税務訴訟資料第２６４号－１０３（順号１２４８４）
東京高等裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消等請求控訴事件
国側当事者・国（神奈川税務署長）
平成２６年６月１２日棄却・上告・上告受理申立
（第一審・東京地方裁判所、平成●●年（○○）第●●号、平成２４年１１月２８日判決、本資料２６２号－２４８・順号１２０９８）
判決
控訴人
Ｌ株式会社
代表者代表取締役
乙
訴訟代理人弁護士
太田洋
同
弘中聡浩
同
宮塚久
同
北村導人
同
中原千繪
同
黒松昂蔵
訴訟復代理人弁護士
天白達也
同
今井政介
被控訴人
国
代表者法務大臣
谷垣禎一
処分行政庁
神奈川税務署長
川越進也
指定代理人
新保裕子
同
森本利佳
同
但馬涼子
同
清水一夫
同
中嶋明伸
同
肥海智紀
同
横田美代子
主文
１ 控訴人の当審での変更後の請求に基づく本件控訴をいずれも棄却する。
２ 控訴費用はすべて控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１ 当事者の求めた裁判
１ 控訴人
(1) 原判決を取り消す。
(2) （当審での変更後の請求①）
神奈川税務署長が控訴人に対して平成２０年６月３０日付けでした、控訴人の平成１８年４月１日から平成１９年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得の金額を欠損金額４９４億２１４１万０３９５円として計算した額を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
(3) （当審での変更後の請求②）
神奈川税務署長が控訴人に対して平成２１年６月３０日付けでした、控訴人の平成１８年４月１日から平成１９年３月３１日までの事業年度の法人税の再更正処分のうち、所得の金額を欠損金額４９４億２１４１万０３９５円として計算した額を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
(4) （当審での変更後の請求③）
神奈川税務署長が控訴人に対して平成２２年６月２９日付けでした、控訴人の平成１８年４月１日から平成１９年３月３１日までの事業年度の法人税の再々更正処分のうち、所得の金額を欠損金額４９４億２１４１万０３９５円として計算した額を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
２ 被控訴人
主文第１項同旨
第２ 事案の概要
１ 事案の要旨
本件は、控訴人が、被控訴人に対し、神奈川税務署長が控訴人に対して行った、控訴人の平成１８年４月１日から平成１９年３月３１日までの事業年度（本件事業年度）に係る、①平成２０年６月３０日付けの法人税の更正処分（本件更正処分）の一部及び過少申告加算税の賦課決定処分（本件賦課決定処分）、②平成２１年６月３０日付けの法人税の再更正処分（本件再更正処分）の一部及び過少申告加算税の賦課決定処分（本件再賦課決定処分）、③平成２２年６月２９日付けの法人税の再々更正処分（本件再々更正処分）の一部及び過少申告加算税の賦課決定処分（本件再々賦課決定処分）の各取消しを求めた事案である（なお、以下、本件更正処分、本件再更正処分及び本件再々更正処分を一括して「本件各更正処分」と、本件賦課決定処分、本件再賦課決定処分及び本件再々賦課決定処分を一括して「本件各賦課決定処分」と、本件各更正処分及び本件各賦課決定処分を一括して「本件各更正処分等」という。）。
２ 本件に至る主な経緯等
(1) （本件事業再編）
●●の開発、製造等の事業を目的とする株式会社である控訴人は、いわゆる連結子会社である株式会社（本件各子会社。原判決２頁１１行目参照）５１社について、不動産管理事業を分離してＢ株式会社に集約するとともに、販売事業を整理統合して販売体制を再構築するため、平成１８年４月から同年７月にかけて、平成１７年法律第８７号による改正前の商法（以下「旧商法」という。）の規定に基づき、①会社の分割、②新株の発行、③減資及び減準備金、④会社の合併という一連の事業再編をした（同２頁１５行目、４頁７行目以下参照）。
上記の事業再編において、本件各子会社のうち債務超過の状態にあった３０社は、旧商法上、債務超過の状態にある会社を消滅会社とする吸収合併は許されないと解されていたことから、平成１８年４月及び同年５月、割当てを受ける者を控訴人とする総額８４５億円の第三者割当増資をした。そして、本件各子会社は、同年６月、資本金及び準備金の額を減少させ（この結果、本件各子会社の資本金の額はいずれも最低額の１０００万円となった。）、旧商法２１３条に基づく株式の強制消却（本件株式消却。原判決５頁１３行目参照）を行い、同年７月、Ｂを存続会社とし、本件各子会社を消滅会社とする吸収合併を実施した。
なお、本件株式消却に際して、増資をしなかった本件各子会社２１社は、減資における減資の額及び減準備金の額の合計額に相当する８５億２００７万０９７１円（本件払戻額。原判決２頁２１行目、５頁末行以下参照）を控訴人に払い戻し、増資をした３０社は、払戻しにより再び債務超過の状態となる可能性があったことから、控訴人に対する払戻しをしなかった。
(2) （本件確定申告）
控訴人は、本件事業年度の法人税につき、①本件払戻額８５億２００７万０９７１円から、法人税法（本件においては、特に断らない限り平成１９年法律第６号による改正前のものをいう。）２４条１項所定の「みなし配当額」の４４億００３２万４４９７円を控除した４１億１９７４万６４７４円を本件消却株式（消却された本件各子会社株式）の同法６１条の２第１項１号所定の「その有価証券の譲渡に係る対価の額」（譲渡対価の額）とする、②本件消却株式の帳簿価額である１４３２億６９２４万８６４７円を同項２号所定の「その有価証券の譲渡に係る原価の額」（譲渡原価の額）とする、③その差額である１３９１億４９５０万２１７３円を同項所定の「譲渡損失額」として「損金の額」に算入し、欠損金額を５３０億６１１９万５４９０円とするという内容の確定申告書を神奈川税務署長に提出して、確定申告をした（甲２。原判決（９８頁）別表２参照）。
(3) （本件各更正処分等）
ア 神奈川税務署長は、平成２０年６月３０日、①本件払戻額が本件消却株式の譲渡に係る適正な対価の額に比して低額であり、控訴人は、有価証券の譲渡損失額を過大に計上した、②過大に計上した有価証券の譲渡損失額から一部を控除した額は、本件各子会社に対する控訴人の「寄附金」（法人税法３７条７項及び８項）に当たり、損金算入限度額（同条１項）を超える部分は、本件事業年度の所得の金額の計算上「損金の額」に算入されないなどとして、所得金額を９２億７７８７万０２６６円、納付すべき法人税額を４億７８１７万４１００円とする内容の本件更正処分及び本件賦課決定処分をした（甲３）。
イ また、同税務署長は、平成２１年６月３０日、所得金額を１１０億５０８２万５５１５円、納付すべき法人税額を１０億１３２３万４１００円に増額する内容の本件再更正処分及び本件再賦課決定処分をした（甲５）。
ウ さらに、同税務署長は、平成２２年６月２９日、所得金額を１１７億０７５１万２６８４円、納付すべき法人税額を１３億７２３３万３７００円に増額する内容の本件再々更正処分及び本件再々賦課決定処分をした（乙１）。
なお、本件再々更正処分においては、①本件株式消却時における消却株式の時価総額（本件時価）７１５億４５１０万６２４１円から、「資本金等の額の超過分」（本件各子会社の時価純資産額のうち未消却株式に係る部分が減資後の資本金等の額に満たない場合、資本金等の額から時価純資産額のうち未消却株式に係る部分を控除した金額。原審における被控訴人準備書面(1)５１頁）の１億４６２６万４５５８円及び「みなし配当額」の３５億８９８５万２１１２円を控除した６７８億０８９８万９５７１円が法人税法６１条の２第１項１号の「譲渡対価の額」として「収益」に当たり、控訴人が計上した有価証券譲渡損失１３９１億４９５０万２１７３円のうち６３６億８９２４万３０９７円が過大であるとして、これを申告所得額に加算するとともに、②７１５億４５１０万６２４１円（本件時価）から、払戻しを受けた８５億２００７万０９７１円（本件払戻額）と「資本金等の額の超過分」を控除した残額である６２８億７８７７万０７１２円が「寄附金」に当たり、その一部である６１９億６５１７万９６７６円を「損金の額」に算入しないものとしている（原判決（８１頁）別紙４、同（１０１頁）別表５及び同（１０２頁）別表６参照）。
３ 原審での請求等
(1) 控訴人は、①神奈川税務署長が「寄附金」と認定した額のうち、本件株式消却の際に株主への払戻しをする場合における旧商法上の限度額を超える部分（本件払戻限度超過額。原判決３頁１０行目参照）の払戻しを控訴人は受けることができる法的地位になかったから、本件払戻限度超過額は「寄附金」に該当しない（争点２。原判決９頁９行目、２４頁２行目以下参照）、②仮に本件払戻限度超過額が「寄附金」に該当するとしても、本件各更正処分において「収益」と計上された６７８億０８９８万９５７１円は、本件消却株式の時価に基づいて算定される額と比較して過大なものであるから、本件各更正処分において計上された有価証券の譲渡損失額は不当に低い額となっている（争点３。同９頁１０行目、４５頁２１行目以下参照）などと主張して、本件各更正処分の一部（所得の金額を欠損金額２８７億９４１８万２３３９円として計算した額を超える部分）及び本件各賦課決定処分の取消しを求めた。
