税務訴訟資料第２７４号（順号１３９９２）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号加算税の賦課決定処分等取消請求事件
国側当事者・国（四谷税務署長）
令和６年５月２９日棄却・確定
判決
原告株式会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士水島直也
被告国
同代表者法務大臣小泉龍司
処分行政庁四谷税務署長
尾部良一
同指定代理人別紙１記載のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 四谷税務署長が、原告に対し、令和２年４月２８日付けでした、平成２６年４月１日から平成２７年３月３１日までの事業年度以後の法人税の青色申告承認の取消処分を取り消す。
２ 四谷税務署長が、原告に対し、令和２年４月２８日付けでした、平成２６年４月１日から平成２７年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、翌期へ繰り越す欠損金の額９５６４万２７６７円を超える部分を取り消す。
３ 四谷税務署長が、原告に対し、令和２年４月２８日付けでした、平成２７年４月１日から平成２８年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、翌期へ繰り越す欠損金の額１億２０３９万０５０８円を超える部分を取り消す。
４ 四谷税務署長が、原告に対し、令和２年４月２８日付けでした、平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、翌期へ繰り越す欠損金の額１億３７４２万８８７０円を超える部分を取り消す。
５ 四谷税務署長が、原告に対し、令和２年４月２８日付けでした、平成２９年４月１日から平成３０年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、翌期へ繰り越す欠損金の額１億４７６３万６９６２円を超える部分を取り消す。
６ 四谷税務署長が、原告に対し、令和２年４月２８日付けでした、平成３０年４月１日から平成３１年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、翌期へ繰り越す欠損金の額１億５５２７万７５０４円を超える部分を取り消す。
７ 四谷税務署長が、原告に対し、令和２年４月２８日付けでした、平成２６年４月１日から平成２７年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、消費税の納付すべき税額１万８１００円を超える部分及び地方消費税の納付すべき税額５０００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
８ 四谷税務署長が、原告に対し、令和２年４月２８日付けでした、平成２７年４月１日から平成２８年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、消費税の納付すべき税額９８００円を超える部分及び地方消費税の納付すべき税額２６００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
９ 四谷税務署長が、原告に対し、令和２年４月２８日付けでした、平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、消費税の納付すべき税額５８００円を超える部分及び地方消費税の納付すべき税額１５００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
10 四谷税務署長が、原告に対し、令和２年４月２８日付けでした、平成２９年４月１日から平成３０年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、消費税の納付すべき税額１万４２００円を超える部分及び地方消費税の納付すべき税額３８００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
11 四谷税務署長が、原告に対し、令和２年４月２８日付けでした、平成３０年４月１日から平成３１年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、消費税の納付すべき税額８０００円を超える部分及び地方消費税の納付すべき税額２１００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要（以下、各別紙中で定義した略称は本文中においてもこれを用いる。）
１ 原告は、四谷税務署長（処分行政庁）から、令和２年４月２８日付けで、税務調査（以下、原告に対する一連の税務調査を「本件調査」という。）に協力せず、法人税に関する帳簿書類及び消費税に関する帳簿及び領収書等（以下、消費税に関するこれらの書類を併せて「帳簿等」といい、法人税に関する帳簿書類と併せて「帳簿書類等」という。）の提出を拒んでおり、適時に提示することが可能な態勢で帳簿書類等を保存していなかったことなどを理由として、①平成２６年４月１日から平成２７年３月３１日までの事業年度（以下「平成２７年事業年度」といい、他の事業年度についても同様に表記する。）以後の青色申告承認の取消処分（以下「本件青色申告承認取消処分」という。）、②平成２７年事業年度から平成３１年事業年度までの各事業年度（以下「本件各事業年度」という。）の法人税の各更正処分（以下、平成２７年事業年度に係る法人税の更正処分を「平成２７年事業年度更正処分」といい、他の事業年度の更正処分についても同様に表記する。また、平成２７年事業年度更正処分から平成３１年事業年度更正処分までを併せて「本件法人税各更正処分」という。）並びに③平成２６年４月１日から平成２７年３月３１日までの課税期間（以下「平成２７年課税期間」といい、他の課税期間についても同様に表記する。）から平成３１年課税期間までの各課税期間（以下「本件各課税期間」という。）の消費税及び地方消費税（以下、これらを併せて「消費税等」という。）の各更正処分（以下、平成２７年課税期間に係る消費税等の更正処分を「平成２７年課税期間更正処分」といい、他の課税期間の更正処分についても同様に表記する。また、平成２７年課税期間更正処分から平成３１年課税期間更正処分までを併せて「本件消費税等各更正処分」という。）及び本件各課税期間の消費税等に係る過少申告加算税の各賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」といい、本件青色申告承認取消処分、本件法人税各更正処分及び本件消費税等各更正処分と併せて「本件各処分」という。）を受けた。
本件は、原告が、本件調査において帳簿書類等の提示を拒否しておらず、仮に、原告の対応を帳簿書類等の提示の拒否と評価するとしても、本件調査が違法なものであったことから、その拒否は正当な理由に基づくものであり、原告の対応が帳簿書類等の提示の拒否に当たることなどを理由としてされた本件各処分は違法であると主張して、前記第１のとおり、本件各処分（本件法人税各更正処分及び本件消費税等各更正処分については、原告が確定申告により申告した金額を超える部分）の取消しを求める事案である。
なお、この判決において、①所得金額又は納付すべき税額が増加する方向及び還付金額が減少する方向をプラス、②所得金額又は納付すべき税額が減少する方向及び還付金額が増加する方向をマイナスと見て、ある金額よりも、①プラスの方向の部分を「超える部分」、②マイナスの方向の部分を「超えない部分」と表記する。
２ 関係法令の定め
本件に関係する法人税法、法人税法施行令、消費税法、消費税法施行令及び国税通則法（以下「通則法」という。）の定め及び各法令の改正に係る内容については、別紙２記載のとおりである。
３ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実並びに掲記の証拠（枝番号のあるものは特記しない限り枝番号を全て含む。以下同じ。）及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
