税務訴訟資料第２６１号－９（順号１１５９９）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号所得税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（上尾税務署長）
平成２３年１月２６日棄却・控訴
判決
原告甲
原告乙
原告丙
上記３名訴訟代理人弁護士大西清
小松達成
被告国
同代表者法務大臣江田五月
処分行政庁上尾税務署長
丸岡実
同指定代理人玉田康治
嶺山登
三浦美津留
山﨑康裕
主文
１ 原告らの請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告らの負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
処分行政庁が平成２０年１０月２４日付けで丁（以下「丁」という。）に対してした平成１８年分の所得税の更正処分のうち納付すべき税額５４７８万０６００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（上記更正処分に伴うもの）を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告らの被相続人である丁が、その保有する上場株式と同一銘柄の株式を取得し、その後、当該取得株式と同数の株式を譲渡したことによる譲渡所得の金額の計算において、上記取得株式の購入費用相当額及び購入に要した経費相当額の合計が株式の取得費であるとして平成１８年分の所得税の確定申告を行ったところ、処分行政庁から、株式の取得費の算出に当たっては、従前から保有していた株式も含め、所得税法４８条３項及び所得税法施行令１１８条１項に定める総平均法に準ずる方法によって算出した株式１単位当たりの金額を基礎として計算すべきであるとして、更正（以下「本件更正処分」という。）及びこれに伴う過少申告加算税の賦課決定（以下「本件賦課決定処分」といい、本件更正処分と併せて「本件更正処分等」という。）を受けたことにつき、丁の相続人である原告らが、本件更正処分等は株式の取得費の算出方法を誤った違法な処分であるとして、それらの取消しを求める事案である。
１ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
(1) 丁が代表取締役を務めていた株式会社Ａ（以下「Ａ」という。）は、不動産販売業等を営む株式会社であり、平成１７年２月１６日、Ｅ取引所に新規上場した。（甲３）
(2) 丁は、別表１記載のとおり、平成１３年１月１６日から平成１６年１０月１５日までの間に、Ａの発行に係る株式（以下「Ａ株式」という。）３１２万５０００株を有償第三者割当て、買付け、株式交換、ワラント権利行使及び株式分割の方法により順次取得し、平成１７年２月１６日、そのうち３０万株を譲渡して、同日時点でＡ株式２８２万５０００株（以下「既存株式」という。）を保有していた。（甲２、３、乙２の１・２。なお、証拠によると、上記３０万株の譲渡に係る約定日は平成１７年２月３日、株式の受渡日は同月１６日と認められるが、以下において株式の取得又は譲渡に係る約定日と受渡日が異なる場合には、上記記載と同様に受渡日をもって記載することとする。）
(3)ア丁は、平成１７年１２月２８日、Ｂ証券株式会社（以下「Ｂ証券」という。）を通じて、Ａ株式７５万株（以下「本件購入株式」という。）を６億１１９８万８９００円で購入し、Ｂ証券に対し、諸経費３１万６２６０円と合わせて６億１２３０万５１６０円を支払った。
イ 丁は、平成１７年１２月２７日、上記アの本件購入株式の購入に先立って、株式会社Ｃ銀行（以下「Ｃ銀行」という。）に対し、本件購入株式の購入代金に当てる資金の借入れを申し込み、同月２８日、既存株式のうち７５万株を担保としてＣ銀行に差し入れ、平成１８年７月２８日を支払期日として６億１２００万円を借り入れた。（甲２、４の１・２、５）
(4) 丁は、平成１８年７月１０日及び同月１１日、Ｂ証券を通じて、その保有するＡ株式のうち７５万株（以下「本件売却株式」という。）を１３億７０３７万１６００円で売却し（以下、この売却を「本件売却」という。）、Ｂ証券は、この売却代金１３億７０３７万１６００円から諸経費６３万２５２０円を差し引いた１３億６９７３万９０８０円をＤ銀行亀戸支店の丁名義の普通預金口座に振り込んだ。（甲３）