(2) これに対して、被控訴人は、①本件更正処分は本件再更正処分に、同処分は本件再々更正処分にそれぞれ吸収されるから、本件更正処分及び本件再更正処分の取消しを求める部分は、訴えの利益を欠いた不適法なものである、本件再更正処分に対する不服申立てはないから、本件再々更正処分の取消しを求めることができる範囲は本件再更正処分により既に確定した所得の金額及び納付すべき税額を超える部分に限られ、本件再々更正処分の取消しを求める訴えのうち、本件再更正処分における更正の額を下回る部分の取消しを求める部分は、訴えの利益がなく不適法である、本件再賦課決定処分は不服申立てを経ていない不適法なものである（争点１。原判決９頁７行目参照）、②本件消却株式の時価総額（本件時価）から「資本金等の額の超過分」と本件払戻額を控除した額（６２８億７８７７万０７１２円）は、経済的な利益が対価なく移転したものであり、これを通常の経済取引として是認できる合理的な理由はないから、「寄附金」に当たる（争点２。同２５頁１７行目以下参照）、③本件合併比率算定書（乙５。同６頁２０行目参照）に記載されている本件各子会社の株式１株当たりの価額（本件Ｆ銀行評価額。同７頁１４行目参照）は合理的なものであり、これに基づいて本件消却株式の時価総額（本件時価）を算定した本件各更正処分等はいずれも適法である（争点３。同３５頁５行目以下参照）などと主張して、控訴人の本訴請求を争った。
４ 原審の判断
原審は、争点を、①本件訴えのうち本件更正処分及び本件再更正処分の一部取消しを求める部分の適法性と、本件再々更正処分の一部取消しを求める訴えのうち本件再更正処分における更正の額を下回る部分及び本件再賦課決定処分の取消しを求める部分の適法性（争点１）、②本件払戻限度超過額の「寄附金」該当性（争点２）、③本件株式消却における適正な「譲渡対価の額」（争点３）とした上で、これらの争点について次のとおり判示し、本件訴えのうち原判決（７３頁）別紙２「主文関係目録」記載の各請求に係る部分を不適法として却下する（原判決主文第１項）とともに、本件再々更正処分及び本件各賦課決定処分はいずれも適法であるとして、その余の部分に係る控訴人の請求をいずれも棄却した（同主文第２項）。
(1) 争点１について（原判決５３頁２５行目以下）
ア 本件更正処分の後、納付すべき税額を増額する本件再更正処分がされ、更にこれを増額する本件再々更正処分がされたから、本件訴えのうち本件更正処分及び本件再更正処分の一部の取消しを求める部分（原判決別紙２「主文関係目録」記載の各請求に係る部分）は、訴えの利益がなく、不適法である。
イ 控訴人が本件再更正処分の一部及び本件再賦課決定処分の取消しを求める本件訴えを提起するに先立ち、異議申立てに対する異議決定又は審査請求に対する裁決を経なかったことについては、国税通則法１１５条１項３号（原判決７４頁の１参照）の正当な理由があり、控訴人は、審査請求についての裁決等を経ることなく、本件再更正処分の取消しを求める訴えを適法に提起することができたのであって、その後に本件再々更正処分がされた本件においては、訴訟手続上、本件再更正処分は本件再々更正処分に吸収されたと評価すべきものであるから、本件再々更正処分の一部の取消しを求める訴えのうち本件再更正処分における更正の額を下回る部分の取消しを求める部分及び本件再賦課決定処分の取消しを求める部分は、いずれも適法である。
(2) 争点２について（原判決５６頁１４行目以下）
控訴人は、本件株式消却により株主としての地位とその時価に相当する経済的利益を失う一方、本件各子会社から時価よりも低い額（本件払戻額）の払戻しを受けたに止まるから、このような本件株式消却を伴う減資の手続を通じて、控訴人に払戻しをした本件各子会社に対しては本件消却株式の時価総額と本件払戻額との差額に相当する経済的な利益が、払戻しをしなかった本件各子会社に対しては本件消却株式の時価総額に相当する経済的な利益がそれぞれ対価なく移転したものと認められ、このような対価のない経済的な利益の移転を内容とする手続をすることについて、通常の経済取引として是認することができる合理的な理由があると解することはできないから、控訴人が本件各子会社に対価なく移転した経済的な利益に相当する額については、本件払戻限度超過額も含めて、法人税法３７条７項の規定により「損金の額」に算入することができない「寄附金」に該当する。
(3) 争点３について（原判決６４頁２行目以下）
Ｆ銀行が作成した本件合併比率算定書（乙５。原判決６頁２０行目参照）に記載された本件Ｆ銀行評価額は、法基通４－１－５(4)（同７８頁の(3)参照）が定めるところと同様の株式価額の算定方法である純資産価額方式によって算定されたものであり、その算定過程について正確性に格別の疑念を抱かせるような点は見当たらず、また、本件合併比率算定書に記載された本件Ｆ銀行評価額は、本件合併における合併比率を算定する基礎として実際に用いられたものであって、通常の取引における当事者の合理的意思に合致するものといえるから、本件Ｆ銀行評価額を本件株式消却時における本件各子会社の株式の時価と認めるのが相当であるとして、本件株式消却における適正な「譲渡対価の額」を６７８億０８９８万９５７１円とした。
(4) 原審は、以上の(1)ないし(3)の判断を踏まえて、適正な「譲渡対価の額」に基づいて算出される「寄附金」の額は、原判決（１０１頁）別表５のとおり合計６２８億７８７７万０７１２円であり、これを前提とする本件再々更正処分及び本件各賦課決定処分（原判決別紙４「本件再々更正処分及び本件各賦課決定処分の根拠及び適法性」１(1)ウ(ア)（８７頁１８行目以下）参照）は、いずれも適法なものであると判断した（同６４頁２行目以下参照）。
５ 控訴人は、原判決を不服として控訴を申し立て、その取消しと本訴請求の全部認容を求めた。
なお、控訴人は、原審においては、欠損金額を２８７億９４１８万２３３９円として、本件各更正処分のうち、所得の金額を同額として計算した額を超える部分の取消しを求めていたところ、当審において、本件払戻限度超過額（４０５億５１６４万５８４９円）の全額を「損金の額」に算入すると、欠損金額が４９４億２１４１万０３９５円になるとして、本件各更正処分のうち取消しを求める範囲を、「所得の金額を欠損金額４９４億２１４１万０３９５円として計算した額を超える部分」と訂正し、前記第１の１(2)ないし(4)のとおりに請求の趣旨を変更した。６(1) 本件における「関係法令等の定め」及び「前提事実」は、原判決を次のとおり補正するほかは、原判決の「事実及び理由」中の第２の２及び３に摘示するとおりであるから、これを引用する。
ア 原判決８頁２４行目の「取消し求める」を「取消しを求める」に改める。
イ 同７５頁２１行目の次に、行を改めて次のとおり加える。
「同条３項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、当該事業年度における収益に係る売上原価等の原価の額、当該事業年度における販売費、一般管理費等の費用の額、当該事業年度における損失の額で資本等取引以外の取引に係るものの額とする旨を定めている。
同条４項は、同条２項に規定する当該事業年度における収益の額並びに同条３項に規定する当該事業年度における原価の額、費用の額及び損失の額は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算されるものとする旨を定めている。
同条５項は、同条２項、３項に規定する資本等取引を定義している。
(3) 法人税法２３条１項は、内国法人が剰余金の配当若しくは利益の配当又は剰余金の分配等を受けるときは、その配当等の額の全部又は一部は、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入しない旨を定めている。」
ウ 同７５頁２２行目の「(3)」を「(4)」に、同７６頁８行目の「(4)」を「(5)」に、同頁２３行目の「(5)」を「(6)」にそれぞれ改める。
エ 同７９頁２０行目の次に行を改めて、次のとおり加え、同頁２１行目の「６」を「７」に改める。
「６所得税法（本件においては、特に断らない限り平成１８年３月３１日法律第１０号による改正前のものをいう。）
(1) 所得税法２５条１項は、法人の株主等が当該法人から当該法人の合併、分割型分割、資本の減少等により金銭その他の資産の交付を受けた場合において、その金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額が、当該法人の資本金等の額等のうちその交付の基因となった当該法人の株式又は出資に対応する部分の金額を超えるときは、その超える部分の金額に係る金銭その他の資産は、剰余金の配当等とみなす旨を定めている。
(2) 同法９２条１項は、居住者が利益の配当や剰余金の分配等に係る配当所得を有する場合には、その居住者のその年分の所得税額から、同項各号の区分に従い、同項各号及び同条２項に定める金額を控除する旨を定め、同条３項は、この控除を配当控除という旨を定めている。」
(2) 本件における当事者双方の主張は、次の第７項及び第８項において、当審における当事者双方の補充主張の要旨を付加するほかは、原判決の「事実及び理由」中の第２の６（９頁１１行目以下）において摘示するとおりであるから、これを引用する（なお、原判決（８１頁）別紙４「本件再々更正処分及び本件各賦課決定処分の根拠及び適法性」において摘示する、被控訴人の本件再々更正処分及び本件各賦課決定処分の根拠及び適法性に関する主張を含む。）。
