税務訴訟資料第２６２号－２２（順号１１８７２）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税及び源泉所得税処分取消等請求事件
国側当事者・国（大隅税務署長）
平成２４年２月３日棄却・控訴
判決
原告
有限会社Ａ
同代表者取締役
甲
被告
国
同代表者法務大臣
小川敏夫
処分行政庁
大隅税務署長
加地郁雄
被告指定代理人
渡邊未来子
森本利佳
楠野康子
杉本知寛
林俊生
池川雅昭
石川尚登
井出上秀文
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 大隅税務署長が原告に対し平成２１年６月３０日付けでした平成１８年６月１日から平成１９年５月３１日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の法人税の更正処分（以下「本件更正処分」という。）のうち納付すべき法人税額△４０１円を超える部分（△の印は還付金の額に相当する税額を示す。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件過少申告加算税賦課決定処分」といい、本件更正処分と併せて「本件更正処分等」という。）を、いずれも取り消す。
２ 大隅税務署長が原告に対し平成２１年６月３０日付けでした平成１９年１月から同年６月までの期間分の源泉徴収に係る所得税の納付告知処分（以下「本件告知処分」という。）及び不納付加算税の賦課決定処分（以下「本件不納付加算税賦課決定処分」といい、本件告知処分と併せて「本件告知処分等」という。また、本件更正処分等と本件告知処分等とを併せて「本件各処分」という。）を、いずれも取り消す。
第２ 事案の概要等
本件は、原告が、本件事業年度の法人税の確定申告をしたところ、大隅税務署長から、①原告等とその元取締役らとの間で成立した調停（以下「本件調停」という。）に基づいて原告に支払われた解決金及び同調停の成立により消滅した原告の債務に相当する金額が益金の額に算入される等として本件更正処分等を受けるとともに、②原告は上記の解決金相当額をその代表者に役員給与として支給したとして本件告知処分等を受けたことから、上記の解決金は原告に帰属しないし、上記の原告の債務も本件調停の成立により消滅したものではない等と主張して、本件各処分の取消しを求めた事案である。
１ 関係法令の定め
別紙１「関係法令の定め」に記載したとおりである（なお、同別紙で定める略称等は、以下においても用いることとする。）。
２ 前提事実（証拠等の掲記のない事実は、当事者間に争いがないか、当事者において争うことを明らかにしない事実である。）
(1) 原告等
ア 原告は、一般乗用旅客自動車運送事業、宅地建物の賃貸借事業等を営むことを目的として昭和５７年１０月２９日に設立された法人税法２条９号に規定する普通法人であり、同条１０号に規定する同族会社に該当する。
イ 原告の代表者である甲（以下「甲」という。）の兄である乙（以下「乙」という。）は、原告が設立された昭和５７年１０月２９日から昭和６１年３月１７日までの間、乙及び甲の父である丙（以下「丙」という。）は、同月４日から同年１１月２７日までの間、乙の内縁の妻である丁（以下「丁」といい、乙と併せて「乙ら」という。）は、同年７月２９日から平成１８年２月２２日までの間、それぞれ原告の取締役（ただし、丙については、昭和６１年３月４日から同年３月１７日までの間にあっては代表取締役）に就任していた者である。
甲は、平成１８年２月２２日、原告の取締役に就任し、以降、その地位にある。
(2) 本件調停の経緯等
ア 原告（当時の代表者は甲である。）は、平成１８年７月２０日、乙らを相手方として、大隅簡易裁判所に対し、調停の申立て（同庁平成●●年（○○）第●●号。以下「本件調停申立て」という。）をした。
本件調停申立てに係る原告の申立書（以下「本件調停申立書」という。）には、申立ての趣旨として、①乙らが、原告に対し、連帯して、昭和６２年１月から平成１８年２月までの間に原告が丁に対して役員報酬として支払った合計約２８８８万２０００円に年６分の割合による利息を付加した金員を支払うこと及び②原告と乙との間で原告の乙に対する債務が存在しないことを確認することを求める旨の記載がある。
イ 本件調停は、民事調停法の定めるところに従い組織された調停委員会の関与の下、原告、乙ら及び参加人として加わった甲との間で、平成１８年１１月１６日に成立した（甲５）。
本件調停に係る調書（以下「本件調停調書」という。）に記載された調停条項の内容は、次のとおりである（以下「本件調停条項」といい、具体的な条項を指摘する際には、次の順号に従い「本件調停条項１項」のようにいう。）。
①
丁は、原告に対し、解決金として５００万円の支払義務のあることを認める。
②
丁は、原告に対し、上記の①の金員を平成１８年１２月１５日限り原告名義の普通預金口座（以下「原告名義口座」という。）に振り込む方法により支払う。
③ （省略）
④ 原告は、その余の請求を放棄する。
⑤ 乙は、その余の請求を放棄する。
⑥ 原告及び甲と乙らとの間には、本件に関し、この調停条項に定めるほか、他に何らの債権債務のないことを互いに確認する。
⑦ （省略）
ウ 乙は、平成１８年１２月７日、本件調停条項１項に係る解決金（以下、これに係る債権及び債務をいう場合も含め、「本件解決金」という。）として、５００万円を原告名義口座に振り込む方法により支払い、原告は、平成１９年５月２１日、原告名義口座からこれと同額の出金をし、同日、甲が個人として保有する甲名義の普通預金口座（以下「甲名義口座」という。）にこれと同額の入金をした（乙５〔別紙７の３枚目、別紙８の３枚目〕）。
(3) 本件各処分の経緯等
ア 原告は、平成１９年７月３０日、本件事業年度の法人税につき、別表１の「確定申告」欄のとおり、確定申告書を青色の申告書により提出して確定申告（以下「本件確定申告」といい、これに係る申告書〔乙２〕を「本件確定申告書」という。）をした。
イ その後の本件更正処分等並びにこれについての国税不服審判所長に対する審査請求及びこれに対する裁決の経緯は、別表１の「更正処分等」欄、「審査請求」欄及び「裁決」欄に、本件告知処分等並びにこれについての国税不服審判所長に対する審査請求及びこれに対する裁決の経緯は、別表２の「納税告知処分等」欄、「審査請求」欄及び「裁決」欄に、それぞれ記載されているとおりである。
(4) 本件訴えの提起
原告は、平成２２年１２月２２日、本件訴えを提起した（当裁判所に顕著な事実）。
３ 本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張
本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張は、後記５に掲げるほか、別紙２「本件各処分の根拠及び適法性」に記載のとおりである（なお、同別紙で定める略称等は、以下においても用いることとする。）。
４ 争点
(1) 本件解決金が原告に帰属するか否か及び原告が甲に支払った本件解決金相当額が同人に対して支給された役員給与に当たるか否か（争点１）。
(2) 本件借入金が本件調停の成立より前に存在しており、本件調停の成立により消滅したか否か（争点２）。
(3) 本件未払金が本件調停の成立により消滅したか否か（争点３）。
(4) 本件更正処分に理由付記の不備の違法があるか否か（争点４）。
５ 争点に関する当事者の主張の要点
(1) 本件解決金が原告に帰属するか否か及び原告が甲に支払った本件解決金相当額が同人に対して支給された役員給与に当たるか否か（争点１）について
（被告の主張の要点）
ア 本件解決金は原告に帰属した上で原告から甲に給与として支給されたものであること
(ア) 原告は、第２、２「前提事実」（以下「前提事実」という。）(2)アのとおり、本件調停申立書をもって本件調停申立てをしたところ、同イのとおり、本件調停条項の内容で本件調停が成立して、同ウのとおり、本件解決金が原告に支払われたものである。
本件解決金は、あくまでも、原告から申し立てられ、原告及び甲と乙らとの間で成立した本件調停に基づき、原告に対して入金がされたものであるから、本件解決金は原告に帰属するのであって、甲に帰属するものということはできない。
(イ) また、本件解決金相当額が甲名義口座に入金されたことについて、甲が原告の取締役の地位にあること以外に当該金員が原告から甲に支払われる理由は見当たらない。
しかも、甲は、原告の取締役として、乙及び甲以外の原告の株主である戊及びＢ（乙２の２枚目中の「判定基準となる株主等の株式数等の明細」欄参照）に対し、それぞれ「同意書」と題する文書（乙６、７。以下「本件各同意書」という。）を送付して、原告名義口座に振り込まれた本件解決金相当額である５００万円を甲名義口座に移し替えることを提案し、同人らの同意を得た上で上記の入金をしている（本件解決金が甲に帰属するものであったならば、甲がこのような手続までとる必要があったかは疑わしいというべきである。）ところ、本件各同意書に甲個人が原告の役員たる地位にあること以外に上記５００万円の交付を受ける理由が何ら記載されていないことからすれば、当該５００万円は原告からその役員である甲個人に対して支給された給与であるというほかないし、このような手続をあえてとっていることからも、当該５００万円の支払を単なる預り金の返金又は借入金の返金とみることはできない。
