主文
１ 本件上告のうち，別紙処分目録記載の各処分の取消請求に関する部分を棄却し，その余の部分を却下する。
２ 上告費用は上告人の負担とする。
理由
上告代理人杉原信二の上告受理申立て理由（排除された部分を除く。）について
１ 原審の適法に確定した事実関係等の概要は，次のとおりである。
(1) 上告人は，大工工事業を営む個人事業者であるが，平成２年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間（以下「本件課税期間」という。）の消費税について確定申告をしなかった。また，上告人は，昭和６３年分，平成元年分及び同２年分の所得税についてそれぞれ確定申告をしたが，その申告書に事業所得に係る総収入金額及び必要経費を記載せず，その内訳を記載した書類を添付しなかった。
(2) 被上告人の職員は，上告人が本件課税期間について納めるべき消費税の税額を算出するため，また，上記の所得税に係る申告内容が適正であるかどうかを検討するため，上告人の事業に関する帳簿書類を調査することとした。
上記職員は，平成３年８月下旬から上告人の妻と電話で数回話をするなどして調査の日程の調整に努めた上，その了承を得て，同年１０月１６日，同月２５日，同年１１月１８日，平成４年１月２１日及び同月３１日の５回にわたり上告人の自宅を訪れ，上告人に対し，帳簿書類を全部提示して調査に協力するよう求めた。しかし，上告人は，上記の求めに特に違法な点はなく，これに応じ難いとする理由も格別なかったにもかかわらず，上記職員に対し，平成２年分の接待交際費に関する領収書を提示しただけで，その余の帳簿書類を提示せず，それ以上調査に協力しなかった。上記職員は，提示された上記の領収書３１２枚をその場で書き写したが，その余の帳簿書類については，上告人が提示を拒絶したため，内容を確認することができなかった。
(3) そこで，被上告人は，上告人の本件課税期間に係る消費税につき，調査して把握した上告人の大工工事業に係る平成２年分の総収入金額に１０３分の１００を乗じて得た消費税法（平成６年法律第１０９号による改正前のもの。以下「法」という。）２８条１項所定の課税標準である金額に基づき消費税額を算出した上で，提示された上記の領収書によって確認された接待交際費に係る消費税額だけを法３０条１項により控除される課税仕入れに係る消費税額と認め，その余の課税仕入れについては，同条７項が規定する「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿又は請求書等を保存しない場合」に該当するとして，同条１項が定める課税仕入れに係る消費税額の控除を行わないで消費税額を算出し，平成４年３月４日付けをもって第１審判決別紙２の「原処分の額」欄記載のとおりの決定処分及び無申告加算税賦課決定処分をした。
(4) 上告人は，上記各処分について被上告人に異議の申立てをした上で国税不服審判所長に対して審査請求をしたところ，国税不服審判所長は，平成７年３月３０日付けで，第１審判決別紙２のとおり，上記各処分の一部を取り消す旨の裁決をした（同裁決により一部取り消された後の上記各処分（別紙処分目録記載の各処分）を以下「本件各処分」という。）。
２ 本件は，上告人が，被上告人に対し，本件各処分等の取消しを請求する事案である。
３ 所論の点に関する当審の判断は，次のとおりである。
(1) 消費税の納付すべき税額は，納税義務者である事業者が課税期間ごとにする「課税資産の譲渡等についての確定申告」により確定することが原則とされており（法４５条１項，国税通則法１６条１項１号），その申告がない場合又はその申告に係る税額の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかった場合その他当該税額が税務署長等の調査したところと異なる場合に限り，税務署長等の処分により確定する（国税通則法１６条１項１号，２４条及び２５条）。
このような申告納税方式の下では，納税義務者のする申告が事実に基づいて適正に行われることが肝要であり，必要に応じて税務署長等がこの点を確認することができなければならない。そこで，事業者は，帳簿を備え付けてこれにその行った資産の譲渡等に関する事項を記録した上，当該帳簿を保存することを義務付けられており（法５８条），国税庁，国税局又は税務署の職員（以下「税務職員」という。）は，必要があるときは，事業者の帳簿書類を検査して申告が適正に行われたかどうかを調査することができるものとされ（法６２条），税務職員の検査を拒み，妨げ，又は忌避した者に対しては罰則が定められていて（法６８条１号），税務署長が適正に更正処分等を行うことができるようにされている。
