税務訴訟資料第２６１号－１２５（順号１１７１５）
東京高等裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消等請求控訴事件
国側当事者・国（太田税務署長）
平成２３年７月１９日棄却・上告
（第一審・東京地方裁判所、平成●●年（○○）第●●号、平成２２年８月２６日判決、本資料２６０号－１４０・順号１１４９６）
判決
控訴人有限会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士赤井文彌
同笹浪恒弘
同横田高人
同齊藤貴一
同深瀬仁志
被控訴人国
同代表者法務大臣江田五月
処分行政庁太田税務署長
高野克則
被控訴人指定代理人右田直也
同馬田茂喜
同森本利佳
同岡田豊
同菊池豊
上記当事者間の法人税更正処分取消等請求控訴事件について、当裁判所は、次のとおり判決する。主文
１ 本件控訴を棄却する。
２ 控訴費用は、控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１ 当事者の求めた裁判
１ 控訴人
(1) 原判決を取り消す。
(2) 太田税務署長が平成１８年１１月２８日付けで控訴人に対してした、①控訴人の平成１５年７月１日から平成１６年６月３０日までの事業年度の法人税の更正のうち所得金額－６６１４万９６５３円、納付すべき税額１１２２万８４００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定及び重加算税賦課決定、②控訴人の平成１６年７月１日から平成１７年６月３０日までの事業年度の法人税の更正のうち所得金額０円、納付すべき税額－３万５１４８円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定及び重加算税賦課決定をいずれも取り消す。
２ 被控訴人
主文第１項と同旨
第２ 事案の概要
１ 本件は、農業生産法人である控訴人が、被控訴人に対し、「控訴人の平成１５年７月１日から平成１６年６月３０日までの事業年度（以下「平成１６年６月期」という。）及び平成１６年７月１日から平成１７年６月３０日までの事業年度（以下「平成１７年６月期」という。）の各法人税につき、控訴人は、租税特別措置法（以下「措置法」という。）６７条の３（平成１６年６月期については平成１７年法律第２１号による改正前のもの、平成１７年６月期については平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）第１項の農業生産法人の肉用牛の売却に係る所得の課税の特例の定め（以下「本件特例」という。）が適用されるとして、肉用牛の売却による利益の額に相当する金額を損金の額に算入して確定申告をした。ところが、太田税務署長は、上記確定申告書の提出に当たり当該売却が同項各号に掲げる売却の方法により行われたこと及びその売却価額その他租税特別措置法施行規則（以下「措置法規則」という。）２２条の１６（平成２０年財務省令第３０号による改正前のもの。以下同じ。）で定める事項を証する書類（以下「肉用牛売却証明書類」という。）が添付されていなかったため、本件特例を適用することができないこと、また、上記の売却の一部に措置法６７条の３第１項１号に規定する「市場において行う売却」の方法によったものであるかのように仮装したものがあることを理由に、各更正（以下「本件各更正」という。）並びに各過少申告加算税賦課決定（以下「本件各過少申告加算税賦課決定」という。）及び各重加算税賦課決定（以下「本件各重加算税賦課決定」といい、本件各過少申告加算税賦課決定と併せて「本件各賦課決定」という。）をした。しかし、控訴人が保管していた売買仕切書及び社団法人Ｙ協会発行の個体登録通知書（以下「売買仕切書等」という。）により措置法６７条の３第１項の定める実体的要件を確認することが可能な状態であったのであり、また、太田税務署の職員において、約２５年の長期にわたり、措置法６７条の３第３項書面の添付をしなくても本件特例の適用を認める旨の積極的な指導をしていたのであるから、措置法６７条の３第３項の適用又は類推適用によって、本件特例が認められるべきであり、措置法６７条の３第４項の「やむを得ない事情」があるので本件特例の適用が認められるべきである。また、本件各更正及び本件各賦課決定（以下「本件各処分」という。）は信義則に反する。」として、本件各処分の取消しを求めた事案である。
