税務訴訟資料第２５９号－１２２（順号１１２３５）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分無効確認請求事件
国側当事者・国（竜ヶ崎税務署長）
平成２１年６月２６日棄却・控訴
判決
原告株式会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士熊谷裕夫
被告国
同代表者法務大臣森英介
処分行政庁竜ヶ崎税務署長
太田猛
被告指定代理人遠藤伸子
同馬田茂喜
同中坪敬治
同渡邊雅行
同石井明美
同進藤晶子
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は、原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 主位的請求
被告は、原告に対し、８５１９万４８００円を支払え。
２ 予備的請求
処分行政庁が原告に対し平成１８年１２月６日付けでした原告の昭和６１年１０月１日から昭和６２年９月３０日までの事業年度の法人税に係る更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、土地販売の収益に係る売上原価として未施工の農業用水路改修工事費用を損金算入することはできないなどとして、昭和６１年１０月１日から昭和６２年９月３０日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の法人税の更正処分及び重加算税の賦課決定処分を受けた原告が、①主位的請求として、上記費用の損金算入を否定する前提でされた上記各処分には、課税要件の根幹についての内容上の過誤が存し、その一部が無効であるなどと主張して、第１次的には不当利得返還請求権、第２次的には過誤納金返還請求権に基づき、既に納付した法人税及び重加算税のうち上記無効部分に係る法人税相当分６３１０万６３００円及び重加算税相当分２２０８万８５００円の合計８５１９万４８００円の返還を求めるとともに、②予備的請求として、原告がした更正の請求が不適法であるとした処分行政庁の判断には誤りがあると主張して、原告がした更正の請求に対する処分行政庁の更正をすべき理由がない旨の通知処分の取消しを求めた事案である。
１ 法令等の定め
(1) 法人税法２２条１項は、各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする旨を規定し、同条３項は、各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額として、１号において、当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価（以下、これらを併せて「売上原価等」という。）の額、２号において、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。以下「販売費等」という。）の額、３号において、当該事業年度の損失で資本等取引以外の取引に係るものの額をそれぞれ規定し、同条４項は、同条３項各号に掲げる額は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算されるものとする旨を規定している。
(2) 国税通則法２３条２項は、納税申告書を提出した者等は、同項各号のいずれかに該当する場合には、当該各号に掲げる期間において、その該当することを理由として同条１項の規定による更正の請求をすることができる旨を規定し、同条２項１号は、更正の請求をすることができる場合及びその期間として、申告、更正又は決定に係る課税標準等又は税額等の計算の基礎となった事実に関する訴えについての判決により、その事実が当該計算の基礎としたところと異なることが確定したとき及びその確定した日の翌日から起算して２月以内とする旨を規定している。
(3) 国税通則法６８条１項は、同法６５条１項（過少申告加算税）の規定に該当する場合において、納税者がその国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装し、その隠ぺいし、又は仮装したところに基づき納税申告書を提出していたときは、当該納税者に対し、重加算税を課する旨を規定している。
２ 争いのない事実等（証拠等により容易に認められる事実については、各項末尾に証拠等を掲記した。）
(1) 原告は、不動産の売買、建築工事の請負等を目的とする株式会社である。なお、平成２年１月２日に変更する前の原告の商号は、Ａ株式会社であった。（乙１）
(2) 本件事業年度の法人税に関する事実関係
ア 原告は、茨城県Ｃ郡（後に市制に移行。以下「Ｄ市」という。）内の土地（以下「本件土地」という。）を購入して造成し宅地として販売することにし、本件土地の開発行為につき茨城県知事の許可を得るため、都市計画法に基づいてＤ市と協議をした。Ｄ市は、宅地開発に当たっては、開発区域の内外を問わず、流末排水路を開発業者に整備させるという行政指導を行い、開発業者がこれに従わない場合には、同法３２条（平成１２年法律第７３号による改正前のもの）に基づく公共施設の管理者としての同意を与えず、開発行為の許可の申請を茨城県知事に申達しないという取扱いをしていた。このため、Ｄ市の担当者は、原告に対し、本件土地内から排出された雨水が流下することになる開発区域外の長さ約４００メートルの農業用水路を、直径２メートルの管を埋設した暗きょの雨水排水路とすることなどを内容とする改修工事を行うよう指導した（以下、同工事の内容を「第１案」といい、後に述べる第２案と併せて「本件改修工事」と総称する。）。原告は、これを了承し、Ｄ市の同意を得て、昭和５８年６月、茨城県知事から開発行為の許可を受けた。
イ その後、原告は、本件土地を造成し、昭和６２年６月、これを販売した。
