税務訴訟資料第２７４号（順号１４０６２）
福岡地方裁判所令和●●年（○○）第●●号消費税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（久留米税務署長）
令和６年１２月１１日棄却・控訴
判決
当事者の表示別紙１当事者目録記載のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 久留米税務署長が令和２年８月２８日付けで原告に対してした別紙２更正処分目録記載の各更正処分（以下「本件各更正処分」という。）、同目録１及び２記載の各更正処分に伴う無申告加算税の賦課決定処分（以下「本件無申告加算税各賦課決定処分」という。）並びに同目録３ないし１９記載の各更正処分に伴う過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件過少申告加算税各賦課決定処分」という。）をいずれも取り消す。
２ 久留米税務署長が令和２年８月２８日付けで原告に対してした平成２７年１２月期（同年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度をいう。以下、他の事業年度も同様に表記する。）以後の法人税の青色申告の承認取消処分（以下「本件青色申告承認取消処分」という。）を取り消す。
第２ 事案の概要
１ 事案の要旨
原告は、令和２年８月２８日付けで、久留米税務署長から、①平成２７年６月課税期間（平成２７年４月１日から同年６月３０日までの課税期間をいう。以下、他の課税期間も同様に表記する。）から令和元年１２月課税期間までの各課税期間（以下「本件各課税期間」という。）における消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の更正処分（本件各更正処分）、②本件各更正処分のうち平成２７年６月課税期間及び同年９月課税期間に係る各更正処分に伴う無申告加算税の賦課決定処分（本件無申告加算税各賦課決定処分）、③その他の課税期間に係る各更正処分に伴う過少申告加算税の賦課決定処分（本件過少申告加算税各賦課決定処分）、並びに④平成２７年１２月期以後の法人税の青色申告の承認取消処分（本件青色申告承認取消処分。以下、上記①～③の各処分を併せて「本件各更正処分等」といい、上記①～④の各処分を併せて「本件各処分」という。）を受けた。
本件は、原告が、被告を相手に、本件各処分（ただし、本件各更正処分については申告額を超える部分）の取消しを求める事案である。
２ 関連法令等の定め
別紙３「関連法令等の定め」のとおり（なお、別紙における略称は、本文及び他の別紙においても用いることとする。以下同じ。）。本件で特に問題となるのは以下の各定めである。
（１）輸出免税について
消費税法７条１項は、事業者が国内において行う課税資産の譲渡等のうち、同項各号に該当するものについて消費税を免除する旨を規定するところ（以下、この規定を「輸出免税規定」という。）、同項１号には「本邦からの輸出として行われる資産の譲渡」等が掲げられている。同条２項は、輸出免税規定は、その課税資産の譲渡等が同条１項各号に該当するものであることにつき、財務省令で定めるところにより証明がされたものでない場合には、適用しない旨を規定する。消費税法施行規則（令和３年財務省令第１８号による改正前のもの。以下、単に「消費税法施行規則」という。）５条１項は、上記「財務省令で定めるところにより証明がされたもの」は、事業者が、当該課税資産の譲渡等につき、同項各号の区分に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める書類又は帳簿を整理し、当該課税資産の譲渡等を行った日の属する課税期間の末日の翌日から２か月を経過した日から７年間、納税地又は事務所等の所在地に保存することにより証明がされたものとする旨を規定する。そして、同項１号は、消費税法７条１項１号の「本邦からの輸出として行われる資産の譲渡」についての上記書類又は帳簿として、当該資産の輸出に係る税関長から交付を受ける輸出の許可若しくは積込みの承認があったことを証する書類又は当該資産の輸出の事実を当該税関長が証明した書類で同号所定の事項が記載されたもの（以下「輸出取引等証明書類」という。）を規定する。
（２）仕入税額控除について
消費税法３０条（令和元年９月３０日以前は平成２４年法律第６８号による改正前のものであり、令和２年３月３１日以前は令和２年法律第８号による改正前のもの。以下同じ。）１項は、課税標準額に対する消費税額から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額を控除する旨を規定する。同条７項本文は、同条１項の規定は、事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合には、当該保存がない課税仕入れについては、適用しない旨を規定する。消費税法施行令（令和４年政令第１３９号による改正前のもの。以下、単に「消費税法施行令」という。）５０条１項は、消費税法３０条１項の規定の適用を受けようとする事業者は、同条７項に規定する帳簿及び請求書等を整理し、当該帳簿についてはその閉鎖の日の属する課税期間の末日の翌日、当該請求書等についてはその受領した日の属する課税期間の末日の翌日から２月を経過した日から７年間、納税地等に保存しなければならない旨を規定する。
