税務訴訟資料第２５９号－７８（順号１１１９１）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消請求事件
国側当事者・国（東京上野税務署長）
平成２１年４月２８日棄却・控訴
判決
原告Ａ株式会社
代表者代表取締役甲
訴訟代理人弁護士小田修司
同篠連
同渡辺潤
補佐人税理士志茂坂康史
被告国
代表者法務大臣森英介
処分行政庁東京上野税務署長
若林俊六
指定代理人遠藤伸子
同雨宮恒夫
同沼田渉
同小林正樹
同米本邦典
同牧迫洋行
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は、原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 処分行政庁が原告に対し平成１７年６月２９日付けでした、原告の平成１０年６月１日から平成１１年５月３１日までの事業年度（以下「平成１１年５月期」という。）の法人税の更正処分（以下「本件更正処分１」という。）のうち、所得金額マイナス１１億４５９１万８５７０円を超える部分及び翌期へ繰り越す欠損金額１１億５３５５万０３７１円を超えない部分を取り消す。
２ 処分行政庁が原告に対し平成１７年６月２９日付けでした、原告の平成１１年６月１日から平成１２年５月３１日までの事業年度（以下「平成１２年５月期」という。）の法人税の更正処分（以下「本件更正処分２」という。）のうち、翌期へ繰り越す欠損金額９億３１７４万１９６５円を超えない部分を取り消す。
３ 処分行政庁が原告に対し平成１７年６月２９日付けでした、原告の平成１２年６月１日から平成１３年５月３１日までの事業年度（以下「平成１３年５月期」という。）の法人税の更正処分（以下「本件更正処分３」という。）のうち、翌期へ繰り越す欠損金額５億９６８３万７３９４円を超えない部分を取り消す。
４ 処分行政庁が原告に対し平成１７年６月２９日付けでした、原告の平成１４年６月１日から平成１５年５月３１日までの事業年度（以下「平成１５年５月期」という。）の法人税の更正処分（以下「本件更正処分４」という。）並びに過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件過少申告加算税賦課決定処分１」という。）及び重加算税の賦課決定処分（以下「本件重加算税賦課決定処分」という。）のうち、更正については所得金額１億７３３６万８０９０円、納付すべき税額５１９４万３６００円を超える部分、各賦課決定については全部を取り消す。
５ 処分行政庁が原告に対し平成１７年６月２９日付けでした、原告の平成１５年６月１日から平成１６年５月３１日までの事業年度（以下「平成１６年５月期」という。）の法人税の更正処分（以下「本件更正処分５」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件過少申告加算税賦課決定処分２」という。）のうち、更正については所得金額３億９９６２万６７４４円、納付すべき税額１億２８２３万３７００円を超える部分、賦課決定については全部を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、平成１１年５月期、平成１２年５月期、平成１３年５月期、平成１５年５月期及び平成１６年５月期の各法人税につき各確定申告をしたところ、処分行政庁から、平成１７年６月２９日付けで、①平成１１年５月期、平成１２年５月期及び平成１３年５月期について、法人税法３４条２項に該当する役員報酬の仮装経理があったとして、本件更正処分１ないし３を受け、②平成１５年５月期について、(a)関連会社からの債権の現物出資及び同社への新株発行による同社に対する債務の株式への転化（ＤＥＳ）につき混同による債務消滅益の計上漏れがあり、(b)上記の仮装経理等のため欠損金額の繰越額が過大であるとして、本件更正処分４を受けるとともに、本件過少申告加算税賦課決定処分１及び本件重加算税賦課決定処分を受け、③平成１６年５月期について、他の関連会社の債権を対価とする同社への自己株式の譲渡につき混同による債務消滅益の計上漏れがある等として、本件更正処分５を受けるとともに、本件過少申告加算税賦課決定処分２を受けたため、上記①ないし③の各認定は誤りであり、本件更正処分１ないし５（以下「本件各更正処分」という。）並びに本件過少申告加算税賦課決定処分１及び２並びに本件重加算処分（以下「本件各賦課決定処分」という。）はいずれも違法であるとして、本件各更正処分及び本件各賦課決定処分のうち、更正については確定申告に係る所得金額・納付すべき税額を超える部分又は確定申告に係る翌期へ繰り越す欠損金額を超えない部分、各賦課決定については全部の各取消しを求めている事案である。
なお、上記②の「ＤＥＳ」とは、株式会社の債務（株式会社に対する債権）を株式に転化するいわゆるデット・エクイテイ・スワップ（ＤｅｂｔＥｑｕｉｔｙＳｗａｐ）の略称である。
１ 関係法令等の定め
(1) 所得の金額の計算及び損金不算入
ア 法人税法（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）２２条１項内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする。
イ 法人税法３４条２項
内国法人が、事実を隠ぺいし、又は仮装して経理をすることによりその役員に対して支給する報酬の額は、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない。
(2) 益金算入の対象取引
ア 法人税法２２条２項
内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする。
イ 法人税法２２条５項
上記アに規定する「資本等取引」とは、法人の資本等の金額の増加又は減少を生ずる取引及び法人が行う利益又は剰余金の分配（商法（平成１７年法律第８７号による改正前のもの。以下「旧商法」という。）２９３条ノ５第１項（中間配当）又は資産の流動化に関する法律１０２条１項（中間配当）に規定する金銭の分配その他これに類する金銭の分配として政令で定めるものを含む。）をいう。
ウ 法人税法２条１６号
資本等の金額とは、法人の資本の金額又は出資金額と資本積立金額との合計額をいう。
(3) 現物出資と資本積立金額
ア 現物出資法人・被現物出資法人及び適格現物出資
(ア) 法人税法２条（定義）１２号の４
「現物出資法人」とは、現物出資によりその有する資産の移転を行い、又はこれと併せてその有する負債の移転を行った法人をいう。
(イ) 同条１２号の５
「被現物出資法人」とは、現物出資により現物出資法人から資産の移転を受け、又はこれと併せて負債の移転を受けた法人をいう。
(ウ) 同条１２号の１４イ等
「適格現物出資」とは、その現物出資に係る現物出資法人と被現物出資法人との間にいずれか一方の法人が他方の法人の発行済株式等の全部を直接又は間接に保有する関係その他の政令で定める関係がある場合の当該現物出資をいう。
(エ) 法人税法施行令（平成１８年政令第１２５号による改正前のもの。以下同じ。）４条の２第８項
上記(ウ)に規定する「政令で定める関係」は、次に掲げるいずれかの関係とする。
① 略（１号）
② 現物出資前に当該現物出資に係る現物出資法人と被現物出資法人（略）との間に同一の者（当該者が個人であるときは、当該個人及びこれと４条１項に規定する特殊の関係のある個人）によってそれぞれの法人の発行済株式等の全部を直接又は間接に保有される関係（以下この号において「同一者による完全支配関係」という。）があり、かつ、当該現物出資後に当該現物出資法人と被現物出資法人との間に同一者による完全支配関係が継続すること（略）が見込まれている場合（略）における当該現物出資法人と被現物出資法人との間の関係（２号）
(オ) 法人税法施行令４条１項
法人税法２条１０号（同族会社の意義）に規定する政令で定める「特殊の関係のある個人」（上記(エ)括弧書参照）は、次に掲げる者とする。
① 株主等の親族（１号）
② 株主等と婚姻の届出をしていないが事実上婚姻関係と同様の事情にある者（２号）
③ 株主等（個人である株主等に限る。次号において同じ。）の使用人（３号）
④ 前三号に掲げる者以外の者で株主等から受ける金銭その他の資産によって生計を維持しているもの（４号）
⑤ 前三号に掲げる者と生計を一にするこれらの者の親族（５号）
イ 適格現物出資による資産等の帳簿価額による譲渡
(ア) 法人税法６２条の４第１項
内国法人が適格現物出資により被現物出資法人にその有する資産の移転をし、又はこれと併せてその有する負債の移転をしたときは、当該被現物出資法人に当該移転をした資産及び負債の当該適格現物出資の直前の帳簿価額による譲渡をしたものとして、当該内国法人の各事業年度の所得の金額を計算する。
(イ) 法人税法施行令１２３条の５
法人税法６２条の４第１項（適格現物出資による資産等の帳簿価額による譲渡）に規定するときにおいては、同項の被現物出資法人の同項に規定する資産及び負債の取得価額は、同項に規定する帳簿価額に相当する金額（その取得のために要した費用がある場合には、その費用の額を加算した金額）とする。
ウ 資本積立金額
(ア) 法人税法２条１７号柱書
資本積立金額は、法人（連結申告法人を除く。）のイからワまでに掲げる金額の合計額から当該法人のカからムまでに掲げる金額の合計額を減算した金額をいう。
(イ) 同号ロ
自己の株式を譲渡した場合（略）における譲渡対価の額（略）から当該自己の株式の当該譲渡の直前の帳簿価額を減算した金額
(ウ) 同号ト
適格現物出資により移転を受けた資産の現物出資法人の当該移転の直前の帳簿価額（略）から当該適格現物出資により増加した資本の金額（略）を減算した金額
(4) 更正並びに過少申告加算税及び重加算税
ア 国税通則法７０条５項（更正）
偽りその他不正の行為によりその全部若しくは一部の税額を免れ、若しくはその全部若しくは一部の税額の還付を受けた国税（当該国税に係る加算税及び過怠税を含む。）についての更正決定等又は偽りその他不正の行為により当該課税期間において生じた純損失等の金額が過大にあるものとする納税申告書を提出していた場合における当該申告書に記載された当該純損失等の金額（当該金額に関し更正があった場合には、当該更正後の金額）についての更正は、前各項の規定にかかわらず、次の各号に掲げる更正決定等の区分に応じ、当該各号に定める期限又は日から７年を経過する日まで、することができる（各号略）。
イ 国税通則法６５条（過少申告加算税）
(ア) 期限内申告書（略）が提出された場合（略）において、修正申告書の提出又は更正があったときは、当該納税者に対し、その修正申告又は更正に基づき３５条２項（略）の規定により納付すべき税額に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課する（１項）。
(イ) 前項の規定に該当する場合において、同項に規定する納付すべき税額（略）がその国税に係る期限内申告税額に相当する金額と５０万円とのいずれか多い金額を超えるときは、同項の過少申告加算税の額は、同項の規定にかかわらず、同項の規定により計算した金額に、当該超える部分に相当する税額（略）に１００分の５の割合を乗じて計算した金額を加算した金額とする（２項）。
ウ 国税通則法６８条１項（重加算税）
６５条１項（過少申告加算税）の規定に該当する場合（同条５項の規定の適用がある場合を除く。）において、納税者がその国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装し、その隠ぺいし、又は仮装したところに基づき納税申告書を提出していたときは、当該納税者に対し、政令で定めるところにより、過少申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額（その税額の計算の基礎となるべき事実で隠ぺいし、又は仮装されていないものに基づくことが明らかであるものがあるときは、当該隠ぺいし、又は仮装されていない事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除した税額）に係る過少申告加算税に代え、当該基礎となるべき税額に１００の３５の割合を乗じて計算した金額に相当する重加算税を課する。
２ 前提事実（争いがない事実、顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
(1) 当事者等
ア 原告は、自動ドアーの製作、販売、工事及び保守管理、エレベーター・エスカレーター・ダムウエーター・リフト等の製作、販売、工事及び保守管理を目的とする昭和４５年１１月２７日に設立された株式会社である。（乙１の１・２）
イ Ｂ株式会社（以下「Ｂ」という。）は、建築工事の設計、施工、管理及び請負、電気、給排水設備の保守管理及び工事等を目的とする平成７年１１月１日に設立された法人であり、発行済株式のすべてを原告が保有していたが、平成１５年４月２５日、原告に吸収合併された。（甲７、乙３、４の１ないし６）
ウ 原告の代表取締役である甲（以下「甲」という。）は、平成１１年５月３１日から平成１３年５月３１日までの間、原告の発行済株式のすべてを保有していたが、その後変動があり、平成１５年２月２８日当時、原告の発行済株式の約５６％に当たる５０万株を甲が保有し、約４４％に当たる４０万株を有限会社Ｃ（以下「Ｃ」という。）が保有していた。Ｃの代表者取締役も甲が務めていた。（甲７、乙１の１・２、同２の１ないし３、同２１）
エ Ｃは、平成１４年３月１２日、Ｂから会社分割により設立された法人である。原告は、Ｂの出資の全持分を有していたが、同月３１日、有限会社Ｄ（以下「Ｄ」という。）に対し、その出資の全持分を譲渡した。（甲７、乙２１、２３）
オ Ｄは、平成１４年２月６日設立された法人であり、平成１５年２月２８日当時、甲がその出資の６０％の持分を、甲の長女（乙。以下「甲の長女」という。）がその出資の４０％の持分をそれぞれ保有していた。Ｄの代表者取締役も甲が務めていた。（甲７、乙２３、２４の１・２）
カ Ｅ株式会社（以下「Ｅ」という。）は、温泉の開発等を目的として平成９年１２月２日に設立された法人であり、甲が代表者取締役を務め、その発行済株式の全部をＣが所有していた。（乙３４、３５）
