税務訴訟資料第２６１号－２１（順号１１６１１）
名古屋地方裁判所平成●●年（○○）第●●号課税処分等取消請求事件
国側当事者・国（名古屋中税務署長）
平成２３年２月１０日棄却・控訴
判決
原告Ａ株式会社
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士浅井正
同山谷彰宏
同訴訟復代理人弁護士遠藤靖典
被告国
同代表者法務大臣江田五月
処分行政庁名古屋中税務署長
鈴木久市
同指定代理人本松智
同坂上公利
同浅野真哉
同間瀬暢宏
同立田渉
主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求の趣旨
処分行政庁が原告に対し平成２０年３月２８日付けでした、原告の平成１５年４月１日から平成１６年３月３１日までの事業年度分の法人税更正処分のうち納付すべき税額７５０８万２６００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定を取り消す。
第２ 事案の概要
１ 本件は、原告が法人税法（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）５０条１項に定める交換により取得した資産の圧縮額の損金算入の規定（以下「交換特例」という。）の適用を前提に法人税の申告をしたところ、処分行政庁が交換特例の適用は認められないとして更正処分（以下「本件更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定（以下「本件賦課決定」といい、本件更正処分と併せて「本件更正処分等」という。）をしたので、原告が本件更正処分等（ただし、本件更正処分については、申告額を超える部分）の取消しを求める事案である。
２ 関係法令の定め
本件に関係する法令の定めは、別紙１「関係法令の定め」記載のとおりである。
３ 前提事実（以下の事実は、当事者間に争いのない事実及び後掲の証拠から容易に認定できる事実である。）
(1) 当事者及び交換契約
原告（当時の商号は「Ｃ株式会社」）は、乙との間で、平成１５年９月３０日、別紙２不動産目録１、２記載の不動産について原告が有する借地権（契約日・昭和５３年１２月２８日、貸主・乙、借主・原告、賃料・月額２５万円、期間・契約日から１０年。以下「本件借地権」という。）と、乙が有する別紙２不動産目録３ないし６記載の不動産（以下「本件取得土地」という。）の所有権を交換した（以下、この交換を「本件交換」という。）。
(2) 原告の法人税の確定申告
原告は、平成１６年５月２７日、処分行政庁に対し、平成１５年４月１日から平成１６年３月３１日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）に係る法人税について、所得金額２億６７５１万８４２３円、納付すべき税額７５００万１２００円とする確定申告（以下「本件確定申告」という。）をした。本件確定申告に係る申告書（以下「本件確定申告書」という。）には、本件交換による譲渡益は計上されておらず、本件確定申告書に添付された勘定科目内訳明細書（土地）には本件取得土地につき、取得価格を「０円」と記載されている。
なお、本件確定申告書は、原告から依頼を受けた税理士法人Ｂ（以下「Ｂ」という。）が作成した。
(3) 原告に対する税務調査
ア 名古屋中税務署税務調査担当者（以下「調査担当者」という。）は、平成１９年８月２１日、原告の本社事務所において、法人税及び消費税等の税務調査を行った。調査担当者は、原告に対し、遅くとも同年１０月３日までに、本件確定申告書に法人税法５０条３項所定の明細（以下「交換特例明細」という。）を記載した明細書（以下「交換特例明細書」という。）が添付されていないことを伝えた。
イ 原告は、処分行政庁に対し、上記調査で指摘された事項に関し、平成１９年９月７日付け書面（乙１１）、同月２８日付け調査回答書（乙１２）及び同年１０月３日付け調査回答書（乙６）を提出した。