原判決は、控訴人の請求をいずれも棄却したので、控訴人が不服を申し立てたものである。
２ 関係法令の定め、前提事実、本件各処分の根拠等、争点及び争点についての当事者の主張の要旨は、控訴人の当審における主張を次のとおり付加するほか、原判決の「事実及び理由」欄の「第
２ 事案の概要」の１から５まで（原判決３頁４行目から同３９頁２６行目まで）のとおりであるから、これを引用する。
（控訴人の当審における主張）
(1) 措置法６７条の３第３項の書面の不添付に係る事実の誤認
原判決は、太田税務署の調査官が、長期にわたって、繰り返し措置法６７条の３第３項の書面を添付するよう指導してきたのに、控訴人がこれを無視し続けたと認定したが、事実の誤認である。
すなわち、太田税務署の調査官が、約２５年の長年にわたり、繰り返し、措置法６７条の３第３項の書面を添付するよう指導してきたのに、控訴人はこれに従わなかったにもかかわらず、太田税務署が本件特例の適用を認め続けたということは、課税当局の対応としてあり得ないことである。そして、控訴人の顧問税理士であった丙税理士（以下「丙税理士」という。）が、太田税務署の調査官から繰り返し上記のような指導を受けていたにもかかわらず、あえてこれに従わず、太田税務署長から更正決定を受けるリスクを負いながら、措置法６７条の３第３項の書面を添付しないまま毎事業年度の確定申告を続けていたというのは、経済合理性に反する、およそ考えられない不自然な対応というほかない。
太田税務署の調査官が上記のような指導をしていた事実はなく、かえって措置法６７条の３第３項の書面の添付が不要であるとの公的見解に基づく指導をしていたのである。
原判決は、平成１４年調査に関し、Ｈ調査官の供述に依拠して事実認定を行っているが、上記供述は信用性がない。すなわち、Ｈ調査官は、証人尋問において、平成１４年６月期の確定申告書に措置法６７条の３第３項の書面の添付がなかったことを確認したが、これを理由に更正しても最終的な税額に影響しないことから、太田税務署の統括国税調査官と協議した結果、肉用牛売却証明書類の添付がないことを理由に更正せず、本件特例の適用に関しては指導するにとどめ、平成１４年１２月上旬頃、本件特例の適用を受けるには確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付する必要がある旨を指摘し、その旨記載した書面（乙４０の別添２）を作成したなどと供述しているが、本件特例の適用につき更正決定が行われると税額に影響が生じるのであって（本件特例の適用を否認した場合には、法人税額は、申告書記載の「０」ではなく、「３，９１６，１００」となる。）、被控訴人が乙４０の別添２が綴られている税務調査記録の原本を提出しないことをも考慮すると、Ｈ調査官の上記供述は信用できない。
また、平成１８年調査の際、太田税務署のＧ調査官は、これまで売却に関する証明書の保管を理由として本件特例の適用を認めてきた旨発言し、平成１８年６月３０日、控訴人が売買仕切書等を提出したのを了承していたのである。
そして、平成９年以前の合併前のＢに対する税務調査の際も、丙税理士は、本件特例の適用に関し、措置法６７条の３第３項の書面の添付が求められていることを認識しつつ、確定申告書を提出していたが、太田税務署から上記書面の不添付につき修正を求められた形跡はない。
以上のとおり、太田税務署の調査官が繰り返し上記書面の添付を指導していたなどということはなく、かえって上記書面の添付が不要であるとの指導をしていたことが明らかである。
(2) 措置法６７条の３第３項の適用ないし類推適用
