税務訴訟資料第２６３号－８３（順号１２２０７）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国(大森税務署長)
平成２５年４月１９日却下・棄却・控訴
判決
原告
有限会社Ａ
同代表者代表取締役甲
被告
国
同代表者法務大臣谷垣禎一
処分行政庁
大森税務署長
佐々木保文
被告指定代理人
岡村寛子
茅野純也
宮代智雅
股村裕文
福川真
牧迫洋行
主文
１ 本件訴えのうち別紙１「訴え却下処分目録」記載の各処分の部分の取消しを求める部分を却下する。
２ 本件訴えのその余の部分に係る原告の請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 大森税務署長が原告に対して平成２２年７月３０日付けでした、平成１６年１０月１日から平成１７年９月３０日までの事業年度（以下、原告の事業年度については、例えば、平成１６年１０月１日から平成１７年９月３０日までのものを「平成１７年９月期」のようにいい、他もこれと同様とする。）以後の法人税の青色申告の承認の取消処分（以下「本件青色取消処分」という。)を取り消す。
２ 大森税務署長が原告に対して平成２２年７月３０日付けでした、平成１７年９月期ないし平成２１年９月期（以下「本件各事業年度」という。）の法人税の各更正処分（以下「本件各更正処分」という。）をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要等
本件は、コンピューターのソフトウエアの研究、開発、製造及び販売等を目的とする法人であり、法人税の青色申告の承認を受けていた原告が、大森税務署長から、帳簿書類の備付け、記録又は保存が法人税法１２６条１項に規定する財務省令で定めるところに従って行われていなかった（同法１２７条１項１号）として、本件青色取消処分及びこれに伴う本件各更正処分を受けたため、それらの取消しを求めた事案である。
１ 関係法令の定め
別紙２「関係法令の定め」に記載したとおりである（なお、同別紙で定める略称等は、以下においても用いることとする。）。
２ 前提事実（括弧内掲記の証拠により容易に認定することができる事実及び当裁判所に顕著な事実。以下「前提事実」という。）
(1) 原告等
ア 原告は、コンピューターのソフトウエアの研究、開発、製造及び販売等を目的として平成●年●月●日に成立した法人税法２条９号に規定する普通法人であり、平成１５年１１月１６日、その本店を東京都大田区から本判決当事者欄の原告肩書住所地に移転した（乙１）。
イ 株式会社Ｂ（以下「Ｂ社」といい、原告と併せて「原告ら」という。）は、コンピューターのソフトウエアの研究、開発、製造及び販売等を目的として平成●年●月●日に成立した株式会社であり、平成１７年５月３０日、その本店を東京都品川区●●から同区●●に移転した（乙２）。
ウ 甲（以下「原告ら代表者」という。）は、原告らの代表取締役である（乙１、２）。
(2) 確定申告等
ア 原告は、平成１３年２月２２日、大森税務署長に対し、平成１３年９月期から法人税の申告書を青色の申告書により提出することについての承認の申請書を提出し、同年９月３０日、その承認があったものとみなされた（乙３）。
イ 原告は、本件各事業年度の法人税について、大森税務署長に対し、別表１－１ないし１－５の各「確定申告」欄記載のとおり、確定申告書（青色申告書）をそれぞれ提出した（乙４ないし８。これらの原告の各確定申告を併せて、以下「本件各確定申告」という。）。
(3) 本件青色取消処分及び本件各更正処分
ア 大森税務署長は、平成２２年７月３０日付けで、原告に対し、原告に法人税法１２７条１項１号に該当する事実があったとして、平成１７年９月期以後の法人税に係る青色申告の承認を取り消す旨の本件青色取消処分をした（甲３）。
イ 大森税務署長は、平成２２年７月３０日付けで、原告に対し、本件各事業年度の法人税について、別表１－１ないし１－５の各「更正処分」欄記載のとおり、本件各更正処分をした（甲４ないし８）。
(4) 審査請求（甲２)
ア 本件青色取消処分についての審査請求及びこれに対する裁決の経緯は、別表２の「審査請求」欄及び「裁決」欄にそれぞれ記載されているとおりである。
イ 本件各更正処分についての審査請求及びこれに対する裁決の経緯は、別表１－１ないし１－５の各「審査請求」欄及び「裁決」欄にそれぞれ記載されているとおりである。
(5) 本件訴えの提起
原告は、平成２３年１２月７日、本件訴えを提起した（当裁判所に顕著な事実）。
３ 本件各更正処分の根拠及び適法性に関する被告の主張
本件各更正処分の根拠及び適法性に関する被告の主張は、後記５(2)及び(3)に掲げるほか、別紙３「本件各更正処分の根拠及び適法性」に記載のとおりである。
４ 争点
(1) 本件訴えのうち別紙１「訴え却下処分目録」記載の各処分の部分の取消しを求める部分の適法性（争点１)
(2) 本件青色取消処分の適法性（争点２）
(3) 本件各更正処分の適法性（争点３)
５ 争点に関する当事者の主張の要点
(1) 本件訴えのうち別紙１「訴え却下処分目録」記載の各処分の部分の取消しを求める部分の適法性（争点１）について
（被告の主張の要点）
原告は、本件各更正処分について、本件各確定申告における納付すべき税額等を超えない部分（別紙１「訴え却下処分目録」記載の各処分の部分）を含めて取消しを求めるものと解される。