ウ 調査担当者は、原告に対し、平成１９年１０月１２日、原告の本社事務所において税務調査を行った（以下、上記アからウまでの一連の税務調査を「本件税務調査」という。）。
(4) 原告による修正申告等
ア 原告は、平成１９年１２月３日、処分行政庁に対し、原告の本件事業年度分の法人税について、所得金額は本件確定申告と同額とし、納付すべき税額を７５０８万２６００円とする修正申告（以下「本件修正申告」という。）をした。本件修正申告に係る申告書（以下「本件修正申告書」という。）にも、本件交換による譲渡益は計上されていない（乙２、弁論の全趣旨）。
イ 処分行政庁は、本件修正申告を受けて、平成１９年１２月１７日付けで、原告に対し、８０００円の過少申告加算税の賦課決定をした（乙３）。
(5) 本件更正処分等
処分行政庁は、平成２０年３月２８日付けで、原告に対し、本件事業年度分の法人税について、所得金額３億２７２３万７８６３円、納付すべき税額９２９９万８３００円とする本件更正処分及び１７９万１０００円の過少申告加算税を賦課する本件賦課決定をした。
(6) 不服申立て
ア 原告は、平成２０年５月２７日、本件更正処分等を不服として、処分行政庁に対し異議申立てをしたところ、処分行政庁は、同年８月８日付けでこれを棄却する旨の決定をした。
イ 原告は、平成２０年９月５日、国税不服審判所長に対し、本件更正処分等を不服として審査請求をしたところ、国税不服審判所長は、平成２１年３月３０日付けでこれを棄却する旨の裁決をした。
(7) 本件更正処分等後の本件事業年度分の確定申告書の提出
原告は、平成２１年９月１０日、処分行政庁に対し、本件事業年度分の確定申告書を郵送提出した（だたし、この確定申告書は、期限後申告書及び修正申告書のいずれにも当たらない。）。
この申告書には、交換特例明細書が添付されている上、本件確定申告及び本件修正申告と比較すると、利益積立金額及び資本積立金額の計算に関する明細書に「土地」の当期中の増減として、「１」円増の記載、所得の金額の計算に関する明細書の加算欄に「土地圧縮超過額」「１」円の記載が加わっており、所得金額欄には、本件確定申告及び本件修正申告における所得金額より１円多い２億６７５１万８４２４円の記載がある。
４ 争点及び当事者の主張
本件の争点は、本件更正処分等の適法性であり、具体的には、①本件確定申告書には、法人税法５０条３項所定の交換特例明細の記載があったか否か、②仮に①の記載がない場合であっても、原告に同条４項にいう「やむを得ない事情」が認められるか否か、③本件更正処分等が信義則に違反するか否か、④処分行政庁は原告に対し交換特例明細書の提出を促す義務があったか否かなどである。
（被告の主張）
(1) 本件更正処分等の適法性
ア 被告が主張する本件事業年度における原告の所得金額及び納付すべき税額は、次のとおりである。
(ア) 所得金額
３億２７２３万７８６３円
ａ 本件修正申告書記載の所得金額
２億６７５１万８４２３円
ｂ 本件交換による譲渡益
５９７１万９４４０円
固定資産を交換した場合には、税務上、原則として、交換取得資産の時価と交換譲渡資産の帳簿価額の差額を譲渡益として、益金の額に算入すべきことになる。
本件税務調査の際に原告が提出した資料によれば、本件取得土地の底地としての価格（交換取得資産の時価）は５９７１万９４４０円であり、本件借地権の簿価（交換譲渡資産の帳簿価額）は簿外資産として０円である。これによると、本件交換による譲渡益は、５９７１万９４４０円となる。
(イ) 納付すべき税額
９２９９万８３００円
下記ａの金額から下記ｂ及びｃの金額を控除して求めた金額の１００円未満の端数を切り捨てた金額である（国税通則法１１９条１項）。
ａ 法人税額
９７５３万１１００円
上記(ア)の所得金額の１０００円未満の端数を切り捨てた金額（国税通則法１１８条１項）に、経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（平成１８年法律第１０号による廃止前のもの）１６条１項に規定する税率を乗じて計算した金額である。
ｂ 法人税額の特別控除額
４１６万３３２９円
