税務訴訟資料第２６３号－２１６（順号１２３４０）
熊本地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（熊本東税務署長事務承継者熊本西税務署長）
平成２５年１１月２２日棄却・控訴
判決
原告
財団法人
Ａ
同代表者理事長甲
同訴訟代理人弁護士吉田賢一
同
髙瀬真哉
被告
国
同代表者法務大臣谷垣禎一
処分行政庁
熊本東税務署長事務承継者
熊本西税務署長
髙岡俊郎
同指定代理人
小松義浩
同
山本理一郎
同
鶴田貴志
同
島崎武
同
吉良輝昭
同
黒田直毅
同
鑓水健
同
西浦功二
同
上村謙悟
同
竹本龍一
同
亀井勝則
同
上野英二
同
橋口智弘
同
伊藤彰
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
熊本東税務署長が原告の平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日までの事業年度の法人税について平成２２年１２月２１日付けでした更正処分のうち、所得金額７７００万０３３３円、納付すべき金額１６３９万６３００円を超える部分及び過少申告加算税賦課処分決定を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、熊本市の●の受注事業を行う財団法人である原告が、熊本市から、熊本市外郭団体助成条例（以下「本件条例」という。）に基づいて原告に支給された助成金２３１９万７０００円（以下「本件助成金」という。）を益金の額に算入するとともに、原告の職員の一部に対する退職給付費用２７６５万４０００円（以下「本件退職給付費用」という。）のうち収益事業に係る金額として２７３８万０２２５円（以下「本件費用」という。）を損金の額に算入して申告したところ、処分行政庁が、本件費用は債務が確定しているとは認められないなどとして法人税の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件各処分」という。）をしたことから、本件各処分の一部の取消しを求めた事案である。
１ 関連法令等の定め
(1) 本件に関連する法令の定めは別紙のとおりである。
(2) 公益法人会計基準の定め
公益法人に関する会計基準については、昭和５２年３月４日付け公益法人監督事務連絡協議会の申合せとして設定されていたところ、平成１６年１０月１４日付け「公益法人会計基準の改正等について」と題する公益法人等の指導監督等に関する関係省庁連絡会議申合せ（甲８）が公表され、この申合せにより改正された会計基準が、平成１８年４月１日以降に実施された。その後、内閣府公益認定等委員会において、改めて公益法人会計基準（乙３）が定められ、同基準は平成２０年１２月１日以降開始する事業年度から実施された。
２ 前提事実（当事者間に争いがないか、後掲各証拠等により容易に認定できる事実等）
(1) 原告について
ア 原告は、民法３４条（平成１８年法律第５０号による改正前のもの）の規定によりに設立された財団法人であり、平成２０年法律第２３号附則１０条により、法人税法２条６号に規定する公益法人等とみなされる法人である。
イ 原告は、熊本市から●の委託を受け、地方自治法２４４条の２第３項に規定する指定管理者として、これらの事務を行っている。
(2) 本件助成金の交付に至る経緯等について
ア 熊本市は、従来、外郭団体の職員の退職手当の財源不足に対する補助を行っていたが、外郭団体の自主的かつ自律的な経営体制の確立を促進することを目的として、外郭団体がその職員等に支給すべき退職手当にかかる財源不足に対する補助について平成２０年度末をもって廃止することとした（乙１１）。
イ 熊本市は上記アの補助支援の廃止の代替措置として、各外郭団体に対して、平成２１年３月３１日に当該外郭団体の職員が普通退職したと仮定した場合における財源不足額に、所定の補助率を乗じた額の合計額を一括して補助することとした（乙１１）。
ウ 熊本市は、平成２０年３月１８日に上記イの補助に関して本件条例を制定し、平成２１年３月５日付けで熊本市外郭団体助成金交付要綱（以下「本件交付要綱」という。）を定めた（乙１、８）。
エ 原告は、本件条例及び本件交付要綱に基づき、熊本市長に対して、助成金の交付申請を行い、同市長から本件助成金を交付する旨の平成２１年３月３１日付けの助成金交付決定通知書及び助成金交付確定通知書を受領した（乙１２、１３）。
オ 熊本市は、上記エに基づき、原告に対して上記エの頃、本件助成金２３１９万７０００円を交付した（乙１４）。