（１）原告等について
ア 原告は、平成２０年１２月●日に設立された医療機器の販売、卸売、輸入及び輸出等を目的とする法人である。
原告の本店所在地は、平成３１年４月２５日より前は、原告代表者の前住所地（東京都武蔵野市●●）と同一であり、同日以降は、肩書地である。
したがって、原告を所轄する税務署は、同日より前は武蔵野税務署であり、同日以降は四谷税務署である。（乙３の１）
イ 株式会社Ｂ（以下「本件訴外法人」という。）は、平成２３年３月●日に設立された観賞魚及び観賞魚飼育用品の販売等を目的とする法人であり、その代表者は、原告代表者が務めている。
本件訴外法人の本店所在地は、平成２５年５月２１日以降、原告の現在の本店所在地と同じである。（乙３の２）
（２）本件調査及び本件各処分
ア 原告は、平成２１年５月２９日、平成２３年３月事業年度以後の法人税の確定申告書を青色の申告書により提出することについて、武蔵野税務署長の承認を受けた。
イ 原告は、本件各事業年度の法人税及び本件各課税期間の消費税等について、それぞれ、確定申告書に別表１及び２の「確定申告」欄のとおり記載して、法定申告期限までに申告した。
ウ 武蔵野税務署の乙上席国税調査官（肩書は本件調査当時のもの。他の税務署職員についても以下同じ。以下「乙調査官」という。）及び丙事務官（以下「丙事務官」といい、乙調査官と併せて「乙調査官ら」という。）は、原告に対する調査を行うため、四谷税務署の丁上席国税調査官（以下「丁調査官」という。）及び戊事務官（以下「戊事務官」といい、丁調査官と併せて「丁調査官ら」という。また、乙調査官らと丁調査官らを併せて「丁調査官ら４名」という。）は、本件訴外法人に対する調査を行うため、平成２８年９月６日（以下「本件調査開始日」という。）、東京都武蔵野市内にある当時の原告代表者の自宅（前記（１）ア参照。以下「当時の原告代表者宅」という。）に事前通知をすることなく臨場し、乙調査官らは原告に対する調査を、丁調査官らは本件訴外法人に対する調査を、合同して行った（本件調査開始日から本件各処分までの間に原告に関する調査に関与した武蔵野税務署ないし四谷税務署の担当職員を以下「本件調査担当者ら」と総称する。）。
エ 原告は、本件調査開始日から令和２年４月１７日までの間、本件調査担当者らから本件調査を受け、帳簿書類等の提出を複数回要求されたが、いずれの要求にも応じず、帳簿書類等を本件調査担当者らに提示しなかった。
（３）本件各処分
ア 処分行政庁は、原告に対し、令和２年４月２８日付けで、本件各処分をした。
また、本件消費税等各更正処分は、原告が本件調査において帳簿等の提示の求めに応じなかったことにより、消費税法３０条７項の「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」（以下「保存しない場合」ということがある。）に該当するため、同条１項の規定による仕入税額控除は認められないことを理由とするものであり、本件消費税等各更正処分及び本件各賦課決定処分について記載された通知書（甲３）の更正の理由欄には、別紙３のような記載があった（なお、別紙３は平成２７年課税期間更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分に係る通知書（甲３の１）の記載であるが、控除できない税額等を記載した部分を除き、平成２８年課税期間更正処分から平成３１年課税期間更正処分まで及び当該各課税期間の過少申告加算税賦課決定処分に係る通知書についても同様の記載がある。甲３の２～甲３の５）。
イ 原告は、本件各処分を不服として、令和２年７月２１日付けで審査請求をしたが、国税不服審判所長は、令和４年３月１０日付けで、原告の主張はいずれも理由がないとして、同審査請求を棄却する旨の裁決をした（甲４、６）。
ウ 原告は、令和４年９月５日、本件訴えを提起した（当裁判所に顕著）。
４ 本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張
本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張は別紙４記載のとおりであるところ、後記５記載の争点に関する部分を除き、原告はこれを争わない。
５ 本件の争点及び当事者の主張
本件の争点は次の（１）から（３）までのとおりであり、これらに関する当事者の主張は、別紙５記載のとおりである。
（１）本件調査において、本件各処分を取り消すべき違法があったか（争点１）
（２）原告が帳簿書類を提示しなかったことが、法人税法１２７条１項１号に規定する青色申告の承認の取消事由に当たるか（争点２）
（３）原告が帳簿等を提示しなかったことが、消費税法３０条７項にいう帳簿等を「保存しない場合」に当たり、同条１項が適用されないか（争点３）
第３ 当裁判所の判断
当裁判所は、本件の事実関係に照らし、（１）本件各処分を取り消すべき違法は認められず、（２）（３）原告は、帳簿書類等の検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していたとはいえず、法人税法１２７条１項１号に定める青色承認の取消事由に該当し、したがって、欠損金額の繰越しができず、また、消費税法３０条７項の「保存しない場合」に該当するため、仕入税額控除を定めた同条１項の適用を受けることができないことから、本件各処分はいずれも適法であり、原告の請求は、いずれも理由がなく、棄却すべきであると判断する。その理由は、次のとおりである。
１ 認定事実
前提事実に加え、掲記の証拠及び弁論の全趣旨によれば、次の事実が認められる（これに反する証拠は、採用することができない。）。
（１）本件調査開始日の状況
ア 丁調査官ら４名は、本件訴外法人が現金を取り扱う事業を行っていたため、その現金監査をする必要があること、原告と本件訴外法人の代表者が共通であることに加え、原告代表者と原告及び本件訴外法人との間で金銭消費貸借があったため、帳簿書類等の破棄や隠滅を防ぎつつ、不正計算がないか確認する必要があるとして、通則法７４条の１０の要件を満たすと考えた（乙５の３、証人乙・２頁、弁論の全趣旨）。
そこで、丁調査官ら４名は、平成２８年９月６日午前９時頃、原告及び本件訴外法人の税務調査のため、事前通知をすることなく、当時の原告代表者宅に臨場した（争いがない。）。
イ 当時の原告代表者宅の玄関前での状況
（ア）戊事務官は、当時の原告代表者宅の玄関（以下単に「玄関」という。）のインターホンを鳴らした上、四谷税務署の職員であり、本件訴外法人の税務調査のために当時の原告代表者宅に臨場した旨述べ、玄関から出てきた原告代表者に対し、改めて本件訴外法人の税務調査で臨場した旨説明した（争いがない。）。
（イ）その後、丁調査官は、原告代表者に対し、武蔵野税務署の職員２名が本件調査のために同行している旨説明した。玄関付近に待機していた乙調査官らは、これを受けて玄関前に移動し、原告代表者に対し、原告に対する税務調査のために当時の原告代表者宅へ臨場した旨説明した（争いがない。）。
（ウ）丁調査官は、原告代表者に対し、法人の概況、現金及び通帳の確認等をしたいので調査に協力してほしい旨を伝えたところ、原告代表者は、本件調査開始日は午後から予定があるため、調査自体は後日にしてほしい旨申し出た（証人丁・４頁、原告代表者・３０頁）。
（エ）その後、丁調査官は、原告代表者に対し、時間の許す範囲で調査に協力してほしい旨説得したところ、原告代表者は、本件調査開始日の午前中であれば調査に対応できる旨回答した（証人丁・４頁、証人乙・５頁、２６頁）。
（オ）原告代表者は、原告の顧問税理士であるＣ税理士へ電話をかけた。その後、丁調査官は、原告代表者から電話機を受け取り、Ｃ税理士に対し、本件調査開始日の予定を確認したところ、Ｃ税理士は、午前中は都合が悪く、別の日にしてほしい旨述べた。これに対し、丁調査官は、Ｃ税理士が当時の原告代表者宅に到着する頃（当日の午後）には、当日の調査が終了し、本件訴外法人の調査担当者は当時の原告代表者宅から退出している可能性もある旨や、Ｃ税理士にしか分からないような帳簿書類等の内容に関する質問はせず、原告代表者の分かる範囲の概況等について聴取を行いたい旨説明した。Ｃ税理士は、当該説明を受け、承知した旨回答した。（証人丁・５頁、弁論の全趣旨）