なお、本件売却株式及び既存株式は、いずれも平成１９年法律第６号による改正前の租税特別措置法３７条の１１の３第１項（以下、同項の委任を受けて定められた平成１９年政令第９２号による改正前の租税特別措置法施行令２５条の１０の２第１項と併せ、「本件特例規定」という。）に規定する、上場株式等保管委託契約に基づき特定口座に保管の委託がされている上場株式等（以下「特定口座内保管上場株式等」という。）ではない。
(5) 丁は、本件売却株式の取得費は、本件購入株式の購入価額６億１１９８万８９００円とその購入に係る諸経費３１万６２６０円との合計額６億１２３０万５１６０円であるとして、平成１９年３月１４日、処分行政庁に対し、別表２の確定申告欄記載の内容の確定申告書（以下「本件確定申告書」という。）を提出し、平成１８年分の所得税の確定申告（以下「本件申告」という。）をした。
(6) 上尾税務署所部係官は、平成２０年９月８日、丁の所得税の調査（以下「本件調査」という。）に着手した。
上尾税務署所部係官は、本件調査の結果、①丁は本件売却以前にＡ株式を複数回にわたって取得しており、本件売却株式の取得費を所得税法４８条３項及び同項の委任を受けて定められた所得税法施行令１１８条１項（以下、これらの規定を併せて「本件各規定」という。）に基づいて同施行令１０５条１項１号に掲げる総平均法に準ずる方法（その内容は後記第３の１(1)アのとおりである。）を用いて再計算すると、本件売却株式の取得費は本件確定申告書記載の額よりも４億６６０５万５１６０円ほど低額になる、②本件売却株式以外の株式の譲渡について申告漏れがあることが明らかになったとして、丁に対し、これらの点を指摘した。
(7) 丁は、平成２０年１０月７日、上記(6)の指摘を受けて、処分行政庁に対し、本件売却株式以外の上場株式等の譲渡所得について申告漏れがあったとして上記(6)の指摘のうち②の点のみを修正し、別表２の修正申告欄記載の内容の修正申告書（以下「本件修正申告書」という。）を提出して平成１８年分の所得税の修正申告（以下「本件修正申告」という。）をした。
(8) 処分行政庁は、平成２０年１０月２４日付けで、別表２の賦課決定処分欄記載のとおり、本件修正申告に係る過少申告加算税の賦課決定（以下「第１次賦課決定処分」という。）を行い、丁にその旨通知した。
また、処分行政庁は、第１次賦課決定処分とは別に、同日付けで、株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上、本件売却株式の取得費は、本件各規定に定める総平均法に準ずる方法を用いて算出すべきであるとして、扶養控除の計算漏れの是正と併せて別表２の更正処分等欄記載のとおり、本件更正処分等を行い、丁にその旨通知した。
(9) 丁は、平成２０年１２月５日、本件更正処分等を不服とし、その全部の取消しを求めて異議申立てをしたが、平成２１年２月２３日、別表２の異議決定欄記載のとおり、異議申立ての棄却決定を受けたので、同年３月２３日、国税不服審判所長に対し、本件更正処分等の全部の取消しを求めて審査請求をした。
(10) 丁は、平成２１年７月１日に死亡し、丁の配偶者である原告甲が２分の１、子である原告乙及び原告丙が各４分の１の割合で、丁の地位を相続により承継した。
(11) 国税不服審判所長は、平成２２年１月７日、別表２の審査裁決欄記載のとおり、上記審査請求を棄却する旨の裁決をして、同月１４日付けで原告らに通知した。
(12) 原告らは、平成２２年７月１４日、本件訴訟を提起した。（顕著な事実）
２ 税額等に関する当事者の主張
被告が本件訴訟において主張する本件更正処分等の根拠及び計算は別紙「課税の根拠及び計算」記載のとおりであるところ、後記３の争点となっている本件売却株式の取得費の算定方法に関する部分を除き、その計算の基礎となる所得、経費等の金額及び税額等の計算方法に争いはない。
３ 争点及びこれに関する当事者の主張
本件の争点は、本件売却株式の取得費を総平均法に準ずる方法により算出すべきか否かである。
(1) 被告の主張の要旨
