令和２年９月１７日判決言渡同日原本領収裁判所書記官
平成３０年(ワ)第１８５５５号特許権侵害差止請求事件
口頭弁論終結日令和２年７月９日
判決
原告大塚製薬株式会社
同訴訟代理人弁護士城山康文
林康司
山内真之
大出萌
被告株式会社アドバンスト・メディカル・ケア
（以下「被告ＡＭＣ」という。）
同訴訟代理人弁護士水野晃
丹羽厚太郎
中田裕人
同訴訟代理人弁理士関根宣夫
被告株式会社ダイセル
（以下「被告ダイセル」という。）
同訴訟代理人弁護士吉澤敬夫
川田篤
同訴訟代理人弁理士紺野昭男
井波実
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１(1) 主位的請求
被告ＡＭＣは，別紙被告製品目録記載の製品を生産し，譲渡し，貸し渡し，譲渡若しくは貸渡しの申出をし，又は輸出してはならない。
(2) 予備的請求
ア 被告ＡＭＣは，別紙被告方法目録記載の方法により生産された別紙被告原料目録記載の原料を使用してはならない。
イ 被告ＡＭＣは，別紙被告方法目録記載の方法により生産された別紙被告原料目録記載の原料を使用した別紙被告製品目録記載の製品を譲渡し，貸し渡し，譲渡若しくは貸渡しの申出をし，又は輸出してはならない。２(1) 主位的請求
被告ＡＭＣは，別紙被告製品目録記載の製品を廃棄せよ。
(2) 予備的請求
被告ＡＭＣは，別紙被告方法目録記載の方法により生産された別紙被告原料目録記載の原料を使用した別紙被告製品目録記載の製品を廃棄せよ。３(1) 主位的請求
被告ダイセルは，別紙被告原料目録記載の原料を生産してはならない。
(2) 予備的請求
被告ダイセルは，別紙被告方法目録記載の方法を使用してはならない。４(1) 主位的請求
被告ダイセルは，別紙被告原料目録記載の原料を譲渡し，貸し渡し，譲渡若しくは貸渡しの申出をし，又は輸出してはならない。
(2) 予備的請求
被告ダイセルは，別紙被告方法目録記載の方法により生産した別紙被告原料目録記載の原料を譲渡し，貸し渡し，譲渡若しくは貸渡しの申出をし，又は輸出してはならない。
５(1) 主位的請求
被告ダイセルは，別紙被告原料目録記載の原料を廃棄せよ。
(2) 予備的請求
被告ダイセルは，別紙被告方法目録記載の方法により生産した別紙被告原料目録記載の原料を廃棄せよ。
第２ 事案の概要
原告は，発明の名称を「エクオール含有抽出物及びその製造方法，エクオール抽出方法，並びにエクオールを含む食品」とする物の製造方法の特許に係る特許権者であるところ，別紙被告方法目録記載の方法（以下「被告方法」という。）は，上記特許に係る特許発明の技術的範囲に属すると主張している。そして，本件は，原告が，被告ダイセルに対し，被告ダイセルによる被告方法の使用，及び，別紙被告原料目録記載の原料（以下「被告原料」という。）の生産，販売等は，上記特許権を侵害すると主張して，上記特許権に基づき，上記第１の３，４のとおりの請求をし，並びに，上記侵害行為を組成したものであるとして，上記第１の５のとおりの請求をするとともに，被告ＡＭＣに対し，被告ＡＭＣによる別紙被告製品目録記載の製品（以下「被告製品」という。）の生産，販売等は，上記特許権を侵害すると主張して，上記第１の１のとおりの請求をし，及び，上記侵害行為を組成したものであるとして，上記第１の２のとおりの請求をする事案である。
１ 前提事実（証拠等を掲げた事実以外は，当事者間に争いがない。なお，枝番号の記載を省略したものは，枝番号を含む（以下同様）。）
(1) 本件特許
原告は，発明の名称を「エクオール含有抽出物及びその製造方法，エクオール抽出方法，並びにエクオールを含む食品」とする特許権（特許第６２７５３１３号。請求項の数は１。以下，請求項１に係る特許を「本件特許」という。）の特許権者である。原告は，本件特許につき，平成２９年６月２８日に特許出願をし，平成３０年１月１９日にその設定登録を受けた。
(2) 本件発明
ア 本件特許に係る特許請求の範囲の記載は，次のとおりである（以下，これを「本件特許請求の範囲」といい，これに係る発明を「本件発明」という。また，その明細書（図面を含む。）を「本件明細書」といい，その該当部分の記載を【０００１】などと表すこととする。）。
「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類，並びに，アルギニンを含む発酵原料をオルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む，オルニチン及びエクオールを含有する発酵物の製造方法。」
イ 本件発明を構成要件に分説すると，次のとおりである（以下，分説した構成要件をそれぞれの符号に従い「構成要件Ａ－１」などのようにいう。）。Ａ－１ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類，並びに，
Ａ－２アルギニン
Ａ－３を含む発酵原料を
Ｂオルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む，
Ｃオルニチン及びエクオールを含有する発酵物の製造方法。
(3) 本件訂正請求及び本件訂正発明
ア 被告ダイセルは，本件特許について，平成３０年１０月１２日付けで特許無効審判を請求した（無効２０１８－８００１２２号。以下「本件無効審判」という。）。
原告は，本件無効審判において，平成３１年１月２４日付けで特許請求の範囲を訂正することを請求した（乙Ｂ２２。以下「本件訂正請求」といい，その訂正を「本件訂正」という。）。
イ 本件訂正請求に係る請求項１記載の発明（以下「本件訂正発明」という。）は，次のとおりである（下線部は訂正箇所である。以下同じ。）。なお，本件無効審判に対しては，令和元年７月１９日付けで，本件訂正を認め，請求は成り立たない旨の審決（乙Ｂ３１）がされたところ，これに対しては，審決取消訴訟が提起され，現在，知的財産高等裁判所に係属中である（令和元年（行ケ）第１０１１２号）。
「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類にアルギニンを添加すること，及び，前記ダイゼイン類と前記アルギニンを含む発酵原料をオルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む，オルニチン及びエクオールを含有する粉末状の発酵物の製造方法であって，前記発酵処理により，前記発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ以上のエクオールを生成し，及び前記発酵物が食品素材として用いられるものである，前記製造方法。」
ウ 本件訂正発明を構成要件に分説すると，次のとおりである（以下，分説した構成要件をそれぞれの符号に従い「構成要件Ａ’」などのようにいう。また，構成要件Ａ’，Ｂ’－１の下線部に係る訂正を「訂正事項１」と，構成要件Ｃ’の下線部に係る訂正を「訂正事項２」と，構成要件Ｅ’の下線部に係る訂正を「訂正事項３」と，構成要件Ｄ’に係る訂正を「訂正事項４」という。）。
Ａ’ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類にアルギニンを添加すること，及び，
Ｂ’－１前記ダイゼイン類と前記アルギニンを含む発酵原料を
Ｂ’－２オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む，
Ｃ’オルニチン及びエクオールを含有する粉末状の発酵物の製造方法であって，
Ｄ’前記発酵処理により，前記発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ以上のエクオールを生成し，及び
Ｅ’前記発酵物が食品素材として用いられるものである，前記製造方法。
(4) 被告らの行為等
ア 被告ダイセルは，大豆胚芽抽出発酵物（製品名は，フラボセルＥＱ－５。被告原料）を製造し，これを被告ＡＭＣに対し販売している。
イ 被告ＡＭＣは，被告ダイセルから販売された被告原料を用いて，大豆胚芽抽出発酵物含有食品（製品名は，エクオール＋ラクトビオン酸。被告製品）を製造し，販売している。
ウ 被告ダイセルは，次の方法を用いて，被告原料を製造している（被告方法）。
α１ダイゼイン配糖体であるダイジン（５０重量％程度）と少量（１重量％程度）のダイゼインとを含むイソフラボンを，
α２酵素処理することにより，ダイゼイン配糖体であるダイジンの糖を切断してダイゼインとなし，
α３前記酵素処理工程を経て得られたダイゼインを含む処理液と，●（省略）●をアルギニンを含む培養液と共に混合して発酵処理をし，α４オルニチン及びエクオールを含有する粉末状の発酵物の製造方法であって，
α５前記発酵処理により，１ｇあたり１８．４０ｍｇ以上のオルニチン，１００ｇ当たり約６．６ｇ（１ｇあたり６６ｍｇ）のエクオールを生成し，及び
α６前記発酵物が食品素材として用いられるものである，前記製造方法。
２ 争点
(1) 被告方法が本件発明の技術的範囲に属するか否か（争点１）
ア 被告原料は，特許法１０４条により，本件発明の方法により生産したものと推定されるか（争点１－１）
イ 被告方法において「選択」された「ダイゼイン類」は，ダイゼイン配糖体か（構成要件Ａ－１～Ａ－３，Ｂの充足性）（争点１－２）
ウ 構成要件Ａ－１の「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」は，大豆胚軸に限定されるか（構成要件Ａ－１の充足性）（争点１－３）
エ 構成要件Ｂの「微生物」は，ラクトコッカス２０－９２に限定されるか（構成要件Ｂの充足性）（争点１－４）
オ 構成要件Ｂの「微生物」は，糖を切断する能力を有する微生物に限定されるか（構成要件Ｂの充足性）（争点１－５）
カ 被告方法におけるアルギニンを含む培養液は，「アルギニンを含む発酵原料」に当たるものといえるか（構成要件Ａ－２，Ａ－３の充足性）（争点１－６）
(2) 本件特許は特許無効審判により無効にされるべきものであるか（争点２）
ア 無効理由１（優先権主張の効力がないことを前提とする乙Ｂ３に基づく新規性・進歩性欠如）の有無（争点２－１）
イ 無効理由２（本件発明の「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」に関するサポート要件違反・実施可能要件違反）の有無（争点２－２）
ウ 無効理由３（乙Ｂ４に基づく新規性欠如・乙Ｂ４を主引例とする進歩性欠如）の有無（争点２－３）
エ 無効理由４（乙Ｂ１６に基づく新規性欠如・乙Ｂ１６を主引例とする進歩性欠如）の有無（争点２－４）
オ 無効理由５（乙Ｂ１９の１に基づく新規性欠如・乙Ｂ１９の１を主引例とする進歩性欠如）の有無（争点２－５）
カ 無効理由６（乙Ｂ２４に基づく新規性欠如・乙Ｂ２４を主引例とする進歩性欠如）の有無（争点２－６）
キ 無効理由７（本件特許に係る特許出願の分割要件違反による新規性・進歩性欠如）の有無（争点２－７）
(3) 本件発明についての訂正の対抗主張の成否（争点３）
ア 訂正要件の具備（争点３－１）
イ 無効理由１の解消の有無（争点３－２）
ウ 無効理由２の解消の有無（争点３－３）
エ 無効理由３の解消の有無（争点３－４）
オ 無効理由４の解消の有無（争点３－５）
カ 無効理由５の解消の有無（争点３－６）
キ 無効理由６の解消の有無（争点３－７）
ク 無効理由７の解消の有無（争点３－８）
ケ 被告方法が本件訂正発明の技術的範囲に属するか否か（争点３－９）
３ 争点に関する当事者の主張
(1) 争点１－１（被告原料は，特許法１０４条により，本件発明の方法により生産したものと推定されるか）
【原告の主張】
特許法１０４条は，物を生産する方法の発明について特許がされている場合において，その物が特許出願前に日本国内において公然知られた物でないときは，その物と同一の物は，その方法により生産したものと推定する旨規定する。
しかして，本件発明は，「オルニチン及びエクオールを含有する発酵物」という物の生産方法の発明であるところ，優先権基礎出願（乙Ｂ１の１～３。出願日平成１９年６月１３日）には，発酵原料として「ダイゼイン類」の場合が記載されており（【００１３】【００１５】【００１８】【００２０】），基準日は，本件特許の優先日（平成１９年６月１３日）となる。そして，同日の時点では，「オルニチン及びエクオールを含有する発酵物」は，日本国内において公然知られた物ではなかった。また，被告原料は，「オルニチン及びエクオールを含有する発酵物」と同一の物である。そうすると，特許法１０４条により，被告原料は，本件発明の方法により生産したものと推定される。
【被告らの主張】
原告の上記主張は，争う。本件発明の優先権主張に係る基礎出願（乙Ｂ１の１～３。出願日平成１９年６月１３日）には，発酵原料が「大豆胚軸」の場合について記載されているにすぎず，その基準日は，本件特許の優先日（平成１９年６月１３日）ではなく，親出願の出願日（平成２０年６月１３日）となる。そして，同日の時点では，「オルニチン及びエクオールを含有する発酵物」は，日本国内において公然知られた物であったから（乙Ｂ３（公開日平成１９年６月１４日）【００１１】），特許法１０４条による被告原料が本件発明の方法により生産したものとの推定は働かない。
(2) 争点１－２（被告方法において「選択」された「ダイゼイン類」は，ダイゼイン配糖体か（構成要件Ａ－１～Ａ－３，Ｂの充足性））
【原告の主張】
被告方法において「選択」された「ダイゼイン類」は，ダイゼイン配糖体（構成α１）ではなく，「ダイゼインを含む処理液」（構成α３）ということができ，これを前提とすると，被告方法は，構成要件Ａ－１～Ａ－３，Ｂを充足する。
