税務訴訟資料第２６２号－６７（順号１１９１７）
神戸地方裁判所平成●●年（○○）第●●号青色申告承認取消処分取消等請求事件
国側当事者・兵庫税務署長
平成２４年３月２２日棄却・控訴
判決
原告
株式会社Ａ
同代表者代表取締役
甲
同訴訟代理人弁護士
高橋敬
同
大搗幸男
同
柿沼太一
同
辰巳裕規
同
永井光弘
被告
兵庫税務署長
松村克徳
同指定代理人
松島太
同
松帆芳和
同
松本淳
同
河南賢一
同
有原正代
同
西澤竜夫
同
岩元亙
同
小松原賞博
同
原田久
同
川田芳嗣
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
被告が原告に対してした次の各処分をいずれも取り消す。
１ 原告の平成９年１０月１日から平成１０年９月３０日までの事業年度分以後の法人税について、平成１３年１１月１２日付けでした青色申告承認取消処分
２ 原告の平成９年１０月１日から平成１０年９月３０日までの事業年度分の法人税について、平成１３年１１月１３日付けでした更正処分のうち、所得金額２２４７万６２０６円、納付すべき法人税額３５３万３８００円を超える部分及び加算税の賦課決定処分
３ 原告の平成１０年１０月１日から平成１１年９月３０日までの事業年度分の法人税について、平成１３年１１月１３日付けでした更正処分のうち、所得金額２５４８万２７０１円、納付すべき法人税額３９４万４５００円を超える部分及び加算税の賦課決定処分
４ 原告の平成１１年１０月１日から平成１２年９月３０日までの事業年度分の法人税について、平成１３年１１月１３日付けでした更正処分のうち、所得金額４５１３万８６６５円、納付すべき法人税額１０２５万１６００円を超える部分及び加算税の賦課決定処分
５ 原告の平成９年１０月１日から平成１０年９月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税について、平成１３年１１月１３日付けでした更正処分のうち納付すべき税額３３１万５５００円を超える部分及び加算税の賦課決定処分
６ 原告の平成１０年１０月１日から平成１１年９月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税について、平成１３年１１月１３日付けでした更正処分のうち納付すべき税額１７７万０５００円を超える部分及び加算税の賦課決定処分
７ 原告の平成１１年１０月１日から平成１２年９月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税について、平成１３年１１月１３日付けでした更正処分のうち納付すべき税額２６１万４６００円を超える部分及び加算税の賦課決定処分
第２ 事案の概要
１ 争いのない事実
(1) 原告は、葬儀業等の業務を行う株式会社であり、青色申告の承認を受けて法人税の申告をしていた者である。
(2) 原告は、被告に対し、平成９年１０月１日から平成１０年９月３０日までの事業年度（以下「平成１０年９月期」という。）、平成１０年１０月１日から平成１１年９月３０日までの事業年度（以下「平成１１年９月期」という。）及び平成１１年１０月１日から平成１２年９月３０日までの事業年度（以下、「平成１２年９月期」といい、平成１０年９月期及び平成１１年９月期と併せて「本件各事業年度」という。）の法人税の確定申告書を、別表１の「確定申告」欄のとおり記載し、また、平成９年１０月１日から平成１０年９月３０日までの課税期間（以下「平成１０年９月課税期間」という。）、平成１０年１０月１日から平成１１年９月３０日までの課税期間（以下「平成１１年９月課税期間」という。）及び平成１１年１０月１日から平成１２年９月３０日までの課税期間（以下、「平成１２年９月課税期間」といい、平成１０年９月課税期間及び平成１１年９月課税期間と併せて「本件各課税期間」という。）の消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の確定申告書を、別表２－１～２－３の「確定申告」欄のとおり記載して、それぞれ法定申告期限までに申告した。
(3) 被告は、原告に対し、平成１３年１１月１２日付けで、平成１０年９月期以後の法人税の青色申告承認取消処分（以下「本件青色申告承認取消処分」という。）を行うとともに、平成１３年１１月１３日付けで、別表１及び同２－１～２－３の「更正処分等」欄のとおり、法人税の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分、消費税等の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下、それぞれ「本件法人税の更正処分」、「本件法人税についての賦課決定処分」、「本件消費税等の更正処分」、「本件消費税等についての賦課決定処分」といい、これらを併せて「本件更正処分等」という。）を行った。
(4) 原告は、本件青色申告承認取消処分及び本件更正処分等を不服として、同月２０日付けで、大阪国税局長に対し、異議を申し立てたが、同局長は、平成１４年２月１９日付けで、上記申立てをいずれも棄却する旨の異議決定をした。そこで、原告は、同年３月８日付けで、国税不服審判所長に対し、上記異議決定に対する審査請求を行ったが、３か月を経過しても裁決がされなかったことから、同年６月１４日、本件訴えを提起した。
２ 本件は、原告が、本件青色申告承認取消処分は取消事由がないにもかかわらずされた違法な処分である、本件法人税の更正処分及び本件法人税についての賦課決定処分は違法な推計により本件各事業年度の所得金額を過大に認定してされた違法な処分である、本件消費税等の更正処分及び本件消費税等についての賦課決定処分は本件各課税期間の消費税の仕入税額控除を認めずにされた違法な処分である旨主張して、被告に対し、本件青色申告承認取消処分の取消し及び本件更正処分等（本件法人税の更正処分及び本件消費税等の更正処分については申告額を超える部分）の取消しを求める事案である。
第３ 争点及びこれに関する当事者の主張
１ 本件青色申告承認取消処分における取消事由の存否（争点１）
【被告の主張】
(1) 法人税法１２６条１項は、青色申告の承認を受けた法人に対し、財務省令で定めるところにより、帳簿書類を備え付けてこれにその取引を記録すべきことはもとより、これらが行われていたとしても、さらに、税務職員が必要と判断したときにその帳簿書類を検査してその内容の真実性を確認することができるような態勢の下に、帳簿書類を保存しなければならないこととしているというべきであり、法人が税務職員の同法１５３条の規定に基づく検査に適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて当該帳簿書類を保存していなかった場合は、同法１２６条１項の規定に違反し、同法１２７条１項１号に該当するというべきである（最高裁平成１７年３月１０日第一小法廷判決・民集５９巻２号３７９頁。以下「最高裁平成１７年判決」という。）。
(2) 原告に対して平成１３年９月１１日以降行われた国税調査（以下「本件調査」という。）の経緯は、要旨以下のとおりである（以下、特に断りのない限り、日付は平成１３年である。）。
ア ９月１１日の調査
(ア) 本社における調査
午前９時頃、大阪国税局課税第二部資料調査第１課（以下「資料調査第１課」という。）の乙主査（以下「乙」という。）、丙実査官（以下「丙」という。）、丁実査官、戊実査官及びＢ実査官は、原告の本社事務所（以下「本社」という。）に赴き、原告代表者である甲会長（以下「甲会長」という。）の出社後、主に乙が甲会長に対し調査に協力するよう再三説得をしたが、甲会長が①事前通知がないことを理由に調査に応じなかったこと、②調査担当者から守秘義務の観点から認められないとの説明を受けたにもかかわらず、テープレコーダーによる調査の録音をやめなかったことから、実際の調査は実施できず、結局、翌日に再臨場することとなり、午後３時１０分頃、終了した。
(イ) Ｆ支店における調査
午前９時頃、大阪国税局課税第二部資料調査第２課（以下、資料調査第１課と併せて「資料調査課」といい、資料調査課の職員を「職員ら」という。）のＣ主査、Ｄ実査官及びＥ実査官は、神戸市兵庫区内にある原告のＦ支店（Ｆ支店。以下「Ｆ支店」という。）に赴いたが、甲会長又は原告代表者であるＧ社長（以下「Ｇ社長」という。）とも連絡が取れず、葬儀の準備が始まる時間も近づいたため、実際に調査を実施することなく、午前９時４５分頃、終了した。
(ウ) 甲会長宅における調査
午前９時頃、資料調査第１課のＨ主査及びＩ実査官（以下「Ｉ」という。）は、神戸市須磨区内の甲会長宅に赴き、調査に応じるよう甲会長を再三説得したが、甲会長が事前通知がないことを理由に応じなかったことから、実際の調査は実施できず、甲会長が本社へ出社するのを機に説得を断念し、終了した。
(エ) Ｇ社長宅における調査
午前９時頃、神戸市須磨区内のＧ社長宅に赴いた資料調査第１課のＪ情報技術専門官及びＫ実査官は、Ｇ社長が不在であったことなどから、その妻Ｌの立会いにより、Ｇ社長個人の不動産所得について、預金通帳の提示を受けるなどして調査を行ったが、特に進展なく、午前９時３０分頃、終了した。
(オ) Ｍ信用金庫兵庫支店に対する反面調査
午前９時３０分頃、資料調査第１課のＮを始めとする職員ら３名は、原告の取引金融機関であるＭ信用金庫兵庫支店に赴き、原告の銀行取引状況に関する反面調査を行った。
イ ９月１２日以降の調査
(ア) ９月１２日
午後２時頃、乙、丙及びＩは、本社に赴き、乙とＩが再三甲会長の説得に当たったが、甲会長が①前日同様、テープレコーダーによる調査の録音をやめなかったこと、さらに、②第三者を同席させたことから、守秘義務の観点上、実際の調査は実施できず、結局、次回９月１４日に再臨場することとなり、午後３時３０分頃、終了した。
(イ) ９月１４日
午前１０時頃、乙及びＩは、本社へ赴いたが、今回も、再三の説得にもかかわらず、甲会長がテープレコーダーによる調査の録音をやめなかったため、実際の調査は実施できず、次回臨場日を電話で決めることとして、終了した。なお、同日、乙は、甲会長から質問状を渡され、文書により回答するよう求められた。