（３）青色申告の承認取消について
法人税法１２６条１項は、青色申告の承認を受けている内国法人は、財務省令で定めるところにより、帳簿書類を備え付けてこれにその取引を記録し、かつ、当該帳簿書類を保存しなければならない旨を規定し、同法１２７条１項１号は、ある事業年度に係る帳簿書類の備付け、記録又は保存が同法１２６条１項に規定する財務省令で定めるところに従って行われていない場合には、納税地の所轄税務署長は、当該事業年度まで遡って青色申告の承認を取り消すことができる旨を規定する。同項の規定を受けて、法人税法施行規則５４条は、青色申告の承認を受けている法人は、全ての取引を借方及び貸方に仕訳する帳簿、全ての取引を勘定科目の種類別に分類して整理計算する帳簿その他必要な帳簿を備え、所定の取引に関する事項を記載しなければならない旨を規定し、同規則５９条は、青色申告の承認を受けている法人は、上記各帳簿を含む同条１項各号所定の帳簿書類を整理し、帳簿についてはその閉鎖の日の属する事業年度終了の日の翌日、書類についてはその作成又は受領の日の属する事業年度の終了の日の翌日から２月を経過した日から７年間、納税地等に保存しなければならない旨を規定する（同条１項、２項）。
３ 前提事実
以下の事実（以下「前提事実」といい、項番号等により「前提事実（１）」等と略称する。）は、当事者間に争いがないか証拠（証拠の枝番号は、特に記す場合以外、省略する。以下同じ。）又は弁論の全趣旨により容易に認められる。
（１）当事者
原告は、日中貿易業を目的として、平成２６年１月に設立された株式会社である。原告の本店所在地（納税地）は、設立当初、福岡市中央区であったが（乙１）、その後変更され、平成２８年６月１５日以後は福岡県久留米市にある（乙２～４）。
甲（以下「原告代表者」という。）は、原告の設立当初から現在に至るまで、原告の代表取締役の地位にある（乙１～４）。
（２）青色申告の承認
原告は、平成２６年１月２４日、福岡税務署長に対し、平成２６年１２月期以後の法人税の申告書を青色申告により提出することを申請し（乙５）、法人税法１２５条（平成２９年法律第４号による改正前のもの）により、平成２６年１２月３１日（平成２６年１２月期の終了の日）、青色申告の承認があったものとみなされた。
（３）消費税課税事業者選択届出書の提出等
原告は、平成２６年１月２４日、福岡税務署長に対し、適用開始課税期間を平成２６年１月●日から同年１２月３１日までの課税期間とする消費税課税事業者選択届出書を提出し（乙６）、同年２月２１日、適用開始日を同年４月●日として、課税期間を三月ごとの期間に短縮したい旨の消費税課税期間特例選択届出書を提出した（乙７）。
（４）本件各課税期間の消費税等の確定申告（乙８）
原告は、福岡税務署長又は久留米税務署長に対し、本件各課税期間の消費税等について、別表１の「課税期間」欄記載の本件各課税期間に対応する確定申告（以下「本件各申告」という。）を、同表「年月日」欄記載の日に行った。なお、平成２７年６月課税期間及び平成２７年９月課税期間に対応する確定申告は期限後申告書の提出によるものである。
本件各申告において原告が申告した課税標準額、消費税額、控除対象仕入額、納付すべき消費税額、地方消費税の課税標準となる消費税額、地方消費税の納付すべき譲渡割額及び納付すべき消費税等の合計税額は、別表１の各応答欄に記載のとおりである。
原告は、本件各申告に当たり、本件各課税期間の原告の売上げについて、輸出取引によるものがあるとして、別表２記載のとおり、課税売上額（国内取引）及び免税売上額（輸出取引）とに分けていた。
また、原告は、本件各申告に当たり、仕入れに係る消費税額の控除を受けるとして、別表２記載のとおり、課税仕入れに係る支払対価の額及び控除対象仕入税額を計上した。
（５）原告に対する税務調査及び本件各処分
福岡国税局課税第２部資料調査課所属の乙（以下「乙」という。）らは、令和元年９月２５日以降、原告に対し、税務調査を行い（以下、同調査を「本件調査」といい、同日を「本件調査開始日」という。）、帳簿書類等の提示を求めたが、原告は、これを提示しなかった。久留米税務署長は、令和２年８月２８日付けで、消費税法７条２項に規定する「財務省令で定めるところにより証明がされたものでない場合」及び同法３０条７項に規定する「課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に該当するため、同法７条１項及び同法３０条１項は適用されないことを理由に、本件各更正処分等を行った（甲２）。また、久留米税務署長は、同日付けで、原告が平成２７年１２月期から令和元年１２月期までの各事業年度の帳簿書類を提示しなかったことが、法人税法１２７条１項１号に規定する青色申告の承認の取消事由に該当することを理由に、本件青色申告承認取消処分を行った（甲３）。
（６）審査請求及び裁決