すなわち，構成要件Ａ－１～Ａ－３の文言からすれば，本件発明においては，「ダイゼイン配糖体」，「ダイゼイン」，「ジヒドロダイゼイン」の３種のダイゼイン類の中から少なくとも１種が発酵原料に含まれていれば足りる。そして，これを被告方法の構成α３と対比すれば，被告方法には，「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」に「アルギニン」を含むようにして「発酵原料」を得る工程が存在しているといえる。また，構成要件Ａ－１～Ａ－３，Ｂの文言からすれば，本件発明の微生物は，構成要件Ａ－１に挙がっているダイゼイン類３種のうち少なくとも１種をエクオールに変換する能力を有していれば足り，ダイゼイン配糖体からエクオールを産生する能力があることが必須の要件ではないから，これを被告方法の構成α３と対比すれば，被告方法には「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む」との文言に相当する工程が存在しているといえる。
【被告らの主張】
被告方法において「選択」された「ダイゼイン類」は，ダイゼイン配糖体（構成α１）というべきであり，これを前提とすると，被告方法は，構成要件Ａ－１～Ａ－３，Ｂを充足しない。
すなわち，被告方法の構成α１（「ダイゼイン配糖体であるダイジン（５０重量％程度）と少量（１重量％程度）のダイゼインとを含むイソフラボンを」）によれば，被告方法において選択されているダイゼイン類は，ダイゼイン配糖体であるダイジンであるところ，被告方法においては，そのダイジンとアルギニンとを含ませて発酵原料を得る工程（構成要件Ａ－２，Ａ－３に相当する工程）は存在しない。被告方法でアルギニンが含まれるのは，原料調整工程ではなく，発酵処理工程であり，培養液として発酵処理液に存在するからであるにすぎない。また，被告方法における微生物は，ダイゼイン配糖体から発酵によってエクオールを産生する能力がないため，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む」との文言に相当する工程（構成要件Ｂ）も存在しない。
(3) 争点１－３（構成要件Ａ－１の「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」は，大豆胚軸に限定されるか（構成要件Ａ－１の充足性））
【原告の主張】
被告方法は，大豆胚軸を用いていないが，構成要件Ａ－１を充足する。すなわち，構成要件Ａ－１の文言は，「ダイゼイン類」を大豆胚軸に限定していないものであり，本件明細書（【００３１】【００３３】【００３８】【００９３】）をみても，ダイゼイン類を含む発酵原料が開示されている。本件明細書の【発明が解決しようとする課題】【実施例】等において，大豆胚軸を取り上げているからといって，上記「ダイゼイン類」が大豆胚軸に限定されることにはならない。
【被告らの主張】
被告方法は，大豆胚軸を用いていないものであるところ，構成要件Ａ－１の「ダイゼイン類」は大豆胚軸に限定されるものであるから，被告方法は構成要件Ａ－１を充足しない。すなわち，原告が指摘する本件明細書の【００９３】の記載は，優先権基礎出願の明細書において記載されておらず，また，本件明細書においては，【技術分野】【発明が解決しようとする課題】【発明の効果】【図面】【発明を実施するための形態】【実施例】の全てにおいて，本件発明の対象は大豆胚軸発酵物であり，製造方法は，大豆胚軸発酵物からエクオールを含む有用成分を効率的に抽出する方法であることを示している。
(4) 争点１－４（構成要件Ｂの「微生物」は，ラクトコッカス２０－９２に限定されるか（構成要件Ｂの充足性））
【原告の主張】
構成要件Ｂの文言は，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む」というものであり，ラクトコッカス２０－９２に限定していないものであるから，被告方法における微生物（●（省略）●）は，構成要件Ｂを充足する。
【被告らの主張】
構成要件Ｂの「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む」とは，いわゆる機能的クレームとして広範な微生物を包含する記載であるのに対し，本件明細書には，ラクトコッカス２０－９２を適切なものとして発見した点に基本的な技術思想があることが記載され，あらゆる微生物を含むものとして記載されていない。また，原告のホームページ（乙Ｂ１１）をみても，ラクトコッカス２０－９２以外の上記微生物を見出すためには過度の試行錯誤を有するというべきである。これらによれば，構成要件Ｂの「微生物」は，ラクトコッカス２０－９２に限定して解釈されるべきであるから，被告方法における微生物（●（省略）●）は，構成要件Ｂを充足しない。
(5) 争点１－５（構成要件Ｂの「微生物」は，糖を切断する能力を有する微生物に限定されるか（構成要件Ｂの充足性））
【原告の主張】
構成要件Ｂの文言は，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む」というものであり，「微生物」を，配糖体から糖を切断する能力を有する微生物に限定していないから，被告方法における微生物（●（省略）●）も，構成要件Ｂを充足する。被告らが指摘する意見書（乙Ｂ７の２）は，ダイゼイン配糖体を発酵に供する原料とする場合は，その微生物は糖を切断する必要があると述べるにとどまり，原料がダイゼイン配糖体以外のダイゼイン類である場合について言及するものではない。
【被告らの主張】
本件特許の関連の分割出願における原告の意見書（乙Ｂ７の２）によれば，本件発明の「微生物」は，ダイゼイン配糖体から糖を切断する能力を有する微生物であると理解すべきである。しかして，被告方法における微生物（●（省略）●）は，そのような能力を有しておらず，別途，糖を切断する工程を必要とするから，被告方法は，構成要件Ｂを充足しない。
(6) 争点１－６（被告方法におけるアルギニンを含む培養液は，「アルギニンを含む発酵原料」に当たるものといえるか（構成要件Ａ－２，Ａ－３の充足性））
【原告の主張】
被告方法において，培養液に含まれるアルギニンも，ダイゼインを含む処理液と共に混合して発酵処理されるから，「発酵原料」に含まれるものであるといえ，被告方法は，構成要件Ａ－２，Ａ－３を充足する。このことは，本件特許請求の範囲の記載及び本件明細書の【００３６】【０２２２】【０２２５】の記載からも裏付けられる。
すなわち，本件特許請求の範囲の記載からは，アルギニンは，発酵原料にダイゼイン類と共に含まれていれば足りるものであるところ，本件明細書には，「大豆胚軸の発酵において，発酵原料となる大豆胚軸には，必要に応じて，発酵効率の促進や発酵物の風味向上等を目的として，（中略）アミノ酸等の栄養成分を添加してもよい。特に，エクオール産生微生物として，アルギニンをオルニチンに変換する能力を有するもの（中略）を使用する場合には，大豆胚軸にアルギニンを添加して発酵を行うことによって，得られる発酵物中にオルニチンを含有させることができる。」（【００３６】），「粉末状大豆胚軸，アルギニン，及び水を混合して」（【０２２２】），「粉末状大豆胚軸１０重量％及びＬ－アルギニン０．１重量％を含む大豆胚軸溶液」（【０２２５】）などと記載されており，培地や培養液のように栄養成分として用いるアルギニンであっても，発酵原料と特段区別されていないものである。
【被告らの主張】
被告方法におけるアルギニンは，「発酵原料」には含まれず，被告方法は，構成要件Ａ－２，Ａ－３を充足しない。すなわち，本件発明は物を生産する方法の発明であり，各構成要件は，経時的な工程（ステップ）を意味しているところ，構成要件Ａ－１～Ａ－３は，発酵工程の前に，ダイゼイン類にアルギニンを添加しダイゼイン類とアルギニンを含む発酵原料を作る工程であることが明らかである。しかして，被告方法におけるアルギニンは，培養液として発酵処理液に存在するものであり，発酵処理工程に含まれるものであって，発酵原料を作る工程においては存在していないものである。
(7) 争点２－１（無効理由１（優先権主張の効力がないことを前提とする乙Ｂ３に基づく新規性・進歩性欠如）の有無）
【被告らの主張】
本件発明には，優先権主張の効力がない。すなわち，本件発明の優先権主張に係る基礎出願（乙Ｂ１の１～３。出願日平成１９年６月１３日）には，発酵原料が「大豆胚軸」の場合についてのみ記載されているところ，この発明は，その後，発酵原料が「大豆胚軸」以外の「ダイゼイン類」の場合に拡張され，以前のものとは質的に異なるものとして，一体不可分の本件発明を構成するものとなったというべきである。そうすると，本件発明全体につき，優先権主張の効力がなく，発酵原料を「大豆胚軸」とする発明につき部分優先権を主張することもできない。また，上記基礎出願の明細書（乙Ｂ１の１～３）においては，本件明細書（【００３６】）記載の「公知のスクリーニング方法」について一切記載がないから，上記基礎出願には微生物としてラクトコッカス２０－９２が記載されているのみということとなる。この点からしても，本件発明には，優先権主張の効力がないというべきである。
そうすると，本件発明につき新規性・進歩性を判断する基準日は，本件特許の優先日（平成１９年６月１３日）ではなく，親出願の出願日（平成２０年６月１３日）となるから，本件発明は，乙Ｂ３（公開日平成１９年６月１４日）に記載された発明であると認められ，本件発明には，乙Ｂ３に基づき，新規性・進歩性欠如の無効理由があることとなる。
【原告の主張】
被告らの上記主張は，争う。本件発明については，優先権を主張することができるから，優先日に後れる乙Ｂ３（公開日平成１９年６月１４日）が公知文献となることはなく，本件発明に，乙Ｂ３に基づく新規性・進歩性欠如の無効理由は存しない。
(8) 争点２－２（無効理由２（本件発明の「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」に関するサポート要件違反・実施可能要件違反）の有無）
【被告らの主張】
ア サポート要件違反について
本件特許請求の範囲には，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」とあるのに対し，本件明細書には，「ラクトコッカス２０－９２」しか開示されておらず，本件明細書の記載をみても，スクリーニングすべき対象の範囲も不明であり，スクリーニング方法も特定されておらず，スクリーニングによって本件特許請求の範囲に記載の機能・作用を有する微生物が得られるかも不明である。そうすると，本件特許には，本件特許請求の範囲の記載につき，特許法３６条６項１号に規定する要件を満たしていない特許出願に対してされたサポート要件違反の無効理由（同法１２３条１項４号）が存することとなる。
イ 実施可能要件違反について
本件発明においては，本件明細書に具体的に開示された微生物（ラクトコッカス２０－９２）以外の「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」を見出すために，当業者において期待し得る程度を超える試行錯誤を必要とする。そうすると，本件明細書の記載は，当業者が本件発明の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載したものであるとはいえず，特許法３６条４項１号に規定する要件を満たしていない特許出願に対してされた実施可能要件違反の無効理由（同法１２３条１項４号）が存することとなる。
【原告の主張】
ア サポート要件違反について
被告らの上記主張は，争う。当業者は，本件明細書の記載及び出願当時の技術常識によれば，エクオール産生能力を有する微生物を対象として，これらの中から，さらに，アルギニンからオルニチンへの変換能力を有するものを，公知のスクリーニング方法で特定し，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」を取得できると十分理解できる。そして，当業者は，このような微生物を用いることにより，本件明細書の実施例に記載されたラクトコッカス２０－９２と同様に，本件発明の課題を解決し得ると認識できるから，本件特許請求の範囲の記載にサポート要件違反はなく，本件特許に無効理由はない。
イ 実施可能要件違反について
被告らの上記主張は，争う。当業者は，本件明細書の記載及び出願当時の技術常識に基づいて，通常の試行錯誤の範囲内でスクリーニングを行い得るものであって，本件明細書の記載に実施可能要件違反はなく，本件特許に無効理由はない。
(9) 争点２－３（無効理由３（乙Ｂ４に基づく新規性欠如・乙Ｂ４を主引例とする進歩性欠如）の有無）
【被告らの主張】
本件発明は，次のとおり，乙Ｂ４（引用例２）記載の引用発明２と同一の発明であるか，または，引用発明２に技術常識（アルギニンジヒドロラーゼ経路）を適用することにより，容易に発明をすることができたものであるから，新規性又は進歩性が欠如し，本件特許には，特許法２９条１項３号，２項に違反する無効理由（同法１２３条１項２号）がある。
ア 乙Ｂ４（引用例２）には，次の発明が記載されている。
ａ－１ダイゼイン，及び
ａ－２アルギニン
ａ－３を含む発酵原料を
ｂ エクオール産生能力を有する微生物であるグラム陽性菌ｄｏ０３で
ｃ 発酵処理することを含む，
ｄ エクオールを含有する発酵物を製造する方法。
イ 本件発明と引用発明２とを対比すると，次の点で一応相違する。(ｱ) 相違点①
微生物が，本件発明は「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」であるのに対し，引用発明２は「エクオール産生能力を有する微生物であるグラム陽性菌ｄｏ０３」である点。
(ｲ) 相違点②
製造される発酵物が，本件発明は「オルニチン及びエクオールを含有する発酵物」であるのに対し，引用発明２は「エクオールを含有する発酵物」である点。
ウ 相違点①，②について
相違点①，②は，次に照らせば，乙Ｂ４（引用例２）に記載されているに等しい事項であるか（新規性欠如），技術常識（アルギニンジヒドロラーゼ経路）を適用して，当業者が容易に想到することができた事項である（進歩性欠如）。
