税務訴訟資料第２６０号－１４９（順号１１５０５）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（熊谷税務署長、国税不服審判所長）
平成２２年９月１０日棄却・控訴
判決
原告株式会社Ａ
代表者代表取締役甲
訴訟代理人弁護士白石道泰
被告国
代表者法務大臣千葉景子
処分行政庁熊谷税務署長
清水繁雄
裁決行政庁国税不服審判所長
孝橋宏
指定代理人倉持俊宏
馬田茂喜
田辺之信
上野洋平
諸井明仁
三柴保宏
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 処分行政庁が平成１９年１１月２８日付けでした原告の平成１４年１０月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１４年１２月期」という。）の所得に対する法人税の更正処分（以下「平成１４年１２月期更正処分」という。）のうち、欠損金額２５億２００４万６２１９円、還付金の額に相当する税額１５万８９５５円及び翌期へ繰り越す欠損金の額２５億２１７２万９４１５円をそれぞれ下回る部分並びに平成１６年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１６年１２月期」という。）の所得に対する法人税の更正処分（以下「平成１６年１２月期更正処分」という。）のうち、所得金額０円を超える部分、還付金の額に相当する税額１５万５５３１円及び翌期へ繰り越す欠損金の額１９５１万６５７１円をそれぞれ下回る部分並びに平成１６年１２月期に係る過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」という。）をいずれも取り消す。
２ 裁決行政庁が平成２１年１月２８日付けでした処分行政庁によってされた原告の平成１４年１２月期更正処分、平成１６年１２月期更正処分及び本件賦課決定処分（以下、これらの処分を併せて「本件各処分」という。）に対する原告の審査請求を棄却する旨の裁決（以下「本件裁決」という。）を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、農薬の販売等を業とする原告が、過去に過大に棚卸商品を計上するいわゆる粉飾決算を行っていたことから、平成１４年１２月期の損益計算書の特別損失の項目に棚卸商品過大計上損の科目で当該粉飾決算に係る金額を計上し、同金額を損金の額に算入して同期に係る法人税の確定申告をしたところ、処分行政庁が、当該金額を損金の額に算入することはできないとして平成１４年１２月期更正処分をし、また、これに連動して平成１６年１２月期更正処分及び本件賦課決定処分をしたため、原告が、本件各処分の取消しを求めるとともに、本件裁決の取消しを求める事案である。
１ 関連法令の定め
(1) 法人税法の定め
ア 法人税法２条１９号は、同法において欠損金額とは、各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額が当該事業年度の益金の額を超える場合におけるその超える部分の金額をいうと規定している。
イ 法人税法２１条は、内国法人に対して課する各事業年度の所得に対する法人税の課税標準は、各事業年度の所得の金額とすると規定している。
ウ 法人税法２２条３項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、次の①から③までに掲げる額とすると規定している。
① 当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価の額（１号）
② ①に掲げるもののほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額（２号）
③ 当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るもの（３号）
エ 法人税法５７条（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）１項本文は、確定申告書を提出する内国法人の各事業年度開始の日前７年以内に開始した事業年度において生じた欠損金額（この項の規定により当該各事業年度前の事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入されたもの及び８０条（欠損金の繰戻しによる還付）の規定により還付を受けるべき金額の計算の基礎となったものを除く。）がある場合には、当該欠損金額に相当する金額は、当該各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入すると規定している。
また、同条１０項は、同条１項の規定は、同項の内国法人が欠損金額の生じた事業年度について青色申告書である確定申告書を提出し、かつ、その後において連続して確定申告書を提出している場合に限り、適用する旨規定している。
オ 法人税法１２９条２項は、内国法人の提出した確定申告書に記載された各事業年度の所得の金額が当該事業年度の課税標準とされるべき所得の金額を超えている場合において、その超える金額のうちに事実を仮装して経理したところに基づくものがあるときは、税務署長は、当該事業年度の所得に対する法人税につき、当該事実を仮装して経理した内国法人が当該事業年度後の各事業年度において当該事実に係る修正の経理をし、かつ、当該修正の経理をした事業年度の確定申告書を提出するまでの間は、更正をしないことができる旨規定している。
カ 法人税法１３０条１項は、その本文で、税務署長は、内国法人の提出した青色申告書に係る法人税の課税標準又は欠損金額の更正をする場合には、その内国法人の帳簿書類を調査し、その調査により当該青色申告書に係る法人税の課税標準又は欠損金額の計算に誤りがあると認められる場合に限り、これをすることができる旨規定し、そのただし書で、当該青色申告書及びこれに添付された書類に記載された事項によつて、当該課税標準又は欠損金額の計算がこの法律の規定に従っていないことその他その計算に誤りがあることが明らかである場合は、その帳簿書類を調査しないでその更正をすることを妨げない旨規定している。
また、同条２項は、税務署長は、内国法人の提出した青色申告書に係る法人税の課税標準又は欠損金額の更正をする場合には、その更正に係る国税通則法２８条２項（更正通知書の記載事項）に規定する更正通知書にその更正の理由を付記しなければならない旨規定している。
(2) 国税通則法及び国税通則法施行令等の定め
ア 国税通則法２条６号ハ(2)は、納税申告書に記載すべき「純損失等の金額」には、法人税法に規定する欠損金額でその事業年度以前において生じたもののうち、同法の規定により翌事業年度以後の事業年度分の所得の金額の計算上順次繰り越して控除し、又は前事業年度以前の事業年度分の所得に係る還付金の額の計算の基礎とすることができるものを含む旨規定している。
イ(ア) 平成１６年法律第１４号（以下「１６年改正法」という。）による改正前の国税通則法（以下「改正前通則法」といい、１６年改正法による改正後のものを「改正後通則法」という。）７０条１項は、更正は、その更正に係る国税の法定申告期限から３年を経過した日以後においては、することができない旨規定し、同条２項は、納付すべき税額を減少させる更正（１号）、又は、純損失等の金額で当該課税期間において生じたものを増加させ（２号）、若しくは減少させる（３号）更正は、同条１項の規定にかかわらず、その更正に係る国税の法定申告期限から５年を経過する日まですることができる旨規定している。
(イ) １６年改正法により、前記(ア)のとおり改正前通則法７０条１項に規定されていた法人税に係る更正の期間制限が、３年から５年に延長された。１６年改正法附則１７条１項は、当該改正後の規定は、平成１６年４月１日以後に法定申告期限が到来する法人税について適用する旨規定している。
(ウ) また、１６年改正法により、改正前通則法７０条２項に規定されていた更正の期間制限のうち、法人税の純損失等の金額に係る更正の期間制限が、５年から７年に延長された。１６年改正法附則１７条２項は、当該改正後の規定は、法人の平成１３年４月１日以後に開始した事業年度において生じた純損失等の金額について適用する旨規定している。ウ(ア) 国税通則法９４条は、国税不服審判所長は、審査請求に対する答弁書が提出されたときは、審査請求に係る事件の調査及び審理を行なわせるため、担当審判官１名及び参加審判官２名以上を指定する旨規定している。
(イ) 国税通則法施行令３３条は、国税不服審判所長は、担当審判官を指定したとき又は変更したときは、遅滞なく、審査請求人にその氏名及び所属を通知しなければならない旨規定している。
２ 前提事実
本件の前提となる事実は、次のとおりである。いずれも、当事者間に争いがないか、又は当裁判所に顕著な事実である。
(1) 原告の業務等
原告は、農薬等の販売を業とする株式会社であり、青色申告法人である。
(2) 原告による確定申告及びこれに対する処分等の経緯等
ア 原告による粉飾決算等
原告は、平成９年１０月１日から同１０年９月３０日まで、同年１０月１日から同１１年９月３０日まで、同年１０月１日から同１２年９月３０日まで、同年１０月１日から同１３年９月３０日まで、及び同年１０月１日から同１４年９月３０日までの各事業年度（以下、順次「平成１０年９月期」、「平成１１年９月期」、「平成１２年９月期」、「平成１３年９月期」及び「平成１４年９月期」という。）において、棚卸商品につき、それぞれ、１億円、６億円、２億０５００万円、５億９５００万円及び４億５３００万円の合計１９億５３００万円分を意図的に実際の額よりも過大に計上すること（以下「本件粉飾」という。）により、上記各事業年度の課税標準とされるべき実際の所得の金額を超える金額を所得金額として、法人税の確定申告をした。
イ 原告による平成１４年１２月期から平成１６年１２月期までの確定申告
(ア) 原告は、平成１４年１２月期の法人税の申告において、本件粉飾に係る棚卸商品過大計上分である１９億５３００万円を損益計算書の特別損失の項目に棚卸商品過大計上損の科目で計上し（以下、この計上に係る損失を「本件損失」という。）、これを損金の額に算入して、別表１の平成１４年１２月期の確定申告欄記載のとおりの所得（欠損）金額、翌期へ繰り越す欠損金の額及び納付すべき税額（還付税額）であるとして、確定申告をした。
当該申告は、所得（欠損）金額を２５億２００４万６２１９円の欠損とし（別表２の順号③）、平成１４年９月期の欠損金額１６８万３１９６円（別表２の順号③）との合計額である２５億２１７２万９４１５円を翌期へ繰り越す欠損金とするものであった（別表３の順号③）。
(イ) 原告は、平成１５年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１５年１２月期」いいう。）の法人税について、別表１の平成１５年１２月期確定申告欄記載のとおり、前記(ア)の繰越欠損金のうち２２億２１２３万０２３６円を控除して、所得金額を０円、翌期へ繰り越す欠損金の額を３億００４９万９１７９円として確定申告をした。
