税務訴訟資料第２６１号－１０５（順号１１６９５）
新潟地方裁判所平成●●年（○○）第●●号国家損害賠償請求事件
国側当事者・国
平成２３年６月２日棄却・控訴
判決
原告甲
被告国
同代表者法務大臣江田五月
同指定代理人別紙代理人目録記載のとおり
主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
被告は、原告に対し、１４万９５００円を支払え。
第２ 事案の概要
１ 本件は、原告が、消費税法基本通達１－４－５（以下「本件通達」という。）は消費税法の規定に違反する不法な通達であり、国税庁長官の本件通達の制定及び原告の納税義務判定に本件通達を適用した税務署長の行為が違法であるなどと主張し、係る違法行為により、本来納付すべきでなかった平成１９年課税期間の消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）相当額１４万９５００円の損害を被ったとして、被告に対し、国家賠償法１条１項に基づき、同損害額相当の支払を求める事案である。
２ 前提となる事実
本件訴訟の争点について判断するに当たり前提となる事実は、以下のとおりであって、当事者間に争いがないか、弁論の全趣旨によって認めることができ、この認定を妨げる証拠はない。
(1) 本件通達は「基準期間である課税期間において免税事業者であった事業者が、当該基準期間である課税期間中に国内において行った課税資産の譲渡等については消費税等が課されていない。したがって、その事業者の基準期間における課税売上高の算定に当たっては、免税事業者であった基準期間である課税期間中に当該事業者が国内において行った課税資産の譲渡等に伴って収受し、又は収受すべき金銭等の全額が当該事業者のその基準期間における課税売上高となることに留意する。」と定めている。
(2) 原告は、給与の支払を受ける会社員であり、かつ、農業を営む者である。
(3)ア原告は、平成２０年３月１７日、新発田税務署長に平成１９年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間（以下「平成１９年課税期間」といい、以下、他の課税期間についても同様の例による。）の消費税等の確定申告書を提出した。当該申告に係る消費税等１４万９５００円は、平成２０年４月２４日に振替納税により納付された。
イ 原告の営む農業に係る事業所得に関し、平成１７年課税期間の申告状況及び平成１５年課税期間の申告状況は、それぞれ次のとおりである。
(ア) 原告は、平成１６年３月１４日、新発田税務署長に、平成１７年分の所得税につき、農業に係る事業所得の収入金額を１０３４万６６２３円とする確定申告書を提出した。
(イ) 原告は、税務署長に平成１５年分の所得税の確定申告書を提出していないが、同年分に対応する原告の平成１６年度分市町村民税・道府県民税申告書の農業に係る事業所得の収入金額欄（順号イ）には、９０７万４７９８円との記載がある。
なお、原告は、平成１７年課税期間及び平成１９年課税期間のいずれの課税期間についても、消費税法９条１項に定める納税義務の免除の適用を受けない旨を記載した届出書（課税事業者選択届出書）を提出していない。
(4)ア原告は、平成２０年１１月２５日、新発田税務署長に対し、平成１７年課税期間における課税売上高が１０００万円以下であるとして、平成１９年課税期間に係る消費税等の更正請求をした。
新発田税務署長は、上記更正請求につき、平成２１年２月１８日付けで、原告の平成１９年課税期間の基準期間である平成１７年課税期間の課税売上高が１０００万円を超えており、原告が平成１９年課税期間において課税事業者に該当するとして、更正すべき理由がない旨の通知（以下、同通知に係る処分を「本件通知処分」という。）をした。
イ 原告は、平成２１年３月１１日、新発田税務署長に対し、本件通知処分に対する異議申立てを行った。
異議審理庁である新発田税務署長は、平成２１年６月１日付けで、本件通知処分と同旨の理由で原告の異議申立てを棄却する決定（以下「本件異議決定」といい、本件通知処分と併せて「本件異議決定等」という。）をした。
３ 本件訴訟の争点
本件の争点は、本件通達の制定及び本件通達を前提とした本件異議決定等が国家賠償法上違法となるか否か、その前提として、本件通達が消費税法の規定に反する違法なものであるか否かであるが、この点についての当事者の主張は、要旨、以下のとおりである。
（原告）