租税特別措置法（平成１６年法律第１４号による改正前のもの）４２条の６及び４２条の１１に規定する特別控除額であり、本件修正申告書記載の金額と同額である。
ｃ 法人税額から控除される所得税額等
３６万９３７８円
法人税法６８条に規定する法人税額から控除される所得税額であり、本件修正申告書記載の金額と同額である。
イ 原告は、本件確定申告において、納付すべき税額を過少に申告し、このことについて、正当な理由（国税通則法６５条４項）も見当たらないところ、本件更正処分により新たに納付すべきことになった税額が１７９１万５７００円であることから、本件において納付すべき過少申告加算税は、この金額に１万円未満の端数を切り捨てた上（同法１１８条３項）、１００分の１０を乗じた１７９万１０００円となる。
ウ 上記ア及びイの納付すべき税額と本件更正処分等における納付すべき税額とは同額であるから、本件更正処分等は適法である。
(2) 交換特例の適用がないこと
交換特例を適用するためには、確定申告書に交換特例明細の記載が必要である（法人税法５０条３項）。この点、原告は、処分行政庁に対し、本件確定申告書を２通提出しており、うち１通は会計検査院が保管し、もう１通は名古屋中税務署において保管しているが、そのいずれにも交換特例明細書が存在していない。また、本件税務調査において本件確定申告書に交換特例明細の記載がないことの指摘を受けた後の平成２０年１月４日に原告が処分行政庁に提出した意見書（乙１３）においても、本件確定申告書に交換特例明細の記載がある旨の主張がされておらず、法人税法５０条１項の適用を求める主張すら明示的にされていない。したがって、原告は、本件確定申告書に交換特例明細の記載をしなかったものであり、交換特例の適用はない。
加えて、交換特例の適用を受けるためには、備忘の観点から、交換特例の適用を受ける資産の簿価が１円未満となる場合においても、その簿価として１円以上の金額を付するものとされている（法人税法施行令９３条）から、利益積立金額及び資本積立金額の計算に関する明細書などの記載にこれが反映されるべきである。しかし、原告は、平成１５年１０月１日、本件取得土地の取得価格を０円とする振替伝票を起票している（甲８）ところ、原告が本件取得土地の取得価格を０円としている事実に照らせば、交換特例の適用を前提として法令が要求する損金経理もしていない。したがって、この点からも、交換特例の適用は否定される。
(3) 法人税法５０条４項の適用がないこと
法人税法５０条４項にいう「やむを得ない事情」とは、当該法人の責めに帰すことができない事由により、交換特例明細の記載のある確定申告書を提出することが不可能であったと認められるような客観的な事情があることを意味し、当該法人の主観的な事情に基づいて交換特例明細の記載ができなかった場合はこれに該当しないというべきである。原告は、仮に原告が本件確定申告書に交換特例明細書を添付することを失念していたとしても、それは当然予想される人為的な誤りに過ぎない旨主張するところ、これは、原告の主観的な事情にすぎず、また、代理人として税理士法人であるＢが関与していたことにも照らせば、やむを得ない事情を認める余地はないというべきである。
(4) 信義則違反をいう原告の主張が失当であること
本件確定申告書の提出後に実施された本件税務調査時の諸事情は、そもそも本件確定申告書に交換特例明細の記載をしなかったことに関する信義則適用の事情にはなり得ず、仮に当該諸事情が信義則適用の事情になり得るとしても、処分行政庁は公式見解の表示はもとより、公式見解をうかがわせる行動すらしておらず、原告の主張は失当である。
(5) 処分行政庁に交換特例明細書の提出を促すべき義務がないこと
法人税法は、交換特例の適用を当該法人の自由意思に委ねており、しかも本件においてはＢが関与して本件確定申告書を作成したのであるから、処分行政庁において交換特例明細書の提出を促す法的義務が生じ得ないことは明らかであり、また、このような義務を定めた法令上の根拠もない。むしろ、本件確定申告書に交換特例明細の記載がなかった以上、交換特例の適用を認めなかったことは、法人税法５０条３項の趣旨により公平負担の原則や手続的公正を重視した取扱いであるというべきである。