(ウ) 原告は、平成１６年１２月期の法人税について、別表１の平成１６年１２月期確定申告欄記載のとおり、上記(イ)の繰越欠損金のうち２億６６７３万９４３６円を控除して、所得金額を０円、翌期へ繰り越す欠損金の額を３３７５万９７４３円として確定申告をした。
ウ 処分行政庁による前回調査及び前回更正処分等
(ア) 処分行政庁は、平成１７年７月２０日から同月２２日までの間、原告に対し、税務調査（以下「前回調査」という。）を行った。
前回調査を担当した熊谷税務署乙係官（以下「前回調査担当職員」という。）は、同月２０日及び同月２１日、原告の事務所に臨場し、原告及び原告の依頼を受けた丙税理士（以下、「丙税理士」といい、原告と併せて「原告ら」という。）から、本件粉飾についての説明を受けたが、前回調査担当職員は、原告らに対し、平成１４年１２月期の申告について修正申告をしょうようしなかった。
(イ) 原告は、前回調査の後、平成１７年８月５日付けで、別表１の平成１５年１２月期の修正申告等欄記載のとおりの所得（欠損）金額、翌期へ繰り越す欠損金の額及び納付すべき税額（還付税額）であるとして、平成１５年１２月期の法人税に係る修正申告（以下「平成１５年１２月期修正申告」という。）をした。
(ウ) 処分行政庁は、平成１７年９月２８日付けで、別表１の平成１６年１２月期の更正処分等（平成１７年９月２８日）欄記載のとおりの所得（欠損）金額、翌期へ繰り越す欠損金の額及び納付すべき税額（還付税額）であるとして、主に平成１５年１２月期修正申告に係る修正項目に連動する内容の平成１６年１２月期の法人税に係る更正処分（以下「前回更正処分」という。）をした。
これにより、原告の平成１６年１２月期における繰越欠損金の当期控除額は、２億６６７３万９４３６円から２億５９８８万１２０８円に減少した。
エ 処分行政庁による今回調査及び本件処分等
(ア) 処分行政庁は、平成１９年１０月２５日及び同月２６日、原告に対し、税務調査（以下「今回調査」という。）を行った。
今回調査を担当した熊谷税務署乙係官（以下「今回調査担当職員」という。）は、上記両日、原告の事務所に臨場し、原告に対し、平成１４年１２月期の法人税の申告について、本件損失が損金の額に算入することができないものであることを説明し、修正申告をしょうようした。しかし、原告はこれに応じなかった。
(イ) 処分行政庁は、平成１９年１１月２８日付けで、原告に対し、平成１４年９月期に係る法人税の更正処分（以下「平成１４年９月期更正処分」という。）、平成１４年１２月期更正処分及び平成１６年１２月期更正処分（以下、平成１４年１２月期更正処分と平成１６年１２月期更正処分を併せて「本件各更正処分」という。）並びに本件賦課決定処分を行った。また、処分行政庁は、同日付けで、原告に対し、平成１７年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１７年１２月期」という。）及び平成１８年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１８年１２月期」という。）に係る法人税の更正処分も行った。上記各処分の内容は、別表１から３までのとおりであるが、その詳細は次のとおりである。
ａ 平成１４年９月期については、当期の粉飾金額である４億５３００万円を売上原価に算入し（別表２の順号⑨）、所得（欠損）金額を４億５４６８万３１９６円とする内容の減額更正をした（別表２の順号⑫）。
この結果、翌期へ繰り越す欠損金の額は、４億５４６８万３１９６円となった（別表３の順号⑥）。
ｂ 平成１４年１２月期については、本件損失の損金算入を否認し（別表２の順号④）、所得（欠損）金額を５億６７０４万６２１９円とする内容の更正をした（別表２の順号⑫）。
この結果、翌期へ繰り越す欠損金の額は、前記ａの４億５４６８万３１９６円との合計額である１０億２１７２万９４１５円となった（別表３の順号⑥）。
ｃ 平成１６年１２月期については、前回更正処分の際、繰越欠損金の当期控除額を２億５９８８万１２０８円としていたが（別表２の順号②）、平成１４年１２月期の翌期へ繰り越す欠損金の額が減少したことにより、上記金額を繰越欠損金の当期控除額の過大額として否認し（別表２の順号⑦）、当期控除額は０円となる内容の更正をする（別表３の順号⑤）とともに、併せて、本件賦課決定処分をした。
ｄ なお、平成１５年１２月期については、平成１５年１２月期修正申告では当期控除額を２２億４１９８万５６３６円としていた（別表２の順号②）が、前記ｂのとおり、平成１４年１２月期における、翌期へ繰り越す欠損金の額が１０億２１７２万９４１５円に減少することにより、同金額だけしか控除できない結果、差額の１２億２０２５万６２２１円が所得金額として算出されることとなるが（別表２の順号⑫）、これについては、過少申告に係る更正の期間制限の３年を経過していたことから、更正処分は行われていない。
また、平成１３年９月期以前についても、納付すべき税額を減少させる更正の期間制限である５年を経過していたことから、減額更正は行われていない。
オ 原告による審査請求及び本件裁決等
原告が本件各処分を不服として平成１９年１２月３日に審査請求を行ったところ、裁決行政庁は、同２１年１月２８日付けで審査請求を棄却する旨の本件裁決をした。なお、原告は、平成１７年１２月期に係る更正処分についても審査請求を行ったが、平成２０年５月１２日、これを取り下げた。
原告は、平成２１年７月３１日、本件訴えを提起した。
３ 本件各処分の根拠及び適法性についての被告の主張
本件各処分の根拠及び適法性についての被告の主張は、別紙「本件各処分の根拠及び適法性」のとおりである。
４ 争点
(1) 平成１４年１２月期更正処分の適法性
(2) 平成１６年１２月期更正処分の適法性
(3) 本件裁決の適法性
５ 争点に関する当事者の主張
(1) 争点(1)（平成１４年１２月期更正処分の適法性）について
ア 原告の主張
(ア) 国税通則法７０条違反による違法
平成１４年１２月期更正処分は、平成１４年１２月期よりも前の事業年度において本件粉飾により架空に計上した棚卸資産計上額を損金計上したことについて、これを否認したものであるところ、原告の平成１４年１２月期の確定申告書の提出期限は平成１５年２月２８日であり、更正の期間制限について規定した国税通則法の規定の適用については、１６年改正法附則１７条により、改正前通則法７０条が適用されるから、同条１項により、その更正期限は法定申告期限から３年であり、平成１４年１２月期更正処分は、この期限を徒過してされたものである。
また、同条２項は、更正期限が例外的に５年になる場合について規定しているが、平成１４年１２月期更正処分は、平成１３年９月期から平成１４年９月期以前に生じた損失に関するものであるところ、うち４億５３００万円については、平成１４年９月期に生じた損失を増加させる更正であるから、同項２号により、平成１９年９月期の申告期限である平成１９年１１月３０日まで更正することができ、同項に違反するものではないが、残りの１５億円については、同項による更正期限を徒過してされたものである。
したがって、平成１４年１２月期更正処分のうち損失額を１５億円増加させる部分は、更正期限を徒過してされた違法なものである。
(イ) 法人税法２１条違反による違法
法人税法２１条は、事業年度課税を法定しているから、処分行政庁は、平成１４年９月期更正処分において損金に算入することができないとした本件損失については、損失金の生じた各事業年度ごとに更正しなければならない。ところが、処分行政庁は、本件損失のうち平成１４年９月期の４億５３００万円については同期の原告の損失金として所得金額から減算する更正をしたが、残りの１５億円については、その損失金が生じた各事業年度ごとに更正せず、平成１４年１２月期更正処分において一括更正したものである。したがって、平成１４年１２月期更正処分は、法人税法２１条に違反する違法な処分である。
(ウ) 法人税法５７条違反による違法
本件損失は、平成１４年１２月期の事業年度開始前５年以内の事業年度に生じた法人税法５７条１項に規定する欠損金額（以下「青色欠損金」という。）であり、同条により翌期以後の各事業年度の所得から控除できる欠損金（純損失）であるから、過年度に生じた損失であるとして損金計上を認めなかった平成１４年１２月期更正処分は、同条に違反する違法な処分である。
(エ) 法人税法１２９条２項による更正処分をすべき義務違反による違法
処分行政庁は、法人税法２２条３項を適用して平成１４年１２月期更正処分をしている。しかし、法人税法１２９条２項は、事実を仮装して経理した法人が修正経理をした確定申告書を提出するまでは、減額更正をしないことができると規定しているが、更正してはならないとは規定していないところ、処分行政庁は、前回調査において、本件粉飾の事実を知ったのであるから、これを指摘して修正申告させる義務があったのに、これを怠っていたのであり、法人税法１２９条２項を適用して平成１４年１２月期更正処分をすべきであった。それにもかかわらず、法人税法２２条３項を適用してされた平成１４年１２月期更正処分は、法令の適用を誤った違法なものである。
(オ) 法人税法１３０条違反による違法
平成１４年１２月期更正処分については、その理由として「貴法人備え付けの帳簿書類を調査した結果所得金額の計算に誤りがあると認められる。」と記載されているが、今回調査においては、平成１４年１２月期の帳簿書類等の資料の提出を求められたことはなく、何ら調査はされていない。したがって、平成１４年１２月期更正処分は、法人税法１３０条１項及び２項に違反する違法な処分である。
(カ) 信義誠実の原則違反による違法
処分行政庁は、前回調査において、本件損失が棚卸商品を過大計上し課税標準を超えた金額を仮装経理して所得金額を過大に申告したものである事実及びそれらの事情や経緯を十二分に確認し、それに基づいて、平成１４年１２月期及び平成１５年１２月期の修正申告を求め、原告は、これに応じて修正申告書を提出した。しかし、処分行政庁は、前回調査の結果、原告に本件損失に係る修正は求めておらず、かえって、平成１６年１２月期についての減価償却費の償却超過額のうち、当該事業年度に係る償却限度額７０９万８２２２円を損金の額に算入し、所得金額から減算する更正処分をしているが、これは、本件損失を平成１４年１２月期の損金と認めた上での処理であり、原告の扱いを容認していたものである。したがって、これは処分行政庁による公式見解の表示に当たる。
そして、原告は、平成１４年１２月期に本件損失を計上した処理が認められたと信じ、損金処理が正当であると認識していたので、その後もこれに基づき期限内申告及び納税を続けてきた。
ところが、処分行政庁は、前回調査から２年３か月も経過し、更正期限が近付いた平成１９年１１月２８日に本件各処分をしているのであって、これは、原告の信頼を裏切る不誠実な処分であり、納税者である原告に不利益を招くものである。
原告は、本件各処分により、本税及び過少申告加算税の合計８９００万８０００円を納付しなければならなくなり、これと同額の損害を被り、かつ、原告が平成１３年９月期以前に過大に納付した法人税が放置される結果になり、経済的負担を強いられることとなった。
