税務訴訟資料第２６１号－２５０（順号１１８４０）
さいたま地方裁判所平成●●年（○○）第●●号更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（川越税務署長）
平成２３年１２月２１日棄却・控訴
判決
原告甲
被告国
同代表者法務大臣平岡秀夫
処分行政庁川越税務署長
神田福男
指定代理人吉田俊介
同菊池豊
同宮代智雅
同大河原照男
同増村高志
同金子文彦
同飯嶋宏
同丹羽一浩
同松原政博
同山﨑康裕
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 川越税務署長が平成２０年１１月２１日付けでした原告の平成１７年分以降の所得税の青色申告の承認の取消処分を取り消す。
２ 川越税務署長が平成２０年１１月２１日付けでした原告の①平成１７年分の所得税の更正処分のうち総所得金額４１１万２４５８円及び納付すべき税額６万０５００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分（ただし、いずれも異議決定及び審査裁決により一部取り消された後のもの。以下同じ。）、②平成１８年分の所得税の更正処分のうち総所得金額３９２万６８０３円及び納付すべき税額１９万８４００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分、③平成１９年分の所得税の更正処分のうち総所得金額８９７万５４４１円及び納付すべき税額６４万１０００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
３ 川越税務署長が平成２０年１１月２１日付けでした原告の①平成１７年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間に係る消費税及び地方消費税の決定処分並びに無申告加算税の賦課決定処分、②平成１８年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間に係る消費税及び地方消費税の決定処分並びに無申告加算税の賦課決定処分、③平成１９年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間に係る消費税及び地方消費税の決定処分並びに無申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、不動産賃貸業及び農業を営み、青色申告の承認を受けていた原告が、平成１７年分ないし平成１９年分（本件各係争年分）に係る所得税について青色申告書による確定申告をしたところ、川越税務署長から、平成２０年１１月２１日付けで、青色申告の承認を取り消される（本件青色申告承認取消処分）とともに、本件各係争年分に係る所得税の各更正（本件各更正処分）及び過少申告加算税の各賦課決定（本件各過少申告加算税賦課決定処分）を受け、さらに、平成１７年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間（平成１７年課税期間）、平成１８年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間（平成１８年課税期間）及び平成１９年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間（平成１９年課税期間。以下、平成１７年課税期間、平成１８年課税期間と合わせて「本件各係争課税期間」という。）に係る消費税及び地方消費税（消費税等）の各決定（本件各消費税等決定処分）並びに無申告加算税の各賦課決定（本件各無申告加算税賦課決定処分。以下、本件青色申告承認取消処分、本件各更正処分、本件各過少申告加算税賦課決定処分及び本件各消費税等決定処分と合わせて「本件各処分」という。）を受けたため、本件各処分は違法であると主張して、その取消しを求めている事案である。
１ 前提となる事実（証拠により容易に認定できる事実については、かっこ内に証拠を示す。）
(1) 当事者
原告は、不動産の賃貸並びに米作及び野菜栽培を業として営む者である。原告は、昭和６１年分以降の所得税につき、青色申告の承認を受けており、青色申告に係る所得として、不動産所得及び農業に係る事業所得（農業所得）を有している。（甲３）
(2) 本件各処分に至る経緯
ア 原告は、本件各係争年分の所得税について、それぞれ法定申告期限内に青色申告書による確定申告をした。（甲３、６の１ないし３）
イ 川越税務署長は、原告が青色申告に係る帳簿の備付け、記録又は保存を所得税法（法）１４８条１項に定めるところに従って行っておらず、法１５０条１項１号所定の青色申告の承認取消事由に該当するとして、平成２０年１１月２１日付けで、原告に対し、平成１７年分以降の青色申告の承認を取り消す旨の処分をした（本件青色申告承認取消処分）。（甲１）
ウ 川越税務署長は、同日付けで、原告に対し、別紙１「課税の経緯（所得税）」の各「更正処分及び賦課決定処分」欄のとおり、本件各係争年分の所得税の各更正及び過少申告加算税の各賦課決定をした（本件各更正処分及び本件各過少申告加算税賦課決定処分）。（甲２の１ないし３）
エ 川越税務署長は、同日付けで、原告に対し、別紙２「課税の経緯（消費税等）」の各「決定処分及び賦課決定処分」欄のとおり、本件各係争課税期間の消費税等の各決定及び無申告加算税の各賦課決定をした（本件各消費税等決定処分及び本件各無申告加算税賦課決定処分）。（甲２の４ないし６）
(3) 不服申立て及び訴え提起
ア 原告は、本件各処分を不服として、平成２１年１月１６日及び同月２１日、川越税務署長に対し異議申立てをした。
上記異議申立てに対し、川越税務署長は、平成２１年４月１３日付けで、別紙１「課税の経緯（所得税）」の各「異議決定」欄のとおり本件各更正処分及び本件各過少申告加算税賦課決定処分の一部を取り消し、その他の異議申立てをいずれも棄却する旨の決定をした。（甲３）
イ 原告は、これを不服として、平成２１年５月１３日、国税不服審判所長に対し、本件各処分について審査請求をした。
上記審査請求に対し、国税不服審判所長は、平成２２年４月２６日付けで、別紙１「課税の経緯（所得税）」の各「審査裁決」欄のとおり本件各更正処分及び本件各過少申告加算税賦課決定処分の一部を取り消し、その他の審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした。（甲４）
ウ 原告は、平成２２年１０月７日、本件訴えを提起した。
２ 争点
(1) 本件青色申告承認取消処分の適法性
(2) 本件各更正処分の適法性
ア 推計の必要性
イ 推計の合理性
(3) 本件各過少申告加算税賦課決定処分の適法性
(4) 本件各消費税等決定処分の適法性
(5) 本件各無申告加算税賦課決定処分の適法性
３ 争点に関する当事者の主張
(1) 争点(1)（本件青色申告承認取消処分の適法性）について
（被告の主張）
ア 原告は、原告が作成していた帳簿書類に係る調査担当者の質問に対し、原告が備え付けている帳簿書類は、不動産所得に係るものとしては収入金額及び必要経費に係る入出金を記載した本件各係争年分の「収支合計一覧表」と題する書面（不動産収支年間集計表）及び平成１９年分の不動産所得に係る収支一覧表（平成１９年分不動産収支月別集計表）のみである旨回答しており、不動産収支年間集計表及び平成１９年分不動産収支月別集計表には、現金取引の日々の残高の記載がないなど、「所得税法施行規則第５６条第１項ただし書、第５８条第１項及び第６１条第１項の規定に基づき、これらの規定に規定する記録の方法及び記載事項、取引に関する事項並びに科目を定める件（昭和４２年８月３１日大蔵省告示第１１２号）」（甲８、乙１２。以下「大蔵省告示」という。）に定められた記載事項が整然と、かつ、明りょうに記載されているとは到底認められない。
また、原告は、原告が備え付けていた農業所得に係る帳簿書類としては、平成１７年分及び平成１８年分の農業所得に係る年間の収入金額及び経費がまとめて記載されているという書面（農業集計表）のみである旨回答しており、かつ、平成１９年分については、農業集計表の提示もなく、原告から提示を受けた農業所得に係る書類等においても、現金取引の日々の残高の記載がないなど、大蔵省告示に定められた記載事項が整然と、かつ明りょうに記載されているとは到底認められない。
本件各処分に先立つ税務調査（本件調査）においても、原告は、本件各係争年分に係る現金出納帳などの帳簿書類の備え付けがなかったことは認めているところ、原告は、最も基本的な帳簿書類ともいえる現金出納帳すら備え付けていなかった。
以上のとおり、本件各係争年分における原告の不動産所得及び農業所得に係る帳簿書類の備え付け、記録又は保存に係る状況は、法１５０条１項１号に規定する青色申告の承認取消事由である「帳簿書類の備え付け、記録又は保存が第１４８条１項（青色申告者の帳簿書類）に規定する財務省令で定めるところに従って行われていない」場合に該当することが明らかであるから、本件青色申告承認取消処分は適法である。
イ さらに、原告は、本件調査の担当者に対し、原告自身が計算した不動産所得及び農業所得の金額の算定根拠を明らかにすることはなかった。このような原告の態度は、納税者が帳簿書類の備え付け、記録及び保存を適正に行うことを前提に税法上の特典を与えるという青色申告制度の趣旨を没却するものであるから、川越税務署長が本件青色申告承認取消処分をしたのは当然である。