(3) 本件各処分に至る経緯について
ア 原告は、平成２１年５月２９日、熊本東税務署長に対し、平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の法人税につき、所得金額７１４６万０５６７円、納付すべき税額１４６７万８５００円として確定申告（以下「本件確定申告」という。）を行った（甲１、乙５）。
イ 原告は、その後平成２２年７月９日、本件確定申告にかかる所得金額７１４６万０５６７円に、減価償却の償却超過額２６１万２７１５円を加算し、減価償却超過額の当期認容額１０万０８８２円を減算し、それらの加算又は減算に伴って変動することとなる寄附金の損金不算入額を５０万２３６７円減算して２６３万２４９２円とし、所得金額を７３４７万００３３円、納付すべき税額１５６１万９７００円として修正申告（以下「本件修正申告」という。）を行った（甲１、２、乙６）。
なお、本件確定申告及び本件修正申告は、いずれも本件助成金２３１９万７０００円を益金の額に算入するとともに、原告の職員が本件事業年度末において普通退職するとした場合における退職手当規定に基づき算定した当該対象職員に係る退職手当の額２７６５万４０００円のうち２７３８万０２２５円（本件費用）を退職給付費用として損金の額に算入して申告したものである。
ウ これに対し、熊本東税務署長は、本件費用を損金の額に算入することは誤りであるなどとして、平成２２年１２月２１日付けで、所得金額を９８２１万７７６６円（修正申告からの増税額２４７４万７７３３円）、納付すべき税額を２１０６万４０００円（修正申告からの増額５４４万４３００円）とする更正処分決定及びこれに係る過少申告加算税を５４万４０００円とする過少申告加算税賦課決定処分（本件各処分）を行い、同日その旨を原告に通知した（甲３）。
(4) 本件訴訟提起に至る経緯
ア 原告は、本件各処分を不服として、平成２３年２月１８日、熊本東税務署長に対し、本件各処分の一部取消しを求めて異議申立てをした。これに対し、熊本東税務署長は、平成２３年５月１３日付けでいずれも異議申立てを棄却する決定を行い、その頃、原告にその旨通知した。（甲４、５)
イ 原告は、平成２３年６月１４日、国税不服審判所長に対し、本件各処分の一部取消しを求めて審査請求をした。これに対し、国税不服審判所長は、平成２４年３月２２日付けで、これを棄却する裁決を行い、同月２８日付けで上記裁決書謄本が原告に送付された。（甲６、７、乙８)
(5) 本件事業年度において、原告の職員が原告を退職した事実及び原告が原告の職員に対して退職金を支払った事実はない。
３ 争点及び当事者の主張
(1) 本件費用の額を本件事業年度の損金の額に算入しないことの適否
（原告の主張）
本件費用の額は本件事業年度の損金の額に算入されるべきである。
法人税法２２条３項２号かっこ書において、償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものが損金から除外されている趣旨は、引当金の計上は恣意性が入りやすく、これを損金として認めると課税の公平性が阻害されるためであるところ、本件助成金については、現実に助成金の入金がなされ、これを益金として計上するとともに、これと同額を費用処理していることから、一般的な引当処理とは異なり、原告の恣意性が介入する余地はないのであって、法人税法２２条３項２号かっこ書によって本件助成金の損金性が認められない理由はない。
（被告の主張）
本件費用の額を本件事業年度の損金の額に算入すべきではない。
法人税法２２条３項２号かっこ書規定の「債務の確定」とは、当該事業年度終了の日までに、①当該費用にかかる債務が成立していること、②当該債務に基づいて具体的な給付をすべき原因となる事実が発生していること、③その金額を合理的に算定することができるものであることの各要件を充足する場合をいうものと解すべきところ（法人税基本通達２－２－１２）、本件事業年度においては、現実に原告の職員が原告を退職した事実はないのであるから、本件費用については、上記②の要件を欠き、損金には当たらない。
(2) 本件助成金の額を益金の額に算入することの適否
（原告の主張）
仮に本件費用の額を損金の額に算入しないとする場合には、本件助成金の額を益金の額に算入するべきでない。その理由は、以下のとおりである。
ア 本件助成金は、固定資産の取得に充てられるために交付されたものであること法人税法２２条４項は、同条２項に規定する益金の額の計算方法について、「一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算」するものと規定しているところ、公益法人における一般に公正妥当と認められる会計処理の基準とは、公益法人会計基準であると考えられる。