ところで、税法は、法人税等につき、いわゆる申告納税制度を採用しているところ（法人税法７４条、国税通則法〔以下「通則法」という。〕１６条２項１号）、申告納税制度の下において、納付すべき税額は、納税者のする申告により確定することを原則とし（同法１５条及び１６条）、納税申告書を提出した者は、申告により一旦確定した課税標準等又は税額等を自己に有利に変更しようとする場合には、更正の請求をする必要がある（通則法２３条）。そして、納税者側からの自己に有利に申告の是正を求めるための方法として、通則法が専ら更正の請求の手続に関する規定を設けた趣旨に照らせば、納税者が申告に係る納付すべき税額が過大であるなどとしてその誤りを是正するためには、原則として更正の請求の手続によらなければならないのであり（最高裁昭和●●年(○○)第●●号同３９年１０月２２日第一小法廷判決・民集１８巻８号１７６２頁、最高裁昭和●●年（○○）第●●号同５７年２月２３日第三小法廷判決・民集３６巻２号２１５頁参照）、この手続をとることなく、更正処分のうち申告額を超えない部分の取消しを求めることは、訴えの利益を欠くものとして許されないというべきである。
そうすると、原告は、本件各事業年度の法人税についての更正の請求をしていないのであるから、本件各更正処分のうち本件各確定申告により既に確定している納付すべき法人税額等を超えない部分の取消しを求める部分の訴えについては、訴えの利益を欠き、不適法というべきである。
したがって、本件訴えのうち、別紙１「訴え却下処分目録」記載の各処分の部分の取消しを求める部分は、訴えの利益を欠く不適法なものであるから、却下されるべきである。（原告の主張の要点）
被告の主張については、不知ないし否認する。
(2) 本件青色取消処分の適法性（争点２）について
（被告の主張の要点）
ア 本件青色取消処分が適法であること
(ｱ) 大森税務署及び品川税務署の調査担当職員（以下「本件連携調査担当職員ら」という。）は、平成２０年１０月１日、原告らの法人税及び消費税等について、連携しての調査（以下「本件連携調査」という。）に着手し、以後、約１年９月もの長きにわたって原告らに調査への協力と帳簿書類等の提示をすることを求めたが、原告ら代表者は、調査を忌避し、帳簿書類等の提示をすることを拒んだ。
すなわち、原告ら代表者は、本件連携調査担当職員らが日程調整のために原告ら代表者に電話をした際、折り返し電話をする旨を約しておきながらこれをせず、数回の電話での要請を受けて、やっと電話をするなどといった不誠実な対応に終始し、かつ、原告ら代表者に配慮した日程調整がされても、出張や会議などと称して、何度も調査の日の直前で調査の日程の変更を申し出て、本件連携調査担当職員らに会おうとしなかった。また、原告ら代表者は、本件連携調査担当職員らが再三再四帳簿書類等を提示するよう求めたにもかかわらず、帳簿書類等を原告らの関与税理士である乙（以下「乙税理士」という。）に預けているが、同税理士とは連絡が取れないであるとか、同税理士は多忙であるなどと述べて、その提示をしなかった。
このように原告は、本件連携調査担当職員らから、約１年９月もの間、再三再四帳簿書類等の提示を求められたにもかかわらず、これに応じなかったものであり、このことについて何ら正当な理由は認められない。
(ｲ) いわゆる青色申告制度は、適正な課税を実現するために帳簿書類の状況を税務署長等が確認し得ることを前提として、青色申告の種々の特典（繰越欠損金の損金算入〔法人税法５７条〕はその一つである。）を得ることを納税者自身が申請するものであるから、税務職員の質問検査に基づいて帳簿書類の備付け等について確認することができない場合には、青色申告制度の前提を欠き、納税者に青色申告の特典を与えることは、制度の趣旨に反するというべきである。
そして、青色申告の承認を受けた法人が税務職員の質問検査に基づく帳簿書類の提示の要請に応じない場合に、同法１２７条１項１号の規定する「帳簿書類の備付け、記録又は保存」が財務省令で定めるところに従って行われていないということができるか否かについて、最高裁平成●●年（○○）第●●号同１７年３月１０日第一小法廷判決・民集５９巻２号３７９頁は、「法人が税務職員の同法１５３条の規定に基づく検査に適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて当該帳簿書類を保存していなかった場合は、同法１２６条１項の規定に違反し、同法１２７条１項１号に該当するものというべきである」として、この場合にも、青色申告の承認の取消事由に該当する旨を明らかにしており、同旨の裁判例も多数存在するところである。
(ｳ) 前記(ｱ)のとおり、本件連携調査担当職員らは、本件連携調査の際に、原告ら代表者の都合等に配慮しつつ、約１年９月にもわたり、原告に対して調査への協力及び帳簿書類等の提示を再三再四求めたにもかかわらず、原告ら代表者は、多忙等を理由に調査の日程の変更を繰り返し、本件連携調査担当職員らに会おうとせず、また、帳簿書類を乙税理士に預けており、依頼したが対応してくれないなどとして、結局、帳簿書類を提示しなかった。その一方で、原告は、乙税理士に依頼して、平成２１年９月期の法人税の確定申告をしており、このことにも鑑みれば、原告ら代表者が多忙であることや乙税理士が対応しなかったことなどは、原告が帳簿書類を提示しなかったことの正当な理由に当たるとは認められない。