ウ Ｄ市の担当者は、昭和６２年７月ころ、方針を変更し、原告に対し、幅４メートルの開きょの雨水排水路とすることなどを内容とする改修工事を行うよう指導した（以下、同工事の内容を「第２案」という。）。第２案による工事は、第１案による工事の約３倍の工費を必要とするため、原告が難色を示すと、Ｄ市の担当者は、第１案による工事に係る工費の範囲内で原告が第２案による工事を部分的に施工するとの代案を提示した。これを受け入れた原告は、本件改修工事を請け負わせようと考えていた株式会社Ｂ（以下「Ｂ」という。）に対し、第１案による工事に係る工費を見積もるよう依頼した。Ｂは、同年９月ころ、原告に対し、上記工費を１億４６６８万円とする見積書を提出し、原告はこの見積金額をＤ市の担当者に連絡した。
エ Ｄ市は、昭和６２年１０月ころ、更に方針を変更し、本件改修工事をすべて公共工事として行うこととし、原告に対し、第１案による工事に係る工費に相当する１億４６６８万円を都市下水路整備負担金としてＤ市に支払うよう求め、原告はこれを了承した。
オ Ｄ市は、昭和６３年度から３年計画で本件改修工事を行うこととし、同年３月成立の同年度一般会計予算において、原告が支出する上記エの負担金の初年度分として、総額の約３分の１に当たる５０００万円を歳入に計上した。しかし、その後、Ｄ市は、住民の反対運動が起きることを懸念して本件改修工事を行わず、原告も、上記エの負担金を支出していない。（上記アないしオの事実につき、甲４、５、乙２）
(3) 原告による本件事業年度の法人税の申告、課税処分及び納付
ア 原告は、昭和６２年１１月３０日、本件土地の販売に係る収益の額を本件事業年度の益金の額に算入するとともに、Ｂ作成に係る見積書に記載された金額である１億４６６８万円を、本件土地の土地仕入高を構成する造成費に計上し上記収益に係る売上原価の額の一部として本件事業年度の損金の額に算入した上、Ｂに対する未払金に計上した決算報告書を添付して、本件事業年度の法人税について、別表１「確定申告（期限内）」欄記載のとおり、納税申告をした。（甲１、４、５、乙２、３）
イ 原告は、平成元年４月２６日、別表１「修正申告」欄記載のとおり、修正申告をした。（甲２、乙３）
ウ 処分行政庁は、平成４年１２月１８日、原告の本件事業年度の法人税について、別表１「更正処分等」欄記載のとおり、納付すべき税額を１億４３６８万８９００円などとする更正処分（以下「本件更正処分」という。）をし、また、上記税額と上記イの修正申告における納付すべき税額との差額を対象として、重加算税賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」といい、本件更正処分と併せて「本件各処分」という。）をした。
被告が主張する本件更正処分の根拠は、別表２のとおりであり、上記ア記載の１億４６６８万円は、同表の順号③の「土地仕入高の損金不算入額」として計上されている金額に含まれている。
エ 原告は、平成５年２月１７日、本件各処分に対する異議申立てをしたところ、３月を経過しても異議申立てについての決定がなかったため、同年８月６日、国税不服審判所長に対し、本件各処分につき異議申立てについての決定を経ないで審査請求をしたが、同所長は、平成１５年１２月１６日、審査請求をいずれも棄却した。
オ 原告は、平成５年１月２６日、本件更正処分に係る法人税８１８９万３９００円を納付した。原告が本件事業年度につき納付した法人税の税額は、本件更正処分前に納付していた６１７９万５０００円を合わせ、１億４３６８万８９００円である。
また、原告は、別表３のとおり、平成６年３月３１日から平成１５年１１月２８日までの間に、本件賦課決定処分に係る重加算税２８６６万１５００円を分割納付した。
(4) 本件事業年度の法人税に関する刑事手続
ア 原告は、本件事業年度を含む複数事業年度の法人税に係る法人税法違反の罪を犯した疑いにより、水戸地方裁判所に起訴された。
イ 水戸地方裁判所は、平成１１年５月３１日、第１案による工事に係る工費相当額である１億４６６８万円を本件事業年度の収益に係る売上原価の額として本件事業年度の損金の額に算入することはできないなどと判示して、原告を罰金５０００万円に処する旨の判決（以下「本件第１審判決」という。）の宣告をした。（乙２）
原告は、本件第１審判決に対して控訴したが、東京高等裁判所は、平成１２年１０月２０日、原告の控訴を棄却し、本件第１審判決の判断を維持する旨の判決（以下「本件第１次控訴審判決」という。）の宣告をした。
ウ 原告は、本件第１次控訴審判決に対して上告したところ、最高裁判所は、平成１６年１０月２９日、次のように判示して、本件第１次控訴審判決を破棄し、事件を東京高等裁判所に差し戻す旨の判決（以下「本件上告審判決」という。）の宣告をした。
①Ｄ市は、都市計画法上の同意権を背景として、原告に対し、本件改修工事を行うよう求めたものであって、原告は、事実上その費用を支出せざるを得ない立場に置かれていたこと、②本件改修工事の内容等は、Ｄ市側の方針の変更に伴い変遷しているものの、原告が支出すべき費用の額は、終始第１案による工事に係る工費に相当する金額であったこと、③原告は、昭和６２年９月ころに建設会社に上記金額を見積もらせるなど、同月末日までの時点において既にその支出を見込んでいたことなどが明らかである。これらの事実関係に照らすと、本件事業年度終了の日である同日において、原告が近い将来に上記費用を支出することが相当程度の確実性をもって見込まれており、かつ、同日の現況によりその金額を適正に見積もることが可能であったとみることができる。このような事情がある場合には、当該事業年度終了の日までに当該費用に係る債務が確定していないときであっても、上記の見積金額を法人税法２２条３項１号にいう「当該事業年度の収益に係る売上原価」の額として当該事業年度の損金の額に算入することができると解するのが相当である。
