税務訴訟資料第２６３号－１０（順号１２１３４）
東京地方裁判所平成●●年(○○)第●●号法人税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国
平成２５年１月２３日棄却・確定
判決
原告
Ｄ株式会社
同代表者代表取締役
Ｅ
同訴訟代理人弁護士
山下清兵衛
同
北村美穂子
同
山下功一郎
同
田代浩誠
同補佐人税理士
小野久男
被告
国
同代表者法務大臣
谷垣禎一
同指定代理人
澁谷美保
同
茅野純也
同
片野美千子
同
前川秀行
同
泉絢也
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 被告は、原告に対し、１６９９万６０００円及び平成２３年２月２２日から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え（国家賠償法（以下「国賠法」という。）１条１項に基づく損害の賠償及び遅延損害金の支払の請求）。
２ 被告は、原告に対し、１６９９万６０００円及びこれに対する平成２１年４月１日から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え（不当利得の返還及び民法７０４条に基づく利息の支払の請求）。
３ 被告は、原告に対し、１５００万円並びに内金６１９万７６００円に対する平成１９年１２月１日から支払済みまで年５分の割合による金員、内金３０９万８７００円に対する平成２０年６月１日から支払済みまで年５分の割合による金員及び内金５７０万３７００円に対する平成２０年１２月２日から支払済みまで年５分の割合による金員をそれぞれ支払え（不当利得の返還及び民法７０４条に基づく利息の支払の請求）。
４ 被告は、原告に対し、１９９万６０００円及びこれに対する平成２１年４月１日から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え（不当利得の返還及び民法７０４条に基づく利息の支払の請求）。
第２ 事案の概要等
原告は、その平成１６年１０月１日から平成１７年９月３０日までの事業年度（以下「平成１７年９月期」という。）、同年１０月１日から平成１８年９月３０日までの事業年度（以下「平成１８年９月期」という。）及び同年１０月１日から平成１９年９月３０日までの事業年度（以下「平成１９年９月期」といい、その後の事業年度についても同様にいう。）において、館林市を施行者とする土地区画整理事業の施行地区内の道路の変更に関する工事の施行に当たりその所有する土地に存する建築物等の移転をしこれに伴う補償金を取得することとなったとして、上記の各事業年度の所得の金額の計算上これらを益金の額に算入し、平成１９年９月期については租税特別措置法６５条の２第１項の規定の適用があるとして５０００万円を損金の額に算入して、各事業年度の法人税の確定申告をしたところ、館林税務署長は、平成１９年９月期の所得の金額の計算上上記のように損金への算入をしたことは誤りである等として、更正及び過少申告加算税を課する決定をした（なお、これらの処分については、異議申立てについてされた決定において、上記の点以外の事由を理由に一部が取り消されている。）。
本件は、原告が、館林税務署長が平成１９年９月期の法人税についてした上記の各処分は違法であり、同税務署の職員が平成１７年１１月にした税務相談における指導にも違法があった等として、平成１９年９月期の法人税又は同期及び平成２０年９月期の各法人税として納付した額の一部について、第１記載のとおり損害の賠償又は不当利得の返還等の請求をする事案である。
１ 関係法令等の定めの概要
別紙１「関係法令等の定めの概要」に記載したとおりである（なお、同別紙において定める略称は、以下においても用いることとする。）。
２ 前提事実（証拠等の掲記のない事実は、当事者間に争いがないか、当事者において争うことを明らかにしない事実である。以下「前提事実」という。）
(1) 群馬県知事は、昭和●年●月●日、同月１２日付けで申請のあった館林市の施行に係るＦ土地区画整理事業（以下「本件事業」という。）の事業計画において定める設計の概要について認可したところ、当該事業計画においては、施行地区内の道路を整備することが内容に含まれ、それに従えば、原告の所有する土地に存する建築物等の移転が必要となるものであった（甲６ないし９、１５、乙３）。
(2) 原告と館林市は、平成１７年９月１６日付けで、以下の内容の覚書（以下「本件覚書」という。）による合意をした（甲６）。
ア 前文（甲６・前文）
原告と館林市は、本件事業の執行に先立ち、両者間で以下のとおり覚書を締結する。
イ 本件覚書の趣旨（甲６・１条）
館林市は事業区域内に存する原告所有の土地について、平成８年３月１５日付けで仮換地を指定した。これに基づき原告が仮換地の使用又は収益を開始できるよう、館林市は隣接する道路建造工事を行うことに伴い、これに必要となる原告所有の支障物件について移転補償金を支払い、これを受け原告は支障物件を移転するものとする。
ウ 移転補償物件の同意（甲６・２条）
館林市は平成８年度に原告所有地に立ち入り、支障となる物件について現地調査を行い、移転工法を認定した。これについて原告は館林市より十分な説明を受け、移転補償物件について同意をした。
エ 物件移転補償金の承諾（甲６・３条）
原告は上記ウのとおり移転工法に同意した上で、館林市から提示された物件移転補償金を、別紙２のとおりの金額で承諾した。
オ 物件移転の時期（甲６・４条）
原告は、年度計画（別紙３）に基づき物件移転を実施する。館林市は当該年度に物件移転の状況を確認する。
カ 補償金の支払（甲６・５条）
館林市は、原告に対し、別紙４のとおり、補償金を１０年間の分割で支払うこととする。
キ 残存物件の処理（甲６・６条）
原告は、年度計画に基づき物件移転を行うことが困難となった場合、館林市が補償金を支払うことなく原告に代わって残存物件を処理することができるものとし、このために必要な経費は原告の負担とする。
(3)ア原告は、平成１７年９月２７日、館林市に対し、本件事業の施行のため館林市●●ほか所在の機械設備等につき同年１２月２０日までに移転又は除却を完了する旨、移転又は除却の完了を館林市が確認した後に損失補償金等として２１７９万７４００円の支払を請求する旨及び工事着手後に上記金額のうち８６９万７４００円の支払を請求する旨を承諾した。そして、原告は、館林市に対し、同年１０月１７日、上記の移転に着手した旨を届け出、同月１８日、上記の８６９万７４００円の支払を求めた。また、原告は、館林市に対し、平成１８年３月２８日、上記の移転が完了した旨を届け出、同日、残金である１３１０万円の支払を求めた。館林市は、原告に対し、平成１７年１０月３１日に８６９万７４００円を、平成１８年４月１０日に１３１０万円を振り込んだ。（乙４ないし６)
イ 原告は、平成１７年９月２７日、館林市に対し、本件事業の施行のため館林市●●ほか所在の建築物（木造平家建実験室）等につき同年１２月２０日までに移転又は除却を完了する旨、移転又は除却の完了を館林市が確認した後に損失補償金等として４７９０万２６００円の支払を請求する旨及び工事着手後に上記金額のうち１９１０万２６００円の支払を請求する旨を承諾した。そして、原告は、館林市に対し、同年１０月１７日、上記の移転に着手した旨を届け出、同月１８日、上記の１９１０万２６００円の支払を求めた。また、原告は、館林市に対し、平成１８年３月２８日、上記の移転が完了した旨を届け出、同日、残金である２８８０万円の支払を求めた。館林市は、原告に対し、平成１７年１０月３１日に１９１０万２６００円を、平成１８年４月１０日に２８８０万円を振り込んだ。（乙４ないし６)
ウ 原告は、平成１８年１０月３１日、館林市に対し、本件事業の施行のため館林市●●ほか所在の建築物（木造平家建事務所）等につき平成１９年３月２０日までに移転又は除却を完了する旨、移転又は除却の完了を館林市が確認した後に損失補償金等として６８９９万０８００円の支払を請求する旨及び工事着手後に上記金額のうち２７５９万０８００円の支払を請求する旨を承諾した。そして、原告は、館林市に対し、同年１１月２１日、上記の移転に着手した旨を届け出、同日、上記の２７５９万０８００円の支払を求めた。また、原告は、館林市に対し、平成１９年３月１６日、上記の移転を完了した旨を届け出、同日、残金である４１４０万円の支払を求めた。館林市は、原告に対し、平成１８年１２月５日に２７５９万０８００円を、平成１９年３月３０日に４１４０万円を振り込んだ。（乙４、５、７)
エ 原告は、平成１９年９月１９日、館林市に対し、本件事業の施行のため館林市●●所在の建築物(木造平家屋建工場）等につき平成２０年３月２７日までに移転又は除却を完了する旨、移転又は除却の完了を施行者が確認した後に損失補償金等として６４２１万６２００円の支払を請求する旨及び工事着手後に上記金額のうち２５６１万６２００円の支払を請求する旨を承諾した。そして、原告は、館林市に対し、平成１９年９月２８日、上記移転に着手した旨を届け出、同日、上記の２５６１万６２００円の支払を求めた。また、原告は、館林市に対し、平成２０年１月１６日、上記の移転を完了した旨を届け出、同日、残金である３８６０万円の支払を求めた。館林市は、原告に対し、平成１９年１０月１０日に２５６１万６２００円を、平成２０年１月２９日に３８６０万円を振り込んだ。（甲１２、乙５、８)
(4) 原告は、前記(3)の各補償金について、平成１７年９月期においては６９７０万円を、平成１８年９月期においては６８９９万０８００円を、平成１９年９月期においては６４２１万６２００円を、取得した補償金等（未収入金）として益金の額に算入して、法人税の確定申告書を館林税務署長に提出した（乙６ないし８）。
一方、原告は、平成１９年９月期の法人税の確定申告書においては、本件特例の適用があるとして５０００万円を損金の額に算入して法人税の額の計算をするとともに、前記(3)エの補償金について、別表十（五）「収用換地等及び特定事業の用地買収等の場合の所得の特別控除に関する明細書」及び館林市が発行した「公共事業用資産の買取り等の申出証明書」（以下「本件証明書」という。）を添付して当該確定申告書を提出した（甲１３、乙８）。
(5) 館林税務署長は、平成２１年３月２７日付けで、原告に対し、以下の内容の法人税の税額等の更正（以下「本件更正処分」という。）及び過少申告加算税を課する決定（以下「本件賦課決定処分」といい、本件更正処分と併せて「本件更正処分等」という。）をした（甲１）。
ア 申告の金額
(ア) 所得の金額２４０６万８１９８円
(イ) 納付すべき法人税の額６１９万７６００円
イ 本件更正処分等の金額
(ア) 所得の金額８０１８万５２４４円
(イ) 新たに納付すべき法人税の額１６８３万５１００円
(ウ) 過少申告加算税の額２１９万５５００円
ウ 原告は、平成２１年３月３１日、本件更正処分等により納付すべきこととなった法人税等について、少なくとも、本件特例の適用がないものとされたことに係る法人税１５００万円及び過少申告加算税１９９万６０００円を納付した。
(6) 原告は、平成２１年５月２１日付けで、館林税務署長に対し、本件更正処分等についての異議申立てをした（甲２）。
(7) 館林税務署長は、平成２１年７月９日付けで、本件更正処分等の一部を取り消す決定（以下「本件異議決定」という。）をした。本件異議決定後の法人税等の額は、以下のとおりである。（甲３)
ア 所得の金額７９０９万５７６９円
イ 新たに納付すべき法人税の額１６５０万８１００円
ウ 過少申告加算税の額２１４万６０００円
(8) 原告は、平成２１年８月５日付けで、本件異議決定に不服があるとして、国税不服審判所長に対し、審査請求をした（甲４）。
国税不服審判所長は、平成２２年５月２０日付けで、原告の審査請求を棄却する裁決をした（甲５、乙１）。
(9) 原告は、平成２２年１１月２５日、本件訴えを提起した（当裁判所に顕著な事実）。
３ 当事者の主張
(1) 館林税務署長による本件更正処分等が違法であったか否か（争点１。第１の１の請求関係）
ア 原告の主張
(ア) 本件更正処分の違法性について
ａ 措置法６５条の２第３項２号にいう「事業」の意義について
(a) 措置法６５条の２第１項に規定する本件特例は、収用換地等に係る資産の譲渡の促進、収用換地等の持つ半強制的性格への配慮を目的に制定された条文である。他方、同項の規定は、無限定な特別控除の利用を画策する悪用者による資産の切り売りを容易に許してしまうものとなっているため、このような資産の切り売りを防止するために同条３項２号が導入されたのである。
このような趣旨に照らせば、同号が行ってよいのは、あくまで資産の切り売りによる無限定な特別控除の利用及び公共事業の遅延を防止することだけであり、それ以上に本件特例の適用を制限することは、同条１項及び同条３項２号の規定が許容していないというべきである。
このように、同号に求められる役割が、あくまで資産の切り売りの防止に限定され、その他の場合については、本件特例によって、極力、特別控除の適用が要請されることに鑑みると、同号における「事業」とは、「施行者の行う工事のこと、ただし、被収用者による切り売りの結果として、前年度に行えたはずの工事が翌年度以降の工事となった場合、その翌年度以降の工事は除外される」との内容として解釈すべきである。