(ウ) ９月２７日
午後２時頃、乙は、次回調査日を取り決めるために、甲会長へ電話し、翌２８日に、甲会長が帳簿の所在場所と述べた原告のＯ支店（以下「Ｏ支店」という。）に臨場することを決定した。
(エ) ９月２８日
午前１１時頃、乙及びＩは、Ｏ支店に赴いたが、やはり、甲会長はテープレコーダーにより調査を録音しようとした。その後、乙の説得により甲会長はテープレコーダーによる録音を中止したものの、乙が口頭で(イ)の質問状に対する回答をしようとすると、再度、テープレコーダーによる録音を開始した。これに対し、乙は録音をやめるよう説得したが、午後０時を過ぎ、これ以上の進展が見込めないことから、実際の調査の実施を断念し、次回１０月５日に再度Ｏ支店に臨場することとして終了した。
(オ) １０月５日
午後１時頃、乙及びＩは、Ｏ支店に赴いたが、再三の説得にもかかわらず、同日も、甲会長はテープレコーダーによる調査の録音をやめようとしなかったため、実際の調査は実施できず、次回１０月１２日に再度臨場することとし、終了した。
(カ) １０月１２日
午後１時頃、乙及びＩは、Ｏ支店に赴いたが、やはり、甲会長はテープレコーダーによる調査の録音をやめなかったため、実際の調査は実施できず、終了した。なお、同日、乙は、甲会長から質問状を渡され、文書で回答するよう言われた。
(キ) １０月２９日
午後１時２０分頃、乙は、甲会長に対し、現時点における原告に対する調査結果を面会して説明したい旨連絡するため、本社へ電話をしたが、甲会長は、再三の説得にかかわらず、面会のみならず電話による説明すら拒否し、一方的に電話を切ってしまった。
(ク) １０月３０日
職員らは、９月１１日から１０月１２日までの間に原告を６回にわたり訪問し、調査への協力及び帳簿書類の提示を求めたが、甲会長がこれに応じようとしなかった上、前日の電話においても、甲会長は乙の話を聞き入れる様子が全く窺えなかったことから、１１月６日までに帳簿書類を提示するよう原告に対し協力を要請する「帳簿書類の提示について」と題する文書を資料調査第１課長名で原告宛て送付した。
(ケ) １１月６日
原告から回答書と題された文書が送付され、同文書中に調査への協力について協議を行う所存であるとの記載があったことから、資料調査課では、原告に対し再度連絡を取ることとした。このため、乙は、同日のうちに本社へ電話したが、甲会長が不在であったため、Ｇ社長に対し、翌日の午前中までに乙まで電話連絡するよう甲会長への伝言を依頼した。
(コ) １１月７日
前日、Ｇ社長に対して甲会長への伝言を依頼したが、甲会長からの電話がなかったことから、午後２時５５分頃、乙は、本社へ電話したが、甲会長が不在であったため、再度、Ｇ社長に対し甲会長への伝言を依頼した。
(サ) １１月９日
前日、甲会長からの電話連絡を待っていたが、連絡がなかったことから、午前１０時３０分頃、乙及び丙は、本社に赴いた。乙は、本社に甲会長が在社していたものの、テープレコーダーを手に取り録音を開始したこと、丙の入室を拒否したことなどから、これ以上、調査を継続することは困難であると判断し、調査協力に関する協議を行う気になれば、午後５時までに乙まで連絡をするよう甲会長に申し出た上で、退出した。しかしながら、午後５時までに甲会長から何の連絡もなかった。
(3) 質問検査権を行使する際の質問検査の範囲、程度、時期及び場所等、法令上特段の定めのない実施の細目については、質問検査の必要性と相手方の私的利益との衡量において、社会通念上相当な限度にとどまる限り、これを権限ある収税官吏の合理的な選択に委ねるものとされており、この場合の調査の実施の日時場所の事前通知、調査の理由及び必要性の個別的、具体的な告知などは、質問検査を行う上で法律上の一律の要件とされているものではないところ、本件調査においては、前記(2)のとおり、原告の代表取締役である甲会長が、調査協力の要請に正当な理由なく応じなかったため、具体的な質問・検査を行うことができず、職員らは、当然の職務行為として、当該要請や説得に終始したものであり、本件調査における職員らの行為は、いずれも社会通念上相当な範囲内で行われたものであり、適法である。
(4) 原告は、前記(2)のとおり、職員らが、９月１１日から１１月９日までの間に、少なくとも１１回にわたり、本社等に臨場・電話するなどして、再三調査への協力を求めるとともに、帳簿書類の提示を求めたにもかかわらず、本件調査に一切協力せず、帳簿書類を提示しなかったものである。
したがって、仮に、本件調査が行われた時点において、原告が所定の帳簿書類を保管していたとしても、法人税法１５３条に基づく税務職員による帳簿書類の検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかったものといえ、同法１２６条１項の規定に違反し、同法１２７条１項１号に該当する。
よって、本件青色申告承認取消処分は適法である。
【原告の主張】
(1) 本件調査は、以下の点で任意調査として社会通念上相当の範囲を超えるものであり、違法である。これが国賠法上の違法に直ちに結び付くか否かはともかく、帳簿書類等の「保存」「備付」があるか否かという規範的解釈においては、「保存」「備付」がないことについての評価障害事実としての「違法」に該当すると解されなければならない。
ア ９月１１日の調査の違法性
(ア) 事前通知なしの違法性
「税務調査の際の事前通知」等の通達等では、任意調査に当たっては事前通知を原則としているにもかかわらず、本件調査においてこれがされなかった。
(イ) 反面調査の違法性
「税務運営方針」や「金融機関の預貯金等の調査について」等の各通達により、反面調査は客観的に見てやむを得ないと認められる場合に限って行うこと、金融機関に対する反面調査は、必要な帳簿書類がないか若しくは不備な場合又は帳簿書類がある場合においても真実性を疑うに足りる相当の事由があり、かつ、その銀行取引を調査しなければ取引の事情が明らかとならない場合に限って行うこととされているにもかかわらず、本件調査においてはいきなり原告の取引先金融機関であるＭ信用金庫兵庫支店に対し反面調査が行われた。
(ウ) 同時複数箇所臨場の違法性
任意調査としての業態把握、帳簿書類の記帳・記録保存状況の把握、現金管理等の経理面の現状把握は本社のみへの臨場で十分であり、葬儀会場であるＦ支店や関連会社であるＰにまで臨場する必要はなく、ましてや事業の実態とは何ら関係のない個人住居である甲会長宅やＧ社長宅にまで同時に臨場する必要性は全くなかったにもかかわらず、５か所への一斉調査が行われた。
イ ９月１１日の調査の「インパクト」を除去しなかった違法
９月１１日の調査は原告に「インパクト」を与えるものであったところ、課税庁には、納税者の不信感を払拭、軽減するための対処を講じる義務があるにもかかわらず、その後の調査において、職員らは、原告へのインパクトを緩和し、関係を改善させ、調査を円滑に進めるなどの努力を怠った。
ウ 録音を拒んだことの違法
録音は、守秘義務違反にならないし、任意調査であることを担保するために必要なものであり、９月１１日の調査の状況に鑑みれば、発言の有無についての争いがないように証拠を残す必要があり、その後の調査におけるテープ録音は当然に許されるべきであったにもかかわらず、職員らは、守秘義務を理由にこれを拒絶した。
エ 第三者の立会い拒否の違法
本件調査において、甲会長が帳簿を作成した第三者の立会いを求め、守秘義務違反になるような事柄もなく、信頼関係の回復の点からも、立会いを認めるべきであり、また、行政上の秘密も取引先の秘密も拒否の理由にはなり得ないにもかかわらず、職員らは、守秘義務を理由にこれを拒絶した。
オ 弁護士の関与を無視・拒絶した違法
原告は、弁護士に委任して税務調査への協力方を申し出ていたにもかかわらず、職員らは、これを拒み、かつ弁護士らの代理権、弁護士代理による交渉権（あるいは原告における、弁護士代理による当局との交渉の実現に対する正当な信頼）を無視・侵害した。
(2) 最高裁平成１７年判決は、税務調査において適法に帳簿書類の提示を求められ、これに応じ難いとする理由も格別なかったにもかかわらず、帳簿書類の提示を拒み続けた場合は、法人税法１５３条に基づく税務職員による帳簿書類の検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存することをしていなかったというべき旨判示しているところ、調査対象者において、課税庁からの帳簿提示要請に「応じ難いとする理由」が存在した場合は、たとえ帳簿提示要請に結果として応じなくても、この事実をもって青色申告承認取消事由には該当しないということとなる。
本件において、職員らは、９月１１日における行き過ぎた調査によって正常な調査を行い得ない状況を自ら作り出しているにもかかわらず、これを回復する何らの努力も誠意ある対応もしていないのであるから、上記「応じ難いとする理由」が存在していたものである。
(3) 大量の帳簿書類がある場合、具体的にいかなる種類の帳簿をどこまで提示しなければならないのかが示されなければ、適時の提示はおよそ困難である。また、記帳担当者の同席が排除された状態では、どのような帳簿が必要であるかの意思疎通もままならない。このような状況の下では、帳簿提示に向けて努力している原告の態度をも、納税者たる原告の帳簿提示と捉えなければならず、また、面前の提示まで至らなくとも、「適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存」していたと解さなければならない。
本件において、甲会長は元帳２冊をテーブルの上に置いて職員らと応対するなどしていたのであり、このような納税者たる原告側の努力も併せ考えれば、現に提示がされていたといえる。
２ 本件法人税の更正処分及び本件法人税についての賦課決定処分の基礎となる推計課税の必要性・合理性の有無（争点２）
(1) 推計の必要性について
【被告の主張】
職員らは、前記１【被告の主張】(2)のとおり、９月１１日から１１月９日までの間、原告に対して、再三にわたり、申告の基となった帳簿書類等の提示を求め、調査に協力するよう要請したにもかかわらず、原告は、何ら理由なく、調査に協力せず、帳簿書類等を提示しなかったことから、やむを得ず推計の方法により算定した所得金額により、本件法人税の更正処分を行ったものである。