ア 本件各規定は、居住者等が２回以上にわたって取得した同一銘柄の有価証券について、その者の譲渡所得の金額の計算上、取得費に算入する金額は、当該有価証券を最初に取得した時（その後、既に当該有価証券を譲渡している場合には、直前の譲渡の時）からこれを譲渡した時までの期間を基礎として、所得税法施行令１０５条１項１号に掲げる総平均法に準ずる方法によって算出した１単位当たりの金額を基礎として算出した金額とする旨規定し、他の方法を選択することを認めていない。そして、このような場合の有価証券の取得原価の計算方法として、総平均法に準ずる方法を採用するのも１つの合理的な方法であり、本件各規定の定めが違憲無効ともいえない以上、他に特段の法令等による除外規定がない限り、本件各規定に従い、総平均法に準ずる方法によって取得費を算出すべきことは租税法律主義の観点から明らかである。
他方で、本件特例規定は、本件各規定の例外として、居住者等が特定口座内保管上場株式等を譲渡した場合で、その有する同一銘柄の上場株式等のうちに特定口座内保管上場株式等とそれ以外の上場株式等とがある場合には、それぞれその銘柄が異なるものとして、特定口座内保管上場株式等の譲渡による譲渡所得の金額とそれ以外の株式等の譲渡による譲渡所得の金額とを区分して、これらの金額を計算する旨規定している（以下、この制度を「特定口座制度」ともいう。）。
これを本件についてみると、丁は、Ａ株式を２回以上にわたって取得しているが、本件売却株式は、特定口座内保管上場株式等に当たらないから、本件売却株式の譲渡所得に係る取得費に算入すべき金額については、本件各規定に基づき、総平均法に準ずる方法によって算出すべきである。
イ 原告らは、本件売却株式と既存株式は完全に区分され、利益操作が介入する余地はなく、本件各規定が定められた趣旨及び本件特例規定が設けられた趣旨や法体系に照らすと、本件の場合にも画一的に総平均法に準ずる方法を適用するべきではないなどと主張する。
しかし、本件各規定は、当該有価証券の取得から譲渡に至るまでの個別事情の有無や、当該有価証券が個別に区分、管理されていたか否かにかかわらず、総平均法に準ずる方法によって算出する旨規定しているし、本件特例規定も、利益操作の介入の余地の有無や特定口座における譲渡の場合と実質的に類似するかどうか、譲渡所得の金額を区分計算することの実質的妥当性あるかどうかといった個別事情の有無などを考慮した上でその適用を認めるものでもなく、原告らの主張は、独自の理論に基づき、本件特例規定の定めを類推解釈、拡張解釈するものにすぎない。租税法においては、法的安定性の要請が強く働くことから、その解釈は原則として文理解釈によるべきであり、みだりに拡張解釈や類推解釈を行うことは許されない。また、本件特例規定は、納税者の事務負担を軽減し、個人投資家の市場参加を促進するために導入された特別の優遇措置を認める規定であるから、租税負担の公平性を害しないように厳格に運用されるべきであり、その要件の充足も厳格に判断されるべきである。したがって、原告らの主張は理由がなく失当である。
(2) 原告らの主張の要旨
ア 本件各規定が、譲渡所得の基因となる有価証券の取得費等の計算において、総平均法に準ずる方法を定めた趣旨は、①納税者による利益調整の可能性を排除し、②納税者の申告時における事務負担の軽減を図ること、③商品と異なり株式自体が陳腐化することがないから、先入先出法を認める必要がないことなどにある。そうすると、これらの趣旨に反しない限り、総平均法に準ずる方法の適用を排除することも可能である。
本件各規定の例外として、本件特例規定は、特定口座内保管上場株式等とそれ以外の株式等とを区分計算することを認めているが、このような例外が認められたのも、特定口座制度が、個人投資家の利便性の向上及び株式投資の促進という環境整備の観点から、口座を開設している証券会社等が投資家に代わって計算することにより、確定申告を不要あるいは簡略化でき、利益操作の余地も排除できる制度として創設、運用されているからである。そして、平成１８年当時の特定口座制度の実際の仕組みを見ると、特定口座に入庫された株券も証券保管振替機構に預託され、現物の株券そのものは他の同種株券と区別することなく保管されているのであり、証券会社等は取得価額及び数量といった情報を管理することによって特定口座内の同一銘柄の上場株式等をそれ以外の上場株式等と区分しているにすぎない。
