令和７年５月２８日判決言渡
令和３年（行ウ）第４８４号法人税更正処分取消請求事件
主文
１ α税務署長が平成３０年９月１１日付けで原告に対してした、原告の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの連結事業年度の法人税の更正処分（ただし、令和元年８月３０日付け更正処分及び令和３年３月２５日付け裁決によりそれぞれ一部取り消された後のもの）のうち、連結所得金額マイナス９００億４８８７万６４１５円を超える部分及び翌期へ繰り越す連結欠損金４３６０億９４８８万６０９６円を超える部分をいずれも取り消す。
２ 訴訟費用は被告の負担とする。
なお、本判決においては、所得の金額又は納付すべき税額が増加する方向及び欠損金額又は還付金の額に相当する税額が減少する方向をプラス（増額）、所得の金額又は納付すべき税額が減少する方向及び欠損金額又は還付金の額に相当する税額が増加する方向をマイナス（減額）とみて、ある金額よりもプラス方向の部分を「超える部分」と表現する。
事実及び理由
第１ 請求（第１項に係る請求と第２項に係る請求は選択的併合）
１ 主文同旨
２ α税務署長が令和５年３月２２日付けで原告に対してした、原告の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの連結事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分を取り消す。
第２ 事案の概要等
１ 事案の概要
国内外に子会社及び関係会社を多数有する企業グループの親法人である原告は、平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの連結事業年度（以下「本件連結事業年度」という。）において、その保有するＡ社の全発行済株式を、原告の完全子会社であるＢ社に対して売却し（以下「本件譲渡」という。）、その譲渡価格をもって法人税法（平成３０年法律第７号による改正前のもの。以下同じ。）６１条の２第１項１号の定める「譲渡に係る対価の額」であるとして、本件連結事業年度の法人税の確定申告をしたところ、処分行政庁から、当該譲渡価格は適正な評価額よりも過少であり、その差額は有価証券譲渡利益額として益金の額に算入され、かつ、租税特別措置法（平成３１年法律第６号による改正前のもの。以下「措置法」という。）６８条の８８第１項に規定する国外関連者に対する寄附金の額に該当するため同条３項によりその全額が損金の額に算入されないなどとして、これを前提とする本件連結事業年度の法人税の増額更正処分（以下「本件増額更正処分」という。）を受けた。その後、原告は、本件連結事業年度の法人税について更正の請求（以下「本件更正請求」という。）をしたが、処分行政庁から、更正をすべき理由がない旨の通知処分（以下「本件通知処分」という。）を受けた。
本件は、原告が、本件増額更正処分（ただし、後記３⑸エの減額更正処分及び同オの裁決によりそれぞれ一部取り消された後のもの。以下「本件更正処分」という。）には、本件譲渡に係る「対価の額」の認定に当たり、Ａ社が保有する同社の完全子会社であるＣ社の株式の評価を誤るなどした違法があると主張して、同処分のうち本件更正請求に係る請求金額を超える部分の取消しを求めるとともに、選択的に、本件通知処分の取消しを求める事案である。
２ 関係法令等の定め
関係法令等の定めは、別紙１「関係法令等の定め」記載のとおりである。なお、別紙において定める略称等は、以下の本文においても用いる。
３ 前提事実（当事者間に争いがないか後掲各証拠及び弁論の全趣旨により認められる事実並びに当裁判所に顕著な事実）
⑴当事者等
ア 原告は、昭和１０年１２月１５日に設立された総合エレクトロニクスメーカーで、関連する幅広い事業分野において、電気機械器具等の開発、製造及び販売並びにサービス活動等を展開する内国法人である。原告は、国内外に子会社及び関係会社を多数有する企業グループの親法人であり、本件連結事業年度において連結親法人（法人税法２条１２号の６の７）となっている。（乙８）
イ Ｂ社は、オランダ王国に所在する外国法人であり、後記⑵の外国の子会社の株式譲渡を通じた組織再編により、原告の企業グループの海外の一部地域の持株会社から海外全地域の持株会社となった。Ｂ社は、原告の国外関連者（措置法６８条の８８第１項）に該当する。（甲１、乙９）
ウ Ａ社は、アメリカ合衆国に所在する外国法人であり、原告の企業グループの北米地域の統括会社として当該地域の子会社の株式を保有する持株会社であった。Ａ社の全発行済株式（以下「Ａ社株式」という。）は、本件譲渡により、原告からＢ社に対して売却された。（甲１）
エ Ｃ社は、航空機内ＡＶシステムの製造販売等を営むアメリカ合衆国に所在する外国法人である。Ｃ社の全発行済株式（以下「Ｃ社株式」という。）は、Ａ社に保有されている。（乙９）
⑵本件譲渡の概要
ア 原告は、外国の子会社の株式に係る持株会社の機能を海外の各地域統括会社からＢ社に統合するため、平成２８年９月末頃、原告が保有するＡ社株式をＢ社に譲渡することを計画し、その売却価格等の検討を開始した。
イ 原告は、平成２８年１０月６日、Ｄ社との間で、Ａ社株式の価値評価に係る業務委託契約を締結した。（乙１７の２）
Ｄ社は、平成２９年３月９日付け「株式価値評価に関する報告書」（甲２。以下「本件評価報告書」という。）により、連結ベース（Ａ社が保有しているＣ社を含む子会社の株式の価値も合算されているもの）のＡ社株式の価値を６４億１５００万米ドルと報告した。その算定過程は、後記⑶のとおりであった。（甲２）
ウ 原告は、平成２９年３月１６日、Ｂ社との間で、株式譲渡契約を締結し、Ｂ社に対し、Ａ社株式を、本件評価報告書における評価額と同額である６４億１５００万米ドル（以下「本件譲渡価格」という。）で譲渡した（本件譲渡）。（乙３５）
エ 原告は、平成２９年３月１６日、本件譲渡価格とＡ社株式の譲渡に係る原価の額（４３７３億２９０３万１６５１円）との差額２９９７億５４４６万８３４９円を、会計上、有価証券譲渡益として、本件連結事業年度の益金の額に算入した。
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⑶本件評価報告書におけるＡ社株式の評価額の算定過程（甲２）
ア Ｄ社は、Ａ社株式の評価額を評価するに当たり、株式価値の分析のための基準日を平成２８年１２月３１日（以下「本件評価基準日」という。）とし、Ａ社の保有資産のうち、Ｃ社株式及びＥ事業（Ｆ事業部）については、ＤＣＦ法に基づき算定し、その他の事業等については、簿価純資産法に基づいて算定した。
なお、ＤＣＦ法とは、将来のフリー・キャッシュ・フロー（企業の事業活動によって得られる経済的利益から事業活動維持のために必要な投資を差し引くなどして算定した金額。以下「ＦＣＦ」という。）を現在価値に割り引いた総和（以下「事業価値」という。）に非事業用資産の価値を加算し、負債の時価を減算して企業価値を算定する手法である。
イ 本件評価報告書において、Ｃ社株式の評価額は、以下のとおり算定されている（別表２－１の「本件評価報告書における算定額」欄参照）。(ｱ) 事業価値■■■■■■■■■■■
(ｲ) 非事業用資産
ａ 余剰現預金１億９７７０万米ドル
上記金額は、Ｃ社の現預金残高（後記⑷のＣＭＳへの預け金を含む。）のうち、偶発債務相当額１億５２００万米ドルと、Ｃ社が平成２９年１月から同年３月までに行った他社への出資金額４５７０万米ドルとを合計した金額である。
ｂ Ｃ社の事業計画に反映されていない同社の子会社２社の純資産相当額３２５０万米ドル
(ｳ) 負債１億５２００万米ドル
上記金額は、上記(ｲ)ａの偶発債務相当額である。
(ｴ) 評価額■■■■■■■■■■■
上記金額は、上記(ｱ)の事業価値に、上記(ｲ)ａ及びｂの非事業用資産の価値を加算した上、上記(ｳ)の負債時価を減算したものである。
ウ 上記イの算定結果を踏まえ、Ｃ社株式の価値を含んだＡ社株式の価額は、６４億１５００万米ドルと算定された（別表２－２の「本件評価報告書における算定額（本件譲渡価格）」欄参照）。
⑷ＣＭＳ（キャッシュ・マネジメント・システム）の概要
ア ＣＭＳの概要
一般的に、ＣＭＳとは、企業グループ内において、親会社や金融子会社に設けた専用口座で、グループ全体の資金を一元的に管理・運用するシステムであり、グループ内の資金効率の最大化及び財務リスクの最小化を目的とするものである。（乙１０）
イ 原告の企業グループにおけるＣＭＳの概要
原告の企業グループにおいて構築されているＣＭＳ（以下「本件ＣＭＳ」という。）においては、当該企業グループ全体の資金を一元的に管理等するグローバル財務拠点１社が置かれ、その下に海外各地域の財務拠点９社が置かれていた。そして、企業グループ内の各企業が所属する各地域の財務拠点に開設した専用口座に日々集約した預金は、各地域の財務拠点を経由して、上記グローバル財務拠点へ日々集約されていた。（乙１１）
ウ Ｃ社が保有するＣＭＳ預け金について
Ｃ社は、本件ＣＭＳにおける北米地域の財務拠点であるＧ（後にＡ社に吸収合併され、本件評価基準日には、Ａ社）との間で、本件ＣＭＳについての金融取引に関する基本契約（以下「本件基本契約」という。）を締結しており、同契約に基づき、本件評価基準日において、本件ＣＭＳに以下の預け金を保有していた（以下、この預け金を「本件ＣＭＳ預け金」という。）。（乙１２の１～３、乙１３）
(ｱ) 普通預金２億５１２１万７９７３.５５米ドル
(ｲ) 短期（３か月）の定期預金３億米ドル
(ｳ) 日本円建て外貨預金１０１３万０７６６.５５米ドル（日本円を米ドルに換算した金額）
(ｴ) 合計額５億６１３４万８７４０．１米ドル
⑸課税の経緯等
ア 確定申告
原告は、法人税につき、法人税法４条の２に規定する連結納税の承認を受けているところ、本件連結事業年度の法人税について、前記⑵エの会計上の有価証券譲渡益２９９７億５４４６万８３４９円をもって法人税法６１条の２第1 項の譲渡利益額として、本件連結事業年度の法人税の連結所得の計算上益金の額に算入し、法定申告期限内である平成２９年７月２１日付けで、別紙２「本件連結事業年度の法人税に係る課税の経緯」の「本件確定申告」欄のとおり、確定申告（以下「本件確定申告」という。）を行った。（乙５）
イ 本件増額更正処分
処分行政庁は、原告に対し、平成３０年９月１１日付けで、別紙２「本件連結事業年度の法人税に係る課税の経緯」の「本件増額更正処分」欄のとおり、本件増額更正処分をした（なお、同処分が後記エの減額更正処分及び後記オの裁決によりそれぞれ一部取り消された後のものが、本件更正処分である。）。