【原告の主張】
争う。前記１【原告の主張】のとおり、本件調査は違法であり、原告には調査に「応じ難いとする理由」が存在していた上、現に帳簿等の提示をしていたといえることからすれば、推計の必要性があったとはいえない。
(2) 推計の合理性について
【被告の主張】
被告は、原告の本件各事業年度の所得金額を算定するに当たり、同業者の平均算出営業利益率を適用して、推計計算を行ったものであるが、上記計算は、以下に述べるとおり合理性を有する。
ア 大阪国税局長は、被告を含む兵庫県下の各税務署長に対し、法人税の確定申告書を提出している者のうち、本件各事業年度の全てにつき、次の(ア)ないし(キ)のいずれの条件をも満たす全ての法人を抽出するよう指示した。
(ア) 葬儀業を営んでいること
(イ) 事業年度の中途において、開廃業又は休業をしていないこと
(ウ) 法人税の確定申告書について、法人税法１２１条の承認を受けて青色申告書を提出していること
(エ) 本店所在地及び事業所が兵庫県内にあること
(オ) 上記(ア)以外の業種目を兼業していないこと
(カ) 売上金額（損益計算書の「売上高」に記載されている売上金額、及び「雑収入」の金額のうち葬儀業の業務に関連して発生する収入金額との合計額から、売上値引等の金額を控除した金額）が、３億４６００万円以上、１７億９９００万円未満であること（これは、被告が把握し得た原告の本件各事業年度の売上金額が別表４の「⑤売上金額」欄のとおりであったことから、その上限を平成１２年９月期の８億９９９２万７００４円の約２倍とし、下限を平成１１年９月期の６億９１９１万９８４９円の約２分の１としたものである。）
(キ) 作成対象事業年度の法人税又は各事業年度に相当する各課税期間の消費税について、不服申立て又は訴訟が係属中でないこと
イ 上記指示によって抽出された同業者の総数は７社であり、本件各事業年度における売上金額、原価及び経費の額並びに算出営業利益及び算出営業利益率は、別表５－１～５－３のとおりである。
ウ 上記アの抽出基準は、原告の事業内容に基づいて設定したものであり、当該基準により抽出された各同業者は、原告と業種・業態において同一性、事業所の所在地及び事業規模等の点において近似性を有し、しかも、その申告の正確性について裏付けを有する青色申告法人であるから、その金額の算出の根拠となった資料は全て正確なものである。
また、上記同業者の抽出は、大阪国税局長の指示に基づき、被告を含む兵庫県下の各税務署長が無作為かつ機械的に上記抽出条件に該当する全ての法人を抽出したものであるから、いずれもその抽出に当たって恣意の介入する余地はない。
したがって、上記方法によって抽出された７社の同業者の算出営業利益率については、正確性と普遍性が担保されており、被告が本件各事業年度分の上記算出営業利益率の平均値を用いて原告の本件各事業年度の所得金額を推計したことは合理性がある。
【原告の主張】
大阪国税局長の設定した同業者の抽出基準は、業態や兼業の有無の判断が抽出担当者の主観によるものであって、客観性がない。抽出された同業者の申告内容も、必ずしも信用できるものではない。その上、被告は、実際の収入と経費で同業者の所得率を算出するのではなく、恣意的に、経費のうちから役員報酬、減価償却費、地代家賃等を除外して算出している。したがって、被告が用いた同業者の算出営業利益率なるものは、推計課税の根拠となるものではない。また、本件では抽出過程の再現ができておらず、抽出作業の正確性を検証する手続的保障さえない状況であり、抽出の正確性・相当性が証明されたということはできない。
３ 本件消費税等の更正処分における仕入税額控除否認の適否（争点３）
【被告の主張】
事業者が、消費税法３０条７項に規定する帳簿又は請求書等を整理し、これらを所定の期間及び場所において、同法６２条に基づく税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかった場合は、同法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿又は請求書等を保存しない場合」に当たる（最高裁平成１６年１２月１６日第一小法廷判決・民集５８巻９号２４５８頁。以下「最高裁平成１６年判決」という。）。
ところが、原告は、本件調査において、職員らから、再三、調査への協力・帳簿書類の提示を求められ、提示がなければ消費税の仕入税額控除が認められないこと等を説明されたにもかかわらず、これに応じず、帳簿書類の提示をしなかったものであるから、同項の「課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に該当し、課税仕入れに係る消費税の控除は認められない。
【原告の主張】
最高裁平成１６年判決の解釈は、憲法に適合しないし、消費税法の基本的仕組みに反する解釈であり、不当である。すなわち、第１に、憲法３０条、８４条に定める租税法律主義に反し、第２に、消費税の基本的仕組みである付加価値税という本質に反し、第３に、消費税法３０条７項の条文解釈の点からも不当であり、第４に、同法は帳簿不提出に対する制裁を罰則規定に止めていることに照らしても違法である。そして、最高裁平成１６年判決の事案と本件事案とは事案を異にする。したがって、最高裁の結論を本件に当てはめることはできない。
上記の点を措くとしても、仕入税額控除否認における帳簿提示拒否の事実認定は、青色申告承認取消しに当たる場合よりも更に厳しく考えられるべきであり、否認事由の存在が肯定されるのは、税務当局の行う調査の全過程を通じて税務当局側が帳簿の保存を確認するために社会通念上当然に要求される以上の努力を行ったにもかかわらず、その確認を行うことが一方的に納税者側の理由でできなかった場合と考えるのが相当である。
職員らは、本件調査の開始から終了まで原告との信頼関係の回復を図る措置をとることなく、ただただ調査回数を重ねただけで、調査理由の開示や第三者の立会いを認める必要性が高かったにもかかわらず、これを拒否し、原告によるテープ録音は当然に許されるべきであったにもかかわらず、守秘義務に名を借りてこれを排除し、税務調査手続における弁護士代理権を無視したものである上、原告に対し具体的かつ真摯に帳簿の提示を求めたこともなかったのであり、原告の帳簿を確認すべき努力義務を尽くしたとはいえないから、仕入税額控除の否認事由である「保存」なしと判断することは許されない。
４ 実額反証の成否（争点４）
【原告の主張】
実額反証の範囲として、いわゆる実額反証の三要件（総収入、必要経費、収入と費用の関連性）を納税者側において主張立証すべきであるという点については、特に争うものではないが、反証の程度としては、民事訴訟における通常の証明、すなわち「真実の高度の蓋然性」で足りると解すべきである。
原告の主張する総収入及び必要経費は別表６－１～６－３のとおりであるが、本件では複式簿記の方式によって作成された会計帳簿が完備しており、裏付け原始資料の有無にかかわらず同帳簿記載の信頼性は高いこと、裏付け原始資料のない元帳記載の取引の割合は、取引数ベース、金額ベースともに相当程度低いこと、原始資料の裏付けがない記載についても、当該勘定科目の内容（裏付け原始資料がなくても不自然ではない。）及び原告における記帳体制からすると当該記載の信用性が高いことからすれば、実額反証が認められるべきである。
【被告の主張】
納税者が課税庁による推計課税を否定するためには、(1) その主張する収入金額が全ての取引先からの全ての取引についての捕捉漏れのない総収入金額であること、(2) その収入に対応する必要経費が実際に支出されたこと、(3) 必要経費が当該事業と関連性を有することという実額反証の三要件を三位一体として考え、納税者がその全てを「合理的な疑いを容れない程度」に主張立証することを要するものと解すべきである。
そして、内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とされ（法人税法２２条１項）、益金の額については同条２項、損金の額については同条３項に規定されていることからすると、所得金額を実額で把握するためには、これら益金の額及び損金の額が、全ての取引を具体的に記録した会計帳簿によって算出されることが必要であり、また、その帳簿の真実性、正確性については、原始資料等によって当該帳簿の記載内容が照合され、当該原始資料に係る取引が実際に行われたか否かを確認されることが不可欠である。
ところが、原告の実額反証は、①必要経費を主張立証するのみで、総収入金額及びこれとの対応関係につき具体的な主張立証をしておらず、実額反証の体をなしておらず、②帳簿書類に原始資料の裏付けのない取引が多数記帳されており、帳簿書類の真実性及び正確性が認められず、帳簿書類の信用性についての主張も理由がないことから、実額反証の三要件について合理的な疑いを容れない程度に立証されているとは認められない。
第４ 当裁判所の判断
１ 前記争いのない事実、後掲各証拠及び弁論の全趣旨を総合すると、次の各事実が認められる。
(1) 本件調査の開始（乙７７、証人乙、同Ｉ、同Ｑ）
資料調査第１課長であったＱ（以下「Ｑ」という。）は、原告に対する前回調査から約７年が経過しており、売上げが順調に伸びているにもかかわらず申告所得が低調で過少申告も疑われたところ、原告には本社のほか支店が数店舗あって所轄税務署では十分な調査ができず、実態を把握するには相当の時間を要することから、資料調査課において原告の調査を行うことにした。その際、Ｑは、原告が葬儀業を営んでおり、その業態の特殊性として顧客との取引に継続性がなく、顧客との代金決済は現金で行われることが一般的であることなどから、ありのままの事業の実態、帳簿書類の記帳・記録の保存状況及び現金管理等の経理面の現状を確認する必要があると考え、事前通知なしで調査を実施するよう指示した。また、Ｑは、本件調査はあくまで任意調査であるため、無理をせずに原告から明確に調査の協力を取り付けてから調査を実施するよう職員らに注意を与えていた。
(2) ９月１１日の調査（甲３１～３６、４０、４１、４４、４８、４９、７６、７８、８１、８４～８７、１１０、乙４９、５１、６４、６８）