イ 本件売却は、本件特例規定に定める特定口座内保管上場株式等の譲渡には該当しない。しかし、本件購入株式の購入から本件売却に至るまでの一連の取引については、次のとおり、極めて個別性の強い特別な事情があり、これらの事情からすると、本件売却株式も既存株式とは完全に区分され、利益操作の介入の余地もなかったのであるから、本件特例規定の場合とで、取得した株式が特定口座に現実に入庫しているか否かの形式的な違いしかなく、その趣旨も実質的に合致している。したがって、本件各規定が定められた趣旨及び本件特例規定が設けられた趣旨や法体系に照らすと、本件の場合にも画一的に総平均法に準ずる方法を適用するべきではない。
(ア) 丁は、Ａの第２位の大株主であったＡの前社長から、同人が保有するＡの発行済み株式総数の約１１パーセントに相当するＡ株式７５万株を売却したいとの申入れを受け、大量のＡ株式が一度に市場に放出されれば、Ａの株価や信用が低下するおそれが大きく、他方で短期間で約６億円もの購入資金を準備できる引受先が見つかる状況でもなかったことから、一時的な受け皿となり、安定株主となる引受先が決まり次第譲渡することを目的として、緊急避難的に本件購入株式を購入したのであり、自身の持ち株の増加やキャピタルゲインを得ることを目的として購入したのではない。
(イ) 本件売却は、上記(ア)のような経緯から本件購入株式を売却したものであり、本件購入株式（本件売却株式）の購入及び売却に係る時期も、丁が自由に決めたものではなく、上記(ア)のような目的の達成のために、平成１８年法律第６５号による改正前の証券取引法上の規制に反しない範囲で最短の期間内に売却を行うものとして決められたものであった。
(ウ) 丁は、本件購入株式の全てを担保として差し入れることを条件にその購入資金を借り入れており、担保に提供する必要のある株券は特定口座に入庫することができなかったから、丁には、本件購入株式（本件売却株式）を特定口座に入庫することができない合理的な理由があった。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点（本件売却株式の取得費を総平均法に準ずる方法により算出すべきか否か。）について(1)ア所得税法は、その年中の譲渡所得に係る総収入金額から当該所得の基因となった資産の取得費及びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額を控除し、その残額の合計額から譲渡所得の特別控除額を控除した金額を譲渡所得の金額とし（同法３３条３項）、上記計算上控除する資産の取得費は、別段の定めがあるものを除き、その資産の取得に要した金額並びに設備費及び改良費の額の合計額とする旨規定する（同法３８条１項）。そして、同法は、居住者が２回以上にわたって取得した同一銘柄の有価証券について、上記取得費に算入する金額は、政令で定めるところにより、それぞれの取得に要した金額を基礎として同法４８条１項の規定に準じて評価した金額とする旨規定し（同条３項）、これを受けて、所得税法施行令は、この場合に取得費に算入する金額は、当該有価証券を最初に取得した時（その後既に当該有価証券の譲渡をしている場合には、直前の譲渡の時。以下、これらの場合を単に「取得時」という。）から当該譲渡の時（以下、この場合を単に「譲渡時」という。）までの期間を基礎として、取得時において有していた当該有価証券及び当該期間内に取得した当該有価証券について、同施行令１０５条１項１号に掲げる総平均法に準ずる方法によって算出した１単位当たりの金額により計算した金額とする旨規定している（同施行令１１８条１項）。
なお、所得税法施行令１０５条１項１号に掲げる総平均法に準ずる方法とは、株式等をその種類及び銘柄の異なるごとに区分し、その種類等の同じものについて、取得時から譲渡時までの期間を基礎として、「取得時の取得価格の総額」に「譲渡時までに取得した取得価格の総額」を加えた額を「取得時の株式等の総数」に「譲渡時までに取得した株式等の総数」を加えた数で除して、１単位当たりの株式等の取得価格を算出する方法である。（乙６）
