控除される所得税の額１３４０万８４２６円、法人税法６９条（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの）に規定する法人税額から控除される外国税額１１９３万９５４１円の合計金額である。
エ 納付すべき法人税額（別表３「平成２４年２月期」⑧欄）
３億９７０２万６５００円
上記金額は、前記イの金額から前記ウの金額を差し引いた金額（通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てたもの）である。
オ 確定申告及び修正申告により既に納付の確定した法人税額（別表３「平成２３年２月期」⑨欄）
３億９２６４万８６００円
上記金額は、原告の平成２４年２月期の法人税の平成２４年４月２６日付け確定申告書に記載された納付すべき法人税額である。
カ 差引納付すべき法人税額（別表３「平成２４年２月期」⑩欄）
４３７万７９００円
上記金額は、前記エの金額から前記オの金額を差し引いた金額である。
（４）平成２５年２月期
ア 所得金額（別表３「平成２５年２月期」④欄）
１６億５２８２万３８１８円
上記金額は、下記（ア）の金額に（イ）及び（ウ）の金額を加算し、（エ）及び（オ）の金額を減算した金額である。
（ア）申告所得金額（別表３「平成２５年２月期」①欄）
１６億４５９３万６４２６円
上記金額は、原告の平成２５年２月期の法人税の平成２５年４月２４日付け確定申告書に記載された所得金額である。
（イ）減価償却の償却超過額（別表３「平成２５年２月期」②欄）
９０３万３９６６円
上記金額は、下記ａないしｃの金額の合計額である。
ａ ＰＯＳレジスター等に係る減価償却の償却超過額
４２万９７５８円
上記金額は、ＰＯＳレジスター等について、別表第一に掲げる「事務機器」の「金銭登録機」に該当し、その耐用年数は５年であるにもかかわらず、原告は耐用年数が４年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却超過額の合計額である。
ｂ 平成１９年４月１日以後取得の食料品製造業用設備に係る減価償却の償却超過額２８２万７２２５円
上記金額は、下記（ａ）ないし（ｃ）の金額の合計額である。
（ａ）本件各工場に設置された本件各資産以外の一部資産に係る減価償却の償却不足額△１万３５１０円
上記金額は、本件各工場に設置された本件各資産以外の一部資産について、別表第二に掲げる「食料品製造業用設備」に該当し、その耐用年数は１０年であるにもかかわらず、原告は耐用年数が９年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された償却不足額の合計額である。
（ｂ）本件各工場に設置された本件各資産に係る減価償却の償却超過額
２８２万３５７１円
上記金額は、本件各工場に設置された本件各資産について、別表第二に掲げる「食料品製造業用設備」に該当し、その耐用年数は１０年であるにもかかわらず、原告は別表第一に掲げる「器具及び備品」に該当するとして耐用年数が５年又は６年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却超過額の合計額である。
（ｃ）本件各工場に設置された本件各資産に係る減価償却の償却超過額
１万７１６４円
上記金額は、本件各インストア工房から当事業年度の中途に本件各工場に移動された本件各資産以外の資産について、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却超過額の合計額である。
ｃ 平成１９年４月１日以後取得の飲食料品小売業用設備に係る減価償却の償却超過額５７７万６９８３円
上記金額は、下記（ａ）ないし（ｃ）の金額の合計額である。
（ａ）本件各インストア工房に設置された本件各資産以外の一部資産に係る償却不足額△５６０１円
上記金額は、本件各工場から本件各インストア工房に当事業年度の中途に移動された本件各資産以外の一部資産について、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却不足額の合計額である。
（ｂ）本件各インストア工房に設置された本件各資産に係る減価償却の償却超過額９２７万３４４５円
上記金額は、本件各インストア工房に設置された本件各資産について、別表第二に掲げる「飲食料品小売業用設備」に該当し、その耐用年数は９年であるにもかかわらず、原告は別表第一に掲げる「器具及び備品」に該当するとして耐用年数が５年又は６年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却超過額の合計額である。
（ｃ）本件各インストア工房に設置された本件各資産以外の一部資産に係る減価償却の償却不足額
△３４９万０８６１円
上記金額は、本件各インストア工房に設置された本件各資産以外の一部資産について、別表第二に掲げる「飲食料品小売業用設備」に該当し、その耐用年数は９年であるにもかかわらず、原告は別表第二に掲げる「食料品製造業用設備」に該当し、その耐用年数は１０年であるとして各資産の償却限度額を計算していたことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された差引償却不足額の合計額である。
（ウ）ロイヤリティ収入の計上漏れ（別表３「平成２５年２月期」②欄）
７１万５４４２円
上記金額は、原告が中国の上海東客面包有限公司から収受するロイヤリティ収入について、計上漏れとなっていた金額である。
（エ）減価償却超過額の損金算入額（別表３「平成２５年２月期」③欄）１７４万２７１６円上記金額は、下記ａないしｃの金額の合計額である。