消費税の課税期間に係る基準期間において免税事業者であった者につき、当該課税期間に免税事業者に該当するか否かを判定する場合に、基準期間における課税売上高の算定に当たっては、課税資産の譲渡等の対価から消費税額を控除すべきである。
上記控除を否定した本件通達は消費税法に違反するもので、その制定は違法であり、不法な通達による内部規範を納税義務の判定に適用することも違法である。
原告の平成１７年課税期間における農業による課税資産の譲渡等の対価から消費税等相当額（５パーセント分）を控除すると、基準期間における課税売上高が１０００万円以下となるから、本件異議決定等には違法があり、これにより、原告は賦課された消費税相当額１４万９５００円の損害を被った。
よって、原告は、国家賠償法１条１項に基づき、被告に対し、上記損害金１４万９５００円の支払を求める。
（被告）
事業者が、消費税法９条１項に該当するとして、課税期間に係る基準期間において課税資産の譲渡等について消費税を納める義務を免除された場合に、同法９条２項、２８条１項を適用して当該基準期間における課税売上高を算定するに当たっては、免除される消費税相当額を控除することなく、課税資産の譲渡等の対価の額を算定すべきであり、本件通達は消費税法の規定に違反しない。
本件通達を前提とすると、原告の平成１９年課税期間の基準期間である平成１７年課税期間における課税売上高は１０００万円を超えていることから、原告は平成１９年課税期間において課税事業者となる。新発田税務署長の本件異議決定等は、消費税法９条及び２８条の規定の正当な解釈に基づいて適法にされたものである。
なお、仮に、本件通達が消費税法の解釈として不当なものであっても、新発田税務署長の本件異議決定等及び国税庁長官の通達制定に関する職務行為は国家賠償法上違法とはならない。
第３ 当裁判所の判断
１ 事業者が、消費税法９条１項に該当するとして、課税期間に係る基準期間において課税資産の譲渡等につき消費税を納める義務を免除された場合に、同法９条２項、２８条１項を適用して当該基準期間における課税売上高を算定するに当たっては、免除される消費税相当額を控除することなく、課税資産の譲渡等の対価の額を算定すべきであり（最高裁平成１７年２月１日第三小法廷判決・民集５９巻２号２４５頁参照）、これと同旨の本件通達は消費税法の規定に違反するものとは認められない。原告は上記解釈を種々論難するが、いずれも独自の見解であって採用の限りではない（なお、原告は、本件通達が法律の改正を伴わない解釈の変更である旨の主張もするが、課税庁が本件通達の前後で本件の争点に係る解釈を変更したと認めるに足りる証拠はない。）。
２ 同見解を前提に本件を見るに、原告の平成１５年課税期間における農業に係る事業所得の収入金額は９０７万４７９８円であるところ（乙５）、当該金額は、原告の同期間の課税資産の譲渡等の対価の額と認められることから、原告の同期間の課税売上高は９０７万４７９８円となり、１０００万円以下である。また、原告は、平成１７年課税期間において、課税事業者選択届出書を提出していないことから、原告は平成１５年課税期間を基準期間とする平成１７年課税期間において免税事業者となる。次に、原告の平成１７年課税期間における農業に係る事業所得の収入金額は１０３４万６６２３円であるところ（乙４）、原告は同期間において免税事業者であることから、原告の同期間の課税売上高を算定するに当たり、当該金額から消費税相当額を控除することはできず、当該金額の全額が同期間の課税資産の譲渡等の対価の額となる。したがって、原告の平成１９年課税期間の基準期間である平成１７年課税期間における課税売上高は１０３４万６６２３円となり、１０００万円を超えていることから、原告は、平成１９年課税期間において課税事業者となる。これと同旨の見解に立つ新発田税務署長の本件異議決定等が違法とは認められない。
３ よって、その余の点ついて判断するまでもなく、原告の請求は理由がないから棄却することとし、主文のとおり判決する。
新潟地方裁判所第一民事部
裁判官 五十嵐浩介
（別紙）
代理人目録
被告指定代理人折原崇文
同西田昭夫
同宮代智雅
同田中均弥
同角屋順一
同関弘規
同森謙
同三浦三津留
同山﨑康裕
同櫻井保晴
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2011/pdf/11695.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。