キ Ｆ株式会社（以下「Ｆ」という。）は、エレベーター等の製作、販売、工事及び保守管理等を目的として昭和５０年９月９日に設立された法人であり、平成１８年５月２２日に原告と合併して解散するまで、甲が代表取締役を務めていた。（乙３６）
ク 原告の代表取締役は、平成２０年２月２５日現在、甲、丙、丁、戊の４人である。甲の実兄であるＧ（以下「Ｇ」という。）は、平成６年７月２９日から平成８年７月３１日までの間、平成９年１月１４日から平成１０年１月１９日までの間、同年７月３０日から平成１１年４月２６日までの間、平成１３年８月１６日から平成１８年１２月３１日までの間、原告の取締役であった。（乙１の１・２、同２の１ないし３）
(2) 平成１１年５月期、平成１２年５月期及び平成１３年５月期
ア Ｇは、原告の使用人兼役員であったが、Ｂの設立時（平成７年１１月１日）から同社に出向し、平成９年１月１４日から平成１０年１月１９日まで及び同年７月３１日から平成１５年４月２５日（同社が原告と合併して解散した日）まで同社の代表取締役の地位にあった。（甲２７、乙３、８）
イ 原告は、原告の従業員及び原告からＢに出向していた従業員に対する給与手当について、原告において一括して支給し、これらの給与手当につき所得税の源泉徴収を行った上、Ｂへの出向者に対する給与手当を給与勘定から控除して同社に対する貸付金に振り替える経理処理をしていた。（甲７、乙５の１ないし２６、同６の１ないし２８、同７）
ウ Ｂは、上記イにより貸付金に振り替えられた金額について、原告の請求を受けて、原告に対してこれを支払って精算していた。（甲７）
エ 原告からＢに出向していた従業員に対する給与手当には、原告がＧに支給したとする平成１０年６月分ないし平成１２年８月分の給与手当の金額が含まれていた。（乙５の１ないし２６、乙６の１ないし２８）
オ 原告は、Ｇに対し、平成１０年６月から平成１１年５月までの間、毎月基本給として１７１万３０００円を、平成１１年６月から平成１２年８月までの間、毎月、基本給として１０６万３０００円及び特別手当として７０万円を、平成１２年９月に基本給として１０６万３０００円を、それぞれ支給した。（乙６の１ないし２８）
(3) 平成１５年５月期
ア Ｈ株式会社（以下「Ｈ」という。）は、原告に対し、平成２年４月２７日、同年７月２５日及び同年１０月２９日、それぞれ１億円、１億円及び３億円を貸し付けた。（甲７ないし９）
イ Ｈは、平成１４年３月４日、上記アの債権（以下「本件貸付債権」という。）を有限会社Ｉに対し譲渡し、同社は、同月１２日、本件貸付債権をＪ銀行に譲渡した。（甲７、９、乙１５）
ウ Ｊ銀行とＣは、平成１４年１１月７日付け債権譲渡契約を締結し、Ｊ銀行は、Ｃに対し、本件貸付債権（元本残高４億３０４４万２４３５円）を代金１億６２００万円で譲渡した。（甲７）
エ 原告とＣは、原告が普通株式８０万株（１株の発行価額５３８円（資本に組み入れない額２８円））を発行し、Ｃが本件貸付債権のうち４億３０４０万円の債権を現物出資することによりこの新株を引き受けることを合意し、原告において、この新株発行（以下「本件新株発行」という。）及び平成１５年２月２８日を払込期日とする現物出資（以下「本件現物出資」という。）に伴い、同年３月１日付けで８０万株のＣへの第三者割当てによる増資（以下「本件増資」という。）が行われた。（甲７、乙１の２、同１６ないし１８）
オ 原告は、上記エの本件現物出資を受けるに当たり、旧商法２８０条の８第１項に基づき、東京地方裁判所に検査役の選任を請求し、同裁判所から選任された検査役は、平成１５年１月２８日付けで同裁判所に対し調査報告書を提出し、現物出資を行う法人（Ｃ）の存在及び現物出資の目的である本件貸付債権の存在が認められ、その目的の価額は額面どおり４億３０４０万円を下らないので、これに対して１株の発行価額を５３８円とする新株発行会社（原告）の株式８０万株を割り当てることは妥当である旨の報告をした。（甲９）
カ 原告は、上記エの一連の行為により、原告に移転した本件貸付債権のうち４億３０４０万円の債権及びこれに対応する債務が消滅し、８０万株の新株が発行され（以下、本件貸付債権の移転及びこれに対応する債務の消滅並びに本件新株発行により原告の債務が株式に転化したこれらの一連の行為ないし過程を「本件ＤＥＳ」という。）、本件貸付債権のうち残金４万２４３５円はＣから免除を受けたとして、平成１５年３月３日付けで、長期借入金勘定を４億３０４４万２４３５円減少させるとともに資本金勘定を４億円、資本準備金勘定を３０４４万円、雑収入勘定を４万２４３５円増加させる経理処理を行った。（甲７、乙２０）
(4) 平成１６年５月期
ア 株式会社Ｋ銀行（当時の商号。以下「Ｋ銀行」という。）は、平成２年１１月３０日、原告に対し、手形貸付けにより１５億円を貸し付けた。（甲７）
イ Ｋ銀行は、平成１４年１月３０日、Ｊ銀行に対し、上記アの手形貸付けにより生じた債権及びこれに係る未収利息債権（以下「本件利息債権」という。）を譲渡した。（甲７）
ウ 原告は、平成１６年１月８日及び同月１３日、Ｆに対し、合計２億２５００万円を貸し付けた。（乙２５）
エ Ｆは、平成１６年１月１４日、Ｅに対し、２億６０００万円を貸し付けた。（乙２６）
オ Ｊ銀行は、Ｅに対し、平成１６年１月２６日、本件利息債権（残高４億６９３１万０５００円）を２億５６６３万２７５６円で譲渡した。（甲７、乙２７）
カ 原告は、平成１６年４月６日、Ｅに対し、本件利息債権の弁済として１億４４６１万０５００円を支払った。このため、この時点における本件利息債権の残高は、３億２４７０万円となった。（乙２８）
キ 原告は、平成１６年４月３０日、自己株式３４万株（帳簿価額３億２４７０万円。以下「本件自己株式」という。）をＥに譲渡し、その対価として、本件利息債権（残高３億２４７０万円）を取得した（乙３２、３３）
(5) 本訴の提起に至る経緯等
ア 原告は、平成１１年５月期、平成１２年５月期、平成１３年５月期、平成１５年５月期及び平成１６年５月期の法人税につき、別紙３「法人税の更正処分等の経緯」の別表１－１ないし１－５の区分「確定申告」欄記載のとおり、確定申告書を提出した。（甲７）
イ 処分行政庁は、原告に対し、平成１９年６月２９日付けで、別紙３「法人税の更正処分等の経緯」の別表１－１ないし１－５の区分「更正処分欄記載のとおり、平成１１年５月期、平成１２年５月期、平成１３年５月期、平成１５年５月期及び平成１６年５月期の各法人税につき、本件各更正処分を行い、平成１５年５月期及び平成１６年５月期については本件各賦課決定も併せて行い、これらを同日付けで各通知書（甲１ないし５）をもって通知した。上記各通知書には、本件各更正処分及び本件各賦課決定処分の理由として、次のとおり記載されている。（甲１ないし５、７）
(ア) 平成１１年５月期（本件更正処分１の理由）
原告は、平成１１年５月期において、原告の取締役であるＧに対し役員報酬（平成１０年６月分１７２万９０００円、同年７月分ないし同年１１月分各１７１万３０００円、同年１２月分１７９万６３８０円及び平成１１年１月分ないし同年５月分各１７１万３０００円）を支給したとして、その相当する金額を当期の損金の額に算入しているが、このうち、各月７０万円合計８４０万円（以下「本件報酬額①」という。）については、Ｇから甲に対し、源泉所得税相当額とする金額を差し引いた残額が手渡されて、甲がこれを費消していた事実が認められるところ、本件報酬額①は、原告から甲に対して支給された役員報酬であると認められ、原告は本件報酬額①をＧに対して支給したと仮装して経理処理を行っていることから、本件報酬額①は、法人税法３４条２項の規定の適用により、損金の額に算入されないことになる。
そこで、損金の額に算入されない役員報酬の額を８４０万円とした上、欠損金の当期控除額の増加額を８４０万円（減算項目）とし、満期に繰り越す欠損金の減少額を８４０万円（翌期に繰り越す欠損金の額は１１億４５１５万０３７１円）とした。
（以上につき、甲１）
(イ) 平成１２年５月期（本件更正処分２の理由）
原告は、平成１２年５月期において、原告の取締役であるＧに対し役員報酬（平成１１年６月分１８６万３０００円、同年７月分・同年８月分各１７６万３０００円、同年９月分１８６万７１７７円、同年１０月分ないし平成１２年５月分各１７６万３０００円）を支給したとして、その相当する金額を当期の損金の額に算入しているが、このうち、各月７０万円合計８４０万円（以下「本件報酬額②」という。）については、Ｇから甲に対し、源泉所得税相当額とする金額を差し引いた残額が手渡され、甲が費消していた事実が認められるところ、本件報酬額②は、原告から甲に対して支給された役員報酬であると認められ、原告は本件報酬額②をＧに対して支給したと仮装して経理処理を行っていることから、本件報酬額②は、法人税法３４条２項の規定により、当期の所得金額の計算上、損金の額に算入されないことになる。
そこで、損金の額に算入されない役員報酬の額を８４０万円とした上、欠損金の当期控除額の増加額を８４０万円（減算項目）とし、満期に繰り越す欠損金の減少額を１６８０万円（翌期に繰り越す欠損金の額は９億１４９４万１９６５円）とした。
（以上につき、甲２）
(ウ) 平成１３年５月期（本件更正処分３の理由）
原告は、平成１３年５月期において、原告の取締役であるＧに対して役員報酬（平成１２年６月分ないし同年８月分各１７６万３０００円）を支給したとして、その相当する金額を当期の損金の額に算入しているが、このうち各月７０万円合計２１０万円（以下「本件報酬額③」という。）については、同人から甲に対し、源泉所得税相当額とする金額を差し引いた残額が手渡され、甲が費消していた事実が認められ、本件報酬額③は、原告から甲に対して支給された役員報酬であると認められるところ、原告は本件報酬額③をＧに対して支給したと仮装して経理処理を行っていることから、本件報酬額③は、法人税法３４条２項の規定の適用により、当期の所得金額の計算上、損金の額に算入されないことになる。
そこで、損金の額に算入されない役員報酬の額を２１０万円とした上、欠損金の当期控除額の増加額を２１０万円（減算項目）とし、満期に繰り越す欠損金の減少額を１８９０万円（翌期に繰り越す欠損金の額は５億７７９３万７３９４円）とした。
（以上につき、甲３）
(エ) 平成１５年５月期（本件更正処分４の理由）
原告は、平成１５年５月期において、４億円の新株発行による増資（本件増資）を行い、Ｃから、同社が有する原告に対する額面額４億３０４４万２４３５円の本件貸付債権の出資（本件現物出資）を受け、これに対し原告の株式の割当てを行っている。Ｃは、甲及び甲の長女が出資の全部を保有するＤが出資の全部を保有していること、さらに、原告の発行済株式数の全部を甲及びＣが保有していることから、原告とＣとの関係は、法人税法施行令４条の２第９項２号に規定する本件増資前において「同一者による支配関係」があり、本件増資後において「同一者による支配関係」が継続する関係に該当すると認められることから、本件現物出資は、法人税法２条１２号の１４に規定する適格現物出資に該当し、法人税法６２条の４第２項及び法人税施行令１２３条の５の規定の適用により、被現物出資法人である原告の本件貸付債権の取得価額は、現物出資法人であるＣの本件現物出資の直前の帳簿価格に相当する１億６２００万円と認められるので、当該混同によって消滅した本件貸付債権の額面額４億３０４４万２４３５円のうち、本件貸付債権の取得価額１億６２００万円を超える部分の２億６８４４万２４３５円については、債務消滅益として益金の額に算入することになる。
そこで、債務消滅益の計上漏れの額を２億６８４４万２４３５円とした上、欠損金の当期控除額の過大額を１９３６万１５７４円（加算項目）、雑収入の過大計上額を４万２４３５円（減算項目）、課税留保額に対する税額の増加額を１万８５００円とした。（以上につき、甲４）
(オ) 平成１６年５月期（本件更正処分５の理由）
原告は、平成１６年５月期において、Ｅに対し自己の株式を譲渡し、同社から本件利息債権を譲り受けたことに伴い、本件利息債権及びこれに対応する債務（以下「本件利息債務」という。）が混同により消滅したとして、平成１６年４月３０日付けで、本件利息債務の消滅に係る長期未払金勘定３億２４７０万円の減額及び自己株式勘定３億２４７０万円の減額をしたが、本件利息債権の取得価額は、直近の取引価額等からみて１億１２０２万２２５６円と認められるので、当該混同によって消滅した本件利息債務３億２４７０万円のうち、本件利息債権の取得金額１億１２０２万２２５６円を超える部分の金額２億１２６７万７７４４円については、債務消滅益として、法人税法２２条２項の規定により、所得金額の計算上、益金の額に算入することとなる。
そこで、債務消滅益計上漏れの額を２億１２６７万７７４４円とした上、加算項目として、子会社の株式売却損の過大計上額を３２９５万円、売上計上漏れの額を２００万円、給与手当の過大計上額を１４０１万５１９８円とし、減算項目として、仕入計上漏れの額を１６２５万５８９７円、外注加工費計上漏れの額を４９８１万１９３７円、販売手数料計上漏れの額を４５１万４５６１円、受取利息の過大計上額を４８万５９２５円、雑損失計上漏れの額を１９円、事業税の損金算入額を３１６５万３８００円とし、課税留保金額に対する税額の増額額を１３３７万２９００円とした。
（以上につき、甲５）
ウ 別紙３「法人税の更正処分等の経緯」の別表１－１ないし１－５の区分「審査請求」欄及び「裁決」欄記載のとおり、原告は、平成１７年８月２６日、上記イの本件各更正処分及び本件各賦課決定処分を不服として、それぞれ審査請求をしたが、国税不服審判所長は、平成１９年６月２１日、各審査請求をいずれも棄却する旨の各裁決を行い、同月２２日付け各裁決書の謄本は同月２６日に原告に送達された（甲６、７、弁論の全趣旨）
エ 原告は、平成１９年１２月１８日、本件訴えを提起した。（顕著な事実）
３ 被告の主張に係る本件各更正処分の根拠及び計算は、別紙１のとおりであり、被告の主張に係る本件各賦課決定処分の根拠及び計算は、別紙２のとおりである。
４ 争点
(1) 役員報酬の損金不算入の適否
(2) 本件ＤＥＳについて債務消滅益が生ずるか否か。
(3) 本件自己株式の譲渡について債務消滅益が生ずるか否か。