（原告の主張）
原告の営む事業は、入金については、全て銀行振込みを基本としており、現金の入出金はほとんどないので、現金出納帳は不要であり、収支一覧表に記載して処理している。また、農業所得については、ほとんどが自家消費用であり、原告の弟が天候と体調に合わせて作業しており、入出金は全てＡ鶴瀬支店の口座振替で行っている。
原告は、大蔵省告示のただし書の簡易帳簿を記録しており、この場合、現金出納帳、総勘定元帳及び貸借対照表は不要である。簡易帳簿では、発生主義でなく現金主義が認められ、小規模事業者においては、伝票や領収書等、入出金表を裏付ける資料が保管されていれば、一括記載も認められている。原告は、契約書、個別預金通帳、伝票、領収書等、簡易帳簿の資料として必要なものを全て正しく明りょうに保管し、提出しており、大蔵省告示に合致している。
原告の簡易帳簿の書式は、２０年以上この方法で記帳しており、この間の税務署の調査で何の指摘も指導も受けておらず、認められてきた。このことは、原告の青色申告特別控除額が１０万円であることからも明らかである。したがって、本件青色申告承認取消処分は、一事不再理に反し、憲法違反であって、違法である。
(2) 争点(2)ア（推計の必要性）について
（被告の主張）
原告が本件調査において提出した資料のうち、収入・支出を把握し得る資料は、不動産所得に係る本件各係争年分の不動産収支年間集計表及び平成１９年分不動産収支月別集計表、農業所得に係る平成１７年分及び平成１８年分の農業集計表並びに必要経費に係る「請求書」及び「領収書」であるが、それらを見ても、日付が前後して記載された部分があるほか、請求書及び領収書と不動産収支年間集計表ないし農業集計表が整合しておらず、費用として計上された価額が、客観的にみて不動産所得及び農業所得に係る総収入金額を得るために直接要した費用か否かが明確でない部分があった。このため、原告が提示した資料によっては、原告の不動産所得及び農業所得に係る収入・支出の状況及びその価額を直接資料によって的確に算定することはできなかった。
さらに、原告は、本件調査そのものを一切拒否したわけではないものの、本来提示できるように備えておくべき法定帳簿書類の不存在ないし不備を補うための調査に対しては、結果として、本件調査担当者らの度重なる協力要請を拒み続け、最後まで調査に必要な協力をしなかったのであり、そのことによって、本件調査担当者は、直接資料の入手ができず、帳簿書類等の不備を補うことができなかったものである。
以上によれば、原告の所得金額を実額で把握することは不可能であり、推計課税の必要性が認められる。
（原告の主張）
原告は、大蔵省告示で定められた書類等、実額課税に必要な資料を具備しているから、推計課税の必要性はない。本件における推計課税は、原告に対する嗜好と調査官の恣意的判断による国家権力の濫用である。
(3) 争点(2)イ（推計の合理性）について
（被告の主張）
不動産所得については、本件調査において被告が把握し得た原告の本件各係争年分の不動産所得に係る総収入金額に、不動産貸付業の比準同業者の総収入金額に占める所得金額の割合の平均値（平均所得率）を乗じ、本件各係争年分の不動産所得の金額を算定した（比率法）。農業所得については、本件調査において被告が把握し得た原告の本件各係争年分の農業所得に係る米作及び野菜栽培の作付面積に、米作農業の比準同業者及び野菜栽培農業の比準同業者の１アール当たりの所得金額の平均値（平均所得金額）をそれぞれ乗じ、本件各係争年分の農業所得の金額を算定した（効率法）。
比準同業者の抽出基準は、原告と同様に川越税務署管内に所得税の納税地を有する個人として対象を絞った上で、さらに、その年分の暦年を通じて当該事業を継続して営んでいる者で、かつ、青色申告者である者を対象者として絞り込み、経営状態が異常であると認められる者や更正等の処分に対して不服申立て等をしている者を除外してしいる。そして、不動産貸付業者については、さらに埼玉県富士見市を納税地とし、同市内のみに貸付物件を有する者を対象とし、可能な限り同種性を追及し、さらに、不動産所得については年間の収入金額について、農業所得については作付面積について、それぞれいわゆる倍半基準の範囲内にある者を同業者として選定し、同業者の類似性を十分担保したものである。抽出された本件各係争年分における比準同業者の各件数も、同業者間に通常存在する程度の営業条件等の個別性を捨象し、平均化するに足る件数であるというべきであり、合理的である。川越税務署長は、抽出基準を満たす者を漏れなく、機械的に抽出したものであって、その抽出の過程に恣意が介在する余地はなく、抽出過程における合理性は十分に確保されている。
したがって、比準同業者の平均所得率は、十分に合理性を有するものであり、本件における推計の方法は合理的である。
（原告の主張）
ア 原告の不動産所得に係る賃貸住宅は、バブル期のころ、都市の住宅不足解消という国策に協力したものであるが、現在では、賃貸住宅が有り余り、空室率が高く、その結果賃料を下げざるを得ない状況で、築１５年ないし２０年を経過した建物のリフォーム代は原告の経営を圧迫している。それにもかかわらず、川越税務署長は、近代的新築賃貸住宅も含めた平均的所得率を基準に原告の不動産所得を推計したものであり、かように現実にそぐわない不合理な平均値を乗じることによる推計には合理性がない。
イ 農業の主たる作業者である原告の弟は週３回人工透析を受けており、健康維持を主眼にして農業を営んでいるものである。このような原告の農業を、一家で農作業に従事している専業農家と同一視し、耕作地、所有地の規模だけで、同規模の専業農家の平均値を乗じることは、実態に反している。
ウ 原告の所有農地として被告が主張するものの中には、鶴ヶ島市に所有する畑６筆（４７５０平方メートル）が含まれていない。これらの農地は、茶畑であり、原告が管理し、遠縁の乙氏を雇っているものである。
エ 平成１９年度に富士見市の水田３筆（２４００平方メートル）の休耕届を出しているのに作付面積に含めており、不誠実な調査である。
オ 富士見市●●の畑（２５１．００平方メートル）、同●●の畑（１４８．００平方メートル）、同●●の畑（１９７．００平方メートル）、同●●の畑（３３２．００平方メートル）について、記載が漏れており、調査漏れがある。
カ 寄付金控除が０とあるのは、記載漏れである。
キ 原告は平成１９年８月１９日に窃盗被害に遭っているが、これも調査漏れとなっている。
(4) 争点(3)（本件各過少申告加算税賦課決定処分の適法性）について
（被告の主張）
前記のとおり、本件各更正処分はいずれも適法であるところ、原告は、本件各係争年分の所得税を過少に申告していたものであり、過少に申告していたことについて国税通則法（通則法）６５条４項に規定する正当な理由は存しない。したがって、原告に課されるべき過少申告加算税の額は、原告が新たに納付すべきこととなった税額を基礎として、通則法６５条１項及び２項の規定に基づき計算した金額、すなわち、平成１７年分については５１万９５００円、平成１８年分については５５万７０００円、平成１９年分については２７万６５００円であって、本件各過少申告加算税賦課決定処分の額といずれも同額である。したがって、本件各過少申告加算税賦課決定処分はいずれも適法である。
（原告の主張）
争う。
(5) 争点(4)（本件各消費税等決定処分の適法性）について
（被告の主張）
原告は、本件各係争課税期間において、反復継続・独立して、対価を得て不動産の貸付けを行っていることから、消費税の納税義務者とされる事業者に該当し、消費税法６条１項により非課税とされるもの以外の建物の貸付けの対価に関しては、納税義務の免除を受けない限り、消費税を納める必要がある。なお、本件各係争課税期間に対応する基準期間の課税売上高は１０００万円をいずれも超えることから、原告には消費税法９条の適用はなく、本件各係争課税期間について消費税等を納税する義務がある課税事業者となる。被告が本訴において主張する本件各係争課税期間に係る原告の納付すべき消費税等の金額は、平成１７年課税期間の消費税額が４６万２０００円、地方消費税額が１１万５５００円、平成１８年課税期間の消費税額が４２万０８００円、地方消費税額が１０万５２００円、平成１９年課税期間の消費税額が１８万０４００円、地方消費税額が４万５１００円であって、本件各消費税等決定処分における納付すべき消費税額及び納付すべき地方消費税額をいずれも上回っている。よって、本件各消費税等決定処分はいずれも適法である。
（原告の主張）
ア 消費税は、原告の経営する関連企業のリフォーム代等により納税しており、脱税の問題はない。貸家住宅の消費税は非課税であり、課税対象は、ＢビルのＣ及び会計事務所の賃料のみであるから、１０００万円を超えない。
イ 課税事業者であることの認識がなかったことに関して反省すべき点はあるが、簡易であっても帳簿書類等を作成しており、実態に即した仕入れ控除を認めるべきである。
(6) 争点(5)（本件各無申告加算税賦課決定処分の適法性）について
（被告の主張）