７ 当審における控訴人の主張の要旨
(1) 本件払戻限度超過額の「収益」（法人税法２２条２項）該当性について（主位的主張）
ア 本件各更正処分等が適法とされるためには、まず本件払戻限度超過額（４０５億５１６４万５８４９円）が課税上、控訴人の「収益」として認識される必要がある。本件払戻限度超過額が「収益」として認識されないのであれば、控訴人の課税所得額も４０５億５１６４万５８４９円減少することになり、それだけで本件各更正処分等は違法となる。
また、「寄附金」とは、相手方に対する経済的利益の「移転」であるから、課税上、その対象となる経済的利益が納税者に「帰属」していることが前提となり、納税者の「収益」として認識されないときには、その「移転」ということもあり得ず、当該経済的利益を「寄附金」として認定する余地もなくなるから、このような観点からも、まず、本件払戻限度超過額の「収益」該当性を検討する必要がある。
イ 減資における払戻額が旧商法上の限度額を超える場合には、その超過部分の払戻しが無効とされるため、控訴人は本件払戻限度超過額を収受することができず、かつ、これを実際にも収受していないのであるから、本件払戻限度超過額については収入実現の蓋然性がなく、これを課税上の「収益」として認識することはできない。違法かつ現実に収受していない経済的利益を「収益」として認識できないことは、最高裁昭和●●年（○○）第●●号同４６年１１月９日第三小法廷判決・民集２５巻８号１１２０頁（昭和４６年最高裁判決）以来、確立した判例法理である。
ウ また、法人税法２２条２項の趣旨は、合理的な経済人であれば通常の対価相当額で取引を行うところを、無償ないし低廉な対価で取引（資産の譲渡）をすることによって「収益」に計上せず、課税上有利に取り扱われる結果となる不公平を是正するため、無償ないし低廉な対価での取引についても、通常の対価で取引を行った場合と同様の適正な所得が発生したものと擬制するというものであり、通常人が私法その他の法令の枠内で適法に行動したときと比較した場合における課税の公平を確保しようとするものである。したがって、同項は、通常人（合理的経済人）が私法その他の法令上およそ収受することが許されない収益を、実際に収受していないにもかかわらず、課税上の「収益」として認識することまで要求するものではない。
また、同項が前提とする同条４項は「一般に公正妥当と認められる会計処理の基準」により認識可能な額を「収益」とするものであるから、会計処理上、収受したものとして扱うことができない本件払戻限度超過額を課税上の「収益」として認識することは、同項に反し許されない。
エ 法人税法２２条２項の「別段の定め」である同法６１条の２第１項が適用される本件においては、同法２２条２項の適用はなく、同法６１条の２第１項１号の「譲渡対価の額」の解釈が問題となる。そして、この「譲渡対価の額」とは、当事者の合意による金額を意味するものである。
また、課税上、株主が第三者に株式を売却した場合と、株主と発行法人との間で株式を譲渡した場合とでは異なる規律に服することが予定されている。そのため、同号の「譲渡対価の額」を当事者間の合意による額とは解することができないとしても、株主と発行法人間の取引においては、商法ないし会社法上の制限を無視することはおよそ許されないから、旧商法の規定により収受することができない本件払戻限度超過額を「譲渡対価の額」に含めることはできない。仮に適正な時価をもって同号の「譲渡対価の額」とするとしても、あくまでも「法令の範囲内で収受可能な公正な対価の額」と解するべきである（同法２２条２項所定の「収益の額」についても同様である。）。
したがって、本件払戻限度超過額を同法６１条の２第１項１号の「譲渡対価の額」に含めて譲渡損益を計算した本件各更正処分は違法である。
オ 本件株式消却に法人税法２２条２項ないし同法６１条の２第１項を適用するに当たっては、本件株式消却に係る行為形式を所与の前提として、その正常な対価だけを検討すべきであり、本件各子会社の減資及び本件株式消却の実施についての経済合理性の有無を考慮した上で、本件株式消却を他の行為形式（例えば、本件消却株式の時価相当額の払戻しを伴う株式消却）に引き直して控訴人に課税することは、租税法律主義に反し、許されるものではない。
なお、本件事業再編における減資及び本件株式消却は、通常の合理的な経済取引であって、課税上もそのまま是認されるべきである。すなわち、本件株式消却に伴う減資は、旧商法に基づく合併を可能にするために債務超過に陥っていた控訴人の販売子会社が行った増資によって、その規模に比して過大となっていた資本金額を、最低資本金の額にまで減少させ、会社管理のコストを削減し、過大な外形標準課税を回避するために行われたものであり、十分な経済合理性を有するものである。また、本件事業再編を検討して準備するための時間は実質的に２か月弱しかなかったことから、従前から販売子会社が減資を実施する際に行ってきた株式の強制消却の方法を用いたのである。したがって、本件株式消却は、組織再編を効率的に行うために控訴人が従前から用いていた手法を単に踏襲したものであり、その過程で殊更に譲渡損失を計上する目的で恣意的に株式消却の内容を決定したものではなかった。
(2) 本件払戻限度超過額の「寄附金」（法人税法３７条７項）該当性について
ア 本件各更正処分等は、本件株式消却に係る「寄附金」の額を６２８億７８７７万０７１２円と認定しているところ、これは本件払戻限度超過額を含むものである。しかし、本件払戻限度超過額は「寄附金」に当たらないから、本件各更正処分等は「寄附金」を過大に計上していることになり、違法である。
イ 本件株式消却は、株主が保有する株式を発行会社による取得を経ずに直接消滅させる強制消却であるから、発行会社である本件各子会社は、私法上、本件消却株式を取得しておらず、本件株式消却によって何らの経済的利益も受けていない。また、株式の強制消却は、株主による株式の譲渡と擬制され、自己株式の取得と同様に譲渡損益を計上することになるところ、本件各子会社は、当該株式を取得していないという私法上の効果を踏まえて、これを「収益」として計上していないし、税務当局も、本件各子会社について、「寄附金」の額に対応する受贈益課税をしていない。したがって、私法上も課税上も、本件払戻限度超過額相当額の「移転」は観念できないから、本件払戻限度超過額は「寄附金」に該当しない。
ウ 仮に控訴人から本件各子会社に対する本件払戻限度超過額相当額の「移転」が何らかの形で観念されるとしても、それは控訴人が違法に収受したものと擬制される本件払戻限度超過額の本件各子会社に対する「返還」に当たり、民法７０３条所定の不当利得返還義務の履行に他ならないのであるから、この「返還」（＝移転）については合理的な根拠が存することになる。したがって、本件払戻限度超過額は「寄附金」に該当しない。
エ 本件払戻限度超過額を「寄附金」と認定することにより、本件株式消却に係る譲渡損失額の「損金の額」への算入を否定することは、平成２２年度税制改正前の法人税法の規定が適用されるべき本件株式消却について、実質的には、改正後の法人税法６１条の２第１６項を遡及して適用することにほかならない。すなわち、本件各子会社５１社のうち４９社が控訴人の完全子会社であって、本件株式消却の内容を控訴人が任意に決定することができたことを理由にして、同項が制定される前に行われた本件株式消却による譲渡損失の損金算入を認めないのは、租税法規の遡及適用に当たり、租税法律主義に反し許されないことである。
オ 仮に本件株式消却時に本件払戻限度超過額相当額が「寄附金」に当たり、「損金の額」に算入されないとした場合、控訴人には、当該差額（本件消却株式の時価相当額から「みなし配当額」を控除した額と本件払戻額との差額）相当額の経済的価値に対応する課税がされることになる。他方、「寄附金」に該当する以上、差額相当額の価値が本件消却株式から残存する子会社の株式に移転するものとして取り扱わざるを得ないことになるが、租税法令上、残存する子会社の株式の税務上の取得価額につき差額相当額の増額調整（いわゆる税務上の簿価のステップ・アップ）は行われない。したがって、控訴人が本件株式消却後に残存子会社株式を譲渡した場合には、当該差額相当額は、再びキャピタルゲインとして課税され、実質的に二重課税がされることになる。
(3) 本件時価（本件株式消却時における消却株式の時価総額）について
ア 本件各更正処分等において、本件時価を本件Ｆ銀行評価額に基づき７１５億４５１０万６２４１円と算定したことは違法である。
イ 本件Ｆ銀行評価額は、合併比率の算定という目的のために、控訴人がグループ内再編や増減資を行う場合に従前から用いてきた手法（路線価を用いた時価純資産法）とは異なる手法に基づき、個別資産の評価基準日を変更するなどして算出したものである。本件Ｆ銀行評価額は、このような合併比率算定という目的のためだけに意図的な調整を経て算出された額であるから、本件時価を算定する資料としては不適切なものである。
ウ 本件Ｆ銀行評価額が本件時価を算定する資料として適正であることが立証されていない以上、本件時価は、財産評価基本通達に一部依拠する方法により算定される６４９億６３８９万４１８３円とすべきである。仮に、上記の点について一応の立証がされているとしても、株式の評価について複数の合理的な評価方法が存する場合には、評価額が低い方を採用すべきである。
(4) 「みなし配当額」（法人税法２４条１項）の算出の基礎となる金額について（予備的主張）
