税務訴訟資料第２５９号－９１（順号１１２０４）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号不当利得返還請求事件
国側当事者・国
平成２１年５月２１日棄却・確定
判決
原告甲
訴訟代理人弁護士三堀清
被告国
代表者法務大臣森英介
指定代理人折原崇文
同柴田正紀
同嶺山登
同加藤義隆
同信本努
同関野真幹
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は、原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
被告は、原告に対し、１２９９万０４００円並びに内３０３万９０００円に対する平成１３年１月２日から同年１２月３１日まで年４．５分、平成１４年１月１日から平成１８年１２月３１日まで年４．１分及び平成１９年１月１日から支払済みまで年４．４分の各割合による金員、内８８８万６０００円に対する平成１４年４月２日から平成１８年１２月３１日まで年４．１分及び平成１９年１月１日から支払済みまで年４．４分の各割合による金員、内９７万７８００円に対する平成１３年１月２日から同年１２月３１日まで年４．５分、平成１４年１月１日から平成１８年１２月３１日まで年４．１分及び平成１９年１月１日から支払済みまで年４．４分の各割合による金員並びに内８万７６００円に対する平成１５年１月３日から平成１８年１２月３１日まで年４．１分及び平成１９年１月１日から支払済まで年４．４分の各割合による金員を支払え。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、平成１１年分から平成１３年分までの所得税の確定申告につき、所轄税務署長から、勤務先の日本法人の親会社である米国法人から付与されたストック・オプションの権利行使利益は一時所得ではなく給与所得であるとする各更正処分及び過少申告加算税の各賦課決定処分を受け、平成１１年分及び平成１２年分の当該各処分について原告の取消請求を棄却する確定判決を受けたところ、その後、平成１８年１０月２４日及び同年１１月１６日に、同種事案において、国税通則法６５条４項所定の過少申告加算税の賦課を免れる正当な理由がある旨の最高裁判所の判決がされたことを踏まえ、被告に対し、当該各賦課決定処分に係る過少申告加算税及び当該各更正処分に係る延滞税のうち取消し又は免除による還付を受けていない平成１１年分及び平成１２年分の過少申告加算税並びに平成１１年分及び平成１３年分（一部）の延滞税について、当該過少申告加算税は誤納金として、当該延滞税は免除により、それぞれ還付されるべきである等として、民法７０３条又は国家賠償法１条１項に基づき、当該過少申告加算税及び当該延滞税並びにこれらに対する還付加算金の各相当額の支払を求めている事案である（以下、上記平成１８年の最高裁判所の判決（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年１０月２４日第三小法廷判決・民集６０巻８号３１２８頁、最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年１１月１６日第一小法廷判決・判例時報１９５５号３７頁）を「平成１８年最判」という。）。
１ 関係法令の定め（国税通則法及び同法施行令の関係規定）
(1) 過少申告加算税及びその賦課を免れる正当な理由
ア 期限内申告書が提出された場合において、修正申告書の提出又は更正があったときは、当該納税者に対し、その修正申告又は更正に基づき国税通則法３５条２項（期限後申告等による納付）の規定により納付すべき税額に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課する（同法６５条１項）。
イ 上記アに該当する場合において、上記アの納付すべき税額がその国税に係る期限内申告税額に相当する金額と５０万円とのいずれか多い金額を超えるときは、上記アの過少申告加算税の額は、上記アにかかわらず、上記アにより計算した金額に、当該超える部分に相当する税額に１００分の５の割合を乗じて計算した金額を加算した金額とする（同条２項）。
ウ 上記ア又はイの納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちにその修正申告又は更正前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、上記ア又はイの納付すべき税額からその正当な理由があると認められる事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除して、上記ア又はイの規定を適用する（同条４項）。
(2) 延滞税及びその免除
ア 納税者は、期限後申告書若しくは修正申告書を提出し、又は更正若しくは国税通則法２５条（決定）の規定による決定を受けた場合において、同法３５条２項（期限後申告等による納付）の規定により納付すべき国税があるときは、延滞税を納付しなければならない（同法６０条１項２号）。
イ 延滞税の額は、上記アの国税の法定納期限の翌日からその国税を完納する日までの期間の日数に応じ、その未納の税額に年１４．６パーセントの割合を乗じて計算した額とする。ただし、納期限までの期間又は納期限の翌日から２月を経過する日までの期間については、その未納の税額に年７．３パーセントの割合を乗じて計算した額とする（同条２項）。
ウ 国税局長、税務署長又は税関長は、火薬類の爆発、交通事故その他の人為による異常な災害又は事故により、納付すべき税額の全部若しくは一部につき申告をすることができず、又は国税を納付することができない場合（その災害又は事故が生じたことにつき納税者の責めに帰すべき事由がある場合を除く。）には、当該国税に係る延滞税につき、その災害又は事故が生じた日からこれらが消滅した日以後７日を経過した日までの期間に対応する部分の金額を限度として、免除することができる（同法６３条６項４号、同法施行令２６条の２第２号）。
(3) 還付金等に係る請求権の消滅時効
ア 還付金等に係る国に対する請求権は、その請求をすることができる日から５年間行使しないことによって、時効により消滅する（国税通則法７４条１項）。
イ 還付金等に係る国に対する請求権の時効については、その援用を要しない（同条２項、同法７２条２項）。
２ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
(1) 原告のストック・オプションに係る過少申告加算税及び延滞税を巡る経緯
ア 過少申告加算税の賦課決定処分及びその変更決定（取消し）等
原告は、平成８年分から平成１３年分までの所得税について、勤務先の日本法人Ａ株式会社の親会社である米国法人のＡから付与された、同社の株式をあらかじめ定められた価格（以下「権利行使価格」という。）で購入することができる権利（以下「本件ストック・オプション」という。）を行使して同社の株式を取得したことにより得た、権利行使日における同社の株式価格と権利行使価格との差額の経済的利益（以下「権利行使益」という。）につき、その所得区分を一時所得として法定申告期限内に確定申告をしたところ、玉川税務署長から、当該権利行使益は給与所得であるとする各更正処分を受けるとともに（以下、平成８年分の当該内容の更正処分を「平成８年分の更正処分」といい、平成９年分以降についても同様に表記する。）、別紙１「過少申告加算税の賦課決定と変更決定（取消）」の「過少申告加算税の賦課決定」欄記載のとおり、平成９年分から平成１３年分までの過少申告加算税の各賦課決定処分を受けた（以下、平成９年分の当該内容の賦課決定処分を「平成９年分の賦課決定処分」といい、平成１０年分以降についても同様に表記し、平成９年分の賦課決定処分に係る過少申告加算税を「平成９年分の加算税」といい、平成１０年分以降についても同様に表記する。）。
その後、原告は、別紙１「過少申告加算税の賦課決定と変更決定（取消）」の「加算税の変更決定（取消）」欄記載のとおり、平成９年分、平成１０年分及び平成１３年分の各賦課決定処分について、各変更決定（全部取消し）を受けた。
イ 延滞税の発生及びその免除等
原告は、上記アの各更正処分により、新たに納付すべき国税を基礎として、別紙２「延滞税の発生及び免除の状況」の「所得税の更正に係る延滞税」欄記載のとおり計算された延滞税をそれぞれ納付した（以下、平成８年分の更正処分に係る延滞税を「平成８年分の延滞税」といい、平成９年分以降についても同様に表記する。）。
その後、原告は、別紙２「延滞税の発生及び免除の状況」の「延滞税の免除」欄記載のとおり、平成８年分ないし平成１０年分及び平成１２年分の延滞税について、その全部の免除を受け、平成１３年分の延滞税について、その一部の免除を受けた（以下、平成１３年分の延滞税のうち一部の免除による還付後の残額分を「平成１３年分の未還付の延滞税」といい、平成１１年分の延滞税と併せて「平成１１年分及び平成１３年分の未還付の各延滞税」という。）。
(2) 原告の不服申立て及び取消訴訟の経緯
ア 平成１１年分及び平成１２年分の各更正処分及び各賦課決定処分について
(ア) 原告は、前記(1)アの平成８年分から平成１２年分までの各更正処分並びに平成１１年分及び平成１２年分の各賦課決定処分について、いずれも適法な不服申立てを経た後（平成１２年分の更正処分については、平成１４年６月２０日付けの異議決定により、その一部が取り消され、納付すべき税額が１億８６２１万０６００円から１億８６２０万８７００円となっているところ、以下、平成１２年分の更正処分というときは、当該異議決定により一部取り消された後のものを指すものとする。）、平成８年分から平成１１年分までの各更正処分及び平成１１年分の賦課決定処分については平成１４年７月５日に、平成１２年分の更正処分及び平成１２年分の賦課決定処分については平成１５年３月６日に、それぞれ当該各処分の取消しを求める訴えを提起した（東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号所得税更正処分取消請求事件、同裁判所平成●●年（○○）第●●号所得税更正処分取消等請求事件）。（乙２）
(イ) 東京地方裁判所は、上記(ア)の訴えについて、平成１６年６月２９日、本件ストック・オプションを一時所得として申告することを認め、原告の請求の一部を認容する旨の判決をした。（乙２）
(ウ) 玉川税務署長は、上記(イ)の第一審判決を不服として、平成１６年７月９日、控訴したところ、東京高等裁判所は、同年１２月２１日、原判決中控訴人敗訴部分を取り消し、原告の請求を棄却する旨の判決をした（東京高等裁判所平成●●年（○○）第●●号所得税更正処分取消、所得税更正処分取消等請求控訴事件）。（乙４）
(エ) 原告は、上記(ウ)の控訴審判決を不服として、同月２９日、上告及び上告受理申立てをしたが、最高裁判所第一小法廷は、平成１７年１０月１３日、原告の上告を棄却し、上告受理申立てを上告審として受理しない旨の決定をした（最高裁平成●●年（○○）第●●号事件、同年（○○）第●●号事件）。（乙５）
(オ) 上記(エ)の上告審決定により、同日、上記(ウ)の控訴審判決が確定した（以下、上記(ア)ないし(エ)の訴訟を「別件訴訟」という。）。
イ 平成１３年分の更正処分及び賦課決定処分について
原告は、平成１３年分の更正処分及び賦課決定処分についても、適法な不服申立てを行ったが、平成１５年９月３日付けで原告の審査請求がいずれも棄却された後、当該各処分について取消訴訟を提起しなかった。（乙３）
ウ 平成１８年最判後の更正請求及び異議申立て
(ア) 原告は、平成１８年１２月１９日、世田谷税務署長に対し、平成１１年分から平成１３年分までの各賦課決定処分の取消しを求める旨の更正の請求をしたが、同税務署長は、平成１９年２月１９日付けで、当該各更正の請求に対し、いずれも更正をすべき理由がない旨の通知処分をした。
ただし、平成１３年分の賦課決定処分については、前記(1)アのとおり、同税務署長により、平成１９年２月２７日付けで、過少申告加算税を０とする旨の変更決定（取消し）がされた。
(イ) 原告は、平成１９年４月１６日、世田谷税務署長に対し、上記(ア)の各通知処分のうち、平成１１年分及び平成１２年分の各通知処分並びに平成１１年分から平成１３年分までの延滞税の各取消しを求める旨の異議申立てをしたが、同税務署長は、平成１９年６月１９日、当該異議申立てのうち、平成１１年分及び同１２年分の当該各通知処分の取消しを求める部分を棄却し、平成１１年分から平成１３年分までの延滞税の取消しを求める部分を却下した（ただし、前記(1)イのとおり、平成１９年３月１日付けで、平成１２年分の延滞税の全部が、平成１９年４月２日付けで平成１３年分の延滞税の一部が、それぞれ免除されていた。）。