ア 午前９時頃、乙及び丙を始めとする職員ら５名は、本社に赴き、玄関において、乙及び丙ほか１名がＧ社長に対し国税局職員であることを名乗り、質問検査に来た旨告げた。Ｇ社長は、甲会長に電話して指示を仰ごうとしたが、当時、甲会長の自宅にも職員らが質問検査に訪れていたため電話に出られず、指示を受けることができなかった。乙及び丙は、Ｇ社長に対し、帳簿の存否や原告の業務内容について確認するなどしたが、Ｇ社長及び原告従業員のＸから、業務の邪魔になるので玄関から退出するよう求められ、説得を続けたものの、応じてもらえなかったため、いったん退出して甲会長が来るのを待つことにした。
なお、職員らは、同じ頃、Ｆ支店、甲会長宅、Ｇ社長宅にも調査に赴いたが、Ｆ支店及び甲会長宅における調査は実施できず、Ｇ社長宅における調査も特に進展のないまま終了となった（甲３７、３８の１、３９、４２、４３、４７、７７、７９、８０、８８、８９、１１４、乙５０、５２、５７、５８、６０、６５～６７、７０、７１）。また、職員らは、午前９時３０分頃、原告の取引金融機関であるＭ信用金庫兵庫支店に赴き、反面調査を行った（甲１０８、１０９、乙５９、６９）。
イ 午前１０時頃、甲会長は、車で本社に到着し、本社北側にある駐車場で下車して北側入口から入ろうとした。そこで、乙及び丙は、身分証明書を提示した上、調査への協力を要請したが、甲会長は、事前通知なく自宅を含む数か所に調査をかけられたことに立腹しており、乙及び丙を怒鳴りつけるなどした上、倉庫を通って本社内に入った。その後、乙及び丙は、本社南側入口（玄関）に回り、中にいた甲会長に対し、再度、税務調査への協力を要請したが、甲会長は、興奮して全く応じようとしなかった。これに対し、丙が、調査を拒否すると青色申告承認が取り消されたり消費税の仕入税額控除が認められなくなるなどの危険がある旨述べたことから、甲会長との間で激しい口論になり、結局、乙のみが本社内に入ることを許され、丙は、本社の敷地外で待機することになった。乙は、質問検査に応じるよう説得を続けたが、議論は平行線を辿り、そのうちに商談に訪れた者がいたため、午前１１時頃、いったん退出し、昼食後に改めて出直すことにした。
ウ 午後２時頃、乙及び丙は、再度、本社内に入ろうとしたが、丙は、甲会長から入室を拒否されたため、外で待機することになり、代わりに甲会長宅の調査から合流したＩが、乙とともに入室した。ところが、甲会長は、テーブルの上にテープレコーダーを置いて会話の録音を始め、乙から、公務員の守秘義務の観点から録音をやめてほしい旨要請されたにもかかわらず、これに応じなかった。乙は、甲会長の協力が得られないことから、その場は辞去することとしたが、翌１２日午後２時に再訪する旨告げて、その了承を得た。その際、乙は、甲会長が帳簿書類はＲ商工会（以下「Ｒ商工会」という。）に預けてある旨説明したことから、その取寄せを依頼し、午後３時１０分頃、Ｉともに本社を退出した。
(3) ９月１２日以降の調査等（甲４８、４９、１２２、１２４、乙７５～７７、証人乙、同Ｉ、同Ｑ、原告代表者）
ア ９月１２日の調査
午後２時頃、乙は、丙とともに本社に赴いたが、丙の入室は拒否されたため、午後２時１０分頃、代わりにＩを伴って改めて本社を訪れた。乙及びＩは、応接席に通されたが、テーブル上には前日と同様にテープレコーダーが置いてあり、録音状態となっていた上、Ｒ商工会の事務員が２名同席していた。乙は、会話を録音されていたり第三者が同席している状態では守秘義務に抵触するおそれがあるとして、録音の中止及び上記事務員の退席を求めたが、甲会長はこれに応じなかった。また、甲会長は、前日の調査で納得できない点について回答を得た上でなければ調査には応じられない旨述べ、乙から質問検査権に基づく任意調査の範囲内であった旨の説明を受けても納得せず、調査に行き過ぎがあったことを認めるよう求めるのみで、帳簿書類の提示には至らなかった。乙は、進展は見込めないと判断し、甲会長から、次回調査を同月１４日午前１０時に行う旨の了承を得るとともに、その際には第三者に来てもらわないとの言質を得て、午後３時３０分頃、Ｉとともに本社を退出し、大阪国税局に戻った。
Ｑは、乙及びＩから状況の報告を受け、守秘義務に抵触するおそれがあることから録音及び第三者の立会いはやめてもらうことを注意するとともに、調査に協力してもらえるように粘り強く説得するよう指示した。
イ ９月１４日の調査
午前１０時頃、乙及びＩは、本社に赴き、甲会長の出社を待って本社内に入った。Ｒ商工会の事務員の立会いはなかったものの、甲会長は、これまでと同様にテープレコーダーを録音状態で置いていた上、同日付けの質問状（乙１）に文書で回答するよう求め、また、体調が悪いとして診断書を示し、帰宅したい旨申し出た。乙は、上記質問状を受け取ったが、文書により回答するか否かを含めて検討する旨述べ、甲会長の体調に配慮してこの日の調査は行わないことにして、本社を退出した。
なお、次回調査日については、甲会長の病院の検査が終わった同月２７日に電話で打ち合わせた結果、翌２８日午前１１時から帳簿の置いてあるＯ支店において実施することになった。
ウ ９月２８日の調査
午前１１時頃、乙及びＩは、Ｏ支店を訪れた。甲会長から、質問状の回答を聞かせてほしい旨の申出があったが、机上にはテープレコーダーが録音状態で置かれていたことから、これまでと同様に録音の中止を要請したところ、甲会長は、質問状に対し文書による回答がされるならテープを止めると言って、いったん録音を中止したものの、乙が口頭で回答しようとしたため、再び録音を始めた。乙は、録音を中止するよう再三要請したが、甲会長はこれに応じず、帳簿書類の提示に至らなかった。乙及びＩは、次回調査を１０月５日午後１時に行う旨の了承を得て同支店を退出し、大阪国税局に戻り、Ｑに状況を報告した。Ｑは、調査に協力してもらえるように粘り強く説得するよう指示を与えた。
エ １０月５日の調査
午後１時頃、乙及びＩは、Ｏ支店に赴いたが、この日もテープレコーダーが録音状態となっていた。乙は、録音の中止を要請したが、甲会長がこれに全く応じず質問状への回答を要求するのみであったことから、調査を進めるため、やむなく口頭で任意調査の範囲内である旨回答した。ところが、甲会長は、これに納得せず、調査への協力を拒絶した。乙及びＩは、甲会長が興奮してきたことから、いったん同支店を出て、午後２時２５分頃、同支店に戻り、再び説得を続けたところ、甲会長は、次回からは録音はしないと約束する旨述べ、提示が必要な帳簿等をあらかじめ伝えられれば用意するが、帳簿書類のことはよく分からないとしてＲ商工会の事務員の立会いを希望した。これに対し、乙は、第三者が税務調査に立ち会った場合、職員らが守秘義務違反を問われるおそれがあること、立ち会った者が税理士法の税理士業務の制限に抵触するおそれがあることから、立会いは困る旨伝えた上で、Ｒ商工会の事務員が帳簿の記帳に関与したのであれば、疑問が生じた場合には個別に説明を求めることで対応する旨述べた。なお、乙は、調査への協力等に関する法律上の根拠を理解してもらうための資料を手渡そうとしたが、受領を拒否された。乙及びＩは、次回調査を同月１２日午後１時と約束して同支店を退出した。
オ １０月１２日の調査
午後１時頃、乙及びＩは、Ｏ支店に赴いたが、従前と同様にテープレコーダーが録音状態で置かれていた上、甲会長は、乙に対し、これまでの説明で納得できない点があるとして、同日付けの質問状（乙２）に文書で回答するよう求め、録音を中止するよう求められても応じなかった。乙は、帳簿書類の提示を求め、調査への協力を要請するとともに、調査に協力してもらえない場合、法人税の青色申告承認が取り消されたり、消費税の仕入税額控除が認められなくなるなど、原告に不利益となる旨説明した。さらに、乙は、上記質問状について口頭で回答したが、甲会長は、これに納得できないとして、調査への協力を拒否した。乙は、関係条文をまとめた文書を置き、不明な点については連絡してもらえば説明する旨を伝え、同支店から退出しようとしたが、上記文書の受領を拒絶されたため、これを持ち帰った。ここに至り、乙は、これ以上調査への協力を取り付けるのは不可能であり、青色申告承認取消し等もやむを得ないと考えるようになった。
カ 職員らの協議と１０月２９日の電話
１０月中旬から下旬にかけて、職員らは、原告に対する今後の調査の方向性について協議し、その結果、これまでの経緯に照らせば、これ以上説得を続けても進展は見込めず、甲会長に対し更に調査への協力を要請しつつも、これに応じないようであれば、調査を拒否したものとみなして、青色申告承認取消し等の手続を行うとの方針で調査を進めることになった。
１０月２９日午後１時２０分頃、乙は、甲会長に電話をかけ、これまでの調査結果を説明するため面会を求めようとした。しかし、甲会長は、話を聞こうとせず、乙がこのままだと帳簿の提示がないことを前提に今後の調査を進めることになる旨伝えたところ、一方的に電話を切ってしまった。
キ １０月３０日付け文書の送付等
Ｑは、これまでの経緯を踏まえ、原告に対し、正式文書により調査への協力を要請する趣旨で、資料調査第１課長名で「帳簿書類の提示について」と題する１０月３０日付けの文書（甲１４）を送付した。これに対し、原告は、甲会長及び３名の弁護士名で１１月２日付けの回答書（乙４）を送付した。同回答書には調査への協力について協議を行う所存である旨の記載があったことから、乙は、甲会長において調査に協力する意思が生じたのかもしれないと考え、真意を確認すべく、同月６日、本社に電話したが、甲会長は不在であったため、Ｇ社長に対し、翌日の午前中までに甲会長から電話をいただきたい旨伝言した。しかし、電話はなく、乙は、再度電話したものの、甲会長は不在であったことから、Ｇ社長に対し、改めて甲会長から電話をいただきたい旨伝言した。
ク １１月９日の調査