５ 争点に関する当事者の主張の要旨
(1) 争点(1)（役員報酬の損金不算入の適否）について
（被告の主張の要旨）
ア 原告は、Ｇに対し、①平成１０年６月から平成１１年５月までの間、毎月基本給として１７１万３０００円を、②平成１１年６月から平成１２年８月までの間、毎月、基本給として１０６万３０００円及び特別手当として７０万円を支給したが、上記①の期間も毎月７０万円は本来の給与に上乗せされた手当であり（以下、上記①及び②の各期間における毎月７０万円の支給金額を「本件特別手当額等」という。）、Ｇは本件特別手当額等の税等諸控除後の金額に相当する金額（以下「本件手渡し額」という。）を甲に現金で交付していたものである。
イ Ｇは原告からＢへの出向者であるところ、一般に、出向は、労働者が、出向元法人（出向者を出向させている法人をいう。以下同じ。）に在籍したまま、出向先法人（出向元法人から出向者を受けている法人をいう。以下同じ。）の事業所において相当長期間にわたって出向先法人の業務に従事することを内容とし、出向を実現するためには、出向元法人と出向先法人との間において、出向元法人の従業員の出向を出向先法人が受け入れることについての合意（受入契約の締結）を必要とするものとされる。また、出向においては、出向労働者と出向元法人との間の労働契約関係が存続するものとされる。
ウ このような出向の実態に照らすと、原告がＧに対して給与手当を支給した行為は、出向元法人である原告と出向者であるＧとの間における労働契約関係に基づくものであり、また、原告がＢから給与手当額に相当する金額の支払を受けた行為は、出向元法人である原告と出向先法人であるＢとの間における従業員の受入契約関係に基づくものであって、両者は支払原因を異にする行為ということになる。
そうすると、原告においては、Ｇに対して支払った給与手当額を損金の額に算入するとともに、Ｂから支払を受けた、出向先法人（Ｂ）が出向元法人（原告）に対し負担すべき出向者の給与に相当する金額（以下「給与負担金」という。）を雑収入等として益金の額に算入するのが、本来の経理処理であるというべきである。このことは、法人税法２２条４項が当該事業年度の収益の額及び同条３項各号に掲げる額（当該事業年度の損金の額に算入すべき金額）は一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算されると規定するところ、「費用及び収益は、総額によって記載することを原則とし、費用の項目と収益の項目とを直接に相殺することによってその全部又は一部を損益計算書から除去してはならない。」（企業会計原則第二の一Ｂ）とする企業会計原則の総額主義の要請にもかなうものである。
また、仮に、実務において、出向者に対して支払った給与と出向先から支払を受けた給与負担金とを相殺する仕訳がみられたとしても、本件においては、本件特別手当額等に相当する部分の金額は、原告のＢに対する請求の内容に反し、現実には甲に支払われ、Ｇに支払われていないのであるから、Ｂの側において負担するいわれがなく、原告が主張するところの「Ｂに対する貸付金（債権）」にはなり得ないのであって、結局において、Ｂから贈与を受けたものにほかならないから、原告が支払を受けた当該金額は雑収入に計上されるべきであり、一方、原告が支払った本件特別手当額等は、甲に対する給与手当として計上されるべきことになる。
しかるに、原告は、給与手当（損金）と雑収入（益金）の両建て経理をすべきであるにもかかわらず、給与手当の取消処理をして貸付金に振り替えることにより、費用の項目と収益の項目とを相殺して損益計算書から除去したのであり、原告の主張は、原告独自の発想に基づく経理処理を前提とするものである。
エ そうすると、本件特別手当額等は、その税等諸控除後の本件手渡し額がＧを経由して甲に現金で交付されていた以上、原告の甲に対する役員報酬であり、原告は、本件特別手当額等をＧに対して支給したと仮装して甲に支給していたものと認められる。
そうすると、本件特別手当額等は、正当な手続を経ない、いわば隠れた財産の処分としての支出といえ、「事実を隠ぺいし、又は仮装して経理をすることによりその役員に対して支給する報酬の額」（法人税法３４条２項）に当たるので、原告の所得の金額の計算上損金の額に算入されないことになる。
（原告の主張の要旨）
ア Ｇが特別手当相当額を支払ったのは、原告の代表者の甲ではなく、Ｂの会長である甲に渡していたものであるから、Ｂにおいて損金処理すべきものであって、原告において損金処理すべきものではない。
イ そもそも、原告は、Ｇに支給した給与について損金算入をしていない。Ｇは、Ｂへの出向社員であり、Ｇに支給した給与を含むＢへの出向社員全員の給与手当につき、当該金額を原告のＢに対する貸付金（債権）として振替計上し、原告においては給与手当（損金）の取消処理をしており、損金には算入していない。損金算入をしていないにもかかわらず、損金算入をしたものとして扱った上で、損金算入を認めないと認定するのは、当該金額を二重に計上して損益計算することとなり、二重課税である。
ウ Ｂは、法人税基本通達９－２－３３にのっとり、Ｇの出向元である原告がＧに支払った給与につき、Ｇの出向先法人として自己の負担すべき給与に相当する金額（給与負担金）を原告に支払ったものであり、原告において雑収入等にすべき理由はない。
(2) 争点(2)（本件ＤＥＳについて債務消滅益が生ずるか否か）について（被告の主張の要旨）
ア 旧商法には債務の株式化を直接認めた規定はなく、会計処理としては、現物出資の制度にのっとり、現物出資により債権の受入れがされ、受け入れた債権が債務との混同により消滅するのであるから、債務の株式化は、会社のバランスシートにおける結果的な姿を表現したものにすぎない。このように、ＤＥＳは、旧商法における現物出資の制度を適用して行われるものであり、出資された債権の時価が券面額に満たないときは、混同により消滅した券面額との差額につき債務消滅益が発生する。
原告は、平成１２年ころ東京地方裁判所民事第８部（以下「東京地裁商事部」という。）が会社債権者の債務者会社に対する債権の現物出資における当該債権（以下「現物出資対象債権」という。）の評価について券面額によるとの見解（券面額説）を採ることを明らかにして以降、ＤＥＳは民商法上借用された現物出資として扱われ、甲１９（国税速報）に「債務が消滅すると同時に、資本取引である株式の発行を行ったことになりますので、原則として債務免除益が計上されることはないと考えられます。」とあるように、債務者法人に関しては、資本等取引であるので、債務消滅益が計上されることはなく、課税関係は発生しないとされてきたのであり、券面額による処理を否定した平成１８年法律第１０号による改正（以下「平成１８年改正」という。）後の法人税法は、本件ＤＥＳには遡及適用されない旨主張する。しかしながら、現物出資対象債権の評価につき、東京地裁商事部が券面額によることを明らかにした後、課税実務において券面額により評価の運用がされていたという事実はない。甲１９（国税速報）は、私的整理に関するガイドラインに基づく私的整理において、再建計画に従って債権放棄を行うとともに、その余の債権についてＤＥＳを行った場合を前提として、原則として債務免除益が計上されることがないと述べたものすぎず、かかる前提を欠くときに、債務免除益が計上されないとしたものではない。また、平成１８年改正において改正されたのは、法人税法中の非適格現物出資に係る資本積立金額の規定であり、原告が行った適格現物出資に係る資本積立金額の規定については、条文が法人税法から法人税法施行令に移されるとともに、会社法の制定に伴う字句の修正が行われた以外には、本件ＤＥＳが行われた当時の規定（法人税法２条１７号ト）と平成１８年改正後の規定（平成１８年政令第１２５号による改正後の法人税法施行令８条１項８号）とで内容に変更はない。
イ ＤＥＳによる債権の消滅は、①債権（資産）の移転と資本金の増加、②混同による債権（資産）と債務（負債）の消滅という過程を経て生ずるものであるところ、原告は、ＤＥＳは債権（資産）の移転及び資本金の増加であるという過程を無視し、債務（負債）の移転のみであるとする独自の見解を根拠にしている。
ウ 法人税法２２条２項にいう資本等取引以外の取引（以下「損益取引」という。）とは、財産に影響を及ぼす一切の事実を含む簿記上の取引を指すものと解されているのであり、仮に、混同による債務の消滅が民法上は取引ではなく事実であったとしても、この混同による債務の消滅は税法上は損益取引に該当し、これに伴う債務消滅益を益金の額に算入することについて何ら違法な点はない。
エ 本件貸付債権に係る本件現物出資は、適格現物出資（法人税法２条１２号の１４、法人税法施行令４条の２第８項２号）に該当するから、本件貸付債権の取得価格は、現物出資法人であるＣの当該移転の直前の帳簿価額１億６２００万円となり、これから本件現物出資により増加した資本の金額４億円を減算したマイナス２億３８００万円が本件現物出資により増減した資本積立金額となる。したがって、本件ＤＥＳにより増加した原告の「資本等の金額」は、増加した資本の金額４億円から減少した資本積立金額２億３８００万円を減算した１億６２００万円となる。
（原告の主張の要旨）
ア ＤＥＳは、１個の取引行為として資本等取引（法人の資本等の金額の増加又は減少を生ずる取引）に該当するので、ＤＥＳによって債務が消滅しても、債務消滅益は発生しない。
イ 債務者会社の債務を現物出資するに当たり、現物出資対象債権の評価を巡って、債権の券面額によるべきとの見解（券面額説）と時価によるべきであるとの見解（評価額説）に分かれて議論があったが、平成１２年ころ東京地裁商事部が券面額を採用することを明らかにしてからは、現物出資の検査役の調査報告も券面額によってされるようになった。課税実務においても、税法上ＤＥＳに関する明確な規定はなく、民商法上借用された現物出資として扱われたが、債務者法人に関しては、甲１９（国税速報）に「債務が消滅すると同時に、資本等取引である株式の発行を行ったことになりますので、原則として債務免除益が計上されることはないと考えられます。」とあるように、資本等取引として、債務消滅益が計上されることはなく、課税関係は発生しないとされてきた（なお、債権者側において、取得した株式の取得価額によって、譲渡利益あるいは譲渡損失として処理するとされてきた。）。法人税法の平成１８年改正により、ＤＥＳにおいて券面額での処理が認められなくなったと解されているが、これはそれまでの処理を立法により変更したものであり、平成１５年２月２８日に行われた本件ＤＥＳには、平成１８年改正後の法人税法は遡及的には適用されない。本件ＤＥＳにおける本件貸付債権の評価は券面額によるべきであり、東京地裁商事部において選任された検査役も券面額で評価する旨の調査報告書を提出している。
ウ 現物出資は資産の増加をもたらすものであるが、ＤＥＳは負債の減少をもたらすものであり、会社財産に対する影響という観点からは同一の効果を生ずることから、ＤＥＳを行うに当たっては、現物出資の形式を借用し、債務（負債）を出資できると擬制してきたのであり、ＤＥＳによって移転するのは資産ではなく、自己の債務であるから、法人税法が規定する現物出資に該当せず、法人税法等の関連法令の適用はない。
エ ＤＥＳも取引行為であるところ、取引行為は法的概念であるから、税法の分野における概念の取扱いとしても、税法上明確な特則が法律により定められていない限りは、基本分野である民商法等の他の法分野におけるものと同じ意義に解さなければならない。ＤＥＳを現物出資と混同に分解しなければならないという必要性はなく、当事者の意思に反してそのように分解し得る許容性の根拠や契機は民商法等には何ら存在しない。
オ 被告は、混同をもって損益取引であると主張するが、そもそも、混同は事実であって取引ではないので、損益取引には該当しない。
カ 取得価格を現物出資法人の直前の帳簿価格とする旨の法人税法６２条の４第１項にいう「内国法人が適格現物出資により被現物出資法人にその有する資産の移転をし、又はこれと併せてその有する負債の移転をしたときは、当該被現物出資法人に当該移転をした資産及び負債の当該適格現物出資の直前の帳簿価額による譲渡をしたものとして、当該内国法人の各事業年度の所得の金額を計算する」とは、適格現物出資の場合であって資産のみを現物出資した場合又は資産と負債を併せて現物出資した場合には、現物出資法人について譲渡損益を認識しないとする（所得金額がないものとする）趣旨であり、この規定を受けて、法人税法施行令１２３条の５は、資産のみを現物出資した場合又は資産と負債を併せて現物出資した場合には、被現物出資法人の資産及び負債の取得価額を、法人税法６２条の４第１項に規定する帳簿価額相当額としたものである。ところが、ＤＥＳの場合、被現物出資法人は資産又は資産及び負債を取得しておらず、自己の負債の移転がされたにすぎないから、法人税法６２条の４第１項の適用はない。
(3) 争点(3)（本件自己株式の譲渡について債務消滅益が生ずるか否か）について（被告の主張の要旨）
ア 法人が自己株式を譲渡した場合には、譲渡対価の額から当該自己株式の当該譲渡の直前の帳簿価額を減算した金額を資本積立金額とすることとされている（法人税法２条１７号ロ）。譲渡対価の額は、時価を意味し、不特定多数の当事者間で自由な取引が行われた場合に通常成立する価額、すなわち、客観的な交換価値をいうものと解されるところ、本件貸付債権は、平成１６年１月２６日付けで、Ｅがいわゆる第三者であるＪ銀行から２億５６６３万２７５６円で取得したもので、その取得に当たって取引価額を左右するような条件や見合いの取引も見当たらないことにかんがみれば、当該金額をもって同日における時価とみるのが合理的である。
そして、Ｅは、同年４月６日に原告から本件貸付債権のうち１億４４６１万０５００円の弁済を受けた上、同月３０日に残余の本件貸付債権を原告に譲渡したものであるところ、Ｅが本件貸付債権を取得してから原告に譲渡するまでの期間が極めて短いことにかんがみれば、原告が取得した本件貸付債権の同日における時価は、当初の第三者間における取引価額である２億５６６３万２７５６円から、その後の弁済額１億４４６１万０５００円を差し引いた１億１２０２万２２５６円となる。譲渡した本件自己株式の譲渡直前の帳簿価額は３億２４７０万円であるから、これらの差額であるマイナス２億１２６７万７７４４円が、本件自己株式の譲渡により増加する資本積立金額となる。