エ 本件訴訟の提起
原告は、平成２０年１月７日、本件訴えを提起した。（顕著な事実）
(3) ストック・オプションに係る課税を巡る裁判及び通達等の状況
ア 納税者が勤務先の日本法人の親会社である外国法人から付与されたストック・オプションの権利行使益については、課税庁において、従前、一時所得として扱われることがあったが、平成１０年分の所得税の確定申告への対応以降、統一的に給与所得として扱うように運用が変更され、その後、一時所得とするのか給与所得とするのかについて課税庁と納税者との間で争いとなることがあり、原告も別件訴訟においてこの点を争っていた。
イ 上記アの運用の変更は、平成１４年６月２４日付け課個２－５ほかによる所得税基本通達２３～３５共－６の改正により公表・示達され、この改正通達（以下「平成１４年通達」という。）は、一般の閲覧に供され、平成１４年７月１８日までに国税庁のホームページに掲載された。
ウ 最高裁判所第三小法廷は、平成１７年１月２５日、同種の事案において、納税者が勤務先の日本法人の親会社である外国会社から付与されたストック・オプションの権利行使益を給与所得とする旨の判決をした（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１７年１月２５日第三小法廷判決・民集５９巻１号６４頁。以下「平成１７年最判」という。）。
エ 最高裁判所第三小法廷は、平成１８年１０月２４日に、最高裁判所第一小法廷は、同年１１月１６日に、それぞれ、納税者が、平成１１年分の所得税の確定申告において、勤務先の日本法人の親会社である米国法人から付与されたストック・オプションの権利行使益を一時所得として申告した事案につき、国税通則法６５条４項所定の過少申告加算税を免れる正当な理由があるとして、平成１１年分の所得税に係る過少申告加算税の賦課決定処分は取り消されるべきである旨の判決をした（平成１８年最判）。
オ 平成１８年最判を受けて、納税者が勤務先の日本法人の親会社である外国法人から付与されたストック・オプションの権利行使益を一時所得として申告された場合の加算税及び延滞税の取扱いについて、平成１８年１２月２１日付け課個７－８ほか２課共同「海外親会社から株式を取得する権利を与えられた者に対する課税処理における加算税の変更決定等について（指示）」として、以下のように定める国税庁長官通達が発出された（以下「平成１８年通達」という。）。（乙６）
(ア) 加算税の変更決定については、①課税年分が平成１３年分の所得税に係る賦課決定処分のみを対象として、②加算税の変更決定の金額は、対象事案の課税処理において納付すべき税額のうち、一時所得として申告（更正の請求書の提出があったものを含む。）されている権利行使益を給与所得として計算したことにより増加した本税額部分に相当する額をなかったものとして算出した額とする。
(イ) 延滞税の免除決議については、①免除決議を行う日において、延滞税が未納（未確定を含む。）又は完納後５年を経過していないものを対象として、②延滞税の免除決議により免除する延滞税の金額は、対象事案の課税処理において納付すべき税額のうち、一時所得として申告（更正の請求書の提出があったものを含む。）されている権利行使益を給与所得として計算したことにより増加した本税額部分に相当する額を基礎として算出した額とし、③免除期間については、始期を法定納期限の翌日とし、終期を平成１４年７月２５日又は本税完納の日のいずれか早い日とする。
上記の延滞税の免除は、平成１３年６月２２日付け徴管２－３５ほか９課共同「人為による異常な災害又は事故による延滞税の免除について（法令解釈通達）」（以下「本件法令解釈通達」という。乙８）の２（申告書提出後における法令解釈の明確化等）又は５（その他類似事由）に該当するものであり、その適用に当たっては、「法令解釈について納税者が知り得ることとなった日」又は「納税者がその人為による納税の障害の消滅を知った日」を平成１４年７月１８日（平成１４年６月の改正通達を国税庁ＨＰに掲載した日）として取り扱い、平成１４年７月２６日以降の期間に係る延滞税については免除の対象とならないものとする。
カ 本件法令解釈通達では、国税通則法６３条６項４号に基づき、同法施行令２６条の２第２号で規定されている「人為による異常な災害又は事故」の法令解釈に関し、項目の２及び５として、以下の事項が定められている。（乙８）
(ア) 申告書提出後における法令解釈の明確化等（項目２）
①税法の解釈に関し、申告書提出後に法令解釈が明確化されたことにより、その法令解釈と納税者（源泉徴収義務者を除く。）の解釈とが異なることとなった場合又は給与等の支払後取扱いが公表されたためその公表された取扱いと源泉徴収義務者の解釈とが異なることとなった場合において、当該法令解釈等により既に申告又は納付された税額に追加して納付することとなったとき（税法の不知若しくは誤解又は事実誤認に基づく場合はこれに当たらない。）であって、かつ、②その納税者の解釈について相当の理由があると認められる場合には、その法定納期限の翌日から当該法令解釈又は取扱いについて納税者が知り得ることとなった日以後７日を経過した日までの期間について、延滞税を免除する。
(イ) その他類似事由（項目５）
項目の１から４までに掲げる場合（誤指導、上記(ア)の事由、申告期限時における課税標準等の計算不能又は振替納付に係る納付書の送付漏れ等）のほか、①これらに類する人為による納税の障害により納付すべき税額の全部又は一部につき申告又は納付することができなかった場合であって、かつ、②その人為による納税の障害が生じたことにつき納税者の責めに帰すべき事由がない場合には、その人為による納税の障害の生じた日（その日が法定納期限以前のときは法定納期限の翌月とする。）から納税者がその人為による納税の障害の消滅を知った日以後７日を経過した日までの期間について、延滞税を免除する。
３ 争点
(1) 主位的請求
ア 不当利得返還請求権の有無
イ 不当利得返還請求権の消滅時効の成否
(2) 予備的請求
国家賠償請求権の有無
４ 争点に関する当事者の主張の要旨
（原告の主張の要旨）
(1) 主位的請求について
ア 争点(1)ア（不当利得返還請求権の有無）について
