税務訴訟資料第２６２号－１９７（順号１２０４７）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号（甲事件）、第●●号（乙事件）、第●●号（丙事件）、第●●号（丁事件）青色申告承認取消処分取消等請求事件
国側当事者・国（所沢税務署長、佐久税務署長）
平成２４年９月２６日却下・棄却・確定
判決
当事者の表示
別紙１当事者目録記載のとおり（同別紙で定める略称は、以下においても用
いることとする。）
主文
１ 原告Ｂの本件訴えのうち別紙２主文目録記載の部分を却下する。
２ 原告らのその余の請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は原告らの負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 所沢税務署長が原告Ａに対して平成２２年５月１７日付けでした平成２１年５月１２日から同年９月３０日までの事業年度以降の法人税の青色申告承認取消処分を取り消す。
２ 所沢税務署長が原告Ｂに対して平成２２年５月１７日付けでした平成１６年１０月１日から平成１７年９月３０日までの事業年度以降の法人税の青色申告承認取消処分を取り消す。
３ 所沢税務署長が原告Ｂに対して平成２２年５月１７日付けでした①平成１９年１０月１日から平成２０年９月３０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額２９８５万７４３２円及び納付すべき税額８３１万７１００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分並びに②平成２０年１０月１日から平成２１年９月３０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額４２７万４９８９円及び納付すべき税額７６万９３００円を下回る部分をいずれも取り消す。
４ 所沢税務署長が原告Ｂに対して平成２２年５月１７日付けでした①平成１８年１０月１日から平成１９年９月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき税額合計１１１２万４８００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分、②平成１９年１０月１日から平成２０年９月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき税額合計１１７０万０８００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分並びに③平成２０年１０月１日から平成２１年９月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき税額合計７５５万２６００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
５ 佐久税務署長が原告Ｃに対して平成２２年５月１７日付けでした平成１９年９月１１日から平成２０年８月３１日までの事業年度以降の法人税の青色申告承認取消処分を取り消す。
６ 佐久税務署長が原告Ｃに対して平成２２年５月１７日付けでした平成２０年９月１日から平成２１年８月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち欠損金の繰戻しによる還付金額及び翌期繰越欠損金額を０円とした部分並びに過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
７ 佐久税務署長が原告Ｄに対して平成２２年５月１７日付けでした平成１７年７月１日から平成１８年６月３０日までの事業年度以降の法人税の青色申告承認取消処分を取り消す。
８ 佐久税務署長が原告Ｄに対して平成２２年５月１７日付けでした①平成１９年７月１日から平成２０年６月３０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額８３５９万１８２４円及び納付すべき税額２４４３万７３００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分並びに②平成２０年７月１日から平成２１年６月３０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち欠損金額４２９２万７２９３円を超える部分及び欠損金の繰戻しによる還付請求１２５４万９３９８円を下回る部分をいずれも取り消す。
