税務訴訟資料第２６０号－１４０（順号１１４９６）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（太田税務署長）
平成２２年８月２６日棄却・控訴
判決
原告有限会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士赤井文彌
笹浪恒弘
横田高人
齊藤貴一
深瀬仁志
被告国
同代表者法務大臣千葉景子
処分行政庁太田税務署長
小林又次郎
被告指定代理人玉田康治
馬田茂喜
岡田豊
菊池豊
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は、原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
太田税務署長が平成１８年１１月２８日付けで原告に対してした、
① 原告の平成１５年７月１日から平成１６年６月３０日までの事業年度の法人税の更正のうち所得金額－６６１４万９６５３円、納付すべき税額１１２２万８４００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定及び重加算税賦課決定
② 原告の平成１６年７月１日から平成１７年６月３０日までの事業年度の法人税の更正のうち所得金額０円、納付すべき税額－３万５１４８円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定及び重加算税賦課決定
をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、農業生産法人である原告が、平成１５年７月１日から平成１６年６月３０日までの事業年度（以下「平成１６年６月期」という。）及び平成１６年７月１日から平成１７年６月３０日までの事業年度（以下「平成１７年６月期」といい、平成１６年６月期と併せて「本件各事業年度」という。）の法人税について、租税特別措置法（以下「措置法」という。）６７条の３（平成１６年６月期につき平成１７年法律第２１号による改正前のもの、平成１７年６月期につき平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）第１項の農業生産法人の肉用牛の売却に係る所得の課税の特例の定め（以下「本件特例」という。）が適用されるとし、肉用牛の売却による利益の額に相当する金額を損金の額に算入して確定申告をしたところ、太田税務署長が、その確定申告書の提出に当たり当該売却が同項各号に掲げる売却の方法により行われたこと及びその売却価額その他租税特別措置法施行規則（以下「措置法規則」という。）２２条の１６（平成２０年財務省令第３０号による改正前のもの。以下同じ。）で定める事項を証する書類（以下「肉用牛売却証明書類」という。）が添付されていなかったため、本件特例を適用することができないこと、また、上記の売却の一部に措置法６７条の３第１項１号に規定する「市場において行う売却」の方法によったものであるかのように仮装したものがあることを理由として、更正並びに過少申告加算税及び重加算税の各賦課決定をしたことから、それらの取消しを求めた事案である。
１ 関係法令の定め
(1) 措置法
ア 措置法６７条の３第１項は、農地法２条７項（平成１７年法律第８７号による改正前のもの。以下同じ。）に規定する農業生産法人が、各事業年度において、家畜取引法２条３項に規定する家畜市場、中央卸売市場その他政令で定める市場において行う売却の方法により当該農業生産法人が飼育した肉用牛を売却した場合（１号）等において、その売却した肉用牛のうちに免税対象飼育牛（家畜改良増殖法３２条の２第１項の規定による農林水産大臣の承認を受けた同項に規定する登録規程に基づく政令で定める登録がされている肉用牛又はその売却価額が１００万円未満である肉用牛に該当するもの。以下同じ。）があるときは、当該農業生産法人の当該免税対象飼育牛の当該売却による利益の額に相当する金額は、当該売却をした日を含む事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する旨を定めている。
イ 措置法６７条の３第２項は、同条１項の肉用牛とは、農業災害補償法１１１条１項に規定する肉用牛等及び乳牛の雌等（政令で定めるものを除く。）をいう旨を定めている。
ウ 措置法６７条の３第３項前段は、同条１項の規定は、確定申告書等に同項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその損金の額に算入する金額の計算に関する明細書（以下「明細書」という。）及び肉用牛売却証明書類の添付がある場合に限り、適用する旨を定め、同項後段は、この場合において、同項の規定により損金の額に算入される額は、当該申告に係るその損金の額に算入されるべき金額に限るものとする旨を定めている。
エ 措置法６７条の３第４項は、税務署長は、同条３項の記載又は添付がない確定申告書等の提出があった場合においても、その記載又は添付がなかったことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類並びに同項の明細書及び肉用牛売却証明書類の提出があった場合に限り、同条１項の規定を適用することができる旨を定めている。
(2) 租税特別措置法施行令（以下「措置法施行令」という。）
措置法施行令３９条の２６第２項（平成１８年政令第１３５号による改正前のもの。以下同じ。）は、措置法６７条の３第１項１号に規定する政令で定める市場として、畜産物の価格安定に関する法律附則１０条の規定により中央卸売市場とみなされた市場（２号）等を定めている。
(3) 措置法規則
措置法規則２２条の１６は、措置法６７条の３第３項に規定する財務省令で定める事項について、同条２項に規定する肉用牛の売却が同条１項１号に規定する市場において行われた場合においては、①当該肉用牛の売却をした同項に規定する農業生産法人の名称、納税地及び代表者の氏名並びにその売却年月日、②当該市場の名称及び所在地（当該市場が措置法施行令３９条の２６第２項各号に掲げる市場である場合には、その旨及び当該各号に掲げる市場に該当することとなった年月日を含む。）、③当該肉用牛の種類、生年月日、雌雄の別その他の事項で当該肉用牛が措置法６７条の３第１項１号に掲げる肉用牛に該当することを明らかにする事項とする旨を定めている。
(4) 卸売市場法等
ア 卸売市場法２条２項は、卸売市場とは、生鮮食料品等の卸売のために開設される市場であって、卸売場、自動車駐車場その他の生鮮食料品等の取引及び荷さばきに必要な施設を設けて継続して開場されるものをいう旨を、同条４項は、地方卸売市場とは、中央卸売市場以外の卸売市場で、その施設が政令で定める規模以上のものをいう旨を定めている。
イ 卸売市場法６２条は、卸売業者は、地方卸売市場において行う卸売については、都道府県の条例で定めるところにより開設者が業務規程をもって定めるところに従い、せり売若しくは入札の方法又は相対取引（一の卸売業者と一の卸売の相手方が個別に売買取引を行う方法。同法３５条１項２号参照）によらなければならない旨を定めている。
ウ 埼玉県卸売市場条例１２条１項は、卸売市場法６２条の規定による地方卸売市場において卸売業者が行う卸売に係る売買取引の方法は、業務規程で特に定める生鮮食料品等を除き、せり売若しくは入札の方法又は相対取引（一の卸売業者と一の卸売の相手方が個別に売買取引を行う方法。同条例１２条１項２号参照）によるべき旨を定めている。
２ 前提事実（争いのない事実、各項末尾に掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実並びに当裁判所に顕著な事実）
(1) 原告等
ア 原告は、昭和２６年に設立された肉用牛の飼育及び販売等を目的とする有限会社であり、本件各事業年度の当時、農地法２条７項に規定する農業生産法人であった。（甲１の１及び２、乙１９、弁論の全趣旨）
イ 有限会社Ｂ（以下「Ｂ」という。）は、昭和５９年に設立された有限会社であり、平成１３年３月１日を合併期日として原告と合併し、解散した。（乙１６、弁論の全趣旨）
ウ Ｃ株式会社（以下「Ｃ」という。）は、精肉の卸売等を目的とする株式会社である。（乙４）
エ Ｄ株式会社（以下「Ｄ」という。）は、枝肉等の受託販売等を目的とする株式会社であり、Ｅ卸売市場（以下「本件市場」という。）の開設者である。（乙３、２７、弁論の全趣旨）
本件市場は、卸売市場法及び埼玉県卸売市場条例に基づく地方卸売市場であり、措置法施行令３９条の２６第２項２号に規定する「畜産物の価格安定に関する法律附則１０条の規定により中央卸売市場とみなされた市場」（中央卸売市場以外の市場であって、農林水産大臣の指定するもの）である。（乙３、弁論の全趣旨）
オ 乙（以下「乙会長」という。）は、原告の代表取締役会長、Ｃの取締役会長、Ｄの取締役であり、原告の平成１７年６月３０日当時の出資金２３００万円のうち１１５０万円（５０パーセント）を出資し、Ｃの同年９月３０日当時の発行済株式総数６万株のうち２万７５００株を保有していた。（乙２、４、２７、弁論の全趣旨）
(2) 確定申告
ア 原告は、平成１６年８月３１日、太田税務署長に対し、平成１６年６月期の法人税の確定申告書（以下「平成１６年６月期申告書」という。）を提出して、本件特例の適用による免税対象飼育牛の売却（以下「平成１６年６月期取引」という。）に係る所得の特別控除額を「１億９７３７万９９１３円」とした上、別表１の平成１６年６月期の「確定申告（期限内）」の区分記載のとおり、所得金額を「－６６１４万９６５３円」、納付すべき税額を「１１２２万８４００円」とする確定申告をした。（甲１の１）
イ 原告は、平成１７年８月２５日、太田税務署長に対し、平成１７年６月期の法人税の確定申告書（以下「平成１７年６月期申告書」といい、平成１６年６月期申告書と併せて「本件各申告書」という。）を提出して、本件特例の適用による免税対象飼育牛の売却（以下「平成１７年６月期取引」といい、平成１６年６月期取引と併せて「本件各取引」という。）に係る所得の特別控除額を「１億５４８３万３０３５円」とした上、別表１の平成１７年６月期の「確定申告（期限内）」の区分記載のとおり、所得金額を「０円」、納付すべき税額を「－３万５１４８円」とする確定申告をした。（甲１の２）
ウ 原告は、本件各申告書を提出した際、措置法６７条の３第３項に規定する明細書については添付していたものの、同項に規定する肉用牛売却証明書類については添付していなかった。（甲１の１及び２、弁論の全趣旨）
(3) 更正処分
太田税務署長は、平成１８年１１月２８日付けで、原告に対し、以下のとおり、原告の本件各事業年度の法人税について、①本件特例の適用により肉用牛の売却による利益の額に相当する金額を損金の額に算入したことに関して、本件各申告書に肉用牛売却証明書類の添付がないことから、本件特例の適用はないこと、②当該利益の額に相当する金額の一部に係る取引は、原告とＣとの間で行われた取引であるにもかかわらず、措置法６７条の３第１項１号に定める「市場において行う売却」を行ったかのごとく仮装した取引と認められることなどを理由に、各更正（以下「本件各更正」という。）並びに各過少申告加算税賦課決定（以下「本件各過少申告加算税賦課決定」という。）及び各重加算税賦課決定（以下「本件各重加算税賦課決定」といい、本件各過少申告加算税賦課決定と併せて「本件各賦課決定」といい、本件各更正と本件各賦課決定とを併せて「本件各処分」という。）をした。（甲２の１及び２）
ア 平成１６年６月期の法人税について、別表１の平成１６年６月期の「更正処分等」の区分及び別表２の１各記載のとおり、所得金額を「１億２３１０万５００５円」、納付すべき税額を「４０９５万３８００円」とする更正（以下「平成１６年６月期更正」という。）、過少申告加算税の賦課決定（以下「平成１６年６月期過少申告加算税賦課決定」という。）及び重加算説賦課決定（以下「平成１６年６月期重加算税賦課決定」という。）
イ 平成１７年６月期の法人税について、別表１の平成１７年６月期の「更正処分等」の区分及び別表２の２各記載のとおり、所得金額を「１億７８６３万１３５８円」、納付すべき税額を「５２９１万４１００円」とする更正（以下「平成１７年６月期更正」という。）、過少申告加算税の賦課決定（以下「平成１７年６月期過少申告加算税賦課決定」という。）及び重加算税賦課決定（以下「平成１７年６月期重加算税賦課決定」という。）
(4) 審査請求等
原告は、平成１９年１月２２日、国税不服審判所長に対し、本件各処分について審査請求をした。これに対し、同所長は、平成２０年１月１８日付けで、上記の審査請求をいずれも棄却する裁決をした。（甲３）
(5) 本件訴えの提起
原告は、平成２０年６月１２日、本件訴えを提起した。
３ 本件各処分の根拠等
被告の本件各処分の根拠及び適法性に係る主張は、後記５において述べるほか、別紙「本件各処分の根拠及び適法性」に記載のとおりである。
４ 争点
(1) 措置法６７条の３第３項の適用又は類推適用の可否（争点１）
措置法６７条の３第３項の適用又は類推適用により、原告の本件各取引による利益の額に相当する金額について本件特例を適用して本件各事業年度の所得の金類の計算上損金の額に算入することができるか否か。
(2) 措置法６７条の３第４項に規定する「やむを得ない事情」の有無（争点２）
本件各申告書に肉用牛売却証明書類の添付がなかったことについて、措置法６７条の３第４項に規定する「やむを得ない事情」が認められるか否か。
(3) 信義則違反の有無（争点３）
太田税務署長が本件各処分をしたことについて、信義則違反が認められるか否か。
(4) 国税通則法６５条４項の「正当な理由」の有無（争点４）
本件各過少申告加算税賦課決定の税額の計算の基礎となった事実について、国税通則法６５条４項の「正当な理由」が認められるか否か。
(5) 本件各重加算税賦課決定の適法性（争点５）
本件各取引のうち原告がＤに卸売のための販売の委託をしてＣが買い受けたとされる取引（以下「本件Ｃ取引」という。）について、措置法６７の３第１項に規定する「市場において行う売却」の方法によったものであることを仮装したかといえるか否か。
５ 争点についての当事者の主張の要旨
(1) 争点１（措置法６７条の３第３項の適用又は類推適用の可否）について（原告の主張の要旨）
ア 太田税務署による原告に対する指導の経過
(ア) 原告と合併する前のＢの設立当初の昭和５９年から１５年以上にわたって、同社から確定申告書の作成等を依頼されていた丙税理士（以下「丙税理士」という。）は、本件特例の存在及びその適用につき肉用牛売却証明書類の添付が要件であることを認識していながら、確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付することなく本件特例の適用を前提として確定申告をしており、太田税務署長も、本件特例の適用を認めてきた。このことからすれば、丙税理士は、太田税務署から肉用牛売却証明書類の添付が不要である旨の指導があったからこそ、あえて添付をしなかったと考えるのが自然であり、かつて東京国税局法人税課に勤務していた丙税理士が、太田税務署の指導なく、独自の見解に基づき添付をしなかったということはあり得ない。したがって、太田税務署は、平成９年以前のＢの設立当初から、丙税理士に対し、本件特例の適用に当たり、肉用牛売却証明書類の添付が不要である旨の指導をしていたことは明らかである。
(イ) 太田税務署は、平成９年、Ｂに対し、いわゆる税務調査（以下「平成９年調査」という。）を行ったところ、その際、担当の丁調査官（以下「丁調査官」という。）は、Ｂの代表取締役であった戊（以下「戊」という。）に対し、その調査対象の事業年度の法人税の確定申告書に肉用牛売却証明書類の添付を欠くことについて何ら指摘をすることなく、むしろ１００万円以上の肉用牛の売却による利益は損金に算入されないので注意してくださいと指摘したにすぎなかった。太田税務署が肉用牛売却証明書類の添付という手続的要件を理由として本件特例の適用を認めないという見解を持っていたのであれば、本件特例の実体的要件である肉用牛の売上げが１００万円以上であるか否かを議論する余地がないことからすれば、上記の丁調査官の指導は、肉用牛売却証明書類の添付は絶対的な要件ではないという見解に基づき、その添付を不要とする指導であると評価することができる。
さらに、丁調査官は、太田税務署長から権限を与えられた決裁権者の判断に基づき、本件特例の適用を認めることを前提として、調査対象の事業年度の修正申告を求め、後日、丙税理士に対し、「減算」のうち「肉用牛の売却益」については当初の申告と同じ「６４，１１９，５２８」と記載された「別表４所得金額の計算に関する明細書」を送付した。このことは、太田税務署において、肉用牛売却証明書類の添付が不要であるとの見解を持っており、このような公的見解に基づく指導であったと評価することができる。
(ウ) 太田税務署は、平成１４年、原告に対し、税務調査（以下「前回調査」という。）を行ったところ、その際、担当の調査官は、調査に立ち会っていた経理課長のＦ（以下「Ｆ」という。）に対し、本件特例の適用に係る取引の売却先が分かる書類の提示を求めたので、Ｆが、売買仕切書及び個体登録通知書（以下「売買仕切書等」という。）を提示し、「売却した牛すべてのコピーを提出しなければならないですか」と聞いたところ、同調査官は、「それは必要ありません」と回答したのに対し、Ｆが、「会社に保管してあるので、いつでも見に来てください」というと、同調査官は、「分かりました。そうしておいてください。」と答えた。そして、同調査官は、調査の総括として、当時の原告の代表取締役であった戊に対し、その調査対象の事業年度の法人税の確定申告書に肉用牛売却証明書類の添付を欠くことについて何ら指摘をすることなく、むしろ、市場等で取引されたもの以外のものに関しては本件特例の適用は受けられないことを注意するよう指摘したにすぎなかった。平成９年調査の場合と同様に、太田税務署が肉用牛売却証明書類の添付という手続的要件を理由として本件特例の適用を認めないという見解を持っていたのであれば、本件特例の実体的要件である肉用牛の売却が市場等で行われたか否かを議論する余地がないことからすれば、上記の指導は、肉用牛売却証明書類の添付は絶対的な要件ではないという見解に基づき、その添付を不要とする指導であることは明らかである。