イ 本件自己株式の譲渡取引により、債権債務が同一人である原告に帰属する結果として、債権債務は混同により消滅するが、ここで消滅する資産の帳簿価額は、上記アのとおり１億１２０２万２２５６円であり、また、混同により消滅する債務の金額は、額面の３億２４７０万円である。
本件自己株式の譲渡取引により、原告は３億２４７０万円の債務の返済を免れたのであるから、この金額に相当する経済的利益を現実に得たことになるが、反対に、本件自己株式の譲渡取引により取得した１億１２０２万２２５６円の債権が消滅したことによる損失が計上されるから、結果として、これらの差額の２億１２６７万７７４４円が課税対象となる損益取引により生じた益金（債務消滅益）の額ということになる。
（原告の主張の要旨）
ア 自己株式の処分は損益の発生しない資本等取引であり、本件取引が資本等取引に該当する以上、また、本件取引当時及び本件取引を含む事業年度分の法人税確定申告当時、他に別段の定めがない以上、自己株式の処分について債務消滅益を認定することは違法である。
イ また、処分行政庁が未収利息債権の取得価額を１億１２０２万２２５６円であると認定したのは、原告の財務内容を考慮しない何ら根拠のないものであり、その認定は違法である。被告の主張に基づけば、本件自己株式の時価は１株あたり３２９円となり（３４万株で１億１２０２万２２５６円）、全く時価からかけ離れた低額すぎる価額である。本件自己株式の譲渡取引当時、原告は財務体質を改善させ、自己の債務を全額支払うに足りる十分な能力があったことは、本件自己株式の譲渡取引当時の貸借対照表に照らしても明らかであって、その重要な証左として、原告が本件自己株式の譲渡取引直前の平成１５年１１月２８日、Ｌ銀行から５億円にものぼる融資を受けた事実があり、名実ともに譲渡の対価は３億２４７０万円であった。
ウ 契約は両当事者の合意により決せられるものであり、これは、民商法の大原則である。譲渡契約における譲渡対価の額は、当事者の合意により定まるものであり、譲渡対価の額は本件自己株式の簿価である３億２４７０万円である。
エ 自己株式の譲渡の対価が債権の時価であるとしても、相続財産評価に関する基本通達（昭和３９年４月２５日付け直視５６、直審（資）１７）２０４によれば、貸付金債権等に係る利息の価額は、課税時期現在の既経過利息として支払を受けるべき金額（券面額）で評価されるから、本件利息債権は券面額である３億２４７０万円と評価されることになる。
オ 被告は、民商法上、本件自己株式の譲渡取引、すなわち、一つの取引を、何らの根拠なく譲渡金額は別異の金額であるとした上で、独自の解釈に基づき「仕訳」という会計処理上のテクニカルな方法により２つに分解し、一の部分は資本等取引でありその余の部分は損益取引であるとするが、これは、明らかに、公正妥当な会計処理の原則に反し、法人税法２２条４項に反する。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点(1)（役員報酬の損金不算入の適否）について
(1) 前記前提事実、掲記の証拠及び弁論の全趣旨によれば次の事実が認められる。
ア Ｂは、平成１５年４月２５日に原告に合併されるまで、その発行済株式の全部を原告が所有し、その従業員も原告からの出向者で占められていた。（甲７、乙４の１ないし６）
イ Ｂの代表取締役は、平成１０年７月３１日から平成１３年８月１４日までの間、甲及びＧの２名がその地位に就いており、甲が退任した同日以後、Ｇがその地位にあった。（甲７、乙３）
ウ Ｇは、原告の使用人兼役員であったが、Ｂ設立時（平成７年１１月１日）から同社に出向し、平成９年１月１４日から平成１０年１月１９日まで及び同年７月３１日から平成１５年４月２５日（同社が原告と合併して解散した日）まで同社の代表取締役の地位にあった。（甲２７、乙３、８）
エ 原告は、原告の従業員及び原告からＢに出向していた従業員に対する給与手当について、原告において一括して支給し、当該給与手当につき所得税の源泉徴収を行った上、Ｂへの出向者に対する給与手当を給与勘定から控除して同社に対する貸付金に振り替える経理処理をしていた。（甲７、乙５の１ないし２６、同６の１ないし２８、同７）
オ Ｂは、上記エにより貸付金に振り替えられた金額について、原告の請求を受けて、原告に対してこれを支払って精算していた。（甲７）
カ 原告からＢに出向していた従業員に対する給与手当には、原告がＧに支給したとする平成１０年６月分ないし平成１２年８月分の給与手当の金額が含まれていた。（乙５の１ないし２６、乙６の１ないし２８）
キ 原告は、Ｇに対し、平成１０年６月から平成１１年５月までの間、毎月基本給として１７１万３０００円を、平成１１年６月から平成１２年８月までの間、毎月、基本給として１０６万３０００円及び特別手当として７０万円を、平成１２年９月に基本給１０６万３０００円を、それぞれ支給した。（乙６の１ないし２８）
ク Ｇは、平成１６年１１月１６日の東京国税局の聴取に際し、同国税局の職員に対し、原告がＧに対し上記カのとおり支払っていたことについて、甲（なお、Ｇによる呼称については、後記(3)参照）から、毎月の給与に７０万円の金額を特別手当として上乗せして支給するから、７０万円に対する税等諸控除後の金額に相当する金額を甲に渡して（「バックして」）ほしい旨を依頼され、その上乗せ支給がなくなるまで毎月給料日後に甲に現金を渡していた旨述べた。（乙８）
ケ Ｂの社長室の机に保管されていたＧの手帳（以下「Ｇの手帳」という。）には、平成１０年６月から平成１２年８月までの間に、Ｇから甲に手渡したとされる現金の額（本件手渡し額）の記載があり、Ｇの手帳の平成１２年８月２９日の欄（乙９の３最終頁）には、「バックマネー￥４１６１０８今日渡す」「バックマネー今回で終了との事」との記載がある。（乙９の１ないし３）
コ 甲は、平成１０年６月から平成１２年８月までの間、本件手渡し額に相当する金員をＧから受け取っていたが、その金員は、原告がＧに支払った給与から拠出されたものであった。（乙１０）
サ Ｇの給与につき、月額７０万円の増額がされたのは、甲の指示に基づくものであり、月額７０万円の増額が中止されたのも、甲の指示に基づくものであった。（乙１０）
(2) 上記(1)の認定事実を総合して検討するに、原告が、Ｇに対し、平成１０年６月から平成１１年５月までの間、毎月基本給として１７１万３０００円を、平成１１年６月から平成１２年８月までの間、毎月基本給として１０６万３０００円及び特別手当として７０万円を支給していることに関して、Ｇが、甲から、毎月の給与に７０万円の金額を特別手当として上乗せして支給するから、７０万円に対する税等諸控除後の金額に相当する金額を甲に渡してほしいと依頼され、本件特別手当額等の支給がなくなるまで毎月給料日後に甲に本件手渡し額を現金で渡していたこと、甲は当時の原告の代表取締役であり、甲が自ら本件特別手当額等の支給及びその中止を決定していたこと、原告がＢへの出向者ではない同社の会長としての甲に対し給与又は役員報酬を支払うべき理由はないこと等の事情を総合すれば、本件各給与手当額のうち本件特別手当額等は、Ｇに対する出向社員の給与ではなく、原告代表者の指示により当初から原告代表者に支給されることが予定された原告から原告代表者に対する代表取締役の役員報酬であり、原告は本件特別手当額等をＧに支給したと仮装して実際には原告代表者に支給していたものと認めるのが相当である。
(3) 原告は、本件特別手当額等について、原告からＧが管理する同人の銀行口座に振込送金され、ＧからＢの会長である甲に渡されたものであって、原告の代表者である甲に渡されたものではなく、このことはＧの手帳に「会長」とあることからも明らかである旨主張する。
しかしながら、上記(2)のとおり、原告においては、当初から本件特別手当額等が甲に支払われることを認識し、当初の意図どおり本件特別手当額等がＧを介して甲に支払われたのであり、甲は当時の原告の代表取締役であって、原告がＢへの出向者ではない同社の会長としての甲に対し給与又は役員報酬を支払うべき理由はないのであるから、かかる事情の下では、本件特別手当額等は原告から原告代表者に対して支払われた代表取締役の役員報酬であると認めるのが相当であり、原告の関連会社の一つでＧの出向先であったＢは、本件特別手当額等をＧに対する給与と仮装した経理処理において形式的に用いられたにすぎないものというべきである。確かに、Ｇの手帳には、原告及びＢを含む複数の関連会社の経営者である甲を「会長」と表記している部分があるが、複数の関連会社においてその経営者が一の会社の社長と他の会社の会長を兼任している場合、尊称の意味を込めて当該者を会長と呼ぶことは一般にあり得ることであって、しかも、Ｇ自身がＢのもう１人の代表取締役であることから、自らと区別する観点からも甲を会長と呼ぶことは自然であり、また、Ｇにおいて、甲について原告の社長とＢの会長の各立場を厳密に区別して呼称を用いていたとは考え難い（そのことは、Ｇの手帳（乙９の１）には、平成１０年８月３１日の欄外に「毎月のバックマネー４６０，０００社長に渡す１７．２０分頃」と、同旨の文脈の中で甲を「会長」ではなく「社長」と記載している部分もあることからもうかがわれる。）。したがって、Ｇが甲を会長と呼び、Ｇの手帳に甲の呼称として会長と記載していたことをもって、上記(2)の認定が左右されるものではなく、原告の上記主張は理由がない。
(4) 原告は、原告がＧを含むＢへの出向社員に給与を支払った時点で、原告において、Ｇに支給した給与を含むＢへの出向社員全員の給与手当につき、当該金額を原告のＢに対する貸付金（債権）として振替計上し、原告において給与手当（損金）の取消処理をしており、したがって、損金には算入していないから、そもそも原告が損金算入していない額（本件特別手当額等）を損金算入したとしてされた本件更正処分１ないし３は、法人税法３４条の適用の前提を欠き、二重課税にも該当し、違法である旨主張する。
しかしながら、上記(1)エのとおり、原告は、Ｂに出向していた従業員に対する給与手当を一括して支給し、当該給与手当につき所得税の源泉徴収を行った上、Ｂの出向者に対する給与手当を給与勘定から控除して同社に対する貸付金に振り替える経理処理をしていたものであるところ、上記(2)の認定のとおり、Ｇから甲に対して手渡しで交付されていた金員（本件特別手当額等）は、原告が甲に対して支払った原告の代表取締役の役員報酬であり、原告がＢから支払を受けたこれに相当する金額の金員とは支払原因を異にするものであるから、本来、原告としては、原告が支払った本件特別手当額等を原告代表者に対する給与手当として損金の額に算入し、Ｂから支払を受けたこれに相当する金額を雑収入として益金の額に算入する両建て経理をすべきであり、原告が自らの代表取締役に支払った役員報酬についてＢから貸付金返済として支払を受ける理由はない（仮に両社間で給与と給与負担金との相殺の仕訳がされていたとしても、出向社員に対する給与の実態を欠く以上、上記のことは同様である。）のに、原告は本件特別手当額等について給与手当の取消処理をして貸付金に振り替える経理処理をしており、これは原告の代表取締役に対する役員報酬である本件特別手当額等を原告の出向社員に対する給与と仮装したことに伴い誤った経理処理をしたものというべきであって、所得金額の増減のない本来の両建て経理の処理と対比すると、所得金額から本件特別手当額等の金額が減額されている点で、実質的には損金算入の処理がされたのと同視すべき処理がされたものというべきである。そして、上記(2)のとおり、原告は、甲に対する原告の代表取締役の役員報酬である本件特別手当額等を出向社員であるＧに対する給与と仮装して経理処理をし、かつ、現実にこれを支給している以上、法人税法３４条２項の適用を受けることは当然であり、原告が支払った本件特別手当額等は、法人税法３４条２項の適用により、原告の所得の金額の計算において、損金の額に算入されないことになる。したがって、原告の経理処理に基づく所得金額の申告額は、所得金額から本件特別手当額等が減額されている点で、実質的には損金算入の処理がされたのと同視すべき処理に基づくものというべきであり、法人税法３４条２項の適用を前提として、当該申告額に本件特別手当額等を加算した金額を原告の所得金額と認定してされた本件更正処分１ないし３は、法人税法３４条２項の解釈適用の誤りはなく、二重課税にも該当せず、所論の違法はないというべきである。
(5) なお、原告は、①Ｂは、法人税基本通達９－２－３３にのっとり、Ｇの出向元法人である原告がＧに支払った給与につき、Ｇの出向先法人として自己の負担すべき給与に相当する金額（給与負担金）を原告に支払ったものであり、原告において雑収入等にすべき理由はない旨主張し、また、②「地方税法及び同法施行に関する取扱（道府県税関係）」（昭和２９年５月１３日自乙府発１０９。以下「地方税法取扱通達」という。）４の２の１４が、地方税法７２条の１５について、出向先法人の出向元法人に対する出向者の給与負担金の支払は出向元法人における報酬給与額として取り扱わないと定めていることを指摘する。
しかしながら、上記(2)のとおり、本件特別手当額等は、原告が、出向者のＧではなく、原告の代表者である甲に対して支払った役員報酬であり、出向元法人が出向者に対する給与を支給した場合ではなく、また、Ｂから原告に対する本件特別手当額等に相当する金額の支払も、出向先法人が出向元法人に対して給与負担金を支払った場合ではないので、上記各通達が適用される余地はなく、上記①及び②の各主張はいずれも理由がない。
(6) 以上によれば、上記(2)のとおり、原告は、自社の代表取締役に対する役員報酬である本件特別手当額等を他社への出向社員に対する給与と仮装して経理処理をし、かつ、これを現実に自社の代表取締役に支給した上で、実質的には損金算入の処理がされたのと同視すべき処理に基づき所得金額からこれを控除して所得金額の申告額を算定している以上、平成１１年５月期及び平成１２年５月期の各８４０万円並びに平成１３年５月期の２１０万円については、法人税法３４条２項所定の「事実を隠ぺいし、又は仮装して経理をすることによりその役員に支給する報酬の額」に該当するものといわざるを得ず、同項の適用により、原告の所得金額の計算において損金として算入することができないことを前提として、当該各事業年度の所得金額の申告額に上記金額を加算した金額をそれぞれ当該各事業年度の原告の所得金額と認定すべきものと解するのが相当であり、原告のその余の主張も、この判断を左右するに足りるものとは認められない。