（カ）丁調査官は、Ｃ税理士と通話中の携帯電話機を原告代表者に返却し、これを受け取った原告代表者は、Ｃ税理士との通話を終了した。その後、原告代表者が丁調査官ら４名の玄関内への立入りを承諾したため、丁調査官ら４名は、同日午前９時１５分頃、玄関内に立ち入った。（争いがない。）
なお、当時の原告代表者宅の間取りは、別紙６のとおりである（甲２０の２）。
ウ 当時の原告代表者宅内での状況
（ア）丁調査官ら４名は、原告代表者の案内により、玄関からリビング（以下単に「リビング」といい、他の部屋についても同様に呼称する。）に通された。原告代表者は、書斎に自身の名刺を取りに行き、リビングにおいて、丁調査官ら４名と名刺を交換した。（乙５の３、乙５４、証人丁・１２頁、証人乙・１２頁、原告代表者・２０頁、３３頁、３４頁）
なお、丁調査官ら４名が玄関からリビングに向かう際、原告代表者は、別紙６の「ホール」と記載された部分の「ホ」の字の上辺りに立っており、丁調査官ら４名が玄関で靴を脱いでリビングに向かう際に、特段その行動を制止するなどの行動をしなかった（原告代表者・９頁、１８頁、１９頁、３２頁）
当時、リビングにいた原告代表者の妻（以下、単に「妻」という。）は、丁調査官ら４名を見て、原告代表者に対し、何か悪いことをしたのかと尋ねたが、本件調査に抗議するような言動はしなかった（証人乙・１０頁、証人丁・６頁、原告代表者・１０頁、弁論の全趣旨）。
（イ）丁調査官ら４名は、同日午前９時３０分頃から、原告代表者に対し、概況の聴取を開始した（争いがない。）。
（ウ）丁調査官ら４名は、原告代表者に対し、当時の原告代表者宅にある現金及び預金通帳を見せてほしい旨述べたところ、原告代表者は、現金及び預金通帳を丁調査官ら４名に見せた（乙５の３、乙５４、原告代表者・２６頁）。
なお、原告代表者は、午前９時５３分頃、妻に対し、外出するよう伝えたところ、妻は、これを受け、午前１０時３分頃、外出した。（乙５５、証人乙・１３頁）。
（エ）丁調査官ら４名は、原告代表者に対し、パソコンを見せるよう求めたところ、原告代表者は、パソコンを丁調査官ら４名に見せた（争いがない。）。
（オ）丁調査官は、原告代表者に対し、財布とかばんを見せるよう求めたところ、原告代表者は、財布、リュックサック及び手提げかばんを丁調査官ら４名に示したが、手提げかばんについては、個人的なものが入っているとして、中身を見せることを拒否した。このため、丁調査官ら４名は、財布及びリュックサックの中身を確認したものの、手提げかばんの中身を確認しなかった（乙５４、証人丁・７頁、８頁、証人乙・１３頁、１４頁、原告代表者・２０頁、２６頁、２７頁）。
（カ）丁調査官ら４名が預金通帳などを確認した後、丁調査官が退去する旨を伝えたところ、原告代表者は、預金通帳等が無造作に机の上に置いたままになっているとして、丁調査官ら４名に対して抗議した。これに対し、丁調査官ら４名は、謝罪し、預金通帳等を片付けようとしたが、原告代表者はこれを制止して、上記机の上の様子を携帯電話機で撮影した。（甲２１、乙５の３、乙５４、原告代表者・２７頁、２８頁）
（２）平成２８年１０月７日の状況
武蔵野税務署長及び四谷税務署長は、平成２８年１０月７日、原告から別紙７記載１の書面（以下、別紙７の記載順に従い「本件抗議文書１」などといい、本件抗議文書１から本件抗議文書５までを併せて「本件各抗議文書」という。）を受領した。本件抗議文書１には、要旨、次の内容が記載されていた。（甲１０）
ア 本件調査は、威力を用いた立入りで開始された。
イ 丁調査官ら４名は、原告代表者の承諾なく、リビングに立ち入った。
ウ 本件調査は、緊急性のない事前通知なしの調査である。
エ 本件調査は、「実質的な強制調査」である疑いが強い。
オ 事前通知なしの本件調査を行う理由について書面による回答を求める。
カ 原告代表者は、武蔵野税務署長から納得のいく回答があれば、直ちに本件調査に協力する。
（３）平成２９年中のやり取り等
ア 平成２９年５月３１日の状況
四谷税務署長は、平成２９年５月３１日、本件抗議文書２を受領した。
本件抗議文書２には、本件抗議文書１と同様の内容と共に、反面調査の中止を求める旨が記載されていた。（甲１１）
イ 平成２９年９月２２日の状況
武蔵野税務署のＤ財務事務官（以下「Ｄ事務官」という。）は、平成２９年９月２２日、Ｃ税理士に電話して、本件調査の再開を申し入れたところ、Ｃ税理士は、原告代表者に相談する旨回答した（乙６）。
ウ 平成２９年１０月１６日及び同月１９日の状況
武蔵野税務署の担当職員は、平成２９年１０月１６日、Ｃ税理士に電話をかけ、本件調査を進めるために原告代表者と面接するか帳簿書類等を借用したい旨伝えたところ、Ｃ税理士は、同月１９日、書面での謝罪文を受け取らない限り本件調査には応じないという原告代表者の姿勢は変わらない旨回答した。また、同職員は、Ｃ税理士に対し、原告代表者と面接して話を聞かせてもらいたい旨伝えたところ、Ｃ税理士は、原告代表者にその旨伝えてから返答する旨回答した。（乙７）
エ 平成２９年１０月２７日及び同年１１月２日の状況
武蔵野税務署の職員は、平成２９年１０月２７日及び同年１１月２日、Ｃ税理士に電話したところ、Ｃ税理士は、原告代表者と連絡がとれていない旨回答した（乙７）。
オ 平成２９年１２月１１日の状況
武蔵野税務署の職員は、平成２９年１２月１１日、Ｃ税理士に電話したところ、Ｃ税理士は、原告代表者は書面での謝罪がない限り本件調査は受けられないとの話に終始している旨回答した。また、同職員は、Ｃ税理士に対し、原告代表者の携帯電話へ電話をすることの可否について、原告代表者への確認を依頼した。（乙７）
カ 平成２９年１２月１３日の状況
武蔵野税務署の職員は、平成２９年１２月１３日、Ｃ税理士から、原告代表者の携帯電話に電話はしないでほしい旨及び本件抗議文書１に対する文書での回答を求める旨の申出を受けた。これに対し、同職員は、文書での回答は行わないこと及び原告代表者と直接話がしたい旨を伝えた。（乙７）
（４）平成３０年中のやり取り等
ア 平成３０年２月１４日の状況
Ｄ事務官は、平成３０年２月１４日、本件調査への協力を要請するため、別紙８の１記載の書面（以下、武蔵野税務署又は四谷税務署の職員が原告又はＣ税理士に対して送付した書面を別紙８の順号のとおり「本件連絡票１」などといい、別紙８記載の本件連絡票１から本件連絡票１２までを併せて「本件各連絡票」という。また、本件各連絡票の概要は、別表５記載のとおりである（乙８、１６、１９、２１、２３、２５、２７、３１、３４、３６）。）を郵送したが、これに対し、Ｃ税理士からの返答はなかった（乙８）。
イ 平成３０年３月５日の状況
Ｄ事務官は、平成３０年３月５日、当時の原告代表者宅宛てに、本件連絡票２を郵送した。本件連絡票２には、同月２３日に武蔵野税務署の職員が原告の事務所を訪問する旨記載されていた。（乙８）
ウ 平成３０年３月９日の状況
Ｄ事務官及び四谷税務署の職員は、平成３０年３月９日、Ｅ弁護士から、同日付けの「ご連絡」と題する文書を受領した。同文書には、原告代表者が海外出張により同月２３日は不在のため、本件調査に立ち会うことができない旨記載されていた。（甲１２）
もっとも、原告代表者は、平成３０年３月２３日には海外に渡航しておらず、Ｄ事務官は、そのことを遅くとも同年８月２日までに把握し、その旨の調査報告書を作成した（乙９）。
エ 平成３０年４月５日の状況
武蔵野税務署長及び四谷税務署長は、平成３０年４月５日、本件抗議文書３を受領した。
本件抗議文書３には、本件抗議文書１において求めたのと同様の要求、本件調査開始日の調査が違法又は不当である場合の書面による謝罪及び丁調査官ら４名に対する懲戒処分を求める旨並びに質問に対する回答及び謝罪が書面で行われれば直ちに税務調査に協力する旨が記載されていた。（甲１３）
