税務訴訟資料第２５８号－２５４（順号１１１１２）
松山地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（大洲税務署長、国税不服審判所長）
平成２０年１２月２４日棄却・控訴
判決
原告Ａ漁業協同組合
同代表者代表理事甲
同訴訟代理人弁護士本田兆司
同桂秀次郎
同秦清
同足立修一
被告国
同代表者法務大臣森英介
処分行政庁大洲税務署長
玉﨑博
裁決行政庁国税不服審判所長
金子順一
被告指定代理人髙橋和貴
同上岡渉
同長濱裕行
同伊東司郎
同小林一秋
同大西耕司
同中島剛志
同岡田知美
同松澤悟
同浪越吉則
同池見融
同河野康
同内藤宜彦
同岡田令
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 大洲税務署長が原告に対して平成１６年６月２５日付けでなした平成１２年４月１日から平成１３年３月３１日までの事業年度の法人税の総所得金額を１億３０６４万０８０９円、過少申告加算税の額を３９６万１０００円、平成１３年４月１日から平成１４年３月３１日までの事業年度の法人税の総所得金額を１億２４１３万３０２４円、過少申告加算税の額を３１８万７０００円、平成１４年４月１日から平成１５年３月３１日までの事業年度の法人税の総所得金額を９６７５万１５３６円、過少申告加算税の額を２５１万４０００円とする各更正処分のうち、総所得金額がそれぞれ７９４万５５４８円、２０６５万６４５７円、１５４０万７１８０円を超える部分並びに各賦課決定処分を取り消す。
２ 国税不服審判所長が、平成１７年６月３０日付けでなした平成１２年４月１日から平成１３年３月３１日までの事業年度、平成１３年４月１日から平成１４年３月３１日までの事業年度、平成１４年４月１日から平成１５年３月３１日までの事業年度の法人税の各更正処分に対する各審査請求の裁決を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、漁業協同組合である原告が、平成１２年４月１日から平成１３年３月３１日までの事業年度（以下「平成１３年３月期」という。）、平成１３年４月１日から平成１４年３月３１日までの事業年度（以下「平成１４年３月期」という。）及び平成１４年４月１日から平成１５年３月３１日までの事業年度（以下「平成１５年３月期」といい、平成１３年３月期ないし平成１５年３月期を併せて「本件各事業年度」という。）の法人税の各確定申告書を各法定申告期限までにそれぞれ提出したところ、大洲税務署長が、原告が本件各事業年度に砂利採取業者や建設業者などの業者（以下「砂利採取業者等」という。）から補償金等の名目で受領した、別紙４の別表①－１ないし３記載の金員（以下「本件漁業協力金等」という。）は原告に帰属するものであり、そのうち雑収入として計上された額を控除した残額は雑収入の計上漏れであることを主な理由として、本件各事業年度における各法人税の更正処分（以下それぞれ「平成１３年３月期更正処分」、「平成１４年３月期更正処分」、「平成１５年３月期更正処分」といい、これらを併せて「本件各更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下それぞれ「平成１３年３月期賦課決定処分」、「平成１４年３月期賦課決定処分」、「平成１５年３月期賦課決定処分」といい、併せて「本件各賦課決定処分」というとともに、本件各更正処分及び本件各賦課決定処分を併せて「本件各処分」という。）を行ったことから、原告が本件各処分及びこれに係る裁決の取消しを求めた事案である。
１ 関係法令等の定め
(1) 法人税法２２条２項
内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする。
(2)ア租税特別措置法関係通達６４(2)－２９（以下「本件通達」という。）