最高裁平成２１年７月１０日第二小法廷判決（民集６３巻６号１０９２頁）は、手続要件を杓子定規に解釈するのではなく、形式的には手続規定に合致しない点があったとしても、当該手続規定の趣旨に反することがないのであれば、実体的要件が具備されている以上、制度の趣旨に沿った柔軟な解釈を行うべきであるとしているのであって、これは租税法規に関する一般的な解釈の指針を示すものである。上記最高裁判決の考え方からすると、措置法６７条の３第３項の趣旨は、免税対象飼育牛の売却による利益の額の損金算入制度の適用を受けるか否か、適用を受ける範囲の選択について、後になってこれを覆し追加的に拡張することを許さないという点にあるから、実体的要件が具備され、これを確認するための書類も備え、申告書の記載も正しくされていれば、措置法６７条の３第３項に定める書面の添付を欠いたのは課税当局のこれを不要とする長年にわたる指導による（少なくとも書面添付のない申告をそのことを承知しながらそのまま是認し続けた。）という特殊事情に基づくものであったから、措置法６７条の３第３項に違反することはなく、同項を適用ないし類推適用して本件特例の適用を認めるべきである。
(3) 措置法６７条の３第４項の「やむを得ない事情」
措置法６７条の３第４項の趣旨は、同条の３第３項の書面の不添付等について、やむを得ない事情があり、その後証明書を追加提出することができたというような場合に、あまりに形式的かつ厳格に本件特例の適用の扱いをすることによって生じる不平等を避けることにあるから、措置法６７条の３第１項の実体的要件を充足し、かつ、上記書面の不添付につき、農業生産法人の責めに帰すべき事由がない場合には、広く措置法６７条の３第４項の適用を認めるのがその趣旨に沿うのであって、災害等の客観的事情に限定すべきではない。本件において、控訴人は、太田税務署の職員から、上記書面を添付しなくても、売買仕切書等の本件特例の実体的要件を証明する資料を保管していれば、措置法６７条の３第１項の適用を認める旨指導され、かつ約２５年にわたって、本件特例の適用が認められていたのであって、控訴人が、本件各事業年度において上記指導を信頼して、確定申告書に措置法６７条の３第３項の書面を添付せず、売買仕切書等を保管していたことからすれば、上記書面の不添付について、控訴人の責めに帰すべき事由はなく、措置法６７条の３第４項の「やむを得ない事情」が認められるべきである。
(4) 本件各処分の信義則違反
前記のとおり、①太田税務署の調査官は、措置法６７条の３第３項の書面の添付がなくても、売買仕切書等を保管しておけば、本件特例を認めるとの公的見解を持っており（上記の公的見解を持っていたことが認められないとしても、上記書面の添付がなかったとしても、本件特例の適用を認めるとの公的見解を持っていた。）、②太田税務署の職員が職務執行として、平成９年調査及び平成１４年調査において、公的見解の表示たり得る指導を行い、③控訴人は、上記②の指導を信頼した結果として、本件各事業年度の確定申告書に上記書面を添付しなかったのであるから、控訴人の責めに帰すべき事由はなく、課税処分に係る課税を免れさせて納税者の信頼を保護しなければ正義に反するといえるような特別な事情があるというべきであるから、本件各処分は信義則に反する。
(5) 国税通則法６５条４項の「正当な理由」
上記のとおり、控訴人は、太田税務署の措置法６７条の３第３項の書面を添付しなくても本件特例を認める旨の指導に従っていたのであり、本件特例の実体的要件を満たし、また、措置法６７条の３第３項の趣旨に反することもなかったのであるから、控訴人が、本件各事業年度において、本件各申告書に措置法６７条の３第３項の書面を添付せず、控訴人の本件各取引による利益の額に相当する金額について本件特例を適用して本件各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入したことに関して、国税通則法６５条４項の「正当な理由」が認められる。
(6) 本件各重加算税賦課決定の適法性
原判決は、本件特例の適用に係る要件に該当する事実の一部を仮装し、その仮装したところに基づき本件各申告書を提出したものと認めるのが相当であるとしたが、仮装行為は具体的に特定されておらず、控訴人には、重加算税の賦課要件である「仮装」、「仮装の故意」、「過少申告の意図」が認められない。
埼玉県農林部経済流通課卸売市場担当によると、措置法６７条の３第１項にいう「市場において行う売却の方法」に該当するか否かについて判断するに当たって、「市場取引としての相対取引」該当性の具体的要件は、①伝票が市場を通っており、②委託手数料が市場に支払われていることの２要件で足りるから、控訴人が、真実は「市場において行う売却」の方法に該当しないと認識していたことはないのである。