原告には、処分行政庁の公式見解を信頼し、その信頼に基づいて行動したことについて責めに帰すべき事由はない。
したがって、平成１４年１２月期更正処分は、信義誠実の原則に反した違法な処分である。
(キ) したがって、平成１４年１２月期更正処分は違法なものとして取り消されるべきものであるところ、平成１６年１２月期更正処分及び本件賦課決定処分は、平成１４年１２月期更正処分が正当であることを当然の前提としているものであるから、これらの処分も取り消されるべきものである。
イ 被告の主張
(ア) 本件損失が平成１４年１２月期の損金の額に算入されないことについて平成１４年１２月期更正処分の理由は、前記３のとおり、本件損失が損金の額に算入されないことであるが、その詳細は次のとおりである。
ａ 法人税法２２条３項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額について定めており、同項１号は、当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これに準ずる原価の額が、同項２号は、１号に掲げるもののほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額が、同項３号は、当該事業年度の損失の額で、資本等取引以外の取引に係るものが、それぞれ当該事業年度の損金に算入される旨規定している。
そして、同項１号にいう売上原価の額は、当該事業年度の期首商品棚卸高及び当期仕入高の合計額から期末商品棚卸高を控除することで算定されるところ、本件損失は、平成１０年９月期から平成１４年９月期までの各事業年度において、所得金額を過大に計上することを目的として、期末商品棚卸高を水増しすることにより売上原価を実際よりも少なく計上していた額の合計額であって、平成１０年９月期から平成１４年９月期までの各事業年度の収益に係る売上原価として、損金の額に算入されるべきものであるから、平成１４年１２月期において、同期の収益に係る売上原価として、損金の額に算入されるものではない。
また、本件損失が、平成１４年１２月期の販売費その他の費用に該当しないことも明らかであって、法人税法２２条３項２号にも該当しない。
さらに、本件損失である棚卸商品過大計上損は、粉飾経理を修正する調整科目にすぎず、平成１４年１２月期において何ら実質的損失が生じているわけではないから、同項３号に規定する損失にも該当しない。
そうすると、本件損失の額は、平成１４年１２月期の法人税に係る確定申告において損金の額に算入することはできない。
ｂ また、納税者側から自己に有利に申告の是正を求めるための方法として、国税通則法が専ら更正の請求の手続に関する規定を設けた趣旨に照らせば、納税者が申告に係る納付すべき税額が過大であるなどとしてその誤りを是正するためには、原則としてその他の救済手段によることは許されず、更正の請求の手続によらなければならない（更正の請求の排他性）。
しかし、原告は、平成１０年９月期から平成１４年９月期までの法人税に関する確定申告につき更正の請求を行っていない。
そして、上記の更正の請求の排他性の趣旨からすれば、前期以前に発生した売上原価を、更正の請求をし得る期間を徒過した後にまで、前期損益修正損として計上しさえすれば、計上した事業年度の損金に算入し得ると考えることはできないから、本件損失は平成１４年１２月期の損金の額に算入されない。
(イ) 国税通則法７０条違反との原告の主張について
平成１４年１２月期更正処分は、欠損金額を２５億２００４万６２１９円から５億６７０４万６２１９円に減少させたものであるところ、これらはそもそも平成１４年１２月期の欠損金額であり、同期の純損失等の金額であるから、平成１４年１２月期の「純損失等の金額で当該課税期間において生じたものを減少させる更正」（国税通則法７０条２項３号）に該当する。
そして、平成１４年１２月期は、平成１４年１０月１日に開始していることから、更正に係る期間制限については、１６年改正法附則１７条２項により、改正後通則法７０条２項が適用される。
そうすると、平成１４年１２月期に係る更正処分は、平成１４年１２月期の法定申告期限である平成１５年２月２８日から７年を経過する日である平成２２年２月２８日まですることができることとなり、平成１４年１２月期更正処分は、平成１９年１１月２８日にされていることから、更正の期間内に行われた適法なものである。
(ウ) 法人税法２１条違反との原告の主張について
ａ 法人税法２１条は、法人税の課税標準の意義を明らかにした規定にすぎず、前記３のとおり、平成１４年１２月期更正処分は、平成１４年１２月期の所得の金額を課税標準としたものであるから、同条の規定に違反した処分ではない。
ｂ なお、原告は、処分行政庁が平成１３年９月期以前の更正をせずに、平成１４年１２月期において一括更正したのは違法な処分であると主張するところ、仮装経理を是正する場合に、企業会計上は、過去の確定した決算は株主総会等の承認を受けて損益が対外的に確定しているものであることから、さかのぼって決算を訂正することはせず、仮装経理をした事業年度の後の事業年度において、確定した決算で修正経理することになるのに対し、法人税法上は、一般に、ある事業年度の所得の金額を過大に申告している場合には、その過大に申告した事業年度において所得の金額を減額することにより是正するものであり、後の事業年度の所得により調整を図るものではなく、このことは、仮装経理によって所得の金額が過大になっている場合も例外ではなく、企業会計上の処理と法人税法上の処理では、是正する事業年度を異にする。
そして、原告は、平成１４年１２月期において、企業会計上の処理として、棚卸商品を本件損失の額だけ減額し、併せて特別損失の項目に棚卸商品過大計上損として本件損失の額を計上する経理処理を行ったが、修正の経理をした事業年度の法人税の確定申告を行う場合には、前期損益修正損（本件の場合には棚卸商品過大計上損）に計上した金額を所得の金額に加算する申告調整を行う必要があることから、処分行政庁は、平成１４年１２月期において、本件損失の額を同期の所得の金額に加算する更正処分をした。
そして、前記(ア)ａのとおり、本件損失の額は、法人税法２２条３項に規定する損金の額に算入すべき金額に該当しない。
したがって、平成１４年１２月期更正処分は、法人税法２２条の規定に基づく適法な処分である。
(エ) 法人税法５７条違反との原告の主張について
法人税法５７条にいう「欠損金額」とは、各事業年度の所得の金額の計算において認識されるべきものであり、原告が本件粉飾を是正するために計上した本件損失が青色欠損金でないことは明らかである。したがって、原告の主張は失当である。
(オ) 法人税法１２９条２項による更正処分をすべきであったとの原告の主張について法人税法１２９条２項にいう「更正をしないことができる」とは、事実を仮装して経理したことに基づき課税標準等を過大に申告している場合に、その事業年度の課税標準等について減額更正をしないことができることを規定したものであり、その趣旨は、粉飾決算を未然に防止することを目的としているものと解される。
そして、同項の規定が、仮装経理をした事業年度の申告に係る更正について規定したものであり、修正の経理をした事業年度の申告に係る更正について規定したものでないことは、文理上明らかであるから、修正の経理をした平成１４年１２月期の申告について同項に基づき更正すべきであったとの原告の主張は失当である。
また、税務署長は、課税標準等又は税額等を更正する場合には、それらを増額する場合であれ、減額する場合であれ、国税通則法２４条により行うところ、職権による減額更正をするかどうかは処分庁の裁量に属することである。他方、法人税法１２９条２項は、課税標準等が仮装経理により過大になっている場合には、粉飾決算を防止する観点から、更正をしないことを認めた条文であり、逆に、同条項の規定に基づいて更正をする権限を税務署長に認めた規定ではないし、更正をする場合であっても、その減額更正は法人税法２２条３項の規定を根拠とするものである。そうすると、職権による減額更正が処分庁の裁量である以上、原告が主張するように、前回調査時に処分庁が本件粉飾の事実を認識していたことが、処分庁が減額更正をしなければならない理由にはならない。
(カ) 法人税法１３０条違反との原告の主張について
法人税法１３０条１項は、青色申告においては、申告が法令の定める帳簿記録に基づいて適正にされることを前提とし、申告に係る所得の計算が法定の帳簿組織による正当な記録に基づくものである以上、その帳簿書類の記載を無視して更正されることがない旨を納税者に保障した趣旨のものであり、同項にいう帳簿書類の調査は、青色申告法人の有する帳簿及び伝票、契約書等の書類について突き合わせ分析等をすることのほか、取引先等の裏付調査など帳簿に記載された経費等が真実かつ正確であるかどうかを確認するための調査を含み、また、この調査は、資料収集のみならず、既に収集済みの帳簿等の資料の検討をも含むものというべきであると解されている。
そして、今回調査担当職員が調査として原告の本社に赴く以前においては、平成１４年１２月期の法人税に係る確定申告書及びそれに添付された損益計算書並びに前回調査において原告から提出された資料から、平成１４年１２月期の確定申告には、欠損金額の計算に誤りがあることが明らかであった。また、今回調査担当職員は、前回調査において原告から提出された資料を原告らに示し、当該書類の記載事実に間違いのないこと及び当該書類に基づいて平成１４年１２月期の損金の額に棚卸商品過大計上損として本件損失の額を算入したことを確認した上で、原告らに対し、本件損失の額が損金の額に算入できないことを説明している。
そうすると、今回調査に基づいて行った平成１４年１２月期更正処分は、帳簿書類の調査を行ったものであることが明らかであるから、法人税法１３０条１項に反した違法は認められない。
(キ) 信義誠実の原則違反との原告の主張について
ａ 信義則の適用により課税処分を取り消すことができる特別の事情を判断する基準としては、次の５つがあるとされている。
① 税務官庁が納税者に対し信頼の対象となる公的見解を表示したこと
② 納税者がその表示を信頼し、その信頼に基づいて行動したこと
③ 後に公的見解の表示に反する課税処分が行われたこと
④ そのために納税者が経済的不利益を受けることとなったこと
⑤ 納税者が税務官庁の上記表示を信頼し、その信頼に基づいて行動したことについて、納税者に責めに帰すべき事由がないこと
ｂ そして、前記ａの①の公的見解の意義については、税務職員の見解の表示がすべて信頼の対象となるのではなく、原則としては、一定の責任ある立場の者の正式の見解のみが信頼の対象となると考えるべきであり、調査担当職員の申告指導等は、これに当たらないと解されている。そうすると、前回調査担当職員が申告の誤りについて何ら指摘をしなかったとしても、そのことが当該申告の内容を容認したとの公式見解を表示したことには該当しない。したがって、信義則に反する違法はない。