(エ) 太田税務署は、平成１８年に合計７、８回にわたって、原告に対し、税務調査（以下、「本件調査」という。）を行ったところ、同年１月１６日に行われた最初の税務調査において、担当のＧ調査官（以下「Ｇ調査官」という。）は、当時の原告の総務部長であった本件訴訟における原告代表者（以下「原告代表者」という。）に対し、「売却証明書」の提出を求めたのに対し、原告代表者は、当時の原告の経理担当であったＦが脳梗塞により入院中であったこと、事務所の書庫の移転により書類の整理をすることができていなかったこと、何の事前連絡なく行われた税務調査であったことから、すぐに対応することができず、Ｇ調査官に対し、担当者が不在なので分かりませんと答えたところ、Ｇ調査官は、原告代表者に対し、「これまで、売却証明書を保管しているから免税の措置を認めてきたものであるが、保管していないのであれば、認められない」とはっきりと告げた。これに対し、原告代表者は、「保管しているはずだから探します。見つかったら提示します」と答え、Ｇ調査官は、この申出を了解した。そして、同年２月８日に行われた税務調査において、原告代表者は、提出を求められた書類を探すことができていなかったので、Ｇ調査官に対し、その旨を伝えると、ここでも、Ｇ調査官は、「売却証明書が会社で保管されているから免税の特例措置を認めてきたが、ないのであれば認められない」と発言した。そこで、原告は、提出を求められた書類を速やかに見つけることができない場合も想定して、各市場に対し、肉用牛売却証明書類に該当する「肉用牛売却証明書」と題する書面の発行を依頼したところ、Ｇ調査官は、その後の原告に対する税務調査において、後から発行して、それを会社で保管していても、それは免税の対象にはならないと発言した。なお、原告は、同年６月になって、原告において保管していた売買仕切書等を見つけ、太田税務署に提出した。
上記のＧ調査官の発言は、肉用牛売却証明書類の添付が絶対的要件ではなく、本件特例の適用の根拠が肉用牛の売却の事実を証明する書類を保管していることにあったという太田税務署の公的見解を表示したものであることは明らかである。
(オ) 以上のとおり、太田税務署は、原告及びＢに対し、売買仕切書等によって肉用牛の売却の事実に係る証明書類が保管されていることを根拠として、本件特例の適用に措置法６７条の３第３項に規定する肉用牛売却証明書類の添付が不要であるとの公的な見解に基づき、その添付が不要である旨の指導を繰り返し行うとともに、実際に、その添付なく本件特例の適用を認めてきた。
イ 措置法６７条の３第３項の適用又は類推適用があること
(ア) 主位的主張
①そもそも措置法６７条の３第３項は、本件特例の実体的要件があることについての証明方法を定めた手続的要件にすぎないこと、②太田税務署の職員が、原告に対して、肉用牛売却証明書類を添付せずとも売買仕切書等を保管しているのであれば本件特例の免税措置を認める旨の指導を行っていたこと、③原告は、太田税務署からの上記の指導に従い、本件各取引に係る売買仕切書等を会社内に保管しており、太田税務署の職員は、いつでもそれらの内容を確認することができる状況にあったことなどの諸事情にかんがみると、本件においては、本件各申告書に肉用牛売却証明書類の添付があるとの同視すべき事情があり、同項が適用又は類推適用されるというべきである。
同項の趣旨は、同条１項に規定する実体的要件を担保し、これを適正迅速に処理することにあるところ、原告が太田税務署から保管していれば本件特例の適用を認める旨の指導を受けていた売買仕切書等には、措置法規則２２条の１６において記載が要求されている事項のうち「法６７条の３第１項に規定する農業生産法人の（中略）代表者の氏名」及び「当該市場が（中略）当該各号に掲げる市場に該当することとなった年月日」以外の事項がすべて記載され、それら２点の記載を欠くものであっても、これらは、あえて記載がなくても太田税務署長において十分に判断することができる常識的な事項であり、かつ、措置法６７条の３第１項に規定する実体的要件そのものではないから、同条３項に規定する肉用牛売却証明書類によって担保されるべきものは、上記の売買仕切書等に記載されており、その実体的要件の具備を適正、迅速に処理することは可能であるというべきである。したがって、本件においては、同項の適用又は類推適用の基礎があることは明らかである。
(イ) 予備的主張
仮に、太田税務署の職員が、原告に対して、措置法６７条の３第３項に規定する肉用牛売却証明書類を添付せずとも売買仕切書等を保管しているのであれば本件特例の免税措置を認める旨の指導を行っていたとの事実が認められないとしても、①前記(ア)の①に加え、②太田税務署の職員が、原告及びＢに対し、約２５年の長期にわたって、同項に規定する肉用牛売却証明書類を添付せずとも本件特例の適用を認める旨の積極的な指導をしてきたといえること、③原告が売却した肉用牛については、原告の事務所保管の売買仕切書等によって出生から売却に至るまで徹底して全頭管理がされており、同条１項の実体的要件として同条３項によって担保されるべきものは、太田税務署の職員がいつでも確認することができる状況にあり、また、原告が年間２０００頭という多数の肉用牛を売却することから、肉用牛売却証明書類を提出させるよりも、原告の事務所に売買仕切書等を保管させて、必要に応じて確認するという取扱いの方が合理的であることから、上記の指導には、同項の趣旨に反しない合理的な根拠があったこと、④太田税務署からの上記の指導に従って、原告が肉用牛売却証明書類を添付せずに法人税の確定申告をしていたことにかんがみると、本件においては、本件各申告書に肉用牛売却証明書類の添付があるのと同視すべき事情があり、同項が適用又は類推適用されるというべきである。
ウ 以上によれば、措置法６７条の３第３項の適用又は類推適用により、原告の本件各取引による利益の額に相当する金額について本件特例を適用して本件各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入することができる。
（被告の主張の要旨）
ア 太田税務署による原告に対する指導の経過
(ア) 平成９年調査において、丁調査官は、Ｂの関与税理士である丙税理士に対し、本件特例の適用には確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付することが必要である旨を指摘したのに対し、丙税理士は、肉用牛売却証明書類を添付していなくても、税務署職員が原告の事務所に来て売上関係の書類を確認すれば分かるはずだとの独自の見解を述べ、上記の指摘に従おうとしなかった。さらに、丁調査官は、丙税理士に対し、今後は本件特例の適用には確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付すべきである旨を指導した。丁調査官は、同社については本件特例の適用要件を満たしていないものの、上司と相談の上、平成８年７月１日から平成９年６月３０日までの事業年度開始の日前５年以内に開始した事業年度において生じた繰越欠損金額が多額にあり、同社に対する買収話が出ており、同社が近々消滅するとの状況から、指導にとどめた。
(イ) 前回調査において、担当のＨ調査官（以下「Ｈ調査官」という。）は、過去に一度も本件特例が適用される案件について取り扱った経験がなく、本件特例の適用には肉用牛売却証明書類の添付が要件であることを知らない状態で、平成１４年１０月、原告事務所に臨場したため、その際、肉用牛売却証明書類を添付すべきかどうかについては述べておらず、それ以外の持ち帰り事項の指摘にとどめた。その後、Ｈ調査官は、肉用牛売却証明書類の添付が要件であることを把握し、原告がこれを添付していないことを確認したが、最終的には上司と相談の上で更正までせずに指導にとどめることとし、同年１２月に再臨場した際、原告の経理担当であったＦらに対し、他の指摘事項の指摘とともに、本件特例の適用には確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付しなければならない旨を指摘した。
(ウ) 本件調査においては、本件特例の適用の有無の調査が主眼であったところ、Ｇ調査官は、臨場調査の前から、本件特例の適用には肉用牛売却証明書類の添付が要件であることを認識しており、原告の提出に係る確定申告書には肉用牛売却証明書類が添付されていないことも把握していた。また、Ｇ調査官は、前回調査の記録などを確認し、前回調査において、原告に対して本件特例の適用には確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付することが必要である旨を指摘したことがあることも把握していた。そして、Ｇ調査官は、本件市場を端緒とする肉用牛売却証明書類の不正使用等の解明、確認をする必要もあり、第１回目の臨場調査において、原告の関係者に対し、肉用牛売却証明書類の発行の有無を確認し、これが見つかったら提示するという原告側の申出を拒否しなかった。このように、Ｇ調査官は、本件調査において、原告に対し、「これまで、売却証明書を保管しているから免税の措置を認めてきたものであるが、保管していないのであれば、認められない」との発言をしたことはなく、むしろ、本件特例の適用には肉用牛売却証明書類の添付が不可欠の要件であるとの認識を有していたことは明らかである。
(エ) 以上によれば、原告による本件各申告書に係る各確定申告に先立ち、平成９年調査や前回調査において、太田税務署の調査官が、本件特例の適用には確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付することが必要であると指導していたことは明らかであり、逆に肉用牛売却証明書類の添付を不要とする見解を示したことなどは認められない。
イ 措置法６７条の３第３項の適用又は類推適用が認められないこと
(ア) 租税法は、法的安定性の要請が強く働くことから、その解釈は、原則として文理解釈によるべきであり、みだりに拡張解釈や類推解釈を行うことは許されるものではない。本件特例についても、農業生産法人という特定の者に対する税制上の大きな優遇措置であることからすれば、必要以上に租税負担の公平性を害しないように厳格に運用されるべきであり、その要件の充足も厳格に判断されるべきである。また、本件特例については、措置法６７条の３第３項において、確定申告書等に肉用牛売却証明書類を添付した場合に限り適用されることが明確に規定され、同条４項において、確定申告書等に肉用牛売却証明書類の添付がなかった場合であっても、添付がなかったことについて「やむを得ない事情」があると認めるときは、その提出があった場合に限り、本件特例を適用することができると規定されている。このような規定からすれば、同条の規定は、確定申告書等に肉用牛売却証明書類の添付がなかった場合には、同条３項の適用はもはやあり得ず、同条４項の適用の有無が問題になるにすぎないとする趣旨であることは明らかである。したがって、本件特例が適用されるためには、法の文言に従い、同条１項の実体的要件のみならず、同条３項の証明方法及び証明時期の要件も満たしている必要があると解すべきである。
原告は、本件各申告書に肉用牛売却証明書類を添付しなかったのであるから、明文上、同条３項の適用の前提を欠くものであり、同条４項の適用の可否が問題となるにすぎない。
(イ) 原告は、肉用牛売却証明書類の添付の要件が単に手続的要件にすぎないから、これを要しないと主張するものの、そのような主張は、明らかに措置法の文言に反する解釈であって法的安定性を害するものである上、法定の証明方法及び証明時期を軽視するものであり失当である。
また、前記アのとおり、太田税務署の職員が、原告やＢに対し、本件特例の適用には確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付することが必要である旨を指導していたのであるから、それとは相反する事実関係を前提とする原告の主張は失当である上、原告が主張する指導の存否は別にして、そもそも確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付していない原告については、明文上、措置法６７条の３第３項の適用は前提を欠くといわざるを得ない。
さらに、原告は、同項及び措置法規則２２条の１６で要求されている肉用牛売却証明書類の記載事項のうち売買仕切書等で欠けているのは形式的、付随的事項の２点にすぎないと主張するものの、形式的な記載事項について不要と解するのは文言に反する解釈であって失当である上、そもそも売買仕切書等では、原告が形式的な記載事項と主張する事項のみならず、販売年月日や肉用牛の価格などの肉用牛売却証明書類の主要な実質的記載事項といえる事項も満たしていないのであるから、上記の原告の主張は前提において失当である。
ウ 以上によれば、本件について、措置法６７条の３第３項の適用又は類推適用を認める余地がないことは明らかである。
(2) 争点２（措置法６７条の３第４項に規定する「やむを得ない事情」の有無）について（原告の主張の要旨）
ア 主位的主張
原告が、太田税務署の職員から、肉用牛売却証明書類を添付しなくても売買仕切書等を保管していれば本件特例の適用を認める旨を指導されていた以上、原告としては、肉用牛売却証明書類を添付しなかったことについて措置法６７条の３第４項に規定する「やむを得ない事情」があるというべきである。しかも、太田税務署長は、原告から、太田税務署の職員の指導に従って売買仕切書等を会社内にすべて保管していたことを告知されていたにもかかわらず、その一部の写しのみの提出を求めるにとどまり、その後、肉用牛売却証明書類の添付がないこと又は上記の一部の写ししか提出されていないことを理由として、本件各処分を行ったことなどの事情からすれば、本件においては、同項の適用があるというべきである。
また、同項の趣旨は、同条３項に規定する書面の不添付等について、やむを得ない事情があり、その後、証明書を追加提出することができたというような案件について、あまりに形式的かつ厳格な取扱いをすることによって生じる不平等を避けることにあると解すべきであり、同条４項に規定する「やむを得ない事情」について、農業生産法人の責めに帰すべき事由がないことに加え、「租税負担の一部を犠牲にしてもなおその権利を保護するに値するような事情」がある場合に限定する必要はなく、むしろ、同条１項に規定する実体的要件を充足し、かつ、同条３項に規定する書面の不添付について、農業生産法人の責めに帰すべき事由がない場合には、広く同条４項の適用を認めることが、同項の趣旨に適うというべきである。原告は、太田税務署の職員から、上記の指導がされ、２５年以上という極めて長期間にわたって、本件特例の適用が認められてきたところ、本件各事業年度においても、上記の指導を信頼して、本件各申告書に肉用牛売却証明書類を添付せず、売買仕切書等を原告の事務所に保管していたことからすれば、肉用牛売却証明書類の不添付について、原告の責めに帰すべき事由がなく、同条４項に規定する「やむを得ない事情」が認められる。
イ 予備的主張
仮に、太田税務署の職員が、原告に対して、措置法６７条３第３項に規定する肉用牛売却証明書類を添付せずとも売買仕切書等を保管しているのであれば本件特例の免税措置を認める旨の指導を行っていたとの事実が認められないとしても、原告及び原告と合併する前のＢは、太田税務署の職員から、肉用牛売却証明書類を添付せずとも本件特例の適用を認める旨を指導されており、この指導には、同項の趣旨に反しない合理的な根拠があった以上、原告としては、肉用牛売却証明書類の不添付について同条４項に規定する「やむを得ない事情」があるというべきであり、後日、売買仕切書等を太田税務署に提出していることから、同項の適用があることは明らかである。
（被告の主張の要旨）
ア 「やむを得ない事情」が存しないこと
(ア) 措置法６７条の３第４項は、厳格に証明方法及び証明時期の要件まで定められている本件特例に関して、あまりに形式的かつ厳格な適用不適用の扱いを行うとかえって不平等が生じるので、それを避ける趣旨の規定と解される。しかしながら、本件特例が、農業生産法人に対して例外的に極めて優遇した措置を与えるものであり、必要以上に税負担の公平性を害しないように厳格に運用、解釈されるべきであること、同項の規定により、細かく証明方法や証明時期まで定めた同条３項の規定の趣旨を没却すべきではないことなどからすれば、同条４項に規定する「やむを得ない事情」とは、自然的災害、人為的災害などの農業生産法人の責めに帰することができない客観的事情に限られると厳格に解すべきであり、本人の法の不知や事実の誤認などの主観的事情はこれに当たらないものと解すべきである。
(イ) 原告は、市場を介して売却した肉用牛につき、売却証明書を発行してもらうことは極めて容易であったというにもかかわらず、その発行を依頼せず、肉用牛売却証明書類の添付も行っていなかった。そして、原告は、数十年にわたり、肉用牛の飼育を営んでいたところ、本件特例の適用を受けるため、自ら税理士に依頼して、確定申告書に本件特例に該当する損金の金額を記載して提出し、かつ、措置法６７条の３第３項に規定する明細書も添付していることからすれば、原告が本件特例を熟知していたことは明らかであり、本件特例の適用には肉用牛売却証明書類の添付が必要であることも容易に把握することができたのであるから、原告の責めに帰すことができないやむを得ない事情は認められない。
また、前記のとおり、太田税務署の職員は、原告及びＢに対し、確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付することが必要であると指導していたのであるから、仮に、原告が本件特例の適用には肉用牛売却証明書類の添付が不要であり、代わりに売買仕切書等の保管をしておけば足りると考えたとしても、法の不知又は事実の誤認等の個人的事情にすぎない。
したがって、原告には、措置法６７条の３第４項に規定する「やむを得ない事情」は認められず、同項の適用はない。
イ 原告が措置法６７条の３第４項に規定する「やむを得ない事情」のほかの要件を満たさないこと
なお、措置法６７条の３第４項は、同条３項の規定にもかかわらず、本件特例の適用を認めるための要件として、「やむを得ない事情」の存在のほかに、記載内容を満たした同条３項記載の明細書及び肉用牛売却証明書類の提出を要件としている。しかしながら、原告は、太田税務署に対し、肉用牛売却証明書類を提出しておらず、また、売買仕切書等については肉用牛売却証明書類の代わりになるものではないから、「やむを得ない事情」の存否にかかわらず、同条４項の適用がないことは明らかである。
(3) 争点３（信義則違反の有無）について
（原告の主張の要旨）
ア 主位的主張