このように、本件各規定（所得税法４８条３項及び所得税法施行令１１８条１項）が、２回以上にわたって取得した同一銘柄の有価証券の取得費の算出方法として総平均法に準ずる方法を用いることとした趣旨は、総平均法自体に企業会計処理上の合理性が認められること、同一銘柄内における有価証券は代替性を有し、各有価証券の取得価格が異なっても株式としての物的性格（１株ごとに認められる株主の当該株式会社に対する社員としての地位）は同じであるから、これらを等価とみて単価を平均化する方が合理的といえること、これによって取得価格の変動を利用した利益操作の可能性を排除することができることにあるものと解される。
イ 他方で、平成１９年法律第６号による改正前の租税特別措置法３７条の１１の３第１項及び同年政令第９２号による改正前の租税特別措置法施行令２５条の１０の２第１項（本件特例規定）は、特定口座内保管上場株式等の譲渡をした場合には、当該特定口座内保管上場株式等の譲渡による譲渡所得の金額の計算は、これと当該特定口座内保管上場株式等の譲渡以外の株式等の譲渡による譲渡所得の金額とを区分して行う旨規定し、その計算を行う場合における所得費の計算について上記アの本件各規定による算出方法に対する例外を認めている。
このように、本件各規定の例外として本件特例規定が規定された趣旨は、株式等の譲渡益課税について、平成１５年１月１日以降、源泉分離選択課税制度が廃止され、申告分離課税に一本化されるようになることに伴い、上場株式等の譲渡を利益操作が自由に行えない証券会社等に開設した特定口座を通じて行うような場合に限って、恩恵的に他の株式等の譲渡による所得と区別して所得計算をすることができるものとして、申告分離課税になじみのなかった個人投資家の申告事務の負担に配慮したものと解される。
ウ 以上のような本件各規定及び本件特例規定の文言及び趣旨に照らすと、居住者が２回以上にわたって取得した同一銘柄の有価証券の取得費の算出方法は、本件特例規定の適用がある場合を除き、本件各規定によるべきであると解される。
(2) これを本件についてみると、前記前提事実（第２の１(2)ないし(4)）のとおり、丁は、Ａ株式を２回以上にわたって取得しており、本件売却株式は、２回以上にわたって取得された同一銘柄の有価証券の一部であることが認められる。他方で、本件売却株式及び既存株式のいずれも、本件特例規定に定める特定口座内保管上場株式等とは認められない。したがって、本件売却株式の取得費の算出に当たって、本件特例規定の適用はないから、本件各規定により、総平均法に準ずる方法によって算出された株式１単位当たりの金額を基礎として取得費を算出すべきである。
(3) これに対し、原告らは、本件各規定の趣旨に反しない限り、本件各規定の適用を排除することも可能であることを前提に、①丁には本件購入株式を特定口座に入庫することができない合理的な理由が存在していた、②本件の一連の取引には、極めて個別性の強い特別な事情があり、本件売却株式は既存株式と完全に区分され、利益操作の介入の余地もなかったなどと主張し、本件各規定が定められた趣旨及び本件特例規定が設けられた趣旨や法体系に照らして、画一的に総平均法に準ずる方法を適用すべきでなく、本件売却株式の取得費の算出に当たっては本件特例規定に該当する場合と同様の取扱いをすべきである旨主張している。
しかし、上記(1)のとおり、本件各規定は、本件のような場合の有価証券の取得費の算出方法として総平均法に準ずる方法を採用し、個別的な事情の有無によってその適用の有無を区別していないのであるから、本件各規定の定める要件に該当する以上、除外規定の適用がないにもかかわらず例外的な取扱いを認めるべきではない。また、本件特例規定は、特定口座に入庫することができない合理的な理由の有無によって、同規定の適用の有無を区別していないのであり、むしろ、上記(1)イで説示した本件特例規定の趣旨に鑑みれば、これを適用すべき場合を本件特例規定が規定する特定口座内保管上場株式等の譲渡の場合に限定したものと解すべきであるから、原告らが主張するような事情を考慮して本件特例規定が適用される場合に準じた扱いをすることは本件特例規定の文言及び趣旨に反するものとして許されない。