したがって、甲に支払われた本件解決金相当額である５００万円については、原告からその役員である甲個人に対して支給された給与であると考えるべきである。
イ 原告の主張について
(ア) 原告は、本件調停に係る紛争は、甲が原告に対して有する損害賠償請求権（乙らの行為についての原告の甲に対する損害賠償責任。会社法３５０条参照）について、原告がその支払をするためにあらかじめ丁に求償したものである旨を主張する。
しかし、本件調停申立書における申立ての趣旨に支払を求める額として記載されていたのは、原告が丁に対して支払った役員報酬の合計額及びその利息に相当する額であるし、甲は原告の出資持分の一部を有してはいたものの、これに基づく利益配当請求権等の甲の利益が具体的に減少したことを認めるに足りる証拠もない。加えて、甲は、原告の代表者として、本件解決金を原告名義口座に振り込む方法によって支払うとの本件調停条項２項を定めた上、前記ア(イ)のとおり、あえて本件各同意書までも得ていたのであって、これらからすれば、本件解決金は原告に帰属するものというべきである。
(イ) また、原告は、原告に対する甲の利益配当請求権に関する事情等を主張し、本件調停においては、原告に対する甲の利益配当請求権について丁が甲に対し損害賠償としてその支払義務を負うべきであることが前提とされていたとして、本件解決金が甲に帰属しており、これが甲が原告から５００万円の支払を受けた理由になる旨を主張する。
しかし、本件解決金の支払義務は本件調停の成立によって生じたものであり、その前提となる権利関係から直接生じたものではないのであるから、原告の主張する上記の事情がいかなるものであろうと、それが本件解決金が原告を介さずに甲に帰属することの理由となるものではない。
この点をおくとしても、原告の主張する事情の存在を裏付ける客観的な証拠はない上、丁への役員報酬の支払と甲の利益配当請求権等に係る利益が減少したこととの間に相当因果関係があることを示す具体的な事実、証拠もないことからすれば、甲の利益配当請求権について具体的な損害が生じており、これが本件調停の前提とされていたと考えることもできない。
(ウ) さらに、原告は、本件調停条項１項は原告に本件解決金の受領権限があることを定めたものにすぎないとして、本件解決金が甲に帰属しており、これが甲が原告から５００万円の支払を受けた理由になる旨を主張する。
しかし、本件解決金の受領権限については、本件調停条項２項が支払方法の指定としてこれを定めているのであるから、本件調停条項１項は、本件解決金の支払義務そのものについて定めたものであると解さざるを得ない。
(エ) このほか、原告は、平成１９年５月１８日付け「株主各位」宛ての「提案書」と題する書面等（甲４４。以下「提案書等」という。）を挙げ、これらに記載されているところが本件解決金相当額が甲に支払われた理由であって、本件解決金を給与とみることはできない旨を主張する。
しかし、本件解決金相当額が提案書等に基づいて甲名義口座に入金されたものであるとしても、提案書等は、乙から原告名義口座に振り込まれた５００万円を甲名義口座に移し替えることを提案するものにとどまる上、提案書等のうち「提案の理由」と題する書面の記載も、①丁は原告から役員報酬として受領した２８８８万２０００円について受領権限を有していないから原告に返還する義務がある、②甲は返還されたこの金員のうちその持分である２８パーセント相当額を原告から受領する権限があるという旨のものにすぎない。そもそも、上記「提案の理由」と題する書面は、その作成者である原告が、自らの主張、要望等を一方的に記載することができるものなのであって、いずれにしても、提案書等は、本件解決金が原告ではなく甲に帰属することの理由となるものではない。（原告の主張の要点）
ア 本件解決金は原告に帰属せず、甲に帰属すること
被告は、本件解決金が原告に帰属する理由として、①本件調停申立書における申立ての趣旨の記載の内容、②本件調停条項１項の内容及び本件解決金が原告名義口座に振り込まれたこと、③税務署の調査官に対する乙の供述並びに④この乙の供述の内容に原告が異議を述べなかったことを挙げるものと解される。
しかし、以下の(ア)ないし(エ)に述べるとおり、これらは、いずれも、本件解決金が原告に帰属すること等の理由となるものではなく、以下の(ア)に述べたところから明らかなとおり、本件解決金は甲に帰属する。
(ア) 本件申立書における申立ての趣旨の記載（前記①）について
ａ 本件調停に係る紛争は、当時原告の一社員であった甲が乙らの不法行為に基づいて原告に対して有する損害賠償請求権（不法行為の具体的な内容は、乙らが、共謀して、昭和６１年７月２９日、原告の議事録等を偽造して丁の取締役就任の登記をし、以降、丁において役員報酬として原告から合計２８８８万２０００円の支払を受ける一方、甲に対し、１円も利益の配当をしなかったというものである。）について、原告がこれをあらかじめ求償した（会社法３５０条参照）ものであり、このことは、調停委員会もその旨を認定し、原告の社員の総意でもあった。
すなわち、原告は、本件調停申立ての時点では、丁が原告から支払を受けた役員報酬の総額（利益総額）を原告に支払うことを請求したのであるが、裁判官の求釈明、職権調査、証拠調べにより、甲が乙らに対し持分配当分に相当する金員の支払を請求するものに変更され、それが最後には５００万円の請求となって、①丁（あるいは乙）は、原告に対して役員報酬２８８８万２０００円の支払義務はなく、解決金５００万円の支払義務があること及び②その解決金５００万円は、原告に対する損害賠償金ではなく、丁（あるいは乙）が不法行為か債務不履行かはともかく甲に加えた損害の賠償金として原告に支払われることとなったのである。
なお、本件調停申立書の「紛争の要点」には、乙らが甲に与えた損害の具体的な内容が記載されているし、処分行政庁である大隅税務署長も、本件解決金を損害賠償金であるとしたり、寄付金であるとしたりし、「無償で得た金員」であるとしたりしている。
したがって、本件調停申立書における申立ての趣旨の記載は、本件解決金が原告に帰属することの理由にはならない。
ｂ この点、被告は、利益配当請求権等の甲の利益が具体的に減少した等を示す証拠はない旨を主張する。
しかし、甲の利益が具体的に減少したものであることは、本件調停申立書の「紛争の要点」に具体的に述べられているところであるし、そもそも、原告は、社員が兄弟４人で、年収は２４０万円、収益は１８０万円という名ばかりの法人であり、取締役であるからといって各々の出資持分以上に収益の分配を受けわけにはいかないのであって、一方の役員報酬又は利益配当が増えればその分他の者が受ける分配が減るのは当たり前である。前記ａで述べたとおり、原告は、本件調停において、議事録の原本や登記簿謄本等を証拠として提出し、その結果、乙らが甲に具体的損害を与えた事実及び甲の原告に対する利益配当請求権（決算の各期の配当ではない。）等に係る甲の利益が具体的に減少した事実が確認され、調停の対象が甲の損害賠償金の金額の問題に移ったものである。
また、被告は、甲があえて本件各同意書まで得ていた旨を主張するが、これは、原告が、その社員である甲及びその弟たちの分を含めた最大限の額である２８８８万２０００円を請求金額として本件調停申立てをしたものの、その後に甲の弟たちから「俺たちの配当請求はしなくてよい。兄さんの分だけ請求して今回取れた分だけで、たとえ不満でもあきらめて訴訟はやらないでほしい。」旨の要望があったことや、本件解決金の金額が弟たちの想定よりも大きいこと、金額の面からしても原告の最高の意思決定機関である株主総会の決議が必要であると考えられたこと等から、再度確認を求めたものにすぎない。本件解決金が甲に帰属することについては、原告の社員の同意を得たものであって、私的自治によってそのように処分したものであるから、税務署がとやかくいうべき筋合いのものではない。
さらに、被告は、本件解決金が原告に帰属する旨を主張するものの、本件解決金が損害賠償金であるとか貸金の返却金であるといった具体的な理由を主張しておらず、このことは、原告が本件解決金を受け取るべき理由が何もないことを示すものである。
このほか、被告は、本件解決金の支払義務は、本件調停の成立によって生じたものであり、その前提となる権利関係から直接生じたものではない旨を主張するが、両者は全く別々のものではなく相互に関連しており、本件調停においても、「前提となる権利関係」が認められた結果、乙らに「支払義務」が課せられたことは、既に述べたとおりである。
(イ) 本件調停条項１項の内容及び本件解決金が原告名義口座に振り込まれたこと（前記②）について
本件調停条項１項は、原告に本件解決金の受領権限があることを定めたものである。
すなわち、前記(ア)で述べたとおり、本件解決金は甲の損害賠償金であるから、原告には受領権限があるだけで、それを帰属させる本権の所有権限はない。
