税務訴訟資料第２６１号－１２６（順号１１７１６）
名古屋高等裁判所平成●●年（○○）第●●号課税処分等取消請求控訴事件
国側当事者・国（名古屋中税務署長）
平成２３年７月２０日棄却・上告・上告受理申立て
（第一審・名古屋地方裁判所、平成●●年（○○）第●●号、平成２３年２月１０日判決、本資料２６１号－２１・順号１１６１１）
判決
控訴人（１審原告）Ａ株式会社
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士浅井正
同遠藤靖典
被控訴人（１審被告）国
同代表者法務大臣江田五月
処分行政庁名古屋中税務署長
戸塚伸久
同指定代理人本松智
同浅野真哉
同坂上公利
同間瀬暢宏
同立田渉
主文
１ 本件控訴を棄却する。
２ 控訴費用は控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１ 当事者の求めた裁判
１ 控訴の趣旨
(1) 原判決を取り消す。
(2) 処分行政庁が控訴人に対し平成２０年３月２８日付けでした、控訴人の平成１５年４月１日から平成１６年３月３１日までの事業年度分の法人税更正処分のうち納付すべき税額７５０８万２６００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定を取り消す。
(3) 訴訟費用は第１、２審とも被控訴人の負担とする。
２ 被控訴人
主文同旨
第２ 事案の概要（以下、略称は、原則として原判決の表記に従い、原判決の該当箇所を適宜示す。）
１(1) 本件は、控訴人が法人税法（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）５０条１項に定める交換により取得した資産の圧縮額の損金算入の規定（交換特例〔原判決２頁６行目〕）の適用を前提に法人税の申告をしたところ、処分行政庁が交換特例の適用は認められないとして本件更正処分（同２頁７行目）及び過少申告加算税の賦課決定（本件賦課決定〔同２頁８行目〕）をしたので、本件更正処分及び本件賦課決定（本件更正処分等〔同２頁９行目〕。ただし本件更正処分については申告額を超える部分）の取消しを求めた事案である。なお、本件確定申告書（同３頁１行目）は、控訴人から依頼を受けた税理士法人Ｂ（Ｂ〔同３頁４行目〕）が作成した。
(2) 原判決は、交換特例の適用には交換特例明細（原判決３頁１０行目）の記載が必要であるところ（法人税法５０条３項）、本件確定申告書には交換特例明細書（同３頁１１行目）が添付されておらず、同項所定の要件を満たしていない旨、控訴人には交換特例明細を記載した確定申告書を提出したくともできなかったという同条４項の「やむを得ない事情」は認められない旨、本件更正処分等が信義則違反に当たるとの事情は認められない旨等を判示し、控訴人の請求を棄却したところ、控訴人がこれを不服として控訴した。
２ 関係法令の定め、前提事実、争点及び当事者の主張は、後記３のとおり当審における控訴人の主張（原審における主張を敷衍する部分を含む。）を付加するほかは、原判決「事実及び理由」欄の「第２事案の概要」の２ないし４に記載のとおりであるから、これを引用する。
３ 当審における控訴人の主張
(1) 本件確定申告書に交換特例明細書が添付されていたこと
原判決は、名古屋中税務署及び会計検査院で保管されているいずれの申告書からも交換特例明細書のみが紛失したというのは蓋然性が低いとしているが、蓋然性が低いとはいえ、このような事態が発生する可能性はある。また、実際に、納税者が岡崎税務署で消費税の事業廃止届出書を提出していたのに、同税務署内部でその届出がないとの扱いがされていた事例が存する。さらに、課税庁の運用として、提出された書類を納税者に開示していないとの丁（原判決１１頁４行目）の原審での証言によれば、名古屋中税務署が保管している本件確定申告書と納税者側で保管している確定申告書の控えとの齟齬を確認する方法はないし、会計検査院が保管する本件確定申告書も行政内部の文書であって開示されないというのであるから、同様に齟齬を確認する方法がないことになる。加えて、本件確定申告書に添付された内訳明細書（土地）の中に取得価格が「０円」との記載があるところ、通常このような記載はされないため、このような記載があれば疑問に思うのが普通であるのに、課税庁の担当者は、平成１６年１２月２８日、本件確定申告についての税務調査を「省略」すると決定しているから、疑問が解消されたこと、すなわち本件確定申告書には交換特例明細書が添付されていたと推認されるべきである。
(2) 法人税法５０条４項の「やむを得ない事情」について