原告が、本件各係争課税期間の消費税等を申告していなかったことについて通則法６６条１項（平成１７年及び平成１８年の本件各無申告加算税賦課決定処分については、平成１８年法律１０号による改正前のもの。）に規定する正当な理由は存しない。したがって、原告に課されるべき無申告加算税の額は、本件各消費税等決定処分により、原告が新たに納付すべきこととなった消費税額及び地方消費税の譲渡割額の合計額を基礎として、通則法６６条１項の規定に基づき計算した金額、すなわち、平成１７年課税期間については７万５０００円、平成１８年課税期間については６万９０００円、平成１９年課税期間については２万５５００円であって、本件各無申告加算税賦課決定処分の額といずれも同額である。よって、本件各無申告加算税賦課決定処分はいずれも適法である。
（原告の主張）
争う。
第３ 当裁判所の判断
１ 後掲証拠及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実が認められる。
(1) 本件調査の経緯（乙２２、２３）
ア 川越税務署長は、平成１９年３月下旬ころ、川越税務署特別国税調査官（所得担当）部門の丙特別国税調査官及び丁国税調査官（丁調査官）に対し、原告に対する平成１６年分、平成１７年分及び平成１８年分の所得税及び消費税等の調査を行うよう命じた。
イ 丁調査官らは、日程調整の上、平成１９年５月８日、原告が代表取締役を務めるＤ株式会社（Ｄ）の社長室において、原告及び戊税理士（戊税理士）と面談した。丁調査官らは、原告から原告の個人事業に関する概況を聴取した後、原告に対し、不動産所得及び農業所得に係る帳簿書類及び同書類を作成する基となった原始記録の提示を求めたところ、原告から、不動産所得に係る不動産収支年間集計表（平成１７年分は乙１の１ないし５、平成１８年分は乙２の１ないし５）及び、農業集計表（平成１７年分は乙３、平成１８年分は乙４）及び領収書等が綴られたファイル等が提示されたので、一部についてはその場でコピーし、借用することができた残余の資料を預かった。丁調査官らは、原告に対し、さらに総勘定元帳や現金出納帳などの帳簿書類の提示を求めたところ、原告は、提示した資料の帳簿書類はない旨回答した。
丁調査官らは、原告による青色申告決算書（不動産所得用）に計上されている「修繕費」の金額が多額であり、これらが、主としてＤ及びＤと同様に原告が代表取締役を務めるＥ株式会社（Ｅ。以下、Ｄと併せて「関連会社」という。）に支払われたものであったことから、関連会社に対する支払内容の詳細を確認する必要があると認めた。また、丁調査官らは、原告による青色申告決算書（農業所得用）の「雇人費」の金額が収入に比して多額であり、支払の算出根拠が不明であるため、さらなる調査をする必要があると認めた。
ウ 丁調査官らは、日程調整の上、平成１９年５月２１日、Ｄの社長室において、原告及び戊税理士と面談した。丁調査官らは、原告に対して、原告のＤへの事務所及び土地の賃貸料が当該資産の固定資産税の額よりも低額であることから、賃貸料の算出根拠について説明を求めたが、原告は、これに応じなかった。続いて、丁調査官らは、原告に対して、原告の関連会社に対する修繕費等の支出が多いことを指摘し、関連会社の帳簿書類等のうち、当該修繕費に係る修繕の内容を確認できる書類があれば確認させてほしい旨要請したが、原告はこれに応じなかった。
エ 丁調査官らは、関連会社に対する反面調査の必要を認め、原告に日程調整を依頼するなどしたが、原告はこれを拒んだ。また、丁調査官が、平成１９年６月１１日及び同月１８日、原告に対し、現金出納帳などの個人の青色申告に係る法定帳簿書類の保存があるか尋ねたところ、原告は、ないと答えた。
オ 平成１９年７月１０日の人事異動に伴い、本件調査をＦ特別国税調査官及びＧ上席国税調査官（Ｇ調査官）が引き継いだ。
カ Ｇ調査官らは、平成１９年８月８日、原告宅において、原告、原告の妻及び戊税理士と面談した。Ｇ調査官らは、原告に対し、関連会社への支出内容確認のため、関連会社の帳簿書類等の確認をしたい旨申し入れたが、原告は、反面調査には応じないという対応に終始した。
キ Ｇ調査官は、平成１９年８月２１日及び２２日、戊税理士を通して、関連会社に対する原告との取引に係る照会文書を依頼したところ、同年９月２０日、「取引金額等についての回答書」（乙６、７）が郵送により提出された。しかし、同回答書によっても、原告の不動産所得に係る修繕費の内容を解明することはできなかった。
ク Ｇ調査官らは、平成１９年１２月１２日、川越税務署を訪れた戊税理士に対し、原告から提示された書類などから抽出した検討項目を記載した、「収入」と書き出しの書面（乙８）を交付し、同書面を検討した結果を回答するように依頼した。原告は、検討項目に答えないという内容の「回答書」（乙９）を戊税理士の事務所に差し置いた。そして、平成２０年２月８日、Ｇ調査官らが原告宅に臨場し、本件調査に関連して追加で提出する書類はないこと等を原告に確認した。
ケ Ｇ調査官が、原告に対し、平成１９年分についても、調査の対象年分となる旨伝え、同年分に係る帳簿書類等の提示を求めたところ、原告は、平成２０年５月２３日、川越税務署を訪れ、Ｇ調査官に対し、平成１９年分の不動産収支年間集計表の写し（乙第１０号証の１ないし５）などを提示した。
コ Ｇ調査官は、平成２０年６月２日、原告に対し、青色申告に係る総勘定元帳や現金出納帳などの帳簿書類は作成していないか確認すると、原告は、「帳簿というか簿記的なものはないですよ。」などと回答した。
サ 平成２０年６月９日、原告は、書類を持参したとして川越税務署を訪れ、平成１９年分不動産収支月別集計表（乙１１の１ないし６０）などを提示した。
シ 川越税務署個人課税第５部門のＨ上席国税調査官及び同Ｉ上席国税調査官は、平成２０年１１月２１日、本件各処分に係る通知書を送達するため原告宅に臨場し、原告に上記各通知書の受領を求めたところ、原告はその受領を拒否したため、原告立会いの下、原告宅の郵便受に上記通知書を投かんした。
(2) 本件各係争年分に係る不動産所得及び農業所得について、原告が備え付けていた帳簿は以下のとおりである。（乙２２、２３）
ア 不動産所得に係る帳簿
(ア) 不動産収支年間集計表（乙１の１ないし５、乙２の１ないし５、乙１０の１ないし５）
各年度に係る賃貸物件ごとの収入及び支出の額が記載されたもの。収入に関しては、賃借人（貸室）ごとに、家賃、共益費などの年間合計金額が記載されており、支出に関しては、各月の修繕費、電気料、水道料等の月間合計金額が記載されている。
(イ) 平成１９年分不動産収支月別集計表（乙１１の１ないし６０）
賃貸物件ごとに、かつ月ごとに１枚ずつ作成されたもの。収入に関しては、賃借人（貸室）ごとに、当月分家賃、共益費、当月分電気料、当月を含む２か月分の水道料などの各欄が設けられ、それぞれ当月分ないし２か月分（水道料）の金額が記載されている。「合計」欄又は「備考」欄に、収入金額に係る受領日付及び受領金額の記載がある。支出に関しては、支払金額に係る日付、支出先及び金額の各欄が設けられている。
イ 農業集計表（乙３、４）
平成１７年分の農業集計表は、「年月日」欄、「収入金額」欄、「支払金額」欄及び「差引残高」欄で構成されているが、収入については日付の記載はなく、支出についての日付の記載は前後しており、また、差引残高の記載もない。平成１８年分の農業集計表は、収入と支出について欄を区切ったものではなく、主に支出に関する支払先、科目及び金額が列挙されており、一部を除いて日付の記載はない。
２ 争点(1)（本件青色申告承認取消処分の適法性）について
(1)ア青色申告制度は、帳簿書類を基礎とした正確な申告を奨励するため、一定の帳簿書類を備え付ける納税者に青色申告書を用いた申告を認め、かつ、白色申告では認められない各種の特典を与えることとしたものである。したがって、各種の特典を付与される青色申告者は、財務省令（所得税法施行規則（規則）５６条ないし６４条）で定めるところにより帳簿書類を備え付け、これに不動産所得等の金額に係る取引を記録し、かつ、当該帳簿書類を保存しなければならず（法１４８条１項）、当該帳簿書類等の備付け、記録又は保存が上記財務省令で定めるところに従って行われていない場合には、税務署長は、青色申告の承認を取り消すことができるとされている（法１５０条１項１号）。
イ 青色申告者の備え付けるべき帳簿の記録方法としては、正規の簿記の原則による方法、すなわち、所得の金額が正確に計算できるように、資産、負債及び資本に影響を及ぼす一切の取引を正規の簿記の原則に従い、整然と、かつ明りょうに記録し、その記録に基づき、貸借対照表及び損益計算書を作成するのが原則である（規則５６条１項本文、５７条１項）。もっとも、正規の簿記の原則による方法に代えて、簡易簿記による方法、すなわち、大蔵省告示の別表第１各号の表の第２欄に定める簡易な記録方法及び記載事項により、整然と、かつ明りょうに記録することもできる（規則５６条１項ただし書、大蔵省告示３項１号本文）。さらに、法６７条の規定の適用を受ける小規模事業者については、大蔵省告示の別表第１第１号又は２号の表の第３欄に定めるところにより記録することができるとされ、現金主義による方法が認められる（大蔵省告示３項１号ただし書）。
ウ 簡易簿記による方法の場合、例えば、不動産所得における「現金出納等に関する事項」に係る記載事項は、「現金取引の年月日、事由、出納先及び金額並びに日日の残高」とされ、少額な取引等については、賃貸料、雑収入等に区分して、それぞれ日々の合計金額のみを一括記載することも認められている（別表第１第２号の表の第２欄）が、日単位を超えた一括記載は認められていない。