(ア) 原告に対する平成１４年の前回調査から平成１８年の本件調査までの期間中、太田税務署の調査官の中で、本件特例の適用には肉用牛売却証明書類の添付が絶対的要件ではないとの共通認識が持たれていたこと等にかんがみると、太田税務署は、遅くとも平成１４年１０月当時には、原告についての本件特例の適用には肉用牛売却証明書類の添付が不要であるとの公的見解を有していたことは明らかであって、前回調査の調査官による売買仕切書等を保管しておけばよいとの指導は、上記の公的見解を表示したものである。この公的見解は、太田税務署が過去２５年以上にわたって原告について本件特例の適用を認めてきたという事実と矛盾するものではなく、売買仕切書等を原告の事務所に保管するとの取扱いの方が、確定申告書に売買仕切書等を添付するとの取扱いよりも、合理的であり、かつ、措置法６７条の３第３項の趣旨に反しないという十分な根拠に基づくものであったことからすれば、信頼の対象に足り得るものであった。
(イ) 原告は、前記(ア)の公的見解の表示を信頼し、その信頼に基づいて、確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付せず、売買仕切書等を原告の事務所に保管するという取扱いをしていたところ、平成１８年１１月２８日、突然に、前記(ア)の公的見解の表示に反する本件各処分が行われ、このため、原告は、１億円を超える納税義務を負わされるという経済的不利益を受けることになったものである。
(ウ) 前記(ア)の公的見解の表示は、太田税務署が過去２５年以上にわたって原告について本件特例の適用を認めてきたという事実に合致し、その取扱いに合理的な根拠があること、太田税務署が本件特例の適用に関する取扱いを変更するのであれば、その変更を納税者に周知させる措置をとるべきであるにもかかわらず、そのような措置をとることなく、突然に、本件特例の適用を否定したことからすれば、本件各事業年度において、原告が本件各申告書に肉用牛売却証明書類を添付することなく確定申告をしたとしても、やむを得ない面があり、そのことについて原告の責めに帰すべき事情はない。
(エ) 以上によれば、本件各処分については、納税者間の平等公平という要請を犠牲にしてもなお課税処分に係る課税を免れしめて、納税者の信頼を保護しなければ正義に反するといえるような特別な事情が存するのであるから、本件各処分は、信義則に反し、違法である。
イ 予備的主張
(ア) 太田税務署は、原告と合併する前のＢに対し、肉用牛売却証明書類の添付がなくても本件特例の適用を認める旨を指導し、また、少なくとも平成９年調査から本件調査までの期間中、太田税務署の調査官の中で、本件特例の適用には肉用牛売却証明書類の添付が絶対的要件ではないとの共通認識が持たれていたこと等にかんがみると、遅くとも平成９年当時には、原告についての本件特例の適用には肉用牛売却証明書類の添付が不要であるとの公的見解を有していたことは明らかであって、平成９年調査及び前回調査の各調査官による指導は、上記の公的見解を表示したものである。平成９年調査から本件調査まで、異なる調査官がいずれも上記の見解を有していたことからすれば、上記の見解は、単なる調査官の独断によるものとは考えられず、太田税務署の公的見解であったと評価することができる。上記の公的見解は、前述のとおり、十分な根拠に基づくものであり、平成９年調査及び前回調査の各調査官による指導は、信頼の対象に足り得る公的見解の表示であるというべきである。
(イ) 原告は、前記(ア)の太田税務署の公的見解の表示を信頼し、本件各申告書に肉用牛売却証明書類を添付しなかったところ、突然、上記の公的見解の表示に反する本件各処分が行われ、このため、原告が１億円を超える納税義務を負わされるという経済的不利益を受けることになった。
(ウ) 前記(ア)の公的見解の表示は、太田税務署が過去２５年以上にわたって原告について本件特例の適用を認めてきたという事実に合致し、その取扱いに合理的な根拠があること、太田税務署が本件特例の適用に関する取扱いを変更するのであれば、その変更を納税者に周知させる措置をとるべきであるにもかかわらず、そのような措置をとることなく、突然に、本件特例の適用を否定したことからすれば、本件各事業年度において、原告が本件各申告書に肉用牛売却証明書類を添付することなく確定申告をしたとしても、やむを得ない面があり、そのことについて原告の責めに帰すべき事情はない。
(エ) 以上によれば、本件各処分については、納税者間の平等公平という要請を犠牲にしてもなお課税処分に係る課税を免れしめて、納税者の信頼を保護しなければ正義に反するといえるような特別な事情が存するのであるから、本件各処分は、信義則に反し、違法である。
（被告の主張の要旨）
ア 税法における信義則の法理の適用を認める前提となる公的見解の表示というためには、税務署長その他の責任ある立場にある者の正式の見解の表示であって、少なくともその内容が明示的に表示されていることが必要となる。原告が主張する太田税務署の指導というのは、担当の調査官の言動であり、しかも、結局、消極的な認容、肉用牛売却証明書類の添付が必要である旨の指導の不存在にすぎず、太田税務署の職員が、原告やＢに対して、確定申告書等に肉用牛売却証明書類の添付をしなくても売買仕切書等を保管していれば本件特例の適用を認める旨の指導をしたことはないのであるから、税務署長その他の責任ある立場にある者の正式の見解の表示とはいえず、その内容が明示的に表示されているともいえないから、公的見解の表示が認められないことは明らかである。
加えて、前記のとおり、太田税務署の職員は、原告等に対し、本件特例の適用には確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付することが必要である旨を指導していたのであるし、これを不要とする見解を持っていたことを示したことなどもないから、原告が主張するような約２５年の長期間にわたって、本件特例の適用につき、肉用牛売却証明書類の添付が不要である旨の積極的な指導などは存しないのであり、公的見解の表示が認められないことは明らかである。
イ Ｂは、設立当初の昭和５９年から、本件特例の適用を受けるに当たって、確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付することなく、確定申告を行っていた。このため、原告が主張するように、平成９年調査や前回調査において太田税務署の職員の指導を受けたことによって、本件各事業年度について、初めて本件各申告書に肉用牛売却証明書類を添付しなかったという関係にない。また、確定申告書に肉用牛売却証明書類の添付がなく本件特例の適用が認められてきた事実、平成９年調査や前回調査において、肉用牛売却証明書類の添付が必要である旨述べられなかったという事実は、せいぜい原告の誤解を深めたものにすぎないから、原告が公的見解の表示を信頼し、それに基づいて特段の行動をしたものとは認められない。さらに、原告が主張する本件調査におけるＧ調査官の言動は、本件各事業年度の法人税の確定申告の後の言動であるから、そもそも信頼の対象とはなり得ない。
本件は、法令に規定のない物品の取扱いについての問題などではなく、法令上も、本件特例の適用には肉用牛売却証明書類の添付が必要であることは明らかであり、原告は、肉用牛の飼育を数十年にわたって営んできて、本件特例を熟知しており、しかも、税理士に依頼して本件特例の適用を申請していたのであるから、肉用牛売却証明書類の添付が必要であることを知ることは容易であった。原告が、確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付しなかったことについて責めに帰すべき事由がなかったなどとは到底いえない。
ウ 以上に加えて、確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付して申告している他の納税者との公平の観点なども考えれば、本件各処分に信義則違反などないことは明らかである。
(4) 争点４（国税通則法６５条４項の「正当な理由」の有無）について
（原告の主張の要旨）
ア 主位的主張
国税通則法６５条１項に規定する過少申告加算税は、当初から適正に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって、納税の実を挙げようとする趣旨に基づくものであることからすれば、同条４項に規定する「正当な理由」があると認められる場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的事情があり、上記のような過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいう。
原告は、太田税務署の指導に基づき、本件各事業年度に至るまで２５年以上にわたって、肉用牛売却証明書類を添付しなくても売買仕切書等を保管することによって本件特例が認められてきたのであり、上記の太田税務署の指導の背景には、原告による年間２０００頭以上にも及ぶ免税対象牛の売却について、売買仕切書等によって措置法６７条の３第１項に規定する実体的要件を確認することが可能であることから、むしろ肉用牛売却証明書類を添付しないことの方が合理的であるという事情があった。太田税務署は、そのような従来の取扱いを変更するというのであれば、変更後の取扱いを納税者に周知するなどの措置を講ずべきであるにもかかわらず、何ら措置を講じることなく、突然、本件各申告書に肉用牛売却証明書類の添付がないことを理由に、本件各過少申告加算税賦課決定をした。そうであるとすれば、少なくとも原告が太田税務署から何らかの取扱いの変更を周知されるまでの間は、原告において、売買仕切書等を保管していれば、肉用牛売却証明書類を添付しなくても、売買仕切書等を保管することによって、本件特例の適用が認められると解し、これに従って、本件各申告書に肉用牛売却証明書類を添付しなかったとしても、やむを得ない点がある。
したがって、原告が、本件各事業年度において、本件各申告書に肉用牛売却証明書類を添付せず、原告の本件各取引による利益の額に相当する金額について本件特例を適用して本件各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入することについて、真に原告の責めに帰することのできない客観的事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお原告に同税を賦課することが不当又は酷になるということは明らかであるから、国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由」が認められるというべきである。
イ 予備的主張
前記アに述べたように、原告は、合理的な理由に基づく太田税務署の指導が行われ、約２５年という長期間にわたって、税務調査における指摘もないまま、措置法６７条の３第３項に規定する肉用牛売却証明書類を添付しなくても本件特例が認められてきたにもかかわらず、太田税務署は、変更後の取扱いを納税者に周知するという措置を講じることのないまま、突然、本件各申告書に肉用牛売却証明書類の添付がないことを理由に、本件各過少申告加算税賦課決定をした。そうであるとすれば、原告が太田税務署から取扱いの変更を周知されるまでの間、原告において、肉用牛売却証明書類を添付しなくても、本件特例の適用が認められるものと解し、これに従って、本件各申告書に肉用牛売却証明書類を添付しなかったとしても、やむを得ない点がある。
したがって、原告が、本件各事業年度において、本件各申告書に肉用牛売却証明書類を添付せず、原告の本件各取引による利益の額に相当する金額について本件特例を適用して本件各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入することについて、国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由」が認められるというべきである。
（被告の主張の要旨）
ア 国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由」とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいい、納税者側の主観的な事情や法の不知や解釈の誤りは含まれないというべきである。
イ 前記のとおり、太田税務署の職員による肉用牛売却証明書類の添付がなくても本件特例の適用を認める旨の指導は認められず、原告は、自らの見解に基づき、確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付することなく、本件特例の適用の申告をしていたものであり、太田税務署の職員の指導に基づき初めて肉用牛売却証明書類を添付しなかったものではなく、原告に責めに帰すべき事由がないとはいえないことからすれば、原告については、真に納税者の責めに帰することのできない客観的事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合であったとはいえず、国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由」は認められない。
さらに、前記のとおり、太田税務署の職員は、本件特例の適用には確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付することが必要である旨指導していたのであり、これを不要とする見解を持っていたことを示したこともないから、結局は、原告が税務署の指導に応じず、自己の誤った見解に固執して過少申告をしたにすぎず、この点からも、同項に規定する「正当な理由」など認められないことは明らかである。
(5) 争点５（本件各重加算税賦課決定の適法性）について
（被告の主張の要旨）
ア 重加算税の要件
国税通則法６８条に規定する重加算税は、同法６５条ないし６７条に規定する各種加算税を課すべき納税義務違反が課税要件事実を隠ぺいし、又は仮装する方法によって行われた場合に、行政機関の手続により違反者に課せられるもので、これによってかかる方法による納税義務違反の発生を防止し、もって徴税の実を挙げようという趣旨に出た行政上の措置であり、違反者の不正行為の反社会性ないし反道徳性に着目してこれに対する制裁として科せられる刑罰とは趣旨、性質を異にするものである。したがって、同法６８条１項による重加算税を課し得るためには、納税者が故意に課税標準等又は税額等の計算の基礎となる事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装し、その隠ぺい、仮装行為を原因として過少申告の結果が発生したものであれば足り、それ以上に、申告に対し、納税者において過少申告を行うことの認識を有していることまでを必要とするものではない。納税者が自己の所得の一部のみを抽出して、税額を過少に申告するいわゆるつまみ申告事案ではない本件のような事案においては、過少申告の意図は重加算税の賦課要件ではない。また、隠ぺい又は仮装の行為について、それが客観的にみて隠ぺい又は仮装であると判断することができれば、特段の事情がない限り、納税者が隠ぺい又は仮装することを認識していたと推認することができると解される。
そして、本件特例については、措置法６７条の３第１項１号に規定する「家畜取引法第２条第３項に規定する家畜市場、中央卸売市場その他政令で定める市場において行う売却」の方法によるものであるかのように装えば、事実の隠ぺい、仮装に該当するというべきである。
イ 原告が「市場において行う売却」を行ったがごとく仮装したこと
(ア) 直接取引の存在
ａ 原告とＣとの間で平成１４年４月８日付けで作成された「牛売買条件覚え書き」と題する書面（以下「本件覚書」という。）は、Ｃの主導で、Ｉ牛のブランド化を目指すため、原告とＣを含むグループ会社間で、生産から消費者への販売までの一元化を図り、安定的な供給を目的として作成されたものである。本件覚書の定めによれば、そもそも本件市場への委託者たるべき生産者の原告が、本件市場の買受人との間で、出荷頭数や売買価格まで定めた上で、本件市場に出荷するとされており、卸売業者であるＤが実質的に売買取引にかかわらない直接取引が行われるものであることがうかがわれる。
そして、原告は、肉用牛を出荷するに当たり、「枝肉相場（税込）」と題する表（以下「本件枝肉相場表」という。）及び「精算単価計算書（対Ｃ）」と題する表（以下「本件精算単価計算書」という。）並びにこれらにより算出された単価に基づき計算した「精算書」と題する書面（以下「本件精算書」という。）を作成し、これらをＣに送付していた。Ｃにおいては、本件精算書記載の金額になるように、枝肉格付を基に割り振って、「Ｘ」と題する書面（以下「本件Ｘ」という。）を作成し、これをＤに送付していた。その後、Ｄは、本件Ｘを基に「売買仕切書（出荷者用）」と題する書面（以下「本件売買仕切書」という。）を作成していた。本件精算書に記載された「耳標Ｎｏ」と同じ特定の肉用牛が本件Ｘ及び本件売買仕切書に記載されているなど、Ｃが買い取る肉用牛が出荷前からあらかじめ決められており、実際に、Ｃにすべて買い取られていた。このように、本件覚書に沿って作成された本件精算書どおりの売買が実際に成立し、本件精算書記載の合計金額と本件売買仕切書記載の合計金額とがほぼ一致するのであり、本件覚書に沿った取引の実態がある。
ｂ 前記ａのとおり、本件市場への出荷前の段階で、原告とＣとの間で書類のやり取りが行われ、原告が出荷してＣが買い取る肉用牛の特定とその価格があらかじめ両者の間で定められており、本件市場を介した後の結果をみても、実際に原告とＣとの間で定めたとおりの内容の売買が成立している。
ｃ 本件精算単価計算書には、各肉用牛の売却には、全く関係のない原告とＣとの間の牛舎賃借料及び借入利息に係る精算を反映させて、定額５０円を値引きした後の金額が各肉用牛の単価として記載されている。このような本件精算単価計算書を基にして作成された本件精算書に基づき本件市場による本件売買仕切書に記載の価格も形成されているのであり、このような本件市場における取引前の価格形成の事実は、正に原告とＣとの間の直接取引を示すものといえる。
ｄ 本来、肉用牛は、枝肉化されて初めて市場における売買取引の対象となるものであるから、枝肉化するためのと畜料は、生産者がと畜料を負担し、内臓、皮の所有権は生産者が有するものであるところ、本件覚書では、と畜料はＣが負担し、内臓、皮の所有権はＣが有するものとされ、実際の取引においても、本件市場を介した原告とＣとの間の取引については、上記のとおりになっていた。このような事実は、本件覚書に沿った取引が行われていたことを示す証左であるのみならず、本件市場に出荷されてと畜され枝肉化され売買の対象となる前に、あらかじめ原告とＣとの間の直接取引が行われ、原告が出荷した肉用牛をＣが購入することが決められていたことを示すものである。
ｅ Ｄは、通常、売買代金の３．５パーセントに相当する委託手数料を出荷した生産者から得ているところ、原告については、１頭当たり６３００円を徴収しているにすぎず、このことは本件市場の関与が形式的であったことの証左である。