その後も、連絡はなかったことから、乙は、真意を確認すべく、丙とともに本社に赴いたが、甲会長は、乙の入室は認めたものの、丙については認めなかった。乙は、丙が本件調査の主担当者であり本件事案に精通しているとして同席を求めたが、甲会長は、これに応じないばかりか、テープレコーダーで録音を開始し、手に持っていた杖を丙の頭上に振り上げて、帰るよう命じるなどした。乙は、このままでは調査に協力する意思はないものと判断せざるを得ず、原告に不利益となる旨説得したが、甲会長に説得に応じる姿勢が全く見られないことから、これ以上調査を継続することは困難であると判断し、協議を行う気持ちがあるならば、同日午後５時までに連絡をくれるよう言い残し、丙とともに本社を退出した。しかし、同時刻までに連絡はなかった。
(4) 本件青色申告承認取消処分等（前記争いのない事実(3)）
被告は、１１月１２日付けで本件青色申告承認取消処分を行うとともに、同月１３日付けで本件更正処分等を行った。
２ 争点１（本件青色申告承認取消処分における取消事由の存否）について
(1) 法人税法１２６条１項は、青色申告の承認を受けた法人に対し、財務省令で定めるところにより、帳簿書類を備え付けてこれにその取引を記録すべきことはもとより、これらが行われていたとしても、さらに、税務職員が必要と判断したときにその帳簿書類を検査してその内容の真実性を確認することができるような態勢の下に、帳簿書類を保存しなければならないこととしているというべきであり、法人が税務職員の同法１５３条の規定に基づく検査に適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて当該帳簿書類を保存していなかった場合は、同法１２６条１項の規定に違反し、同法１２７条１項１号に該当するものというべきである（最高裁平成１７年判決）。
そして、法人が税務職員から税務調査において適法に帳簿書類の提示を求められ、これに応じ難いとする理由も格別なかったにもかかわらず、帳簿書類の提示を拒み続けた場合には、当該法人は、上記調査が行われた時点で所定の帳簿書類を保管していたとしても、同法１５３条に基づく税務職員による帳簿書類の検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存することをしていなかったというべきである。
(2)ア原告は、本件調査は違法な調査であったとして、法人税法１２７条１項１号の該当性を否定するが、これは、原告には帳簿書類の提示に応じ難いとする理由があった旨の主張と理解することができる。
イ 原告は、９月１１日の調査には、(ア) 事前通知を欠いた違法、(イ) 反面調査の補充性に反した違法、(ウ) 同時複数箇所に臨場した違法がある旨主張する。
しかしながら、税務調査を行う場合の質問検査の範囲、程度、時期、場所等法令上特段の定めのない実施の細目については、当該調査の目的、調査すべき事項、申請、申告の体裁内容、帳簿等の記入保存状況、相手方の事業の形態等諸般の具体的事情に鑑み、質問検査の必要があり、かつ、これと相手方の私的利益との衡量において社会通念上相当な限度にとどまる限り、権限ある税務職員の合理的な選択に委ねられているものと解すべきであり、また、実施の日時場所の事前通知、調査の理由及び必要性の個別的、具体的な告知なども、質問検査を行なう上の法律上一律の要件とされているものではない（最高裁昭和４８年７月１０日第三小法廷決定・刑集２７巻７号１２０５頁）。これを９月１１日の調査についてみると、Ｑは、原告が葬儀業を営む法人であって、その業態から顧客との取引に継続性がなく、代金決済は現金で行われることが一般的であることなどから、ありのままの事業の実態、帳簿書類の記帳・記録の保存状況及び現金管理等の経理面の現状を確認する必要があると考え、事前通知なしで調査を実施するよう指示したものであって、事前通知によって証拠を隠滅されるなど調査の効果をあげることができない場合があると考えられることに鑑みると、事前通知がないことによって業務等を含めた税務調査への対応の準備ができないという原告の不利益を考慮しても、事前通知を欠いたからといって、直ちに同日の調査が社会通念上相当な限度を越えるものであって違法であるということはできない。
また、反面調査（法人税法１５４条）の調査の順序や方法については特に法令上定められていないから、納税者本人に対する調査をした後で行わなければ許されないとか同時に複数箇所に臨場することが許されないとは解されず、いずれの点からも社会通念上相当な限度を越えるものとして違法となるものではない。
ウ 原告は、９月１２日以降の調査について、(ア) ９月１１日の調査の「インパクト」を除去しなかった違法、(イ) 録音を拒んだ違法、(ウ) 第三者の立会いを拒否した違法、(エ)
弁護士の関与を無視・拒絶した違法がある旨主張する。
しかしながら、まず、イに判示したところによれば、９月１１日の調査は、事前通知や反面調査の点において、社会通念上相当な限度にとどまる適法な調査であったというべきところ、仮に当該調査が原告にとって「インパクト」のあるものであったとしても、これを「除去」しなかったことにより９月１２日以降の調査が違法となるとの法的根拠が不明である。原告は、税務職員には納税者との良好な関係を築くことに腐心するなどの税務調査努力義務があるとして、職員らは、甲会長に対し、インパクトを与えた調査手法をあえて採用した理由を率直に説明し、詫びるところは詫びるなど、信頼関係回復のための努力をすべきであったのに、これを怠った旨主張するようである。しかし、一般に、納税者の自主的な理解、協力を得て円滑な税務調査を行うとの観点から、調査担当者において可能な努力をすることは好ましいとしても、職員らが甲会長に謝罪しなかったことなどで上記努力を怠ったと原告から見られたからといって、そのことをもって本件調査が社会通念上相当な限度を逸脱した違法な調査であるということはできない。
また、税務調査の録音や第三者の立会いを要求する法令はない上、税務調査の対象には被調査者だけでなく取引先の営業、財産に関わり、守秘義務を負うべき事項が含まれることを考えると、税務調査には録音や第三者の立会いになじまない側面があり、これらを認めるか否かは担当税務職員の合理的な裁量に委ねられているというべきところ、本件全証拠によっても、本件調査において録音等が認められないことによって原告に格別の不利益が生ずるとは認められず、原告において録音等を行う客観的な必要性があったということはできないのに対し、録音等を認めることは守秘義務に抵触するおそれがあることなどにも照らすと、乙らが録音や第三者の立会いを認めなかったことについて裁量の逸脱ないし濫用があるとは認められない。
さらに、乙は、甲会長及び３名の弁護士名による回答書（乙４）を受けて、直接、本社に電話したり赴いたりしているが、これは、それまで一貫して調査に非協力的であった原告が調査へ協力することをほのめかす記載をしていたことから、甲会長の真意を確認すべく行ったものであって、殊更に原告に不利益な措置を講じようとしたものではないから、乙が上記弁護士に連絡することなく甲会長の意思を確認しようとしたことなどをもって、本件調査が社会通念上相当な限度を逸脱した違法な調査ということはできない。
エ 結局、本件調査に原告の主張するような違法があったとは認められず、原告に帳簿書類の提示に応じ難いとする理由があったということはできない。
(3) 原告は、大量の帳簿書類がありながら記帳担当者の同席が排除された本件調査の下では、帳簿提示に向けて努力していた原告の態度をもって現に提示がされたものと捉えるべきである旨主張する。
しかしながら、甲会長の供述によっても、甲会長の発言は単に帳簿の存在を示したにすぎず、職員らの面前に帳簿を提示したわけではないところ、前記１の認定事実によれば、甲会長は、職員らの再三にわたる説得にも応じず、帳簿書類を提示する前提として録音や質問状への回答等を執拗に求めていたのであり、提示に向けて努力していたなどとは到底いえないから、本件調査における原告の態度をもって現に提示がされたものと同視することはできない。
なお、原告は、職員らは、本件調査において原告に対し具体的かつ真摯に帳簿の提示を求めておらず、帳簿書類確認努力義務を怠った旨も主張するが、「帳簿書類確認努力義務」なるものの法的根拠は不明である上、前記１の認定事実によれば、乙を始めとする職員らが甲会長に対し本件調査への協力（これが帳簿の提示を前提とするものであることは当然のことであって、多言を要しないところである。）を終始求めていたことは明らかであるから、職員らにおいて原告に対する帳簿の提示要求を怠ったなどということはできない。
(4) そして、前記認定、判示によれば、原告は、９月１１日から１１月９日までの本件調査の間、職員らから適法に帳簿書類の提示を求められ、これに応じ難いとする理由もなかったにもかかわらず、帳簿書類を提示しなかったものということができる。そうすると、原告は、本件調査が行われた時点で所定の帳簿書類を保管していたとしても、法人税法１５３条に基づく税務職員による帳簿書類の検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存することをしていなかったものであり、同法１２６条１項の規定に違反し、同法１２７条１項１号に該当するものというべきである。
したがって、本件青色申告承認取消処分は適法である。
３ 争点２（本件法人税の更正処分及び本件法人税についての賦課決定処分の基礎となる推計課税の必要性・合理性の有無）について
(1) 推計課税の必要性について
前記認定、判示によれば、原告は、職員らから帳簿書類等の提示を求められ調査に協力するよう要請されたにもかかわらず、正当な理由なくこれに応じなかったものである上、質問状に対する文書による回答を執拗に求めたり、テープレコーダーによる録音に固執するなど、本件調査に対する非協力的な態度をとり続けていたものである。そうすると、被告において、原告に対する質問検査等によってはその所得金額を把握することはできないと判断し、推計の方法によって本件各事業年度の所得金額を算出したことはやむを得なかったものというほかなく、推計の必要性があったものというべきである。
(2) 推計課税の合理性について
