税務訴訟資料第２７３号（順号１３８２４）
最高裁判所（第一小法廷）令和●●年（○○）第●●号消費税更正処分等取消請求上告受理事件
国側当事者・国（日本橋税務署長事務承継者麹町税務署長）
令和５年３月６日原判決破棄・棄却・確定
（控訴審・東京高等裁判所、令和●●年（○○）第●●号、令和●●年（○○）第●●号、令和３年４月２１日判決、２７１号－４９・順号１３５５１）
（第一審・東京地方裁判所、平成●●年（○○）第●●号、平成●●年（○○）第●●号、令和元年１０月１１日判決、２６９号－１０２・順号１３３２５）
判決
当事者の表示別紙当事者目録記載のとおり
上記当事者間の東京高等裁判所令和●●年（○○）第●●号、第●●号消費税更正処分等取消請求事件について、同裁判所が令和３年４月２１日に言い渡した判決に対し、上告人から上告があった。よって、当裁判所は、次のとおり判決する。
主文
原判決中上告人敗訴部分を破棄する。
前項の部分につき被上告人の控訴を棄却する。
控訴費用及び上告費用は被上告人の負担とする。
理由
上告代理人武笠圭志ほかの上告受理申立て理由について
１ 本件は、不動産の買取再販売等を行う株式会社である被上告人が、平成２５年１月１日から同年１２月３１日まで、同２６年１月１日から同年１２月３１日まで及び同２７年１月１日から同年１２月３１日までの各課税期間（以下「本件各課税期間」という。）において、転売目的で、全部又は一部が住宅として賃貸されている建物の購入（以下「本件各課税仕入れ」という。）をし、これに係る消費税額の全額を当該課税期間の課税標準額に対する消費税額から控除して消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の確定申告（以下「本件各申告」という。）をするなどしたところ、日本橋税務署長から、その全額を控除することはできないとして更正処分（以下「本件各更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」という。）を受けるなどしたことから、上告人を相手に、本件各更正処分のうち申告額を超える部分及び本件各賦課決定処分の取消し等を求める事案である。
２ 原審の適法に確定した事実関係等の概要は、次のとおりである。
（１）消費税法（平成２６年３月３１日以前に行った課税仕入れについては同２４年法律第６８号２条による改正前のもの、同２６年４月１日から同２７年９月３０日までに行った課税仕入れについては同年法律第９号による改正前のもの、同年１０月１日以降にした課税仕入れについては同２４年法律第６８号３条による改正前のもの。以下同じ。）３０条１項１号は、事業者が国内において行う課税仕入れについては、当該課税仕入れを行った日の属する課税期間の課税標準額に対する消費税額から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額を控除する旨を規定する。同条２項１号は、当該課税期間における課税売上高が５億円を超える場合又は当該課税期間における課税売上割合が１００分の９５に満たない場合において、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れにつき、課税資産の譲渡等にのみ要するもの（以下「課税対応課税仕入れ」という。）、課税資産の譲渡等以外の資産の譲渡等（以下「その他の資産の譲渡等」という。）にのみ要するもの（以下「非課税対応課税仕入れ」という。）及び課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するもの（以下「共通対応課税仕入れ」という。）の区分（以下「用途区分」という。）が明らかにされているときは、控除する課税仕入れに係る消費税額（以下「控除対象仕入税額」という。）は、同条１項の規定にかかわらず、課税対応課税仕入れに係る消費税額に、共通対応課税仕入れに係る消費税額に課税売上割合を乗じて計算した金額を加算する方法（以下「個別対応方式」という。）により計算した金額とする旨を規定する。
（２）被上告人は、本件各課税期間において、事業として、転売目的で、全部又は一部が住宅として賃貸されている建物合計３４４物件（以下「本件各建物」という。）を購入した（本件各課税仕入れ）。
被上告人は、本件各課税期間の消費税等について、個別対応方式により、本件各課税仕入れが課税対応課税仕入れに区分されることを前提に、本件各課税仕入れに係る消費税額の全額を控除対象仕入税額として本件各申告をした。これに対し、日本橋税務署長は、平成２９年７月３１日付けで、本件各課税仕入れは、課税資産の譲渡等である建物の転売のみならず、その他の資産の譲渡等である住宅の貸付けにも要するものであるから、共通対応課税仕入れに区分されるべきであり、控除対象仕入税額は、上記消費税額の全額ではなく、これに課税売上割合を乗じて計算した金額となるなどとして、本件各更正処分及び本件各賦課決定処分をした。
（３）平成元年に作成された税務当局の部内資料等には、課税対応課税仕入れとは「直接、間接を問わず、また、実際に使用する時期の前後を問わず、その対価の額が最終的に課税資産の譲渡等のコストに入るような課税仕入れ等である」との記載や、土地の賃貸収入がある場合でも分譲用のマンションの建設計画に基づいて土地の所有権を取得していることが明らかであるときは取得の際に支払った仲介手数料は課税対応課税仕入れに該当する旨の記載があり、同年に発行された税務当局関係者が編者である公刊物等には、販売の目的で取得した土地の造成費は一時的に自社の資材置場として使用しているとしても非課税対応課税仕入れになる旨の記載がある。また、税務当局は、平成７年頃、関係機関からの照会に対し、仮に一時的に賃貸用に供されるとしても、継続して棚卸資産として処理し、将来的には全て分譲することとしている住宅の購入については、課税対応課税仕入れに該当するものとして取り扱って差し支えない旨の回答をし、同９年頃、関係機関からの照会に対し、賃借人が居住している状態でマンションを購入した場合でも、転売目的で購入したことが明らかであれば、課税対応課税仕入れに該当する旨の回答をした。
他方、平成１７年以降、税務当局の職員が執筆した公刊物等において、事業者の最終的な目的は中古マンションの転売であっても、転売までの間に非課税売上げである家賃が発生する場合には、中古マンションの購入は共通対応課税仕入れに該当する旨の見解が示され、また、本件各申告当時に公表されていた複数の国税不服審判所の裁決例及び下級審の裁判例において、本件各課税仕入れと同様の建物の取得の用途区分につき、上記と同様の見解に基づく税務当局側の主張が採用されていた。
３ 原審は、上記事実関係等の下において、本件各建物は転売まで住宅として賃貸されることが見込まれていたから、本件各課税仕入れは、個別対応方式による用途区分において共通対応課税仕入れに区分されるべきであり、本件各更正処分は適法であるなどとした上で、要旨次のとおり判断し、本件各賦課決定処分は違法であるとして、その取消請求を認容した。
税務当局は、平成元年当時、主たる目的又は最終的な使用目的を考慮して用途区分を判定していたとも理解され得るところ、同９年頃、本件各課税仕入れと同様の課税仕入れを転売目的に着目して課税対応課税仕入れに区分したことがあり、その後、同１７年頃までに上記の見解を変更したことがうかがわれるから、従来の見解を変更したことを納税者に周知するなど、これが定着するよう必要な措置を講ずるのが相当であったのに、そのような措置を講じているとは認められない。このような税務当局の対応や、これを根拠とする紛争が継続している事情の下では、本件各申告において、被上告人が、転売を目的とする本件各課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分した上で控除対象仕入税額の計算をしたことには、国税通則法（平成２８年法律第１５号による改正前のもの。以下同じ。）６５条４項にいう「正当な理由」がある。
４ しかしながら、原審の上記判断は是認することができない。その理由は、次のとおりである。
（１）国税通則法６５条４項にいう「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに過少申告による納税義務違反の発生を防止して適正な申告納税の実現を図るという過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁参照）。
（２）前記事実関係等によれば、税務当局は、遅くとも平成１７年以降、本件各課税仕入れと同様の課税仕入れを、当該建物が住宅として賃貸されること（その他の資産の譲渡等に対応すること）に着目して共通対応課税仕入れに区分すべきであるとの見解を採っており、そのことは、本件各申告当時、税務当局の職員が執筆した公刊物や、公表されている国税不服審判所の裁決例及び下級審の裁判例を通じて、一般の納税者も知り得たものということができる。他方、それ以前に税務当局が作成した部内資料や税務当局関係者が編者である公刊物及び平成７年頃の関係機関からの照会に対する回答には、事業者の目的に着目して用途区分を判定していたとも理解され得る記載等があるものの、これらは、本件各課税仕入れと同様の課税仕入れに直接言及するものでなく、その趣旨や前提となる事実関係が明らかでないなど、必ずしも上記見解と矛盾するものとはいえない。また、税務当局は、平成９年頃、関係機関からの照会に対し、本件各課税仕入れと同様の課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分すべき旨の回答をしているが、このことから、直ちに、税務当局が一般的に当該課税仕入れを事業者の目的に着目して課税対応課税仕入れに区分する取扱いをしていたものということはできないし、上記回答が公表されるなどしたとの事情もうかがわれない。