ｆ 以上のことからすると、原告とＣとの間において、売却する肉用牛やその売却価格が決定され、形式的には本件市場に出荷し、そこからＣに販売された形となっているものの、本件市場の関与は形ばかりのものであり、その実態は、原告とＣとの直接取引であることは明らかである。
ｇ 本件市場における肉用牛の売買について本件特例の適用が認められる相対取引というためには、「一の卸売業者と一の卸売の相手方が個別に売買取引を行う方法」（卸売市場法３５条１項２号及び埼玉県卸売市場条例１２条１項２号）に該当することが必要であり、卸売市場の機能に照らして適切なものであることを要する。また、予約相対取引については、卸売業者と仲卸業者又は卸売を受ける者との間において、あらかじめ締結した契約に基づき確保した物品の卸売を行うことをいう。
本件Ｃ取引については、卸売業者であるＤ自身が、実質内に売買に関与せず、原告（委託者、生産者）とＣ（卸売を受ける者）との間で直接に売買取引の内容を実質的に決めてそれによって取引を行っているのであるから、事後、形式的に卸売業者を関与させたとしても、上記の相対取引又は予約相対取引に該当しない。
また、本件Ｃ取引のように、市場が関与する前から、生産者と卸売を受ける者によって内容が決められている取引であれば、それに形式的に卸売市場が関与したとしても、卸売市場が持つ正常な集分荷、物流機能や価格形成機能を果たすものとはいえないから、卸売市場法の趣旨に照らしても、本件特例が適用される相対取引とは認められない。なお、本件特例は、国内の肉用牛の増殖肥育を奨励し、併せて国内の牛肉価格形成の合理化等に資することを制度趣旨として定められたものであり、それは、決して、価格の決定が別の市場における直近の相場を反映していればよいということを意味するものではなく、当該肉用牛の取引が行われている市場において客観的に競争原理の下で価格づけされることによって客観的に決まることが要求されていることは明らかである。
さらに、農林水産省生産局畜産部食肉鶏卵課が作成した「肉用牛売却所得の課税の特例措置に係る執務参考資料の周知について」と題する書面の問５には、「農家等と買参人との間で、取引を行う市場が定めた中央御売市場又は指定市場のセリ売価格の動向をもとに、大筋の取引価格について相談することが商慣習として行われている場合であっても、最終的な価格が市場において認められている方法で決定されれば、これに対して売却証明書を発行することができます。」と記載されているものの、同記載は、いわゆる認定市場（措置法施行令３９条の２６第２項３号に定めるもの）に関するものであり、いわゆる指定市場である本件市場に適用されるものではない。
(イ) 本件市場への出荷の必要性が認められないこと
原告とＣとの間の本件Ｃ取引は、グループ会社内の取引であり、Ｉ牛のブランド化に伴い、生産から販売までの一元化を図るものとして行われているのであるから、そもそも卸売市場を関与させる必要性に乏しいものである。原告は、Ｃに買い取ってもらう場合に、本件市場ではなく他の市場を選択することも可能であったというのであるから、Ｃに買い取ってもらう肉用牛について卸売市場に出荷するとしても、あえて価格形成が困難な本件市場に出荷する必要性は認められない。それにもかかわらず、原告は、市場価格の形成が困難であると認識していた本件市場に出荷し、しかも、本件市場の場合にだけ精算単価計算書等の送付や本件覚書の作成などを行ってまで意図的に東京等の市場価格に合わせた価格形成をしていたというのである。これらの点からみても、原告とＣとの間の直接取引にすぎないものについて、本件市場を形式的に関与させるよう装っていたものといえる。
(ウ) 以上に加え、原告の経理担当であったＦも、「本件特例の適用を受けるためにＤを通して取引しているように書類を作成したり、代金の決済もＤを通すようにしたと考えられる」と述べていることなどからすれば、原告が、Ｃとの間の直接取引である本件Ｃ取引について、「市場において行う売却」を行ったかのごとく仮装したことは明らかである。
ウ 以上によれば、本件Ｃ取引は、措置法６７条の３第１項に規定する「市場において行う売却」に該当しないにもかかわらず、これを装い、本件特例の適用の要件に該当する事実を仮装し、又は真実は本件特例が適用されず課税対象となる要件に該当する事実を隠ぺいしたものであり、その隠ぺい又は仮装したどころに基づき、本件各申告書を提出したものであるから、本件各重加算税賦課決定は、適法である。
（原告の主張の要旨）
ア 重加算税の要件
重加算税の趣旨は、課税要件事実を仮装等するという不正手段を用いたという特別の事情が存する場合に、過少申告加算税等より重い制裁を課すことによって、仮装等したところに基づく過少申告等による納税義務違反の発生を防止し、もって申告納税制度の信用を維持し、その基礎を擁護することにあると解すべきであるから、重加算税を課すためには、これにふさわしい「不正手段」性が要求されるべき、すなわち、少なくとも過少申告の意図をもって仮装等の行為を行って初めて上記の「不正手段」性が認められるべきであるから、仮装等の行為のときに過少申告の意図が必要であると解すべきである。
イ 仮装の事実がないこと
(ア) 措置法６７条の３第１項１号に規定する「その他政令において定める市場において行う取引」の一つに、「一の卸売業者と一の卸売の相手方（仲卸業者や卸売を受ける者）が個別に売買取引を行う方法」（卸売市場法３５条１項２号）、すなわち、「相対取引」という取引形態があり、その中には予約相対取引（卸売業者が卸売の相手方との間においてあらかじめ締結した契約に基づき確保した生鮮食料品等の卸売を行う取引）も含まれ、そして、上記にいう「売買取引」とは、民法５５５条に規定する「売買」である。
(イ) 本件Ｃ取引の具体的な流れは、①原告がＤに対して出荷報告書と共に肉用牛を発送する、②Ｄは、その肉用牛の買い手を探すことになるところ、本件市場を利用する主要な買い手候補は３社ほどしかなく、その中でも、特にＣが大口の取引先であったことから、まず、Ｃに上記の肉用牛の購入方を打診する、③Ｃは、本件市場に赴き、その場で上記の肉用牛の肉質等をチェックした上で購入価格等の提示内容を決定し、その内容を記載した本件ＸをＤに提示し、Ｃが提示した上記の条件は、Ｄからみるといつも相場に従った適正価格であると思われたので、Ｄは上記の条件を受け入れて、上記の肉の「売買取引」を成立させる、④上記の売買契約に従い、Ｄは、Ｃに対し、上記の肉を交付し、Ｃは、Ｄに対し、売買代金を振り込む方法により支払う、⑤Ｄは、原告に対し、上記の売買契約の成立を証する本件売買仕切書を送付した上、売買代金から委託手数料を差し引いた金額を送金する、というものである。
このように、本件Ｃ取引については、売主であるＤは、目的物を買主であるＣに引き渡し、Ｃは、Ｄに対し、代金を支払い、最終的な売買条件は、ＤとＣとの間で決定するという取引であり、原告から肉の売却の委託を受けたＤとＣとの間に「売買取引」がある。
(ウ) 原告としては、Ｃに対し、大まかな売買価格算定方法の希望を伝えていたことはあるものの、あくまでＣは、目的物である肉を自らチェックした上で提示条件を決定し、原告も、ＤとＣとの売買取引の結果が記載された本件売買仕切書が届いて初めて、自らの希望に従った売買条件になっているか否かを知るに至っていた。原告とＣとの間で当時の運用を確認する限りで本件覚書を作成し、原告がＣに対してあらかじめ大まかな売買価格算定方法の希望を伝えていたことがあるものの、このような取扱いは市場取引における商慣習として認められているものであり、まさしく「市場取引」の一態様というべきである。ＤがまずＣに対して購入方を打診していたことについても、主要な買い手候補を３社ほどしか抱えていない本件市場も市場として認められている以上、相対取引を行うことができるのであって、市場が事実上特定の会社にまず購入方を打診するという運用が行われていたとしても、それだけで市場取引性を排除するものではない。Ｃが提示した条件をＤがほぼ受け入れていたことについても、買い手候補者から相場に従った代金額を提示されたので、同提示を拒絶する理由はないと考えたというＤの対応も合理的である。
また、被告は、原告とＣとがＩ牛のブランド化を企図し、そのためにグループ会社全体で生産から販売までの一元化を図っており、その目的のために本件覚書を作成したものであり、本件覚書は、原告とＣとの直接取引のための書面であると主張する。しかしながら、原告は、平成１４年ころ、継続的に高値で購入してもらえるような一定の品種、肥育素牛、飼育農場、出荷月齢を満たした良質な枝肉を生産し、Ｉ牛のブランド化を図ることを企図していたため、原告は、上記の条件を満たす枝肉を他よりも高値で購入してくれることが多かったＣとの間で、当時の本件市場における取引方法を確認する目的で、本件覚書を作成することを依頼したにすぎない。被告が主張する生産から販売までの一元化については、その具体的な内容が必ずしも明らかではない上、原告が生産から販売までの一元化を図っていたのであれば、原告は、Ｉ牛について端的にＣとの間で直接取引をすれば足りたのであり、わざわざ出荷する必要はなく、仮に、原告が本件特例を悪用したいと思っていたのであれば、あえて本件覚書等は作成せず、市場と共謀して売却証明書を仮装してもらうという手段をとればよいのであり、本件覚書等が存在することは、むしろ、原告とＣとの間に何ら直接取引がなかったことの証左になるというべきである。
被告が主張する本件精算書に記載された「耳標Ｎｏ」と同じ特定の肉用牛が本件Ｘ及び本件売買仕切書に記載されている点については、原告は、肉用牛をＤに出荷すると同時に、Ｃに対し、本件精算書を送付していたのであるし、Ｃとしては、上記のとおり、本件精算書の記載に拘束されず、自らの判断で購入の有無、条件等を決めていたのであるから、Ｃが買い取る肉用牛が出荷前からあらかじめ特定され決められていたという事実はない。
(エ) と畜枠は生産者側が有することが多いものの、卸売を受ける者が有していることもあり、現に、Ｃは、本件市場においてと畜枠を有しており、他の市場においても他社と共同してと畜枠を有している。そして、原告は、本件市場にと畜枠を有していないものの、本件市場を利用する大手の卸売を受ける者らがと畜枠を有しているから、Ｄに肉用牛を出荷して、大手の卸売を受ける者らが購入してくれれば、卸売を受ける者らが自ら有すると畜枠でと畜してくれると考えていた。Ｄは、原告から肉用牛の出荷を受け、Ｃに対して購入の意思を確認して、Ｃが購入する意向を示した場合には、当該肉用牛をＣのと畜枠でと畜してもらっており、本件覚書は、その場合におけると畜料の精算方法についての運用が書面化されたものである。
(オ) 農林水産省生産局畜産部食肉鶏卵課が作成した「肉用牛売却所得の課税の特例措置に係る執務参考資料の周知について」と題する書面の問５の趣旨は、中央卸売市場や指定市場のような大規模市場であれば、通常は市場における適正な価格形成機能があるため、「農家等と買参人との間で、取引を行う市場が定めた中央卸売市場又は指定市場のセリ売価格の動向をもとに、大筋の取引価格について相談する」必要性がないことが多いのに対し、小規模市場である認定市場の場合には、上記の必要性が高いことが多く、当該相談が商慣習上認められることが多いため、認定市場において取引を行う市場が価格動向を定めた場合という事例の判断として、上記の商慣習を尊重しようとしたものである。このような趣旨からすれば、上記の問５は、認定市場以外の事例や取引を行う市場が価格動向を定めた場合以外の事例を排斥するものではなく、上記の事例と類する事例においても、上記の商慣習と類する商慣習は尊重されるべきという解釈指針を示したものと解される。本件Ｃ取引は、まさに上記の事例と類する事例であり、そのような相談をすることは商慣習として行われているのであるから、上記の問５の趣旨に照らすと、原告とＣとの間において「大筋の取引価格の相談」があることをもって、市場取引性が否定されることにはならない。
(カ) 以上によれば、本件Ｃ取引は、その実態も外形も「相対取引」であるから、原告は、仮装等を行っていない。
ウ 仮装の故意がないこと
(ア) 本件における仮装の故意とは、①本件Ｃ取引が措置法６７条の３第１項に規定する「その他政令において定める市場において行う売却」に該当しないことを認識しながら、②当該売却に該当する事実関係を装う故意をいうと解される。
(イ) ①については、原告には、本件Ｃ取引が「その他政令において定める市場において行う売却」に該当しないことの認識は全くなかった。
②についても、原告には、当該売却に該当する事実関係を装う故意もなかった。仮に、原告に上記の事実関係を装う故意があったならば、真っ先にＤから措置法６７条の３第３項に規定する肉用牛売却証明書類を取り寄せていたはずであり、当該売却の該当性を疑われる要素にもなりかねない本件覚書等の各種資料をあえて作成するはずもない。原告が肉用牛売却証明書類を取り寄せず、あえて本件覚書等の資料を作成していたことは、原告が上記の事実関係を装う故意を有していなかったことを如実に示すものである。また、原告は、肉用牛の多くを優先的に相場が高い東京食肉市場に出荷していたものの、と畜枠の関係で東京食肉市場に出荷することができなかった分について、原告の事務所から近い本件市場に出荷をしてきた。大規模市場における取引の場合には、原告が買受人候補者との間で大筋の取引価格について相談せずとも、自ずと相場に従った価格が形成されるために問題はないのに対し、本件市場のような小規模市場における取引の場合には、買受人候補者がごく少数であるため、商慣習上認められている大筋の取引価格の相談をしない限り、買受人が不当に安く買いたたくなどといった極めて不安定な価格形成がされるおそれがあったため、原告が本件市場に出荷した分についてのみ、市場取引の商慣習として認められている大筋の取引価格についての相談として本件覚書等を作成したのである。
(ウ) したがって、原告には、①本件Ｃ取引が措置法６７条の３第１項に規定する「その他政令において定める市場において行う売却」に該当しないことを認識していたことも、②当該売却に該当する事実関係を装う故意を有していなかったことも明らかである。
エ 原告には過少申告の意図がないこと
原告は、被告が仮装行為であると主張する本件Ｃ取引の時点において、過少申告の意図も有していなかった。
オ 以上によれば、原告が本件各取引のうち本件Ｃ取引について措置法６７の３第１項に規定する「市場において行う売却」を仮装したとは認められず、本件各重加算税賦課決定は、不適法である。
第３ 当裁判所の判断
１ 認定事実
前記前提事実（前記第２の２）並びに証拠（文中に記載したもの）及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実が認められる。
(1) 当事者等
ア 原告は、昭和２６年に設立された肉用牛の飼育及び販売等を目的とする有限会社であり、農地法２条７項に規定する農業生産法人である。
Ｊ（以下「Ｊ」という。）は平成９年調査の当時、戊は平成１３年から平成１９年まで、それぞれ原告の代表取締役であり、Ｆは、平成１３年４月から平成１８年３月まで、原告の経理課長であり、原告代表者は、本件調査の当時、原告の総務部長であった（甲６、７、乙１７、１９、証人戊）。
イ Ｂは、昭和５９年に設立され、平成１３年３月１日を合併期日として原告と合併して解散した有限会社であり、戊は、平成７年以降、同社の代表取締役であり、Ｊは、平成９年調査の当時、同社の経理の責任者であった（甲１０、１７、乙１６、証人戊）。
ウ Ｄは、枝肉等の受託販売等を目的とする株式会社で、本件市場の開設者であり、Ｋ（以下「Ｋ」という。）は、平成１７年７月以降、同社の代表取締役である（甲９、乙３、２７）。
エ Ｃは、精肉の卸売等を目的とする株式会社であり、Ｌ（以下「Ｌ社長」という。）は、平成元年１２月以降、同社の代表取締役社長であり、Ｍ（以下「Ｍ専務」という。）は、同社の取締役専務である。Ｃは、Ｄに対し、平成１７年９月３０日当時、４０００万円を貸し付けていた（甲８、乙４、２８、証人Ｌ）。
オ 乙会長は、原告の代表取締役会長で、Ｃの取締役会長であり、平成１７年７月以降、Ｄの取締役である。乙会長は、原告の同年６月３０日当時の出資金２３００万円のうち１１５０万円（５０パーセント）を出資しており、Ｃの同年９月３０日当時の発行済株式総数６万株のうち２万７５００株を保有していた（乙２、４、２７）。
カ 丙税理士は、東京国税局法人課等に勤務した経歴を有する税理士であった者であり、Ｂが設立された当初から、同社の法人税の確定申告書の作成等を行っており、原告についても同様であったが、平成１５年に死亡した（甲４の１及び２、１２の１及び２、１４）。
キ Ｎ税理士（以下「Ｎ税理士」という。）は、原告の本件各事業年度の法人税の確定申告に係る本件各申告書の作成等を行った税理士である（甲１の１及び２、乙４）。
(2) 本件調査等の経過
ア 平成９年調査の状況等（乙１８、２９、３０、証人丁）
(ア) 太田税務署の法人課税部門に勤務していた丁調査官は、平成９年秋ころ、Ｂの事務所に臨場し、法人税等に関する調査を実施した。丁調査官は、調査前に、同社の法人税の確定申告書に肉用牛売却証明書類の添付がなかったことを把握しており、調査の際に、Ｊ及び同社の関与税理士であった丙税理士に対し、本件特例の適用を受けるには確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付することが要件であると指摘した。これに対し、丙税理士は、肉用牛売却証明書類の添付が要件であることは認識しているが、市場から肉用牛売却証明書類を発行してもらうにも量が多く、また、同社に保管してある売買仕切書などの書類により１００万円以下の売却であることやその他本件特例に該当する肉用牛の売却であることを個別に確認することができるとして、同社に来て上記の書類を確認すれば分かるはずであるなどと繰り返し主張したほか、肉用牛売却証明書類は市場に依頼しないと発行してもらえないし、大量になるので発行の依頼もしていないなどと述べた。なお、丙税理士は、昭和５９年にＢが設立された当初から同社の各事業年度の法人税の確定申告に関与しており、本件特例の適用による損金算入に関する申告の記載をした確定申告書を作成して提出していたところ（甲４の１及び２）、その際に肉用牛売却証明書類を添付していなかったが、同社についてはこの点を理由とする更正等はされていなかった。丁調査官は、丙税理士に対し、本件特例の適用を受けるには肉用牛売却証明書類の添付が要件であり、肉用牛売却証明書類以外の書類を確認することができる状態にあることによって本件特例の適用を認めることはできないと指導した。