というのも、このように施行者の行う最小単位の行為を「事業」と見ることで、特別控除の適用対象となる資産の譲渡が最大化するとともに、一方で、上記のただし書のような内容で「事業」に該当しないものを規律することで、資産の切り売りによる資産の譲渡に対する特別控除の適用を、見事に排除することができるからである。なお、かかる解釈を採った場合、同号の規定する「これらの譲渡が二以上の年にわたってされた」という事態が生じなくなるのではないか、との誤解が生じるようにも思われるが、これは全くの誤解である。すなわち、施行者がある工事を行うために、その前に、数年間にわたって権利者による資産の譲渡が行われる例はいくらでもあるのであって、例えば、本件事業でいえば、館林市が平成２２年度の工事として行う一年度の工事の準備のために、原告は、平成２０年度と平成２１年度の２か年にわたって、資産の譲渡を行っているのである。また、切り売りの結果、工事が翌年度以降にずれこんだか否かは、「複数年に渡る工事となった原因が、一切施行者側にはないのか否か」を客観的事実に基づき判定することになるため、上記規範に主観的な要素が入る余地は一切ない。
(b) 上記(a)で述べた「事業」の解釈に基づけば、措置法通達６５の２－１０の(1)ないし(3)に記載された場合における資産の譲渡についても、全て同通達が意図するように本件特例による特別控除の適用を実現できる。
ｂ 館林税務署長は、①平成１７年度の補償対象物件の移転に対応して行われる工事、平成１８年度の補償対象物件の移転に対応して行われる工事、平成１９年度の補償対象物件の移転に対応して行われる工事等は、いずれも、措置法６５条の２第３項２号にいう「一の収用換地等に係る事業」に該当することはない、②あくまで、この「一の収用換地等に係る事業」に該当するのは本件事業である、③したがって、平成１９年度の補償金収入は、一つの収用換地等に係る事業における、３年目の物件の移転に対応して得られたものというほかなく、同号によって、同条１項に定める５０００万円の特別控除の適用は排除されるという独自の見解に従って本件更正処分を行った。
しかしながら、本件事業に係る工事は、①平成１７年度に行われる換地先を作るための工事（以下「平成１７年度工事」という。）、②平成１８年度に行われる別紙３（甲６別図Ｉ）○
Ⅰで示される地域の工事（以下「平成１８年度工事」という。）、③平成１
９年度に行われる別紙３○
Ⅱで示される地域の工事（以下「平成１９年度工事」という。）、
④平成２０年度に行われる別紙３○
Ⅲで示される地域の工事（以下「平成２０年度工事」
という。）、⑤平成２２年度に行われる別紙３○
Ⅳで示される地域の工事（以下「平成２
２年度等工事」という。）、⑥平成２３年度に行われる別紙３○
Ⅴで示される地域の工事
の６か年度の工事（以下「平成２３年度工事」という。なお、平成１８年度工事から平成２３年度工事までを併せて「本件各年度工事」という。）に分かれており、原告所有の物件の移転は、別紙３のとおり５段階に分けて行われているが、これらの各工事は、以下のとおり、いずれも、それぞれの工事が、同条３項２号にいう「一の収用換地等に係る事業」に該当するものである。つまり、平成１９年度の補償金収入は、一つの収用換地等に係る事業における初年度の物件移転に対応して得られたものなのである。したがって、同補償金収入については、同号の適用はなく、本件特例に定める５０００万円の特別控除が適用されるものである。
(a) 本件事業に係る区画整理は、Ｌ道路を新設し、また、Ｍ道路、Ｎ道路、Ｏ道路及びＰ道路を拡張するというものである（別紙３（甲６別図Ｉ)、甲７）。
そして、別紙３及び甲８を見れば分かるとおり、従前のＭ道路及びＮ道路には、原告の主要工場設備、事務所建物、２階建倉庫兼食堂棟といった、原告の事業に必須の設備が極めて多数面しているため、道路の拡張工事を行うとなると、これら多くの物件について、移転・除却する必要が生じるところである。その上、移転・除却が必要な物件は、上記物件以外にも存在する。
すなわち、従前道路に面する上記物件は、原告の事業に必須の施設であるため、減歩された原告所有地に移転する必要があるところ、減歩によって面積が狭くなった原告所有地にこれら施設を配置するには、結局、道路に面していない建物施設についても、移転・除却を行って、再度、全施設、特に第一工場について、効率的配置のし直しを行わなければならないのである（甲９）。以上を考慮して、移転・除却が必要な物件を全て列挙すると、甲１０記載のとおりとなる。
これは、本件事業における他の地権者と比較しても、質量ともに段違いに多い。そのため、これらの物件について、同一年内に移転・除却することはおよそ不可能、という事情が、原告所有地である群馬県館林市●●ほか部分の区画整理には存するのである。
(b) 館林市は、本件事業に係る物件の調査や移転工法の調査等を委託されたＧ株式会社が調査の上作成し、館林市に提出した意見書（甲９）に従い、同一年内にできる限りの物件を移転するとともに、その移転による原告の事業への影響を抑えるべく、「最
も問題の少ない地域から道路工事に着手するとともに、順次工事に着手できるよう、翌年度工事を行う予定の箇所の物件を、前年に移転・除去する」という方法に基づいた「地域を区分し、その区分にあわせた年度工事」及び「その年度工事に対応する形での物件の移転・除去作業」の計画が作られた。
(c) 本件各年度工事の性格
本件各年度工事は、甲１４のとおり、各々一定の地域に区分され、全て別の工事業者が、本件事業の施行者である館林市から工事を請け負って行っているものである。そして、６つの年度に分かれる工事となったのは、施行者である館林市が、自身の決定した原告物件の移転工法に基づき、別紙３にあるとおり、○
Ⅰ～○
Ⅴまでの５段階に
分けた物件明渡し計画を決定したためである（甲１５に記載された移転工法の具体的内容に沿って、別紙３及び甲１０のとおり、５段階の物件移転除却計画が策定された。なお、５段階の物件移転計画を６年間かけて行うものとなっているのは、○
Ⅳの段階に
おける物件移転が物理的に１か年で行うことが難しく、２か年で行うこととなったためである）。
(d) 以上のとおり、いずれの工事も、原告が資産の切り売り等を行って、６か年を要する工事となったものではなく、原告所有地及び原告所有地の上に存在する物件の客観的状況という、原告にはいかんともし難い事情、すなわち、Ｍ道路及びＮ道路が、原告工場敷地のど真ん中を十字に分断する形で走っており、その拡張によって、他者と比較にならないほど質量ともに極めて大量の工場設備の移転・除却が必要となること、また、その移転・除却作業と区画整理工事とを最も効率的に行うには、別紙３のとおりの移転計画及び工事を行うことが最適であることという事情が原因となって、地域区分にあわせた年度工事となっているのである。
したがって、どの工事も、前記ａ(a)に措置法６５条の２第３項２号の「事業」の解釈として述べた、同箇所の主張におけるただし書によって排除される工事には該当しないものである。そうすると、本件において、同号の適用があるのか否かというのは、平成１９年度の物件移転除却のもととなった工事について見たときに、同号の適用があるか否か、ということを検証すればよいことになる。
そして、平成１９年度の物件移転除却のもととなった年度工事は、平成２０年度に行われる別紙３○
Ⅲで示される地域の工事である。
そこで、同号の適用があるか否かは、同工事について行われた資産の譲渡が、二以上の年にわたってされているのか否か、ということにかかってくるものである。そして、実際に、かかる工事について行われた資産の譲渡は、平成１９年度における物件移転除却に限られ、二以上の年にわたってされていない。
よって、原告が同年９月１９日に行った物件の移転除却は、同工事のための初年度の移転除却であるから、同年度の物件移転除却に係る補償金収入については、本件特例の適用は排除されず、５０００万円の特別控除の利用が認められるのである。ちなみに、上記結論は、結果として、原告に対して、５０００万円の特別控除を計６回認める内容となるが、本件一連の物件移転の対価補償金の規模が、館林市において前例のない、また、全国的に見ても希少なケースに該当する、実に●円以上という超高額となっていることに照らすと（甲１０）、区画整理の対象となった他の全国の地権者との関係で、何か不平等を生ずるものでもないことは明らかであろう。
以上からすれば、館林税務署長には、上記の日の物件の移転除却につき、本来適用することのできない措置法６５条の２第３項２号を適用し、本件更正処分を行ったという職務行為の誤りが存在する。
ｃ 原告所有地に係る本件各年度工事及び物件移転の計画が、地域区分にあわせた年度工事及びその年度工事に対応する形での物件移転計画となっていることは、館林税務署長が本件各年度工事の経緯等についての綿密な調査を行っていれば容易に判明したことである。そして、かかる事情を把握できていれば、同署長は、本件各年度工事が「一の収用換地等に係る事業」に該当することを容易に認識できていたところなのである。したがって、本件更正処分における措置法６５条の２第３項２号の誤った適用につき、自己の勝手な解釈を行い、かつ、原告に対する税務調査において必要事項を調査しなかったことによって生じていることに鑑みると、館林税務署長は、職務上通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく、漫然と本件更正処分を行ったというほかないものである。したがって、館林税務署長が本件更正処分を行った行為は違法なものといわざるを得ない。
また、同時に、館林税務署長には過失も認められる。
このように、本件更正処分という館林税務署長の違法有過失な行為によって、原告は、１６９９万６０００円の損害を被ったことから、原告は、被告に対し、同額の損害賠償請求を行うものである。
(イ) 本件賦課決定処分の違法性について
仮に、措置法６５条の２第３項２号にいう「一の収用換地等に係る事業」に該当するのは、被告の主張するとおり、あくまでＦ土地区画整理事業（本件事業）に限られ、原告所有地に関して行われた本件各年度工事はこれらには該当せず、本件更正処分が適法であったとしても、以下の理由から、原告には国税通則法６５条４項の「正当な理由」が認められるため、本件賦課決定処分は違法である。
原告は、平成１７年１１月１１日、税務代理を依頼していたＱ公認会計士・税理士（以下「Ｑ税理士」という。）の事務所（以下「Ｑ会計事務所」という。）の従業者を通じてした税務相談（以下「本件税務相談」という。）において、館林税務署法人課税第一部門のＨ上席国税調査官（以下「Ｈ上席」という。）から、５０００万円の特別控除は全体で一度限りしか使えないとの旨を聞き、また、事前に館林市の市役所と本件特例の適用について協議しているはずなので、市役所に行って、再度特別控除の適用について聞き直し、その指導に従って処理するように指導を受けた。
原告が、Ｈ上席の上記指導を受け、館林市職員の指導を仰いだところ、館林市の職員より、本件特例を１回だけは適用できると指導されて、原告は、平成１９年度の補償金について、「収用等の５０００万円控除の特例の適用を受ける場合には、この証明書を確定申告書等に添付して下さい」との記載がされた本件証明書（甲１３）の交付を受けた。以上のとおり、原告は、税務署及び市という公的機関から特別控除の適用ができる旨の指導を受け、かつ、その特別控除を受けるに当たって必要な書類（本件証明書）を市という公的機関から交付されているのであり、これだけ公的機関からのお墨付きを得た原告が、平成１９年９月期の申告に際し、特別控除の適用ができると信じても、そこに原告に責められるべき事由は存在しないといわざるを得ない。
したがって、原告には、国税通則法６５条４項の「正当な理由」が認められるのであって、かかる原告に過少申告加算税を賦課決定することは、法律の要件を欠く、誤った行為となるものである。
そして、館林税務署長がかかる誤った行為を行ったのは、税務調査において、上記事実の有無を精査しなかったからにほかならない。
よって、本件賦課決定処分は、職務上通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく、漫然と行った、違法な職務行為といわざるを得ないものである。
また、同時に館林税務署長には過失も認められる。
このように本件賦課決定処分という館林税務署長の違法有過失な行為によって、原告は１９９万６０００円の損害を被ったことから、原告は、被告に対し、同額の損害賠償請求を行うものである。
イ 被告の主張
(ア) 国賠法１条１項は、国又は公共団体の公権力の行使に当たる公務員が、その職務を行うについて、故意又は過失によって違法に他人に損害を加えたときは、国又は公共団体が、これを賠償する責任を負うことを規定する。
同項の規定により国又は公共団体の責任が認められるためには、①当該行為の主体が、国又は公共団体の公権力の行使に当たる公務員であること、②公務員の職務行為であること、③当該職務行為に違法性があること、④公務員に故意又は過失があること、⑤被害者に損害が発生したこと、⑥公務員の行為と上記損害との間に因果関係が存在することとの全ての要件が充足される必要がある。
そして、当該公務員の職務上の行為が違法であるというためには、当該行為をする公務員が通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく漫然と当該行為をしたと認められる場合に限り違法の評価を受けるものと解されている（最高裁判所平成●●年（○）第●●号、第●●号同５年３月１１日第一小法廷判決・民集４７巻４号２８６３頁等）。
したがって、本件において、処分行政庁である館林税務署長の行為について国賠法１条１項の違法性が認められるか否かについては、まず、館林税務署長の行った本件更正処分等によって、原告の権利及び法律上保護された利益が侵害されたか否か、それが認められるとして、館林税務署長の行った本件更正処分等において、原告に対して職務上の法的義務を負っているか否かが判断されなければならず、さらに、それが認められる場合に、館林税務署長の行った本件更正処分等において、当該職務上の法的義務に違反して、通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく漫然と当該行為をしたと認められるか否かが判断されなければならない。