したがって、原告は、税務職員の法人税法１５３条の規定に基づく検査において、適時に帳簿書類等を提示することが可能なように態勢を整えて当該帳簿書類を保存していなかったというべきであって、このことは、同法１２７条１項１号に該当するから、本件青色取消処分は適法なものというべきである。
イ 原告の主張について
(ｱ) 原告は、①本件連携調査担当職員らが平成２０年１１月２８日にＢ社の本店の所在地にある事務所（以下「原告ら事務所」という。）に臨場した際、平成１７年４月１日から平成２０年３月３１日までの帳簿書類等を提示した、②同年９月１日から平成２２年６月１３日までの期間において、原告ら代表者が海外案件の打合せ等のために東京を離れることが多く、また、東京にいてもその準備で多忙であったことから、本件連携調査担当職員らに対して郵送での帳簿書類等の受取を依頼したが、これを拒否された旨を、それぞれ主張する。
(ｲ) しかし、前記(ｱ)①の点については、原告ら代表者は、本件連携調査担当職員らが平成２０年１１月２８日に原告ら事務所に臨場した際、総勘定元帳は乙税理士が作成及び保管している、現金出納帳や証ひょう類は決算報告書及び申告書の作成のために乙税理士に渡しており、現金出納帳は返却されておらず、手元にないなどと申し述べて、本件連携調査担当職員らに対して帳簿書類等を提示しなかった。
このことは、原告がその後の平成２２年５月１８日に郵送での帳簿書類等の受取を依頼した旨を主張していることに照らしても明らかであって、原告は、本件連携調査担当職員らが原告ら事務所に臨場した後も、多忙であることなどを理由に、帳簿書類等を提示することはなかった。
なお、本件連携調査担当職員らの１人である丙統括官（以下「丙統括官」という。）は、平成２１年３月６日に原告ら事務所に臨場した際、原告から一部の領収書等の提示を受けたが、これらの証ひょうに対応する総勘定元帳や現金出納帳などの申告書に直接結びつく帳簿は提示されなかったため、提示された証ひょうだけでは、本件各確定申告の適法性を確認することはできなかったものである。
(ｳ) 前記(ｱ)②の点については、原告は、その主張するような事情からすれば、帳簿書類を備え付け、保存しなかったことを理由としてされた本件青色取消処分は違法である旨を主張するようである。
しかし、そもそも、税務職員が適法に帳簿書類の提示を求めたにもかかわらず納税者がその提示をしなかった場合に、青色申告の承認の取消事由に該当することは、前記ア(ｲ)で述べたとおりであり、本件において、原告が税務職員の法人税法１５３条の規定に基づく検査において、適時に帳簿書類等を提示することが可能なように態勢を整えて当該帳簿書類を保存していなかったことは、前記ア(ｳ)に述べたとおりである。
なお、本件においては、原告ら代表者が、平成２０年１２月１０日、乙税理士に預けている帳簿書類等を乙税理士から直接本件連携調査担当職員らに郵送させる旨を述べたものの、乙税理士からその送付がされなかったため、丙統括官が、平成２１年１月１５日、原告ら代表者にその旨を電話で伝えるとともに、原告ら代表者など責任のある者が不在の下で直接に借用をすることは、提出した書類を原告ら代表者など責任のある者が直接に確認することができないなどの問題が生ずる旨を説明して、原告ら代表者又は原告の責任のある者が直接に引き渡すよう協力を要請し、原告ら代表者がこれについて検討する旨を回答したといった経緯がある。しかし、これは適切な職務行為であって、帳簿書類等の郵送での受取を拒否したと評価されるようなものではないし、その後、原告からは、帳簿書類等の郵送に関して何らの申出もされなかったものである（この点について、原告は、平成２０年１１月１７日に本件連携調査担当職員らに対して帳簿書類等を郵送する旨を述べた、平成２２年５月１８日に原告ら代表者の交通事故に関連して本件連携調査担当職員らに事故証明や診断書等を郵送するとともに帳簿書類の受取を依頼したがこれを拒否された旨を、それぞれ主張するが、そのような事実はない。）。
（原告の主張の要点）
本件連携調査担当職員らは、平成２０年１１月１０日から同月１４日までの期間に原告に電話をした際、原告ら代表者が不在であったため、居合わせた原告の外注者に対して、原告から電話をするように伝えることを依頼し、原告ら代表者は、同月１７日、札幌から電話をして、東京を離れているため対応することができない旨を伝えた。その上で、原告は、本件連携調査担当職員らに対し、郵送での帳簿書類の受取を依頼したが、これを拒否された。
また、原告は、平成２０年１１月２８日、原告ら事務所で本件連携調査担当職員らとの面談がされた際に、平成１７年４月１日から平成２０年３月３１日までの帳簿書類、領収書の帳簿とこの期間の基本契約書、受発注書、見積書等を提示した。
さらに、原告は、東京を離れることが多く、平成２０年９月１日から平成２２年６月１３日までの期間は、外国や北海道、名古屋で仕事の打合せをしており、東京におらず、東京にいてもその準備のために多忙であった。
このほか、原告ら代表者は、平成２２年５月１８日、交通事故に遭い、本件連携調査担当職員らに事故証明や診断書等を郵送するとともに、帳簿書類の郵送での受取を依頼したが、理由は不明であるものの、これを拒否された。
このように、原告は東京におらず、また、平成２０年１１月２８日には本件連携調査担当職員らに対して帳簿書類を提示しており、さらに、本件連携調査担当職員らに対して帳簿書類の郵送での受取を依頼したものの、これを拒否された。