丁調査官は、太田税務署の統括国税調査官と協議した結果、同社の平成８年７月１日から平成９年６月３０日までの事業年度（以下「平成９年６月期」という。）の開始の日前５年以内に開始した事業年度において生じた繰越欠損金額が多額であったこと、同社に対する買収の話があったこと、今後肉用牛売却証明書類の添付について改善が見込まれることなどから、肉用牛売却証明書類の添付がないことを理由に更正をせず、本件特例の適用に関しては指導するにとどめることとした。
丁調査官は、丙税理士に対し、今後肉用牛売却証明書類を添付するよう指摘した上、平成９年６月期について本件特例の適用以外の指摘事項について確定申告に係る内容の修正を求め、修正申告書の下書きとして「別表４所得の金額の計算に関する明細書」等（甲１３。以下「修正明細書」という。）の用紙に書き込みをしたものを送付し、同社から同書面に従った修正申告書の提出を受けた。
(イ) 事実認定の補足説明
原告は、丁調査官は、Ｂの代表取締役であった戊に対し、確定申告書に肉用牛売却証明書類の添付がないことにつき何ら指摘せず、むしろ１００万円以上の肉用牛の売却による利益は損金に算入されないので注意してくださいと指摘したにすぎない上、丙税理士に対し、本件特例が適用されることを前提とする修正明細書を送付しており、このような指摘等は、肉用牛売却証明書類の添付が不要であるとする指導であって、丁調査官の陳述書（乙１８、２９、３０）及び証言（以下「丁調査官の供述等」という。）については信用性を欠くと主張し、戊の陳述書（甲１０、１７）及び証言（以下「戊の供述等」という。）にもこれに沿う部分がある。
しかしながら、丁調査官の供述等においては、平成９年調査の際に、丙税理士等に対して本件特例の適用を受けるには確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付することが必要である旨指摘したことが一貫して述べられており、その際の丙税理士とのやり取りに係る内容は具体的であり、特段不自然な点は見当たらず、また、丁調査官が上記のやり取り等を記憶している理由について、上記の指摘を受けた丙税理士が声を荒げて主張したこと、個人的には肉用牛売却証明書類の添付がないことを理由に更正をすることができると考えていたところそれができなかったことが印象に残っていることなどが述べられており、それらの内容は合理的で、首肯するに足りるものというべきである。
また、丁調査官が本件特例が適用されることを前提とする修正明細書を丙税理士に送付している点については、上司と協議した結果、肉用牛売却証明書類の添付がないことを理由に更正をしないとの判断に至った後にされたものであり、同社の平成９年６月期の確定申告書において約６６００万円の繰越欠損金額が計上されており（甲１２の１）、上記の更正をしても当該事業年度の法人税の納税額に影響しなかったことがうかがわれることなどからすれば、上記の更正をしなかった理由についても不合理であるとまでは認められない。
丁調査官が同社の代表者であった戊に対して肉用牛売却証明書類の添付がないことを指摘していない点については、丁調査官が同社の関与税理士である丙税理士に対して指摘をしているのであるから、不合理であるとはいえない。
なお、丁調査官の陳述書（乙１８）中に、同社が平成９年調査の当時に赤字が大きく利益が出ていない状態にあった旨述べられている点については、他の陳述書（乙２９）で、同社の繰越欠損金額を念頭に述べたものとされており、そのような説明をもって直ちに丁調査官の供述等の全体としての信用性が左右されるものというべき事情は見当たらない。また、上記の更正をしない旨の判断を最終的にした者が丁調査官であるか、その上司であるかの点についても、丁調査官の供述等に矛盾があるとまでは評価し難い。
以上に述べたことからすれば、丁調査官の供述等が信用性を欠くとはいえず、上記の原告の主張等は、直ちに採用することはできない。
イ 前回調査の状況等（甲１６、乙１５、４０、証人Ｈ）
(ア) 太田税務署の法人課税部門に勤務していたＨ調査官は、平成１４年１０月７日及び８日、上席国税調査官と共に、原告の事務所に臨場し、法人税に関する調査を実施した。Ｈ調査官は、調査に立ち会っていたＦから、売買仕切書その他の書面の提示を受け、本件特例の適用に係る肉用牛の取引の内容等を聴取した結果、Ｆに対し、太田税務署に持ち帰って検討する事項として、本件特例の適用に係る肉用牛の取引のうち市場等以外の相手に対する売却が含まれている点等について指摘した。Ｈ調査官は、それまで本件特例の適用が問題となる事案を扱った経験がなく、上記の時点では、本件特例を適用するには確定申告書等に肉用牛売却証明書類の添付があることが要件であると認識していなかったことから、Ｆに対し、丙税理士が作成した原告の平成１３年７月１日から平成１４年６月３０日までの事業年度（以下「平成１４年６月期」という。）の法人税の確定申告書（乙２０）に肉用牛売却証明書類の添付がなかった点については、指摘することはしなかった。
その後、Ｈ調査官は、本件特例を適用するには確定申告書等に肉用牛売却証明書類の添付があることが必要であることを認識し、原告の平成１４年６月期の確定申告書に肉用牛売却証明書類の添付がなかったことを確認したが、これを理由に更正をしても最終的な税額に影響しないことなどから、太田税務署の統括国税調査官と協議した結果、肉用牛売却証明書類の添付がないことを理由に更正をせず、本件特例の適用に関しては指導するにとどめることとした。
Ｈ調査官は、平成１４年１２月上旬ころ、原告の事務所に臨場し、Ｆに対し、本件特例の適用を受けるには確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付しなければならない旨等を指摘し、そのような指摘をした旨を記載した書面（乙４０の別添２）を作成し、前回調査の記録に綴った。
(イ) 事実認定の補足説明
原告は、前回調査の担当調査官は、本件特例の適用を受けるに当たり、肉用牛売却証明書類の添付を不要とする旨の指導をしたものであり、Ｆに対し、肉用牛売却証明書類を添付しなければならない旨等を指摘したことはなく、Ｈ調査官の陳述書（乙１５、４０）及び証言（以下「Ｈ調査官の供述等」という。）については信用性を欠くと主張し、Ｆの陳述書（甲６）、戊の供述等にもこれに沿う部分がある。
しかしながら、「調査指摘事項」として「特別控除の適用のためには、売却の証明書を申告書に添付しなければならない。」等の記載のある書面（乙４０の別添２）については、Ｈ調査官が平成１４年１２月に原告の事務所に臨場しＦに対して上記の指摘をした後に作成し、前回調査の記録に綴っていたものであることが認められ（証人Ｈ）、これを覆すに足りる証拠はない。
また、前回調査の記録には本件特例の適用に関する資料（乙４０の別添１）が綴られていることが認められ（同証人）、同資料のうちインターネットの画面を印刷したもの（同別添１の３枚目から９枚目）の印刷日付が同年１０月２２日であることにも照らし、Ｈ調査官が同月７日及び８日にした臨場後に本件特例の内容、要件等について調査したと認められること（同証人）からすれば、同調査の際に本件特例を適用するには確定申告書等に肉用牛売却証明書類の添付があることが要件であることを知ったというのも、経過として自然なものというべきであって、Ｈ調査官がそれより前の臨場の際に肉用牛売却証明書類が添付されていないことを指摘しなかったこと等についても、不自然ないし不合理とはいえない。なお、Ｆが作成した「税務調査結果」と題する書面（甲１６の１枚目）については、同年１０月の臨場の際の指摘事項がまとめられたものであることがその記載内容から明らかであり、同書面中に本体特例の適用を受けるには確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付しなければならない旨の指摘が記載されていないことは、上記の認定判断に照らし、不合理とはいえない。
以上に述べたことからすれば、Ｈ調査官の供述等が信用性を欠くとはいえず、上記の原告の主張等は、直ちに採用することはできない。
ウ 本件調査の状況等（乙１、乙２４、乙３２、証人Ｇ）
(ア) 原告は、太田税務署長に対し、平成１６年８月３１日に平成１６年６月期申告書（甲１の１）を、平成１７年８月２５日に平成１７年６月期申告書（甲１の２）を、それぞれ提出したところ、それらの際、肉用牛売却証明書類の添付はなかった。
(イ) 太田税務署の法人課税部門に勤務していたＧ調査官は、本件調査に先立ち、肉用牛の生産者がＤの発行に係る白地の肉用牛売却証明書類である売却証明書に金額等を記載する方法などにより不正に本件特例の適用を受けるという事案等の情報を知り、Ｄに対して肉用牛の枝肉の卸売のための販売の委託をしていた原告に対し、法人税に関する調査をすることとした。Ｇ調査官は、調査前に、本件特例を適用するには確定申告書に肉用牛売却証明書類の添付があることが要件であることを認識するとともに、原告が提出した法人税の確定申告書には肉用牛売却証明書類の添付がないことを把握しており、また、前回調査の記録（乙４０の別添２）を確認し、前回調査において、原告に対し、本件特例の適用を受けるには確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付することが必要である旨の指摘がされていたことを認識していた。
(ウ) Ｇ調査官は、平成１８年１月１６日、上席国税調査官ほか２名と共に、原告の事務所に臨場し、調査を実施した。Ｇ調査官らは、本件覚書の存在を把握する一方、立ち会っていた当時の原告の総務部長であった原告代表者及びＮ税理士に対し、Ｄから肉用牛売却証明書類の発行を受けているか否かについて確認したのに対し、原告代表者及びＮ税理士は、売却証明書を保管しているはずであるので探し、見つかったら提示する旨申し出た。Ｇ調査官らは、Ｄが発行した売却証明書の不正使用等について解明するため売却証明書を確認する必要があったことなどから、その申出について否定しなかった。Ｇ調査官は、原告の事務所に保管されていた売買仕切書については確認したものの、個体登録通知書については確認することができなかった。
(エ) その後、Ｇ調査官は、Ｈ調査官から、前回調査の状況について確認し、また、丁調査官から、平成９年調査について、Ｂに対して確定申告書に肉用牛売却証明書類の添付がないことを指摘した際の関与税理士とのやり取りの状況等を確認した。
(オ) Ｇ調査官及び上席国税調査官は、平成１８年１月２７日、Ｄに対し、調査を実施し、Ｋから、原告に対して肉用牛売却証明書類を発行していなかったところ、先日、原告からまとめて発行してほしいとの要求があり、平成１７年分については原告に郵送したが、それ以前の分については現在作成中である旨を聴取した。
(カ) Ｇ調査官及び上席国税調査官は、平成１８年１月３１日、Ｏ市場を運営しているＰ協同組合に対し、調査を実施し、同協同組合の参事から、原告に対して肉用牛売却証明書類を発行しておらず、先日、原告からまとめて発行してほしいとの要求があり、現在作成中である旨を聴取した。
(キ) Ｇ調査官及び上席国税調査官は、平成１８年２月８日、原告の事務所に臨場して調査を実施し、その際、原告代表者から、前回の調査の後に原告の依頼に基づきＤが発行した肉用牛売却証明書類である売却証明書の提示を受けたものの、原告代表者に対し、本件特例の適用には期限内に提出された確定申告書に肉用牛売却証明書類の添付があることが要件であり、後日に発行されたものを提出してもこれに該当しないこと、措置法６７条の３第４項に規定する「やむを得ない事情」があるとは認められないことを説明し、上記の売却証明書を受領しなかった。
(ク) Ｇ調査官は、平成１８年２月２０日、Ｃに対し、調査を実施し、Ｌ社長から、①原告との取引における肉用牛の価格は、本件覚書に記載があるとおり、生体に歩留率を乗じて計算しており、生体価格は東京と大阪の市場価格の平均であること、②１頭当たりの価格を決定するのに東京と大阪の市場価格の平均に１８円を加算しているのは、重量の誤差を考慮したものであること、③平成１７年６月から１キログラム当たり５０円を値引きしているのは、債権の回収のためであること、④Ｍ専務が、原告から送信された精算書記載の金額を枝肉の格付を基に割り振り、Ｘを作成し、Ｘ記載の単価により計算された売上げの合計金額を上記の精算書記載の金額と近くなるように調整していること、⑤Ｘについては、ＣがＤあてにファクシミリを利用して送信し、Ｄは、これにより売買仕切書を作成していることなどを聴取した。
(ケ) Ｇ調査官及び上席国税調査官は、平成１８年５月１９日、当時は既に原告を退職していたＦに対し、調査を実施し、Ｆから、本件覚書について、①原告とＣとがブランド牛を安定的に売買することができるように作成したものであること、②乙会長が主導して作成したものであること、③本件覚書に係る取引については、Ｆとしては、本件特例が適用される取引には該当しないと考えており、本件覚書の作成には関与しなかったこと、④本件特例の適用を受けるためにＤを通した取引をしているように書類を作成し、代金の決済も同社を通すようにしたと考えられることなどを聴取した（甲６）。
(コ) 乙会長、戊及び原告代表者は、平成１８年６月２３日、太田税務署を訪問し、その際、Ｇ調査官は、乙会長に対し、本件特例の適用を受けるには確定申告書に肉用牛売却証明書類の添付があることが要件であることについての認識の有無を質問したところ、乙会長は、これを認識しており、まさか添付していないなんて思わなかった旨等回答した。
(サ) 戊及び原告代表者は、平成１８年６月３０日、太田税務署を訪問し、その際、売買仕切書等については持参したが、Ｄ等から発行された肉用牛売却証明書類である売却証明書については持参しなかった（証人戊）。Ｇ調査官は、戊らが持参した売買仕切書及び個体登録通知書を確認したが、これらの書面は肉用牛売却証明書類には当たらないため、これらを受領しなかった。
(シ) 太田税務署長は、平成１８年１１月２８日付けで、原告に対し、原告の本件各事業年度の法人税について、①本件各申告書に肉用牛売却証明書類の添付がないことから、本件特例の適用はないこと、②本件Ｃ取引について、措置法６７条の３第１項１号に定める「市場において行う売却」を行ったかのごとく仮装した取引と認められることなどを理由に、本件各処分（甲２の１及び２）をした。
(ス) 事実認定の補足説明
原告は、平成１８年１月１６日の調査において、Ｇ調査官は、原告代表者に対し、「これまで、売却証明書を保管しているから免税の措置を認めてきたものであるが、保管していないのであれば、認められない」とはっきり発言したのに対し、原告代表者は、「保管してあるはずだから探します。見つかったら提示します」と回答し、Ｇ調査官がこれを了解し、同年２月８日の調査においても、上記と同様の発言をしたとし、これらの発言は、太田税務署が原告につき本件特例を適用するには確定申告書に肉用牛売却証明書類の添付があることが絶対的要件ではないなどの公的な見解を表示したものであることは明らかであり、Ｇ調査官の陳述書（乙１、２４、３２）及び証言（以下「Ｇ調査官の供述等」という。）については信用性を欠くと主張し、戊の供述等並びに原告代表者の陳述書（甲７）にもこれに沿う部分がある。
しかしながら、Ｇ調査官の供述等においては、Ｇ調査官は、Ｄが発行した売買証明書を用いた本件特例の不正適用の事案等の情報を知ったことから、原告に対する平成１８年調査を実施することになったこと、事前に本件特例を適用するには確定申告書等に肉用牛売却証明書類の添付があることが要件であることを把握し、原告が提出した法人税の確定申告書には肉用牛売却証明書類の添付がなかったことを確認した上で、原告の事務所に臨場したこと、原告代表者等に対し、肉用牛売却証明書類の有無を確認したのに対し、原告代表者等から、売却証明書を探して提示するという申出があったところ、上記の売却証明書の不正使用等について解明するため、その申出を拒否しなかったにすぎないこと、２回目に臨場する前にＤに対する調査において原告からの依頼に基づき売却証明書を発行していることなどを確認したことから、２回目の臨場の際に上記の売却証明書の提示を受けたものの、後日に発行されたものを提出しても本件特例を適用する要件に該当しないことなどを説明して、これを受領しなかったことというように、平成１８年調査の経過について具体的に述べられており、それらにつき不自然又は不合理な点は見当たらない。
前記に述べたとおり、Ｈ調査官が、前回調査の際にＦに対して本件特例の適用を受けるには確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付しなければならない旨を指摘したことについて書面（乙４０の別添２）を作成し、これを前回調査の記録に綴っていたことを覆すに足りる証拠はなく、同記録中に綴られていた上記の書面を確認した旨のＧ調査官の供述等に不自然な点があるともいえない。
そして、原告の主張等によれば、原告は、平成１８年１月１６日の調査の際のＧ調査官の「これまで、売却証明書を保管しているから免税の措置を認めてきたものであるが、保管していないのであれば、認められない」との発言があった後、原告の事務所で保管しているはずの売買証明書が見つからない場合に備えて、各市場に対して肉用牛売却証明書類の発行を依頼したというのであるが、売買仕切書等の保管をもって本件特例の適用を受けることができると考えていたとする原告が、肉用牛売却証明書類に当たる書面の発行も受け、これを保管しているはずであるとした上で、それが見つからない場合に備えて、改めてその発行を依頼したというのは、一貫した行動とはいえない面があるのであって、むしろ、Ｇ調査官から本件特例の適用には肉用牛売却証明書類の添付が必要であるとの指摘を受け、原告代表者が、売却証明書を保管しているはずであるので探し、見つかったら提示する旨申し出たところ、Ｇ調査官がその申出を否定しなかったことから、原告において、速やかに肉用牛売却証明書類を追加提出すれば本件特例の適用が受けられるものと考え、肉用牛売却証明書類の発行を依頼したという方が自然であるともいえる。
以上に述べたことからすれば、Ｇ調査官の供述等が信用性を欠くとはいえず、上記の原告の主張等は、直ちに採用することはできない。
(3) 本件Ｃ取引の内容等
ア 食肉卸売市場における取引について
Ｑ卸売市場における卸売業者であるＲ株式会社に対して食肉の卸売市場における肉用牛に係る一般的な取引の流れを被告側において調査した結果は、以下のとおりである（乙６、３５）。
(ア) 肉用牛に係るいわゆる生産者は、出荷を希望する日につき卸売市場に併設されていると畜場に空きがあるかを確認し、と畜場に空きがある場合には、食肉となる肉用牛の生体を搬入し、解体後の枝肉の卸売市場での卸売のための販売を卸売業者に委託する。
(イ) と畜枠は、一般的には、上記のと畜場の解体等の能力を超える申込みが常態化するような場合に、生産者に対して割り当てられるものであり、卸売を受ける者が有するものではない。