そうすると、平成１７年以降、税務当局が、本件各課税仕入れと同様の課税仕入れを当該建物が住宅として賃貸されることに着目して共通対応課税仕入れに区分する取扱いを周知するなどの積極的な措置を講じていないとしても、事業者としては、上記取扱いがされる可能性を認識してしかるべきであったということができる。
そして、上記取扱いは消費税法３０条２項１号の文理等に照らして自然であるといえ、本件各申告当時、本件各課税仕入れと同様の課税仕入れを事業者の目的に着目して課税対応課税仕入れに区分すべきものとした裁判例等があったともうかがわれないこと等をも考慮すれば、被上告人が本件各申告において本件各課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分して控除対象仕入税額の計算をしたことにつき、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になるということはできない。
（３）以上によれば、本件各申告において、被上告人が本件各課税仕入れに係る消費税額の全額を当該課税期間の課税標準額に対する消費税額から控除したことにつき、国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」があると認めることはできない。
５ 以上と異なる原審の前記判断には、判決に影響を及ぼすことが明らかな法令の違反がある。論旨は理由があり、原判決中上告人敗訴部分は破棄を免れない。そして、以上に説示したところによれば、本件各賦課決定処分の取消請求は理由がなく、これを棄却した第１審判決は正当であるから、同部分につき被上告人の控訴を棄却すべきである。
よって、裁判官全員一致の意見で、主文のとおり判決する。
最高裁判所第一小法廷
裁判長裁判官安浪亮介
裁判官山口厚
裁判官深山卓也
裁判官岡正晶
裁判官堺徹
〔PDF 5頁は画像のため本文テキストなし〕
令和●●年（○○）第●●号
上告受理申立て事件番号東京高等裁判所令和●●年（○○）第●●号
申立人国（処分行政庁日本橋税務署長事務承継者麹町税務署長）
相手方株式会社Ａ
上告受理申立て理由書
令和３年７月２日
最高裁判所御中
申立人指定代理人武笠圭志
菊池憲久
小山綾子
岩本雅也
田口敏也
竹内新
吉田俊介
能登谷宣仁
山元智晶
倉田将幸
猪股翔太
鈴木久志
東雲健司
野村智子
徳永大輔
申立人（一審被告、原審被控訴人。以下同じ。）は、本書面において、上告受理申立ての理由を明らかにする。
略語等については、本書面で新たに定義するもののほかは、原判決及び原判決が引用する一審判決の例により、これらにないものは、申立人の原審準備書面の例による（別紙略語表参照）。
第１ 事案の概要等
１ 事案の概要
本件の第１事件は、相手方が、本件各課税期間の消費税等について、販売目的で行った課税仕入れである建物の購入のうち、購入時にその全部又は一部が住宅用として賃貸されている建物（本件各建物）に係るもの（本件各課税仕入れ）につき、消費税法３０条２項１号イ所定の「課税資産の譲渡等にのみ要する課税仕入れ」（課税対応課税仕入れ）に区分されることを前提として、同条１項の課税標準額に対する消費税額から控除する課税仕入れに係る消費税額（控除対象仕入税額）を計算し、算出した納付すべき税額に基づき確定申告（本件各確定申告）をしたところ、処分行政庁から、本件各課税仕入れは、同条２項１号ロ所定の「課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要する課税仕入れ」（共通課税仕入れ）に区分されるとして、本件各更正処分及びこれらに伴う過少申告加算税の各賦課決定処分（本件各賦課決定処分）を受けたことから、これらの取消しを求める事案である。本件の第２事件は、相手方が、仮に本件各課税仕入れが共通課税仕入れに区分される場合、控除対象仕入税額の計算に当たり、本件各課税仕入れに係る消費税額に乗ずべき消費税法３０条３項の課税売上割合に準ずる割合として算出した割合（本件割合）は合理的に算定されたものであると主張して、処分行政庁に対してその適用承認申請をしたところ、処分行政庁から、同申請を却下する旨の処分（本件却下処分）を受けたことから、その取消しを求めるとともに、本件割合の適用承認の義務付けを求める事案である。
２ 上告受理申立てに至る経緯及び同申立てに係る争点
原判決は、本件割合の適用承認の義務付けを求める部分を却下し、本件各更正処分及び本件却下処分の取消しを求める各請求をいずれも棄却した第一審判決の判断を維持したが、本件各確定申告における申告額が過少であったことにつき、国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるとして、第一審判決中、本件各賦課決定処分の取消請求を棄却した部分を変更し、本件各賦課決定処分をいずれも取り消したため、申立人が上告受理申立てをした。
上告受理申立てに係る争点は、本件各更正処分が適法であることを前提として、本件各確定申告における申告額が過少であったことにつき、国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるか否かである。
３ 上告受理申立てに係る争点についての原判決の判断の要旨
上告受理申立てに係る争点について、原判決は、要旨以下のとおり判示した。
（１）課税当局は、平成９年頃、賃貸中マンション購入費用事例の用途区分についての回答において、「課税資産の譲渡等にのみ要するもの」との見解を示しており、個別対応方式における用途区分について、主たる目的又は最終的な使用目的を考慮して判定したとも理解し得る。その後、課税当局は、本件と争点を同一とする裁決において、共通課税仕入れに該当する旨主張し、遅くとも平成１７年頃には上記回答の見解を変更したことがうかがわれるが、従来の見解を変更したことを納税者に周知するなど、新たな見解が定着するよう必要な措置を講じるべきであったのに、そのような措置を講じたとは認められない。裁判例や文献等で、本件課税仕入れが共通課税仕入れに該当することが示されるなどしているが、その適法性は裁判で争われており、上記必要な措置が講じられたと評価することもできない。
以上のとおり、課税当局の従前の対応例、これを根拠とする紛争が継続している事情の下では、本件各確定申告において、相手方が本件各課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分した上で控除対象仕入税額の計算をしたことについて、真に相手方の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお、相手方に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になるというのが相当である。
（２）したがって、本件各確定申告における申告額が過少であったことにつき、国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるということができ、本件各賦課決定処分は違法である。
第２ 上告受理申立て理由の要旨
１ 本件は、国税通則法６５条４項に定める「正当な理由があると認められる」場合には当たらないこと
（１）納税者が法令解釈を誤り、その結果、過少申告となった場合における「正当な理由」の判断枠組み
過少申告加算税の趣旨に照らせば、過少申告があっても例外的に過少申告加算税が課されない場合として国税通則法６５条４項の定める「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが確立した判例である。そして、一般に、単なる法令解釈や事実認定の誤りは「正当な理由」に当たらず、納税者が租税法規の解釈を誤り、その結果、過少申告となった場合については、納税者の主観的な事情に基づく法律解釈の誤りにすぎないものであるとして、「正当な理由があると認められる」場合には当たらないのが原則である。
納税者が法令解釈を誤り、その結果、過少申告となった事案における「正当な理由」が例外的に認められる場合が問題とされた最高裁判所平成１８年１０月２４日第三小法廷判決（民集６０巻８号３１２８ページ。以下「最高裁平成１８年１０月判決」という。）、最高裁判所平成２４年１月１６日第一小法廷判決（集民２３９号５５５ページ。以下「最高裁平成２４年判決」という。）及び最高裁判所平成２７年６月１２日第二小法廷判決（民集６９巻４号１１２１ページ。以下「最高裁平成２７年判決」という。）の考え方を踏まえると、納税者が法令解釈を誤り、その結果、過少申告となった場合に「正当な理由」があると認められるのは、納税者が申告において依拠した法令解釈について、相応の論拠が客観的に存在し、真に納税者の責めに帰することのできない客観的事情が認められ、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になると評価し得る場合に限られるというべきである。そして、納税者が申告において依拠した法令解釈に相応の論拠が客観的に存在するといえるためには、少なくとも、当該確定申告以前に、課税庁において当該問題に係る課税庁の公権的解釈ないし課税上の取扱いが統一的に採用されていたことを示す通達や課税庁監修の公刊物が存在するなどしてその公権的解釈ないし課税上の取扱いが一般の納税者に明らかにされていたことが必要であり、その上で、当該解釈に関連する裁判例の状況等の諸要素を総合的に考慮し、「正当な理由」の有無を判断するのが相当というべきである。