（５）令和元年中のやり取り等
ア 令和元年８月２７日の状況
平成３１年４月２５日以降原告を所轄する税務署となった四谷税務署のＦ統括国税調査官（以下「Ｆ統括調査官」という。）は、令和元年８月２７日、Ｃ税理士に電話をかけ、本件抗議文書３に対する文書での回答は行わない旨を伝えるととともに、原告代表者との面談を求めたところ、Ｃ税理士は、文書での回答を行わないことにはこれまでの原告代表者のスタンスは変わらないこと、面談については原告代表者に話してその結果を連絡すること等を述べた（乙１０）。
イ 令和元年９月６日から同月１７日までの状況
Ｆ統括調査官は、令和元年９月６日から同月１３日までに、５回にわたりＣ税理士に電話をかけたが、いずれも応答がなく、同月１７日にも電話をかけたところ、Ｃ税理士は、応答し、文書での回答がなければ本件調査に応じることはできない旨述べた（乙１１）。
ウ 令和元年１０月２日の状況
Ｆ統括調査官は、令和元年１０月２日、Ｃ税理士に電話をかけ、本件抗議文書３に対する文書での回答は行わない旨を伝えるととともに、本件調査の協力を求めたところ、Ｃ税理士は、文書での回答がなければ本件調査に応じることはできない旨述べた（乙１２）。
エ 令和元年１０月３日から同月８日までの状況
Ｆ統括調査官は、令和元年１０月３日から同月７日までに１２回にわたりＣ税理士に電話をかけたが、いずれも応答がなかった（乙１３）。
Ｆ統括調査官は、同月８日、Ｃ税理士に電話し、本件調査は継続している旨及び本件調査の対象期間は、平成２６年３月期から平成２８年３月期までである旨を伝えたところ、Ｃ税理士は「はい。」と述べた。その後、Ｆ統括調査官は、Ｃ税理士に対し、本件調査の追加事項として、平成２９年事業年度から平成３１年事業年度までの法人税及び平成２９年課税期間から平成３１年課税期間までの消費税等の各申告書の記載内容の確認を行うこと並びに調査協力及び帳簿書類等の提示を要請し、原告代表者に伝えるよう依頼したところ、Ｃ税理士は、これを了承した。（乙１４）
オ 令和元年１０月２５日から同月２８日までの状況
Ｆ統括調査官は、令和元年１０月２５日から同月２８日までに、７回にわたりＣ税理士に電話をかけたが、いずれも応答がなかった（乙１５）。
カ 令和元年１０月２９日の状況
四谷税務署のＧ上席国税調査官（以下「Ｇ調査官」という。）及びＨ上席国税調査官（以下「Ｈ調査官」といい、Ｇ調査官と併せて「Ｇ調査官ら」という。）は、令和元年１０月２９日、本件調査への協力を要請するため原告代表者の自宅（東京都武蔵野市●●。以下単に「原告代表者宅」という。）に臨場したが、原告代表者から退去するよう要請があったので、退去する前に本件連絡票３を原告代表者に交付しようとした。これに対し、原告代表者が受取を拒否したことから、Ｇ調査官らは、「集合ポストに投かんさせてもらう」旨伝え、本件連絡票３を原告代表者宅のあるマンション１階のポストに投かんして、退去した。（乙１６）
また、Ｇ調査官は、同日、Ｃ税理士から、今後原告代表者宅に行く際は、Ｃ税理士宛に文書で連絡するよう要請する旨、本件連絡票３に記載された調査予定日（同年１１月５日）は原告代表者もＣ税理士も都合が悪い旨の連絡を受けた。そこで、Ｇ調査官は、Ｃ税理士に対し、調査の日程を同年１１月５日から同月１５日までの間で日程調整してほしい旨伝えたところ、Ｃ税理士は、日程が決まったら連絡する旨回答した。（乙１７）
しかし、その後、Ｃ税理士から日程調整の連絡はなかった（乙１８）。
キ 令和元年１１月８日の状況
Ｇ調査官らは、令和元年１１月８日、本件調査への協力を要請するため、原告代表者宅前に臨場し、玄関のインターホンを押したが、応答がなかったことから、本件連絡票４を原告代表者宅の玄関ドアの郵便受け（以下「玄関ドアの郵便受け」という。）に投かんした（乙１９）。
また、Ｆ統括調査官は、同日、Ｅ弁護士から、原告代表者宅に臨場したことに対する抗議及び「抗議書及び要望書」を郵送する旨の連絡を受けた（乙２０）。
ク 令和元年１１月１２日の状況
四谷税務署長は、令和元年１１月１２日、Ｅ弁護士から、本件抗議文書４を受領した。本件抗議文書４には、要旨、本件調査が適法かつ適正に行われ、全く問題がないとした場合の理由又は法的根拠は何か、本件調査をめぐる問題について、四谷税務署長が書面による回答に応じ解決できれば、直ちに本件調査に協力する等の内容が記載されていた。（甲１４）
ケ 令和元年１１月１９日の状況
Ｇ調査官らは、令和元年１１月１９日、本件調査への協力を要請するため、原告代表者宅に臨場し、玄関のインターホンを押したが、応答がなかったことから、本件連絡票５を玄関ドアの郵便受けに投かんした（乙２１）。
また、Ｆ統括調査官は、同日、Ｅ弁護士との電話で、Ｅ弁護士に対し、本件抗議文書４に対する文書による回答は行わない旨及び引き続き本件調査への協力を求めるために原告代表者宅へ伺う旨説明したところ、Ｅ弁護士は、原告代表者は本件抗議文書４に対する書面による回答がなければ本件調査に応じることができず、本件連絡票５に記載された調査予定日（同月２５日）は忙しくて対応できないと述べている旨述べた（乙２２）。
コ 令和元年１１月２９日の状況
Ｇ調査官らは、令和元年１１月２９日、本件調査への協力を要請するため、原告代表者宅に臨場し、玄関のインターホンを押したが、応答がなかったことから、本件連絡票６を玄関ドアの郵便受けに投かんした（乙２３）。
サ 令和元年１２月３日の状況
Ｆ統括調査官は、令和元年１２月３日、Ｅ弁護士から電話で、原告代表者は仕事が忙しく、今現在、原告代表者宅にほとんど帰っていないため、今後は、原告代表者がいない原告代表者宅に書面を持って行くのはやめて、原告の事務所か原告代表者宅に宛てて郵送してほしい旨伝えられた（乙２４）。
シ 令和元年１２月１１日の状況
Ｇ調査官らは、令和元年１２月１１日、本件調査への協力を要請するため、原告の本店所在地のあるビル（以下「本件ビル」という。）の５階に臨場し、入口前に設置された内線電話で原告に連絡したが、応答がなかったことから、本件連絡票７を本件ビル１階の原告の名称が表示された郵便受け（以下「本件ビル１階の郵便受け」という。）に投かんした（乙２５）。
ス 令和元年１２月１２日の状況
Ｅ弁護士は、令和元年１２月１２日、Ｇ調査官に対し、本件連絡票７に記載の調査予定日（同月１７日）について、原告代表者が同月一杯海外出張中であり、同月に調査に応じることは難しいなどと電話で伝えた（乙２６）。
セ 令和２年１月８日の状況
Ｇ調査官らは、令和２年１月８日、本件調査への協力を要請するため、本件ビルの５階に臨場し、入口前に設置された内線電話で原告に連絡したが、応答がなかったことから、本件連絡票８を本件ビル１階の郵便受けに投かんした（乙２７）。
（６） 令和２年中のやり取り等
ア 令和２年１月１０日の状況
Ｅ弁護士は、令和２年１月１０日、Ｆ統括調査官に対し、本件連絡票８に記載の調査予定日（同月１５日）について、原告代表者が同月末まで海外出張のため対応できない、原告代表者から昨日メールをもらい本日（同月１０日）に電話をしたら、海外出張へ行って帰ってくるのは月末と言っていた、出国先は分からないなどと電話で伝えた（乙２８）。
イ 令和２年１月２０日の状況
Ｇ調査官らは、令和２年１月２０日、本件調査への協力を要請するため、本件ビルの５階に臨場し、入口前に設置された内線電話で原告に連絡したが、応答がなかったことから、本件連絡票９を本件ビル１階の郵便受けに投かんした（乙２９）。
ウ 令和２年１月２２日の状況
Ｅ弁護士は、令和２年１月２２日、Ｈ調査官に対し、本件連絡票９に記載の調査予定日（同月２４日）について、前に統括官（Ｆ統括調査官）にも伝えたが、原告代表者が同月一杯海外出張のため、同月に調査に応じることができないなどと電話で伝えた。これに対し、Ｈ調査官が、これまで臨場予定があった際に、海外に行っていると連絡があったので、渡航履歴を確認したところ、臨場予定日に海外に行っていない日があったなどと述べたところ、Ｅ弁護士は、原告代表者とは●●で連絡を取っているので、実際に海外に行っているかは確認していないが、海外に行っていると信じている、今回も今月いっぱい、海外に行っていると聞いている、原告代表者は、これまでの要求が実現されれば、協力すると言っているが、実現されていないなどと述べた。（乙３０）