(2) 以上を本件についてみるに、まず、原告について、小規模事業者に関する法６７条の適用を受けるための届出書（所得税法施行令１９７条１項、規則４０条の２参照）を税務署長に提出した事実は認められないことから、大蔵省告示３項１号ただし書の現金主義による方法は認められない。したがって、原告は、正規の簿記の原則による方法によらない場合には、大蔵省告示３項１号本文の簡易簿記による方法によらなければならず、大蔵省告示の別表第１各号の表の第２欄に定められた記載事項及び方法に従った帳簿を備え付ける必要がある。
そして、前記１で認定した事実によれば、原告が備え付けていた帳簿の中に、原告が日々継続的に記帳したものはないところ、大蔵省告示においては、日単位を超える一括記載は認められていないのは前記(1)ウで述べたとおりであるから、原告は、定められた帳簿を備えていないといわざるを得ない。
(3) これに対し、原告は、大蔵省告示所定の簡易帳簿を記録しており、現金出納帳、総勘定元帳、貸借対照表は不要であること、発生主義でなく現金主義が認められ、一括記載も認められることなどの根拠につき、るる主張するので、この点につき検討する。
ア まず、前述のとおり、原告は大蔵省告示３項１号ただし書の要件を充たしていないから、現金主義の方法によることはできない。原告が、発生主義でなく現金主義が認められる根拠として主張するものと考えられる大蔵省告示の別表第１第１号(イ)の表の第２欄(四)下段(2)は、売掛金に関する事項に関して、「いわゆる時貸については、日日の記載を省略し、現実に代金を受け取った時に現金売上として記載することができる。」と規定するものであるところ、これは、あくまで一時的に金銭を貸借する時貸の場合に限った規定であり、全ての取引に関して現金主義が認められるものではない。
イ また、原告が一括記載も認められる根拠として主張するものと考えられる大蔵省告示３項２号ただし書は、取引のうち不動産所得等に係る総収入金額又は必要経費に算入されない収入又は支出を含むものについて、その都度その総収入金額又は必要経費に算入されない金額を除いて記録しなければならないとする同号本文の規定の例外として、その都度区分整理し難いものについては年末において一括して区分整理することができるとしたものであって、取引一般に関する一括記載を認めた規定ではない。さらに、不動産所得については、大蔵省告示の別表第１第２号の表の第１欄(一)下段及び同第２欄(一)下段に、農業所得については、同別表第１第１号(ロ)の表の第１欄(一)下段及び同第２欄(一)下段等に、それぞれ「日日の合計金額のみを一括記載することができる。」と規定されているところ、これらの規定が認めているのは日々の合計金額の一括記載であって、日単位を超えた一括記載を認めたものではない。
ウ 原告は、規則及び大蔵省告示に、現金出納帳、総勘定元帳、貸借対照表の記載がないことを理由に、これらの帳簿等を備え付ける義務がないと主張するようであるが、不動産所得については、大蔵省告示の別表第１第２号の表の第１欄(一)上段において、農業所得については、同別表第１第１号(ロ)の表の第１欄(一)上段において、それぞれ「現金出納等に関する事項」として、「現金取引の年月日、事由、出納先及び金額並びに日日の残高」を記載することとされ、第２欄において簡易簿記による方法でも同様とされていることからすれば、現金出納等に関する事項を記載した帳簿は、簡易簿記による方法においても基本的な帳簿として備え付けが義務付けられているものといえる。しかるに、原告は、これらの記載事項を記録した帳簿を備え付けていなかったものであるから、原告の主張は採用することができない。
エ 原告は、原告の青色申告特別控除額が１０万円であることから、簡易帳簿の方式を採用し、これが認められてきたことは明らかであると主張する。しかし、特別控除額を１０万円として申告してきたこと（甲２８）は、原告が正規の簿記の原則に従って記帳しているのではないことを認識していたことを意味するものの、青色申告者に求められる帳簿の記録方法を満たしていたことを直ちに意味するものではなく、既に検討した結果に照らせば、原告が上記記録方法を満たしていたとはいい難く、原告の主張は採用できない。
(4) 以上によれば、原告は、帳簿書類の備え付けを規則及び大蔵省告示に従って行っておらず、これは、法１５０条１項１号所定の青色申告承認取消事由に該当するから、本件青色申告承認取消処分は適法である。
これに対し、原告は、２０年以上にわたって同様の方法で記帳し、税務署からも認められてきたのであるから、本件青色申告承認取消処分は、一事不再理に反するなどと主張する。しかし、既に述べたとおり、本件各係争年分において、原告は青色申告者に求められる帳簿書類の備え付をしていなかったところ、原告が主張する上記のような事由は、平成１７年分以降の所得税の青色申告の承認を対象とする本件青色申告承認取消処分について、およそ一事不再理違反を根拠づけるものではなく、原告の主張は採用することができない。
３ 争点(2)ア（推計の必要性）について
(1) 税務署長が所得税の更正又は決定をする場合、その者の財産等の増減状況や、事業の規模等により、所得の金額又は損失の金額を推計して、これをすることができるとされ（法１５６条）、いわゆる推計課税の方法が認められている。かかる推計課税は、実額調査を行うことができない場合の補充的代替手段として認められる例外的な認定方法であると解すべきであるから、納税者が帳簿書類その他の資料を備え付けていないとき、帳簿書類の記載内容が不正確で信頼性に乏しいとき、課税庁の調査に非協力のため直接資料を入手できないときなど、推計の必要性が認められる場合に限って許されるものというべきである。
(2) 前記１で認定した事実によれば、原告は、法定の帳簿書類を備え付けておらず、原告が提出した資料のみでは正確性に乏しいことに加え、原告は本件調査に対しても非協力的であったため、川越税務署長は、原告の所得金額を実額で把握することができなかったものといえる。そうすると、推計課税の方法によったことはやむを得ない選択であり、推計の必要性が認められる。
４ 争点(2)イ（推計の合理性）について
(1) 本件における原告の不動産所得及び農業所得の推計方法は、不動産所得については、原告の不動産所得に係る総収入金額に、不動産貸付業の比準同業者の平均所得率を乗じるというものであり、農業所得については、原告の農業所得に係る米作及び野菜栽培の作付面積に、米作農業の比準同業者及び野菜栽培農業の比準同業者の平均所得金額をそれぞれ乗じるというものであって、同業者率に基づく比率法ないし効率法に該当する。
(2) 前述のとおり、推計課税は、実額を把握する資料がないためにやむを得ず間接的資料から所得を認定するものであることからすれば、推計の方法は実際の所得に近似した数値を算出し得る合理的なものでなければならず、推計課税が合理的であるというためには、①推計の基礎事実が正確に把握されていること、②具体的な推計方法自体、できる限り真実の所得に近似した数値が算出され得るような客観的なものであることが必要である。
そして、本件のように、比準同業者から得られた比率を用いて推計を行う場合には、その比率が適正であることが担保されていることが必要であって、そのためには、(A)比準同業者の類似性（業種・業態の同一性、事業所の近接性、事業規模の近似性）、(B)資料の正確性（比準同業者は、青色申告者又は税務署長が申告を是認している者であること、一定期間同種事業を継続していること、申告が確定していること）、(C)比準同業者の選定件数の合理性、(D)抽出過程の合理性（抽出過程について課税庁の思惑や恣意が介在する余地がないこと）、(E)平均所得率ないし平均所得金額の内容の合理性といった要素を基礎として、その推計方法が所得の実額の近似値を求め得る程度の一応の合理性があるか否かを判断し、その推計方法に一応の合理性があると認められる場合には、特段の反証がされない限り、当該推計方法により算出された数値を適法なものとして認めることができるというべきである。
(3) 本件について、まず、推計の基礎事実の正確性（前記①）を検討する。
ア 不動産所得に係る総収入金額について
原告の本件各係争年分の不動産所得に係る総収入金額は次のとおりと認められるところ、被告は、各賃貸借契約書及び賃貸料振込先口座の取引明細書等からこれを算定したものであって（乙１３）、その内容に特段不合理な点は見当たらない。
平成１７年分４８４７万６８９８円
平成１８年分４６１６万８０８８円
平成１９年分４３１６万１８３９円
イ 農業所得に係る作付面積について
(ア) Ｇ調査官らは、課税台帳兼名寄帳、登記簿謄本、公図などの公的資料により原告の農地を把握した上、実際に農地を現地確認し、隣接農家からの聴取や農業委員会等への反面調査も経て、原告の農業所得を生ずる農地を特定したものと認められるところ（乙２３）、その内容に特段不合理な点は見当たらない。原告の本件各係争年分の農業所得に係る作付面積は次のとおりと認められる（乙１８の１ないし８、乙１９の１ないし３）。
平成１７年分米作農業３７．５３アール野菜栽培農業２０．００アール