（２）相手方が本件各確定申告において依拠した法令解釈には相応の論拠が客観的に存在したとはいえず、その申告額が過少であったことは、国税通則法６５条４項の定める「正当な理由があると認められる」場合には当たらないこと
ア 相手方が本件各確定申告において依拠した法令解釈については、課税庁において統一的に採用されていたことを示す通達や課税庁監修の公刊物が存在しておらず、平成９年回答は一般の納税者が確定申告をするに当たって法令を解釈する際の信頼形成の根拠となり得るものではないから、課税庁の公権的解釈ないし課税上の取扱いとして一般の納税者に明らかにされていたとはいえないこと
相手方は、本件各確定申告において、個別対応方式における用途区分の判定は課税仕入れの最終的な目的ないし主たる目的によって行うべきであるとの解釈に依拠し、本件各課税仕入れが課税対応課税仕入れに該当するものとして控除対象仕入税額を計算したが、本件各確定申告以前において、上記解釈に沿う通達や課税庁監修の公刊物は、存在しなかった。
この点、原判決は、「税務当局が、個別対応方式における用途区分において、主たる目的又は最終的な使用目的を考慮して用途区分を判定したとも理解し得る」根拠として、平成９年頃の東京国税局内部における「質疑事項回答整理表」（甲４３別添２０）における回答（以下「平成９年回答」という。）を指摘するが、平成９年回答は、東京国税局が更正請求事案の処理を担当する部署からの質疑に対する回答を示したものであり、その性質上、当該部署が具体的な事案を処理するために、同局がその個別具体の事情を前提としてその見解を示したものにすぎず、飽くまでも東京国税局が取り扱った個別事案に対する事例判断であって、それも同局内での使用を念頭に置いた内部資料にとどまるものであり、個別対応方式の用途区分の判定に関する解釈を一般的に示したものとみることはできない。もとより、課税庁は、同回答で示した見解を課税庁全体の統一的解釈として一般の納税者に公表することを全く予定しておらず、現にこれを公表した事実もないから、東京国税局内の個別事案に対する事例判断としても公的に示したものですらなく、同回答で示した見解について一般の納税者の合理的な信頼が形成されていたとみることはできない。このように、非公表の内部資料にとどまる平成９年回答は、一般の納税者が確定申告をするに当たって法令を解釈する際の信頼形成の根拠となり得るものではない。
以上によれば、相手方が本件各確定申告において依拠した法令解釈については、これが課税庁において統一的に採用されていたことを示す通達や課税庁監修の公刊物が存在していなかったし、原判決が殊更に重視する平成９年回答は、一般の納税者が確定申告をするに当たって法令を解釈する際の信頼形成の根拠となり得るものではないから、課税庁の公権的解釈ないし課税上の取扱いとして一般の納税者に明らかにされていたということはできない。
イ 相手方が平成９年回答に依拠して本件各確定申告をしたとは認められないこと相手方は、本件各確定申告において、平成９年回答の存在を認識していたと認めることはできないから、同回答に記載された見解を正しい法令解釈であると信頼し、同見解に依拠して本件各確定申告をしたと認めることもできない（そもそも、相手方も、このような主張をしていない。）。この点をみても、平成９年回答の存在をもって、過少申告となったことにつき真に納税者の責めに帰することのできない客観的事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になるとはいえない。
ウ その他の要素を考慮しても相手方が本件各確定申告において依拠した法令解釈に合理的な論拠があったとみることはできないこと
本件各課税仕入れが共通課税仕入れに該当するとの解釈適用は、消費税法３０条２項１号の文理解釈、仕入税額控除の趣旨及び仕組みからごく自然に導かれるものである。これに対し、相手方が依拠する本件各課税仕入れが課税対応課税仕入れに該当するとの解釈適用は、賃借人が居住する集合住宅の購入の際の主たる目的又は最終的な使用目的により用途区分を判定するとの解釈を前提とするが、当該解釈は、個別対応方式における用途区分を判定するに当たり、消費税法３０条２項１号の文理を離れて、税負担の累積を考慮する必要がない部分についてまで控除を認める点で、税負担の累積排除の適正・公平な実現を図るという同条の趣旨及び仕組みに反するものであるから、合理的な解釈であるということはできない。
また、平成２６年２月２７日から平成２８年２月２６日までにされた本件各確定申告（平成２６年２月２７日、平成２７年２月２７日及び平成２８年２月２６日）の当時において、相手方が依拠する解釈に沿う裁判例は全く存在しなかった一方、平成１７年から本件各確定申告がされるまでの間、本件課税仕入れに類する態様の課税仕入れを共通課税仕入れに区分すべきものとした課税処分について、これを是認する判断を示した３件の公表裁決と、確認することができる２件の裁判例が存在していた上、課税庁が監修した公刊物ではないものの、課税庁の上記解釈に沿う記述をした複数の公刊物が存在しており、かかる事実からすると、遅くとも平成１７年以降、課税庁が本件課税仕入れ又はこれに類する態様の課税仕入れが共通課税仕入れに該当するとの統一的取扱いをしていたことは明らかである。
以上によれば、本件各課税仕入れが課税対応課税仕入れに該当するとの解釈適用は、消費税法３０条２項１号の個別対応方式における用途区分の判定に関する一般的かつ自然な解釈とは異なる解釈に基づくものであって、相手方が本件各確定申告において依拠した法令解釈には合理的な論拠があったとみることはできない。
（３）小括
以上のとおり、相手方が本件各確定申告において依拠した法令解釈には相応の論拠が客観的に存在したとはいえず、その申告額が過少であったことは、消費税法３０条２項１号の個別対応方式における用途区分の判定に関する一般的な解釈とは異なる解釈に基づく単なる法令解釈の誤りによるものにすぎないから、本件は、国税通則法６５条４項に定める「正当な理由があると認められる」場合には当たらないというべきである。
２ 原判決の判断は国税通則法６５条４項の解釈適用を誤っていること
（１）課税庁が本件課税仕入れに係る課税上の取扱いを変更したとする原判決の判断が誤っていること
原判決が認定する平成９年回答の内容は、個別対応方式における用途区分に関し主たる目的又は最終的な使用目的を考慮して判定したとも理解し得るという評価を含む曖昧なものであって、客観性を持った内容とはいえない。さらに、原判決は、「平成９年頃、税務当局が、本件課税仕入れを課税資産の譲渡にのみ要する課税仕入れと扱っていた可能性は否定でき」ないとも述べているが（原判決２６ページ）、このような消極的な評価にとどまる平成９年回答をもって、納税者の信頼形成の合理的な根拠とするのは相当ではない。
平成９年回答は、東京国税局が内部部署からの質疑に対する回答を示したものであり、その性質上、具体的な事案処理のために、同局がその個別具体の事情を前提としてその見解を示したものにすぎず、課税庁の本件課税仕入れに係る公権的解釈ないし課税上の取扱いを定めるものではなく、上級行政機関が下級行政機関又はその職員に対して一般的な指示命令をする通達とは異なるから、平成９年回答をもって、課税庁が平成９年頃にその記載内容に沿った公権的解釈ないし課税上の取扱いをしていたとまでは認められない。したがって、課税庁が本件課税仕入れに係る課税上の取扱いを変更したということもできない。
それにもかかわらず、原判決は、平成９年回答が、個別対応方式における用途区分に関し「主たる目的又は最終的な使用目的を考慮して用途区分を判定したとも理解し得るような」ものであることを前提として、課税庁が平成９年頃に本件課税仕入れが課税対応課税仕入れに該当するものと取り扱っていた可能性が否定できないことを掲げて、本件各確定申告時にはこれを変更していたと判断するが、上記のとおり、平成９年回答をもって、平成９年頃にその記載内容に沿った公権的解釈ないし課税上の取扱いをしていたと評価することはできない。原判決がいう「…理解し得る」、「…可能性が否定でき」ないといった評価にとどまる平成９年回答をもって、納税者の信頼形成の合理的な根拠とすることは相当でない。
原判決の判断は、誤っている。
（２）課税庁が本件課税仕入れに係る課税上の取扱いの変更を周知すべき義務を負うとする原判決の判断が誤っていること
前記（１）で述べたとおり、平成９年回答をもって、本件課税仕入れについて、課税庁が平成９年頃にその記載内容に沿った課税上の取扱いをしていたと評価することができず、それが周知されていたともいえないことからすると、一般の納税者の間において、課税庁が平成９年回答の記載内容に沿った実務上の取扱いをしているとの誤信が生じていたということはできないのであって、そもそも誤信が生じているわけではなかったのであるから、課税庁が、本件課税仕入れについて、課税対応課税仕入れに該当する旨の解釈、取扱いが共通課税仕入れに該当する旨の解釈、取扱いに変更されたとして、これを周知するなどの措置を講ずべき義務を負うこともなかった。
したがって、課税庁は従来の見解を変更したことを納税者に周知するなど見解変更が定着するよう必要な措置を講じるべきであったとする原判決の判断は、誤っている。
