税務訴訟資料第２６２号－２４８（順号１２０９８）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（神奈川税務署長）
平成２４年１１月２８日却下・棄却・控訴
判決
当事者の表示
別紙１当事者目録記載のとおり
主文
１ 本件訴えのうち別紙２主文関係目録記載の各請求に係る部分を却下する。
２ 本件訴えのその余の部分に係る原告の請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 神奈川税務署長が原告に対して平成２０年６月３０日付けでした、原告の平成１８年４月１日から平成１９年３月３１日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の法人税の更正処分（以下「本件更正処分」という。）のうち、所得の金額を欠損金額２８７億９４１８万２３３９円として計算した額を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」といい、本件更正処分と併せて「本件更正処分等」という。）を取り消す。
２ 神奈川税務署長が原告に対して平成２１年６月３０日付けでした、原告の本件事業年度の法人税の再更正処分（以下「本件再更正処分」という。）のうち、所得の金額を欠損金額２８７億９４１８万２３３９円として計算した額を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件再賦課決定処分」といい、本件再更正処分と併せて「本件再更正処分等」という。）を取り消す。
３ 神奈川税務署長が原告に対して平成２２年６月２９日付けでした、原告の本件事業年度の法人税の再々更正処分（以下「本件再々更正処分」といい、本件更正処分及び本件再更正処分と併せて「本件各更正処分」という。）のうち、所得の金額を欠損金額２８７億９４１８万２３３９円として計算した額を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件再々賦課決定処分」といい、本件再々更正処分と併せて「本件再々更正処分等」という。また、以下、本件賦課決定処分、本件再賦課決定処分及び本件再々賦課決定処分を併せて「本件各賦課決定処分」と、本件各更正処分と本件各賦課決定処分を併せて「本件各更正処分等」とそれぞれいう。）を取り消す。
第２ 事案の概要等
１ 事案の要旨
(1)ア●●の開発、製造等の事業を目的とする株式会社である原告は、原告の製造した●●等を販売するいわゆる連結子会社である株式会社５１社（以下「本件各子会社」という。）等との間で、平成１８年４月から同年７月にかけて、①会社の分割、②新株の発行、③資本の減少（以下「減資」という。）並びに資本準備金及び利益準備金の減少（以下「減準備金」という。）並びに④会社の合併という一連のいわゆる事業再編（これらを総称して、以下「本件事業再編」という。）をした。
イ 神奈川税務署長は、本件事業再編のうちの前記ア③の減資及び減準備金に伴い、平成１７年法律第８７号による改正前の商法（以下「旧商法」という。）２１３条１項の規定に基づき、本件各子会社が発行した株式（以下「本件各子会社株式」という。）の一部が消却されて、それらを保有していた原告に一定の金額が払い戻されたことに関して、①原告に払い戻された金額（以下「本件払戻額」という。）が消却された本件各子会社株式（以下「本件消却株式」という。）の譲渡に係る適正な対価の額（以下「本件適正譲渡対価の額」という。）に比して低いから、原告は本件事業年度の法人税の確定申告において有価証券の譲渡に係る譲渡損失額（法人税法〔本件においては、便宜上、特に断らない限りは平成１９年法律第６号による改正前のものを指す。以下同じ。〕６１条の２第１項のいわゆる柱書き参照）を過大に計上したとするとともに、②この差額（ただし、一部の金額を除く。）は原告から本件各子会社に対して支出した寄附金（同法３７条７項及び８項参照）に当たるから、その金額は原告の本件事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入されない等として、本件各更正処分等をした。
(2) 本件は、原告が、①主位的には、神奈川税務署長が前記(1)イ②のとおり寄附金と認定した金額のうち減資及び減準備金の際に株主に払戻しをする場合の払戻しの金額の限度額（旧商法２８９条３項及び３７５条１項参照。以下「払戻限度額」といい、本件におけるそれを「本件払戻限度額」という。）を超える部分（以下「本件払戻限度超過額」という。）について、原告はその払戻しを受けることができる法的地位になかったものであるから、本件払戻限度超過額は寄附金には当たらない旨を、②予備的には、本件各更正処分等において認定された本件適正譲渡対価の額は、本件消却株式の時価に基づいて算定される本件適正譲渡対価の額を上回るから、本件各更正処分等において認定された有価証券の譲渡損失額は不当に低い額となっている旨を、それぞれ主張して、本件各更正処分等の一部（上記①にあっては、本件各更正処分のうち原告の所得の金額を欠損金額２８７億９４１８万２３３９円としてそれぞれ計算した額を超える部分及び本件各賦課決定処分、上記②にあっては、本件各更正処分のうち原告の所得の金額を５３億２２５１万６０１０円としてそれぞれ計算した額を超える部分及び本件各賦課決定処分）の取消しを求めた事案である。
(3) 被告は、本件訴えのうち本件更正処分及び本件再更正処分の一部の取消しを求める部分については、専ら訴えの適法性を争っており、本案についての主張はしていない。
２ 関係法令等の定め
別紙３関係法令等の定めに記載したとおりである（なお、同別紙で定める略称等は、以下においても用いることとする。）。
３ 前提事実（いずれも、当事者間に争いがないか、当事者において争うことを明らかにしない事実である。以下「前提事実」という。）
(1) 原告
原告は、●●の開発、製造、売買等の事業を目的とする株式会社である。
(2) 本件事業再編
原告は、平成１８年２月、株式会社Ａ銀行等から原告のいわゆる連結子会社であるＢ株式会社（以下「Ｂ」という。）の発行する株式５９万株を取得した上で、同年４月から同年７月にかけて、以下のアないしエを内容とする本件事業再編をした。
なお、本件事業再編における手続は、いずれも旧商法の規定に基づいてされた（会社法の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律８３条２項、１０５条、１０６条参照）。
ア 会社の分割
本件各子会社は、平成１８年４月１日をいわゆる効力発生日として、土地や建物等を本件各子会社に残して、原告の●●の販売等の営業を分割によって設立する会社に承継させる分社型分割（以下「本件分割」という。）をした。
なお、原告は、本件分割の前後を通じて、本件各子会社の発行済み株式の全てを保有していた（ただし、本件分割の前後を通じ、Ｃ株式会社についてはその発行済み株式の約０．００８パーセントを、Ｄ株式会社についてはその発行済み株式の約１．６７パーセントを、原告以外の第三者が保有していた。）。
イ 新株の発行
本件各子会社は後記エ(ア)の本件合併により消滅することが予定されていたところ、旧商法上、債務超過の状態にある会社を合併によって消滅する会社とする吸収合併をすることは許されないと解されていた。そこで、本件各子会社のうち当時帳簿上又は実質上債務超過の状態にあった３０社は、平成１８年４月２８日又は同年５月１２日を効力発生日として、原告を割当てを受ける者とする総額８４５億円のいわゆる第三者割当増資（以下「本件増資」という。）をした。
ウ 株式の消却を伴う減資等
(ア) 減資等
本件各子会社は、後記エ(ア)の本件合併により消滅するまでの間の資本金の額を事業税の負担の軽減のために旧商法上の最低限の規模のものとする等の目的から、平成１８年６月２０日又は同月２７日を効力発生日として、旧商法の減資等の規定に従い、本件消却株式を消却する（この株式の消却を、以下「本件株式消却」という。）とともに、減資及び減準備金をする手続（本件株式消却を伴う減資及び減準備金の手続を総称して、以下「本件株式消却を伴う減資」という。）をし、これにより本件各子会社の資本金の額はいずれも１０００万円となった。
(イ) 払戻し
前記(ア)の処理に際し、①本件各子会社のうち本件増資をしなかった２１社は、本件株式消却を伴う減資における減資の額及び減準備金の額の合計額に相当する金額を原告に対して払い戻した（ただし、この払戻しの後に帳簿上又は実質上の債務超過の状態となる場合〔９社〕には、債務超過の状態とならない範囲で払い戻した。）が、②本件各子会社のうち本件増資をした３０社（本件増資の当時帳簿上又は実質上の債務超過の状態にあったもの）は、払戻しにより再び債務超過の状態となる可能性があったことから、原告に対する払戻しをしなかった。
なお、上記①の払戻しに係る本件払戻額は、合計で８５億２００７万０９７１円であった。
(ウ) 消却すべき株式の数の決定
①本件各子会社のうち本件増資をしなかった２１社は、前記(イ)のようにして決めたａ当該本件各子会社における払戻しの金額をｂ当該本件各子会社の株式１株当たりの時価であるとして算出した額で除した数をもって、本件株式消却を伴う減資に当たって消却すべき株式の数とし、②本件各子会社のうち本件増資をした３０社は、ａ減資の額をｂ本件増資前の当該本件各子会社の資本金の額を本件増資前の発行済み株式の総数で除した数をもって除して、同じく消却すべき株式の数とした。
エ 会社の合併
(ア) 合併等
本件各子会社とＢは、平成１８年７月１日を効力発生日として、合併後に存続する会社をＢとし、合併によって消滅する会社を本件各子会社とする吸収合併（以下「本件合併」という。）をし、Ｂは、同日、その商号をＥ株式会社に変更した。
(イ) 本件各子会社株式の価値の評価
原告は、本件合併に先立って、Ｆ銀行（当時）から同行の作成に係る平成１８年４月２４日付けの「子会社合併比率算定結果ご報告」と題する文書（乙５。以下「本件合併比率算定書」という。）を受領し、同文書における評価額を前提として本件合併に係るいわゆる合併比率を算定した。
なお、本件合併比率算定書には、次のａないしｃのような趣旨の記載がされるとともに、これを前提として次のｄに関する事項の記載がされている。
ａ 本件各子会社の評価は、平成１８年４月１日時点を基準とし、予想される増減資を反映させて評価を実施した。
ｂ 本件合併は実質的にグループ内での企業再編であり、いわゆる時価純資産法はグループ関係者が納得しやすい客観的評価手法の１つと考えられ、他方、他の手法は本件合併に適切とは考え難いことから、本件各子会社の企業価値を評価するに当たっては、時価純資産法での評価を中心とする。
ｃ 時価純資産法での評価の前提として、士地については、一般的に時価とみなされている「路線価÷０．８」を時価として採用する。
ｄ 前記ａないしｃを前提とした時価純資産法により算定された本件各子会社の各純資産価額（以下「本件各時価純資産額」という。）及びこれに基づく本件各子会社株式の１株当たりの価額、同様の方法により算定されたＢの純資産価額及びその株式１株当たりの価額（以下、本件合併比率算定書に記載されたこれらの価額の総称として、「本件Ｆ銀行評価額」ということがある。）並びに合併比率
(3) 本件各更正処分等及び不服申立て
ア 原告は、本件事業年度の法人税につき、別表１の「確定申告」欄記載のとおり、①別表２の「本件払戻額」欄記載の金額の合計額である８５億２００７万０９７１円から、同別表の「みなし配当額」欄記載の金額の合計額である４４億００３２万４４９７円を控除した額である同別表の「原告算出譲渡対価の額」欄記載の金額の合計額である４１億１９７４万６４７４円（以下「原告算出譲渡対価の額」という。）を法人税法６１条の２第１項１号に規定する有価証券の譲渡に係る対価の額とし、②本件消却株式の帳簿価額である同別表の「譲渡原価の額」欄記載の金額の合計額である１４３２億６９２４万８６４７円を同項２号に規定する有価証券の譲渡に係る原価の額とした上で、後者に掲げる金額（②）が前者に掲げる金額（①）を超える部分である同別表の「譲渡損失額」欄記載の金額の合計額である１３９１億４９５０万２１７３円を損金の額に算入する等した内容の確定申告（以下「本件確定申告」といい、この確定申告において原告が平成１９年６月２５日に神奈川税務署長に提出した確定申告書〔甲２〕を「本件確定申告書」という。）をした。
これに対し、神奈川税務署長は、本件払戻額は本件適正譲渡対価の額に比して低く、この差額から一部の金額を除いた金額について、原告は有価証券の譲渡損失額を過大に計上したとするとともに、過大に計上したとする有価証券の譲渡損失額から一部の金額を除いた金額について、原告から本件各子会社に対して支出した寄附金に当たる等として、別表１の「更正処分」欄記載のとおり、本件更正処分等をした。
イ その後の本件更正処分等についての異議申立て、異議決定、審査請求及び審査裁決の経緯は、別表１の「異議申立」欄、「異議決定」欄、「審査請求」欄及び「審査裁決」欄に、それぞれ記載されているとおりである。
また、神奈川税務署長は、同別表の「再更正処分」欄記載のとおり、本件再更正処分等をし、その後、同別表の「再々更正処分」欄記載のとおり、本件再々更正処分等をした。他方、原告は、本件再々更正処分等について、同別表の「再審査請求」欄記載のとおり、審査請求をし、これについては審理中である（なお、本件再更正処分等について、原告は不服申立てをしておらず、本件では、これに係る審査請求についての裁決は経られていない。）。
(4) 本件訴えの提起
原告は、平成２２年６月１６日、本件更正処分等及び本件再更正処分等の各一部の取消しを求める本件訴えを提起し、平成２２年１１月８日、これに本件再々更正処分等の一部の取消し求める請求を追加する旨の訴えの変更（行政事件訴訟法７条、民事訴訟法１４３条）をした（当裁判所に顕著な事実）。
４ 本件再々更正処分及び本件各賦課決定処分の根拠及び適法性に関する被告の主張本件再々更正処分及び本件各賦課決定処分の根拠及び適法性に関する被告の主張は、後記６に掲げるほか、別紙４本件再々更正処分及び本件各賦課決定処分の根拠及び適法性に記載のとおりである。
５ 争点
(1) 本件再々更正処分の一部の取消しを求める訴えのうち本件再更正処分における更正の額を下回る部分の取消しを求める部分等の適法性（争点１）
(2) 本件払戻限度超過額の寄附金該当性（争点２）
(3) 本件適正譲渡対価の額（争点３）
６ 争点に関する当事者の主張
(1) 本件再々更正処分の一部の取消しを求める訴えのうち本件再更正処分における更正の額を下回る部分の取消しを求める部分等の適法性（争点１）について
（原告の主張の要点）
ア 原告は、法律の規定に従い、本件再々更正処分等に対する審査請求をし、その翌日から起算して３月を経過した後に、前提事実(4)のとおりの訴えの変更の申立てをしたものであるから、本件再々更正処分の取消しを求める訴えが適法なものであることは明らかである。
被告は、本件再更正処分に対する不服申立てがされていないから、同処分は確定して不可争の状態となったとの前提に立って、本件再々更正処分の一部の取消しを求める訴えのうち本件再更正処分における更正の額を下回る部分の取消しを求める部分が不適法なものである旨を主張する。
しかし、被告の主張は、法律に定めのない新たな訴訟要件を付加するに等しいものである上、原告は本件更正処分に対する審査請求についての裁決は経ており、また、本件再更正処分に係る訴えにおける争点は本件更正処分に係る部分（本件株式消却を伴う減資に係る課税関係）のみなのであるから、「裁決を経ないことにつき正当な理由」（通則法１１５条１項３号）があるというべきであって、本件再更正処分に対する不服申立てを経る必要はないというべきである。
イ また、過少申告加算税は、本税についての更正処分等が取り消された場合には、遡ってその成立の基礎を失い、納付義務が消滅する付帯税であって、その性質からすれば、本税について不服申立ての前置が問題とならない場合には、過少申告加算税についても不服申立てを経る必要はない（通則法１１５条１項３号）と解すべきである。本件において、本件再更正処分に対する不服申立ての前置が問題とならないことは、前記アで述べたとおりであるから、本件再賦課決定処分についても不服申立てを経る必要はない。
なお、原告は、本税である本件再更正処分の違法を理由に本件再賦課決定処分の取消しを求めているのであり、原告が本件更正処分等に対する不服申立てをして、本件更正処分に係る部分のみを争点として争ってきたこと等からすれば、本件再賦課決定処分そのものに対する不服申立てをしなくても、不服申立ての前置が求められる趣旨を没却することはない。したがって、本件再賦課決定処分の取消しの訴えは、「裁決を経ないことにつき正当な理由があるとき」（同号）に該当する。
（被告の主張の要点）
ア 更正処分がされた後にいわゆる増額再更正処分がされた場合には、増額再更正処分のみが取消訴訟の対象となり、当初の更正処分の取消しを求める訴えの利益は失われるとするのが、確立した判例であるところ、本件において、本件更正処分は本件再更正処分に、本件再更正処分は本件再々更正処分に、それぞれ吸収され、いずれも独立して取消しの対象とする意義を失ったものであるから、本件訴えのうちそれらの取消しを求める部分は、訴えの利益を欠いた不適法なものというべきである。
他方、更正処分、増額再更正処分等は、飽くまで別個独立の処分であり、実体法上は当然に一方が他方に吸収されるものではなく、取消訴訟の提起に至る前の段階においては、それらは併存する。したがって、処分の確定を妨げるためには、それぞれに対する不服申立てをした上で、出訴期間内に取消訴訟を提起する必要があり、増額再更正処分に対する不服申立てをせずにこれを確定させて不可争の状態となった場合には、その後にされた増額再々更正処分の取消訴訟において、増額再更正額処分を下回る部分についての取消しを求める訴えは不適法となると解すべきである。
本件においては、本件再更正処分に対する不服申立てはされておらず、審査請求についての裁決を経ていないから、本件再々更正処分の取消しを求め得る範囲は、本件再更正処分により既に確定した所得の金額及び納付すべき税額を超える部分に限られる。
したがって、本件再々更正処分の取消しを求める訴えのうち本件再更正処分における更正の額を下回る部分の取消しを求める部分は、訴えの利益を欠いた不適法なものというべきである。
イ また、本件再賦課決定処分は、処分に係る通知を受けた日から２月以内に審査請求をすることができる処分であるところ、国税に関する法律に基づく処分で不服申立てをすることができるものの取消しを求める訴えは、通則法１１５条１項各号に定める場合を除き、審査請求をすることができる処分にあっては審査請求についての裁決を経た後でなければ、これを提起することができないとされている。
本件においては、本件再賦課決定処分に対する不服申立てはされておらず、同項各号に定める事情も見当たらないから、その取消しを求める訴えは、不服申立ての前置を欠いた不適法なものというべきである。
この点、原告は、本件再賦課決定処分の取消しを求める訴えが、同項３号に該当する旨を主張する。
しかし、同号に定める「正当な理由」とは、各処分が実質的に同一である場合や、各処分が処分の理由を共通にし、それに対する行政庁等の基本的な判断が１つの処分に対する不服申立ての手続で既に示されており、変更の余地がないような場合に限られると解すべきであるところ、本件において、同号に定める事由は認められないから、原告の主張は理由がないというべきである。
(2) 本件払戻限度超過額の寄附金該当性（争点２）について
（被告の主張の要点）
ア 本件適正譲渡対価の額と原告算出譲渡対価の額との差額（一部の金額を除く。）が法人税法上の寄附金に該当すること
(ア) 法人税法上の「寄附金」は、同法３７条７項及び８項が定めるとおり、通常の意味における寄附金（公共又は公益のための拠出等）よりもはるかに広い観念であり、どのような名義で支出されたのか、また、法人の事業に関連性がある支出なのかを問わず、さらに、私法上の法形式にとらわれることもなく、対価性のない金銭その他の資産又は経済的な利益の贈与又は無償の供与をいう。そして、寄附金に該当するか否かは、「資産又は経済的な利益を対価なく他に移転する場合であって、その行為について通常の経済取引として是認できる合理的な理由が存在しない」（以下、便宜上、この寄附金該当性の判断基準のうち「資産又は経済的な利益を対価なく他に移転する場合」という要件を「対価要件」といい、「その行為について通常の経済取引として是認できる合理的な理由が存在しない」という要件を「合理性要件」という。）ものであるか否かにより判断すべきである。