(ア) 平成１８年最判によれば、平成１１年分及び平成１２年分の各賦課決定処分は無効であるから、当該各賦課決定処分に基づき支払われた平成１１年分及び平成１２年分の各加算税は誤納金である。
そして、平成１１年分及び平成１３年分の未還付の各延滞税も、平成１８年最判の示すとおり、納税者の責めに帰することのできない事情により生じたものであるから、課税庁はこれを免除すべきである。
したがって、被告は、平成１１年分及び平成１２年分の各加算税を誤納金として原告に還付し、かつ、平成１１年分及び平成１３年分の未還付の各延滞税について、これを免除して原告に還付すべきであるのにもかかわらず、いずれも還付をしておらず、法律上の原因なく利得しているというべきである。
(イ) また、課税庁は、原告に対し、平成８年分の所得税申告については賦課決定処分をせず、平成９年分、平成１０年分及び平成１３年分の各賦課決定処分は取り消し、平成８年分から平成１０年分まで、平成１２年分及び平成１３年分の延滞税（平成１３年分の延滞税はその一部）については免除をしており、これらとの均衡からしても、上記のとおり、被告は、平成１１年分及び平成１２年分の各加算税を誤納金として原告に還付し、かつ、平成１１年分及び平成１３年分の未還付の各延滞税について、これを免除して原告に還付すべきであるのにもかかわらず、いずれも還付をしておらず、法律上の原因なく利得しているというべきである。
(ウ) その上で、課税庁が誤納金を還付する場合、当該誤納金の納付の日の翌日から起算して１月を経過する日の翌日を起算日とする還付加算金が付加される。そうすると、上記(ア)の各加算税及び各延滞税が還付されるべきものである以上、被告は、それらに付されるはずであった還付加算金相当額について、法律上の原因なく利得しているというべきである。
(エ) したがって、原告は、平成１１年分及び平成１２年分の各加算税並びに平成１１年分及び平成１３年分の未還付の各延滞税並びにそれらの還付加算金相当額について、不当利得返還請求権を有するというべきである。
イ 争点(1)イ（不当利得返還請求権の消滅時効の成否）について
上記アの不当利得返還請求権については、課税庁の誤謬により生じたものであるから、国税通則法上の５年間の消滅時効を適用するのは正義公平に反するので、民法７０３条の不当利得返還請求権として、消滅時効期間を１０年とすべきであって、本件では、消滅時効は完成していないというべきである。
(2) 予備的請求及び争点(2)（国家賠償請求権の有無）について
仮に、上記(1)の不当利得返還請求が認められないとしても、平成１８年最判によって、課税庁は、平成１１年分及び平成１２年分の各賦課決定処分の取消し並びに平成１１年分及び平成１３年分の未還付の各延滞税の免除をすべき義務を負ったものであって、それにもかかわらず、当該取消し及び当該免除をしない以上、これは、課税庁の裁量の範囲を著しく逸脱した重大かつ明白な不作為であり、過失に基づく違法行為というべきであって、被告は、原告に対し、当該各加算税及び当該各延滞税並びにそれらの還付加算金相当額の損害を与えたものとして、国家賠償責任を負うというべきである。
（被告の主張の要旨）
(1) 主位的請求
ア 争点(1)ア（不当利得返還請求権の有無）について
(ア) 平成１１年分及び平成１２年分の各加算税について
① 平成１１年分及び平成１２分の各賦課決定処分については、別件訴訟における原告の取消請求を棄却した控訴審判決が確定し、当該各処分について取り消し得べき違法事由がないことが既判力をもって確定されている以上、当該各処分に無効事由がないことも確定している。
② また、そもそも、平成１８年最判は、納税者が勤務先の日本法人の親会社である外国法人から付与されたストック・オプションの権利行使利益を一時所得と申告した場合においても、過少申告加算税の賦課を免れる正当な理由があり得ること、正当な理由がある場合にはその賦課決定処分は取り消し得べきことを判示したものにすぎず、当該事案における過少申告加算税の賦課決定処分が無効であると判示したものではないのであって、平成１１年分及び平成１２年分の各賦課決定処分に取消し得べき瑕疵があるとしても、その瑕疵は重大かつ明白なものではなく、無効とはいえないというべきである。
③ 以上に対し、原告は、課税庁が、原告に対し、平成８年分の所得税申告については賦課決定処分をせず、平成９年分、平成１０年分及び平成１３年分の各賦課決定処分を取り消していることとの均衡をもって、平成１１年分及び平成１２年分の各賦課決定処分が無効であると主張する。
しかしながら、㋐まず、平成８年分の所得税申告並びに平成９年分及び平成１０年分の各賦課決定処分については、納税者が勤務先の日本法人の親会社である外国法人から付与されたストック・オプションの権利行使利益を給与所得として統一的に扱うこととしたのが、平成１０年分の所得税申告以降であり、その前は一時所得とする扱いも多かったため、平成８年分の所得税申告については、国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるものとして、賦課決定処分をせず、また、平成９年分及び平成１０年分についても、同項にいう「正当な理由」があるものとして、各賦課決定処分を取り消したものである。
その上で、㋑平成１１年分以降の賦課決定処分については、上記平成１０年の所得税申告以降の運用統一後のものであるから、平成１８年最判以前は、これらを取り消すことはなかったものであるが、平成１８年最判を受けて、平成１８年通達が発出され、平成１３年分の賦課決定処分については、同通達に従い、その取消しをしたものである。
他方、平成１１年分及び平成１２年分の各賦課決定処分については、法定申告期限から５年を経過していたため、国税通則法７０条４項２号及び同通達（前記前提事実(3)オ(ア)①）に従って、変更決定（取消し）をしなかったものであり、その判断は合理的なものである。
④ したがって、原告の平成１１年分及び平成１２年分の各加算税について被告の不当利得となるとする原告の主張は理由がない。
(イ) 平成１１年分及び平成１３年分の未還付の各延滞税について
① 延滞税は、性質上、自動確定の国税であるところ、平成１１年分及び平成１３年分の未還付の各延滞税については、平成１１年分及び平成１３年分の各更正処分により、その納税義務が発生した。そして、当該各更正処分に無効事由は存在せず、当該各処分が取り消されるなどした事実はないのであり、当該各延滞税について、これを免除する手続も行われていないのであるから、当該各延滞税が過誤納金であるとする原告の主張は失当である。