（３）納税者の過少申告に寄与していない事情を「正当な理由」の有無の判断において考慮した原判決の判断が誤っていること
相手方が平成９年回答の内容を認識したのは本件各確定申告後であり、相手方は、平成９年回答に記載された内容を信頼して本件各確定申告をしたわけではない。
納税者の過少申告に何ら寄与していない事情を「正当な理由」の有無の判断において考慮した原判決の判断は、誤っている。
３ 本件は法令の解釈に関する重要な事項を含むものであること
附帯税である過少申告加算税の賦課の除外要件を定める国税通則法６５条４項の解釈は、課税実務全般に多大な影響を与えるものであるから、本件は、法令の解釈に関する重要な事項を含むものと認められる事件に当たる。
第３ 本件は、国税通則法６５条４項に定める「正当な理由があると認められる」場合には当たらないこと
１ 前提事実
相手方は、本件各確定申告において、個別対応方式によって控除対象仕入税額を計算したところ、その用途区分の判定に関する解釈適用を誤り、本件各課税仕入れについて、共通課税仕入れではなく課税対応課税仕入れに区分して計算したため、同申告は、過少申告となった。そこで、以下においては、国税通則法６５条４項の定める「正当な理由があると認められる」場合に当たるか否かの判断に関連し得る解釈等を示すものとして、公刊物や記事、相手方が課税庁が作成したと主張する質疑回答等、公表裁決、裁判例等に係る事実関係を時系列で整理しておく。
なお、相手方は、平成２６年２月２７日、平成２５年１２月課税期間に係る本件各課税仕入れが課税対応課税仕入れに該当することを前提に、平成２５年１２月課税期間に係る確定申告（甲８の１）（後記（１１）と（１２）の間）、平成２７年２月２７日、平成２６年１２月課税期間に係る本件各課税仕入れが課税対応課税仕入れに該当することを前提に、平成２６年１２月課税期間に係る確定申告（甲８の２）、平成２８年２月２６日、平成２７年１２月課税期間に係る本件各課税仕入れが課税対応課税仕入れに該当することを前提に、平成２７年１２月課税期間に係る確定申告（甲８の３）（いずれも後記（１２）の後）をそれぞれした。
（１）平成元年８月１日財団法人大蔵財務協会税のしるべ総局発行の税のしるべ総局編集部編「これが一番新しい消費税Ｑ＆Ａ」（甲４３別添９）【土地造成費等事例】
同公刊物は、「土地の造成費と土地仲介手数料は、土地の購入時の使用目的によって、消費税の取り扱いが異なると聞きました。これを具体的に説明して下さい。」との問いに対し、個別対応方式における用途区分の判定は、土地の購入時の使用目的によって行うが、土地の造成費及び土地仲介手数料の用途区分について、自社ビルの建設をする土地、貸ビルの建設をする土地又は土地付き分譲マンションの建築をする土地に場合分けをし、土地付き分譲マンションの建築をする土地の場合には共通課税仕入れに該当するとし、土地を販売の目的で取得し、一時的に自社の資材置場等として使用しているときは、最終的な使用目的が販売用であるから非課税対応課税仕入れとなるとしている。
（２）平成元年９月２０日財団法人大蔵財務協会発行の前国税庁職員編「回答実例消費税質疑応答集」（甲４３別添８）【土地造成費等事例と同様の事例】
同公刊物は、建設業者が宅地開発を行うこととして用地を取得し、一部造成工事を行ったが、宅地の販売開始が翌々事業年度となるので一時的に自社の資材置場として使用している場合、造成工事の費用は、個別対応方式における用途区分でいずれに該当するのかとの問いに対し、販売の目的で取得した土地に行った造成費用であるから、一時的に自社の資材置場として使用しているとしても、非課税対応課税仕入れに該当するとしている。
なお、同公刊物の上記回答部分では、前記（１）の公刊物の記載とは異なり最終的な使用目的が販売用であるか否かは問題とされていない。
（３）平成２年４月１０日財団法人大蔵財務協会発行の国税庁幹部推薦・国税庁職員編「消費税法取扱通達逐条解説」（甲４３別添１０）【土地造成費等事例と同様の事例】
同公刊物は、概ね前記（１）と同様の記述をしている。
（４）相手方が平成７年２月頃国税庁で作成されたと主張する「照会事績整理票」（甲４３別添１８【分譲マンション購入費用事例】）
同整理票（甲４３別添１８）については、申立人においてその存否を確認することができなかった（回答内容（甲４３別添１８「回答要旨」欄）に類するデータが税務当局の職員のみがアクセス可能な国税庁のデータベースに保存されていた（乙１８））が、同整理票には、分譲用マンション（住宅用）を購入した事業者が、購入後、転売するまでの間に同マンションの一部を賃貸する場合の上記購入による課税仕入れの個別対応方式における用途区分に関し、購入物件は分譲することを目的として取得したマンションであり、課税仕入れの時点では課税資産の譲渡等にのみ要するものに該当するものであるから、仮に一時的に賃貸用に供されるとしても、継続して棚卸資産として処理し、将来的には全て分譲することとしているものについては、課税対応課税仕入れに該当するものとして取り扱って差し支えない旨記載されている。
（５）平成９年回答（原判決が平成９年頃東京国税局が当該書面により回答したと認定した「質疑事項回答整理表」）（甲４３別添２０）【賃貸中マンション購入費用事例】
平成９年回答は、申立人においてその存否の確認をすることができず、国税庁のデータベースにも保存されていないものの、原判決がこれにより東京国税局が回答したと認定したものであり（原判決１２ページ）、その体裁及び記載内容からすると、担当部署が個別事案に関し個別対応方式における用途区分の判定を行うに際し東京国税局に質疑し、その一部門と考えられる部門の一次担当者の検討を踏まえた回答案が記載されたもののようにみえる。
平成９年回答には、要旨次のとおり記載されている。
（質疑要旨）
事業者は、平成８年２月１５日に当初から販売目的（１棟ごとに賃借人が居住している状態のまま転売するか、賃貸契約解除後に１戸ごとに販売する。）でマンション１６棟を賃借人が居住している状態（空室はほとんどない。）のまま購入し、販売用不動産として計上し、平成８年１２月末には、１６物件４７４戸のうち１２１戸を販売済みであり、その他１５９戸が販売予定等であった。上記マンション購入による課税仕入れは、仕入税額控除は認められるか。
（回答要旨）
「課税資産の譲渡等にのみ要する課税仕入れ」かどうかの判定は、課税仕入れを行った日の状況により行うこととされているが、「課税仕入れを行った日の状況により行うこと」の意義は、当該課税仕入れを行った目的により判断することとなる。本件の場合は、法人の処理及び販売活動等から、マンションを転売目的で取得したことが明らかであることから、課税資産の譲渡等にのみ要する課税仕入れに該当し、仕入税額控除が認められる。
（６）平成１７年１１月１０日付けの公表裁決（乙１４の１）【賃貸中マンション購入費用事例と同様の事例】
同裁決は、賃貸中マンションを信託財産とする信託受益権の取得による課税仕入れの個別対応方式における用途区分が争われた事案に関するものであるところ、原処分庁は、当該信託受益権について、譲渡する目的と併せて、その信託不動産に係る賃貸収入を得ることを目的として取得したことが認められ、共通課税仕入れに該当する旨主張した。国税不服審判所は、個別対応方式における用途区分の判定は仕入れを行った日の状況により行うことが相当で、課税仕入れの目的及び当該課税仕入れに対応する資産の譲渡等がある場合にはその資産の譲渡等の内容を勘案して判断すべきであるとし、譲渡目的のみならず賃貸収入を得る目的も併せて取得し、課税期間において、住宅貸付けによる賃貸収入が生じている以上、共通課税仕入れに該当する旨判断した。上記裁決は、その頃、一般に公表されている。
（７）平成１７年１１月５日発行の和気光（元東京国税局消費税課長）編著「こんなときどうする消費税Ｑ＆Ａ」（乙２０、甲５８）【賃貸中マンション購入費用事例と同様の事例】
同公刊物は、借家人が居住する中古マンションを転売目的で購入したが、購入後に家賃収入が生じる場合に、個別対応方式における用途区分を課税対応課税仕入れとしてよいかとの問いに対し、購入時点において賃借人がおりその賃料収入が生じることから、事業者の最終的な目的は中古マンションの転売であっても、転売までの間非課税売上げである住宅家賃が発生することも事実であり、中古マンションの購入に係る消費税（課税仕入れ）は、共通課税仕入れに該当する旨、個別対応方式における用途区分は、最終的な目的だけでなく、それまでの間に発生する売上げについても判定要素として考える必要がある旨の回答を記載している。
（８）平成２２年１１月８日付けの公表裁決（乙１４の２）【賃貸中マンション購入費用事例と同様の事例】
同裁決は、賃貸中マンションの購入による課税仕入れの個別対応方式における用途区分が争われた事案に関するものであるところ、原処分庁は、仕入れ時点において、当該マンションの一部が住宅の貸付けに供されており、住宅の賃料が生じ又は生じることが予定されていること、一部が店舗等の貸付けに供されており、店舗等の賃料が生じ又は生じることが予定されていることから、請求人が販売目的で購入したとしても、その取得に係る課税仕入れは共通課税仕入れに該当すると主張した。国税不服審判所は、用途区分は課税仕入れを行った日の状況により判定されるところ、売買契約時点で賃借人が入居した状況のままで請求人が引渡しを受けることなどが定められ、引渡し時点において、店舗及び住宅に賃借人が存在し、同日においても、店舗及び住宅の貸付けから生じる賃貸料収入を得る状況にあったことから、当該不動産の仕入れは共通課税仕入れに該当する旨判断した。