(イ) 本件各時価純資産額のうち本件消却株式に係る部分の金額（以下「本件時価」という。）は、合計で７１５億４５１０万６２４１円（別表６の「本件各時価純資産額のうち本件消却株式に係る部分の金額」欄の合計額）であるところ、原告は、本件株式消却によって株主としての権利を喪失し、上記金額に相当する経済的な利益を失ったこととなる。それに対し、原告は、本件各子会社から合計で８５億２００７万０９７１円の払戻し（別表２の「本件払戻額」欄の合計額）を受けたにすぎないから、この差額から別表６の「資本金等の額超過分」欄の合計額を控除した６２８億７８７７万０７１２円（別表５の「寄附金認定額」欄の合計額）については、経済的な利益が対価なく他に移転している（対価要件）ということができる（なお、原告は、一旦、本件各子会社のうち３０社に対して出資という形で金員を払い込み、本件各子会社株式の価値を高めておきながら、その直後に、自らの意思に基づく当初の計画に従って、本件各子会社株式に係る権利を強制消却によって失っているのであって、本件事業再編を全体としてみれば、原告が本件各子会社に対して現金を贈与としたのと経済的に同じであるとさえいうことができる。）。
(ウ) また、本件株式消却を伴う減資は、本件事業再編の一環としてされたものであるところ、原告の主張によれば、本件各子会社が本件事業再編をしたのは、いわゆるバブル経済崩壊後の●●の国内需要の頭打ちや少子高齢化による需要減が避けられない状況下において、販売体制等の効率化を図ること等が理由であったというのであって、原告が本件株式消却を伴う減資によって本件各子会社に経済的な利益を移転させたことについて、法基通９－４－１及び９－４－２に定めるような本件各子会社の倒産を防止するためにやむを得ず行ったといった事情は認められない。
原告が、本件消却株式の客観的な時価に見合った対価を受領しなかったことが、旧商法の払戻限度額に関する規制を遵守するものであったとしても、これによりその贈与的な性格が否定されるものではなく、本件各子会社に無償で経済的な利益を供与したことについては、「通常の経済取引として是認できる合理的な理由が存在しない」（合理性要件）というべきである。
(エ) 以上によれば、本件における寄附金の額は、本件払戻限度超過額を含んだ６２８億７８７７万０７１２円（別表５の「寄附金認定額」欄の合計額）である。
イ 原告の主張について
(ア) 原告は、各種の裁判例を引用して、法人が無償又は低い価額で資産を譲渡した場合、法人税法２２条２項によって、観念上、第１の取引として、当該法人が適正な価額を受領して当該譲渡を行ったと擬制した上で、この擬制を前堤に、第２の取引として、第１の取引によって受領したとみなされる適正な価額と実際に受領した対価の額との差額を取引の相手方に返還したものと擬制するという２つの擬制がなされるとの理論的説明を前提として、本件払戻限度超過額は、違法・無効な収益の返還であり、寄附金には当たらない旨を主張する。
しかし、原告が引用する裁判例は原告の主張に沿うものとはいえないし、一般論として、株式の消却に当たり払戻限度額を超過して現実に払戻しが行われた場合に、旧商法上、その行為が違法・無効との評価を受けるかという問題はあるものの、本件各更正処分は、本件においてそのような行為があったと擬制したものではない。本件各更正処分は、本件株式消却を伴う減資について、その消却時における適正な価額に相当する経済的な価値に相当する収益が原告に発生したと認識することができ、この金額と現実に原告が払戻しを受けた金額との差額は、原告から本件各子会社に対して経済的な利益の移転があったと認められ、それは原告が無償で本件各子会社に供与したものと同視することができるとしたものであって、原告が前提とした上記の理論的説明は誤りである。
この点をおくとしても、原告の主張によれば、旧商法における払戻限度額の規制が法人税法３７条の寄附金の額の認定において考慮されるべきこととなるところ、これに沿う同法の規定や法基通の定めは存在しない。また、旧商法３７５条１項は、減資に当たり、資本の欠損の填補を義務付けたものではなく、その選択は会社に委ねられているところ、原告は、本件事業再編をするに当たって、本件各子会社のうち３０社に対して増資に応じて金員を払い込んだ後、本件消却株式について、本件各時価純資産額の合計額である７１５億４５１０万６２４１円のうち８５億２００７万０９７１円しか払戻しを受けなかった。原告は、同項違反の違法が生ずることを回避した結果、本件各子会社に対して経済的な利益を無償で移転させたということができ、これは正に原告から本件各子会社に対する贈与というべき性格のものということができる。
(イ) 原告は、本件各更正処分について、旧商法の払戻限度額の規制に現実に違反して払戻しを受けた者は、これを後に返還することにより払戻限度額を超える部分を損金の額に算入できるのに対し、原告のように旧商法上の払戻限度額を遵守して適法な払戻しを受けた者は、払戻限度額を超える部分を損金の額に算入できないこととなるとした上で、同法の規定を遵守したがゆえにかえって不利な課税がされることとなり、極めて不合理である旨を主張する。
しかし、原告が前提とする理論的説明は誤りであり、この点をおいても、旧商法における払戻限度額の規制が法人税法３７条の寄附金の額の認定において考慮されるべきものでないことは、前記(ア)のとおりである。また、株式の消却に当たってその消却される株式の価値に相当する金額の払戻しを受けなかったことが対価性のない経済的な利益の移転に当たれば、同法上、寄附金の額に該当すると認定されるのであるから、払戻限度額の規制に違反して現実に払戻しを受けた者が、収受した経済的成果を後に返還したとしても、払戻限度額を超える部分を返還する行為が対価性のない経済的な利益の供与と評価されれば、寄附金の額の支出があったものと認定されるのであって、原告の上記主張は、誤った独自の解釈を前提とするものというべきである。
(ウ)ａ原告は、寄附金と認定されるためには、私法上、対価を受領できたにもかかわらず、対価を受領することなく経済的な利益を移転したことが必要であるとし、大阪高等裁判所昭和５９年６月２９日判決（行政事件裁判例集３５巻６号８２２頁。以下「Ｑ事件大阪高裁判決」といい、この判決に係る事件を「Ｑ事件」という。）を引用した上で、本件における寄附金該当性の判断においては、そもそも原告が、私法上、本件払戻限度超過額の払戻しを受け得る法的地位にあったか否かが検討されなければならないところ、原告はかかる法的地位になかったから、原告が本件払戻限度超過額の払戻しを受けなかったことをもって経済的な利益を対価なく他に移転したとはいえない旨を主張する。
ｂ しかし、一般に、旧商法上の減資及び減準備金の手続において、資本の欠損の填補をするか否か、する場合にいかなる金額まで填補するかのみならず、金銭の払戻しをするか否か、株式の消却をするか否か、する場合にいかなる数の株式を消却するかは、いずれも会社の任意の選択に委ねられている。そして、払戻限度額は、資本の額、資本準備金及び利益準備金の各減少額の合計額から、資本の欠損の填補に充てた額を控除した額であるから、その額は、会社の任意の選択によって定まり、消却する株式の数を調整することによって、消却する株式１株当たりの払戻限度額を変動させることも可能である。
よって、本件払戻限度額を超えない範囲で原告への払戻額を決定し、その額を本件各時価純資産額から算定された本件各子会社株式の１株当たりの客観的価値で除して消却すべき株式の数を決定すれば、原告は、本件消却株式の価値に見合うだけの適正な対価を払戻限度額の範囲内で受領することができたもので、この場合、寄附金該当性の問題は生じない。また、発行する株式の数を減らすのであれば、株式を消却しなくとも、旧商法２１４条に規定する株式の併合を選択すればよく、この場合も、寄附金該当性の問題が生ずることはない。
ｃ そして、本件株式消却を伴う減資は、本件各子会社がしたものではあるが、原告は、本件各子会社の発行済み株式のほぼ全てを保有する親会社及びほぼ唯一の株主という立場にあり、その立場によって本件事業再編を主導して本件株式消却を伴う減資における減資等の額や払戻しの額等を決定することができたもので、現に、この決定を承認した株主総会においても、ほぼ唯一の株主としてこれを承認した。
本件払戻限度額及び本件払戻限度超過額は、この決定及び承認の結果として算出されるものであり、原告は、前記ｂのように寄附金該当性が問題とならないような選択肢もある中で、あえて前提事実(2)ウの内容での本件株式消却を伴う減資を選択したのであり、原告自らが選択して、本件払戻限度超過額に相当する経済的な利益を本件各子会社に移転する結果となる法律関係を発生させたものである。
ｄ 消却される株式の株主としては、消却に見合う適正な対価を受領することができるのであれば、これを受領しようとするのが合理的な経済人というべきであるところ、原告は、前記ｂのような選択肢もあった中で、前記ｃのような自らの選択・決定によって、本件払戻限度超過額を含む経済的な利益を本件各子会社に対価なく移転させたものである。
すなわち、本件払戻限度超過額を本件各子会社から受領し得ず、これに相当する経済的な利益を本件各子会社に供与すべき法的地位が原告に生じたのは、原告自ら選択した内容での本件株式消却を伴う減資が行われたことによる結果にすぎないから、原告は、正に自らの意思により、本件各子会社に対して経済的な利益を対価なく移転させたものと評価すべきである（被告は、原告が不当な目的をもってあえて低額での払い戻しとなるような本件株式消却を伴う減資をしたと主張するものではないが、いずれにせよかかる目的の存否は寄附金該当性の判断には影響しない。また、仮に、原告が従前の例にならって機械的に本件株式消却を伴う減資の内容を決定したものであったとしても、同様である。）。
なお、原告は、その主張に沿うものであるとしてＱ事件大阪高裁判決を引用するが、自らの選択によって本件払戻限度超過額に相当する経済的な利益を本件各子会社に供与することができない法令上の拘束を受けた本件とＱ事件とでは、前提となる事実関係を異にしているから、これらを同列に論じることはできないというべきである。
ｅ この点、原告は、本件における対価要件に関する争点は、対価を受け取ることのできない法的地位が、当該対価を受け取らずに譲渡をした者の選択によって生じた場合に、対価要件を満たすか否かという点に尽きるところ、このことについて、被告は法的根拠及び理由を示していない旨を主張する。
しかし、対価要件については、経済的な利益を対価なく他に移転していることと理解されるのであるから、客観的に見て対価を受け取ることなく経済的な利益が移転されているのであれば、原則として対価要件は満たされるのであり、仮に、本件払戻限度超過額を原告が受領し得る法的地位にない点が問題となるとしても、これは合理性要件において検討されるべき要素である（なお、対価要件の内容のとらえ方については、原告と被告との解釈に超え難い隔たりがあるといわざるを得ないが、この点は、対価要件と合理性要件の整理の仕方の問題にすぎないというべきである。）。
そして、資産を無償又は低い価額で譲渡した場合には、適正な価額と当該資産の対価の額との差額のうち実質的に贈与をしたと認められる金額が寄附金とされる（法人税法３７条８項）のであり、本件において、原告は、本件各子会社からの払戻しとして、本件消却株式の適正な価額の一部に相当する金額を収受したにすぎないことから、客観的に見て、この一部を超える経済的な利益は原告から本件各子会社に「対価なく」移転しており、したがって、この部分は対価要件を満たすものである。
原告も、本件払戻限度額と本件払戻額との差額が寄附金となることは争っておらず、少なくとも当該部分に相当する経済的な利益が対価なく本件各子会社に移転したことに争いはないと解されるにもかかわらず、原告は、本件払戻限度超過額については対価要件を満たさないと繰り返すのみであって、その主張には理由がない。
(エ) 原告は、被告の主張によれば、消却される株式の時価相当額と払戻額の差額という同一の経済的な価値に対して、その消却時と未消却の株式の譲渡時とで二重に課税がされる問題が生ずるところ、このことは、本件でいえば４０５億５１６４万５８４９円という多額の経済的な価値に対する二重課税を招来することを意味するのであって、この点からも、被告の主張する解釈は不当である旨を主張する。
しかし、原告の主張するところの二重課税の問題は、本件において被告が主張する解釈によって初めて発生するものではない。
また、確かに、株式の消却において当該株式に係る経済的な価値に見合う額の払戻しがされない場合、その差額の経済的な価値は、消却される株式から未消却の株式に移転することになり、消却される株式の法人である株主が未消却の株式の株主に移転した経済的な価値について寄附金の損金不算入によって課税がされ、一方、未消却の株式の売却時にはその移転された経済的な価値の部分にも譲渡収入としての課税がされることとなる。しかし、このことは、いわば、寄附金の損金不参入の制度による当然の帰結であり、二重課税として否定されるべきものではない。
本件では、消却される株式の株主と未消却の株式の株主が同一であることから、原告の主張するところの二重課税の問題が生ずるかのような外観を呈するが、これは、同一の者によってその全部が保有されている株式について、株式の消却がされた場合には、消却される株式の株主から株式を消却した発行会社に当該株式が譲渡されたものとして課税上の取扱いがされることから必然的に生じる事象である。そして、このような場合に原告の主張するところの二重課税を排除するためには、原告が言及するように未消却の株式の帳簿価額の調整（増額）を行うといった方法等があり得るが、このような取扱いは、もはや立法論というべきものであって、解釈論として採り得ないことは明らかである。
なお、原告は、本件払戻額のうち本件払戻限度額までの部分について、これが寄附金とされることを争っておらず、その主張は一貫していない。
(オ)ａ原告は、いわゆる有償取引同視説（法人税法２２条２項の「無償による資産の譲渡又は役務の提供」について、通常の対価でする取引とこの取引により受領した対価の全部又は一部の相手方への贈与という２つの取引がされたと場合と同視して考えることをいう。以下同じ。）は、法人税法２２条２項に関する通説であるところ、本件払戻限度超過額を寄附金と認定する被告の主張は、現実に払戻限度額を超えて払戻しを受けた後に払戻限度額を超える部分を返還した場合（有償取引の場合）の課税関係と全く異なっており、有償取引同視説からは是認し得るものではない旨を主張する。
しかし、本件株式消却を伴う減資において、払戻限度額を遵守する形で原告が払戻限度額を超えない金額しか受領しなかったのであったとしても、そのような払戻限度額（特に、１株当たりの払戻限度額）やそれが本件時価を下回った状況が、誰の意思に基づいて、どのような内容の減資や株式の消却が行われたことにより生じたのかを確認した上で、本件株式消却を伴う減資によって生じた原告から本件各子会社への経済的な利益の移転が贈与と同視し得るものであるのかを検討しなければならない。
そして、それが株主自らの意思により生じたものであるならば、一旦、払戻限度額を超えて払戻しを受けた株主が、払戻限度額を超える部分を返還したとしても、法人税法３７条の適用上は、株主による贈与があったものと同視することができ、寄附金の額が認定されることになるというべきである。
したがって、有償取引同視説を前提とするとしても、旧商法による払戻限度額の超過が、株主自らの意思で決定した行為により発生したものであると認定できる場合には、原告の主張するような通常の不当利得として返還された場合と同視することはできないというべきである。
ｂ この点、原告は、被告の前記ａの主張について、有償取引同視説に関する理解を誤ったものである旨を主張する。
しかし、本件株式消却を伴う減資において通常の価額での取引がされたとした場合に本件払戻限度超過額についての不当利得返還義務が生ずるかどうかという点は、法人税法２２条２項の収益に係る解釈とは関わりがなく、これを検討するとしても、合理性要件で検討すべき問題にすぎず、本件において、合理性要件が満たされることは、既に述べたとおりであるから、原告の主張は理由がない。
(カ)ａ原告は、払戻限度額の規制を遵守するため、本件払戻限度超過額を受領しなかったのであって、このことに通常の経済取引として是認できる合理的な理由が存在することは明らかであり、他方、被告の主張は、旧商法上原告が収受することが許されない対価を受領すべきであったと主張するものであって、私法上許されていない行為を税法上強制するものであって不当である旨を主張するところ、かかる原告の主張は、本件払戻限度超過額を受領しなかったのは、原告がそれを受領し得る法的地位を有していなかったからであるという対価要件に係る主張を繰り返し、払戻限度額に係る規制の存在をもって、通常の経済取引として是認できる合理的な理由に該当する旨をいうものである。
しかし、既に述べたとおり、本件株式消却を伴う減資によって本件払戻限度超過額に相当する経済的な利益が本件各子会社に移転したのは、原告自らが選択して決定したことの結果なのであるから、合理性要件の検討に当たっては、原告がこのような法的地位に立つことを選択したことについて、通常の経済取引として是認できる合理的な理由があるかを検討しなければならないというべきである。
そして、この点について、原告が、本件合併に際して本件各子会社が債務超過の状態とならないよう配意するとともに、減資により事業税の外形標準課税を回避することを企図していたとしても、既に述べたとおり、消却する株式の数を減らすなり、株式の消却をせずに株式の併合をすれば、本件各子会社に本件払戻限度超過額に相当する経済的な利益を対価なく移転させることなくその目的を達成することはできたのであって、こうした選択をすることができなかった事情があったことはうかがわれない。
このように、原告は、あえて本件株式消却で決定された数の株式を本件各子会社に消却させて、これにより、本件払戻限度超過額を含めた６２８億７８７７万０７１２円の経済的な利益を対価なく本件各子会社に供与すべき法的地位を選択したものであるところ、経済的な利益の極大化を最大の目的とする営利法人において、対価なく経済的な利益を他に移転することには、原則として合理性が認められないというべきであり、本件においても、上記の経済的な利益の移転について通常の経済取引として是認できる合理的な理由があるとは認められないというべきである。
ｂ この点、原告は、旧商法の払戻限度額の規制を遵守するために本件払戻額を低い額にせざるを得なかったものであるから、本件払戻額が本件払戻限度額を下回ったことには合理的な理由がある旨をいうものと解される主張をするが、払戻限度額は払戻額の総額の上限である一方、適正な価額は、払戻額の総額ではなく、本来的に１株ごとの払戻額について問題となるものである。既に述べたとおり、原告は、消却する株式の数を減らす等して、対価のない経済的な利益の移転が生ずることのないようにすることは容易であったのであり、にもかかわらず、このような選択をしなかったことに経済取引としての合理的な理由はうかがわれないというべきである。
なお、原告は、旧商法の払戻限度額の規制のために原告が本件払戻限度超過額の払戻しを受けないことが合理的かどうかが問題なのであって、そのような結果を生ずる本件株式消却を伴う減資における法的手段、形式等を選択したことに合理的な理由があるか否かを問題とすべきではない旨も主張するが、原告から本件各子会社に経済的な利益が対価なく移転するに至った具体的事情を踏まえて、そこに合理的な理由があるか否かを検討すべきことは当然であるから、原告の主張には理由がないというべきである。
（原告の主張の要点）
ア 本件払戻限度超過額は寄附金に該当しないこと
仮に、本件払戻限度超過額が現実に払い戻され、原告がこれを現実に受領した場合、この本件払戻限度超過額の払戻しが旧商法に反する違法・無効な収益であることは明らかであるところ、違法・無効な収益を現に収受した場合、当該収益は益金の額に算入されて課税されるが、当該収益を収受した者が、相手方への返還によって違法・無効な収益の経済的成果を失った場合には、当該失われた経済的成果は損金の額に算入されることとなる。したがって、原告が本件払戻限度超過額の払戻しを現実に受けていたと仮定した場合において、その後に当該部分を本件各子会社に現実に返還したときは、返還によって違法・無効な収益の経済的成果が失われたものとして、返還した金額を損金の額に算入できることとなる。