② また、平成１８年最判は延滞税について判示したものではないから、平成１８年最判を根拠として延滞税が免除されるべきであるとする原告の主張は失当である。
③ 以上に対し、原告は、課税庁が、原告に対し、平成８年分から平成１０年分まで、平成１２年分及び平成１３年分の各延滞税（平成１３年分の延滞税はその一部）の免除をしていることとの均衡をもって、平成１１年分及び平成１３年分の未還付の各延滞税が免除されるべきである旨主張する。
しかしながら、㋐まず、平成８年分から平成１０年分までの延滞税の免除については、上記(ア)③の平成１０年分の所得税申告以降に運用の統一がされたものであることを踏まえ、国税通則法６３条６項４号及び同法施行令２６条の２第２号に基づき免除されたものである。
その上で、㋑平成１１年分以降の延滞税については、上記(ア)③の平成１０年の所得税申告以降に運用の統一がされた後のものであるから、平成１８年最判以前は、これらを免除することはなかったものであるが、平成１８年最判を受けて、平成１８年通達が発出され、平成１２年分及び平成１３年分の一部の各延滞税については、当該通達に従い、その免除をしたものである。
他方、平成１１年分の延滞税については、同法６３条６項４号の免除をすることができる期間について、税法上明文はないものの、同法７４条１項（還付金等に係る不当利得返還請求権の消滅時効期間）、同法７０条４項（過少申告加算税の賦課決定処分又は減額変更決定の期限制限）及び同条１項１号及び２項１号（減額更正処分の期間制限）との均衡からして、納税者が延滞税及びその基となる未納の本税を完納した日を起算点として５年と解すべきこと並びに平成１８年通達（前記前提事実(3)オ(イ)①）に従って、免除されなかったものであり、課税庁の当該判断は合理的なものである。
また、平成１３年分の未還付の延滞税については、上記(ア)③の平成１０年の所得税申告以降の運用統一後、そのことが平成１４年通達により明らかにされ、これが一般の納税者等に対し閲覧に供され、各種税務専門誌に掲載され、国税庁のホームページにも平成１４年７月１８日までに掲載されたことから、その統一後の運用は周知されたとして、同法６３条６項４号、同法施行令２６条の２第２号、本件法令解釈通達の２及び５並びに平成１８年通達（前記前提事実(3)オ(イ)③）に従って、平成１４年７月２６日以降の延滞税が免除されなかったものであり、課税庁の当該判断は合理的なものである。
④ したがって、原告の平成１１年分及び平成１３年分の未還付の各延滞税について被告の不当利得となるとする原告の主張は理由がない。
(ウ) 還付加算金について
平成１１年分及び平成１２年分の各加算税並びに平成１１年分及び平成１３年分の未還付の各延滞税が過誤納金に当たらない以上、これらに係る還付加算金について被告の不当利得となるとする原告の主張は失当である。
(エ) 以上によれば、原告の不当利得返還請求は理由がない。
イ 争点(1)イ（不当利得返還請求権の消滅時効の成否）について
仮に、平成１１年分及び平成１２年分の各加算税又は平成１１年分及び平成１３年分の未還付の各延滞税が過誤納金に当たるとしても、その消滅時効は、民法の特則である国税通則法７４条により、納付日から５年で完成するところ、当該各加算税及び当該各延滞税については、いずれも５年の期間が経過している。
(2) 予備的請求及び争点(2)（国家賠償請求権の有無）について
上記(1)アのとおり、平成１１年分及び平成１２年分の各加算税並びに平成１１年分及び平成１３年分の各延滞税はいずれも適法に確定しており、課税庁において、国税通則法及び平成１８年通達に反してこれらの取消し及び免除をする義務を負うことはなく、また、取消し及び免除をしないことに過失があるとはいえない。
したがって、原告の国家賠償請求は理由がない。
第３ 当裁判所の判断
１ 平成１１年分及び平成１２年分の各加算税について
(1) 別件訴訟の確定判決の既判力について
前記前提事実(2)アによれば、平成１１年分及び平成１２年分の各賦課決定処分については、取消し得べき違法事由があるとは認められないことが、別件訴訟の既判力をもって確定している（なお、同(2)ア及び(3)ウによれば、原告は、別件訴訟の平成１１年分及び平成１２年分の本件各賦課決定処分の取消しの訴えにおいて、ストック・オプションの権利行使益が一時所得である旨の主張が認められないまま、控訴審で敗訴判決を受けた上、平成１６年１２月２９日、上告受理の申立てをし、その後、上告受理申立て理由書の提出期間である上告受理申立て通知書の送達を受けた日から５０日（民事訴訟規則１９９条２項、１９４条、１８９条１項）以内の日である平成１７年１月２５日に平成１７年最判が示された後も、国税通則法６５条４項所定の過少申告加算税の賦課を免れる正当な理由があるとの主張をしないまま、上告審判決を受けて控訴審判決の確定に至ったものである。）。
(2) 争点(1)ア（不当利得返還請求権の有無）について
したがって、平成１１年分及び平成１２年分の各加算税の法律上の原因である平成１１年分及び平成１２年分の各賦課決定処分については、別件訴訟の確定判決の既判力により、もはや原告が本件訴訟において無効であると主張してその効力を争う余地はないというべきであるから、平成１１年分及び平成１２年分の各加算税について原告の主張する不当利得返還請求権が成立する余地はないというべきである。
(3) 争点(2)（国家賠償請求権の有無）について
また、平成１１年分及び平成１２年分の各賦課決定処分については、別件訴訟の確定判決の既判力により、もはや原告が本件訴訟において違法であると主張してその適法性を争う余地もないというべきであり、また、課税庁に当該各処分の取消しの義務が生ずるともいえないから、平成１１年分及び平成１２年分の各加算税について原告の主張する国家賠償請求権が成立する余地もないというべきである。
２ 平成１１年分の延滞税について
(1) 原告の免除義務違反の主張について
ア 原告は、平成１１年分の延滞税について、平成１８年最判が示されたことによって、課税庁において、これを免除して還付すべき義務が生じたにもかかわらず、これを免除して還付しないのは、違法であり、法律上の原因のない被告の利得となる旨主張する。