２ 争点(2)（本件ＤＥＳについて債務消滅益が生ずるか否か）について
(1) 前記前提事実を前提として、以下、検討する。
ア ＤＥＳは、株式会社の債務（株式会社に対する債権）を株式に転化することであるが、我が国の会社法制上、これを直接実現する制度は設けられていないため、実務上、既存の法制度を用いてこれを実現する方法としては、株式会社の債権者がその有する債権を当該会社に対し現物出資し、混同により当該会社の債務を消滅させるとともに、当該会社が当該債権者に対し現物出資された債権に相応する株式を発行する方法が採られており、これは債権者の側からは債権を株式化する手法と認識され、債務者である会社（以下「債務者会社」という。）の側からは他人資本を自己資本化する手法として認識されている。かつて、平成１３年法律第７９号による改正前の商法（以下「平成１３年改正前の旧商法」という。）においては、転換社債の制度が設けられ、社債に限って株式会社の債務を株式に直接転換する制度が設けられていたが、その場合も、転換社債の発行事項（転換社債の総額、転換条件、転換により発行すべき株式の内容、転換請求期間等）を具体的に定め、公示を義務付ける等の詳細な規定が設けられていた（平成１３年改正前の旧商法３４１条ノ２ないし３４１条ノ７）ことに照らしても、仮に株式会社の債務を株式に直接転換する制度を設けるのであれば、債権者、債務者会社、株主等の利害を調整するための転換の要件、手続及び効果の発生時期等に関する詳細な規定の定めが必要不可欠となるものと解されるところ、法令上、そのような規定は存在しない以上、本件ＤＥＳがされた当時において、ＤＥＳを直接実現する方法が法制度として存在したとは解し得ない。このように、法令上、ＤＥＳを直接実現する制度について何らの規定が設けられていない以上、株式会社の債務（株式会社に対する債権）を株式に転化するためには、既存の法制度を利用するほかなく、既存の法制度を利用する以上、既存の法制度を規律する関係法令の適用を免れることはできないというべきである。そして、我が国の法制度の下において、ＤＥＳは、①会社債権者の債務者会社に対する債権の現物出資、②混同による債権債務の消滅、③債務者会社の新株発行及び会社債権者の新株の引受けという各段階の過程を経る必要があり、それぞれの段階において、各制度を規律する関係法令の規制を受けることとなる。
イ 原告は、現物出資は資産の増加をもたらすものであるが、ＤＥＳは負債の減少をもたらすものであり、会社財産に対する影響という観点からは同一の効果を生ずることから、ＤＥＳを行うに当たっては、現物出資の形式を借用し、債務（負債）を出資できると擬制してきたのであり、ＤＥＳによって移転するのは資産ではなく、自己の債務であるから、法人税法が規定する現物出資に該当せず、法人税法等の現物出資に係る関係法令は適用されない旨主張する。しかしながら、上記アのとおり、本件ＤＥＳ当時、ＤＥＳを直接実現する方法、すなわち株式会社の債務を株式に直接転換する方法は法制度として存在せず、現物出資、混同及び新株発行の各制度を利用するほかなく、これらの既存の法制度を利用する以上、本件ＤＥＳも現物出資、混同及び新株発行に係る法人税法等の関係法令の適用を免れることはできないのであるから、上記主張は理由がない。
ウ 原告は、本件ＤＥＳは、一の取引行為であり、全体として法人税法２２条５項の資本等取引（資本等の金額の増加又は減少を生ずる取引）に該当する旨主張する。しかしながら、上記アで述べたとおり、株式会社の債務を株式に直接転換する制度が存在しない以上、本件ＤＥＳは、現行法制上、①本件現物出資によるＣから原告への本件貸付債権の移転、②本件貸付債権とこれに対応する債務（以下「本件貸付債務」という。）の混同による消滅、③本件新株発行及び原告の新株引受けという複数の各段階の過程によって構成される複合的な行為であるから、これらをもって一の取引行為とみることはできない。また、上記①の現物出資及び同③の新株発行の過程においては、資本等の金額の増減があるので、これらは資本等取引に当たると認められるものの、上記②の混同の過程においては、資本等の金額の増減は発生しないので、資本等取引に該当するとは認められないから、①ないし③の異なる過程を併せて全体を資本等取引に該当するものということはできず、いずれにしても、上記主張は理由がない。
エ 原告は、本件現物出資では本件貸付債権を券面額で評価すべきであり、東京地裁商事部において選任された検査役も券面額で評価する旨の調査報告書を提出している旨主張する。確かに、甲９、１６の１・２によれば、平成１２年ころ、債務者会社に対する債権を現物出資する場合において、当該債権の評価を券面額又は評価額のいずれで行うかにつき争いがあり、平成１３年に東京地裁商事部はこれを券面額によるべきである旨の提言をし、東京地裁商事部の選任した検査役も、調査報告書において、券面額によって現物出資に係る債権を評価していたところ、本件現物出資についても、東京地裁商事部によって選任された検査役は、調査報告書において、券面額によってその評価をしたことが認められる。
しかしながら、本件現物出資が適格現物出資であれば、法人税法６２条の４第１項により、当該被現物出資法人に当該移転をした資産及び負債の当該適格現物出資の直前の帳簿価額による譲渡をしたものとして、当該内国法人の各事業年度の所得の金額を計算することとなるのであって、会社法制上、一般に現物出資対象債権の評価を券面額又は評価額のいずれで行うかという議論は、法人税法上、適格現物出資における現物出資対象債権の価額の認定には影響を及ぼさず、その認定とは関係がないこととなる。そこで検討するに、前記前提事実(1)ウ、エ及びオのとおり、本件増資時である平成１５年３月１日（本件現物出資の払込期日自体は同年２月２８日）より前において、Ｃの出資の全部をＤが保有し、Ｄの出資の６０％を甲が、その４０％を甲の長女が保有していたところ、甲の長女は、法人税法施行令４条の２第８項イ及び４条１項に規定する甲と特殊な関係にある個人に該当するから、甲は、Ｄの発行済株式の全部を直接又は間接に保有していたと認められ、ＣもＤを介して甲による完全支配関係にあったものと認められる。他方、原告の発行済株式の約５６％を甲が、その約４４％をＣが保有していたから、原告も甲による完全支配関係にあったと認められ、さらに、本件増資によりＣが原告の発行済株式の過半数である約７１％を保有するに至ったものの、上記のとおりＣは甲による完全支配関係にある会社であるから、本件増資の前後を通じて、原告は甲による完全支配関係にあることとなり、原告とＣとの関係は、本件増資の前後を通じて、同一人である甲による完全支配関係が継続する関係にあったと認められるので、Ｃは法人税法２条１２号の４に規定する現物出資法人に、原告は同条１２号の５に規定する被現物出資法人にそれぞれ該当し、本件現物出資は、同条１２号の１４イ所定の適格現物出資に該当するものというべきである。そして、同条１７号トによれば、本件現物出資により増加した資本積立金額は、適格現物出資により移転を受けた資産の現物出資法人（Ｃ）の当該移転の直前の帳簿価額１億６２００万円から本件現物出資によって増加した原告の資本の金額４億円を減算した金額であるマイナス２億３８００万円となるから、本件現物出資は、資本の金額を４億円増加させ、資本積立金額を２億３８００万円減額させる取引であり、その差額である１億６２００万円の資本等の金額の増加をもたらした資本等取引となる。したがって、適格現物出資に該当する本件現物出資について、資本等の金額の増減等は、上記のとおり専ら適格現物出資に関する平成１８年改正前の法人税法及び同法施行令の上記各規定に従って算定されるので、一般的な現物出資対象債権の評価方法（券面額又は評価額）に関する原告主張の議論の影響を受けるものではなく、上記各規定に基づいて行われた処分行政庁による債務免除益の認定は、平成１８年改正後の法人税法の規定の遡及適用によるものではない。
なお、適格現物出資によって移転された資産の評価を現物出資法人における直前の帳簿価格によるとする法人税法６２条の４は、平成１３年法律第６号による改正により設けられたものであり、平成１８年改正の際には何ら内容は変更されていない。平成１８年改正の際、資本積立金額に関する同法２条１７号イの規定は削除され、資本積立金額の名称は用いられなくなったものの、資本等の金額（法人税法２条１６号。ただし、平成１８年改正後の同号の文言は「資本金等の額」）に組み入れる金額に関する同じ内容の規定が、平成１８年政令第１２５号による改正後の法人税法施行令８条１項５号として設けられており、平成１８年改正の前後を通じて、適格現物出資を巡る税法上の規律の内容に何ら変更はない。
オ なお、原告は、会社法の施行に伴う平成１８年改正後の法人税法においては、ＤＥＳに係る現物出資について、現物出資対象債権の評価を券面額によることができなくなったが、それ以前は、券面額によるのが課税実務の運用であった旨主張している。
上記エのとおり、本件現物出資は適格現物出資であり、原告主張の議論の影響を受けるものではないが、念のため付言するに、平成１８年改正後の法人税法２条１６号は、「資本金等の額」は「法人（略）が株主等から出資を受けた金額として政令で定める金額をいう。」として、資本金等の額の定義を政令に委ね、これを受けて、平成１８年政令第１２５号による改正後の法人税法施行令８条１項１号は、株式の発行又は自己の株式の譲渡をした場合に、「給付を受けた金銭以外の資産の価額その他の対価の額に相当する金額からその発行により増加した資本金又は出資金の額（中略）を減算した金額」を資本金等に加算すると規定し、この「給付を受けた金銭以外の資産」には、債務者会社に対する債権が含まれると解されることから、平成１８年改正後の法人税法の下では、ＤＥＳに係る現物出資対象債権は、対価の額（時価）が資本金等の額に加算され、その限度で資本等取引になるとされることとなったものと解される（甲２０「税務通信」参照）。しかしながら、法人税法の平成１８年改正前は、ＤＥＳに係る現物出資対象債権の評価について、東京地裁商事部が検査役の調査実務において券面額による評価を採用した後も、「ＤＥＳの実行を希望する会社および債権者にとって、税務上の取扱いがどのようになるかは切実な問題であり、早期に明らかにされることが望まれている」（甲１６の２）状況にあり、法人税の課税実務の運用が注目されていたが、平成１８年改正前に課税当局によって一般的な税務上の取扱いが示されたことを認めるに足りる証拠はない。平成１５年２月の法人税基本通達の一部改正により、法人税基本通達２－３－１４（債権の現物出資により取得した株式の取得価額）として、「子会社等に対して債権を有する法人が、合理的な再建計画等の定めるところにより、当該債権を現物出資（法第２条第１２号の１４《適格現物出資》に規定する適格現物出資を除く。）することにより株式を取得した場合には、その取得した株式の取得価額は、令１１９条第１項第８号《有価証券の取得価額》の規定に基づき、当該取得の時における価額となることに留意する。」との定めが設けられ、合理的な再建計画等に従い現物出資をした場合には、これによって取得した株式の取得価額の評価は、債務者会社の株式の時価によることが明らかにされたが、この通達でも、現物出資対象債権の評価については何ら言及されておらず、依然として評価額又は券面額のいずれによるかについて明確な指針は示されなかった（乙４１。なお、原告の指摘に係る甲１９（国税速報）の記述は、上記法人税基本通達２－３－１４を引用した上で、「私的整理に関するガイドライン」に基づく私的整理において、合理的な再建計画に従い債権放棄を行うとともに、その余の債権についてＤＥＳを行う場合の株式の取得価額の評価に係る特例的な処理に言及したものにすぎず、現物出資債権の評価について言及したものではないから、原告の上記主張の根拠となり得るものではない。）。加えて、東京地裁商事部における検査役の調査実務の変更がされる前は、法人税の課税実務において評価額による評価の運用がされていたこと、東京地裁商事部が券面額による評価を採用した後も、他の裁判所では検査役の調査実務において評価額による評価が行われていた例が多数あったとの指摘があること（乙４１）を考慮すれば、法人税法の平成１８年改正前において、ＤＥＳに係る現物出資対象債権の評価について、その評価方法を明らかにした通達等が示されない状況の下で、原告が主張するように課税実務において券面額による評価が一般的に採用されていたとは認め難い。むしろ、平成１８年５月１日に施行された会社法は、債務者会社の負債の帳簿価額を超えない限り、券面額で行う現物出資について検査役の選任を不要とし（会社法１９９条１項３号、２０７条９項５号）、ＤＥＳに係る現物出資に関する東京地裁商事部の従前の取扱いを踏まえつつ、さらに一層の手続の合理化を定めていることからすれば、会社法及びその制定に伴う法人税法の改正は、ＤＥＳに係る現物出資対象債権の評価について、従来は両法制の関係を含めて解釈上の疑義があったことを前提とした上で、会社法制上の手続においては券面額によることを、税法上の法人税の課税においては評価額によることをそれぞれ明らかにすることによって、券面額と評価額の議論について立法的解決を図ったものとみることができる。このように、いずれにしても、原告の上記主張は、上記エの判断を左右する余地のあるものとは解されない。
カ 上記エで検討したとおり、本件現物出資は適格現物出資に該当するので、法人税法６２条の４第１項により、本件貸付債権を直前の帳簿価額により譲渡したものとして、事業年度の所得の金額を計算することとなるから、混同により消滅した本件貸付債務の券面額とその取得価額（直前の帳簿価額）１億６２００万円との差額につき、債務消滅益が発生したものと認められる。