エ 東京高等裁判所は、平成１７年７月２０日、上記ウと同様に判示して、本件第１審判決を破棄し、本件第１審判決で認定された本件事業年度の犯則所得金額を一部減額する認定をした上、原告を罰金４０００万円に処する旨の判決（以下「本件第２次控訴審判決」という。）の宣告をした。（甲５）
本件第２次控訴審判決は、同年８月４日、確定した。（甲９）
(5) 本件第２次控訴審判決後の経緯
ア 原告は、平成１８年９月８日、処分行政庁に対し、本件更正処分に係る課税標準等につき更正をすべき旨の請求（以下「本件更正の請求」という。）をした。（甲６の１）
これに対し、処分行政庁は、本件第２次控訴審判決は国税通則法２３条２項１号に規定する「その申告、更正又は決定に係る課税標準等又は税額等の計算の基礎となった事実に関する訴えについての判決」に当たらないとの理由で、同年１２月６日、原告に対し、更正をすべき理由がない旨の通知（以下「本件通知」という。）をした。
イ 原告は、平成１９年１月１９日、処分行政庁に対し、本件通知に対する異議申立てをした。
これに対し、処分行政庁は、上記アと同様、本件第２次控訴審判決は国税通則法２３条２項１号に規定する「判決」に当たらないとの理由とともに、原告は本件第２次控訴審判決の確定した日の翌日から起算して２月以内に更正の請求をしていないとの理由で、同年４月１６日、異議申立てを棄却する旨の決定をした。
ウ 原告は、平成１９年５月７日、国税不服審判所長に対し、審査請求をしたが、同所長は、平成２０年２月２０日、本件更正の請求は、国税通則法２３条１項１号及び同条２項１号のいずれにおいても、更正の請求ができる期限を徒過した不適法なものとなるから、本件第２次控訴審判決が同号の規定する「判決」に当たるか、又は少なくとも同号を準用すべきかにつき判断するまでもないとして、原告の審査請求を棄却する旨の裁決をした。（甲９）
(6) 原告は、平成２０年７月３０日、本訴を提起した。（顕著な事実）
３ 争点
(1) 主位的請求について
原告が、被告に対し、不当利得返還請求権又は過誤納金返還請求権に基づき、既に納付した法人税相当額のうち６３１０万６３００円及び重加算税相当額のうち２２０８万８５００円の合計８５１９万４８００円の返還を求めることができるか、具体的には、①本件各処分に無効事由が存在するか、②不当利得返還請求権又は過誤納金返還請求権について消滅時効が成立するかが争点である。
(2) 予備的請求について
原告が、本件通知の取消しを求めることができるか、具体的には、本件更正の請求の適法性（本件第２次控訴審判決の「判決」（国税通則法２３条２項１号）該当性、同号の期間の徒過の有無）が争点である。
４ 争点についての当事者の主張
(1) 争点(1)①（本件各処分の無効事由の存否）について
（原告の主張）
課税処分における内容上の過誤が課税要件の根幹についてのそれであって、徴税行政の安定とその円滑な運営の要請をしんしゃくしてもなお、不服申立期間の徒過による不可争的効果の発生を理由として被課税者に同処分による不利益を甘受させることが、著しく不当と認められるような例外的な事情のある場合には、前記の過誤による瑕疵は、当該処分を当然無効ならしめるものと解するのが判例である。
本件更正処分は、第１案による工事に係る工費相当額を本件事業年度の収益に係る売上原価の額として本件事業年度の損金の額に算入できないものとしたが、その後、本件上告審判決はこれを肯定した。本件更正処分が、上記工費相当額の損金への算入を否定したことは法律解釈に関する過誤であって、処分行政庁が依拠した法律解釈が誤りであれば本件更正処分の根拠は失われることになるのであるから、上記過誤は、本件更正処分の課税要件の根幹についての過誤である。
また、国税通則法６８条１項の規定によれば、重加算税を課するに当たっては事実の「隠ぺい」又は「仮装」という不正手段が用いられたことが要件とされるのであり、課税要件についての見解の相違によって処分行政庁が考えるところと異なった内容でされた申告が重加算税賦課の対象とならないことは当然である。しかし、本件上告審判決は、原告の見解を正当としたのであり、それと処分行政庁の見解は法律解釈の幅の中の問題にすぎないのに、本件賦課決定処分は、処分行政庁の見解と異なる立場によったこと自体を「隠ぺい」、「仮装」ととらえているものであるから、重加算税の課税要件がないにもかかわらずされた重大な過誤を有するのであって、この過誤が重加算税の課税要件の根幹についての過誤であることは明らかである。
そして、本件各処分は、あくまで処分行政庁の一方的な法律解釈によってされたものであり、そのような法律解釈に至るについて、原告は一切関与していないし、それに対していかなる原因を与えてもいない。また、原告は、上記法律解釈によって何らの利益も得ていないし、これを事後的に容認したこともない。さらに、本件各処分の表見上の効力を覆滅させることによって、徴税行政上格別の支障、障害がもたらされることもない。
よって、本件が、不服申立期間の徒過による不可争的効果の発生を理由として被課税者に処分による不利益を甘受させることが著しく不当な場合に該当することは、明らかである。
以上により、本件各処分のうち、第１案による工事に係る工費相当額を本件事業年度の損金の額に算入できないとの判断に基づく部分は当然無効であり、同部分に係る本件各処分に基づき原告が納付した金員については、原告に返還されるべきである。
（被告の主張）
課税手続においては、適正かつ公正な課税を行うために課税所得金額を確定するのに対し、刑事裁判手続においては、ほ脱罪の成立の判断及び適正な処罰を行う前提としていわゆる犯則所得金額を確定するものであって、両者はその目的を異にし、上記の各金額の確定のための手続も別個に定められているのみならず、刑事事件の判決で認定される犯則所得金額は、被告人が偽りその他不正の行為により故意犯として免れた租税に関する所得金額に限られることからすれば、上記の各金額が異なることがあってもやむを得ない。そして、課税手続上確定している課税標準額が、刑事判決によって認定された事実によって拘束かつ修正されるという制度は採用されていないのであるから、本件第２次控訴審判決が、本件第１審判決は、損金の額に算入すべき売上原価について法律の解釈を誤った結果、事実を誤認した旨判断していても、本件各処分が本件第２次控訴審判決の判断により拘束かつ修正されるものではない。