(4) 以上によれば、本件売却株式に係る取得費は、総平均法に準ずる方法により算出されるべきであり、原告らの主張はいずれも採用することはできない。
２ 本件更正処分等の適法性について
以上を前提として、丁の平成１８年分の所得税についてみると、本件売却株式の取得費は、既存株式の取得費合計８１９２万５０００円（直前の譲渡時である平成１７年２月１６日時点の１単位当たりの取得価格２９円（別表１の区分⑦の取得価格累計９０００万円を同区分の所有株式合計数３１２万５０００株で除して算出した１単位当たりの価格。ただし、租税特別措置法通達３７の１０－１５により１円未満の端数を切り上げたもの。）に譲渡後の既存株式の株数２８２万５０００株を乗じた額。）に本件購入株式の購入代金及び諸経費合計６億１２３０万５１６０円を加えた合計額６億９４２３万０１６０円を既存株式の株数２８２万５０００株と本件購入株式の株数７５万株の合計３５７万５０００株で除して算出した１単位当たりの金額１９５円（ただし、租税特別措置法通達３７の１０－１５により１円未満の端数を切り上げたもの。）を基礎として、これに本件売却株式数７５万株を乗じた１億４６２５万円となる。そうすると、被告が本訴において主張する別紙「課税の根拠及び計算」の１記載の根拠はいずれも相当であり、かつ、その根拠に基づいて算定した丁の平成１８年分の納付すべき税額は、同別紙記載のとおりであると認められ、別表２の本件更正処分等における納付すべき税額と一致するから、本件更正処分は適法である。
そして、本件更正処分が適法であった場合に賦課すべき過少申告加算税の額は、別紙「課税の根拠及び計算」の２記載のとおりであるところ、丁は、平成１８年分の所得税について、納付すべき税額を過少に申告していたものであり、納付すべき税額を過少に申告していたことについて国税通則法６５条４項に規定する正当な理由があった旨の具体的な主張・立証もないことから、上記記載と同額の税額を課した本件賦課決定処分は、適法である。
第４ 結論
よって、原告らの請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとし、訴訟費用の負担について、行政事件訴訟法７条、民訴法６１条、６５条１項本文を適用して、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官川神裕
裁判官林史高
裁判官牛尾可南
別表１
丁によるＡ株式の取得状況
年月日
区分
取得株式数
（株）
所有株式合計数
（株）
取得金額
（円）
取得価額累計
（円）
平成13年1月16日
有償第三者割当て
①
43,750
43,750
21,875,000
21,875,000
平成14年2月28日
買付け
②
11,250
55,000
5,625,000
27,500,000
平成14年7月19日
有償第三者割当て
③
5,000
60,000
10,000,000
37,500,000
平成15年4月30日
株式交換
④
180,000
240,000
10,000,000
47,500,000
平成15年11月27日
ワラント権行使
⑤
60,000
300,000
30,000,000
77,500,000
平成16年8月13日
株式分割（１対１０）
⑥
2,700,000
3,000,000
-
77,500,000
平成16年10月15日
買付け
⑦
125,000
3,125,000
12,500,000
90,000,000
平成17年2月16日
譲渡
⑧
△300,000
2,825,000
-
-
（注）区分⑧の取得株式数欄の△はマイナスを表す。
別表２
本件更正処分等の経緯
（単位：円）
項目
確定申告
修正申告
賦課決定処分
更正処分等
異議決定
審査裁決
年月日
平成19年3月14日
平成20年10月7日平成20年10月24日平成20年10月24日平成21年2月23日平成22年1月7日
総所得金
額①
98,391,759
98,391,759
98,391,759
配当所得の金
額②
53,625,000
53,625,000
53,625,000
給与所得の金
額③
43,900,000
43,900,000
43,900,000
内訳
雑所得の金
額④
866,759
866,759
866,759