被告は、約１年９月にわたって協力を求めたと主張するが、実際は協力を求めたのではなく、執劫な強制というべきものであった。また、被告は、本件連携調査担当職員らが日程調整のために原告ら代表者に電話をした際、折り返し電話をする旨を約しておきながらこれをしなかったと主張するが、業務の支障を避けるためにその場しのぎの約束をさせられたものにすぎない。このほか、被告は、税務調査における質問検査権が絶対で無制限のものであるかのように理解しているが、そのような理解は不当であり、実際は、被告の都合により、約１年９月にわたって原告の業務を執拗に妨害したものである。
(3) 本件各更正処分の適法性（争点３）について
（被告の主張の要点）
青色申告の承認が取り消された場合、取り消された事業年度以後に生じた欠損金額は、当該欠損金額が生じた事業年度以後に繰り越して控除することはできないところ、前記(2)（被告の主張の要点）のとおり、本件青色取消処分は適法であるから、これを前提としてされた本件各更正処分は、別紙３「本件各更正処分の根拠及び適法性」に記載のとおり、いずれも適法である。
（原告の主張の要点）
前記(2)（原告の主張の要点）のとおり、本件青色取消処分は違法であり、また、本件各更正処分には原告の所得を過大に認定した違法があるから、本件各更正処分は、いずれも違法である。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（本件訴えのうち別紙１「訴え却下処分目録」記載の各処分の部分の取消しを求める部分の適法性）について
法人税については、納付すべき税額の確定の手続につき申告納税方式によるものとされ、その納付すべき税額は、納税者のする申告により確定することを原則とし（通則法１５条１項、１６条１項１号、同条２項１号、法人税法７４条１項参照）、納税者が申告の内容を自己の利益に変更するためには、更正の請求の方法（通則法２３条）によらなければならないものとされている。そして、このようないわゆる申告納税制度が採られている国税において、確定申告書に記載された事項の過誤の是正につき更正の請求という特別の制度が設けられたのは、課税標準等の決定については、最もその間の事情に通じている納税者自身の申告に基づくものとし、その過誤の是正は法律が特に認めた場合に限るものとすることが、租税債務を可及的速やかに確定させるべき国家財政上の要請に応ずるものであり、納税者に対しても過当な不利益を強いるおそれがないと考えられるからであると解される。このような更正の請求の制度の趣旨に照らせば、申告に係る納付すべき税額等を更正する処分を受けた納税者は、申告の無効を主張することができるような特段の事情がある場合を除き、当該更正処分のうち申告に係る納付すべき税額又は還付金の額に相当する税額を下回る部分については、上記の更正の請求の手続を経ない限り、抗告訴訟において取消しを求めることはできないものというべきである（以上につき前掲最高裁昭和３９年１０月２２日第一小法廷判決参照）。
これを本件についてみるに、本件訴えのうち別紙１「訴え却下処分目録」記載の各処分の部分の取消しを求める部分は、本件各更正処分のうち原告において確定申告書の提出により自ら納税義務の内容を確定させた部分についての取消しを求めるものであるところ、原告は、本件各更正処分について更正の請求の手続を執っておらず（弁論の全趣旨）、また、上記の特段の事情があることについての主張、立証はない。
したがって、本件訴えのうち別紙１「訴え却下処分目録」記載の各処分の部分の取消しを求める部分は、不適法であり、却下を免れないものというべきである。
２ 争点２（本件青色取消処分の適法性）について
(1) 法人税法１２７条１項１号の取消事由の有無について
ア 法人税法１２７条１項１号は、別紙２「関係法令の定め」２記載のとおり、青色申告の承認を受けた法人につき、その事業年度に係る帳簿書類の備付け、記録又は保存が同法１２６条１項に規定する財務省令で定めるところに従って行われていないことに該当する事実がある場合には、納税地の所轄税務署長は、当該事業年度までさかのぼって、その承認を取り消すことができる旨を定めている。
ところで、法人税法が採用する申告納税制度が適正に機能するためには、納税義務者である法人等が帳簿書類を備え付け、これに全ての取引を正確に記帳し、これを基礎として申告を行うことが必要である。そこで、同法は、法人等に対し、帳簿書類の備付け等を義務付け（同法１５０条の２第１項）、申告の正確性を担保する手段として、税務職員に対し、法人の帳簿書類を検査する権限を付与し（同法１５３条。なお、通則法７４条の２参照）、この検査を拒み、妨げ、若しくは忌避し、又はこの検査に関し偽りの記載をした帳簿書類を提示した者に対する罰則を定める（法人税法１６２条２号及び３号）とともに、帳簿書類を基礎とした正確な申告を奨励する趣旨で、一定の帳簿書類を備え付けている者に限って、税務署長の承認を受けて青色申告をすることを認め、上記の者に対し課税手続や税額計算等に関する各種の特典を与えることとしている。青色申告の承認を受けている法人は、同法１５０条の２第１項とは別に、同法１２６条１項によって帳簿書類の備付け等が義務付けられているが、上記のような同法の基本的な構造や青色申告の制度の趣旨に照らすと、その帳簿書類が上記の検査の対象となることは当然のことである。