本件増額更正処分のうち本件譲渡に係る連結所得金額の計算に関する部分の理由は、①Ｃ社株式の評価額は、本件評価基準日の本件ＣＭＳ預け金の全額５億６１３４万８７４０．１米ドルを非事業用資産（余剰現預金）としてＤＣＦ法により算定した■■■■■■■■■■■■■■■■■であり、これを前提にしたＡ社株式の評価額は６７億７８６４万８７４０.１米ドル（以下「処分行政庁評価額」という。）であって、原告のＣ社株式に係る余剰現預金の算定方法には明らかな誤りがあり、処分行政庁評価額を前提とすると本件譲渡につき益金の額に算入される譲渡利益額の正当額は３４０９億４８５９万７６２７円となるため、本件確定申告における原告計算額（前記ア参照）との差額４１１億９４１２万９２７８円を原告固有分の益金算入額として本件連結事業年度の連結所得金額に加算し、また、②本件譲渡価格がＡ社株式の時価（処分行政庁評価額）に比して低額であることにつき相当な理由が認められないから、本件譲渡価格と処分行政庁評価額との差額は、Ｂ社に対する法人税法３７条７項の寄附金の額に該当し、上記差額の円換算額４１１億９４１２万９２７８円を原告固有分の損金算入額として本件連結事業年度の連結所得金額から減算するものの、③当該寄附金の額は、措置法６８条の８８第３項の規定により、その全額が損金の額に算入されないため、当該金額を本件連結事業年度の連結所得金額に加算するというものであった（別表２－１から２－３の「主位的主張」欄参照）。（甲５８、乙４）
ウ 審査請求
原告は、平成３０年１２月７日、国税不服審判所長に対し、本件増額更正処分のうち本件譲渡に係る連結所得金額の計算に関する部分（前記イ）を不服として、審査請求を行った。
エ 更正の請求及び減額更正処分
原告は、令和元年７月１日付けで、処分行政庁に対し、別紙２「本件連結事業年度の法人税に係る課税の経緯」の「更正の請求」欄のとおり、外国子会社から受けた配当等の金額について受取配当等の益金不算入制度が適用されることなどを理由に、更正の請求をした。（甲７）
処分行政庁は、上記更正の請求に基づき、令和元年８月３０日付けで、原告に対し、別紙２「本件連結事業年度の法人税に係る課税の経緯」の「減額更正処分」欄のとおり、減額更正処分をした。（甲８、乙７）
オ 裁決
国税不服審判所長は、令和３年３月２５日付けで、前記ウの審査請求に対する裁決（以下「本件裁決」という。）をした。本件裁決の内容は、別紙２「本件連結事業年度の法人税に係る課税の経緯」の「本件裁決」欄のとおりであり、Ｃ社が保有する本件ＣＭＳ預け金のうち定期預金３億米ドルを余剰現預金としてＣ社株式の評価額を算定すると■■■■■■■■■■■となり、これに基づきＡ社株式の評価額を算定すると、６５億１７３０万米ドル（以下「裁決庁評価額」という。）となるなどとして、本件増額更正処分（前記エの減額更正処分によりその一部が取り消された後のもの）の一部を取り消し、その余の審査請求を棄却するものであった（別表２－１から２－３の「予備的主張」欄参照）。（甲９）
本件裁決に係る裁決書謄本は、令和３年３月２７日以降、原告に対して送達された。
⑹本件訴訟に関する経緯
ア 本件訴訟の提起
原告は、令和３年９月２７日、本件更正処分のうち連結所得金額マイナス９００億４８８７万６４１５円を超える部分及び翌期へ繰り越す連結欠損金４３６０億９４８８万６０９６円を超える部分の取消しを求めて、本件訴訟を提起した。
これに対し、被告は、原告が本件更正処分の取消しを求める部分のうち、本件確定申告における申告額を超えない部分については、更正の請求を経ずに取消しを求めるものであり不適法である旨の答弁をした。（顕著な事実）
イ 本件更正請求及び本件通知処分
原告は、前記アの被告の答弁等を受け、令和４年１２月２３日付けで、処分行政庁に対し、別紙２「本件連結事業年度の法人税に係る課税の経緯」の「本件更正請求」欄のとおり、本件連結事業年度の法人税の連結所得金額をマイナス９００億４８８７万６４１５円、翌期へ繰り越す連結欠損金の額を４３６０億９４８８万６０９６円とする内容の本件更正請求をした。（甲８１）
処分行政庁は、令和５年３月２２日付けで、本件更正請求について更正をすべき理由がない旨の本件通知処分をした。（甲９９）
ウ 原告による訴えの追加的変更
原告は、令和５年６月１９日付けで、国税不服審判所長に対し、本件通知処分の取消しを求める審査請求をした上、同審査請求を行った日の翌日から３か月を経過した後の同年１０月１８日、行政事件訴訟法１９条２項、民事訴訟法１４３条に基づき、本件通知処分の取消しを求める請求（請求の趣旨第２項）を追加した（なお、同請求と請求の趣旨第１項に係る請求とは選択的併合の関係にある。）。（甲１０１、顕著な事実）
４ 本件更正処分の根拠及び適法性に係る被告の主張
被告が主張する本件更正処分の根拠及び適法性は、別紙３「本件更正処分の根拠及び適法性に係る被告の主張」記載のとおりであり、原告は、後記５の争点に関する部分を除き、その計算の基礎となる金額及び計算方法を争わない。
５ 争点
本件の争点は、本件更正処分及び本件通知処分の適法性であり、具体的には、以下の２点である。
⑴本件譲渡時におけるＡ社株式の「譲渡に係る対価の額」（法人税法６１条の２第１項１号）（争点１）
なお、争点１に関して、Ａ社株式の時価の算定において争いがあるのはＣ社株式の評価額のみであり、具体的には、ＤＣＦ法によるＣ社株式の評価におけるＣ社の事業用現預金及び余剰現預金の額のみが争いとなっており、他の金額の計算等には争いがない。
⑵本件譲渡に移転価格税制（措置法６８条の８８第１項）を適用せず寄附金課税（同条３項）を適用した点において、本件更正処分に法令適用の誤りがあるか否か（争点２）
６ 争点に関する当事者の主張
⑴争点１（本件譲渡時におけるＡ社株式の「譲渡に係る対価の額」）について
（被告の主張）
ア Ａ社株式の時価が処分行政庁評価額であること（争点１に係る主位的主張）
(ｱ) ＤＣＦ法を用いて評価することの合理性
連基通２－３－４が準用する同４－１－５は、上場有価証券等以外の株式の評価方法についての原則的な取扱いを定めるところ、Ｃ社株式については、連基通４－１－５⑴から⑶に該当しないため、同⑷により、本件譲渡時における「１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」が、同株式の本件譲渡時における適正な価額となるといえる。連基通４－１－５⑷に定める「純資産価額等を参酌」する評価方法には、純資産価額に準拠する以外の評価方法も通常取引される価額を求める方法として一般的な合理性が認められている限りにおいて包含されるものと解されるところ、ＤＣＦ法は、企業価値評価実務で広く用いられているものであり、株式価値の評価手法として一般的な合理性を有するものということができ、Ｃ社が収益性の高い事業を営んでおり、Ｃ社株式には多額の含み益が生じていたことからすると、本件譲渡時における同株式の適正な価額を算定する方法として、評価対象企業の収益力に着眼するＤＣＦ法を用いることは、合理的である。
これに対し、原告は、Ａ社株式及びＣ社株式の価額は、連基通２－３－４が準用する同通達４－１－５⑷により、純資産価額方式に準じて評価すべきであるなどと主張するが、本件譲渡において、原告は、評価通達の例によって算定した価額によってＣ社株式を評価していないから、そもそも連基通４－１－６の適用はないし、また、純資産価額方式ではＣ社の将来の収益獲得能力を適正に把握できないこと、原告自身が同株式の評価に当たりＤＣＦ法による方が適切と認識していたことからすると、評価通達（純資産価額方式）に基づいて同株式を評価することは、著しく不合理な結果を生じさせ、課税上の弊害をもたらすものであるから、原告の上記主張は理由がない。
(ｲ) ＤＣＦ法における事業用現預金及び余剰現預金の考え方事業用資産に当たる「事業用現預金」とは、事業の運営のために現預金という形態そのままで保持する必要がある手元現預金のことをいい、当該現預金残高を現預金という形態のままで保持しないと、取引上の決済等の事業運営に支障を来し、ＤＣＦ法で予測した将来業績の達成が困難になると考えられる水準の現預金に限られる。そして、非事業用資産である「余剰現預金」とは、評価対象企業の保有現預金から上記事業用現預金を除いたその他の現預金をいう。
事業用現預金の額の算定に当たっては、評価対象企業が評価基準日に保有する現預金について、その保有形態にも着目しつつ、当該現預金額が、当該評価対象企業にとって、「事業を継続的に運営していくための流動資産の一部として現預金という形態そのままで確保しておく必要がある手元現預金」であるとみるべき合理的な根拠があるか否かを慎重に検討すべきである。
ＣＭＳは、一般に、グループ内の参加会社の余剰資金を統括会社の口座に集め、グループ内の資金需要に応じて貸付けを行うものであるから、ＣＭＳ預け金は、余剰資金の運用形態ということができる。したがって、事業用現預金の額の算定に当たり、評価対象企業が評価基準日時点で保有するＣＭＳへの預け金については、その保有形態に照らし、基本的には余剰現預金と推定するのが相当である。
(ｳ) Ｃ社の事業用現預金及び余剰現預金の額
Ｃ社は、本件評価基準日（平成２８年１２月３１日）において、合計５億６８７９万６０００米ドルの現預金を保有していたところ、その内訳は、現金及び当座預金が合計７４４万７２５９．９米ドル、本件ＣＭＳ預け金が合計５億６１３４万８７４０．１米ドルであった。
ＣＭＳへの預け金は、余剰資金の運用形態ということができるから、基本的に余剰現預金と推定するのが相当である。処分行政庁は、本件ＣＭＳ預け金について、本件評価基準日における将来の支出の予定の有無や、事業上の使途、タイミング、金額が不明であり、本件ＣＭＳ預け金の全部又は一部がＣ社の事業用現預金であると説明し得る合理的な根拠が見いだせなかったことから、これを事業用現預金と認める余地はないと判断した。他方で、本件評価基準日時点でＣ社が保有していた現金及び当座預金については、その保有形態に照らせば、基本的には、事業を継続的に運営していくための流動資産の一部として現預金という形態そのままで確保しておく必要がある手元現預金とみることができ、特に、その全額を事業用現預金の額と算定することができないと解すべき事情はうかがわれなかったことから、処分行政庁は、上記現金及び当座預金の合計７４４万７２５９．９米ドルを事業用現預金の額と算定した上で、Ｃ社の保有する現預金残高から上記７４４万７２５９．９米ドルを除いた５億６１３４万８７４０．１米ドル（本件ＣＭＳ預け金）を余剰現預金と算定したものである。
このように、処分行政庁は、Ｃ社の現預金の保有形態に着目して、慎重かつ抑制的にその事業用現預金の額の算定をしたものであり、かかる算定は相当性を有するものである。
(ｴ) 小括
Ｃ社の事業用現預金は上記(ｳ)のとおりであり、これを前提にＣ社株式の株式価値をＤＣＦ法により算定すると、■■■■■■■■■■■■■■■■■となり、これを基礎とするＡ社株式の評価額は、処分行政庁評価額（６７億７８６４万８７４０．１米ドル）と算定されるから、同金額が、Ａ社株式の客観的な交換価値である時価と認められる。
イ Ａ社株式の時価が裁決庁評価額を下回ることはないこと（争点１に係る予備的主張）
本件裁決は、ＤＣＦ法における評価対象企業の保有現預金に関する事業用現預金と余剰現預金の区別について、まず事業を運営するために必要な資金としての事業用現預金の金額を求めるのが一般的であることを前提に、Ｃ社の現預金等の資産の状況に照らし、本件ＣＭＳ預け金のうち定期預金３億米ドルを本件評価基準日におけるＣ社の余剰現預金の額と認めたものである。