このように、本件において、国賠法１条１項の違法性が認められるかどうかは、原告の法益侵害の有無及び館林税務署長が原告に対して負担する職務上の法的義務違反の有無により決せられるべきであり、単に、館林税務署長の行った本件更正処分等が違法であることをもって、国賠法１条１項の違法性が認められるわけではないのであるが、この点をおくとしても、以下に述べるとおり、館林税務署長の職務行為に違法性を認めることはできない。
(イ) 本件更正処分は違法ではないこと
ａ 原告の平成１９年９月期の法人税に係る所得の金額及び納付すべき法人税の額は、別紙５のとおりである。これらの額は、本件更正処分に係る所得の金額及び納付すべき法人税の額（ただし、本件異議決定による一部取消し後の額）と同額であるから、本件更正処分は適法である。
ｂ 本件特例及び措置法６５条の２第３項２号の解釈について
本件特例は、資産を収用換地等により譲渡した場合において、その譲渡益の全部について代替資産の圧縮記帳による課税の特例を受けない場合には、その譲渡益の額のうち５０００万円までは、所得の金額の計算上損金の額に算入するという適用要件を定めたものであって、措置法６５条の２第３項２号は、一の収用換地等に係る事業について収用換地等による譲渡が二以上あった場合において、これらの譲渡が二以上の年にわたって行われたときは、最初の年に譲渡された資産以外の資産には特別控除が適用されないという、本件特例の適用除外を規定したものである。
土地収用法その他の法令の規定によって資産の収用等がされ補償金を取得した場合に、その補償金等で収用等がされた資産に代わる資産を取得したときは、措置法６４条ないし６５条により、圧縮記帳の特例を認め、課税を生じないように配慮されているが、さらに、同法６５条の２は、収用事業が公共の福祉に著しく寄与するところであって、その事業の性格上速やかに施行されることが望ましいこと、また、譲渡者にあっては、自己の意思にかかわらず、半ば強制的に収用されるものであることから、これらの事情を考慮して、公共事業者からの買取り申出後６月以内にされる譲渡について、代替資産について圧縮記帳の特例を受けないことを条件として、５０００万円を所得の金額の計算上損金の額に算入するという特別控除の制度を規定したものである。
措置法６５条の２は、土地収用法その他の法令等の規定により資産が収用され、又は換地処分等が行われることにより支払われる補償金等に係る課税上の取扱いを規定するものである以上、ここにいう「事業」とは、土地収用法等における「事業」と同義に解すべきである。したがって、「事業」とは、土地収用法等により国土交通大臣又は都道府県知事が認定した「事業」をいうから、同条３項２号の「一の収用換地等に係る事業」とは、一の事業計画として申請され、国土交通大臣又は都道府県知事が認定した一の事業計画に基づく事業というべきである。そもそも、同号が、「一の収用換地等に係る事業」につき資産の収用換地等による譲渡が二以上あった場合には、最初に譲渡があった年において譲渡された資産以外の資産には特別控除を適用しないと規定していることから明らかなように、施行者の行う「各年度の工事」を基準としてその適用の有無を判断するものではない。ましてや、原告が主張するように、「被収用者による切り売りの結果として、前年度に行えたはずの工事が翌年度以降の工事となった場合、その翌年度以降の工事は除外される」などと解釈することは、同条項の法規の文言から大きくかけ離れるものであり、課税の要件を新たに付加するものに等しく、租税法律主義の原則（憲法８４条）からもおよそ採用することはできない。このことは、収用が絡む一つの事業計画において、事業施行期間及び資金計画を定めて事業計画の認定を受けなければならないこととも符合するといえる。
また、措置法６５条の２は、収用事業が公共の福祉に著しく寄与するところであって、その事業の性格上速やかに施行されることが望ましいこと、また、譲渡者にあっては、自己の意思にかかわらず、半ば強制的に収用されるものであることから、特別控除の制度を規定したものであるところ、資産を分割し、又は数個の資産を別々に譲渡することにより、特別控除を何回も適用できるということになると、せっかく公共事業への譲渡を促進しようとしているのにかえって譲渡を遅らせることになること、特別控除額を年５０００万円に限定してみても、譲渡を分割することにより限度額はないのと同然になるおそれがあること等から、最初に譲渡する年にしたものについてだけこの特別控除の課税の特例を認めることとされていることに鑑みても、同条３項２号の趣旨を「被収用者による切り売りの結果として、前年度に行えたはずの工事が翌年度以降の工事となった場合、その翌年度以降の工事は除外される」ものとするのは原告独自の解釈であって何ら根拠がないから、原告の主張は理由がない。
したがって、「一の収用換地等に係る事業」とは、事業計画ごとに事業認定された一つの事業と解すべきである。
ｃ 本件事業の計画（乙３）は、館林市が昭和●年２月に策定し、同年●月１２日付けで当該事業の認可申請を行い、群馬県知事が同月●日付けで認可したものである。本件事業は、土地区画整理事業として群馬県知事の認可を受けた以後において、事業計画に変更はなく、また、当初の事業計画において地域を区分して年度ごとに別個の事業として事業計画が策定されたことも、その計画に従ってその地域ごとに時期を異にして事業が施行されたなどの事実もない（乙３、甲６)。
本件覚書には、当初から、本件事業である「Ｆ土地区画整理事業」という単一の事業名が明記され、第３条においては移転補償金等の総額が●円であること、第４条においては年度計画（別紙３）により物件の移転を行うこと、第５条においては補償金を１０年間の分割で支払う旨がそれぞれ約定されている。したがって、本件事業は、補償項目別に移転順序を定めていることを考慮したとしても、その全体が「一の収用換地等に係る事業」というべきである。
また、本件覚書によれば、本件事業はＦ土地区画整理事業として、当初から、原告は平成１７年から平成２２年にわたって建築物等を移転し、それに対する補償金を１０年間の分割で受けることとされていた事業であって、すなわち、一の収用換地等に係る事業について、単に本件事業の施行地域内に所在する移転対象物件に係る補償金の支払及び物件の移転等が数年にわたって行われるものにすぎない。また、本件事業のうち、年度ごとに行う工事は、本件事業そのものを第１期工事、第２期工事として区分して計算された上で事業認定を受けたものではなく、「Ｄ株式会社の製造工場は、本社工場のみであり、工場を長期にわたり休止することは、企業そのものに悪影響することにな」る（甲１５）という原告側の事情に配慮し、建築物等の移転工程を区分し、数年に分けて行われた工事にすぎないから、補償項目別に年度ごとに区分された工事をそれぞれ別個の事業として取り扱うことはできない。
さらに、措置法６５条の２第３項２号の趣旨に鑑みれば、措置法通達６５の２－１０（乙１０）に該当する場合以外の場合にまで特別控除の適用を許してしまうと、「一の収用換地等に係る事業」につき５０００万円までの特別控除を認めることとした同条の趣旨を没却することとなるから、この点に関する原告の主張は失当というほかない。
そうすると、原告が平成１９年９月１９日に館林市に対して譲渡した物件は、本件事業につき原告がそれまでに館林市に対して譲渡した資産があることからすれば（乙４、５)、最初に譲渡があった年において譲渡された資産以外の資産に該当するので（同号）、本件特例の適用は否定される。
ｄ Ｇ株式会社は、本件事業により移転対象となる原告の物件の調査を行い、平成９年２月２８日、館林市に対し、その調査に基づいて検討した補償金の概算費用の算定及び移転工法に関する検討の結果を記載した「調査算定報告書」と題する書類（甲１５。以下「本件報告書」という。）を提出した。
本件報告書には、移転工法について、「Ｄ株式会社の製造工場は、本社工場のみであり、工場を長期にわたり休止することは、企業そのものに悪影響することとなり、工場の休止期間を短期間とする方法となる。従って、製造工場の主要な製造機械への影響をさせない方法、及びユーティリィティ機能は生かしながら短期間に繋ぎ変える方法となる」旨と移転工程表による移転の順序及び補償費の概算費用が記載されている。
このように、原告の受領する移転補償金は、本件事業において一の収用換地等に係るものとして算出された上で、移転後の原告の事業継続に負担とならないように定められた移転工程に従い、補償金の支出による館林市の財政上の負担を考慮して、年度ごとに分割して支払われることとされた。
以上のとおり、本件事業のうち、原告が館林市●●外において所有する建築物等に対して行われた移転に係る工事（以下「本件移転工事」という。）は、本件事業そのものを第１期工事、第２期工事と区分して計画され、事業認定を受けたものではなく、「Ｄ株式会社の製造工場は、本社工場のみであり、工場を長期にわたり休止することは、企業そのものに悪影響することにな」るという原告側の事情に配慮し、建築物等の移転工程を区分し、数年に分けて行われた工事にすぎないのであるから、各年度の工事を一つの収用事業とみることはできない。
本件事業は、前記ｃに記載したとおりであり、補償項目別に移転順序を定めていることを考慮したとしても、一つの収用換地等に係る事業というべきである。
以上より、本件事業の全体が措置法６５の２第３項２号に規定する「一の収用換地等に係る事業」に該当することは、明らかである。
ｅ 一の収用換地等に係る事業が、措置法通達６５の２－１０（乙１０）に掲げる場合に該当する場合において、その事業の施行について合理的と認められるときは、地域ごとにそれぞれ別個の事業として、措置法６５条の２第３項２号の規定による特別控除の適用除外から除外されるものとされている。すなわち、収用事業においては、事業の施行地について計画が変更されることがあり、当該変更に伴い拡張された部分の地域についても事業が施行される場合、変更に伴い拡張された部分の地域に対しても特別控除の適用が可能となる（措置法通達６５の２－１０(1))。しかし、事業の施行地の変更に伴ってその施行地が拡大された場合であっても、その計画変更が当初から当然に予測され得るものであるときは、この取扱いの(1)には該当しない。また、措置法通達６５の２－１０の(2)又は(3)に該当する事業の施行は、地域を合理的に区分して行う事業の施行に限られる。例えば、新幹線鉄道の建設事業において、Ａ地点からＢ地点までは甲工事局が担当し、Ｂ地点からＣ地点までは乙工事局が担当して事業を行うという場合は、この取扱いの(2)に該当する。さらに、住宅団地の造成事業において、既設道路から当該団地までの道路の設置を第１期工事として本年度において行い、住宅団地本体の造成を第２期工事として翌年度において行うという場合は、この取扱いの(3)に該当する。しかし、このように地域を区分することなく、同一地域において２以上の事業場が入り乱れて用地の買収を行うとか、同一地域において１期工事と２期工事が施行されるというような場合は、これに該当しないと解されている（乙１１）。
本件事業において、事業の施行地の変更に伴って本件移転工事の施行地が拡大されたことはないから、上記(1)の事情は認められない。また、本件事業において、建築物等が所在する地域を区分して用地買収が行われたものではないから、上記(2)の事情も認められない。さらに、本件事業は、第１期工事、第２期工事と本件移転工事に係る地域を区分して順次用地買収が行われたものではないから、上記(3)の事情も認められない。むしろ、本件移転工事は、同一地域において、工事が施行されている場合であるから、措置法通達６５の２－１０が適用される場面ではなく、措置法６５条の２第３項２号の適用が除外されることはない。
(ウ) 本件賦課決定処分が違法ではないこと
前記(イ)のとおり、本件更正処分は適法であるところ、原告が平成１９年９月期の法人税の更正処分（本件更正処分）により新たに納付すべき法人税の額の計算の基礎となった事実のうち、これらが本件更正処分前における税額の計算の基礎とされていなかったことについては、いずれも国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるとは認められない。
したがって、原告に課されるべき過少申告加算税の額は、同項に基づき、本件更正処分により新たに納付すべきこととなった税額１６５０万円（別紙６・順号⑭（ただし、本件異議決定による一部取消し後の金額から、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。））に１００分の１０を乗じて算出した金額１６５万円と、同法６５条２項の規定により、本件更正処分により新たに納付すべきこととなった税額１６５０万８１００円（ただし、本件異議決定により一部取消し後のもの。）から、期限内申告税額６５８万０３２４円を超える部分に相当する税額９９２万円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に１００分の５の割合を乗じて算出した金額４９万６０００円との合計額である２１４万６０００円となる。
上記金額は、本件賦課決定処分における過少申告加算税の額（ただし、本件異議決定により一部取消し後のもの。）と同額であるから、本件賦課決定処分は適法である。
(エ) 原告の主張に対する反論
ａ 平成１９年９月期に本件特例を適用する余地はないこと
原告は、平成１９年度の物件移転除却のもととなった年度工事は、平成２０年度に行われる地域の工事であり、措置法６５条の２第３項２号の適用があるか否かは、同工事について行われた資産の譲渡が、二以上の年にわたって行われているか否かにあり、かかる工事について行われた資産の譲渡は、平成１９年度における物件移転除却に限られ、二以上の年にわたってされていないから、同年度の物件移転除却に係る補償金収入については、５０００万円の特別控除が適用できると主張する。
