主文
１ 本件各控訴をいずれも棄却する。
２ 控訴費用は控訴人らの負担とする。
事実及び理由
第１章控訴の趣旨
１ 原判決を取り消す。
２ 処分行政庁が平成２５年９月６日付けでした二級河川川棚川水系石木ダム建設工事並びにこれに伴う県道，町道及び農業用道路付替工事に係る事業認定処分を取り消す。
[以下，「第２章事案の概要」及び「第３章当裁判所の判断」の部分は原判決を付加訂正した。下線を付した部分が当審において内容的に付加訂正を加えた主要な箇所である。それ以外の字句の訂正等については特に指摘していない。]第２章事案の概要
本件は，「二級河川川棚川水系石木ダム建設工事並びにこれに伴う県道，町道及び農業用道路付替工事」（以下「本件事業」という。）の起業地内に存する土地若しくは起業地内に存する土地上に存在する建物の所有者若しくは共有者，起業地内に存する土地上に存在する建物の居住者又は同建物の元居住者である控訴人らが，処分行政庁が土地収用法（以下，同法の条項を摘示する場合は単に「法」という。）２０条（法１３８条１項により準用される場合を含む。以下同じ。）に基づいてした本件事業に係る事業認定処分（平成２５年９月６日付け九州地方整備局告示第１５７号に係るもの。以下「本件事業認定」という。）は，法２０条３号及び４号に違反する違法な処分であるとして，処分行政庁を設置する被控訴人に対し，本件事業認定の取消しを求める事案である。原審は，控訴人らのうち起業地内に存する土地又は建物の所有者又は共有者とは認められない者（別紙１控訴人目録（以下「控訴人目録」という。）番号２ないし５，７，８，１０，１３，１４，１６，１８，２０，２２，２６，２７，２９，３３，３６，３７，４２，４３，４５ないし４８）の原告適格を否定してそれらの訴えをいずれも却下し，その余の控訴人らの請求をいずれも棄却したところ，これを不服として控訴人らが控訴した。
（なお，一審原告Ａ（原判決別紙１原告目録番号３８）及び一審原告Ｂ（原判決別紙１原告目録番号８８）はいずれも控訴せず，原判決が確定した。また，承継前一審原告Ｃ（原判決別紙１原告目録番号３０）は，原審口頭弁論終結前の平成２８年３月１２日に死亡したところ，同訴訟承継人らのうち控訴人Ｄ（控訴人目録番号２８）を除く相続人ら（Ｅ，Ｆ，Ｇ，Ｈ及びＩ）はいずれも控訴せず，原判決が確定した。）
第１ 前提事実（認定根拠を掲記しない事実は当事者間に争いがない。なお，書証については，特記しない限り枝番を全て含む。以下同じ。また，洪水調節（治水），利水に関し前提となる概念は，別紙３のとおりである。）
１ 本件事業の概要
⑴起業者
長崎県（以下，行政主体として表記するときは「県」という。）及び佐世保市（以下，行政主体として表記するときは後記合併の前後を通じて「市」といい，県と併せて「本件起業者」という。）
なお，市は，平成１７年４月１日に長崎県北松浦郡に属していた吉井町及び世知原町と，平成１８年３月３１日に同郡に属していた宇久町及び小佐々町と，平成２２年３月３１日に同郡に属していた江迎町及び鹿町町とそれぞれ合併した（乙Ａ１５〔５－１１の５９頁〕。以下，上記各合併前からの佐世保市の市域を「佐世保地区」，上記各合併により市に編入された地域を「合併地区」といい，合併地区のうち旧小佐々町の町域を「小佐々地区」という。）。
なお，市は，認可を受けた水道事業者であり（水道法６条），河川法２３条の許可を受けた水源（６ダム及び３取水場の計９か所，合計７万７０００㎥／日。以下「本件各許可水利権」という。）の他，慣行水利権（二級河川相浦川水系相浦川（以下「相浦川」という。）の三本木取水場及び四条橋取水場，合計２万２５００㎥／日。以下「本件各慣行水利権」という。），暫定豊水水利権（川棚川暫定豊水取水，５０００㎥／日），湧水（岡本水源地，１０００㎥／日）を有している。なお，慣行水利権とは，水の事実上の支配をもとに社会的に承認された権利で，主に灌漑用水の利用について社会的に成立した水利秩序が権利化したものであり，市の慣行水利権は，河川法の適用を受ける時点で取水していた者に認められるものである（河川法８７，８８条）。（乙Ａ１５[２－４－２参考資料２頁]，乙Ｂ２６，弁論の全趣旨）⑵事業の種類