エ 令和２年２月３日の状況
Ｇ調査官らは、令和２年２月３日、本件調査への協力を要請するため、本件ビルの５階に臨場し、入口前に設置された内線電話で原告に連絡したが、応答がなかったことから、本件連絡票１０を本件ビル１階の郵便受けに投かんした（乙３１）。
また、Ｈ調査官が原告代表者の出国事績を確認したところ、令和元年１２月の出国事績は、同月４日から同月８日までのみであり、令和２年１月の出国事績は、同月１７日から同月２１日までのみであって、本件連絡票７から９までに記載の調査予定日（令和元年１２月１７日、令和２年１月１５日、同月２４日）については、いずれも、原告代表者は、出国していなかった。Ｈ調査官は、この事実をＦ統括調査官や四谷税務署長らに書面で報告した。（乙３２）
オ 令和２年２月５日の状況
Ｅ弁護士は、令和２年２月５日、Ｈ調査官に対し、本件連絡票１０に記載の調査予定日について、原告代表者が国内出張のため対応ができないなどと電話で伝えた（乙３３）。
カ 令和２年２月１２日の状況
Ｇ調査官らは、令和２年２月１２日、本件調査への協力を要請するため、本件ビルの５階に臨場し、入口前に設置された内線電話で原告に連絡したが、応答がなかったことから、本件連絡票１１を本件ビル１階の郵便受けに投かんした（乙３４）。
キ 令和２年２月１７日の状況
Ｅ弁護士は、令和２年２月１７日、Ｆ統括調査官に対し、本件連絡票１１に記載の調査予定日について、原告代表者が出張のため対応ができないなどと電話で伝えた（乙３５）。
ク 令和２年２月２１日の状況
Ｇ調査官らは、令和２年２月２１日、本件調査への協力を要請するため、本件ビルの５階に臨場し、入口前に設置された内線電話で原告に連絡したが、応答がなかったことから、本件連絡票１２を本件ビル１階の郵便受けに投かんした（乙３６）。
ケ 令和２年２月２５日の状況
Ｅ弁護士は、令和２年２月２５日、Ｇ調査官に対し、本件連絡票１２に記載の調査予定日について、原告代表者が不在のため都合が悪いので対応ができないなどと電話で伝えた（乙３７）。
コ 令和２年３月５日の状況
四谷税務署長は、令和２年３月５日、Ｅ弁護士から、本件抗議文書５を受領した。本件抗議文書５には、要旨、本件調査において提示すべき帳簿書類等の準備はできている旨、処分行政庁が、書面によって原告の質問に対する誠意ある回答をした上で、本件調査に関する紛争を解決することができれば、本件調査に応じる旨、原告代表者は多忙であり、今後も、同月９日から同月１７日まで、同月２４日から４月２２日までは海外出張の予定が入っているため、連絡票が送られてきても対応できない旨が記載されていた。（甲１５）
サ 令和２年４月９日の状況
Ｈ調査官は、令和２年４月９日、本件調査に関する通則法７４条の１１第２項の調査結果の内容の説明（以下「本件調査結果の説明」という。）をするため、２回にわたり原告代表者に電話したが、いずれも応答がなかったことから、折り返し連絡するよう留守番電話にメッセージを残した（乙３９）。
また、Ｈ調査官は、同日、本件調査結果の説明をするため、２回にわたりＣ税理士に電話したが、いずれも応答がなかった（乙４０）。
シ 令和２年４月１０日の状況
Ｈ調査官は、令和２年４月１０日、本件調査結果の説明をするため、原告代表者に電話したが、応答がなかったことから、折り返し連絡するようメッセージを留守番電話に残した（乙４１）。
Ｅ弁護士は、同日、Ｇ調査官らに対し、原告代表者は書面でしかやり取りしたくないことから電話したくない旨述べているなどと電話で伝えた（乙４２）。
また、Ｈ調査官は、同日、本件調査結果の説明をするため、２回にわたりＣ税理士に電話したが、いずれも応答がなかった（乙４３）。
ス 令和２年４月１３日の状況
Ｇ調査官らは、令和２年４月１３日、本件調査結果の説明をするため、原告代表者宅に臨場し、玄関のインターホンを押したが、応答がなかったことから、同日付け「連絡票」と題する書面を玄関ドアの郵便受けに投かんした（乙４４）。
セ 令和２年４月１３日及び１４日の状況
Ｇ調査官らは、令和２年４月１３日、Ｅ弁護士からＦＡＸで、本件調査結果の説明を書面で行ってほしい旨の連絡を受けた（甲１６）。
Ｆ統括調査官は、同月１４日、Ｅ弁護士に電話し、本件調査結果の説明を電話で行う旨、本件調査の結果変更されることとなる金額のみ書面で伝える旨及び翌日（同月１５日）、上記書面を連絡票と共に原告代表者宅に投かんする旨を説明した（乙４５）。
ソ 令和２年４月１５日の状況
Ｇ調査官らは、令和２年４月１５日、本件調査結果の説明をするため、原告代表者宅に臨場し、玄関のインターホンを押したところ、原告代表者が応答した。そこで、Ｇ調査官らは、原告代表者に対して、本件調査結果の説明をするため臨場した旨伝えたところ、原告代表者は、書面でお願いしたいと回答したため、Ｇ調査官らは、原告代表者に対し連絡票を読むよう伝えた上、再度原告代表者宅へ電話連絡する旨記載した同日付け「連絡票」と題する書面を、玄関ドアの郵便受けに投かんした。（乙４６）
タ 令和２年４月１６日の状況
Ｈ調査官は、令和２年４月１６日、本件調査結果の説明をするため、２回にわたり原告代表者に電話したが、応答がなかった（乙４７）。
また、Ｇ調査官らは、同日、Ｅ弁護士からＦＡＸで、前記ソの連絡票には税務署長の押印がなく、公式の書面でなく口頭で調査結果の説明を受けても対応できない旨の連絡を受けた（甲１７）。
そこで、Ｆ統括調査官は、同日、Ｅ弁護士に電話し、本件調查結果の説明は書面ではなく原告代表者に口頭でする旨、及び明日（同月１７日）原告代表者宅へ電話するが、仮に当該電話に対応がなければ原告代表者は本件調査結果の説明を受ける意思がないと判断してよいか原告代表者に確認してほしい旨伝えた。これに対し、Ｅ弁護士は、調査結果の説明は口頭でというのは税務署側が決めたことであり、こちらは書面での対応をお願いしている、本件調査結果の説明を受ける意思はないとの判断によろしいとは言えない、原告代表者には伝えるなどと応答した。（乙４８）
チ 令和２年４月１７日の状況
Ｈ調査官は、令和２年４月１７日、本件調査結果の説明をするため、原告代表者に電話したが、応答がなかったことから、原告代表者は本件調査結果の説明を口頭により受ける意思がないと判断する旨留守番電話にメッセージを残した（乙４９）。
２ 事実認定の補足説明
（１）原告は、丁調査官ら４名は、本件調査開始日の調査開始前、近隣に聞こえるような大きな声で税務調査を行う旨を宣言し、当時の原告代表者宅内に立ち入らせるよう求め、原告代表者が拒否したにもかかわらず１５分以上にもわたり玄関前の通路を占拠した旨主張し、原告代表者もその旨供述等する（甲８、１８、原告代表者・２頁、３頁、７頁、２５頁）。
しかしながら、丁調査官ら４名が近隣住民から警察への通報を受けるリスクを冒してまでそのような行為に及ぶ動機があったことを認めるに足りる証拠はないし、原告の上記主張等を裏付ける客観的な証拠が存在しないことからすると、原告の上記主張等は、にわかに採用し難い。
（２）原告は、玄関前で丁調査官がＣ税理士と電話で会話した際に、Ｃ税理士は帰るよう発言しており、本件調査開始日における調査を承諾していない旨の主張等をし（甲８、１８、原告代表者・５頁）、Ｃ税理士も、本件調査開始日の調査開始時に、丁調査官に対して調査をせず帰るよう述べたなどと供述等する（甲１９、証人Ｃ・３頁）。
しかしながら、原告代表者との１回目の通話が会話途中で切れたにもかかわらず、Ｃ税理士は直ちに原告代表者に電話をかけ直さなかった（証人Ｃ・１２頁、１７頁）。また、Ｃ税理士は、丁調査官ら４名が原告代表者宅を訪れたことは緊急度の高い事案であると認識していたと証言する一方で（証人Ｃ・１７頁）、直ちに原告代表者に電話をかけ直さなかった理由として、原告代表者からの電話連絡がすぐに再度あると考えて連絡を待っていた旨や、他の顧問先の事業所で顧問先の担当者を待たせていたことからかけ直さなかった旨供述しており（証人Ｃ・１７頁）、原告代表者から電話を受けた際に、本件調査開始日における調査を中止させる必要があると考えていた者の行動としては、疑問が残る。さらに、Ｃ税理士は、１回目の通話から１時間ほど経過した午前１０時頃に原告代表者が再度Ｃ税理士に電話をかけた際に、税務調査が開始されたことを知ったにも関わらず、その場で丁調査官ら４名に電話を替わるよう依頼して厳重に抗議するなどしておらず（証人Ｃ・１８頁、１９頁、２３頁）、その理由として、既に調査が開始されており手遅れであると考えた旨供述するのみであり（証人Ｃ・１８頁）、本件調査開始日における調査自体を強く拒否すべきである旨考えていた者の行動として不自然、不合理である。