そして、公益法人会計基準の運用指針（乙４）の１２「財務諸表の科目」において、退職給付等を支払うための特定預金等は、特定資産の退職給付引当資産として固定資産とされているので、退職給付引当資産は、法人税法上も法人税法施行令１２条４号が規定する「前３号に掲げる資産に準ずるもの」として、固定資産として扱うべきである。
上記扱いに従うと、本件助成金は、その全額が固定資産である退職給付引当資産の取得に充てられていることから、「固定資産の取得又は改良に充てるために交付を受ける補助金等の額は、たとえ当該固定資産が収益事業の用に供されるものである場合であっても、収益事業の益金の額に算入しない」とする法人税法基本通達１５－２－１２(1)により、収益事業の益金の額に算入されないものである。
イ 本件助成金の性質は課税の対象とならない資本の元入れに当たること
上記アの法人税法基本通達１５－２－１２(1)は、公益法人等が補助金等の無償による資産の譲受けを受けた場合においても、実質的に資本の元入れに当たるような性質の譲受けについては、課税しない考え方に拠ることを明らかにしたものである。
そして、本件助成金は、本件条例の趣旨に照らすと、原告の収益事業の経費の填補を目的として交付されたものではなく、原告法人全体に交付されたものであり、その実質は資本の元入れであって、課税の対象とならない。
ウ 本件助成金は、公益法人会計基準注解（乙３）（注１３）ただし書所定の預り補助金等に該当すること
本件助成金は、熊本市の外郭団体の自主的かつ自律的な経営体制の確立を促進するため、当該外郭団体がその職員等に支給すべき退職手当の財源不足の填補に関する同市の補助を廃止することに併せて一時金として支給されたものであり、本件条例５条等の規定によると、原告は原告職員が退職する際にこれを退職手当として支給する義務を負っている。そして、補助金を第三者に交付する義務を負っている場合の処理について、公益法人会計基準注解（注１３）は、そのただし書において、当該補助金は預り補助金等として負債処理し、収益に計上しない会計処理を求めている。
本件助成金については、原告が支給する退職手当に充てなければならないことは明らかであり、およそほかの用途に利用することは許されないのであるから、原告は本件助成金を原告職員の退職時に交付する義務を負っている。
以上によると、本件助成金については、収益を構成するとはせずに、預り金として負債処理するべきであって、益金の額に算入すべきではない。
エ 原告の職員の退職手当は、本来熊本市が負担すべきものであること
①熊本市と原告は経済的に実質上一体であり、原告職員も熊本市職員と同一視されていたこと、②熊本市と原告との間では毎年清算が行われており、原告には予算に計上されている退職共済制度以外には退職金の負担能力はなく、そもそも退職金を負担することが考えられていなかったこと、③かえって、原告職員の退職金支給時には、熊本市が予算措置を行い熊本市が負担することが予定されていたことなどの従前の経緯及び実態を考えると、もともと原告の職員に対する退職手当は、原告ではなく熊本市が負担すべきものであって、本件補助金の交付の実績は、単に熊本市が負担すべき退職手当の引当金を原告が一時的に預っていたにすぎないのであるから原告の収益として課税されるべきものでない。
（被告の主張）
本件助成金は、法人税法２２条２項規定の「無償による資産の譲受け」に該当するため、本件費用の額の損金の額への算入の有無に関わりなく益金の額に算入すべきである。原告の主張に対する反論は以下のとおりである。
ア 本件助成金は固定資産の取得に充てるために交付されたものでないこと
法人税法上の固定資産の範囲は、同法２条２２号、同法施行令１２条及び１３条に規定されているところ、公益法人会計基準上の退職給付引当資産は、上記規定で定められた固定資産の概念のいずれにも該当しない。
公益法人会計基準は、法人税の課税に資するために示された基準ではなく、法人税の課税においては、法人税法上の規定に従う必要があるし、そもそも、法人税法２２条４項が一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算されるものと規定しているのは、各事業年度の所得の金額の計算についてであって、法人税法上の資産の取扱いについて規定したものではない。