二級河川川棚川水系石木ダム建設工事並びにこれに伴う県道，町道及び農業用道路付替工事
⑶起業地
原判決別紙４のとおり（以下「本件起業地」といい，本件起業地のうち土という。）
⑷事業概要図
原判決別紙５のとおり
⑸石木ダム及び貯水池等の概要
型式重力式コンクリートダム（貯水池の水圧荷重に堤体重量により抵抗し，これを基礎岩盤に伝達する構造物）
河川名二級河川川棚川水系石木川（以下「石木川」という。）
位置左岸：川棚町岩屋郷地内，右岸：川棚町岩屋郷地内（川棚川合流点から上流約２㎞の地点（乙Ａ４〔２－２・１３頁〕））
堤高（基礎地盤から非越流部の堤頂までの高さ）５５．４ｍ
堤頂長（ダム軸面と堤頂標高の水平面の交線上の堤体の長さ）２３４ｍ堤体積（ダムの体積）１５万７０００㎥
貯水池集水面積（集水区域の面積）９．３㎢
湛水面積（貯水池にサーチャージ水位まで水が溜まっている場合の表面積）０．３４㎢
総貯水容量（河床から満水位までの総容量）５４８万㎥
有効貯水容量（総貯水容量から死水容量及び堆砂容量を除いたもの）５１８万㎥
なお，貯水池容量配分は，原判決別紙６のとおりである。
⑹事業費２８５億円
うち工事費約８５．６億円，用地費及び補償費約１６０億円，その他約３９．４億円であり，県がうち約９２．６億円，市が約６６．５億円，国土交通省が約９２．６億円，厚生労働省が約３３．２億円を負担する予定とされている。
⑺建設目的
ア 洪水調節
人為的操作を要しない洪水調節方式である自然調節方式であり，ダム地点における計画高水流量２８０㎥／秒のうち，２２０㎥／秒を調節し，６０㎥／秒（最大７０㎥／秒）を放流する。これに要する貯水容量は１９５万㎥とされている。
イ 流水の正常な機能の維持
既得用水の補給等，流水の正常な機能の維持を図るために必要な流量（基準点において１月ないし３月０．０９０㎥／秒，４月ないし１２月０．１２０㎥／秒）を石木ダムにより確保する予定であり，これに要する貯水容量は７４万㎥となる。
ウ 水道用水の確保
平成１８年度当時における佐世保市の給水人口は２４万４１０４人，１日最大給水量は９万９３１８㎥／日である。これに対して，本件起業者によれば，既存の安定水源の給水能力は約８万㎥／日とされた。また，本件起業者は，今後下水道の普及による生活用水の増加，大口需要や新規計画といった営業用水の増加等により，平成２９年度には給水人口２３万３６９４人，１日最大給水量は１１万７３００㎥になると予想し，石木ダムにより４万㎥／日（給水量３万８０００㎥／日）の新規水源の開発を行うとし，これに要する貯水容量は２４９万㎥としている。⑻完成予定年度
当初平成２９年３月とされていたが，県は，平成２７年８月頃，工期を平成３４年（令和４年）までとする方針を示した。もっとも，いまだ本体工事には着工していない。
（本項につき，甲Ａ２，乙Ａ２，４，２３，弁論の全趣旨）
２ 当事者等
⑴控訴人ら
控訴人目録番号１，６，９，１１，１２，１５，１７，１９，２１，２３ないし２５，２８，３１，３２，３４，３５，３９ないし４１，４４，４９ないし８７，８９ないし１０４，１０６ないし１１０の各控訴人（同目録「属性」欄に「所有者」と記載のある者，以下「控訴人所有者ら」という。）は，いずれも，本件事業認定時から現在まで，本件収用地に含まれる土地又は土地上の建物について所有権（共有権を含む。）を有する者である。控訴人目録番号４の控訴人Ｊは，本件起業地内に存する土地上に建物を所有していると主張する者である。
控訴人目録番号２，３，７，８，１０，１３，１４，１６，１８，２０，２２，２６，２９，３６，３７，４２，４３，４５の各控訴人（同目録「属性」欄に「居住者」と記載のある者，以下「控訴人居住者ら」という。）は，いずれも，本件事業認定時から現在まで，本件収用地に含まれる土地上の建物に居住する者である。
控訴人目録番号５，２７，３３，４６ないし４８の各控訴人（同目録「属性」欄に「元居住者」と記載のある者，以下「控訴人元居住者ら」という。）は，いずれも過去に本件収用地に含まれる土地上にあった建物に居住していたが，遅くとも本件訴え提起時には同建物に居住していなかった者である。⑵被控訴人及び処分行政庁