平成１８年分米作農業４７．５１アール野菜栽培農業２０．００アール
平成１９年分米作農業６１．０５アール野菜栽培農業２０．００アール
(イ) これに対し、原告は鶴ヶ島の茶畑が作付面積に含まれていないこと、Ｊの水田は平成１９年度に休耕届を出しているのに作付面積に含めていること、Ｌの畑の記載が漏れていることから、被告の調査は不誠実であるなどと主張する。
しかし、鶴ヶ島の茶畑（鶴ヶ島市●●、同●●、同●●、同●●、同●●及び同●●に所在する畑）については、鶴ヶ島市農業委員会によれば、平成１９年については耕作が行われていないことが認められる（乙２３）。また、平成１７年及び平成１８年については、原告の知り合いである乙が管理し、収穫した茶は、以前に管理を委ねていたＫの名前で、納品先に売却していたこと、売上金は原告の了解のもと乙が取得していたことが認められるところ（乙２３）、このような耕作状況に照らせば、同土地を原告が所有し、同土地における電気供給は原告が契約していること（甲４２の１）を考慮しても、被告が、同茶畑について原告の農業所得を生み出す農地に該当しないとして作付面積に含めなかったことが不合理であるとはいえない。
Ｊの水田（富士見市●●、同●●及び同●●に所在する水田）については、原告から買受適格証明願が提出されたことを受けて、鶴ヶ島市農業委員会が、平成２０年２月１５日の時点で、これらの水田で米作が行われていることを確認していること（乙２３）、水稲共済引受に係る確認書（甲１０）には「休耕」との記載があるが、これは原告の妻が記載したものであるところ、Ｓにおいては、かような記載があっても、特段現地確認は行わないこと（乙２４）、農業基本台帳（甲３１）の記載も原告の一方的申告に基づくことからすれば被告がこれらの水田を耕作が行われている農地として作付面積に含めたことが不合理であるとはいえない。
Ｌの畑（富士見市●●、同●●、同●●及び同●●に所在する畑）については、原告が平成１８年に競売により取得したものであるが、当時から産業廃棄物があったため、これを搬出するまで農地として使用できない状態であり、平成１９年においても残土の搬出が完了していなかったものと認められるから（甲３５、３７ないし３９、４０の１ないし４）、作付面積に含めなかったことが不合理であるとはいえない。
(4) 次に、推計自体の合理性（前記②）について検討すると、本件における比準同業者の抽出基準（本件抽出基準）は、次のとおりであると認められる。すなわち、川越税務署管内に所得税の納税地を有する個人のうち、不動産貸付業を営む者については、下記ア(ア)ないし(エ)の各条件のすべてに、米作農業を営む者については、下記イ(ア)ないし(エ)の各条件のすべてに、野菜栽培農業を営む者については、下記ウ(ア)ないし(エ)の各条件のすべてに、それぞれ該当する者である。（乙１４）
ア 不動産貸付業
(ア) 埼玉県富士見市を納税地とし、同市内のみに貸付物件を有する個人で、その年分の暦年を通じて、不動産貸付業（地代収入のみの者を除く。）を継続して営んでいる者であること。
(イ) 所得税の申告において青色申告の承認を受けており、青色申告決算書（決算書）を提出している者であること。
(ウ) 年間の収入の金額が、次の範囲内にある者であること。
平成１７年分２４２３万８４４９円以上９６９５万３７９６円以下
平成１８年分２３０８万４０４４円以上９２３３万６１７６円以下
平成１９年分２１５８万０９２０円以上８６３２万３６７８円以下
(エ) 次のａ及びｂのいずれにも該当しない者であること。
ａ 災害等により、経営状態が異常であると認められる者
ｂ 税務署長から更正又は決定処分がされている者のうち、次のいずれかに該当する者
(a) 当該処分について通則法又は行政事件訴訟法の規定による不服申立期間又は出訴期間の経過していないもの
(b) 当該処分に対して不服申立てがされ、又は訴えが提起されて現在審理中であるもの
イ 米作農業
(ア) その年分の暦年を通じて、米作農業（米作農業以外の農業を兼業している者を除く。）を継続して営んでいる者であること。
(イ) 所得税の申告において青色申告の承認を受けており、決算書を提出している者であること。
(ウ) 作付面積が、次の範囲内にある者であること。
平成１７年分１８．７７アール以上７５．０６アール以下
平成１８年分２３．７６アール以上９５．０２アール以下
平成１９年分３０．５３アール以上１２２．１０アール以下
(エ) 次のａ及びｂのいずれにも該当しない者であること。
ａ 災害等により、経営状態が異常であると認められる者
ｂ 税務署長から更正又は決定処分がされている者のうち、次のいずれかに該当する者
(a) 当該処分について通則法又は行政事件訴訟法の規定による不服申立期間又は出訴期間の経過していないもの
(b) 当該処分に対して不服申立てがされ、又は訴えが提起されて現在審理中であるもの
ウ 野菜栽培農業
(ア) その年分の暦年を通じて、野菜栽培農業（野菜栽培農業以外の農業を兼業している者を除く。）を継続して営んでいる者であること。
(イ) 所得税の申告において青色申告の承認を受けており、決算書を提出している者であること。
(ウ) 作付面積が、次の範囲内にある者であること。
平成１７年分１０．００アール以上４０．００アール以下
平成１８年分１０．００アール以上４０．００アール以下
平成１９年分１０．００アール以上４０．００アール以下
(エ) 次のａ及びｂのいずれにも該当しない者であること。
ａ 災害等により、経営状態が異常であると認められる者
ｂ 税務署長から更正又は決定処分がされている者のうち、次のいずれかに該当する者
(a) 当該処分について通則法又は行政事件訴訟法の規定による不眼申立期間又は出訴期間の経過していないもの
(b) 当該処分に対して不服申立てがされ、又は訴えが提起されて現在審理中であるもの
(5)ア本件抽出基準においては、不動産貸付業については、原告と同様に埼玉県富士見市を納税地とし、同市内のみに貸付物件を有する者を対象とし、さらに、年間の収入金額について、いわゆる倍半基準の範囲内にある者に絞ることにより、業種、事業の場所、事業規模等における近似性を担保したものといえる。農業については、米作農業と野菜栽培農業に分けた上で、それぞれ他種の農業を兼業している者を除外し、さらに、作付面積について倍半基準の範囲内にある者に絞ることにより、業種や事業規模等の近似性を担保したものといえる。これらにより、原告と比準同業者との類似性（上記(A)）があるということができる。
イ 次に、比準同業者は、いずれもその年分の暦年を通じて当該事業を継続して営んでおり、かつ、青色申告者であって、経営状態が異常であると認められる者や更正等の処分を受けて係争中である者が除外されていることからすれば、その資料の正確性（上記(B)）も一定程度確保されているといえる。
ウ さらに、証拠によれば、本件抽出基準により抽出された本件各係争年分における比準同業者の各件数は、不動産貸付業について、平成１７年分が７０件（乙１５の１）、平成１８年分が６５件（乙１５の２）、平成１９年分が７３件（乙１５の３）、米作農業について、平成１７年分が３０件（乙１６の１）、平成１８年分が４９件（乙１６の２）、平成１９年分が４２件（乙１６の３）、野菜栽培農業について、平成１７年分が３２件（乙１７の１）、平成１８年分が３９件（乙１７の２）、平成１９年分が４１件（乙１７の３）でり、各年分の平均値を求めることによって、各比準同業者の個別性を捨象し得る程度の合理的な件数（上記(C)）が確保されているといえる。
エ 加えて、関東信越国税局長からの本件抽出基準の各条件のすべてに該当する者の全部を抽出すべき旨の指示に基づいて川越税務署長が抽出した比準同業者であること（乙１４）からすれば、その抽出過程においても、課税庁の思惑や恣意が介在する余地がなく、合理的な抽出過程（上記(D)）であるということができる。
オ こうして算出された同業者率は、次のとおりであると認められ（乙１５の１ないし３、乙１６の１ないし３、乙１７の１ないし３参照）、その妥当性に疑問を挟む余地があることを窺わせる事情がないことからすると、平均所得率ないし平均所得金額の内容の合理性（上記(E)）についても、肯定することができる。
(ア) 不動産貸付業の比準同業者の平均所得率
平成１７年分３４．１１パーセント
平成１８年分３６．９４パーセント
平成１９年分３１．９４パーセント
(イ) 米作農業の比準同業者の平均所得金額
平成１７年分△１万０４４２円（△は、マイナスの金額である。以下同じ。）
平成１８年分△７１５１円
平成１９年分△８４６８円
(ウ) 野菜栽培農業の比準同業者の平均所得金額
平成１７年分△２万４５０９円
平成１８年分△１万６３８７円
平成１９年分△１万９３６５円
カ したがって、本件における推計の方法は、実際の原告の所得金額に近似した数値を算定し得る合理的なものであると認められる。
(6) 以上に対し、原告は、不動産貸付業については、近代的新築賃貸住宅も含めた平均所得率を基準にする推計は現実にそぐわないと主張し、農業については、耕作地の規模だけで同規模の専業農家の平均値を乗じることは実態に反すると主張する。しかし、前述のとおり、本件においては、比準同業者と原告との類似性を担保し得る抽出基準が定められ、この抽出基準に従って抽出された比準同業者の件数は、各比準同業者の個別性を捨象し得る程度の合理的な件数であったといえるのであるから、原告の主張は採用することができない。