以上によれば、退職給付引当資産は法人税法上の固定資産に該当しないのであるから、退職給付引当資産の取得に充てられた本件助成金の取扱いについて法人税基本通達１５－２－１２(1)の適用はない。
イ 本件助成金の経済的性質は収益事業の経費を補填するために交付されたものであること本件助成金は、原告が将来支給すべきと想定される退職手当の財源不足を補填するために交付されたものであり、その使途は、本件条例５条によって原告の経費に当たる退職手当に特定されているのであるから、原告が主張するような資本の元入れと解する余地はなく、法人税基本通達１５－２－１２(2)によると収益事業に係る益金の額に算入されるべきものである。
ウ 本件助成金は公益法人会計基準注解（注１３）ただし書所定の預り補助金等に該当しないこと
本件助成金は、原告の財政援助を目的として熊本市から交付され、原告に帰属したものであり、他方、原告が支給の義務を負うのは、原告の職員との間における雇用関係に基づく退職金であるから、本件助成金そのものが原告の職員に対し交付されるものではない。上記本件助成金の性質に照らすと、本件助成金は公益法人会計基準注解（注１３）ただし書所定の預り補助金等に該当しない。
エ 原告職員の退職金は、原告が雇用契約に基づき給付すべき義務を負っているものであって、原告が主張する本件助成金交付に至る経緯や原告の事業実態を考慮しても熊本市が負担すべきものではない。
第３ 当裁判所の判断
１ 本件費用の額を本件事業年度の損金の額に算入しないことの適否について
法人税法２２条３項２号は、かっこ書において、償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものについて、損金の額から除外することを規定しているが、その趣旨は、発生の見込みや金額が明確でない費用の見越計上や引当金の設定については、法人の恣意性が入り込みやすいため、同号所定の費用については、「債務の確定」という法的基準を採用してその年度帰属を判定することとし、会計慣行一般に損金該当性が認められている引当金であっても、法令に別段の定めがない限り「債務の確定」しない費用について法人税の課税上は損金算入することを認めないこととしたものであると解される。
この点、本件費用は、原告の職員が本件事業年度末において普通退職するとした場合における退職手当規定に基づき算定した当該職員に係る退職手当の額であるところ、退職手当は当該職員が退職したことを原因として支払われるものであり、また、一般的に当該職員に実際に支払われる退職手当の具体的な額については、当該職員が退職した時点において、その適用される退職手当の算定基準に従って、当該職員の勤務年数、退職時の給与額、退職理由等の諸般の事情に基づき算定されるものである。したがって、本年事業年度内に原告が原告の職員に対して退職金を支払った事実や原告の職員が退職した事実がない本件においては、本件事業年度の終了の日までに給付をなすべき原因となる事実が発生しておらず、また、当該職員が退職する際に給付すべき退職手当の具体的な金額を合理的に算定すべき状況にあるものではないのであって、未だその発生及び金額の確実性は不十分というべきである。これらの事情によると、本件費用は、本件事業年度終了の日までに債務の確定しないものであり、法人税法２２条３項２号かっこ書に該当すると言わざるを得ない。
これに対して、原告は、本件助成金については、現実に助成金の入金がなされ、これを益金として計上するとともに、これと同額を費用処理していることから、一般的な引当処理とは異なり、恣意性が介入する余地はないので損金性が認められない理由はないと主張する。しかしながら、益金として計上された退職手当に関する助成金の額を基準として費用処理をしたとしても、その費用の発生及び金額の確実性が未だ不十分な状況にあることに変わりはないし、法人税法上、貸倒引当金及び返品調整引当金の２種類の引当金を損金として認めている（同法５２条、５３条）ほかに引当金について損金該当性を認める規定はなく、入金され益金として計上された助成金と同額の費用処理をしていることをもって同法２２条３項２号かっこ書の適用が排除されると認めるべき特段の規定もないのであるから、上記原告の主張は採用できない。
以上によれば、本件費用の額は、損金の額に算入すべきでないというべきである。
２ 本件助成金の額を益金の額に算入することの適否について
(1) 本件助成金は、固定資産の取得に充てるために交付を受けた補助金等に該当するか否かについて