被告は、前記アのとおり、本件評価基準日におけるＣ社の保有現預金のうち本件ＣＭＳ預け金全額（５億６１３４万８７４０．１米ドル)を余剰現預金の額と認めるのが相当である旨主張するものであるが、仮に、かかる被告の主位的主張が認められないとしても、本件裁決の判断内容に照らし、少なくとも上記３億米ドルについては、本件評価基準日におけるＣ社の余剰現預金であると認められるべきである。これを前提にＤＣＦ法によりＣ社株式の株式価値を算定すると、■■■■■■■■■■■となり、これを基礎とするＡ社株式の評価額は、裁決庁評価額（６５億１７３０万米ドル）となる。
したがって、Ａ社株式の時価が裁決庁評価額を下回ることはない。（原告の主張）
ア ＤＣＦ法により算定されるＡ社株式の時価が、本件譲渡価格であると認められるべきこと
(ｱ) ＤＣＦ法については、法令や通達には何らの規定もなく、その適用方法について複数の合理的な考え方があり得るため、ＤＣＦ法により算定される株式価値についても、複数の合理的な評価額があり得る。他方で、法人税法上の時価とは、不特定多数の当事者間で自由な取引が行われた場合に通常成立する客観的な価額でなければならないから、本件において、原告の採用した本件譲渡価格が誤り又は違法であるというためには、不特定多数の当事者間の自由な取引において、処分行政庁評価額で時価を認定するという処理しか通常はあり得ず、本件譲渡価格が明らかに不合理であり、何らの合理性もないことが必要である。(ｲ) 事業用現預金の額の算定は、財務上の経営判断としての将来予測として、「事業運営に支障を来し、ＤＣＦ法で予測した将来業績の達成が困難になる」ことが起こらないレベルの現預金の絶対額を定量的に算定するものである。その事業用現預金の額の定量的な算定方法について、被告が依拠すると思われる、現預金の保有形態に基づき算定するとの方法は、講学上も実務上も一般に示されていない。
(ｳ) 事業用現預金の額の算定は、評価対象企業の中長期的なビジネス上の視点に基づく経営判断の問題にほかならず、その経営判断を重視し尊重すべきことが実務上確立している。事業用現預金の額を、外部から入手可能な客観的情報のみに基づいて一義的に算定することは困難であり、Ｃ社の経営や財務に関知せず経営責任も負わない第三者が専らその主観により同社の事業用現預金の額の算定をすることには意味がない。(ｴ) Ｄ社による本件評価報告書によるＣ社株式の評価は、大要、①評価基準日を含む直近１２か月のＣ社の現預金月末残高のうち最も小さい金額を事業用現預金の額として算定したが、②Ｃ社は長年にわたって高い収益力を有しており、保有する現預金残高が事業用現預金を超えて大きく積み上がっている可能性が考えられる旨の情報が寄せられたことから、③Ｃ社の偶発債務相当額及び他社への出資予定金額の合計額１億９７７０万米ドルという金額は、同出捐があったとしてもＣ社の事業が問題なく継続できる金額と判断されたため、同額が余剰現預金に該当するとして、①で算定した事業用現預金の額を同額だけ減少させたものである。このような評価方法は何ら不合理なものではない。
(ｵ) 本件評価報告書の算定結果は、原告の企業グループにおいてキャッシュ化速度のための財務指標として広く用いられているキャッシュ・コンバージョン・サイクル指標（以下「ＣＣＣ指標」という。）に基づき推定されるＣ社の事業用現預金の額とも一致する合理的なものであった。また、本件会計監査人及びＨも、本件評価報告書の採用した算定方法及び算定結果の合理性を認めている。
(ｶ) 被告の主張するＣ社の事業用現預金の額では、Ｃ社は事業運営に支障を来し倒産するから、結論において誤りである。また、ＤＣＦ法の適用において、余剰現預金の額は、事業用現預金の額を推定し、その額を評価基準日現在の現預金残高から控除して算出することが一般的であるが、処分行政庁は、Ｃ社の事業用現預金の額について一切検討していなかったものであり、本件ＣＭＳ預け金について保有形態のみを理由としてその全額を余剰現預金の額として扱う被告の主張は不合理である。さらに、本件ＣＭＳ預け金のうち定期預金とされている部分の全額を余剰現預金であるとする被告の予備的主張も、失当である。
(ｷ) 以上によれば、原告が主張するＤＣＦ法の適用上のＣ社の事業用現預金の額（３億７１０９万６０００米ドル）及び余剰現預金の額（１億９７７０万米ドル）の算定は、ＤＣＦ法の適用として通常あり得ない不合理なものであるとは認められず、むしろ十分な合理性を有するものである。したがって、Ａ社株式の法人税法上の時価が処分行政庁評価額であるとの事実は認定できないから、本件更正処分は、違法である。
イ 連基通の定める純資産価額方式に準じて算定されたＡ社株式の時価は、本件譲渡価格を上回らないこと
Ａ社株式及びＣ社株式の価額は、連基通２－３－４が準用する同通達４－１－５⑷により、「１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」すなわち純資産価額方式に準じて評価すべきである。かかる方法に従ってＡ社株式及びＣ社株式の各価額を評価した結果は、Ｉ税理士法人及びＪ社の作成した平成３１年１月１０日付け株式価値算定報告書（甲５６）のとおりであり、Ａ社株式の評価額は５５億２２７５万８０００米ドル（うちＣ社株式の評価額は、■■■■■■■■■■■）と算定される。これは、処分行政庁評価額はもちろん、原告の主張する本件譲渡価格よりも低いから、Ａ社株式の時価が処分行政庁評価額又は裁決庁評価額であるとは認められない。
ウ 小括
以上によれば、Ａ社株式の時価が処分行政庁評価額又は裁決庁評価額であることを前提としてされた本件更正処分は、違法である。
⑵争点２（本件譲渡に移転価格税制を適用せず寄附金課税を適用した点において、本件更正処分に法令適用の誤りがあるか否か）について
（被告の主張）
移転価格税制の規定と国外関連者に対する寄附金の損金不算入の規定は、明らかに適用要件が異なり、その適用範囲は常に一致するわけではない。また、措置法６８条の８８第３項の「寄附金」が法人税法３７条７項の「寄附金」と同義であることは、法文上明らかである。
本件譲渡価格（６４億１５００万米ドル）は、Ａ社株式の「譲渡に係る対価の額」（法人税法６１条の２第１項１号）であり「その譲渡の時における価額」（同法３７条８項）である処分行政庁評価額（６７億７８６４万８７４０．１米ドル）及び裁決庁評価額（６５億１７３０万米ドル）に比して低額であるところ、本件譲渡においては、原告がＡ社株式を「その譲渡の時における価額」（時価）より低く譲渡したことにつき、通常の経済取引として是認できる合理的な理由の存在をうかがわせる事情は何ら認められない。したがって、本件譲渡価格と時価である処分行政庁評価額又は裁決庁評価額との差額は、措置法６８条の８８第３項に規定する国外関連者に対する寄附金として、その全額が損金に算入されないこととなるから、本件更正処分に法令適用の誤りはない。
（原告の主張）
国外関連者との間の資産の譲渡について、当該資産の時価をめぐる課税庁との見解の相違により資産の時価との差額が認定されるような場合にまで寄附金課税が適用されると解するならば、およそ国外関連者との間の資産の譲渡においては移転価格税制にいう「独立企業間価格」と寄附金課税にいう「時価」の双方が常に観念し得る以上、結局常に寄附金課税が適用されることとなり、移転価格税制が適用される余地はなくなるところ、そのような帰結は、国外関連者との間の資産の譲渡の場面において移転価格税制を事実上死文化させるものであり、およそ法令が予定するものではない。また、寄附金課税と移転価格税制の適用の選択が課税庁の自由裁量に委ねられるということも、およそ法令が予定するものではない。
仮に、措置法６８条の８８第３項の「寄附金の額」を、法人税法３７条８項及び７項の「寄附金の額」と同義に解するとしても、同条８項の「実質的に贈与又は無償の供与をした」場合に該当するか否か、つまり、寄附金の額の定義にいう「通常の経済取引として是認することができる合理的な理由が存在しない」ものか否かは、課税庁が認定した資産の時価と譲渡対価との間に客観的な乖離がある事実それ自体で判断されるものではなく、そのような乖離がある場合であっても、その乖離の程度や譲渡対価の決定の経緯等の諸般の事情を考慮することにより決せられるべきである。
本件についてこれをみると、本件譲渡価格は、処分行政庁評価額と比べてもわずか５％程度しか乖離しておらず、その決定経緯に鑑みても、原告において、本件譲渡価格がＡ社株式の時価を下回るとの認識は一切有していなかった。そうすると、本件譲渡においては、資産の時価と譲渡対価の間の乖離の程度や譲渡対価の決定の経緯等の諸般の事情をみても、およそ原告からＢ社に対する贈与を推認させる事実は存在せず、同差額が寄附金の額に該当することはないというべきである。
以上のとおり、本件譲渡における差額については、「その行為について通常の経済取引として是認することができる合理的な理由が存在しない」とはいえず、寄附金課税の要件を充足しないから、寄附金課税ではなく移転価格税制が適用されるべきであった。
したがって、本件譲渡における差額に寄附金課税を適用した本件更正処分には、法令の適用を誤った違法がある。
第３ 当裁判所の判断
１ 認定事実
前提事実、後掲各証拠及び弁論の全趣旨によれば、次の事実が認められる。⑴本件ＣＭＳの基本的な仕組み
ア Ｃ社は、本件ＣＭＳにおける北米地域の財務拠点であるＡ社との間で、金融取引に関する本件基本契約を締結しており（前提事実⑷ウ参照）、本件基本契約において、原告の定める「Ｋ」に従って金融取引を実施することなどを合意していた。「Ｋ」とは、原告の企業グループにおけるグループ連結総資産の圧縮及び資金効率の向上を目的として、グループ資金を財務拠点に集中して管理するための仕組みを定めるものであり、本件評価基準日においては、平成２８年４月１日付け「Ｋ」（甲１０８。以下「本件Ｋ」という。）が適用されていた。（甲１１１、乙１３）
本件ＫⅣ章１条は、同システムに参加する企業（以下「各参加企業」という。）に対し、財務拠点に内部口座（以下「財務拠点内部口座」という。）を開設しなければならない旨定めるとともに、原告が地域ごとに指定する銀行に資金集約のための口座（以下「オートスイープ対象口座」という。）を開設しなければならない旨定めている。（甲１０８）
Ｃ社は、本件Ｋの上記定めに従い、北米地域の財務拠点であるＡ社に財務拠点内部口座（以下「Ａ社内部口座（Ｃ社）」という。）を開設するとともに、原告が北米地域について指定したＬ（以下「本件銀行」という。）に、オートスイープ対象口座（Ｃ社名義の本件銀行Ｍ支店口座番号〇〇〇〇〇〇〇〇。以下「Ｃ社Ｌ銀行口座」という。）を開設していた。このうち、Ａ社内部口座（Ｃ社）は、残高が管理上記録されるにすぎず、物理的な資金移動があるのはＣ社Ｌ銀行口座のみである。（甲１１１、弁論の全趣旨）
イ Ｃ社Ｌ銀行口座については、Ａ社と本件銀行との間で、Ｃ社を含む北米地域の各参加企業が本件銀行に開設するオートスイープ対象口座について、オートスイープを実施するための契約（甲１０９。以下「オートスイープ実施契約」という。）が締結されており、Ｃ社も同契約の定める内容に従うことに同意していた。（甲１１１）