５ 争点(2)（本件各更正処分の適法性）について
(1) 以上によれば、原告の本件各係争年分の不動産所得及び農業所得の金額については、推計の方法により算出する必要性が認められ（前記３）、また、本件各更正処分の基礎とされた推計の方法には一応の合理性があると認められ、その合理性を減殺する特段の反証はなく、当該推計の方法によって算出された原告の不動産所得及び農業所得の金額を本件各係争年分の所得金額として認めることが相当である（前記４）といえるので、原告の本件各係争年分の納付すべき税額は、別紙３「本件各処分（本件青色申告承認取消処分を除く。）の根拠」の第１の１ないし３のとおり、平成１７年分については３７９万４８００円、平成１８年分については４１７万９５００円、平成１９年分については２７８万１９００円であったと認められ、これらの金額は、本件各更正処分（審査裁決により一部取り消された後のもの。）における納付すべき税額をいずれも上回るから、本件各更正処分はいずれも適法である。
(2) なお、原告は、平成１９年分の寄付金控除がされていないと主張し、Ｔ募金に係る３万６０００円の領収書（甲３６）もあるが、原告は、平成１９年分の所得税の確定申告において、第１表の寄付金控除の項目を記載しておらず、５０００円を超える特定寄付金の額があったことを証する書類も添付していなかったのであるから、上記の寄付の事実をもって、本件各更正処分が違法であるとはいえない。
(3) また、原告は、平成１９年８月１９日に原告が窃盗被害に遭ったことについて調査漏れがあると主張するが、上記窃盗被害による損失は、法７２条１項１号に基づき、当該盗難による損失３３８万円（甲６、４２の５）のうち、原告の平成１９年分の総所得金額の１０分の１に相当する金額１５９万３７７３円を超える部分１７８万６２２７円について、適法な雑損控除がされている（別紙３「本件各処分（本件青色申告承認取消処分を除く。）の根拠」の第１の３(7)ア）ので、調査漏れの主張は理由がない。
６ 争点(3)（本件各過少申告加算税賦課決定処分の適法性）について
前記５のとおり、本件各更正処分はいずれも適法であるところ、原告について、過少に申告したことにつき通則法６５条４項に規定する正当な理由があったということはできないので、本件各係争年分における原告の過少申告加算税は、別紙３「本件各処分（本件青色申告承認取消処分を除く。）の根拠」の第２の１ないし３のとおり、平成１７年分については５１万９５００円、平成１８年分については５５万７０００円、平成１９年分については２７万６５００円と認められる。これらの金額は、本件各過少申告加算税賦課決定処分（ただし、審査裁決により一部取り消された後のもの。）における過少申告加算税の金額といずれも同額であることからすれば、本件各過少申告加算税賦課決定処分はいずれも適法である。
７ 争点(4)（本件各消費税等決定処分の適法性）について
(1) 消費税の課税対象は、「国内において事業者が行った資産の譲渡等」とされているところ（消費税法４条１項）、ここにおける「事業者」とは、事業を行う個人（個人事業者）及び法人をいう（同法２条１項３号、４号）。また、「資産の譲渡等」とは、事業として対価を得て行われる資産の譲渡及び貸付け並びに役務の提供をいい（同法２条１項８号）、このうち、同法６条１項により非課税とされているもの以外のものが、「課税資産の譲渡等」である（同法２条１項９号）。「事業として」行われたものというためには、反復、継続、独立して行われていれば足り、事業の規模は問わないと解される。そして、国内取引における納税義務者は、課税資産の譲渡等を行った事業者とされている（同法５条１項）。
(2) 以上を本件についてみるに、原告は、国内で不動産賃貸業を営む者であり、反復、継続、独立して、対価を得て不動産の貸付けを行っているものといえるから、原告の行う不動産の貸付けは、消費税法６条１項により非課税とされているものを除いて消費税の課税対象となり、原告がその納税義務者となる。
証拠（甲６、乙１３、２３）によれば、原告が貸付けを行う不動産は、Ｍ、Ｎ、Ｏ、Ｐ及びＢビルの各室であると認められ、このうち、Ｂビルを除いた各不動産は、いずれも居住用であるから、消費税法６条１項、別表第１第１３号により非課税とされる（ただし、駐車場部分については、同法別表第１第１号、同法施行令８条により、非課税とならない。）。Ｂビルについては、Ｑ及びＲへの貸室が居住用として非課税である他は、全て店舗、事業所あるいは駐車場の用に供されており、課税対象になると認められる（乙２３）。
これに対し、原告は、課税対象はＢビルのＣ及び会計事務所の賃料のみであるから１０００万円を超えないと主張し、小規模事業者に係る納税義務の免除（消費税法９条１項本文）を主張するようである。しかし、前述のとおり、駐車場及びＢビルの事業用の貸室については、同法６条１項により非課税とされるものに該当せず、これを前提に本件各係争課税期間に対応する基準期間の課税売上高はいずれも１０００万円を超えていると認められる（乙２０、２１、２３）から、原告の主張は採用することができない。
(3)ア原告が、不動産の貸付けにより得た対価から、前記(2)で述べた非課税とされる部分を除いた金額は、平成１７年課税期間については１２１３万０３３０円、平成１８年課税期間については１１０４万８１６０円、平成１９年課税期間については４７３万５６００円と認められる（乙１３）。これらの金額をもとに、原告が納付すべき消費税等の額を計算すると、別紙３「本件各処分（本件青色申告承認取消処分を除く。）の根拠」第３の１ないし３のとおり、平成１７年課税期間の消費税額が４６万２０００円、地方消費税額が１１万５５００円、平成１８年課税期間の消費税額が４２万０８００円、地方消費税額が１０万５２００円、平成１９年課税期間の消費税額が１８万０４００円、地方消費税額が４万５１００円となる。これらは、本件各消費税等決定処分における納付すべき消費税額及び納付すべき地方消費税額をいずれも上回っているから、本件各消費税等決定処分はいずれも適法である。
イ なお、原告は、仕入れに係る消費税額の控除をすべきである旨主張するが、原告は、不動産の貸付けに係る帳簿を適切に備え付けていなかったものであるから、消費税法３０条７項に規定する「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に該当し、課税仕入れに係る消費税額の控除に関する同条１項の適用はない。よって、本件において仕入れに係る消費税額の控除は認められない。
８ 争点(5)（本件各無申告加算税賦課決定処分の適法性）について
前記７のとおり、本件各消費税等決定処分はいずれも適法であるところ、原告について、消費税等の申告をしなかったことにつき通則法６６条１項に規定する正当な理由があったということはできないので、本件各係争年分における原告の無申告加算税は、別紙３「本件各処分（本件青色申告承認取消処分を除く。）の根拠」の第４の１ないし３のとおり、平成１７年課税期間については７万５０００円、平成１８年課税期間については６万９０００円、平成１９年課税期間については２万５５００円と認められる。これらの金額は、本件各無申告加算税賦課決定処分における無申告加算税の金額といずれも同額であることからすれば、本件各無申告加算税賦課決定処分はいずれも適法である。
第４ 結論
以上によれば、本件各処分はいずれも適法であって、原告の請求はいずれも理由がないからこれを棄却することとし、主文のとおり判決する。
さいたま地方裁判所第４民事部
裁判長裁判官原啓一郎
裁判官古河謙一
裁判官髙部祐未
別紙１
課税の経緯（所得税）
（単位：円）
内訳
区分
年月日
総所得金額
事業所得の金額不動産所得の金額給与所得の金額
雑所得の金額
分離長期譲渡
所得の金額
納付すべき
税額
過少申告
加算税額
確定申告
平成18年3月15日
4,112,458
△2,451,232
3,161,527
1,584,000
1,818,163
60,500
－
更正処分及び
賦課決定処分平成20年11月21日
19,539,444
△793,810
16,931,091
1,584,000
1,818,163
3,973,800
561,500
異議申立て平成21年1月16日
（全部取消し）
異議決定
平成21年4月13日
18,922,148
△793,810
16,313,795
1,584,000
1,818,163
3,745,600
527,000
審査請求
平成21年5月13日
（全部取消し）
平成
年分
審査裁決
平成22年4月26日
18,759,647
△882,276
16,239,760
1,584,000
1,818,163
3,691,800
519,500
確定申告
平成19年3月15日
3,926,803
△3,208,370
3,735,946
1,584,000
1,815,227
198,400
－
更正処分及び
賦課決定処分平成20年11月21日
19,682,068
△568,400
16,851,211
1,584,000
1,815,227
4,141,000
566,000
異議申立て平成21年1月16日
（全部取消し）
異議決定
平成21年4月13日
19,641,618
△568,400
16,810,791