(ｱ) すなわち，引用例２には，ｄｏ０３が成長のためにアルギニンを用いており，アルギニンジヒドロラーゼ経路を用いてエネルギーを得ること，アルギニンの菌代謝によりＮＨ３が産生されることが記載されているところ，乙Ｂ５には，アルギニンジヒドロラーゼ経路を介して，アルギニンからオルニチンとＮＨ３が産生することが記載されている。そして，かかるアルギニンジヒドロラーゼ経路は，本件特許の特許出願時，技術常識となっていた（乙Ｂ１５の１～３）。そうすると，当業者であれば，本件特許の特許出願時，引用例２記載のｄｏ０３が，アルギニンからアルギニンジヒドロラーゼ経路を用いてエネルギーを得る過程においてオルニチンを産生していること（相違点①），引用例２の発酵物が，オルニチンを含有していること（相違点②）は，容易に理解することができた事項である。
(ｲ) 引用例２の再現実験（乙Ｂ６）においては，アルギニンを培地に添加するか否かにかかわらず，ほぼ等量のエクオールが生成したところ，アルギニンを添加した培地ではオルニチンが生成し，アルギニンを添加しない培地でも少量のオルニチンが生成した。そうすると，引用例２に接した当業者が，再現実験をすれば，引用例２記載のｄｏ０３がオルニチン産生能力を有し（相違点①），引用例２の発酵物にはオルニチンが含まれること（相違点②）は，容易に確認することができる事項である。
なお，引用例２には，検体を振盪したかどうかが記載されていないことからすれば，静置培養と振盪培養があり得るところ，再現実験（乙Ｂ６）では振盪培養を選択している。しかし，静置培養か振盪培養かでは，エクオール変換率に差異があるというだけであり，エクオールを産生する点，オルニチンを産生する点の確認には，影響がないものである。
【原告の主張】
本件発明は，引用発明２と対比して，少なくとも上記【被告らの主張】イ記載のとおりの相違点①，②を有するが，次のア～ウに照らせば，上記相違点①，②が当業者にとり容易に理解できた事項であるとはいえないから，新規性は欠如しておらず，また，上記相違点①，②が引用発明２に基づいて容易に想到することができたものであるともいえないから，進歩性も欠如していない。したがって，本件特許に，特許法２９条１項３号，２項に違反する無効理由（同法１２３条１項２号）はない。
ア 確かに，乙Ｂ４（引用例２）には，①アルギニンの菌代謝により，ＮＨ３が産生され，それらによって培養ブロスｐＨが増加したこと，②アルギニン追加により，ＯＤ６００（６００ｎｍにおける吸光度）が増加し，それによって，株ｄｏ０３が成長のためにアルギニンを用いている，との記載がされている。
しかし，上記①については，引用例２の表１には，ｐＨの測定値が記載されているものの，かかるｐＨの増加がＮＨ３に由来するものかどうかについて確認されておらず，仮にＮＨ３に由来するものであるとしても，アルギニンジヒドロラーゼ経路におけるシトルニンまでで反応が止まっている可能性もあり，オルニチンが生成されていることの確認にはならない。また，上記②については，ＯＤ６００の増加がなぜアルギニンの菌代謝を示すのかについて何ら説明されていない。
イ また，被告らが，アルギニンジヒドロラーゼ経路が技術常識であったことの根拠とする乙Ｂ１５の１～３に関しても，単にアルギニンジヒドロラーゼ経路についての説明があるのみであって，引用例２で用いられているグラム陽性菌であるｄｏ０３において，かかるアルギニンジヒドロラーゼ経路が現に機能することについて何ら言及していない。
ウ さらに，次に照らせば，被告らが主張する再現実験（乙Ｂ６）は，引用例２の再現実験とは到底いえないものである。
まず，引用例２では，ダイゼインの供給源として，「フジッコ社製」フジフラボンＰ１０を用いているが，上記再現実験では，「ＬＣＬａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ製」（ＬｏｔＤＡ－１２１）を用いており，発酵原料がそもそも相違するし，前培養の条件も異なっている。また，得られた実験結果についても，引用例２の場合は，Ｔａｂｌｅ１によれば，アルギニンを培地に添加することによりエクオールの産生量が約４倍に増加する結果となっているのに対し，再現実験（乙Ｂ６）の場合は，培地へのアルギニンの無添加，添加のいずれの場合も，エクオール濃度は３９．６ｍｇ／Ｌであり，アルギニンの添加にかかわらず，ほぼ等量のエクオールが生成する結果となっており，このことからすれば，両者の結果は明らかに乖離している。
(10) 争点２－４（無効理由４（乙Ｂ１６に基づく新規性欠如・乙Ｂ１６を主引例とする進歩性欠如）の有無）
【被告らの主張】
本件発明は，次のとおり，乙Ｂ１６（引用例３－１）記載の引用発明３と同一の発明であるか，または，引用発明３に基づいて容易に発明をすることができたものであるから，新規性又は進歩性が欠如し，本件特許には，特許法２９条１項３号，２項に違反する無効理由（同法１２３条１項２号）がある。
ア 乙Ｂ１６（引用例３－１）には，次の発明が記載されている。ａ－１ダイゼイン配糖体，ダイゼインおよびジヒドロダイゼインからなる群から選ばれる少なくとも１種のダイゼイン類
ａ－３を含む発酵原料（豆乳を含むダイゼイン含有基礎培地など）を
ｂ エクオール産生能力を有する微生物であるラクトコッカス２０－９２（FERM BP-10036 号）で
ｃ 発酵処理することを含む，
ｄ エクオールを含有する発酵物を製造する方法。
イ 本件発明と引用発明３とを対比すると，次の点で一応相違する。(ｱ) 相違点①
微生物が，本件発明は「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」であるのに対し，引用発明３は「エクオール産生能力」を有する微生物である「ラクトコッカス２０－９２」（FERM BP-10036 号）である点。
(ｲ) 相違点②
製造される発酵物が，本件発明は「オルニチン及びエクオールを含有する発酵物」であるのに対し，引用発明３は「エクオールを含有する発酵物」である点。
(ｳ) 相違点③
発酵原料が，本件発明は「アルギニン」を含むのに対し，引用発明３は「アルギニン」を含むことを明示していない点。
ウ 相違点①～③は，次に照らせば，乙Ｂ１６（引用例３－１）に記載されているに等しい事項であるか（新規性欠如），技術常識（アルギニンジヒドロラーゼ経路）ないし乙Ｂ１８（引用例３－２）を適用して，当業者が容易に想到することができた事項である（進歩性欠如）。
(ｱ) 相違点①については，本件明細書において，ラクトコッカス２０－９２が，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」として開示されている。また，引用例３－２には，ラクトコッカス・ガルビエのアルギニンジヒドロラーゼは＋と記載され，当業者は，ラクトコッカス・ガルビエはオルニチン産生能力を備えると認識できるから，かかるラクトコッカス・ガルビエに含まれるラクトコッカス２０－９２についても，オルニチン産生能力を備えると認識できる。(ｲ) 相違点②については，引用例３－１には，発酵原料として豆乳，大豆，牛乳が記載され，これらがアルギニンを含むことは周知であるから，当業者において，引用発明３の発酵原料にアルギニンが含まれることは自明である。そして，ラクトコッカス２０－９２は，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」であるから，引用発明３の発酵原料に豆乳，大豆又は牛乳を用いるときは，客観的には，豆乳，大豆又は牛乳に含まれるアルギニンからオルニチンを産生し，オルニチンを含有する発酵物を製造していることとなる。
(ｳ) 相違点③については，引用例３－１で，発酵原料として豆乳，大豆，牛乳を用いる場合，それらのいずれについてもアルギニンが含まれるのは周知である（乙Ｂ１７の１～３）。
【原告の主張】
本件発明は，引用発明３と対比して，少なくとも上記【被告らの主張】イ記載のとおりの相違点①～③を有するが，次のア～ウに照らせば，上記相違点①～③が当業者にとり容易に理解できた事項であるとはいえないから，新規性は欠如しておらず，また，上記相違点①～③が引用発明３に基づいて容易に想到することができたものであるともいえないから，進歩性も欠如していない。したがって，本件特許に，特許法２９条１項３号，２項に違反する無効理由（同法１２３条１項２号）はない。
ア 相違点①については，本件明細書の記載や乙Ｂ１８（引用例３－２）を根拠に，乙Ｂ１６（引用例３－１）に開示されているに等しい事項ということはできない。すなわち，本件明細書の記載については，本件特許の優先日時点では開示されていない。また，引用例３－２については，ラクトコッカス・ガルビエのＡＤＨ（アルギニンジヒドロラーゼ）活性が＋と記載されていても，ラクトコッカス２０－９２も同様にＡＤＨ活性が＋とは記載されておらず，ＡＤＨ活性が＋であるからといって，必ずしもオルニチンを含む発酵物を得られるとは限らない。
イ 相違点②については，仮に一時的にオルニチンが生成しても，オルニチンは乳酸菌により分解されることが知られていたから（甲７，８），一時的に生成したオルニチンは分解され，発酵物には残存していない可能性がある。また，仮に第三者が引用例３－１の再現実験を行ったとしても，引用例３－１の試験例１の豆乳や牛乳のアルギニン含有量は記載されておらず，オルニチンの原料となるアルギニンの存在には着目されていないものであって，当業者であっても，オルニチンの生成を確認しようとする意図がなければ，その生成の有無は分かり得ない。
ウ 相違点③については，一般に豆乳や牛乳にアルギニンが含まれ得るとしても，引用例３－１の試験例の豆乳や牛乳中のアルギニン含有量の記載はなく，実際に発酵によってオルニチンが生成し得る程度の量か否かは不明であるし，大豆については例示されているだけで具体的開示はない。
(11) 争点２－５（無効理由５（乙Ｂ１９の１に基づく新規性欠如・乙Ｂ１９の１を主引例とする進歩性欠如）の有無）
【被告らの主張】
本件発明は，次のとおり，乙Ｂ１９の１（引用例４－１）記載の引用発明４に記載された発明であるか，または，引用発明４に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから，新規性又は進歩性が欠如し，本件特許には，特許法２９条１項３号，２項に違反する無効理由（同法１２３条１項２号）がある。
ア 乙Ｂ１９の１（引用例４－１）には，次の発明が記載されている。ａ－１ダイゼイン配糖体，ダイゼインおよびジヒドロダイゼインからなる群から選ばれる少なくとも１種のダイゼイン類
ａ－３を含む発酵原料を
ｂ エクオール産生能力を有する微生物である，
① BIFIDOBACTERIUM LACTIS，
② LACTOBACILLUS ACIDOPHILUS，
③ LACTOCOCCUS LACTIS，
④ ENTEROCOCCUS FAECIUM
⑤ LACTOBACILLUS CASEI，及び，
⑥ LACTOBACILLUS SALIVARIUS を含む「混合培養物」で
ｃ 発酵処理することを含む，
ｄ エクオールを含有する発酵物を製造する方法。
イ 本件発明と引用発明４とを対比すると，次の点で一応相違する。(ｱ) 相違点①
微生物が，本件発明は「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」であるのに対し，引用発明４はエクオール産生能力を有する微生物である，
① BIFIDOBACTERIUM LACTIS，
② LACTOBACILLUS ACIDOPHILUS，
③ LACTOCOCCUS LACTIS，
④ ENTEROCOCCUS FAECIUM
⑤ LACTOBACILLUS CASEI，及び，
⑥ LACTOBACILLUS SALIVARIUS を含む「混合培養物」である点。(ｲ) 相違点②
製造される発酵物が，本件発明は「オルニチン及びエクオールを含有する発酵物」であるのに対し，引用発明４は「エクオールを含有する発酵物」である点。
(ｳ) 相違点③
発酵原料が，本件発明は「アルギニン」を含むのに対し，引用発明４は「アルギニン」を含むことを明示していない点。
ウ 相違点①～③は，次に照らせば，乙Ｂ１９の１（引用例４－１）に記載されているに等しい事項であるか（新規性欠如），乙Ｂ２０（引用例４－２）を適用するなどして，当業者が容易に想到することができた事項である（進歩性欠如）。
(ｱ) 相違点①について
引用例４－２には，ストレプトコッカスラクチス（ラクトコッカスラクチスのこと）が，オルニチンなどを産生するアルギニンデイミナーゼ経路を介してアルギニンを代謝すること，すなわち，アルギニンをオルニチンに代謝する能力を有していることが記載されている。そうすると，これを踏まえて引用例４－１に接した当業者は，ラクトコッカスラクチスが，大豆由来の発酵原料に含まれるアルギニンを代謝し，オルニチンを産生していることを容易に認識するものである。(ｲ) 相違点②について
引用発明４の発酵原料の豆乳は，アルギニンを含んでいるものであるところ，上記のとおり，引用発明４の混合培養物がアルギニンからオルニチンを産生する能力を備えることが実質的に開示されているから，当業者は，製造される発酵物が，オルニチンとエクオールを含有する発酵物となることを容易に認識するものである。
(ｳ) 相違点③について
引用例４－１の実施例５には，発酵原料として「ほぼ２０ｍｇ／ｌのダイゼインを含むダイゼイン強化豆乳」が開示されているところ，豆乳にアルギニンが含まれるのは周知である（乙Ｂ１７の１）。【原告の主張】