オートスイープ実施契約においては、財務拠点であるＡ社が本件銀行に開設する口座（Ａ社名義の本件銀行Ｍ支店口座番号〇〇〇〇〇〇〇〇。以下「Ａ社Ｌ銀行口座」という。）と、各参加企業のオートスイープ対象口座との間で、オートスイープが実施されることが合意されている。具体的には、各営業日の終了時点において、①オートスイープ対象口座の残高が０米ドルを下回った場合、残高が０米ドルになるまで自動的にＡ社Ｌ銀行口座から資金が補充され、②オートスイープ対象口座の残高が０米ドルを上回った場合、残高が０米ドルになるまで自動的に資金がＡ社Ｌ銀行口座に移動されるという取引が実施される。なお、Ａ社Ｌ銀行口座に集約された資金については、別途、オランダ法人であるＮ社と本件銀行との間で締結された契約に基づき、Ｎ社が本件銀行に開設する口座（以下「原告グループ資金集約口座」という。）に資金が集約される。（甲１０９〔３、５頁〕、１１０〔３頁〕、乙１１〔４頁〕、弁論の全趣旨）
ウ 物理的な資金移動としては、Ｃ社を含む北米地域の各参加企業のオートスイープ対象口座（Ｃ社の場合はＣ社Ｌ銀行口座）における預金は、Ａ社Ｌ銀行口座を経由して、原告グループ資金集約口座に集約されている。他方で、本件ＣＭＳに基づく資金管理としては、オートスイープ対象口座とＡ社Ｌ銀行口座との間で実施されるオートスイープに基づく入出金の結果が、各参加企業の開設した財務拠点内部口座（Ｃ社の場合はＡ社内部口座（Ｃ社））の残高として管理上記録される。各参加企業のＣＭＳ預け金という場合、財務拠点内部口座に管理上記録された残高を意味する。（乙１１〔４頁〕、甲１１０〔２頁〕、１１１〔２頁〕）
エ 各参加企業の財務拠点内部口座の普通預金及び定期預金の金利は、本件ＫⅣ章６条により、原告及び財務拠点（Ｃ社の場合はＡ社）が決定することとされている。平成２８年１０月末日時点におけるＡ社内部口座（Ｃ社）に係る普通預金と定期預金の利率は、それぞれ、０．６４％及び０．７０％であった。（甲１１７、１１８）
各参加企業がＣＭＳ預け金に係る定期預金を中途解約する場合、本件ＫⅣ章７条により、解約コストを支払うこととされている。もっとも、実際には、中途解約時までの期間に係る利息計算が定期預金ではなく普通預金の利率に基づき行われるものの、これとは別に解約コストが請求される例はなく、そのような実務運用が本件ＣＭＳに関与する者の共通認識となっていた。また、中途解約された定期預金は、最大２日、最短即日で引出しが可能であった。（甲１１０〔４、５頁〕、１２１、１２３）
平成２８年１０月末におけるＡ社内部口座（Ｃ社）の定期預金の満期は３か月とされており、満期到来時には、当該定期預金の残高は、Ａ社内部口座（Ｃ社）の普通預金の残高に管理上の記録が変更されていた。（甲１１８、１２０）
⑵オートスイープに係る実務運用の概要（甲１１１〔３～５頁〕）
ア 特定の日（以下「該当日」という。）についてのオートスイープは、該当日の取引によりＣ社Ｌ銀行口座に生じる入金と出金の差額を日締めで計算した上で、当該差額（すなわち該当日に生じたＣ社Ｌ銀行口座の残高の変動分）を埋める形で、Ｃ社Ｌ銀行口座からＡ社Ｌ銀行口座への出金又はＡ社Ｌ銀行口座からＣ社Ｌ銀行口座への入金が自動的に行われる（甲１０９〔３、５頁〕）。当該オートスイープは、該当日の日締めのタイミングにおいて上記入金と出金の差額を計算して、該当日におけるオートスイープの送金額を確定させた上で、実際の資金の移動は該当日の翌日の午前２時頃に行われる。このため、該当日の翌日午前２時頃に行われるオートスイープによる送金を該当日における取引に含めて考えた場合、原則として、該当日のＣ社Ｌ銀行口座の出入金額は一致し、該当日の終了時点（該当日の翌日午前２時頃において該当日に係るオートスイープによる送金が完了した時点をいう。以下同じ。）で残高はゼロとなる。
イ もっとも、本件銀行の記帳上は該当日付けで記録されるものの、実際の入金は該当日の日締めのタイミング以降に発生するもの（例えば資金の移動に時間がかかる小切手の入金）も存在するところ、そのような入金は、該当日のオートスイープには間に合わない。そのため、上記アの例外として、該当日の終了時点におけるＣ社Ｌ銀行口座の残高がゼロとならないことがある。当該金額は、残高として該当日の翌日に繰り越された後、当該翌日のオートスイープにより、まとめてＡ社Ｌ銀行口座に移動されることとなる。
ウ Ｃ社における日々の事業上の取引においては、Ｃ社が顧客に対して有する売掛債権について入金がある場合は、当該顧客の口座からＣ社Ｌ銀行口座に売掛金相当額が振り込まれ、Ｃ社が取引相手に対して負う買掛債務について出金を行う場合は、Ｃ社Ｌ銀行口座から当該顧客の口座に対して買掛金相当額が振り込まれる。
該当日においてＣ社Ｌ銀行口座からの出金が生じる場合、上記アのとおり該当日の前日の終了時点でのＣ社Ｌ銀行口座の残高はオートスイープにより原則としてゼロとなっているから、当該出金時点で、当該出金相当額がＣ社Ｌ銀行口座に残っていないこともある。その場合、Ａ社内部口座（Ｃ社）の残高の範囲内であれば、本件銀行の日中赤残枠（日中ベースの当座貸越）をもって、無利息で上記出金に対応することができるとされている。
⑶Ｃ社の保有現預金について
ア 各参加企業は、取引等に基づく出入金について、原則としてオートスイープ対象口座を用いることが原告によって推奨されており、Ｃ社においても、売掛債権等の回収及び買掛債務等の支払は、原則として全てＣ社Ｌ銀行口座において対応している。
もっとも、Ｃ社は、従業員給与や関税の支払の都合上、主として米国外の市中銀行において米ドル以外の通貨建ての口座も有しており、かかる市中口座については、オートスイープの対象とはなっていないものの、本件基本契約及び本件Ｋに基づく資金集中管理の対象に含まれるため、Ｃ社は、当該市中口座については米国外の現地国における従業員給与や関税の支払に必要となる最低限の金額のみ入金し、それを上回る額の金銭については、定期的に担当者が手動で送金指示を行うことによりＣ社Ｌ銀行口座に移動することとし、これにより資金集約を図っている。（以上につき、甲１１１〔４、５頁〕）
イ Ｃ社は、本件評価基準日（平成２８年１２月３１日）において、現預金合計５億６８７９万６０００米ドルを保有しており、その内訳は、以下のとおりであった。（前提事実⑷ウ、弁論の全趣旨）
このうち、現金及び当座預金の合計７４４万７２５９．９米ドルは、①オートスイープの対象であるＣ社Ｌ銀行口座に預けられていたもの（４９４万２９００米ドル）と、②Ｃ社が主として米国外の市中銀行に有している口座に米ドル以外の通貨建てで預けられていたものとに大別される。（甲
１２２）
上記①のＣ社Ｌ銀行口座に預けられていた預金については、該当日のオートスイープに間に合わなかった入金が残高として翌日に繰り越され、当該残高がＣ社の現金又は当座預金として計上されたものであり、オートスイープの仕組み上の技術的な理由により生じたものである。
また、上記②のＣ社が市中銀行に有している口座に預けられていた預金については、同社が世界各国で営む事業において、従業員に対する給与や関税を支払うために必要となる最低限の金額として、現地国の市中銀行において保有していたものである。（以上につき、甲１１１〔６、７頁〕）⑷ＣＣＣ指標について
ア 原告の企業グループにおいては、平成２４年１０月から、キャッシュ重視の経営の促進を図る一環として、キャッシュ化速度を可視化するための財務指標であるＣＣＣ指標（キャッシュ・コンバージョン・サイクル指標）が導入されている。原告の企業グループにおいて採用されているＣＣＣ指標は、「ＣＣＣ金額」及び「ＣＣＣ日数」という２つの数値として計算されるところ、その計算方法は、次のとおりである。
ＣＣＣ金額：売掛債権＋棚卸資産－買掛債務
ＣＣＣ日数：（売掛債権＋棚卸資産－買掛債務）÷対象期間の売上高×対象期間の標準日数（３か月であれば９０日）
ＣＣＣ金額は、ＣＣＣ日数の前提として計算されるものであり、ＣＣＣ日数は、原材料や商品仕入れのために現金を支出してから、その原材料や商品を売り上げて最終的に現金化されるまでの日数を示すものである。（以上につき、甲６７）
イ Ｃ社につき、平成２８年１２月末直近１年間の各四半期末において、各期間における実績値と標準日数（９０日）を用いて計算したＣＣＣ金額は、それぞれ、３億５７９１万９０００米ドル、４億１５７９万４０００米ドル、４億３９７９万５０００米ドル、４億７１４６万３０００米ドルであり、ＣＣＣ日数は、それぞれ、４４．８日、５５．８日、６３．０日、６３．２日であった。当該ＣＣＣ日数に、当該四半期ごとの１日当たりの平均売上高（当該期間の売上高÷実日数）を乗じた金額、すなわち、標準日数（９０日）ではなく各期間における実日数に引き直して計算したＣＣＣ金額は、それぞれ、３億５３６８万３０００米ドル、４億１１０２万米ドル、４億２９６２万６０００米ドル、４億６１１４万４０００米ドルと算出される。（甲３５、７１）
２ 争点１（本件譲渡時におけるＡ社株式の「譲渡に係る対価の額」）について⑴法人税法６１条の２第１項１号の「有価証券の譲渡に係る対価の額」の意義等
ア 法人税法２２条１項は、内国法人の各事業年度の所得の金額は、益金の額から損金の額を控除した金額とする旨定め、同条２項は、資産の無償譲渡も収益の発生原因となるものとしているところ、その趣旨は、法人が資産を他に譲渡する場合には、その譲渡が代金の受入れその他資産の増加を来すべき反対給付を伴わないものであっても、譲渡時における資産の適正な価額に相当する収益があると認識すべきものであることを明らかにしたものと解される。そして、譲渡時における適正な価額より低い対価をもってする資産の低額譲渡の場合にも、当該資産には譲渡時における適正な価額に相当する経済的価値が認められるところ、たまたま現実に収受した対価がそのうちの一部のみであるからといって適正な価額との差額部分の収益が認識され得ないものとすれば、無償譲渡の場合との間の公平を欠くことになるから、その趣旨からして、この場合に益金の額に算入すべき収益の額には、当該資産の譲渡の対価の額のほか、これと当該資産の譲渡時における適正な価額との差額も含まれるものと解するのが相当である（最高裁平成６年（行ツ）第７５号同７年１２月１９日第三小法廷判決・民集４９巻１０号３１２１頁参照）。
イ 法人税法６１条の２第１項は、同法２２条２項又は３項の「別段の定め」として、内国法人が有価証券の譲渡をした場合には、その譲渡に係る譲渡利益額又は譲渡損失額は、その譲渡に係る契約をした日の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金の額又は損金の額に算入するものと定め、ここにいう譲渡利益額とは、その有価証券の譲渡に係る対価の額（同項１号）が譲渡に係る原価の額（同項２号）を超える場合におけるその超える部分の金額をいい、譲渡損失額とは、その有価証券の譲渡に係る原価の額（同項２号）が譲渡に係る対価の額（同項１号）を超える場合におけるその超える部分の金額をいう旨定めている。かかる規定が、有価証券の譲渡において認識すべき収益の額について、同法２２条２項と異なる取扱いを行う趣旨で設けられたものとは解されないことからすると、同法６１条の２第１項１号にいう「有価証券の譲渡に係る対価の額」とは、当該有価証券の譲渡時における適正な価額、すなわち時価をいうものと解すべきである。そして、時価とは、財産の客観的な交換価値をいい、不特定多数の当事者間で自由な取引が行われた場合に通常成立すると認められる価額をいうものと解される。