1,584,000
1,815,227
4,126,200
563,000
審査請求
平成21年5月13日
（全部取消し）
平成
年分
審査裁決
平成22年4月26日
19,529,659
△660,901
16,791,333
1,584,000
1,815,227
4,084,800
557,000
確定申告
平成20年3月17日
8,975,441
△4,708,168
10,627,493
1,141,600
1,914,516
641,000
－
更正処分及び
賦課決定処分平成20年11月21日
16,382,278
△760,460
14,086,622
1,141,600
1,914,516
2,943,300
310,500
異議申立て平成21年1月16日
（全部取消し）
異議決定
平成21年4月13日
15,949,780
△760,460
13,654,124
1,141,600
1,914,516
2,786,200
287,000
審査請求
平成21年5月13日
（全部取消し）
平成
年分
審査裁決
平成22年4月26日
15,734,444
△896,070
13,574,398
1,141,600
1,914,516
2,715,200
276,500
注：「事業所得の金額」欄の△印は、損失金額を示す。
別紙２
課税の経緯（消費税等）
（単位：円）
区分
年月日
課税標準額
仕入税額控除の額
納付すべき消費税額
納付すべき地方消費税額
無申告加算税額
確定申告
無申告
決定処分及び
賦課決定処分平成20年11月21日
10,120,000
404,800
101,200
75,000
異議申立て平成21年1月21日
（全部取消し）
異議決定
平成21年4月13日
（棄却）
審査請求
平成21年5月13日
（全部取消し）
平成
年課税期間
審査裁決
平成22年4月26日
（棄却）
確定申告
無申告
決定処分及び
賦課決定処分平成20年11月21日
9,358,000
374,300
93,500
69,000
異議申立て平成21年1月21日
（全部取消し）
異議決定
平成21年4月13日
（棄却）
審査請求
平成21年5月13日
（全部取消し）
平成
年課税期間
審査裁決
平成22年4月26日
（棄却）
確定申告
無申告
決定処分及び
賦課決定処分平成20年11月21日
3,583,000
143,300
35,800
25,500
異議申立て平成21年1月21日
（全部取消し）
異議決定
平成21年4月13日
（棄却）
審査請求
平成21年5月13日
（全部取消し）
平成
年課税期間
審査裁決
平成22年4月26日
（棄却）
（別紙３）本件各処分（本件青色申告承認取消処分を除く。）の根拠
ただし、△はマイナスの金額である。
第１ 本件各更正処分の根拠について
１ 平成１７年分
(1) 不動産所得に係る総収入金額４８４７万６８９８円
(2) 不動産所得の金額１６５３万５４６９円
上記金額は、上記(1)の金額４８４７万６８９８円に、平成１７年分の不動産貸付業の比準同業者の平均所得率３４．１１パーセントを乗じた金額である。
(3) 農業所得の金額△８８万２０６８円
上記金額は、次のア及びイの金額の合計額である。
ア 米作農業の所得金額△３９万１８８８円
上記金額は、原告の平成１７年分の米作面積３７．５３アールに、平成１７年分の米作農業の比準同業者の平均所得金額△１万０４４２円を乗じた金額である。
イ 野菜栽培農業の所得金額△４９万０１８０円
上記金額は、原告の平成１７年分の野菜栽培面積２０．００アールに、平成１７年分の野菜栽培農業の比準同業者の平均所得金額△２万４５０９円を乗じた金額である。
(4) 給与所得の金額１５８万４０００円
(5) 雑所得の金額１８１万８１６３円
(6) 総所得金額１９０５万５５６４円
上記金額は、原告の平成１７年分の総所得金額であり、上記(2)ないし(5)の金額の合計額である。
(7) 所得控除の合計額８５万１７６５円
上記金額は、下記アないしオの金額の合計額である。
ア 社会保険料控除３５万６７６５円
イ 生命保険料控除５万円
ウ 損害保険料控除１万５０００円
エ 寄付金控除５万円
オ 基礎控除３８万円
(8) 課税総所得金額１８２０万３０００円
上記金額は、上記(6)の金額１９０５万５５６４円から上記(7)の金額８５万１７６５円を控除した金額（１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。後記２(8)及び３(8)においても同じ。）である。
(9) 課税総所得金額に対する税額４２４万５１１０円
(10) 定率減税額２５万円
(11) 源泉徴収税額６万６３００円
(12) 申告納税額３９２万８８００円
上記金額は、原告の申告納税額であり、上記(9)の金額から上記(10)及び上記(11)の金額を差し引いた金額（１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。後記２(12)及び３(11)においても同じ。）である。
(13) 予定納税額１３万４０００円
(14) 納付すべき税額３７９万４８００円
上記金額は、原告の納付すべき税額であり、上記(12)の金額から上記(13)の金額を差し引いた金額である。
２ 平成１８年分
(1) 不動産所得に係る総収入金額４６１６万８０８８円
(2) 不動産所得の金額１７０５万４４９１円
上記金額は、上記(1)の金額４６１６万８０８８円に、平成１８年分の不動産貸付業の比準同業者の平均所得率３６．９４パーセントを乗じた金額である。
(3) 農業所得の金額△６６万７４８４円
上記金額は、次のア及びイの金額の合計額である。
ア 米作農業の所得金額△３３万９７４４円
上記金額は、原告の平成１８年分の米作面積４７．５１アールに、平成１８年分の米作農業の比準同業者の平均所得金額△７１５１円を乗じた金額である。
イ 野菜栽培農業の所得金額△３２万７７４０円
上記金額は、原告の平成１８年分の野菜栽培面積２０．００アールに、平成１８年分の野菜栽培農業の比準同業者の平均所得金額△１万６３８７円を乗じた金額である。
(4) 給与所得の金額１５８万４０００円
(5) 雑所得の金額１８１万５２２７円
(6) 総所得金額１９７８万６２３４円
上記金額は、原告の平成１８年分の総所得金額であり、上記(2)ないし(5)の金額の合計額である。
(7) 所得控除の合計額１２０万３４５２円
上記金額は、下記アないしカの金額の合計額である。
ア 社会保険料控除３４万７４５２円
イ 生命保険料控除５万円
ウ 損害保険料控除１万５０００円
エ 寄付金控除３万１０００円
オ 配偶者控除３８万円
上記金額は、原告の妻に係る配偶者控除の金額である。原告の妻は、年金を受給していたところ、平成１８年分からは、６５歳に達したため、年金収入（雑所得）における控除額が増加したことにより雑所得が３８万円以下となり、原告との関係では控除対象配偶者に該当することとなった。
カ 基礎控除３８万円
(8) 課税総所得金額１８５８万２０００円
上記金額は、上記(6)の金額１９７８万６２３４円から上記(7)の金額１２０万３４５２円を控除した金額である。
(9) 課税総所得金額に対する税額４３８万５３４０円
(10) 定率減税額１２万５０００円
(11) 源泉徴収税額８万０８００円
(12) 納付すべき税額（申告納税額）４１７万９５００円
上記金額は、原告の納付すべき税額であり、上記(9)の金額から上記(10)及び上記(11)の金額を差し引いた金額である。
３ 平成１９年分
(1) 不動産所得に係る総収入金額４３１６万１８３９円
(2) 不動産所得の金額１３７８万５８９１円
上記金額は、上記(1)の金額４３１６万１８３９円に、平成１９年分の不動産貸付業の比準同業者の平均所得率３１．９４パーセントを乗じた金額である。
(3) 農業所得の金額△９０万４２７１円
上記金額は、次のア及びイの金額の合計額である。
ア 米作農業の所得金額△５１万６９７１円
原告の平成１９年分の米作面積６１．０５アールに、平成１９年分の米作農業の比準同業者の平均所得金額△８４６８円を乗じた金額である。
イ 野菜栽培農業の所得金額△３８万７３００円
原告の平成１９年分の野菜栽培面積２０．００アールに、平成１９年分の野菜栽培農業の比準同業者の平均所得金額△１万９３６５円を乗じた金額である。
(4) 給与所得の金額１１４万１６００円
(5) 雑所得の金額１９１万４５１６円
(6) 総所得金額１５９３万７７３６円
上記金額は、原告の平成１９年分の総所得金額であり、上記(2)ないし(5)の金額の合計額である。
(7) 所得控除の合計額２７２万５４３４円
上記金額は、下記アないしカの金額の合計額である。
ア 雑損控除１７８万６２２７円
イ 社会保険料控除８万１１８０円
ウ 生命保険料控除５万円
エ 地震保険料控除４万８０２７円
オ 配偶者控除３８万円
カ 基礎控除３８万円
(8) 課税総所得金額１３２１万２０００円
上記金額は、上記(6)の金額１５９３万７７３６円から上記(7)の金額２７２万５４３４円を控除した金額である。
(9) 課税総所得金額に対する税額２８２万３９６０円
(10) 源泉徴収税額４万２０３０円
(11) 納付すべき税額（申告納税額）２７８万１９００円
上記金額は、原告の納付すべき税額であり、上記(9)の金額から上記(10)の金額を差し引いた金額である。