（９）平成２３年１１月１日発行「東京税理士界」（乙１５）【賃貸中マンション購入費用事例と同様の事例】
同記事は、賃貸中の中古マンションの転売目的の購入による課税仕入れの個別対応方式における用途区分について、同中古マンションの取得の目的は転売にあることから、最終的に課税売上げが発生するが、建物の取得時点で入居者がおり、最終目的が中古マンションの転売であっても、転売までの間、非課税となる家賃収入が発生していることから、建物の取得は、共通課税仕入れに区分せざるを得ないものとしている。
（10）平成２４年１月１９日付けの公表裁決（甲２９）【賃貸中マンション購入費用事例と同様の事例】
同裁決は、賃貸中建物の購入による課税仕入れの個別対応方式における用途区分が争われた事案に関するものであるところ、原処分庁は、個別対応方式における用途区分は課税仕入れを行った日の状況により行うもので、４建物のうち一つの建物は取得日に住宅及び店舗の貸付けの用に供されていたこと、それ以外の建物は、住宅の貸付けの用に供されていたこと、請求人が各建物を販売用不動産として経理して販売広告等を行っていることなどから、共通課税仕入れに該当する旨主張した。国税不服審判所は、用途区分は当該仕入れ等の目的及び当該課税仕入れ等に対応する資産の譲渡等がある場合にはその資産の譲渡等の内容などの課税仕入れ等を行った日の状況を勘案して判断すべきものと解するのが相当であるとし、当該建物がいずれも販売することを目的として取得し、仕入日には住宅の貸付けの用に供されていたことから、その仕入れは共通課税仕入れに該当する旨判断した。
（11）さいたま地裁判決（平成２５年６月２６日。甲４３別添７）
同判決は、建物の新築費用等に係る課税仕入れの個別対応方式における用途区分が争われた事案に関するものであるところ、被告国は建物の取得は課税仕入れの日において販売目的ではなく、あるいはその目的とともに住宅として貸し付けることを目的としていたことから、共通課税仕入れに該当する旨主張した。裁判所は、個別対応方式における用途区分は課税仕入れを行った日の状況等に基づき、当該課税仕入れをした事業者が有する目的、意図等諸般の事情を勘案し、事業者において行う将来の多様な取引のうちどのような取引に要するものであるのかを客観的に判断すべきものと解するのが相当とし、仕入れ時点において、当該建物を販売する（信託受益権を譲渡する）目的とともに、住宅として貸し付けることを目的としてされたと認められるとし、当該課税仕入れが共通課税仕入れに該当する旨判断した。
（12）名古屋地裁判決（平成２６年１０月２３日。甲４３別添２５）
同判決は、建物の新築等費用等による課税仕入れの個別対応方式における用途区分が争われた事案に関するものであるところ、被告国は、個別対応方式における用途区分の判断時期は仕入れ時点であり、同時点で建物の一部が原告事務所として使用され、一部を住宅として貸し付けることが予定されていたことから共通課税仕入れに該当する旨主張した。裁判所は、課税仕入れの個別対応方式における用途区分については、当該課税仕入れが行われた日の状況に基づき、客観的に判断すべきものと解するのが相当であるとし、当該建物の一部につき原告事務所として使用し、一部につき居住用住宅として賃貸することが予定されており、課税仕入れの前に、居室が住宅として賃貸されていたことなどから、これらの事情に照らして課税仕入れが行われた日の状況から客観的に判断すると、当該建物に係る課税仕入れは、共通課税仕入れに該当する旨判断した。
２ 納税者が法令解釈を誤り、その結果、過少申告となった場合における「正当な理由」の判断枠組み
（１）「正当な理由」の意義
ア 過少申告加算税は、過少申告による納税義務違反の事実があれば、原則としてその違反者に対して課されるものであり、これによって、当初から適正に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする行政上の措置である。この趣旨に照らせば、過少申告があっても例外的に過少申告加算税が課されない場合として国税通則法６５条４項の定める「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、上記のような過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが確立した判例である（最高裁平成１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１ページ、最高裁平成１８年１０月判決、最高裁平成２７年判決）。具体的にどのような事情があれば「正当な理由があると認められる場合」に当たるかは、結局のところ、個々の具体的な事案において、当該納税者に対し過少申告加算税という制裁を加えることが不当又は酷となるかどうかを個別的事情に従って判断するほかない（最高裁判所判例解説民事篇平成１８年度（下）１１２３ページ〔以下「平成１８年判決解説」という。〕）。
なお、国税通則法６５条４項の定める「正当な理由」の不存在が過少申告加算税の課税要件となるものではなく、その存在が過少申告加算税の賦課の除外要件とされている。したがって、「正当な理由」の存在については、納税者において主張立証責任を負うことになる。
イ そして、一般に、単なる法令解釈や事実認定の誤りは「正当な理由」に当たらず、納税者が租税法規の解釈を誤り、その結果、過少申告となった場合については、納税者の主観的な事情に基づく法令解釈の誤りにすぎないものであるとして、国税通則法６５条４項の定める「正当な理由があると認められる」場合には当たらないのが原則である（平成１８年判決解説１１２４ページ、金子宏「租税法第二十三版」８８５ページ参照）。しかし、誤った租税法規の解釈を前提とする過少申告につき、納税者が依拠した見解に相応の論拠がある場合には、単なる納税者の主観的な事情に基づく法令解釈の誤りにすぎないとして、当該納税者に過少申告加算税という制裁を加えることが不当又は酷であると評価されて、過少申告加算税を課すことが許されなくなるが、これは飽くまで例外的な場合であると解される。
（２）納税者が法令解釈を誤り、その結果、過少申告となった事案における「正当な理由」が例外的に認められる場合が問題とされた最高裁判決を踏まえた「正当な理由」の有無についての判断枠組み
ア 納税者が法令解釈を誤り、その結果、過少申告となった事案における「正当な理由」が例外的に認められる場合が問題とされた最高裁判決
次の各最高裁判決は、納税者が法令解釈を誤り、その結果、過少申告となった事案において、「正当な理由」が例外的に認められる場合についての判断を示したものである。このうち、後記（ア）及び（ウ）は、「正当な理由」が認められるとした事例であり、後記（イ）は、「正当な理由」があるとした原審の判断に審理不尽があるとして差し戻し、その有無の判断において考慮すべき要素を明らかにしたものである。
（ア）最高裁平成１８年１０月判決
これは、課税庁が、外国法人である親会社から日本法人である子会社の従業員等に付与されたストックオプションの権利行使益の所得税法上の所得区分に関し、かつては一時所得として取り扱い、平成１０年分の所得税の確定申告の時期以降、その取扱いを変更し、給与所得として統一的に取り扱うようになったところ、平成１１年分の所得税の確定申告において上記権利行使益を一時所得として申告した納税者に対し、これが給与所得に当たるとしてされた所得税更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分の取消しを求めた事案である。最高裁平成１８年１０月判決は、①上記権利行使益を一時所得とする従前の取扱いが、東京国税局直税部長が監修し、同局所得税課長が編者となり、財団法人大蔵財務協会が発行した「回答事例による所得税質疑応答集」（昭和６０年版から平成６年版まで）においても同旨が述べられていたこと、②この所得区分に関する所得税法の解釈問題については、最高裁判所平成１７年１月２５日第三小法廷判決（民集５９巻１号６４ページ）による判断が示されるまでは下級審の裁判例においてその判断が分かれており、一時所得とする見解にも相応の論拠があったこと、③課税庁がこのような問題につき法令の改正によらずに取扱いを変更する場合には、通達を発するなどして変更後の取扱いを納税者に周知させ、これが定着するよう必要な措置を講ずべきであるのに、平成１４年６月の所得税基本通達の改正により変更後の取扱いを通達に明記するまでこれを明示することがなかったことから、それまでの間、納税者において、上記権利行使益が一時所得に当たるものと解し、その見解に従って上記権利行使益を一時所得として申告したとしてもそれには無理からぬ面があり、それをもって納税者の主観的な事情に基づく単なる法律解釈の誤りにすぎないものということはできず、過少申告につき真に納税者の責めに帰することのできない客観的事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することは不当又は酷になるというのが相当であるとして、国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるものというべきであると判断した。
（イ）最高裁平成２４年判決
