税務訴訟資料第２５９号－１９（順号１１１３２）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号、第●●号青色申告承認取消処分等取消請求事件
国側当事者・国（相模原税務署長）
平成２１年１月３０日棄却・控訴
判決
第１事件原告株式会社Ａ
代表者代表取締役甲
第２事件原告Ｂ株式会社
代表者代表取締役乙
上記２名訴訟代理人弁護士松本素彦
竹中啓介
小谷馨
補佐人税理士久保田弘
全事件被告国
代表者法務大臣森英介
全事件処分行政庁相模原税務署長
白木昇
指定代理人坂本隆一
沼田渉
飯塚篤
勇宏一郎
古瀬英則
中村秀利
緒方砂保
主文
１ 原告らの請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告らの負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 第１事件
(1) 相模原税務署長が原告株式会社Ａに対して平成１４年１２月６日付けでした同７年４月１日から同８年３月３１日までの事業年度以後の法人税の青色申告承認取消処分を取り消す。
(2) 相模原税務署長が原告株式会社Ａに対して平成１５年２月２５日付けでした、
ア 平成７年４月１日から同８年３月３１日までの事業年度の法人税の更正のうち、所得金額４６万０３００円、納付すべき税額１０万８６００円を超える部分及び重加算税賦課決定
イ 平成８年４月１日から同９年３月３１日までの事業年度の法人税の更正（ただし、同１７年５月１８日付け裁決により一部取り消された後のもの）のうち、所得金額３８５４万１７６６円、納付すべき税額１４３４万６２００円を超える部分、過少申告加算税賦課決定及び重加算税賦課決定（ただし、同日付け裁決により一部取り消された後のもの）
ウ 平成９年４月１日から同１０年３月３１日までの事業年度の法人税の更正（ただし、同１７年５月１８日付け裁決により一部取り消された後のもの）のうち、所得金額５７５１万９３９４円、納付すべき税額２１９２万４０００円を超える部分、過少申告加算税賦課決定及び重加算税賦課決定（ただし同日付け裁決により一部取り消された後のもの）
エ 平成１０年４月１日から同１１年３月３１日までの事業年度の法人税の更正のうち、所得金額４４０７万１２１６円、納付すべき税額１５４３万１４００円を超える部分及び重加算税賦課決定（ただし、いずれも同１７年５月１８日付け裁決により一部取り消された後のもの）
オ 平成１１年４月１日から同１２年３月３１日までの事業年度の法人税の更正（ただし、同１７年５月１８日付け裁決により一部取り消された後のもの）のうち、所得金額１０２５万４４２８円、納付すべき税額２４３万１２００円を超える部分、過少申告加算税賦課決定及び重加算税賦課決定（ただし、同日付け裁決により一部取り消された後のもの）
カ 平成１２年４月１日から同１３年３月３１日までの事業年度の法人税の更正（ただし、同１７年５月１８日付け裁決により一部取り消された後のもの）のうち、所得金２３１３万２９２３円、納付すべき税額６３０万９１００円を超える部分、過少申告加算税賦課決定及び重加算税賦課決定（ただし、同日付け裁決により一部取り消された後のもの）
をいずれも取り消す。
２ 第２事件
(1) 相模原税務署長が原告Ｂ株式会社に対して平成１４年１２月６日付けでした同７年１０月１日から同８年９月３０日までの事業年度以後の法人税の青色申告承認取消処分を取り消す。
(2) 相模原税務署長が原告Ｂ株式会社に対して平成１５年２月２５日付けでした、
ア 平成７年１０月１日から同８年９月３０日までの事業年度の法人税の更正のうち、所得金額１億２１３７万２１８９円、納付すべき税額４６１２万１５００円を超える部分及び重加算税賦課決定（ただし、いずれも同１７年５月１８日付け裁決により一部取り消された後のもの）
イ 平成８年１０月１日から同９年９月３０日までの事業年度の法人税の更正のうち、所得金額１億６７６７万１８００円、納付すべき税額６５５０万７９００円を超える部分及び重加算税賦課決定（ただし、いずれも同１７年５月１８日付け裁決により一部取り消された後のもの）
ウ 平成９年１０月１日から同１０年９月３０日までの事業年度の法人税の更正のうち、所得金額２億２９１１万３８６０円、納付すべき税額９０３７万３７００円を超える部分及び重加算税賦課決定（ただし、いずれも同１７年５月１８日付け裁決により一部取り消された後のもの）