第３ 当裁判所の判断
１ 当裁判所も、控訴人が提出した本件各事業年度の法人税の確定申告書（本件各申告書）には措置法６７条の３第３項の書面（肉用牛売却証明書類）が添付されていないから、措置法６７条の３第１項は適用されず、措置法６７条の３第４項の「やむを得ない事情」も認められないのであって、本件各処分につき信義則に反するような事情はなく、国税通則法６５条第４項の「正当な理由」も認められないから、本件各処分は適法であり、控訴人の本件各請求はいずれも理由がないものと判断する。その理由は、後記２のとおり、原判決を補正し、また、後記３のとおり、控訴人の当審における主張に対する判断を付加するほかは、原判決の「事実及び理由」欄の「第３当裁判所の判断」の１から８まで（原判決４０頁２行目から同７５頁２２行目まで）の理由説示と同一であるからこれを引用する。
２ 原判決の補正
(1) 原判決４１頁４行目の「丙税理士」の次に「（●年●月●日生）」と加え、同４２頁６行目の「丁調査官は、」から同頁２２行目の「提出を受けた。」までを「丁調査官は、Ｂの平成８年７月１日から平成９年６月３０日までの事業年度（平成９年６月期）について、本件特例の適用以外の指摘事項につき確定申告に係る内容の修正を求め、修正申告書の下書きとして「別表
４ 所得の金額の計算に関する明細書」等の用紙に書き込みをしたもの（甲１３）を控訴人に送付し、Ｂから上記修正の要請に従った修正申告書の提出を受けた。」と、同頁２４行目の「原告は、」から同４４頁１３行目の「直ちに採用することはできない。」までを「控訴人は、丁調査官が、Ｂの代表取締役であった戊に対し、確定申告書に肉用牛売却証明書類の添付がないことにつき何らの指摘もせず、むしろ１００万円以上の肉用牛の売却による利益は損金に算入されないので注意してくださいと指摘したにすぎない上、丙税理士に対し、本件特例が適用されることを前提とする修正明細書を送付しており、このような指摘等は、措置法６７条の３第３項の書面（肉用牛売却証明書類）の添付が不要であるとの見解に立って、本件特例の適用につき上記書面の添付を不要とする指導を行っていたのである旨主張し、戊の陳述書（甲１０、１７）及び証言（以下「戊の供述等」という。）中にはこれに沿う陳述又は供述部分がある。これに対し、被控訴人は、平成９年調査において、丁調査官は、丙税理士に対し、本件特例の適用には確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付することが必要である旨を指摘したが、丙税理士において、肉用牛売却証明書類を添付していなくても、税務署職員が控訴人の事務所に来て売上関係の書類を確認すれば分かるはずだとの独自の見解を述べ、上記の指摘に従おうとしなかったが、当時、同社に対する買収話が出ており、同社が近々消滅するとの状況もあったから、上記書面の添付については指導にとどめた旨主張し、丁調査官の陳述書（乙１８、２９、３０）及び証言（以下「丁調査官の供述等」という。）にはこれに沿う陳述又は供述部分がある。しかし、丁調査官の供述等によると、丙税理士は、丁調査官から、措置法６７条の３第３項の書面を添付するよう指導を受けたにもかかわらず、あえてこれに従わず、太田税務署長から更正決定を受けるリスクを負いながら、長期にわたって、上記書面を添付しないまま毎事業年度の確定申告を続けていたことになるのであって、このような対応は不自然というほかなく、他に丁調査官が上記指導をしたことを認めるに足りる客観的証拠もないから、丁調査官が上記指導をしたことまでは認められない。このように、昭和５９年以降、Ｂが提出した確定申告書には措置法６７条の３第３項の書面が添付されていなかったものの、太田税務署が、丙税理士に対し、上記書面が添付されない限り本件特例の適用は認められないとする対応をしないまま推移していたのであるが、措置法上、本件特例の適用を受けるためには、上記書面が添付される必要があるのであって、太田税務署の調査官において、控訴人に対し、上記書面を添付するよう積極的に指導することはなかったものの、控訴人が主張するように、平成９年調査の際、丁調査官が、上記書面の添付が不要であるとの公的見解に立って、控訴人に対し、上記書面の添付が不要である旨の指導をしていたとは認め難い。」とそれぞれ改める。