原告は、令和２年１１月２６日、国税不服審判所長に対し、本件各処分について審査請求をした。国税不服審判所長は、令和３年１１月１６日付けで同審査請求を棄却する旨の裁決を行い、原告はその頃、裁決書の送達を受けた（甲１）。
（７）本件訴えの提起
原告は、令和４年４月２２日、本件訴えを提起した（顕著な事実）。
４ 争点
本件の争点は、本件各処分の適法性であり、具体的には、①消費税法７条２項該当性、②同法３０条７項本文該当性及び③法人税法１２７条１項１号該当性の３点である。
５ 争点に関する当事者の主張
【被告の主張】
（１）本件調査開始日以降、原告代表者及び原告の関与税理士である丙税理士（以下「丙税理士」という。）らは、いずれも、乙らから、再三、輸出取引等証明書類を含む帳簿書類等の提示要求を受け、また、本件調査への協力を求められたにもかかわらず、令和２年６月１８日までの約９か月間という長期間にわたり、合理的な理由もなく、消費税等の還付や、乙の更迭等を条件とするなどして、原告の帳簿書類等の提示を拒絶し続けた。
（２）前記（１）の事実関係に照らせば、原告が、帳簿書類等を整理し、税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかったことは明らかである。このような場合には、原告について、消費税法７条２項、同法３０条７項本文、法人税法１２７条１項１号の各規定に該当するものというべきである。
【原告の主張】
次の（１）～（８）の事実関係（以下、その項番号により「原告主張事実（１）」などと表記する。）の下においては、原告について、消費税法７条２項、同法３０条７項本文、法人税法１２７条１項１号の各規定に該当するとはいえない。
（１）原告は、帳簿書類等を全部保存し、いつでも本件調査の担当者らの閲覧・謄写に供するような状態を保っていた。
（２）乙らは、原告及び丙税理士の双方に対して事前の通知をすることなく、本件調査開始日早朝、丙税理士を顧問税理士とする原告及びＡ株式会社（以下「訴外別法人」という。）の２社に対して、同時刻に調査を開始し、丙税理士の当日における対応を物理的に不可能に至らしめた。
（３）乙は、丙税理士から、事前通知なしの２社に対する同日・同時刻の調査開始（前記（２））に対する理由の説明を要求されたにもかかわらず、令和２年３月２４日まで説明をしなかった。
（４）乙は、訴外別法人に対しては別の調査担当者（以下「別件調査担当者」という。）により、令和元年１２月９日から実質的な調査が開始されたことを知りながら、原告に対しては調査をしなかった。
（５）丙税理士は、乙に対して、直接に、又は別件調査担当者その他の者を介して間接的に、本件調査に協力する旨を何度も伝えていた。
（６）乙の本件調査についての丙税理士に対する態度は、最初から別件調査担当者のそれとの間に顕著な差があり、２社同時調査や消費税を還付しないことの各理由についての説明を拒否する姿勢を頑なに維持した。
（７）乙は、遅くとも令和元年１２月２日の前の段階で、さらには同年１２月９日の別件調査担当者による訴外別法人への実質的な調査開始の時点で、理由なく原告に対する調査を断念し、その後は調査なしの課税に向けての既成事実作りに専念した。
（８）乙は、原告代表者が中国人であり、日本語による会話や読み書きが十分でないことに配慮しなかった。
６ 被告の主張する本件各更正処分等の根拠及び適法性
別紙４「本件各更正処分等の根拠及び適法性」のとおりであり、原告は、前記５で主張するところを除いては、争うことを明らかにしない。
第３ 当裁判所の判断
１ 認定事実
前提事実及び掲記の証拠（ただし、後記認定に反する部分を除く。）並びに弁論の全趣旨によれば、以下の事実（以下「認定事実」といい、項番号等により「認定事実（１）」等と略称する。）が認められる。
（１）原告及び訴外別法人について
原告と訴外別法人は、共に中国向けの輸出販売を業とするなどしており、平成３０年頃まで、両者の本店所在地は、福岡県久留米市●●所在の同一建物にあり、両社の間に取引関係があった時期もあった。原告代表者と訴外別法人の代表者は共に中国人であるが、原告代表者は、日本での滞在歴が十数年あり、日本語による日常会話は可能である。原告と訴外別法人の顧問税理士は、平成２８年頃から、いずれも丙税理士であった。（甲１５、乙４４〔４枚目〕、４５、証人丙税理士〔４、２１、２５、２８、３１～３２頁〕、弁論の全趣旨）
（２）本件各申告について
原告が本件各申告において計上していた免税売上額は、平成２７年６月課税期間には２００万円であったが、平成２８年３月課税期間以後増加傾向にあり、令和元年６月課税期間には４４億７５６８万７６２３円にまで達した。また、課税仕入れに係る支払対価の額は、平成２７年６月課税期間には５５９２万４３３２円であったが、平成２９年３月課税期間以後増加傾向にあり、令和元年６月課税期間には４７億０２９９万７３７９円にまで達した。これらに伴い、納付すべき消費税等の合計税額は、平成２７年６月課税期間には１９９万４５００円であったが、平成２７年９月課税期間以後はマイナスに転じ、消費税等の還付申告額は、平成２８年６月課税期間以後増加傾向にあり、令和元年６月課税期間において、３億４８３６万８３３５円の還付を申告するに至った（前提事実（４）、別表１及び２参照）。