そして、①税務署長は、青色申告の承認をするに当たって、青色申告の承認を申請した法人の帳簿書類の備付け、記録及び保存が財務省令で定めるところに従って行われていることを確認し（同法１２３条）、青色申告の承認を受けている法人に対しても、帳簿書類について必要な指示をすることができ（同法１２６条２項）、この指示に従わなかった法人等に対しては、青色申告の承認を取り消すことができるとされている（同法１２７条１項）こと、②税務署長は、青色申告に係る法人税の課税標準又は欠損金額の更正をする場合には、その法人の帳簿書類を調査し、その調査により当該課税標準又は欠損金額の計算に誤りがあると認められる場合に限り、更正をすることができるとされている（同法１３０条１項本文）こと、③同法の委任を受けた法人税法施行規則５９条１項は、青色申告の承認を受けている法人は、帳簿書類を７年間保存しなければならないと規定しているが、この保存期間は、通則法７０条５項（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの）所定の更正をすることができる期間に符合するものであること等からすれば、法人税法におけるいわゆる青色申告制度は、税務職員が青色申告の承認を受けた法人の帳簿書類を適時に検査することができるように、その備付け、記録及び保存がされるべきことを当然の前提としているものということができ、そのようにして上記の検査の円滑な実施が確保されることは、青色申告制度の維持に不可欠なものということができる。
そうすると、同法１２６条１項は、青色申告の承認を受けた法人に対し、財務省令で定めるところにより、帳簿書類を備え付けてこれにその取引を記録すべきことはもとより、これらが行われていたとしても、さらに、税務職員が必要と判断した場合にその帳簿書類を検査してその内容の真実性を確認することができるような態勢の下に、帳簿書類を保存しなければならないこととしているというべきであり、法人が税務職員の同法１５３条の規定に基づく検査に適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて当該帳簿書類を保存していなかったときは、同法１２６条１項の規定に違反し、同法１２７条１項１号に該当するものと解するのが相当である（以上につき前掲最高裁平成１７年３月１０日第一小法廷判決参照）。
イ これを本件についてみるに、証拠（甲２、３、乙９）及び弁論の全趣旨によれば、本件連携調査は、平成２０年１０月に開始され、その具体的な内容は、別紙４「接触状況一覧表」記載のとおりであると認められる（なお、この認定に供した主要な証拠である乙９は、当時品川税務署の法人税に関する調査を担当する職員として本件連携調査を担当した丙統括官の作成に係る陳述書であり、その記載の内容に照らし、本件連携調査がされた当時に作成された資料に基づいて作成されたものであることは明らかであるから、信用するに足りるものということができる。）。
そして、上記に認定したところを要すれば、本件連携調査担当職員らは、平成２０年１０月１日にＢ社の本店の所在地にある原告ら事務所及び原告の本店の所在地である原告ら代表者の自宅に臨場したものの、原告ら代表者が不在であったため、原告ら事務所で応対したＢ社の従業員に対し、連絡をするよう原告ら代表者に伝えることを依頼して、原告ら事務所を辞去し、その後、平成２２年７月までの間に、多数回にわたって原告ら事務所、原告ら代表者の自宅又は乙税理士の事務所等への電話での連絡や原告ら事務所又は原告ら代表者の自宅への臨場をして、帳簿書類等の提示の要請やその提示を適時にすることができないことはその保存をしていないことと同じである旨の説明を繰り返すとともに、複数回にわたって帳簿書類等の提示を要請する文書を送付するなどしたものの、原告ら代表者は、仕事での出張や多忙等を理由に調査の延期を繰り返して求めたり、帳簿書類等は乙税理士に預けていると回答したりするなどの対応に終始しており、本件連携調査担当職員らにおいては、その提示を受けることができず、帳簿書類等の内容を確認することができなかったというのであって、以上に述べた事実関係によれば、原告は、本件連携調査において、本件連携調査担当職員らから適法に帳簿書類の提示を求められ、これに応じ難いとする理由も格別なかったにもかかわらず、帳簿書類の提示を拒み続けたものということができる。
そうすると、原告は、本件連携調査がされた時点において、税務職員の法人税法１５３条の規定に基づく検査に当たって、適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて帳簿書類を保存していなかったというべきであるから、原告については、同法１２７条１項１号に該当する事実があったと認めるのが相当である。
(2) 原告の主張について
原告は、①本件連携調査担当職員らが平成２０年１１月２８日に原告ら事務所に臨場した際に帳簿書類等を提示した、②郵送での帳簿書類等の受取を希望したものの、本件連携調査担当職員らにこれを拒否された、③原告ら代表者は仕事で極めて多忙であり、東京にいないことが多かった、④税務調査は、絶対、無制限のものではなく、本件連携調査は、原告の業務を妨害するものであった旨を、それぞれ主張する。