交換特例による課税の繰延べを受けるか否かは当該法人の選択に委ねられているから、課税庁がその選択権行使の結果を確認する必要性はあるものの、そのような必要性のない場合にまで、確定申告時に交換特例明細の記載を要求することは、同制度を利用する権利を不当に侵害するところ、処分行政庁が本件交換（原判決２頁２１行目）について交換特例を適用することはできず、その譲渡益に対して課税するのが相当と考えていた場合にも、本件取得土地（同２頁２０行目）の時価等、本件交換の実態に関する調査をすることになるから、交換特例の適用を前提としなくても税務調査の内容に変化がないことになる。そうすると、課税処理の早い段階で交換特例の利用意思の有無を確知しなくても、同庁が行う税務調査の内容に変化はないから、課税庁が確定申告時に交換特例制度利用に係る選択権行使の結果を知っていなければならない理由に乏しく、法人税法５０条４項の「やむを得ない事情」があったというべきである。なお、同項の文言上「やむを得ない事情」が要求されているだけで、責めに帰すことができない事情や提出したくともできない事情は要件とされていない。
また、同条３項の趣旨が課税庁における交換特例利用意思の確知のためにあるとされ、この趣旨の達成のため確定申告時に書類の提出が必要とされているならば、課税庁は納税者からの確定申告書類提出時に交換特例の明細の記載があるかどうかを積極的に確認して、制度利用意思の有無を確知すべき義務を負っているにもかかわらず課税庁は確認していないし、課税庁の担当者丁は確定申告後であるとの理由で控訴人からの追加書類の受領を拒んでおり違法である。
(3) 平等原則違反について
税理士に対するアンケート結果（甲２０、２１）によれば、回答のあった５３５名の税理士のうち１１０名の税理士が、確定申告書提出時に別表の添付もれ、記載もれ等の不備があっても、後日、書類の再提出等により補完されたことがあると回答している上、宥恕規定の設けられていない別表について補完が認められたとの回答も多く、宥恕規定が設けられている別表１３(3)はなおさらそのような運用がされるべきであるし、税務署勤務経験のある税理士によると、別表１３については、決算書において圧縮損として「損金経理」されていることの要件等を満たしていれば、実務上、当該別表を後日提出させることにより適用を認めていた（甲２０のアンケート結果綴り９７番、甲２１のアンケート結果一覧表９７番）。
上記のような運用が定着していたにもかかわらず、丁は、控訴人に本件特例明細書の提出を求めることをせず、税務調査時に再提出しようとしたが合理的理由なく受け取らなかったのであり、控訴人に対して他の納税者と異なる不平等・不公平な対応がされたことは明らかであり、平等原則違反であって本件更正処分等は取り消されるべきである。
(4) 信義則違反について
課税庁では別表の添付もれ、記載もれという形式的不備であれば補完等により更正処分まではしないという運用が一般的であったし、控訴人の顧問税理士であるＢも上記のような取扱いがされていることを認識していたのであり、丁が本件特例明細書がない旨の指摘を行った後は実態の調査のみを行い、控訴人が再提出しようとしても受領しないまま数か月が経過しており、控訴人がこれをもって更正処分まではされないと信頼しても無理はないというべきであるから、本件更正処分等は信義則に反して違法である。
第３ 当裁判所の判断
１ 当裁判所も、原判決と同じく、控訴人の請求は理由がないと判断する。その理由は、次項のとおり当審における控訴人の主張に対する判断を付加するほかは、原判決「事実及び理由」欄の「第
３ 当裁判所の判断」に記載のとおりであるから、これを引用する。
２ 当審における控訴人の主張に対する判断
(1) 本件確定申告書に交換特例明細書が添付されていたか否か（前記第２の３(1)）について控訴人は、①名古屋中税務署及び会計検査院で保管されているいずれの申告書からも交換特例明細書のみが紛失する可能性はある旨、②岡崎税務署内部で、納税者から提出を受けた書類の届出がないとの扱いがされていた事例がある旨、③名古屋中税務署及び会計検査院が保管している本件確定申告書と納税者側で保管している確定申告書の控えとの齟齬を確認する方法はない旨、④課税庁の担当者は、平成１６年１２月２８日、本件確定申告についての税務調査を「省略」すると決定しているから、本件確定申告書には交換特例明細書が添付されていたと推認される旨主張する。
しかし、①については、控訴人が処分行政庁に提出した２通の本件確定申告書の１通は名古屋中税務署が保管し、他の１通は処分行政庁から会計検査院に送付されているところ、そのいずれもから本件交換特例明細書のみが紛失するというのは不自然であり、かえって本件確定申告書には本件特例明細書が添付されていなかったと推認できるし、②については、本件の事実認定に直接結びつく内容とはいえず、③については、名古屋中税務署（乙１）及び会計検査院（乙４）が保管していた本件確定申告書の原本は本件訴訟に提出されており、控訴人においてその内容を確認できる上、④については、勘定科目（土地）の明細における取得価格０円との記載は、法人税法５０条１項及び同法施行令９３条に基づく経理処理ではないから、名古屋中税務署の担当者が当該記載から控訴人が交換特例の適用を申請していると判断することはできないし、質問検査の範囲、程度、時期、場所等、実定法上特段の定めのない実施の細目については、質問検査の必要があり、かつ、これと相手方の私的利益との衡量において社会通念上相当な限度にとどまる限り、権限ある税務職員の合理的選択に委ねられているものと解され（最高裁判所昭和５８年７月１４日第一小法廷判決・訟務月報３０巻１号１５１頁）、税務署長が税務調査を複数年分併せて実施し、あるいは翌事務年度以降に改めて税務調査に着手することもあり得るから、本件確定申告書の税務署整理欄の「省略」欄に日付が記載されていることをもって、本件確定申告書に交換特例明細書が添付されていたことを示す根拠とはならない。したがって、これらの点についての控訴人の主張は採用できない。