（原告の主張）
(1) 交換特例明細書を提出していること
原告は、本件確定申告書に交換特例明細書を添付して処分行政庁に提出した。
本件確定申告書の作成に関与したＢの控えには、交換特例明細書が添付されているところ、Ｂは、処分行政庁に提出した確定申告書と同じものを作成し、これを控えとして保管しているものである。
税務署に提出された確定申告書は、税務署内で複数人を介した上で保管されることになっているにもかかわらず、その個々の中身をチェックすることはないのであるから、税務署内で確定申告書の中身の一部が紛失することは十分考えられるところである。
なお、本件確定申告書のうち交換特例明細書のみが手書きである理由は、Ｂが使用していたソフトに当該明細書の出力機能がなかったからである。
(2) 交換特例明細の記載がなくとも、やむを得ない事情（法人税法５０条４項）があること仮に、原告が本件確定申告書に交換特例明細の記載を忘れていたとしても、原告は、交換特例明細書を本件確定申告書と同時期に作成し、いつでも提出できる状態になっていた。仮に原告が本件確定申告書に交換特例明細書を添付することを失念していたとしても、それは当然予想される人為的な誤りにすぎず、やむを得ない事情に当たる。
(3) 信義則違反
課税庁が納税者に対し信頼の対象となる公式見解をうかがわせる行動をとり、納税者がその行動を信頼して行動した後、課税庁が公式見解に反する課税処分をした場合であって、納税者が課税庁の公式見解を信頼した行動をとることにつき何ら落ち度がない場合には、当該課税処分は信義則に違反し違法というべきである。
本件税務調査において、調査担当者は、本件交換の実態調査に終始し、交換特例明細書が添付されているか否かについては、調査の最初に聞いたのみであり、それ以降最終日まで聞くことはなかった。そして、調査担当者は、平成１９年１１月２６日まで、交換特例明細書の有無はまったく問題としなかった。したがって、課税庁である名古屋中税務署（あるいは、そこに所属する調査担当者）は、原告に対し、交換特例明細は後日の補完で足り、交換特例の実体要件を備えておれば更正処分をすることはない旨の公式見解をうかがわせる行動をとっていたといえる。
本件交換は、法人税法５０条１項の要件を満たしており、交換特例明細の不備という形式的な不備があるのみであり、しかもこの不備は、過失によるもので、容易に修正が可能なものである。したがって、課税庁は、このような場合、一般的にはまず修正申告書の提出を納税者に指導するものである。そのため、原告は本件確定申告書に交換特例明細書の添付がされていなくても、交換特例を適用するための実体要件は充足しているので、後日提出すれば補完されると思い、上記公式見解を信頼し、調査担当者に対し実体要件についての具備を説明するために行動していたものである。
しかるに、処分行政庁は、かかる信頼を裏切り、原告に対して形式的要件を修正する機会を奪っておきながら、いきなり形式的要件の不具備のみを理由として本件更正処分等をした。この経過に照らせば、原告に上記公式見解を信頼したことについて、何ら責めに帰するべき事由がないことは明らかである。
よって、本件更正処分等は、信義則に反し違法である。
(4) 処分行政庁に交換特例明細書の提出を促す義務があることなど
本件交換は、法人税法５０条１項の適用につき何ら問題のない等価交換であり、同条項の適用につき障害となっているのは、交換特例明細書の添付がないという形式的な不備のみである。このような場合、処分行政庁は、原告に対し、適正手続上、形式的な不備の補正を促す義務があるというべきであり、処分行政庁は、この義務を怠り本件更正処分等を行った。
さらに、実態は法人税法５０条１項の要件を満たしているが形式的にはその要件を満たしていない場合に、処分行政庁は、原告のみに、交換特例明細書の再提出といった補正を求めずに本件更正処分等を行ったことは、平等原則に違反する。
よって、本件更正処分等は、憲法３１条又は１４条に違反しており、違法である。
第３ 当裁判所の判断
１ 法人税法５０条の趣旨等