ところで、原告は、本件各子会社から現実には払戻限度額を踏まえた限度でしか払戻しを受けていないものの、本件各更正処分において、①法人税法２２条２項により、払戻限度額を超えた額の払戻しを受けたと擬制され、②これを前提に原告が本件各子会社に対して払戻しを受けた額と実際に本件各子会社から収受した金額（無償の場合は０円となる。）との差額を返還したと擬制された（有償取引と同視された。）もので、実質的には現実に払戻しを受けた上で返還した場合と変わるところはない。
そして、同項が適用され、適正な価額の収益があったと擬制される場合においても、これを前提として返還したと擬制される金額は常に寄附金となるものではなく、その性質に応じた別途の検討を経て、実質的に経済的な利益を贈与したと認められる場合に限って寄附金に該当して損金の額への算入が否定されることとなる。
しかしながら、本件においては、本件払戻限度超過額について、違法・無効な収益に係る経済的成果を返還したと擬制されたものであり、現実に払戻限度額を超える収益を受領して返還した場合と同様に経済的な利益を実質的に贈与又は無償の供与をしたものではないのであるから、同法３７条７項及び８項にいう寄附金には該当せず、当該金額は原告の損金の額に算入されるべきものである。
このことは、上記に述べたとおり、旧商法の払戻限度額の規制に現実に違反して払戻しを受けた者は、これを返還することによりその金額を損金の額に算入できるのに対し、本件各更正処分に従えば、原告のように旧商法の規制を遵守して適法な払戻しを受けた者は、払戻限度額を超える金額を損金の額に算入できないこととなるという極めて不合理な結果を生ずることからも裏付けられる。
以上を前提に寄附金の損金不算入の計算をすると、違法・無効な払戻しとなるべき金額は、４０５億５１６４万５８４９円であるから、原告の所得の金額は欠損金額２８７億９４１８万２３３９円となり、本件各更正処分のうち原告の所得の金額をこの額として計算した額を超える部分は取り消されるべきものである。
イ 被告の主張について
(ア)ａ被告は、本件時価と本件払戻額の差額（一部の金額を除く。）について、経済的にみて原告から本件各子会社に無償で移転したものであり、対価要件を満たすというべきである旨を主張する。
ｂ しかし、課税は、原則として私法上の法律関係に即して行われなければならないところ、寄附金に該当するためには、経済的な利益を対価なく他に移転していることが必要であるが、加えて、私法上対価を受領することができたにもかかわらず、対価を受領することなく経済的な利益を移転したことも必要というべきであるから、そもそも対価を受領することができる法的地位にない場合には、対価を受領しなくても対価要件を満たさず、寄附金には該当しないというべきであり、この点は、Ｑ事件大阪高裁判決の判示によっても裏付けられる（なお、同判決の理解に係る被告の主張は、同判決を曲解するものであり、被告の主張が同判決に反することは明らかである。）。
旧商法の平成１４年の改正により導入された資本の減少に係る払戻限度額の規制は、いわゆる資本維持の原則を根拠とするものであるところ、この原則は、株式会社の本質である株主有限責任及び会社債権者保護の要である資本制度から要請される重要な原則であるから、払戻限度額に係る旧商法の規定はいわゆる強行法規であり、これに違反する払戻しは無効となるのが当然である。したがって、株主は、たとえかかる払戻しを受けたとしても、払戻限度額を超える部分を保持することができる法的地位にはなく、法律上の原因なく利益を受けたとして、払戻しをした会社に対し不当利得返還債務を負うこととなり（このことは、そのような払戻しが株主自らの意思で決定した行為によって発生したものであっても、異なるところはない。）、その返還のために支出した金額は、法人税法上、当然に「当該事業年度における損失の額」（同法２２条３項３号）として、損金の額に算入されることになる。
原告は、本件払戻限度超過額について、私法上、その払戻しを受け得る法的地位になかったものであるから、私法上の契約によって対価を受領することができる法的地位になかった場合にさえ寄附金該当性を否定したＱ事件大阪高裁判決に照らしても、本件払戻限度超過額の払戻しを受けなかったことをもって、これに相当する経済的な利益を対価なく移転したとはいうことはできず、本件払戻限度超過額は寄附金には該当しないというべきである。
ｃ また、無償又は低い価額での取引がされた場合に寄附金の認定がされるのは、これらの取引について、時価での取引がされた場合と同様の課税を実現するためであり、時価での取引がされた場合の課税よりも過度の課税をすることは、寄附金の制度趣旨を逸脱するもので、解釈として許される範囲を超えるものというべきである。
そして、前記ｂで述べたような、現実に払戻限度額の規制に違反して株式の時価での払戻しを受けた場合の課税関係からすれば、本件における課税は、正に時価での取引がされた場合よりも過度の課税となっているのであって、実際には払戻限度額を超える払戻しを受けていないためこれを返還する余地のない者について、このような結果を将来することなく同等の課税関係とするためにも、本件払戻限度超過額については、対価要件を満たさず、寄附金に該当しないものと解さなければならない。
ｄ さらに、本件払戻限度超過額を寄附金と認定する被告の主張は、著しく不当な二重課税をもたらすことにもなる。
すなわち、無償又は低額での株式の消却がされた場合、消却される株式の時価相当額が株主の益金の額に算入されるところ、被告の主張によれば、この時価相当額と払戻額との差額は寄附金に該当し、損金の額に算入されないため、結果的にこの差額に対して課税がされることになる。他方、消却される株式が有する発行会社の経済的な価値のうち時価相当額と払戻額の差額の経済的な価値は、消却される株式から残存する未消却の株式に移転することになるため、その後に当該未消却の株式の譲渡等がされると、この移転した経済的な価値に対し、いわゆるキャピタル・ゲインとして再度の課税がされることになる。
このように、被告の主張では、消却される株式の時価相当額と払戻額の差額という同一の経済的な価値についての二重課税を引き起こすのであり、その主張が不当であることは明らかである。
この点、被告は、原告の上記主張が失当である旨をいうが、その主張は、消却される株式と未消却の株式の株主が同一である場合に同一の者の同一の所得に対する同一の税目での二重の課税がされることを看過している。そもそも納税義務者が異なる場合であっても、二重課税は可能な限り排除されるべきもの（二重課税は、財産権の侵害又は平等原則違反といい得るものであるから、合憲限定解釈等の解釈方法を参考に、二重課税とならない解釈がされるべきである。）であって、納税義務者が異なれば同一の経済的な利益に二重に課税してもよいといった議論は成り立たないのであるから、二重課税を可及的に排除できる原告の主張を否定する被告の主張は誤りというべきである。
ｅ このほか、払戻限度額を超える部分が対価要件を満たさず、寄附金に該当しないとの結論は、法人税法２２条２項に関する通説である有償取引同視説（この考え方は、立法担当者の見解に沿うものであり、また、学説及び裁判例によっても認められた解釈である。）からも導かれる。
すなわち、有償取引同視説がある以上、無償又は低額で資産が譲渡された場合における法人税法の解釈適用に当たっては、時価に相当する対価を金銭で収受し、直ちにこの金銭を返還した場合と同様の課税関係になるかが問われなければならないところ、これを本件株式消却に即していうと、同視される有償取引に対する課税関係は前記ｂ及びｃで述べたとおりであるから、払戻限度額を超える部分を寄附金と認定する被告の主張は、有償取引同視説からは是認し得るものではなく、誤りであることは明らかというべきである。
ｆ なお、被告は、払戻限度額を超える部分の払戻しを受けた者がこれを返還する行為について、対価性のない経済的な利益の供与と評価されるのであれば、寄附金の額の支出があったものと認定される旨も主張するが、寄附金該当性の要件の観点から説明すれば、不当利得の返還は常に不当利得返還債務の消滅という対価を伴うものであるから、対価性のない場合を観念することはできない。
さらに、この点に関し、被告は、払戻しを受けた株主の意思によって払戻限度額を超える部分についての不当利得返還債務を負った場合は、通常の不当利得として返還された場合と同視することはできない旨も主張するが、その法的根拠及び理由は明らかでないし、その主張するところは、私法上の法律関係を無視して税法を適用するものであって、許されないものというべきである。
(イ)ａ被告は、原告が本件株式消却を伴う減資によって本件各子会社に経済的な利益を移転させたことについて、それら子会社の倒産を防止するためにやむを得ずされた等の事情はないし、これが旧商法の払戻限度額の規制を遵守するためのものであったとしても、かかる経済的な利益を供与することについて、経済的にみて相当の理由があったものということもできないから、合理性要件を満たすものというべきである旨を主張する。
ｂ しかし、本件事業再編は、●●の国内需要が低迷する中で原告が生き残りをかけて販売体制を再構築するためにしたもので、原告の事業上必要かつ合理的なものであったところ、経済取引が法律を遵守してされなければならないことはいうまでもないのであるから、原告が旧商法の払戻限度額の規制を遵守するために本件払戻限度超過額を受領しなかったことについて、通常の経済取引として是認できる合理的な理由が存在することは明らかである。被告の主張は、私法上許されていない行為を税法上原告に強制するものであって、余りにも不当である。
この点、被告は、対価を受け取ることのできない法的地位が対価を受け取らずに譲渡をした者の選択によって生じた場合には、この法的地位を選択したことについて、通常の経済取引として是認できる合理的な理由があるかを検討しなければならない旨を主張するが、後記するように、課税は原則として私法上の法律関係に即してされなければならず、合理性要件を充足しているか否かは、当該譲渡取引における対価として適正な価額を受領しなかったことに合理性があるかどうかによって判断されなければならないのであるから、その主張は私法上の法律関係を無視したものというほかない。本件においては、飽くまでも原告が選択した内容の本件株式消却を伴う減資を前提として、原告が本件払戻限度超過額の払戻しを受けなかったことに合理的な理由がないと認められるかが問題となるのであって、しかも、旧商法において減資の際の欠損に対する対応が会社の選択に委ねられていることと、その際にあったとされる経済的利益の無償の供与が経済的に相当の理由がないこととの論理関係は全く不明であり、被告の主張は失当というべきである（なお、被告は、本件において、原告がした私法上の取引である本件株式消却を前提に収益を認定しているのであるから、損失についても、本件株式消却を前提として認定すべきことは当然であり、損失についてのみ消却すべき株式の数を減少させて引き直して認定することは到底許されない。）。
(ウ)ａ被告は、原告が本件株式消却を伴う減資において払戻限度額を超える金額を受け取る法的地位になかったこと等は認めた上で、対価を受け取ることのできない法的地位が当該対価を受け取らずに譲渡をした者の選択によって生じた場合には対価要件を満たすと主張するものであるから、本件における対価要件に関する争点は、対価を受け取ることのできない法的地位が当該対価を受け取らずに譲渡をした者の選択によって生じた場合に、対価要件を満たすか否かという点に尽きる。
ｂ しかし、被告は、複数の選択肢のうちから原告自らが選択した本件株式消却を伴う減資によって、払戻しを受け取ることができない法的地位が生じたことをるる主張するものの、これにより対価要件を満たすことの法的な根拠及び理由は全く示していないのであって、その主張が法的な裏付けを欠くものであることは明らかである。
また、課税は、原則として私法上の法律関係に即してされなければならないところ、納税者は、私法上、どのような法的手段、形式を用いるかについて選択の自由を有するのであるから、課税要件が満たされるか否かの判断も、この納税者の選択に即してされなければならない。本件においては、原告が他の選択をすることができたかどうかとは無関係に、原告が選択した本件株式消却を伴う減資の内容を前提として税法の適用がされなければならないのであり、被告の主張は、法人税法の基本的な解釈を誤るものである。
私法上の法律関係を無視して税法上正常な取引に引き直して課税することができるのは、法人税法１３２条１項の要件を満たす場合に限られるのであり、同条項を適用することなく私法上の法律関係を無視して課税することが、憲法８４条による租税法律主義の要請に照らして許されないものであることは、明らかというべきである（甲４９の甲教授の作成に係る意見書〔以下「甲意見書」という。〕参照）。
ｃ なお、被告は、あたかも原告が本件各子会社株式の経済的な価値を本件各子会社に対して無償又は低い価額で移転する目的をもって、あえて低い金額での払戻しとなるよう払戻額や消却すべき株式の数を決定したかのような主張をする。
しかし、原告は、従前からグループ内再編等をする場合に用いてきた時価純資産法（土地については、路線価を時価として評価する。）により本件各子会社株式の価値を算定した上で、適法に本件合併をするために、本件各子会社のうち貸借対照表上で債務超過の状態となっている会社及び上記の時価純資産法による評価により債務超過の状態となっている会社について、これを解消すべく増資の額を決定した上で、前提事実(2)ウのとおり、減資の額、払戻額及び消却すべき株式の数を、合理的な計算式に従って機械的に決定したものである。
減資の額や払戻しの基準及び払戻額の決定方法に関する事実関係並びにこれらの決定に作為性がないことは、被告も認めるところであり、また、消却すべき株式の数の決定についても、これらの争いのない事実関係を基準として、合理的な計算式に基づいて機械的に決定したもので、作為的なものでないことは明らかであり、あたかも原告がこれを作為的に決定したかのような被告の主張は、裁判所に誤った印象を与えようとするもので、不当である。
(エ)ａ被告は、対価を受け取ることのできない法的地位が当該対価を受け取らずに譲渡をした者の選択によって生じた場合に対価要件を満たすか否かが本件の争点であるとした原告の整理に対し、客観的に見て対価を受け取ることなく経済的な利益が移転されていれば、原則として対価要件を満たすというべきであり、対価を受け取る法的地位にあるか否かは、合理性要件において検討されるべき要素である旨を主張する。
しかし、被告は、前記(ウ)ａに述べたとおり、当初は、原告が本件払戻限度超過額の払戻しを受ける法的地位になかったとしても、それは原告の選択によって生じたものであることを理由に対価要件を満たす旨を主張していたのであって、かかる被告の主張の変遷は、原告の主張が正当であることを示すものといえる。
ｂ また、この点をおくとしても、寄附金の額とは、「適正な価額と当該資産の対価の額との差額のうち実質的に贈与をしたと認められる金額」をいうのであるから、この「実質的に贈与をしたと認められる金額」に該当するか否かが寄附金該当性の問題であり、対価要件と合理性要件は、いずれも「実質的に贈与をしたと認められる金額」に該当するか否かを判断するための要件ということができる。
そして、被告の主張は、適正な価額と対価の額との間に差額があれば、当然に対価要件は満たされる旨をいうものであるところ、その主張によれば、対価要件を寄附金該当性の判断のための要件とする意味は完全に没却されることとなるのであって、裁判例も被告の主張するような理解には立っていないものである。
被告の主張は、対価要件の位置付けに関する基本的な理解を誤るものであり、その余の点を検討するまでもなく、失当であるというほかない（対価要件と合理性要件について、両者が質的に異なるものとして、明確に区別されなければならないことについて、甲意見書参照）。
なお、最高裁判決を含む裁判例によれば、対価要件における「対価」には、「対価的意義を有するものと認められる経済的な利益」も含まれ、仮に、無償で供与したと認められる場合でも、それが合理的な経済目的等のためになされたものであれば、合理性要件を満たさず、寄附金には該当しないとされている。すなわち、法人間の資産の譲渡においては、対価たる金銭等の収受がなくとも、譲渡会社が資産の譲渡に対応する対価以外の経済的な利益を得ている場合であれば、経済的な利益の供与は無償ではなく有償であると認められ、経済的な利益を対価なく他に移転する場合には該当しないと解されるのであり、このことは、法人税法３７条の文理にも沿うものといえる。そして、本件においては、原告が対価を収受しないことにより、これを取得すると同時に不可避的に生ずるその返還義務の負担が回避されているのであるから、それ自体が経済的な利益の取得であるということができる（甲意見書参照）。
ｃ このほか、被告は、対価要件に関する自らの主張の裏付けとして、法人税法２２条２項を取り上げるが、同項は、寄附金ではなく、「益金」に関する規定にすぎず、同項によって適正な価額が「益金」に計上されたとしても、寄附金については、収益の認定とは別個独立に前記ｂに述べたところが検討されるべきものである。そして、当該差額を受け取る法的地位にない場合には、対価要件は充足せず、したがって、当該差額は「実質的に贈与したと認められる金額」には該当しないというべきである。
また、被告は、本件払戻額が本件消却株式の適正な価額を下回ることを原告が認識していた旨も主張するが、そのような事実はない上、その主張の趣旨もおよそ不明というほかない。
ｄ なお、法人による経済的な利益の支出負担が、法人税の減少を通じて国に転嫁され、不公平を招来することを是正するというのが、寄附金制度の立法趣旨であることからすれば、寄附金に該当する支出負担は、飽くまでも適正な対価を受け取ることができたにもかかわらず、適正な対価を受け取らないことにより、法人税の減少を招来するものに限られるというべきである。加えて、対価を受け取る法的地位にない場合には、譲渡者が対価を受け取ったとしても、これは当然に不当利得となるのであるから、対価を受け取らなかったことをもって寄附金と認定する必要はない。
課税が私法上の法律関係に従ってされなければならないという租税法の解釈適用の大原則にも照らせば、私法上対価を受け取る法的地位にないことは、寄附金該当性の判断においても考慮されるべきであって、対価を受け取る法的地位にない場合のその対価は、対価要件を欠くものとして、実質的に贈与をしたと認められる金額には該当しないというべきである。
(3) 本件適正譲渡対価の額（争点３）
（被告の主張の要点）
ア 原告が本件適正譲渡対価の額と原告算出譲渡対価の額との差額を有価証券の譲渡損失額として過大に計上にしたこと
旧商法２１３条１項が定める株式の消却は、会社がその存続中に株主の意思にかかわらず特定の株式を強制的に消滅させる行為をいい、株主はその消却された株式について株主たる地位を喪失することとなるから、株式の消却に係る損益については、有価証券を譲渡したものとして、法人税法６１条の２第１項の規定に基づいて認識すべきである。
そして、同法２２条２項は、有償の場合はもちろん、無償で資産が譲渡された場合でも、益金の額に算入すべき収益が発生する旨を定めているところ、この場合に収益の額とされる額は、当該資産の適正な価額に相当する額であって、具体的には、現実に収受した対価のみならず、適正な価額と現実に収受した対価との差額も、益金の額に算入すべき収益の額とされる。このことは、有価証券の譲渡においても異なるものではなく、同法６１条の２第１項に定める譲渡対価の額についても、譲渡時における適正な価額により認識すべきである。
本件において、本件適正譲渡対価の額が６７８億０８９８万９５７１円であることは、後記イのとおりであるから、原告の正当な有価証券の譲渡損失額は、譲渡原価の額から本件適正譲渡対価の額を差し引いた合計７５４億６０２５万９０７６円（別表５の「正当な譲渡損失額」欄）であり、原告が計上した１３９１億４９５０万２１７３円の有価証券の譲渡損失額は６３６億８９２４万３０９７円（別表５の「差引譲渡損失過大計上額」欄。なお、この金額は、本件適正譲渡対価の額から原告算出譲渡対価の額を差し引くことによっても算出することができる。）について過大である。