ア 本件各更正処分等においては、本件時価から「みなし配当額」（３５億８９８５万２１１２円）を控除しているところ、この「みなし配当額」は控訴人が実際に払戻しを受けた額（本件払戻額。８５億２００７万０９７１円）に基づき算出されたものである。しかし、「みなし配当額」は、本件払戻額のみならず、本件払戻限度超過額をも含めて収益とされる額を基礎に算定すべきである（これによれば、本件時価を被控訴人主張の額としても、２４２億１７０８万０１６８円となる。）。
イ すなわち、法人税法２４条１項が定める「みなし配当制度」の趣旨は、形式的には法人の利益配当ではないものの、資本の払戻し、法人の解散による残余財産の分配等の会社法上の手続等によって、実質的に利益配当に相当する法人の利益が株主等に帰属すると認められる行為が行われたときには、その経済的実質に着目して、これを配当とみなして株主に課税することにより、利益があるにもかかわらず、配当課税を受けずに株主に金銭等が分配されるのを防ぐことにある。このような「みなし配当制度」の趣旨によれば、同項の文言を形式的に解釈し、金銭その他の資産等の現物が実際に交付されない限り制度が適用されないと解するのは、納税者が金銭その他の資産の交付を受けた場合と同様の経済的成果を生じる他の法形式を選択することによって、利益があるにもかかわらず、配当課税を受けずに株主に金銭等を分配することを容易にして、配当課税の確保を困難にするものである。経済的実質に着目して配当課税を確保するという「みなし配当制度」の趣旨からすれば、同項の「金銭その他の資産の交付を受けた場合」とは、金銭その他の資産が実際に交付された場合だけでなく、これと同様の経済的成果が生じる場合をも含むと解するべきである。
ウ また、法人税法２２条２項は、適正所得の算出のために、資産の無償ないし低額譲渡を、譲渡人から譲受人に対する資産の適正な対価による譲渡と、譲受人から譲渡人に対する適正な対価と実際の譲渡価額との差額の贈与という二段階の行為からなるものと擬制している。そのため、仮に本件株式消却に同項及び同法６１条の２第１項が適用され、本件払戻額を超える「収益」が控訴人に生じたものと「擬制」するのであれば、少なくとも課税上は、その部分について、控訴人が「金銭その他の資産の交付を受けた」（同法２４条１項）ものと「擬制」することになり、この擬制された部分についても同項が適用される必要があることは明らかである。また、控訴人は「金銭その他の資産の交付を受けた」場合と同様の経済的成果を享受しているとみなされる以上、同項が適用されるべきである。したがって、「みなし配当額」は、上記の擬制部分も含めた収益に基づいて算定すべきである。
エ 本件払戻額だけを基礎として「みなし配当額」を算定し、擬制された部分をすべて株式譲渡収入に含める処理は、「配当課税の先取りによる所得種類転換の防止」という法人税法の根幹をなす重要な規律である「みなし配当制度」の趣旨を没却し、同法２４条１項及び６１条の２第１項に反するものであり、許されないことである。
８ 当審おける被控訴人の主張の要旨
(1) 本件払戻限度超過額の「収益」（法人税法２２条２項）該当性について（主位的主張）
ア 法人税法２２条２項により、法人が資産を無償譲渡した場合のみならず、低額譲渡した場合にも「収益」が発生し、「益金の額」に算入されるところ、本件払戻限度超過額に係る株式消却が、同項の「無償による資産の譲渡」又はこれに含まれる低額譲渡に該当するものである以上、本件株式消却に係る「収益」が、同項の「益金の額」に算入されるのは当然のことである。
イ そもそも本件払戻限度超過額が法人税法２２条２項所定の「収益」に該当するかという問題と、同法３７条７項所定の「寄附金」に該当するかという問題とは、法人税法上、必ずしも何らかの先後関係にあるものではない。
すなわち、法人税法上、無償による資産の譲渡（低額譲渡を含む。）が行われたときには、同法に別段の定めがある場合を除き、同法２２条２項の規定により、その時価相当額が「収益」として「益金の額」に算入されることになる。本件のように株式の消却が行われた場合には、同項の「別段の定め」である同法６１条の２第１項により、法人税法上、株式消却により、消却株式の株主から発行会社に対して有価証券が譲渡されたものとして取り扱われ、また、当該譲渡（株式消却）に係る対価の額が時価よりも低い価額又は無償であった場合には、有価証券の適正な価額（時価）に相当する金額が収益として認識されることになる。そして、上記のように、譲渡対価の額が時価よりも低い価額又は無償であった場合において、譲渡対価の額と時価との差額を贈与したと認められるとき（時価による額を収受し得ないことに通常の経済取引として是認することができる合理的理由が存在しないとき）には、差額相当額が同法３７条８項により「寄附金」と認められ、同条１項により損金不算入とされるのである。
ウ 法人税法２２条２項は、法人が反対給付を伴わずに資産を無償で譲渡した場合にも、譲渡時における資産の適正な価額に相当する「収益」があると認識すべきことを明らかにしたものであるから、現実の金銭等の資産移転の有無は、同項所定の「無償による資産の譲渡」の該当性に何ら影響を及ぼすものではない。また、当該譲渡が「無償による資産の譲渡」に該当すると認められる以上、旧商法に基づく法的規制があることも、当該収益を「益金の額」に算入することを何ら否定するものではない。
エ なお、本件各更正処分等は、法人税法３７条７項及び８項の規定に従い、経済的な観点から贈与と同視し得る利益供与の有無を検討した上で、「寄附金」の額を認定したものであって、私法上の行為として本件株式消却を否認し、別の行為形式に引き直して法人税法を適用したものではない。
オ 平成２２年法律第６号による改正後の法人税法６１条の２第１６項は、いわゆる１００％の親子関係にある法人の株式を発行法人に譲渡した場合において譲渡損益を生じさせないこととする規定であるが、控訴人に７５４億６０２５万９０７６円の有価証券譲渡損が計上されていることからも明らかなように、本件各更正処分は改正後の同項を適用したものではない。
カ 法人税法６１条の２第１項１号の「譲渡対価の額」とは、有価証券の譲渡が行われた場合において、譲渡がその有価証券の譲渡時の客観的な時価に見合う十分な反対給付を伴うか否かにかかわらず、その時価に裏づけされたものである。
なお、金額を算定する対象となるのが、同法２４条１項における「交付を受けた金銭の額等」（反対給付）においては、発行法人から株主に対して交付した金銭その他の資産であり、同法６１条の２第１項１号の「譲渡対価の額」においては、株主から発行法人に対して譲渡した有価証券であって、異なる資産を対象とする以上、両者が必ずしも一致することにはならない。そして、同法２４条１項の「交付を受けた金銭の額等」（反対給付）が、同法６１条の２第１項１号の「譲渡対価の額」より少額である場合には、その差額について、後者の額から控除すべき旨を定めた規定はなく、また、前者の額に含めるべき旨を定めた法令の規定もない。そうすると、この差額は、「譲渡対価の額」から現実に「交付を受けた金銭の額等」を基に算出された「みなし配当相当額」を控除した後の額に含まれるものと解するのが相当である。
したがって、本件払戻限度超過額を同法６１条の２第１項１号の「譲渡対価の額」に含めることは許されないとする控訴人の主張は失当である。
(2) 本件払戻限度超過額の「寄附金」（法人税法３７条７項）該当性について
ア 株式消却を伴う減資は資本金等の額を減少させる取引であるから、当該取引は法人税法２２条５項所定の「資本等取引」に該当するところ、資本等取引に係るものは、同条２項所定の「益金の額」から除かれており、株式の発行会社に減資による受贈益等の利益が生じることはない。ただし、このように発行会社に受贈益が生じていない場合であっても、株主の側においては、発行会社とは異なり、その資産である株式が譲渡されたものとして、譲渡損益に対する課税が行われるのである。したがって、その対価が低額である場合には、譲渡対価と時価との差額が同法３７条所定の「寄附金」に該当すると解することには何らの問題がない。
イ 控訴人が本件各子会社に本件株式消却及びこれに伴う減資を実施させたのは、本件各子会社が事業税の外形標準課税の負担を回避するためであったところ、控訴人は、本件各子会社の親会社（株主）として減資の内容を決定するに当たり、本件払戻限度超過額についても法的に払戻しを受けることができる内容で本件各子会社に株式消却又は減資をさせることが可能であったにもかかわらず、その払戻しを受けることができない内容で減資を実施したのである。これは、通常の経済取引というよりは、一方的に本件各子会社に利益をもたらすものであり、通常の経済取引として是認することはできない。したがって、本件株式消却は、通常の経済取引として合理性を有するものではないから、本件払戻限度超過額も「寄附金」に該当すると解すべきである。
(3) 本件時価（本件株式消却時における消却株式の時価総額）について
本件Ｆ銀行評価額が本件時価の算出の基礎となる価額として適正なものであることにつき立証が尽くされていないとの控訴人の主張については争う。
仮に、控訴人が主張するとおり、本件Ｆ銀行評価額が合併比率の算定という目的のためだけに算出されたものであったとしても、合併の際には、通常、各合併会社の客観的な時価を基礎として合併比率を決定するのであるから、本件消却株式の客観的な交換価値（時価）の算定根拠としてこの評価額を用いることが直ちに不適切ということにはならない。