したがって、本件調停条項１項の記載及びその後本件解決金が原告名義口座に振り込まれたことは、本件解決金が原告に帰属することの理由にはならない。
(ウ) 税務署の調査官に対する乙の供述（前記③）について
乙は税務署の調査官に対し「そのとき、貸付金を相殺し、残りは、５００万円現金で支払う、その他は一銭も出さない旨答え、そのような調停となり、私は、会社に対する貸付金はなくなりました。」と供述した（乙８）等とされているが、乙の性格や状況証拠（甲９、１６、１７、２２及び４９の申述書等）からして同人がそのようなことを供述したはずはなく、税務署の調査官等の誘導によるものである。
本件解決金の額である５００万円は、長時間を費やした上で、最後は債務不履行に基づく損害賠償であり一部が時効により消滅しているのか、それとも不法行為であるかの争いとなってようやく決まったものである。
したがって、被告が指摘する乙の供述は、その内容が虚偽のものであって、本件解決金が原告に帰属することの理由にはなり得ず、むしろ、甲に帰属することを示すものである。
(エ) 乙の供述の内容について原告が異議を述べなかったこと（前記④）について甲は、大隅税務署長作成の平成２１年１０月１４日付け「答弁書」と題する書面（甲３８）を読んで初めて乙の前記(ウ)の供述を知ったものであり、その後、同年１１月２０日付けの「答弁書に対する反論書（続１）」と題する書面等において、この供述について異議を唱えている。
イ 原告が甲に支払った本件解決金相当額が役員給与ではないこと
(ア) 被告は、甲が原告の取締役という地位にあること以外に本件解決金相当額が原告から甲に支払われる理由はない旨を主張するが、前記アで述べたとおり、本件解決金は原告ではなく甲に帰属するから、原告から甲に支払われた本件解決金は役員給与ではない。
(イ) また、原告の手元には、平成１９年５月１８日付けの提案書等の原本（甲４４）があるところ、これには、甲が原告から本件解決金相当額の支払を受ける理由が記載されている。被告の上記の主張は誤っている。
(2) 本件借入金が本件調停の成立より前に存在しており、本件調停の成立により消滅したか否か（争点２）について
（被告の主張の要点）
ア 本件借入金が本件調停の成立より前に存在しており、本件調停の成立により消滅したこと
(ア) 本件借入金が存在していたこと
本件確定申告書に添付された勘定科目内訳明細書には、乙からの長期借入金として２２５１万２４６３円の金額が記載されているところ、他の事業年度について原告が提出した確定申告書に添付された勘定科目内訳明細書にも、同じく乙からの長期借入金として、次の①ないし⑤の金額がそれぞれ記載されている（以下、事業年度については、例えば、平成１３年６月１日から平成１４年５月３１日までのものを「平成１４年５月期」のようにいい、他もこれと同様とする。）。
①
平成１４年５月期２２４８万１０８３円
②
平成１５年５月期２２４６万０７８３円
③
平成１６年５月期２２５１万２４６３円
④
平成１７年５月期２２５１万２４６３円
⑤
平成１８年５月期２２５１万２４６３円
上記の各金額は、原告が作成した各事業年度の貸借対照表の長期借入金勘定の期末残高と一致しており、貸借対照表についても、その「資産の部合計」欄と「負債・資本の部合計」欄に記載された金額は一致している。加えて、本件事業年度及び平成１８年５月期の勘定科目内訳明細書については、甲が原告の代表者としてそのような記載のまま提出したものであって、これらからすれば、本件借入金が存在していたことを示す上記の記載が「帳簿の虚偽記載」に基づくものとは考え難い。
本件借入金が存在していたことは、大隅税務署所部係員作成に係る聴取書（乙８、１０）、被告指定代理人作成に係る質問応答書（乙１１）及び乙作成に係る「事実申述書」と題する書面（乙１５）における乙の供述等のほか、甲自身、当初は本件借入金が存在していたとの認識であることをうかがわせる供述をしていたこと（乙５）からも裏付けられる。
(イ) 本件借入金が本件調停の成立により消滅したこと
本件調停条項４項ないし６項の内容は前提事実(2)イのとおりであるところ、原告が、本件訴えの訴状において、本件借入金を本件調停の対象から除外してほしい旨の乙の要望を受けいれることなく本件調停を申し立てた旨主張していたことや、本件調停申立書の申立ての趣旨の記載（前提事実(2)アの②）等からすれば、本件調停においては、本件借入金が放棄された上で、本件調停条項６項が定められたことは明らかである。
したがって、本件借入金は、本件調停の成立によって、その支払義務が免除され、消滅したものというべきである。
イ 原告の主張について
(ア) 原告は、本件借入金は初めから存在せず、勘定科目内訳明細書の記載は帳簿の虚偽記載である旨を主張するが、前記ア(ア)に述べたとおりであって、理由がない。
(イ) また、原告は、本件借入金のうち約１９００万円について、かつて存在した原告と商号を同じくする法人（昭和３７年１０月３日設立。以下「Ｆ」という。）が乙に支払うべき未払賃金として存在していたものであるとしても、このような未払金が原告に引き継がれるはずはない旨を主張する。
しかし、この点に係る事実の経緯は、乙作成に係る平成２３年６月２３日付けの「事実申述書」と題する書面（乙１５）に記載されたとおりであって、この経緯から見れば、本件借入金のうちＦが債務として負担していた借入金が原告に引き継がれたことは明らかである。
(ウ) さらに、原告は、本件借入金について、原告が設立された当時の貸借対照表において丙からの借入金として記載されていたはずである旨を主張するが、原告の設立時において貸借対照表が作成されていたかさえも定かではなく、原告の推測にすぎない。
(エ) このほか、原告は、本件調停において、乙らは本件借入金が初めから存在しないことを認めていたもので、裁判官からも同債務が存在しないことが宣言された旨を主張する。
しかし、本件調停において、裁判官等が本件借入金が初めから存在しない旨を宣言したことの客観的な証拠はなく、本件調停条項にもこれに沿うものはない。
なお、原告は、本件調停条項４項及び５項について、債権の消滅の原因となる事由（弁済、相殺、免除）が示されていないから、本件借入金は初めから存在しなかったとされたものと解すべきである旨も主張するが、調停制度は申立ての趣旨に係る債権の存否という事実の認定を目的とするものではなく、その債権が存在する可能性が高いとしても、それが調停において弁済、相殺、免除等によって消滅した旨が明記されるとは限らないし、債権の放棄もそれ自体債権の消滅の原因となる事由であるから、原告の上記の主張に理由がないことは明らかである。
（原告の主張の要点）
ア 本件借入金が初めから存在しなかったこと
被告は、本件借入金が存在していたことの理由として、①原告の作成した確定申告書やこれに添付された帳簿に本件借入金の記載があること及び②税務署の調査官等に対する乙の供述を挙げる。
しかし、本件借入金が本件調停の成立より前に存在していたことは、被告が主張、立証すべきものであるところ、以下の(ア)及び(イ)に述べるとおり、被告の上記の主張は、本件借入金が本件調停の成立より前に存在していたことの理由となるものではない。むしろ、以下の(ウ)に述べるとおり、本件調停においては、本件借入金が初めから存在しなかったとされているのであって、本件借入金が初めから存在しなかったことは明らかである。
(ア) 原告の作成した確定申告書等の記載（前記①）について
甲は、原告の取締役に就任した後、原告の帳簿書類に本件借入金が記載されていることを知りながら、漫然と確定申告書の作成を税理士に任せていたのではない。
すなわち、甲は、平成１８年２月２２日に原告の取締役に就任し、それまで乙が甲に見せるのをかたくなに拒否していた（このことは、甲５２の１ないし５、５３に具体的に記されている。）原告の帳簿書類を見ることができ、初めて本件借入金が帳簿書類に記載されていることを知ったのであって、平成１８年５月期の確定申告をした日の１０日前である平成１８年７月２０日には本件調停の申立てをしている。
また、甲は、本件借入金について乙に問いただしたところ、同人が本件借入金が存在しないことを認めたことから、税理士や税務署に本件借入金を消すことについて相談したが、税務署から５８０万円が必要になる旨を言われたことから、そのまま本件借入金を帳簿書類に記載していたにすぎない。
また、貸借対照表全体の「資産の部合計」欄と「負債・資本の部合計」欄が一致しているとする点についても、既に、甲は、平成２１年５月１日又は同年４月３０日に税務署の調査官（Ｃ調査官）と電話でやり取りをし、その際に本件借入金が乙のものではなく丙のものである旨を理由（甲３２の６頁の⑧）とともに述べていたところである。
(イ) 乙の供述（前記②）について
乙の供述は全く信用することができない。
原告を担当した税務署の調査官は、組織的又は個人的に架空の事実を創り出しており、そのような調査官が作成した録取書に信用性はないし、その調査も真実はどうなのかを追究するものではなく、不当な税金をしぼり取るための調査であった。