(2) 原判決４５頁３行目の「その後、」から同頁１３行目の「前回調査官の記録に綴った。」までを削除し、同頁１５行目の「原告は、」から同４６頁１８行目の「直ちに採用することはできない。」までを「控訴人は、前回調査の担当調査官が、本件特例の適用を受けるに当たり、肉用牛売却証明書類の添付を不要とする旨の指導をしていたのであり、控訴人のＦに対し、肉用牛売却証明書類を添付しなければならない旨等を指摘したことはない旨主張し、Ｆの陳述書（甲６）及び戊の供述等にはこれに沿う陳述又は供述部分がある。これに対し、被控訴人は、前回調査において、Ｈ調査官は、平成１４年１０月、控訴人事務所に臨場した際、肉用牛売却証明書類を添付すべきかどうかについては述べず、それ以外の持ち帰り事項の指摘をするにとどめたが、その後、肉用牛売却証明書類の添付が要件であることを把握し、控訴人がこれを添付していないことを確認したが、上司と相談の上、更正までせずに指導にとどめることとし、同年１２月に再臨場した際、Ｆらに対し、他の指摘事項の指摘と共に、本件特例の適用には確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付しなければならないと指摘した旨主張し、Ｈ調査官の陳述書（乙１５、４０）及び証言（以下「Ｈ調査官の供述等」という。）にはこれに沿う陳述又は供述部分がある。しかし、前記の丁調査官の供述等と同様、丙税理士が、措置法６７条の３第３項の書面を添付するよう指導を受けていたのにこれにあえて従わず、長期にわたって、上記書面を添付しないまま確定申告を続けていたというのは不自然な成り行きである。Ｈ作成に係る陳述書（乙４０）には、「調査指摘事項」として「特別控除の適用のためには、売却の証明書を申告書に添付しなければならない。」等と記載された別添２の書面（以下「別添２の書面」という。）があり、別添２の書面はＨ調査官が平成１４年１２月に控訴人の事務所に臨場し、Ｆに上記の指摘をした後に作成し、前回調査の記録に綴っていたものである旨の陳述記載があるが、上記調査記録の原本は提出されておらず、別添２の書面の作成経緯及び税務調査記録上の位置付け等が明らかでなく、上記指摘事項に係るその後の対応及び引継ぎがどのようになされたかも判然としない。そして、証拠（甲１６）によれば、Ｆが作成した「税務調査結果」と題する書面（甲１６）には、平成１４年１０月７日及び８日、太田税務署の調査官が控訴人事務所に臨場した際に指摘を受けた事項が記載されているが、この書面中には本件特例の適用を受けるには確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付しなければならない旨の指摘を受けたとの記載はされていないことが認められ、Ｆは、平成１４年の税務調査の際にＨ調査官から肉用牛売却証明書類の添付がないことを指摘されたことはない旨陳述している（甲３０）のであって、別添２の書面によっても、太田税務署の調査官が、前回調査の際に措置法６７条の３第３項の書面を添付するよう指導していたとは認め難い。したがって、前回調査の際にＨ調査官が措置法６７条の３第３項の書面を添付するよう指導したとは認められないというべきであるが、平成９年調査の際と同様、平成１４年調査の際、太田税務署の調査官が、措置法６７条の３第３項の書面の添付が不要であるとの公的見解に立って、控訴人に対し、上記書面の添付が不要である旨の指導をしていたと認めることもできない。」と改める。
(3) 原判決４７頁６行目の「把握しており、」から同頁９行目の「認識していた。」までを「把握していた。」と改め、同頁１３行目の「代表者及び」の次に「平成１５年に死亡した丙税理士の後に控訴人の顧問税理士となった」と加え、同頁１５行目の「探し、」を「探して、」と、同頁２１行目の「Ｇ調査官は、」から同頁２４行目の「確認した。」までを「Ｇ調査官は、Ｈ調査官からは前回調査について、丁調査官からは平成９年調査について、それぞれ調査した際の状況等を確認した。」とそれぞれ改め、同５１頁１０行目の「前記に述べたとおり、」から同頁１５行目の「いえない。」までを削除する。