イ 本件適正譲渡対価の額
(ア) 法人である株主が保有する株式の消却に係る損益が、有価証券を譲渡したものとして法人税法６１条の２第１項の規定に基づいて認識されるべきであることや、同項に定める譲渡対価の額が、譲渡時における資産の適正な価額により認識されるべきものであることは、既に述べたとおりであるところ、ここでいう資産の適正な価額とは、一般的には、当該資産の譲渡時における時価によって算定されるべきであり、ここでいう時価とは、正常な取引において形成された価額、すなわち、客観的な交換価値をいうものと解すべきである。
そして、有価証券の時価の算定に当たっては、上場有価証券等以外の株式について、その時価の算定が容易でないことから、法基通４－１－５及び４－１－６により具体的な方法が定められているところ、法人が無償又は低い価額で上場有価証券等以外の株式を譲渡した場合における当該有価証券の譲渡時における適正な価額の算出については、有価証券の時価の算定という点で共通するものであることから、同通達２－３－４により、同通達４－１－５及び４－１－６の取扱いを準用するものとされている。
(イ) 本件各子会社株式は、法基通４－１－５(4)が定める株式に当たるから、本件適正譲渡対価の額は、同通達４－１－５(4)に基づいて算出される価額とするのが相当であるところ、本件では、前提事実(2)エ(イ)のとおり、本件合併における合併比率を算定するために、Ｆ銀行が評価した本件Ｆ銀行評価額が存在する。そして、本件Ｆ銀行評価額は、第三者であるＦ銀行によって客観的に評価された価額であり、また、その評価の基準日である平成１８年４月１日は、本件株式消却を伴う減資をした同年６月２０日及び同月２７日に最も近い日における本件各子会社の事業年度終了の時である同年３月３１日の翌日であるから、本件各時価純資産額について特段の価額修正を行う必要はなく、本件Ｆ銀行評価額に基づいて算出された額をもって本件適正譲渡対価の額とすることが相当である。
以上を前提に本件適正譲渡対価の額を算出すると、本件各時価純資産額の合計は、１０８４億９０００万円（別表６の「本件各時価純資産額」欄の合計額）であり、このうち本件消却株式に係る部分の金額（本件時価）は、本件各時価純資産額（同別表の同欄）を本件各子会社株式総数（同別表の「本件各子会社株式総数」欄）で除し、これに本件各子会社における各本件消却株式数（同別表の「本件消却株式数」欄）を乗じたものであり、合計で７１５億４５１０万６２４１円（同別表の「本件各時価純資産額のうち本件消却株式に係る部分の金額」欄の合計額）となる。
そして、本件適正譲渡対価の額は、本件各時価純資産額のうち本件消却株式に係る部分の金額（本件時価。同別表の同欄）から、みなし配当額（同別表の「みなし配当額」欄）及び資本金等の額超過分（同別表の「資本金等の額超過分」欄）を差し引いたものであるから、本件適正譲渡対価の額は、合計で６７８億０８９８万９５７１円（同別表の「本件適正譲渡対価の額」欄の合計額）となる。
ウ 原告の主張について
(ア)ａ原告は、法基通２－３－４は、株式の評価方法として、同通達４－１－４、４－１－５及び４－１－６の取扱いを準用すると定めており、このうちの同通達４－１－６は、財基通に一部依拠する方法により株式を評価することを認めているとした上で、東京地方裁判所平成１２年７月１３日判決（訟務月報４７巻９号２７８５頁。以下「東京地裁平成１２年判決」という。）を引用して、株式を評価する合理的な方法が複数認められている場合は、いずれか低い方をもって評価すべきであるところ、本件各子会社株式の価額は、法基通４－１－５(4)に基づいて算定される額よりも、同通達４－１－６に基づいて算定される額のほうが低いから、同通達４－１－６に基づいて算定される額が本件各子会社株式の適正な価額というべきである旨を主張する。
ｂ しかし、株式の評価方法として複数のものが考えられる場合であっても、合理性という観点からすれば、それらの複数の方法の間に優劣が認められる場合もあるのであって、この点を無視し、単に最も低い価額であるという理由だけをもって、それを適正な価額であると考えることは、客観的・合理的に行われるべきである譲渡時における適正な価額の認定として適当でない。
法基通４－１－６も、このことを前提としており、同通達４－１－５(1)（売買実例があるもの）及び同(2)（公開途上にある株式で、当該株式の上場に際して株式の公募又は売出しが行われるもの）に該当するものについては、当該価額の方が適正な価額という観点からはより優れていると考えられるとの理由から、財基通による評価を認めていない。
また、そのような価額が存在しない場合であっても、法基通４－１－６は、「課税上弊害がない限り」、「同通達(1)ないし(3)によること」との条件を付した上で、財基通により評価することを認めているにすぎず、これは、同通達で定められている評価方法が、相続又は贈与という極めて特殊な環境におけるいわば静的な財産評価による取扱いであって、法人税のように経済的取引を前提としたいわば動的な財産評価にそのまま適合するかについては疑義があるものの、同通達に定める取引相場のない株式の評価方式が実務界に定着していることを考慮し、便宜的に、法人が同通達に定める評価方法の例によって期末時価を算定している場合には、上記の条件を付した上で、法人税法上もこれを認めることとしたものである。
さらに、東京地裁平成１２年判決も、複数の評価方法の間に合理性という観点から優劣があり、より合理的な評価方法によって評価することが可能な場合には、それが適正な価額とされることを前提としている上、一般論として、株式を評価する方法が複数考えられる場合に、単にいずれか低い方の価額によるべきであると判示したものではない。東京地裁平成１２年判決は原告の主張の根拠となるものではなく、原告は同判決を正解していない。
ｃ 以上のとおり、株式の評価方法が複数ある場合において、単に評価額が最も低いというだけで、それが譲渡時の適正な価額であると認められるものではないから、本件消却株式の適正な価額について、法基通４－１－５(4)又は同通達４－１－６に基づいて算定される価額のうち、いずれかの低い価額によるべきであるとする原告の主張は失当である。
(イ)ａ原告は、法基通は、その文言上、同通達４－１－５(4)と４－１－６との間の優劣関係を認めておらず、納税者が任意に選択することを認めたものと解すべきであり、「合理性」の観点から両者に優先順位があるとする被告の主張は、通達に示されていない抽象的かつ不明確な要件を付加して通達を解釈するもので、課税要件明確主義の観点からも許されない旨を主張する。
ｂ 確かに、一般論としては、法基通４－１－５(4)と同通達４－１－６の適用における優劣関係は、通達上は明記されておらず、また、必ずしも前者の評価額が後者の評価額よりも合理性において優るといい切れない場合もあり得る。
しかし、そもそも、同通達４－１－６による評価方法は、既に述べたとおり、便宜的に認められたものであり、「課税上弊害」がない限り認めるとされているにとどまる。
本件では、Ｆ銀行による本件Ｆ銀行評価額が存在し、原告のみならず本件各子会社自身も、当該その評価額が適正であると認識していたことは、その直後に行われた本件合併における合併比率の算定において、本件Ｆ銀行評価額が実際に使用されたことからも明らかといえる。また、当該評価額を客観的に見ても、独立した第三者が算定したものであるし、算定方法として１株当たりの純資産価額による評価の方式（以下「純資産価額方式」という。）を採用したことについても、特段不合理とすべき点はない。
そうであれば、本件Ｆ銀行評価額が存在している本件においては、当てはめの問題として、同通達４－１－６に基づく評価額は不合理であって、同通達４－１－６に基づく評価額を適用することには「課税上弊害」があることは明らかといえるから、原告の主張は失当というべきである。
なお、原告は、財基通に基づいて価額を算定することが通達の趣旨・目的に反して著しく不合理であることを被告が立証しない限り、同通達に基づく評価額が法人税の所得の金額の計算における適正な価額として認められ、課税処分が合理的な価額に基づいてされたとしても、それよりも同通達に基づく評価額が低い場合は、全て訴訟において取り消されるべきと主張するようである。しかし、通達に定める価額によって取引をすることが「通常の取引における当事者の合理的意思に合致しない」と認められる場合に、その価額で評価することが「課税上弊害」があるものとして許されないことは、最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年１月２４日第三小法廷判決（裁判集民事２１９号２８５頁。以下「最高裁平成１８年判決」という。）からも明らかであるところ、本件においてあえて同通達に基づいて算定された価額によることが「通常の取引における当事者の合理的意思に合致しない」ものであることについて、被告は既に具体的な主張立証をしてきたところである。
(ウ)ａ原告は、①最高裁平成１８年判決及び最高裁平成●●年（○○）第●●●号同１７年１１月８日第三小法廷判決（裁判集民事２１８号２１１頁。東京地裁平成１２年判決に係る事件の上告審における判決。以下「最高裁平成１７年判決」という。）を引用して、合理性の観点から評価方法の優劣関係を検討すべきとする被告の主張が前提を誤ったものであるとするとともに、②本件Ｆ銀行評価額は、本件各子会社及びＢの株式の適正な価額を客観的に追求したものではなく、その評価額は、消滅する会社である本件各子会社がいわゆる債務超過の状態にある会社であると評価されることを回避する観点から高い価額で評価されるよう調整されたものであるから、本件Ｆ銀行評価額が法基通４－１－６による評価額よりも合理性において優るということはできない旨を主張する。
ｂ しかし、前記ａ①の点について、原告が引用する最高裁平成１８年判決は、問題となっている株式について、売買実例その他の現実に取引において使用された価額が存在しない状況において、当時の法基通９－１－１５の評価方法によって算定された価額が、一般的には「通常の取引における当事者の合理的意思に合致する」ものとして、同通達９－１－１４(4)（その内容は、現在の同通達４－１－５(4)と同じである。）にいう「１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」に当たる旨を述べたものてあり、当時の同通達９－１－１５による評価が通常の取引における当事者の合理的意思に常に合致するとしたものではない。
そして、本件においては、既に本件Ｆ銀行評価額が算定され、原告らの関係当事者は、その評価額に基づく合併契約を締結する等して活用しており、その評価額の内容も客観的に適正と認められるものであったのに対し、原告が主張する同通達４－１－６に基づく評価額は、本件訴えにおいて初めて原告から主張されたものにすぎず、これが「通常の取引における当事者の合理的意思に合致する」とは考えられない。
したがって、最高裁平成１８年判決は、被告の主張と整合するもので、原告の主張の根拠となるものではないというべきである。
ｃ また、前記ａ②の点について、原告が指摘する事情は、本件合併比率算定書において用いられた時価純資産法そのものの不適正さを示すものではなく、むしろ、ある計算方法によれば株式の価値がマイナスになる会社があるからといって、純資産を時価ベースで計算すれば株式がプラスの価値を有しているのであれば、その株式の交換価値がマイナスであると考えることの方が不合理というべきである（なお、本件では本件増資がされており、原告の主張によっても、本件各子会社の純資産がプラスの価値を有していたことが裏付けられる。）。
一般に、合併比率は合併の当事者である会社の株主の利害に重要な意味を持つ（これは単なる経営判断の問題ではない。）ものであり、このように重要な合併比率であるからこそ、原告もその算定をＦ銀行に委ねたものと考えられ、実際、これに基づいて合併比率が計算されたものである。仮に、原告が主張するように、一部の本件各子会社株式についてだけ高い評価額を付したとするならば、その合併比率は不公正なものとなるところ、原告がそのような不公正な合併をしたとも考え難い。
ｄ このほか、原告は、本件Ｆ銀行評価額が高い価額となるよう調整されたことの根拠として、Ｂの株式に係る本件Ｆ銀行評価額が、原告が平成１８年２月に同社の株式を購入した際の売買契約における価額の約１．５倍となっていることを指摘する。
しかし、原告のいう売買契約におけるＢの株式の譲渡人は、いわゆる大手銀行や原告の重要な取引先であって、かかる銀行等が当事者となる取引は、当該企業グループとの融資や社債の引受け等の取引全体の一環としてされるのであるから、その取引における価額は、当該取引全体における採算等を勘案して決せられるものにすぎず、市場取引に基づく客観的な価額であるとは認められないものというべきである。
また、本件Ｆ銀行評価額のうち、原告が主張する法基通４－１－６に基づく評価額を上回るものは、後記(エ)ａの各財基通評価子会社の１７社にすぎず、本件Ｆ銀行評価額が高い価額になるように調整されたものであるとする原告の主張は、これを裏付ける具体的根拠がないだけでなく、客観的な事実とも整合しておらず、さらに、仮に、本件各子会社株式の評価額を高く調整するという仮装をしたところで、旧商法下において、客観的に債務超過の状態である会社を消滅する会社とする合併が有効となるものでもない。
本件Ｆ銀行評価額を本件各子会社株式の評価額として不適正であると認識するのが「通常の取引における当事者の合理的な意思」であるといった事情が認められないことからすれば、本件株式消却の時点でそのように適正な評価額が既に存在していたにもかかわらず、これと大幅に異なる原告主張の同通達４－１－６に基づく評価額をもって「通常の取引における当事者の合理的意思に合致する」と考えることはできず、原告主張の同通達４－１－６に基づく評価額によることは「課税上弊害」があるというべきである。
(エ)ａ原告は、本件各子会社のうちの１７社（以下「各財基通評価子会社」という。）の株式の価額について、法基通４－１－６に基づき財基通１７８から１８９－７の例によって算定した価額を主張するところ、この価額は、各財基通評価子会社を「小会社」として同通達１７９(3)を適用し、純資産価額方式と類似業種比準価額（同通達１８０）により評価する方式（以下「類似業種比準方式」という。）とを併用する方式によって算定されたものである（ただし、Ｇ株式会社の株式は、同通達１８９(3)に定める土地保有特定会社の株式に該当することから、財基通１８９－４により純資産価額方式によっている。）。
ｂ しかし、原告は、類似業種比準価額の計算に当たって、各財基通評価子会社を「●●小売業」としてその計算をしているところ、前提事実(2)アのとおり、評価時点である平成１８年６月において、各財基通評価子会社は、本件事業再編における本件分割により、「●●小売業を営む会社の株式を全部所有する不動産賃貸業を営む会社」となっていたものである。類似業種比準方式は、評価会社と事業内容が類似する業種目の上場会社等の株価に比準して株式の評価を行うものであるから、異なる業種目の上場会社等の株価を比準する場合に適正な評価額が得られないことはいうまでもないのであって、本件事業再編開始前の本件各子会社の業種目を用いた類似業種比準方式による評価額が適正な譲渡対価の額とならない蓋然性が高いことは、明らかというべきである（なお、原告が類似業種として使用した「●●小売業」と「不動産賃貸業」のそれぞれの平均株価には相当の差がある。また、中分類としての●●小売業が属する大分類は小売業であるが、中分類としての不動産賃貸業が属する大分類は不動産業である。）。
ｃ この点、原告は、財基通は、事業年度終了後に株式の評価に影響する事実関係に変動があったような場合には、明文をもって修正をしており、こうした同通達の仕組みからすれば、同通達が業種の変更について明文による修正を定めていないのは、事業内容の変更を評価に反映させない趣旨と解すべきである旨を主張する。
しかしながら、同通達は、同通達の明文により定められた計算方法以外に例外的な評価方法を認めないものではなく、評価対象財産に同通達を具体的に適用した場合に、適当な評価を行えない場合には、他の方法によることも、仕組みとして想定されているところ、法基通４－１－６は、財基通の規定を形式的に当てはめることにより適正な評価額が得られないおそれがある場合には、「課税上弊害」があるとして、同通達の例によることを認めない趣旨と解すべきである。
また、原告は、評価会社が新設分割によって完全子会社を設立した場合、実質的にみて、分割の前後で業種が変わったことによる評価会社株式の価値の変動はない旨も主張するが、これは、純資産価額方式（本件Ｆ銀行評価額と同様の評価方法）の場合に原則として妥当する議論であって、類似業種比準価額においては、組織再編に伴う業種の変化により適切な評価が行えない場合も考えられるのであるから、原告の主張は失当というべきである。
（原告の主張の要点）
ア 本件適正譲渡対価の額
株式が無償又は低い価額で譲渡された場合の「譲渡に係る対価の額」（法人税法６１条の２第１項１号）とは、譲渡時における当該株式の適正な価額をいうところ、この適正な価額の算定に当たり、法基通２－３－４は、同通達４－１－４、４－１－５及び４－１－６の取扱いを準用する旨を定め、同通達４－１－６は、財基通に一部依拠する方法により株式を評価することを認める旨を定めている。
そして、法基通４－１－６が定める株式の評価方法が合理的であることは、最高裁平成１８年判決も認めるところ（ただし、同様に財基通に一部依拠する株式の評価方法を採用した法基通の別の定めについてのもの）であるから、この方法に基づいて算定される株式の価額は、適正な価額として、同号にいう「譲渡に係る対価の額」であるということができる。これを本件についてみると、本件各子会社株式は、同通達４－１－５(1)ないし(3)のいずれにも該当せず、同通達４－１－６が定める評価方法を選択することができるものであるから、これに基づいて算定した本件各子会社株式の価額は適正な価額であり、同号にいう「譲渡に係る対価の額」であるということができる。
ところで、本件各更正処分が認定した本件各子会社株式の価額は、同通達４－１－５(4)に依拠したものであり、この評価方法についても同じく合理的なものということができるところ、複数の合理的な評価方法がある場合は、東京地裁平成１２年判決及びこれを維持した最高裁平成１７年判決のとおり、いずれか低い方の価額をもって税額を算定すべきである。本件においては、各財基通評価子会社の株式を同通達４－１－６の評価方法で算定した価額は、いずれも法基通４－１－５(4)の評価方法で算定した価額を下回るから、それらの株式については、前者の価額が「譲渡に係る対価の額」であるというべきであり、本件各更正処分がこの金額を超えて「譲渡に係る対価の額」を認定したことは違法であるから、本件各更正処分のうち当該部分は取り消されるべきものである。
イ 被告の主張について
(ア)ａ被告は、株式の評価について複数の方法が考えられる場合であっても、合理性という観点からそれらの評価方法の間で優劣が認められる場合があるから、複数の評価方法によって算定された金額のうち、単に最も低い価額であるという理由をもってそれを適正な価額であるとすることは適当でない旨を主張する。
ｂ しかし、法基通は、同通達４－１－５(4)と同通達４－１－６との間の適用の優先順位については何ら定めていないし、その定めに照らして合理性の観点による優先順位があることを読み取ることもできないから、同通達は、その文言上、同通達４－１－５(4)と同通達４－１－６の優劣関係を一切認めておらず、納税者が任意に選択することを可能としているというべきである。
にもかかわらず、被告は、通達に明記されていない合理性といった抽象的かつ不明確な要件を付加して通達を解釈すべきことを主張するのであって、かかる主張は、実質的に課税要件明確主義に反しており、また、東京地裁平成１２年判決及び最高裁平成１７年判決にも反するものであって、許されないものというべきである。
なお、同通達４－１－６の評価方法が合理的なものであることは、同内容の評価方法を定める法基通の別の定めにつき最高裁平成１８年判決も肯定するところであるから、被告のいう合理性の観点からしても、同通達４－１－６の評価方法が同通達４－１－５(4)の評価方法に劣るということはない。