しかしながら、平成１９年９月期に行われた本件移転工事は、本件覚書（甲６）の別図Ｉ「移転年度計画」（別紙３）において○
Ⅱと表示されている場所において行われ
たものであり、本件事業に係る本件移転工事の一部である（甲１４）。
そして、本件特例は、最初に譲渡があった年において譲渡された資産以外の資産については、適用することができない。したがって、平成１９年９月期に実施された本件移転工事は、本件特例が適用できる「一の収用換地等に係る事業」に当たらず、原告は、平成１９年９月期において本件特例の適用を受けることはできない。
また、平成１９年９月期に実施された本件移転工事は、本件移転工事の移転工程における他の区分と同様に、本件事業の施行地域と同一の地域内において行われたものであるから、仮に平成１９年９月期の本件移転工事の移転工程が、本件事業における事業計画において第１期工事、第２期工事のように区分されていたとしても、区分された各移転工程は、平成１９年９月期に実施された本件移転工事の地域を初めから区分した上で計画され、当該計画に従って当該地域ごとに時期を異にして事業を施行する場合の区分された地域とは同様には解し得ない。本件事業は、その全体が、同号の「一の収用換地等に係る事業」に該当するものであるから、本件移転工事の移転工程が第１期工事、第２期工事というように区分されていたとしても、当該各区分がそれぞれ同号の「一の収用換地等に係る事業」に当たると解するべきではない。
したがって、平成１９年９月期に実施された本件移転工事は、本件特例が適用できる初年度の工事には当たらないから、原告は、平成１９年９月期において本件特例を適用することはできない。
ｂ また、原告は、措置法６５条の２第３項２号にいう「一の収用換地等に係る事業」を一つの都市計画事業ととらえるのではなく、もう少し小規模な単位の事業ないし工事としてとらえるべきであり、このことは措置法通達６５の２－１０も認めているところ、本件においては、仮換地指定がなされた土地区画整理事業において、移転（除却)対象物件の多さゆえに、その物件移転計画を最適に行うべく地域をうまく区分して、その区分に合わせた年度工事及びその年度工事に対応する形で物件の移転・除却計画が作られているのであるから、各年度の工事それぞれが、同号にいう「一の収用換地等に係る事業」に該当するものである旨主張する。
しかしながら、そもそも、措置法通達６５の２－１０は、公共事業と一口に言っても、その規模、施行の期間、施行の態様等は一様ではなく、公共事業の施行状況によって譲渡を分割して行わなければならない場合があり、画一的に５０００万円の損金算入の特例の適用関係を律してしまうことに問題のある場合が生ずることから、(1)事業の施行地について計画変更があり、当該変更に伴い拡張された部分の地域について事業を施行する場合、(2)公共事業者の事業場が２以上あって、それぞれの事業場ごとに地域を区分して用地買収が行われる場合で、道路や鉄道など場所的延長が非常に長いような事例、(3)事業規模が大きく、施行期間が長い公共事業で、第１期工事、第２期工事と地域を区分して計画され、当該計画に従い、時期を異にして順次用地買収が行われるような場合で、道路、鉄道、港湾等の大規模事業、大住宅団地造成事業等に見受けられる事例の三つの態様を明示して、これらに該当する場合において、その事業の施行につき合理的と認められる事情があるときは、地域ごとにそれぞれ別個の事業として同号の規定を適用するとするものである。ところが、本件事業は、事業の施行地について計画変更は認められず、また、館林市以外の事業場は認められず、さらに、事業計画において、本件事業が第１期工事、第２期工事等と地域を区分して計画が策定されていた事実はないのであるから、措置法通達６５の２－１０に定められた上記(1)ないし(3)のいずれにも該当しないことは明らかである。
このことをおくとしても、措置法通達６５の２－１０において、合理的な事情がある場合に、措置法６５条の２第３項の適用を緩和して、その対象となる事業を拡大していることを根拠として、同項に規定する「事業」を拡大解釈することは許されないというべきである。
なお、本件覚書第４条には、「年度計画（別紙３）に基づき物件移転を実施する。」とあるが、これは、単に補償金を支出する項目ごとに年度を区切り物件移転が行われることを記載するものにすぎない。このように、補償項目別に移転時期を区分しているのは、実際に工事を施工する業者の都合や工事による近隣住民への影響、さらには、館林市の予算の都合など種々の事情に鑑み、補償項目別に年度を区分せざるを得ないことを理由とするものであると考えられる。このように補償項目別に年度を区切った移転計画をもって、各年度の移転計画によるそれぞれの工事が別個の事業といえないことは明らかである。このように、本件事業は、一つの土地区画整理事業であるから、原告の主張は事実関係を無視したものであり失当というほかない。
ｃ さらに、原告は、同一年に移転できる程度の物件しか持たない地権者と原告とでは、移転・除却による被害及び意図せざる補償金収入の金額が大きく異なり、１度だけの特別控除では、受ける被害及び補償金収入の大きさに対して不公平があるとも主張する。
原告が主張する被害がいかなるものか判然としないが、換地処分の対象となった物件の多寡により、特別控除の適用回数を変更する法的根拠はないから、この点についても原告の主張には理由がない。
ｄ なお、原告は、館林税務署長が原告所有地における平成１７年度から平成２２年度までの年度工事等についての年度計画作成の経緯等について綿密な調査を行い、地域区分に合わせた年度工事及びその年度工事に対応する形での物件移転計画となっている事情を把握していれば、同署長は、原告所有地における各年度工事が「一の収用換地等に係る事業」に該当することを容易に認識し得た以上、館林税務署長には調査懈怠の過失がある旨主張する。
館林税務署長は、調査により、必要な資料を収集した上で、適法に本件更正処分を行っているのであるから、同署長に調査懈怠の過失はない。そもそも、原告が、同署長に調査懈怠の過失があるとするのは、調査を行っていれば、各年度工事が「一の土地区画整理事業」であることを容易に認識できたとの主張を前提とするものであって、同署長は調査を行った上で、本件事業を「一の収用換地等に係る事業」と認定したのであるから、原告の主張はその前提において失当である。
(オ) 以上のとおり、館林税務署長は、国税通則法２４条に基づき、原告の平成１９年９月期の法人税の確定申告書に記載された課税標準額等がその調査したところと異なると判断した上で、本件更正処分等を行ったのであるから、本件更正処分等が適法になされたことは明らかであり、同署長の職務上の法的義務に違法性はない。
(2) 館林税務署職員による説明義務の懈怠があったといえるか否か（争点２。第１の１の請求関係）
ア 原告の主張
(ア) 仮に館林税務署長による違法な課税処分が存在しない（平成１７年度工事、平成１８年度工事及び平成１９年度工事がそれぞれ別事業であるということができない）としても、本件では、以下のとおり館林税務署職員による違法な公権力の行使が存在する。すなわち、原告は、措置法６５条の２の適用に関し、平成１７年１１月１１日に、税務代理を依頼していたＱ会計事務所の従業者を通じてＨ上席に本件税務相談をした際、Ｈ上席は、①区画整理は同じ区域内に移動するもので土地収用とは全く別のものであるため、区画整理には物件を買うという考え方がなく、市の方から証明書は出ないが、他方、区画整理の場合も、税務署では収用に準ずるものとして取り扱っている、②５０００万円の特別控除は全体で一度限りしか使えないとした上で、③収用等の相手方に「こういう特例があります、メリットがあります」という話をしないと、なかなか収用等の了解を得られないため、通常、収用等に関する特例の適用について、事前に、市役所と税務署の資産税係との間で協議を行っていることから、市役所に行って再度特別控除の適用について聞き直し、その指導に従って処理するようにとの旨の指導を受けた。
(イ) 上記のとおり、Ｈ上席は、本件特例の適用について、市役所に丸投げしており、その上、唯一行った②の指導も誤ったものであった。
よって、Ｈ上席には、説明義務違反という違法行為及び過失が存在する。
(ウ) 説明義務の懈怠による損害
仮に本件更正処分が違法ではないとしても、原告は、上記(イ)で述べたＨ上席の説明義務の懈怠によって、平成１９年度工事に係る資産の譲渡につき本件特例の適用があるとの認識で平成１９年９月期の申告まで推移することになり、その結果、５０００万円の損金算入の機会を失って、１５００万円分の余計な税金の納付を余儀なくされ、また、５０００万円の損金算入が許されないことに気付かないまま、平成１９年９月期の確定申告において５０００万円の損金算入を行う申請をしてしまい、その結果、１９９万６０００円分の過少申告加算税の納付を余儀なくされた。
(エ) なお、被告は、国賠法上の違法となるには、国民の権利ないし法律上保護された利益が侵害されたことが必要という、極めて失当な違法性概念を採用し、その失当な違法性概念を最高裁判所が認めたかのように判例引用している。
しかし、引用の最高裁判所の判決が述べているのは、あくまで、当該行為をする公務員が職務上通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく漫然と当該行為をしたと認め得るような事情がある場合に限り違法の評価を受けるという、いわゆる職務行為基準説の話だけで、違法性認定に当たって権利侵害等も要件となるなどとは言っていないことから注意が必要である。国賠法１条１項にいう「違法に」との認定を行うに当たって国民の権利ないし法律上保護された利益の侵害が必要とはならないことは、同法が民法７０９条などとは異なり「違法に」との文言を採用したこと、また、同文言を採用するに当たっての同法の立法の経緯をみれば明らかである。
したがって、国賠法１条１項において「違法」となるのは、当該行為をする公務員が、職務上通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく、漫然と当該行為をしたと認め得るような事情がある場合であり、これで必要にして十分である。
(オ) 被告の主張に対する反論
ａ 被告は、Ｈ上席の指導はあくまで行政サービスにすぎないから、Ｈ上席の説明義務の懈怠と原告の損害との間には因果関係がない旨を主張する。
しかし、一般に、国民の公務員への信頼は絶大である。特に税の世界では、一般的な傾向として、納税者は、税理士が言ったことよりも税務署職員の言ったことの方を信頼し、また、税理士も、税務署の職員が言ったことを信頼するという傾向が顕著に見て取れるものである。
そのため、税務署職員の指導がなく、単に自身で判断しただけであれば、確定申告後に、再度検証してみて、過少申告加算税の賦課決定が免除される自主的修正申告（国税通則法６５条５項）を行う可能性も存在するといえようが、税務署職員の指導に従った場合、納税者はまさかそれが間違っているなどと夢にも思わないため、かかる自主的修正申告を行う可能性も、絶無というほかないのである。
したがって、Ｈ上席の説明義務の懈怠と、誤った確定申告との間の因果関係を否定するのは、あまりに社会通念に反しているといわざるを得ないのである。
ｂ 税務署職員が行う税務相談は、あくまで行政サービスであり、申告納税制度の下、確定申告は、納税者の判断で行うものであるとの指摘は、過失相殺における納税者側の問題として処理するべきというべきであろう。そして、原告が平成１９年度において本件特例を利用できるものと誤信して申告を行ったのは、専らＨ上席の説明義務の懈怠によるものであることからすれば、原告には平成１９年度の申告に当たって過失相殺の対象となるような過失は存在しない。仮に原告に過失があったとしても、その過失の程度は極めて軽微なものである。
イ 被告の主張
(ア) 本件税務相談に係るＨ上席の対応は、以下のとおりである。
平成１７年１１月頃、Ｈ上席は、原告の税務代理人であるＱ税理士から、電話で、土地区画整理事業による建築物等の移転補償を受領した場合の課税の特例の有無について質問を受けた。これに対して、Ｈ上席は、土地区画整理事業により建築物を取り壊した場合に受け取る補償金は対価補償とみなされ、収用等の場合と同様に課税の特例があること、移転雑費や営業補償等は経費補償となり課税の特例に該当しないので、税務署では、施行者から交付を受けた証明書の内容を見て判断すること、及び、証明書については、土地収用法に基づく証明書は出ないが、これに準じた（土地区画整理法による）証明書が発行されること等の旨を説明した（乙９）。
上記電話での相談後、公図と契約書と思われる書類を持参した男性が館林税務署の窓口を訪れ、Ｈ上席が応対した。相談の内容は、原告の平成１７年９月期に係る土地区画整理事業による建築物等の移転補償に関するものであった。
Ｈ上席は、①工場等の建物を取り壊して受け取る補償金には、土地収用法による収用と同様に本件特例の適用があること、②本件特例の適用は、同一事業に係る譲渡が二以上の年に渡ってされたときには、初年度にのみ適用できること、③本件特例を受けるためには施行者から交付を受ける証明書の添付が必要であるので市役所ヘ行って相談する必要があること、④証明書については、土地収用法による収用でないため、これに準じた（土地区画整理法による）証明書が発行されることなどを、手引書を用いて説明した（乙９）。以上のとおり、Ｈ上席の一連の対応の態様については、税務署職員として職務上通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく漫然と当該行為をしたとは認められない。
したがって、Ｈ上席の職務行為に違法性があったとはいえない。
(イ) 仮に原告の主張するとおり、Ｈ上席に説明義務の懈怠があったとしても、次に述べるとおり、そのことから直ちに、原告の権利及び法律上保護された利益が侵害されたと評価することはできない。