(4) 原判決６２頁１行目から同頁２行目にかけての「平成９年調査、」から同頁７行目の「いわざるを得ない。」までを「平成９年調査及び前回調査の各担当調査官は、控訴人又は控訴人と合併する前のＢに対して、本件特例の適用を受けるには確定申告書に肉用牛売却証明書類が添付されていることが必要であることを明確に指導していたとは認め難いものの、措置法が明文をもって定めるところとは異なって、控訴人が主張するような肉用牛売却証明書類を添付せずとも売買仕切書等を保管しているのであれば本件特例の適用を認める旨の指導をし、また、本件特例の適用を受けるには肉用牛売却証明書類の添付が不要である旨の積極的な指導をしてきたとは認められず、上記の控訴人の主張は失当というべきである。」と改める。
(5) 原判決６４頁２行目の「そして、」から同頁１０行目の「うかがわれるところである。」まで、同頁１１行目の「原告が」から同頁１２行目の「かえって、」まで、同頁６５頁８行目の「また、」から同頁１９行目の「ことができない。」までを削除する。
(6) 原判決６６頁２１行目の「認めることはできない。」を「認めることはできず、また、Ｂ及び控訴人が肉用牛売却証明書類の添付をしないで確定申告をしてきたことに対し、太田税務署において、本件特例の適用を否定し更正処分を行ってこなかったことをもって、太田税務署が控訴人に対し本件特例を適用するには肉用牛売却証明書類の添付が不要であるとの公的見解を有していたということもできない。」に改め、同頁２２行目の「また、」を削除し、６７頁１５行目の「さらに、」から同頁２４行目の「とはいえない。」までを削除する。
(7) 原判決６８頁２３行目から同頁２４行目にかけての「かえって、」から同頁２６行目の「であるから、」までを削除し、同６９頁３行目の「太田税務署の調査官は」から同頁５行目の「ことからすれば、」までを削除し、同頁１０行目の「認めることはできない。」の後に「また、太田税務署において、長年にわたってＢ及び控訴人の確定申告に対して本件特例の適用を否定し更正処分を行ってこなかったという事情も、控訴人が、本件各申告書に肉用牛売却証明書類を添付しなかったことについて国税通則法６５条４項に定める「正当な理由」があることを裏付けるものということはできない。」を加える。
３ 控訴人の当審における主張に対する判断
控訴人は、前記第２の２の「（控訴人の当審における主張）」欄記載のとおり主張するが、次のとおり、いずれも理由がない。
(1) まず、控訴人は、前記第２の２の「（控訴人の当審における主張）」欄記載(1)のとおり、太田税務署の調査官が、措置法６７条の３第３項の書面の添付が不要であると指導していた旨主張するところ、前記２のとおり、太田税務署の調査官が、平成９年調査及び前回調査の際、丙税理士及び控訴人に対して、繰り返し措置法６７条の３第３項の書面を添付するよう指導してきたのに、丙税理士又は控訴人がこれを無視し続けていたという事実は認め難いが、控訴人が主張するように、太田税務署の調査官が、公的見解に基づいて、本件特例の適用を受けるには措置法６７条の３第３項の書面（肉用牛売却証明書類）の添付が不要であると指導していたとは認められないから、控訴人の上記主張は失当である。
(2) 次に、控訴人は、前記第２の２の「（控訴人の当審における主張）」欄記載(2)のとおり、最高裁平成２１年７月１０日第二小法廷判決の趣旨からすると、本件においては措置法６７条の３第３項の適用ないし類推適用がされるべきである旨主張する。
しかしながら、上記の最高裁判決は、法人税の確定申告において、法人税法（平成１５年法律第８号による改正前のもの）６８条１項に基づき配当等に係る所得税額を控除するに当たり、計算を誤ったために控除を受けるべき金額を過少に記載したとしてされた更正の請求につき、同一課税主体による二重課税の排除を趣旨とする上記の所得税額控除制度について、その適用を受ける方式の要件は満たしているものの、計算の誤りにより控除額を過少に記載したという事実関係の下で、上記請求が同条３項の趣旨に反するということはできず、国税通則法２３条１項１号所定の要件を満たすものと判断しているのであって、原判決も指摘するとおり、本件と事案が異なるものであって、上記最高裁判決の趣旨からすると、本件につき、措置法６７条の３第３項の書面が添付されていなくても、本件特例の適用を認められるべきものであるということはできない。