ａ ＰＯＳレジスター等に係る前事業年度以前からの繰越償却超過額
３７万７１６１円
上記金額は、ＰＯＳレジスター等に係る前事業年度以前からの繰越償却超過額のうち、当事業年度において損金の額に算入される金額の合計額である。
ｂ 平成１９年３月３１日以前取得の食料品製造業用設備に係る繰越償却超過額１０万４２９６円
上記金額は、本件各工場に設置された本件各資産（別表第二に掲げる「食料品製造業用設備」に該当し、その耐用年数は１０年であるもの）について、減価償却費の計算に誤りがあったことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された繰越差引償却超過額の合計額である。
ｃ 平成１９年３月３１日以前取得の飲食料品小売業用設備に係る繰越償却超過額１２６万１２５９円
上記金額は、本件各インストア工房に設置された本件各資産（別表第二に掲げる「飲食料品小売業用設備」に該当し、その耐用年数は９年であるもの）について、減価償却費の計算に誤りがあったことから、処分行政庁が償却限度額を再計算した結果算定された繰越差引償却超過額の合計額である。
（オ）事業税等の損金算入額（別表３「平成２５年２月期」③欄）
１１１万９３００円
上記金額は、平成２４年２月期の更正処分により増加した所得金額に対する事業税等相当額の損金算入額である。
イ 課税所得金額に対する法人税額（別表３「平成２５年２月期」⑥欄）
４億９５８４万６９００円
上記金額は、前記アの所得金額１６億５２８２万３０００円（通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、法人税法６６条（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの）に規定する税率を乗じて算出した金額である。
ウ 法人税額から控除される所得税額等の額（別表３「平成２５年２月期」⑦欄）２７０７万０７８８円
上記金額は、法人税法６８条に規定する法人税額から控除される所得税の額１９４０万２２９４円、法人税法６９条（平成２６年法律第１０号による改正前のもの）に規定する法人税額から控除される外国税額７６６万８４９４円の合計金額である。
エ 納付すべき法人税額（別表３「平成２５年２月期」⑧欄）
４億６８７７万６１００円
上記金額は、前記イの金額から前記ウの金額を差し引いた金額（通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てたもの）である。
オ 確定申告及び修正申告により既に納付の確定した法人税額（別表３「平成２５年２月期」⑨欄）
４億６６７１万００００円
上記金額は、原告の平成２５年２月期の法人税の平成２５年４月２４日付け確定申告書に記載された納付すべき法人税額である。
カ 差引納付すべき法人税額（別表３「平成２５年２月期」⑩欄）
２０６万６１００円
上記金額は、前記エの金額から前記オの金額を差し引いた金額である。
２ 本件各更正処分の適法性
原告の本件各事業年度における所得金額及び納付すべき法人税額は、前記１のとおりであるところ、本件各更正処分における所得金額及び納付すべき法人税額は別表３記載のとおりであって、いずれも前記１の金額と同額であるから、本件各更正処分は適法である。
３ 本件各賦課決定処分の根拠
原告が本件各更正処分により新たに納付すべきこととなった税額を基礎として、以下の過少申告加算税が課される。
（１）平成２２年２月期（別表３「平成２２年２月期」⑫欄）
１１９万６０００円
上記金額は、通則法６５条１項（平成２８年法律第１５号による改正前のもの。以下、同項について同じ。）に基づき、原告が平成２２年２月期の更正処分によって新たに納付すべきこととなった法人税額１１９６万円（ただし、通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。別表３「平成２２年２月期」⑪欄）に１００分の１０の割合を乗じた金額である。
（２）平成２３年２月期（別表３「平成２３年２月期」⑫欄）
７１万００００円
上記金額は、通則法６５条１項に基づき、原告が平成２３年２月期の更正処分によって新たに納付すべきこととなった法人税額７１０万円（ただし、通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。別表３「平成２３年２月期」⑪欄）に１００分の１０の割合を乗じた金額である。
（３）平成２４年２月期（別表３「平成２４年２月期」⑫欄）
４３万７０００円
上記金額は、通則法６５条１項に基づき、原告が平成２４年２月期の更正処分によって新たに納付すべきこととなった法人税額４３７万円（ただし、通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。別表３「平成２４年２月期」⑪欄）に１００分の１０の割合を乗じた金額である。
（４）平成２５年２月期（別表３「平成２５年２月期」⑫欄）
２０万６０００円
上記金額は、通則法６５条１項に基づき、原告が平成２５年２月期の更正処分によって新たに納付すべきこととなった法人税額２０６万円（ただし、通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。別表３「平成２５年２月期」⑪欄）に１００分の１０の割合を乗じた金額である。
４ 本件各賦課決定処分の適法性
本件各更正処分に伴って賦課される過少申告加算税の額は、前記３のとおりであるところ、当該各金額は、本件各賦課決定処分における過少申告加算税の額といずれも同額であるから、本件各賦課決定処分は適法である。