（３）本件調査の経緯について
ア 福岡国税局では、前記（２）のとおり原告が消費税等の多額の還付申告を行っており、また、訴外別法人も消費税等の多額の還付申告を行っていたことから、原告及び訴外別法人のいずれについても、法人税と消費税の申告内容を確認するために調査を実施することとなった（乙４５、証人乙〔２頁〕）。
イ 乙らは、本件調査開始日である令和元年９月２５日、原告と訴外別法人について、事前通知を行うことなく、同時に調査を開始し、当時の原告の納税地（久留米市●●に所在する原告代表者の自宅）に臨場し、原告代表者に対し、消費税等の他、法人税、地方法人税、源泉所得税及び特別源泉所得税の各税目について調査を行う旨を通知するとともに、原告の帳簿等の提示を求めた。原告代表者は、帳簿等は税理士事務所にあること、この後友人との予定があることなどを述べ、調査に応じない意向を示した。原告の税務代理人である丙税理士は、当時、出先にいたところ、原告代表者から架電があったことを受け、原告代表者の携帯電話に折り返しの電話を掛けた。原告代表者から、訴外別法人に対しても税務調査が入っている旨を聞かされた丙税理士は、原告代表者と電話を代わった乙に対し、原告代表者の予定があるのに調査を継続しようとしたことや、丙税理士が同じく税務代理人を務める訴外別法人に対しても同時に調査が開始されたことに対して不満を述べた。その後、原告代表者が自宅から外出してしまったため、乙らは、調査を行うことができず、そのまま撤収した（甲１５、乙９、４４、証人丙税理士〔７～１３頁〕、証人乙〔２～７頁〕）。
ウ 乙は、令和元年１０月１日から同月４日までの間、丙税理士に対して繰り返し電話をかけ、原告及び訴外別法人に対する調査の日程調整を申し入れたが、丙税理士は、その都度、同人が両社の調査に立ち会うことが難しくなること等を理由に同時調査に対する不満を述べた。乙は、丙税理士に対し、両社の調査に立ち会えるように調査の時間を調整することを提案するなどしていたが、丙税理士は、乙に対し、同時調査に対する不満を述べたり、同時調査の理由の説明を要求したりすることを繰り返し、調査の日程調整に応じなかった（さらに、同月２日には、丙税理士が令和元年６月課税期間分の消費税の還付が未だなされていないことについても不満を述べたため、乙は、当該課税期間も調査の対象であると説明したが、丙税理士の理解は得られなかった。）。（甲１５、乙１０～１１、１３、証人丙税理士〔３３頁〕、証人乙〔７～９頁〕）。
エ 乙らは、令和元年１０月２日、丙税理士に対し、「調査対象法人に係る通知事項に関するお知らせ」と題する文書（乙１２）を送付し、原告及び訴外別法人について国税に関する法律の規定に基づく質問検査等を行う実地の調査を本件調査開始日より開始した旨を通知した。当該文書には、本件調査に関し、①法人税については平成２６年１２月期から平成３０年１２月期までの各事業年度、消費税等については平成２６年４月課税期間から令和元年６月課税期間までの各課税期間が調査対象期間である旨、②調査の対象となる帳簿書類その他の物件が、総勘定元帳、領収書等の、法人税法、消費税法等の規定により保存することとされている帳簿書類及び作成等の基となった帳簿書類、並びに法人税・消費税の申告書の記載内容の適否などを確認するために必要なその他の物件等（以下、これらを併せて「帳簿書類等」という。）である旨の記載があった。
オ 乙は、令和元年１０月２３日及び同月２５日、丙税理士の事務所に所属し、新たに原告の税務代理人を務めることとなった丁税理士（以下「丁税理士」といい、丙税理士と併せて「丙税理士ら」という。）に対し、電話で、原告の帳簿書類等の提示を受けるための日程調整を依頼した。乙は、丁税理士から、令和元年６月課税期間分の消費税等の還付を先にできないかを尋ねられ、還付するかどうかは調査の結果による旨を答えたが、日程調整には至らなかった。乙は、その後も、丙税理士らに対し、繰り返し帳簿書類等の提示を求めたが、丙税理士らは、消費税等の還付が先であるとの主張を繰り返し、帳簿書類等の提示に応じなかった（甲１５、乙１４～２１、証人丙税理士〔３５頁〕）。
カ 別件調査担当者は、令和元年１２月頃、丙税理士から、訴外別法人に対する調査に応じる旨を伝えられ、同月８日頃から訴外別法人の帳簿書類等の検査に着手した。丙税理士は、この頃、別件調査担当者に対し、原告の調査担当者を乙以外の者に替えれば、本件調査にも協力する旨を告げた。乙は、訴外別法人に対する調査が一段落した後の令和２年２月１３日以降、丁税理士に対し、電話で、本件調査の担当者を代えるようにとの要望には応じられないことを告げた上で、改めて原告の帳簿書類等の提示を求めた（甲９、１５、乙２２～２４、証人丙税理士〔１６～２０頁、３４頁〕、証人乙〔９頁〕、弁論の全趣旨）。
キ 乙は、令和２年３月２４日、丙税理士らに対し、電話又は口頭で、消費税等に係る調査の対象期間について、令和元年１２月課税期間までの分を追加する旨を告げ、原告の帳簿書類等の提示を求めたが、丙税理士は、調査に応じる条件として、本件調査の担当者を乙以外の者に代えることと、消費税等の還付を要求した。丙税理士は、本件調査開始日の同時調査についても不満を述べたところ、乙は、丙税理士に対し、原告と訴外別法人は取引もあり、同じ場所で作業をしているという事情もあるため同時に調査した方がよいと判断した旨を説明したが、丙税理士が納得することはなかった（甲１５、乙２５、２８、証人丙税理士〔３５頁〕）。