ア 被告は、原告の本件各事業年度の所得金額を算定するに当たり、同業者平均の算出営業利益率を適用して推計計算を行っているところ、その同業者は、被告を含む兵庫県下の各税務署長が、大阪国税局長の指示により、法人税の確定申告を行っている者の中から、本件各事業年度のいずれにおいても、(ア) 葬儀業を営んでいること、(イ) 事業年度の中途において開廃業又は休業をしていないこと、(ウ) 法人税の確定申告書について法人税法１２１条の承認を受けて青色申告書を提出していること、(エ) 本店所在地及び事業所が兵庫県内にあること、(オ) 上記(ア)以外の業種目を兼業していないこと、(カ) 売上金額（損益計算書の「売上高」に記載されている売上金額及び「雑収入」の金額のうち葬儀業の業務に関連して発生する収入金額との合計額から、売上値引等の金額を控除した金額）が、３億４６００万円以上、１７億９９００万円未満であること（いわゆる倍半基準）、(キ) 作成対象事業年度の法人税又は各事業年度に相当する各課税期間の消費税について、不服申立て又は訴訟が係属中でないことという基準の全てに該当する法人を抽出したものである（別表５－１～５－３。乙５～４６、７２～７４、証人Ｓ、同Ｔ、同Ｕ、弁論の全趣旨）。
イ 上記抽出基準は、業種・業態の同一性、事業所の所在地及び事業規模の近似性の点において、同業者の類似性を判別する要件として合理的なものである。また、後記エのとおり、大阪国税局長から指示を受けた各税務署においては、上記抽出基準の全てに該当する法人をいわゆる通達回答方式により機械的に抽出したものであって、その抽出過程に恣意が介在したとも認められない。さらに、上記同業者は、いずれも帳簿等の書類の裏付けを有する青色申告者であり、更正等の処分に対して不服申立て等をしている者が除外されていることなどに照らすと、その売上金額等の算出根拠となる資料の正確性も一応担保されているといえる。そして、抽出された同業者の総数は７社であり、同業者の個別性を平均化するに足りる抽出件数であるということができる。
ウ 原告は、上記抽出基準は業態や兼業の有無の判断が抽出担当者の主観によるもので客観性に欠け、抽出された同業者の申告内容も信用できない上、同業者の算出営業利率の算定要件の設定が恣意的、意図的にされている（実際の収入と経費で同業者の算出営業利率を算出するのではなく、経費のうちから役員報酬、減価償却費、地代家賃等を恣意的に除外して算出している。）から、被告が用いた同業者平均の算出営業利益率は推計課税の根拠とならない旨主張する。
しかしながら、抽出に当たり担当者の主観が介在する余地が皆無ではないとしても、本件において抽出作業が特定の意図を持った指示により行われたことを窺わせるに足りる証拠はなく、恣意的な抽出がされたとは認められないから、上記抽出基準に基づく抽出が不合理であるということはできない。
また、抽出された同業者は、いずれも、財務省令で定めるところにより、帳簿書類を備え付けてこれにその取引を記録し、かつ、当該帳簿書類を保存しなければならないとされている者であり（法人税法１２６条１項）、事業年度の中途において開廃業又は休業をしていないことや作成対象事業年度の法人税又は各事業年度に相当する各課税期間の消費税について不服申立て又は訴訟が係属中でないことという基準にも合致する者であるから、その帳簿書類に基づく申告内容については一応の信用性があるというべきである。
さらに、被告は、同業者の営業利益を売上金額から原価及び経費を控除して算出しているものの（別表５－１～５－３参照）、その経費には役員報酬や地代家賃等が含まれていないが（別表３参照）、これらは取引自体により発生する経費ではなく、必ずしも売上金額に対応しているとはいえないものであるから、実額で個別に認定することも十分に合理性があるというべきであり、被告が用いた同業者平均の算出営業利益率が恣意的、意図的なものとして不合理なものとは認められない。
エ 原告は、本件では抽出過程の再現ができておらず、抽出の正確性・相当性が証明されていない旨主張するが、証拠（乙７２～７４、証人Ｓ、同Ｔ、同Ｕ）及び弁論の全趣旨によれば、本件においては、いわゆる通達回答方式により、各税務署に備え付けられたコンピューターに葬儀業の業種番号を入力して各管内にある葬儀業を営む法人を抽出した上、当該法人の本件各事業年度の確定申告書及び同申告書に添付された決算書等を確認して同業者の選定が行われていたことが認められ、その抽出作業は恣意が介在することなく機械的にされたものであるから、その抽出過程には合理性があり、正確性等に問題があるとはいえない。
オ 甲会長は、葬儀業者としての原告の特色や営業努力の点を供述し（甲１２２の陳述書を含む。）、本件各事業年度の所得金額の推計はこれらを考慮していないとして、その合理性を否定するかのようであるが、原告がその特色等の故に全体として同業者の平均値を超える経費を要するものであることを認めるに足りる客観的な証拠はないから、原告の特色等をもって上記推計の合理性を否定することはできない。
カ 前記認定、判示によれば、被告が本件各事業年度につき同業者平均の算出営業利益率を適用して原告の本件各事業年度の所得金額を推計したことは合理性があるというべきである。
４ 争点３（本件消費税等の更正処分における仕入税額控除否認の適否）について
(1) 事業者が、消費税法３０条７項に規定する帳簿又は請求書等を整理し、これらを所定の期間及び場所において、同法６２条に基づく税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかった場合は、同法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿又は請求書等を保存しない場合」に当たるというべきである（最高裁平成１６年判決）。
(2) 原告は、最高裁平成１６年判決は不当であり、本件に当てはめることはできない、仕入税額控除事由の存在が肯定されるのは、税務当局側が調査の全過程を通じて帳簿の保存を確認するために社会通念上当然に要求される以上の努力を行ったにもかかわらず、その確認を行うことが一方的に納税者側の理由でできなかった場合と考えるのが相当であるなどとるる主張するが、独自の見解であって採用することはできない。
(3) そして、前記認定、判示によれば、原告は、職員らから帳簿書類の提示を求められ、その求めに特に違法な点はなく、これに応じ難いとする理由もなかったにもかかわらず、帳簿書類を提示せず調査に協力しなかったというのであるから、原告が、消費税法６２条に基づく税務職員による上記帳簿又は請求書等の検査に当たり、適時に提示することが可能なように態勢を整えてこれらを保存していたということはできず、同法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿又は請求書等を保存しない場合」に該当するものというべきである。
したがって、本件消費税等の更正処分において仕入税額の控除が認められなかった点につき違法はない。
５ 争点４（実額反証の成否）について
(1) 前記認定、判示のとおり、本件法人税の更正処分及び本件法人税についての賦課決定処分については推計課税の必要性及び合理性が認められるところ、原告が実額反証によってその適法性を覆すためには、原告の主張する所得金額が真実に合致すること、すなわち、その主張する収入金額が全ての取引先からの全ての取引についての収入金額（総収入金額）であること、その収入に対応する必要経費が実際に支出されたこと、その必要経費がその収入金額と対応するものであることの三要件を合理的な疑いを容れない程度に立証する必要がある。
(2) 原告は、本件各事業年度の総収入及び必要経費は別表６－１～６－３のとおりであるところ、原告においては正規の簿記の原則に従い複式簿記の方式によって作成された会計帳簿が完備しており、裏付け原始資料の有無にかかわらず同帳簿記載の信頼性は高いから、その立証は十分である旨主張する。
しかしながら、複式簿記の方式によって作成された会計帳簿が存在するからといって直ちにその信用性が認められるわけではなく、これが肯定されるためには当該帳簿の記載内容が原始資料等によって客観的に裏付けられている必要があるというべきところ、原告の主張によっても、本件各事業年度の総勘定元帳（甲Ａ１～３の各１～４）記載の全ての取引が原始資料によって裏付けられているわけではなく、原始資料の裏付けのない必要経費の割合が、平成１０年９月期には取引数全体の３３．５％、取引金額全体の１９．２％、平成１１年９月期には取引数全体の３５．５％、取引金額全体の１８．７％、平成１２年９月期には取引数全体の３５．９％、取引金額全体の１８．７％を占めており（別表６－１～６－３）、必要経費と収入金額との対応関係に関しても、個別の葬儀の各取引につき原始資料の裏付けのないものの割合が、平成１０年９月期には取引数全体の３７．９％、取引金額全体の１３．９％、平成１１年９月期には取引数全体の３７．４％、取引金額全体の１３．７％、平成１２年９月期には取引数全体の３５．９％、取引金額全体の１４．６％を占めているというのである（別表７）。原告は、裏付け原始資料のない元帳記載の取引の割合は、取引数ベース、金額ベースともに相当程度低い旨主張するが、そのように解することはできず、上記割合は看過できない程度のものというべきである。
原告は、このような記載についても、勘定科目の内容によっては原始資料がなくても特に不自然ではないものが存在することや原告における記帳体制などからすると、その信用性は高い旨主張する。しかし、仮に、原始資料がなくても不自然ではないものがあるとしても、それは一部の勘定科目にすぎない上、不自然ではないということから当然に当該帳簿の記載内容が信用できるということにもならない。原告は、自己の記帳体制について詳細に主張し、原告の担当者ら（Ｖ、Ｗ）もそれに沿う証言（甲１１９、１２１の陳述書を含む。）をするが、そもそも一般的な記帳体制をもって直ちに個別の帳簿記載の信用性を肯認することは無理であって、帳簿の真実性や正確性が認められるためには、原始資料によって当該帳簿の記載内容が照合され当該原始資料に係る取引の存在が確認できることが大原則というべきところ、本件全証拠によっても、上記原始資料の裏付けを欠く部分について、当該帳簿の記載の信用性を肯定するには足りないというほかない。
(3) 結局、本件において、原告の主張する必要経費の支出及び必要経費と収入金額との対応関係について、合理的な疑いを容れない程度に証明されたとはいえないものである（なお、原告は、証明の程度は「真実の高度の蓋然性」で足りる旨主張するが、仮にそうであるとしても、本件において当該程度の証明がされたと認めることはできない。）。原告の実額反証は認められない。