ｃ 仮に公的見解の表示があったとしても、原告は、平成１４年１２月期の申告が認められたと信じ、その後これに基づき申告や納税を行った旨主張するところ、誤った表示を信じ、その表示に従って申告をすることあるいは申告をしないことは、前記ａ②にいう行動には含まれないと解すべきであるから、信義則に反する違法があったことにはならない。
ｄ また、仮に申告行為が前記ａ②の行動に含まれるとしても、前回調査が行われたのは、平成１７年７月２０日から同月２２日までであり、その時点では、原告の平成１４年１２月期及び平成１６年１２月期の法人税に係る確定申告書は既に提出されていたのであるから、それらの申告が、公的見解の表示を信頼し、それに基づいてされたものとはいえない。
ｅ さらに、前回調査時に本件損失の額を損金の額に算入した点につき、前回調査担当職員が誤りの指摘や修正の申告のしょうようをしなかったとしても、そのために直ちに後の調査によって更正をすることができないこととなるわけではなく、本来法適用の誤りがあれば、これを発見した段階において更正し得ることは、原則として認められるべきであるから、本件各処分は違法とはいえない。
ｆ そして、本件各処分は、前記３のとおり適法であり、かつ、前回調査の時点で更正処分があったとしても、本件各処分と同額で処分されたことは明らかであるから、本件各処分により、原告が税法上格別不利益を受けたわけでもない。また、平成１３年９月期以前に過大に納付した法人税が還付されなかったとしても、そのことは本件各処分が違法となる理由にはならない。
ｇ なお、原告は、平成１３年９月期以前の所得が過大に申告されているのに、それらにつき減額更正がなかったことにつき信義則違反を主張するところ、原告についての粉飾決算を是正し、過大に納付した金額を精算するためには、まず、粉飾決算をした事業年度の課税標準等について減額更正を求めるため、国税通則法２３条１項の更正の請求をし、又は職権の発動による減額更正を求め、次に、減額更正がされた後に、その減額された税額を平成１５年１２月期以降の法人税額から控除する申告手続を採ることになる（法人税法１２９条２項、同法７０条１項（平成２１年法律第１３号による改正前のもの）、同法１３４条の２第１項（同改正前のもの）参照）。
ところが、原告は、平成１０年９月期から平成１４年９月期までのいずれの事業年度の申告についても、処分行政庁に対して更正の請求書を提出していない。また、更正の請求の期限は、法定申告期限から１年以内と規定されている（国税通則法２３条１項）ところ、前回調査時において既に、粉飾決算をした平成１０年９月期から平成１４年９月期のいずれの申告についても更正の請求の期限を経過していたことから、更正の請求は認められるものではなかった。さらに、前回調査時に粉飾決算に係る関係書類を前回調査担当職員に手交した事実があるとしても、原告は職権による減額更正を求めておらず、また、処分行政庁が原告に対し減額更正をすることを約束した等の特段の事情もない。
そうすると、職権により更正処分をするかどうかは、処分行政庁の裁量に属することであるから、平成１３年９月期以前の申告について減額更正がされなかったとしても、信義則上の問題は生じない。
したがって、本件各処分が信義則に反して違法であるとの原告の主張は失当である。
(2) 争点(2)（平成１６年１２月期更正処分の適法性）について
ア 原告の主張
平成１６年１２月期更正処分は、平成１５年１２月期の繰越欠損金を０円としてされたものである。ところが、原告は、平成１５年１２月期の法人税の申告は、次期に繰り越す欠損金の額を２億５９８８万１２０８円としてしており、平成１５年１２月期の法人税については、何ら更正処分がされていない。そうすると、平成１６年１２月期更正処分は既に国税通則法７０条１項による更正期限（平成１９年２月２８日まで）を徒過している平成１５年１２月期の法人税について更正処分を行ったことになり、違法であり、平成１６年１２月期更正処分は取り消されるべきであり、これに基づいてされた本件賦課決定処分も取り消されるべきである。
イ 被告の主張
(ア) 平成１６年１２月期に繰り越された欠損金の額は０円であることについて平成１６年１２月期更正処分の理由は、前記３のとおり、繰越欠損金の当期控除額が前回更正処分における２億５９８８万１２０８円から０円に減少することであるが、その詳細は、次のとおりである。
ａ 法人税法５７条１項は、青色申告書を提出した法人の欠損金として損金の額に算入することができるのは、各事業年度開始の日前７年以内に開始した事業年度において生じた欠損金額で、その欠損金額の生じた事業年度から前期までの各事業年度の所得の金額の計算上、この青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰越控除の規定により損金の額に算入されなかった金額である旨規定している。また、同条１０項は、同条１項の規定は、欠損金額の生じた事業年度について、青色申告書である確定申告書を提出し、かつ、その後において連続して確定申告書を提出している場合に限り、適用する旨規定している。なお、この規定の適用は、納税者の選択にゆだねられているものではなく、欠損金は、当然に損金の額に算入して計算されるものであることは、文理上明らかである。
ｂ これを原告の欠損金についてみると、次のとおりとなる。
(a) 平成１３年９月期の確定申告における翌期へ繰り越す欠損金の額は、０円である。
(b) 平成１４年１２月期における翌期へ繰り越す欠損金の額は、前記２の前提事実（以下「前提事実」という。）(2)エ(イ)ｂのとおり、平成１９年１１月２８日付けの平成１４年９月期の更正処分及び平成１４年１２月期更正処分により、１０億２１７２万９４１５円となる（別表３の順号⑥）。
(c) 前記(b)の繰越欠損金の額は、前記ａのとおり、当然に、まず平成１５年１２月期の所得金額から控除されることとなる。
(d) 平成１５年１２月期における繰越欠損金の控除前における所得金額は、平成１５年１２月期修正申告の繰越欠損金の当期控除額と同額となることから、２２億４１９８万５６３６円となる（別表２の順号①）。
(e) したがって、前記(d)の所得金額２２億４１９８万５６３６内から前記(b)の１０億２１７２万９４１５円を控除することとなり、その結果、平成１５年１２月期における翌期へ繰り越す欠損金の額は、０円となる。
(f) したがって、平成１６年１２月期における繰越欠損金の当期控除額は、０円となる。
(イ) 平成１６年１２月期更正処分が適法であることについて
前記(ア)によれば、平成１６年１２月期の繰越欠損金の当期控除額を０円として更正したことは適法である。また、平成１５年１２月期の申告については何ら更正処分を行っていない。
(3) 争点(3)（本件裁決の適法性）について
ア 原告の主張
(ア) 国税通則法施行令３３条違反による違法
国税通則法９４条は、国税不服審判所長は、答弁書が提出されたときは、審査請求に係る事件の調査及び審査を行わせるため、担当審判官１名及び参加審判官２名以上を指定する旨を規定し、国税通則法施行令３３条は、国税不服審判所長が担当審判官を指定したとき又は変更したときは、遅滞なく、審査請求人に、その氏名及び所属を通知しなければならない旨規定している。
ところが、裁決行政庁は、処分行政庁から答弁書が提出された時から裁決の時までの間に担当審判官を変更していたにもかかわらず、原告に対してその氏名及び所属の通知を怠ったまま本件裁決をしており、これは国税通則法施行令３３条に違反する違法なものであり、本件裁決は取り消されるべきである。
(イ) 判断の遺漏による違法
原告は、本件裁決に係る手続において、争点整理表に重要な主張が欠落していたため、補足書を審判官に提出して説明をした。ところが、裁決行政庁は、当該原告の主張に関する法的判断を一切しないまま本件裁決をした。
審査請求手続においては、その審理の範囲は、原処分の違法の有無のみならず、行使された裁量権の当不当の判断にも及ぶものであるから、上記の判断遺漏により本件裁決には瑕疵があることになり、本件裁決は取り消されるべきである。
(ウ) 裁決形式の瑕疵による違法
国税通則法１１５条１項１号は、審査請求がされた日の翌日から起算して３か月を経過しても裁決がないときには、裁決を経ることなく訴えを提起できる旨を規定しているところ、この規定の趣旨は、審査請求事件を適正かつ速やかに解決するため、公平、平等と正義をもって中立的立場による裁決庁の判断を早急にさせることが納税者のための法的安定性を確保することとなるとするものである。
ところが、裁決庁は、原告が前記(イ)の補足書を提出し、平成１７年１２月期に係る更正処分に対する審査請求を取り下げた平成２０年７月以降は審判手続を６か月以上放置し、この空白期間における原告の主張や立証の機会を奪い、原告の迅速な審査を求め法的安定性を確保する権利を侵害したものである。
これらの事実は、本件裁決においてその形式に瑕疵があったと評価できるものであるから、本件裁決は取り消されるべきである。
イ 被告の主張
(ア) 国税通則法施行令３３条違反による違法との原告の主張について
ａ 裁決の担当審判官は、指定された審査請求事件について、自ら、又は国税副審判官その他の職員を指揮命令して、必要な調査を行い、中心となって事件を審理し、合議し、議決する職務を有する者であるから、議決をすることにより、担当審判官としての職務は基本的に終了しており、議決後から裁決書謄本発送までの間において、担当審判官に異動又は指定の必要な病気、事故その他これらに準ずる理由が生じた場合には、担当審判官の変更手続を要しない。しかし、担当部長審判官は、審査請求人等からの各種の申立て、照会等に対処するための責任者を定めておくものとされ、また、この間において、審査請求人等から主張の追加、撤回若しくは変更の申立て又は国税通則法９６条２項に基づく閲覧請求等の申立てがされた場合には、直ちに担当審判官の指定の変更手続を行うものとされている。
ｂ 本件においては、担当審判官及び参加審判官が平成２０年５月２０日に議決をし、同年７月１０日にその全員が異動したところ、前記ａの手続に従い、担当部長審判官が、審査請求人等からの各種の申立て、照会等に対処するための責任者を定め、原告の代理人であった税理士からの問い合わせに対しては、当該責任者が対応した。
その後、原告から主張の追加等がされていれば、担当審判官の変更手続を行うこととなったが、本件においては、そのような申立てがなかったことから、担当審判官の変更手続はしていない。
ｃ したがって、本件においては、国税通則法施行令３３条後段の規定する場合に当らないことから、裁決行政庁は、原告に対し、担当審判官の変更通知をしなかったものであり、裁決手続には何ら違法はない。
(イ) 判断の遺漏による違法との原告の主張について
原告が主張する平成１４年１２月期の修正申告書が提出されたという事実については、裁決書に記載がされていないものの、審査請求における原告の主張は、前回調査において、架空の損金計上金について税務職員から何らの指導もなく認容されたにもかかわらず、今回更正処分をしたことは信義則違反であるとの内容を含むものとして、担当審判官が主張を整理し、この主張を踏まえた上で裁決行政庁が本件裁決をしたものである。