(3) 次に、控訴人は、前記第２の２の「（控訴人の当審における主張）」欄記載(3)、(4)、(5)のとおり、太田税務署の職員から、措置法６７条の３第３項の書面を添付しなくても、売買仕切書等を保管しておけば本件特例の適用を認める旨指導され、長期間にわたって本件特例の適用が認められてきたこと等の事情からすると、上記書面を添付しなかったことについて、控訴人には責めに帰すべき事由がなく、措置法６７条の３第４項の「やむを得ない事情」が認められるべきである旨、また、上記事情の下においては、本件各処分は信義則に反する旨、そして、本件各取引による利益の額に相当する金額について本件特例を適用して本件各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入することにつき、国税通則法６５条４項の「正当な理由」が認められるべきである旨それぞれ主張する。
しかしながら、前記のとおり、太田税務署の職員が、上記書面を添付しなくても、売買仕切書等を保管しておけば本件特例の適用を認める旨指導していたという事実は認められないから、控訴人の上記各主張はいずれも理由がない。
本件特例の適用が認められるためには措置法６７条の３第３項の書面の添付が必要であるのに、従前、太田税務署の調査官は、丙税理士及び控訴人に対し、上記の措置法の趣旨に従った明確な指導をせず、Ｂ及び控訴人が肉用牛売却証明書類の添付をしないで確定申告をしてきたことに対し、太田税務署において、本件特例の適用を否定し更正処分を行ってこなかった状態が長年にわたって継続していたことが認められる。しかしながら、前記のとおり、太田税務署の調査官が、措置法６７条の３第３項の書面の添付が不要であるとの公的見解に立って、控訴人に対して上記書面の添付が不要である旨指導していたとは認められないし、本件特例が、農業生産法人に対して特別に講じられた税制上の優遇措置であり、その適用を受けるには確定申告書等に肉用牛売却証明書類等を添付することを要件としており、その添付がない場合には、措置法６７条の３第１項を適用することはできず、同条４項の適用が問題となるにすぎない。これが法の建前であり、租税負担の公平という観点からすると、措置法６７条の３第３項の適用に当たっては、その要件は厳格であるべきものである。かかる措置法の趣旨からすると、平成１８年に至り、Ｇ調査官が、肉用牛の生産者がＤの発行に係る白地の肉用牛売却証明書類である売却証明書に金額等を記載する方法等により不正に本件特例の適用を受けている旨の情報を得たのを機に、控訴人に対し、措置法６７条の３第３項の書面の添付を求めたのは当然の措置であって、被控訴人が、本件各事業年度の法人税につき、その確定申告書の提出に当たり措置法６７条の３第３項の書面（肉用牛売却証明書類）が添付されていなかったため、本件特例を適用することができないこと等を理由に本件各処分をしたのを不当とするいわれはない。
控訴人が売買仕切書等を保管していたとしても、これをもって所定の証明書類が保管されていたものと同視することはできないし、前記認定の事実関係によれば、控訴人に責めに帰すべき事由がないとか、措置法６７条の３第４項にいう「やむを得ない事情」があるということもできないし、本件各処分が信義則違反により違法であるとも、控訴人に措置法６７条４項の「正当な理由」があるということもできない。
(4) 控訴人は、前記第２の２の「（控訴人の当審における主張）」欄記載(6)のとおり、「市場取引としての相対取引」に該当するというためには、①伝票が市場を通っており、②委託手数料が市場に支払われていることで足りるから、本件各取引のうち本件Ｃ取引につき、控訴人が措置法６７の３第１項所定の「市場において行う売却」を仮装したということはできず、本件各重加算税賦課決定は不適法である旨主張する。