原告は、法人税法２２条２項にいう取引（損益取引）は、税法上明確な特則が法律によって定められていない限り、民商法等の他の法分野で定める取引と同義に解さなければならず、民商法上、混同は、人の精神作用を要件としない法律事実である事件であって、取引に当たらない旨主張する。しかしながら、法人税法２２条２項の規定の性質上、同項の「資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受け」は「取引」の例示であり、同項の「その他の取引」には、民商法上の取引に限られず、債権の増加又は債務の減少など法人の収益の発生事由として簿記に反映されるものである限り、人の精神作用を要件としない法律事実である混同等の事件も含まれると解するのが相当である。したがって、混同により消滅した本件貸付債務の券面額から上記資本等取引に当たる１億６２００万円を控除した残額は、損益取引により生じた益金と認められるので、上記主張は理由がない。
キ 原告は、税法分野における概念の取扱いとしても、税法上明確な特則が法律により定められていない限り、基本分野である民商法等の他の法分野におけるものと同義に解さなければならないところ、本件ＤＥＳを分解しなければならないという必要性や当事者の意思に反して分解し得る許容性の根拠や契機は民商法等には何ら存在しない旨主張する。しかしながら、前記アで述べたとおり、我が国の会社法制上、株式会社の債務を株式に直接転換してＤＥＳを直接実現する制度が存在しない以上、株式会社の債務を株式に転化するＤＥＳを実現するためには、既存の法制度を利用するほかなく、既存の法制度を利用する以上、既存の法制度を規律する関係法令の適用を受けることは当然の事理であって、当事者の意思としても、現物出資、混同及び新株発行という既存の法制度を利用することは所与の前提として認識しており、ＤＥＳを①現物出資、②混同による消滅及び③新株発行という各段階の過程で構成される複合的な行為と捉えることが、当事者の合理的な意思に反するものとはいえない。
原告は、さらに、法人税法６２条の４第１項は、適格現物出資の場合であって資産のみを現物出資した場合又は資産と負債を併せて現物出資した場合には、現物出資法人について譲渡損益を認識しないとする（所得金額がないものとする）趣旨であり、この規定を受けて、法人税法施行令１２３条の５は、資産のみを現物出資した場合又は資産と負債を併せて現物出資した場合には、被現物出資法人の資産及び負債の取得価額を、法人税法６２条の４第１項に規定する帳簿価額相当額としたものであるところ、ＤＥＳの場合には、被現物出資法人は資産又は資産及び負債を取得しておらず、自己の負債の移転がされたにすぎない旨主張する。しかしながら、ＤＥＳによる債務消滅の過程は、①現物出資による債務者会社への債権（資産）の移転、②債権及び債務が同一人に帰属したことによる混同による消滅、③新株発行及び債権者の新株引受けからなるのであり、債権という資産の移転があることを否定することはできない。本件ＤＥＳにおいても、本件貸付債権がＣから原告へ現物出資により移転し、本件貸付債権及び本件貸付債務が同一人である原告に帰属したため混同により消滅したのであるから、本件貸付債権という資産が原告に移転したことは明らかであり、原告について資産の移転がないことを前提とする上記主張は理由がない。
ク なお、原告は、本件貸付債権４億３０４４万２４３５円のうち、本件ＤＥＳにより消滅したのは４億３０４０万円であり、残金４万２４３５円についてはＣから債務免除を受けたものであるので、雑収入として計上すべきである旨主張する。債務者会社に対する債権のうち、どれだけの金額を現物出資に供するかは、債権者（株式引受人）と債務者（会社）との合意によって決せられるものであり、証拠（甲７ないし９、乙１７、１８）及び弁論の全趣旨によれば、現物出資の対象とされたのは原告の主張のとおり４億３０４０万円であり、本件貸付債権のうち、４億３０４０万円は混同により消滅し、残金４万２４３５円はＣによる債務免除によって消滅したものと認められる。したがって、本件貸付債務の全額が混同により消滅したとの処分行政庁の認定は採用できないものの、残金４万２４３５円については、債務免除による消滅であっても、損益計算上は益金に算入され、税額は同一であるので、本件更正処分４において残金４万２４３５円を雑収入ではなく債務消滅益としたことに所論の違法はない。
(2) 以上に検討したところによれば、本件ＤＥＳにおいて消滅した本件貸付債務４億３０４４万２４３５円（上記(1)キのとおり、本件現物出資に基づく混同により４億３０４０万円、債務免除により４万２４３５円）のうち、現物出資法人であるＣにおける本件貸付債権の直前の帳簿価格１億６２００万円を超える部分２億６８８４万２４３５円につき、債務消滅益が生じたものと認めるのが相当であり、所得金額の計算上、これを益金に算入すべきものと解されるのであって、原告のその余の主張も、この判断を左右するに足りるものとは認められない。
３ 争点(3)（本件自己株式の譲渡について債務消滅益が生ずるか否か）について
(1) 前記前提事実を前提として、以下、検討する。
資本等取引は、法人の資本等の金額（資本の金額又は出資金額と資本積立金額との合計額。法人税法２条１６号）の増加又は減少を生ずる取引等をいい（法人税法２２条５項）、自己の株式の譲渡によって増加する資本積立金額は、自己の株式を譲渡した場合における譲渡対価の額から当該自己の株式の当該譲渡の直前の帳簿価額を減算した金額（法人税法２条１７号ロ）である。この譲渡対価の額は、時価を意味するのであり、時価とは、不特定多数の当事者間で自由な取引が行われた場合に通常成立する価額、すなわち、客観的な交換価値をいうものと解されるところ、前記前提事実(4)オのとおり、Ｊ銀行が平成１６年１月２６日付けでＥに譲渡した本件利息債権（残高４億６９３１万０５００円）の譲渡代金は２億５６６３万２７５６円であったのであるから、特段の事情がない限り、平成１６年１月２６日当時の本件利息債権の時価は２億５６６３万２７５６円であったものと認めるのが相当であり、Ｅが時価と異なる価格で本件利息債権を取得したことをうかがわせる特段の事情の存在を認めるに足りる証拠はない。そして、前記前提事実(4)カ及びキのとおり、原告は、ＥがＪ銀行から本件利息債権を取得してから間もない平成１６年４月６日に、Ｅに対し、本件利息債権の返済として１億４４６１万０５００円を支払い、同月３０日に、その残額３億２４７０万円の本件利息債権を取得したものであるから、本件自己株式の譲渡対価である同日当時の本件利息債権の時価は、２億５６６３万２７５６円から１億４４６１万０５００円を控除した残額である１億１２０２万２２５６円と認めるのが相当である。
法人税法２条１７号ロによれば、譲渡対価の額から当該自己の株式の当該譲渡の直前の帳簿価額を減算した金額が資本積立金額となるところ、本件利息債権の本件自己株式の譲渡直前の帳簿価格は３億２４７０万円であるから、上記譲渡対価の額１億１２０２万２２５６円からこれを減算した金額マイナス２億１２６７万７７４４円が資本積立金額となるので、本件自己株式の譲渡は資本等取引に該当する。
そして、本件自己株式の取得の結果、原告が取得した本件利息債権（取得価額１億１２０２万２２５６円）と本件利息債務（３億２４７０万円）は混同により消滅したが、これは本件自己株式の譲渡によって消滅したものではなく、混同によって消滅したものであり、混同は、資本等の金額の増減を発生させるものではないから、資本等取引に該当するとは認められない。したがって、原告は、損益取引に該当する混同によって３億２４７０万円の債務の返済を免れ、この金額に相当する経済的利益を得たことになるので、本件利息債権の取得価額１億１２０２万２２５６円を控除した残額２億１２６７万７７４４円につき、債務消滅益が発生したものと認めるのが相当である。
(2)ア原告は、自己株式の処分は損益取引ではなく資本等取引であり、自己株式の処分について債務消滅益を認定することは違法である旨主張するが、上記(1)で検討したとおり、本件自己株式の譲渡及びその対価としての本件利息債権の譲受けそのものは資本等取引であるが、混同による債務の消滅自体は資本等取引には該当せず、損益取引に該当すると解されるので、これに基づく経済的利益につき債務消滅益を認定することは違法ではなく、上記主張は理由がない。
イ 原告は、被告の主張に基づけば、本件自己株式の譲渡取引時における本件自己株式の時価は１株当たり３２９円となり（３４万株で１億１２０２万２２５６円）、全く時価からかけ離れた低額すぎる価額となるのであり、本件自己株式の譲渡取引当時の原告の貸借対照表に照らして、名実ともに譲渡の対価は３億２４７０万円である旨主張する。
しかしながら、本件では、本件自己株式の譲渡の対価として取得した債権の時価が争点となっているのであり、その時価は、上記(1)で検討したとおり、不特定多数の当事者間で自由な取引が行われた場合に通常成立する価額、すなわち、客観的な交換価値をいうものであって、Ｊ銀行の譲渡価格から譲渡直前の弁済額を控除した額がこの時価に相当するものと認められるから、上記主張は理由がない。
確かに、債務者会社の財務状況は、債務者の返済能力にかかわる事情であるから、債権の時価を左右する一要素であり、かかる意味で、債務者会社の株価の評価と債務者会社に対する債権の時価との間には相応の関連性があると考えられるところである。しかしながら、原告の発行済株式は甲が直接又は間接にその全部を保有していたところ、本件自己株式の譲渡取引の相手方となったＥが公認会計士に依頼し、平成１５年１１月３０日を評価基準日（なお、ＥとＪ銀行との間において債権譲渡契約が締結されたのは平成１６年１月２６日である。）として時価純資産価額方式により評価した原告の株価は、１株当たり２１２円であり（乙４０）、その評価は、本件自己株式の譲渡取引が行われるであろうことを前提に、本件自己株式の譲渡取引により消滅する債務の金額（当該評価額算定上は３億３２７０万円）を負債の金額からあらかじめ控除した上で計算されたものであり（乙４０）、３億３２７０万円を負債から控除しないで計算すると、１株当たりでは４９円にすぎず、処分行政庁が認定した譲渡価格を前提として算出した株価３２９円よりもいずれも低額であり、仮に株価との関連を勘案しても、処分行政庁の認定した本件利息債権の時価が低額にすぎるとは認め難く、いずれにしても、上記主張は理由がない。
なお、原告は、平成１６年５月３１日現在の貸借対照表（甲２２）並びに平成１８年２月１０日付けの収益還元方式、配当還元方式及び類似業種比準方式による株価の試算（甲２３）を提出するが、いずれも本件利息債権が混同により消滅した後の改善された財務状況を前提とするものであり、これらが、本件自己株式の譲渡の時点における本件利息債権の時価の算定に直接の影響を及ぼすものとは認められない。
ウ 原告は、本件自己株式の譲渡取引当時、原告は財務体質を改善させ、自己の債務を全額支払うに足りる十分な能力があり、このことは、当時の貸借対照表に照らしても明らかであって、その重要な証左として、原告が、本件自己株式の譲渡取引の直前である平成１５年１１月２８日、Ｌ銀行から５億円の融資を受けた事実がある旨主張する。しかしながら、本件自己株式の譲渡取引がされる直前の貸借対照表は、上記５億円の融資が実行された後に作成された原告の平成１５年１１月３０日現在の貸借対照表（乙４０）であり、同貸借対照表に基づく株式の評価は、上記イのとおりであって、その株式の対価として譲渡された本件利息債権の時価として処分行政庁が認定した価格が低額にすぎるとはいえない上、そもそも債権の時価は、債務者の財務状況だけでなく、物的・人的担保の有無、利息の有無及び多寡、利息・元本の種別、返済期間、従前の支払状況等の諸要素を総合的に勘案して定まるものであり、新規に５億円の融資が受けられたとしても、その一事をもって同一の債務者に対する債権の時価が直ちに額面額となるものではないから、上記主張は理由がない。
エ なお、原告は、譲渡契約における譲渡対価の額は、当事者間の合意により定まるのが民商法の大原則であり、譲渡対価の額は本件自己株式の簿価である３億２４７０万円である旨主張する。しかしながら、前示のとおり、時価とは、不特定多数の当事者間で自由な取引が行われた場合に通常成立する価額、すなわち、客観的な交換価値をいうものと解されているのであり、当事者の合意した価額が客観的な交換価値としての時価と異なるときは、客観的な交換価値としての時価に基づいて損益を判断することになるのであるから、上記主張は理由がない。
オ 原告は、相続財産評価に関する基本通達（昭和３９年４月２５日付け直視５６、直審（資）１７）２０４によれば、貸付金債権等に係る利息の価額は、券面額で評価されるから、Ｅの原告に対する債権の評価は３億２４７０万円である旨主張する。しかしながら、同基本通達は、国税庁長官が下級機関に対して一般的な取扱いを示達したものであって、直接に国民に対して法的効力を有するものではない上、その内容も、個人の相続税及び贈与税の課税価格計算の基礎となる相続財産の評価に関する基本的な取扱いを定めたものであって、法人税の課税価格計算の基礎となる資本積立金額の増減を判断する指標としての自己株式の譲渡対価の額等の評価についてその取扱いを定めたものではなく、その評価手法が直ちに妥当するものではないから、他の評価方法によって合理的な評価ができるときに、同基本通達の評価手法によらなければ法人税の課税処分が違法となるものではなく、前示のとおり本件利息債権は上記(1)のとおり評価するのが合理的であると認められるので、上記主張は理由がない。
カ 原告は、民商法上、一つの取引である本件自己株式の譲渡取引を、何らの根拠なく譲渡金額を合意とは別異の金額であるとした上で、独自の解釈に基づき２つに分解し、一の部分は資本等取引でありその他は損益取引であるとすることは、明らかに、公正妥当な企業会計原則に反し、法人税法２２条４項に反する旨主張する。
しかしながら、本件利息債権の原告への移転及びその消滅の各過程は、私法上も、①原告がＥに対し本件自己株式を譲渡し、その対価としてＥが原告に対し本件利息債権を譲渡する旨の合意、②本件利息債権と本件利息債務が同一人である原告に帰属したことに基づく混同による消滅の２段階の各過程に分解されるものであり、特に、上記②の混同による債権債務の消滅の効果は、債権債務が同一人に帰属することにより当然に発生するものであり、仮にこの事件により当然に発生する法的効果についてその発生を企図する合意をしたとしても、法的には意味はなく、上記①及び②を併せて民商法上一つの取引とみることはできない。そして、資本等の金額の増減が発生するのは上記①の取引のみであり、上記①の合意は資本等取引と認めることができるが、上記②の混同は、資本等の金額に増減を発生させるものではなく、資本等取引に該当するとは認められず、損益取引に該当すると認められるので、これによって消滅した債務の額を債務免除益と認めて課税することは、公正妥当な企業会計原則に反するものではなく、法人税法２２条４項に反するものでもないので、上記主張は理由がない。