分離課税の株式等の譲渡所得の金額⑤
751,397,756
756,207,260
1,222,262,420
所得控除の額の合計額⑥
5,636,770
5,636,770
6,216,770
総所
得⑦
92,754,000
92,754,000
92,174,000
課税される所
得金
額分離課税の株式等の
譲渡所
得⑧
751,397,000
756,207,000
1,222,262,000
⑦に対する税額⑨
31,828,980
31,828,980
31,614,380
⑧に対する税額⑩
52,597,790
52,934,490
85,558,340
算出税額計⑪
84,426,770
84,763,470
117,172,720
税金から差し
引かれる金額配
当控
除⑫
2,681,250
2,681,250
2,681,250
差引所得税
額⑬
81,745,520
82,082,220
114,491,470
定率減税
額⑭
125,000
125,000
125,000
源泉徴収税
額⑮
27,176,595
27,176,595
27,176,595
申告納税
額⑯
54,443,900
54,780,600
87,189,800
予定納税
額⑰
2,055,000
2,055,000
2,055,000
納付すべき税
額⑱
52,388,900
52,725,600
85,134,800
過少申告加算
税⑲
－－
33,000
3,240,000
棄却
棄却
（別紙）
課税の根拠及び計算
１ 本件更正処分の根拠及び計算
被告が、本訴において主張する丁の平成１８年分の所得税の総所得金額及び納付すべき税額は、次のとおりである。
(1) 総所得金額（別表２の順号①）
９８３９万１７５９円
上記金額は、丁の平成１８年分の総所得金額であり、次のアないしウの金額の合計額である。
ア 配当所得の金額（別表２の順号②）
５３６２万５０００円
上記金額は、丁の平成１８年分のＡに係る配当であり、丁が本件確定申告書及び本件修正申告書に記載した金額と同額である。
イ 給与所得の金額（別表２の順号③）
４３９０万円
上記金額は、丁の平成１８年分の給与所得の金額であり、丁が本件確定申告書及び本件修正申告書に記載した金額と同額である。
ウ 雑所得の金額（別表２の順号④）
８６万６７５９円
上記金額は、丁の平成１８年分の雑所得の金額であり、丁が本件確定申告書及び本件修正申告書に記載した金額と同額である。
(2) 分離課税の株式等の譲渡所得の金額（別表２の順号⑤）
１２億２２２６万２４２０円
上記金額は、次のア及びイの金額の合計額である。
ア Ａ株式に係る譲渡所得の金額
１２億１７４５万２９１６円
上記金額は、本件売却に伴い、本件各規定に基づいて課税される譲渡所得の金額であり、次の(ア)の金額から(イ)の金額を控除した金額である。
(ア) 収入
１３億７０３７万１６００円
上記金額は、本件売却による収入金額である。
(イ) 必要経費又は譲渡に要した費用等
１億５２９１万８６８４円
上記金額は、本件売却株式の取得費合計１億４６２５万円、委託手数料６３万２５２０円及び借入金の利子６０３万６１６４円を合計した本件売却株式の必要経費又は譲渡に要した費用等である。
イ Ａ株式以外に係る譲渡所得
４８０万９５０４円
上記金額は、Ａ株式以外の株式について、本件各規定に基づいて課税される譲渡所得の金額であり、次の(ア)の金額から(イ)の金額を控除した金額である。
(ア) 収入金額
６４２７万円
上記金額は、Ａ株式以外の株式売却による収入金額である。
(イ) 必要経費又は譲渡に要した費用等
５９４６万０４９６円
上記金額は、Ａ株式以外の株式の必要経費又は譲渡に要した費用等である。
(3) 所得控除の額の合計額（別表２の順号⑥）
６２１万６７７０円
上記金額は、所得控除の額の合計額であり、医療費控除、社会保険料控除、生命保険料控除、損害保険料控除、寄付金控除、配偶者控除、扶養控除及び基礎控除の金額の合計額である。