しかし、上記①の点については、前記(1)イに認定したとおりであって、本件において原告が主張するような事実が存したことをうかがわせる証拠ないし事情は見当たらない（なお、別紙４「接触状況一覧表」の平成２１年３月６日の欄記載のとおり、原告が、同日、原告ら事務所に臨場した本件連携調査担当職員らに請求書の控えや領収書の一部を提示したことは認められるが、総勘定元帳等の提示はされておらず、これをもって帳簿書類の提示があったと解することはできない。）。
また、上記②の点については、前記(1)イに認定した別紙４「接触状況一覧表」の平成２０年１２月１０日の欄（「連絡手段」欄に「ＡＭ８:２５電話（受電）」との記載のあるもの）及び平成２１年１月１５日の欄（「連絡手段」欄に「ＰＭ４:４０電話（受電）」との記載のあるもの）記載のとおり、原告ら代表者は、平成２０年１２月１０日、品川税務署に電話をし、帳簿書類等については乙税理士から直接に送付をする旨を述べたこと、本件連携調査担当職員らは、その後に帳簿書類等の送付がされなかったため、平成２１年１月１５日、原告ら代表者と電話で連絡を取り、帳簿書類等の引渡しに係るトラブル防止の観点から乙税理士から直接税務署に送付するようなことは極力避けてもらいたい旨を述べた上で、原告ら事務所において原告ら代表者又は原告らにおける責任ある立場にある者から帳簿書類等を借用したい旨を述べて協力を要請したこと、及び、これに対して原告ら代表者は「検討します」と述べたことが、それぞれ認められるところ、このような本件連携調査担当職員らの対応をもって、原告の主張するように郵送での帳簿書類等の受取を拒否したものと評価することは困難であるから、原告の主張は、その前提を欠くものというほかない（なお、原告は、平成２０年１１月１７日頃及び平成２２年５月１８日に、それぞれ郵送での帳簿書類等の受取を依頼した旨を主張するが、そのような事実が存したことをうかがわせる証拠ないし事情は見当たらない。）。このほか、上記③の点については、原告の主張するような事情をもって、前記(1)イの認定判断を左右するに足りるものということはできないし、上記④の点（本件連携調査が適法な調査ではなかった旨をいうものと解される。）については、以上に述べたところに照らし、独自の見解に基づくものであることが明らかである。
原告の主張は、いずれも採用することができない。
(3) 小括
以上に述べたとおり、原告については、法人税法１２７条１項１号に該当する事実があったと認められるから、本件青色取消処分は適法なものということができる。
３ 争点３（本件各更正処分の適法性）について
前記２で述べたとおり、本件青色取消処分は適法なものであるから、原告は、平成１７年９月期以後の各事業年度において生じた欠損金額に相当する金額をそれ以後の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入することはできないこととなる（法人税法５７条参照）。そして、以上に述べたところ及び弁論の全趣旨によれば、本件各更正処分は、別紙３「本件各更正処分の根拠及び適法性」のとおり、いずれも適法なものと認められる。
第４ 結論
以上の次第であって、本件訴えのうち別紙１「訴え却下処分目録」記載の各処分の部分の取消しを求める部分は不適法であるからこれを却下し、本件訴えのその余の部分に係る原告の請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとし、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官八木一洋
裁判官田中一彦
裁判官塚原洋一
（別紙１)
訴え却下処分目録
１ 原告の平成１６年１０月１日から平成１７年９月３０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得の金額△１００１万９６０２円を下回る部分、納付すべき税額△１１円を下回る部分及び翌期へ繰り越す欠損金額２０８５万１５７７円を超える部分（なお、△印は、欠損金額又は還付金の額に相当する税額であることを示す。以下同じ。）
２ 原告の平成１７年１０月１日から平成１８年９月３０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得の金額△６１３万８２２５円を下回る部分、納付すべき税額△１４円を下回る部分及び翌期へ繰り越す欠損金額２６９８万９８０２円を超える部分
３ 原告の平成１８年１０月１日から平成１９年９月３０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得の金額△７２４万９７００円を下回る部分、納付すべき税額△２９７円を下回る部分及び翌期へ繰り越す欠損金額３４２３万９５０２円を超える部分
４ 原告の平成１９年１０月１日から平成２０年９月３０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得の金額０円を下回る部分、納付すべき税額△２２７円を下回る部分及び翌期へ繰り越す欠損金額３４２３万９１１６円を超える部分
５ 原告の平成２０年１０月１日から平成２１年９月３０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得の金額０円を下回る部分、納付すべき税額△１８１円を下回る部分及び翌期へ繰り越す欠損金額２３７８万４７３９円を超える部分
以上
（別紙２）