(1) 交換特例の趣旨
法人が固定資産を交換した場合、交換により差益が生ずれば、その差益について課税問題が生ずることになるが、本来、固定資産は長期間にわたって法人の事業の用に供されるものであり、同一種類の固定資産を交換したような場合は、むしろ、経済的に見れば同一資産が継続して保有されていると見ることができる。法人税法５０条の交換特例は、かかる観点から、一定の条件に適合する交換であれば、圧縮記帳方式による旧帳簿価額の引継ぎを認め、交換差益（取得資産の価額から譲渡資産の帳簿価額及び譲渡費用を差し引いた金額）についての課税の繰延べを図る目的で設けられたものである。
(2) 交換特例において確定申告書に明細の記載を要求する趣旨
交換特例の適用には、確定申告書に法人税法施行規則別表１３(3)に定める書式により、法人税法５０条１項に規定する減額した金額に相当する金額の損金算入に関する明細（交換特例明細）の記載があることが必要である（同条３項、法人税法施行規則３４条２項）。
法人税法５０条１項によれば、交換特例による課税の繰延べを受けるか否かは、当該法人の選択に委ねられているから、課税庁において、当該法人の申告に係る所得金額や法人税額が適正であるか否かを判断するためには、当該法人が交換特例の適用による課税の繰延べを受けることを選択したか否か、また、その圧縮の計算が適正に行われており、圧縮額が法令の定める範囲内であるか否かを確定申告時に確知できることが必要であり、同条３項が、交換特例は確定申告書に交換特例明細の記載がある場合に限り適用するものとした趣旨は、このような必要性に基づくものと解される。
２ 本件確定申告書に交換特例明細書が添付されていたか否かについて
(1) 前記前提事実並びに証拠（乙１、４、２０、証人丁）及び弁論の全趣旨によれば、①原告は、平成１６年５月２７日、処分行政庁に対し、本件確定申告書を２通提出し、処分行政庁は、そのうち１通を会計検査院に送付したこと、②名古屋中税務署で保管している本件確定申告書（乙１）と会計検査院で保管している本件確定申告書（乙４。以下、乙１と併せて「被告保管の申告書」という。）の内容は同一であり、そのいずれにも交換特例明細書は添付されていないことが認められる。
そして、本件税務調査の調査担当者である丁（以下「丁」という。）は、陳述書（乙２０）において、本件確定申告書に交換特例明細書の添付がなかったことについて、要旨次のとおり述べ、証人として同旨の証言をしている。
ア 丁は、平成１９年８月２１日、部下２名と共に、原告の本社事務所に臨場して調査をした際、原告側から、本件取得土地の取得価格を０円としたことに関し、本件借地権と本件取得土地とを等価交換した旨の説明があったことから、帰署後、交換特例の処理の有無を確認するため、部下に命じて、名古屋中税務署で保管されている本件確定申告書に交換特例明細書が添付されているか否かを確認させたところ、部下から交換特例明細書は添付されていない旨の報告があった。
イ 平成１９年１０月１２日、修繕費に係る資料の確認などを行うため、丁の部下２名が原告の本社事務所に臨場する機会があったので、丁は、部下２名に対し、原告が保管する本件確定申告書の控えに交換特例明細書が添付されているか否か確認してくるよう指示したところ、同日、部下らから、原告側から提示された申告書の控えにも交換特例明細書は添付されていなかったとの報告を受けた。
(2) これに対し、原告は、本件確定申告書の控えであるとして甲第２号証の１ないし３（以下「原告提出の控え」という。）を提出しているところ、原告提出の控えには、手書きで記載された交換特例明細書（甲２の１の１９枚目）が添付されている。
原告提出の控えと被告保管の申告書を対比すると、交換特例明細書の添付の有無に違いがあるほか、被告保管の申告書の勘定科目内訳明細書には、手書き文字で加筆訂正した箇所や印刷文字を修正液と思われるもので抹消した箇所が存在するのに対し、原告提出の控えの勘定科目内訳明細書には、そのような箇所が存在しないという違いがあり、また、両者で書類をつづる順序も異なっている。