そうすると、Ｃ税理士が本件調査開始日における調査の開始を承諾しない旨を丁調査官に伝え、最後まで承諾しなかったという上記各供述を直ちに信用することができず、原告の上記主張は、採用することができない。
（３）原告は、原告代表者は丁調査官ら４名が玄関まで入ることを承諾したものの、玄関からリビングに立ち入ることは承諾しておらず、丁調査官ら４名が原告代表者の制止を振り切りリビングに立ち入った旨主張する。
しかしながら、原告代表者は、丁調査官ら４名が玄関に入ることを承諾しただけでなく（原告代表者・８頁）、丁調査官ら４名が玄関で靴を脱いでホールに立ち入り、リビングに向かうことを制止しなかった（原告代表者・９頁、１８頁、１９頁、３２頁。なお、甲８や甲１８をみても、原告代表者が丁調査官ら４名のリビングへの立入りを制止した旨の具体的な記載はない。）。また、原告代表者は、丁調査官ら４名がリビングに承諾なく立ち入ったという出来事を、直ちにＣ税理士に電話をかけて連絡したり、警察官を呼んだりするなどの対応をしておらず（原告代表者・１９頁）、かえって、わざわざ書斎に名刺を取りに行って丁調査官ら４名と名刺交換をしており（原告代表者・２０頁、３３頁、３４頁）、その後、丁調査官ら４名による質問に回答したり（原告代表者・１０頁）、丁調査官ら４名の求めに応じて、所持していた現金、リュックサック、パソコン及び預金通帳を提示したりした（証人丁・７頁、８頁、証人乙・１３頁、１４頁、原告代表者・２０頁、２６頁、２７頁）。原告代表者によるこれらの行動は、リビングにおいて丁調査官ら４名による調査に応じたものであると評価されるものであって、リビングへの立入りを拒否した者の行動としては、極めて不自然である。そうすると、原告代表者が丁調査官ら４名に対してリビングへの立入りを承諾しておらず、丁調査官ら４名が原告の制止を振り切りリビングに立ち入ったという事実は、たやすく認めることはできない。
３ 争点１（本件調査において、本件各処分を取り消すべき違法があったか）について（１）判断の枠組み
ア 質問検査の範囲、程度、時期、場所など実定法上特段の定めのない実施の細目については、質問検査の必要があり、かつ、これと相手方の私的利益との衡量において社会通念上相当な限度にとどまる限り、権限のある税務職員の合理的な選択に委ねられていると解される（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同４８年７月１０日第三小法廷判決・刑集２７巻７号１２０５頁参照）。
イ また、税務調査の手続は、広い意味では租税確定手続の一環であるが、租税の公平、確実な賦課徴収のため課税庁が課税要件の内容である具体的事実の存否を調査する手段として認められた手続であって、当該調査により課税標準の存在が認められる限り、課税庁としては課税処分をしなければならないのであり、また、更正処分の取消訴訟においては客観的な課税標準の有無が争われ、これについて審査がされるのであるから、調査手続の単なる瑕疵は更正処分に影響を及ぼさないものと解すべきであり、調査の手続が刑罰法規に触れ、公序良俗に反し又は社会通念上相当の限度を超えて濫用に渡る等重大な違法を帯び、何らの調査なしに更正処分をしたに等しいものとの評価を受ける場合に限り、その処分の取消原因があるものと解するのが相当である。
（２）検討
本件においては、原告と原告代表者の間の金銭消費貸借の存在から不正計算が疑われたため、事前通知をすることなく調査を行う必要性があったところ（認定事実（１）ア参照）、丁調査官ら４名は、原告代表者の承諾を得て原告代表者宅の玄関内に立ち入り（認定事実（１）イ（カ））、原告代表者も特段丁調査官ら４名によるリビングへの立入りを制止するなどの言動をせず（認定事実（１）ウ（ア））、丁調査官ら４名による質問に回答したり、当時の原告代表者宅に保管されていた現金などを提示したりしていたことに照らすと（認定事実（１）ウ（ウ）～（オ））、本件調査開始日における調査は、社会通念上相当な限度にとどまるものであって、刑罰法規に触れるものでも公序良俗に反するものでもなく、違法なものとは認められない。
（３）原告の主張について
ア 原告は、Ｃ税理士が丁調査官に対して調査を拒否したにもかかわらず、同人が玄関前において大声で叫んでいたため玄関内への立入りのみ承諾したものの、丁調査官ら４名が原告の制止を振り切ってリビングまで直行した旨主張するが、これらの事実が認められないことは、前記２のとおりである。
イ また、原告は、原告代表者が丁調査官ら４名に対して現金などを提示したのは、原告代表者による制止を無視して丁調査官ら４名がリビングに立ち入り、原告代表者と妻を丁調査官ら４名が取り囲んだため、恐怖心から錯乱状態に陥り現金などを提示したのであり、調査に任意に応じたものではない旨主張する。
しかしながら、原告代表者が丁調査官ら４名によるリビングへの立入りを制止したという事実が認められないのは、前記１及び２のとおりである。また、原告代表者及び妻を丁調査官ら４名が取り囲んだと認めるに足りる証拠はない。しかも、原告代表者は、丁調査官ら４名から手提げかばんの提示を求められた際には、原告及び本件訴外法人の事業に関係がないと主張して自らの意思でこれを拒否しているし（認定事実（１）ウ（オ））、丁調査官ら４名が当時の原告代表者宅から退去しようとした際には、預金通帳等が無造作に机の上に置いたままになっているとして、抗議をし、丁調査官ら４名に謝罪をさせるなどしたものであって（同（カ））、原告代表者が、丁調査官ら４名の突然の訪問により一定の威圧感を覚えていたとしても、恐怖心によってその指示を受け入れざるを得ないような錯乱状態にあったとは到底認められない。
なお、仮に、原告代表者の内心として、丁調査官ら４名によるリビングへの立入りを快く思っていなかったとしても、原告代表者は、調査を実施することを告げた丁調査官ら４名に対し、玄関内への立入りを承諾した上（認定事実（１）イ（カ））、丁調査官ら４名が玄関で靴を脱いでリビングに向かおうとした際に制止するなどの行動をしなかったのであるから（認定事実（１）ウ（ア））、丁調査官ら４名は、原告代表者が調査に応じる旨の意思を示したものと理解して玄関からリビングへ向かったと認められるのであって、これらの経緯に照らすと、リビングへの立入りにつき、刑罰法規に触れた違法な行為であるということはできない。
ウ 原告は、本件調査開始日以降の本件調査は、本件調査開始日の調査に関する民事上及び刑事上の責任を回避すること及び原告の経営を破綻させることを目的として行われたものであって、租税の公平・確実な賦課徴収を目的として行われたものとはいえず、税務調査に仮装して行われたものであるから、刑法１９３条の公務員職権濫用罪の構成要件に該当し、違法である旨主張する。
しかしながら、本件調査開始日における調査が適法であることは前記（２）のとおりであるから、原告の主張は、その前提を欠く。そして、本件全記録によっても、原告が主張するような不当な行政処分を行う動機が処分行政庁にあったと認めるに足る証拠はないから、原告の上記主張を採用することはできない。
（４）小括
よって、本件調査開始日における調査において、本件各処分を違法とすべき税務調査の違法があったとは認められない。
４ 争点２（原告が帳簿書類を提示しなかったことが、法人税法１２７条１項１号に規定する青色申告の承認の取消事由に当たるか）について
（１）判断の枠組み