また、乙もこれまでの行状からして信用できない人物である。その供述の内容をみても、Ｆの未払賃金を原告が引き継ぐなど認められないはずであるし、本件借入金も原告の設立時の貸借対照表には丙からの借入金として記載されていたものと推測され、乙は、丙が昭和６１年１１月２７日に死亡した後に、同人からの借入金を自身が相続したとして勝手に税務署に届け出たものと思われる（乙がこれを明らかにする帳簿を甲に見せないので、原告としては客観的な証拠の提出ができないが、乙がこれを甲に見せないこと自体が本件借入金の借入先が丙になっていたことを示すものである。）。乙の本意は、「本件借入金に係る原告の債務はなかったことにしてよい」という程度のものであったと思われるのであって、多額の税金が課されることを認識していれば、本件借入金が存在していた旨の供述をしなかったはずである。
(ウ) 本件調停において本件借入金が初めから存在しなかったとされたこと
原告が、本件調停において、本件借入金は初めから存在しない旨を主張したところ、乙はこれを否認せず、抗弁も主張しなかった。このように、乙が自己に不利益な事実を認め、自白したことから、証拠を要するまでもなく、裁判官も本件借入金が初めから存在しないことを宣言したのである（そのため、原告は、本件調停において本件借入金が存在しない旨を調書に記載してもらい、これを税務署に提出すれば、本件借入金が消えるものと思っていた。）。
このことは、①甲が、本件調停調書の草稿に本件借入金が存在しないことを確認する内容の条項がないことを担当の書記官に尋ねたところ、本件調停条項６項がこれに当たる旨の説明を受けたことや、②本件調停において、乙らの代理人が、「解決金として金５００万円。債務不存在の確認請求は認容する。これ以上だと２件とも訴訟で争う。」旨を述べていたこと等からも裏付けられる。
また、本件調停条項４項及び５項について、債権の消滅の原因となる事由（弁済、相殺、免除）が記載されていないことからすれば、これらの条項は、本件借入金が初めから存在しなかったことを意味するものと解すべきであるし、本件調停条項６項にも特に意味はないと考えるべきである。調停等の条項の解釈においては、その文言だけに拘泥せず、紛争の経緯や事情、調停申立書の記載等を十分考慮しなければならないのであるから、被告の本件調停条項の解釈は正当ではない。
イ 本件借入金が本件調停の成立により消滅したものではないこと
前記アで述べたとおり、本件借入金は初めから存在せず、本件調停の成立によって消滅したものではない。
(3) 本件未払金が本件調停の成立により消滅したか否か（争点３）について（被告の主張の要点）
ア 本件未払金が本件調停の成立により消滅したこと
原告は、平成１１年５月期において、丁に対する平成１１年５月分の役員報酬１５万円を未払金勘定に計上しているところ、本件事業年度までの勘定科目内訳明細書における本件未払金の記載に変動がないこと等からすれば、本件未払金は平成１１年５月期に発生し、その後支払がされていないものであると認められる。
そして、前提事実(2)ア及びイのとおり、丁が本件調停の当事者であり、本件調停申立書における申立ての趣旨において、原告から丁に対して支払われた役員報酬相当額の支払が求められていることからすれば、本件未払金が本件調停での解決の範囲に含まれなかったとは考え難いから、本件未払金は、本件調停条項６項により消滅したものというべきであり、これは、丁の認識（乙１３）にも沿うところである。
イ 原告の主張について
原告は、本件調停申立てでは、本件未払金を特定してその消滅を申し立てていない旨を主張するが、前記アに述べたとおりであって、その主張には理由がない。
また、原告は、本件調停条項によって本件未払金が消滅しない旨をいうものと解される主張をするが、本件調停条項は、その１項において丁の支払義務を定め、その６項において丁がそれ以外の債権債務を負わないことを定めたものであるから、本件調停の成立により本件未払金が消滅したことは明らかである。
（原告の主張の要点）
原告は、本件調停申立てにおいて、本件未払金を特定して消滅すべく申し立てていない。また、丁が本件未払金の放棄を申し立てるはずはなく、甲も本件調停の裁判官等も本件未払金が存在することさえ知らなかったのであるから、本件調停の関係者間において、本件未払金を本件調停の解決の対象に含ませる意思は全くなかったものであり、本件未払金が本件調停の成立により消滅することはない。
また、本件調停条項には、丁が本件未払金を放棄する旨の条項は存在しない。そして、「その余の請求を放棄する」旨の条項の後に「本件に関し、この調停条項に定めるほか、他に何らの債権債務のないことを互いに確認する」といった条項がある場合、その条項は特段の意味のない、気休め、安心のための条項と解すべきであるから、本件調停条項６項によって本件未払金が消滅したということもできない。
(4) 本件更正処分に理由付記の不備の違法があるか否か（争点４）について（被告の主張の要点）
ア 本件更正処分に係る通知書の更正の理由付記に不備がないこと
(ア) 法人税法１３０条２項が青色申告に係る法人税について更正をする場合に、その通知書に更正の理由を付記すべきものとしているのは、法が青色申告制度を採用し、青色申告に係る所得の計算については、それが法定の帳簿組織による正当な記載に基づくものである以上、その帳簿の記載を無視して更正されることがないことを納税者に保障した趣旨に鑑み、更正処分庁の判断の慎重、合理性を担保してそのし意を抑制するとともに、更正の理由を相手方に知らせて不服申立ての便宜を与える趣旨に出たものというべきであり、したがって、帳簿書類の記載自体を否認して更正をする場合において更正通知書に付記すべき理由としては、単に更正に係る勘定科目とその金額を示すだけではなく、そのような更正をした根拠を帳簿の記載以上に信ぴょう力のある資料を摘示することによって具体的に明示することを要するものと解される。
(イ) 本件更正処分に係る通知書（甲１。以下「本件更正通知書」という。）の「更正の理由」には、「加算項目」として①「１雑収入計上漏れ２７，６６２，４６３円」及び②「２役員給与の損金不算入５，０００，０００円」の各記載が、「減算項目」として③「損金の額に算入される役員給与５，０００，０００円」の記載が、それぞれされているから、更正に係る勘定科目とその金額が記載されている。
そして、本件更正通知書の「更正の理由」には、これらの勘定科目及びその金額が更正されるべき理由についても、次のとおり、理由付記制度の趣旨及び目的を充足し、納税者がその内容を知り得る程度に具体的に、更正の原因となる事実、それへの法の適用及び結論が示されているといえるから、これらの理由付記に不備はない。
ａ 「１雑収入計上漏れ２７，６６２，４６３円」（前記①）
上記の項には、更正の原因となる事実として、本件調停の成立により原告が本件解決金として５００万円の振込入金を受けたことや本件調停の内容等が記載された上で、原告には２２５１万２４６３円の本件借入金及び１５万円の本件未払金があるところ、本件調停の成立によりこれらの債務がいずれも０円となったとして、これらの合計額２７６６万２４６３円が原告の本件事業年度の益金になる旨が記載されている。
ｂ 「２役員給与の損金不算入５，０００，０００円」及び「損金の額に算入される役員給与５，０００，０００円」（前記②及び③）
上記の項には、原告が甲名義口座に５００万円を入金したとの事実が記載された上で、当該支払は甲に対する役員給与であり、当該金額は本件事業年度の所得の金額の計算上、一旦損金の額に算入されるが、役員給与を損金処理するときの条件である法人税法３４条１項各号のいずれにも該当しないという法の適用が記載された上で、本件事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入できないという結論が記載されている。
イ 原告の主張について
原告は、本件更正通知書には原告の帳簿書類のいずれの記載を否認したかの明示がなく、これが理由付記の不備に当たる旨を主張するが、更正後の勘定科目とその金額が示されていれば、それが更正前のどの勘定科目とその金額を示すものかは知り得るのであるから、原告の上記の主張には理由がない。
また、原告は、本件更正通知書には、原告の帳簿の「求償債権」及び「賠償債務」の勘定科目の記載を否認した根拠について、帳簿の記載以上に信ぴょう力のある資料を摘示した上での具体的な理由が明示されていない旨をいうものと解される主張をする。
しかし、原告の帳簿に上記のとおりの記載がされていたとしても、本件更正通知書は、本件調停の事件番号及び内容や、それに基づく支払がされた口座である原告名義口座の口座番号を具体的に摘示しており、それらの記載を見れば、帳簿書類の記載以上に信ぴょう力のある資料として、本件調停調書や原告名義口座の通帳あるいは取引明細が想定されることは明らかであるから、理由付記制度の趣旨は達せられており、この点についても理由付記の不備があるとまではいえない。
（原告の主張の要点）