そもそも、申告納税制度の下では、税の確定申告は、納税者が自己の判断と責任で行うことが義務付けられている（国税通則法１７条等）。そして、税務相談における税務署職員による回答は、飽くまでこのような納税者の申告の補助としてその便宜に資するため、納税者が申し立てた範囲での事実関係に基づいて、納税申告する際の参考意見を提供する純然たる行政サービスにすぎず、何らかの法的効果が伴うものではない。
このように、税務相談は、納税者の便宜のため、行政サービスの一環として、納税者において納税申告等をする際の参考とするために、税務署職員が各自の有する知識を前提として、一応の判断を示すにすぎないものであって、税務官庁の公的見解とはいえない。仮に、その相談が課税に関わる個別具体的なものであったとしても、その助言内容どおりの納税申告をした場合には、その申告内容を是認することまでを何ら意味するものではなく、最終的にいかなる納税申告をすべきかは納税義務者の判断と責任に任されているのである（東京高等裁判所平成３年６月６日判決・訟務月報３８巻５号８７８頁等）から、仮に税務署職員による誤指導や説明義務の懈怠たる過失があったとしても、そのことから直ちに原告の権利及び法律上保護された利益を侵害したことにはならないというべきである。
(3) 本件更正処分等は無効であるといえるか（争点３。第１の２の請求関係）
ア 原告の主張
上記(1)アで述べたとおり、原告の平成１９年度の補償金収入につき、措置法６５条の２第３項２号の適用はなく、平成１９年９月期の原告の所得計算においては、同条１項によって５０００万円の特別控除が認められるにもかかわらず、館林税務署長はこれを怠って本件更正処分等を行った。
そして、かかる違法な処分は、同条３項２号や原告所有地で行われている区画整理事業に関する年度工事等について、通常の調査をしていれば、十分防ぐことが可能であったのであって、かかる処分の違法性は極めて重大というほかない。
また、仮に、平成１９年９月１９日の物件移転・除却につき同号の適用があるとしても、原告には、上記(2)アで述べたとおり、国税通則法６５条４項の正当な理由が存在するものである。そして、かかる正当な理由の存在は、原告が税務代理を依頼していたＱ会計事務所の従業者が館林税務署を訪れて本件税務相談をした際に指導を受けていることからして、きちんとした税務調査を行っていれば、館林税務署長は容易に把握できたものであって、本件賦課決定処分を行ったその違法性は極めて重大といわざるを得ない。
よって、本件賦課決定処分は無効な処分である。
以上より、被告には、１６９９万６０００円の利得を保持する法律上の原因はない。
イ 被告の主張
原告が求める不当利得返還請求は、国税通則法５６条に規定する過誤納金の還付請求に基づくものであると思料されるところ、課税処分等に基づき納付された租税は、仮に当該課税処分等が違法であっても、当該課税処分等が取り消されるか無効でない限り、不当利得又は過誤納金とならないと解されている。本件においては、本件更正処分等の後、原告の法人税額を減少させる減額更正処分をした事実や本件更正処分等を取り消した事実はなく、また、平成１９年９月期に実施された本件移転工事につき、本件特例を適用することはできないとした本件更正処分等は適法なものであるから、館林税務署長が本件更正処分につき本件特例を適用しなかったことには重大な瑕疵がないことは明らかである。
(4) 平成１７年９月期の所得の金額の計算上５０００万円の損金の算入がされなければならなかったといえるか（争点４。第１の３の請求関係）
ア 原告の主張
(ア) 原告は、平成１７年９月期に行った資産の譲渡に関し、措置法６４条、６４条の２及び６５条に定められた圧縮記帳を行っていない。そして、本件特例上、収用換地等により取得した補償金等又は交換取得資産について圧縮記帳を行っていない場合には、５０００万円損金算入が自動確定する旨定められている。
すなわち、本件特例において、「損金の額に算入できる」ではなく、「・・・第６４条から前条までの規定の適用を受けないときは、・・・当該譲渡の日を含む事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する」と規定されているのである。
したがって、原告の平成１７年９月期に行った資産の譲渡等によって、原告の所得の計算に際し、自動的に５０００万円が損金に算入されるのである。
(イ) 原告が平成１７年９月期に行った資産の譲渡につき、５０００万円の損金算入がされなければならないにもかかわらず、かかる損金算入は行われないままであった。そのため、被告は、平成１９年１１月３０日に平成１９年度分の法人税として６１９万７６００円の納付を、また、平成２０年５月３０日に平成２０年度分の法人税の中間納付として３０９万８７００円の納付を、さらに、平成２０年１２月１日に上記の中間納付分では不足する平成２０年度分の法人税として１７２９万２０００円の納付を原告から受けることとなり、結果として、平成１９年１１月３０日納付分６１９万７６００円、平成２０年５月３０日納付分３０９万８７００円及び平成２０年１２月１日納付分のうち５７０万３７００円の合計１５００万円を、法律上の原因なく利得することとなった。
(ウ) 原告が平成１７年９月期の確定申告書に措置法６５条の２第４項（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）規定の書面の添付を行えなかったのは、Ｈ上席による「全体で一度限りしか使えない」との誤った指導及び「市役所の指導に従って処理するように」という無責任な指導という説明義務の懈怠というべき違法行為に起因するもので、これは同条５項（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）の「やむを得ない事情」に該当するものである。
したがって、かかる添付書面の漏れという事実を被告が主張し、措置法６５条の２第４項の要件の欠如をいうことは、信義則上許されないものといわなければならない。
(エ)ａ法人税法５７条１項の規定による繰越欠損金と本件特例と両方の適用がある場合には、先に繰越欠損金を利用した上で本件特例を適用するとの法適用の順序であるべきである。これを言葉を換えて言うと、法人税法５７条１項ただし書で規定された「本文の規定を適用（中略）しないものとして計算した場合」にいう「計算」に、本件特例の適用による損金の算入の計算は含まれないというべきである。
仮に同ただし書にいう「計算」に本件特例の適用による損金の算入の計算が含まれると解してしまうと、「当該事業年度で利用期限を迎える未処理の欠損金の金額」が、「法人税法５７条１項本文及び本件特例の適用がないものとして計算した所得の金額」より大きくなっているという法人について不都合が生じる。上記のような解釈を採った場合、かかる法人の所得金額は、本件特例の適用があろうとなかろうと、いずれにせよ「ゼロ」で変わらなくなってしまい、当該法人が本件特例の適用による特別控除によって恩恵を受けるということが実質的になくなってしまうからである。収用換地等によって益金が生じたという事態は同じであるにもかかわらず、かたや、特別控除による恩恵をきちんと受けられる法人と特別控除による恩恵を受けられない法人という形で差が生じるのは、課税の公平性を欠くものとして、到底許されるものではない。
したがって、課税の公平性を担保するためには、法人税法５７条１項ただし書で規定された「本文の規定を適用（中略）しないものとして計算した場合」にいう「計算」について、先に述べたように解釈するほかない。
ｂ 本件特例の適用による損金の算入の計算は法人税法５７条１項ただし書にいう「計算」に含まれないという解釈は、本件特例の適用のある法人全てに対し、一律公平に特別控除の実質的な恩恵を与える解釈である。
特に、「当該事業年度で利用期限を迎える未処理の欠損金の金額」が、「法人税法５７条１項本文及び本件特例の適用がないものとして計算した所得の金額」より大きくなっている法人においては、かかる解釈によって、翌事業年度以降に利用できる欠損金の量が増えるため、資産譲渡に協力するメリットが大きい。
このように、上記解釈は、収用換地等の対象となる法人に対し、円滑な資産譲渡に向けたインセンティブを与えるものとして、本件特例の趣旨である、収用換地等に係る資産の円滑な譲渡の促進ということにも合致する、極めて合理的なものである。
イ 被告の主張
(ア) 本件特例の適用については、「確定申告書等にこれらの規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書及びこれらの規定の適用を受けようとする資産につき公共事業施行者から交付を受けた前項の買取り等の申出があったことを証する書類その他の財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。」（措置法６５条の２第４項）と規定されているところ、原告の平成１７年９月期の法人税の確定申告書には、損金の額に算入される金額の計算に関する明細書及びこれらの規定の適用を受けようとする資産につき公共事業施行者から交付を受けた買取り等の申出があったことを証する書類（公共事業用資産の買取り等の申出証明書など）その他の財務省令で定める書類の添付などは一切無かったのであるから、本件特例を適用することはできない。また、原告が主張するように、平成１９年９月期の所得の金額の計算上、自動的に本件特例が適用され、５０００万円が損金の額に算入されるとする法律上の根拠はない。したがって、同年９月２７日付けの資産の譲渡について、同年９月期の所得の金額の計算上、自動的に本件特例が適用され５０００万円が損金の額に算入されるとする原告の主張には理由がない。
(イ) これに対して、原告は、平成１７年９月期に行った資産の譲渡等につき、５０００万円の損金算入を受けるために必要な措置法６５条の２第４項に定める書類の添付がないことは、課税庁職員による誤った、かつ、無責任な指導、すなわち、説明義務違反に該当する課税庁職員の違法な行為に起因するものである以上、かかる添付書面の漏れを、被告の利得に対して法律上の原因を付与するものということは、信義則上許されないと主張する。すなわち、原告は、措置法６５条の２第５項において、「税務署長は、前項の記載又は添付がない確定申告書等の提出があった場合においても、その記載又は添付がなかったことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類並びに同項の明細書及び財務省令で定める書類の提出があった場合に限り、第１項又は第２項の規定を適用することができる。」と規定されていることを根拠として、課税庁職員の誤った指導及び無責任な指導を信じて行った原告の行為には、同項の規定する「やむを得ない事情」があると認められるから、原告には本件特例が適用されると主張するもののようである。しかしながら、「やむを得ない事情」とは、自然的災害、人為的災害、交通途絶等の客観的に見て本人の責めに帰すことのできない事情をいうものと解され、個人的な事情はこれに該当しないというべきところ（大阪地方裁判所平成５年１０月２９日判決・税務訴訟資料１９９号７５２頁）、申告納税制度の下では、税務相談が課税に関わる個別具体的なものであったとしても、その助言内容どおりの納税申告をするか否かは、納税義務者の判断と責任において行うことが義務付けられており、税務相談が、納税者の便宜を図る行政サービスの一環として、納税者において納税申告等をする際の参考とするために、税務署職員が各自の有する知識を前提として一応の判断を示すにすぎないものである以上、仮に、税務署職員による誤った指導や説明義務の懈怠たる過失があったとしても、このことが同項に定める「やむを得ない事情」に該当するものではないというべきである。
そして、Ｈ上席の職務行為に違法性は認められない上、誤った指導を行った事実もないから、そもそも、原告が平成１７年９月期の法人税の確定申告書に本件特例の適用を受けるために確定申告書に必要事項を記載又は書類を添付しなかったことについて、やむを得ない事情があると認めることはできない。
さらに、原告は、館林税務署長が本件更正処分等を行った後においても、平成１７年９月２７日に譲渡した資産につき、同年９月期の法人税の確定申告書等に添付されるべきであったその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書及びこれらの規定の適用を受けようとする資産につき公共事業施行者から交付を受けた買取り等の申出があったことを証する書類その他の財務省令で定める書類を提出することすらしていないのであるから、原告の主張は、その前提において失当である。
(ウ) 原告の主張について、Ｑ会計事務所の従業者が本件特例の適用についてＨ上席に本件税務相談を行ったところ、Ｈ上席の違法な行為に起因して、原告は確定申告書に本件特例の適用を受けるための書類の添付をすることができなかったのであり、Ｈ上席の指導は、租税行政庁が納税者に対し信頼の対象となる公の見解を表示したことに当たるものであるから、館林税務署長が平成１７年９月期の所得の金額の計算上本件特例の適用をしないことは、信義則に反する旨主張するものと解したとしても、次のとおり原告の主張には理由がない。