ウ 以上を前提に、本件譲渡時におけるＡ社株式の時価の算定の基礎となるＣ社株式の評価額について検討する。
⑵ＤＣＦ法を用いたＣ社株式の評価について
ア ＤＣＦ法は、評価対象企業について将来期待することができる経済的利益を当該利益の変動リスク等を反映した割引率により現在価値に割り引いて株式価値を算定する手法であり、収益に着目して企業価値を評価するインカム・アプローチの代表的な評価方法である。具体的には、評価対象企業の事業計画に基づき将来のＦＣＦを見積もり、年次ごとに割引率を用いて現在価値の総和（事業価値）を求め、当該事業価値に非事業用資産の価値を加算して企業価値を算出し、企業価値から有利子負債の時価を減算して株主に帰属する価値（株式価値）を求める手法である（前提事実⑶ア、乙５１、５９）。
イ ＤＣＦ法においては、事業価値に非事業用資産を加算して企業価値を算出することになるところ、非事業用資産とは、一般に、評価対象企業の事業と直接関係しないもので、同企業におけるＦＣＦの創出に貢献しておらず、同企業の事業上、その処分について制約のない資産をいう（乙５２、５４）。余剰資金、遊休不動産、投機目的の有価証券等が非事業用資産の典型例として挙げられる（甲５３）。
企業の営業活動に必要な現預金は、必要運転資本の一部と考えられるため余剰資金には含まれず、営業活動に必要な現預金を超えて保有している現預金が、余剰資金として事業価値に加算されることになる。余剰資金は、評価基準日現在の現預金残高のうち必要運転資金（事業用現預金）の額を推定し、その額を控除して算出するのが一般的であり、この場合の必要運転資金（事業用現預金）の額を推定する方法としては、①対象企業の過去の現預金残高の推移を分析して必要資金を推定する方法、②売上債権、在庫、仕入債務等の支払サイトから必要現預金残高を推定する方法、③同業他社との比較分析によって必要残高を推定する方法がある（甲２３）。このように、事業に必要な現預金について運転資金（事業用現預金）として扱い、事業に必要な水準を超えた余剰現預金を非事業用資産として扱う方法が主流かつ理論的にも望ましいとされる一方で、実務上は、保有現預金を全て余剰現預金と考えて非事業用資産として扱う場合もあると指摘されている（乙７７）。また、事業に必要な資金の水準は、債権の回収条件や債務の支払条件等によって異なり、評価対象企業の経営者の判断により決定されるべきものであるとの指摘もある（乙５２）。
ウ 継続企業の評価方法としては、企業が将来生み出すキャッシュ・フローを全て現在価値に割り戻して合計するＤＣＦ法が価値評価の手法として適しており、確かな根拠のある将来キャッシュ・フローが入手できる限りにおいてはＤＣＦ法が最も正確に企業価値を推定できる手法であるとされている（乙６８）。
本件において、■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■からすると、本件譲渡時におけるＣ社株式の評価に当たっては、将来の収益力に着眼するＤＣＦ法を用いることが適切であると認められる。
⑶本件評価報告書におけるＣ社株式の評価の合理性について
ア Ｄ社による本件評価報告書（甲２）において、Ｃ社の余剰現預金の額は、１億９７７０万米ドルと算定されているところ、この金額は、偶発債務相当額１億５２００万米ドルと他社への出資金額４５７０万米ドルとの合計額である（前提事実⑶イ）。
このように余剰現預金の額が決定された背景として、Ｄ社において、本件評価基準日を含む直近１２か月間におけるＣ社の現預金の月末残高推移を参照して月次の最低金額（平成２８年１１月末の５億５８１４万５０００米ドル）を事業用現預金の額とし、これを控除した１０６５万１０００米ドルを余剰現預金の額として算定したところ、原告の担当者から、Ｃ社については長年にわたって高い収益力を有しており、保有する現預金残高が事業用現預金を超えて大きく積み上がっている可能性がある旨の説明を受け、さらに、上記の偶発債務相当額及び他社への出資金額に係る情報が提供されたことから、これらの合計額を余剰現預金とみなすことができると判断したことが認められる（甲２８）。
イ 以上のとおり、Ｄ社は、Ｃ社の保有現預金の月末残高推移を参照する方法により事業用現預金の額を推定した上で、Ｃ社に係る個別具体的な事情を勘案して上記推定結果を調整し、余剰現預金の額を上方修正したものである。対象企業の過去の現預金残高の推移を分析して必要資金を推定する方法は、事業用現預金の額を推定する方法の一つとされている上（前記⑵イ①）、Ｄ社による上記のような算定過程に特段不合理な点は見当たらないから、Ｄ社による余剰現預金の額の算定が合理的根拠を欠くものであると直ちにいうことはできない。
ウ 加えて、Ｃ社の事業については、①航空会社を顧客とするいわゆるＢｔｏＢの航空機関連ビジネスを行っており、売掛債権の回転日数が平均して約６０日と比較的長期である一方、買掛債務の回転日数は平均して約２０日と比較的短期であり、これに対応する必要があること、②Ｃ社の製品は長期間の使用を前提としており、顧客へのアフターサービス対応のため、長期間にわたり一定数の在庫を保有する必要があること、③航空機ビジネスという乗客の安全を預かる事業の特性上、顧客の要求水準が高く、何らかの問題が発生した場合には即時の対応が求められることなどから、事業を円滑に遂行するためには、買掛債務の支払や棚卸資産の維持、突然の資金需要に対応するために手元に現預金を保有しておく必要性が高いといえる。このため、Ｃ社においては、従前から、売掛債権及び棚卸資産という資産項目から買掛債務という負債項目を控除することにより求められるＣＣＣ金額が、既に投下済みの資金に加えて追加で必要となり得る資金需要の指標を示すものと捉え、ＣＣＣ金額と同程度の現預金を、Ｃ社の事業に必要な現預金として保有しておくとの経営方針を採用していたことが認められる（以上につき、甲６４〔４～７頁〕）。
Ｃ社の事業用現預金の額を推定するに当たっては、以上のような事業の特性を踏まえる必要があるところ、平成２８年１２月末の直近１年間の各四半期末におけるＣＣＣ金額の幅が、３億５７９１万９０００米ドルから４億７１４６万３０００米ドルの間（各四半期を標準日数である９０日とした場合）又は３億５３６８万３０００米ドルから４億６１１４万４０００米ドルの間（各四半期につき実日数を用いた場合）であったこと（認定事実⑷イ）からすると、本件評価報告書における事業用現預金の額である３億７１０９万６０００米ドル（５億６８７９万６０００米ドル－１億９７７０万米ドル）は、かかる幅の中に収まっており、Ｃ社の事業用現預金の額として一定の合理性を有するものということができる。
エ 被告は、ＣＣＣ指標に基づき算出した運転資本の金額を基にＤＣＦ法における事業用現預金の額を推定することには合理性がなく、ＣＣＣ指標に基づき算出したＣ社の運転資本の金額をもって本件評価報告書におけるＣ社の事業用現預金の額の相当性が裏付けられるものではない旨主張する。しかし、原材料を仕入れて生じた買掛金を支払うタイミングと、製品を作り販売して生じた売掛金を回収するタイミングとに差がある場合、企業は、その差を埋めるために一定の現金を保有する必要があり、そのような現預金は、運転資本の一部、すなわち事業用資産の一部となると解すべきである（甲７２）。このような観点から、事業用現預金の額を推定する方法の一つとして、売上債権、在庫、仕入債務等の支払サイトから必要現預金残高を推定する方法（前記⑵イ②）が挙げられているものと解される。また、事業に必要な資金の水準は、債権の回収条件や債務の支払条件等によって異なるし、これを見誤った場合には経営上の重大な事態を惹起しかねないことからすると、ある企業において事業に必要な資金をいくらと見積もるかについては、当該事業の特性を踏まえた当該企業の合理的な経営判断を尊重するのが相当である（前記⑵イ参照）。
そして、前記ウ①から③で述べたような事情により、手元に現預金を保有しておく必要性が高いという、Ｃ社の事業の特性も踏まえると、Ｃ社において、ＣＣＣ金額と同程度の現預金を事業に必要な現預金として保有しておくとの経営方針を採用することは合理的なものといえるから、事業用現預金の額を検証する際にＣＣＣ金額を参考とすることにも合理性があるというべきである。被告の上記主張は、運転資本と事業用現預金の理論的な相違を述べるものにすぎず、これを採用することはできない。
オ 以上によると、本件評価報告書におけるＣ社株式の評価には、相応の合理性を認めることができる。
⑷処分行政庁によるＣ社株式の評価の合理性（被告の主位的主張）について
ア 被告は、事業用現預金について、事業の運営のために現預金という形態そのままで保持する必要がある手元現預金のことをいうとした上で、ＣＭＳへの預け金が余剰資金の運用形態であるとの理解を前提に、処分行政庁が、本件ＣＭＳ預け金を事業用現預金と認める余地はないと判断し、Ｃ社の保有現預金のうち、現金及び当座預金の合計７４４万７２５９．９米ドルを事業用現預金とし、これを除いた５億６１３４万８７４０．１米ドル（本件ＣＭＳ預け金）を余剰現預金と算定したことについて、Ｃ社の現預金の保有形態に着目して慎重かつ抑制的にその事業用現預金の額を算定したものとして相当性を有するものである旨主張する。
イ そこで検討するに、各営業日の終了時点において、オートスイープ対象口座であるＣ社Ｌ銀行口座の残高がプラスであった場合には、口座残高が０米ドルになるまで自動的にＡ社Ｌ銀行口座に移動され、逆に、Ｃ社Ｌ銀行口座の残高がマイナスであった場合には、口座残高が０米ドルになるまで自動的にＡ社Ｌ銀行口座から資金が補充されるという本件ＣＭＳの仕組み（認定事実⑴イ）に照らすと、Ｃ社Ｌ銀行口座に預けられた資金は、事業に必要な資金であるか余剰資金であるかを問わず、全てオートスイープによりＡ社Ｌ銀行口座に集約されることになるのであるから、かかるオートスイープによる入出金の結果をＡ社内部口座（Ｃ社）に管理上記録した残高である本件ＣＭＳ預け金について、余剰資金の運用形態であると即断することは相当でない。
そして、該当日のオートスイープに間に合わない入金があった場合、該当日の終了時点におけるＣ社Ｌ銀行口座の残高はゼロとならずに翌日に繰り越されるところ（認定事実⑵イ）、本件評価基準日におけるＣ社の現金及び当座預金も、米国外の市中銀行に米ドル以外の通貨建てで有していたものを除くと、前日のオートスイープに間に合わなかった入金が残高として繰り越されたというオートスイープの仕組み上の技術的な理由により生じたものであった（同⑶イ）。このように、Ｃ社の保有する現金及び当座預金と本件ＣＭＳ預け金との違いは、事業に必要な資金であるか余剰資金であるかの判断に基づくのではなく、飽くまで入金のタイミングという技術的な理由によるものにすぎないと解される。