本件発明は，引用発明４と対比して，少なくとも上記【被告らの主張】イ記載のとおりの相違点①～③を有するが，次のア～ウに照らせば，上記相違点①～③が当業者にとり容易に理解できた事項であるとはいえないから，新規性は欠如しておらず，また，上記相違点①～③が引用発明４に基づいて容易に想到することができたものであるともいえないから，進歩性も欠如していない。したがって，本件特許に，特許法２９条１項３号，２項に違反する無効理由（同法１２３条１項２号）はない。
ア 相違点①について
被告らは，乙Ｂ２０（引用例４－２）について指摘するが，これには，ラクトコッカスラクチスがアルギニンデイミダーゼ経路を介してアルギニンを代謝し得ることが記載されるのみで，乙Ｂ１９の１（引用例４－１）のラクトコッカスラクチスがオルニチン産生能力を有していることまで明示的に記載されていない。また，ラクトコッカスラクチス以外にも複数の微生物が含まれている引用例４－１の「混合培養物」が，実際にオルニチンを生成することは，具体的に確認されていない。
イ 相違点②について
豆乳を発酵原料としても，必ずしも発酵物中にオルニチンが含まれるとはいえない。また，仮に第三者が引用例４－１の実施例５の再現実験を行ったとしても，引用例４－１の実施例５は，ダイゼイン強化豆乳のアルギニン含有量について記載されておらず，アルギニンの存在も着目されておらず，オルニチンについても言及していない。そうすると，再現実験でオルニチンの生成を確認しようとする意図は生じ得ず，オルニチンの生成を測定により確認しようとする意図がなければ，その生成の有無は分かり得ない。
ウ 相違点③について
引用例４－１には，実施例５の「ほぼ２０ｍｇ／ｌのダイゼインを含むダイゼイン強化豆乳」がいかなる構成のものかは開示されていない。
(12) 争点２－６（無効理由６（乙Ｂ２４に基づく新規性欠如・乙Ｂ２４を主引例とする進歩性欠如）の有無）
【被告らの主張】
本件発明は，次のとおり，乙Ｂ２４（引用例５）記載の引用発明５と同一の発明であるか，または，引用発明５に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから，新規性又は進歩性が欠如し，本件特許には，特許法２９条１項３号，２項に違反する無効理由（同法１２３条１項２号）がある。
ア 乙Ｂ２４（引用例５）には，次の発明が記載されている。
ａ－６－１基質としてダイゼイン，例えば豆乳
ａ－６を含む発酵原料を
ａ－６－２変法ＧＡＭ培地で
ｂ－６エクオール産生能力を有する微生物であるストレプトコッカスインターメディアス菌，特にストレプトコッカスＡ６Ｇ－２２５（FERM BP-6437）で
ｃ－６発酵処理することを含む，
ｄ－６エクオールを含有する粉末状の発酵物の製造方法であって，ｅ－６粉末状の発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，１ｍｇ～３ｍｇのエクオールを生成し，
ｆ－６前記発酵物が，例えば飲料，乳製品，発酵乳，バー，顆粒，粉末，カプセル，錠剤等の食品形態として用いられる，製造方法。
イ 本件発明と引用発明５とを対比すると，次の点で一応相違する。(ｱ) 相違点①
微生物が，本件発明は「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」であるのに対し，引用発明５は「ストレプトコッカスＡ６Ｇ－２２５」である点。
(ｲ) 相違点②
製造される発酵物が，本件発明はオルニチンを含有するのに対し，引用発明５はオルニチンを含有するか不明である点。
(ｳ) 相違点③
発酵原料が，本件発明は「アルギニン」を含むのに対し，引用発明５はアルギニンを含むか不明である点。
ウ 相違点①～③は，次に照らせば，乙Ｂ２４（引用例５）に開示されているに等しい事項であるか（新規性欠如），これに基づいて当業者が容易に想到することができた事項である（進歩性欠如）。
(ｱ) 相違点①については，本件明細書の【００３２】，甲１８によれば，エクオール産生微生物である「ストレプトコッカスＡ６Ｇ－２２５」は，オルニチン産生能力を有することが示されているから，乙Ｂ２４は，エクオール産生能力及びオルニチン産生能力を有する微生物を用いることを実質的に開示している。
(ｲ) 相違点②については，上記(ｱ)に照らせば，当然にオルニチンが産生されるものである。
(ｳ) 相違点③については，引用例５は，「変法ＧＡＭ培地」で発酵処理することを開示するところ，「変法ＧＡＭ培地」はアルギニンを含んでいる（乙Ｂ４５）。また，引用例５で発酵原料として用いられた「豆乳」がアルギニンを含むことは，当業者において知られている（乙Ｂ１７の１）。
【原告の主張】
被告らの上記主張は，民訴法１５７条１項に規定する時機に後れた攻撃防御方法に当たるものとして，却下を免れない。
また，仮にそうでないとしても，本件発明は，引用発明５と対比して，少なくとも上記【被告らの主張】イ記載のとおりの相違点①～③を有するが，次のア，イに照らせば，上記相違点①～③が引用例５（乙Ｂ２４）に開示されたに等しい事項であるとはいえないから，新規性は欠如しておらず，また，上記相違点①～③が引用発明５に基づいて容易に想到することができたものであるともいえないから，進歩性も欠如していない。したがって，本件特許に，特許法２９条１項３号，２項に違反する無効理由（同法１２３条１項２号）はない。
ア 相違点①，②について
引用例５には，エクオールと共にオルニチンを含有する発酵物を得ることは何ら開示されておらず，また，オルニチン自体に関する記載も何らされていない。また，当業者は，「ストレプトコッカスＡ６Ｇ－２２５」がエクオールに加えてオルニチンを産生する能力を有することを，本件明細書を見て初めて理解することができるものである。さらに，甲１８の実験結果についても，あくまで無効理由２（サポート要件）との関係で，本件明細書の実施例で用いられている「ラクトコッカス２０－９２」以外にも，エクオール・オルニチン産生菌が実在することを示すためのものであって，本件明細書の記載を前提とするものであるから，このような甲１８の実験結果を，新規性や進歩性の議論において参照することは許されない。
イ 相違点③について
引用例５には，あくまで好ましい例として「変法ＧＡＭ培地」に言及されているにすぎず（乙Ｂ２４の２８頁９～１８行），被告らの引用する実施例３において，「変法ＧＡＭ培地」が用いられたとは具体的に記載されていない。そして，引用例５中において別個に記載されている異なる実施態様を組み合わせて１つの引用発明を認定することは許されない。また，仮に一般論として豆乳にアルギニンが含まれ得るとしても，引用例５の実施例３に用いられている「豆乳」についてアルギニン含有量の記載はなく，実際に，発酵処理によってオルニチンが生成し得る程度の量であるか不明である。
さらに，仮に引用例５の培養系において一時的にオルニチンが生成したとしても，発酵により分解されて発酵物には残存しない可能性があると理解することが，当業者の常識であるといえる。
(13) 争点２－７（無効理由７（本件特許に係る特許出願の分割要件違反による新規性・進歩性欠如）の有無）
【被告らの主張】
本件特許は，分割出願に係るものであり，分割出願の遡及効により親出願の出願日又は優先日を基準として新規性，進歩性等が判断されているが，本件特許に係る特許出願は，分割出願の要件を満たさず，分割出願の遡及効を得ることができない。
すなわち，分割出願直前の特許出願（乙Ｂ４７）において，「大豆胚軸」に「アルギニン」を添加して発酵原料とすることは記載されているが，「ダイゼイン類」に「アルギニン」を添加して発酵原料とすることは記載されていない。しかして，本件発明の構成要件Ａ－１は，「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」というものであるから，本件発明には，新規事項が記載されていることとなる。つまり，本件特許に係る特許出願は，分割出願の要件を満たさないから，分割出願の現実の出願日（平成２９年６月２８日）で新規性，進歩性が判断されることとなる。そうすると，本件発明を，乙Ｂ２（出願日平成２０年６月１３日）と対比すれば，本件発明は，乙Ｂ２に記載された発明であるか，または，乙Ｂ２に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから，新規性又は進歩性が欠如し，本件特許には，特許法２９条１項３号，２項に違反する無効理由（同法１２３条１項２号）がある。
【原告の主張】
被告らの上記主張は，民訴法１５７条１項に規定する時機に後れた攻撃防御方法に当たるものとして，却下を免れない。
また，仮にそうでないとしても，被告らの上記主張は，争う。本件発明には，新規事項が記載されていることはなく，本件特許に係る特許出願は，分割出願の要件を満たしている。
(14) 争点３－１（訂正要件の具備）
【原告の主張】
訂正事項１～４は，いずれも，訂正要件を具備するものである。
ア 訂正事項１は，「少なくとも１種のダイゼイン類，並びに，アルギニンを含む発酵原料」にアルギニンを別途添加する工程を特定したものであり，本件明細書の【００３６】【００５０】【０２２６】に基づくものである。すなわち，「大豆胚軸」は「少なくとも１種のダイゼイン類」の代表例であり，これにアルギニンを添加することが本件明細書の【００３６】等に記載されている以上，本件明細書には，「少なくとも１種のダイゼイン類」にアルギニンを添加することが記載されているものであって，訂正事項１は，本件明細書に記載した事項の範囲内のものであり，新規事項とはいえない。
イ 訂正事項２は，「オルニチン及びエクオールを含有する発酵物」が粉末状であることを特定したものであり，本件明細書の【０１４４】に基づくものであって，本件明細書に記載した事項の範囲内のものである。
ウ 訂正事項３は，発酵物の用途が食品素材であることを特定したものであり，本件明細書の【００１０】【００２３】【００２７】【０１４４】【０１４８】に基づくものであって，本件明細書に記載した事項の範囲内のものである。
エ 訂正事項４は，オルニチンとエクオールの生成量を特定したものであり，本件明細書の【００４２】【００５０】に基づくものである。そして，本件明細書の【００４２】【００５０】には，エクオール及びオルニチン含有量の好ましい範囲が記載されているものであって，訂正事項４は，本件明細書に記載した事項の範囲内のものであり，新規事項とはいえない。
オ 訂正事項１～４は，いずれも特許請求の範囲の減縮を目的とし，実質上特許請求の範囲を拡張又は変更するものではない。
訂正事項１～４以外の点は，訂正はされていない。構成要件Ｂ’－２についても，訂正前の請求項から訂正されていないから，新規事項とはいえない。
【被告らの主張】
ア 訂正事項１は，本件明細書に記載した事項の範囲内のものであるとはいえない。すなわち，本件明細書において，「アルギニンを添加」する対象は，「大豆胚軸」が明記されているだけで，「ダイゼイン類」に「アルギニンを添加する」ことは記載されていない。原告が指摘する本件明細書の【００３６】【００５０】【０２２６】は，いずれも「大豆胚軸」に「アルギニンを添加する」ことを記載するのみである。
イ 訂正事項２は，本件明細書に記載した事項の範囲内のものであるとはいえない。すなわち，本件明細書の【０１４４】，【０２２２】，【０２２５】，【０２２９】は，大豆胚軸発酵物の粉末化処理に関する記載にすぎず，「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」の発酵物の粉末化処理に関する記載ではないから，訂正の根拠とはならない。
ウ 訂正事項３は，本件明細書に記載した事項の範囲内のものであるとはいえない。すなわち，本件明細書の【００４２】，【００５０】には，「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり１ｍｇ以上」に該当する量のエクオールを生成すること及び「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり８ｍｇ以上」に該当する量のオルニチンを生成することに関する記載はなく，エクオール含有量が「１ｍｇ以上」及びオルニチン含有量が「８ｍｇ以上」であればどのような値であってもよいことなどの開示はない。また，本件訂正発明では，微生物を用いた発酵において通常用いられる培地や発酵原料として用いられる大豆胚軸に含まれるアルギニンとは区別する意味で，ダイゼイン類にアルギニンを添加する工程を含むことが特定されたものと考えられるが，本件明細書には，大豆胚軸以外のダイゼイン類を発酵原料とする際に「８ｍｇ以上」のオルニチンを得る手段に関する記載がない。
エ 訂正事項４は，本件明細書に記載した事項の範囲内のものであるとはいえない。すなわち，本件明細書の【００１０】【００２３】【００２７】【０１４４】【０１４８】には，オルニチン，エクオールの生成量の数値範囲は記載されていない。また，本件明細書の【００４２】には，エクオール含有量について，「１～２０ｍｇ，好ましくは２～１２ｍｇ，更に好ましくは５～８ｍｇ」と記載されているだけで，「１ｍｇ以上」であればどのような値でもよいことは開示されていない。さらに，本件明細書の【００５０】には，オルニチン含有量について，「５～２０ｍｇ，好ましくは８～１５ｍｇ，更に好ましくは９～１２ｍｇ」と記載されているだけで，「８ｍｇ以上」であればどのような値でもよいことは開示されていない。
オ 構成要件Ｂ’－２は，本件訂正前から規定されているが，本件明細書においては，本件訂正前も微生物としてラクトコッカス２０－９２しか記載されておらず，ラクトコッカス２０－９２以外の微生物によりエクオールとオルニチンの特定の産生量が得られることは記載されていないから，上記微生物については，本件明細書に記載した事項の範囲内のものであるとはいえず，新規事項の追加に当たるものである。
(15) 争点３－２（無効理由１の解消の有無）
【原告の主張】