また、行政処分が当然無効であるというためには、処分に重大かつ明白な瑕疵がなければならず、瑕疵が明白であるというのは、課税処分成立の当初から、誤認であることが外形上客観的に明白である場合を指すものと解されているところ、本件第１審判決及び本件第１次控訴審判決が法律の解釈を誤り、事実を誤認した判断を行ったことをもって、処分成立の当初から誤認であることが外形上客観的に明白であったとはいい難い。そもそも、処分行政庁が、本件における事実関係を基に、本件改修工事と本件土地の譲渡による収益との関連性はなく、本件改修工事の費用が本件土地の売上原価を構成する費用とはならないと判断したことには、それなりの合理的な理由が認められるのであるし、仮に本件において、処分行政庁による課税要件の認定に誤りがあったとしても、誤認であることが課税処分の成立の当初から外形上、客観的に明白であったということはできず、重大かつ明白な瑕疵があったとみることはできない。
さらに、本件賦課決定処分は本件更正処分を前提として行われたものであるところ、本件更正処分につき重大かつ明白な瑕疵があったとみることができないのは上記のとおりである。そして、本件賦課決定処分は、本件事業年度末において、本件改修工事の内容が具体的に確定していない状況で、原告がＢに対して見積書の作成を指示し、本件改修工事が全く実施されていないにもかかわらず、その見積書を利用して架空の土地仕入高（未払金）を計上することにより、事実を仮装して所得金額を過少に申告していたとの認定をしたものであるが、上記のとおり、課税手続上確定している課税標準額が、刑事判決によって認定された事実によって拘束かつ修正されるという制度は採用されていないのであるから、原告の申告が本件上告審判決と同一の見解に立ってされたとしても、本件賦課決定処分当時にさかのぼって正当化されるものではなく、その認定自体に重大かつ明白な瑕疵があったということはできない。
(2) 争点(1)②（消滅時効の成否）について
（被告の主張）
過誤納金（国税通則法５６条１項）は、国税徴収手続という権力的な公法的手続の過程において生ずるものであって、いわゆる公法上の不当利得たる性質を有し、この意味において、過誤納金は、私人間の経済的利害の調整を目的とする民法上の不当利得の性質を有するものではないと考えられ、そうであれば、同条以下の過誤納金に関する規定は、納付された国税に関し民法の特則を定めたもので、過誤納金について民法の不当利得の規定の適用を排除する趣旨であると考えるのが相当であるから、本件の主位的請求は、過誤納金返還請求権に基づくものであると解される。
過誤納金返還請求権は、「還付金等に係る国に対する請求権」（同法７４条１項）に該当し、「その請求をすることができる日から５年間行使しない」（同項）ことにより時効消滅するのであり、過誤納金が無効な申告又は賦課処分に基づく納付によって生じた場合、その消滅時効の起算点は、納付のあった日と解され、同日の翌日から５年間が経過したことにより、援用を要することなく、時効消滅することになる（同条２項、同法７２条２項）。
本件においては、本件更正処分後の法人税については、平成５年１月２６日までに全額納付されており、翌２７日から５年間が経過しており、また、本件賦課決定処分に基づく重加算税については、平成６年３月３１日から平成１５年１１月２８日までの間に分割納付されているところ、同日納付分１５６万１０２４円を除く納付分２７１０万０４７６円は、それぞれ納付の翌日から５年間が経過している。
したがって、本件更正処分に係る法人税６３１０万６３００円及び本件賦課決定処分に係る重加算税のうち平成１５年１１月２８日の納付分を除く２０５２万７４７６円の合計８３６３万３７７６円についての過誤納金返還請求権は、時効消滅している。
（原告の主張）
国税通則法５６条以下の過誤納金に関する規定は、民法上の不当利得返還請求権の行使を不可能ならしめるものと考えるべきではない。過誤納金が納税者の行為に端を発するものであればともかく、処分行政庁の一方的な過誤によって納付が強いられた場合にまで、その返還請求が民法上の原則よりも制限されることとなるのは不合理だからである。したがって、本件の主位的請求の原因となる請求権は、第１次的には民法上の不当利得返還請求権であり、被告の国税通則法７４条１項に基づく消滅時効の主張は失当である。
仮に、本件の主位的請求の原因となる請求権が同法５６条１項に基づく過誤納金返還請求権であるとしても、時効の起算点は本件上告審判決がされた平成１６年１０月２９日の翌日である同月３０日と解すべきである。すなわち、課税処分が当然無効である場合には、当該処分による納付義務は発生しないため、納付後直ちにその返還を請求できるはずであるが、本件では、本件各処分が無効であったにもかかわらず、有効であることを前提として徴税手続が進められ、それが自力執行力を伴うものである以上、原告はその納付を拒絶し得ない立場に立たされたのである。時効は自己の権利を行使することが合理的に期待できる事情が現実に形成された時点から進行を開始するものと解すべきであるところ、本件においてこのような事情が形成されたのは、本件上告審判決の判断が示された時点であるというべきであるから、時効の起算点は、本件上告審判決がされた日の翌日と解すべきである。
よって、本件の主位的請求の原因となる請求権が過誤納金返還請求権だとしても、時効消滅しておらず、被告の主張は失当である。
(3) 争点(2)（本件更正の請求の適法性）について