(ウ) 卸売市場においては、解体された後の枝肉が上場され、卸売業者によりせり売の方法又は相対取引により売買取引が行われ、卸売を受けた者は、その枝肉を消費者等に販売する。この場合、枝肉の所有権については、売買取引による売却まで、生産者に帰属し、と畜場使用料、と畜解体料、冷蔵庫保管料等の諸経費は、生産者が負担する。
(エ) 解体等の作業で生じる内臓、皮等の副生物については、いわゆる臓器業者や皮業者に対して建値で売却される。なお、上記の副生物の所有権についても、売却まで、生産者に帰属する。
(オ) 決済については、卸売業者が、卸売を受けた者から代金の支払を受けるなどし、委託手数料や諸経費を差し引いた上で、生産者に対して支払うところ、委託手数料の額は、業務規程をもって、全国一律に代金の３．５パーセント以内とされ、卸売業者は、通常、３．５パーセントに相当する金額の委託手数料の支払を受けている。
イ 本件市場における取引方法等
(ア) 本件市場の業務規程（乙３、３８。以下「本件業務規程」という。）
Ｄが開設する本件市場は、卸売市場法及び埼玉県卸売市場条例に基づく地方卸売市場であり、措置法施行令３９条の２６第２項２号に規定する「畜産物の価格安定に関する法律附則１０条の規定により中央卸売市場とみなされた市場」（中央卸売市場以外の市場であって、農林水産大臣の指定するもの）であるところ、Ｄが定めた本件市場の業務規程である本件業務規程には、以下のような定めがある。
ａ 本件業務規程１６条及び別表は、原則として、すべての物品の売買取引について、せり売若しくは入札の方法又は相対取引によらなければならない旨を定めている。
ｂ 本件業務規程１９条１項は、卸売業者は、受託物品に指値（委託者の指定価格の１０５／１００に相当する金額をいう。）のある場合は、販売前にその旨を表示しなければならない旨を定めている。
ｃ 本件業務規程３０条は、卸売業者は、受託物品を卸売したときは、委託者に対してその卸売をした翌日までに、当該卸売をした物品の品目、等級、単価（せり売若しくは入札又は相対取引に係る価格をいう。）数量、単価と数量の積の合計額、当該合計額の５パーセントに相当する金額、控除すべき委託手数料及び当該卸売に係る費用のうち委託者の負担となる費用の項目と金額並びに差引仕切金額（以下「売買仕切金」という。）を明記した売買仕切書を送付するとともに売買仕切金を支払うものとする旨を定めている。
ｄ 本件業務規程３１条は、委託手数料は、原則として、卸売金額に肉類及びその加工品につき３．５／１００を乗じて得た金額とする旨を定めている。
(イ) 本件市場における慣習等
本件市場に併設されたと畜場においては、自らのと畜枠でと畜を受ける者が、これについての費用を負担し、その代わりに、内臓、皮等を取得するという慣習になっていた（証人Ｌ）。
(ウ) 出荷者コード
Ｄが発行する売買仕切書に記載される出荷者コードについては、原告との取引においては、一般上場（交雑種、和牛）には「●●」が、一般上場（経産牛）には「●●」が、後記オの本件Ｃ取引には「●●」が、それぞれ用いられている（乙１、２４）。
ウ Ｉ牛のブランド化
(ア) Ｉ牛のブランド化の取組についてのＳ大学生物資源科学部のＴ作成の調査報告（乙３３）には、以下のような報告がされている。
ａ Ｉ牛は、原告によってブランド化された交雑牛であり、生産された牛肉の流通、販売には、グループ会社のＣ及び株式会社Ｕ（以下「Ｕ」という。）が関与している。
ｂ Ｉ牛は、平成１４年６月に商標の出願をし、平成１５年８月に商標証の交付を受けた。
ｃ Ｉ牛の流通過程については、原告で肥育された牛の出荷（交雑種の場合、年間２０００から２３００頭で、そのうちＩ牛ブランドとしては年間６００頭程度）については、東京都内の市場及び本件市場に各４０パーセント、さいたま市内の市場に２０パーセントとなっている。本件市場には比較的品質の揃ったものを出荷しているが、これは、購買者が限られていることで、有利に販売しやすいことによる。グループ会社であるＣは、Ｉ牛ブランドを月に２０から３０頭取り扱っているが、本件市場から７０パーセント、東京都内の市場から２０パーセント、残り１０パーセントをさいたま市内の市場から入れ、同社で部分肉に加工して、Ｕを含むスーパーマーケットチェーンに販売している。
ｄ Ｉ牛の銘柄創設の経緯については、国内でいわゆるＢＳＥが発生したことへの対策事業の一環として実施された国産牛肉買取事業を悪用した牛肉産地偽装事件が平成１４年に起きたことを契機に、原告が、系列企業である流通業者のＣから、ブランド牛肉を作ることで、農家の顔が見える消費者にとって安全で安心な牛肉を提供することができ、それがバイヤーにとっても有利な販売につながるということで、ブランド作りを依頼されたことによる。
ｅ 流通業者であるＣにおけるＩ牛ブランドの牛肉を取り扱う理由や取り扱った時期とその契機については、生産から販売までグループ会社で一元化することができることにより、販売店や消費者のあらゆるニーズに応えることができ、安心・安全なおいしい牛肉を食卓に届けることができ、また、自分たちで子牛から飼養状態を確認することができることにより、製品の品質に自信を持って販売することができるという思いから、ブランド牛肉を取り扱うようになり、自分たちで作ったものを販売していきたいということで原告に依頼して平成１５年からブランド化したものを取り扱うようになったものである。
(イ) 財団法人Ｖが平成１６年９月１日に発行した「Ｗ」（乙１４）に掲載されている当時の原告の代表取締役である戊に対するヒアリング調査の記事には、戊が、Ｉ牛のブランド化について、相場に左右されない販売を目指しており、肉牛の４割については市場を通さずに、Ｉ牛ブランドでＣを通して販売しており、これらは、生協などを通して消費者に販売され、消費者のクレームなどが生産現場にフィードバックされているとの記載がある。
エ 本件覚書の内容等
平成１４年４月８日付けで、原告（当時の代表取締役社長は戊）は、Ｃ（当時の代表取締役社長はＬ社長）との間で、以下のような内容の本件覚書（乙７）を作成した。
(ア) 売買品目及び規格として、交雑種生体で生体重が５８０キログラムから８００キログラムの正常なものとし、毎週月曜日及び火曜日にそれぞれ１０頭を、Ｄに出荷する。
(イ) 毎週、①東京食肉市場及び大阪食肉市場の前週の交雑種枝肉相場を売買単価の基準とし、②両市場における去勢牛及び雌牛のＢ３及びＢ２枝肉相場の単純平均単価を算出し、これを先週の枝肉平均価格とし、③先週の枝肉平均価格に６０．５パーセント（枝肉歩留まり実績）を乗じて生体単価に換算し、③生体単価に出荷体重を乗じたものを売買価格とするとの基準によって売買価格を決定する。
(ウ) 出荷体重について、①出荷対象牛のすべてについて個別に体重を測定する一方、②トラックスケールにより出荷牛の総重量を計量し、③個別体重の総和とトラックスケールによる総重量との差を出荷頭数で除した値を、実測個別体重に分配して、これを個体ごとの出荷体重とする。
(エ) 売渡しの場所は、Ｄとし、同所までの一切の責任は原告にあるものとし、売渡しの後の一切の責任はＣに移るものとする。
(オ) と畜料は、Ｃが負担し、上場手数料は、原告が負担する。
(カ) 内臓・皮の所有権は、Ｃにあるものとする。
オ 本件Ｃ取引の概要等
(ア) 原告は、本件Ｃ取引に係る取引をするに当たって、本件枝肉相場表及び本件積算単価計算書（乙１の別紙３、乙８の１及び２、２２）並びに本件精算書（乙１の別紙５、乙９の１及び２、２３）を作成し、これらをＣのＭ専務あてにファクシミリを利用して送信し、また、Ｄに出荷報告書を送付する（甲１７、乙１、２４）。
本件枝肉相場表には、東京食肉市場及び大阪食肉市場の枝肉相場として１週間の平均額等が記載されている。本件精算単価計算書には、同平均額に加算及び値引きをして算出した金額に歩留率を乗じて算出された生体換算の「精算単価（税抜）」が記載され、上記の歩留率が、雌について６０パーセント、去勢について６１パーセントと記載され、その平均率が６０．５パーセントとなっており、また、販売先として、Ｃ等と記載されている。さらに、平成１７年６月以降の本件精算単価計算書には、上記の計算に当たって、１キログラム当たり５０円（税抜）の値引きがされている旨の記載があるところ、この値引きについては、原告がＣから賃借している牛舎の賃借料等を精算するものである（乙１、１０）。
また、本件精算書には、「精算額」の算出の前提となる「単価」として、本件精算単価計算書の生体換算の「精算単価（税抜）」として記載された金額と同額が記載され、肉用牛の特定のために「耳標Ｎｏ」が記載されているほか、牛ごとの「個別体重」と「牛総重量（トラックスケール）」とが記載され、「個別体重」の合計と「牛総重量（トラックスケール）」との差を出荷頭数で除した数値を「個別体重」の数値に加算又は減算したものが「調査後体重」として記載されている（乙１の別紙５、９の１及び２、乙２３）。
平成１８年１月４日付け「出荷報告書」と題する書面（乙１の別紙１）には、各肉用牛ごとに区別した上で、手書きで「自家用」又は「一般上場」と記載され、同月３日付け「出荷報告書」と題する書面（乙１の別紙２）の「備考」欄には、各肉用牛ごとに区別した上で、「Ｃ」又は「一般上場」と記載されているところ、「自家用」は本件覚書にある売買品目及び規格のものでＩ牛のブランド名で売買するためにＣと取引する肉用牛につき、「一般上場」はそれ以外の上場取引する肉用牛につき、それぞれ用いられていた（乙１）。
(イ) Ｍ専務は、原告から本件精算書が送信されると、これに基づき、本件Ｘ（乙２５）を作成し、これをＤあてにファクシミリを利用して送信する（乙２４）。
本件Ｘの「牛番号」欄には、本件精算書の「耳標Ｎｏ」欄に記載されたものと同一の番号が記載されているほか、本件Ｘには、枝肉の単価等が記載されているところ、Ｍ専務は、解体された枝肉の格付を基に各枝肉の金額を割り振り、本件Ｘ記載の枝肉の単価により算出される売上げの合計金額が本件精算書記載の精算額の合計金額に近似するように調整していた（乙２３ないし２５）。
(ウ) Ｄは、Ｃから本件Ｘが送信されると、これに基づいて本件売買仕切書（乙１の別紙６、乙２４の別紙１、２６）を作成し、これを原告に送付し、Ｃから支払われた代金から委託手数料を控除した残額を原告に支払う。
本件売買仕切書には、①出荷者用コードとして「●●」、②「備考」欄等に本件精算書記載の「耳標Ｎｏ」及びこれと同一の本件Ｘ記載の肉用牛の特定のための番号と同一の番号、③「枝肉重量」欄及び「単価」欄に本件Ｘの「枝肉重量」欄及び「単価」欄記載のものと同一の重量及び単価が記載されているほか、本件売買仕切書の「売上合計金額」の合計欄に記載がある金額については、本件精算書の「精算額」欄記載の金額とほぼ一致し、差が生じた場合には直後の取引等で清算されている（乙１、８の１及び２、９の１及び２、１１の２、乙２３ないし２６）。
Ｄが控除する委託手数料については、１頭当たり６３００円とされており、本件売買仕切書の「差引仕切金額」欄には、「売上合計金額」欄記載の金額を合計した金額に「消費税」欄記載の金額を合計した金額を加算し、その合計金額から「控除金額合計」欄記載の金額（委託手数料のみの金額であり、と畜料、施設使用料等は計上されていない。）を差し引いた金額が記載されている一方、上記の「控除金額合計」欄記載の金額から「合計頭数」欄記載の数に６３００円を乗じた金額を控除した残額を上記の「差引仕切金額」欄記載の金額に加算した金額が手書きで記載され、Ｄから原告に対して後者の金額が支払われている（乙１、１１の１及び２、２６）。
なお、出荷者コードが「●●」である平成１７年１２月１６日付け「売買仕切書（控）」と題する書面（乙２４の別紙１）については、原告の肉用牛に係る枝肉がせり売の方法によりＣに卸売された場合の取引に関するものであり、本件精算書に記載されている「耳標Ｎｏ」に相当する記載はなく、売上合計金額に消費税を加算した額に３．５パーセントを乗じた金額が委託手数料の額とされている（乙１、２４）。
(エ) 本件Ｃ取引においては、Ｃが、解体等の作業で生じる牛の内臓、皮等の副生物を取得する一方、と畜に係る費用を負担していた（乙１、証人Ｌ）。
(オ) 本件精算書の一部（乙９の１及び２、２３）に記載された２１０頭（備考欄に「一般上場」と記載されたものを除く。）については、出荷者コード「●●」の本件売買仕切書に記載されている（乙１１の１及び２、２６、３７）。
(カ) Ｆは、乙会長に対し、Ｄから原告に対する入金が１週間遅れていることを連絡したことがあった（乙１２）。
２ 争点１（措置法６７条の３第３項の適用又は類推適用の可否）について
(1) 本件特例について定める措置法６７条の３第１項は、税制面における助成措置を講じることによって、国内農家における肉用牛の飼育の増加を図るとともに、肉用牛の流通を適正かつ円滑にして、その価格形成の合理化を図ることを目的として、農業生産法人が、その飼育した肉用牛を、所定の市場において行う売却の方法により売却した場合（１号）等において、その売却した肉用牛のうちに所定の免税対象飼育牛があるときは、その免税対象飼育牛の売却による利益の額に相当する金額を、その売却した日を含む事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入することを認める旨規定しており、昭和４２年に設けられたものである。
もっとも、同条３項は、同条１項の適用について、確定申告書等に同項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、明細書及び肉用牛売却証明書類を添付した場合に限り、適用する旨規定し、同条４項は、税務署長は、上記の記載又は添付がない確定申告書等の提出があった場合においても、その記載又は添付がなかったことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類並びに明細書及び肉用牛売却証明書類の提出があった場合に限り、同条１項を適用することができる旨規定している。このように、同条３項は、農業生産法人が本件特例の適用を受けようとする場合につき確定申告書等への上記の申告の記載及び肉用牛売却証明書類等の添付を要件とし、同条１項に規定する要件を充足することの証明の時期及び方法等を定めることにより、本件特例の適用を適正かつ迅速に行うことができるようにしたものであり、同条４項は、同条３項の記載又は添付がない確定申告書等の提出があった場合において、同項の規定により本件特例の適用を認めないとすると不当又は酷になるときもあることを考慮し、例外的に、「やむを得ない事情」があること等の要件を満たす場合に限って、なお本件特例の適用を受けることができるものとしたものと解される。
以上の規定の内容等に加え、本件特例が農業牛産法人に対して特別に講じられた税制上の優遇措置であることなどを併せ考慮するならば、本件特例の適用を受けるには確定申告書等に肉用牛売却証明書類等を添付することが要件であり、その添付がない場合には、同条１項を適用することはできず、同条４項の適用が問題となるにすぎないと解するのが相当である。
(2) 前記前提事実（第２の２）及び前記１の認定事実のとおり、原告が提出した本件各事業年度の法人税の確定申告書である本件各申告書には肉用牛売却証明書類の添付がなかったのであるから、措置法６７条の３第３項により、同条１項の適用を認めることはできない。
(3) これに対し、原告は、①措置法６７条の３第３項が手続的要件にすぎないこと、②太田税務署の職員が、原告等に対して、肉用牛売却証明書類を添付せずとも売買仕切書等を保管しているのであれば本件特例の適用を認める旨の指導をし（主位的主張）、少なくとも、本件特例の適用を受けるには肉用牛売却証明書類の添付が不要である旨の積極的な指導をしてきたこと（予備的主張）などの事情にかんがみると、本件各申告書に肉用牛売却証明書類の添付があるのと同視すべき事情があり、同項が適用又は類推適用されると主張する。
しかしながら、前記(1)に述べたとおり、措置法６７条の３第３項は、本件特例を適用することにつき法人税の確定申告書等に肉用牛売却証明書類の添付があることを要件として明確に規定しており、加えて、その添付がなかった場合のいわゆる宥恕規定として同条４項が設けられていることからすれば、これらの規定の文理から離れて、同条４項に該当する場合でないにもかかわらず、肉用牛売却証明書類の添付がないのに本件特例の適用があると解することはできないというべきである。また、前記１に記載したとおり、平成９年調査、前回調査及び本件調査の各担当調査官は、原告又は原告と合併する前のＢに対し、いずれも、本件特例の適用を受けるには確定申告書に肉用牛売却証明書類が添付されていることが必要であることを指摘していたのであり、措置法が明文をもって定めるところとは異なって、原告が主張するような指導をしたことを認めることはできず、上記の原告の主張は前提を欠くものといわざるを得ない。さらに、原告が保管していたという売買仕切書等については、措置法６７条の３第３項の規定による委任を受けて措置法規則２２条の１６が規定する肉用牛売却証明書類の記載事項のうち、農業生産法人の代表者の氏名、措置法６７条の３第１項１号の市場が措置法施行令３９条の２６第２項各号に掲げる市場である場合の当該各号に掲げる市場に該当することとなった年月月の記載を欠くなど、措置法６７条の３第３項が規定する肉用牛売却証明書類に該当するものではなく、仮に原告がその主張のとおり売買仕切書等を保管していたとしても、このことをもって所定の肉用牛売却証明書類が保管されていたのと同視するということもできない。
なお、最高裁平成●●年（○○）第●●号同２１年７月１０日第二小法廷判決・民集６３巻６号１０９２頁参照は、法人税の確定申告において、法人税法（平成１５年法律第８号による改正前のもの）６８条１項に基づき配当等に係る所得税額を控除するに当たり、計算を誤ったために控除を受けるべき金額を過少に記載したとしてされた更正の請求について、判示の事実関係の下では、同条３項の趣旨に反するということはできず、国税通則法２３条１項１号所定の要件を満たすものと判断しているところ、上記の判決の事案は、同一課税主体による二重課税の排除を趣旨とする上記の所得税額控除制度について、その適用を受ける方式の要件は満たしているものの、計算誤りにより控除額を過少に記載したというものであるのに対し、本件の事案は、上記のとおり、農業生産法人を対象として特別に講じられた優遇措置である本件特例について、措置法６７条の３第３項が明確に規定する肉用牛売却証明書類の添付の要件を満たしていなかったというものであって、上記の判決とは事案が異なるものである。
上記の原告の主張は、採用することができない。
３ 争点２（措置法６７条の３第４項に規定する「やむを得ない事情」の有無）について