本件訂正に係る構成は，いずれも，本件特許の優先権主張の基礎出願の明細書に記載されており，本件訂正発明については，優先権を主張することができるから，優先日に後れる乙Ｂ３（公開日平成１９年６月１４日）が公知文献となることはなく，そもそも本件訂正発明に，乙Ｂ３に基づく新規性・進歩性欠如の無効理由は存しない。
【被告らの主張】
本件特許の優先権主張の基礎出願には，「少なくとも１種のダイゼイン類」にアルギニンを添加すること（訂正事項１），「少なくとも１種のダイゼイン類」から発酵物が得られ，発酵物中にエクオール及びオルニチンが特定量で含まれること（訂正事項４）は記載されていない。
(16) 争点３－３（無効理由２の解消の有無）
【原告の主張】
本件訂正発明は，本件発明を減縮したものであるから，訂正前の本件発明と同様に，サポート要件及び実施可能要件を満たしており，そもそも無効理由２は存しない。被告らの主張は，いずれも失当である。
【被告らの主張】
本件明細書には，オルニチン８ｍｇ以上，エクオール１ｍｇ以上であれば上限がないことは記載されていないから，本件訂正発明は，サポート要件に違反する。また，本件明細書の記載から，乾燥重量１ｇ当たり「８ｍｇ以上」の全ての高濃度のオルニチン，「１ｍｇ以上」の全ての高濃度のエクオールの製造方法を理解することはできないから，本件訂正発明は，実施可能要件に違反する。
すなわち，本件明細書の【００４２】には，エクオール１～２０ｍｇと記載されているが，上記２０ｍｇを超えた値をどのように得るのか，どのような原料，微生物，発酵処理でこれを達成できるのか開示されていない。また，本件訂正発明では，発酵原料であるダイゼイン類の量についての構成はなく，その量が大豆胚軸に含まれる量とはかけ離れる場合もあり得るところ，本件明細書においてはその場合の製造条件について開示がなく，当業者が所定量のエクオールを得られる保証はない。これらのことは，オルニチン含有量についても，同様である。
(17) 争点３－４（無効理由３の解消の有無）
【原告の主張】
本件訂正発明は，乙Ｂ４（引用例２）記載の引用発明２と対比して，少なくとも次のア記載のとおりの相違点①～④を有するが，次のイ～エに照らせば，上記相違点①～④が当業者にとり容易に理解できた事項であるとはいえないから，新規性は欠如しておらず，また，上記相違点①～④が引用発明２に基づいて容易に想到することができたものであるともいえないから，進歩性も欠如していない。したがって，本件訂正後の本件特許（以下「本件訂正特許」という。）に，特許法２９条１項３号，２項に違反する無効理由（同法１２３条１項２号）はない。
ア 本件訂正発明と引用発明２とを対比すると，次の点で一応相違する。(ｱ) 相違点①
本件訂正発明は「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」を用いるのに対し，引用発明２のｄｏ０３は，オルニチン産生能力を有するか不明である点。
(ｲ) 相違点②
本件訂正発明は「オルニチン及びエクオールを含有する粉末状の発酵物」が得られるのに対し，引用発明２の発酵物は粉末状ではなく，オルニチンを含有するかも不明である点。
(ｳ) 相違点③
本件訂正発明は「前記発酵処理により，前記発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ以上のエクオールを生成」するのに対し，引用発明２は，発酵物の乾燥重量１ｇ当たりのオルニチンとエクオールの生成量が不明である点。
(ｴ) 相違点④
本件訂正発明は，「発酵物が食品素材として用いられるものである」のに対し，引用発明２は，発酵物の用途が不明である点。
イ 相違点①，②について
前記(9)の【原告の主張】に記載したとおりである。
また，相違点②の「粉末状」については，引用例２においては，学術的な観点からエクオールの産生機構を解明することが主眼とされており，本件訂正発明のように，オルニチン及びエクオールを含有する発酵物を機能性食品素材として用いる際に好適な粉末状とすることは何ら想定されておらず，当業者において，これを「粉末状」とする動機付けはない。
ウ 相違点③について
引用例２においては，学術的な観点からエクオールの産生機構を解明することが主眼とされており，発酵物を食品素材として用いることは何ら想定されておらず，オルニチン及びエクオールが生理活性物質であることにも着目されていないから，引用発明２において，これらの成分の含有量を特定の範囲とする動機付けとなるものはない。
また，被告らは，再現実験（乙Ｂ２９。以下「乙Ｂ２９実験」という。）を行ったとするが，前記のとおり，被告らが主張する再現実験（乙Ｂ６）は，引用例２の再現実験とは到底いえないものである以上，これと同様である乙Ｂ２９も，再現実験とはいえない。
さらに，乙Ｂ２９実験で，ダイゼイン濃度を増加させることでエクオール生成量が本件訂正発明の数値範囲内になり得るとしても，そもそも引用例２において，エクオール生成量を増加させる動機付けが存在しない以上，乙Ｂ２９実験の結果は意味がないものである。
エ 相違点④について
引用例２は，発酵物を食品素材として用いることは想定していない。このことは，引用例２のｄｏ０３がラット由来であることからも裏付けられる。
【被告らの主張】
本件訂正発明は，次のとおり，引用発明２と同一の発明であるか，または，引用発明２に技術常識（アルギニンジヒドロラーゼ経路）を適用することにより，容易に発明をすることができたものであるから，新規性又は進歩性が欠如し，本件訂正特許には，特許法２９条１項３号，２項に違反する無効理由（同法１２３条１項２号）がある。
ア 相違点①，②について
前記(9)の【被告らの主張】に記載したとおりである。
また，粉末状とするかどうか（例えば，粉末状ではなく液状とするかどうか）は設計事項であり，当業者であれば，保存性，取扱いの利便性などの観点から，粉末状とするのは当然である（乙Ｂ２８の２）。
イ 相違点③について
引用例２の再現実験（乙Ｂ２９）において，ダイゼイン濃度を変化させてオルニチンとエクオールの産生量を確認したところ，オルニチン産生量は８ｍｇ以上であったから，「８ｍｇ以上」について引用例２に開示されているに等しいといえる。そして，エクオール産生量は，０．６２ｍｇ又は０．７５ｍｇであるが，本件明細書の【００４２】には，「エクオール量」は，「エクオールが１～２０ｍｇ，好ましくは２～１２ｍｇ，さらに好ましくは５～８ｍｇ」とｍｇ単位であるため，上記結果もｍｇ単位とすると１ｍｇとなるから，「１ｍｇ以上」である点も，引用例２に開示されているに等しい事項である。
また，仮にそうでないとしても，引用例２は，エクオールを産生することを目的とした論文であり，本件特許に係る特許出願時，エクオールを産生することを見出した当業者であれば，その産生量をなるべく多くすることは，当然なし得ることである。
(18) 争点３－５（無効理由４の解消の有無）
【原告の主張】
本件訂正発明は，引用例３－１（乙Ｂ１６）記載の引用発明３と対比して，少なくとも次のア記載のとおりの相違点①～④を有するが，次のイ～エに照らせば，上記相違点①～④が当業者にとり容易に理解できた事項であるとはいえないから，新規性は欠如しておらず，また，上記相違点①～④が引用発明３に基づいて容易に想到することができたものであるともいえないから，進歩性も欠如していない。したがって，本件訂正特許に，特許法２９条１項３号，２項に違反する無効理由（同法１２３条１項２号）はない。
ア 本件訂正発明と引用発明３とを対比すると，次の点で一応相違する。(ｱ) 相違点①
本件訂正発明は，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」を用いるのに対し，引用発明３の「ラクトコッカス２０－９２（FERMBP-100036 号）は，オルニチン産生能力を有するか不明である点。
(ｲ) 相違点②
本件訂正発明は，「オルニチン及びエクオールを含有する粉末状の発酵物」が得られるのに対し，引用発明３の発酵物は，オルニチンを含有するか不明である点。
(ｳ) 相違点③
本件訂正発明は，「ダイゼイン配糖体，…から選択される少なくとも１種のダイゼイン類にアルギニンを添加すること」を含むのに対し，引用発明３は，そのような工程を含まない点。
(ｴ) 相違点④
本件訂正発明は，「発酵処理により，…発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ以上のエクオールを生成」するのに対し，引用発明３は，発酵物の乾燥重量１ｇ当たりのオルニチンとエクオールの生成量が記載されていない点。
イ 相違点①，②について
前記(10)の【原告の主張】に記載したとおりである。
ウ 相違点③について
引用例３－１には，発酵原料にアルギニンを別途添加する工程は開示されていない。また，引用例３－１では，エクオールに加えてオルニチンを含有する発酵物を得るという動機がないから，オルニチンに変換されるアルギニンを発酵原料に添加するという動機もない。また，引用例３－１の試験例１の発酵原料である豆乳や牛乳にアルギニンが含まれていても，さらに別途アルギニンを添加する動機はない。
エ 相違点④について
引用例３－１には，オルニチンについて触れるところがないのであるから，相違点④は，当業者が容易に想到するとはいえない。
また，相違点④で相違する本件訂正発明と引用発明３とは，次のとおり，実質的に同一であるとはいえない。
すなわち，原告は，引用発明３につき，引用例３－１（乙Ｂ１６の２３，２４頁の「試験例１」）の再現実験を行った（以下，この再現実験を「甲１５実験」という。）。その結果，発酵原料が豆乳の場合，オルニチン生成量は１．１９～３．６１ｍｇであり，また，発酵原料が牛乳の場合も，オルニチン生成量は０．１１ｍｇであり，いずれの場合も「８ｍｇ以上」を大きく下回った。また，エクオール生成量も，発酵原料が豆乳と牛乳の場合のいずれも，「１ｍｇ以上」を下回った。これらの再現実験の結果からすると，引用例３－１には，「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ以上のエクオール」を含有する発酵物が得られておらず，相違点④は何ら開示されていないものである。【被告らの主張】
ア 本件訂正発明は，次のとおり，引用発明３と同一の発明であるか，または，引用発明３に基づき容易に発明をすることができたものであるから，新規性又は進歩性が欠如し，本件訂正特許には，特許法２９条１項３号，２項に違反する無効理由（同法１２３条１項２号）がある。
イ 相違点①，②について
前記(10)の【被告らの主張】に記載したとおりである。
ウ 相違点③について
豆乳や大豆が，アルギニン，ダイゼイン類を含むことは，技術常識であるから，相違点③は，引用例３－１に記載されているに等しい。また，引用例３－１の試験例１では，発酵原料として豆乳だけでなく，「ダイゼイン含有基礎培地（ＢＨＩブロスにダイゼインを１０μｇ／ｍｌなる量で添加したもの）」も開示されており，これにはアルギニンが存在するから（乙Ｂ３０の１～３），これも「ダイゼイン類にアルギニンを添加」したものに対応するといえる。
エ 相違点④について
エクオールとオルニチンの生成量に係る相違点④については，発酵原料を多くすれば構成要件Ｄ’（相違点④）の範囲内となるものであり，構成要件Ｄ’に臨界的意義もないから，実質的には相違点とはいえない。また，構成要件Ｄ’は下限値しか特定していないところ，当業者において，エクオール及びオルニチンが産生することを認識する以上，産生量を増やそうとするのは当業者の通常の期待にすぎない。また，それぞれの下限値に顕著な効果があるともいえない。
また，甲１５実験については，豆乳と牛乳しか行っておらず，ダイゼイン含有基礎培地を発酵原料とする場合，エクオールとオルニチンの産生量が所定量以下であることは示されていない。さらに，豆乳と牛乳を発酵原料とする場合であっても，被告らが発酵物の乾燥重量１ｇ当たりについて換算したところによれば，オルニチンの産生量は８ｍｇ以上であり構成要件Ｄ’を満たすし，エクオールの産生量は０．２５８ｍｇであるものの，引用例３－１はエクオールを産生する方法であるから，発酵原料を増やしてエクオールを多く産生しようとすることは当業者が当然行う行為である。
(19) 争点３－６（無効理由５の解消の有無）
【原告の主張】
本件訂正発明は，引用例４－１（乙Ｂ１９の１）記載の引用発明４と対比して，少なくとも次のア記載のとおりの相違点①～④を有するが，次のイ～エに照らせば，上記相違点①～④が当業者にとり容易に理解できた事項であるとはいえないから，新規性は欠如しておらず，また，上記相違点①～④が引用発明４に基づいて容易に想到することができたものであるともいえないから，進歩性も欠如していない。したがって，本件訂正特許に，特許法２９条１項３号，２項に違反する無効理由（同法１２３条１項２号）はない。
ア 本件訂正発明と引用発明４とを対比すると，次の点で一応相違する。(ｱ) 相違点①
本件訂正発明では，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」を用いるのに対し，引用発明４はエクオール産生能力を有する微生物である，
① BIFIDOBACTERIUM LACTIS，
② LACTOBACILLUS ACIDOPHILUS，
③ LACTOCOCCUS LACTIS，
④ ENTEROCOCCUS FAECIUM
⑤ LACTOBACILLUS CASEI，及び，
⑥ LACTOBACILLUS SALIVARIUS を含む「混合培養物」を用いており，かかる「混合培養物」がオルニチン産生能力を有するか不明である点。
(ｲ) 相違点②
本件訂正発明では，「オルニチン及びエクオールを含有する粉末状の発酵物」が得られるのに対し，引用発明４で得られる発酵物は，オルニチンを含有するものであるか不明である点。
(ｳ) 相違点③