関係法令の定め
１ 法人税法１２６条１項（平成１９年９月期以前については、平成１９年法律第６号による改正前のもの。以下同じ。）は、同法１２１条１項（青色申告）の承認を受けている内国法人は、財務省令で定めるところにより、帳簿書類を備え付けてこれにその取引を記録し、かつ、当該帳簿書類を保存しなければならない旨を定めている。
２ 法人税法１２７条１項（平成２２年法律第６号による改正前のもの。以下同じ。）は、同法１２１条１項（青色申告）の承認を受けた内国法人につき同法１２７条１項各号のいずれかに該当する事実がある場合には、納税地の所轄税務署長は、当該各号に定める事業年度までさかのぼって、その承認を取り消すことができ（前段）、この場合において、その取消しがあったときは、当該事業年度開始の日以後その内国法人が提出したその承認に係る青色申告書は、青色申告書以外の申告書とみなす（後段）旨を定めている。
１号その事業年度に係る帳簿書類の備付け、記録又は保存が同法１２６条１項に規定する財務省令で定めるところに従って行われていないこと。当該事業年度
２号ないし５号（省略）
３ 法人税法１５３条（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの）は、国税庁の当該職員又は法人の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員は、法人税に関する調査について必要があるときは、法人に質問し、又はその帳簿書類その他の物件を検査することができる旨を定めていた。
以上
（別紙３）
本件各更正処分の根拠及び適法性
１ 本件各更正処分の根拠
被告が本件訴えにおいて主張する原告の本件各事業年度の法人税における所得の金額、翌期へ繰り越す欠損金額及び納付すべき法人税額等は、それぞれ次のとおりである（なお、所得の金額の△印は、欠損金額であることを示す。以下同じ。）
(1) 平成１７年９月期（別表３－１)
ア 所得の金額（別表３－１順号①、別表４－①ア）
△１００１万９６０２円
上記の金額は、原告が、平成１７年９月期の法人税の確定申告書（以下「平成１７年９月期確定申告書」という。）に記載した所得の金額と同額である。
イ 所得の金額に対する法人税額（別表３－１順号②）０円
上記の金額は、原告が、平成１７年９月期確定申告書に記載した法人税額と同額である。
ウ 法人税額から控除される所得税額等（別表３－１順号③）１１円
上記の金額は、原告が、平成１７年９月期確定申告書に記載した法人税額から控除される所得税額等と同額である。
エ 納付すべき法人税額（別表３－１順号④）△１１円
上記の金額は、原告が、平成１７年９月期確定申告書に記載した納付すベき法人税額（還付すべき税額）と同額である。
オ 翌期へ繰り越す欠損金の額（別表３－１順号⑤、別表４－①エ）
１０８３万１９７５円
上記の金額は、本件各更正処分より前の翌期へ繰り越す欠損金の額である２０８５万１５７７円（別表４－①ウ）から、本件青色取消処分に伴い翌期以降に繰り越すことができない欠損金の額１００１万９６０２円（前記ア）を控除した金額である。
(2) 平成１８年９月期（別表３－２）
ア 所得の金額（別表３－２順号①、別表４－②ア）△６１３万８２２５円
上記の金額は、原告が、平成１８年９月期の法人税の確定申告書（以下「平成１８年９月期確定申告書」という。）に記載した所得の金額と同額である。
イ 所得の金額に対する法人税額（別表３－２順号②）０円
上記の金額は、原告が、平成１８年９月期確定申告書に記載した法人税額と同額である。
ウ 法人税額から控除される所得税額等（別表３－２順号③）１４円
上記の金額は、原告が、平成１８年９月期確定申告書に記載した法人税額から控除される所得税額等と同額である。
エ 納付すべき法人税額（別表３－２順号④）△１４円
上記の金額は、原告が、平成１８年９月期確定申告書に記載した納付すべき法人税額（還付すべき税額）と同額である。
オ 翌期へ繰り越す欠損金の額（別表３－２順号⑤、別表４－②エ）
１０８３万１９７５円
上記の金額は、前記(1)オと同額である。
(3) 平成１９年９月期（別表３－３)
ア 所得の金額（別表３－３順号①、別表４－③ア）△７２４万９７００円
上記の金額は、原告が、平成１９年９月期の法人税の確定申告書（以下「平成１９年９月期確定申告書」という。）に記載した所得の金額と同額である。
イ 所得の金額に対する法人税額（別表３－３順号②）０円
上記の金額は、原告が、平成１９年９月期確定申告書に記載した法人税額と同額である。
ウ 法人税額から控除される所得税額等（別表３－３順号③）２９７円
上記の金額は、原告が、平成１９年９月期確定申告書に記載した法人税額から控除される所得税額等である。
エ 納付すべき法人税額（別表３－３順号④）△２９７円
上記の金額は、原告が、平成１９年９月期確定申告書に記載した納付すべき法人税額（還付すべき税額）と同額である。
オ 翌期ヘ繰り越す欠損金の額（別表３－３順号⑤、別表４－③エ）
１０８３万１９７５円
上記金額は、前記(1)オと同額である。
(4) 平成２０年９月期（別表３－４)
ア 所得の金額（別表３－４順号①、別表４－④ア）０円
上記の金額は、原告が、平成２０年９月期の法人税の確定申告書（以下「平成２０年９月期確定申告書」という。）に記載した所得の金額と同額である。
イ 所得の金額に対する法人税額（別表３－４順号②）０円