また、控訴人が主張する「売買実例価額」は、路線価を用いた時価純資産法を採用したものであるが、路線価は相続税及び贈与税における土地評価に用いることを目的として設定されているものであり、評価の安全性を考慮して、公示価格水準の約８０％の水準に設定されているところ、法人税法２２条２項の収益の認識のため、発行会社の時価純資産価額に基づき適正な譲渡価額を算定する場合には、このような路線価よりも公示価格を用いる方が妥当である。
なお、本件各子会社以外の株式に係る売買実例価額が本件合併比率算定書における株式の価額との間に１．５倍の差異があったとしても、このことをもって直ちに本件合併比率算定書における本件各子会社株式の価額が意図的に調整されたものということはできない。
(4) 「みなし配当額」（法人税法２４条１項）の算出の基礎となる金額について（予備的主張）
ア 法人税法２３条１項の「受取配当等の益金不算入制度」は、法人の利益が配当として最終的に個人に帰属する過程の中間段階において他の法人が株主として介在する場合に生ずる二重課税の問題を解決する趣旨で設けられているものである。そして、同法２４条１項の「みなし配当制度」は、直ちに剰余金の配当とはいえないものの、経済的には法人利益に相当するものを株主に帰属させた場合には、その部分を配当等とみなして、受取配当等の益金不算入の制度を適用する趣旨で設けられたものである。このような制度趣旨を踏まえると、同項所定の「金銭その他の資産の交付を受けた場合」とは、株主の発行法人が法人株主に対して、同項各号に掲げる事由により、実際に金銭その他の資産を交付した場合か、少なくともこれと同視し得る場合、すなわち、経済的にみて利益配当に相当する発行法人から法人株主への利益移転があり、その利益が法人株主に帰属するに至った場合をいうと解するのが相当である。法人株主において認識される収益が、発行法人から法人株主に移転した利益でない場合には、二重課税の問題が生じないので、益金不算入とすべき基礎がなく、同項所定の「金銭その他の資産の交付を受けた場合」に該当する余地はない。
そして、本件のように株式が無償で消却された場合の経済的実質は、株主から発行法人に対する贈与があった場合と同様ということができる。しかし、このような無償の消却においては、株式の消却という事由（法人税法２４条１項５号）に伴う発行法人の資産の減少はなく、発行法人に留保されていた利益が法人株主に帰属することもない。そうすると、経済的にみて利益配当に相当する発行法人から法人株主への利益移転や帰属という事実がないことになるから、「金銭その他の資産の交付を受けた場合」と同視し得る実態がなく、同項を適用する余地がないというべきである。
さらに、株式の発行法人が法人株主の株式を無償で消却した場合には、発行法人から法人株主に対する経済的利益の移転がない以上、二重課税が生ずる関係にもないから、「受取配当等の益金不算入制度」及び「みなし配当制度」の趣旨を及ぼす必要性もない。
イ 控訴人は、「本件株式の時価相当額の収益が課税上生じたものと擬制される以上、税務上、現実に金銭その他の資産の交付を受けた場合と同様の経済的成果が生じることになる」と主張するが、法人税法２２条２項の適用上、控訴人に「益金」が生じるとしても、現実にこの益金に相当する経済的成果を控訴人が受けるものではないから、この主張には理由がない。
また、控訴人は、同項において、いわゆる有償取引同視説に立ち、「法人が無償又は低額で譲渡した場合には、同項により、観念上、①第１の取引として、法人が適正な価額を受領して譲渡を行ったと擬制した上で、②第２の取引として、①によって受領したとみなされる適正な価額と、実際に受領した対価との差額を取引の相手方に返還したものと擬制するという二つの取引が擬制されることになる」として、①の擬制により、同法２４条１項所定の「金銭その他の資産の交付を受けた場合」と同様の経済的成果がもたらされたと主張する。しかし、そもそも同法２２条２項の適用に当たって、上記のような二つの取引を擬制して課税がされているわけではない。本件においても、消却時における適正な価額に相当する経済的価値に相当する収益が控訴人に発生したと認識することができ、それと現実に控訴人が払戻しを受けた金額との差額は、控訴人から本件各子会社へ経済的利益が移転されたものと認められることから課税されたのである。また、この点を措くとしても、控訴人は、実際には本件各子会社から金銭その他の経済的利益を何ら受けていないから、控訴人に対して配当とみなすべき「金銭その他の資産の交付」がされたとも解することは困難である。
第３ 当裁判所の判断
１ 当裁判所も、①本件訴えのうち、本件更正処分及び本件再更正処分の一部（原判決（７３頁）別紙２「主文関係目録」記載の各請求に係る部分）の取消しを求める部分はいずれも不適法であり、その余の取消しを求める部分はいずれも適法である、②本件払戻限度超過額は、法人税法２２条２項所定の「収益」として計上することができる、③本件における適正な「譲渡対価の額」と本件払戻額との差額は、対価のない経済的利益であり、同法３７条７項所定の「寄附金」に該当する、④本件株式消却に係る「譲渡対価の額」を、本件合併比率算定書における本件各子会社株式の価額（本件Ｆ銀行評価額）に基づき算定したことは相当である、⑤「みなし配当額」は実際に払戻しがあった額（本件払戻額）を基礎に算定するのが相当であるから、本件再々更正処分及び本件各賦課決定処分はいずれも適法なものであるとそれぞれ判断する。その理由は、原判決を次のとおり補正し、次の２ないし５において、当審における当事者双方の補充主張を踏まえた判断を付加するほかは、原判決の「事実及び理由」中の第３の１ないし４（５３頁２５行目以下）において説示するとおりであるからこれを引用する。
(1) 原判決６８頁１９行目の「株式会社Ｈであり、」の次に「いずれも控訴人とは独立した立場の当事者ではあるものの、」を加える。
(2) 同６９頁２行目の「いうべきであるから」を「いうべきである。また、上記(1)イ(ア)のとおり（原判決６４頁末行以下）、Ｆ銀行が作成した本件合併比率算定書は、平成１８年４月１日を評価の基準時として、本件増資及び本件減資を踏まえた法基通４－１－５(4)が定める純資産価額方式によって算定されたものであること、この純資産価額方式に基づく株式の価額の算定の過程における正確性に格別疑念を抱かせるような点は見当たらないこと、本件合併における合併比率を算定する基礎として本件合併比率算定書に基づく本件各子会社株式の１株当たりの価額が実際に用いられたことに照らすと、本件合併比率算定書における本件各子会社株式の価額が少数株主の利益保護等を意識して意図的に調整されたものであるとも認められない。以上によれば」に改める。
２ 本件払戻限度超過額の「収益」（法人税法２２条２項）該当性について
(1) 本件各更正処分等においては、本件株式消却時における消却株式の時価総額（本件時価。７１５億４５１０万６２４１円）から、「資本金等の額の超過分」（１億４６２６万４５５８円）及び「みなし配当額」（３５億８９８５万２１１２円）を控除した金額である６７８億０８９８万９５７１円が、法人税法６１条の２第１項１号の「譲渡対価の額」となり、これを本件株式消却に係る控訴人の「収益」（同法２２条２項）として、「益金の額」に算入すべきものとしている。
内国法人に対して課する各事業年度の所得に対する法人税の課税標準は、各事業年度の所得の金額であり（同法２１条）、また、各事業年度の所得の金額は、「益金の額」から「損金の額」を控除した金額である（同法２２条１項）ところ、同条２項は、所得の金額の計算上、「益金の額」に算入すべき金額について、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の「収益の額」とする旨定めている（原判決７５頁の３(2)参照）。これは、法人が資産を他に譲渡する場合には、その譲渡が代金の受入れその他資産の増加をもたらす反対給付を伴わないものであっても、譲渡時における資産の適正な価額に相当する収益があるものとすべきことを明らかにしたものである（最高裁平成●●年（○）第●●号同７年１２月１９日第三小法廷判決・民集４９巻１０号３１２１頁（平成７年最高裁判決）参照）。
そして、本件株式消却は、旧商法２１３条１項に基づくものであるところ、株式の消却は、株式の譲渡の一種と解され（控訴理由書２７頁、答弁書８頁、原判決５７頁２５行目以下参照）、法人税法６１条の２第１項に定める有価証券の譲渡に当たることから、同項１号の「譲渡対価の額」が所得の計算上「益金の額」に算入されることになる。
本件株式消却時における消却株式の時価（本件時価）を７１５億４５１０万６２４１円とすることが相当であることは後記４において、「みなし配当額」を３５億８９８５万２１１２円とすることが相当であることは後記５において、それぞれ説示するとおりである（なお、「譲渡対価の額」を算出するに当たって、本件時価から「資本金等の額の超過分」として１億４６２６万４５５８円を控除すべきことについては、当事者間に争いがない。）。
したがって、本件各更正処分等において、６７８億０８９８万９５７１円を本件株式消却に係る控訴人の「収益」に計上すべきものとしたことは適法である。
(2) ところで、本件各更正処分等において「収益」と認定された金額（６７８億０８９８万９５７１円）は、控訴人が本件各子会社から実際に払戻しを受けた金額（本件払戻額）のみならず、旧商法上、収受することができない金額（本件払戻限度超過額）をも含むものである。控訴人は、法律上収受することができない本件払戻限度超過額を「収益」として計上することは許されないと主張する。