本件訂正発明では，「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類にアルギニンを添加する」という工程を含むのに対し，引用発明４はそのような工程を含まない点。
(ｴ) 相違点④
本件訂正発明では，「発酵処理により，…発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ以上のエクオールを生成」するのに対し，引用発明４では，発酵物の乾燥重量１ｇ当たりのオルニチンとエクオールの生成量が不明である点。
イ 相違点①，②について
前記(11)の【原告の主張】に記載したとおりである。
ウ 相違点③について
引用例４－１には，発酵原料にアルギニンを別途添加する工程は開示されていない。また，引用例４－１では，エクオールに加えてオルニチンを含有する発酵物を得るという動機がないから，オルニチンに変換されるアルギニンを発酵原料に添加するという動機もない。
エ 相違点④について
引用例４－１には，オルニチンの有用性は開示されていないから，仮に，被告らが主張するように，意図せずオルニチンが産生され得るとしても，当業者が，発酵物中のオルニチン含有量を「８ｍｇ以上」とする動機はない。
また，前記(18)の【原告の主張】に記載したように，甲１５実験において豆乳を発酵原料とした場合，「８ｍｇ以上」を遥かに下回るオルニチン生成量しか得られなかったものであり，この点は，引用例４－１の「ダイゼイン強化豆乳」であっても同様である。
さらに，引用例４－１では，鏡像異性体のエクオールを製造することを課題としており，エクオールと共にオルニチンを含有する発酵物を製造することは課題としておらず，そもそもオルニチンに言及していないのであるから，相違点④は，当業者が容易に想到するとはいえない。【被告らの主張】
ア 本件訂正発明は，次のとおり，引用発明４と同一の発明であるか，または，引用発明４に基づき容易に想到することができたものであるから，新規性又は進歩性が欠如し，本件訂正特許には，特許法２９条１項３号，２項に違反する無効理由（同法１２３条１項２号）がある。
イ 相違点①，②について
前記(11)の【被告らの主張】に記載したとおりである。
ウ 相違点③について
豆乳は，アルギニンとダイゼイン類を含むから，引用例４－１の豆乳は，ダイゼイン類にアルギニンを添加した状態を開示している。そうすると，相違点③は，引用例４－１に開示されているに等しい事項である。
エ 相違点④について
エクオールとオルニチンの生成量に係る相違点④については，発酵原料を多くすれば構成要件Ｄ’（相違点④）の範囲内となるものであり，構成要件Ｄ’に臨界的意義もないから，実質的には相違点とはいえない。また，構成要件Ｄ’は下限値しか特定していないところ，当業者において，エクオー及びオルニチンが産生することを認識する以上，産生量を増やそうとするのは当業者の通常の期待にすぎない。
鏡像異性体であれ，エクオール産生量を増加させること，特に，ダイゼイン強化豆乳を用いてそれを増加させることに係る動機付けが，引用例４－１に認められるのは明らかである。また，オルニチンについても，発酵原料にアルギニンが含まれていること，ラクトコッカスラクチスがオルニチン産生能力を有していることが知られているから，当業者においては，オルニチンの生成の可能性が示唆されるものである。このことは，鏡像異性体のエクオールであるかどうかとは関係しない。
また，本件訂正発明は，オルニチンの下限値しか特定しておらず，これは，生成量はより多い方がよいとの当業者の通常の期待を示したにすぎず，それぞれの下限値に顕著な効果があるともいえない。
(20) 争点３－７（無効理由６の解消の有無）
【原告の主張】
本件訂正発明は，引用例５（乙Ｂ２４）記載の引用発明５と対比して，少なくとも次のア記載のとおりの相違点①～⑤を有するが，次のイ～エに照らせば，上記相違点①～⑤が引用発明５に開示されているに等しい事項であるとはいえないから，新規性は欠如しておらず，また，上記相違点①～⑤が引用発明５に基づいて容易に想到することができたものであるともいえないから，進歩性も欠如していない。したがって，本件訂正特許に，特許法２９条１項３号，２項に違反する無効理由（同法１２３条１項２号）はない。
ア 本件訂正発明と引用発明５とを対比すると，次の点で一応相違する。(ｱ) 相違点①
微生物が，本件訂正発明は「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」であるのに対し，引用発明５は「ストレプトコッカスＡ６Ｇ－２２５」である点。
(ｲ) 相違点②
製造される発酵物が，本件訂正発明はオルニチンを含有するのに対し，引用発明５はオルニチンを含有するか不明である点。
(ｳ) 相違点③
発酵原料が，本件訂正発明は「アルギニン」を含むのに対し，引用発明５はアルギニンを含むか不明である点。
(ｴ) 相違点④
本件訂正発明は，ダイゼイン類にアルギニンを添加する工程を含む方法であるのに対し，引用発明５は，そのような方法であるか不明である点。
(ｵ) 相違点⑤
本件訂正発明は，８ｍｇ以上のオルニチンを生成する方法であるのに対し，引用発明５は，そのような方法であるか不明である点。
イ 相違点①～③について
前記(12)の【原告の主張】に記載したとおりである。
ウ 相違点④について
引用例５には，発酵原料にアルギニンを別途添加する工程は開示されていない。また，引用例５では，エクオールに加えてオルニチンを含有する発酵物を得るという動機がないから，オルニチンに変換されるアルギニンを発酵原料に添加するという動機もない。
エ 相違点⑤について
引用例５には，オルニチンの有用性は開示されていないから，仮に，被告らが主張するように，意図せずオルニチンが産生され得るとしても，当業者が，発酵物中のオルニチン含有量を「８ｍｇ以上」とする動機はない。
【被告らの主張】
ア 本件訂正発明は，次のとおり，引用発明５と同一の発明であるか，または，引用発明５に基づき容易に想到することができたものであるから，新規性又は進歩性が欠如し，本件訂正特許には，特許法２９条１項３号，２項に違反する無効理由（同法１２３条１項２号）がある。
イ 相違点①～③について
前記(12)の【被告らの主張】に記載したとおりである。
ウ 相違点④について
引用発明５は，変法ＧＡＭ培地を添加して処理する方法であり，変法ＧＡＭ培地を添加する工程は，アルギニンを添加する工程に相当するから，相違点④は，引用例５に開示されているに等しい事項である。
エ 相違点⑤について
オルニチンが８ｍｇ以上であることに技術的意義はなく，技術的効果もないから，相違点⑤は，実質的な相違点であるとはいえない。
(21) 争点３－８（無効理由７の解消の有無）
【原告の主張】
本件訂正発明についても，本件発明と同様に，前記(13)の【原告の主張】に記載したとおり，無効理由７により新規性・進歩性を欠き無効ということはできない。
【被告らの主張】
本件訂正発明も，本件発明と同様に，前記(13)の【被告らの主張】に記載したとおり，無効理由７により新規性・進歩性を欠き無効というべきである。
(22) 争点３－９（被告方法が本件訂正発明の技術的範囲に属するか否か）
ア 被告原料は，特許法１０４条により，本件訂正発明の方法により生産したものと推定されるか
【原告の主張】
前記(1)の【原告の主張】と同様である。
すなわち，特許法１０４条は，物を生産する方法の発明について特許がされている場合において，その物が特許出願前に日本国内において公然知られた物でないときは，その物と同一の物は，その方法により生産したものと推定する旨規定する。
しかして，本件訂正発明は，「オルニチン及びエクオールを含有する粉末状の発酵物」という物の生産方法の発明であるところ，優先権基礎出願（乙Ｂ１の１～３。出願日平成１９年６月１３日）には，発酵原料として「ダイゼイン類」の場合が記載されており（【００１３】【００１５】【００１８】【００２０】），基準日は，本件特許の優先日（平成１９年６月１３日）となる。そして，同日の時点では，「オルニチン及びエクオールを含有する粉末状の発酵物」は，日本国内において公然知られた物ではなかった。また，被告原料は，「オルニチン及びエクオールを含有する粉末状の発酵物」と同一の物である。そうすると，特許法１０４条により，被告原料は，本件訂正発明の方法により生産したものと推定される。
【被告らの主張】
前記(1)の【被告らの主張】と同様である。原告の上記主張は，争う。
イ 被告方法において「選択」された「ダイゼイン類」は，ダイゼイン配糖体か（構成要件Ａ’，Ｂ’－１，Ｂ’－２の充足性）
【原告の主張】
前記(2)の【原告の主張】と同様である。
すなわち，被告方法において「選択」された「ダイゼイン類」は，ダイゼイン配糖体（構成α１）ではなく，「ダイゼインを含む処理液」（構成α３）ということができ，これを前提とすると，被告方法は，構成要件Ａ’，Ｂ’－１，Ｂ’－２を充足する。
つまり，構成要件Ａ’の文言からすれば，本件訂正発明においては，「ダイゼイン配糖体」，「ダイゼイン」，「ジヒドロダイゼイン」の３種のダイゼイン類の中から少なくとも１種が発酵原料に含まれていれば足りる。そして，これを被告方法の構成α３と対比すれば，被告方法には，「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」に「アルギニン」を含むようにして「発酵原料」を得る工程が存在しているといえる。また，構成要件Ａ’，Ｂ’－１，Ｂ’－２の文言からすれば，本件訂正発明の微生物は，構成要件Ａ’に挙がっているダイゼイン類３種のうち少なくとも１種をエクオールに変換する能力を有していれば足り，ダイゼイン配糖体からエクオールを産生する能力があることが必須の要件ではないから，これを被告方法の構成α３と対比すれば，被告方法には「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む」との文言に相当する工程が存在しているといえる。
【被告らの主張】
前記(2)の【被告らの主張】と同様である。
すなわち，被告方法において「選択」された「ダイゼイン類」は，ダイゼイン配糖体（構成α１）というべきであり，これを前提とすると，被告方法は，構成要件Ａ’，Ｂ’－１，Ｂ’－２を充足しない。
つまり，被告方法の構成α１（「ダイゼイン配糖体であるダイジン（５０重量％程度）と少量（１重量％程度）のダイゼインとを含むイソフラボンを」）によれば，被告方法において選択されているダイゼイン類は，ダイゼイン配糖体であるダイジンであるところ，被告方法においては，そのダイジンとアルギニンとを含ませて発酵原料を得る工程（構成要件Ｂ’－１に相当する工程）は存在しない。被告方法でアルギニンが含まれるのは，原料調整工程ではなく，発酵処理工程であり，培養液として発酵処理液に存在するからであるにすぎない。また，被告方法における微生物は，ダイゼイン配糖体から発酵によってエクオールを産生する能力がないため，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む」との文言に相当する工程（構成要件Ｂ’－２）も存在しない。
ウ 構成要件Ａ’の「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」は，大豆胚軸に限定されるか（構成要件Ａ’の充足性）
【原告の主張】
前記(3)の【原告の主張】と同様である。すなわち，構成要件Ａ’の文言は，「ダイゼイン類」を大豆胚軸に限定していないものであり，大豆胚軸を用いていない被告方法であっても，構成要件Ａ’を充足する。
【被告らの主張】
前記(3)の【被告らの主張】と同様である。すなわち，被告方法は，大豆胚軸を用いていないものであるところ，構成要件Ａ’の「ダイゼイン類」は大豆胚軸に限定されるものである。
エ 構成要件Ｂ’－２の「微生物」は，ラクトコッカス２０－９２に限定されるか（構成要件Ｂ’－２の充足性）
【原告の主張】
前記(4)の【原告の主張】と同様である。すなわち，構成要件Ｂ’－２の文言は，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む」というものであり，ラクトコッカス２０－９２に限定していないものであるから，被告方法における微生物（●（省略）●）は，構成要件Ｂ’－２を充足する。
【被告らの主張】
前記(4)の【被告らの主張】と同様である。すなわち，構成要件Ｂ’－２の「微生物」は，ラクトコッカス２０－９２に限定して解釈されるべきであるから，被告方法における微生物（●（省略）●）は，構成要件Ｂ’－２を充足しない。
オ 構成要件Ｂ’－２の「微生物」は，糖を切断する能力を有する微生物に限定されるか（構成要件Ｂ’－２の充足性）
【原告の主張】
前記(5)の【原告の主張】と同様である。すなわち，本件訂正発明の微生物は，ダイゼイン配糖体からエクオールを産生する能力を必ずしも必要としないから，被告方法は，構成要件Ｂ’－２を充足する。
【被告らの主張】
前記(5)の【被告らの主張】と同様である。すなわち，本件訂正発明の微生物は，「ダイゼイン配糖体」からも「ダイゼイン」からもエクオールを産生する能力がなければならないのに対し，被告方法の微生物はそのような能力を有するものではなく，別途，糖を切断する工程を必要とするから，被告方法は，構成要件Ｂ’－２を充足しない。
カ 被告方法には，構成要件Ａ’の「…にアルギニンを添加すること」，構成要件Ｂ’－１の「前記アルギニンを含む発酵原料を」に相当する工程は存在するか（構成要件Ａ’，Ｂ’－１の充足性）
【原告の主張】
被告方法には，次の(ｱ)～(ｳ)に照らし，構成要件Ａ’の「…にアルギニンを添加すること」，構成要件Ｂ’－１の「前記アルギニンを含む発酵原料を」に相当する工程が存在し，構成要件Ａ’，Ｂ’－１を充足する。(ｱ) 被告方法は，アルギニンを培養液として添加して発酵原料を得ているから，訂正事項１が，ダイゼイン類にアルギニンを別途添加する工程を含むこと，これによってダイゼイン類とアルギニンを含む発酵原料が得られることを特定するための減縮と解したとしても，被告方法は，構成要件Ａ’，Ｂ’－１を充足する。