(1) 前記２(1)に述べたとおり、措置法６７条の３第４項は、同条３項所定の記載又は肉用牛売却証明書類等の添付がない確定申告書等の提出があった場合において、同項の規定により本件特例の適用を認めないとすると不当又は酷になるときもあることを考慮し、例外的に、税務署長が「やむを得ない事情」があると認め、当該記載をした書類及び肉用牛売却証明書類等の提出があった場合に限り、本件特例を適用することができる旨を規定したものである。そして、同条３項は、農業生産法人に対して特別に講じられた税制上の優遇措置である本件特例の適用を適正かつ迅速に行うことができるように、確定申告書等に肉用牛売却証明書類を添付すべきことを要件として規定しているのであって、その例外を広く認めることは、同項の趣旨を没却することになりかねないことなどからすれば、同条４項に規定する「やむを得ない事情」とは、災害などによる農業生産法人の責めにすることができない客観的事情に限られ、法の不知や事実の誤認等の農業生産法人の主観的事情は当たらないと解するのが相当である。
(2) 本件特例の適用の要件として確定申告書等への肉用牛売却証明書類等の添付を求める規定は、昭和４２年に本件特例が設けられた当初から存在しており、前記１の認定事実のとおり、原告は、税理士に依頼して、平成１４年６月期の法人税の確定申告書や本件各申告書に本件特例の適用による損金算入に関する申告の記載をするとともに、明細書を添付して、本件特例の適用を求めていたことなどからすれば、本件特例の適用の要件に係る法令の定めの存在等を十分に認識していたと考えられる。そして、このことは、平成９年調査及び前回調査の際に、太田税務署の調査官が、原告及び原告と合併する前のＢに対し、本件特例の適用を受けるには肉用牛売却証明書類の添付があることが要件であり、今後添付すべき旨指摘しており、原告等から確定申告書の作成の依頼を受けた丙税理士も、平成９年調査の際に、上記の添付の要件を認識していた旨発言し、グループ会社である原告及びＣの主要な社員又は株主であるとともに役員でもある乙会長も、平成１８年６月２３日に太田税務署を訪問した際に、上記の添付の要件を認職していた旨述べていたことなどからも、うかがわれるところである。
また、原告が本件各取引について肉用牛売却証明書類の発行を受けることを妨げたような事情は見当たらず、かえって、本件における原告の主張によれば、肉用牛売却証明書類を発行してもらうことは極めて容易であったにもかかわらず、太田税務署の職員の指導があったことから、その発行を依頼しなかったというのであり、前記１の認定事実のとおり、本件調査の実施されていた期間中に、現に原告がＤから肉用牛売却証明書類の発行を受けていることからすれば、本件各申告書の提出に当たり、原告が本件各取引に係る肉用牛売却証明書類の発行を受けてこれを添付することが困難であったとは認められない。
以上に述べたところからすれば、本件各申告書に本件各取引に係る肉用牛売却証明書類の添付がなかったことについて、原告の責めに帰することができない客観的事情に基づくものとは認め難いから、「やむを得ない事情」があると認めることはできないというべきである。
(3) これに対し、原告は、太田税務署の職員が、原告等に対して、肉用牛売却証明書類を添付せずとも売買仕切書等を保管しているのであれば本件特例の適用を認める旨の指導をし（主位的主張）、少なくとも、本件特例の適用を受けるには肉用牛売却証明書類の添付が不要である旨の積極的指導をし、このような指導には措置法６７条の３第３項の趣旨に反しない合理的な根拠があったこと（予備的主張）などの事情にかんがみると、同条４項に規定する「やむを得ない事情」の存在が認められるべきであると主張する。
しかしながら、前記１及び２(3)に認定説示したとおり、太田税務署の各担当調査官が原告が主張するような指導したことを認めることはできず、上記の原告の主張は前提を欠くものといわざるを得ない。
また、前記１の認定事実のとおり、原告と合併する前のＢが、その昭和５９年の設立の当初から、確定申告書に肉用牛売却証明書類の添付がないのに本件特例の適用を受ける結果となっており、原告も、本件各申告書の提出前に、肉用牛売却証明書類の添付がないのに本件特例の適用を受ける結果となっていたとしても、そのことは、単に肉用牛売却証明書類の添付がないことを理由に更正等がされなかったというにとどまり、平成９年調査及び前回調査の際に上記の要件を満たさないことを理由に更正がされなかったことについては、相応の事情が存したことがうかがわれるところである。かえって、既に述べたとおり、太田税務署の各担当調査官は、本件特例の適用を受けるには確定申告書に肉用牛売却証明書類の添付があることが要件である旨を指摘していたことからすれば、上記の原告の主張は、採用することができない。
４ 争点３（信義則違反の有無）について
(1) 租税法規に適合する課税処分に対する信義則の法理の適用については、租税法律関係においては租税法律主義の原則が妥当し、法的安定性が強く要請されることからすれば、同法理の適用については慎重であるべきであり、納税者間の平等、公平という要請を犠牲にしてもなお、課税処分に係る課税を免れさせて納税者の信頼を保護しなければ正義に反するといえるような特別の事情が存する場合に限り、同法理の適用を検討すべきものといえ、そのような特別の事情が存在するか否かについての判断に当たっては、税務官庁が納税者に対し信頼の対象となる公的見解を表示したことにより、納税者がその表示を信頼しその信頼に基づいて行動したところ、後に上記の表示に反する課税処分が行われ、そのために納税者が経済的不利益を受けることになったものであるかどうか、また、納税者が税務官庁の上記の表示を信頼しその信頼に基づいて行動したことについて納税者の責めに帰すべき事由がないかどうかの点を考慮することが不可欠であると解すべきである（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同６２年１０月３０日第三小法廷判決・裁判集民事１５２号９３頁参照）。
(2) 原告は、太田税務署が原告について本件特例を適用するには肉用牛売却証明書類の添付は不要であるとの公的見解を有しており、その職員が職務執行として原告に対して信頼の対象に足り得る指導を行い、原告が何らその責めに帰すべき事由がなく上記の指導を信頼して確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付せず売買仕切書等を保管するという行動をとっていたにもかかわらず、突然、肉用牛売却証明書類の添付がないことを理由に本件特例の適用を否定して本件各処分がされた結果、１億円を超える納税義務を負わされるという経済的不利益を被ったのであるから、本件各処分は信義則に違反すると主張する。
しかしながら、前記に述べたとおり、太田税務署が原告が主張するような公的見解を有していたとか、その職員が原告が主張するような指導をしたといった事実を認めることはできない。
また、前記１の認定事実のとおり、後に原告と合併したＢは、平成９年調査が実施される前から、丙税理士に依頼し、確定申告書に肉用牛売却証明書類を添付することなく、本件特例の適用を前提とした確定申告をしていたものであり、また、丙税理士は、平成９年調査の際、丁調査官に対し、本件特例の適用を受けるには肉用牛売却証明書類の添付があることが要件であることを認識しているが、保管してある売買仕切書等によって本件特例の適用の要件の該当性を確認することができる旨述べていたほか、大量になるので肉用牛売却証明書類の発行を依頼していないなどと述べていたのである。このように、Ｂは、平成９年調査の前から、自らの判断に基づいて肉用牛売却証明書類の添付をしてこなかったものであり、前記２に述べたとおり、措置法６７条の３第３項が本件特例を適用するには確定申告書等に肉用牛売却証明書類の添付があることが要件であることを明確に定めていることをも併せ考慮すれば、原告が、同じく丙税理士の関与の下に、自らを対象として平成１４年に前回調査が実施される前から、Ｂにおけるのと同様の対応をしていたとしても、それについて、その主張するような平成９年調査又は前回調査の際の太田税務署の各担当調査官の指導等を信頼した結果であると直ちには認めることはできず、そのことについて原告に責めに帰すべき事由がないということもできないといわざるを得ない。
さらに、原告及びＢにつき確定申告書に肉用牛売却証明書類の添付がないのに本件特例の適用を受ける結果となっていた事情についての考え方は、前記３(3)に述べたとおりであり、このことをもって、先に述べた税務官庁による公的見解の表示に当たるとは認め難い上、上記のとおり、太田税務署の各担当調査官は本件特例の適用を受けるには肉用牛売却証明書類の添付があることが要件である旨を指摘していたことからすれば、仮に、原告が、本件各申告書に肉用牛売却証明書類を添付せずとも、売買仕切書等を保管しておけば、従前どおり、本件特例の適用を受けることができると期待していたとしても、そのような期待は、信義則の法理の適用を基礎付けるものとはいえない。
以上に述べたところによれば、上記の原告の主張は、採用することができない。
５ 争点４（国税通則法６５条４項の「正当な理由」の有無）について
(1) 国税通則法６５条１項に規定する過少申告加算税は、過少申告による納税義務違反の事実があれば、原則としてその違反者に対し課されるものであり、これによって当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする行政上の措置であり、このような過少申告加算税の趣旨に照らせば、同条４項にいう「正当な理由」とは、真に納税者の責めに帰することができない客観的な事情があり、上記のような過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁、最高裁平成●●年（○○）第●●号等同１８年４月２５日第三小法廷判決・民集６０巻４号１７２８頁参照）。
(2) 原告は、太田税務署の指導に基づき本件各事業年度に至るまで約２５年にわたって本件特例の適用が認められてきた等の事情からすれば、太田税務署が従来の取扱いを変更するのであれば、変更後の取扱いを納税者に周知するなどの措置を講ずべきであったから、少なくとも原告が太田税務署から何らかの取扱いの変更を周知されるまでの間は、原告が確定申告書への肉用牛売却証明書類の添付がなくても本件特例の適用を受けることができると解し、これに従って、その添付をしなかったとしても、やむを得ない事情があると主張する。
しかしながら、既に述べたとおり、太田税務署又はその職員が原告に対してその主張するような指導をしたといった事実を認めることはできず、かえって、太田税務署の各担当調査官が本件特例の適用を受けるには確定申告書に肉用牛売却証明書類の添付があることが必要であることを指摘していたのであるから、上記の原告の主張は前提を欠くものといわざるを得ない。また、原告及びＢにつき確定申告書に肉用牛売却証明書類の添付がないのに本件特例の適用を受ける結果となっていた事情についての考え方は、既に述べたとおりであり、太田税務署の調査官は本件特例の適用を受けるには肉用牛売却証明書類の添付があることが要件である旨を指摘していたことからすれば、仮に、原告が、本件各申告書に肉用牛売却証明書類を添付せずとも、売買仕切書等を保管しておけば、従前どおり、本件特例の適用を受けることができると考えていたとしても、それは、法の規定や上記の指摘に反する不合理な期待にとどまるものといわざるを得ないのであり、原告がそのような対応をしたことについて、真に原告の責めに帰することができない客観的な事情があると認めることはできない。
以上によれば、上記の原告の主張は採用することができない。
６ 争点５（本件各重加算税賦課決定の適法性）について
(1) 国税通則法６８条に規定する重加算税は、同法６５条１項（過少申告加算税）等に規定する加算税を課すべき納税義務違反が事実の隠ぺい又は仮装という不正な方法に基づいて行われた場合において、違反者に対して課される行政上の措置であって、故意に納税義務違反を犯したことに対する制裁ではないから、同法６８条１項による重加算税を課し得るためには、納税者が故意に課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装し、その隠ぺい又は仮装の行為を原因として過少申告の結果が発生したものであれば足り、それ以上に、申告に対し、納税者において過少申告を行うことの認識を有していることまでを必要とするものではないと解するのが相当である（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同昭和６２年５月８日第二小法廷判決・裁判集民事１５１号３５頁参照）。
そして、上記にいう事実の仮装とは、存在しない課税要件事実が存在するように見せかけることをいい、本件特例については、農業生産法人がしたその飼育した肉用牛の売却が措置法６７条の３第１項１号に規定する「市場において行う売却」の方法によるものではないにもかかわらずそのようなものであるかのように装った場合には、上記の事実の仮装に該当すると解するのが相当である。
上記と異なる前提に立つ原告の主張は、採用することができない。
(2)ア前記１の認定事実のとおり、原告とＣとの間で平成１４年４月８日付けで作成された本件覚書には、原告が特定の品目及び規格並びに頭数の肉用牛を特定の曜日にＤに対して出荷すべきこと、当該肉用牛の売却価格の決定の方法などが定められており、本件覚書の内容に従えば、Ｃが本件市場において買い受けるものとされる食肉については、あらかじめ原告とＣとの間で生体である肉用牛を基礎に代金等が決定され、卸売業者であるＤはそれに関与するところはないこととなる。
ところで、前記１の認定事実のとおり、本件Ｃ取引については、原告はあらかじめ本件枝肉相場表、本件精算単価計算書及び本件精算書を作成してＣに対して送付し、その送付を受けたＣは肉用牛の解体の内容を踏まえて本件Ｘを作成してＤに対して送付し、その送付を受けたＤは本件売買在切書を作成して原告に送付し、これに従って代金の支払等がされている。そして、以上の各書面は、前記１に認定したその記載内容等に照らし、本件覚書の内容に沿って作成されたものと認められ、本件Ｃ取引は、本件覚書に従ってされていたものと認めるのが相当である。
以上に述べたところに加え、①卸売市場は、生鮮食料品等の卸売のために開設される市場であり（卸売市場法２条２項）、本件市場もその一つである地方卸売市場における売買取引は基本的に卸売業者と買受人との間で行われるものである（同法６１条以下）ことから、卸売業者に卸売のための販売の委託をした生産者が買受人との間に債権債務関係を有していたとしても、そのことが卸売業者と買受人との間で行われる売買取引の内容に影響を及ぼすことは一般に考え難いところ、本件Ｃ取引においては、本件精算単価計算書の作成に当たり、生体換算の「精算単価（税抜）」を計算するのに際し、原告がＣに対して負う債務の精算が考慮されていること、②卸売市場においては、解体等がされた後の枝肉が売買取引の対象となり、このことを前提に、前記１の認定事実のとおり、食肉卸売市場における一般的な取引においては、生産者が、卸売市場に併設されると畜場につきと畜枠を割り当てられるとともに、肉用牛のと畜に係る費用を負担し、解体等の作業の後の内臓、皮等の副生物の所有権を有し、臓器業者等に対して売却されることとされているところ、本件Ｃ取引においては、本件覚書に沿って、Ｃがと畜に係る費用を負担し、内臓、皮等の所有権を取得することとされていたのであり、このことは、Ｄが原告から出荷報告書の送付を受けるのに先立つ段階で、当該肉用牛につき内臓、皮等を含めてＣが取得することとなることが確定していたことを示すものであること、③前記１の認定事実によれば、Ｄは、本件市場における卸売のための販売の委託の手数料として、通常、生産者から取扱品目である枝肉等の卸売金額を基準に、その３．５パーセントに相当する金額を受領しているところ、本件Ｃ取引においては、委託手数料として１頭当たり６３００円を徴収するものとされていたこと、④前記１の認定事実のとおり、本件Ｃ取引において、Ｆは、ＣのＬ社長に対し、Ｄから原告に対する入金が遅滞していることの連絡を入れたことがあったこと、⑤Ｃは、グループ会社である原告に対し、平成１４年に発生した牛肉産地偽装事件を契機に、いわゆるブランド牛肉作りを依頼し、生産から販売までグループ会社で一元化を図ろうとしたところ、同年４月に作成された本件覚書の内容は、上記の企図に沿うものといえ、平成１５年ころに具体化した上記の企図に係る取引については、原告の当時の代表取締役であった戊において、市場を通さないものであるとの認識を有していたとうかがわれることなどの事情を併せ考慮すれば、本件Ｃ取引については、原告とＣとの間に原告の委託を引き受けた卸売業者としてＤが介在する形態となっているものの、その役割等は形式的なものにとどまり、実際に卸売の業務が行われたということはできず、実質的には、原告とＣとが直接に取引をしたものと認めるのが相当である。したがって、本件Ｃ取引については、措置法６７条の３第１項１号に規定する「市場において行う売却」の方法によったものには該当しないということができる。
イ これに対し、原告は、措置法６７条の３第１項１号に規定する「市場において行う取引」の一つに相対取引（一の卸売業者と一の卸売の相手方が個別に売買取引を行う方法）があり、これには、予約相対取引（卸売業者と卸売の相手方との間においてあらかじめ締結した契約に基づき確保した生鮮食料品等の卸売を行う取引）も含まれるところ、本件覚書は、当時の本件市場における取引方法を確認する目的で作成されたものにすぎない上、本件Ｃ取引については、原告がＣに対して大まかな売買価格算定方法の希望を伝えていたことはあるものの、あくまでＣは、目的物である肉を自らチェックした上で提示条件を決定し、原告も、ＤとＣとの売買取引の結果が記載された本件売買仕切書が届いて初めて、自らの希望に従った売買条件になっているか否かを知るに至っていたのであって、最終的な売買条件は、ＤとＣとの間で決定するという取引であるから、上記の相対取引に該当すると主張する。
しかしながら、本件覚書の内容及び本件Ｃ取引に係る各種の事務の流れ等は、既に認定したとおりである。その上で、本件市場において行う卸売の方法の一つとして認められる相対取引（卸売市場法６２条、埼玉県卸売市場条例１２条１項）は、「一の卸売業者と一の卸売の相手方が個別に売買取引を行う方法」（卸売市場法３５条１項２号、埼玉県卸売市場条例１２条１項２号）であり、前記アに述べたように、本件Ｃ取引については、あらかじめ原告とＣとの間で取引の内容が決定され、Ｄはそれに関与するところはないのであって、原告とＣとの間にＤが卸売業者として介在する形態となっていたとしても、本件Ｃ取引は、上記の相対取引に該当するものとはいえず、相対取引の一つとされる予約相対取引（卸売業者と卸売の相手方との間においてあらかじめ締結した契約に基づき確保した生鮮食料品等の卸売を行う取引）に該当するものともいえないというべきである。このように、上記の原告の主張は採用することができない。