(2) 法人税法５０条４項の「やむを得ない事情」の有無（前記第２の３(2)）について控訴人は、①法人税法５０条４項では「やむを得ない事情」が要求されているにすぎないし、処分行政庁は交換特例の適用を前提としなくても本件交換の実態に関する調査をするのであり、課税庁が確定申告時に控訴人の交換特例制度利用に係る選択権行使の結果を知っていなければならない理由はない旨、②課税庁は納税者からの確定申告書類提出時に交換特例の明細の記載があるかどうかを積極的に確認して、制度利用意思の有無を確知すべき義務を負っているのに、担当者丁は確定申告後であるとの理由で控訴人からの追加書類の受領を拒んでおり違法である旨主張する。
しかし、交換特例の適用を受けるかどうかは納税者の選択に委ねられ、納税者がその適用を受けようとする場合には、同条１項に規定する減額した金額に相当する金額の損金算入に関する明細を確定申告書に記載して法人税の額等を申告すべきなのであり、他方で、課税庁は、交換特例明細書による記載の有無に基づいて、納税者が交換特例の適用を受けることを選択したかどうか、選択している場合には記載された圧縮限度額の計算が適正に行われているか等を確知して確定申告書に係る法人税額が適正であるかを判断することになるのであり、単に課税庁における確定申告書受領後の処理を円滑にするために同条３項が設けられたわけではないから、①の控訴人の主張（確定申告時に課税庁が交換特例制度利用に係る選択権行使の結果を知っていなければならない理由はない。）、あるいは②の控訴人の主張（課税庁が交換特例制度利用の意思の有無を積極的に確認すべき義務がある。）は独自の見解であって採用できないし、控訴人が交換特例明細書を添付することを失念していたことは、原判決１３頁の３のとおり、「やむを得ない事情」には当たらないから、控訴人のこれらの点についての主張は採用できない。
(3) 平等原則違反（前記第２の３(3)）について
控訴人は、税理士に対するアンケート結果（甲２０、２１）によれば、確定申告書提出時に別表の添付もれ、記載もれ等の不備があっても、後日、書類の再提出等により補完されたことがあるとされているし、税務署勤務経験のある税理士によると、別表１３については、決算書において圧縮損として「損金経理」されていることの要件等を満たしていれば、実務上、当該別表を後日提出させることにより適用を認めていたのであり、本件更正処分等は平等原則違反である旨主張する。
しかし、控訴人が提出するアンケート結果（甲２０、２１）は、作成者がマスキングされており、十分な信用性を有するとはいえない上、「損金経理」されていることの要件を満たしていれば、当該別表を後日提出させることで適用を認めていたとのアンケートの回答（甲２０の９７番）については、本件確定申告書では勘定科目（土地）の明細に本件取得資産の取得価格を０円とする記載があるのみで、交換特例の適用を前提として法令が要求する損金経理もされていないから、上記回答の事例とも異なり、平等原則違反があるとの控訴人の主張は採用できない。
(4) 信義則違反（前記第２の３(4)）について
控訴人は、課税庁では別表の添付もれ、記載もれという形式的不備であれば補完等により更正処分まではしないという運用が一般的であったし、丁が交換特例明細書がない旨の指摘を行った後は実態調査のみが行われて数か月が経過しており、本件更正処分等は信義則に反して違法である旨主張する。
しかし、前記説示のとおり、課税庁において、別表の添付もれ、記載もれという形式的不備について更正処分までしないという運用が一般的であったとは認められないし、丁が交換特例明細書がない旨の指摘を行った後に実態調査が行われて数か月が経過したことが本件更正処分等の信義則違反に直ちにつながるとはいえないから、控訴人のこの点についての主張は採用できない。
第４ 結論
以上によれば、控訴人の請求は理由がないから棄却すべきところ、これと同旨の原判決は相当であるから、本件控訴を棄却することとして、主文のとおり判決する。
名古屋高等裁判所民事第１部
裁判長裁判官 岡光民雄
裁判官 片田信宏
裁判官 河村隆司
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2011/pdf/11716.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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