したがって、本件裁決に判断遺脱又は審理不尽の違法はない。
(ウ) 裁決形式の瑕疵による違法との原告の主張について
原告が主張する迅速な審査を求め法的安定性を確保する権利の内容自体が明らかでないが、この点をおくとしても、そもそも国税通則法は審査請求から裁決に至るまでの期間を制限していないし、また、担当審判官の議決後、裁決に至るまでの間に相当期間が経過したことによって、原告が主張立証の機会を奪われたことについて、原告は何ら具体的な主張をしていないから、審査請求から裁決に至るまでの期間の経過自体は裁決固有の瑕疵には当たらない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点(1)（平成１４年１２月期更正処分の適法性）について
(1) 粉飾決算による仮装の経理がされた場合の税務上の取扱いについて
法人税の課税標準等及び税額等は、確定した決算に基づく法人の各事業年度の所得の金額等を申告することにより確定するが（法人税法７４条１項参照）、税務署長は、申告された課税標準等又は税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったときなどは、納税者による修正申告（国税通則法１９条）又は税務署長による更正（同法２４条）により、適正な課税標準等及び税額等に是正することとされている。これは、法人税について過少申告がされた場合に限らず、過大申告がされた場合であっても同様であり、過大申告がされた場合には、税務署長は、正しい税額を納付させるため、更正処分を行い、過大に納付されている税額は還付加算金を付して還付することとされている。
しかし、利益がないにもかかわらず利益があるように仮装する経理処理（仮装経理）を行ういわゆる粉飾決算をした法人が、仮装経理に基づく過大申告をした場合については、法人税法１２９条２項は、税務署長は、当該法人がその後の事業年度の確定した決算において修正の経理をし、これに基づく確定申告書が提出されるまで更正しないことができることとし、また、減額更正処分がされた後の還付方法についても、法人税法７０条及び１３４条の２において、全額を一時に還付することなく、更正の日の属する事業年度前１年間の各事業年度の法人税相当額だけを還付し、残額はその減額更正を行った事業年度の開始の日以後５年以内に開始する事業年度の法人税額から順次控除することとされている。これは、自ら粉飾決算をして意識的に多く納めた税金を、還付加算金を付して一時に還付するということは、数年間の税金を一時に還付するという点において財政を不安定にするおそれがあるのみならず、申告納税制度の本旨からみても好ましくないこと、また、粉飾決算をなくして真実の経理公開を確保しようという要請とも相容れないものであることから、粉飾決算をした法人が自ら仮装経理状態を是正するまでは減額更正を留保し、また、還付についても通常の場合より不利に扱うことにするとともに、その是正方法も一定の厳格な方法によって過去の事業年度の経理を修正した事実を明確に表示することを義務付け、その負担により、財政の安定を図ると同時に粉飾決算を未然に防止することをも目的とするものと解される。
そこで、これらの取扱いを前提として、以下判断する。
(2) 平成１４年１２月期更正処分において、本件損失を平成１４年１２月期の損失に算入しないこととしたことの適否について
平成１４年１２月期更正処分は、前記第２の２及び３のとおり、原告が平成１０年９月期から平成１４年９月期にかけて粉飾決算により損金の額に算入していなかった売上原価である本件損失を平成１４年１２月期の損金に算入したことを認めないことを理由とするものである。
そして、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金に算入すべき金額については、法人税法２２条３項が規定しており、同項１号は、「当該事業年度の収益に係る売上原価」を損金に算入すべきものとしているところ、本件損失は、平成１０年９月期から平成１４年９月期までの各事業年度の売上原価で当該各事業年度において損金に算入しなかったものであるから、「平成１４年１２月期の収益に係る売上原価」に該当しないことは明らかである。また、原告が平成１４年１２月期において、本件損失すべてを棚卸商品過大計上損として計上する財務会計上の修正の経理をしたとしても、当該事業年度においてこれに相当する損失が生じているわけではないから、本件損失は、同項３号にいう「当該事業年度の損失」には該当しない。さらに、本件損失が平成１４年１２月期の費用の販売費、一般管理費その他の費用（同項２号）に該当しないことは明らかである。
したがって、本件損失は平成１４年１２月期の損失に該当せず、これを当該事業年度の損金に算入されるべきものでないとした処分行政庁の判断は正当なものであると認めることができる。
(3) 原告の主張に対する判断
ア 国税通則法７０条違反との主張について
(ア) 原告は、平成１４年１２月期更正処分は、国税通則法７０条による更正の期間制限に違反するものである旨の主張をする。
(イ) そこで、まず、平成１４年１２月期更正処分について、国税通則法７０条が適用されるか否かについて検討する。
原告の平成１４年１２月期についての確定申告における欠損金額２５億２００４万６２１９円及び平成１４年１２月期更正処分後の欠損金額、５億６７０４万６２１９円は、いずれも、国税通則法２条６号ハ(2)に規定する欠損金額（法人税法２条１９号参照）に該当するものであり、これらはいずれもその事業年度以前において生じたもので翌事業年度以後の事業年度分の金額の計算上順次繰り越して控除することができるものであるから、国税通則法２条６号ハに規定する「純損失等の金額」に該当する。
また、平成１４年９月期の更正処分後の欠損金額４億５４６８万３１９６円についても、平成１４年１２月期以前の事業年度において生じたもので平成１５年１２月期に繰り越すことができるものであるから、平成１４年１２月期の申告時点において、上記「純損失等の金額」に該当する。
そして、平成１４年１２月期更正処分は、欠損金額を２５億２００４万６２１９円から５億６７０４万６２１９円に減少させたもので、これは、平成１４年１２月期に生じた欠損金額を減少させたものであり（平成１４年９月期の更正処分後の欠損金額を減少させたものではない。）、同期の「純損失等の金額」を減少させたものであるから、国税通則法７０条２項３号に規定する「純損失等の金額で当該課税期間において生じたものを減少させる更正」に該当する。なお、原告は、平成１４年１２月期更正処分が、平成１３年９月期から平成１４年９月期までの間の各事業年度に生じた欠損金額を増加させる更正である旨の主張をしているとも解されるが、上記のとおり、平成１４年１２月期更正処分は、申告において平成１４年１２月期の欠損金額とされたものを減額するものであって、それより前の事業年度の欠損金額を増減させるものではないことは明らかである。
したがって、平成１４年１２月期更正処分については国税通則法７０条が適用される。
(ウ) ところで、国税通則法７０条２項の改正の経緯等は、前記第２の１(2)イのとおりであり、純損失等の金額で当該課税期間において生じたものを減少させる更正の期間制限について、改正前通則法は当該更正に係る国税の法定申告期限から５年を経過する日としていたが、改正後通則法はこれを７年と規定するものとなり、当該規定は、改正法附則１７条２項により、平成１３年４月１日以後に開始した事業年度において生じた純損失等の金額について適用されることとされた。
そして、平成１４年１２月期は、平成１４年１０月１日から同年１２月３１日までの事業年度であり、その法定申告期限は平成１５年２月２８日である（法人税法７４条１項参照）から、その更正に係る期間制限については、改正後通則法７０条２項が適用され、その期間は７年で、更正の期限は平成２２年２月２８日までということになる。
(エ) そして、平成１４年１２月期更正処分は、前記第２の２(2)エ(イ)のとおり、平成１９年１１月２８日にされているのであるから、更正の期間制限内にされたものであるということができる。
したがって、前記(ア)の原告の主張は採用できない。
イ 法人税法２１条違反との主張について
(ア) 原告は、平成１４年１２月期更正処分は、法人税法２１条に違反する旨の主張をする。
(イ) しかし、前記(2)のとおり、平成１４年１２月期更正処分は、原告の平成１４年１２月期の課税標準である所得の金額を算出するに当たり、損金に算入されていた本件損失が、当該事業年度の損金に算入されるべきでないとし、これを減算して当該事業年度の所得の金額を算出し、それを当該事業年度の課税標準としたものであり、その判断は相当なものであって、法人税法２１条に違反するものではない。
原告は、平成１４年１２月期更正処分は過年度分を一括更正したものであるかのような主張をするが、上記に照らせば、そのようなものではないことは明らかである。また、原告は、本件損失については、平成１３年９月期から平成１４年９月期までの粉飾決算を行った各事業年度の損金に各事業年度における粉飾決算に係る損失額を算入して課税標準を算出すべきであるということを前提に上記主張をしているものとも解されるところ、そのようにして原告に有利に過去の申告の是正を求めるための方法として、更正の請求の手続（国税通則法２３条）がある。ところが、原告は、上記各事業年度の法人税に係る確定申告につき更正の請求をしておらず、かつ、更正の請求をすることができる期間（法定申告期限から１年以内）を経過していることが明らかである。それにもかかわらず、原告が平成１４年１２月期に係る法人税の確定申告において行ったように、上記各事業年度の後の事業年度である平成１４年１２月期において、本件損失をまとめて計上することを認めることは、そのようにして更正の請求に代替する手段を認めることになり、国税通則法が更正の請求の制度を設け、その期間制限を設けたことと相容れないものというべきである。
したがって、前記(ア)の原告の主張は採用できない。
ウ 法人税法５７条違反との主張について
(ア) 原告は、本件損失が法人税法５７条にいういわゆる青色欠損金であることを前提に、平成１４年１２月期更正処分が同条に違反する旨の主張をする。
(イ) しかし、法人税法５７条１項は、青色申告法人について欠損金額の繰越控除ができる場合について規定しているところ、同条１項にいう繰越控除が認められる青色欠損金とは、「欠損金額」が同法２条１９号において、「各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額が当該事業年度の益金の額を超える場合におけるその超える部分の金額をいう。」と定義されていることから明らかなとおり、各事業年度の所得の金額の計算において算出されるべきものである。
ところが、本件損失は、平成１０年１２月期から平成１４年９月期までの間に生じたものであり、原告は、本件粉飾決算を是正するためにこれを平成１４年１２月期において一括して損金として計上したものであるから、これは、平成１４年１２月期において生じた損金ではない。したがって、本件損失は、平成１４年１２月期において法人税法５７条１項により繰越控除が認められる欠損金額に当たらないことは明らかである。