(ｲ) 本件明細書の【００３６】【０２２２】【０２２５】の記載をみても，培地／培養液のように栄養成分として用いるアルギニンも，発酵原料と特段区別されていないのであり，このことからも，構成要件Ａ’の「アルギニンを添加する」とは，栄養成分とするなどの目的を問わず，発酵処理に供されるものにアルギニンを含める工程をいうものと解されるところ，ダイゼインにアルギニンを混合している被告方法は，これを充足するというべきである。
(ｳ) しかして，被告方法の構成α３によれば，被告方法は，ダイゼインと，アルギニンとを混合した発酵原料を発酵処理するものであり，発酵に供される培養液にアルギニンが含まれているから，構成要件Ａ’，Ｂ’－１を充足する。
【被告らの主張】
被告方法には，次の(ｱ)，(ｲ)に照らし，構成要件Ａ’の「…にアルギニンを添加すること」，構成要件Ｂ’－１の「前記アルギニンを含む発酵原料を」に相当する工程が存在せず，構成要件Ａ’，Ｂ’－１を充足しない。(ｱ) 構成要件Ａ’では，アルギニンを添加することが追加されたが，この追加の意味は，アルギニンは一般的な発酵条件において発酵用の培地にもともと含まれるものであるところ，本件訂正発明のアルギニンは，そのような培地に含まれるものや，発酵原料（大豆胚軸等）に本来含まれているアルギニンとも区別するものとして，「アルギニンを添加」することで，発酵前において，「ダイゼイン類とアルギニンを含む発酵原料」を得る工程が存在することを明確にしたものである。このことは，訂正請求書記載の訂正事項１の目的として，「請求項１に係る発明では，ダイゼイン類にアルギニンを別途添加する工程を含むこと，これによってダイゼイン類とアルギニンを含む発酵原料が得られることを特定することで，特許請求の範囲を減縮しようとするもの」である旨明記されていることからも裏付けられる。
(ｲ) 原告は，本件明細書の【００３６】【０２２２】【０２２５】の記載について指摘するが，これらは，いずれも何を「発酵原料」とするかについて言及していない。他方，本件明細書の【０２２２】には，「…粉末状大豆胚軸，アルギニン，及び水を混合して大豆胚軸溶液（原料）を調製した」と記載されているから，構成要件Ａ’の工程は，構成要件Ｂ’－２の発酵処理工程の前に，構成要件Ｂ’－１の「前記ダイゼイン類と前記アルギニンを含む発酵原料」を生成する工程であると理解されるものである。すなわち，本件明細書の記載からも，構成要件Ａ’は，発酵処理工程に先立ち，選択された発酵対象にアルギニンを別途添加することで，いったん，発酵原料を得る工程であることが裏付けられる。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（被告方法が本件発明の技術的範囲に属するか否か）について
(1) 争点１－１（被告原料は，特許法１０４条により，本件発明の方法により生産したものと推定されるか）について
ア 特許法１０４条は，物を生産する方法の発明について特許がされている場合において，その物が特許出願前に日本国内において公然知られた物でないときは，その物と同一の物は，その方法により生産したものと推定すると規定する。しかして，本件特許請求の範囲は，「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類，並びに，アルギニンを含む発酵原料をオルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む，オルニチン及びエクオールを含有する発酵物の製造方法。」というものであるから，「オルニチン及びエクオールを含有する発酵物」という物を生産する方法について特許がされている場合に当たることは明らかである。そして，被告原料は，被告方法の構成α４に「オルニチン及びエクオールを含有する粉末状の発酵物」とあるとおり，上記「オルニチン及びエクオールを含有する発酵物」と同一の物であるといえる。
イ そうすると，「オルニチン及びエクオールを含有する発酵物」が本件特許の特許出願前に日本国内において公然知られた物でないときは，被告原料は，本件発明の方法により生産されたものと推定されることとなる。この点，被告原料が生産方法の推定を受ける本件発明に関し，「本件特許の特許出願」日とは具体的にはいつのことを指すかについて検討する。本件特許の特許出願日は，２０１７年（平成２９年）６月２８日であるが，本件特許は分割出願を経ており，優先権も主張されているから（優先権主張番号特願２００７－１５６８２２号，特願２００７－１５６８２５号，特願２００７－１５６８３３号），上記にいう「本件特許の特許出願」日は，優先日である２００７年（平成１９年）６月１３日とみることが考えられる。しかし，本件発明の方法に係る発酵原料は，「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」であって，本件明細書においても，様々なダイゼイン類が開示されている（【００８９】～【００９６】）のに対し，優先権基礎出願の明細書（乙Ｂ１の１～３）を精査しても，これらに開示されている発酵原料は「大豆胚軸」のみであって，「大豆胚軸」以外のダイゼイン類は開示されていない。そうすると，本件発明のうち，発酵原料が大豆胚軸である発明については，上記「本件特許の特許出願」日は，優先日である２００７年（平成１９年）６月１３日となる一方，発酵原料が大豆胚軸以外のダイゼイン類である発明については，上記「本件特許の特許出願」日は，親出願日である２００８年（平成２０年）６月１３日となると解するのが相当である。そして，被告方法は，その構成α１～α３から明らかであるように，発酵原料として大豆胚軸以外のダイゼイン類を用いるものである。
ウ 以上によれば，このような被告方法が生産方法の推定を受ける本件発明に関し，上記「本件特許の特許出願」日は，優先日である２００７年（平成１９年）６月１３日ではなく，親出願日である２００８年（平成２０年）６月１３日であるというべきところ，国際公開第２００７／０６６６５５号（国際公開日２００７年（平成１９年）６月１４日）（乙Ｂ３）によれば，上記親出願日の時点において，「オルニチン及びエクオールを含有する発酵物」は日本国内において公然知られた物であると認められるから，被告原料は，本件発明の方法により生産されたものとは推定されないと言わなければならない。
エ 原告は，優先権基礎出願の明細書（乙Ｂ１の１）には，発酵原料として「ダイゼイン類」の場合が記載されているから（【００１３】【００１５】【００１８】【００２０】），被告方法が生産方法の推定を受ける基準日は，本件特許の優先日（平成１９年６月１３日）となる旨主張する。しかし，原告が指摘する上記記載を精査しても，エクオール産生微生物の能力についての記載（【００１３】），発酵原料となる大豆胚軸への任意添加物についての記載（【００１８】【００２０】），大豆胚軸にダイゼイン類が多く含まれている旨の記載（【００１５】）などであるにすぎず，いずれの記載についても，当業者において，大豆胚軸以外のダイゼイン類も発酵原料として記載されていると理解できるものではないというべきである。そして，それ以外の記載をみても，上記優先権基礎出願の明細書において，大豆胚軸以外のダイゼイン類も発酵原料として記載されていると理解できるような記載は見当たらない。
したがって，原告の上記主張は，採用することができない。
(2) 争点１－２（被告方法において「選択」された「ダイゼイン類」は，ダイゼイン配糖体か（構成要件Ａ－１～Ａ－３，Ｂの充足性））について
ア 本件発明の構成要件Ａ－１は，「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」というものであるから，文言上，選択されるダイゼイン類は，「ダイゼイン配糖体」，「ダイゼイン」，「ジヒドロダイゼイン」の３種のダイゼイン類のうち少なくとも１種であればよいものであって，「ダイゼイン配糖体」でなければならないものではない。
しかして，被告方法の構成α１は，ダイゼイン配糖体であるダイジン（５０重量％程度）を含むイソフラボンを用いるものの，その後の酵素処理工程（構成α２）を経て「ダイゼインを含む処理液」（構成α３）が得られ，これをもって，上記「選択される少なくとも１種のダイゼイン類」に当たるものといえるから，このような被告方法は，上記の意味においては，本件発明の構成要件Ａ－１の文言を充足し，ひいては，構成要件Ａ－２，Ａ－３，Ｂの文言をも充足し得るものというべきである。
イ 被告らは，被告方法の構成α１によれば，被告方法において選択されているダイゼイン類は，ダイゼイン配糖体であるダイジンであるところ，被告方法においては，そのダイジンとアルギニンとを含ませて発酵原料を得る工程（構成要件Ａ－２，Ａ－３に相当する工程）は存在せず，また，被告方法における微生物は，ダイゼイン配糖体から発酵によってエクオールを産生する能力がないため，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む」との文言に相当する工程（構成要件Ｂ）も存在しない旨主張する。
しかし，上記アに説示したとおり，被告方法の構成α１は，ダイゼイン配糖体であるダイジン（５０重量％程度）を含むイソフラボンを用いるものの，これに経時的に続く構成α２，α３もみれば，その後の酵素処理工程（構成α２）を経て「ダイゼインを含む処理液」（構成α３）が得られ，これが「アルギニンを含む培養液」（構成α３）と混合されて発酵処理がされている。これに照らせば，被告方法においては，「ダイゼイン類」として，「ダイゼイン配糖体」である「ダイジン」ではなく，「ダイゼインを含む処理液」が選択されているものであり，上記理由によっては，構成要件Ａ－２，Ａ－３に相当する発酵工程が存在しないということはできない（ただし，後記(6)のとおり，被告方法の「アルギニンを含む培養液」（構成α３）が，本件発明の「アルギニンを含む発酵原料」（構成要件Ａ－２，Ａ－３）に当たるものといえるか否かについては，別途検討する必要がある。）。さらに，被告方法において，●（省略）●（構成α３）が，「ダイゼインを含む処理液」，「アルギニンを含む培養液」と共に混合され，発酵処理によりオルニチン及びエクオールが生成されている以上，この腸内細菌がダイゼイン配糖体から発酵によってエクオールを産生する能力を有するかどうかにかかわらず，被告方法においては，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む」との文言に相当する工程（構成要件Ｂ）が存在するというべきである。
以上によれば，被告らの上記主張は，採用することができない。
(3) 争点１－３（構成要件Ａ－１の「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」は，大豆胚軸に限定されるか（構成要件Ａ－１の充足性））について
ア 構成要件Ａ－１の文言は，「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」というものであり，文言上，選択される少なくとも１種のダイゼイン類は，「ダイゼイン配糖体」，「ダイゼイン」，「ジヒドロダイゼイン」の３種のダイゼイン類のいずれかであればよく，大豆胚軸に限定されるものではない。このことは，本件明細書の【００９３】に，発酵原料はダイゼイン類を含む限り特に制限されないと記載され，大豆胚軸以外の発酵原料も種々列挙されていることからも裏付けられるものである。
そうすると，構成要件Ａ－１の「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」は，大豆胚軸に限定されず，大豆胚軸以外のダイゼイン類を発酵原料とする被告方法であっても，構成要件Ａ－１を充足するものというべきである。
イ 被告らは，本件明細書の【００９３】の記載は，優先権基礎出願の明細書において記載されておらず，また，本件明細書においては，【技術分野】【発明が解決しようとする課題】【発明の効果】【図面】【発明を実施するための形態】【実施例】の全てにおいて，本件発明の対象は大豆胚軸発酵物であり，製造方法は，大豆胚軸発酵物からエクオールを含む有用成分を効率的に抽出する方法であることを示していることからすれば，構成要件Ａ－１の「ダイゼイン類」は大豆胚軸に限定されるものである旨主張する。しかし，上記アに説示したとおり，本件特許請求の範囲の文言及び本件明細書の【００９３】の記載からは，「ダイゼイン類」は大豆胚軸に限定されていないことが明らかであって，上記【００９３】の記載が優先権基礎出願の明細書に記載されていなかったとしても，本件特許の親出願の特許出願時の明細書に記載されている以上，上記認定判断は何ら左右されるものではない。そして，本件明細書の【技術分野】【発明が解決しようとする課題】【発明の効果】【図面】【発明を実施するための形態】【実施例】における記載をみても，当業者において発酵原料が大豆胚軸に限定されることが読み取れる記載はなく，各記載内容からすれば，むしろこれらはダイゼイン類の代表例として大豆胚軸を発酵原料とした場合について記載したものであるにすぎないというべきである。
以上によれば，被告らの上記主張は，採用することができない。
(4) 争点１－４（構成要件Ｂの「微生物」は，ラクトコッカス２０－９２に限定されるか（構成要件Ｂの充足性））について