上記の金額は、原告が、平成２０年９月期確定申告書に記載した法人税額と同額である。
ウ 法人税額から控除される所得税額等（別表３－４順号③）２２７円
上記の金額は、原告が、平成２０年９月期確定申告書に記載した法人税額から控除される所得税額等と同額である。
エ 納付すべき法人税額（別表３－４順号④）△２２７円
上記の金額は、原告が、平成２０年９月期確定申告書に記載した納付すべき法人税額（還付すべき税額）と同額である。
オ 翌期へ繰り越す欠損金の額（別表３－４順号⑤、別表４－④エ）
１０８３万１５８９円
上記の金額は、前記(3)オの翌期へ繰り越す欠損金の額である１０８３万１９７５円から、原告が平成２０年９月期確定申告書に記載した繰越欠損金の当期控除額である３８６円（別表４－④イ）を控除した金額である。
(5) 平成２１年９月期（別表３－５)
ア 所得の金額（別表３－５順号①、別表４－⑤ア）０円
上記の金額は、原告が、平成２１年９月期の法人税の確定申告書（以下「平成２１年９月期確定申告書」という。）に記載した所得の金額と同額である。
イ 所得の金額に対する法人税額（別表３－５順号②）０円
上記の金額は、原告が、平成２１年９月期確定申告書に記載した法人税額と同額である。
ウ 法人税額から控除される所得税額等（別表３－５順号③）１８１円
上記の金額は、原告が、平成２１年９月期確定申告書に記載した法人税額から控除される所得税額等と同額である。
エ 納付すべき法人税額（別表３－５順号④）△１８１円
上記の金額は、原告が、平成２１年９月期確定申告書に記載した納付すべき法人税額（還付すべき税額）と同額である。
オ 翌期へ繰り越す欠損金の額（別表３－５順号⑤、別表４－⑤エ）
１０８３万１３２４円
上記の金額は、前記(4)オの翌期へ繰り越す欠損金の額である１０８３万１５８９円から、原告が平成２１年９月期確定申告書に記載した繰越欠損金の当期控除額である２６５円（別表４－⑤イ）を控除した金額である。
２ 本件各更正処分の適法性
被告が本件訴えにおいて主張する、原告の本件各事業年度の所得の金額、納付すべき法人税額（還付すべき税額）及び翌期へ繰り越す欠損金の額は、前記１で述べたとおりであるところ、これらの金額は、本件各更正処分における所得の金額、納付すべき法人税額及び翌期へ繰り越す欠損金の額といずれも同額であるから、本件各更正処分はいずれも適法である。
以上
別紙４並びに別表２、３－１～３－５及び４省略
別表１－１
本件各更正処分の経緯（平成17年９月期）
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき法人税額
翌期へ繰り越す欠損金
確定申告
平成17年11月28日
△10,019,602
△11
20,851,577
更正処分
平成22年7月30日
△10,019,602
△11
10,831,975
審査請求
平成22年9月21日
△10,019,602
△11
20,851,577
裁決
平成23年6月8日
棄却
別表１－２
本件各更正処分の経緯（平成18年９月期）
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき法人税額
翌期へ繰り越す欠損金
確定申告
平成18年11月27日
△6,138,225
△14
26,989,802
更正処分
平成22年7月30日
△6,138,225
△14
10,831,975
審査請求
平成22年9月21日
△6,138,225
△14
26,989,802
裁決
平成23年6月8日
棄却
別表１－３
本件各更正処分の経緯（平成19年９月期）
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき法人税額
翌期へ繰り越す欠損金
確定申告
平成19年11月19日
△7,249,700
△297
34,239,502
更正処分
平成22年7月30日
△7,249,700
△297
10,831,975
審査請求
平成22年9月21日
△7,249,700
△297
34,239,502
裁決
平成23年6月8日
棄却
別表１－４
本件各更正処分の経緯（平成20年９月期）
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき法人税額
翌期へ繰り越す欠損金
確定申告
平成20年11月21日
△227
34,239,116
更正処分
平成22年7月30日
△227
10,831,589
審査請求
平成22年9月21日
△227
34,239,116
裁決
平成23年6月8日
棄却
別表１－５
本件各更正処分の経緯（平成21年９月期）
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき法人税額
翌期へ繰り越す欠損金
確定申告
平成21年11月30日
△181
23,784,739
更正処分
平成22年7月30日
△181
10,831,324
審査請求
平成22年9月21日
△181
23,784,739
裁決
平成23年6月8日
棄却
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2013/pdf/12207.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。