エ 平成１０年１０月１日から同１１年９月３０日までの事業年度の法人税の更正のうち、所得金額２億００４４万８８４３円、納付すべき税額７３４８万５１００円を超える部分及び重加算税賦課決定（ただし、いずれも同１７年５月１８日付け裁決により一部取り消された後のもの）
オ 平成１１年１０月１日から同１２年９月３０日までの事業年度の法人税の更正のうち、所得金額１億７３６０万１１５９円、納付すべき税額５７１０万４０００円を超える部分及び重加算税賦課決定（ただし、いずれも同１７年５月１８日付け裁決により一部取り消された後のもの）
をいずれも取り消す。
(3) 相模原税務署長が原告Ｂ株式会社に対して平成１５年２月２５日付けでした、
ア 平成７年１０月１日から同８年９月３０日までの課税期間の消費税の更正のうち、納付すべき税額３５９万８３００円を超える部分及び重加算税賦課決定（ただし、同１５年２月２７日付け重加算税の変更決定により一部取り消された後のもの）
イ 平成８年１０月１日から同９年９月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正のうち消費税の納付すべき税額４３２万７３００円を超える部分及び地方消費税の還付すべき譲渡割額１９８万５２９１円を下回る部分並びに重加算税賦課決定
ウ 平成９年１０月１日から同１０年９月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正のうち消費税の納付すべき税額１４７６万８１００円を超える部分及び地方消費税の納付すべき譲渡割額３７０万１８００円を超える部分並びに重加算税賦課決定
エ 平成１０年１０月１日から同１１年９月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正のうち消費税の納付すべき税額８００万５８００円を超える部分及び地方消費税の納付すべき譲渡割額２０１万１２００円を超える部分並びに重加算税賦課決定
オ 平成１１年１０月１日から同１２年９月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正のうち消費税の納付すべき税額７０１万４２００円を超える部分及び地方消費税の納付すべき譲渡割額１７６万０４００円を超える部分並びに重加算税賦課決定
をいずれも取り消す。
(4) 相模原税務署長が原告Ｂ株式会社に対して平成１５年２月２５日付けでした、
ア 平成９年７月から同年１２月までの各月分の源泉徴収に係る所得税の各納税告知処分及び重加算税賦課決定
イ 平成１０年７月から同年１２月までの各月分の源泉徴収に係る所得税の各納税告知処分及び重加算税賦課決定
ウ 平成１１年１月から同年６月までの各月分の源泉徴収に係る所得税の各納税告知処分及び重加算税賦課決定
エ 平成１１年７月から同年１２月までの各月分の源泉徴収に係る所得税の各納税告知処分及び重加算税賦課決定
オ 平成１２年１月から同年６月までの各月分の源泉徴収に係る所得税の各納税告知処分及び重加算税賦課決定
カ 平成１２年７月から同年１１月までの各月分の源泉徴収に係る所得税の各納税告知処分及び重加算税賦課決定
をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
１(1) 第１事件は、原告株式会社Ａ（以下「原告Ａ」という。）が、①丙（以下「丙」という。）に係る給料手当及び賞与、②丁（以下「丁」という。）に係る役員報酬、③有限会社Ｃ（以下「Ｃ」という。）に係る主要材料費並びに④乙（以下「乙」という。）に係る賞与について、いずれも損金の額に算入して法人税の確定申告をしたのに対し、相模原税務署長から、上記①が架空のものであるとして、法人税の青色申告承認取消処分を受け、また、上記①から③までがいずれも架空のものであり、上記④が損金の額に算入できないものであるなどとして、法人税の更正、過少申告加算税賦課決定及び重加算税賦課決定を受けたことから、被告に対し、上記各処分の取消しを求める事案である。