（原告の主張）
本件上告審判決は、刑事事件の判決ではあるが、第１案による工事に係る工費相当額を損金に算入することの可否について、法律解釈の統一を担う最高裁判所が直接かつ明確な法的判断を示したものであって、単に刑事裁判手続におけるほ脱罪の成立の判断及び適正な処罰を行う前提としていわゆる犯則所得金額を確定するものではなく、課税要件の有無という特定の税法上の争点に関する有権的な法律解釈を示したものである。
本件上告審判決が法律解釈の誤りを指摘したにもかかわらず、その誤った法律解釈によって重加算税を含めて多額の賦課決定を受けた原告に対し、かかる不当な不利益の回復の機会を付与しないことは明らかに正義に反するものであり、このような事案の特殊性からすれば、本件第２次控訴審判決が国税通則法２３条２項１号に規定する「判決」として取り扱われるべきであるか、同号を準用して原告に更正の請求の機会が付与されるべきである。
そして、原告が、同号に規定する期間内に更正の請求をすることができなかったのは、処分行政庁の職員らから適切な教示を受けることができなかったからであり、処分行政庁がこれを理由に更正を拒むことは、条理上、許されない。
よって、本件更正の請求は適法である。
（被告の主張）
国税通則法２３条２項１号に規定する「判決」とは、申告に係る課税標準等又は税額等の計算の基礎となった事実についての私法行為又は行政行為上の紛争を解決することを目的とする民事事件の判決を意味し、犯罪事実の存否ないし範囲を確定するにすぎない刑事事件の判決はこれに含まれないものと解するのが相当であり、本件第２次控訴審判決は、法人税法違反の罪により起訴された刑事事件の判決であるから、上記「判決」には該当しない。
仮に、本件第２次控訴審判決が上記「判決」に該当するとしても、本件第２次控訴審判決は平成１７年８月４日に確定しているところ、本件更正の請求は平成１８年９月８日にされたものであるから、国税通則法２３条に規定する期限を徒過してされたものである。
よって、本件更正の請求は不適法である。
第３ 争点に対する判断
１ 争点(1)①（本件各処分の無効事由の存否）について
(1) 一般に、行政処分が無効であるというためには、単に当該処分に違法の瑕疵があるというだけでは足りず、重大かつ明白な瑕疵が存在することが必要であり（最高裁昭和●●年(○○)第●●号同３４年９月２２日第三小法廷判決・民集１３巻１１号１４２６頁参照）、行政処分の無効原因である瑕疵が明白であるとは、処分要件の存在を肯定する処分庁の認定の誤認であることが、処分成立の当初から、外形上、客観的に明白であること、すなわち、処分の外形上、客観的に、誤認が一見看取し得るものであることをいうものと解される（最高裁昭和●●年(○○)第●●号同３６年３月７日第三小法廷判決・民集１５巻３号３８１頁参照）。
ところで、課税処分が法定の処分要件を欠く場合、行政上又は司法上の救済手続のいずれにおいても、比較的短期間に大量的にされる課税処分を可及的速やかに確定させることにより徴税行政の安定とその円滑な運営を確保しようとする要請から、その不服申立てについては法定期間の遵守が要求されているところであるが、一般に、課税処分が課税庁と被課税者との間にのみ存するもので、処分の存在を信頼する第三者の保護を考慮する必要のないこと等を勘案すれば、当該処分における内容上の過誤が課税要件の根幹についてのそれであって、徴税行政の安定とその円滑な運営の要請をしんしゃくしてもなお、不服申立期間の徒過による不可争的効果の発生を理由として被課税者に前記処分による不利益を甘受させることが、著しく不当と認められるような例外的な事情のある場合には、前記の過誤による瑕疵は、当該処分を無効ならしめると解される（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同４８年４月２６日第一小法廷判決・民集２７巻３号６２９頁参照）。
(2) 前記争いのない事実等（第２の２参照）に記載した本件上告審判決の判示の内容によれば、同判示は、売上原価の年度帰属の基準について、当該事業年度終了の日までに当該費用に係る債務が確定していない場合であっても、近い将来にこれを支出することが相当程度の確実性をもって見込まれており、かつ、同日の現況によりその金額を適正に見積もることが可能であれば、その見積金額を法人税法２２条３項１号にいう売上原価の額として当該事業年度の損金の額に算入することができる旨の法的判断に立脚してされたものであると解される。
そうすると、本件上告審判決は、課税処分とはその目的及び手続を異にする刑事事件に関するものであるものの、売上原価の年度帰属の基準という本件更正処分と共通する法律解釈上の争点に関し、最高裁判所がその判断を示したものであるから、これに従えば、本件更正処分において、処分行政庁が第１案による工事に係る工費として見積もられた額を損金の額に算入することはできないと認定したことは誤りであったともいえる。
しかしながら、同号の売上原価等の額について、同条４項は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算されるものとする旨を規定し、同じく同項の適用がある同条３項２号の販売費等については、明文をもって「当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く」ことが規定されているところであって、販売費等の額と同様、売上原価等の額も、企業の恣意を排除して適正に算定することが必要である上、証拠（甲１０ないし１５（いずれも枝番を含む。））によれば、本件更正処分のされた当時、売上原価の年度帰属の判定基準に関する最高裁判例は存在せず、法人税基本通達２－２－１は、法人税法２２条３項１号に規定する売上原価等となるべき費用の額の全部又は一部が当該事業年度終了の日までに確定していない場合には、同日の現況によりその金額を適正に見積るものとし、その確定していない費用が売上原価等となるべき費用かどうかは、当該売上原価等に係る資産の販売等に関する契約の内容、当該費用の性質等を勘案して合理的に判断する等とするのみであったもので、他方、売上原価等の額を損金の額に算入するに当たっては金額の見積りが可能な程度に債務の内容が特定されていることが必要であるとする下級審裁判例があったと認められることからすれば、売上原価の年度帰属につき、本件上告審判決の判示したところよりも厳格に解して、当該事業年度終了の日において、その金額の見積りが可能な程度に債務の内容が特定されていることを必要とするといった基準を採用することにも、合理的な理由があったということができる。