キ 原告は、本件自己株式の譲渡につき、課税庁がその対価を１億１２０３万２２５６円と認定することは、租税回避行為の否認に該当し、租税法律主義の下では許されない旨主張する。しかしながら、租税回避行為の否認とは、通常用いられない法形式を用いて税負担を減少させる行為を通常用いられる法形式に引き直して課税をすることをいうところ、自己株式の譲渡の対価を当事者の合意した価額よりも低く認定することは、法形式を異なる法形式に引き直すものではなく、単に同一の法形式において対価の額を合意と異なる額と認定したものにすぎず、租税回避行為の否認に該当しないから、上記主張は理由がない。
(3) 以上に検討したところによれば、原告が本件自己株式の譲渡により得た本件利息債権の時価は１億１２０２万２２５６円であると認められ、混同により消滅した本件利息債務３億２４７０万円から本件利息債権の取得価額１億１２０２万２２５６円を控除した残額である２億１２６万７７４４円につき、債務消滅益が生じたものと認めるのが相当であり、所得金額の計算上、これを益金に算入すべきものと解されるのであって、原告のその余の主張も、この判断を左右するに足りるものとは認められない。
４ 本件各処分の適法性
(1) 本件更正処分１ないし３
前記１によれば、平成１１年５月期、平成１２年５月期及び平成１３年５月期において、原告がＧに対する給与の名目で甲に支払った本件特別手当額等は、仮装経理により原告代表者である甲に支払った役員報酬に該当し、上記各事業年度の所得金額の計算上、その額を損金の額に算入できず、上記各事業年度の所得金額に加算すべきことになると認められ、このことを前提として、証拠（甲７）及び弁論の全趣旨を総合すると、平成１１年５月期の所得金額及び翌期へ繰り越す欠損金の額並びに平成１２年５月期及び平成１３年５月期の翌期へ繰り越す欠損金の額は、別紙１(1)ないし(3)のとおりであると認められるので、本件更正処分１ないし３はいずれも適法であるというべきである。
(2) 本件更正処分４
前記２によれば、平成１５年５月期において、本件ＤＥＳに伴う混同及び免除による本件貸付債務の消滅によって発生した債務消滅益の額は２億６８８４万２４３５円であると認められこのこと及び上記(1)の欠損金額の繰越額を前提として、証拠（甲７）及び弁論の全趣旨を総合すると、平成１５年５月期の所得金額及び納付すべき税額は、別紙１(4)記載のとおりであると認められるので、本件更正処分４は適法であるというべきである。
(3) 本件更正処分５
前記３によれば、平成１６年５月期において、本件自己株式の譲渡に伴う混同による本件利息債権の消滅によって発生した債務免除益の額が２億１２６７万７７４４円であることが認められ、このことを前提として、証拠（甲７）及び弁論の全趣旨を総合すると、平成１６年５月期の所得金額及び納付すべき税額は、別紙１(5)記載のとおりであると認められるので、本件更正処分５は適法であるというべきである。
(4) 本件過少申告加算税賦課決定処分１
上記(2)のとおり平成１５年５月期に係る本件更正処分４は適法であることから、本件更正処分４によって新たに納付すべきこととなった税額のうち、国税通則法６５条４項所定の正当な理由がなく、かつ、隠ぺい又は仮装の事実がない事項に対応する部分について、同項所定の算定方法により算出される過少申告加算税を賦課すべきこととなり、賦課すべき過少申告加算税の金額は別紙２(1)ア記載のとおりであると認められるので、本件過少申告加算税賦課決定処分１は、適法であるというべきである。
(5) 本件重加算税賦課決定処分
前記１によれば、本件特別手当額等の支給行為及びこれに基づいて行われた平成１５年５月期の確定申告書の提出は、本件特別手当額等から税等諸控除後の金額が甲に交付されることを予定しながら、あえてＧに対する給与と仮装して支給したこと及びＢが平成１０年６月から平成１３年７月までの間に甲に対する役員報酬を監査役（甲の妻）に対する監査役報酬と仮装して支給したこと（甲７）並びにこれらを前提として行われたものと認められ、法人税の課税標準等又は税務等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし又は仮装し、その隠ぺいし又は仮装したところに基づき納税申告書を提出したものと認められる以上、平成１５年５月期については国税通則法６８条１項所定の算定方法により算出される重加算税を賦課すべきこととなり、賦課すべき重加算税の金額は別紙２(1)イ記載のとおりであると認められるので、本件重加算税賦課決定処分は適法であるというべきである。
(6) 本件過少申告加算税賦課決定処分２
上記(3)のとおり平成１６年５月期に係る本件更正処分５は適法であることから、本件更正処分５によって新たに納付すべきこととなった税額のうち、国税通則法６５条４項所定の正当な理由がなく、かつ、隠ぺい又は仮装の事実がない事項に対応する部分について、同項所定の算定方法により算出される過少申告加算税を賦課すべきこととなり、賦課すべき過少申告加算税の金額は別紙２(2)記載のとおりであると認められるので、本件過少申告加算税賦課決定処分２は適法であるというべきである。
(7) 以上によれば、本件各更正処分及び本件各賦課決定処分は、いずれも適法であるというべきである。
第４ 結論
以上によれば、原告の請求は、いずれも理由がないから棄却することとし、訴訟費用の負担について行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官岩井伸晃
裁判官本間健裕
裁判官倉澤守春は、差し支えのため、署名押印することができない。
裁判長裁判官岩井伸晃
（別紙１）
本件各更正処分の根拠及び計算
原告の平成１１年５月期ないし同１３年５月期、平成１５年５月期及び同１６年５月期の所得金額及び納付すべき税額は、次のとおりであり、別表１ないし５は、これを取りまとめたものである。
なお、所得金額に「△」を付したものは、欠損金額を表す。
(1) 平成１１年５月期（別表１）
ア 所得金額
△１１億３７５１万８５７０円
上記金額は、次の(ア)及び(イ)の各金額を合計した金額である。
(ア) 申告所得金額
△１１億４５９１万８５７０円
上記金額は、原告が処分行政庁に対して平成１１年８月３１日に提出した平成１１年５月期の法人税の確定申告書（以下「平成１１年５月期確定申告書」という。）に記載された所得金額である。
(イ) 損金の額に算入されない役員報酬の額
８４０万００００円
上記金額は、原告が、平成１１年５月期において、Ｂへの出向社員であるＧを介して甲に対して支給した役員報酬の金額の合計額（月額７０万円の１２か月分）であり、原告が事実を仮装して経理したことにより支給したものであることから、法人税法３４条２項の規定により、損金の額に算入されない金額である。
イ 翌期へ繰り越す欠損金の額
１１億４５１５万０３７１円
上記金額は、原告が平成１１年５月期確定申告書に記載した翌期へ繰り越す欠損金の額１１億５３５５万０３７１円から、上記ア(イ)により増加した同期の所得金額８４０万円を控除した金額である。
(2) 平成１２年５月期（別表２）
ア 所得金額
０円
上記金額は、次の(ア)及び(イ)の金額の合計額から、(ウ)の金額を控除した金額である。
(ア) 申告所得金額
０円
上記金額は、原告が処分行政庁に対して平成１２年８月３１日に提出した平成１２年５月期の法人税の確定申告書（以下「平成１２年５月期確定申告書」という。）に記載された所得金額である。
(イ) 損金の額に算入されない役員報酬の額
８４０万００００円
上記金額は、原告が、Ｂへの出向社員であるＧを介して甲に対して支給した役員報酬の金額の合計額（月額７０万円の１２か月分）であり、原告が事実を仮装して経理したことにより支給したものであることから、法人税法３４条２項の規定により、損金の額に算入されない金額である。
(ウ) 繰越欠損金の当期控除額の増加額
８４０万００００円
上記金額は、上記(イ)により所得金額が増加したことに伴って生じた繰越欠損金の当期控除額の増加額である。
イ 翌期へ繰り越す欠損金の額
９億１４９４万１９６５円
上記金額は、原告が平成１２年５月期確定申告書に記載した翌期へ繰り越す欠損金の額９億３１７４万１９６５円から、上記(1)ア(イ)の前期の所得金額の増加額８４０万円及び上記ア(ウ)の繰越欠損金の当期控除額の増加額８４０万円の合計額１６８０万円を控除した金額である。
(3) 平成１３年５月期（別表３）
ア 所得金額
０円
上記金額は、次の(ア)及び(イ)の金額の合計額から、(ウ)の金額を控除した金額である。
(ア) 申告所得金額
０円
上記金額は、原告が処分行政庁に対して平成１３年７月３１日に提出した平成１３年５月期の法人税の確定申告書（以下「平成１３年５月期確定申告書」という。）に記載された所得金額である。
(イ) 損金の額に算入されない役員報酬の額
２１０万００００円
上記金額は、原告が、Ｂへの出向社員であるＧを介して甲に対して支給した役員報酬の金額（平成１２年６月ないし同年８月の各月７０万円）の合計額であり、原告が事実を仮装して経理したことにより支給したものであることから、法人税法３４条２項の規定により、損金の額に算入されない金額である。
(ウ) 繰越欠損金の当期控除額の増加額
２１０万００００円
上記金額は、上記(イ)により所得金額が増加したことに伴って生じた繰越欠損金の当期控除額の増加額である。
イ 翌期へ繰り越す欠損金の額
５億７７９３万７３９４円
上記金額は、原告が平成１３年５月期確定申告書に記載した翌期へ繰り越す欠損金の額５億９６８３万７３９４円から、上記(1)ア(イ)の前々期の所得金額の増加額８４０万円、上記(2)ア(ウ)の繰越欠損金の前期控除額の増加額８４０万円及び上記(3)ア(ウ)の繰越欠損金の当期控除額の増加額２１０万円の合計額１８９０万円を控除した金額である。
(4) 平成１５年５月期（別表４）
ア 所得金額
４億６０６６万８０９０円
上記金額は、次の(ア)及び(イ)の金額の合計額から、(ウ)の金額を控除した金額である。
(ア) 申告所得金額
１億７２９０万６５１６円
上記金額は、原告が処分行政庁に対して平成１５年８月２９日に提出した平成１５年５月期の法人税の確定申告書（以下「平成１５年５月期確定申告書」という。）に記載された所得金額である。
(イ) 所得金額に加算すべき金額
２億８７８０万４００９円
上記金額は、次のａ及びｂの金額の合計額である。
ａ 債務消滅益の計上漏れの額
２億６８４４万２４３５円
上記金額は、原告がＣから自己あて債権の現物出資を受けた結果、後記第５の２のとおり、原告の債務が混同により消滅したことに伴って生じた益金の額である。
ｂ 繰越欠損金の当期控除額の過大額
１９３６万１５７４円
上記金額は、上記(1)ア(イ)、(2)ア(ウ)及び(3)ア(ウ)により前期から繰り越された欠損金の額が１８９０万円減少したこと並びに被合併法人であるＢの受けた更正処分に伴って同社から引き継いだ繰越欠損金の額が４６万１５７４円減少したことにより過大となった繰越欠損金の当期控除額である。
(ウ) 雑収入の過大計上額
４万２４３５円
上記金額は、上記(イ)ａの債務消滅益として計上すべき金額の一部を原告が債務免除益であるとしたことに伴って過大に計上された雑収入の金額である。
イ 所得金額に対する法人税額
１億３８２０万０４００円
上記金額は、上記アの所得金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額。以下同じ。）に法人税法６６条（ただし、経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（平成１８年３月３１日法律第１０号による廃止前のもの）１６条１項の規定を適用した後のもの。以下同じ。）に規定する税率を乗じて計算した金額である。
ウ 課税留保金額
１８万５１２４円
上記金額は、次の(ア)の金額から(イ)の金額を控除した金額である。
(ア) 留保金額
４億７９４９万５６７９円
上記金額は、平成１５年５月期確定申告書における留保所得金額３億７７８３万６７７８円に、上記ア(イ)ａの金額を加算し、上記ア(ウ)の金額を控除した金額６億４６２３万６７７８円から、次のａ及びｂの金額の合計額を控除した金額である。
ａ 上記イの金額から下記オの金額を控除した金額
１億３８１３万３６１７円
ｂ 上記イの金額に２０．７パーセントを乗じた金額
２８６０万７４８２円
(イ) 留保控除額
４億７９３１万０５５５円
上記金額は、法人税法６７条３項に規定する留保控除額である。
エ 課税留保金額に対する税額
１万８５００円
上記金額は、上記ウの課税留保金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。以下同じ。）に、法人税法６７条１項に規定する税率を乗じて算出した金額である。
オ 法人税額から控除する所得税額等
６万６７８３円
上記金額は、原告が平成１５年５月期確定申告書に記載した金額と同額である。
カ 納付すべき法人税額
１億３８１５万２１００円
上記金額は、上記イ及びエの金額の合計額から、上記オの金額を控除した納付すべき法人税額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。以下同じ。）である。
キ 確定申告に係る法人税額
５１８０万５０００円
上記金額は、原告が平成１５年５月期確定申告書に記載した金額と同額である。
ク 差引納付すべき法人税額
８６３４万７１００円
上記金額は、上記カの金額から上記キの金額を差し引いた金額である。
(5) 平成１６年５月期（別表５）
ア 所得金額
５億５８５４万７５４７円
上記金額は、次の(ア)及び(イ)の金額の合計額から、(ウ)の金額を控除した金額である。