６ 本件更正処分等の適法性について
(1) 被告の主張する本件更正処分等の根拠は、以下のとおりである。
ア 本件法人税の更正処分について
(ア) 算出所得金額
本件各事業年度につき、それぞれ、原告の法人税確定申告書に記載されたとおりの売上金額（別表３①）を認め、これに同業者の平均算出営業利益率（同②、別表５－１～５－３）を乗じて算出した営業利益金額（別表３③）から、上記申告書に記載された役員報酬、地代家賃（賃借料）、建物等の減価償却費及び租税公課（同④）を減じ（同⑤）、これに上記申告書に記載された受取利息及び雑収入（同⑥）を加え、上記申告書に記載された支払利息割引料及び雑損失（同⑦）を減じて税引前当期純利益（同⑧）を算出し、法人税法上の申告調整（同⑨）を行った上、未納事業税（同⑩）を減じて所得金額（同⑪）を算出した。
(イ) 納付すべき法人税額
ａ 平成１０年９月期
算出所得金額（１０００円未満の端数を切り捨てたもの［国税通則法１１８条１項］。以下同じ。）８９７０万７０００円について、年８００万円以下の金額に１００分の２８を乗じた金額と年８００万円を超過する金額に１００分の３７．５を乗じた金額とを加えると（平成１０年法律第２４号による改正前の法人税法６６条１項、２項）、法人税額は３２８８万０１２５円となる。ここから上記申告書に記載された控除所得税額８万８１４６円を減じると、税額（１００円未満の端数を切り捨てたもの［国税通則法１１９条１項］。以下同じ。）は３２７９万１９００円となり、これと当初申告税額７５８万０３００円との差額２５２１万１６００円が、差引納付税額となる。
ｂ 平成１１年９月期
算出所得金額１億０２５９万３０００円について、年８００万円以下の金額に１００分の２５を乗じた金額と年８００万円を超過した金額に１００分の３４．５を乗じた金額とを加えると（平成１８年法律第１０号による改正前の法人税法６６条１項、２項）、法人税額は３４６３万４５８５円となる。ここから上記申告書に記載された控除所得税額２９万６６８３円を減じると、税額は３４３３万７９００円となり、これと当初申告税額７７３万４６００円との差額２６６０万３３００円が、差引納付税額となる。
ｃ 平成１２年９月期
算出所得金額１億１１６２万９０００円について、年８００万円以下の金額に１００分の２２を乗じた金額と年８００万円を超過した金額に１００分の３０を乗じた金額とを加えると（平成１８年法律第１０号による改正前の法人税法６６条１項、２項、経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律１６条１項）、法人税額は３２８４万８７００円となる。ここから上記申告書に記載された控除所得税額１万１０５４円を減じると、税額は３２８３万７６００円となり、これと当初申告税額１４１１万８９００円との差額１８７１万８７００円が、差引納付税額となる。
イ 本件法人税についての賦課決定処分について
(ア) 期限内申告書の提出があった場合に、更正がされ、当初の申告書が結果的に過少となったときには、その更正により納付すべき税額に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課することとされ（国税通則法６５条１項）、納付すべき税額が期限内申告額と５０万円とのいずれか多い金額を超えるときは、上記で計算した金額に、その超える部分に相当する金額に１００分の５の割合を乗じて計算した金額を加算した金額とすることとされている（同条２項）。
(イ) 過少申告加算税の額
ａ 平成１０年９月期
前記ア(イ)ａの差引納付税額２５２１万１６００円（ただし、１万円未満の端数は切り捨てる［国税通則法１１８条３項］。以下同じ。）に１００分の１０を乗じると、２５２万１０００円となる。また、上記２５２１万１６００円は期限内申告税額７６６万８４４６円を１７５４万３１５４円超えるので、同金額（ただし、１万円未満の端数は切り捨てる［同項］。以下同じ。）に１００分の５を乗じると８７万７０００円となり、これを上記２５２万１０００円に加えた３３９万８０００円が、過少申告加算税の額となる。
ｂ 平成１１年９月期
前記ア(イ)ｂの差引納付税額２６６０万３３００円に１００分の１０を乗じると、２６６万円となる。また、上記２６６０万３３００円は期限内申告税額８０３万１２８３円を１８５７万２０１７円超えるので、同金額に１００分の５を乗じると９２万８５００円となり、これを上記２６６万円に加えた３５８万８５００円が、過少申告加算税の額となる。
ｃ 平成１２年９月期
前記ア(イ)ｃの差引納付税額１８７１万８７００円に１００分の１０を乗じると、１８７万１０００円となる。また、上記１８７１万８７００円は期限内申告税額１４１２万９９５４円を１８５７万２０１７円超えるので、同金額に１００分の５を乗じると２２万９０００円となり、これを上記１８７万１０００円に加えた２１０万円が、過少申告加算税の額となる。
ウ 本件消費税等の更正処分について
(ア) 納付すべき消費税額
本件各課税期間につき、それぞれ、原告の消費税確定申告書に記載されたとおりの売上金額（税抜き課税売上高）を認め、その１０００円未満の端数を切り捨てた課税標準額（国税通則法１１８条１項。別表２－１～２－３の「更正処分等」欄①）に税率１００分の４（消費税法２９条）を乗じると、消費税額（同欄②）が算出されるところ、本件においては課税仕入れに係る消費税額の控除は認められず（同欄③）、差引税額は上記課税標準額に対する消費税額と同額となる（同欄⑤）。これと当初申告税額（同欄⑥）との差額が、差引納付税額（同欄⑦）となる。
(イ) 納付すべき地方消費税額
本件各課税期間につき、それぞれ、消費税額を課税標準額として（地方税法７２条の８２。同欄⑧）、税率１００分の２５（同条の８３）を乗じ、１００円未満の端数を切り捨てた金額（同法２０条の４の２第３項）が地方消費税額（同欄⑩）となり、これと当初申告額（同欄⑪）との差額が、差引納付税額（同欄⑫）となる。
エ 本件消費税等についての賦課決定処分について
前記イと同様に、国税通則法６５条１項、２項等に従って過少申告加算税の額を算出すると、以下のとおりとなる。
(ア) 平成１０年９月課税期間
差引納付税額の合計２３１８万１４００円（別表２－１の「更正処分等」欄⑬）に１００分の１０を乗じると、２３１万８０００円となる。また、上記２３１８万１４００円は期限内申告税額の合計７９５万１１００円（別表２－１の「既に納付の確定した消費税額」欄⑥と「既に納付の確定した譲渡割額」欄⑪との合計）を１５２３万０３００円超えるので、同金額に１００分の５を乗じると７６万１５００円となり、これを上記２３１万８０００円に加えた３０７万９５００円が、過少申告加算税の額となる。
(イ) 平成１１年９月課税期間
差引納付税額の合計２４３１万３９００円（別表２－２の「更正処分等」欄⑬）に１００分の１０を乗じると、２４３万１０００円となる。また、上記２４３１万３９００円は期限内申告税額の合計７７３万３６００円（別表２－２の「既に納付の確定した消費税額」欄⑥と「既に納付の確定した譲渡割額」欄⑪との合計）を１６５８万０３００円超えるので、同金額に１００分の５を乗じると８２万９０００円となり、これを上記２４３万１０００円に加えた３２６万円が、過少申告加算税の額となる。
(ウ) 平成１２年９月課税期間
差引納付税額の合計３３３３万５１００円（別表２－３の「更正処分等」欄⑬）に１００分の１０を乗じると、３３３万３０００円となる。また、上記３３３３万５１００円は期限内申告税額の合計８４１万４５００円（別表２－３の「既に納付の確定した消費税額」欄⑥と「既に納付の確定した譲渡割額」欄⑪との合計）を２４９２万０６００円超えるので、同金額に１００分の５を乗じると１２４万６０００円となり、これを上記３３３万３０００円に加えた４５７万９０００円が、過少申告加算税の額となる。
(2) 前記各争点に関連する部分を除き、被告の主張する上記金額及び計算関係については、原告も特に争っておらず、原告の納付すべき税額等は上記(1)のとおりであると認めることができる。そうすると、本件更正処分等は、いずれも、上記各金額の範囲内（本件消費税等の更正処分及び本件消費税等についての賦課決定処分については同額）でされたものであるから、適法である。
第５ 結論
以上の次第で、原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとして、主文のとおり判決する。
神戸地方裁判所第２民事部
裁判長裁判官栂村明剛
裁判官木太伸広
裁判官小西俊輔
別表１
課税の経緯（法人税）
平成１０年９月期
単位：円
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
区分
項目
平成10年11月19日
平成13年11月13日
平成13年11月20日
平成14年2月19日
平成14年3月11日
所得金額
①
22,476,206
70,486,180
22,476,206
22,476,206
①に対する税額
②
7,668,500
25,672,250
7,668,500
棄
7,668,500
控除所得税額
③
88,146
88,146
88,146
88,146
差引所得に対する法人税額
（②－③）
④
7,580,300
25,584,100
7,580,300
7,580,300
既に納付の確定した本税額⑤
4,046,500
7,580,300
4,046,500
却
4,046,500
差引納付すべき法人税額
（④－⑤）
⑥
3,533,800
18,003,800
3,533,800
3,533,800
過少申告加算税
⑦
2,316,500
平成１１年９月期
単位：円
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
区分
項目
平成11年11月22日
平成13年11月13日
平成13年11月20日
平成14年2月19日
平成14年3月11日
所得金額
①
25,482,701