また、農林水産省生産局畜産部食肉鶏卵課が平成２１年に作成した「肉用牛売却所得の課税の特例措置に係る執務参考資料の周知について」と題する書面（甲１８）の問５（農家等と買参人との間で大まかに売却価格が決められている場合、認定市場は、売却証明書を発行することができますか。）の答えの一部として、「農家等と買参人との間で、取引を行う市場が定めた中央卸売市場又は指定市場のセリ売価格の動向をもとに、大筋の取引価格について相談することが商慣習として行われている場合であっても、最終的な価格が市場において認められている方法で決定されていれば、これに対して売却証明書を発行することができます。」と記載されているところ、原告は、上記の記載は、その対象である認定市場（措置法施行令３９条の２６条の第２項３号参照）の事例と類する事例においても解釈指針として妥当し、本件Ｃ取引については、そのような事例であり、そこに記載されているような相談をすることは商慣習として行われているのであるから、上記の記載の趣旨に照らすと、原告とＣとの間において「大筋の取引価格の相談」があることをもって、市場取引性が否定されることにはならないと主張する。
しかしながら、上記の記載は、認定市場につき述べるものであり、指定市場（同項２号参照）である本件市場について当然に同様に考えることができるか否かの点はひとまずおくとしても、既に述べたとおり、本件Ｃ取引については、「最終的な価格が市場において認められている方法で決定されてい」るとはいえないのであるから、上記の原告の主張は、その前提を欠き、採用することはできない。
(3) 以上によれば、本件Ｃ取引については、措置法６７条の３第１項１号に規定する「市場において行う売却」の方法によるものに該当しないにもかかわらず、そのような形態をもってされたものであり、原告は、本件特例の適用に係る要件に該当する事実の一部を仮装し、その仮装したところに基づき、本件各申告書を提出したものと認めるのが相当である。
そして、本件各申告書において、本件各事業年度の原告の所得の計算上損金の額に算入された本件各取引による利益の額に相当する金額のうち本件Ｃ取引に係る金額については、別紙「本件各処分の根拠及び適法性」の１(1)ア(イ)及び(2)ア(イ)記載のとおり、平成１６年６月期につき３５３３万８４４９円、平成１７年６月期につき７３４１万６７５４円であると認められる（弁論の全趣旨）。
７ 本件各更正の適法性について
(1) 以上に述べたところによれば、本件各申告書において、本件特例が適用されるものとして、本件各事業年度の原告の所得の計算上損金の額に算入された本件各取引による利益の額に相当する金額（別紙「本件各処分の根拠及び適法性」記載のとおり、平成１６年６月期につき１億９７３７万９９１３円（別表２の１の順号②）、平成１７年６月期につき１億５４８３万３０３５円（別表２の２の順号②））については、損金の額に算入することは許されないこととなる。
(2) 前記(1)の点を踏まえると、原告の本件各事業年度の法人税に係る納付すべき税額は、別紙「本件各処分の根拠及び適法性」記載のとおり、平成１６年６月期が４０９５万３８００円、平成１７年６月期が５２９１万４１００円となり、これらの金額は、本件各更正の各納付すべき税額と同額であると認められるから、本件各更正は、いずれも適法である。
８ 本件各賦課決定の適法性について
(1) 本件各更正により原告が新たに納付すべき税額を基礎として、同税額のうち前記６のとおり措置法６７条の３第１項に規定する「市場において行う売却」によったものであるかのように装った本件Ｃ取引に係る税額について、国税通則法６８条１項等の規定に基づき重加算税を算定すると、その額は、別紙「本件各処分の根拠及び適法性」記載のとおり、平成１６年６月期が２３８万７０００円、平成１７年６月期が７７０万７０００円となり、これらの金額は、本件各重加算税賦課決定における重加算税の額と同額であると認められるから、本件各重加算税賦課決定は、いずれも適法である。
(2) 本件各更正により原告が新たに納付すべき税額を基礎として、同税額のうち過少申告加算税の対象税額について、国税通則法６５条１項等の規定により計算した金額に、同条２項の規定に基づき計算した同項にいう当該超える部分に相当する税額に係る金額を加算した金額は、別紙「本件各処分の根拠及び適法性」記載のとおり、平成１６年６月期につき２８７万１０００円、平成１７年６月期につき４６１万３０００円となり、これらの金額は、本件各過少申告加算税賦課決定における過少申告加算税の額と同額であると認められるから、本件各過少申告加算税賦課決定は、いずれも適法である。
第４ 結論
以上によれば、原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとし、訴訟費用の負担について行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官八木一洋
裁判官田中一彦
裁判官髙橋信慶
（別紙）
本件各処分の根拠及び適法性
１ 本件各更正の根拠及び適法性
原告の本件各事業年度の法人税に係る所得金額及び納付すべき税額は、以下のとおりであるところ、本件各更正における所得金額及び納付すべき税額と同額であるから、本件各更正は、いずれも適法である。
(1) 平成１６年６月期更正
ア 所得金額（別表２の１の順号⑥）
１億２３１０万５００５円
以下の(ア)の金額に(イ)の金額を加算し、(ウ)の金額を減算した金額である。
(ア) 申告所得金額（別表２の１の順号①）
△６６１４万９６５３円
平成１６年６月期申告書に記載された所得金額である。
(イ) 肉用牛の売却に係る所得の特別控除額（別表２の１の順号②）
１億９７３７万９９１３円
平成１６年６月期申告書において、本件特例が適用されるものとして、損金の額に算入された平成１６年６月期取引による利益の額に相当する金額であり、平成１６年６月期申告書に肉用牛売却証明書類の添付がないことから、本件特例の適用がなく、平成１６年６月期の損金の額に算入されない金額である。
なお、上記の金額のうち３５３３万８４４９円に係る取引は、原告とＣとの間で直接行われた取引であるにもかかわらず、本件特例の適用を受けるために「市場において行う売却」であるかのように仮装した取引と認められるものである。
(ウ) 繰越欠損金の当期控除額（別表２の１の順号④）
８１２万５２５５円
前期から繰り越した欠損金の額であり、平成１６年６月期更正により、所得金額が増加したことに伴い、平成１６年６月期の損金の額に算入される金額である。
イ 納付すべき税額（別表２の１の順号⑫）
４０９５万３８００円
以下の(ア)の金額に(イ)の金額を加算し、(ウ)の金額を差し引いた金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）である。
(ア) 法人税額（別表２の１の順号⑦）
３６２９万１５００円
前記アの所得金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）１億２３１０万５０００円のうち、８００万円については、法人税法（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）６６条２項及び経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（以下「負担軽減法」という。）１６条１項の規定により１００分の２２の税率を、残額の１億１５１０万５０００円については、法人税法６６条１項及び負担軽減法１６条１項の規定により１００分の３０の税率を、それぞれ乗じて計算した金額である。
(イ) 課税留保金額に対する税額（別表２の１の順号⑨）
４６９万１４００円
法人税法６７条の規定に基づき、以下のとおり、算出した金額である。
ａ 当期留保金額
８７２４万８３８２円
法人税法６７条２項の規定により、平成１６年６月期の所得金額（前記アの金額）のうち留保した金額１億３１０２万３１６２円から、前記(ア)の法人税額３６２９万１５００円から以下の(ウ)の控除所得税額２万９０６０円を控除した金額３６２６万２４４０円と、前記(ア)の法人税額に法人税法施行令１４０条（平成１７年政令第９９号による改正前のもの）に規定する１００分の２０．７を乗じて算出した金額７５１万２３４０円の合計額を控除した金額である。
ｂ 留保控除額
４５９７万２１７１円
法人税法６７条３項の規定により算出した留保控除金額であり、同項１号の適用により、平成１６年６月期の所得の金額（前記ア(ア)に同(イ)を加算した金額）１億３１２３万０２６０円に受取配当等の益金不算入額１１万８８００円を加算した所得等の金額１億３１３４万９０６０円に１００分の３５を乗じて算出した金額である。
ｃ 課税留保金額（別表２の１の順号⑧）
４１２７万６０００円
前記ａの金額から同ｂの金額を控除した後の金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定に準じて１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）である。
ｄ 課税留保金額に対する税額（別表２の１の順号⑨）
４６９万１４００円
前記ｃの課税留保金額に対する税額であり、法人税法６７条１項の規定により、同課税留保金額４１２７万６０００円のうち、３０００万円については１００分の１０の税率を、残額の１１２７万６０００円については１００分の１５の税率を、それぞれ乗じて計算した金額である。
(ウ) 控除所得税額（別表２の１の順号⑪）
２万９０６０円
法人税法６８条の規定に基づき、法人税額から控除される所得税の金額である（平成１６年６月期申告書に記載された金額と同額である。）。
(2) 平成１７年６月期更正
ア 所得金額（別表２の２の順号⑧）
１億７８６３万１３５８円
以下の(ア)の金額に(イ)及び(ウ)の金額を加算し、(エ)及び(オ)の金額を減算した金額である。
(ア) 申告所得金額（別表２の２の順号①）
０円
平成１７年６月期申告書に記載された所得金額である。
(イ) 肉用牛の売却に係る所得の特別控除額（別表２の２の順号②）
１億５４８３万３０３５円
平成１７年６月期申告書において、本件特例が適用されるものとして、損金の額に算入された平成１７年６月期取引による利益の額に相当する金額であり、平成１７年６月期申告書に肉用牛売却証明書類の添付がないことから、本件特例の適用がなく、平成１７年６月期の損金の額に算入されない金額である。
なお、上記の金額のうち７３４１万６７５４円に係る取引は、原告とＣとの間で直接行われた取引であるにもかかわらず、本件特例の適用を受けるために「市場において行う売却」であるかのように仮装した取引と認められるものである。
(ウ) 繰越欠損金の当期控除額（別表２の２の順号③）
３５４６万２７５９円
平成１７年６月期申告書に繰越欠損金の当期控除額として損金の額に算入した金額であり、平成１６年６月期更正により、前期から繰り越した欠損金の額が０円となったため、損金の額に算入されない金額である。
(エ) 事業税の損金算入額（別表２の２の順号⑤）
１１５４万２０００円
平成１６年６月期の所得金額が増加したことに伴い、納付することとなった金額である。
(オ) 寄付金の損金不算入額の減少額（別表２の２の順号⑥）
１２万２４３６円
平成１７年６月期申告書において、寄付金の損金不算入額として、平成１７年６月期の所得金額に加算した金額であり、平成１７年６月期更正により、支出寄付金の額６０万円が、更生後の寄付金の損金算入限度額２２６万８７０２円を超えないこととなったことから、損金の額に算入される金額である。
イ 納付すべき税額（別表２の２の順号⑪）
５２９１万４１００円
以下の(ア)の金額から(イ)の金額を差し引いた金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）である。
(ア) 法人税額（別表２の２の順号⑨）
５２９４万９３００円
前記アの所得金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）１億７８６３万１０００円のうち、８００万円については、法人税法６６条２項及び負担軽減法１６条１項の規定により１００分の２２の税率を、残額の１億７０６３万１０００円については、法人税法６６条１項及び負担軽減法１６条１項の規定により１００分の３０の税率を、それぞれ乗じて計算した金額である。
(イ) 控除所得税額（別表２の１の順号⑩）
３万５１４８円
法人税法６８条の規定に基づき、法人税額から控除される所得税の金額である（平成１７年６月期申告書に記載された金額と同額である。）。
２ 本件各賦課決定の根拠及び適法性
本件各更正に伴って賦課されるべき重加算税の額及び過少申告加算税の額は、以下のとおりであるところ、本件各賦課決定の額と同額であるから、本件各賦課決定は、いずれも適法である。
(1) 平成１６年６月期
ア 平成１６年６月期重加算税賦課決定
２３８万７０００円
国税通則法６８条１項の規定に基づき、平成１６年６月期更正によって新たに納付することとなった法人税額２９７２万５４００円のうち、前記１(1)ア(イ)の仮装に係る税額（ただし、国税通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）６８２万円に１００分の３５を乗じて算出した金額である。
イ 平成１６年６月期過少申告加算税賦課決定
２８７万１０００円
国税通則法６５条１項（ただし、平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）の規定に基づき、平成１６年６月期における新たに納付すべき法人税額のうち過少申告加算税の対象税額（ただし、同法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）２２８９万円に１００分の１０を乗じて算出した金額２２８万９０００円に、同法６５条２項に規定する当該超える部分に相当する税額１１６４万円に１００分の５の割合を乗じて算出した金額５８万２０００円を加算した金額である。
(2) 平成１７年６月期
ア 平成１７年６月期重加算税賦課決定
７７０万７０００円
国税通則法６８条１項の規定に基づき、平成１７年６月期更正によって新たに納付することとなった法人税額５２４９万９２００円のうち、前記１(2)ア(イ)の仮装に係る税額（ただし、国税通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）２２０２万円に１００分の３５を乗じて算出した金額である。
イ 平成１７年６月期過少申告加算税賦課決定
４６１万３０００円
国税通則法６５条１項の規定に基づき、平成１７年６月期における新たに納付すべき法人税額のうち過少申告加算税の対象税額（ただし、同法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）３０９２万円に１００分の１０を乗じて算出した金額３０９万２０００円に、同法６５条２項に規定する当該超える部分に相当する税額３０４２万円に１００分の５の割合を乗じて算出した金額１５２万１０００円を加算した金額である。以上
（別表１）
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
課税留保金額
納付すべき
税額
繰越欠損金の
当期控除額
翌期へ繰り越す
べき欠損金額
過少申告
加算税の額
重加算税の額
確定申告
（期限内）
平成16年8月31日
△66,149,653
85,050,000
11,228,400
74,274,908
更正処分等
平成18年11月28日
123,105,005
41,276,000
40,953,800
8,125,255
2,871,000
2,387,000
審査請求
平成19年1月22日
△66,149,653
85,050,000
11,228,400
74,274,908
平成
年月
期審査裁決
平成20年1月18日
123,105,005
41,276,000
40,953,800
8,125,255
2,871,000
2,387,000
区分
年月日
所得金額
課税留保金
納付すべき
税額
繰越欠損金の
当期控除額
翌期へ繰り越す
べき欠損金額
過少申告
加算税の額
重加算税の額
確定申告
（期限内）
平成17年8月25日
△35,148
35,462,759
38,812,149
更正処分等
平成18年11月28日
178,631,358
52,914,100
4,613,000
7,707,000
審査請求
平成19年1月22日
△35,148
35,462,759
38,812,149
平成
年月
期審査裁決
平成20年1月18日
178,631,358
52,914,100
4,613,000
7,707,000
（別表２の１）
平成１６年６月期の法人税の所得金額及び法人税額
（単位：円）
区分
順号
金額
申告所得金額①
△66,149,653
肉用牛の売却に係る所得の特別控除額
②
197,379,913
加算
加算計（②）③
197,379,913
繰越欠損金の当期控除額の損金算入額
④
8,125,255
減算
減算計（④）⑤
8,125,255
所得金額（①＋③－⑤）⑥
123,105,005
法人税額⑦
36,291,500
課税留保金額⑧
41,276,000
留保
同上に対する税額⑨
4,691,400
法人税額計（⑦＋⑨）⑩
40,982,900
控除所得税額⑪
29,060
納付すべき税額（⑩－⑪）（
円未満端数切捨て）⑫
40,953,800
（別表２の２）
平成１７年６月期の法人税の所得金額及び法人税額
（単位：円）
区分
順号
金額
申告所得金額①
肉用牛の売却に係る所得の特別控除額
②
154,833,035
繰越欠損金の当期控除額の過大額
③
35,462,759
加算
加算計（②＋③）④
190,295,794
事業税の損金算入額⑤
11,542,000
寄附金の損金不算入額の減少額
⑥
122,436
減算
減算計（⑤＋⑥）⑦
11,664,436
所得金額（①＋④－⑦）⑧
178,631,358
法人税額⑨
52,949,300
控除所得税額⑩
35,148
納付すべき税額（⑨－⑩）（
円未満端数切捨て）⑪
52,914,100
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2010/pdf/11496.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。