なお、本件調査の結果、本件申告及び本件修正申告において、丁の母が、扶養控除の対象者（同居老親等）とされていなかったことが認められたため、丁が本件確定申告書及び本件修正申告書に記載した所得控除の額の合計額（５６３万６７７０円）に、同人の母に係る扶養控除の額となる５８万円（所得税法（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下、同じ。）８４条及び租税特別措置法（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下、同じ。以下「措置法」という。）４１条の１６第２項参照）を加算している。
(4) 課税される総所得金額（別表２の順号⑦）
９２１７万４０００円
上記金額は、所得税法８９条２項の規定に基づき、上記(1)の金額９８３９万１７５９円から上記(3)の金額６２１万６７７０円を控除した金額（ただし、国税通則法（以下「通則法」という。）１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）である。
(5) 課税される分離課税の株式等の譲渡所得金額（別表２の順号⑧）１２億２２２６万２０００円上記金額は、上記(2)の金額（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）である。
(6) 算出税額の合計額（別表２の順号⑪）
１億１７１７万２７２０円
上記金額は、上記(4)の金額９２１７万４０００円に、所得税法８９条１項及び経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（平成１８年法律第１０号による改正（廃止）前のもの。以下「旧負担軽減法」という。）４条に規定する税率を乗じて算出した金額３１６１万４３８０円及び上記(5)の金額１２億２２２６万２０００円に措置法３７条の１１に規定する税率を乗じて算出した金額８５５５万８３４０円の合計額である。
(7) 配当控除の額（別表２の順号⑫）
２６８万１２５０円
上記金額は、所得税法９２条１項の規定により算出した金額である。
(8) 差引所得税額（別表２の順号⑬）
１億１４４９万１４７０円
上記金額は、上記(6)の金額１億１７１７万２７２０円から上記(7)の金額２６８万１２５０円を控除した金額である。
(9) 定率減税額（別表２の順号⑭）
１２万５０００円
上記金額は、旧負担軽減法６条の規定により算出した金額である。
(10) 源泉徴収税額（別表２の順号⑮）
２７１７万６５９５円
上記金額は、丁が本件確定申告書及び本件修正申告書に記載した金額と同額である。
(11) 納付すべき税額（別表２の順号⑯）
８７１８万９８００円
上記金額は、相続人の納付すべき税額であり、上記(8)の金額１億１４４９万１４７０円から上記(9)及び(10)の合計金額２７３０万１５９５円を差し引いた金額（ただし、通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）である。
２ 本件賦課決定処分の根拠及び計算
(1) 本件更正処分は適法であるところ、本件更正処分により新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうち、本件更正処分前における税額の計算の基礎とされていなかったことについて通則法６５条４項における正当な理由があるとは認められない。
したがって、丁に課されるべき過少申告加算税の額は、本件更正処分により、丁が新たに納付すべきこととなった税額（通則法１１８条３項の規定により、１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）を基礎として、通則法６５条１項の規定に基づき次のとおり計算した額である。
(2) 過少申告加算税の額（別表２順号⑲）
３２４万円
上記金額は、通則法６５条１項に基づき、本件更正処分により丁が新たに納付すべきこととなった税額（ただし、通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）３２４０万円に１００分の１０の割合を乗じて算出した金額である。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2011/pdf/11599.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。