これは、第三者が支払った養老保険の保険料（保険料経理部分）について所得税法３４条２項にいう「その収入を得るために支出した金額」に当たり一時所得の金額の計算上控除し得るとして確定申告をした納税者に対し、当該保険料経理部分については「その収入を得るために支出した金額」に当たらず、一時所得の金額の計算上控除できないなどとしてされた更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分の取消しが求められた事案である。原審は、関連する所得税基本通達が一時所得の金額の計算において当該保険料経理部分を控除することができるとの誤解を生じさせかねないもので、そのような解釈を示している市販の解説書等が存することから、過少申告に「正当な理由があると認められる」場合に当たるとしたのに対し、最高裁平成２４年判決は、当該保険料経理部分は同法３４条２項にいう「その収入を得るために支出した金額」に当たるとはいえず、これを保険金に係る一時所得の金額の計算において控除することはできないとした上で、①上記通達は誤解を生ずる余地があり、その理解と同旨の市販の解説書等も複数存在していたが、所得税法３４条２項の解釈を踏まえると、使用者の負担した保険料等のうち給与等として課税されたものを控除の対象とすることを原則とする趣旨に解する余地もあり、直ちに保険料経理部分を総収入金額から控除することが許容されるという理解が導かれるものとはいい難いことに加え、②上記解説書等につき税務当局が監修等をしていたり、上記解説書等がその見解を採るべき法令解釈上の具体的根拠を示していたりするなどの事情がうかがわれず、同解説書等の見解の根拠となり得る課税実務上の運用や税務当局ないしその関係者の示した見解の有無が明らかでないという事情の下で、課税実務上の運用や税務当局ないしその関係者の示した見解の有無などの点について十分に審理することなく、上記通達の文言や市販の解説書の記載のみをもって正しい解釈と異なる解釈に基づいて行われた過少申告に「正当な理由」があるとした原審の判断には、判決の影響を及ぼすことが明らかな法令の違反があるとして、原判決を破棄し、当該事件を原審に差し戻した。
（ウ）最高裁平成２７年判決
これは、匿名組合契約に基づき匿名組合員が営業者から受ける利益の分配に係る所得区分について、旧通達では、原則として営業者が営む事業の内容に従い事業所得又はその他の各種所得に該当するものとされていたが、平成１７年に改正された新通達では、原則として雑所得に該当するなどの変更がなされ、所得区分に関する課税庁の公的見解が変更されたところ、上記改正の前後において旧通達に沿う内容の確定申告をした納税者に対しなされた所得税更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分の取消しが求められた事案である。最高裁平成２７年判決は、平成１７年の通達改正により課税庁の公的見解が変更されるまでの間は、納税者において、旧通達に従って申告をしたとしても、それは当時の課税庁の公的見解に依拠した申告であるということができ、それをもって納税者の主観的事情に基づく単なる法律解釈の誤りにすぎないものということはできないとして、通達改正前にされた過少申告について真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお同人に過少申告加算税を賦課することは不当又は酷になるというのが相当であり、国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」があると判断する一方、通達改正後にされた同趣旨の過少申告については「正当な理由」がないと判断した。
イ 最高裁判決を踏まえた「正当な理由」の有無についての判断枠組みについて前記アの各最高裁判決によると、一般的には、納税者が租税法規の解釈を誤り、その結果、過少申告となった場合については、当該法令解釈の誤りは納税者の主観的事情に基づくものにすぎず、国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるとは認められないことを前提として、納税者の誤った法令解釈に基づく確定申告に関し、①東京地裁の複数の行政専門部を含む下級審の裁判例においても見解が対立する租税法規の解釈に係る微妙な問題につき、課税庁ないしその幹部職員が公刊物において示していた従来の統一的な法令解釈を改め、課税上の取扱いを変更したにもかかわらず、変更後の取扱いを納税者に周知させ、これを定着させるために必要な措置を講じていなかった場合（前記ア（ア））、又は、②納税者が、租税法規の解釈に関し、確定申告当時に課税庁が通達により表示していた公的見解に依拠して確定申告し、当該申告後に課税庁の公的見解が変更された等の事情の下で、課税庁の従来又は確定申告当時の取扱いが正しいものと信じて申告をした場合（前記ア（ウ））には、納税者について、その依拠した解釈に相応の論拠があると客観的に認められ、例外的に「正当な理由」が認められるが、③課税実務上の運用や税務当局等の示した見解の有無などの点につき十分に審理することなく、関係する通達の文言の一部や納税者の法令解釈と同旨の見解を採る市販の解説書の記載のみをもって、その依拠した解釈に相応の論拠があると客観的に認めることはできず、「正当な理由」は認められない（前記ア（イ））との判断をしている。
以上の最高裁判決の考え方を踏まえると、納税者が法令解釈を誤り、その結果、過少申告となった場合に「正当な理由」があると認められるのは、納税者が申告において依拠した法令解釈について、上記①又は②の事情に類する相応の論拠が客観的に存在し、真に納税者の責めに帰することのできない客観的事情が認められ、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になると評価し得る場合に限られるというべきである。
ところで、課税庁が納税者に対して法令解釈に係る見解を示す場面としては様々なものがあると考えられるところ、当該見解が課税庁が統一的に用いるものとして一般に広く周知されて初めて、それに対する法的安定性と予測可能性が生じ、納税者の信頼の保護が要請されるのであって、そのような場合には当該見解に従って確定申告したとしても無理からぬ面があるということができる。しかし、当該見解が個別の事案について示されたものにすぎず、一般に広く周知されているとはいえない状況であれば、それに対する法的安定性や予測可能性が生じることもないのであるから、そのような場合にまで、納税者の信頼を保護すべきであるとする理由はない。したがって、その見解に従って確定申告をしたとしても、当該納税者に対し過少申告加算税という制裁を加えることが不当又は酷になるということはできない。
以上に照らせば、納税者が法令解釈を誤り、その結果、過少申告となった場合について、納税者が申告において依拠した法令解釈に相応の論拠が客観的に存在するといえるためには、少なくとも、当該確定申告以前に、課税庁において当該問題に係る課税庁の公権的解釈ないし課税上の取扱いが統一的に採用されていたことを示す通達や課税庁監修の公刊物が存在するなどしてその公権的解釈ないし課税上の取扱いが一般の納税者に明らかにされていたことが必要であり、その上で、当該解釈に関連する裁判例の状況等の諸事情を総合的に考慮し、「正当な理由」の有無を判断するのが相当というべきである。
３ 相手方が本件各確定申告において依拠した法令解釈には相応の論拠が客観的に存在したとはいえず、その申告額が過少であったことは、国税通則法６５条４項の定める「正当な理由があると認められる」場合には当たらないこと
（１）相手方が本件各確定申告において依拠した法令解釈については、課税庁において統一的に採用されていたことを示す通達や課税庁監修の公刊物が存在しておらず、平成９年回答は一般の納税者が確定申告をするに当たって法令を解釈する際の信頼形成の根拠となり得るものではないから、課税庁の公権的解釈ないし課税上の取扱いとして一般の納税者に明らかにされていたとはいえないこと
ア 相手方は、本件各確定申告において、個別対応方式における用途区分の判定は課税仕入れの最終的な目的ないし主たる目的によって行うべきであり、事業者が課税資産の譲渡等を最終的な目的ないし主たる目的として行った課税仕入れについては、仮に付随的な目的としてその他の資産の譲渡等が含まれていたとしても、課税対応課税仕入れに該当するとの解釈に依拠し（第１審原告準備書面（２）１１ページ）、本件各課税仕入れが課税対応課税仕入れに該当するものとして控除対象仕入税額を計算した。
しかし、本件各確定申告以前において、相手方が依拠した個別対応方式における用途区分の判定に係る上記解釈に沿う通達や課税庁監修の公刊物は、存在しなかった。
イ この点、前記１（３）に記載したとおり、平成２年４月１０日財団法人大蔵財務協会発行の国税庁幹部推薦・国税庁職員編「消費税法取扱通達逐条解説」（甲４３別添１０）には、土地造成費及び土地売買仲介手数料に係る課税仕入れの個別対応方式の用途区分の判定は、土地の仕入れ時の利用目的に応じて区分し、その土地を「販売用の目的で取得し、一時的に自社の資材置場として使用しているときは、最終的な使用目的が販売用であるので非課税用となる」と記載されている。もっとも、当該記載は、前記１（２）に記載した平成元年９月２０日財団法人大蔵財務協会発行の前国税庁職員編「回答実例消費税質疑応答集」（甲４３別添８。前記１（２））における土地造成費に関する事例（販売目的で取得した土地を造成した後に、一時的に自社の資材置場として使用することとしたもの）を念頭においたものであることがうかがわれ、上記逐条解説（前記１（３））の記載内容も、課税仕入れを行った日において、将来自社の資材置場として使用することが確実に見込まれた場合であったとしても、「その他の資産の譲渡等にのみ要するもの」に該当する旨述べているものではないことからすれば、同逐条解説の記載から相手方の依拠した解釈を導き出すのは困難である（原判決引用（９ページ）に係る第一審判決３４ページ参照）。