すなわち、租税法規に適合する課税処分について、法の一般原理である信義則の法理の適用により、同課税処分を違法なものとして取り消すことができる場合があるとしても、租税法律主義の原則が貫かれるべき租税法律関係においては、同法理の適用については慎重でなければならず、租税法規の適用における納税者間の平等、公平という要請を犠牲にしてもなお当該課税処分に係る課税を免れしめて納税者の信頼を保護しなければ正義に反するといえるような特別の事情が存する場合に、初めて同法理の適用の是非を考えるべきものである。そして、このような特別の事情が存するかどうかの判断に当たっては、少なくとも、①税務官庁が納税者に対し、信頼の対象となる公的見解を表示したこと、②納税者がその表示を信頼し、その信頼に基づいて行動したところ、後にその表示に反する課税処分が行なわれ、そのために納税者が経済的不利益を受けることになったものであること、③納税者が公的見解の表示を信頼し、それに基づいて行動したことについて、納税者の責めに帰すべき事由がないことが必要であると解されている（最高裁判所昭和●●（○○）第●●号同６２年１０月３０日第三小法廷判決・裁判集民事１５２号１２１頁参照）。そして、申告納税制度の下において、納税者はもともと自己の責任と判断の下に行動すべきものであることからすれば、信頼の対象となる公の見解の表示であるというためには、少なくとも、一定の責任ある立場の者の正式の見解の表示のみが信頼の対象となると考えられており（名古屋地方裁判所平成２年５月１８日判決・訟務月報３７巻１号１６０頁）、納税相談における税務署職員の助言に反する課税処分がされたとしても、税務相談の助言が税務署長等の権限のある者の公式の見解の表明と受け取れるような特段の事情がない限り、ここにいう公の見解に当たらないから、信義則の法理の適用がないとされている（東京高等裁判所平成３年６月６日・訟務月報３８巻５号８７８頁）。
これを本件についてみると、Ｈ上席の行った本件税務相談は、納税者の便宜のため、行政サービスの一環として、納税者において納税申告等をする際の参考となるように、税務署職員各自が有する知識を前提として、一応の判断を示したものにすぎないのであって、税務官庁が公式の見解を表明したことにはならないから、信義則の法理の適用がないことは明らかである。
なお、Ｈ上席が誤った指導をした事実はなく、説明義務の懈怠等その職務行為に違法性は認められないから、そもそも本件に信義則が適用されることはない。
(エ) 法人税法５７条１項ただし書の「計算した場合」にいう「計算」とは、本件特例を適用しないものであると解釈することはできないこと
法人税法５７条１項は、確定申告書を提出する内国法人の各事業年度開始の日前７年以内に開始した事業年度において生じた欠損金額（一定のものを除く。）がある場合には、当該欠損金額に相当する金額は、当該各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する旨規定する。そして、同項ただし書は、「当該欠損金額に相当する金額が当該欠損金額につき本文の規定を適用せず、かつ、第６２条の５第５項（現物分配による資産の譲渡）の規定を適用しないものとして計算した場合における当該各事業年度の所得の金額（括弧内省略）を超える場合は、その超える部分の金額については、この限りでない。」と規定し、所得の金額の計算上損金の額に算入されて、所得から控除される金額は、欠損金額が損金の額に算入される各事業年度の所得の金額を限度とすることを明らかにしている。これは、仮にこの限度がないとすると、その損金算入によってその事業年度の所得の金額を超える部分の欠損金額を、その損金の額に算入された事業年度において新たに生じた欠損金額として、さらに７年間の繰越控除が行われることになり、繰越控除を７年に制限した趣旨が失われることになるからである（武田昌輔監修「ＤＨＣコンメンタール法人税法」３４５９の２頁）。
この点、原告は、「特別控除の規定による恩恵を受けられない法人、という形で差が生じるのは、課税の公平性を欠く」とか、「収用換地等に係る資産の円滑な譲渡の促進」になるから、本件特例に規定する特別控除に基づく損金算入計算は、法人税法５７条１項ただし書に規定する「本文の規定を適用（中略）しないものとして計算した場合」にいう「計算」に該当しないと解釈すべき旨主張する。
しかしながら、原告の主張は、繰越欠損金を多額に保有する原告が、措置法６５条の２に規定する恩恵を受けられないことが課税の公平性を欠くとか、原告のように解釈した方が原告にとって有利となるから、それが措置法の趣旨に沿うなどとるる述べているものにすぎない。原告のように解釈することは、本件特例に規定する特別控除に相当する額を、所得の金額の計算上、損金の額に算入することなく計算することによって、その事業年度の所得の金額を超える部分の欠損金額を、その損金の額に算入された事業年度において新たに生じた欠損金額として、更に７年間の繰越控除することを認めることとなり、まさに、法人税法５７条１項ただし書に規定した、欠損金額の繰越しを７年間に制限したことの趣旨を失わせ、ひいては課税の公平性を欠く事態を招くことになるから、原告の主張は自己に都合良く解釈するものであって、失当である。
更に言えば、同項ただし書の規定の文理上、原告が主張する上記のような解釈を導くことは到底不可能である。すなわち、同項ただし書は、「計算した場合」について、「当該欠損金額につき本文の規定を適用せず、かつ、第６２条の５第５項(現物分配による資産の譲渡)の規定を適用しないもの」であることを明記しながら、本件特例を適用しないことについては何ら規定していないのであり、このことからすれば、原告の主張する上記のような解釈は、同条項の文理上、何の根拠もなく、租税法規を正解しないものであるといわざるを得ないから、およそ採用することはできない。
したがって、本件特例に規定する特別控除に基づく損金算入計算は、法人税法５７条１項ただし書に規定する「本文の規定を適用（中略）しないものとして計算した場合」にいう「計算」に該当しないと解することができないことは明らかである。
以上のとおり、原告の平成１７年９月期の所得の金額の計算上、本件特例を適用することはできず、これを根拠として、原告が納付した法人税相当額を国が得たことにつき、法律上の原因がないとする原告の主張は理由がない。
(5) 本件賦課決定処分に基づき納付された過少申告加算税のうち１９９万６０００円は法律上の原因なく保持されているものといえるか（争点５。第１の４の請求関係）
ア 原告の主張
補償金収入に対する本件特例の適用による５０００万円の特別控除につき、原告は、税務代理を依頼していたＱ会計事務所の従業者を通じて、本件税務相談の際に、館林税務署のＨ上席から、「全体で一度」使えるとの指導、また、「市役所の指導に従って処理するように」との指導を受けた。そして、Ｈ上席の上記指導に従い、原告が館林市役所に処理を尋ねたところ、館林市Ｉ係長から、１回は特別控除が使えるとの指導を受けたのである。その上、原告は、一度も使用していなかった上記の特別控除を、平成１９年９月１９日になされた補償について用いるべく、館林市に対し、買取り等の申出があったこと及び買取り等を行ったことを証する証明書の交付を求めたところ、「収用等の５０００万円控除の特例の適用を受ける場合には、この証明書を確定申告書等に添付してください」との文言が入った本件証明書（甲１３）を取得したのである。
これだけ公的機関からのお墨付きを得た原告からすると、上記の日になされた補償について、本件特例の適用があると考えてもやむを得ず、原告には国税通則法６５条４項の「正当な理由」が認められるものである。
よって、平成２１年３月２７日に賦課決定された過少申告加算税について受けた納付分のうち、本件特例に規定する部分に関する１９９万６０００円部分については「正当な理由なく」との要件を満たさない以上、被告は、原告から法律上の原因なく利得を受けているものである。
イ 被告の主張
過少申告加算税は、期限内申告書が提出された場合において、修正申告又は更正がされ、当初の申告税額が結果的に過少になったときに納税者に課される増差税額の１０パーセント又は１５パーセントの金額に相当する金額である（国税通則法６５条１項及び２項）。この過少申告加算税については、「過少申告による納税義務違反の事実があれば、原則としてその違反者に対し課されるものであり、これによって、当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする行政上の措置である。」（最高裁判所平成●●年（○）第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁（以下「最高裁平成１８年４月２０日判決」という。）及び最高裁判所平成●●年（○○）第●●号、第●●号同１８年４月２５日第三小法廷判決・民集６０巻４号１７２８頁（以下「最高裁平成１８年４月２５日判決」という。））と解されている。
そして、国税通則法６５条４項は、「第１項又は第２項に規定する納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちにその修正申告又は更正前の税額（還付金の額に相当する税額を含む。）の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、これらの項に規定する納付すべき税額からその正当な理由があると認められる事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除して、これらの項の規定を適用する。」と規定している。
この「正当な理由」について、最高裁平成１８年４月２０日判決及び最高裁平成１８年４月２５日判決は、「過少申告加算税の上記の趣旨に照らせば、同項にいう『正当な理由があると認められる』場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、上記のような過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である。」旨判示している。さらに、東京地方裁判所平成８年１１月２１日判決・税務訴訟資料２２１号４３３頁は、「過少に税額を申告したことが納税者の責めに帰することができない客観的な障害に起因する場合など、当該申告が真にやむを得ない理由によるものであり、納税者に過少申告加算税を課すことが不当若しくは酷になる場合を意味するものであって、その過少申告が納税者の税法の不知又は誤解であるとか、納税者の単なる主観的な事情に基づくような場合までを含むものでないと解するのが相当」であるとしている（その控訴審東京高等裁判所平成９年５月２１日判決・税務訴訟資料２２３号８０９頁及びその上告審最高裁判所平成●●年（○）第●●号同１０年６月２２日第二小法廷判決・税務訴訟資料２３２号６７７頁。その他、同旨のものとして、浦和地方裁判所昭和６３年１２月１９日判決・行政事件裁判例集４０巻１１・１２号１７２１頁及びその控訴審東京高等裁判所平成元年１１月３０日判決・行政事件裁判例集同号１７１２頁）。
このように、国税通則法６５条４項の「正当な理由」とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうのであり、納税者側の主観的な事情、法の不知や解釈の誤りは含まれないと解されるところ、本件税務相談が原告の平成１９年９月期の法人税の確定申告に法的効果が及ぶものではないし、また、本件税務相談においてＨ上席が原告の主張するような指導をした事実もない。
また、市役所の職員から証明書を取得したとの原告の主張の趣旨は必ずしも明らかではないが、本件証明書（甲１３）は、原告が館林市に対して平成１９年９月１９日に買取り等の申出をした資産について館林市役所が発行した証明書であって、平成１９年９月期の法人税の申告に当たって、本件特例が適用できることを保証するものではない上、仮に館林市役所の職員の指導に誤りがあったとしても、そのことは原告の法人税の確定申告に法的効果を及ぼすものではないから、いずれにしても原告に国税通則法６５条４項の正当な理由があるとは認められない。
以上により、原告の平成１９年９月期の確定申告において、過少申告となったことについて正当な理由があるとは認められず、これを根拠として、原告が納付した過少申告加算税相当額である１９９万６０００円を国が得たことにつき法律上の原因がないとする原告の主張は理由がない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（館林税務署長による本件更正処分等が違法であったか否か）について（第１の１の請求関係）
(1) 国賠法１条１項は、国又は公共団体の公権力の行使に当たる公務員が個別の国民に対して負担する職務上の法的義務に違背して当該国民に損害を与えたときに、国又は公共団体がこれを賠償する責に任ずることを規定するものであり、公務員の行為が同項の適用上違法というべきものに当たるか否かは、当該公務員が個別の国民に対して負担する職務上の義務に違背したか否かによって判断されることになる（最高裁判所昭和●●年（○○）第●●号同６０年１１月２１日第一小法廷判決・民集３９巻７号１５１２頁等参照）のであって、当該公務員が職務上通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく、漫然と当該行為をしたと認め得るような事情がある場合に限り、上記の違法の評価を受けると解すべきである（前掲最高裁判所平成５年３月１１日第一小法廷判決参照）。
(2) まず、本件更正処分が館林税務署長の職務上の義務に違背してされたものであるといえるか否かについて検討する。