ところで、原告は、本件訴訟の当初、原告提出の控えを「原告本社３階総務部書類倉庫にて保管されていたもの」であるとして提出したが（原告の平成２１年９月３０日付け証拠説明書(1)の甲第２号証の備考欄の記載）、被告から上記のような被告保管の申告書との違いなどを指摘された後、その主張を撤回し、原告提出の控えは、Ｂで保管していた控えであり、本件確定申告書の提出に際して修正した部分をパソコン上で修正した上で印刷したものであると主張するに至った（原告の平成２２年２月２３日付け第２準備書面３頁）。
上記のような重要な証拠についての主張の変遷は、それ自体その証拠の信用性を減ずるものといわざるを得ず、原告提出の控えによって、本件確定申告書に交換特例明細書が添付されていたと認定することは困難である。一方、被告保管の申告書の信用性を疑わせる事情はなく、上記(1)で摘示した丁の陳述内容も被告保管の申告書の状況と符合するものであって信用性が認められるから、本件においては、これらの証拠（乙１、４、２０、証人丁）により、原告が処分行政庁に提出した本件確定申告書には交換特例明細書が添付されていなかったと認めるのが相当である。
この点に関し、原告は、税務署に提出された確定申告書は税務署内で複数人を介して保管され、その個々の中身がチェックされることもないので、税務署内で確定申告書の一部が紛失することは十分考えられる旨主張する。しかし、本件確定申告書の内容は課税庁で保管されているものと会計検査院で保管されているものとで同一であるところ、いずれの申告書にも交換特例明細書は添付されていないのであるから、交換特例明細書を添付したという原告の主張を前提とすれば、課税庁及び会計検査院で保管されているいずれの申告書からも交換特例明細書のみが紛失したことになるが、これは極めて可能性の低いことであり、本件の証拠関係の下においては、上記認定のとおり、原告が処分行政庁に提出した本件確定申告書には交換特例明細書が添付されていなかったと認めるのが相当である。
(3) そうすると、本件確定申告書には交換特例明細の記載がなかったことになるから、本件においては、交換特例の適用に必要な法人税法５０条３項所定の要件が満たされていないものというべきである。
３ 法人税法５０条４項所定の「やむを得ない事情」があるか否かについて
法人税法５０条３項の趣旨を前記１(2)のとおり解するのならば、交換特例明細の記載のない確定申告書が提出された場合においても交換特例の適用を認めるための同条４項の「やむを得ない事情」とは、当該法人の責めに帰すことができない事由により、交換特例明細を記載した確定申告書を提出したくともこれをすることができなかったと認められる客観的な事情をいうものと解するのが相当であり、当該法人の主観的な事情により交換特例明細の記載がなかった場合には、同条４項の適用はないというべきである。
これを本件についてみると、原告において交換特例明細を記載した確定申告書を提出したくともこれをすることができなかったと認められる客観的事情があるとは認められない。原告は、原告が本件確定申告書に交換特例明細書を添付することを失念していたとしても、それは当然予想される人為的な誤りにすぎず、法人税法５０条４項にいう「やむを得ない事情」に当たると主張するが、そのような人為的な誤りは原告の主観的な事情にすぎず、上記の「やむを得ない事情」には当たらないというべきである。
したがって、本件においては、本件確定申告書に交換特例明細の記載がなかったことにつき法人税法５０条４項にいう「やむを得ない事情」があるとは認められない。
４ 処分行政庁に信義則違反が認められるか否かについて
(1) 租税法律主義の原則が貫かれるべき租税法律関係においては、租税法規の適用における納税者間の平等、公平という要請を犠牲にしてもなお納税者の信頼を保護しなければ正義に反するといえるような特別の事情が存する場合に、初めて信義則の法理の適用の是非を考えるべきものである。そして、この特別の事情が存するかどうかの判断に当たっては、課税庁が納税者に対して信頼の対象となる公的見解を表示したことにより、納税者がその表示を信頼し、その信頼に基づいて行動したものであるかどうかの考慮は不可欠のものであるといわなければならない（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同６２年１０月３０日第三小法廷判決・裁判集民事１５２号９３頁参照）。