９ 佐久税務署長が原告Ｄに対して平成２２年５月１７日付けでした①平成１９年７月１日から平成２０年６月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき税額合計１８１８万６１００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分並びに②平成２０年７月１日から平成２１年６月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき税額合計７０８万４７００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要等
本件は、いわゆる青色申告の承認を受けていた原告Ａ、原告Ｂ、原告Ｃ及び原告Ｄ（以下、原告４名を総称して「原告ら」という。）が、本件の係争に係る各事業年度又は課税期間（以下、これらを併せて単に「事業年度」ということがある。）に係る帳簿書類等の提示を求められたところ、その提示をしなかったことにつき、上記各事業年度に係る帳簿書類の備付け、記録又は保存が法人税法１２６条１項に規定する財務省令に定めるところに従って行われていなかった等として、処分行政庁である所沢税務署長及び佐久税務署長が、①原告らに対して青色申告の承認の取消処分をし、②原告Ａを除く原告らに対する同処分を前提とする法人税に係る更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分並びに③原告Ｂ及び原告Ｄに対する消費税及び地方消費税に係る更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分をしたことについて、原告らが、帳簿書類等を提示することができなかったことには正当な理由があるなどとし、上記の各処分は違法であると主張して、上記各処分の取消しを求めた事案である。
１ 略称及び関係法令の定め
(1) 本件における略称は、既に定めたもの及び以下本文中に定めるもののほか、別紙３略語表に記載のとおりである。
(2) 関係法令は、別紙４関係法令の定めに記載のとおりである。
２ 前提となる事実（証拠等を掲記した事実を除いて、当事者間に争いがない。）
(1) 原告ら
ア 原告Ａは、埼玉県狭山市を本店の所在地とする株式会社で、いずれも主にリサイクル業を事業とする原告Ｂ、原告Ｃ及び原告Ｄのいわゆる持株会社であり、訴外甲は代表取締役である。
原告Ｂは、原告Ａと同じ場所を本店の所在地とする株式会社であり、訴外甲は代表取締役である。
原告Ｃは、長野県小諸市●●番地●を本店の所在地とする株式会社であり、訴外乙は代表取締役である。訴外甲は、原告Ｃが設立された平成１９年９月１１日以後、原告Ｃの代表取締役であったが、平成２２年３月８日に辞任し、原告Ｃの取締役であった訴外乙が同月１１日に代表取締役に就任した。
原告Ｄは、同所同番地●を本店の所在地とする株式会社であり、訴外乙は代表取締役である。（アにつき、弁論の全趣旨）
イ 訴外甲は、原告ら４社の法人グループのいわゆる主宰者である（甲２０）。
訴外乙は、訴外甲の子である（甲２２）。
(2) 青色申告の承認
原告Ａは、いわゆる設立事業年度である原告Ａ平成２１年９月期以後の法人税の確定申告書等の提出について、青色申告の承認を受けていた（甲１６）。
原告Ｂは、設立事業年度である昭和５４年１０月１２日から昭和５５年９月３０日までの事業年度以後の法人税の確定申告書等の提出について、青色申告の承認を受けていた（甲１８）。
原告Ｃは、設立事業年度である原告Ｃ平成２０年８月期以後の法人税の確定申告書等の提出について、青色申告の承認を受けていた（甲２０）。
原告Ｄは、設立事業年度である原告Ｄ平成１８年６月期以後の法人税の確定申告書等の提出について、青色申告の承認を受けていた（甲２２）。
(3) 申告
ア 原告Ａ
原告Ａは、平成２１年１１月２７日、原告Ａ平成２１年９月期法人税確定申告書に、所得の金額又は欠損金額を「－２９４万２６８４円」、法人税額を「０円」と記載して所沢税務署長に提出した（甲１）。
イ 原告Ｂ
(ア) 法人税
原告Ｂは、平成２０年１１月２８日に原告Ｂ平成２０年９月期法人税確定申告書に、平成２１年１１月２６日に原告Ｂ平成２１年９月期法人税確定申告書に、それぞれ別表３の確定申告欄のとおり記載して所沢税務署長に提出した（甲３の２・３）。
(イ) 消費税等