イ(ア) 前記前提事実によれば、平成１１年分の延滞税に関しては、国税通則法６３条１項ないし５項及び６項１号ないし３号に該当する余地はないものというべきところ、同条６項４号及び同法施行令２６条の２第２号所定の「人為による異常な災害又は事故」により、納付すべき税額の全部若しくは一部につき申告をすることができず、又は国税を納付することができない場合（その災害又は事故が生じたことにつき納税者の責めに帰すべき事由がある場合を除く。）に、その災害又は事故が生じた日からこれらが消滅した日以後７日を経過した日までの期間の延滞税を免除することができる場合に該当するか否かについては、検討を要するものというべきである。
そして、国税通則法６３条６項４号は、課税庁が「政令で定める期間」に対応する部分の金額を限度として、免除することができると規定しており、課税庁は、同法施行令２６条の２第２号所定の上記免除事由があるか否かを判断した上で、その存在が認められる場合に、上記の期間に対応する部分の金額を限度として、免除をすることができると解されるのであって、その限りにおいて、課税庁に対し一定の裁量を認めるものと解するのが相当である。
(イ) その上で、国税庁長官は、前記前提事実(3)オのとおり、平成１８年通達を発出し、課税庁は、当該通達に従い、原告に対し、平成１１年分の延滞税は同オ(イ)①の対象に含まれないものであるとして、その免除をしなかったものであるが、これが、平成１８年最判との関係を踏まえ、上記(ア)の課税庁の裁量の逸脱又は濫用に当たるか否かについて、以下検討する。
ウ(ア) まず、平成１８年最判は、納税者が勤務先の日本法人の親会社である米国法人から付与されたストック・オプションの権利行使益を一時所得ではなく給与所得とする運用の変更に関し、当該運用の変更についての周知の措置が十分ではなかったとして、国税通則法６５条４項所定の過少申告加算税の賦課を免れる正当な理由があることを認めたものであるが、それ以上に延滞税が免除されるべきであるとまで判示したものではない。
本税の更正処分が適法であった場合に、過少な申告がされたことによる制裁として、別途に賦課決定処分をして過少申告加算税を賦課することは酷である場合があり得るとしても、本来納付すべき本税の全額を納付しなかった納税者に対し、過少申告加算税を賦課しないことに加えて、さらに、更正処分がされたことを前提として当然に発生する遅延利息としての性質を有する延滞税についてまで免除をするか否かについては、別途の検討・考慮を要するものというべきである。
(イ) そして、前記前提事実(3)アないしウ並びに証拠（乙６）及び弁論の全趣旨によれば、納税者が勤務先の日本法人の親会社である外国法人から付与されたストック・オプシヨンの権利行使益については、①課税庁において、従前、一時所得として扱われることがあったが、平成１０年分の所得税の確定申告への対応以降、当該権利行使益を統一的に給与所得として扱うように運用が変更され、②平成１４年通達の発出により、当該運用の変更を明記する改正通達が公表・示達され、平成１４年７月１８日までに国税庁のホームページに掲載され、③平成１７年最判において、当該権利行使益を統一的に給与所得として扱う上記運用を是認する判断が示されたものである。
上記の状況の中で、既に平成１０年分の所得税の確定申告への対応以降、当該権利行使益を統一的に給与所得として扱うように運用が変更された後、その変更後にされた確定申告について、この運用に従って、平成１１年分の延滞税の発生原因となる平成１１年分の更正処分がされたものであり、また、この運用は平成１４年通達によって示達・公表され、平成１７年最判によって是認されており、さらに、平成１１年分の更正処分は、別件訴訟において現に既判力をもって適法な処分として確定しているのであって、これらの諸事情を総合考慮すれば、平成１１年分の更正処分を発生原因とする延滞税について、課税庁が免除をしなかったとしても、その判断には、前記イ(ア)の裁量の下における判断として、一定の合理性があるものというべきである。
(ウ) また、平成１８年通達は、課税庁において、当然に延滞税の免除をする義務があることまで認めたものではなく、あくまでも、前記イ(ア)の裁量の下で、その裁量による判断の基準として示された当該通達の基準を満たす限りにおいて、課税庁が免除に応じる旨の取扱いを示すものにとどまるというべきである。
そして、平成１８年通達の前記前提事実(3)オ(イ)①の基準として、免除決議を行う日において、延滞税が未納（未確定を含む。）又は完納後５年を経過していないものを対象とするとされている点については、延滞税の免除においては、期間制限に関する明文の規定はないものの、還付金等に係る請求権がその請求をすることができる日から５年間行使しないことによって時効により消滅すること（国税通則法７４条１項）、加算税の賦課決定処分の変更決定（減額又は取消し）が納税義務の成立の日から５年を経過した日以後においてはすることができないこと（同法７０条４項２号）、減額更正処分が法定申告期限から５年を経過した日以後においてはすることができないこと（同条２項１号）との均衡から、納税者が延滞税及びその基となる未納の本税を完納した日から５年を経過した日以後においては延滞税の免除をすることができないと解されることを理由とするものとされているところ、上記期限の前後で取扱いの区別を画することには類似の制度との整合性の観点から一定の合理性が認められる以上、上記の観点から平成１８年通達の前記前提事実(3)オ(イ)①の基準を定め、これに従って平成１１年分の延滞税を免除しないものとした課税庁の判断には、前記イ(ア)の裁量の下における判断として、一定の合理性が認められるというべきである。
(エ) 以上からすれば、平成１１年分の延滞税について、課税庁がこれを免除して還付しなかったとしても、課税庁の裁量権の範囲を逸脱し又は濫用するものとはいえず、違法とはいえないというべきである。
エ(ア) これに対し、原告は、平成８年分から平成１０年分、平成１２年分及び平成１３年分の延滞税（平成１３年分の延滞税はその一部）については、免除及び還付がされていることからすれば、平成１１年分の延滞税についても免除及び還付がされるべきである旨主張する。