96,812,967
25,482,701
25,482,701
①に対する税額
②
8,031,290
32,640,140
8,031,290
棄
8,031,290
控除所得税額
③
296,683
296,683
296,683
296,683
差引所得に対する法人税額
（②－③）
④
7,734,600
32,343,400
7,734,600
7,734,600
既に納付の確定した本税額⑤
3,790,100
7,734,600
3,790,100
却
3,790,100
差引納付すべき法人税額
（④－⑤）
⑥
3,944,500
24,608,800
3,944,500
3,944,500
過少申告加算税
⑦
3,288,500
平成１２年９月期
単位：円
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
区分
項目
平成12年11月9日
平成13年11月13日
平成13年11月20日
平成14年2月19日
平成14年3月11日
所得金額
①
45,138,665
100,590,201
45,138,665
45,138,665
①に対する税額
②
12,901,400
29,537,000
12,901,400
棄
12,901,400
留保所得金額
③
12,286,000
12,286,000
12,286,000
③に対する税額
④
1,228,600
1,228,600
1,228,600
控除所得税額
⑤
11,054
11,054
11,054
11,054
差引所得に対する法人税額
（②＋④－⑤）
⑥
14,118,900
29,525,900
14,118,900
14,118,900
既に納付の確定した本税額⑤
3,867,300
14,118,900
3,867,300
却
3,867,300
差引納付すべき法人税額
（④－⑤）
⑥
10,251,600
15,407,000
10,251,600
10,251,600
過少申告加算税
⑦
1,603,500
別表２－１
課税の経緯（消費税等）
平成１０年９月期
単位：円
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
区分
項目
平成10年11月19日平成13年11月13日平成13年11月20日平成14年2月19日平成14年3月11日課税標準
額① 622,651,000 622,651,000 622,651,000622,651,000
消費税
額②
24,906,040
24,906,040
24,906,040
24,906,040
控除対象仕入税額③
18,545,130
18,545,130
棄
18,545,130
返還等対価に係る税額④
差引税
額⑤
（②－③－④）
6,360,910
24,906,040
6,360,910
6,360,910
既に納付の確定した消費税額⑥
3,708,600
6,360,900
3,708,600
3,708,600
納付すべき税額⑦
消費税
（⑤－⑥）
2,652,300
18,545,100
2,652,300
2,652,300
課税標準となる消費税額⑧
6,360,900
24,906,000
6,360,900
6,360,900
還付譲渡割
額⑨
納付譲渡割
額⑩
1,590,200
6,226,500
1,590,200
却
1,590,200
既に納付の確定した譲渡割額⑪
927,000
1,590,200
927,000
927,000
納付すべき譲渡割額⑫
地方消費税
（⑩－⑪）
663,200
4,636,300
663,200
663,200
差引納付すべき合計税額⑬
（⑦＋⑫）
3,315,500
23,181,400
3,315,500
3,315,500
過少申告加算
税⑭
3,079,500
別表２－２
課税の経緯（消費税等）
平成１１年９月期
単位：円
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
区分
項目
平成11年11月22日平成13年11月13日平成13年11月20日平成14年2月19日平成14年3月11日課税標準
額① 640,951,000 640,951,000 640,951,000640,951,000
消費税
額②
25,638,040
25,638,040
25,638,040
25,638,040
控除対象仕入税額③
19,451,078
19,451,078
棄
19,451,078
返還等対価に係る税額④
差引税
額⑤
（②－③－④）
6,186,962
25,638,040
6,186,962
6,186,962
既に納付の確定した消費税額⑥
4,770,600
6,186,900
4,770,600
4,770,600
納付すべき税額⑦
消費税
（⑤－⑥）
1,416,300
19,451,100
1,416,300
1,416,300
課税標準となる消費税額⑧
6,186,900
25,638,000
6,186,900
6,186,900
還付譲渡割
額⑨
納付譲渡割
額⑩
1,546,700
6,409,500
1,546,700
却
1,546,700
既に納付の確定した譲渡割額⑪
1,192,500
1,546,700
1,192,500
1,192,500
納付すべき譲渡割額⑫
地方消費税
（⑩－⑪）
354,200
4,862,800
354,200
354,200
差引納付すべき合計税額⑬
（⑦＋⑫）
1,770,500
24,313,900
1,770,500
1,770,500
過少申告加算
税⑭
3,260,000
別表２－３
課税の経緯（消費税等）
平成１２年９月期
単位：円
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
区分
項目
平成12年11月9日平成13年11月13日平成13年11月20日平成14年2月19日平成14年3月11日課税標準
額① 834,994,000 834,994,000 834,994,000834,994,000
消費税
額②
33,399,760
33,399,760
33,399,760
33,399,760
控除対象仕入税額③
26,668,071
26,668,071
棄
26,668,071
返還等対価に係る税額④
差引税
額⑤
（②－③－④）
6,731,689
33,399,760
6,731,689
6,731,689
既に納付の確定した消費税額⑥
4,640,100
6,731,600
4,640,100
4,640,100
納付すべき税額⑦
消費税
（⑤－⑥）
2,091,500
26,668,100
2,091,500
2,091,500
課税標準となる消費税額⑧
6,731,600
33,399,700
6,731,600
6,731,600
還付譲渡割
額⑨
納付譲渡割
額⑩
1,682,900
8,349,900
1,682,900
却
1,682,900
既に納付の確定した譲渡割額⑪
1,159,800
1,682,900
1,159,800
1,159,800
納付すべき譲渡割額⑫
地方消費税
（⑩－⑪）
523,100
6,667,000
523,100
523,100
差引納付すべき合計税額⑬
（⑦＋⑫）
2,614,600
33,335,100
2,614,600
2,614,600
過少申告加算
税⑭
4,579,000
別表３
原告の所得金額の計算
（単位：円）
事業年度
項目
平成１０年
９月期
平成１１年
９月期
平成１２年
９月期
①売上金額
706,678,227
691,919,849 899,927,004
②
同業者平均の算出営業利益率（％）
22.44%
22.37%
21.35%
③(①×②) 算
出営業利益金額
158,578,594
154,782,470 192,134,415
役員報酬
12,000,000
12,000,000
19,200,000
地代家賃（賃借料）
14,088,655
14,198,415
14,612,240
建物等の減価償却費
6,857,837
8,232,810
7,953,045
租税公課
21,920,249
16,686,344
17,015,261
④
売上原価、販売費
及び一般管理費か
ら除いた経費
小計
54,866,741
51,117,569
58,780,546
⑤(③-④) 営業利益金額
103,711,853
103,664,901 133,353,869
受取利息
587,646
1,977,887
73,696
雑収入
2,800,000
22,530,533
19,514,945
⑥
営業外収益
小計
3,387,646
24,508,420
19,588,641
支払利息割引料
9,190,776
9,531,430
7,524,390
雑損失
8,318,423
7,918,190
24,028,963
⑦
営業外損失
小計
17,509,199
17,449,620
31,553,353
⑧(⑤+⑥-⑦)
税引前当期純利益
89,590,300
110,723,701 121,389,157
損金の額に算入した法人税（附帯税を除く）
－
77,100
－
損金の額に算入した道府県民税（利子割を除く）及び市町村民税
－
738,500
－
損金の額に算入した道府県民税利子割
29,382
98,894
3,685
法人税額から控除される所得税額
88,146
296,683
11,054
⑨
別表四加算額
小計
117,528
1,211,177
14,739
未納事業税－
9,341,000
9,774,100
⑩
別表四減算額
小計－
9,341,000
9,774,100
⑪(⑧+⑨-⑩)
所得金額
89,707,828
102,593,878 111,629,796
別表４～７省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2012/pdf/11917.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。