そして、旧商法２１３条１項、３７５条１項により、株式の消却に伴い株主に払い戻す金額の合計が減少すべき資本の額等を超えることはできないとされており（原判決７４頁の２参照）、株主はこれを超える金額を収受することが許されないとされていることは、控訴人も指摘するとおりである。しかしながら、法人税が企業の経済活動によって稼得された成果（企業利益）を課税物件とするものであることに照らすと、法人税法２２条２項にいう「収益」とは、経済的な実態に即して実質的に理解するのが相当であり、また、このように解するのが同項の趣旨でもある租税の公平な負担の観念に合致することになる。そして、法人税法においては、法人が保有する資産の評価換えによりその帳簿価額が増額した場合でも、原則として、その増額した部分（評価益）は「益金の額」に算入せず（同法２５条１項）、保有している段階では課税しないとする一方、資産の売却等によりその支配を離脱したときには、収益としてこれに課税するという仕組みが採用されているのである（同法２２条２項、３項）。以上に照らすと、本件株式消却により消却株式が譲渡されたことに伴い、その評価額である本件払戻限度超過額を含む６７８億０８９８万９５７１円を「収益」として計上することは法人税法上の当然の帰結というべきであるから、控訴人が本件払戻限度超過額を収受することが旧商法の規定により許されないとしても、そのことをもって、直ちにその収益性を否定することはできないと解するのが相当である。なお、控訴人は、本件株式消却が発行法人と株主との間の取引であって、株主と他の第三者との間の取引ではないと指摘するのであるが、両者の取引において、同法２２条２項の「収益」の内容について異なる理解をすべき合理的な理由があるとは解されないから、この指摘によって上記の結論が左右されるものではない。
また、控訴人は、本件払戻限度超過額について、その収入実現の蓋然性がないから、「収益」とみなすことはできないと主張する。しかしながら、上記のとおり、株式消却は、法人税法上、株式の譲渡の一種と解されるところ、本件株式消却に伴う減資の手続が行われた時点において、無償譲渡又は低額譲渡が完了したものと解することができ、その後の対価の支払をそもそも予定していないのである。また、本件事業再編は控訴人が主導して実行されたものであるから、その一環である本件株式消却に伴う経済的利益も、控訴人が既に管理支配する状態にあったと評することができるのである。したがって、収入実現の蓋然性を理由に、収益性を否定する控訴人の主張は採用することができない（なお、控訴人が援用する昭和４６年最高裁判決は、未収の経済的利益を当該事業年度に「収益」として計上することの可否を論点とするものであり、本件とは事案を異にしているというべきである。）。
なお、控訴人は、旧商法の規定により収受できない本件払戻限度超過額を「収益」として計上することは、「一般に公正妥当と認められる会計処理の基準」に従って計算するとした法人税法２２条４項にも反すると主張する。しかし、同項は適正な課税が行われることを目的とし、その実現を担保するための規定であって、上記のとおり、本件株式消却の実態に照らすと、そもそも本件払戻限度超過額は「収益」として計上されるべきものであったから、これを「収益」として計上したことは何ら同項に反するものではないというべきである。
(3) また、控訴人は、本件で適用される法人税法６１条の２第１項１号の「譲渡対価の額」とは「当事者間で合意した額」であり、仮にこれを「適正な譲渡対価の額」と解するとしても、「法令の範囲内で収受可能な公正な対価の額」であり、本件払戻限度超過額のように私法上収受することが許されないものを含めることは不当であると主張する。
しかしながら、同法２２条２項の「別段の定め」に当たる同法６１条の２第１項は、有価証券の「譲渡対価の額」から「譲渡原価の額」を控除した譲渡損益を、同法２２条２項所定の「益金の額」又は同条３項所定の「損金の額」に算入する金額とする旨規定している有価証券の譲渡損益の計算方法に関する同条２項の特則である。したがって、同法６１条の２第１項１号の「譲渡対価の額」と、同法２２条２項所定の資産の譲渡に係る「収益の額」の算定において、「収益」の有無の判断方法自体を異にするものではないし、これを別異に解すべき合理的な理由もない。同法６１条の２第１項１号の「譲渡対価の額」を、控訴人が主張するように「当事者間で合意した額」ないし「法令の範囲内で収受可能な公正な対価の額」と解した場合には、無償ないし低額譲渡があったときに租税負担の公平を失する結果となり、また、有価証券以外の資産が譲渡されたときにも同様の結果となるから不合理である。
以上によれば、同号の「譲渡対価の額」とは、当該資産の譲渡時における適正な価額をいうものと解するのが相当であるから、控訴人の上記主張は採用することができない。
(4) 控訴人は、本件株式消却に係る行為形式を所与の前提として、その正常な対価だけを検討すべきであり、これを他の行為形式（例えば、本件消却株式の時価相当額の金銭の払戻しを伴う株式消却）に引き直して課税することは、租税法律主義に反して許されず、また、本件株式消却は通常の合理的な経済取引であるから、課説上もそのまま是認されるべきであると主張する。
しかしながら、本件払戻限度超過額を含めて「収益」に計上することは、本件株式消却に係る行為形式を前提とするものであって、これを他の行為形式に引き直すものではないから、この点において、控訴人の上記主張は既に失当である。
なお、控訴人が主張するように、本件株式消却に伴う減資が、会社管理コストを削減し、過大な外形標準課税を回避するために行われたものであったとしても、これらの事情はあくまでも減資を行った本件各子会社にとっての経済合理性にすぎないから、控訴人についての経済的利益の収益性の判断を左右する事由となるものではない。すなわち、本件で問題となるのは、あくまでも控訴人に生じる収益の有無等であるところ、法人税法２２条２項が「資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額」を「益金の額」に算入すべきものと定めていることに照らすと、収益の有無及び額は個々の経済取引について判断することを想定しているものと解され、かつ、このように解するのが相当であるから、本件事業再編を通じて総体的に控訴人の「収益」の有無等を判断すべきものではない。そして、本件各子会社５１社のうち４９社は控訴人の完全子会社であり、その余の２社についても、他の株主の保有率は約０．００８％や約１．６７％に止まっており（原判決４頁２１行目以下参照）、また、控訴人と本件各子会社らはいわゆる連結納税に係る関係にあるものの、これを超えて両者を一体のものとして捉え、控訴人の「収益」の有無等を判断すべきものでもない。したがって、本件各子会社にとって経済合理性がある取引であるとしても、当然にその相手方である控訴人についても経済合理性を肯定することはできないから、この点においても、控訴人の上記主張は採用できないと判断するのが相当である。
３ 本件払戻限度超過額の「寄附金」（法人税法３７条７項）該当性について
(1) 本件各更正処分等においては、上記のとおり、本件消却株式の本件時価（７１５億４５１０万６２４１円）から、「資本金等の額の超過分」（１億４６２６万４５５８円）及び「みなし配当額」（３５億８９８５万２１１２円）を控除した額（６７８億０８９８万９５７１円）が法人税法６１条の２第１項１号の「譲渡対価の額」であり、同額から「譲渡原価の額」（この額を１４３２億６９２４万８６４７円とすることについては、当事者間に争いがない。）を控除した７５４億６０２５万９０７６円を正当な譲渡損失額とした上で、控訴人が申告した譲渡損失額（１３９１億４９５０万２１７３円）との差額（６３６億８９２４万３０９７円）の一部（６２８億７８７７万０７１２円）が同法３７条７項所定の「寄附金」に当たるとして、同条１項により、損金算入限度額を超える６１９億３２３４万０７５６円について「損金の額」に算入しないものとされている（原判決（１０１頁）別表５、原審における被控訴人準備書面(1)、甲５０参照）。
上記の６２８億７８７７万０７１２円は本件払戻限度超過額を含むものであるところ、控訴人は、この超過額が「寄附金」には当たらないから、本件各更正処分等は違法であると主張する。
(2) 法人税法３７条１項は、内国法人が各事業年度において支出した「寄附金」の額の合計のうち、事業年度終了時の資本金等の額又は事業年度の所得の金額を基礎として政令で定めるところにより計算した金額を超える部分は、各事業年度の所得の金額の計算上「損金の額」の算入しないこととし、同条７項は、この「寄附金」の額を、「寄附金、拠出金、見舞金その他いずれの名義をもってするかを問わず、内国法人が金銭その他の資産又は経済的な利益の贈与又は無償の供与をした場合における当該金銭の額若しくは金銭以外の資産のその贈与の時における価額又は当該経済的な利益のその供与の時における価額によるものとする」旨を定めている（原判決７６頁の３(4)参照）。
同条１項が一定の金額を超える「寄附金」を「損金の額」に算入しないとしている趣旨は、法人が支出する寄附金には収益を生み出すのに必要な費用としての側面を有するものもあるところ、その全額を無条件に損金に算入することになれば、租税収入の確保を阻害することになるばかりでなく、寄附金の出捐による法人の負担が法人税の減収を通じて国に転嫁されることになるから、このような課税上の不公平を生じさせないことにあると解される。