(イ)ａ被告は、本件での具体的な当てはめとして、本件Ｆ銀行評価額が存在する以上、法基通４－１－６による評価額は不合理と評価されるべきであるから、これを適用することは明らかに不適正な価額を用いることを認めることとなり、「課税上弊害」があるとして、本件においては同通達４－１－６の評価方法が適用できない旨を主張する。
ｂ しかし、法基通４－１－５(4)に基づく評価額（本件Ｆ銀行評価額）が存在するからといって、同通達４－１－６の適用が排除されるものでないことは、被告も自認するところであるし、本件Ｆ銀行評価額が存在する以上は特段の事情がない限り同通達４－１－６による評価額が合理性の点で劣後する旨をいう被告の主張が、同通達の文言に反するものである上、東京地裁平成１２年判決及び最高裁平成１７年判決の判示と全く整合しない（同判決は、財基通が評価方法の選択を認めている場合、納税者がいずれの評価方法を選択したとしても、それによって算定された価額を適正な価額と認めるものであり、その判示は法基通が評価方法の選択を認めている場合にもそのまま妥当するというべきである。）ものでもあることは、既に述べたとおりである。
結局、被告の主張は、同通達４－１－６による評価方法と比較してより合理性のある評価方法に基づいて算定された価額がある場合には、その価額のみが適正な価額となる旨をいうものであるところ、非上場かついわゆる気配相場もない株式については、会社の価値のいかなる側面に着目するかという違いから複数の評価方法があるのであり、複数の評価方法による評価額はいずれも適正な価額と認め得るものである。そして、取引実務上、取引の対象となる株式の合理的な価額には幅（いわゆるレンジ）があり、合理的な価額として唯一絶対の価額があるとは考えられてはおらず、いずれかが唯一絶対の正しい価額となるものではない。それゆえ、同通達においても、こうした株式については、株式市場での相対的な価値を類推する方法（同通達４－１－５(3)）や、会社の保有する資産価値に着目する方法（同通達４－１－５(4)）、財基通に一部依拠する方法（法基通４－１－６）という複数の評価方法を認め、納税者が選択できることを定めているのである。
ｃ また、「課税上弊害」があると認められるのは、飽くまでも、法基通４－１－６による評価方法に基づいて価額を算定することが、同通達がそのような評価方法に基づいて価額を算定することを認めた趣旨・目的に反して著しく不合理であると認められる場合に限られるというべきである。
このように解すべきことは、各種の裁判例によっても裏付けられるほか、財基通６が、同通達の定めによって評価することが著しく不適当と認められる財産の価額は、国税庁長官の指示を受けて評価するものとする旨を定めていることとも合致する。すなわち、同通達６も、他により合理的な評価方俵に基づいて算定された価額が存在することを理由として同通達が定めた評価方法に基づいて算定された価額を否定するのではなく、問題となった事案に照らし、同通達が定めた評価方法によることが、その趣旨・目的に反して著しく不合理である場合に限り、その評価方法を用いることはできないとしているのである。
そして、後記するとおり、原告は同通達の定めに忠実に従って各財基通評価子会社の株式の価額を算定したものであって、その他原告が主張する評価方法に基づいた算定をすることを法基通４－１－６の趣旨・目的に反して著しく不合理であるとする事情は認められない。
したがって、原告が主張する評価方法に基づいて算定された価額によることについて、「課税上弊害」があるということはできない。
ｄ さらに、本件Ｆ銀行評価額が法基通４－１－６による評価額よりも合理性において優れているということはできないから、この点からも、本件において同通達４－１－６による評価額を用いることに「課税上弊害」はない。
すなわち、吸収合併において株式の評価額を算定する目的は、合併比率を求めることにあり、吸収合併によって消滅する会社の株式の客観的な適正な価額を求めることにはなく、また、合併比率の算定は、特に買収をする側の者にとっては、経営判断の問題にすぎず、必ずしも消滅する会社の株式の適正な価額に基づいてされるものではない。
加えて、旧商法下においては、債務超過の状態にある会社を消滅する会社とする合併はできないと解されていたため、合併のためには、消滅する会社が債務超過の状態にある会社であると評価されることを避ける必要があったところ、本件においても、原告は、Ｆ銀行による最終的な報告書である本件合併比率算定書（乙５）が作成されるまでに、その目的は飽くまで合併比率の算定であること及び本件各子会社が債務超過の状態にある会社であるとの評価を受けないようにすることとの観点から、本件各子会社の評価について検討した。具体的には、原告は、本件Ｆ銀行評価額で用いられた時価純資産法（土地については、「路線価÷０．８」〔いわゆる公示価格〕を時価として評価する。）以外に、路線価を用いた時価純資産法や、類似業種比準法、いわゆるＤＣＦ法といった複数の評価方法での検討をしたが、それらによる評価では、本件各子会社のうちにその発行する株式の価値がマイナスとなる会社が複数生じ、合併比率の算定ができない結果となったため、合併比率を算定できる本件Ｆ銀行評価額を合併比率の算定の前提として利用したにすぎない。
本件合併比率算定書は、客観的に本件各子会社株式の適正な価額を算出することを追求して作成されたわけではなく、本件Ｆ銀行評価額は、飽くまで合併比率の算定という特定の目的の下、退職給付引当金の基準日を変更したり、原告が適正なものとして従来から利用していた路線価を用いずに公示価格で土地を評価したりする等して、本件各子会社株式の評価額がマイナスとならないようにするという趣旨・目的を達成するためにされた評価方法に基づく価額である（したがって、Ｆ銀行が独立した第三者であるからといって、そのことは、本件Ｆ銀行評価額が本件各子会社株式の適正な価額であることの根拠となるものではなく、この点は、最高裁平成１８年判決の破棄差戻後の東京高等裁判所平成１９年１月３０日の判決〔税務訴訟資料２５７号〕等からも明らかである。）。原告も、飽くまで本件合併の合併比率を原告の内部で検討、決定するために本件Ｆ銀行評価額を使用したのみであって、本件Ｆ銀行評価額が同通達４－１－６による評価額よりも合理性において優れているということはできず、原告がそのように認識していたということもない。
なお、原告は、本件合併の約４か月前である平成１８年２月１５日ないし同月２１日に、第三者である株式会社Ａ銀行等の銀行及び株式会社Ｈから、Ｂの株式を１株当たり２万７１５３円（これは、現に複数の第三者との売買契約において採用された価額であり、しかも、当該契約の第三者によって算定された評価額を基準として合意された価額である。）で購入したが、本件合併比率算定書においては、同社の株式について、その１．５倍の１株当たり４万０９９３円との評価がされている。
ｅ 前記ｄの点に関し、被告は、原告の主張が本件Ｆ銀行評価額の不適正さをいうものであるかのように述べた上で、原告が主張する事情は、むしろ本件Ｆ銀行評価額が適正であることを示すものである旨を主張する。
しかし、原告の主張は、本件Ｆ銀行評価額が法基通４－１－５(4)に基づいて算定された価額であることを前提に、同通達が複数の評価方法を認めている場合には納税者の選択が可能であること、また、本件Ｆ銀行評価額が同通達４－１－６による評価額と比較してより合理性があるとはいえないことをいうものであって、被告の主張は、原告の主張を正解しないものである。
また、被告は、原告の主張はあえて不公正な合併比率を定めたことを自認するに等しいものである旨を主張するが、既に述べたとおり、合併比率は経営判断の問題であるし、この点をおくとしても、本件Ｆ銀行評価額が同通達４－１－５(4)による評価方法に基づいて算定されたものであり、これに基づいて計算された合併比率が適正なものであることに疑義はないから、被告の主張は理由がない。
(ウ) 被告は、本件各子会社について、本件分割により、●●小売業ではなく、「●●小売業を営む会社の株式を全部所有する不動産賃貸業を営む会社」となっていたものであるから、●●小売業であることを前提として原告がした法基通４－１－６による本件消却株式の評価額の妥当性に疑義がある旨を主張する。
しかし、原告は、同通達４－１－６及び準用される財基通の定めに忠実に従って本件各子会社株式の評価額を算定したものであって、同通達が定める評価方法におけるいわゆる基準時以降の業種の変更についての明文の定めがないにもかかわらず、業種の変更を考慮した算定をしなかったとして原告が算出した評価額を論難する被告の主張は、本末転倒である。
この点をおくとしても、同通達は、事業年度終了後に株式の評価に影響する事実関係に変動があったような場合には、明文をもって修正をしており、こうした同通達の仕組みからすれば、同通達が業種の変更について明文による修正を定めていないのは、事業内容の変更は評価に反映させない趣旨と解すべきであるし、実質的にみても、評価会社が新設分割によって完全子会社を設立した場合、分割の前後で業種が変更したことによる評価会社株式の価値の変動はない。
被告の主張は、類似業種比準方式の適用について「妥当性を慎重に検討する必要がある」として、抽象的な問題点を指摘するにとどまり、具体的な弊害を指摘することができていないのであって、法基通４－１－６による評価額を用いることに「課税上弊害」があることの理由となるものではなく、失当である（なお、Ｇ株式会社に係る同通達４－１－６での評価は純資産価額方式のみであり、類似業種比準方式を併用していないので、被告の主張によっても同社の株式評価の妥当性は何ら問題がないことになる。）。
(エ) 被告は、最高裁平成１８年判決について、売買実例その他の現実に取引において使用された価額が存在しない状況を前提としたものであるとした上で、本件においては、本件Ｆ銀行評価額ではなく法基通４－１－６によって算定された評価額によって取引をすることの経済的合理性を基礎付けるような特段の事情がない以上、同通達４－１－６の評価額によることは「課税上弊害」がある旨を主張する。
しかし、最高裁平成１８年判決を一読すれば明らかなとおり、同判決は、売買実例等の価額が存在しない状況を前提としたものではなく（なお、同判決の事案は、このような売買実例等の価額が存在していた事案ともいい得るものである。）、被告の主張は、同判決を恣意的に曲解するものというほかない。
仮に、被告の誤った主張に依拠するとしても、本件Ｆ銀行評価額が飽くまで合併比率の算定という限定された特定の目的で算出されたものであることは、既に述べたとおりであるから、本件においては、同通達４－１－６による評価方法に忠実に従って算定した価額によることについて、経済的合理性を基礎付けるような特段の事情があるということができ、この点は、既に述べたとおり、本件Ｆ銀行評価額のうちＢの株式に係る評価額がその直前の時期の売買取引における価額と相当程度異なっていることからも裏付けられる。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（本件再々更正処分の一部の取消しを求める訴えのうち本件再更正処分における更正の額を下回る部分の取消しを求める部分等の適法性）について
(1) 本件訴えのうち本件更正処分及ひ本件再更正処分の一部の取消しを求める部分の適法性について
いわゆる増額再更正処分は、当初の更正処分に係る税額を含めて課税庁において更に調査し、総額としての税額を改めて確定するという性質を有するものであるから、当初の更正処分については、増額再更正処分がされた場合には、訴訟手続上は、これにいわば吸収されることとなるものと考えられ、その取消しを求める訴えの利益は、消滅するものと解される（最高裁昭和●●年(○○)第●●号同３２年９月１９日第一小法廷判決・民集１１巻９号１６０８頁、最高裁昭和●●年（○○）第●●号同５５年１１月２０日第一小法廷判決・裁判集民事１３１号１３５頁参照）。
これを本件についてみると、本件において、本件更正処分がされた後に納付すべき税額を増額する本件再更正処分がされ、次いで、納付すべき税額を更に増額する本件再々更正処分がされたことは、前提事実(3)のとおりであるから、本件訴えのうち本件更正処分及び本件再更正処分の一部の取消しを求める部分（別紙２主文関係目録記載の各請求に係る部分）は、訴えの利益がなく、不適法なものというべきである。
(2) 本件再々更正処分の一部の取消しを求める訴えのうち本件再更正処分における更正の額を下回る部分の取消しを求める部分及び本件訴えのうち本件再賦課決定処分の取消しを求める部分の適法性について
本件においては、前提事実(3)のとおり、本件事業年度の法人税について、原告が、法人税法６１条の２第１項１号に規定する有価証券の譲渡に係る対価の額を原告算出譲渡対価の額とする等の内容の本件確定申告をしたところ、神奈川税務署長が、原告算出譲渡対価の額が本件適正譲渡対価の額に比して低いとして、原告は有価証券の譲渡に係る譲渡損失額を過大に計上したとするとともに、この差額のうち一部の金額を除いたものは本件各子会社に対して支出した寄附金に当たる等として本件更正処分等をしたのに対し、原告が本件更正処分等を不服として異議申立て及び審査請求をした後に、本件更正処分等における同税務署長の上記判断を維持した上で納付すべき税額を増額する本件再更正処分等がされ、さらに、同税務署長の上記判断を維持した上で納付すべき税額を更に増額する本件再々更正処分等がされたものである（別紙４参照）。また、原告のした上記異議申立て及び審査請求については、同税務署長の上記判断に沿ってこれを棄却する旨の異議決定及び裁決がされており、原告は、本件更正処分等につき通則法の定める不服申立ての手続を経た上で、前提事実(4)のとおり、本件更正処分等及び本件再更正処分等の各一部の取消しを求めて本件訴えを提起し、その後、本件再々更正処分等についての審査請求をした日の翌日から起算して３月を経過した後の日である平成２２年１１月８日に本件再々更正処分等の一部の取消しを追加して求める旨の訴えの変更をしたものである。
このように、本件各更正処分等は、いずれも同税務署長がした上記判断を前提とする点で本件更正処分等と処分の理由を共通にし、仮に原告が本件再更正処分等に対する不服申立てをしたとしても、専らこの点が争われたであろうと考えられるところ、この点については、原告が本件更正処分等を不服としてした審査請求についての裁決等において、既に同税務署長の上記判断に沿った判断がされており、本件訴えでも被告はこれに沿う主張をしているものであって、仮に原告が本件再更正処分等についての不服申立てをしていたとしても、同様の判断がされたものと考えられる。また、原告がした上記の各行為に手続上の瑕疵は見当たらない。
以上に述べたところに加え、本件訴えの提起に至る経過は、前提事実(3)及び(4)のとおりであり、このような事実関係の下においては、原告が本件再更正処分等の取消しを求める本件訴えを提起するに当たり、これらにつき異議申立てについての異議決定又は審査請求についての裁決を経なかったことについては、通則法１１５条１項３号の正当な理由があったというのが相当であり、原告は、審査請求についての裁決等を経ることなく、本件再更正処分等の取消しを求める本件訴えを適法に提起することができたというべきである。そして、その後に本件再々更正処分がされた本件において、本件再更正処分は本件再々更正処分に訴訟手続上は吸収されたと評価されるべきものであることは、前記(1)に述べたとおりであるから、本件再々更正処分の一部の取消しを求める訴えについては、そのうち本件再更正処分における更正の額を下回る部分の取消しを求める部分についても、適法なものというのが相当である。以上のとおり、本件再々更正処分の一部の取消しを求める訴えのうち本件再更正処分における更正の額を下回る部分の取消しを求める部分及び本件訴えのうち本件再賦課決定処分の取消しを求める部分は、いずれも適法なものというべきである。
２ 争点２（本件払戻限度超過額の寄附金該当性）について
(1) 寄附金の意義について
法人税法３７条１項は、法人が各事業年度において支出した寄附金の額の合計額のうち一定の金額を超える部分の金額は、当該法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない旨を定めるところ、この寄附金の額について、同条７項は、どのような名義をもってするかを問わず、法人が金銭その他の資産又は経済的な利益の贈与又は無償の供与をした場合における当該金銭の額若しくは金銭以外の資産のその贈与の時における価額又は当該経済的な利益のその供与の時における価額によるものとする旨を、同条８項は、法人が資産の譲渡又は経済的な利益の供与をした場合において、その譲渡又は供与の対価の額が当該資産のその譲渡の時における価額又は当該経済的な利益のその供与の時における価額に比して低いときは、当該対価の額と当該価額との差額のうち実質的に贈与又は無償の供与をしたと認められる金額を含むものとする旨を、それぞれ定めている。
ここで、法人税法が一定の金額を超える寄附金の額を損金の額に算入しないものとする制度を設けているのは、法人が支出した寄附金の全額を無条件で損金の額に算入するとすれば、国の財政収入の確保を阻害するばかりではなく、寄附金の出えんによる法人の負担が法人税の減収を通じて国に転嫁され、課税の公平上適当でないことから、これを是正することにあると解される。他方で、法人が支出する寄附金には、それが法人の収益を生み出すのに必要な費用としての側面を有するものもあり、当該支出が費用の性質を有するか、又は利益処分の性質を有するかを客観的に判定することは困難であるため、法人税法は、行政的な便宜及び公平の維持の観点から、統一的な損金の額に算入することができる金額の限度額を設け、寄附金のうちその限度額の範囲内の金額を費用として損金の額に算入することを認め、それを超える部分の金額を損金の額に算入しないことにしたものと解される。
以上のような一定の金額を超える寄附金の額の損金不算入の制度の趣旨並びに同条７項及び８項の規定の内容からすれば、同条７項に定める「寄附金」とは、民法上の贈与に限らず、経済的にみて贈与と同視し得る金銭その他の資産の譲渡又は経済的な利益の供与をいうものと解すべきであり、ここにいう「経済的にみて贈与と同視し得る金銭その他の資産の譲渡又は経済的な利益の供与」とは、金銭その他の資産又は経済的な利益を対価なく他に移転する場合であって、その行為について通常の経済取引として是認することができる合理的な理由が存在しないものを指すものと解するのが相当である。
(2) 本件払戻限度超過額の寄附金該当性について
旧商法２１３条１項が定める株式の消却がされた場合、当該消却された株式の株主は、当該株式についての株主としての地位に相当する経済的な利益を失うこととなる。ところで、株式の消却につき法人税法上は株式の譲渡の一種と評価されること（同法６１条の２第１項、法人税法施行規則２７条の３の２第１３号参照）は、本件において当事者間に争いがないところ、原告は、本件株式消却によって本件消却株式の株主としての地位を失い、本件消却株式の時価に相当する経済的な利益を失うとともに、払戻しをした本件各子会社から、本件消却株式の時価よりも低い額の本件払戻額の払戻しを受けたにとどまるから、このような本件株式消却を伴う減資の手続を通じ、原告から払戻しをした本件各子会社に対しては本件消却株式の時価と本件払戻額の差額（一部の金額を除く。）に相当する経済的な利益が、原告から払戻しをしなかった本件各子会社に対しては本件消却株式の時価に相当する経済的な利益（同じく一部の金額を除く。）が、それぞれ対価なく移転されたものということができる。
そして、上記のような原告から本件各子会社に対して相当の高額に上る経済的な利益の移転を生じさせる手続については、本件事業再編に係る各種の措置の一環として当初から原告において予定されていたものであるところ（甲１４の１・２）、原告は、本件事業再編は原告の製造する●●等の販売体制を構築するためにされたもので、そのうち本件株式消却を伴う減資は本件各子会社における事業税の負担に対応するためのものであって、原告の事業上必要かつ合理的なものであり、払戻しの金額は旧商法上の規制を反映してのものであった旨を主張するが、原告が営利を目的とする法人であること、事業の再編の手続として本件において採用されたもの以外のものを選択することが妨げられていたと見るべき格別の証拠ないし事情は見当たらないこと、本件株式消却を伴う減資は直接には本件各子会社の本件合併による消滅までの間のいわゆる税金対策を主たる目的とするものであること等からすれば、原告の主張するような事情のほか、原告と本件各子会社とが法人税法上の連結納税に係る関係にあることをもっても、上記のような経済的な利益の対価のない移転を内容とする手続を執ることが原告にとっての通常の経済取引として是認することができる合理的な理由に当たると直ちに解することは困難というべきであるし、他に本件においてこのような合理的な理由が存在したことをうかがわせる証拠ないし事情は見当たらない。