ク 乙らは、令和２年３月２４日以降も、文書又は口頭で、原告代表者や丙税理士らに対し、原告の帳簿書類等の提示を求めたが、丙税理士らは、従前と同様、本件調査の担当者の交代や消費税等の還付を求めるなどしてこれに応じなかった。なお、乙らは、この頃から、原告代表者に対し、直接、帳簿書類等の提示を求めること等を内容とする連絡票（乙２６、３４、４０）を交付していたが、原告代表者に交付した場合には、その写しを丙税理士らに対しても郵送していた（甲１０～１３、１５、乙２６、２７、２９～４１）。
ケ 乙らは、令和２年７月８日には丙税理士の事務所において、丙税理士らに対し、同年８月３日には丙税理士の事務所において、原告代表者及び丙税理士に対し、本件調査の結果を説明した。丙税理士は、いずれの場でも、乙らに対し、本件調査の担当者を交代すれば明日からでも帳簿書類等を見せるなどと述べた（甲１５、乙４２、４３）。
２ 消費税法７条２項該当性について
（１）判断枠組み
消費税法７条は、事業者が国内において行う課税資産の譲渡等のうち、本邦からの輸出として行われる資産の譲渡（以下「輸出取引」という。）について消費税を免除する（１項１号。以下、「輸出免税規定」という場合は、同号に係るものをいう。）とした上で、輸出免税規定は、当該輸出取引が同条１項１号に該当するものであることにつき、財務省令で定めるところにより証明されたものでない場合には適用しない（２項）旨を規定する。そして、同条２項の委任を受けた消費税法施行規則５条１項柱書きは、当該証明がされたものは、当該輸出取引を行った事業者が、当該輸出取引につき、同項各号の区分に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める書類又は帳簿を整理し、当該輸出取引を行った日の属する課税期間の末日の翌日から２か月を経過した日から７年間、納税地又は事務所等の所在地に保存することにより証明がされたものとする旨を規定する。そして、通則法（令和３年６月３０日以前は令和３年法律第１１号による改正前のものであり、令和２年３月３１日以前は平成３０年法律第７号による改正前のもの。）は、①国税庁、国税局又は税務署の当該職員（以下「税務職員」という。）は、消費税に関する調査について必要があるときは、消費税法の規定による消費税の納税義務がある者等に質問し、その者の事業に関する帳簿書類その他の物件を検査し、又は当該物件（その写しを含む。）の提示若しくは提出を求めることができるとし（７４条の２第１項３号）、②同条の規定による税務職員の質問に対して答弁せず、若しくは偽りの答弁をし、又はこの規定による検査、採取、移動の禁止若しくは封かんの実施を拒み、妨げ、若しくは忌避した者に対する罰則（１２８条２号）を定めている。
消費税法及び消費税法施行規則が、事業者に対して、上記のとおり書類又は帳簿の保存を求めているのは、その書類又は帳簿が、税務職員による検査の対象となり得ることを前提にしているものであり、事業者が、輸出取引に関し、消費税法施行規則５条１項各号に定める書類又は帳簿を保存している場合において、税務職員がこれらの書類又は帳簿を検査することにより当該課税資産の譲渡等が消費税法７条１項１号に該当するか否かを調査することが可能であるときに限り、輸出免税規定を適用することができることを明らかにするものであると解される。消費税法施行規則５条１項柱書が、これらの書類又は帳簿を整理し、所定の日から７年間、納税地又は事務所等の所在地に保存しなければならないことを定めているのも、国税の更正、決定等の期間制限を定める通則法７０条（令和２年法律第８号による改正前のもの）が、その４項において、その更正又は決定に係る国税の法定申告期限等から７年を経過する日まで更正、決定等をすることができると定めているところと符合する。
以上によれば、事業者が、輸出取引につき、消費税法施行規則５条１項各号に定める書類又は帳簿を整理し、これらを所定の期間及び場所において、税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかった場合は、消費税法７条２項にいう「その課税資産の譲渡等が同項各号に掲げる資産の譲渡等に該当するものであることにつき、財務省令で定めるところにより証明されたものでない場合」に該当し、輸出免税規定は、当該保存がない輸出取引については、適用されないものというべきである。
（２）検討