(ア) 申告所得金額
３億９９６２万６７４４円
上記金額は、原告が処分行政庁に対して平成１６年８月２７日に提出した平成１６年５月期の法人税の確定申告書（以下「平成１６年５月期確定申告書」という。）に記載された所得金額である。
(イ) 所得金額に加算すべき金額
２億６１６４万２９４２円
上記金額は、次のａないしｄの金額の合計額である。
ａ 債務消滅益の計上漏れの額
２億１２６７万７７４４円
上記金額は、原告が、Ｅに自己株式を譲渡した対価として本件利息債権を取得した結果、原告の債務が混同により消滅したことに伴って生じた益金の額である。
ｂ 外国子会社株式の譲渡損失の過大計上額
３２９５万００００円
上記金額は、原告が外国子会社であるＭ（深圳）有限公司（以下「Ｍ」という。）に対する貸付金として計上した金額のうち、Ｍに対する貸付金とは認められない金額であり、その後、原告は、当該金額をＭの株式勘定に振り替えた上、Ｍの株式を譲渡した際に譲渡原価として損金の額に算入していることから、結果的に過大計上となった譲渡損失の金額である。
ｃ 売上計上漏れの額
２００万００００円
上記金額は、原告が平成１６年６月１日付けで計上したＮ株式会社に対する売上金額であり、平成１６年５月２０日に同社の検収が完了していることから、平成１６年５月期の売上げとして計上すべき金額である。
ｄ 給与手当の過大計上額
１４０１万５１９８円
上記金額は、原告が給与の未払金として損金の額に算入した金額のうち、平成１６年５月期の費用とは認められない金額の合計額である。
(ウ) 所得金額から減算すべき金額
１億０２７２万２１３９円
上記金額は、次のａないしｆの金額の合計額である
ａ 仕入計上漏れの額
１６２５万５８９７円
上記金額は、原告の平成１６年５月期の仕入金額として損金の額に算入されている金額のほか、同期の売上げに対応する仕入金額であるため、同期の仕入金額として損金の額に算入すべき金額である。
ｂ 外注加工費計上漏れの額
４９８１万１９３７円
上記金額は、原告の平成１６年５月期の外注加工費として損金の額に算入されている金額のほか、同期の売上げに対応する外注加工費であるため、同期の外注加工費として損金の額に算入すべき金額である。
ｃ 販売手数料計上漏れの額
４５１万４５６１円
上記金額は、原告の平成１６年５月期の販売手数料として損金の額に算入されている金額のほか、同期の売上げに対応する販売手数料であるため、同期の販売手数料として損金の額に算入すべき金額である。
ｄ 受取利息の過大計上額
４８万５９２５円
上記金額は、原告が受取利息として益金の額に算入した金額のうち、平成１６年５月期の受取利息とは認められないため、益金の額に算入すべきではない金額である。
ｅ 雑損失計上漏れの額
１９円
上記金額は、原告の平成１６年５月期の仮受消費税等の額及び仮払消費税等の額に基づいて、消費税及び地方消費税の税額を再計算した結果、損金の額に算入すべきものとして算出された金額である。
ｆ 事業税の損金算入額
３１６５万３８００円
上記金額は、原告の平成１５年５月期の更正処分（本件更正処分４）に伴い増加した所得金額に対する事業税相当額で、平成１６年５月期の損金の額に算入すべき金額である。
イ 所得金額に対する法人税額
１億６７５６万４１００円
上記金額は、上記アの所得金額に法人税法６６条に規定する税率を乗じて計算した金額である。
ウ 課税留保金額
１億４１２５万５１４４円
上記金額は、次の(ア)の金額から(イ)の金額を控除した金額である。
(ア) 留保金額
３億３６７５万０１８９円
上記金額は、平成１６年５月期確定申告書における留保所得金額３億８００４万７１４７円に、上記ア(イ)ａないしｄの金額の合計額を加算し、上記ア(ウ)ａないしｆの金額の合計額を控除した金額５億３８９６万７９５０円から、次のａ及びｂの金額の合計額を控除した金額である。
ａ 上記イの金額から下記オの金額を控除した金額
１億６７５３万１９９３円
ｂ 上記イの金額に２０．７パーセントを乗じた金額
３４６８万５７６８円
(イ) 留保控除額
１億９５４９万５０４５円
上記金額は、法人税法６７条３項に規定する留保控除額である。
エ 課税留保金額に対する税額
２１７５万１０００円
上記金額は、上記ウの課税留保金額に、法人税法６７条１項に規定する税率を乗じて算出した金額である。
オ 法人税額から控除する所得税額等
３万２１０７円
上記金額は、原告が平成１６年５月期確定申告書に記載した金額と同額である。
カ 納付すべき法人税額
１億８９２８万２９００円
上記金額は、上記イ及びエの金額の合計額から、上記オの金額を控除した納付すべき法人税額である。
キ 確定申告に係る法人税額
１億２８２３万３７００円
上記金額は、原告が平成１６年５月期確定申告書に記載した金額と同額である。
ク 差引納付すべき法人税額
６１０４万９２００円
上記金額は、上記カの金額から上記キの金額を差し引いた金額である。
（別紙２）
本件各賦課決定処分の根拠及び計算
被告が本訴において主張する原告の平成１５年５月期の過少申告加算税の額及び重加算税の額並びに平成１６年５月期の過少申告加算税の額は、以下のとおりである。
(1) 平成１５年５月期
ア 過少申告加算税の額
９５９万１０００円
上記過少申告加算税の額は、処分行政庁が平成１７年６月２９日付けでした原告の平成１５年５月期の法人税の更正処分（本件更正処分４）により、原告が新たに納付すべきこととなった８６３４万７１００円のうち、国税通則法６５条４項所定の正当事由が存せず、かつ、隠ぺい又は仮装の事実がない事項に対応する部分に対する税額（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後の金額。以下同じ。）８１２３万円に国税通則法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額８１２万３０００円と、同条２項の規定に基づき上記８１２３万円のうち期限内申告税額に相当する金額を超える部分に相当する税額２９３６万円に１００分の５の割合を乗じて計算した金額１４６万８０００円との合計額である。
イ 重加算税の額
１７８万５０００円
上記重加算税の額は、本件更正処分４により、原告が新たに納付すべきこととなった８６３４万７１００円から、過少申告加算税の額の計算の基礎となる部分に対する税額を控除した税額５１０万円に、国税通則法６８条１項の規定に基づき１００分の３５の割合を乗じて算出した金額である。
(2) 平成１６年５月期
過少申告加算税の額
６１０万４０００円
上記過少申告加算税の額は、処分行政庁が平成１７年６月２９日付けでした原告の平成１６年５月期の法人税の更正処分（本件更正処分５）により、原告が新たに納付すべきこととなった６１０４万９２００円のうち、国税通則法６５条４項所定の正当事由が存せず、かつ、隠ぺい又は仮装の事実がない事項に対応する部分に対する税額６１０４万円に、国税通則法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額である。
（別紙３）
法人税の更正処分等の経緯
別表１－１
平成１１年５月期
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき
法人税額
翌期繰越
欠損金額
確定申告平成11年8月31日
▲1,145,918,570
▲104,619
1,153,550,371
更正処分平成17年6月29日
▲1,137,518,570
▲104,619
1,145,150,371
審査請求平成17年8月26日
▲1,145,918,570
▲104,619
1,153,550,371
裁
決平成19年6月21日
棄却
（注）１所得金額欄の「▲」は、欠損金額を示す。
２ 納付すべき法人税額欄の「▲」は、還付税額を示す。
別表１－２
平成１２年５月期
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき
法人税額
翌期繰越
欠損金額
確定申告平成12年8月31日
▲673,224
931,741,965
更正処分平成17年6月29日
▲673,224
914,941,965
審査請求平成17年8月26日
▲673,224
931,741,965
裁
決平成19年6月21日
棄却
（注）納付すべき法人税額欄の「▲」は、還付税額を示す。
別表１－３
平成１３年５月期
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき
法人税額
翌期繰越
欠損金額
確定申告平成13年7月31日
▲351,270
596,837,394
更正処分平成17年6月29日
▲351,270
577,937,394
審査請求平成17年8月26日
▲351,270
596,837,394
裁
決平成19年6月21日
棄却
（注）納付すべき法人税額欄の「▲」は、還付税額を示す。
別表１－４
平成１５年５月期
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき
法人税額
過少申告加算税
重加算税の額
確定申告平成15年8月29日
172,906,516
51,805,000
－
更正処分平成17年6月29日
460,668,090
138,152,100
9,591,000
1,785,000
審査請求平成17年8月26日
172,906,516
51,805,000
裁
決平成19年6月21日
棄却
別表１－５
平成１６年５月期
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき
法人税額
過少申告加算税
重加算税の額
確定申告平成16年8月27日
399,626,744
128,233,700
－－
更正処分平成17年6月29日
558,547,547
189,282,900
6,104,000
－
審査請求平成17年8月26日
399,626,744
128,233,700
－－裁
決平成19年6月21日
棄却
別表１
平成１１年５月期
（単位：円）
確定申告における所得金額
①
△1,145,918,570
加算金額損金の額に算入されない役員報酬の額
②
8,400,000
所得金額
所得金額（①＋②）
③
△1,137,518,570
２ 翌期へ繰り越す欠損金の額
④
1,145,150,371
※所得金額欄の「△」は、欠損金額を示す。
別表２
平成１２年５月期
（単位：円）
確定申告における所得金額
①
加算金額損金の額に算入されない役員報酬の額
②
8,400,000
減算金額繰越欠損金の当期控除額の増加額
③
8,400,000
所得金額
所得金額（①＋②－③）
④
２ 翌期へ繰り越す欠損金額
⑤
914,941,965
別表３
平成１３年５月期
（単位：円）
確定申告における所得金額
①
加算金額損金の額に算入されない役員報酬の額
②
2,100,000
減算金額繰越欠損金の当期控除額の増加額
③
2,100,000
所得金額
所得金額（①＋②－③）
④
２ 翌期へ繰り越す欠損金額
⑤
577,937,394
別表４
平成１５年５月期
（単位：円）
確定申告における所得金額
①
172,906,516
債務消滅益の計上もれの額
②
268,442,435
繰越欠損金の当期控除額の過大額
③
19,361,574
加算金額
所得金額に加算すべき金額の合計
（②＋③）
④
287,804,009
減算金額雑収入の過大計上額
⑤
42,435
所得金額
所得金額（①＋④－⑤）
⑥
460,668,090
２ 所得金額に対する法人税額
⑦
138,200,400
３ 課税留保金額（⑨－⑩）
⑧
185,000
(1) 留保金額
⑨
479,495,679
(2) 留保控除額
⑩
479,310,555
４ 課税留保金額に対する税額
⑪
18,500
５ 法人税額から控除される所得税額等
⑫
66,783
６ 納付すべき税額（⑦＋⑪－⑫）
⑬
138,152,100
７ 既に納付の確定した本税額
⑭
51,805,000
８ 差引納付すべき税額（⑬－⑭）
⑮
86,347,100
※⑧課税留保金額の欄は、通則法１１８条１項の規定により1000円未満の端数を切り捨てた後のもの。別表５
平成１６年５月期
（単位：円）
確定申告における所得金額
①
399,626,744
債務消滅益の計上もれの額
②
212,677,744
外国子会社株式の譲渡損失の過大計上額
③
32,950,000
売上計上もれの額
④
2,000,000
給与手当の過大計上額
⑤
14,015,198
加算金額
所得金額に加算すべき金額の合計
（②＋③＋④＋⑤）
⑥
261,642,942
仕入計上もれの額
⑦
16,255,897
外注加工費計上もれの額
⑧
49,811,937
販売手数料計上もれの額
⑨
4,514,561
受取利息の過大計上額
⑩
485,925
雑損失計上もれの額
⑪
事業税の損金算入額
⑫
31,653,800
減算金額
所得金額から減算すべき金額の合計
（⑦＋⑧＋⑨＋⑩＋⑪＋⑫）
⑬
102,722,139
所得金額
所得金額（①＋⑥－⑬）
⑭
558,547,547
２ 所得金額に対する法人税額
⑮
167,564,100
３ 課税留保金額（⑰－⑱）
⑯
141,255,000
(1) 留保金額
⑰
336,750,189
(2) 留保控除額
⑱
195,495,045
４ 課税留保金額に対する税額
⑲
21,751,000
５ 法人税額から控除される所得税額等
⑳
32,107
６ 納付すべき税額（⑮＋⑲－⑳）
あ
189,282,900
７ 既に納付の確定した本税額
ぃ
128,233,700
８ 差引納付すべき税額（あ－ぃ）
い
61,049,200
※⑯課税留保金額の欄は、通則法１１８条１項の規定により1000円未満の端数を切り捨てた後のもの。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2009/pdf/11191.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報56巻6号1848頁。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。