しかも、本件評価基準日を含む平成２８年１２月において、本件ＣＭＳ預け金の普通預金からは、１回当たり３０００万米ドルを超える出金が複数回あり、１日当たり９０００万米ドルを超える出金がされた日もあったのであり（甲４８）、これらはＣ社の買掛債務の支払等に充てられたものと認められる（弁論の全趣旨）。このような本件ＣＭＳ預け金の利用状況に照らすと、処分行政庁が事業用現預金の額と判断したＣ社の現金及び当座預金の合計７４４万７２５９．９米ドルだけでは、同社の事業上の資金需要に対応することができないのは明らかである。
以上のような本件ＣＭＳの仕組みや利用状況に鑑みると、現預金の保有形態に着目して事業用現預金の額を算定し、本件ＣＭＳ預け金の全額を余剰現預金とした処分行政庁の算定方法に合理性があるということはできない。
ウ 加えて、前記⑶ウで説示したような事情から、Ｃ社は、手元に現預金を保有しておく必要性が高く、このため、ＣＣＣ金額と同程度の現預金を事業に必要な現預金として保有しておくとの経営方針を採用していたのであり、Ｃ社の事業用現預金の額を推定するに当たっては、このような同社の事業の特性とこれを前提とした同社の経営方針を踏まえる必要がある。平成２８年１２月末の直近１年間の各四半期末におけるＣＣＣ金額が、３億５７９１万９０００米ドルから４億７１４６万３０００米ドルの間（各四半期を標準日数である９０日とした場合）又は３億５３６８万３０００米ドルから４億６１１４万４０００米ドルの間（各四半期につき実日数を用いた場合）であったこと（認定事実⑷イ）に照らすと、Ｃ社の保有現預金のうち、現金及び当座預金の合計７４４万７２５９．９米ドルのみを事業用現預金とした処分行政庁の判断は、ＣＣＣ金額の幅に照らして著しく少額であり、Ｃ社の事業の特性を十分に踏まえたものではないといえるから、かかる観点からも合理性を有しないというべきである。
エ 被告は、事業用現預金と余剰現預金の区別に当たり、評価対象企業が評価基準日時点で保有する現預金の全額を余剰現預金として扱う方法も実務ではよく利用される方法として許容されていることからも、本件ＣＭＳ預け金の全額を余剰現預金とすることには合理性がある旨主張する。しかし、保有現預金の全額を余剰現預金として扱う方法は、事業用現預金の額を算定するよりも簡便で実務的に使いやすいとの理由によるものと考えられ（乙７７、７８）、関係当事者間において異議がない場合等の簡便な方法としてこれを用いるのは格別、企業のＦＣＦの創出に貢献しない資産を非事業用資産として事業価値に加算するというＤＣＦ法の考え方（前記⑵イ）からすれば、余剰現預金の額は、飽くまで保有現預金の額から事業用現預金の額を除いて算定することが基本というべきであり、既に述べたような本件ＣＭＳの仕組みや利用状況に照らせば、被告が指摘するような方法が実務上許容されていることは、本件ＣＭＳ預け金の全額を余剰現預金とすることを正当化する理由にはならないというべきである。
オ 以上によると、処分行政庁によるＣ社株式の評価が合理的なものとは認められない。
⑸本件裁決におけるＣ社株式の評価の合理性（被告の予備的主張）について
ア 被告は、本件ＣＭＳ預け金のうち定期預金３億米ドルを本件評価基準日におけるＣ社の余剰現預金の額と算定した本件裁決の判断内容に照らし、少なくとも３億米ドルはＣ社の余剰現預金であると認められるべきである旨主張する。
イ そこで検討するに、本件ＣＭＳ預け金のうちの定期預金は、①満期が３か月であり、満期到来時にはＡ社内部口座（Ｃ社）の普通預金の残高となること、②中途解約の際、普通預金の利率に基づき利息が計算されるものの、これとは別に解約コスト等のペナルティは発生しない実務運用となっており、中途解約された定期預金は、最大２日、最短即日で引出しが可能であること（認定事実⑴エ）からすると、本件ＣＭＳ預け金のうち、定期預金と普通預金との間には、機能的に有意な差異はないと解される。したがって、本件ＣＭＳ預け金のうちの定期預金について、普通預金と区別する合理的な理由はないといえる。
そして、平成２８年１２月末の直近１年間の各四半期末におけるＣＣＣ金額が、３億５７９１万９０００米ドルから４億７１４６万３０００米ドルの間（各四半期を標準日数である９０日とした場合）又は３億５３６８万３０００米ドルから４億６１１４万４０００米ドルの間（各四半期につき実日数を用いた場合）であったこと（認定事実⑷イ）に照らすと、３億米ドルをＣ社の余剰現預金とし、残る２億６８７９万６０００米ドルを事業用現預金であるとすることは、Ｃ社の事業の特性とそれに基づく現預金の必要性を適切に踏まえたものとはいい難いから、３億米ドルを余剰現預金とする本件裁決における判断にも合理性があるとは認められない。
ウ よって、本件裁決におけるＣ社株式の評価も、合理的なものとは認められない。
⑹小括
以上によると、本件譲渡時におけるＡ社株式の時価について、これを本件譲渡価格とすることには相応の合理性が認められる一方、処分行政庁評価額又は裁決庁評価額とすることは合理的なものとは認められないから、本件更正処分は、上記時価の評価を誤ってされたものであって、違法である。
第４ 結論
以上の次第で、争点２について判断するまでもなく、本件更正処分のうち本件更正請求に係る請求金額を超える部分の取消しを求める原告の請求は理由がある。よって、これを認容することとして、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官篠田賢治
裁判官髙部祐未
裁判官金澤康は、退官のため、署名押印することができない。
裁判長裁判官篠田賢治
（別表１－１～２、別表２－１～３省略）
（別紙１）
関係法令等の定め
１ 法人税法
⑴法人税法２２条１項は、内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする旨規定し、同条２項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする旨規定している。⑵法人税法３７条１項は、内国法人が各事業年度において支出した寄附金の額の合計額のうち、その内国法人の当該事業年度終了の時の資本金等の額又は当該事業年度の所得の金額を基礎として政令で定めるところにより計算した金額を超える部分の金額は、当該内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しないこととし、同条７項は、この「寄附金」の額を、「寄附金、拠出金、見舞金その他いずれの名義をもつてするかを問わず、内国法人が金銭その他の資産又は経済的な利益の贈与又は無償の供与（括弧内省略）をした場合における当該金銭の額若しくは金銭以外の資産のその贈与の時における価額又は当該経済的な利益のその供与の時における価額による」と規定する。また、同条８項は、内国法人が資産の譲渡又は経済的な利益の供与をした場合において、その譲渡又は供与の対価の額が当該資産のその譲渡の時における価額又は当該経済的な利益のその供与の時における価額に比して低いときは、当該対価の額と当該価額との差額のうち実質的に贈与又は無償の供与をしたと認められる金額は、同条７項の寄附金の額に含まれるものと規定している。⑶法人税法６１条の２第１項は、内国法人が有価証券の譲渡をした場合には、その譲渡に係る譲渡利益額（有価証券の譲渡に係る対価の額（同項１号）が有価証券の譲渡に係る原価の額（同項２号）を超える場合におけるその超える部分の金額）又は譲渡損失額（有価証券の譲渡に係る原価の額が有価証券の譲渡に係る対価の額を超える場合におけるその超える部分の金額）は、一定の場合を除き、その譲渡に係る契約をした日の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金の額又は損金の額に算入すると規定している。
２ 措置法
⑴措置法６８条の８８第１項は、連結法人が、平成１４年４月１日以後に開始する各連結事業年度において、当該連結法人に係る国外関連者（外国法人で、当該連結法人との間にいずれか一方の法人が他方の法人の発行済株式又は出資（当該他方の法人が有する自己の株式又は出資を除く。）の総数又は総額の１００分の５０以上の数又は金額の株式又は出資を直接又は間接に保有する関係その他の政令で定める特殊の関係のあるものをいう。）との間で資産の販売、資産の購入、役務の提供その他の取引を行った場合に、当該取引（当該国外関連者が恒久的施設を有する外国法人である場合には、当該国外関連者の法人税法１４１条１号イに掲げる国内源泉所得に係る取引として措置法６６条の４第１項に規定する政令で定めるものを除く。以下、「国外関連取引」という。）につき、当該連結法人が当該国外関連者から支払を受ける対価の額が独立企業間価格に満たないとき、又は当該連結法人が当該国外関連者に支払う対価の額が独立企業間価格を超えるときは、当該連結事業年度の連結所得に係る同法その他法人税に関する法令の規定の適用については、当該国外関連取引は、独立企業間価格で行われたものとみなすと規定している。
⑵措置法６８条の８８第３項は、その前段において、「連結法人が各連結事業年度において支出した寄附金の額（法人税法第８１条の６第６項において準用する同法第３７条第７項に規定する寄附金の額をいう。以下この項及び次項において同じ。）」のうち当該連結法人に係る国外関連者に対するもの（恒久的施設を有する外国法人である国外関連者に対する寄附金の額で当該国外関連者の各事業年度の同法１４１条１号イに掲げる国内源泉所得に係る所得の金額の計算上益金の額に算入されるものを除く。）は、当該連結法人の各連結事業年度の連結所得の金額の計算上、損金の額に算入しないと規定している。⑶措置法６８条の８８第４項は、同条１項の規定の適用がある場合における国外関連取引の対価の額と当該国外関連取引に係る同項に規定する独立企業間価格との差額（寄附金の額に該当するものを除く。）は、連結法人の各連結事業年度の連結所得の金額の計算上、損金の額に算入しないと規定している。
３ 関連する通達の定め
⑴連結納税基本通達（乙４０）
ア 国税庁長官が発出した平成１５年２月２８日付け課法２－３ほか「連結納税基本通達の制定について（法令解釈通達）」（平成３０年５月３０日付け課法２－８ほかによる改正前のもの。以下「連基通」という。）２－３－４は、連結法人が無償又は低い価額で有価証券を譲渡した場合における法人税法６１条の２第１項１号に規定する譲渡に係る対価の額の算定に当たっては、同通達４－１－４（上場有価証券等の価額）並びに４－１－５及び４－１－６（上場有価証券等以外の株式の価額）の取扱いを準用する旨定めている。
イ 連基通４－１－５は、上場有価証券等以外の株式について法人税法２５条３項（資産評定による評価益の益金算入）の規定を適用する場合において、再生計画認可の決定があった時の当該株式の価額は、次の区分に応じ、次による旨定めている。
(ｱ) 売買実例のあるもの当該再生計画認可の決定があった日前６月間において売買の行われたもののうち適正と認められるものの価額（同通達⑴）(ｲ) 公開途上にある株式で当該株式の上場に際して株式の公募又は売出し（公募等）が行われるもの（前記(ｱ)に該当するものを除く）金融商品取引所の内規によって行われる入札により決定される入札後の公募等の価格等を参酌して通常取引されると認められる価額（同⑵）