漁業協同組合又は漁業協同組合連合会（以下６４(2)－２９において「組合等」という。）が、その有する共同漁業権、特定区画漁業権又は入漁権（以下６４(2)－２９において「共同漁業権等」という。）の消滅又はその価値の減少（以下６４(2)－２９において「消滅等」という。）により措置法第６４条第１項第７号に掲げる補償金又は対価（以下６４(2)－２９において「補償金等」という。）を取得した場合において、当該補償金等の額の全部又は一部を当該共同漁業権等の範囲内において漁業を営む権利を有する組合員に対して当該権利の消滅等による補償として配分することとしているため、その配分をする日と当該補償金等の交付を受けた日から３年を経過する日とのいずれか早い日まで仮受金として経理しているときは、これを認める。この場合において、当該補償金等の交付を受けた日から３年を経過した日において配分が確定していない金額があるときは、当該金額については、同日において組合等が収用等により取得した補償金等であるものとして措置法第６４条から第６５条の２までの規定を適用する。
イ 租税特別措置法６４条１項７号
国若しくは地方公共団体（その設立に係る団体で政令で定めるものを含む。）が行い、若しくは土地収用法第三条に規定する事業の施行者がその事業の用に供するために行う公有水面埋立法の規定に基づく公有水面の埋立て又は当該施行者が行う当該事業の施行に伴う漁業権、入漁権その他水の利用に関する権利又は鉱業権（租鉱権及び採石権その他土石を採掘し、又は採取する権利を含む。）の消滅（これらの権利の価値の減少を含む。）により、補償金又は対価を取得する場合
(3) 水産業協同組合法７２条
合併後存続する組合又は合併に因って設立した組合は、合併に因って消滅した組合の権利義務（当該組合がその行う事業に関し、行政庁の許可、認可その他の処分に基づいて有する権利義務を含む。）を承継する。
(4) 砂利採取に係る同意に関する諸規定
ア 砂利採取法１６条
砂利採取業者は、砂利の採取を行おうとするときは、当該採取に係る砂利採取場ごとに採取計画を定め、当該砂利採取場の所在地を管轄する都道府県知事（当該砂利採取場の区域の全部又は一部が河川区域等（河川法（昭和三十九年法律第百六十七号）第六条第一項に規定する河川区域（同法第五十八条の二第一項の規定により指定されたものを含む。）、同法第五十四条第一項に規定する河川保全区域及び同法第五十八条の三第一項に規定する河川保全立体区域をいう。以下同じ。）の区域内にあるときは、当該河川区域等に係る同法第七条に規定する河川管理者（同法第九条第二項若しくは第五項、第十一条第三項又は第九十八条の規定により、同法第二十六条第一項及び第二十七条第一項若しくは第五十五条第一項及び第五十八条の四第一項の規定に基づく権限に属する事務を行い、その権限を代わって行い、又はその権限の委任を受けた者があるときは、その者。以下「河川管理者」という。））の認可を受けなければならない。
イ 砂利採取法１９条
都道府県知事又は河川管理者は、第十六条の認可の申請があつた場合において、当該申請に係る採取計画に基づいて行なう砂利の採取が他人に危害を及ぼし、公共の用に供する施設を損傷し、又は他の産業の利益を損じ、公共の福祉に反すると認めるときは、同条の認可をしてはならない。
ウ 愛媛県海砂利採取認可要綱６条
海砂利の採取計画の認可基準は、次のとおりとする。
(3) 次の関係者の同意を得ているものであること。
ウ 関係漁業協同組合の同意
エ 愛媛県漁業調整規則４５条
第１項漁業権の設定されている漁場内において岩礁を破砕し、又は土砂若しくは岩石を採取しようとする者は、知事の許可を受けなければならない。第２項前項の規定により許可を受けようとする者は、様式第１１号による申請書に当該漁場に係る漁業権を有する者の同意書を添え、知事に提出しなければならない。
２ 争いのない事実等
(1) 当事者等