ア 本件特例ついて規定する措置法６５条の２第１項は、収用換地等に係る事業が公共の福祉に寄与するところが大きいもので、その性格上速やかに施行されることが望ましく、また、収用換地等による資産の譲渡が強制的な性質を帯びるものである等の事情を考慮して、資産の収用換地等により法人が取得した補償金等又は交換取得資産について、同法６４条等の規定による他の特例の適用を受けず、かつ、当該資産の収用換地等による譲渡が公共事業施行者による当該資産の買取り等の申出があった日から６か月以内にされること（同法６５条の２第３項１号）を条件に、当該譲渡（上記の買取り等の申出に応じてのものを含む。）の日を含む事業年度の所得の金額の計算上、５０００万円を限度として損金の額に算入することを認め、もって、当該事業のための資産の譲渡を促進する趣旨のものと解される。ところで、同条３項２号は、一の収用換地等に係る事業について資産の収用換地等による譲渡が二以上あった場合において、これらの譲渡が二以上の年にわたってされたときは、その譲渡された資産のうち最初の年に譲渡された資産以外の資産については、本件特例は適用されない旨を規定するところ、同規定は、特定の法人につき収用換地等に係る事業についての収用換地等による資産の譲渡が複数の年にわたって複数の資産を対象にされることがあることを前提に、資産を分割して譲渡し、又は数個の資産を別々に譲渡することにより本件特例の適用を受けることができるということになると、当該事業のための資産の譲渡をかえって遅らせることになるおそれがあり、特別控除の限度額を設けた趣旨を失わせるおそれもあることから、最初にそのような譲渡があった年において譲渡された資産についてだけ本件特例の適用を認めることとしたものと解される。
そして、同号にいう「一の収用換地等に係る事業」については、同条１項の「収用換地等」の内容を成す同法６４条１項の「収用等」及び同法６５条１項の「換地処分等」の定義の内容や、本件事業におけるように市町村が施行者として土地区画整理法の規定により施行する土地区画整理事業にあっては、施行者である市町村が事業計画を定めた上でそれにおいて定める設計の概要について都道府県知事の認可を受けるべきものとされ（同法５２条１項）、当該認可をもって、道路その他の都市計画施設の整備に関する都市計画事業の施行に係る都市計画法５９条１項に規定する認可とみなすとされる（土地区画整理法５２条２項）とともに、これをもって、土地収用法３条各号の一に規定する事業に該当するものとみなされる当該事業についての同法２０条の規定による事業の認定に代えるとされている（都市計画法７０条１項）ことのほか、換地処分は換地計画の区域の全部について土地区画整理事業の工事がされた後においてするものとされていること（土地区画整理法１０３条１項）等に照らすと、少なくとも市町村が施行する土地区画整理事業においては、基本的に、同法５２条１項の認可に係る事業をもって、措置法６５条の２第３項２号にいう「一の収用換地等に係る事業」に当たると解するのが相当である。以上と異なる前提に立つ原告の主張は、採用することができない。
イ 本件事業については、前提事実(1)ないし(3)のとおり、①昭和●年に「Ｆ土地区画整理事業」という単一の事業の名称のものとして認可され、その施行地区が事業計画又は施行規程において工区に分けられたことや、施行地区を地域を区分して計画され当該計画に従って当該地域ごとに時期を異にして事業を施行することとされていたことはうかがわれず（乙３、弁論の全趣旨）、②原告と館林市との間における平成１７年９月１６日付けの本件覚書は、単一とされる本件事業の執行に先立つものとして作成されたもので、③本件覚書においては、㋐館林市が平成８年に行った実地調査に基づき認定した移転工法を採ることを前提とした上で、物件移転補償金が別紙２のとおり総額で●円となること、㋑年度計画（別紙３)に基づき６年間に５段階に分けて原告の所有する土地に存する建築物等の移転を実施すること、㋒上記㋐の物件移転補償金は別紙４のとおり１０年の分割で支払われることが内容とされており、④平成１７年から平成１９年にかけて、原告は、館林市の認定した移転工法に従い、その所有する土地に存する建築物等を移転させ、それに伴う補償金の支払を受けていたものである。
そして、館林市の認定した上記の移転工法については、証拠（甲９、１５）及び弁論の全趣旨によれば、Ｇ株式会社が平成８年１２月１９日に受けた依頼につき平成９年２月２８日に館林市に対して提出した本件事業に係る移転補償調査業務委託に基づく報告書において、原告の製造工場は本社工場のみであるから、工場全体の稼働に影響するユーティリティ機能及び工場生産設備をいかしながらその第一工場区域を中心として移転の計画をすることより、従前機能の回復をすることが妥当な方法と判断する旨の報告がされたこと等を受けて、本件覚書の定めるような移転工法及び物件移転補償金の支払の方法が選択されたものと認められる。
上記の事情からすれば、本件事業の事業計画が定められた時点においては、本件事業は単一の事業として想定されていたのであり、その後に本件事業の事業計画が変更された等の事情の存在をうかがわせる証拠は見当たらず、原告の所有する土地に存する建築物等の移転については、本件事業の施行地区内の道路の整備に関する工事の施行に伴う原告の事業の継続等への影響等を考慮した上で、複数年に分けて順次そのための手順を踏むことが合意されたもので、移転に要するとされる期間と物件移転補償金の支払の期間が対応していないこと等からも明らかなように、各年の建築物等の移転又は工事の施行ごとに実質的に別個の事業と見るべき事情は格別存しないのであって、本件事業については、前記アに述べたように、それをもって措置法６５条の２第３項２号にいう「一の収用換地等に係る事業」に該当すると解するのが相当である。
なお、措置法通達６５の２－１０(3)は、「事業が１期工事、２期工事等と地域を区分して計画されており、当該計画に従って当該地域ごとに時期を異にして事業を施行する場合」は当該区分された地域ごとに別個の事業として同号の規定を適用するものとしているが、これは、事業規模が大きく、施行期間が長いいわゆる公共事業にある例で、第１期工事、第２期工事等と地域を区分して順次用地買収が行われる事例を想定して定められたものであるところ（乙１０、１１）、原告の所有する土地に存する建築物等の移転につき上記の定めに当たるというべき事情の存在がうかがわれないことは、既に述べたとおりである。
ウ 以上のように、平成１９年９月１９日に原告が館林市の申出に対して承諾した建築物等の移転又は除却に伴う補償金について、措置法６５条の２第３項２号の適用を受け本件特例の適用はないとの判断を前提にしてされた本件更正処分は適法であり、これが館林税務署長の職務上の義務に違背してされたものであるということはできないから、この点に関する原告の主張は、採用することができない。
(3) 次に、本件賦課決定処分が館林税務署長の職務上の義務に違背してされたものであるといえるか否かについて検討する。
ア 原告は、平成１９年９月期の法人税の額の計算に当たり本件特例の適用があるものとしたことについて原告には国税通則法６５条４項の「正当な理由」があるため、本件賦課決定処分は違法である旨主張するところ、同項の「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする行政上の措置である過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である（最高裁平成１８年４月２０日判決、最高裁平成１８年４月２５日判決参照）。
イ 原告は、平成１７年１１月１１日の本件税務相談に際し、館林税務署の職員であるＨ上席から、本件特例の適用による５０００万円の特別控除は全体で一度限りしか使えないとの旨を言われるほか、事前に館林市の市役所と本件特例の適用について協議しているはずなので市役所に行って再度特別控除の適用について聞き直しその指導に従って処理するように指導を受け、館林市の職員からは、本件特例を１回だけは適用できる旨の指導を受けたことからすれば、原告が平成１９年９月期の法人税の確定申告をするに当たり本件特例の適用を受けることができると信じても、そこに原告に責められるべき事由は存在しないと主張し、本件税務相談のために館林税務署に赴いたＱ会計事務所の従業者の陳述書（甲１６）には、上記の原告の主張におおむね沿う記載が存する。
ところで、同従業者に本件税務相談に赴くように指示したＱ税理士の陳述書（甲１７）には、Ｑ税理士は、本件税務相談に先立って所得税に関し同種の補償金についての申告の案件を扱った経験があり、措置法６５条の２第３項の規定の存在は認識していたが、①Ｈ上席が本件特例の適用について全体で一度限りしか使えないと指導した旨の報告を受けたこと、②また、Ｈ上席の指導に従って確認に赴いた館林市役所の職員がやはり同旨の指導をした旨の報告を受けたこと、③同項の規定についてはその例外を認める措置法通達６５条の２－１０の定めがあること及び④原告の所有する土地に存する建築物等の移転は長期間にわたって地域ごとに移転が行われる極めてまれで特殊なものであったことという４つの理由から、原告に関する上記の建築物等の移転及び補償金の取得については、同項の適用はなく、特別に全体で一度だけ本件特例の適用を受けることができると判断するに至り、この判断を前提に、平成１７年９月期及び平成１８年９月期の法人税の確定申告に際しては、本件特例の適用を受けなくても原告に所得が発生しないのでその適用があるものとして取り扱わず、所得が発生しそうである旨の連絡をあらかじめ原告から受けていた平成１９年９月期の法人税の確定申告に際しては、原告の取締役に本件証明書の交付を受けさせた上で本件特例の適用があるものとして確定申告をした旨の記載が存する。
しかしながら、措置法６５条の２第３項２号は、別紙１の１(2)に掲げたとおり、一の収用換地等に係る事業につき資産の収用換地等による譲渡が２年以上にわたって複数回されたときは、当該資産のうち最初に当該譲渡があった年において譲渡された資産以外の資産については本件特例の適用はない旨が、少なくとも税理士の資格を有する程度の知識等を備えた者においては紛れなく読み取れるように規定してあり、現にＱ税理士もその点は従前の処理の経験に基づき十分に認識していたものであるところ、本件税務相談がされた当時が上記の規定にいう「最初に当該譲渡があった年」に当たっていたこと及びＨ上席においても上記の規定の内容を理解していたものと推認されることを踏まえると、上記に掲げた各陳述書に記載されているＨ上席の「全体で一度限りしか使えない」旨の発言については、上記の規定の内容をその時点における上記の事実関係を前提に端的に説明したものと見るのが自然であり、このことは、館林市役所の職員がした同旨の発言についても同様であって、いずれにせよ、Ｈ上席又は館林市役所の職員が、以上を超えて、次の年以降にされる原告の建築物等の移転に伴う補償金についても本件特例の適用を受けることができる旨を積極的に示唆したと解する余地のあるような発言をしたことを裏付ける的確な証拠は見当たらない。この点に関し、Ｑ税理士の陳述書には、措置法通達６５の２－１０の定めに言及する記載があるが、Ｈ上席の本件税務相談における発言又はその後の館林市役所の職員の発言中に上記の定めの適用がある旨を積極的に示唆したと解する余地のあるようなものがあったことを裏付ける的確な証拠は見当たらず、上記の陳述書の記載は、Ｑ税理士の判断を述べたものであると解するのが相当である。なお、Ｑ税理士において、既に述べたようにその内容が一見して明らかな措置法６５条の２第３項２号の規定に対する例外を認める措置法通達６５の２－１０の定めるところに当たる場合がいかなるものであるかについて、更に慎重に調査又は検討をしたことをうかがわせる証拠は見当たらない。
また、Ｑ税理士の陳述書の記載中のＨ上席が本件税務相談の際に本件特例の適用がある場合に当たるか否かについて館林市役所に確認するように指導した旨の部分については、既に述べたように本件税務相談がされた当時は本件特例の適用を受けることが可能な時期に当たっていたこと、本件特例の適用を受けるためには措置法６５条の２第４項の規定により公共事業施行者から資産の買取り等の申出があったことを証する書類の交付を受けてこれを確定申告書に添付して提出する必要があり、Ｈ上席においても本件特例の適用に係る基礎的な事項として上記の規定の内容を理解していたものと推認されること、土地区画整理事業の施行の過程で授受される金銭の全てについて本件特例の適用があるわけではなく、その適用の有無は当該金銭の授受に係る事情のいかんに係るものであって、その点については本件事業の施行者である館林市がより的確に明らかにし得る立場にあったことを踏まえると、Ｈ上席の上記の発言については、同項の規定に沿って本件特例の適用を受ける上で準備すべき事項を示したものと見るのが自然であり、いずれにせよ、Ｈ上席が、以上を超えて、法人税の確定申告の実務において執るべき対応の詳細をそれを所管する立場にはないことが明らかな館林市役所の職員の判断に全面的に委ねたり、次の年以降にされる原告の建築物等の移転に伴う補償金についても本件特例の適用を受けることができる旨を積極的に示唆したりしたと解する余地のあるような発言をしたことを裏付ける的確な証拠は見当たらない。そして、他の本件全証拠によっても、原告が平成１９年９月期の法人税の額の計算に当たり本件特例の適用があるものとしたことについて、前記アに述べた意味における「正当な理由があると認められる」場合に当たるというべき事情があったことを認めるには足りず（なお、館林市が平成１９年９月期の法人税の確定申告に先立って本件証明書を交付したことは、同市又はその職員の既に述べたような立場に照らし、上記の判断を左右するものとは解し難い。）、本件賦課決定処分が違法であるとする原告の主張は、採用することができない。
２ 争点２（館林税務職員による説明義務の懈怠があったといえるか否か）について（第１の１の請求関係）
争点２についての原告の主張は、本件税務相談の際のＨ上席の説明に違法というべき問題があったことを前提とするものであるが、その主張に沿う事実を認め難いことは、既に前記１(2)に述べたとおりであり、上記の原告の主張は、採用することができない。
３ 争点３（本件更正処分等は無効であるといえるか）について（第１の２の請求関係）本件更正処分等が違法なものであるとは認め難いことは、既に争点１において述べたとおりであり、争点３に関する原告の主張は、採用することができない。
４ 争点４（平成１７年９月期の所得の金額の計算上５０００万円の損金の算入がされなければならなかったといえるか）について（第１の３の請求関係）