(2) 原告は、本件税務調査において、調査担当者は、本件交換の実態調査に終始し、交換特例明細書が添付されているか否かについては調査の最初に聞いたのみであり、それ以降最終日まで聞くことはなかったとし、課税庁が交換特例明細書は後日の補完で足りる旨の公式見解をうかがわせる行動をとっていた旨主張し、Ｂの従業員として本件税務調査に関わった丙も証人としてこれに沿う証言をする。
しかし、処分行政庁において、本件交換につき、交換特例を適用することはできず、その譲渡益に対して課税をするのが相当であると考えていた場合にも、本件取得土地の時価など本件交換の実態に関する調査をすることになるから、原告の主張する税務調査と同様の調査をすることになるのである。したがって、仮に本件税務調査の内容が原告の主張のとおりの内容であったとしても、このことが、課税庁において、本件交換についての交換特例の適用に関し、交換特例明細書は後日補完すれば足りる旨の見解を表示したことになるとは到底認めることはできない。
したがって、信義則違反をいう原告の主張は、その前提を欠くものであって、採用できない。
５ その余の原告の主張について
(1) 原告は、本件交換の実態は法人税法５０条１項の適用につき何ら問題のない等価交換であり、同条項の適用につき障害となっているのは、本件確定申告書に交換特例明細の記載がないという形式的な不備のみであり、このような場合、処分行政庁は、原告に対し、適正手続上、形式的な不備の補正を促す義務があると主張する。
しかし、これまでに判示したとおり、交換特例の適用を求めるか否かは、当該法人の選択に委ねられており、課税庁は、その適用を希望する法人が確定申告書に交換特例明細の記載をして提出することで初めてそれを認識することができるのであり、交換特例明細の記載がされていない法人税の確定申告書のみから、当該法人が交換特例の適用を前提として確定申告をしていることを容易に認識できるものではない。したがって、交換特例明細の記載をしないことは、交換特例を適用するに際しての単なる形式的な不備であるとは認められず、確定申告書に交換特例明細の記載がされていない場合に、課税庁においてこの補正を促す義務があると解することはできない。
(2) また、原告は、実態は法人税法５０条１項の要件を満たしているが形式的にはその要件を満たしていない場合に、処分行政庁は、平等原則に違反して原告のみにつき、交換特例明細書の再提出といった補正を求めずに本件更正処分等を行ったと主張するが、処分行政庁が原告のみについて他と異なる対応を執っていたことを認定できる証拠は提出されていない。
(3) よって、原告の上記主張は、いずれも採用することはできない。
６ 本件更正処分等の適法性について
以上のとおりであるから、原告の本件事業年度分の法人税に関して交換特例を適用せずに課税処分を行うことは適法である。そして、交換特例の適用がない場合に、原告の本件事業年度分の所得金額及び納付すべき税額が被告主張のとおりの金額となることは、原告において争っていないから、本件更正処分は適法と認められる。
また、以上説示したところによれば、原告が本件事業年度分の法人税につき過少申告をしたことについては、国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるとは認められないから、同法の規定に従って過少申告加算税を賦課した本件賦課決定も適法と認められる。
第４ 結論
以上によれば、原告の請求は理由がないから、これを棄却することとし、主文のとおり判決する。名古屋地方裁判所民事第９部
裁判長裁判官 増田稔
裁判官 鳥居俊一
裁判官 杉浦一輝
別紙１関係法令の定め
１ 法人税法