その上で、前記争いのない事実等に記載したように、原告は、本件土地についての開発行為の許可を得ようとするのに際し、Ｄ市の行政指導に従って、第１案を内容とする本件改修工事を行うことを了承し、昭和５８年６月に同許可を得たものの、昭和６２年６月に造成を終えた本件土地を販売するまでの間に、本件改修工事に着手した事実はなく、同年７月にＤ市が方針を変更し本件改修工事の内容を第２案とすることとされた後、Ｂから第１案による工事に係る工費についての見積書の提出を受けたとはいえ、第１案又は第２案による工事に係る契約を締結するまでには至っていなかったものであって、本件事業年度の法人税の申告がされる直前の同年１０月にはＤ市が更に方針を変更し本件改修工事をすべて公共工事として行うこととされ、結局、原告においては本件改修工事の施工やその費用の負担等をしていないというのである。
このように、原告が本件事業年度の法人税の申告に当たり土地仕入高の一部である造成費に計上した第１案による工事に係る工費の見積金額については、既に販売済みとなっていた本件土地の購入の対価又はその造成工事の代金には当たらず、また、本件事業年度終了の日の時点で施工することが想定されていた第２案による工事の内容に沿う見積金額ではなく、同日において本件改修工事につき着工はもとより契約の締結もされていなかったのであって、しかも、その後間もなくＤ市において方針が更に変更されたところである。してみると、上記の見積りについては、本件土地が販売された後においても原告の負う債務の内容がいまだ特定していないのみならず、原告が本件改修工事に関して何らかの債務を負うこと自体に疑義を差し挟む余地があったともいえることからすれば、上記の見積金額をもって本件土地の販売による収益に係る売上原価の額として損金の額に算入することはできないとする判断にも、相応の合理的な理由があったと評価することが可能であるというべきである。本件第１審判決及び本件第１次控訴審判決が上記と同様の結論を採っていたことも、上記のようにいうことが不相当ではないことをうかがわせるものである。
そうすると、上記の見積金額を損金の額に算入することはできないとした本件更正処分における処分行政庁の認定については、仮に本件上告審判決が法的判断として立脚したと解されるところを前提にそれが誤認であって重大な瑕疵に当たるというとしても、処分成立の当初から、処分の外形上、客観的に、誤認が一見看取し得るものであるということはできず、これをもって明白な瑕疵に当たるということはできないというべきである。
また、仮にそれを課税要件の根幹についての内容上の過誤に当たるというとしても、原告は、平成１５年１２月１６日に本件各処分に対する審査請求につきいずれも棄却する旨の裁決がされた当時、本件第１次控訴審判決に対して上告していたところであって、証拠（甲１６、１８）によっても、上告趣意書で主張していたところと同様の主張をして原告において本件各処分の取消訴訟等を提起することを妨げるような事情が存在したことはうかがわれず、本件において、原告についてこのような不服申立てをしなかったことによる不可争的効果の発生等につき著しく不当と認められるような例外的な事情の存在を認めるに足りる他の証拠も見当たらない。
以上のとおり、本件更正処分は、当然無効であるということはできない。
(3) また、国税通則法６８条１項は、納税者がその国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装し、その隠ぺいし、又は仮装したところに基づき納税申告書を提出していたときは重加算税を課する旨を規定するところ、これを課するに当たっては、納税者が故意に課税標準等又は税額等の計算の基礎となる事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装し、その隠ぺい又は仮装の行為を原因として過少申告の結果が発生したものであれば足り、それ以上に、申告に対し、納税者において過少申告を行うことの認識を有していることまでを必要とするものではないと解される（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同６２年５月８日第二小法廷判決・裁判集民事１５１号３５頁参照）。
既に述べたように、原告は、第１案による工事に係る工費に関しＢから提出されていた見積金額について、本件事業年度の法人税の申告に当たり、土地仕入高の一部である造成費に計上し、添付された決算報告書においてはＢに対する未払金に計上したものであるが、これは、既に販売済みとなっていた本件土地の購入の対価又はその造成工事の代金には当たらず、また、本件事業年度終了の日の時点で施工することが想定されていた第２案による工事の内容に沿う内容のものではなく、同日において本件改修工事につき着工はもとより契約の締結もされていなかったのであって、これらの事情については、原告において認識していたものと推認することができる。