(2) 法が事業者に対して上記のとおり帳簿の備付け，記録及び保存を義務付けているのは，その帳簿が税務職員による検査の対象となり得ることを前提にしていることが明らかである。そして，事業者が国内において課税仕入れを行った場合には，課税仕入れに関する事項も法５８条により帳簿に記録することが義務付けられているから，税務職員は，上記の帳簿を検査して上記事項が記録されているかどうかなどを調査することができる。
法３０条７項は，法５８条の場合と同様に，当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿又は請求書等が税務職員による検査の対象となり得ることを前提にしているものであり，事業者が，国内において行った課税仕入れに関し，法３０条８項１号所定の事項が記載されている帳簿を保存している場合又は同条９項１号所定の書類で同号所定の事項が記載されている請求書等を保存している場合において，税務職員がそのいずれかを検査することにより課税仕入れの事実を調査することが可能であるときに限り，同条１項を適用することができることを明らかにするものであると解される。同条１０項の委任を受けて同条７項に規定する帳簿又は請求書等の保存に関する事項を定める消費税法施行令（平成７年政令第３４１号による改正前のもの。以下同じ。）５０条１項は，法３０条１項の規定の適用を受けようとする事業者が，同条７項に規定する帳簿又は請求書等を整理し，所定の日から７年間，これを納税地又はその取引に係る事務所，事業所その他これらに準ずるものの所在地に保存しなければならないことを定めているが，これは，国税の更正，決定等の期間制限を定める国税通則法７０条が，その５項において，その更正又は決定に係る国税の法定申告期限等から７年を経過する日まで更正，決定等をすることができると定めているところと符合する。
法３０条７項の規定の反面として，事業者が上記帳簿又は請求書等を保存していない場合には同条１項が適用されないことになるが，このような法的不利益が特に定められたのは，資産の譲渡等が連鎖的に行われる中で，広く，かつ，薄く資産の譲渡等に課税するという消費税により適正な税収を確保するには，上記帳簿又は請求書等という確実な資料を保存させることが必要不可欠であると判断されたためであると考えられる。
(3) 以上によれば，【要旨】事業者が，消費税法施行令５０条１項の定めるとおり，法３０条７項に規定する帳簿又は請求書等を整理し，これらを所定の期間及び場所において，法６２条に基づく税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかった場合は，法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿又は請求書等を保存しない場合」に当たり，事業者が災害その他やむを得ない事情により当該保存をすることができなかったことを証明しない限り（同項ただし書），同条１項の規定は，当該保存がない課税仕入れに係る課税仕入れ等の税額については，適用されないものというべきである。
(4) これを本件についてみると，前記事実関係等によれば，上告人は，被上告人の職員から帳簿書類の提示を求められ，その求めに特に違法な点はなく，これに応じ難いとする理由も格別なかったにもかかわらず，上記職員に対し，平成２年分の接待交際費に関する領収書を提示しただけで，その余の帳簿書類を提示せず，それ以上調査に協力しなかったというのである。これによれば，上告人が，法６２条に基づく税務職員による上記帳簿又は請求書等の検査に当たり，適時に提示することが可能なように態勢を整えてこれらを保存していたということはできず，本件は法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿又は請求書等を保存しない場合」に当たり，本件各処分に違法はないというべきである。
これと同旨の原審の判断は正当として是認することができる。論旨は採用することができない。
４ 以上の次第であって，本件上告のうち，本件各処分の取消請求に関する部分はこれを棄却すべきである。
なお，その余の部分に関する上告については，上告受理申立書及び上告受理申立て理由書に上告受理申立て理由の記載がないからこれを却下すべきである。よって，裁判官全員一致の意見で，主文のとおり判決する。
（裁判長裁判官 泉徳治裁判官 横尾和子裁判官 甲斐中辰夫裁判官 島田仁郎裁判官 才口千晴）
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/52339/detail2/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報51巻10号2621頁。