第５０条第１項内国法人（清算中のものを除く。以下この条において同じ。）が、各事業年度において、１年以上有していた固定資産（当該内国法人が適格合併、適格分割、適格現物出資又は適格事後設立（以下この項及び第７項において「適格組織再編成」という。）により被合併法人、分割法人、現物出資法人又は事後設立法人（以下この項及び第７項において「被合併法人等」という。）から移転を受けたもので、当該被合併法人等と当該内国法人の有していた期間の合計が１年以上であるものを含む。）で次の各号に掲げるものをそれぞれ他の者が１年以上有していた固定資産（当該他の者が適格組織再編成により被合併法人等から移転を受けたもので、当該被合併法人等と当該他の者の有していた期間の合計が１年以上であるものを含む。）で当該各号に掲げるもの（交換のために取得したと認められるものを除く。）と交換し、その交換により取得した当該各号に掲げる資産（以下この条において「取得資産」という。）をその交換により譲渡した当該各号に掲げる資産（以下この条において「譲渡資産」という。）の譲渡の直前の用途と同一の用途に供した場合において、その取得資産につき、当該事業年度終了の時において、その交換により生じた差益金の額として政令で定めるところにより計算した金額の範囲内でその帳簿価額を損金経理により減額したときは、その減額した金額に相当する金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
一土地（建物又は構築物の所有を目的とする地上権及び賃借権並びに農地法（昭和２７年法律第２２９号）第２条第１項（定義）に規定する農地の上に存する耕作に関する権利を含む。）（２号ないし４号及び第２項は省略）
第３項第１項の規定は、確定申告書に同項に規定する減額した金額に相当する金額の損金算入に関する明細の記載がある場合に限り、適用する。
第４項税務署長は、前項の記載がない確定申告書の提出があった場合においても、その記載がなかったことについてやむを得ない事情があると認めるときは、第１項の規定を適用することができる。
（第５項以下は省略）
２ 法人税法施行令
第９２条第１項法第５０条第１項（交換により取得した資産の圧縮額の損金算入）に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項に規定する取得資産（以下この条において「取得資産」という。）の取得の時における価額が同項に規定する譲渡資産（以下この条において「譲渡資産」という。）の譲渡直前の帳簿価額（当該譲渡資産の譲渡に要した経費がある場合には、その経費の額（当該譲渡資産が同項に規定する適格組織再編成により同項に規定する被合併法人等から移転を受けたものである場合には、当該被合併法人等が当該譲渡のために要した経費の額を含む。）を加算した金額。以下この条において同じ。）を超える場合におけるその超える部分の金額とする。
（第２項は省略）
第９３条法第４２条、第４４条から第４７条まで、第４９条又は第５０条（圧縮記帳）の規定の適用を受ける資産については、これらの規定の適用によりその帳簿価額が１円未満となるべき場合においても、その帳簿価額として１円以上の金額を付するものとする。
３ 法人税法施行規則
第３４条（第１項は省略）
第２項確定申告書（当該申告書に係る修正申告書を含む。）の記載事項及びこれに添付すべき書類の記載事項のうち別表１(1)から別表１(3)まで、別表２から別表３(8)まで、別表４、別表５(1)、別表５(2)、別表６(1)から別表６(24)まで、別表７から別表７付表(2)まで、別表８、別表９(1)から別表１０(8)まで、別表１１(1)から別表１４(2)付表まで、別表１５及び別表１６(1)から別表１７(3)までに定めるものの記載については、これらの表の書式によらなければならない。（ただし書及び別表は省略）
別紙２省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2011/pdf/11611.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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