認定事実（３）イ～ケによれば、原告代表者及び丙税理士らは、本件調査開始日以降、乙らから、再三、帳簿書類等（これには、輸出取引等証明書類が含まれる。）の提示や本件調査への協力を求められたにもかかわらず、約９か月間にわたり、先に消費税等の還付や本件調査の担当者の交代を行うべきであるなどと独自の主張を繰り返して、帳簿書類等の提示や本件調査への協力に応じなかったものである。上記の乙らの求めに違法な点は見当たらず、また、原告においてこれに応じない正当な理由も格別なかったことからすれば、原告は、税務職員による消費税法施行規則５条１項各号に定める書類又は帳簿の検査に当たって適時にこれらを提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかったというべきである。そうすると、原告が、本件調査が行われた時点で、本件各課税期間に係る輸出取引についての所定の輸出取引等証明書類を保管していたとしても、消費税法７条２項にいう「その課税資産の譲渡等が同項各号に掲げる資産の譲渡等に該当するものであることにつき、財務省令で定めるところにより証明されたものでない場合」に該当し、原告の本件各課税期間に係る輸出取引については、輸出免税規定の適用がないものというべきである。
これに対し、原告は、帳簿書類等を全部保存し、いつでも本件調査の担当者らの閲覧・謄写に供するような状態を保っていたと主張する（原告主張事実（１））が、これを認めるに足りる的確な証拠はない上、以上に説示したとおり、原告主張事実（１）のみをもって、消費税法７条２項の該当性を否定することはできない。
（３）原告のその他の主張について
原告は、原告主張事実（２）から（８）までのとおり主張するため、それぞれの事情について検討する。
ア 原告主張事実（２）について
原告は、乙が、①事前の通知をすることなく本件調査を開始したことや、②本件調査を訴外別法人に対する調査と同時に開始することで、丙税理士の対応を物理的に不可能ならしめたと主張する。
（ア）上告①について
通則法は、税務調査を行うに際しては、納税義務者及び税務代理人に対し、あらかじめ所定の事項を通知する旨（７４条の９）を規定するが、他方で、税務署長等が調査の相手方である納税義務者の申告その他国税庁若しくは税関が保有する情報に鑑み、違法又は不当な行為を容易にし、正確な課税標準等又は税額等の把握を困難にするおそれその他国税に関する調査の適正な遂行に支障を及ぼすおそれがあると認める場合には、同条の通知を要しない旨（７４条の１０）を規定する。認定事実（２）によれば、本件調査開始日である令和元年９月２５日時点で、原告の本件各申告の内容について、免税売上高及び課税仕入高の急増や、それに伴う消費税還付申告額の増加等、不自然な点があったものと認められるから、乙らにおいて、原告に事前通知をした場合には、調査に応じることを拒んだり、調査の実施を困難にすることを意図して逃亡したりするなど、調査の適正な遂行に支障を及ぼすおそれがあると認めたこと（乙４５、４７、証人乙〔１１～１２頁〕参照）には合理的な理由があるものというべきであり、事前の通知をすることなく本件調査を開始したことが通則法７４条の９、７４条の１０の規定に反するとはいえない。
（イ）上記②について
税務職員は、通則法７４条の２第１項に基づく質問検査等の範囲、程度、時期、場所等実定法上特段の定めのない実施の細目について、質問検査等の必要があり、かつ、これと相手方の私的利益との衡量において社会通念上相当な限度にとどまる限り、合理的な裁量権を有しているものと解される（最高裁昭和４８年７月１０日第三小法廷判決・刑集２７巻７号１２０５頁参照）。
これを本件についてみると、認定事実によれば、乙は、原告と訴外別法人が、共に中国向けの輸出販売を業として行い、平成３０年頃まで本店所在地を同一にしていたことや、取引関係があったこと等の事情を踏まえ、原告と訴外別法人に対する調査を同時に開始した（認定事実（１）、（３）キ）というのであるから、乙の上記判断が不合理・不相当であったとはいえず、本件調査を訴外別法人に対する調査と同時に開始したことにつき、裁量権の濫用又はその範囲の逸脱があったとは認められない。
（ウ）小括
加えて、乙は、本件調査開始日に調査に着手しようとしたものの、結局、原告代表者や丙税理士が調査への協力に応じなかったため、同日の調査を行っておらず、その後、改めて調査の日程調整をすべく、繰り返し、丙税理士らに連絡をとっていたのであって（認定事実（３）イ、ウ、オ）、事前通知をしなかったことや、原告と訴外別法人に対する調査を同時に開始したことによって、原告に対し格別の不利益を与えていないことは明らかである。以上を総合すれば、原告主張事実（２）の事情は、原告において帳簿書類等の提示を拒む正当な理由にはなり得ず、前記（２）の判断を左右するものとはいえない。
イ 原告主張事実（３）、（６）について
原告は、乙が、丙税理士が要求したのに、①事前通知なく原告及び訴外別法人に対し同時に調査を開始したこと、及び②原告が求める消費税の還付に応じなかったことについて、理由を説明しなかった旨を主張する。
（ア）上記①について
前記ア（イ）のとおり、質問検査等の範囲、程度、時期、場所等実定法上特段の定めのない実施の細目については、税務職員の合理的な裁量に委ねられているものであって、税務職員において、採用した調査方法や採用した理由について調査対象者からの問い合わせに全て回答すべき義務があるとは解し難く、また、回答がないからといって、そのことのみをもって直ちに調査への協力を拒む正当な理由になるとはいえない。加えて、本件については、前記ア（ウ）のとおり、結局、本件調査開始日には調査は行われず、乙は、丙税理士に対し、原告及び訴外別法人に対する調査について、改めて調査の日程調整を申し入れていたのであるし、乙は、遅くとも令和２年３月２４日には、丙税理士に対し、原告と訴外別法人に対し同時に調査を開始した理由を説明していたのであるから（認定事実（３）キ）、原告において約９か月間にわたり帳簿書類等の提示を拒む正当な理由がないことは明らかである。