青色申告に係る法人税の更正処分に理由付記の不備があるときは、当該更正処分は、その内容の適否を問うことなく理由付記が不備であるということだけで違法となるところ、帳簿書類の記載を否認して更正する場合に更正通知書に付記すべき理由の程度としては、単に更正に係る勘定科目とその金額を示すだけでなく、その更正した根拠を帳簿の記載以上に信ぴょう力のある資料を摘示することによって具体的に明示することを要するものと解される。
本件更正処分では、原告の帳簿における「求償債権」及び「賠償債務」の勘定科目の記載が否認されているところ、本件更正通知書の更正の理由では、本件更正処分後の勘定科目とその金額が記載されているのみであり、これは、更正前の勘定科目とその金額を示すものではないから、本件更正通知書の理由の付記は、最低限の条件さえ満たさないものである。
また、本件更正処分では、本件調停調書と同じく信ぴょう力があり、原告に有利な資料であるはずの本件調停申立書に基づいた検討がされていない上、本件調停調書についても、原告に有利な内容である本件調停条項４項及び５項が故意に検討の対象から外されている。さらに、本件更正通知書に記載されている「相殺」との文言について、本件調停調書や本件調停申立書等のどの資料にも「相殺」との語句は見当たらず、本件更正通知書には、「相殺」の根拠となる資料の摘示はない。
したがって、本件更正処分には、理由付記の不備の違法がある。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（本件解決金が原告に帰属するか否か及び原告が甲に支払った本件解決金相当額が同人に対して支給された役員給与に当たるか否か）について
(1) 本件解決金の帰属について
ア 前提事実(2)イのとおり、本件調停は、民事調停法の定めるところに従い、調停委員会の関与の下に成立したものであるところ、その条項に相互に矛盾し、あるいはその趣旨が不明瞭であるといった点は見受けられない。そうすると、本件調停条項１項については、その文言に従い、丁の原告に対する本件解決金の支払義務を定めたものと解するのが相当である。
そして、本件調停条項２項は、丁が原告に対して本件解決金を原告名義口座に振り込む方法によって支払う旨を定めているところ、前提事実(2)ウのとおり、乙はこれを原告名義口座に振り込む方法で支払ったものであるから、原告が、本件解決金の債権者として、その支払を受けたものであることは明らかというべきである。
イ(ア) この点、原告は、本件調停は、原告の代表者であった乙らが第三者である甲に加えた損害を原告が甲に賠償するため（会社法３５０条参照）、原告においてこれを乙らに対してあらかじめ求償したものである旨を主張する。
しかし、原告の上記の主張は、本件解決金の債権者が原告である旨をいうものにほかならず、本件解決金の債権者が甲であることの根拠となり得るものではないから、その主張自体、失当であるというほかない。
(イ) また、原告は、本件調停は、その申立ての時点においては、丁が原告から支払を受けた役員報酬総額相当額等を原告に支払うことを求めるものであったが、その後、利益配当請求権の額が減少する等の甲の具体的な損害が確認されたことにより、その損害の賠償を求めるものに変更されたから、本件調停条項１項は、丁の甲に対する損害賠償金の支払義務を定めたものと解すべきである旨を主張する。
しかし、証拠（甲３、５）によっても、本件調停に係る手続において原告により申立ての趣旨が変更されたことはうかがわれないし、仮に、原告の主張するように本件調停の手続において甲に具体的な損害が生じていたことが確認されたとしても、そのことを踏まえた上で合意された本件調停条項の内容は前提事実(2)イのとおりであって、これを原告の主張するように解し得ないことは、前記アに述べたとおりである。
(ウ) さらに、原告は、本件調停条項１項は原告に本件解決金の受領権限があることを定めたにとどまるものと解すべきである旨を主張するが、本件調停条項１項の内容からも、また、本件調停条項２項が本件解決金の支払方法として原告名義口座に振り込む方法による旨を定めていることからも、本件調停条項１項をそのように解し得ないことは明らかというべきである。
(2) 甲に支払われた本件解決金相当額について
ア 前提事実(2)ウのとおり、原告は甲に対し本件解決金相当額である５００万円を支払っているところ、本件解決金が原告に帰属するものであることは前記(1)アで述べたとおりであり、甲が原告の取締役の地位にあること以外に、甲が原告から本件解決金相当額の支払を受けるべき理由があったことをうかがわせる証拠ないし事情は見当たらない。
そうすると、上記の原告から甲に対してされた本件解決金相当額の支払については、甲に対する役員給与の支給に当たると認めるのが相当である。
イ この点、原告は、本件調停は、原告の代表者であった乙らが第三者である甲に加えた損害を原告が甲に賠償するために、原告においてこれを乙らに対してあらかじめ求償したものであり、本件解決金相当額は、原告が甲に対し上記の損害の賠償として支払ったものである旨を主張するとともに、上記の甲の損害については、乙らが共謀して丁を取締役とする不実の取締役就任の登記をし、以降、丁において役員報酬名義で原告から合計２８８８万２０００円の支払を受けたことにより、甲の原告に対する利益配当請求権が侵害されたものをいう旨を主張する（原告の前記第２、５(1)（原告の主張の要点）ア(ア)及びイ(イ)に係る主張は、上記の趣旨をいうものと解される。）。
しかし、本件においては、丁が適法な選任手続を経ずに原告の取締役に就任したことを的確に裏付ける証拠ないし事情があるとはいえないし（なお、丁は、前提事実(1)イのとおり、昭和６１年７月２９日から平成１８年２月２２日までの約２０年の間、原告の取締役として登記されていた。）、原告の主張する甲の損害とは、甲の原告に対する利益配当請求権に係るものであるところ、丁に対して役員報酬として支払われた金額は、時期によって多少の変動はあるものの、おおむね月額で１５万円程度であって（乙８、９の１ないし５、１３）、これが不当に高額なものであったことをうかがわせる証拠ないし事情は見当たらず、他に原告に具体的な損害が生じたことを認めるに足りる的確な証拠もない。
したがって、原告の甲に対する本件解決金相当額の支払が同人の損害に対する賠償としてのものであったとは認め難いから、原告の上記の主張は採用することができない。
(3) 小括
以上によれば、原告のその余の主張を考慮したとしても、原告は、本件解決金の債権者としてその支払を受け、その上で、甲に対し、役員給与としてこれと同額の支給をしたものであると認められる。
２ 争点２（本件借入金が本件調停の成立より前に存在しており、本件調停の成立により消滅したか否か）について
(1) 本件借入金が本件調停の成立より前に存在していたか否かについて
ア 括弧内掲記の証拠及び弁論の全趣旨によれば、原告が大隅税務署長に青色の申告書により提出した平成１４年５月期ないし平成１８年５月期の法人税の確定申告書に添付された書類に、次の記載があることが認められる。
(ア) 次の各事業年度に係る原告の決算報告書中の「借入金及び支払利子の内訳書」には、いずれも借入先を乙とする次の各金額（期末現在高）の借入金が記載されている（乙９の１ないし５の各９枚目）。
① 平成１４年５月期２２４８万１０８３円
② 平成１５年５月期２２４６万０７８３円
③ 平成１６年５月期２２５１万２４６３円
④ 平成１７年５月期２２５１万２４６３円
⑤ 平成１８年５月期２２５１万２４６３円
(イ) 前記(ア)の各事業年度に係る原告の決算報告書中の貸借対照表の「長期借入金」欄には、それぞれ前記(ア)の①ないし⑤と同額の金額が記載されており、また、当該貸借対照表の「資産の部合計」欄及び「負債・資本の部合計」欄（平成１８年５月期については「資産合計」欄及び「負債・純資産合計」欄）に記載された金額は、いずれの事業年度においても一致している（乙９の１ないし５の各４枚目）。
イ 前記アに認定したとおり、原告は、当該各事業年度の法人税について、青色の申告書により確定申告書を提出して確定申告をしたものであるところ、それに添付された書類の記載の内容は前記アに認定したとおりであって、当該書類にその記載の内容の適正さに疑問を抱かせるような点は見当たらない。
そして、乙も、平成２１年３月１３日及び同月１７日の大隅税務署の財務事務官による事情の聴取の手続、平成２３年３月４日の熊本国税局の財務事務官（本件訴えの被告指定代理人でもある。）による事情の聴取の手続並びに乙の作成に係る同年６月２３日付けの「事実申述書」と題する書面において、要旨、本件借入金については、かつて存在していたＦの乙に対する未払賃金等で原告に引き継がれたものと、同人が原告の取締役に就任した後の未払の役員報酬等であり（乙８、１０、１１、１５）、同人がＦの従業員となった昭和３７年１０月３日から同社の取締役に就任した昭和４１年１０月ころまでの間の各月における給与の金額が４０万円ないし５５万円であったところ、健康保険等の合計額が約８万円で手取りの金額が約１２万円であったことから、その差額が未払賃金として計上されるとともに、同人が取締役に就任した後も役員報酬の未払が生じていたため、これが上記の未払賃金に加算されて計上されたものである（乙８、１５）旨具体的に申述等をしている上、これらの申述等について、前記アに認定した原告の書類の記載のほか、Ｆの昭和５０年８月期ないし昭和５３年８月期及び昭和５６年８月期の各決算報告書における長期借入金に係る記載（乙１０〔添付の各決算報告書〕）及び本件で証拠として確認することができる原告の決算報告書（乙８添付の平成８年５月期ないし平成１１年５月期及び平成１３年５月期のもの）におけるそれに係る記載と特に矛盾する点も見当たらない。