したがって、原告が本件各子会社に対価なく移転した上記の経済的な利益に相当する金額については、本件払戻限度超過額を含め、法人税法３７条７項の規定により損金の額に算入することができない「寄附金」に該当すると認めるのが相当である。
(3) 原告の主張について
ア 原告は、株式の消却の際に現実に旧商法の規定する払戻限度額を超える金額の払戻しを受けた者が後にこれを返還した場合は、この返還した金額を当然に損金の額に算入することができるとの前提に立った上で、本件払戻限度超過額については、これが現実に原告に払い戻されたとしても、旧商法の規定する払戻限度額の規制に反した違法な収益として返還すべきこととなるところ、本件における課税関係は、いわゆる有償取引同視説に従い、原告が本件払戻限度超過額を含んだ金額の払戻しを受けた上でそのうち本件払戻額を超える部分の金額を返還したと擬制してされたものと理解すべきものであるから、現実に払戻限度額を超える金額の払戻しを受けてこれを返還した場合と同様の課税関係となるべきであり、また、このように解さなければ、本件における課税は、時価での取引がされた場合よりも過度のものとなり、寄附金の制度趣旨を逸脱することにもなる等として、本件払戻限度超過額が寄附金に該当しない旨を主張する。
しかし、旧商法の規定する払戻限度額を超える金額の払戻しを受けた者が当該払戻限度額を超える部分の金額を返還した場合であっても、これが、そのような株式の譲渡がされるに至った経緯等に照らし、経済的な利益を対価なく他に移転するものであって、その行為について通常の経済取引として是認することができる合理的な理由が存在しないといい得るときは、当該経済的な利益に相当する金額は寄附金に該当することとなると解され、このことは、原告が仮に現実に本件払戻限度超過額の払戻しを受けて、これを返還したとした場合であっても異なるところはないというべきであるから、原告の主張は、その前提を欠くものといわざるを得ない。
この点、原告は、株式の消却の際に払戻限度額を超える金額の払戻しを受けた者が当該払戻限度額を超える部分の金額を返還する行為は、常に不当利得返還債務の消滅を伴うから、対価性のない場合を想定することはできない旨を主張するが、一般に、ある資産の譲渡又は経済的な利益の供与が法人税法３７条の「贈与又は無償の供与」に該当するといえるか否かを評価する際に問題となる当該譲渡又は供与の「対価」（同条８項参照）については、当該譲渡又は供与についての反対給付又はこれに準ずる性質のものと解するのが相当であり、原告のいうような不当利得返還債務の履行による効果をもって、上記に述べた意味における「対価」に当たると解すべき根拠を見いだすことは困難であるから、原告の主張は、採用することができない。
イ 原告は、ある者が経済的な利益を対価なく他に移転したといえるためには、その者が当該対価を受領することができる法的地位にあったことを要すると解すべきところ、原告は本件払戻限度超過額の払戻しを受け得る法的地位になかったから、本件払戻限度超過額に相当する経済的な利益を対価なく本件各子会社に移転したということはできず、このことは法人税法における寄附金の制度趣旨にも沿うものである旨を主張する。
しかし、原告が、本件株式消却により、本件消却株式の時価に相当する経済的な利益を失う一方、当該株式を発行した本件各子会社からは払戻しを受けずに又は時価よりも低い額での払戻しを受けて、その差額に相当する経済的な利益が本件各子会社に移転されたというべきことは、既に述べたとおりであって、原告のいう対価を受領し得る法的地位の有無によってこの判断が左右されるとは解し難く、法人税法上もその主張に沿うと解される規定は見当たらないところであって、原告が本件払戻限度超過額の払戻しを受け得る法的地位にあったか否かについては、それに相当する経済的な利益を対価なく移転したことについて通常の経済取引として是認することができる合理的な理由が存在したか否かの評価に当たりその事情の一つとして考慮されるべきものというべきである。
そして、原告は、前提事実(2)アのとおり、本件各子会社の発行する株式のほぼ全てを保有する株主として、本件事業再編に係る各種の措置の一部として払戻限度額や消却すべき株式の数等を決定することができる立場にあった（原告がそのような立場にあったことは、原告も争うものではないと解される。）にもかかわらず、その選択により前提事実(2)ウの内容の本件株式消却を伴う減資をすることとしたもので、資産の譲渡等を内容に含む本件事業再編に係る各種の措置の一部においてこのような対応をしたことについて、通常の経済取引として是認することができる合理的な理由に当たると解すべき事情があったことをうかがわせる証拠ないし事情が見当たらないことは、既に述べたとおりである。
したがって、本件において、原告が本件払戻超過額の払戻しを受け得る法的地位になかったことは、本件払戻限度超過額が寄附金に該当することを直ちに否定する根拠となるものとはいえないというべきである（なお、このことは、本件払戻限度超過額の払戻しを受けることができない法的地位の作出等を原告が不当に意図していたか否か等の事情により左右されるものではない。）。
この点、原告は、寄附金該当性は「実質的に贈与をしたと認められる金額」に該当するか否かの問題であるから、適正な価額と対価の額との間に差額があるということのみをもって対価要件を満たすということはできない旨を主張するところ、寄附金の意義及び判断基準については、既に(1)に述べたとおりである。
このほか、原告は、経済的な利益を移転させた者が、これにより対価的意義を有するものと認められる経済的な利益を得ている場合は、その者が移転させた経済的な利益に相当する額は、対価要件を欠き、寄附金には該当しないと解すべきところ、本件では、原告が本件払戻限度超過額の払戻しを受けないことによって、これを受けた場合に生ずる不当利得返還債務の発生を回避するという経済的な利益を得ている旨を主張するが、原告がいう不当利得返還債務の発生を回避するということをもって原告から本件各子会社に移転されたというべき経済的な利益に対する「対価」に当たるとは解し難いことは、既に述べたところから明らかというべきである。
ウ 原告は、本件払戻限度超過額の払戻しを受けなかったのは、旧商法が定める払戻限度額の規制を遵守するためであったのであるから、通常の経済取引として是認できる合理的な理由が存在することは明らかであり、被告の主張は、原告に私法上許されていない行為を強制するものであって、不当である旨を主張する。
しかし、原告が本件事業再編の手続における自らの立場を前提としたその判断により前提事実(2)ウの内容の本件株式消却を伴う減資をしたもので、原告が旧商法の定める払戻限度額の規制を遵守するため本件払戻限度超過額の払戻しを受けなかったものであるとしても、そのことのみをもって、直ちに通常の経済取引として是認することができる合理的な理由に当たるということは困難というべきことは、既に述べたとおりであり、本件払戻限度超過額が寄附金に該当するとすることが原告に対し私法上許されていない行為を強制するものであるとの原告の評価も、当を得たものとはいい難い。
なお、原告は、課税は原則として私法上の法律関係に即してされなければならないところ、本件払戻限度超過額の寄附金該当性を認めることは、旧商法の定める払戻限度額の規制により原告が本件払戻限度超過額の払戻しを受けることができない法的地位にあるという私法上の法律関係を、法人税法１３２条１項の規定を適用することなく無視するものであって、租税法律主義の要請に反する旨も主張するが、このような主張は、前記イにおいて排斥した主張を視点を変えて繰り返すものにすぎないものというほかない。本件株式消却を伴う減資の法律的な内容を踏まえた上で、それがその一環としてされた本件事業再編の経緯等を考慮して、本件払戻限度超過額につき法人税法３７条の規定の適用の有無を判断することをもって、原告がいうところの私法上の法律関係を否認するものであるということができないことは、前記イにおいて述べたところに照らしても明らかというべきであって、原告の上記主張は、採用することができない。
エ 原告は、無償又は低い価額での払戻しによる株式の消却がされた場合、消却された株式が有していた経済的な価値は未消却の株式に移転するから、消却された株式の時価と払戻額との差額が寄附金に該当するとしてその金額の損金の額への算入を認めないとすることは、この差額に相当する１つの経済的な価値について、株式の消却時と未消却株式の譲渡時の２回の課税をするもので、二重課税に当たる旨を主張する。
しかし、原告がいう上記の問題が生ずるのは、法人税法が一定の金額を超える寄附金の額を損金の額に算入しないものとする制度を採っていることや、税法上、株式の消却は、消却される株式の株主が当該株式をそれを発行した会社に譲渡したものと取り扱われることからの帰着であって、法のもとより予定するところというほかないものであるから、これをもって違憲又は違法な二重課税であるということは困難である。
オ 以上に述べたとおり、原告の主張は、いずれも採用することができず、原告のその余の主張を考慮したとしても（なお、原告がその主張に沿うものとして引用する判例及び裁判例については、いずれも本件とは事案を異にし、本件に適切ではない。）、前記(2)に述べた当裁判所の判断を左右するには足りないものというべきである。
３ 争点３（本件適正譲渡対価の額）について
(1) 本件適正譲渡対価の額について
ア 法人税法６１条の２第１項は、別紙３関係法令等の定めのとおり、法人が有価証券の譲渡をした場合には、その有価証券の譲渡に係る対価の額と原価の額との差額である譲渡利益額又は譲渡損失額は、当該法人の所得の金額の計算上、益金の額又は損金の額に算入する旨を定めるところ、旧商法２１３条１項の定める株式の消却は、当該株式をその株式を発行した会社に譲渡したものとみることができるから、法人税法６１条の２第１項に定める有価証券の譲渡に当たるということができ、また、その際の同項１号に定める譲渡に係る対価の額は、その消却がされた日における当該株式の適正な価額、すなわちその日における当該株式の時価に基づいて算定されるべきものと解される（法人税法施行規則２７条の３の２第１３号参照）。
そして、法基通２－３－４は、法人が無償又は低い価額で有価証券を譲渡した場合における同法６１条の２第１項に規定する譲渡に係る対価の額の算定に当たっては、同通達４－１－４並びに４－１－５及び４－１－６の取扱いを準用する旨を定めるところ、本件消却株式が、上場有価証券等以外の株式に当たるもので、かつ、同通達４－１－５(1)ないし(3)が定める株式のいずれにも当たらないものであることは、当事者間に争いがないから、本件適正譲渡対価の額については、同通達４－１－５(4)又は４－１－６のいずれかに基づいて評価すべきこととなり、以上のような取扱いについては、法人税法６１条の２第１項に定める譲渡に係る対価の額の算定方法として、その一般的な合理性を首肯するに足りるものということができる。
イ(ア) 本件においては、Ｆ銀行の作成に係る本件合併比率算定書において本件各子会社株式の１株当たりの価額が示されているところ、この価額は、前提事実(2)エ(イ)のとおり、平成１８年４月１日を評価の基準時として、その時点で既に予定されていた本件増資及び本件減資を踏まえ、法基通４－１－５(4)が定めるところと同様の株式の価額の算定方法である純資産価額方式によって算定されたもので、その純資産価額方式に基づく株式の価額の算定の過程において正確性に格別疑念を抱かせるような点は見当たらない。加えて、本件合併比率算定書に記載された本件各子会社株式の１株当たりの価額は、本件合併における合併比率を算定する基礎として実際に用いられたものであって、これらによれば、本件合併比率算定書に記載された本件各子会社株式の１株当たりの価額については、同通達４－１－５(4)に基づいて算定された価額であって、かつ、一般に通常の取引における当事者の合理的意思に合致するものということができるから、この価額をもって本件株式消却時における本件子会社株式の時価と認めるのが相当である（なお、原告も、各財基通評価子会社を除いた本件各子会社株式の１株当たりの適正な価額が本件合併比率算定書に記載された価額であることは、争っていないものである。）。
(イ) 他方、本件適正譲渡対価の額を法基通４－１－６に基づいて評価する場合、小会社である本件各子会社の取引相場のない株式である本件各子会社株式については、その選択により純資産価額方式又はこれと類似業種比準方式を併用する方法のいずれかにより計算した金額によって評価することができる（財基通１７９(3)）ところ、本件において、類似業種比準方式を併用する方法を選択したときは、前提事実(2)アのとおり、本件事業年度の前の事業年度の末である平成１８年３月３１日の時点において「●●小売業」であった本件各子会社の業種目がその後にされた本件分割によって「不動産賃貸業」へと変わったこと（業種目について乙１２）について、類似業種比準価額への反映がされないこととなる。
類似業種比準方式は、資産的な要素に加えて、利益及び配当のいわゆる収益要素を事業内容が類似する業種目に属する上場株式のそれらの平均と比較の上、上場株式の株価に比準して株式の価値を評価する方法であるから、異なる業種目に属する上場株式との比較をすることが、その算定方式の根本に反した不適切なものであることは当然であるし、現に、類似業種比準価額の計算上の業種目別の株価において、不動産賃貸業の株価は●●小売業の株価の約２倍の額とされていた（乙１２）もので、これらからすれば、法基通４－１－６に基づき純資産価額方式と類似業種比準方式を併用する方式により算定された本件各子会社株式の価額については、それが通達の定める方法に従って算定されたものであるとしても、その価額をもって、一般に通常の取引における当事者の合理的意思に合致するものとはいい難く、本件株式消却時における本件各子会社株式の時価であるとするには疑問を差し挟む余地があるといわざるを得ない。本件各子会社株式の価額をこの方式によって算定することには、課税上弊害があるというべきである。
ウ 以上によれば、本件適正譲渡対価の額は、本件合併比率算定書に記載された本件各子会社株式の１株当たりの価額に基づいて算定された額とすることが適当であり、その合計額は、これまて述べたところ及び弁論の全趣旨によれば、別表６のとおり、６７８億０８９８万９５７１円（同別表の「本件適正譲渡対価の額」欄の合計額）であると認められる。
(2) 原告の主張について
ア 原告は、法基通４－１－５(4)と同通達４－１－６が定める株式の価額の算定方法はいずれも合理的なものであるところ、このように複数の合理的な算定方法がある場合に合理性の程度という観点から通達等に定めのない優劣を設けることは、時価が一定の幅を持った概念であることや、判例等に照らして、許されないとの前提に立って、納税者はこれらの算定の方法に基づいて算定された価額のうちいずれか低い価額をもって株式の価額とすることができると解すべきである旨を主張する。
しかし、ある算定方法が一般的には合理的であるとしても、その算定方法に基づいて算定された価額が、個々の事案における具体的な事情によっては、そのような事案の通常の取引における当事者の合理的意思に合致せず、時価の範囲内にあるとはいえないような事態が生じ得ることは、当然である（財基通６参照）。そして、本件において、法基通４－１－６に基づき純資産価額方式と類似業種比準方式を併用する方法によって算定した本件各子会社株式の価額が時価の範囲内にあるということができるかについて疑問を差し挟まざるを得ず、本件各子会社株式の価額をこの方法によって算定することに課税上弊害があるというべきことは、既に述べたとおりであるから、原告の主張は、その前提を欠くものというべきである。
この点、原告は、同通達４－１－６が定める「課税上弊害がある」とは、その算定方法に基づいて算定することが、同通達の趣旨・目的に反して著しく不合理であると認められる場合に限られ、他の算定方法が合理性においてより優れているといった場合を含まない旨も主張するが、同通達４－１－６に基づき純資産価額方式と類似業種比準方式を併用する方法によって算定された価額が本件株式消却時における本件各子会社株式の時価の範囲内にあるかについて、疑問を差し挟む余地があるといわざるを得ないことは、既に述べたとおりであるから、そのような価額をもって本件各子会社株式の価額であるとすることに課税上弊害があることは明らかというべきである。
イ 原告は、本件合併比率算定書は合併比率を算出するという限られた特定の目的のために作成されたものであるところ、その検討の過程は、本件合併によって消滅する会社である本件各子会社が債務超過の状態にある会社と評価されることを回避するため、純資産価額方式を採用した上で、その所有する土地を、原告が従来から利用していた路線価を基礎としてではなく、いわゆる公示価格（路線価を０．８で割り戻す計算をしたもの）をもって評価する等したというものであって、高い価額となるように調整されたものである旨を主張する。
しかし、純資産価額方式によって算定された株式の価額が正である会社の株式を他の評価方法を用いて算定した場合にはそれが負となったからといって、直ちに純資産価額方式によって算定された株式の価額が時価を超えた高い価額であると解すべき根拠はないし、原告のいう公示価格をもって本件各子会社の所有する土地を評価することが直ちに時価を上回る評価をすることとなることをうかがわせる証拠ないし事情も見当たらない。
なお、原告は、本件合併比率算定書におけるＢの株式の価額は１株当たり４万０９９３円であるところ、この金額は、本件合併の約４か月前である平成１８年２月に原告がＢの株式を購入した際の１株当たりの金額である２万７１５３円を大きく上回る旨も主張する。しかし、上記の金額は、本件事業再編に係る手続が開始される前の本件各子会社には含まれないＢの株式に係るもので、当該取引の相手方は、株式会社Ａ銀行、株式会社Ｉ銀行、株式会社Ｊ銀行及びＫ銀行株式会社並びに株式会社Ｈであり、そのうちの株式会社Ｊ銀行は原告に対するいわゆるシンジケートローンの幹事であり、株式会社Ｈは原告のいわゆる大口の重要な取引先の立場にあった（甲３７の１ないし５、乙１７、１８）ものであって、これらの事情のほか、上記の株式の取引が本件事業再編の準備の一環としてされ、そのような事情は取引の相手方である上記の各社においても認識し、これに協力する趣旨で当該取引に応じたものと推認されることからすると、原告がＢの株式を購入した際の１株当たり２万７１５３円との金額をもって、直ちに不特定多数の当事者間で通常成立し得る客観的な価額であるとすることは困難であるというべきであるから、上記の金額での取引が存在したことは、本件合併比率算定書における本件各子会社株式の価額が当該株式の時価であると認めることを妨げるに足りないというべきである。
ウ 原告は、①各財基通評価子会社が「●●小売業」であるとの前提で、法基通４－１－６に基づき純資産価額方式と類似業種比準方式を併用する方法でその株式の価額を算定したことについて、直前の事業年度の末から評価の基準となる時までの間に業種目の変更を伴う業種の変更があった場合でも、財基通がそのような場合についての明文の定めを設けていないことからすれば、同通達はそうした変更を評価額に反映させない仕組みを採用したものと解すべきであるし、②実質的にも、本件のように評価会社が分社型分割をした場合は、当該分割の前後で評価会社の株式の価値に変動は生じないから、各財基通評価子会社の株式について原告がした上記の方法での算定に誤りはない旨を主張する。
しかし、上記①の点について、類似業種比準方式が、資産的な要素に加えて、利益及び配当の収益要素を事業内容が類似する業種目に属する上場株式のそれらの平均と比較の上、その株価に比準して株式の価値を評価する方法であることは、既に述べたとおりであるから、同通達に明文の定めがないことのみをもって、直ちに同通達が類似業種比準方式で株式の価額を算定する際に異なる業種目に属する上場株式との比較をすることを認める趣旨であると解することは困難であるし、上記②の点についても、純資産価額方式で株式の価額を算定する場合に妥当する考え方であって、類似業種比準方式で株式の価額を算定する際に異なる業種目に属する上場株式との比較をすることを許容すべき根拠となるものとはいえない。