（イ）上記②について
認定事実によれば、乙は、丙税理士らに対し、同人らが求める令和元年６月課税期間分の消費税等の還付について、当該課税期間も本件調査の対象になっており、還付をするかどうかは本件調査の結果による旨を回答した（認定事実（３）ウ～オ）し、本件調査は、原告の本件各申告の内容について、免税売上高及び課税仕入高の急増や、それに伴う消費税還付申告額の増加等、不自然な点があったことを理由として開始されたものであるから（認定事実（２）、（３）ア）、乙が、本件調査を行った上で、消費税等の還付に対応しようとしたことについては合理的な理由があるものというべきである。
以上によれば、上記②についても、原告が帳簿書類等の提示を拒む正当な理由にならないことは明らかである。
ウ 原告主張事実（４）、（５）、（７）について
原告は、乙らが、丙税理士から本件調査に協力すると伝えられており、令和元年１２月９日から別件調査担当者が訴外法人に対する実質的な調査を開始したことを知りながら、敢えて調査を行わず、調査なしの課税に向けての既成事実づくりに専念した旨を主張する。
しかしながら、認定事実によれば、乙らは、原告や丙税理士らに対し、繰り返し本件調査への協力を求めていたが、丙税理士らは、乙らに対し、①事前通知をせずに原告と訴外別法人に対し同時に調査を開始したことの理由の説明や、先に消費税等の還付を行うことを要求するとともに、②本件調査の担当者を乙以外の者に交代させることを本件調査に応じる条件として提示していたものである（認定事実（３）ウ、オ～ケ）。
そして、上記①が帳簿書類等の提示を拒む正当な理由になり得ないことは前記イのとおりであるし、上記②についても、乙の行為に違法性が認められないことは前記アのとおりであるから、原告及び丙税理士らにおいて、本件調査の担当者の交代を求めることにつき合理的な理由があるものと解することはできない。
以上によれば、乙らが、本件調査において、原告の帳簿書類等を検査することができなかったのは、原告及び丙税理士らが、乙らに対し、本件調査に応じる条件として、不合理な条件を提示していたためであるといわざるを得ず、この点に係る原告の主張もまた採用することができない。
エ 原告主張事実（８）について
原告は、乙が、原告代表者が中国人であり、日本語による会話や読み書きが十分でないことに配慮しなかったと主張する。
しかしながら、認定事実によれば、原告代表者は、日本語による日常会話は可能であったし（認定事実（１））、乙らは、本件調査開始日には、原告代表者及び丙税理士からの要望に応じて、同日の調査を見送り、以後は、丙税理士らを通じて、調査の日程調整を行っていたものであり、令和２年３月２４日以降、原告代表者に対して直接連絡票を交付するようになってからも、併せて丙税理士らにその写しを郵送するなどしていたものである（認定事実（３）ク）。乙らにおいて、原告代表者の日本語能力の不十分さに乗じて本件調査を遂行しようとしたというような事情は認められず、原告において帳簿書類等の提示を拒む正当な理由があったということはできない。
（４）小括
以上によれば、原告主張事実（１）～（８）は、いずれも採用することができず、その他原告が主張するところを踏まえても、消費税法７条２項該当性を認める前記（２）の判断を覆すべき事情は見当たらない。よって、原告の本件各課税期間に係る課税資産の譲渡等に関し、輸出免税規定の適用は認められない。
３ 消費税法３０条７項本文該当性について
（１）判断枠組み
事業者が、消費税法施行令５０条１項の定めるとおり、消費税法３０条７項に規定する帳簿又は請求書等を整理し、これらを所定の期間及び場所において、税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかった場合は、同項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に当たり、事業者が災害その他やむを得ない事情により当該保存をすることができなかったことを証明しない限り（同項ただし書）、同条１項の規定は、当該保存がない課税仕入れに係る課税仕入れ等の税額については、適用されないものというべきである（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１６年１２月１６日第一小法廷判決・民集５８巻９号２４５８頁参照）。
（２）検討
これを本件についてみると、前記２（２）及び（３）のとおり、原告代表者及び丙税理士らは、本件調査開始日以降、乙らから、再三、帳簿書類等の提示や本件調査への協力を求められ、その求めに特に違法な点はなく、これに応じない正当な理由も格別なかったにもかかわらず、約９か月間にわたり、先に消費税等の還付や本件調査の担当者の交代を行うべきであるなどと独自の主張を繰り返して、帳簿書類等の提示や本件調査への協力に応じなかったものである。そうすると、原告が、税務職員による帳簿又は請求書等の検査に当たり、適時にこれらを提示することが可能なように態勢を整えて保存することをしていなかったというべきであり、本件は消費税法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に該当し、本件各課税期間の課税標準額に対する消費税について消費税法３０条１項の仕入税額控除の規定は適用されないものというべきである。