そうすると、本件借入金については、前記ア(ア)に認定した原告の決算報告書の「借入金及び支払利子内訳書」の記載のとおり、本件調停が成立するより前に既に原告の乙に対する債務として存在していたものと認めるのが相当である。
ウ(ア) この点、原告は、①本件調停において、乙は本件借入金が初めから存在しなかったことを認めており、調停委員会もこれに沿う事実を認定した、②本件調停条項に本件借入金の消滅の原因となる事由の記載がないこと等からすれば、本件調停条項は、本件借入金が初めから存在しなかったことを意味するものと解すべきである旨を、それぞれ主張する。
しかし、①民事調停は、民事に関する紛争につき、当事者の互譲により、条理にかない実情に即した解決を図ることを目的とする（民事調停法１条参照）ものであって、証拠等をもって事実を確定し、これに法令の規定を適用して得た結論を示すことを目的とするものではないのであるから、本件調停に係る手続等において、乙が長期にわたり未払の状態となっていた本件借入金につきその清算等を積極的に争わなかったといった事情があったとしても、そのことにより直ちに本件借入金が存在しなかったことの根拠となるものということはできないし、②本件調停条項の解釈に係る原告の上記の②の主張も、先に述べたような当事者の互譲による合意に係る民事調停の性格等を離れた独自の見解に基づくものであり、本件調停条項の文言からも、原告の主張するようにこれを解釈し得ないことは明らかであって、理由がない。
(イ) また、原告は、①原告の帳簿に記載されている本件借入金は、原告の丙からの借入金として記載されていたものを、同人が昭和６１年１１月２７日に死亡した後、乙が勝手に自分のものであるとして帳簿に記載したものである、②前記イに述べた乙の申述等には信用性がない旨を、それぞれ主張する。
しかし、①原告の上記の①の主張は、その自認するように推測に基づくもので、本件全証拠を参照しても、的確な裏付けを欠いているというほかないし、②乙の申述等が信用性を欠くとする根拠も、同人からの事情の聴取の手続を行った大隅税務署の担当者や乙に対する甲の主観に基づくものにすぎず、本件全証拠に照らしても、その申述等の信用性を左右するようなものとはいえない（なお、Ｆが負担していた乙に対する未払賃金等の債務を原告が引き受けたことは、後記(ウ)に述べるとおりである。）。
(ウ) このほか、原告は、本件借入金にＦの乙に対する債務であった未払賃金等が含まれるとしても、原告はこれを引き継いでいない旨を主張する。
しかし、前提事実(1)ア、証拠（乙１０、１５、１６の１・２、１７の１・２、１８）及び弁論の全趣旨によれば、①Ｆは、いわゆるタクシー業を営んでいた法人であったところ、昭和５７年４月１９日の臨時社員総会において、Ｄ株式会社が新たに設立することを予定していたＥ株式会社に対し、タクシー事業を行う権利及び有形固定資産（車両、車両運搬具、機械装置及び構築物）を譲渡することが承認されたこと、②上記の営業譲渡において、土地及び建物並びに債務等は譲渡の対象とされず、Ｆは、営業譲渡の後は、Ｅ株式会社に土地及び建物を賃貸して、賃料を得ることを企図していたところ、結果として、Ｅ株式会社は法人として設立されず、これに代わって、Ｆの商号をＤ有限会社に変更し、上記の営業譲渡の趣旨に沿い、タクシー事業がされることとなったこと、③そこで、Ｆとは別に原告が設立され、昭和５７年１１月２０日付けでＦが登記名義人であった土地及び建物について真正な登記名義の回復を原因とする原告への所有権移転登記手続がされ、原告は、その土地及び建物をＤ有限会社に賃貸して、賃料を得ることとなったことが、それぞれ認められる。そして、これらの事実によれば、原告は、上記の営業譲渡における当初の目的を達するため、Ｆの土地及び建物並びに債務等を引き継いだ上で、当該土地及び建物を賃貸することを予定して設立されたもので、Ｆの債務を原告が引き受けることは、Ｆと原告との間において当然の前提とされていたと推認することができる。
以上の事実によれば、Ｆが負担していた乙に対する未払賃金等の債務はＦから原告が引き受けたと認めるのが相当であるから、原告の上記の主張についても、やはり採用することができない。
(2) 本件借入金が本件調停の成立により消滅したか否かについて
本件借入金が本件調停が成立するより前に存在していたことは、前記(1)に述べたとおりであるところ、本件調停条項の内容は、前提事実(2)イのとおりであり、これによれば、本件借入金は、本件調停の成立により消滅したものと認めるのが相当である。
(3) 小括
以上によれば、原告のその余の主張を考慮したとしても、本件借入金は、本件調停の成立より前に原告の乙に対する債務として存在し、本件調停の成立により消滅したものであると認められる。
３ 争点３（本件未払金が本件調停の成立により消滅したか否か）について
(1) 証拠（乙８〔別紙４〕、９の１ないし５、１３〔別添１〕）によれば、①原告の平成１１年５月期の総勘定元帳には、原告の丁に対する平成１１年５月分の役員報酬１５万円の未払金の記載があり、②同事業年度及び平成１３年５月期ないし平成１８年５月期の各事業年度に係る原告の決算報告書中の「買掛金等の内訳書」又は「買掛金（未払金・未払費用）の内訳書」にも、同じく丁に対する役員報酬１５万円の未払金の記載があり、③上記の各事業年度に係る原告の貸借対照表の「資産の部合計」欄及び「負債・資本の部合計」欄（平成１８年５月期については「資産合計」欄及び「負債・純資産合計」欄）に記載された金額は、いずれも一致していることが認められ、これらの事実によれば、本件未払金については、平成１１年５月に原告の丁に対する債務として発生し、本件調停が成立した当時、原告の丁に対する債務として存在していたものと認められる。
そして、本件調停申立書における申立ての趣旨の記載及び本件調停条項の内容は、前提事実(2)ア及びイのとおりであり、以上によれば、本件未払金は、本件調停の成立により本件調停条項６項の定めるところに従い消滅したものと認めるのが相当である。
(2) この点、原告は、①本件調停申立書において本件未払金については言及していないし、そもそも原告も本件調停の裁判官等も本件未払金が存在することさえ知らなかったのであるから、本件未払金は、本件調停条項６項の「本件に関し」の「本件」に含まれない、②同条項は、特段意味のない条項であり、本件未払金を消滅させる効力を有しない旨を、それぞれ主張する。
しかし、①原告は、本件調停申立てに際し、昭和６２年１月から平成１８年２月までの間における丁との間の役員報酬の清算を求めていたのであるから、上記の間に発生した本件未払金が本件調停における解決の範囲に含まれることは明らかというほかないし、②原告の上記の②の主張についても、明らかに独自の見解に基づくものというほかないから、原告の上記の主張は、いずれも採用することができない。
４ 争点４（本件更正処分に理由付記の不備の違法があるか否か）について
(1) 法人税法１３０条２項が青色申告に係る法人税について更正をする場合に更正通知書に更正の理由を付記すべきものとしているのは、同法が、青色申告制度を採用し、青色申告に係る所得の金額の計算については、それが法定の帳簿組織による正当な記載に基づくものである以上、その帳簿書類の記載を無視して更正されることがないことを納税者に保障した趣旨に鑑み（同条１項本文参照）、更正処分をする処分行政庁の判断の慎重さや、合理性を担保してそのし意を抑制するとともに、更正の理由を相手方に知らせて不服申立ての便宜を与える趣旨に出たものというべきであり、したがって、帳簿書類の記載自体を否認して更正をする場合において更正通知書に付記すべき理由としては、単に更正に係る勘定科目とその金額を示すだけではなく、そのような更正をした根拠を帳簿書類の記載以上に信ぴょう力のある資料を摘示することによって具体的に明示することを要するものと解される（最高裁昭和●●年(○○)第●●号同３８年５月３１日第二小法廷判決・民集１７巻４号６１７頁、最高裁昭和●●年（○○）第●●号同５４年４月１９日第一小法廷判決・民集３３巻３号３７９頁、最高裁昭和●●年（○○）第●●号同６０年４月２３日第三小法廷判決・民集３９巻３号８５０頁等参照）。
(2) 証拠（甲１）によれば、本件更正通知書には、「更正の理由」として、次の各記載があることが認められる。