したがって、前記(ア)の原告の主張は採用できない。
エ 法人税法１２９条２項による更正処分をすべきであった旨の主張について
(ア) 原告は、平成１４年１２月期更正処分は、法人税法２２条３項ではなく同法１２９条２項により行うべきもので、法令の適用を誤った違法がある旨主張する。
(イ) しかし、平成１４年１２月期更正処分は、前記(2)のとおり、本件損失が平成１４年１２月期の損金の額に算入すべき金額である当該事業年度の収益に係る売上原価（法人税法２２条３項１号）に当たらないことを理由とするものであり、法人税法２２条３項に基づくものということができるから、平成１４年１２月期更正処分に法令適用の誤りはないというべきである。
これに対し、原告が平成１４年１２月期更正処分に適用されるべきであると主張する法人税法１２９条２項は、前記(1)のとおり、粉飾決算をした法人については、税務署長は、当該法人が修正の経理をしてこれに基づく確定申告書が提出するまで更正しないことができる旨を規定したもので、粉飾決算をした法人についての更正の根拠規定となるものではないというべきであり、ましてや、税務署長に更正処分を義務付けた規定と解することはできない。また、同項は、粉飾決算をした事業年度の申告に係る更正について規定したものであり、粉飾決算をした後の修正の経理をした事業年度の申告に係る更正について規定したものではないことも明らかである。
したがって、平成１４年１２月期更正処分を法人税法１２９条２項に基づき行うべきであるとする前記(ア)の原告の主張は採用できない。
なお、原告の主張が、前回調査時において、法人税法１２９条２項に基づく更正をすべきであったとするものであったとしても、上記のとおり、同項は、税務署長による更正の根拠規定や義務付け規定ではなく、同項により処分行政庁の更正が義務付けられることはないというべきであるし、そのことをおくとしても、仮に処分行政庁か前回調査時に本件粉飾の事実を認識していたとしても、更正をするかどうかは処分行政庁の裁量に属する事項であって、処分行政庁が更正をしなかったことが違法であるということはできないというべきである。
したがって、原告の主張は採用できない。
オ 法人税法１３０条違反との主張について
(ア) 原告は、平成１４年１２月期更正処分は、原告の帳簿調査をせず、また、更正の理由を付記しなかったもので、法人税法１３０条１項及び２項に違反するものである旨主張する。
(イ) ところで、法人税法１３０条１項が、税務署長が法人税について、更正をする場合には、原則として法人の帳簿書類の調査により課税標準等の計算に誤りがあると認められる場合に限って、これをすることができるとしているのは、青色申告においては、申告が法令の定める帳簿書類に基づいて適正にされることを前提とし、申告に係る所得の計算が当該帳簿書類の正当な記録に基づくものである以上、その帳簿書類の記載を無視して更正されることがない旨を納税者に保障した趣旨のものであると解される。したがって、当該事業年度の帳簿書類のうち当該更正の内容と整合しない部分について調査しないでした更正処分は、違法となる余地があるというべきである。
しかしながら、証拠（乙１、２）及び弁論の全趣旨によれば、今回調査担当職員は、今回調査において、平成１４年１２月期の確定申告書及びそれに添付された損益計算書並びに前回調査において原告から提出された資料（乙２）を調査しているところ、上記損益計算書の特別損失の項目に棚卸商品過大計上損として計上されていた金額が、平成１０年９月期から平成１４年９月期までの間の各事業年度において、棚卸商品として過大に計上したものに相当する金額であること及び同金額が上記確定申告書において損金に算入されていることを確認したことが認められるから、平成１４年１２月期更正処分は、平成１４年１２月期の帳簿書類を調査した上で行われたものであるということができ、法人税法１３０条１項に違反するものではないと認めることができる。原告は、原告事務所で行われた今回調査において原告に備え付けられた平成１４年１２月期に係る帳簿書類を改めて調査しなかったことをもって法人税法１３０条１項違反があった旨主張するようであるが、前記のとおりの同項の趣旨に照らせば、たとえそれが前回調査の際に入手したものであったとしても、原告から提出された当該事業年度の帳簿書類を調査している以上、帳簿書類の調査をしないという違法があったということはできない。
(ウ) そして、証拠（甲１）によれば、平成１４年１２月期更正処分に係る法人税額等の更正通知書には、更正の理由として「貴法人備え付けの帳簿書類を調査した結果」との記載がされていることが認められるところ、たとえ当該帳簿書類が前回調査の際に入手したものであったとしても、その付記理由の記載が虚偽のものであるとはいえないから、上記更正通知書に理由付記の不備があるとは認められない。
(エ) したがって、平成１４年１２月期更正処分が法人税法１３０条１項又は２項に違反するものとは認められず、前記(ア)の原告の主張は採用できない。
カ 信義誠実の原則違反との主張について
(ア) 原告は、前回調査において処分行政庁が本件粉飾の事実及び本件損失が平成１４年１２月期の損金に計上されていることを知りながら、これに係る修正を求めることなく他の理由による前回更正処分をしたことが、処分行政庁による公式見解の表示に当たることを前提として、平成１４年１２月期更正処分は、信義誠実の原則に反するものである旨の主張をする。
(イ) 信義則の法理は法の一般原理であるが、租税法律主義の原則が貫かれるべき租税法律関係においては、同法理の適用については慎重でなければならず、租税法規の適用における納税者間の平等や公平という要請を犠牲にしてもなお当該課税処分に係る課税を免れさせて納税者の信頼を保護しなければ正義に反するといえるような特別の事情が存する場合に、初めて上記法理の適用を考えるべきものである。そして、上記の特別の事情の存在が認められるためには、少なくとも、税務官庁が納税者に対し信頼の対象となる公的見解を表示したこと、納税者がその表示を信頼して行動したところ、後に上記表示に反する課税処分により経済的不利益を受けたこと並びに上記信頼及びこれに基づく行動につき納税者の責めに帰すべき事由がないことが必要であると解するのが相当である（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同６２年１０月３０日第三小法廷判決・裁判集民事第１５２号９３頁）。
そして、上記のように信義則の適用につき慎重であるべき租税法律主義の特質を考慮すれば、様々な状況の下で行われる税務職員の見解の表示のすべてが信頼の対象となる公的見解の表示となるものでないことはいうまでもなく、納税者はもともと自己の責任と判断の下に行動すべきものであることからすれば、信頼の対象となる公的見解の表示であるというためには、少なくとも、税務署長その他の責任ある立場にある者の正式の見解の表示であることが必要であるというべきである。
ところが、原告が主張するところの、前回調査の結果本件損失を平成１４年１２月期の損金に計上することについて修正を求められなかったこと並びに他の理由による平成１４年１２月期等に係る修正申告のしょうよう及び前回更正処分がされたことは、本件損失に関する平成１４年１２月期における本件損失の処理を正当なものとして容認する内容の税務署長その他の責任ある立場にある者の正式の見解の表示であるとは認められない。
(ウ) したがって、その余について判断するまでもなく、信義則違反をいう原告の主張は採用できない。
(4) 平成１４年１２月期更正処分の適法性について
以上のとおり、平成１４年１２月期更正処分において、本件損失を損金に算入すべきものでないとした処分行政庁の判断は正当なものであり、平成１４年１２月期更正処分について原告が主張する違法は認められないところ、原告の申告内容（甲５）、修正申告内容（甲６）及び弁論の全趣旨によれば、平成１４年１２月期更正処分は適法なものと認められる。
２ 争点(2)（平成１６年１２月期更正処分の適法性）について
(1) 平成１６年１２月期更正処分の根拠及びその当否について
平成１６年１２月期更正処分は、前記第２の２及び３のとおり、平成１６年１２月期における繰越欠損金の当期控除額が、前回更正処分における２億５９８８万１２０８円から０円に減少することを理由とするものである。
そして、証拠（乙１）によれば、平成１３年９月期の確定申告における翌期へ繰り越す欠損金の額は０円であることが認められるところ、平成１４年１２月期における翌期へ繰り越す欠損金の額は、前提事実(2)エのとおり平成１４年９月期更正処分及び平成１４年１２月期更正処分により、１０億２１７２万９４１５円となる（別表３の順号⑥）。
上記の平成１４年１２月期繰越欠損金は、法人税法５７条により、まず平成１５年１２月期の所得金額から控除されるところ、平成１５年１２月期における繰越欠損金の控除前における所得金額（平成１５年１２月期修正申告後のもの）は、平成１５年１２月期修正申告における繰越欠損金の当期控除額と同額であるから、その金額は、前提事実(2)ウ(イ)のとおり、２２億４１９８万５６３６円である（別表１の平成１５年１２月期修正申告等欄、別表３の順号②）。
したがって、上記の平成１５年１２月期における所得金額２２億４１９８万５６３６円から平成１４年１２月期における繰越欠損金１０億２１７２万９４１５円を控除すると、平成１５年１２月期における翌期へ繰り越す欠損金の額は０円となる。
よって、平成１６年１２月期における繰越欠損金の額を０円とした平成１６年１２月期更正処分は、正当なものであると認めることができる。
(2) 原告の主張に対する判断
ア 原告は、平成１６年１２月期更正処分は、平成１５年１２月期の法人税について更正処分を行ったことになり違法であると主張するが、これは、平成１４年１２月期更正処分により、平成１４年１２月期の法人税の申告に係る翌期へ繰り越す欠損金の額が減少し、かつ、平成１５年１２月期の法人税の申告は更正の期限を経過しているためにもはやできないときにおいて、平成１６年１２月期へ繰り越される欠損金の額を、平成１５年１２月期修正申告の額から減少させることは、実質において、平成１５年１２月期の法人税の申告について更正したことと同じことになるから違法であるというものと解される。
イ しかし、平成１６年１２月期更正処分が法令の定めに従ったものであることは前記(1)のとおりである。また、関係法令をみても、問題となっている事業年度における繰越欠損金額の算定に当たって、更正処分のされていないそれ以前の事業年度における申告に係る繰越欠損金の額に法令に照らし誤りがあっても、当該申告に係る繰越欠損金の額を前提として算定しなければならない旨を定めた規定はない。さらに、更正処分のされていない事業年度の繰越欠損金の額を法令に従った正当なものに計算し直すことが、当該事業年度の法人税について更正処分をしたことにならないことはいうまでもない。したがって、前記アの原告の主張は採用できない。