原告は、愛媛県大洲市に所在する漁業協同組合であり、昭和３７年１２月１日にＡ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ及びＧの各漁業協同組合（以下それぞれ「旧Ａ漁業協同組合」、「旧Ｂ漁業協同組合」、「旧Ｃ漁業協同組合」、「旧Ｄ漁業協同組合」、「旧Ｅ漁業協同組合」、「旧Ｆ漁業協同組合」、「旧Ｇ漁業協同組合」といい、これらを併せて「各旧漁業協同組合」というとともに、各旧漁業協同組合の地区を、以下それぞれ「Ａ地区」、「Ｂ地区」、「Ｃ地区」、「Ｄ地区」、「Ｅ地区」、「Ｆ地区」、「Ｇ地区」という。）の合併により新設された（乙３の１ないし３の４）。原告は、水産業協同組合法７２条の規定により、上記各漁業協同組合の権利義務を承継したことにより、漁業法６条２項に規定する共同漁業権を有している。原告の組合員は、同法８条１項の規定に基づき、原告が定めた共同漁業権行使規則による漁業を営む権利を有している。
(2) 平成１３年３月期更正処分及び同賦課決定処分の経緯等
ア 平成１３年３月期更正処分及び同賦課決定処分の経緯
原告は、大洲税務署長に対し、平成１３年３月期について、所得金額７９４万５５４８円、納付すべき法人税額１５８万３１００円とする法人税の確定申告書（乙１４。以下「平成１３年３月期確定申告書」という。）を法定申告期限までに提出した。
大洲税務署長は、原告の平成１３年３月期の法人税についての確定申告に対し、下記イのとおり、法人税額の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分を行った（甲１５）。
イ 平成１３年３月期更正処分及び同賦課決定処分の根拠
(ア) 所得金額
１億３０６４万０８０９円
（内訳）
ａ 申告所得金額
７９４万５５４８円
ｂ 雑収入の計上漏れ額
１億２３１５万１１１８円
上記金額は、別紙３の平成１３年３月期についての①ないし⑥、⑧ないし⑩及び⑫ないし⑰欄の各金額の合計額であり、いずれも原告の雑収入として計上すべきものと認められることから、雑収入の計上漏れ額として所得金額に加算されるべきである。
なお、④及び⑭ないし⑰については、原告の雑収入として計上されるべきことについて当事者間に争いがない。
各雑収入の詳細は、別紙４の各別表の記載のとおりであるが、同各別表に記載された客観的事実及び金額については当事者間に争いがない。
ｃ 指導事業支出の過大計上額
４９万９５８０円
原告が、平成１２年１２月７日に指導事業支出として計上した５０万円は、原告に帰属すると認められる別紙８⑦記載のＧ組合代表乙名義普通預金への資金移動であるから、支払手数料４２０円を控除した４９万９５８０円は、損金の額に算入されず、原告の所得金額に加算されるべき金額である。
なお、上記金額については、原告の雑収入として計上されるべきことについて当事者間に争いがない。
ｄ 受取利息の計上漏れ額
１万５５１４円
上記金額は、原告に帰属すると認められる別紙８の預貯金の利息収入額であり、受取利息計上漏れとして所得金額に加算されるべき金額である。
上記金額の詳細は、別紙５の別表⑱－１記載のとおりであり、同別表に記載された客観的事実及び金額については当事者間に争いがない。
ｅ 寄附金の損金不算入額
１億１８１４万６０７３円
上記金額は、後記ｇの寄附金の計上漏れ額を申告済みの寄附金額に加算したものが、法人税法３７条（平成１４年７月３日法律第７９号による改正前のもの）及び同法施行令７３条（平成１４年３月３１日政令第１０４号による改正前のもの）の規定に基づき算出される損金算入限度額を超える金額であり、所得金額に加算されるべき金額である。
ｆ 欠損金の過大控除額
１３７万９８３２円
上記金額は、原告が、平成１３年３月期確定申告書において繰越欠損金の当期控除額として所得金額から減算していたものであるが、平成１０年４月１日から平成１１年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分（平成１３年３月９日付け）により、同事業年度の欠損金が０円とされ、これに伴い上記欠損金控除額も過大となることから、所得金額に加算されるべき金額である。
なお、原告は、異議申立て、審査請求及び本訴において、当該加算については争っていない。
ｇ 寄附金の計上漏れ額
１億１９７２万円
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2008/pdf/11112.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。