ア 「加算項目」欄には、その１項として、「雑収入計上漏れ２７，６６２，４６３円」との記載があるところ、同項には、①原告は、原告名義口座に５００万円の振込入金を受けているが、これは本件解決金の支払を受けたものである、②本件調停における申立ての趣旨は、丁に対して支払った役員報酬及びこれに対する利息の支払、原告の乙に対する借受金債務が存在しないことの確認等を求めるものであったが、本件調停においては、本件解決金以外、原告及び乙はそれぞれ種々の請求を放棄し、本件調停の当事者等は相互に債権債務のないことを確認し合っており、結果的に、丁に対する役員報酬の支払に関して原告に生じた損害について、丁から原告に対して本件解決金を支払うことに加え、当事者間にある債権債務をいずれもないものとすることで、賠償の合意に至ったことが認められる、③原告は、乙に対し本件借入金として２２５１万２４６３円の債務を、丁に対し本件未払金として１５万円の債務を、それぞれ負担していたが、本件調停の成立により、これらの債務は０円となった、④本件解決金５００万円、本件借入金２２５１万２４６３円及び本件未払金１５万円の合計２７６６万２４６３円が本件調停の実質的な損害賠償金であり、本件解決金以外の債務については、本件調停の成立によりこれと相殺され、消滅した、⑤したがって、本件調停により確定した損害賠償金２７６６万２４６３円は、雑収入計上漏れとして、本件事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入される旨が記載されている。
イ 「加算項目」欄には、その２項として、「役員給与の損金不算入５，０００，０００円」との記載があるところ、同項には、①原告は、甲名義口座に５００万円を入金しているところ、当該支払は甲に対する役員給与と認められる、②役員給与は、法人税法３４条１項各号のいずれかに該当するものが損金の額に算入されることとされるところ、上記役員給与はそのいずれにも該当しない、③したがって、上記役員給与は、本件事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入できない旨が記載されている。
ウ 「減算項目」欄には、「損金の額に算入される役員給与５，０００，０００円」との記載があるところ、そこには、原告が甲名義口座に入金した５００万円は甲に対する役員給与と認められるから、本件事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入される旨が記載されている。
(3) 以上に基づき検討するに、本件更正処分が帳簿書類の記載を否認して更正をしたものであることは、これまでに述べたところに照らし明らかであるところ、前記(2)に認定した事実のとおり、本件更正通知書には、更正の理由として、更正に係る勘定科目とその金額が記載されており、その根拠として、処分行政庁が本件調停調書等によって認定した事実、これに対する法人税法の適用ないしそれに当たっての評価及び結論が記載されているのであり、その記載の程度についても、更正をする処分行政庁のし意を抑制するとともに更正の相手方に不服申立ての便宜を与えるという前記(1)に述べた理由付記の制度の趣旨を充足する程度に具体的なものであるということができる。
したがって、本件更正通知書に付記された更正の理由について、法１３０条２項が求める理由の付記として欠けるところはないというべきである。
(4) この点、原告は、①本件更正処分は原告の帳簿書類の「求償債権」及び「賠償債務」の勘定科目の記載を否認したものであるところ、本件更正通知書には、原告の帳簿書類のいずれの記載を否認したかの記載がないから、「更正に係る勘定科目とその金額」を示したものとはいえない、②本件更正処分では、原告に有利な資料である本件調停申立書並びに本件調停条項４項及び５項に基づいた検討がされていない、③本件更正通知書の更正の理由には「相殺」の文言の記載があるところ、「相殺」の文言のある資料の摘示がない旨を、それぞれ主張する。
しかし、①本件更正通知書に、更正の理由として、更正に係る勘定科目とその金額が記載されていることは、前記(2)及び(3)に述べたとおりであるし、②原告の上記の②の主張も、前記(2)アに認定した本件更正通知書の「加算項目」欄の１項の記載内容に照らし、原告の主張するような検討の欠如があるとは認め難く、当該主張は、本件更正処分の更正の理由の当否を述べるものに帰するというべきである。③本件更正通知書の更正の理由に記載された「相殺」の文言については、前記(2)アの②及び③に述べたような処分行政庁における認定した事実に対する法的な評価を踏まえ、同部分の④のようにその税務処理上の金額の計算の内容を分かりやすく説明したものであると解されるから、このような実質面に着目した説明において用いられた「相殺」の文言について、それが記載された資料の摘示を要するものではないというべきである。このように、原告の上記の主張は、いずれも採用することができない。
(5) 小括
以上によれば、原告のその余の主張を考慮したとしても、本件更正処分に理由付記の不備の違法はないというべきである。
５ 本件各処分の適法性について
これまで述べたところ及び並びに当事者間に争いのない事実及び弁論の全趣旨によれば、本件各処分は、別紙２のとおり、いずれも適法なものと認められる。
第４ 結論
以上の次第であって、原告の請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとし、訴訟費用の負担につき行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官八木一洋
裁判官田中一彦
裁判官塚原洋一
（別紙１）
関係法令の定め
１ ①法人税法（平成１９年法律第６号による改正前のもの。以下同じ。）２条３号は、同法において、内国法人とは、国内に本店又は主たる事務所を有する法人をいう旨を、②同条９号は、同法において、普通法人とは、同条５号から７号までに掲げる法人（公共法人、公益法人等及び協同組合等）以外の法人をいい、人格のない社団等を含まないものをいう旨を、③同条１０号は、同法において、同族会社とは、会社の株主等（その会社が自己の株式又は出資を有する場合のその会社を除く。）の３人以下並びにこれらと政令で定める特殊の関係のある個人及び法人がその会社の発行済株式又は出資（その会社が有する自己の株式又は出資を除く。）の総数又は総額の１００分の５０を超える数又は金額の株式又は出資を有する場合その他政令で定める場合におけるその会社をいう旨を、それぞれ定めている。
２ 法人税法２１条は、内国法人に対して課する各事業年度の所得に対する法人税の課税標準は、各事業年度の所得の金額とする旨を定めている。
３(1) 法人税法２２条１項は、内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする旨を定めている。
(2) 法人税法２２条２項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする旨を定めている。
(3) 法人税法２２条３項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、次の各号に掲げる額とする旨を定めている。
ア １号
当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価の額
イ ２号
法人税法２２条３項１号に掲げるもののほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額
ウ ３号
当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るもの
４ 法人税法３４条１項は、内国法人がその役員に対して支給する一定の給与のうち次の各号に掲げる給与のいずれにも該当しないものの額は、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない旨を定めている。
(1) １号
その支給時期が１月以下の一定の期間ごとである給与（次号において「定期給与」という。）で当該事業年度の各支給時期における支給額が同額であるものその他これに準ずるものとして政令で定める給与（次号において「定期同額給与」という。）
(2) ２号
その役員の職務につき所定の時期に確定額を支給する旨の定めに基づいて支給する給与（定期同額給与及び利益連動給与〔利益に関する指標を基礎として算定される給与をいう。次号において同じ。〕を除くものとし、定期給与を支給しない役員に対して支給する給与〔同族会社に該当しない内国法人が支給するものに限る。〕以外の給与にあっては政令で定めるところにより納税地の所轄税務署長にその定めの内容に関する届出をしている場合における当該給与に限る。）
(3) ３号
同族会社に該当しない内国法人がその業務執行役員（業務を執行する役員として政令で定めるものをいう。）に対して支給する利益連動給与で一定の要件を満たすもの
５ ①法人税法６６条１項は、内国法人である普通法人又は人格のない社団等に対して課する各事業年度の所得に対する法人税の額は、各事業年度の所得の金額に１００分の３０の税率を乗じて計算した金額とする旨を、②同条２項は、同条１項の場合において、普通法人のうち各事業年度終了の時において資本金の額若しくは出資金の額が１億円以下であるもの若しくは資本若しくは出資を有しないもの（保険業法に規定する相互会社を除く。）又は人格のない社団等の各事業年度の所得の金額のうち年８００万円以下の金額については、同項の規定にかかわらず、１００分の２２の税率による旨を、それぞれ定めている。