このような同項の趣旨や、同条８項が、法人による資産の譲渡又は経済的な利益の供与において、譲渡又は供与の対価の額が資産の譲渡時における価額又は経済的な利益の供与時における価額に比して低いときは、対価の額と価額との差額のうち実質的に贈与又は無償の供与をしたと認められる金額は「寄附金」の額に含まれるものとする旨定めていること（原判決７６頁の３(4)参照）をも踏まえると、同条７項所定の「寄附金」とは、民法上の贈与に限られるものではなく、「経済的にみて贈与と同視し得る金銭その他の資産の譲渡又は経済的な利益の供与」をいい、これは、金銭その他の資産又は経済的な利益を対価なく他に移転することであり、その行為について通常の経済取引として是認することのできる合理的な理由が存在しないものをいうと解するのが相当である。
そして、控訴人は、本件株式消却によって株主としての地位と、その時価に相当する経済的な利益を失う一方、本件株式消却を行った本件各子会社から、当該株式の時価よりも低額の本件払戻額を受領したに止まるのであって、しかも、本件株式消却時における消却株式の時価総額（本件時価）は７１５億４５１０万６２４１円（控訴人の主張によっても６４９億６３８９万４１８３円となる。）であるのに対し、本件払戻額は８５億２００７万０９７１円であり、著しい対価的な不均衡があることに照らすと、控訴人は、本件株式消却を伴う減資の手続を通じて、払戻しをした本件各子会社に対しては時価と本件払戻額との差額に相当する経済的な利益を、払戻しをしなかった本件各子会社に対しては時価に相当する経済的な利益をそれぞれ対価なく移転したというべきであり、また、この経済的な利益の移転を通常の経済取引として是認することができる合理的な理由があるとは認められないから、控訴人が本件各子会社に対価なく移転した経済的な利益に相当する金額は、本件払戻限度超過額を含めて「寄附金」に当たると解するのが相当であることは、原判決（５７頁２３行目以下）も判示するとおりである。
(3) これに対して、控訴人は、本件各子会社に対する本件払戻限度超過額相当額の「移転」が何らかの形で観念されるとしても、それは控訴人が違法に「収受」したものと擬制された本件払戻限度超過額の本件各子会社に対する「返還」、すなわち、民法７０３条所定の不当利得返還義務の履行というべきであるから、この「移転」には合理的な理由があると主張する。
しかしながら、控訴人に不当利得が生じ、本件各子会社が控訴人に対して、不当利得の返還請求権を有するものと認めるに足りる証拠はないから、控訴人の上記主張は、その前提において失当である。
なお、控訴人は、本件株式消却に伴う減資が会社の管理コストを削減し、過大な外形標準課税を回避するためのものであるから、経済合理性があるとも主張する。しかし、この点については前記２(4)で述べたとおりであり、これらはあくまでも本件各子会社にとっての経済合理性に止まるところ、「寄附金」は控訴人の損金処理の問題であり、また、旧商法上、減資に伴う株主への払戻額には一定の制限があるものの、減少すべき資本の額や株主への払戻額は一律に定まるものではなく、株主総会の特別決議により任意に定められるものであって、さらに、販売体制の強化という目的のもとで事業再編を行うに当たって、本件株式消却以外に選択すべき方策がなかったわけではなく、控訴人自身も十分な検討を行う時間的余裕がなかったことから、従前と同様の方法を採用したと説明していること（控訴人第４準備書面３０頁）をも考慮すると、上記の点は、控訴人にとって通常の経済取引として是認することができる合理的な理由に当たるものではないというべきである（原判決５８頁１１行目以下参照）。
(4) また、控訴人は、「寄附金」に当たるとの認定により、本件株式消却に係る譲渡損失額の損金算入を否定することは、平成２２年度税制改正前の法人税法の規定が適用されるべき本件株式消却について、改正後の同法６１条の２第１６項を遡及して適用することと異ならず、租税法律主義の観点からも許されないと主張する。
しかしながら、平成２２年法律第６号による改正後の同項は、子会社の全株式を保有する完全親会社がこれを譲渡した場合における譲渡損益を計上しないこととするものであるところ、本件各更正処分後においても、控訴人には７５４億６０２５万９０７６円の有価証券譲渡損が生じているのであるから（乙１・３枚目）、改正後の同項を適用したものでないことは明らかであり、また、これを実質的に考慮したとしても、遡及適用したものとは解することができないところである。
(5) さらに、控訴人は、本件払戻限度超過額相当額を「寄附金」として損金に算入しなければ、本件株式消却によって残存する子会社の株式の価値が増大することになるところ、増額調整（株式の簿価のステップ・アップ（付け替え））の規定がないため、控訴人が残存する子会社の株式を譲渡した場合には、消却株式の時価と払戻額との差額相当額が再びキャピタルゲインとして課税され、実質的に同一利益に対して二重に課税されることになると主張する。
確かに、株式消却において、当該株式に係る経済的価値に見合う額の払戻しがされない場合には、その差額の経済的価値が消却株式から未消却株式に移転することになる（原審における被控訴人準備書面(2)１３頁参照）。しかし、これは、法人税法が一定の金額を超える「寄附金」を「損金の額」に算入しないとする制度を採っていることや、税法上、株式の消却が消却株式の株主から発行会社への譲渡として取り扱われることからの帰結であって、もとより法の予定するところというほかないから、これをもって違法な二重課税ということができないことは原判決（６３頁１７行目以下）も判示するとおりである。控訴人は、未消却株式の帳簿価額の調整（増額）の規定がないことを指摘するが、このことをもって上記の結論が左右されるものではない。
４ 本件時価（本件株式消却時における消却株式の時価総額）について
(1) 本件各更正処分等においては、本件株式消却時における消却株式の時価総額（本件時価）を、Ｆ銀行が作成した本件合併比率算定書の本件Ｆ銀行評価額に基づき７１５億４５１０万６２４１円と算定し、これから「資本金等の額の超過分」及び「みなし配当額」を控除した額である６７８億０８９８万９５７１円を、法人税法６１条の２第１項１号の「譲渡対価の額」とした上で、「収益」に計上すべきものとしている。この本件Ｆ銀行評価額が本件各子会社の１株当たりの時価として相当なものであることは、原判決（６４頁末行以下）も認定判断するとおりである。
(2) これに対して、控訴人は、株式の評価について複数の合理的な評価方法が存する場合には、評価額の低い方を採用すべきであるから、控訴人主張の財産評価基本通達に一部依拠する方法で算定した価額（６４９億６３８９万４１８３円）を採用するべきであると主張する。
しかし、純資産価額方式と類似業種比準方式とを併用する控訴人主張の手法によって本件各子会社の株式の価額を算定することに課税上の弊害が想定されることは、原判決（６５頁１８行目以下）も指摘するとおりである。そして、本件合併比率算定書は、本件事業再編を実施するために控訴人の依頼によりＦ銀行が作成したものであり（甲３８）、これによって合併比率が定められたことや、本件Ｆ銀行評価額が純資産価額方式によって１株当たりの価額を算出したものであることに照らすと、本件Ｆ銀行評価額の方が控訴人主張の手法によるものよりも合理性があると判断するのが相当である。
したがって、控訴人の上記主張は、その前提を異にするものであり、採用することができない。
５ 「みなし配当額」（法人税法２４条１項）の算定の基礎となる金額について
(1) 法人税法６１条の２第１項は、法人が有価証券を譲渡した場合に、譲渡利益額として、同項１号の「譲渡対価の額」（ただし、同法２４条１項の「みなし配当額」がある場合にはこれを控除した金額）を譲渡契約日の属する事業年度の「益金の額」に算入するとしているところ、本件各更正処分等においては、この「みなし配当額」を３５億８９８５万２１１２円と算定している。この３５億８９８５万２１１２円は本件払戻額をもとに計算されたものであるが、控訴人は、本件払戻額を超える収益が生じたものと擬制する以上、「みなし配当額」の計算においても、本件払戻額だけではなく、収益とされた額全体を基礎とすべきであると主張する。
そこで、以下、本件における「みなし配当額」を計算するに当たって、収益とされた額を基礎とすることの要否について検討する。
(2)ア「みなし配当額」について定めた法人税法２４条１項は、法人の株主等である内国法人が法人の合併、資本の払戻し又は解散による残余財産の分配といった同項各号に掲げる事由により「金銭その他の資産の交付を受けた場合」において、その金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額が法人の資本金等の額又は連結個別資本金等のうちその交付の基因となった法人の株式又は出資に対応する部分の金額を超えるときは、その超える部分の金額を、同法２３条１項１号に掲げる金額（剰余金の配当、利益の配当又は剰余金の分配の額）とみなすものとしている（「みなし配当制度」）。