(ｳ) 売買実例のないものでその株式を発行する法人と事業の種類、規模、収益の状況等が類似する他の法人の株式の価額があるもの（前記(ｲ)に該当するものを除く）当該価額に比準して推定した価額（同⑶）
(ｴ) 前記(ｱ)ないし(ｳ)に該当しないもの当該再生計画認可の決定があった日又は同日に最も近い日におけるその株式の発行法人の事業年度終了の時における１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額（同⑷）
ウ 連基通４－１－６は、連結法人が、上場有価証券等以外の株式（前記イ(ｱ)及び(ｲ)に該当するものを除く。）について法人税法２５条３項（資産評定による評価益の益金算入）の規定を適用する場合において、再生計画認可の決定があった時における当該株式の価額につき昭和３９年４月２５日付け直資５６ほか「財産評価基本通達」（平成２９年９月２０日付け課評２－４６ほかによる改正前のもの。以下「評価通達」という。）の１７８から１８９－７まで（取引相場のない株式の評価）の例によって算定した価額によっているときは、課税上弊害がない限り、次によることを条件としてこれを認めると定めている。
(ｱ) 当該株式の価額につき評価通達１７９の例により算定する場合（同通達１８９－３の⑴において同通達１７９に準じて算定する場合を含む。）において、当該法人が当該株式の発行会社にとって同通達１８８の⑵に定める「中心的な同族株主」に該当するときは、当該発行会社は常に同通達１７８（後記⑵イ）に定める「小会社」に該当するものとしてその例によること。
(ｲ) 当該株式の発行会社が土地（土地の上に存する権利を含む。）又は金融商品取引所に上場されている有価証券を有しているときは、評価通達１８５（後記⑵エ）の本文に定める「１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）」の計算に当たり、これらの資産については当該再生計画認可の決定があった時における価額によること。
(ｳ) 評価通達１８５の本文に定める「１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）」の計算に当たり、同通達１８６－２により計算した評価差額に対する法人税額等に相当する金額は控除しないこと。⑵評価通達（乙４１）
ア 評価通達１⑵は、財産の価額は、時価によるものとし、時価とは、課税時期（相続、遺贈若しくは贈与により財産を取得した日若しくは相続税法の規定により相続、遺贈若しくは贈与により取得したものとみなされた財産のその取得の日又は地価税法２条４号に規定する課税時期をいう。以下同じ。）において、それぞれの財産の現況に応じ、不特定多数の当事者間で自由な取引が行われる場合に通常成立すると認められる価額をいい、その価額は、同通達の定めによって評価した価額による旨を定めている。また、同通達は、取引相場のない株式（上場株式及び気配相場等のある株式以外の株式をいう。同通達１６８⑶。以下同じ。）の評価方法について、同通達１７８から１９３－２までの定めを置いている。
イ 評価通達１７８本文は、取引相場のない株式の価額は、評価しようとするその株式の発行会社が、大会社、中会社、小会社のいずれに該当するかに応じて、評価通達１７９の定めによって評価する旨定めている。
ウ 評価通達１７９⑴は、評価通達１７８により区分された大会社の株式の価額は、類似業種比準価額によって評価するが、納税義務者の選択により、１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）によって評価する（純資産価額方式）ことができる旨定めている。
エ 評価通達１８５は、その本文において、評価通達１７９にいう「１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）」は、課税時期における各資産を同通達に定めるところにより評価した価額の合計額から課税時期における各負債の金額の合計額及び同通達１８６－２により計算した評価差額に対する法人税額等に相当する金額を控除した金額を課税時期における発行済株式数で除して計算した金額とする旨定めている。
以上
（別紙２）
本件連結事業年度の法人税に係る課税の経緯
（単位：円）
年月日
連結所得金額
納付すべき税額
翌期へ繰り越す
連結欠損金の額
本件確定申告
平成29 年7 月21 日
△ 84,819,279,316 △ 22,955,462,989423,599,088,875
本件増額更正処分平成30 年9 月11 日
△ 42,754,837,107 △ 22,955,462,989381,541,568,751
更正の請求
令和元年7 月１日
△ 48,854,747,137 △ 22,955,462,989394,900,756,818
減額更正処分
令和元年8 月30 日
△ 48,854,747,137 △ 22,955,462,989394,900,756,818
本件裁決
令和3 年3 月25 日
△ 78,460,332,415 △ 22,955,462,989424,506,342,096
本件更正請求
令和4 年12 月23 日
△ 90,048,876,415 △ 22,955,462,989436,094,886,096
(注) １「連結所得金額」欄の△印は、連結欠損金額を示す。
２ 「納付すべき税額」欄の△印は、所得税額等の還付金額を示す。（別紙３）
本件更正処分の根拠及び適法性に係る被告の主張
１ 本件更正処分の根拠（主位的主張）
被告が主位的に主張する原告の本件連結事業年度の法人税に係る連結所得金額、納付すべき法人税額及び翌期へ繰り越す連結欠損金の額は、それぞれ次のとおりである。
なお、下記に記載の金額のうち、所得金額の前に「△」を付したものは欠損金額を表し、納付すべき法人税額及び既に納付の確定した法人税額の前に「△」を付したものは還付金額であることを表す。
⑴連結所得金額（別表１－１㊳欄）△４８８億５４７４万７１３７円上記金額は、次のアの金額にイの金額を加算し、ウの金額を減算した金額である。
ア 確定申告における連結所得金額（別表１－１①欄）
△８４８億１９２７万９３１６円
上記金額は、本件連結事業年度の法人税に係る連結確定申告書（以下「本件連結確定申告書」という。）別表一の二（一）に記載された連結所得金額（乙５・１欄）と同額である。
イ 連結所得金額に加算すべき金額（別表１－１㉓欄）
９４１億６９６５万０９１３円
上記金額は、次の(ｱ)の金額及び(ｲ)の金額の合計額である。(ｱ) 有価証券譲渡利益額の益金算入漏れ額（別表１－１②）４１１億９４１２万９２７８円
上記金額は、次のａの金額からｂの金額を差し引いた金額であり、本件譲渡につき法人税法６１条の２第１項の規定による有価証券譲渡利益額の益金算入漏れ額として、本件連結事業年度の連結所得金額（前記ア）に加算すべき金額である。
ａ 本件譲渡による有価証券の譲渡利益額
３４０９億４８５９万７６２７円
上記金額は、次の⒜の金額のうち⒝の金額を超える部分の金額であり、法人税法６１条の２第１項の規定により本件連結事業年度の連結所得金額の計算上、益金の額に算入されるべき金額である。
⒜本件譲渡に係る対価の額７７８２億７７６２万９２７８円
上記金額は、本件譲渡に係る対価の額６７億７８６４万８７４０．１米ドルのうち、原告がＢ社から受領した金員の額７３７０億８３５０万円に相当する６４億１５００万米ドルを差し引いた額３億６３６４万８７４０．１米ドルを、本件譲渡の日における電信売買相場の仲値（１米ドル当たり１１３．２８円。乙６）を乗じて算出した額４１１億９４１２万９２７８円と、上記金員の額の合計額であり、法人税法６１条の２第１項１号に規定する有価証券の譲渡に係る対価の額である。
⒝本件譲渡に係る原価の額４３７３億２９０３万１６５１円
上記金額は、本件譲渡に係る原価の額（法人税法６１条の２第１項２号）であり、原告が本件確定申告の連結所得金額の計算に当たり、本件譲渡に係る原価の額とした額と同額である。
ｂ 本件確定申告において益金の額に算入された有価証券の譲渡利益額２９９７億５４４６万８３４９円
上記金額は、原告が本件譲渡に係る譲渡利益額であるとして、本件確定申告において連結所得金額の計算上益金の額に算入した金額である。(ｲ) 前記(ｱ)以外の加算金額の合計額（別表１－１③欄）５２９億７５５２万１６３５円
上記金額は、次のａからｓまでの各金額の合計額であり、有価証券譲渡利益額の益金算入漏れ額（前記(ｱ)）以外の、本件連結事業年度の連結所得金額（前記ア）に加算すべき金額の合計額である。
ａ 原材料仕入れの過大計上額（原告に係るもの）（別表１－１④欄）■■■■■■■■■
ｂ 未払寄附金の損金不算入額（原告に係るもの）（別表１－１⑤欄）■■■■■■■■■■
ｃ 修繕費のうち損金の額に算入されない金額（別表１－１⑥欄）■■■■■■■■■■
ｄ 役務提供対価額の益金算入漏れ額（原告に係るもの）（別表１－１⑦欄）■■■■■■■■■■■■
ｅ 特許権使用料等の損金不算入額（原告に係るもの）（別表１－１⑧欄）■■■■■■■■■■
ｆ 雑収入の計上漏れ（原告に係るもの）（別表１－１⑨欄）
■■■■■■■■■■
ｇ 受取共同事務費の計上漏れ（原告に係るもの）（別表１－１⑩欄）■■■■■■■■
ｈ 売上原価の過大計上額（原告に係るもの）（別表１－１⑪欄）■■■■■■■■■■
ｉ 研究費のうち損金の額に算入されない金額（別表１－１⑫欄）■■■■■■■■■
ｊ 貯蔵品の計上漏れ（別表１－１⑬欄）■■■■■■■■■■
ｋ 為替差損のうち損金の額に算入されない金額（原告に係るもの）（別表１－１⑭欄）■■■■■■■■
ｌ 雑益の計上漏れ（別表１－１⑮欄）■■■■
ｍ 租税公課の過大計上額（原告の連結子法人に係るもの）（別表１－１⑯欄）■■■■■■■■■■
ｎ 「特定間接材料費」のうち損金の額に算入されない金額（原告の連結子法人に係るもの）（別表１－１⑰欄）■■■■■■■■
ｏ 国外関連者に対する寄附金の損金不算入額（連結グループ全体計算に係るもの）（別表１－１⑱欄）４１３億５４６１万８２９２円
上記金額は、次の⒜の金額と⒝の金額の合計額である。
⒜後記ウ(ｱ)の寄附金の額に関するもの
４１１億９４１２万９２７８円
上記金額は、後記ウ(ｱ)のとおり原告が国外関連者であるＢ社に対して支出したと認められる、法人税法３７条７項に規定する寄附金の額であり、措置法６８条の８８第３項の規定により本件連結事業年度の連結所得金額の計算上損金の額に算入されない金額である。
⒝前記⒜以外の寄附金の額に関するもの
１億６０４８万９０１４円
上記金額は、原告又は原告の連結子法人が原告の国外関連者に対して支出した、法人税法３７条１項に規定する寄附金の額（前記⒜の額を除く。）であり、措置法６８条の８８第３項の規定により原告の本件連結事業年度の連結所得金額の計算上損金の額に算入されない金額である。
ｐ 完全支配関係にある内国法人に対する寄附金の損金不算入額（連結グループ全体計算に係るもの）（別表１－１⑲欄）
■■■■■■■■■■
ｑ 寄附金の損金不算入額（連結グループ全体計算に係るもの）（別表１－１⑳欄）■■■■■■■■■■■■