法人税法１２６条１項は、青色申告の承認を受けた法人に対し、財務省令で定めるところにより、帳簿書類を備え付けてこれにその取引を記録すべきことはもとより、これらが行われていたとしても、さらに、税務職員が必要と判断したときにその帳簿書類を検査してその内容の真実性を確認することができるような態勢の下に、帳簿書類を保存しなければならないこととしているというべきであり、法人が税務職員の通則法７４条の２第１項２号に基づく検査に適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて当該帳簿書類を保存していなかった場合は、法人税法１２６条１項の規定に違反し、同法１２７条１項１号に該当するものというべきである（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１７年３月１０日第一小法廷判決・民集５９巻２号３７９頁参照）。
（２）検討
原告は、武蔵野税務署及び四谷税務署の職員（本件調査担当者ら）から、再三にわたり、原告に係る帳簿書類の提示を求められたにもかかわらず、本件調査開始日から調査の終了に至るまでの間、これを提示しなかった。また、帳簿書類の確認を含めた原告代表者に対する聞き取りの日程調整に対しても、実際には行っていない海外出張等を理由に、いずれの日程も対応できないと述べたり、原告からの質問に対して税務署長名の書面による回答を税務調査に応じる条件としたりするなどしており、しかも、本件調査担当者らから、文書での回答はできない旨繰り返し説明されたにもかかわらず、書面での回答と謝罪に固執していたものであって（認定事実（２）～（６））、原告において、本件調査に応じる真摯な意思があったものとは到底認められない。
そうすると、税務職員による検査に対し、適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて当該帳簿書類を保存していなかったと認められるから、法人税法１２６条１項の規定に違反し、「その事業年度に係る帳簿書類の備付け、記録又は保存が前条第一項に規定する財務省令で定めるところに従つて行われていないこと」（同法１２７条１項１号）に該当する事実があると認められる。
したがって、原告が本件調査担当者らに対して帳簿書類を提示しなかったことは、法人税法１２７条１項１号に規定する青色申告承認の取消事由に当たる。
（３）原告の主張について
ア 原告は、帳簿書類自体はいつでも提示できるように保存していた旨主張する。
しかしながら、前記（１）のとおり、仮に、帳簿書類を保存していたとしても、税務職員の検査に適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて当該帳簿書類を保存していなかった場合には、法人税法１２７条１項１号に該当する事実があるというべきである。そして、原告は、本件調査担当者らによる再三の帳簿書類の提示の要求に対し、税務調査の違法性に関する税務署長名の書面回答及び謝罪があれば帳簿書類を提示するという条件を提示し、本件調査担当者らから、文書での回答はできない旨繰り返し説明されたにもかかわらず、本件調査の終了時に至るまで帳簿書類を提示しなかったのであるから、適時に帳簿書類を提示することが可能なように態勢を整えて当該帳簿書類を保存していなかったものと評価せざるを得ない。
したがって、原告の上記主張は、採用することができない。
イ また、原告は、本件調査が違法である以上、帳簿書類等を提示しなかったことについて正当な理由がある旨主張する。
しかしながら、本件調査開始日における本件調査が適法であることは前記３記載のとおりであり、また、本件記録を精査しても、その後の本件調査が違法であるとは認められないから、原告の主張は、その前提を欠き、採用することができない。
ウ さらに、原告は、原告が処分行政庁に対して求めた、本件調査開始日における調査の適法性についての書面による回答は、処分行政庁において容易に実行できるものであり、回答があれば本件調査に協力する旨を再三伝えているのであるから、原告が本件調査を拒否して帳簿を提示しなかったと評価すべきではない旨主張する。
しかしながら、税務調査の適法性に係る納税者からの質問に対して、所轄税務署長や調査担当者に書面での回答を義務付ける旨の法令の規定はなく、かつ、本件の事実関係に照らしても、原告からの質問に対して武蔵野税務署長又は四谷税務署長が書面で回答すべき信義則上の義務を生じさせる根拠となる具体的な事実も認められない。
したがって、原告の上記主張は、採用することができない。
（４）小括
よって、本件においては、法人税法１２７条１項１号に該当する事実があるといえるから、本件青色申告承認取消処分は、適法である。
５ 争点３（原告が帳簿等を提示しなかったことが、消費税法３０条７項にいう帳簿等を「保存しない場合」に当たり、同条１項が適用されないか）について
（１）判断の枠組み
事業者が、消費税法施行令５０条１項の定めるとおり、消費税法３０条７項に規定する帳簿等を整理し、これらを所定の期間及び場所において、通則法７４条の２第１項３号に基づく税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかった場合は、消費税法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に当たり、事業者が災害その他やむを得ない事情により当該保存をすることができなかったことを証明しない限り（同項ただし書）、同条１項の規定は、当該保存がない課税仕入れに係る課税仕入れ等の税額については適用されないものというべきである（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１６年１２月１６日第一小法廷判決・民集５８巻９号２４５８頁参照）。
（２）検討
原告は、原告の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿等の提示を本件調査担当者らから再三にわたり求められたにもかかわらず、本件調査開始日から本件調査の終了時に至るまでの間、これを提示しなかった（認定事実（２）～（６））。そうすると、税務職員による検査に対し、適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて当該帳簿等を保存していなかったと認められるから、消費税法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に該当するというべきである。また、原告は、災害その他やむを得ない事情により当該保存をすることができなった事情について主張及び立証をしておらず、本件全記録によっても、同項ただし書に規定する事由は認められない。
したがって、原告の消費税の計算における課税仕入れ等の税額の計算について、消費税法３０条１項の規定は適用されない。
（３）原告の主張について
原告は、帳簿等自体はいつでも提示できるように保存していた、本件調査が違法である以上、帳簿等を提示しなかったことについて正当な理由がある、原告が処分行政庁に対して本件調査開始日における調査の適法性について書面による回答を求めたことは、所轄税務署長等において容易に実行できるものであり、回答があれば本件調査に協力する旨を再三伝えているのであるから、原告が本件調査を拒否して帳簿等を提示しなったと評価すべきではないなどと主張するが、これらの主張がいずれも理由がないことは、前記４（３）において説示したところと同様である。
したがって、原告の上記主張は、いずれも採用することができない。
（４）小括
よって、原告の消費税の税額の計算上、消費税法３０条１項の規定を適用しなかった点について、違法な点は認められない。
６ 原告は、その他にもるる主張するが、いずれも的確な裏付けを欠くか、独自の主張であって、採用することはできない。
７ 以上を基に原告が納付すべき税額等を計算すると、別紙４「本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張」の２から５までに記載のとおりとなり、本件各処分は、これと同額であるから、いずれも適法である。
第４ 結論