しかし、国税通則法６８条１項による重加算税を課すべき事実の仮装行為とは、納税者が故意に課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を仮装し、その仮装の行為を原因として過少申告の結果が発生したものであれば足り、上記の「事実の仮装」とは、存在しない課税要件事実を存在するように見せかけることをいうのであり、本件特例については、農業生産法人が飼育した肉用牛の売却が措置法６７条の３第１項１号に規定する「市場において行う売却」の方法によるものではないにもかかわらず、そのようなものであるかのように装った場合をいう。そして、前記引用に係る原判決認定の事実（原判決５２頁９行目から同６０頁２行目まで）によれば、本件Ｃ取引については、控訴人とＣとの間に控訴人の委託を引き受けた卸売業者としてＤが介在する形態となっているものの、その役割等は形式的なものにとどまり、実際に卸売の業務が行われたとは認め難く、実質的には、控訴人とＣとが直接に取引をしたものと認められ、控訴人代表者であった戊においても、財団法人Ｖが平成１６年９月１日に発行した「Ｗ」（乙１４）に掲載されたヒアリング調査の記事に係る取材を受けた際、Ｉ牛のブランド化について、相場に左右されない販売を目指しており、肉牛の４割については市場を通さずに、Ｉ牛ブランドでＣを通して販売しており、これらは、Ｚ等を通して消費者に販売され、消費者のクレーム等が生産現場にフィードバックされている旨回答していたのである。
そうすると、上記取引において、「最終的な価格が市場において認められている方法で決定されている」ということはできないから、「市場において行う売却」の方法によって行われたものには該当せず、控訴人は、本件Ｃ取引について「市場において行う売却」の方法によったものと仮装したと認められる。したがって、控訴人の上記主張も理由がない。
(5) 文書提出命令の申立てについて
控訴人は、証明すべき事実を、太田税務署が、平成１４年１０月７日及び８日並びに同年１２月の税務調査において、控訴人に対し、本件特例の適用につき措置法６７条の３第３項の書面の添付が必要である旨の指導を行っていないこと及び本件特例の適用につき措置法６７条の３第３項の書面の添付を不要とする内容の指導を行ったこととして、「被控訴人が保管する、乙４０の別添１及び２の書面が綴られている平成１４年に行われた税務調査記録の原本」を対象文書とする文書提出命令の申立てをしている（当庁平成●●年（○○）第●●号文書提出命令申立事件）。
しかしながら、前回調査の際、太田税務署の調査官が措置法６７条の３第３項の書面の添付が必要である旨の指導を行っていたと認定できないことは前記に説示したとおりであり、また、別添２は、「特例控除の適用のためには、売却の証明書を申告書に添付しなければならない」と記載した書面であり、別添２が綴られている税務調査記録の原本において、措置法６７条の３第３項の書面の添付を不要とする旨の指導を行ったという記載がされているとは到底考えられない。そうすると、上記文書を取り調べても、措置法６７条の３第３項の書面の添付を不要とする旨の指導を行ったとの認定に資することもない。
本件において、上記文書を取り調べる必要性は認められないから、控訴人の上記文書提出命令の申立てを却下する。
４ よって、原判決は相当であって、本件控訴は理由がないから、主文のとおり判決する。東京高等裁判所第２１民事部
裁判長裁判官前田順司
裁判官原敏雄
裁判官一木文智
更正決定
控訴人有限会社Ａ
被控訴人国
上記当事者間の平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消等請求控訴事件につき、平成２３年７月１９日当裁判所がした判決に明白な誤謬があるから、職権により次のとおり決定する。主文
上記判決中、１６頁６行目に「措置法６７条」とあるのを「国税通則法６５条」と更正する。平成２３年７月２５日
東京高等裁判所第２１民事部
裁判長裁判官 前田順司
裁判官 原敏雄
裁判官 一木文智
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2011/pdf/11715.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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