ｒ 「グループ経営運営費見合い特別配当」の益金不算入額の過大額（原告に係るもの）（別表１－１㉑欄）■■■■■■■■■■■■■■
ｓ 国外関連者に対する移転所得金額（原告に係るもの）（別表１－１㉒欄）■■■■■■■■
ウ 連結所得金額から減算すべき金額（別表１－１㊲欄）
５８２億０５１１万８７３４円
上記金額は、次の(ｱ)から(ｽ)までの各金額の合計額である。(ｱ) 寄附金の損金算入額（低廉譲渡分）（原告に係るもの）（別表１－１㉔欄）
４１１億９４１２万９２７８円
上記金額は、原告が、平成２９年３月１６日（本件譲渡の日）に国外関連者であるＢ社に対して支出したと認められる、本件譲渡に係る対価の額７７８２億７７６２万９２７８円（前記イ(ｱ)ａ⒜）と、原告が本件譲渡によりＢ社から受領した金員の額（本件譲渡価格）７３７０億８３５０万円との差額であり、Ｂ社に対して実質的に贈与したものと認められ、法人税法３７条１項に規定する寄附金の額に該当することから、措置法６８条の８８第３項の規定に基づき本件連結事業年度の連結所得金額の計算上損金の額に算入される金額である。
(ｲ) 寄附金の損金算入額（販売促進費分）（原告に係るもの）（別表１－１㉕欄）■■■■■■■■■
(ｳ) 原材料仕入れの損金算入額（原告に係るもの）（別表１－１㉖欄）■■■■■■■■■■
(ｴ) 租税公課の損金算入額（原告に係るもの）（別表１－１㉗欄）■■■■■■■■
(ｵ) 減価償却超過額の損金算入額（原告に係るもの）（別表１－１㉘欄）■■■■■■■■■
(ｶ) 為替差益のうち益金の額に算入されない金額（原告に係るもの）（別表１－１㉙欄）■■■■■■■■
(ｷ) 為替差損の戻入益のうち益金の額に算入されない金額（原告に係るもの）（別表１－１㉚欄）■■■■■■■
(ｸ) 研究費等の損金算入額（原告の連結子法人に係るもの）（別表１－１㉛欄）■■■■■■■■
(ｹ) 繰延資産償却額の損金算入漏れ額（原告の連結子法人に係るもの）（別表１－１㉜欄）■■■■■■■■■■
(ｺ) 雑支出の損金算入額（原告の連結子法人に係るもの）（別表１－１㉝欄）■■■■■■■■■
(ｻ) 雑損失の損金算入額（原告の連結子法人に係るもの）（別表１－１㉞欄）■■■
(ｼ) 外国子会社から受ける配当等の益金不算入額（原告に係るもの）（別表１－１㉟欄）■■■■■■■■■■■■■■
(ｽ) 国外関連者寄附金の損金不算入額の過大額（原告に係るもの）（別表１－１㊱欄）■■■■■■■■■■■■■
⑵連結所得金額に対する法人税額（別表１－１㊴欄）０円
上記金額は、前記⑴の連結所得金額に対応する法人税額である。⑶法人税額から控除される所得税額等（別表１－１㊶欄）
２２９億５５４６万２９８９円
上記金額は、法人税額から控除される所得税等の額であり、本件連結確定申告書別表一の二（一）に記載された控除税額の計と同額である。⑷納付すべき法人税額（別表１－１㊷欄）△２２９億５５４６万２９８９円上記金額は、前記⑵の金額から前記⑶の金額を減算した金額である。⑸既に納付の確定した法人税額（別表１－１㊸欄）
△２２９億５５４６万２９８９円
上記金額は、本件連結確定申告書別表一の二（一）に記載された「所得税額等の還付金額」である。
⑹差引納付すべき法人税額（別表１－１㊹欄）０円
上記金額は、前記⑷の金額から前記⑸の金額を控除した金額である。⑺翌期へ繰り越す連結欠損金の額３９４９億００７５万６８１８円上記金額は、次のアの金額及びイの金額の合計額である。
ア 前事業年度から繰り越された原告及び原告の連結子法人の各欠損金の額の合計額３４６０億４６００万９６８１円
上記金額は、原告及び原告の連結子法人の平成２７年４月１日から平成２８年３月３１日までの各事業年度（本件連結事業年度の直前の事業年度）から本件連結事業年度に繰り越された各欠損金の額の合計額である。
イ 本件連結事業年度における連結欠損金額
４８８億５４７４万７１３７円
上記金額は、本件連結事業年度における連結欠損金額（前記⑴）である。
２ 本件更正処分の適法性（主位的主張）
被告が主位的に主張する本件連結事業年度の法人税に係る連結所得金額、納付すべき法人税額及び翌期へ繰り越す連結欠損金の額は、それぞれ前記１のとおりであるところ、これらはいずれも本件更正処分における各額と同額かこれを上回るから、本件更正処分は、適法である。
３ 本件更正処分の根拠（予備的主張）
被告が予備的に主張する原告の本件連結事業年度の法人税に係る連結所得金額、納付すべき法人税額及び翌期へ繰り越す連結欠損金の額は、それぞれ次のとおりである。
⑴連結所得金額（別表１－２㊶欄）△７８４億６０３３万２４１５円上記金額は、次のアの金額にイの金額を加算し、ウの金額を減算した金額である。
ア 確定申告における連結所得金額（別表１－２①欄）
△８４８億１９２７万９３１６円
上記金額は、本件連結確定申告書別表一の二（一）に記載された連結所得金額と同額である。
イ 連結所得金額に加算すべき金額（別表１－２㉕欄）
３４９億５８４８万０３５７円
上記金額は、次の(ｱ)の金額及び(ｲ)の金額の合計額である。(ｱ) 有価証券譲渡利益額の益金算入漏れ額（別表１－２②）１１５億８８５４万４０００円
上記金額は、次のａの金額からｂの金額を差し引いた金額であり、被告の予備的主張を前提とした場合に、本件譲渡につき法人税法６１条の２第１項の規定による有価証券譲渡利益額の益金算入漏れ額として、本件連結事業年度の連結所得金額（前記ア）に加算すべき金額である。
ａ 本件譲渡による有価証券の譲渡利益額
３１１３億４３０１万２３４９円
上記金額は、次の⒜の金額のうち⒝の金額を超える部分の金額であり、被告の予備的主張を前提とした場合に、法人税法６１条の２第１項の規定により、本件連結事業年度の連結所得金額の計算上、益金の額に算入されるべき金額である。
⒜本件譲渡に係る対価の額７４８６億７２０４万４０００円
上記金額は、被告の予備的主張を前提とした場合の本件譲渡に係る対価の額６５億１７３０万米ドルのうち、原告がＢ社から受領した金員の額７３７０億８３５０万円に相当する６４億１５００万米ドルを差し引いた額１億０２３０万米ドルを、本件譲渡の日における電信売買相場の仲値（１米ドル当たり１１３．２８円。乙６）を乗じて算出した額１１５億８８５４万４０００円と、上記金員の額の合計額であり、被告の予備的主張を前提とした場合の法人税法６１条の２第１項１号に規定する有価証券の譲渡に係る対価の額である。
⒝本件譲渡に係る原価の額４３７３億２９０３万１６５１円
上記金額は、本件譲渡に係る原価の額（法人税法６１条の２第１項２号）であり、原告が本件確定申告の連結所得金額の計算に当たり、本件譲渡に係る原価の額とした額と同額である。
ｂ 本件確定申告において益金の額に算入された有価証券の譲渡利益額２９９７億５４４６万８３４９円
上記金額は、原告が本件譲渡に係る譲渡利益額であるとして、本件確定申告において連結所得金額の計算上益金の額に算入した金額である。(ｲ) 前記(ｱ)以外の加算金額の合計額（別表１－２③欄）２３３億６９９３万６３５７円
上記金額は、次のａの金額及びｂの金額の合計額であり、有価証券譲渡利益額の益金算入漏れ額（前記(ｱ)）以外の、本件連結事業年度の連結所得金額に加算すべき金額の合計額である。
ａ 前記１⑴イ(ｲ)ａからｎまで及びｐからｓまでの各金額の合計額（別表１－２⑤欄）１１６億２０９０万３３４３円
上記金額は、前記１⑴イ(ｲ)ａからｎまで及びｐからｓまでの各金額の合計額と同額である。
ｂ 国外関連者に対する寄附金の損金不算入額（連結グループ全体計算に係るもの）（別表１－２④欄）１１７億４９０３万３０１４円
上記金額は、次の⒜の金額と⒝の金額の合計額である。
⒜後記ウ(ｱ)の寄附金の額に関するもの
１１５億８８５４万４０００円
上記金額は、被告の予備的主張を前提とした場合に後記ウ(ｱ)のとおり原告が国外関連者であるＢ社に対して支出したと認められる、法人税法３７条７項に規定する寄附金の額であり、措置法６８条の８８第３項の規定により本件連結事業年度の連結所得金額の計算上損金の額に算入されない金額である。
⒝前記⒜以外の寄附金の額に関するもの
１億６０４８万９０１４円
上記金額は、前記１⑴イ(ｲ)ｏ⒝に記載した金額と同額である。
ウ 連結所得金額から減算すべき金額（別表１－２㊵欄）
２８５億９９５３万３４５６円
上記金額は、次の(ｱ)の金額と(ｲ)の金額の合計額である。(ｱ) 寄附金の損金算入額（低廉譲渡分）（原告に係るもの）（別表１－２㉖欄）１１５億８８５４万４０００円
上記金額は、被告の予備的主張を前提とした場合に、原告が、平成２９年３月１６日（本件譲渡の日）に国外関連者であるＢ社に対して支出したと認められる、本件譲渡に係る対価の額７４８６億７２０４万４０００円（前記イ(ｱ)ａ⒜）と、原告が本件譲渡によりＢ社から受領した金員の額（本件譲渡価格）７３７０億８３５０万円との差額であり、Ｂ社に対して実質的に贈与したものと認められ、法人税法３７条１項に規定する寄附金の額に該当することから、措置法６８条の８８第３項の規定に基づき本件連結事業年度の連結所得金額の計算上損金の額に算入される金額である。(ｲ) 前記１⑴ウ(ｲ)から(ｽ)までの各金額の合計額（別表１－２㉗欄）１７０億１０９８万９４５６円
上記金額は、前記１⑴ウ(ｲ)から(ｽ)までの各金額の合計額と同額である。⑵連結所得金額に対する法人税額（別表１－２㊷欄）０円
上記金額は、前記⑴の連結所得金額に対応する法人税額である。⑶法人税額から控除される所得税額等（別表１－２㊹欄）
２２９億５５４６万２９８９円
上記金額は、前記１⑶の金額と同額である。
⑷納付すべき法人税額（別表１－２㊺欄）△２２９億５５４６万２９８９円上記金額は、前記⑵の金額から前記⑶の金額を減算した金額である。⑸既に納付の確定した法人税額（別表１－２㊻欄）
△２２９億５５４６万２９８９円
上記金額は、本件連結確定申告書別表一の二（一）に記載された「所得税額等の還付金額」である。
⑹差引納付すべき法人税額（別表１－２㊼欄）０円
上記金額は、前記⑷の金額から前記⑸の金額を控除した金額である。⑺翌期へ繰り越す連結欠損金の額４２４５億０６３４万２０９６円上記金額は、次のアの金額及びイの金額の合計額である。
ア 前事業年度から繰り越された原告及び原告の連結子法人の各欠損金の額の合計額３４６０億４６００万９６８１円
上記金額は、前記１⑺アの金額と同額である。
イ 本件連結事業年度における連結欠損金額
７８４億６０３３万２４１５円
上記金額は、被告の予備的主張を前提とした場合の、本件連結事業年度における連結欠損金額（前記⑴）である。
４ 本件更正処分の適法性（予備的主張）
被告が予備的に主張する本件連結事業年度の法人税に係る連結所得金額、納付すべき法人税額及び翌期へ繰り越す連結欠損金の額は、それぞれ前記３のとおりであるところ、これらはいずれも本件更正処分における各額と同額であるから、本件更正処分は、適法である。
以上
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/95758/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。