本件助成金はその全額が退職給付引当資産の取得に充てられていることに争いがないところ、証拠（甲８、乙３、４）によると、公益法人における一般に公正妥当と考えられる会計処理の基準を要約したものと認められる公益法人会計基準に関する運用指針の１２の財務諸表の科目において、退職給付等を支払うための特定預金等は、特定資産の退職給付引当資産として固定資産として扱われている。そして、原告は、上記運用指針に基づき、本件助成金は固定資産である退職給付引当資産の取得に充てるために交付を受けた補助金等に該当するため法人税法基本通達１５－２－１２(1)によると、益金の額に算入されないと主張する。しかしながら、法人税法上、固定資産の範囲については、同法２条２２号、同法施行令１２条及び１３条に規定されているところ、これらの規定によると、法人税法上の固定資産とは、①土地（土地の上に存する権利を含む）（法人税法２条２２号、同法施行令１２条１号）、②減価償却資産（法人税法２条２２号、同法施行令１２条２号、同施行令１３条各号）、③電話加入権（法人税法２条２２号、同法施行令１２条３号）のほか、同法施行令１２条４号が規定する④「前三号に掲げる資産に準ずるもの」と規定されている。そして、同法施行令１２条４号が予定している固定資産とは、その文言上、上記①から③の資産に準ずる性質を有するものであることは明らかであって、上記のとおり、法人税法上の固定資産の概念は、法人税法及び同法施行令によって明確に定められている。これらの規定に定められた固定資産は、いずれも不動産、動産、物権や知的財産権等の権利であり、各種の引当金の類は含まれていないことが文言上明らかであることからすると、法人税法は、各種の引当金については固定資産と扱わないという立場をとっていると解するのが相当である。これと異なる立場をとる公益法人会計基準は、法人税法上の固定資産の範囲を画する場面においては、適用されないと解すべきである。そうすると、本件で問題となっている退職給付引当資産のような資産についてはその性質上、上記①から③の資産に該当しないことはもちろん、上記④の資産にも該当しないことは明らかである。ほかに法人税法上、退職給付引当資産が固定資産に含まれることを定めた規定はない。したがって、本件助成金は、固定資産である退職給付引当資産の取得に充てるために交付されたものであるため法人税法基本通達１５－２－１２(1)に従うと益金に算入されないという原告の主張は採用できない。
(2) 本件助成金は、資本の元入れといえるか否かについて
原告は、本件助成金は、本件条例の趣旨に照らすと、原告の収益事業の経費の補填として交付されたものではなく、あくまで原告である公益法人自体に交付されるものであって、その実質は資本の元入れであるから、課税の対象とならないと主張する。
しかしながら、本件条例によると、本件助成金は、原告の職員に対する退職手当にかかる財源不足の補助を目的として交付されたことは明らかであるところ、証拠（甲５）及び弁論の全趣旨によると、原告の職員はその勤務の大半につき原告の収益事業に従事していたのであるから、本件助成金は、原告の職員の退職手当という原告の収益事業の経費を補填するために交付されたものであると認めるべきであって、原告の上記主張は採用することができない。
(3) 本件助成金は、本来熊本市が負担すべき退職手当の引当金を預かったものにすぎないといえるかについて
原告は、本件助成金は本来熊本市が負担すべき退職手当の引当金を一時的に預かったものにすぎないので原告の収益として観念されるべきものではないと主張する。
しかしながら、熊本市が制定した本件条例１条には、「この条例は…（中略）…当該外郭団体がその職員等に支給すべき退職手当に係る財源不足の補てんに関する本市の支援を廃止することに併せて一時金として支給する助成金（以下「助成金」という。）に関し、必要な事項を定めるものとする。」と規定しており、従前原告職員の退職金支給時に熊本市が当該退職手当についての予算措置を行っていた等の事情を前提としても、原告の職員に対し退職手当を支給すべき義務を負っているのは原告であることは明らかであって、熊本市が原告の職員に対する退職手当を負担すべき法的根拠があるとは認め難いし、本件全証拠に照らしても上記法的根拠があることは認められない。そうであれば、本件助成金は、本来原告が自己の財産をもって原告の職員に対して給付する義務を負っている退職手当の財源とすべきものとして交付されていると認めることが相当である。
したがって、本来熊本市が原告の職員に対する退職手当を負担すべきであることを前提とする原告の主張は採用することができない。
(4) 本件助成金が預り補助金等に当たるとの主張について