以上
（別紙２）
本件各処分の根拠及び適法性
１ 本件更正処分の根拠及び適法性
(1) 本件更正処分の根拠
被告が本件訴えにおいて主張する本件事業年度の法人税に係る所得の金額及び納付すべき法人税額は、次のとおりである。
ア 所得の金額（別表３・順号⑥）
２６８０万１６６０円
上記の金額は、次の(ア)の金額に(イ)及び(ウ)の金額を加算し、(エ)及び(オ)の金額を控除したものである。
(ア) 申告所得金額（別表３・順号①）
０円
上記の金額は、本件確定申告書（乙２）に所得の金額として記載された金額である。
(イ) 雑収入の計上漏れ額（別表３・順号②）
２７６６万２４６３円
上記の金額は、本件調停の成立により丁が原告に対して支払うこととなった本件解決金の金額である５００万円、同じく消滅することとなった原告の丁に対する債務である未払金の金額である１５万円（以下、これに係る債権及び債務をいう場合も含め、「本件未払金」という。）及び消滅することとなった原告の乙に対する債務である長期借入金（同様に、以下「本件借入金」という。）の金額である２２５１万２４６３円の合計額である。
なお、本件確定申告書に添付されている決算報告書中の「買掛金（未払金・未払費用）の内訳書」には、本件未払金と解される相手先を丁とし期末現在高を１５万円とする未払金の記載があり、その「摘要」欄には「役員報酬」と記載されている。また、決算報告書中の「借入金及び支払利子の内訳書」には、本件借入金と解される借入先を乙とし期末現在高を２２５１万２４６３円とする借入金の記載がある。
(ウ) 役員給与の所得の金額の計算上の損金不算入額（別表３・順号③）
５００万円
ａ 上記の金額は、原告が平成１９年５月２１日に甲名義口座に入金した金額である。甲個人が原告の取締役という地位にあること以外にこの金額が原告から甲に交付される理由は見当たらないことから、当該５００万円は、原告からその役員である甲に対して支給された給与であると考えるべきである。
ｂ そして、法人税法３４条１項は、内国法人がその役員に対して支給する給与のうち、定期同額給与（１号）、事前確定届出給与（２号）又は利益連動給与（３号）のいずれにも該当しないものは、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入されないとしているところ、前記ａの甲に支給された給与は、上記の各号のいずれにも該当しないから、原告の本件事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入することができない役員給与に該当するものである。
(エ) 損金の額に算入される役員給与（別表３・順号④）
５００万円
上記の金額は、原告が平成１９年５月２１日に甲名義口座に入金したもので、甲に対する役員給与の支給であると認められる金額である。
これは、支出である以上損金の額に算入されるが、前記(ウ)ｂのとおり、法人税法における各事業年度の所得の金額の計算上は、損金としてその額に算入することができないことになる。
(オ) 繰越欠損金の当期控除額の増加額（別表３・順号⑤）
８６万０８０３円
上記の金額は、本件確定申告書（乙２）に記載された翌期へ繰り越す欠損金の金額と同額であり、本件更正処分により所得の金額が増加したことに伴い、損金の額に算入されることとなった金額である。
イ 納付すべき法人税額（別表３・順号⑨）
７３９万９８００円
上記の金額は、次の(ア)の金額から(イ)の金額を控除した金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）である。
(ア) 法人税額（別表３・順号⑦）
７４０万０３００円
上記の金額は、前記アの所得の金額２６８０万１６００円のうち、８００万円については法人税法６６条２項及び経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律１６条１項の規定により１００分の２２の税率を、残額１８８０万１０００円（ただし、国税通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）については１００分の３０の税率を、それぞれ乗じて計算した金額の合計額である。
(イ) 所得税額の控除額（別表３・順号⑧）
４０１円
上記の金額は、法人税法６８条１項の規定により控除される所得税額であり、本件確定申告書（乙２）に還付所得税額等として記載された金額と同額である。
(2) 本件更正処分の適法性
被告が本件訴えにおいて主張する本件事業年度の納付すべき法人税額は、前記(1)イで述べたとおり、７３９万９８００円であるところ、この金額は、本件更正処分における納付すべき法人税額と同額であるから、本件更正処分は適法である。
２ 本件過少申告加算税賦課決定処分の根拠及び適法性
(1) 本件過少申告加算税賦課決定処分の根拠
前記１(2)に述べたとおり、本件更正処分は適法であるところ、原告は、法人税について納付すべき税額を過少に申告したものである。
したがって、原告に課されるべき本件事業年度の法人税に係る過少申告加算税の額は、本件更正処分により新たに納付すべきこととなった税額７４０万円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）を基礎として、同法６５条１項及び２項の規定に基づき、７４０万円に１００分の１０の割合を乗じて計算した７４万円に、７４０万円のうちの５０万円を超える金額である６９０万円に１００分の５の割合を乗じて計算した３４万５０００円を加算した１０８万５０００円となる。
(2) 本件過少申告加算税賦課決定処分の適法性
前記(1)のとおり、原告の法人税に係る過少申告加算税の金額は１０８万５０００円であるところ、この金額は、本件過少申告加算税賦課決定処分の金額と同額であるから、本件過少申告加算税賦課決定処分は適法である。
３ 本件告知処分の根拠及び適法性
(1) 本件告知処分の根拠
被告が本件訴えにおいて主張する源泉所得税の不納付税額は、別表２のとおり１６９万５０００円であるところ、上記の金額は、原告が平成１９年５月２１日付けで甲名義口座に入金した金額５００万円について源泉徴収すべき所得税額である。
(2) 本件告知処分の適法性
被告が本件訴えにおいて主張する原告の源泉所得税の不納付税額は、前記(1)で述べたとおり、１６９万５０００円であるところ、この金額は、本件告知処分における原告の納付すべき源泉所得税額と同額であるから、本件告知処分は適法である。
４ 本件不納付加算税賦課決定処分の根拠及び適法性
(1) 本件不納付加算税賦課決定処分の根拠
原告は、前記３(1)の源泉所得税の額の金額を法定納期限までに納付しなかったことから、当該金額については、国税通則法６７条１項の規定に基づき不納付加算税が課されることとなる。
そして、原告の源泉所得税に係る不納付加算税の金額は、前記３(1)の本件告知処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額１６９万円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、同項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて計算した金額である１６万９０００円となる。
(2) 本件不納付加算税賦課決定処分の適法性
前記(1)のとおり、原告の源泉所得税に係る不納付加算税の額は１６万９０００円であるところ、この金額は、本件不納付加算税賦課決定処分の額と同額であるから、本件不納付加算税賦課決定処分は適法である。
以上
別表１
法人税の課税の経緯
（単位：円）
区分
年月日
所得金額納付すべき
法人税額
繰越欠損金の
当期控除額
翌期へ繰り越す
欠損金額
過少申告
加算税の額
確定申
告平成19年7月30日
△401
594,656
860,803
－
更正処分等平成21年6月30日
26,801,660
7,399,800
1,455,459
1,085,000
審査請
求平成2 1 年9 月1 日
△401
594,656
860,803
－裁
決平成22年6月24日
棄却
（注）「納付すべき税額」欄の△印は所得税等の還付金額を示す。
別表２
源泉所得税の課税の経緯
（単位：円）
区分
年月日
本税額
不納付加算税の額
納税告知処分等平成21年6月30日
1,695,000
169,000
審査請
求平成2 1 年9 月1 日
－裁
決平成22年6月24日
棄却
別表３省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2012/pdf/11872.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。