以上
別表１、別紙図面１－１から１－３まで、別紙図面２－１から２－５まで省略別表２
課税の経緯
別表２－１
平成２２年２月期
（単位：円）
区分
年月日
Ａ所得金額
Ｂ納付すべき税額
Ｃ過少申告
加算税
確定申告
①
平成22年4月28日
1,100,294,095
313,115,600
－
修正申告
②
平成23年2月2日
1,104,746,738
314,441,700
－
賦課決定処分
③
平成23年2月25日
－－
132,000
更正処分等
④
平成26年7月29日
1,146,653,862
327,013,800
1,257,000
異議申立て
⑤
平成26年8月11日
一部取消し
異議決定
⑥
平成26年10月31日
1,144,645,824
326,411,400
1,196,000
審査請求
⑦
平成26年12月5日
一部取消し
審査裁決
⑧
平成27年10月21日
棄却
別表２－２
平成２３年２月期
（単位：円）
区分
年月日
Ａ所得金額
Ｂ納付すべき税額
Ｃ過少申告
加算税
確定申告
①
平成23年5月2日
958,973,875
263,320,300
－
更正処分等
②
平成26年7月29日
989,463,872
272,467,300
914,000
異議申立て
③
平成26年8月11日
一部取消し
異議決定
④
平成26年10月31日
982,653,514
270,424,300
710,000
審査請求
⑤
平成26年12月5日
一部取消し
審査裁決
⑥
平成27年10月21日
棄却
別表２－３
平成２４年２月期
（単位：円）
区分
年月日
Ａ所得金額
Ｂ納付すべき税額
Ｃ過少申告
加算税
確定申告
①
平成24年4月26日
1,393,322,947
392,648,600
－
更正処分等
②
平成26年7月29日
1,417,010,858
399,755,000
710,000
異議申立て
③
平成26年8月11日
一部取消し
異議決定
④
平成26年10月31日
1,407,927,615
397,030,100
438,000
審査請求
⑤
平成26年12月5日
一部取消し
審査裁決
⑥
平成27年10月21日
棄却
減額更正処分等
⑦
平成28年12月22日
1,407,915,715
397,026,500
437,000
別表２－４
平成２５年２月期
（単位：円）
区分
年月日
Ａ所得金額
Ｂ納付すべき税額
Ｃ過少申告
加算税
確定申告
①
平成25年4月24日
1,645,936,426
466,710,000
－
更正処分等
②
平成26年7月29日
1,659,701,891
470,839,500
412,000
異議申立て
③
平成26年8月11日
一部取消し
異議決定
④
平成26年10月31日
1,652,863,818
468,788,100
207,000
審査請求
⑤
平成26年12月5日
一部取消し
審査裁決
⑥
平成27年10月21日
棄却
減額更正処分等
⑦
平成28年12月22日
1,652,823,818
468,776,100
206,000
別表３
本件各処分の内訳
単位：円
事業年度
項目
平成22年２月期
平成23年２月期
平成24年２月期
平成25年２月期
申告所得金額
①
1,104,746,738
958,973,875
1,393,322,947
1,645,936,426
減価償却の償却超過額
39,899,086
26,815,813
16,661,399
9,033,966
加算
ロイヤリティ収入計上漏れ
②－－－
715,442
減価償却超過額の損金算入額
－
75,374
252,031
1,742,716
減算
事業税等の損金算入額
③－
3,060,800
1,816,600
1,119,300
所得金額
（①＋②－③）
④
1,144,645,824
982,653,514
1,407,915,715
1,652,823,818
課税所得金額
（千円未満の端数切捨て）
⑤
1,144,645,000
982,653,000
1,407,915,000
1,652,823,000
課税所得金額に対する法人税額
⑥
343,393,500
294,795,900
422,374,500
495,846,900
法人税額から控除される所得税額等の額
⑦
16,982,004
24,371,540
25,347,967
27,070,788
納付すべき法人税額
（⑥－⑦、百円未満の端数切捨て）
⑧
326,411,400
270,424,300
397,026,500
468,776,100
確定申告及び修正申告により
既に納付の確定した法人税額
⑨
314,441,700
263,320,300
392,648,600
466,710,000
差引納付すべき法人税額
（⑧－⑨）
⑩
11,969,700
7,104,000
4,377,900
2,066,100
過少申告加算税対象額
（⑩の１万円未満の端数切捨て）
⑪
11,960,000
7,100,000
4,370,000
2,060,000
過少申告加算税額
（⑪×10％）
⑫
1,196,000
710,000
437,000
206,000
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/88341/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2018/pdf/13135.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。