ウ（ア）翻って、原判決は、「税務当局が、個別対応方式における用途区分において、主たる目的又は最終的な使用目的を考慮して用途区分を判定したとも理解し得る」根拠として、唯一、平成９年回答を指摘している。前記１（５）に記載したとおり、平成９年回答には、個別対応方式における用途区分の判定は当該課税仕入れを行った目的により判断することとなり、当該事案では、賃貸中の建物（マンション）を転売目的で取得したことが明らかであることから、課税対応課税仕入れに該当する旨記載されている。
（イ）しかしながら、平成９年回答は、「東京国税局が、照会に対して回答した事例」（原判決１１ページ）に係るものであるとしても、その体裁や記載内容からみて、東京国税局が更正請求事案の処理を担当する部署からの質疑に対する回答を示したものであり、その性質上、当該部署が具体的事案を処理するために、同局がその個別具体の事情を前提としてその見解を示したものにすぎない。その意味で、平成９年回答は、飽くまでも東京国税局が取り扱った個別事案に対する事例判断であって、それも同局内での使用を念頭に置いた内部資料にとどまるものであり、個別対応方式の用途区分の判定に関する解釈を一般的に示したものとみることはできない。もとより、課税庁は、同回答で示した見解を課税庁全体の統一的解釈として一般の納税者に公表することを全く予定しておらず、現に課税庁が同回答を一般の納税者に公表した事実もないから、東京国税局管内の個別事案に対する事例判断としても公的に示したものですらないものであって、同回答で示した見解について一般の納税者の合理的な信頼が形成されていたとみることはできない。このように、非公表の内部資料にとどまる平成９年回答は、一般の納税者が確定申告をするに当たって法令を解釈する際の信頼形成の根拠となり得るものではない。
（ウ）前記（イ）のとおり、平成９年回答は、飽くまでも東京国税局内の個別事案に対する事例判断についての内部資料にとどまり、同回答の見解を課税庁全体の統一的解釈として一般の納税者に公表することは予定されておらず、現に課税庁が同回答を一般の納税者に広く周知した事実もない。このような平成９年回答の内容・性質からすると、同回答は、個別対応方式の用途区分の判定に関する解釈を示したものとはいえず、一般の納税者による信頼形成の根拠となり得るものではないから、平成９年回答があるからといって、相手方の依拠した法令解釈には、最高裁平成１８年１０月判決又は最高裁平成２７年判決の各事案に類する相応の論拠が客観的に存在したということはできない。ちなみに、原判決も、平成９年回答について、「東京国税局が、照会に対して回答した事例にとどまり（中略）納税者に対し信頼の対象となる公的見解を表示したとまでは認められない」と判示しているところである（原判決１１ページ）。
エ 以上によれば、相手方が本件各確定申告時において依拠した前記アの法令解釈については、これが課税庁において統一的に採用されていたことを示す通達や課税庁監修の公刊物が存在していなかったし、原判決が殊更に重視する平成９年回答は、一般の納税者が確定申告をするに当たって法令を解釈する際の信頼形成の根拠となり得るものではないから、相手方が依拠したと主張する法律解釈が課税庁の公権的解釈ないし課税上の取扱いとして一般の納税者に明らかにされていたということはできない。
（２）相手方が平成９年回答に依拠して本件各確定申告をしたとは認められないこと平成９年回答は、非公表の内部文書に当たるものであるところ、平成２９年１２月２７日の本訴提起から１年以上経過した平成３１年２月１日付けで丙税理士作成の意見書（甲３７。本訴提起後の平成３０年１２月２８日に作成されたものである。）の添付資料として相手方から証拠申出された経緯に照らせば、相手方は、平成２６年２月２７日から平成２８年２月２６日までにした本件各確定申告において、平成９年回答の存在を認識していたと認めることはできないから、同回答に記載された見解を正しい法令解釈であると信頼し、同見解に依拠して本件各確定申告をしたと認めることもできない（そもそも、相手方も、このような主張をしていない。）。この点をみても、平成９年回答の存在をもって、過少申告となったことにつき真に納税者の責めに帰することのできない客観的事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になるとはいえない。
（３）その他の要素を考慮しても相手方が本件各確定申告において依拠した法令解釈に合理的な論拠があったとみることはできないこと
ア 個別対応方式における用途区分の判定に係る申立人の解釈の合理性についてみるに、消費税法３０条２項１号が、課税対応課税仕入れを「課税資産の譲渡等にのみ
．．．
要するもの」
（傍点は申立人指定代理人による。）と、非課税対応課税仕入れを「課税資産の譲渡等以外の資産の譲渡等（以下この号において「その他の資産の譲渡等」という。）にのみ．．．
要す
るもの」（傍点は申立人指定代理人による。）とそれぞれ限定的に規定するとともに、共通課税仕入れについては、「課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するもの」と規定していることからすると、当該課税仕入れ当時において、将来課税売上げを生じる取引のみが客観的に見込まれる課税仕入れは、課税対応課税仕入れに区分され、将来非課税売上げを生じる取引のみが客観的に見込まれる課税仕入れは、非課税対応課税仕入れに区分され、当該課税仕入れ当時において、将来課税売上げを生じる取引と非課税売上げを生じる取引の双方が客観的に見込まれる課税仕入れについては、共通課税仕入れに区分されると解するのが自然である。これに加えて、税負担の累積を排除するという仕入税額控除の趣旨からすれば、控除対象とされるべき仕入税額とは、課税資産の譲渡等に対応するもの又はその部分であり、控除対象とされるべきでない仕入税額とは、その他の資産の譲渡等に対応するもの又は部分であると解すべきであるし、消費税法３０条２項１号の用途区分に係る規定は、上記のとおり、「要するもの」と規定し、「要したもの」とは規定していないことからも明らかなとおり、仕入税額控除は、当該課税仕入れを行った日において、いずれの課税仕入れに当たるかが判断される仕組みであるものと解される。しかるところ、本件各課税仕入れについては、当該仕入れを行った日において、課税売上げを生じる販売取引と非課税売上げを生じる住宅用賃貸取引の双方が客観的に見込まれるから、共通課税仕入れに該当すると解すべきところ、当該解釈適用は、消費税法３０条２項１号の文理解釈、同条の趣旨及び仕組みからごく自然に導かれるものである。
これに対し、相手方が依拠する本件各課税仕入れが課税対応課税仕入れに該当するとの解釈適用（前記（１）ア）は、賃借人が居住する集合住宅の購入の際の最終的な使用目的や主たる目的により用途区分を判定するとの解釈を前提とする。しかし、当該解釈は、個別対応方式における用途区分を判定するに当たり、消費税法３０条２項１号の文理を離れて、将来課税売上げを生じる取引と非課税売上げを生じる取引の双方が客観的に見込まれる課税仕入れについて、共通課税仕入れに区分せず、課税対応課税仕入れに区分するものであり、税負担の累積を考慮する必要がない部分についてまで控除を認める点で、個別対応方式につき３つの用途区分を設け、共通課税仕入れについては課税売上割合を用いて共通仕入控除税額を計算するものとするほか、課税売上割合が事業者の事業状況を適切に反映していない場合には、所轄税務署長の承認等を条件として、事業者の事業状況に即して課税売上割合に準ずる割合を用いて計算する方法をも認め、共通課税仕入れに係る消費税額の合計額に乗じる割合を調整することにより、税負担の累積排除の適正・公平な実現を図る同条の趣旨及び仕組みに反するものであるから、合理的な解釈であるということはできない。
イ また、平成２６年２月２７日から平成２８年２月２６日までにされた本件各確定申告（平成２６年２月２７日、平成２７年２月２７日及び平成２８年２月２６日）の当時において、相手方が依拠する解釈に沿う裁判例は全く存在しなかった。
他方で、前記１（６）、（８）及び（１０）のとおり、平成１７年から本件各確定申告がされるまでの間、本件課税仕入れに類する態様の課税仕入れを共通課税仕入れに区分すべきものとした課税処分について、これを是認する判断を示した３件の公表裁決と、前記１（１１）及び（１２）のとおり、確認することができる２件の裁判例（さいたま地裁判決、名古屋地裁判決）が存在した。
以上からすれば、本件各確定申告の当時において、相手方が同申告において依拠する解釈の論拠となり得る裁判例は全く存在しない一方、同解釈に反する課税庁の上記解釈に沿う公表裁決や裁判例が存在していた上、前記１（７）、（９）のとおり、課税庁が監修した公刊物ではないものの、課税庁の上記解釈に沿う記述をした複数の公刊物が存在しており（なお、同趣旨の記載がある文献として、乙２２、２３）、かかる事実からすると、遅くとも平成１７年以降、課税庁が本件課税仕入れ又はこれに類する態様の課税仕入れが共通課税仕入れに該当するとの統一的取扱いをしていたことは明らかである。