よって、原告の請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとし、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官篠田賢治
裁判官依田吉人は差し支えのため、裁判官佐々木健詞は転補のため、いずれも署名押印することができない。
裁判長裁判官 篠田賢治
〔PDF 19～41頁は画像のため本文テキストなし〕
（別紙５）
当事者の主張
１ 争点１（本件調査において、本件各処分を取り消すべき違法があったか）について【被告の主張】
次のとおり、本件調査は、適法であり、本件各処分を取り消すべき違法はない。
（１）本件調査開始日において、丁調査官ら４名は、当時の原告代表者宅前では通常よりも小さい声で話すよう配慮していたこと、同日の本件調査についてＣ税理士（以下「Ｃ税理士」という。）の承諾を得ていること、原告代表者から承諾を得て玄関内に立ち入り、原告代表者に案内されてリビングルームに立ち入ったこと、原告代表者の承諾を得て預金通帳、印鑑、パソコン及びかばんなどの確認検査を行っていることから、本件調査には、質問検査の必要があり、かつ、これと相手方である原告又は原告代表者の私的利益との衡量において社会通念上相当な限度にとどまるものと認められる。
したがって、本件調査に違法な点はなく、何らの調査なしに本件各処分がされたに等しいと評価されるものではない。
（２）原告は、丁調査官ら４名が原告代表者の承諾なくリビングに立ち入ったなどと主張するが、原告代表者が丁調査官ら４名に対してリビングに上がるように言ったため、丁調査官ら４名は立ち入ったものである。また、仮に原告が丁調査官ら４名によるリビングへの立入りや調査を承諾していなかったのであれば、丁調査官ら４名の立入りを制止したり、警察官に通報したり、直ちにＣ税理士に電話を掛けて助けを求めるなどして対処することができたにもかかわらず、そうした行動をとらなかった。
したがって、原告の上記主張は、事実に反する。
【原告の主張】
次のとおり、本件調査は、違法であり、かつ、何らの調査なしに更正処分をしたに等しいと評価されるものであるから、本件各処分を取り消すべき違法がある。
（１）本件調査開始日における調査において、原告代表者は、丁調査官ら４名に対し、玄関内への立入りについては承諾したが、それ以外の部分への立入りを承諾していない。したがって、丁調査官ら４名のリビング等への立入りは、住居侵入罪に該当する違法な行為である。
（２）また、丁調査官ら４名は、本件調査開始日の調査開始前、近隣に聞こえるような大きな声で税務調査を行う旨を宣言し、当時の原告代表者宅内に立ち入らせるよう求め、原告代表者が拒否したにもかかわらず１５分以上にもわたり玄関前の通路を占拠した。原告代表者は、このような状況が続くと近所迷惑になることを考慮し、やむを得ず丁調査官ら４名が玄関内に入ることを承諾した。したがって、丁調査官ら４名の行為は、威力を用いて相手方の意思を制圧するものであったから、強制調査に当たり、社会通念上相当な限度を明らかに超えた違法な調査である。
（３）原告代表者が、本件調査開始日に、丁調査官ら４名に対して預金通帳等を提示したのは、原告代表者による制止を無視して丁調査官ら４名がリビングに立ち入り、原告代表者とその妻を４名で取り囲んだため、恐怖心から錯乱状態に陥ったためであり、本件調査に応じたものではない。
（４）また、本件調査開始日以後の本件調査は、本件調査開始日における調査に関する民事上及び刑事上の責任を回避すること及び原告の経営を破綻させることを目的として行われたものであって、租税の公平・確実な賦課徴収を目的として行われたものとはいえず、税務調査に仮装して行われたものであるから、刑法１９３条の公務員職権濫用罪の構成要件に該当する。
（５）したがって、丁調査官ら４名による本件調査は、刑罰法規に触れ、公序良俗に反し又は社会通念上相当な限度を超えて濫用にわたる等の重大な違法を帯びるものである。
よって、何らの調査なしに本件各処分が行われたに等しいとの評価を受ける場合に当たるから、本件各処分は、違法である。
２ 争点２（原告が帳簿等を提示しなかったことが、法人税法１２７条１項１号に規定する青色申告の承認の取消事由に当たるか）について
【被告の主張】
（１）別紙４の１記載のとおり、原告が帳簿書類を提示しなかったことは、法人税法１２７条１項１号所定の青色申告の承認の取消事由に該当する。
（２）原告は、原告が四谷税務署長及び武蔵野税務署長に対して送付した抗議文書に記載された各種質問及び要望（本件調査の適法性に関する税務署長名での文書回答等）に処分行政庁が応じれば、いつでも税務調査に協力する意思を示していたなどと主張するが、税務調査に関する質問又は要望に対し、所轄税務署長が書面により回答しなければならないことを義務付ける法令等の定めはないから、原告は、当該回答の有無にかかわらず、税務職員が必要と判断したときにその帳簿書類を検査して内容の真実性を確認することができるような態勢の下、帳簿書類を保存しなければならない。そうであるにもかかわらず、原告代表者が税務署長名の回答がないことなどを理由として本件調査を担当する職員との面会を拒み、帳簿書類の提示要求に応じず、税務調査を拒み続け、結局、帳簿書類を提示しなかった。
したがって、原告は、法人税法１２６条１項に規定する財務省令に従って帳簿書類の保存をしていないから、法人税法１２７条１項１号に該当する事実がある。
【原告の主張】
（１）原告は帳簿書類を保存しており、法人税法１２７条１項１号所定の青色申告の承認の取消事由に該当しない。
（２）原告は、そもそも帳簿書類を保存している。しかしながら、丁調査官ら４名による帳簿書類の提示の要求は、本件調査開始日における調査に関する問題の解決を求め、本件調査に真摯に対応している原告の態度を無視して行われたものであるから、信義に反するものである。したがって、本件調査は、適法な調査とはいえず、これに応じることなく帳簿書類を提示しなかったとしても、税務職員による帳簿等の検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて帳簿書類を備え、記録及び保存していなかったものと同視することはできないから、法人税法１２７条１項１号所定の青色申告の承認の取消事由に該当しない。
（３）原告が処分行政庁に対して求めた、本件調査開始日の調査の適法性についての書面による回答は、税務署長等において容易に実行できるものであり、回答があれば本件調査に協力する旨を再三伝えているのであるから、原告が本件調査を拒否して帳簿書類を提示しなかったと評価すべきではない。
（４）よって、本件調査においては、適法な帳簿書類の提示の求めはなく、原告は帳簿書類の提示を拒否していないのであるから、原告が帳簿書類を提示しなかったとしても、税務職員による帳簿書類の検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて帳簿書類を備え付け、記録及び保存していなかったものと同視することはできないから、法人税法１２７条１甲１号所定の青色承認取消事由に当たらない。
３ 争点３（原告が帳簿等を提示しなかったことが、消費税法３０条７項にいう帳簿等を「保存しない場合」に当たり、同条１項が適用されないか）について
【被告の主張】
前記２【被告の主張】及び別紙４の３記載のとおり、原告が帳簿等を提示しなかったことは、消費税法３０条７項にいう「課税仕入れ等の税額の控除にかかる帳簿及び請求書等を保存しない場合」に当たる。
【原告の主張】
前記２【原告の主張】と同様の理由から、原告は、帳簿等を保存しており、消費税法３０条７項にいう「課税仕入れ等の税額の控除にかかる帳簿及び請求書等を保存しない場合」に当たらない。
以上
〔PDF 45～56頁は画像のため本文テキストなし〕
別紙６～８、別表５省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2024/pdf/13992.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。