エ 以上に述べたとおり、原告の主張は、いずれも採用することができず、原告のその余の主張を考慮したとしても（なお、原告がその主張に沿うものとして引用する判例及び裁判例については、いずれも本件とは事案を異にし、本件に適切ではない。）、前記(1)に述べた当裁判所の判断を左右するには足りないものというべきである。
４ 本件各更正処分等の適法性について
以上に述べたとおり、本件適正譲渡対価の額は、別表６のとおり、合計で６７８億０８９８万９５７１円（同別表の「本件適正譲渡対価の額」欄の合計額）であり、これに基づいて算出される寄附金の額は、別表５のとおり、合計で６２８億７８７７万０７１２円（同別表の「寄附金認定額」欄の合計額）となるところ、これまて述べたところ及び弁論の全趣旨によれば、本件再々更正処分及び本件各賦課決定処分は、別紙４本件再々更正処分及び本件各賦課決定処分の根拠及び適法性のとおり、いずれも適法なものと認められる。
第４ 結論
以上の次第であって、本件訴えのうち本件更正処分の一部の取消しを求める部分及び本件再更正処分の一部の取消しを求める部分はいずれも不適法であるからこれらを却下し、原告のその余の請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとし、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官八木一洋
裁判官田中一彦
裁判官塚原洋一
（別紙１）
当事者目録
原告Ｌ株式会社
同代表者代表取締役乙
同訴訟代理人弁護士石黒徹
金丸和弘
大石篤史
小松岳志
小山浩
中嶋将良
被告国
同代表者法務大臣滝実
処分行政庁神奈川税務署長
千葉斉
被告指定代理人新保裕子
森本利佳
清水一夫
奥田芳彦
村上広行
藁谷貴弘
（別紙２）
主文関係目録
１ 神奈川税務署長が原告に対して平成２０年６月３０日付けでした原告の平成１８年４月１日から平成１９年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得の金額を欠損金額２８７億９４１８万２３３９円として計算した額を超える部分の取消しを求める部分
２ 神奈川税務署長が原告に対して平成２１年６月３０日付けでした原告の平成１８年４月１日から平成１９年３月３１日までの事業年度の法人税の再更正処分のうち所得の金額を欠損金額２８７億９４１８万２３３９円として計算した額を超える部分の取消しを求める部分
（別紙３）
関係法令等の定め
１ 国税通則法（以下「通則法」という。）
通則法１１５条１項は、国税に関する法律に基づく処分で不服申立てをすることができるものの取消しを求める訴えは、異議申立てをすることができる処分（審査請求をすることもできるもの〔異議申立てについての決定を経た後審査請求をすることができるものを含む。〕を除く。）にあっては異議申立てについての決定を、審査請求をすることができる処分にあっては審査請求についての裁決を経た後でなければ、提起することができないが（本文）、同項各号のいずれかに該当するときは、この限りでない（ただし書）旨を定めている。
１号異議申立て（国税庁長官に対してされたものに限る。）又は審査請求がされた日の翌日から起算して３月を経過しても決定又は裁決がないとき。
２号（省略）
３号異議申立てについての決定又は審査請求についての裁決を経ることにより生ずる著しい損害を避けるため緊急の必要があるとき、その他その決定又は裁決を経ないことにつき正当な理由があるとき。
２ 旧商法
(1) 旧商法２１３条１項は、株式は、同法２１２条の規定（保有する自己株式の消却の決議に関する規定）によるのほか、資本減少の規定に従う場合又は定款の規定に基づき株主に配当すべき利益をもってする場合でなければ、これを消却することはできない旨を定めている。
(2)ア旧商法２８９条２項は、会社は、同条１項の規定にかかわらず、株主総会の決議をもって資本準備金及び利益準備金の減少をすることができ（前段）、この場合においては、その決議において減少すべき資本準備金及び利益準備金の額及び同条２項各号に掲げる場合におけるその各号に定める金額につき決議をすることを要する（後段）旨を定めている。
１号株主に払戻しをする場合払戻しに要すべき金額
２号資本の欠損の填補に充てる場合填補に充てるべき金額
イ 旧商法２８９条３項は、同条２項の場合においては同項各号に定める金額の合計額は減少すべき資本準備金及び利益準備金の合計額を超えることはできない旨を定めている。
(3) 旧商法３７５条１項は、資本の減少をするには、減少すべき資本の額及び同項各号に掲げる場合におけるその各号に定める事項につき同法３４３条に定める決議をすることを要し（前段）、この場合においては、その各号に定める金額の合計額は減少すべき資本の額を超えることはできない（後段）旨を定めている。
３ 法人税法
(1) 法人税法２条１２号の１０（ただし、平成１８年法律第１０号による改正前のもの）は、分社型分割とは、分割により分割承継法人（同条１２号の３参照）の株式その他の資産が分割法人（同条１２号の２参照）にのみ交付される場合の当該分割をいう旨を定めている。
(2) 法人税法２２条２項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする旨を定めている。
(3) 法人税法２４条１項は、法人の株主等である内国法人が当該法人の同項各号に掲げる事由により金銭その他の資産の交付を受けた場合において、その金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額が当該法人の資本金等の額又は連結個別資本金等の額のうちその交付の基因となった当該法人の株式又は出資に対応する部分の金額を超えるときは、同法の規定の適用については、その超える部分の金額は、同法２３条１項１号に掲げる金額（剰余金の配当若しくは利益の配当又は剰余金の分配の額）とみなす（このみなされる金額を、以下「みなし配当額」ということがある。）旨を定めている。
５号出資の消却（取得した出資について行うものを除く。）、出資の払戻し、社員その他法人の出資者の退社又は脱退による持分の払戻しその他株式又は出資をその発行した法人が取得することなく消滅させること。
その余の号（省略）
(4) ①法人税法３７条１項は、内国法人が各事業年度において支出した寄附金の額の合計額のうち、その内国法人の当該事業年度終了の時の資本金等の額又は当該事業年度の所得の金額を基礎として政令で定めるところにより計算した金額を超える部分の金額は、当該内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない旨を、②同条７項は、同条１項に規定する寄附金の額は、寄附金、拠出金、見舞金その他いずれの名義をもってするかを問わず、内国法人が金銭その他の資産又は経済的な利益の贈与又は無償の供与をした場合における当該金銭の額若しくは金銭以外の資産のその贈与の時における価額又は当該経済的な利益のその供与の時における価額によるものとする旨などを、③同条８項は、内国法人が資産の譲渡又は経済的な利益の供与をした場合において、その譲渡又は供与の対価の額が当該資産のその譲渡の時における価額又は当該経済的な利益のその供与の時における価額に比して低いときは、当該対価の額と当該価額との差額のうち実質的に贈与又は無償の供与をしたと認められる金額は、同条７項の寄附金の額に含まれるものとする旨を、それぞれ定めている。
(5) 法人税法６１条の２第１項は、内国法人が有価証券の譲渡をした場合には、その譲渡に係る譲渡利益額（同項１号に掲げる金額が同項２号に掲げる金額を超える場合におけるその超える部分の金額をいう。）又は譲渡損失額（同号に掲げる金額が同項１号に掲げる金額を超える場合におけるその超える部分の金額をいう。）は、その譲渡に係る契約をした日（その譲渡が剰余金の配当その他の財務省令で定める事由によるものである場合には、当該剰余金の配当の効力が生ずる日その他の財務省令で定める日）の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金の額又は損金の額に算入する旨を定めている。
１号その有価証券の譲渡に係る対価の額（同法２４条１項の規定により同法２３条１項１号に掲げる金額とみなされる金額〔みなし配当額〕がある場合には、そのみなされる金額に相当する金額を控除した金額）
２号その有価証券の譲渡に係る原価の額
４ 法人税法施行規則（平成１９年財務省令第１３号による改正前のもの。以下同じ。）
法人税法施行規則２７条の３の２は、法人税法６１条の２第１項（有価証券の譲渡益又は譲渡損の益金又は損金算入）に規定する財務省令で定める事由は、法人税法施行規則２７条の３の２各号に掲げる事由とし、法人税法６１条の２第１項に規定する財務省令で定める日は、当該各号に掲げる事由の区分に応じ当該各号に定める日とする旨を定めている。
１３号出資の消却、出資の払戻し、社員その他内国法人の出資者の退社又は脱退による持分の払戻しその他株式又は出資を取得することなく消滅させることによる対価としての交付これらの事由が生じた日
その余の号（省略）
５ 法人税基本通達（昭和４４年５月１日付け直審（法）２５国税庁長官通達。平成１９年３月１３日課法２－３による改正前のもの。以下「法基通」という。当事者間に争いがない。）
(1) 法基通２－３－４は、法人が無償又は低い価額で有価証券を譲渡した場合における法人税法６１条の２第１項１号に規定する譲渡に係る対価の額の算定に当たっては、法基通４－１－４並びに４－１－５及び４－１－６の取扱いを準用する旨を定めている。
(2) 法基通４－１－４は、法人の有する上場有価証券等（法人税法施行令１１９条の１３第１号から第３号までに掲げる有価証券をいう。以下同じ。）について法人税法２５条３項（資産評定による評価益の益金算入）の規定を適用する場合において、同施行令２４条の２第５項１号（再生計画認可の決定等の事実が生じた場合の評価益の額）に掲げる事実が生じた時の当該上場有価証券等の価額は、同通達４－１－７の適用を受けるものを除き、同施行令１１９条の１３第１号から３号まで及びこれらの規定に係る取扱いである同通達２－３－３０から２－３－３４までにより定められている価額による旨を定めている。
(3) 法基通４－１－５は、上場有価証券等以外の株式について法人税法２５条３項の規定を適用する場合において、法人税法施行令２４条の２第５項１号に掲げる事実が生じた時の当該株式の価額は、次のアないしエ（同通達４－１－５(1)ないし(4)に対応する。）の区分に応じ、次による旨を定めている。
ア 売買実例のあるもの（省略）
イ 公開途上にある株式で、当該株式の上場に際して株式の公募又は売出しが行われるもの（省略）
ウ 売買実例のないものでその株式を発行する法人と事業の種類、規模、収益の状況等が類似する他の法人の株式の価額があるもの（省略）
エ 前記アないしウ（法基通４－１－５(1)ないし(3)）までに該当しないもの当該事実が生じた日又は同日に最も近い日におけるその株式の発行法人の事業年度終了の時における１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額
(4) 法基通４－１－６は、法人が上場有価証券等以外の株式（前記(3)ア及びイ〔同通達４－１－５(1)及び(2)〕に該当するものを除く。）について法人税法２５条３項の規定を適用する場合において、法人税法施行令２４条の２第５項１号に掲げる事実が生じた時における当該株式の価額につき財産評価基本通達（昭和３９年４月２５日付け直資５６・直審（資）１７国税庁長官通達。本件においては、平成１８年１０月２７日課評２－２７による改正前のものが適用される。以下「財基通」という。）の１７８から１８９－７まで（取引相場のない株式の評価）の例によって算定した価額によっているときは、課税上弊害がない限り、次のアないしウ（法基通４－１－６(1)ないし(3)）によることを条件としてこれを認める旨を定めている。
ア 当該株式の価額につき財基通１７９の例により算定する場合（同通達１８９－３の(1)において同通達１７９に準じて算定する場合を含む。）において、当該法人が当該株式の発行会社にとって同通達１８８の(2)に定める「中心的な同族株主」に該当するときは、当該発行会社は常に同通達１７８に定める「小会社」に該当するものとしてその例によること。
イ 当該株式の発行会社が土地（土地の上に存する権利を含む。）又は証券取引所に上場されている有価証券を有しているときは、財基通１８５の本文に定める「１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）」の計算に当たり、これらの資産については当該事実の生じた時における価額によること。
ウ 財基通１８５の本文に定める「１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）」の計算に当たり、同通達１８６－２により計算した評価差額に対する法人税額等に相当する金額は控除しないこと。
６ 財基通（乙１１）
財基通１８０は、同通達１７９の類似業種比準価額は、類似業種の株価並びに１株当たりの配当金額、年利益金額及び総資産価額（帳簿価額によって計算した金額）を基とし、次の算式によって計算した金額とする旨を定めている。
ｂｃｄＢ＋Ｃ
×３＋
Ｄ
Ａ×
×0.7
また、同通達１８０は、上記算式の適用に当たっては、上記算式中の「Ａ」、「ｂ」、「ｃ」、「ｄ」、「Ｂ」、「Ｃ」及び「Ｄ」は、それぞれ次による旨を定めている。
「Ａ」＝類似業種の株価
「ｂ」＝評価会社の直前期末における１株当たりの配当金額
「ｃ」＝評価会社の直前期末以前１年間における１株当たりの利益金額
「ｄ」＝評価会社の直前期末における１株当たりの純資産価額（帳簿価額によって計算した金額）「Ｂ」＝課税時期の属する年の類似業種の１株当たりの配当金額
「Ｃ」＝課税時期の属する年の類似業種の１株当たりの年利益金額
「Ｄ」＝課税時期の属する年の類似業種の１株当たりの純資産価額（帳簿価額によって計算した金額）以上
（別紙４）
本件再々更正処分及び本件各賦課決定処分の根拠及び適法性
１ 本件再々更正処分の根拠
被告が本件訴えにおいて主張する原告の本件事業年度の法人税の所得の金額、納付すべき税額及び翌期へ繰り越す欠損金の額は、別表３記載のとおりであり、各金額の根拠は、次のとおりである。
なお、△印は、欠損金額又は還付金の額に相当する税額であることを示す。
(1) 所得の金額（別表３順号２９）
１１７億０７５１万２６８４円
上記金額は、次のアの金額にイの金額を加算し、ウの金額を減算した金額である。
ア 申告に係る所得の金額（別表３順号１）
△５３０億６１１９万５４９０円
上記金額は、本件確定申告書に記載された欠損金額と同額である。
イ 所得の金額に加算すべき金額（別表３順号１７）
１３１１億１９９９万９９２８円
上記金額は、次の(ア)ないし(ソ)の金額の合計額である。
(ア) 売上計上漏れ（別表３順号２・本件更正処分）
１億２９１７万６８８０円
上記金額は、原告が本件事業年度の翌事業年度の売上げに計上した金額のうち、システム開発等業務における取引先の検収が本件事業年度中に完了していたものであり、本件事業年度の益金の額に算入すべき金額である。
(イ) 仕掛品計上漏れ（別表３順号３・本件更正処分）
２億５７６１万７６０９円
上記金額は、原告が間接経費業務委託費研究開発費として損金の額に算入した金額のうち、原告が展示用●●のデザイン開発を委託した委託先において、本件事業年度の末までに完了していない委託業務に係る費用であり、本件事業年度の損金の額に算入されない金額である。
(ウ) 雑収入計上漏れ（別表３順号４・本件更正処分及び本件再々更正処分）９２２２万９６３２円
上記金額は、次のａ及びｂの金額の合計額である。
ａ ９２１９万２１３２円（本件更正処分）
上記金額は、原告が原告の海外の子会社に技術者等を派遣していた業務について、一部の海外の子会社に対して派遣業務の対価の請求をせず雑収入に計上していなかったものであり、本件事業年度の益金の額に算入すべき金額である。
ｂ ３万７５００円（本件再々更正処分）
上記金額は、本件再々更正処分のうち、後記ウ(ク)の役員の個人的な所得税の確定申告書の作成費用に係る消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）に相当する金額であり、本件再々更正処分がされた平成２２年６月２９日において、上記確定申告書の作成に係る消費税等は、除斥期間の経過により（通則法７０条１項１号）、納付する必要がなくなっているため、本件事業年度の益金の額に算入すべき金額である。
(エ) 業務委託費のうち損金の額に算入されない金額（別表３順号５・本件更正処分）８２９８万３０００円
上記金額は、原告が委託研究開発費等として損金の額に算入した金額のうち、原告が受託した試作開発業務等に係る費用であり、本件事業年度の末までに完了していないことから、本件事業年度の損金の額に算入されない金額である。
(オ) 特別運用保証費用のうち損金の額に算入されない金額（別表３順号６・本件更正処分）１３億６２８０万２９４０円
上記金額は、原告が特別運用保証費用として損金の額に算入した金額のうち、原告が●●の製造を委託した委託先において負担すべき費用であり、本件事業年度の損金の額に算入されない金額である。
(カ) 固定資産除却損のうち損金の額に算入されない金額（別表３順号７・本件更正処分）４億７６９５万円
上記金額は、原告が固定資産除却損として損金の額に算入した金額のうち、原告が設備の撤去業務を委託した委託先において、本件事業年度の末までに完了していない委託業務に係る費用であり、本件事業年度の損金の額に算入されない金額である。
(キ) 間経修理外注委託土建費のうち損金の額に算入されない額（別表３順号８・本件更正処分）８８７万５０００円
上記金額は、原告が間経修理外注委託土建費として損金の額に算入した金額のうち、原告が消火器ボックスの撤去業務を委託した委託先において、本件事業年度の末までに完了していない委託業務に係る費用であり、本件事業年度の損金の額に算入されない金額である。
(ク) 交際費等の損金不算入額（別表３順号９・本件更正処分）
１５７３万１１７３円
上記金額は、原告が一般管理費会議費として損金の額に算入した金額のうち、販売成績が優秀なディーラーの表彰式において取引先等を接待するために要した飲食代及び観光旅行代等であり、租税特別措置法６１条の４第３項（平成２０年法律第２３号改正前のもの）に規定する交際費等に該当するため、同条１項により本件事業年度の損金の額に算入されない金額である。
(ケ) 減価償却費のうち損金の額に算入されない金額（別表３順号１０・本件更正処分）１６７５万９５２１円
上記金額は、原告が減価償却費として損金の額に算入した金額のうち、本件事業年度において事業の用に供されていない金型に係る減価償却費であり、本件事業年度の損金の額に算入されない金額である。
(コ) 特定外国子会社等の課税対象留保金額の減算過大額（別表３順号１１・本件更正処分）２０２１万５７６４円
上記金額は、本件事業年度の前事業年度の所得の金額から減算すべき特定外国子会社等に係る課税対象留保金額を、本件事業年度の所得の金額から減算していたものであり、本件事業年度の所得の金額から過大に減算された金額である。
(サ) 有価証券の譲渡損失額の過大計上額（別表３順号１２・本件更正処分及び本件再々更正処分）
６３６億８９２４万３０９７円
上記金額は、次のａ及びｂの金額の合計額である。
ａ ６２８億７８７７万０７１２円（本件更正処分）
上記金額は、本件確定申告書において、本件株式消却を伴う減資により有価証券の譲渡に係る譲渡損失額として所得の金額から減算した１３９１億４９５０万２１７３円のうち、本判決本文中で被告が主張するとおり、その金額が過大であったものであり、本件事業年度の所得の金額から過大に減算された金額である。
ｂ ８億１０４７万２３８５円（本件再々更正処分）
上記金額は、後記ウ(キ)の法人税法２４条１項の規定により同法２３条１項１号に掲げる金額とみなされる金額の過大計上額に伴い、前記ａの過大額に加えて更に有価証券の譲渡に係る譲渡損失額が過大となる金額である。