(イ) しかしながら、まず、平成８年分から平成１０年分までの延滞税については、平成１８年通達が発出される前に免除がされているところ、これらは、前記ウ(イ)のとおり、納税者が勤務先の日本法人の親会社である外国法人から付与されたストック・オプションの権利行使益について、平成１０年分の所得税の確定申告への対応以降、統一的に給与所得として扱うように運用が変更されたものの、それ以前は、一時所得とする扱いがあったことを勘案し、上記運用の変更前にされた確定申告に係るものであったことを考慮して、課税庁の裁量により免除がされたものと解される。他方で、平成１１年分の延滞税について免除をしなかったとしても、上記運用の変更後にされた確定申告に係るものであり、前記イ(ア)のとおり、課税庁に免除について一定の裁量が認められ、上記ウのとおり、課税庁の当該判断には一定の合理性が認められることからすれば、平成１０年分以前の延滞税との均衡の観点からも、課税庁の裁量の範囲を逸脱し又は濫用するものということはできない。
(ウ) また、平成１２年分及び平成１３年分の一部の延滞税については、平成１８年通達の基準に従って免除がされているところ、平成１８年通達の基準に従い、平成１１年分の延滞税については免除がされないとされた点については、前記ウ(ウ)のとおり、課税庁の判断には、一定の合理性が認められるというべきであるから、平成１２年分以降の延滞税との均衡の観点からも、課税庁の裁量の範囲を逸脱し又は濫用するものということはできない。
(エ) したがって、原告の上記(ア)の主張を採用することはできない。
(オ) なお、課税庁は、平成８年分の確定申告について賦課決定処分をせず、平成９年分及び平成１０年分の各賦課決定処分を取り消しているが、これらは、上記(イ)と同様、運用の変更前にされた確定申告に係るものであることによるものと解されるので、これらとの均衡の観点から、運用の変更後にされた確定申告に係る平成１１年分の延滞税の免除をしないことが、課税庁の裁量の範囲の逸脱又は濫用になるということはできない。また、課税庁は、平成１３年分の賦課決定処分を取り消しているが、これは、平成１８年通達の基準に従って取消しがされたものであるので、前記ウ(ウ)で検討したところによれば、これとの均衡の観点からも、平成１８年通達の基準に従って平成１１年分の延滞税の免除をしないことが、課税庁の裁量の範囲の逸脱又は濫用になるということはできない。
(2) 争点(1)ア（不当利得返還請求権の有無）について
平成１１年分の延滞税の法律上の原因である同年分の更正処分については、別件訴訟において、取り消し得べき違法事由がなく無効事由がないことが、既判力をもって確定されている。
そして、上記(1)のとおり、課税庁が平成１１年分の延滞税の免除及び還付をしないことが違法とはいえないことからすれば、平成１１年分の延滞税について原告の主張する不当利得返還請求権が成立するとは認められない。
(3) 争点(2)（国家賠償請求権の有無）について
また、上記(1)のとおり、課税庁が平成１１年分の延滞税の免除及び還付をしないことが違法とはいえないことからすれば、平成１１年分の延滞税について原告の主張する国家賠償請求権も成立するとは認められない。
３ 平成１３年分の未還付の延滞税について
(1) 原告の免除義務違反の主張について
ア 原告は、平成１３年分の未還付の延滞税について、平成１８年最判が示されたことによって、課税庁において、これを免除して還付すべき義務が生じたにもかかわらず、これを免除して還付しないのは、違法であり、法律上の原因のない被告の利得となる旨主張する。
イ 前記２(1)イ(ア)のとおり、国税通則法６３条６項４号及び同法施行令２６条の２第２号の免除については、課税庁に一定の裁量が認められるところ、平成１３年分の延滞税については、平成１８年通達の前記前提事実(3)オ(イ)③の基準に従い、その法定納期限である平成１４年３月１５日の翌日から同年７月２５日までの延滞税の免除及び還付がされ、同月２６日以降の延滞税については免除及び還付がされていないものである。
そこで、上記の判断が、課税庁の裁量の範囲を逸脱し又は濫用するものであるか否かについて、以下検討する。
ウ まず、前記２(1)ウ(ア)のとおり、平成１８年最判は、国税通則法６５条４項所定の過少申告加算税の賦課を免れる正当な理由があるか否かについて判示したものであり、それに加えてさらに延滞税を免除すべきか否かは別途の検討・考慮を要する事柄であるところ、平成１８年最判においても、納税者が勤務先の日本法人の親会社である外国法人から付与されたストック・オプションの権利行使益について、平成１０年分の所得税の確定申告への対応以降、これを統一的に給与所得とする扱いに運用が変更されていたことを前提とした上で、平成１４年通達が発出されるまでは、上記運用の周知の措置が十分ではなかったとして、国税通則法６５条４項所定の正当な理由があり、過少申告加算税の賦課についてはこれを免れるとされたものである。
そして、前記前提事実(3)及び前記２(1)ウ(イ)によれば、納税者が勤務先の日本法人の親会社である外国法人から付与されたストック・オプションの権利行使益について、一時所得とするのか給与所得とするのかについては、平成１０年分の所得税の確定申告への対応以降の国税庁の運用の変更後、納税者と国税庁との間で争いが生ずる中で、これを統一的に給与所得とする変更後の運用を公表・示達する平成１４年通達が発出され、平成１４年７月１８日までに当該通達の内容が国税庁のホームページに掲載されたことにより、同ホームページの閲覧等によって運用の変更が一般に確認できるようになり、その後、平成１７年最判においてその変更後の運用が是認されたものである。
かかる経緯を前提とした上で、(a)平成１８年最判を受けて平成１８年１２月２１日に発出された平成１８年通達において、国税通則法６３条６項４号及び同法施行令２６条の２第２号に基づき、事故が生じた日からこれらが消滅した日以後７日を経過した日までの期間の免除をするか否かにつき、前記前提事実(3)オ(イ)③の基準が定められ、平成１４年７月１８日から７日を経過した同月２５日までの延滞税を免除し、同月２６日以降の延滞税を免除しないこととされたものであり、(b)平成１３年分の延滞税については、平成１８年通達の同基準に従って、同日以降の延滞税を免除しないこととされたものであって、(c)前記２(1)ウ(ウ)のとおり、平成１８年通達は、あくまでも、前記２(1)イ(ア)の裁量の下で、その裁量による判断の基準として示された当該通達の基準を満たす限りにおいて、課税庁が免除に応じる旨の取扱いを示すものにとどまることからすれば、平成１８年通達の同基準に基づく課税庁の上記判断には、前記２(1)イ(ア)の裁量の下における判断として、一定の合理性があるものというべきである。