そして、この同項は、内国法人が剰余金の配当、利益の配当又は剰余金の分配等を受けるときは、配当等の全部又は一部については、所得の金額の計算上、「益金の額」に算入しない旨を定めている。この「受取配当等の益金不算入制度」は、法人が利益配当をする場合の配当が、支払法人の段階で課税された利益から行われる（同法２２条３項、５項）ため、配当金を受け取った個人の段階でも更に所得税を賦課すると、同一の利益に対して、支払法人において法人税が、また、配当を受け取った個人において所得税がそれぞれ賦課される結果となるから、このような二重課税の問題を調整するため、所得税法においては、法人の段階で納付された法人税に相当する金額を、配当を受けた個人株主の所得税から控除する仕組みを採っている（同法９２条。配当控除の制度）ところ、法人と個人株主との間に、更に他の法人が株主として介在する場合において、中間段階にある法人が受ける配当に法人税が賦課されると、個人株主の段階で控除される法人税額の計算が極めて複雑なものとなることから、法人株主が他の法人から受け取った配当金については、これを「益金の額」に算入しないこととしたものである（被控訴人準備書面(4)９頁参照）。
上記によれば、同法２４条１項の「みなし配当制度」は、会社法上の配当に該当しない経済的利益についても、本来、課税の対象となるべきところ、例外的に、同法２３条１項の規定の適用を受けることとして、「益金の額」に算入しないこととしたものと解するのが相当である。すなわち、法人がその留保している利益について、剰余金の配当としてではなく、例えば、合併等に際しての財産の払戻しや自己株式の取得によって、実質的に帰属させることがあるところ、このような場合には、課税上は利益を直接配当として分配した場合と同様に取り扱い、個人株主については配当課税をすると同時に、配当控除（税額控除）を認め、法人株主については法人税を課税しないことにより、法人間の二重課税を調整することとしたものである（同準備書面１０頁参照）。
このように法人税法２３条１項の「受取配当等の益金不算入制度」は、法人の利益が配当として最終的に個人に帰属する過程において、その中間段階で他の法人が株主として存在する場合に生じる二重課税を調整する趣旨で設けられ、また、同法２４条１項の「みなし配当制度」は、直ちに剰余金の配当とはいえないものの、経済的に法人利益に相当する部分を株主に帰属させた場合にも同様の扱いとする趣旨で設けられたものであることを踏まえると、同項所定の「金銭その他の資産の交付を受けた場合」とは、株式の発行法人において課税の対象となる経済的利益が実際に株主法人に移転した場合をいうものと解するのが相当である。
イ これに対し、控訴人は、「みなし配当制度」が、実質的に利益配当に相当する法人利益が株主に帰属したときに、配当課税を受けることなく金銭等が株主に分配されることを防ぐため、これを配当とみなして株主に課税する制度であるから、法人税法２４条１項所定の「金銭その他の資産の交付を受けた場合」には、実際に交付されなくても、これと同様の経済的成果が生じた場合をも含むものと解するべきであると主張する。
しかしながら、「みなし配当制度」を定めた同項は、「その金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額が、資本金等の額等のうち交付の基因となった株式、出資に対応する部分の金額を超えるときに、その超える部分の金額」を「益金不算入の対象となる金額とみなす」と規定しているのである。そして、個人の所得を課税標準とする所得税法においても、同法２５条１項は、「株主が、資本の減少、法人の解散による残余財産の分配、出資の消却等の同項所定の事由により、当該法人から『金銭その他の資産の交付を受けた場合』において、その金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額が、その法人の資本金等の額又は連結個別資本金等の額のうちその交付の基因となった株式又は出資に対応する部分の金額を超えるときは、その超える部分の金額は、剰余金の配当、利益の配当又は剰余金の分配とみなす」ものとし、これを配当所得として課税する一方、同法９２条において、配当所得についてのいわゆる「配当控除」を認めているところ、これは配当所得に対する二重課税を調整するための規定と解されている。上記のような法人税法２４条１項の規定内容や、所得税法上の規定との整合性を考慮すると、同項の「みなし配当制度」は、本来「益金の額」に算入して課税すべき収益についての例外的措置を定めたものと解するのが相当であるから、控訴人の上記主張は、制度の趣旨についての異なる理解を前提にするものといわざるを得ない。
そして、同項は「金銭その他の資産の交付を受けた場合」と規定しているのであって、この文言に反して、実際の交付がないにもかかわらず、同様の経済的成果が生じたときもこれに該当すると解すべき合理的な根拠は特に認められない上、これを含めなければ、控訴人が主張するように「みなし配当制度」の趣旨を没却したり、同項や同法６１条の２第１項に反することになるとも解することはできないというべきである。
したがって、控訴人の上記主張は採用することができない。
(3) 本件において、株主法人である控訴人が発行法人である本件各子会社から実際に受領したのは本件払戻額に止まるのであって、収益とされた額を受領していないことは明らかである。また、発行法人である本件各子会社において、収益とされた額に相当する資産の減少はなく、留保されていた法人利益が控訴人に帰属したとの事実もない。さらに、法人株主である控訴人が実際に受領していない部分を含めて「みなし配当額」を計算しなければ、同一の利益に対する二重課税の問題を調整することができないとも認められないのである。
したがって、実際に控訴人が受領していない部分については、法人税法２４条１項所定の「金銭その他の資産の交付を受けた場合」に該当しないと解するのが相当である。
(4)アなお、控訴人は、本件株式消却によって６７８億０８９８万９５７１円が本件各子会社から控訴人に移転したとして、控訴人の「益金の額」に算入される以上、「みなし配当額」の算定に当たっても、同額が控訴人に移転していることを前提とすべきであると主張する。
しかしながら、既に述べたとおり、法人税法２２条２項は、資産の無償ないし低額譲渡があった場合において、租税負担の公平の見地から、適正な対価が現実に収受されていないときでも、これを収益として「益金の額」に算入するとした規定であり、他方、同法２４条１項の「みなし配当制度」は、同一の利益に対する二重課税の問題を調整する趣旨で設けられたものであることに照らすと、「収益」とされる経済的利益と、「みなし配当額の計算の基となる金額」とが当然に一致すべき合理的な必然性はないというべきである。また、同法６１条の２第１項１号は、「譲渡対価の額」について「みなし配当額」がある場合にはこれを控除した額と規定しているものの、これをもって「収益の額」と「みなし配当額の計算の基となる金額」とが同一となることが法人税法上予定されているとまでは解することができず、その旨を規定した法令上の根拠もないのである（同法２２条２項は「益金の額」に算入すべき金額を「資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額」と定めており、同法２４条１項の「金銭その他の資産の交付を受けた場合」との文言とは明らかに異なるものとなっているから、このような両規定の文言の相違に照らしても、上記の規律が法令上想定されているとは解することができないところである。）。
イ さらに、控訴人は、資産の無償ないし低額譲渡について同法２２条２項を適用するに当たっては、譲渡人からの適正な対価による譲渡と、それに対する譲受人の反対給付、すなわち、適正な対価と実際の価額との差額相当分の譲渡人に対する贈与という二段階の行為があるものと擬制すべきであるから、「みなし配当額」も前者の適正な譲渡対価の額に基づいて算定されるべきであると主張する。
しかしながら、同項の適用においては、法人が資産を他に譲渡した場合、代金の受入れその他資産の増加を来すべき反対給付を伴わないものであっても、譲渡時における資産の適正な価額に相当する収益を計上すべきである（平成７年最高裁判決参照）ことに照らすと、本件株式消却により本件各子会社株式が譲渡されたとして同項を適用するに当たり、反対給付を擬制する必要があることにはならないというべきであり、また、法令上も、そのような擬制を想定していないことは既にアで述べたとおりである。
ウ 以上によれば、「みなし配当額」を本件払戻額に基づき算定したことは相当であって、実際に受領していない部分を含む収益とされた額を基礎としなかったことに違法があるということはできない。
第４ 結論
以上によれば、控訴人の本件訴えのうち本件更正処分及び本件再更正処分の一部（原判決別紙２「主文関係目録」記載部分）の取消しを求める部分はいずれも不適法であるから、これを却下すべきであり、また、本件再々更正処分及び本件各賦課決定処分はいずれも適法なものであり、その余の取消しを求める部分の控訴人の請求はいずれも理由がなく、これを棄却すべきであるから、これと同旨の原判決は相当であり、本件控訴（当審での変更後の請求に基づくもの。）はいずれも理由がないから、これを棄却することとし、主文のとおり判決する。
東京高等裁判所第１６民事部
裁判長裁判官 奥田隆文
裁判官 渡邉弘
裁判官 齊藤顕
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2014/pdf/12484.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報61巻2号394頁。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。