ア 構成要件Ｂは，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む」という文言であり，「微生物」は，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力」を有するものである必要はあるが，特定の微生物のみに限定しているものではない。そして，本件明細書の発明の詳細な説明の記載をみると，【実施例】において，「微生物」としてはラクトコッカス２０－９２のみが挙げられているものの，他方，【００３２】には，本件特許の特許出願時，エクオールを産生する能力のある微生物がいくつか知られていたことが記載され，【００３６】には，その中から，オルニチン産生能力を有する微生物を公知のスクリーニング方法により得ることができることが記載されている。
そうすると，本件特許請求の範囲及び本件明細書の発明の詳細な説明の記載に接した当業者においては，公知のスクリーニング方法を用いて，通常の試行錯誤の範囲内において，ラクトコッカス２０－９２以外についても「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力」を有する微生物を見出すことができると理解するというべきであるから，構成要件Ｂの「微生物」は，ラクトコッカス２０－９２に限定されるものではないというべきであって，被告方法における腸内細菌（●（省略）●）も，上記「微生物」との文言を充足するというべきである。
イ 被告らは，構成要件Ｂの「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む」とは，いわゆる機能的クレームとして広範な微生物を包含する記載であるのに対し，本件明細書には，ラクトコッカス２０－９２を適切なものとして発見した点に基本的な技術思想があることが記載され，あらゆる微生物を含むものとして記載されておらず，また，原告のホームページ（乙Ｂ１１）をみても，ラクトコッカス２０－９２以外の上記微生物を見出すためには過度の試行錯誤を有するというべきであることなどを指摘して，構成要件Ｂの「微生物」は，ラクトコッカス２０－９２に限定して解釈されるべきである旨主張する。しかし，構成要件Ｂの「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力」を有する微生物という文言に，広範な微生物を包含してしまうことについての合理的根拠はなく，上記アに説示したとおり，本件明細書の記載等に接した当業者においては，公知のスクリーニング方法を用いて，通常の試行錯誤の範囲内において，ラクトコッカス２０－９２以外についても「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力」を有する微生物を見出し得る旨理解するというべきであるから，本件明細書において，ラクトコッカス２０－９２を適切なものとして発見した点のみに基本的な技術思想があることが記載されているとはいえない。さらに，原告のホームページ（乙Ｂ１１）をみても，実際に市販できる程度に優れた微生物を見出すことには困難が伴うとしても，構成要件Ｂの「微生物」は，本件特許請求の範囲及び本件明細書の発明の詳細な説明の記載に照らし，上記のような程度に優れた微生物である必要はなく，ある程度，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力」を有する微生物であれば足りるというべきであるから，当業者に過度の試行錯誤を課することにもならない。
以上によれば，被告らの上記主張は，採用することができない。
(5) 争点１－５（構成要件Ｂの「微生物」は，糖を切断する能力を有する微生物に限定されるか（構成要件Ｂの充足性））について
ア 前記(2)アに説示したとおり，本件発明の構成要件Ａ－１において，選択されるダイゼイン類は，「ダイゼイン配糖体」，「ダイゼイン」，「ジヒドロダイゼイン」の３種のダイゼイン類のうち少なくとも１種であればよいものであって，「ダイゼイン配糖体」でなければならないものではない。そして，構成要件Ｂは，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む」という文言であり，「微生物」は，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力」を有するものである必要はあるが，さらに，糖を切断する能力を有するものである必要がある旨を記載しているものではない。また，本件明細書の発明の詳細な説明の記載をみても，上記「微生物」が，糖を切断する能力を有するものである必要がある旨をうかがわせる記載はない。この点，本件明細書の【実施例】における「微生物」として，糖を切断する能力を有する微生物であるラクトコッカス２０－９２のみが挙げられているものの，構成要件Ｂの「微生物」がラクトコッカス２０－９２に限定されるものでないことは，上記(4)に説示したとおりである。
そうすると，構成要件Ｂの「微生物」は，糖を切断する能力を有するものである必要はないというべきであって，被告方法における腸内細菌（●（省略）●）も，上記「微生物」との文言を充足するというべきである。
イ 被告らは，本件特許の関連の分割出願における原告の意見書（乙Ｂ７の２）によれば，本件発明の「微生物」は，ダイゼイン配糖体から糖を切断する能力を有する微生物であると理解すべきである旨主張する。しかし，被告らの指摘する原告の意見書（乙Ｂ７の２）には，ダイゼイン配糖体を直接発酵させるときには，微生物は配糖体の糖を切断する必要がある旨が記載されているにすぎず，ダイゼイン配糖体以外のダイゼイン類を発酵させるときについて記載されているものではないから，微生物を作用させるダイゼイン類が，ダイゼイン配糖体だけでなく，「ダイゼイン配糖体」，「ダイゼイン」，「ジヒドロダイゼイン」の３種のダイゼイン類のうち少なくとも１種であればよい本件発明の場合に当然に当てはまるものとはいえない。
以上によれば，被告らの上記主張は，採用することができない。
(6) 争点１－６（被告方法におけるアルギニンを含む培養液は，「アルギニンを含む発酵原料」に当たるものといえるか（構成要件Ａ－２，Ａ－３の充足性））について
ア 被告方法におけるアルギニンを含む培養液は，「アルギニンを含む発酵原料」に当たるものということはできず，被告方法は，構成要件Ａ－２，Ａ－３を充足しないものというべきである。その理由は次のとおりである。(ｱ) 本件特許請求の範囲の記載は，「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類，並びに，アルギニンを含む発酵原料をオルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む，オルニチン及びエクオールを含有する発酵物の製造方法。」というものであるから，文言上，アルギニンは，選択されたダイゼイン類と共に発酵原料を調整する段階において，既にその発酵原料に含まれるものであることが明記されている。しかして，被告方法において，「アルギニンを含む培養液」は，選択されたダイゼイン類と共に発酵原料を調整する段階においては，その発酵原料に含まれているものではなく，その後の工程である発酵処理工程において，初めて現れ，他の所定の液（ダイゼインを含む処理液）と混合されるものであるから，上記文言を充足するということはできない。
(ｲ) このことは，本件明細書の記載からも裏付けられる。すなわち，本件明細書の【００３３】には，「当該エクオール含有大豆胚軸発酵物は，発酵原料として大豆胚軸を用いて製造される」と記載され，【００３６】には，「大豆胚軸の発酵において，発酵原料となる大豆胚軸には，必要に応じて，発酵効率の促進や発酵物の風味向上等を目的として，酵母エキス，ポリペプトン，肉エキス等の窒素源；グルコース，シュクロース等の炭素源；リン酸塩，炭酸塩，硫酸塩等の無機塩；ビタミン類；アミノ酸等の栄養成分を添加してもよい。特に，エクオール産生微生物として，アルギニンをオルニチンに変換する能力を有するもの（中略）を使用する場合には，大豆胚軸にアルギニンを添加して発酵を行うことによって，得られる発酵物中にオルニチンを含有させることができる。この場合，アルギニンの添加量については，例えば，大豆胚軸（乾燥重量換算）１００重量部に対して，アルギニンが０．５～３重量部程度が例示される。」と記載されている。
これらの記載に照らせば，発酵原料となる大豆胚軸には，必要に応じて，発酵効率の促進等を目的とする栄養成分を添加してもよいと記載されているから，発酵効率の促進等を目的とする栄養成分は，発酵原料とは別の成分として扱われていると考えるほかない。しかして，前記説示のとおり，被告方法における発酵原料に当たるものは，構成α１～α３に記載された各工程を経時的にみるときは，構成α３の「ダイゼインを含む処理液」であるというべきであるから，構成α３の「アルギニンを含む培養液」は，発酵原料に含まれるものではなく，発酵処理工程において上記発酵原料や●（省略）●と共に混合される，発酵効率の促進等を目的とする栄養成分に当たるものというべきである。そうすると，被告方法においては，「ダイゼイン類とアルギニンを含む発酵原料」は存在せず，その「アルギニンを含む培養液」は，発酵原料を調整した後の工程である発酵処理工程において，栄養成分等として初めて現れるものであって，これが混合されて発酵処理されているものにすぎないというべきである。
イ 原告は，被告方法において，培養液に含まれるアルギニンも，ダイゼインを含む処理液と共に混合して発酵処理されるから，「発酵原料」に含まれるものであるといえ，このことは，本件特許請求の範囲の記載及び本件明細書の【００３６】【０２２２】【０２２５】の記載からも裏付けられる旨主張する。
しかし，原告の上記主張は，本件発明においては，栄養成分として用いられるアルギニンと発酵原料に存するアルギニンとを区別していないとの解釈を前提とするものであるところ，上記説示のとおり，本件特許請求の範囲の記載の文言上，アルギニンは，選択されたダイゼイン類と共に発酵原料を調整する段階において，既にその発酵原料に含まれるものであることが明記されているものである。また，本件明細書の【００３６】【０２２２】【０２２５】の記載をみても，「大豆胚軸の発酵において，発酵原料となる大豆胚軸には，必要に応じて，発酵効率の促進や発酵物の風味向上等を目的として，（中略）アミノ酸等の栄養成分を添加してもよい。特に，エクオール産生微生物として，アルギニンをオルニチンに変換する能力を有するもの（中略）を使用する場合には，大豆胚軸にアルギニンを添加して発酵を行うことによって，得られる発酵物中にオルニチンを含有させることができる。」（【００３６】）という記載からは，発酵原料と栄養成分とが区別されるものであり，発酵原料に対する栄養成分の添加は任意であることが読み取れるにすぎず，「粉末状大豆胚軸，アルギニン，及び水を混合して」（【０２２２】），「粉末状大豆胚軸１０重量％及びＬ－アルギニン０．１重量％を含む大豆胚軸溶液」（【０２２５】）という記載は，発酵原料の調製についての記載とみるのが自然であるというべきであって，これらの記載を根拠に，培地や培養液のように栄養成分として用いるアルギニンであっても，発酵原料と特段区別されていないということはできない。したがって，原告の上記主張は，採用することができない。
(7) 小括
以上によれば，被告方法は，本件発明の技術的範囲に属するものとはいえないから，本件特許が特許無効審判により無効にされるべきものであるか（争点２），本件発明についての訂正の対抗主張の成否（争点３）について検討するまでもなく，被告らによる特許権侵害は成り立たない。原告は，その他縷々詳細に主張するが，その主張内容を証拠に照らしつつ慎重に検討するも，上記認定判断を左右するに足りるものはなく，いずれも採用の限りでない。したがって，原告の被告ダイセルに対する①被告原料の生産（主位的請求）又は被告方法の使用（予備的請求）の差止請求（前記第１の３），②被告原料の譲渡等（主位的請求）又は被告方法により生産した被告原料の譲渡等（予備的請求）の差止請求（前記第１の４），③被告原料（主位的請求）又は被告方法により生産した被告原料（予備的請求）の廃棄請求（前記第１の５）は，いずれも理由がなく，また，原告の被告ＡＭＣに対する①被告製品の生産等（主位的請求）又は被告方法により生産された被告原料の使用及び同被告原料を使用した被告製品の譲渡等（予備的請求）の差止請求（前記第１の１），②被告製品（主位的請求）又は被告方法により生産された被告原料を使用した被告製品（予備的請求）の廃棄請求（前記第１の２）も，いずれも理由がないことになり，原告の被告らに対する請求は，全て理由がないことに帰する。
２ 結論
よって，原告の請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとして，主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第４７部
裁判長裁判官 田中孝一
裁判官 奥俊彦
裁判官 西尾信員
（別紙）
被告製品目録
大豆胚芽抽出発酵物含有食品
製品名エクオール＋ラクトビオン酸
（別紙）
被告原料目録
大豆胚芽抽出発酵物
製品名フラボセルＥＱ－５
（別紙）
被告方法目録
ダイゼイン配糖体であるダイジン（５０重量％程度）と少量（１重量％程度）のダイゼインとを含むイソフラボンを，酵素処理することにより，ダイゼイン配糖体であるダイジンの糖を切断してダイゼインとなし，前記酵素処理工程を経て得られたダイゼインを含む処理液と，●（省略）●をアルギニンを含む培養液と共に混合して発酵処理をし，オルニチン及びエクオールを含有する粉末状の発酵物の製造方法であって，前記発酵処理により，１ｇあたり１８．４０ｍｇ以上のオルニチン，１００ｇあたり約６．６ｇ（１ｇあたり６６ｍｇ）のエクオールを生成し，及び前記発酵物が食品素材として用いられるものである，前記製造方法。
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/90370/detail7/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。