(シ) 寄附金の損金不算入額（別表３順号１３・本件各更正処分）
６１９億３２３４万０７５６円
上記金額は、本件再々更正処分における寄附金の損金不算入額６２５億４２５９万７７５８円（次のａ及びｂの金額の合計額）と本件確定申告書における寄附金の損金不算入額６億１０２５万７００２円との差額であり、本件事業年度の損金の額に算入されない金額（別表４順号２３）である。
なお、当該差額６１９億３２３４万０７５６円の内訳は、本件更正処分による６１９億６５１７万９６７６円から、本件再更正処分による２２４７万４６０８円及び本件再々更正処分による１０３６万４３１２円を差し引いた金額である。
ａ 国外関連者に対する寄附金の損金不算入額（別表４順号１９）
６億１０２５万７００２円
上記金額は、本件確定申告書における国外関連者に対する寄附金額と同額であり、租税特別措置法６６条の４第３項（平成２２年法律６号による改正前のもの）の規定により損金の額に算入されない金額である。
ｂ 国外関連者に対する寄附金以外の寄附金の損金不算入額（別表４順号１８）６１９億３２３４万０７５６円
上記金額は、本件確定申告書における支出した寄附金の額１６億７９２９万５００９円に、後記ウ(ア)の６２８億７８７７万０７１２円（別表５の「寄附金認定額」欄の合計額）を加算した６４５億５８０６万５７２１円を支出した寄附金の合計額として法人税法３７条１項の規定により算出された金額であり、前記ａ以外の損金の額に算入されない金額である。
なお、別表４順号７欄の「所得金額仮計」△６０５億６１９９万９５７２円は、法人税法施行令（平成１９年政令第８３号による改正前のもの。以下同じ。）７３条２項の規定により、△６３５億７６５６万５１６８円（乙３の別表十四(二)７欄参照）に、前記イの１３１１億１９９９万９９２８円（別表３順号１７）から前記(シ)の６１９億３２３４万０７５６円（別表３順号１３）を差し引いた６９１億８７６５万９１７２円を加算し、後記ウの６６３億５１２９万１７５４円（別表３順号２８）から後記ウ(オ)（別表３順号２２）の１６１０万４６９４円及び後記ウ(コ)の１億６２０９万３４８４円（別表３順号２７）を差し引いた６６１億７３０９万３５７６円を減算した金額である。
(ス) 繰延資産の償却超過額（別表３順号１４・本件再更正処分及び本件再々更正処分）２１億０６５１万７８２７円
上記金額は、次のａないしｃの金額の合計額である。
ａ ２０億８３２７万１１０２円（本件再更正処分）
上記金額は、原告が業務委託費に計上した金額のうち、繰延資産とすべきノーハウの設定に際して支出した一時金であることから算出された償却限度額を超える部分の金額であり、本件事業年度の損金の額に算入されない金額である。
ｂ １１６９万２３２５円（本件再更正処分）
上記金額は、原告が雑費に計上した金額のうち、繰延資産とすべき支出の効果が１年以上に及ぶものであることから算出された償却限度額を超える部分の金額であり、本件事業年度の損金の額に算入されない金額である。
ｃ １１５５万４４００円（本件再々更正処分）
上記金額は、原告が業務委託費に計上した金額のうち、繰延資産とすべきノーハウの設定に際して支出した一時金であることから算出された償却限度額を超える部分の金額であり、本件事業年度の損金の額に算入されない金額である。
(セ) 減価償却超過額（別表３順号１５・本件再更正処分）
１億１８０８万４３４４円
上記金額は、原告が外注委託費及び間接材料費に計上した金額のうち、減価償却資産とすべき金型の取得価額であることから算出された償却限度額を超える部分の金額であり、本件事業年度の損金の額に算入されない金額である。
(ソ) 受取配当等の益金不算入額の過大額（別表３順号１６・本件再々更正処分）８億１０４７万２３８５円
上記金額は、本件確定申告書において、法人税法２３条に規定する受取配当等の益金不算入額として所得の金額から減算した６３億８１０９万２１８３円と、「関係法人株式等の受取配当等の金額」６２億５８０４万７６７９円から後記ウ(キ)によるみなし配当額の過大計上額８億１０４７万２３８５円を差し引いて再計算した結果算出された益金不算入額５５億７０６１万９７９８円との差額であり、本件事業年度の所得の金額から過大に減算された金額である。
ウ 所得の金額から減算すべき金額（別表３順号２８）
６６３億５１２９万１７５４円
上記金額は、次の(ア)ないし(コ)の金額の合計額である。
(ア) 寄附金の損金算入額（別表３順号１８・本件更正処分）６２８億７８７７万０７１２円上記金額は、前記イ(サ)ａの金額であり、本判決本文中で被告が主張するとおり、法人税法３７条に規定する本件各子会社に対する寄附金であるところ、原告の損金の額に算入されていないため、本件事業年度の損金の額に算入される金額である。
なお、当該金額は、前記イ(シ)における寄附金の損金不算入額の算出に当たり支出した寄附金の額に加算される。
(イ) 雑益の過大計上額（別表３順号１９・本件更正処分）
２億６６０３万５３８６円
上記金額は、原告が受領したリサイクル料金５５億８６７４万３０９３円（消費税等を含む）のうち、仮受消費税等として経理すべき金額であり、本件事業年度の益金の額に算入されない金額である。
原告は、上記リサイクル料金について、資産の譲渡等に該当しないものとして、その全額を雑益として益金の額に算入していたところ、当該取引は、消費税法４条１項に規定する事業者が行った資産の譲渡等に該当し、消費税の課税の対象となるものである。
(ウ) 役員給与の損金不算入額の過大計上額（別表３順号２０・本件更正処分及び本件再々更正処分）
１３億５０６７万５５９９円
上記金額は、次のａの金額からｂの金額を差し引いた金額である。
ａ １３億５８３３万３９７９円（本件更正処分）
上記金額は、本件確定申告書において、役員給与の損金不算入額として所得の金額に加算した１９億９６９１万９２２９円のうち、所得の金額に加算する必要のない取締役に対するストックオプションの権利未行使分再評価戻入額９億２６１５万２１００円と、誤って二重に加算されていた４億３２１８万１８７９円との合計額であり、本件事業年度の所得の金額に過大に加算された金額である。
ｂ ７６５万８３８０円（本件再々更正処分）
上記金額は、原告が海外渡航費及び雑費に計上した金額のうち、原告の役員の個人的な旅行費用及び所得税確定申告書作成費用の負担金であり、法人税法３４条４項に規定する経済的な利益に該当し、同条１項各号のいずれにも該当しないことから、本件事業年度の損金の額に算入されない金額である。
(エ) 減価償却超過額の損金算入額（別表３順号２１・本件更正処分）
４億５１４８万２７１６円
上記金額は、本件事業年度の前事業年度から繰り越された減価償却資産の償却超過額のうち、本件事業年度における償却不足額てあり、本件事業年度の損金の額に算入される金額である。
(オ) 控除対象外国法人税額の加算過大額（別表３順号２２・本件更正処分及び本件再更正処分）１６１０万４６９４円
上記金額は、次のａ及びｂの金額の合計額である。
ａ １３５６万５８５８円（本件更正処分）
上記金額は、本件確定申告書において、法人税法４１条の規定により税額控除の対象となる外国法人税の額等として所得の金額に加算した金額のうち、法人税法６９条に規定する外国税額控除の対象となる外国法人税に該当しない７４５万５０６９円と、外国法人税の納付確定日が本件事業年度ではないため適用年度を誤っていた６１１万０７８９円との合計額であり、本件事業年度の所得の金額に過大に加算された金額である。
ｂ ２５３万８８３６円（本件再更正処分）
上記金額は、本件確定申告書において、法人税法４１条の規定により税額控除の対象となる外国法人税の額等として所得の金額に加算した金額のうち、法人税法６９条に規定する外国税額控除の対象となる外国法人税に該当しない金額であり、本件事業年度の所得の金額に過大に加算された金額である。
(カ) 繰延資産の償却超過額の損金算入額（別表３順号２３・本件再更正処分）３億０８４７万１４７８円
上記金額は、本件事業年度の前事業年度から繰り越された繰延資産の償却超過額のうち、本件事業年度における償却不足額であり、本件事業年度の損金の額に算入される金額である。
(キ) みなし配当額の過大計上額（別表３順号２４・本件再々更正処分）
８億１０４７万２３８５円
上記金額は、本件株式消却を伴う減資により本件各子会社から払戻しを受けた各金額が、本件各子会社の資本金等の額のうち払戻しの基因となった本件各子会社の株式に対応する部分の金額を超える金額であるとして計算したみなし配当額のうち、Ｍ株式会社ほか４社の資本金等の額を誤ったことによるみなし配当額の過大額であり、本件事業年度の益金の額に算入されない金額である。
当該過大額の内訳は、次のとおりである。
Ｍ株式会社
８３７５万３８５２円
Ｃ株式会社
２８１４円
Ｎ株式会社
４億６３６７万６０９５円
Ｏ株式会社
１億７９０４万１５６２円
Ｐ株式会社
８３９９万８０６２円
(ク) 役員給与の損金算入額（別表３順号２５・本件再々更正処分）
３万７５００円
上記金額は、前記(ウ)ｂの本件事業年度の損金の額に算入されない役員給与７６５万８３８０円のうち、原告の役員の個人的な所得税の確定申告書の作成費用７８万７５００円（消費税等を含む。）に係る仮払消費税等の金額であり、当該３万７５００円は本件事業年度の損金の額に算入されていないため、本件事業年度の損金の額に算入される金額である。
(ケ) 事業税の損金算入額（別表３順号２６・本件再更正処分及び本件再々更正処分）１億０７１４万７８００円
上記金額は、次のａ及びｂの金額の合計額である。
ａ １億０６６０万７６００円（本件再更正処分）
上記金額は、本件事業年度の前事業年度の法人税の平成２１年６月３０日付け更正処分により、当該前事業年度の所得の金額が増加したことに伴い生じた事業税に相当する額であり、本件事業年度において損金の額に算入される金額である。
ｂ ５４万０２００円（本件再々更正処分）
上記金額は、本件事業年度の前事業年度の法人税の平成２２年６月２９日付け更正処分により、当該前事業年度の所得の金額が増加したことに伴い生じた事業税に相当する額であり、本件事業年度において損金の額に算入される金額である。
(コ) 法人税額から控除される所得税額の加算過大（別表３順号２７・本件再々更正処分）１億６２０９万３４８４円
上記金額は、本件確定申告書において、法人税法４０条の規定により法人税額から控除される所得税額として所得の金額に加算した金額のうち、後記(3)ア(イ)により法人税額から控除される所得税額に該当しない金額であり、本件事業年度の所得の金額に過大に加算された金額である。
(2) 所得の金額に対する法人税額（別表３順号３０）
３５億１２２５万３６００円
上記金額は、前記(1)の所得の金額（通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数を切り捨てた後の金額）に法人税法６６条１項に定める税率を乗じて計算した金額である。
(3) 控除所得税額等（別表３順号３１）
２１億３９９１万９８５８円
上記金額は、次のア及びイの金額の合計額である。
ア 法人税額から控除される所得税額（別表３順号３２）
１４億３１８３万２７８０円
上記金額は、次の(ア)の金額から(イ)の金額を差し引いた金額である。
(ア) 本件確定申告書における還付所得税額（別表３順号３３）１５億９３９２万６２６４円上記金額は、本件確定申告書に記載された還付所得税額である。
(イ) 控除される所得税額の減少額（別表３順号３４・本件再々更正処分）
１億６２０９万３４８４円
上記金額は、本件確定申告書において、法人税法６８条に規定する所得税額控除の対象となる所得税の額としていた還付金の額のうち、前記(1)ウ(キ)によるみなし配当額の過大計上額に係る所得税の額であり、本件事業年度の法人税額から控除される所得税とは認められない金額である。
イ 法人税額から控除される外国税額（別表３順号３５）
７億０８０８万７０７８円
上記金額は、次の(ア)の金額から(イ)の金額を差し引いた金額である。
(ア) 本件確定申告書における還付外国税額（別表３順号３６）
７億２５６３万６４１８円
上記金額は、本件確定申告書に記載された還付外国税額と同額である。
(イ) 控除される外国税額の減少額（別表３順号３７・本件更正処分及び本件再更正処分）１７５４万９３４０円
上記金額は、次のａ及びｂの金額の合計額である。
ａ １４３７万５７９３円（本件更正処分）
上記金額は、本件確定申告書において、法人税法６９条に規定する外国税額控除の対象となる外国法人税としていた金額のうち、同条の規定に該当しない７４５万５０６９円、外国法人税の納付確定の日が本件事業年度ではないため適用年度を誤っていた６１１万０７８９円及びみなし税額控除の適用の誤りによる８０万９９３５円の合計額であり、本件事業年度の法人税額から控除される外国税額とは認められない金額である。
ｂ ３１７万３５４７円（本件再更正処分）
上記金額は、本件確定申告書において、法人税法６９条に規定する外国税額控除の対象となる外国法人税としていた金額のうち、同条の規定に該当しない金額であり、本件事業年度の法人税額から控除される外国税額とは認められない金額である。
(4) 納付すべき税額（別表３順号３８）
１３億７２３３万３７００円
上記金額は、前記(2)の金額から前記(3)の金額を控除した金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後の金額）である。
(5) 既に納付の確定した本税額（別表３順号３９）
△２３億１９５６万２６８２円
上記金額は、本件確定申告書に記載された還付金の額と同額である。
(6) 差引納付すべき法人税額（別表３順号４０）
３６億９１８９万６３００円
上記金額は、前記(4)の金額から前記(5)の金額を差し引いた金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後の金額）であり、本件各更正処分により原告が新たに納付すべき法人税額である。
なお、内訳は、次のとおりである。
ア 本件更正処分
２７億９７７３万６７００円
イ 本件再更正処分
５億３５０６万円
ウ 本件再々更正処分
３億５９０９万９６００円
(7) 翌期へ繰り越す欠損金（別表３順号４１）
０円
本件確定申告書における翌期へ繰り越す欠損金５３０億６１１９万５４９０円は、本件事業年度に生じた欠損金（前記(1)ア）であるが、本件更正処分により欠損金は生じないこととなるから（前記(1)）、本件更正処分における翌期へ繰り越す欠損金は０円となる。
２ 本件再々更正処分の適法性
被告が本件訴えにおいて主張する原告の本件事業年度の法人税に係る所得の金額、納付すべき税額及び翌期へ繰り越す欠損金の額は、前記１のとおりであり、これらの額は、本件再々更正処分後における本件事業年度の法人税に係る所得の金額、納付すべき税額及び翌期へ繰り越す欠損金の額といずれも同額であるから、本件再々更正処分は適法である。
３ 本件各賦課決定処分の根拠
前記２のとおり、本件再々更正処分は適法であるところ、本件各更正処分により新たに納付すべき法人税額の計算の基礎となった事実のうち、本件各更正処分前における税額の計算の基礎とされていなかったことについて、通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるとは認められない。
したがって、本件各更正処分に伴って賦課される過少申告加算税の各金額は、次の(1)ないし(3)のとおりである。
(1) 本件賦課決定処分
次のア及びイの金額の合計額である４億１９６３万４５００円となる。
ア ２億７９７７万３０００円
上記金額は、通則法６５条１項に基づき、前記１(6)アの差引納付すべき税額２７億９７７３万円（通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後の金額）に１００分の１０の割合を乗じて算出した金額である。
イ １億３９８６万１５００円
上記金額は、通則法６５条２項に基づき、前記１(6)アの差引納付すべき税額２７億９７７３万６７００円のうち５０万円を超える部分に相当する金額２７億９７２３万円（通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後の金額）に１００分の５の割合を乗じて算出した金額である。
(2) 本件再賦課決定処分
次のア及びイの金額の合計額である８０２５万９０００円となる。
ア ５３５０万６０００円
上記金額は、通則法６５条１項に基づき、前記１(6)イの差引納付すべき税額５億３５０６万円に１００分の１０の割合を乗じて算出した金額である。
イ ２６７５万３０００円
上記金額は、通則法６５条２項及び同項括弧書きに基づき、前記１(6)イの差引納付すべき税額５億３５０６万円が、当該金額と前記１(6)アの２７億９７７３万６７００円との合計額３３億３２７９万６７００円から５０万円を差し引いた３３億３２２９万６７００円に満たないため、５億３５０６万円に１００分の５の割合を乗じて算出した金額である。
(3) 本件再々賦課決定処分
次のア及びイの金額の合計額である５３８６万３５００円となる。
ア ３５９０万９０００円
上記金額は、通則法６５条１項に基づき、前記１(6)ウの差引納付すべき税額３億５９０９万円（通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後の金額）に１００分の１０の割合を乗じて算出した金額である。
イ １７９５万４５００円
上記金額は、通則法６５条２項及び同項括弧書きに基づき、前記１(6)ウの差引納付すべき税額３億５９０９万９６００円が、当該金額、前記１(6)アの２７億９７７３万６７００円及び前記１(6)イの５億３５０６万円の合計額３６億９１８９万６３００円から５０万円を差し引いた３６億９１３９万６３００円に満たないため、３億５９０９万円（通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後の金額）に１００分の５の割合を乗じて算出した金額である。
４ 本件各賦課決定処分の適法性
被告が本件訴えにおいて主張する本件各更正処分に伴って賦課される過少申告加算税の各金額は、前記３(1)ないし(3)のとおりであり、本件各賦課決定処分における過少申告加算税の各金額と同額であるから、本件各賦課決定処分は適法である。
以上
別表１本件事業年度の法人税に関する経緯
区分
年月日
所得金額
納付すべき法人税額
過少申告加算税
確定申告平成19年６月25日△53,061,195,490円
△2,319,562,682円
－
更正処分平成20年６月30日
9,277,870,266円
478,174,100円
419,634,500円
異議申立平成20年８月27日△52,687,309,410円
△2,305,186,889円
2,130,500円
異議決定平成20年11月26日
棄却
審査請求平成20年12月24日△52,687,309,410円
△2,305,186,889円
2,130,500円
再更正処分平成21年６月30日
11,050,825,515円
1,013,234,100円
80,259,000円
棄却
審査裁決平成21年12月16日
(9,277,870,266円)
(478,174,100円)
(419,634,500円)
再々更正処分平成22年６月29日
11,707,512,684円
1,372,333,700円
53,863,500円
再審査請求平成22年８月４日△28,900,734,971円
△2,139,919,858円
26,921,000円
（注）１「所得金額」欄の△印は、欠損金額を表す。
２ 「納付すべき法人税額」欄の△印は、還付金額を表す。
３ 「異議申立」、「審査請求」及び「再審査請求」の各欄に係る「納付すべき法人税額」及び「過少申告加算税額」の各欄の金額は、原告の主張する金額を基に、被告において計算したものである。
別表２～６省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2012/pdf/12098.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報59巻11号2895頁。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。