したがって、課税庁において、平成１３年分の未還付の延滞税について、これを免除して還付しないとしても、その裁量権の範囲を逸脱し又は濫用するものとはいえず、違法とはいえないというべきである。
エ また、平成８年分から平成１０年分、平成１２年分及び平成１３年分の延滞税（平成１３年分の延滞税はその一部）については免除がされているものの、前記２(1)エ(イ)及び上記ウで検討したところによれば、このことをもって、平成１３年分の未還付の延滞税の免除をしないことが、課税庁の裁量権の範囲の逸脱又は濫用になるとはいえず、違法とはいえないというべきである（なお、平成８年分の確定申告については賦課決定処分がされず、平成９年分、平成１０年分及び平成１３年分の各賦課決定処分は取り消されている点についても、前記２(1)エ(オ)及び上記ウで検討したところによれば、このことをもって、平成１３年分の未還付の延滞税の免除をしないことが、課税庁の裁量の範囲の逸脱又は濫用になるとはいえない。）。
(2) 争点(1)ア（不当利得返還請求権の有無）について
平成１３年分の未還付の延滞税の法律上の原因である同年分の更正処分については、無効事由の存在を認めるに足りる証拠はない。
そして、上記(1)のとおり、課税庁が平成１３年分の未還付の延滞税の免除及び還付をしないことが違法とはいえないことからすれば、平成１３年分の未還付の延滞税について原告の主張する不当利得返還請求権が成立するとは認められない。
(3) 争点(2)（国家賠償請求権の有無）について
また、上記(1)のとおり、課税庁が平成１３年分の未還付の延滞税の免除及び還付をしないことが違法とはいえないことからすれば、平成１３年分の未還付の延滞税について原告の主張する国家賠償請求権も成立するとは認められない。
４(1) 以上によれば、その余の点（争点(1)イ）について判断するまでもなく、原告の請求は、いずれも理由がないというべきである。
(2) なお、争点(1)イ（不当利得返還請求権の消滅時効の成否）について付言するに、原告の主張する不当利得返還請求権は、過誤納金の不当利得返還請求権であると解されるところ、過誤納金に係る請求権の消滅時効に関する国税通則法７４条は、民法の特則と解されるので、過誤納金の不当利得返還請求権の消滅時効の期間を１０年と解する余地はなく、その消滅時効の期間は５年であり（同条１項）、その援用を要しない（同条２項、同法７２条２項）と解され、また、その起算点は、平成１１年分及び平成１２年分の各加算税並びに平成１１年分及び平成１３年分の未還付の各延滞税の各納付日の翌日と解されるのであって（最高裁判所昭和●●年（○○）第●●号同５２年３月３１日第一小法廷判決・訟務月報２３巻４号８０２頁参照）、当該各日から既に５年が経過し、消滅時効の成立要件を充足している以上、いずれにしても、原告の不当利得返還請求は理由がない。
５ 結論
よって、原告の請求は、いずれも理由がないから棄却することとし、訴訟費用の負担について、行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官岩井伸晃
裁判官本間健裕
裁判官大畠崇史は、転補につき署名押印することができない。
裁判長裁判官岩井伸晃
（別紙１）
過少申告加算税の賦課決定と変更決定（取消）
平成8年分
平成9年分
平成10年分
平成11年分
平成12年分
平成13年分
賦課決定日
平成12年3月9日
平成12年3月9日平成12年11月28日
平成14年2月27日平成14年11月27日
過少申告加算税
1,572,000
2,209,000
3,039,000
8,886,000
702,000
過少申告加算
税の賦課決定
納付日
平成12年3月10日
平成12年3月10日
平成12年12月1日
平成14年3月1日
平成14年12月2日
取消決定日
平成13年5月29日
平成13年5月29日
平成19年2月27日
取り消された過少申告
加算税
1,572,000
2,209,000
702,000
過少申告加算税の還付
日
平成13年7月6日
平成13年7月6日
平成19年3月23日
加算税の変更
決定（取消）
還付加算金
93,400
131,000
124,000
返還されるべき過少申告加算税の額
3,039,000
8,886,000
（別紙２）
延滞税の発生及び免除の状況
平成8年分
平成9年分
平成10年分
平成11年分
平成12年分
平成13年分
更正日
平成12年3月9日
平成12年3月9日
平成12年3月9日平成12年11月28日
平成14年2月27日平成14年11月27日
延滞税額
567,400
1,149,400
1,476,200
977,800
3,786,800
176,800
所得税の更正
に係る延滞税
納付日
平成12年3月10日
平成12年3月10日
平成12年3月10日
平成12年12日1日
平成14年3月1日
平成14年12月2日
免除決定日
平成12年3月10日
平成13年6月4日
平成13年6月4日
－
平成19年3月1日
平成19年4月2日
免除により取り消され
た延滞税
567,400
1,149,400
1,476,200
－
3,786,800
89,200
還付日
平成12年4月27日
平成13年7月6日
平成13年7月6日
－
平成19年3月29日
平成19年4月9日
延滞税の免除
還付加算金
1,100
63,500
81,900
－
776,700
14,000
（注）１「更正日」欄の日付は、更正通知書の右上に記載された日付を表す。
２ 「免除決定日」欄の日付は、延滞税免除通知書の右上に記載された日付を表す。
３ 「還付日」欄の日付は、国税還付金振込通知書の手続開始年月日（発行年月日）欄に記載された日付を表す。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2009/pdf/11204.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。