ウ 以上によれば、本件各課税仕入れが課税対応課税仕入れに該当するとの解釈適用は、消費税法３０条２項１号の個別対応方式における用途区分の判定に関する一般的かつ自然な解釈とは異なる解釈に基づくものであって、相手方が本件各確定申告において依拠した法令解釈には合理的な論拠があったとみることはできないというべきである。
相手方は、本件各確定申告当時、相手方主張に係る解釈に依拠することが相当であるか否かをなお慎重に精査検討すべきであったといえるのである。
（４）小括
以上のとおり、相手方が本件各確定申告において依拠した法令解釈には相応の論拠が客観的に存在したとはいえず、本件各確定申告の申告額が過少であったことは、消費税法３０条２項１号の個別対応方式における用途区分の判定に関する一般的な解釈とは異なる解釈に基づく単なる法令解釈の誤りによるものにすぎないから、本件は、国税通則法６５条４項の定める「正当な理由があると認められる」場合には当たらないというべきである。
第４ 原判決の判断は国税通則法６５条４項の解釈適用を誤っていること
１ 原判決の判示内容
原判決は、平成９年回答が個別対応方式における用途区分に関し主たる目的又は最終的な使用目的を考慮して判定したとも理解し得るものであることを前提として、課税庁が、平成１７年頃には、平成９年回答の見解を変更したことがうかがわれるものの、従来の見解を変更したことを納税者に周知するなどこれが定着するよう必要な措置を講ずべきであったがそのような措置を講じていないことから、本件課税仕入れが共通課税仕入れに該当するとの解釈適用を前提とする処分の適法性が裁判において争われており、上記必要な措置が講じられたと評価できないことを指摘して、「以上のとおり、税務当局の従前の対応例、これを根拠とする紛争が継続している事情の下では、」本件各確定申告に係る過少申告につき「正当な理由」が認められる旨判示する（原判決１２及び１３ページ）。
２ 原判決の判断の誤り
（１）課税庁が本件課税仕入れに係る課税上の取扱いを変更したとする原判決の判断が誤っていること
しかしながら、原判決が認定する平成９年回答の内容は、個別対応方式における用途区分に関し主たる目的又は最終的な使用目的を考慮して判定したとも理解し得るという評価を含む曖昧なものであって、客観性を持った内容とはいえない。さらに、原判決は、「平成９年頃、税務当局が、本件課税仕入れを課税資産の譲渡にのみ要する課税仕入れと扱っていた可能性は否定でき」ないとも述べているが（原判決２６ページ）、このような消極的な評価にとどまる平成９年回答をもって、納税者の信頼形成の合理的な根拠とするのは相当でない。
前記第３の３（１）ウで述べたとおり、平成９年回答は、原判決の認定するように、「東京国税局が、照会に対して回答した事例」であるとしても、東京国税局が内部部署からの質疑に対する回答を示したものであり、その性質上、具体的な事案処理のために、同局がその個別具体の事情を前提としてその見解を示したものにすぎず、課税庁の本件課税仕入れに係る公権的解釈ないし課税上の取扱いを定めるものではなく、上級行政機関が下級行政機関又はその職員に対して一般的な指示命令をする通達とは異なるから、平成９年回答をもって、課税庁が平成９年頃にその記載内容に沿った公権的解釈ないし課税上の取扱いをしていたとまでは認められない。したがって、課税庁が本件課税仕入れに係る課税上の取扱いを変更したということもできない。
それにもかかわらず、原判決は、平成９年回答が、個別対応方式における用途区分に関し「主たる目的又は最終的な使用目的を考慮して判定したとも理解し得るような」ものであることを前提として、その記載内容が詳細かつ具体的であること、当時の税務当局の職員の説明も存在すること、本件課税仕入れを共通課税仕入れであることを示唆する公的機関が作成した文書の存在も平成１７年まで指摘することができないことを踏まえると、「平成９年頃、税務当局が、本件課税仕入れを課税資産の譲渡にのみ要する課税仕入れと扱っていた可能性は否定でき」ないとして、課税庁がその頃本件課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分していた事実はない旨の申立人の主張を排斥し（原判決２６ページ）、結果として、課税庁が平成９年頃に本件課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分する一般的な取扱いをしていたかのような判断をするが、上記のとおり、平成９年回答をもって、課税庁が平成９年頃にその記載内容に沿った公権的解釈ないし課税上の取扱いをしていたと評価することはできない。原判決がいう「…理解し得る」、「…可能性が否定でき」ないといった評価にとどまる平成９年回答をもって、納税者の信頼形成の合理的な根拠とすることは相当でない。
したがって、原判決の上記判断は、誤りである。
（２）課税庁が本件課税仕入れに係る課税上の取扱いの変更を周知すべき義務を負うとする原判決の判断が誤っていること
原判決は、最高裁平成１８年１０月判決を参考にして「正当な理由」の有無を判断しているものと思料されるところ、最高裁平成１８年１０月判決の事案は、課税庁が監修した公刊物によってその統一的な旧取扱いが示されるなどして広く周知されていた状況において、旧取扱いを変更したというものであるのに対し、本件の事案は、そもそも課税庁において相手方が主張する統一的な課税上の取扱いが認められず、それが一般の納税者に周知されていたとも認められないものであるから、事案を異にしている。すなわち、前記（１）で述べたとおり、平成９年回答をもって、本件課税仕入れについて、課税庁が平成９年頃にその記載内容に沿った課税上の取扱いをしていたと評価することができず、それが周知されていたともいえないことからすると、一般の納税者の間において、課税庁が平成９年回答の記載内容に沿った実務上の取扱いをしているとの誤信が生じていたということはできないのであって、そもそも誤信が生じているわけではなかったのであるから、課税庁が、本件課税仕入れについて、課税対応課税仕入れに該当する旨の解釈、取扱いが共通課税仕入れに該当する旨の解釈、取扱いに変更されたとして、これを周知するなどの措置を講ずべき義務を負うこともなかった。
したがって、課税庁は従来の見解を変更したことを納税者に周知するなど見解変更が定着するよう必要な措置を講ずべきであったとする原判決の判断は、誤っている。
（３）納税者の過少申告に寄与していない事情を「正当な理由」の有無の判断において考慮した原判決の判断が誤っていること
相手方が平成９年回答の内容を認識した時点は、どんなに遡るとしても、本件各確定申告後の平成３０年５月であり（甲１８の２・６ページ）、相手方が本件各確定申告の当時において、その具体的内容を認識していたとは認められない。したがって、相手方は、そもそも平成９年回答の記載に示された内容を信頼して本件各確定申告をしたわけではなく、かえって、本訴提起後に本件各確定申告当時に依拠した相手方の法令解釈と結論において矛盾しない平成９年回答を入手したものであることがうかがわれる。そうすると、平成９年回答は、相手方が個別対応方式における用途区分の判定につき前記第３の３（１）アの誤った法令解釈に依拠して本件各確定申告をしたことに関係しているとみることもできない。
このように、納税者の過少申告に何ら寄与していない事情（平成９年回答の存在）を過少申告となったことについての「正当な理由」の有無の判断において考慮した原判決の判断は、誤っている。
（４）小括
以上のとおり、本件各確定申告の申告額が過少となったのは、単なる納税者の主観的事情に基づく法令解釈の誤りに基づくものにすぎないにもかかわらず、「正当な理由」があると認める原判決の判断は、国税通則法６５条４項の解釈適用を誤ったものであることが明らかである。
第５ 本件は法令の解釈に関する重要な事項を含むものであること
原判決は、国税通則法６５条４項の解釈適用を誤り、本件各賦課決定処分を違法と判断し、これらを取り消した。しかし、過少申告加算税は、国税のあらゆる税目に係る課税処分等に伴う附帯税の一つであり、その賦課の除外要件を定める国税通則法６５条４項の「正当な理由があると認められる」場合に当たるか否かについての解釈適用は、本件にとどまらず、課税実務全般に多大な影響を与えるものであるから、本件は、法令の解釈に関する重要な事項を含むものと認められる事件に当たる。
第６ 結語
以上の次第で、原判決は、本件各確定申告の申告額が過少であったことが相手方の単なる法令解釈の誤りに基づくものにすぎないにもかかわらず、国税通則法６５条４項の定める「正当な理由があると認められる」場合に当たると判断するものであり、同項の解釈適用を誤っている。そして、過少申告加算税の賦課の除外事由に係る解釈が問題とされる本件は、法令解釈に関する重要な事項を含むものである。
よって、原判決には、判決に影響を及ぼす明らかな法令の解釈適用の誤りがあり、本件は法令の解釈に関する重要な事項を含むものと認められるから、本件上告受理申立てを受理した上、原判決中、申立人敗訴部分を破棄し、更に相当の裁判をすることを求める。以上
〔PDF 26～28頁は画像のため本文テキストなし〕
上告受理申立て理由書目次省略
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/91826/detail2/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2023/pdf/13824.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。