そして、売上原価の年度帰属につき、本件上告審判決の判示したところよりも厳格に解して、当該事業年度終了の日において、その金額の見積りが可能な程度に債務の内容が特定されていることを必要とするといった基準を採用することにも、合理的な理由があったということができることは、既に述べたとおりであり、このような考え方に従えば、原告がした上記のように事実関係に沿わない申告を原因として過少申告の結果が発生したとみることができるものというべきである。
そうすると、処分行政庁において、原告につき重加算税を賦課することができる要件が満たされていると認定したことにも、相応の合理的な理由があったものということができ、上記のような処分行政庁の認定については、仮に本件上告審判決が法的判断として立脚したと解されるところを前提にそれが誤認であって重大な瑕疵に当たるというとしても、処分成立の当初から、処分の外形上、客観的に、誤認が一見看取し得るものであるということはできず、これをもって明白な瑕疵に当たるということはできないというべきである。
また、仮にそれを課税要件の根幹についての内容上の過誤に当たるというとしても、既に述べたように、平成１５年１２月１６日に本件各処分に対する審査請求につきいずれも棄却する旨の裁決がされた当時に本件第１次控訴審判決に対して上告していた原告において本件各処分の取消訴訟等を提起することを妨げるような事情が存在したことはうかがわれず、本件において、原告についてこのような不服申立てをしなかったことによる不可争的効果の発生等につき著しく不当と認められるような例外的な事情の存在を認めるに足りる他の証拠も見当たらないところである。
以上のとおり、本件賦課決定処分も、当然無効であるということはできないというべきである。
(4) 原告は、本件各処分が当然無効であるとの前提に立ち、納付済みの法人税相当額及び重加算税相当額の一部について法律上の原因を欠くとして不当利得返還請求又は過誤納金返還請求をしているものであるところ、本件各処分についてはいずれも当然無効であるということはできないから、その余の点につき判断するまでもなく、原告の主位的請求は理由がない。
２ 争点(2)（本件更正の請求の適法性）について
原告は、本件第２次控訴審判決は国税通則法２３条２項１号に規定する「判決」に当たり、また、原告が同号に規定する期間内に更正の請求をすることができなかったことを理由に処分行政庁が更正を拒むことは条理上許されないとして、本件更正の請求が適法である旨主張する。
ところで、本件第２次控訴審判決が原告の主張するように同号に規定する「判決」に当たるか否かについては、別論として、同号は、上記の「判決」の確定した日の翌日から起算して２月以内に限り更正の請求をすることができる旨を規定するところ、本件第２次控訴審判決は平成１７年８月４日に確定しており、原告の本件更正の請求は平成１８年９月８日にされたものであるから、仮に本件第２次控訴審判決が上記の「判決」に当たるものとしても、本件更正の請求は、同号に規定する期間が経過した後にされたものというべきこととなる。
原告は、原告が上記の期間内に更正の請求をすることができなかったのは処分行政庁の職員らから適切な教示を受けることができなかったためであるから、処分行政庁が本件更正の請求に基づき更正をすることを拒むことは条理上許されない旨主張するが、処分行政庁が更正の請求につき教示をすべき旨を定める法令の規定は見当たらず、また、原告の提出した証拠（甲５、１７、１８）には、原告の代表取締役であった乙は、本件第２次控訴審判決の宣告がされた際に、公判廷において、手続に出席していた検察官に対し、今後の対処について尋ねたところ、後で連絡する旨言われて、待っていたものであり、その折の傍聴人の中には関東信越国税局の関係者と思われる者もいた旨の記載がみられるが、刑事訴訟手続を担当する検察官が税務に関する更正の請求の在り方等について対応する立場にないことは明らかであって、このことは上記乙や当時の原告の取締役等においても容易に認識することができたものと推認され、また、上記の証拠によっても、上記乙や当時の原告の取締役等が税務関係の担当者に直接質問等をしたとの事実を認めることはできない。
また、証拠（甲１６、１８）によれば、原告は、本件第２次控訴審判決の宣告がされた後に更正の請求をしようと考えていたが、検察庁から関係資料等が返還されるはずであることを知り、これらが返還されてから上記の請求をしようと考えたため、法定の期間内にこれをすることができなかったことが認められるが、このことをもっても、原告の上記の主張を採用するに足りるものということはできない。
したがって、本件更正の請求は、法定の期間の経過後にされた不適法なものといわざるを得ず、その余の点につき判断するまでもなく、原告の予備的請求は理由がない。
３ 以上によれば、原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとし、訴訟費用の負担について、行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官八木一洋
裁判官衣斐瑞穂
裁判官田上絢子
別表１
本件更正処分等の経緯（法人税）
株式会社Ａ
区分
年月日
所得金額
課税土地譲
渡利益金額
納付すべき
税額
過少申告
加算税の額
重加算税の額
確定申告
（期限内）昭和62年11月30日
84,484,195
67,966,000
46,366,200
修正申告平成元年4月26日
112,112,192
87,091,000
61,795,000
63,000
5,176,500
更正処分等平成4年12月18日
292,702,192
109,818,000
143,688,900
28,661,500
異議申立て平成5年2月17日
更正処分等の一部取消し
教示
書平成5年6月14日
審査請求をすることができる旨の教示
審査請求平成5 年8 月6 日
更正処分等の一部取消し
審査裁決平成15年12月16日
棄却
更正の請求平成18年9月8日
144,410,172
109,818,000
79,905,500
通知処分平成18年12月6日