原告Ｂは、平成１９年１１月２７日に原告Ｂ平成１９年９月課税期間消費税等確定申告書に、平成２０年１１月２８日に原告Ｂ平成２０年９月課税期間消費税等確定申告書に、平成２１年１１月２６日に原告Ｂ平成２１年９月課税期間確定申告書に、それぞれ別表４の確定申告欄のとおり記載して所沢税務署長に提出した（乙４９ないし５１）。
ウ 原告Ｃ
原告Ｃは、平成２１年１０月２８日、原告Ｃ平成２１年８月期法人税確定申告書に、別表６の確定申告欄のとおり記載して佐久税務署長に提出した（甲７）。
エ 原告Ｄ
(ア) 法人税
原告Ｄは、平成２０年８月２５日に原告Ｄ平成２０年６月期法人税確定申告書に、平成２１年８月２７日に原告Ｄ平成２１年６月期法人税確定申告書に、それぞれ別表８の確定申告欄のとおり記載して佐久税務署長に提出した（甲１０の１・２）。
その後、原告Ｄは、平成２１年１１月１２日、平成２１年６月期法人税修正申告書に、別表８の修正申告欄のとおり記載して佐久税務署長に提出した（甲１１）。
(イ) 消費税等
原告Ｄは、平成２０年８月２５日に原告Ｄ平成２０年６月課税期間消費税等確定申告書に、平成２１年８月２７日に原告Ｄ平成２１年６月課税期間消費税等確定申告書に、それぞれ別表９の確定申告欄のとおり記載して佐久税務署長に提出した（乙５２、５３）。
(4) 原告らに対する処分
ア 原告Ａ
所沢税務署長は、原告Ａに対し、平成２２年５月１７日付けで、原告Ａにつき法人税法１２７条１項１号に定める事由に該当する事実があったとして、その事実が認められる原告Ａ平成２１年９月期以後の法人税に係る青色申告の承認を取り消す旨の処分（原告Ａ青色取消処分）をした（別表１。甲２）。
イ 原告Ｂ
(ア) 所沢税務署長は、原告Ｂに対し、平成２２年５月１７日付けで、原告Ｂにつき法人税法１２７条１項１号に定める事由に該当する事実があったとして、その事実が認められる原告Ｂ平成１７年９月期以後の法人税に係る青色申告の承認を取り消す旨の処分（原告Ｂ青色取消処分）をした（別表２。甲４）。
(イ) 所沢税務署長は、原告Ｂに対し、平成２２年５月１７日付けで、原告Ｂ法人税各更正処分、原告Ｂ平成２０年９月期法人税の加算税賦課決定処分、原告Ｂ消費税各更正処分及び原告Ｂ消費税の各加算税賦課決定処分をした（別表３、４。甲５の１・２、６の１ないし３）。
なお、原告Ｂ平成２１年９月期法人税更正処分は、所得の金額を「△２１２万８０８３円」（△は欠損金額を表す。以下同じ。）、納付すべき税額を「０円」とするもの（減額更正処分）であった（別表３）。
ウ 原告Ｃ
(ア) 佐久税務署長は、原告Ｃに対し、平成２２年５月１７日付けで、原告Ｃにつき法人税法１２７条１項１号に定める事由に該当する事実があったとして、その事実が認められる原告Ｃ平成２０年８月期以降の青色申告の承認を取り消す旨の処分（原告Ｃ青色取消処分）をした（別表５。甲８）。
(イ) 佐久税務署長は、原告Ｃに対し、平成２２年５月１７日付けで、原告Ｃ平成２１年８月期法人税更正処分及び原告Ｃ平成２１年８月期法人税の加算税賦課決定処分をした（別表６。甲９）。
エ 原告Ｄ
(ア) 佐久税務署長は、原告Ｄに対し、平成２２年５月１７日付けで、原告Ｄにつき法人税法１２７条１項１号に定める事由に該当する事実があったとして、その事実が認められる平成１８年６月期以降の青色申告の承認を取り消す旨の処分（原告Ｄ青色取消処分）をした（別表７。甲１２）。
(イ) 佐久税務署長は、原告Ｄに対し、平成２２年５月１７日付けで、原告Ｄ法人税各更正処分、原告Ｄ法人税の各加算税賦課決定処分、原告Ｄ消費税各更正処分及び原告Ｄ消費税の各加算税賦課決定処分をした（別表８、９。甲１３の１・２、１４の１・２）。
(5) 不服申立手続
ア 異議申立て
(ア) 原告Ａは、所沢税務署長に対し、平成２２年６月１５日付けで、原告Ａ青色取消処分について異議申立てをした（別表１。甲１５）。
(イ) 原告Ｂは、所沢税務署長に対し、上記(ア)と同日付けで、原告Ｂ各処分について異議申立てをした（別表２ないし４。甲１７）。
(ウ) 原告Ｃは、佐久税務署長に対し、上記(ア)と同日付けで、原告Ｃ各処分について異議申立てをした（別表５、６。甲１９）。
(エ) 原告Ｄは、佐久税務署長に対し、上記(ア)と同日付けで、原告Ｄ各処分について異議申立てをした（別表７ないし９。甲２１）。
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2012/pdf/12047.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。