なお、仮に原告の主張に従うとすると、平成１６年１２月期に繰り越される欠損金の額は、平成１５年１２月期の修正申告による翌期へ繰り越す欠損金の額である２億７９７４万３７７９円であるということになるが、これは、平成１４年１２月期の翌期へ繰り越す欠損金が平成１４年１２月期に係る確定申告による金額である２５億２１７２万９４１５円であり、これが正しいことを前提に計算されたものということになり、平成１４年１２月期更正処分によってこれが１０億２１７２万９４１５円に減額されたことと相容れないことになり、この点からも失当というべきである。
(3) 平成１６年１２月期更正処分の適法性について
以上のとおり、平成１６年１２月期更正処分において、同期における繰越欠損金の当期控除額を０円とする旨の処分行政庁の判断は正当なものであり、平成１６年１２月期更正処分について原告が主張する違法は認められないところ、弁論の全趣旨によれば、平成１６年１２月期更正処分は適法なものと認められる。
３ 争点(3)（本件裁決の適法性）について
(1) 本件裁決に至る経緯等
本件裁決に至る経緯等は、次のアからサまでのとおりである。証拠により認定した事実等については、その根拠を末尾に付記した。その余の事実は、当事者間に争いがない。
ア 原告は、平成１９年１２月３日、本件各処分及び平成１７年１２月期に係る法人税の更正処分を不服として、関東信越国税不服審判所に審査請求書を提出して審査請求を行った。
イ 関東信越国税不服審判所長首席国税審判官は、平成２０年１月８日、原告に対し、処分行政庁作成の答弁書副本を送付するとともに、同審判所所属の丁国税審判官（以下「本件担当審判官」という。）を担当審判官として指定した旨を通知した。
ウ 本件担当審判官は、平成２０年１月２１日、原告代表者及び丙税理士と面談を行ったが、この際、原告代表者は、同日付け反論書（乙５）を提出した。
エ 原告は、平成２０年１月２８日、同月２５日付け反論書（乙７）を本件担当審判官に提出した。
オ 原告は、本件担当審判官に対し、平成２０年２月５日付け反論書（乙８）、同月２３日付け反論書（乙９）及び上申書（乙１０）、同年４月７日付け「過大在庫計上損について」と題する書面（乙１１）をそれぞれ提出した。
本件担当審判官は、平成２０年４月１６日付けで、それまでの請求人（原告）及び原処分庁（処分行政庁）の主張内容を取りまとめた争点整理表（乙１２）を、原告及び処分行政庁に送付し、それぞれの意見を求めた。
カ 平成２０年４月２３日、原告から本件担当審判官に対し争点整理表が返送されたが、同表の回答欄には何らのチェックもなかったため、本件担当審判官は、参加審判官を通じて丙税理士に対し、同表の記載事項に加除訂正の必要があるか否かを問い合わせたところ、丙税理士からは、訂正箇所はない旨の回答があった。
キ 原告は、平成２０年４月２５日付けで、本件担当審判官に対し、「『信義誠実の原則』補足書」と題する書面を提出した。
ク 原告は、平成２０年５月１３日、裁決行政庁に対し、平成１７年１２月期に係る法人税の更正処分についての審査請求を取り下げる旨の取下書を提出した。
ケ 本件担当審判官及び参加審判官は、平成２０年５月２０日、本件審査請求について議決した。（乙１７）
コ 平成２０年７月１０日、本件担当審判官及び参加審判官の全員が異動した。（弁論の全趣旨）
サ 裁決行政庁は、平成２１年１月２８日、本件裁決をし、同年２月２日、本件裁決の裁決書を原告あてに発送し、同裁決書は、同月３日、原告に到達した。（甲３）
(2) そこで、前記(1)の本件裁決に至る経緯等に照らし、本件裁決に原告が主張する違法が認められ、本件裁決が取り消されるべきものであるか否かについて検討する。
ア 国税通則法施行令３３条違反との主張について
原告は、担当審判官の変更があったのにその通知がされなかったのは国税通則法施行令３３条に違反するものであるから、本件裁決は違法である旨主張する。
国税通則法９４条は、国税不服審判所長は、審査請求に係る事件の調査及び審理を行わせるため、担当審判官１名及び参加審判官２名以上を指定する旨規定し、国税通則法施行令３３条は、担当審判官を指定したとき及びこれを変更したときは、遅滞なく、審査請求人にその氏名及び所属を通知しなければならない旨規定している。これは、担当審判官は、その指定された審査請求事件について、自ら、又は国税副審判官その他の職員を指揮して必要な調査を行い、中軸となって事件を審理し、合議し、議決する職責を有する者であり、審査請求人による反論書や証拠書類等の提出先となり（国税通則法９５条）、審理のための質問や検査等を行う（同法９７条）など、当該事件に関する国税不服審判所の窓口となる者であるためである。
他方で、担当審判官の職務は、審査請求事件について議決が行われれば原則として終了するのであり、議決の後裁決書謄本発送までの間は、審査請求人から主張の追加、撤回若しくは変更の申立て又は国税通則法９６条２項に基づく閲覧請求等の申立て等があった場合にのみ、担当審判官としての職務を行う必要が生じるものである。そして、証拠（乙１９）及び弁論の全趣旨によれば、担当審判官について、審査請求事件についての議決が行われた後に異動があった場合には、原則として担当審判官変更の手続を行わず、したがって、審査請求人への通知をしないこととし、上記の主張の追加等の事情が生じた場合にのみ、担当審判官変更の手続を行うとともに、審査請求人への通知を行う取扱いとしていることが認められるところ、上記のとおりの担当審判官の職務内容等に照らせば、この取扱いは合理的であり、何ら違法なものではないというべきである。
これを本件についてみると、前記(1)ケ及びコのとおり、本件担当審判官の異動があったのは、本件裁決に係る審査請求事件について議決がされた後のことであり、上記異動の後に原告から主張の追加等がされたことを認めるに足りる証拠はないから、担当審判官の変更の手続がされず、したがって、原告に対してその通知がされなかったことは、違法なものではないというべきである。
したがって、この点に関する原告の主張は採用できない。
イ 判断の遺漏による違法との主張について
原告は、本件裁決に係る手続において、補足書（乙１４）を提出したのに、これに記載されている主張に関する法的判断をしないままされた本件裁決は、判断の遺漏の瑕疵があり違法である旨主張する。
そこで、補足書に記載されている内容についてみると、その要旨は、最高裁判所において示された租税法律関係における信義則の法理の適用に関する判断基準を掲げるとともに、原告が、前回調査において、前回調査担当職員に対し、本件粉飾について具体的資料に基づき説明したところ、これについては、更正や修正等の指摘や指導等もなく認容されたので、他の項目について修正申告書を提出し、それに基づく修正及び更正通知という公式見解を信頼して行動してきたのであり、平成１４年１２月期更正処分はこの公式見解に反するものであるから、上記判断基準によると信義誠実の原則に反するというものである。
これに対し、本件裁決（甲３）では、「争点ハ」として、「前回調査において誤りを指摘しなかった事項を是正したことは、信義誠実の原則（以下「信義則」という。）に反し違法か否か。」という項目が設けられ、これに対して、上記最高裁判所の基準も踏まえた判断がされているのであって、これは、上記補足書における原告の主張に対する判断にほかならない。
したがって、本件裁決に判断の遺漏があったとは認められず、原告の主張は採用できない。
ウ 裁決形式の瑕疵による違法との主張について
原告は、裁決行政庁が審査請求の手続を６か月以上放置していたことが、原告の主張立証の機会を奪い、法的安定性を確保する権利を侵害するものであり、本件裁決にはその形式に瑕疵があり、取り消されるべきである旨の主張をする。
しかし、行政事件訴訟法３条５項によれば、行政庁が審査請求に対して相当の期間内に裁決をしない場合には、不作為の違法確認の訴えを提起することが認められており、また、国税通則法１１５条１項１号によれば、課税処分に対する審査請求がされた日の翌日から３か月を経過しても裁決がないときは、裁決を経ることなしに当該処分の取消しを求める訴えを提起することが認められている。このように、現行法上、審査請求に対する裁決が遅延した場合について一定の救済措置が設けられていることからすれば、審査請求に対して迅速に裁決が行われなかったとしても、そのことから直ちに遅延してされた裁決が違法な裁決として取り消されるべきものになるものではないというのが相当である。
したがって、原告の上記主張は採用できない。
(3) 以上によれば、本件裁決が違法である旨の原告の主張はいずれも採用できず、他に本件裁決についてこれを取り消すべき事由は認められない。
第４ 結論
よって、原告の請求はいずれも理由がないから、これらを棄却することとし、訴訟費用の負担につき、行政事件訴訟法７条、民訴法６１条を適用して、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官杉原則彦
裁判官角谷昌毅
裁判官澤村智子
（別紙）
本件各処分の根拠及び適法性
第１ 本件各更正処分の根拠及び適法性
１ 本件各更正処分の根拠
被告が本件訴訟において主張する原告の平成１４年１２月期及び平成１６年１２月期に係る各法人税の所得金額（欠損金額）及び納付すべき税額（所得税額等の還付金額）は、それぞれ、次のとおりである。
(1) 平成１４年１２月期
ア 欠損金額（別表２順号⑫）
５億６７０４万６２１９円
上記金額は、下記(ア)の金額から同(イ)の金額を減算した金額である。
(ア) 申告欠損金額（別表２順号③）
２５億２００４万６２１９円
上記金額は、原告が平成１５年２月２８日付けで熊谷税務署長に対して提出した平成１４年１２月期に係る法人税の確定申告書（以下「平成１４年１２月期確定申告書」という。）に記載された欠損金額である。
(イ) 棚卸商品過大計上損の損金不算入額（別表２順号④）
１９億５３００万円
上記金額は、原告が棚卸商品過大計上損として損金の額に算入した金額であり、平成１０年９月期から平成１４年９月期にかけて、棚卸商品を意図的に実際の額よりも過大に計上すること（粉飾決算）により、損金の額に算入していなかった売上原価の合計額と同額である。
イ 所得税額等の還付金額（別表２順号⑮）
１５万８９９５円
上記金額は、下記(ア)の金額から同(イ)の金額を控除するに当たり、控除しきれなかった金額であり、法人税法７８条１項の規定に基づき、原告に還付された金額である。
(ア) 法人税額（別表２順号⑬）
０円
(イ) 所得税額の控除額（別表２順号⑭）
１５万８９９５円
上記金額は、法人税法６８条１項（平成１５年法律第８号による改正前のもの）の規定により法人税の額から控除する所得税額であり、原告の平成１４年１２月期確定申告書に記載された金額と同額である。
(2) 平成１６年１２月期
ア 所得金額（別表２順号⑫）
２億６０２２万７２０８円
上記金額は、下記(ア)の金額に同(イ)及び(ウ)の金額を加算した金額である。
(ア) 更正後所得金額（別表２順号③）
０円
上記金額は、前回更正処分後の原告の平成１６年１２月期の所得金額である。
(イ) 法人税等の損金不算入額（別表２順号⑤）
３４万６０００円