第２ 本件各過少申告加算税賦課決定処分の根拠について
１ 平成１７年分５１万９５００円
上記金額は、平成１７年分の所得税の更正処分により、原告が新たに納付すべきこととなった税額３６３万円（別紙１「課税の経緯（所得税）」の各「審査裁決」欄の納付すべき税額３６９万１８００円から、各「確定申告」欄の納付すべき税額６万０５００円を差し引いたもの。ただし、１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）を基礎として、これに通則法６５条１項の規定に基づき、１００分の１０の割合を乗じて計算した金額３６万３０００円と、同条２項の規定に基づき５０万円を超える部分に相当する金額である３１３万円（ただし、１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に１００分の５の割合を乗じて計算した金額１５万６５００円との合計額である。
２ 平成１８年分５５万７０００円
上記金額は、平成１８年分の所得税の更正処分により、原告が新たに納付すべきこととなった税額３８８万円（別紙１「課税の経緯（所得税）」の各「審査裁決」欄の納付すべき税額４０８万４８００円から、各「確定申告」欄の納付すべき税額１９万８４００円を差し引いたもの。ただし、１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）を基礎として、これに通則法６５条１項の規定に基づき、１００分の１０の割合を乗じて計算した金額３８万８０００円と、同条２項の規定に基づき５０万円を超える部分に相当する金額である３３８万円（ただし、１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に１００分の５の割合を乗じて計算した金額１６万９０００円との合計額である。
３ 平成１９年分２７万６５００円
上記金額は、平成１９年分の所得税の更正処分により、原告が新たに納付すべきこととなった税額２０７万円（別紙１「課税の経緯（所得税）」の各「審査裁決」欄の納付すべき税額２７１万５２００円から、各「確定申告」欄の納付すべき税額６４万１０００円を差し引いたもの。ただし、１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）を基礎として、これに通則法６５条１項の規定に基づき、１００分の１０の割合を乗じて計算した金額２０万７０００円と、同条２項の規定に基づき６８万３０３０円（各「確定申告」欄の納付すべき税額６４万１０００円及び源泉徴収税額４万２０３０円を合計した額。）を超える部分に相当する金額である１３９万円（ただし、１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に１００分の５の割合を乗じて計算した金額６万９５００円との合計額である。
第３ 本件各消費税等決定処分の根拠について
１ 平成１７年課税期間
(1) 税込課税売上高１２１３万０３３０円
(2) 課税標準額１１５５万２０００円
上記金額は、消費税法２８条の規定により、上記(1)の税込課税売上高１２１３万０３３０円に、１０５分の１００を乗じて（上記税込課税売上高に含まれる課されるべき消費税等の５％相当額を除外したもの。）、通則法１１８条１項により１０００円未満の端数を切り捨てた後の金額である。
(3) 課税標準額に対する消費税額４６万２０８０円
上記金額は、消費税法２９条の規定により、上記(2)の課税標準額１１５５万２０００円に消費税の税率１００分の４を乗じて算出した金額である。
(4) 控除対象仕入税額０円
(5) 納付すべき税額４６万２０００円
納付すべき税額は、上記(4)の控除対象仕入税額が０円であるから、上記(3)の課税標準額に対する税額４６万２０８０円と同額となる（ただし、１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）。
(6) 地方消費税（譲渡割額）の課税標準となる消費税額４６万２０００円
上記金額は、上記(5)の納付すべき消費税額４６万２０００円である（地方税法７２条の７７第２号、同法７２条の８２）。
(7) 納付すべき譲渡割額１１万５５００円
上記金額は、地方税法７２条の８３の規定により、上記(6)の地方消費税の課税標準額４６万２０００円に地方消費税の税率１００分の２５を乗じて算出した金額である。
２ 平成１８年課税期間
(1) 税込課税売上高１１０４万８１６０円
(2) 課税標準額１０５２万２０００円
上記金額は、消費税法２８条の規定により、上記(1)の税込課税売上高１１０４万８１６０円に、１０５分の１００を乗じて（上記税込課税売上高に含まれる課されるべき消費税等の５％相当額を除外したもの。）、１０００円未満の端数を切り捨てた後の金額である。
(3) 課税標準額に対する消費税額４２万０８８０円
上記金額は、消費税法２９条の規定により、上記(2)の課税標準額１０５２万２０００円に消費税の税率１００分の４を乗じて算出した金額である。
(4) 控除対象仕入税額０円
(5) 納付すべき税額４２万０８００円
納付すべき税額は、上記(4)の控除対象仕入税額が０円であるから、上記(3)の課税標準額に対する税額４２万０８８０円と同額となる（ただし、１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）。
(6) 地方消費税（譲渡割額）の課税標準となる消費税額４２万０８００円
上記金額は、上記(5)の納付すべき消費税額４２万０８００円である（地方税法７２条の７７第２号、同法７２条の８２）。
(7) 納付すべき譲渡割額１０万５２００円
上記金額は、地方税法７２条の８３の規定により、上記(6)の地方消費税の課税標準額４２万０８００円に地方消費税の税率１００分の２５を乗じて算出した金額である。
３ 平成１９年課税期間
(1) 税込課税売上高４７３万５６００円
(2) 課税標準額４５１万００００円
上記金額は、消費税法２８条の規定により、上記(1)の税込課税売上高４７３万５６００円に、１０５分の１００を乗じて（上記税込課税売上高に含まれる課されるべき消費税等の５％相当額を除外したもの。）、１０００円未満の端数を切り捨てた後の金額である。
(3) 課税標準額に対する消費税額１８万０４００円
上記金額は、消費税法２９条の規定により、上記(2)の課税標準額４５１万００００円に消費税の税率１００分の４を乗じて算出した金額である。
(4) 控除対象仕入税額０円
(5) 納付すべき税額１８万０４００円
納付すべき税額は、上記(4)の控除対象仕入税額が０円であるから、上記(3)の課税標準額に対する税額１８万０４００円と同額となる（ただし、１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）。
(6) 地方消費税（譲渡割額）の課税標準となる消費税額１８万０４００円
上記金額は、上記(5)の納付すべき消費税額１８万０４００円である（地方税法７２条の７７第２号、同法７２条の８２）。
(7) 納付すべき譲渡割額４万５１００円
上記金額は、地方税法７２条の８３の規定により、上記(6)の地方消費税の課税標準額１８万０４００円に地方消費税の税率１００分の２５を乗じて算出した金額である。
第４ 本件各無申告加算税賦課決定処分の根拠について
１ 平成１７年課税期間７万５０００円
上記金額は、平成１７年課税期間の消費税等の決定処分により、原告が新たに納付すべきこととなった税額５０万円（同決定処分に係る消費税の納付すべき税額４０万４８００円と地方消費税の納付すべき譲渡割額１０万１２００円を合計した額。ただし、１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）を基礎として、これに通則法６６条１項の規定に基づき、１００分の１５の割合を乗じて計算した金額である。
２ 平成１８年課税期間６万９０００円
上記金額は、平成１８年課税期間の消費税等の決定処分により、原告が新たに納付すべきこととなった税額４６万円（同決定処分に係る消費税の納付すべき税額３７万４３００円と地方消費税の納付すべき譲渡割額９万３５００円を合計した額。ただし、１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）を基礎として、これに通則法６６条１項の規定に基づき、１００分の１５の割合を乗じて計算した金額である。
３ 平成１９年課税期間２万５５００円
上記金額は、平成１９年課税期間の消費税等の決定処分により、原告が新たに納付すべきこととなった税額１７万円（同決定処分に係る消費税の納付すべき税額１４万３３００円と地方消費税の納付すべき譲渡割額３万５８００円を合計した額。ただし、１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、通則法６６条１項の規定に基づき、１００分の１５の割合を乗じて計算した金額である。以上
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2011/pdf/11840.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。