４ 法人税法１２７条１項１号該当性
（１）判断枠組み
法人税法１２６条１項は、青色申告の承認を受けている内国法人に対し、財務省令で定めるところにより、帳簿書類を備え付けてこれにその取引を記録すべきことはもとより、これらが行われていたとしても、さらに、税務職員が必要と判断したときにその帳簿書類を検査してその内容の真実性を確認することができるような態勢の下に、帳簿書類を保存しなければならないこととしているというべきであり、法人が税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて当該帳簿書類を保存していなかった場合は、同項の規定に違反し、同法１２７条１項１号に該当するものというべきである（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１７年３月１０日第１小法廷判決・民集５９巻２号３７９頁参照）。
（２）検討
これを本件についてみると、前記２（２）及び（３）のとおり、原告代表者及び丙税理士らは、本件調査開始日以降、乙らから、再三、帳簿書類等の提示や本件調査への協力を求められ、その求めに特に違法な点はなく、これに応じない正当な理由も格別なかったにもかかわらず、約９か月間にわたり、先に消費税等の還付や本件調査の担当者の交代を行うべきであるなどと独自の主張を繰り返して、帳簿書類等の提示や本件調査への協力に応じなかったものである。そうすると、原告が、税務職員による帳簿書類の検査に当たり、適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存することをしていなかったというべきであり、本件は法人税法１２７条１項１号に該当する事実がある場合に当たるから、久留米税務署長が原告に対してした本件青色申告承認取消処分に違法はないというべきである。
５ 本件各処分の適法性
（１）本件各更正処分の適法性
前記２及び３によれば、原告の本件各課税期間に係る輸出取引については、消費税法７条２項に該当するため、輸出免税規定の適用がなく、また、本件各課税期間に係る課税仕入れについては、同法３０条７項に該当するため、同条１項の仕入れ税額控除の規定の適用もないため、原告の本件各課税期間における消費税等の納付すべき税額は別紙４の１記載のとおりである。これらの金額は本件各更正処分における本件各課税期間の納付すべき消費税等の額と同額であるから、本件各更正処分はいずれも適法である。
（２）本件無申告加算税各賦課決定処分及び本件過少申告加算税各賦課決定処分の適法性平成２７年６月課税期間及び平成２７年９月課税期間について、原告が期限内申告書の提出をしなかったこと（前提事実（４））について正当な理由があるとは認められない。前記（１）のとおり、上記両課税期間に係る本件各更正処分は適法であるところ、これを前提に計算すると、それぞれの無申告加算税の額は、別紙４の３（１）記載のとおりであり、いずれも本件無申告加算税各賦課決定処分により付加された無申告加算税の額と同額である。
また、前記（１）のとおり、本件各課税期間のうちその余の課税期間に係る本件各更正処分は適法であるところ、これを前提に計算すると、それぞれの過少申告加算税の額は、別紙４の３（２）記載のとおりであり、いずれも本件過少申告加算税各賦課決定処分により付加された過少申告加算税の額と同額である。
以上によれば、本件無申告加算税各賦課決定処分及び本件過少申告加算税各賦課決定処分は、いずれも適法である。
（３）本件青色申告承認取消処分の適法性
前記４によれば、原告は、法人税法１２７条１項１号所定の青色申告承認の取消事由に該当するから、本件青色申告承認取消処分は適法である。
（４）手続的違法の主張について
なお、原告は、本件調査に手続的な違法性があるため、その結果に基づく本件各処分もまた違法である旨も主張するが、前記２（３）で説示したところに照らせば、本件調査の過程において、本件各処分を違法とするような手続上の違法があるとは認められないから、原告の上記主張もまた採用することができない。
第４ 結論
よって、原告の請求は、いずれも理由がないからこれらを棄却することとし、主文のとおり判決する。
福岡地方裁判所第１民事部
裁判長裁判官 林史高
裁判官 溝渕章展
裁判官 高橋弘乃
〔PDF 14～46頁は画像のため本文テキストなし〕
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2024/pdf/14062.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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