上記金額は、原告が平成１６年１２月期の損金の額に算入した、源泉所得税に係る不納付加算税１４万８０００円及び印紙税の過怠税１９万８０００円の合計額であり、法人税法３８条２項（平成１６年法律第９７号による改正前のもの）の規定により損金の額に算入されない金額である。
(ウ) 繰越欠損金の当期控除額の過大額（別表２順号⑦、別表３順号⑦）
２億５９８８万１２０８円
上記金額は、原告が平成１６年１２月期の申告において、繰越欠損金の当期控除額として損金の額に算入した金額であり、平成１４年１２月期更正処分により、前期から繰り越した欠損金が０円となったため、損金の額に算入されない金額である。
イ 納付すべき税額（別表２順号⑮）
７７２７万２５００円
上記金額は、下記(ア)の金額から同(イ)の金額を控除した金額（ただし、国税通則法１１９条１項（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）の規定により１００円未満の端数を切り捨てたもの）である。
(ア) 法人税額（別表２順号⑬）
７７４２万８１００円
上記金額は、前記アの所得金額２億６０２２万７２０８円（ただし、国税通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）のうち、８００万円については、法人税法６６条（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）２項及び経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（以下「負担軽減法」という。）１６条１項（平成１８年法律第１０号による廃止前のもの。以下同じ。）の各規定により１００分の２２の税率を、残額の２億５２２２万７０００円については、法人税法６６条１項及び負担軽減法１６条１項の各規定により１００分の３０の税率を、それぞれ乗じて計算した各金額の合計額である。
(イ) 所得税額の控除額（別表２順号⑭）
１５万５５３１円
上記金額は、法人税法６８条１項（平成１８年法律第１０号による改正前のもの）の規定により控除する所得税額であり、原告の平成１６年１２月期に係る法人税の確定申告書に記載された金額と同額である。
ウ 新たに納付すべき税額（別表２順号⑰）
７７４２万８０００円
上記金額は、前記イの金額に、当初確定申告において法人税法７８条１項の規定により還付された所得税額を加算した金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）である。
２ 本件各更正処分の適法性
被告が本件訴訟において主張する原告の平成１４年１２月期及び平成１６年１２月期の各事業年度の法人税に係る所得（欠損）金額及び納付すべき税額は、前記１のとおりであるところ、これらの金額は、いずれも本件各更正処分における金額と同額であるから、本件各更正処分はいずれも適法である。
第２ 本件賦課決定処分の適法性
１ 本件賦課決定処分の根拠
前記第１のとおり、平成１６年１２月期更正処分は適法であるところ、原告は、平成１６年１２月期に係る法人税について、納付すべき税額を過少に申告していたものであり、納付すべき税額を過少に申告していたことについて、国税通則法６５条４項に規定する正当な理由は存在しない。
したがって、原告に課されるべき過少申告加算税の額は、国税通則法６５条１項に基づき、平成１６年１２月期更正処分により新たに納付すべきこととなった税額７７４２万８０００円（別表２順号⑰（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの））に１００分の１０を乗じて算出した金額７７４万２０００円と、同法６５条２項に規定する５０万円を超える部分に相当する税額７６９２万円に１００分の５の割合を乗じて算出した金額３８４万６０００円との合計額である１１５８万８０００円となる。
２ 本件賦課決定処分の適法性
平成１６年１２月期更正処分に伴って課されるべき過少申告加算税の金額は前記１のとおりであるところ、この金額は、本件賦課決定処分の金額と同額であるから、本件賦課決定処分は適法である。
（別表１）
課税の経緯（法人税）
（単位：円）
事業
年度
区分
年月日
所得金額(注1)
繰越欠損金の当
期控除額
翌期へ繰り越す
欠損金の額
納付すべき税額
(注2)
過少申告加算税
の額
確定申
告平成14年12月3日
△1,683,196
1,683,196
△498,275
－平成
年
月期
更正処分
等平成19年11月28日
△454,683,196
454,683,196
△498,275
－確定申
告平成15年2月28日△2,520,046,219
2,521,729,415
△158,995
－更正処分
等平成19年11月28日
△567,046,219
1,021,729,415
△158,995
－審査請
求平成19年12月3日△2,520,046,219
2,521,729,415
△158,995
－平成
年
月期
審査裁
決平成21年1月28日
（棄却）
確定申
告平成16年2月25日
2,221,230,236
300,499,179
△239,545
－平成
年
月期
修正申告
等平成1 7 年8 月5 日
2,241,985,636
279,743,779
△239,545
－碓定申
告平成17年2月25日
266,739,436
33,759,743
△155,531
－更正処分
等平成17年9月28日
259,881,208
19,862,571
△155,531
－更正処分
等平成19年11月28日
260,227,208
77,272,500
11,588,000
審査請
求平成19年12月3日
260,227,208
19,516,571
△155,531
－平成
年
月期
審査裁
決平成21年1月28日
（棄却）
確定申
告平成18年2月17日
29,888,018
19,862,571
8,248,000
－更正処分
等平成19年11月28日
25,209,510
6,844,300
－審査請
求平成19年12月3日
29,888,018
19,862,571
8,248,000
－平成
年
月期
審査請求の取下げ平成20年5月12日
（取下げ）
確定申
告平成19年2月27日
78,325,289
22,825,900
－平成
年
月期
更正処分
等平成19年11月28日
78,464,252
22,867,600
－
（注１）「所得金額」欄の△印は、欠損金額を示す。
（注２）「納付すべき税額」欄の△印は、所得税額等の還付金額を示す。
（別表２）
平成１４年９月期ないし平成１８年１２月期の所得金額及び法人税額等
（単位：円）
区分
順号
平成14年9月期
平成14年12月期
平成15年12月期
平成16年12月期
平成17年12月期
平成18年12月期
所得金額（欠損金控除前）
①
△1,683,196
△2,520,046,219
2,241,985,636
259,881,208
49,750,589
78,325,289
繰越欠損金の当期控除額
②
2,241,985,636
259,881,208
19,862,571
当初申告額等
申告所得（欠損）金額
③
△1,683,196
△2,520,046,219
29,888,018
78,325,289
棚卸商品過大計上損の損金不
算入額④
1,953,000,000
法人税等の損金不算入額
⑤
346,000
受取配当の益金不算入額
⑥
164,621
138,963
繰越欠損金の当期控除額の過
大額（別表２⑦）
⑦
1,220,256,221
259,881,208
19,862,571
加算
計（④＋⑤＋⑥＋⑦）
⑧
1,953,000,000
1,220,256,221
260,227,208
20,027,192
138,963
売上原価の損金算入額
⑨
453,000,000
事業税認定損の損金算入額
⑩
24,705,700
減算
計（⑨＋⑩）
⑪
453,000,000
24,705,700
更正所得（欠損）金額
（③＋⑧－⑪）⑫
△454,683,196
△567,046,219
1,220,256,221
26,227,208
25,209,510
78,464,252
法人税額⑬
除斥期間外なので0
77,428,100
6,922,700
22,899,200
所得税額の控除額⑭
498,275
158,995
239,545
155,531
78,368
31,577
納付すべき税額（⑬－⑭、100円未
満の端数切捨て）又は還付金額
⑮
△498,275
△158,995
△239,545
77,272,500
6,844,300
22,867,600
既に納付の確定した本税額
⑯
△498,275
△158,995
△239,545
△155,531
8,248,000
22,825,900
更正処分により新たに納付すべき
税額（⑮－⑯、100円未満の端数切
捨て）又は還付金額
⑰
77,428,000
△1,403,700
41,700
※平成１５年１２月期の当初申告額等は、平成１７年８月５日に原告が熊谷税務署長に提出した平成１５年１２月期の修正申告書の金額である。
平成１５年１２月期について、更正処分は行われていないが、参考に記載した。
平成１６年１２月期の当初申告額等は、平成１７年９月２８日付けでされた平成１６年１２月期に係る更正処分後の金額である。
頭部に「△」を付した金額は、順号①、③及び⑫については、欠損であることを、順号⑮ないし⑰については、還付金であることを意味する。（別表３）
平成１４年９月期ないし平成１８年１２月期の繰越欠損金の当期控除額等
（単位：円）
区分
順号
平成14年9月期
平成14年12月期
平成15年12月期
平成16年12月期
平成17年12月期
平成18年12月期
（期首控除未済欠損金）
①
1,683,196
2,521,729,415
279,743,779
19,862,571
繰越欠損金の当期控除額
②
2,241,985,636
259,881,208
19,862,571
当初申告額等
翌期へ繰り越す欠損金
③
1,683,196
2,521,729,415
279,743,779
19,862,571
（期首控除未済欠損金）
④
454,683,196
1,021,729,415
繰越欠損金の当期控除額
⑤
1,021,729,415
更正後の金額
翌期へ繰り越す欠損金
⑥
454,683,196
1,021,729,415
繰越欠損金の当期控除額の過大額
⑦
1,220,256,221
259,881,208
19,862,571
※平成１５年１２月期の当初申告額等は、平成１７年８月５日に原告が熊谷税務署長に提出した平成１５年１２月期の修正申告書の金額である。
平成１５年１２月期について、更正処分は行われていないが、参考に記載した。
平成１６年１２月期の当初申告額等は、平成１７年９月２８日付けでされた平成１６年１２月期に係る更正処分後の金額である。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2010/pdf/11505.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。