更正の請求に対して、更正をすべき理由がない旨の通知
異議申立て平成19年1月19日
通知処分の取消
異議決定平成19年4月16日
棄却
審査請求平成19年5月7日
通知処分の取消
昭和
年
月期
審査裁決平成20年2月20日
棄却
別表２
本件事業年度の所得金額及び法人税額
（単位円）
区分
順号
金額
申告所得金額①
112,112,192
売上原価の損金不算入額②
11,100,000
土地仕入高の損金不算入額
③
169,490,000
所得金額（①＋②＋③）④
292,702,192
法人税額⑤
121,974,840
課税土地譲渡金額⑥
109,818,000
土地譲渡
利益金額課税土地譲渡金額に対する税額
⑦
21,963,600
課税留保金額⑧
15,007,000
留保
同上に対する税額⑨
1,500,700
法人税額計（⑤＋⑦＋⑨）
⑩
145,439,140
控除所得税額⑪
1,750,238
納付すべき税額（⑩－⑪）
⑫
143,688,900
別表３
本件賦課決定処分に基づく重加算税の納付状況
（単位：円）
順号
年月日
態様
納付金額等
未納額
平 4. 12. 18
賦課決定処分
－
28,661,500
平 6. 3. 31
納付
200,000
28,461,500
平 6. 4. 30
納付
200,000
28,261,500
平 6. 5. 31
納付
200,000
28,061,500
平 6. 6. 30
納付
200,000
27,861,500
平 6. 7. 31
納付
200,000
27,661,500
平 6. 8. 31
納付
200,000
27,461,500
平 6. 9. 30
納付
200,000
27,261,500
平 6. 10. 31
納付
200,000
27,061,500
平 6. 11. 30
納付
200,000
26,861,500
平 6. 11. 30
充当
4,233,447
22,628,053
平 6. 12. 31
納付
200,000
22,428,053
平 6. 12. 9
納付
263,000
22,165,053
平 7. 1. 31
納付
200,000
21,965,053
平 7. 2. 28
納付
200,000
21,765,053
平 7. 4. 30
納付
100,000
21,665,053
平 7. 5. 31
納付
100,000
21,565,053
平 7. 6. 30
納付
100,000
21,465,053
平 7. 7. 31
納付
100,000
21,365,053
平 7. 8. 31
納付
100,000
21,265,053
平 7. 9. 30
納付
100,000
21,165,053
平 7. 10. 31
納付
200,000
20,965,053
平 7. 11. 30
納付
200,000
20,765,053
平 7. 11. 30
充当
3,686,417
17,078,636
平 7. 12. 25
納付
200,000
16,878,636
平 8. 1. 31
納付
200,000
16,678,636
平 8. 2. 29
納付
200,000
16,478,636
平 8. 7. 31
納付
245,000
16,233,636
平 8. 8. 31
納付
300,000
15,933,636
平 8. 9. 30
納付
300,000
15,633,636
平 8. 10. 31
納付
300,000
15,333,636
平 8. 11. 30
納付
300,000
15,033,636
平 8. 12. 31
納付
300,000
14,733,636
平 9. 1. 31
納付
300,000
14,433,636
平 9. 2. 28
納付
300,000
14,133,636
平 9. 3. 31
納付
300,000
13,833,636
平 9. 4. 30
納付
300,000
13,533,636
平 9. 5. 31
納付
300,000
13,233,636
平 9. 6. 30
納付
300,000
12,933,636
平11. 11. 30
充当
885,612
12,048,024
平13. 1. 31
納付
500,000
11,548,024
平13. 2. 28
納付
500,000
11,048,024
平13. 3. 29
納付
500,000
10,548,024
平13. 4. 27
納付
500,000
10,048,024
平13. 5. 31
納付
1,000,000
9,048,024
平13. 8. 1
納付
887,000
8,161,024
順号
年月日
態様
納付金額等
未納額
平13. 10. 1
納付
1,000,000
7,161,024
平13. 10. 31
納付
1,000,000
6,161,024
平13. 11. 30
納付
1,000,000
5,161,024
平14. 7. 1
納付
100,000
5,061,024
平15. 5. 1
納付
500,000
4,561,024
平15. 5. 30
納付
500,000
4,061,024
平15. 6. 30
納付
500,000
3,561,024
平15. 7. 31
納付
500,000
3,061,024
平15. 9. 1
納付
500,000
2,561,024
平15. 9. 30
納付
500,000
2,061,024
平15. 10. 31
納付
500,000
1,561,024
平15. 11. 28
納付
1,561,024
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2009/pdf/11235.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。