(2) 第２事件は、原告Ｂ株式会社（以下「原告Ｂ」といい、原告Ａと併せて「原告ら」という。）が、①丙こと丙（以下「丙」という。）に係る外注加工費及び土地取得経費、②戊（以下「戊」という。）に係る役員報酬及び給与並びにＤ（以下「Ｄ」という。）に係る役員報酬、③原告Ａに係る建物・材料仕入、④Ｅ及びＦに対する立ち退き料について、いずれも損金の額に算入して法人税の確定申告をし、また、上記①及び③について、これらに係る消費税をいずれも控除対象仕入税額に算入して消費税の確定申告をしたのに対し、相模原税務署長から、上記①が架空のものであるとして、法人税の青色申告承認取消処分を受け、また、上記①から④までがいずれも架空のものであるなどとして、法人税の更正、消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の更正、源泉徴収に係る所得税の納税告知処分並びに重加算税賦課決定を受けたことから、被告に対し、上記各処分の取消しを求める事案である。
２ 関係法令等の定め
(1) 平成１８年法律第１０号による改正前の国税通則法６８条３項
前条第１項の規定に該当する場合（同項ただし書又は同条第２項の規定の適用がある場合を除く。）において、納税者が事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装し、その隠ぺいし、又は仮装したところに基づきその国税をその法定納期限までに納付しなかつたときは、税務署長は、当該納税者から、不納付加算税の額の計算の基礎となるべき税額（その税額の計算の基礎となるべき事実で隠ぺいし、又は仮装されていないものに基づくことが明らかであるものがあるときは、当該隠ぺいし、又は仮装されていない事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除した税額）に係る不納付加算税に代え、当該基礎となるべき税額に１００分の３５の割合を乗じて計算した金額に相当する重加算税を徴収する。
(2) 平成１４年法律第４５号による改正前の法人税法２条１５号
役員法人の取締役、監査役、理事、監事及び清算人並びにこれら以外の者で法人の経営に従事している者のうち政令で定めるものをいう。
(3) 平成１８年法律第１０号による改正前の法人税法３４条
ア １項
内国法人がその役員に対して支給する報酬の額（次項の規定の適用があるものを除く。）のうち不相当に高額な部分の金額として政令で定める金額は、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない。
イ ３項
前２項に規定する報酬とは、役員に対する給与（債務の免除による利益その他の経済的な利益を含む。）のうち、次条第４項に規定する賞与及び退職給与以外のものをいう。
(4) 平成１８年法律第１０号による改正前の法人税法３５条
ア １項
内国法人がその役員に対して支給する賞与の額は、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない。
イ ４項
前３項に規定する賞与とは、役員又は使用人に対する臨時的な給与（債務の免除による利益その他の経済的な利益を含む。）のうち、他に定期の給与を受けていない者に対し継続して毎年所定の時期に定額（利益に一定の割合を乗ずる方法により算定されることとなつているものを除く。）を支給する旨の定めに基づいて支給されるもの及び退職給与以外のものをいう。
(5) 平成１２年法律第９７号による改正前の法人税法１２７条１項
第１２１条第１項（青色申告）の承認を受けた内国法人につき次の各号の一に該当する事実がある場合には、納税地の所轄税務署長は、当該各号に掲げる事業年度までさかのぼつて、その承認を取り消すことができる。この場合において、その取消しがあつたときは、当該事業年度開始の日以後その内国法人が提出したその承認に係る青色申告書（納付すべき義務が同日前に成立した法人税に係るものを除く。）は、青色申告書以外の申告書とみなす。
１号及び２号（略）
３ その事業年度に係る帳簿書類に取引の全部又は一部を隠ぺいし又は仮装して記載し、その他その記載事項の全体についてその真実性を疑うに足りる相当の理由があること。当該事業年度
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2009/pdf/11132.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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