原告は、公益法人会計基準注解（乙３)（注１３)「補助金等について」は、そのただし書において、公益法人が「当該補助金等を第三者に交付する義務を負担する場合」の処理について、当該補助金等は預り補助金等として処理し、収益に計上しない会計処理を行うものとしているところ、本件助成金も、原告が第三者である原告職員へ交付する義務を負担する場合に該当するため、上記規定が適用されて、益金に当たらないと主張する。
確かに本件条例５条によると、本件助成金は、原告の職員に支給する退職手当に充てなければならないものとされ、原告が原告の職員に退職手当として給付するまでの間に確実かつ効率的に運用することが許されているほかは、目的外の使用が禁じられており、また、熊本市長は原告に対して本件助成金の活用状況について報告を求めたり、一定の場合にはその一部又は全部の返還を命じる権限を有しているなど、本件助成金はその使途が原告の職員の退職手当に充てることに限定されて交付されたものであることが認められる。
しかしながら、上記公益法人会計基準注解（注１３）は、その規定上、本文において、「法人が国又は地方公共団体等から補助金等を受け入れた場合、原則として、その受入額を受取補助金等として指定正味財産増減の部に記載」するものとしており、国又は地方公共団体等から公益法人に対して交付された補助金等については、原則として当該公益法人に帰属する財産として処理すべきことを示している。そして、そのただし書において、「当該補助金等を第三者に交付する義務がある場合」については、例外的に預り補助金等として負債の部に記載することが規定されているが、同ただし書において、上記処理の対象となる場合の例として「当該補助金等が国又は地方公共団体等の補助金等交付業務を実質的に代行する目的で当該法人に一時的に支払われたものである場合」を挙げていることに照らすと、上記預り補助金等とは、当該補助金等が当該法人に交付された後、実質的に当該法人の財産に帰属することのないまま第三者に交付されることが予定されており、当該法人の収益と観念して課税の対象とすることが不相当な場合を想定しているものと考えることが相当である。
これを本件助成金について考えると、本件助成金は、上記のとおり使途が原告職員の退職手当に充てることに限定されているものの、それは上記(3)で認定したとおり本来原告が自己の財産をもって原告の職員に対して給付する義務を負っている退職手当の財源とすべきものとして交付されているのであるし、上記のとおり原告の職員が近い将来に確実に退職する予定があるものではなく、現実に原告の職員が退職して退職手当が支給されるまでの間は一定の運用をすることも認められているのであるから、交付後実質的に原告に帰属し、その後原告職員の退職金という原告の収益にかかる経費に充てられることを予定しているものであって、上記ただし書が想定している場合に該当しない。
したがって、本件助成金が、公益法人会計基準注解（注１３)「補助金等について」ただし書所定の預り補助金等に該当するため益金に算入されないとする原告の主張は採用できない。
(5) 以上によれば、本件助成金は、法人税法２２条２項所定の無償による資産の譲受けで資本等取引以外のものに該当すると認められるから、益金の額に算入すべきである。
３ 以上までに判示したところを前提として、原告の本件営業年度の所得金額、納付すべき法人税額、過少申告加算税の額を計算すると、それぞれ次のようになる。
(1) 本件営業年度の所得金額９８２１万７７６６円
ただし、次のア及びイの金額を加算したもの。
ア 修正申告に係る所得金額７３４７万００３３円
イ 本件更正処分に係る加算金額（本件修正申告額への加算額）
２４７４万７７３３円
ただし、次の(ア)の金額から(イ)の金額及び(ウ)の金額を減算したもの。
(ア) 損金の額に算入されない本件退職給付費用
２７６５万４０００円
(イ) 一般会計費用負担額過大２７万３７７５円
上記金額は、確定申告及び本件修正申告において、原告が一般会計費用負担額として、本件事業年度の所得の金額に加算した金額６５６万５６２３円（甲１、２）のうち、本件退職給付費用２７６５万４０００円に対応する２７万３７７５円であり（乙１５)、本件退職給付費用の全額が損金の額に算入できないことに伴い、所得の金額への加算が過大となるため、一般会計費用負担額過大として所得の金額から減算される金額である。
(ウ) 寄附金の損金不算入額過大２６３万２４９２円
上記金額は、上記(ア)の金額を加算し、上記(イ)の金額を減算することに伴い、法人税法３７条１項に規定する寄附金不算入額の再計算をすることにより所得金額から減算される金額である。