(1) 措置法６５条の２第４項は、本件特例について定める同条１項の規定は、確定申告書等に同項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書及び同規定の適用を受けようとする資産につき公共事業施行者から交付を受けた前項の買取り等の申出があったことを証する書類その他の財務省令で定める書類の提出がある場合に限り、適用する旨を定めているところ、本件において、原告の平成１７年９月期及び平成１８年９月期の法人税の確定申告書については、同条４項に定める要件が満たされていたと認めるに足りる事情ないし証拠は見当たらないから、本件特例の適用を論ずる余地はない。
なお、原告の平成１９年９月期の法人税の確定申告については、同項の要件が一応満たされていたとしても、本件特例の適用を認めることができないことは、既に述べたとおりである。
(2) 原告は、平成１７年９月期及び平成１８年９月期の法人税の確定申告書につき措置法６５条の２第４項所定の記載及び添付がなかったことについて、同条５項の「やむを得ない事情」があったと主張し、また、本件において、被告が当時の原告につき上記の「やむを得ない事情」に該当する事情があったとはいえないと主張することは信義則に反し許されないと主張する。ところで、同項の「やむを得ない事情」とは、自然的災害等の客観的に見て本人の責めに帰すことのできない事情をいうものと解されるところ、前記１(2)に述べたとおり、平成１７年９月期及び平成１８年９月期の法人税の確定申告に際しては、本件特例の適用を受けなくても原告に所得が発生しないのでその適用があるものとして取り扱うことはしなかったというのであり、また、本件税務相談の際のＨ上席の説明に違法というべき問題があったとの事実を認め難いことも既に述べたとおりであって、上記の原告の主張は、いずれもそれを論ずる前提を欠き、採用することができない。
(3) 原告は、法人税法５７条１項ただし書の「計算した場合」にいう「計算」には本件特例の適用による損金の算入の計算は含まれないと主張するが、既に述べたとおり、原告の平成１７年９月期、平成１８年９月期及び平成１９年９月期の法人税について本件特例の適用はないから、原告の主張はその前提を欠くものというべきである。
５ 争点５（本件賦課決定処分に基づき納付された過少申告加算税のうち１９９万６０００円は法律上の原因なく保持されているものといえるか）について（第１の４の請求関係）前記１(2)で既に述ベたとおり、争点５に関する原告の主張は、採用することができない。
第４ 結論
以上の次第で、原告の主張はいずれも理由がないのでこれらを棄却することとし、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官八木一洋
裁判官石村智
裁判官横井靖世
（別紙１）
関係法令等の定めの概要
１ 租税特別措置法（以下「措置法」という。）６５条の２
(1) 法人の有する資産についてされる土地収用法等の規定に基づく収用等及び土地区画整理法による土地区画整理事業における換地処分等（以下「収用換地等」という。）により当該法人が取得した関係の規定に規定する補償金、対価若しくは清算金（以下「補償金等」という。）の額又は資産（以下「交換取得資産」という。）の価額が、当該収用換地等により譲渡した資産（措置法６４条２項の規定により同条１項の収用等による譲渡があったものとみなされる場合を含む。）の譲渡直前の帳簿価額と当該譲渡した資産の譲渡に要した経費で当該補償金等又は交換取得資産に係るものとして政令で定めるところにより計算した金額との合計額を超え、かつ、当該法人が当該事業年度のうち同一の年に属する期間中に収用換地等により譲渡した資産のいずれについても措置法６４条から６５条までの規定による課税の特例の適用を受けないときは、その超える部分の金額と５０００万円とのいずれか低い金額を当該譲渡の日を含む事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する（１項。以下「本件特例」という。）。
(2) 上記(1)の１項の規定は、「一の収用換地等に係る事業につき前二項に規定する資産の収用換地等による譲渡が二以上あった場合において、これらの譲渡が二以上の年にわたってされたとき」は、「当該資産のうち、最初に当該譲渡があった年において譲渡された資産以外の資産」については、適用しない。(３項２号）
２ 法人税法５７条１項（本判決においては、便宜上、平成２３年法律第１１４号による改正前の規定を掲げる。）
確定申告書を提出する内国法人の各事業年度開始の日前７年以内に開始した事業年度において生じた欠損金額がある場合には、当該欠損金額に相当する金額は、当該各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。ただし、当該欠損金額に相当する金額が当該欠損金額につき本文の規定を適用せず、かつ、６２条の５第５項（現物分配による資産の譲渡）の規定を適用しないものとして計算した場合における当該各事業年度の所得の金額を超える場合は、その超える部分の金額については、この限りでない。
３ 租税特別措置法関係通達（法人税編）（昭和５０年２月１４日付け直法２－２国税庁長官通達。以下「措置法通達」という。）６５の２－１０（乙１０)
一の収用換地等に係る事業が次に掲げる場合に該当する場合において、その事業の施行につき合理的と認められる事情があるときは、次に掲げる地域ごとにそれぞれ別個の事業として措置法６５条の２第３項２号の規定を適用するものとする。
(1) 事業の施行地について計画変更があり、当該変更に伴い拡張された部分の地域について事業を施行する場合当該変更前の地域と当該変更に伴い拡張された部分の地域
（注）この取扱いは、一の収用換地等に係る事業の施行地の変更前において当該変更前の地域にある資産を当該事業のために譲渡した法人が、当該変更後において当該変更に伴い拡張された部分の地域にある資産を当該事業のために譲渡する場合に限って適用があることに留意する。
(2) 事業を施行する営業所、事務所その他の事業場が２以上あり、当該事業場ごとに地域を区分して事業を施行する場合当該区分された地域
(3) 事業が１期工事、２期工事等と地域を区分して計画されており、当該計画に従って当該地域ごとに時期を異にして事業を施行する場合当該区分された地域
(別紙２）
個人別補償費総括表
調査
番号
No.
権利者住所
館林市●●
権利
者氏
名
Ｄ株式会社代表取
締役
社長Ｅ
区分
自家・借家・間借
項目
金額（円）
摘要
建物移転補償費
●●木造平屋建工場兼倉庫
678.12 ㎡
１棟外
１５棟
機械設備補償費
●●
機械設備外
1 式
工作物移転補償費
●●
立竹木移転補償費
●●
動産移転補償費
●●
仮倉庫保管補償費
●●
仮倉庫補償費
●●
営業補償費
●●
移転雑費
●●
合計
●●
（別紙５)
本件更正処分の根拠
１ 所得の金額（別紙６・順号⑨）
７９０９万５７６９円
上記金額は、下記(1)の金額に同(2)ないし(7)の各金額を加算した金額である。
(1) 申告に係る所得の金額（別紙６・順号①、乙８・１枚目）
２４０６万８１９８円
上記金額は、原告の平成１９年９月期の法人税の確定申告書に記載された所得の金額と同額である。
(2) 誤って損金に算入された収用換地等の場合の所得の特別控除額（別紙６・順号②）５０００万円
上記金額は、原告が本件特例の適用があるとして平成１９年９月期の損金の額に算入した金額（乙８・２枚目）であり、措置法６５条の２第３項２号の規定により損金の額に算入されないものである。
(3) 誤って損金に算入された特別償却額（別紙６・順号③）
７５万円
上記金額は、原告がＧＬガスクロマトグラフィーに係る特別償却として平成１９年９月期の損金の額に算入した金額であるが、措置法４２条の６（平成１９年法律第６号による改正前のもの）に規定する減価償却資産に該当しないことから、損金の額に算入されないものである。
(4) 減価償却費の償却超過額（別紙６・順号④）
３０３万９０９７円
上記金額は、下記アないしオの各金額を合計した金額である。
ア 減価償却費の償却超過額（別表１)
１０万０７１０円
上記金額は、原告がＪ工場事務所を取得した際の改修工事に係る支出のうち、資本的支出と認められる部分の金額について、法人税法施行令４８条の２第１項１号（平成２２年政令第５１号による改正前のもの）の規定により計算した償却限度額を超えて損金の額に算入された金額である。
イ 減価償却費の償却超過額（別表２)
５５万７５９８円
上記金額は、原告が平成１８年９月に取得した本社事務所棟脇に設置した受電設備に係る支出について、法人税法施行令４８条の２第１項２号（平成１９年政令第８３号による改正前のもの）の規定により計算した償却限度額を超えて損金の額に算入された金額である。
ウ 減価償却費の償却超過額（別表３)
５万６７６２円
上記金額は、原告が平成１９年５月に取得した軽量鉄骨製プレハブに係る支出について、法人税法施行令４８条の２第１項２号（平成２２年政令第５１号による改正前のもの。以下同じ。）の規定により計算した償却限度額を超えて損金の額に算入された金額である。
エ 減価償却費の償却超過額（別表４)
２０２万３６５０円
上記金額は、原告がＫ株式会社から取得した別表４記載の各資産に係る支出について、法人税法施行令４８条の２第１項２号の規定により計算した償却限度額を超えて損金の額に算入された金額である。
オ 減価償却費の償却超過額（別表５)
３０万０３７７円
上記金額は、原告が平成１９年９月にＫ株式会社から取得した事務所、倉庫及び変電所に係る支出について、法人税法施行令４８条の２第１項１号の規定により償却限度額を計算したところ、同償却限度額を超えて損金の額に算入された金額である。
(5) 誤って損金に算入された租税公課の額（別紙６・順号⑤）１１８万８１１４円上記金額は、原告が平成１９年９月１４日にＫ株式会社から工場用地を取得した際に支払った固定資産税相当額であるが、当該金額は、土地の取得に直接要した費用であり、土地の取得価額に算入されるものであることから、損金の額に算入されない。
(6) 雑収入の計上漏れ（別紙６・順号⑥）
９７００円
上記金額は、平成２１年３月２７日付けの原告の平成１９年９月期の消費税及び地方消費税の更正により還付されることとなる消費税及び地方消費税の金額であるから、雑収入として益金の額に算入される。
(7) 繰越欠損金の当期控除額の過大額（別紙６・順号⑦）４万０６６０円
上記金額は、原告の平成１９年９月期の法人税の確定申告書に記載された平成１８年９月期以前から繰り越された欠損金額の損金に算入された金額であるが、平成２１年３月２７日付けの原告の平成１８年９月期の法人税の更正に伴い、平成１９年９月期に繰り越される欠損金額が４万０６６０円減少しているので、同金額は平成１９年９月期の損金の額に算入されない。
２ 課税所得金額に対する法人税の額（別紙６・順号⑩）
２３０８万８５００円
上記金額は、前記１の所得の金額７９０９万５０００円（ただし、国税通則法１１８条１項の規定により、１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、法人税法６６条２項（平成２０年法律第２３号による改正前のもの）及び経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律１６条に規定する税率（所得の金額が８００万円までについては１００分の２２、それを超える金額については１００分の３０）を乗じて計算した金額である。
３ 法人税の額から控除される所得税の額（別紙６・順号⑪）
３８万２７２４円
上記金額は、法人税法６８条（平成２０年法律第２３号による改正前のもの）に規定する法人税の額から控除される所得税の額として平成１９年９月期の確定申告書に記載された金額と同額である。
４ 納付すべき法人税の額（別紙６・順号⑫）
２２７０万５７００円
上記金額は、前記２の金額から前記３の金額を控除した金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定により、１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）である。
５ 既に納付の確定した法人税の額（別紙６・順号⑬）
６１９万７６００円
上記金額は、原告が平成１９年９月期の法人税の確定申告書に記載した法人税の額と同額である。
６ 新たに納付すべき法人税の額（別紙６・順号⑭）
１６５０万８１００円
上記金額は、前記４の金額から前記５の金額を控除した金額である。
（別紙６）
平成１９年９月期の所得金額及び法人税額等
（単位：円）
区分
順号
平成１９年９月期
申告所得金額①
24,068,198
加算
収用換地等の場合の所得の特別控除額
の損金不算入②
50,000,000
特別償却の損金不算入額
③
750,000
減価償却費の償却超過額
④
3,039,097
租税公課の損金不算入額
⑤
1,188,114
雑収入の計上漏れ⑥
9,700
繰越欠損金の当期控除額の過大額
⑦
40,660
計（②＋③＋④＋⑤＋⑥＋⑦）
⑧
55,027,571
所得金額⑨
79,095,769
（①＋⑧）
課税所得金額に対する法人税額
⑩
23,088,500
法人税額から控除される所得税額
⑪
382,724
納付すべき法人税額⑫
22,705,700
（⑩－⑪）
（1 0 0
円未満の端数切捨て）
既に納付の確定した法人税額
⑬
6,197,600
新たに納付すべき法人税額
⑭
16,508,100
（⑫－⑬）
（1 0 0
円未満の端数切捨て）
別紙３、別紙４及び別表１から別表５まで省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2013/pdf/12134.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。