被控訴人は，国家行政組織法３条１項，国土交通省設置法２条，４条１項６号，３０条，３１条，国土交通省組織令２０６条等に基づき，処分行政庁を設置する者である。
処分行政庁は，土地収用法施行規則２６条に基づき国土交通大臣から委任を受け，法２０条（法１３８条により準用される場合を含む。以下同じ。）に基づき本件事業認定を行った者である。
３ 起業地周辺の概況
二級河川川棚川水系川棚川（以下「川棚川」という。）は，その源を長崎県東彼杵郡波佐見町（以下「波佐見町」という。）に発し，波佐見町中央部から西部にかけて西方に流れ，波佐見町西部から南下して長崎県東彼杵郡川棚町（以下「川棚町」という。）中央部付近で支川である石木川と合流し，そのまま南下して大村湾に注ぐ，流路延長約１９．４㎞，流域面積８１．４㎢の二級河川である。川棚川及び石木川の河川管理者は，長崎県知事（以下「県知事」という。）である（河川法１０条１項）。
川棚川水系の流域図は，原判決別紙７のとおりである。
流域人口は約２万人で，主に川棚町の下流部と波佐見町の上流部に集中している。（乙Ａ４[２－１・１頁]）
４ 本件事業認定に至る経緯
⑴県は，昭和４７年１月５日，川棚町に対し，石木ダム建設のための予備調査を申し入れ，同年４月，これに着手した。（乙Ａ１５〔５－５・２頁〕）県知事並びに川棚町川原郷，岩屋郷及び木場郷の各総代は，同年７月２９日，川棚町長立会いの下，石木川の河川開発調査（予備調査）に関し，県が上記３郷の同意を得て調査を行うこと，県の調査の結果，建設の必要が生じたときは，改めて上記３郷と協議の上，書面による同意を受けた後で着手することなどを定めた覚書（甲Ｄ１，Ｄ２。以下「本件覚書」という。）を交わした。
県は，昭和４８年４月，実施計画調査に着手した。（乙Ａ１５〔５－５・２頁〕）
⑵県知事は，昭和５１年１月９日付けで，河川法（昭和６２年法律第３４号による改正前のもの）７９条２項２号，河川法施行令（昭和６２年政令第３２７号による改正前のもの）４６条，４５条１号の規定に基づき，建設大臣（当時）から石木ダム建設を内容とする「川棚川総合開発補助事業全体計画」（以下，後記変更の前後を通じて「全体計画」という。）の認可を受けた。（乙Ａ４〔２－２の２２頁，２－３〕，１５〔２－３〕）
県知事は，昭和５７年４月２日，本件事業の準備のために他人の占有する土地への立入を許可し，これを公告した（法１１条）。県は，同年５月２１日から同年６月３日まで７回にわたり，機動隊を導入して本件事業の準備のため測量を行おうとしたが，地元住民等の抗議運動等を受け，これを中止した。
⑶県は，平成９年１１月，平成９年法律第６９号による改正前の河川法１６条１項の規定に基づき，「２級水系川棚川工事実施基本計画」（以下「工実計画」という。）を策定した。工実計画では，水文資料の整理がされていることや，最下流の川棚町市街地の洪水防御対象地区の上流端に位置することなどから，治水計画基準点を山道橋（その位置は原判決別紙７のとおりであり，石木川との合流地点から下流側で最直近の橋である。）と設定した。工実計画は，平成９年法律第６９号の施行後，同法による改正後の河川法１６条１項及び１６条の２第１項の規定に基づき河川整備基本方針及び河川整備計画が定められるまでの間，河川整備基本方針及び河川整備計画とみなすものとされた（平成９年法律第６９号附則２条）。（甲Ｃ１３，乙Ａ１５〔２－３の２・３頁〕）
⑷市水道局は，平成１２年１０月頃，平成１０年から平成２９年までの水需要実績及び予測等を記載した「佐世保市水道事業変更認可（平成１２年１０月２５日認可）」と題する資料を作成した。（甲Ｂ１３）
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出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/89148/detail4/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。