(2) 納付すべき法人税額２１０６万４０００円
ただし、上記(1)の所得金額９８２１万７７６６円（国税通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てたもの）に法人税法６６条３項（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの。）に定める税率２２パーセントを乗じて計算した２１６０万７７４０円から本件修正申告における法人税額の特別控除額５４万３６４３円（乙６）を差し引いた後の金額（ただし、国税通則法１１９条１項により１００円未満の端数を切り捨てたもの。）
(3) 過少申告加算税の額５４万４０００円
ただし、国税通則法６５条１項の規定に基づき、本件更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額５４４万円（上記(2)の納付すべき法人税額２１０６万４０００円から本件修正申告による納付税額１５６１万９７００円を減算した額。ただし、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）を基礎となる税額とし、これに１００分の１０の割合を乗じて算出した額
４ 小括
以上によれば、本件各処分はいずれも適法であり、原告の請求はいずれも理由がない。
第４ 結論
よって、原告の請求はいずれも理由がないことからこれを棄却し、訴訟費用の負担は、行訴法７条、民訴法６１条に従い、主文のとおり判決する。
熊本地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官中村心
裁判官西田政博
裁判官金築昌子
（別紙）
関連法令
第１ 法人税法
１ ２条（定義）
この法律において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。一、二略
三内国法人国内に本店又は主たる事務所を有する法人をいう。
四、五略
六公益法人等別表第二に掲げる法人をいう。
七ないし十二略
十三収益事業販売業、製造業その他の政令で定める事業で、継続して事業場を設けて行われるものをいう。
十四ないし二十一略
二十二固定資産土地（土地の上に存する権利を含む。）、減価償却資産、電話加入権その他の資産で政令で定めるものをいう。
二十三以下略
２ ４条
(1) １項
内国法人は、この法律により、法人税を納める義務がある。ただし、公益法人等又は人格のない社団等については、収益事業を行う場合、法人課税信託の引受けを行う場合又は第八十四条第一項（退職年金等積立金の額の計算）に規定する退職年金業務等を行う場合に限る。
(2) ２項以下略
３ ５条（内国法人の課税所得の範囲）
内国法人に対しては、各事業年度（連結事業年度に該当する期間を除く。）の所得について、各事業年度の所得に対する法人税を課する。
４ ７条（内国公益法人等の非収益事業所得等の非課税）
内国法人である公益法人等又は人格のない社団等の各事業年度の所得のうち収益事業から生じた所得以外の所得については、第五条（内国法人の課税所得の範囲）の規定にかかわらず、各事業年度の所得に対する法人税を課さない。
５ ２２条（各事業年度の所得の金額の計算）
(1) １項
内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする。
(2) ２項
内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする。
(3) ３項
内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、次に掲げる額とする。
一当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価の額二前号に掲げるもののほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額
三当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るもの
(4) ４項
第二項に規定する当該事業年度の収益の額及び前項各号に掲げる額は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従つて計算されるものとする。
(5) ５項
第二項又は第三項に規定する資本等取引とは、法人の資本金等の額の増加又は減少を生ずる取引並びに法人が行う利益又は剰余金の分配（資産の流動化に関する法律第百十五条第一項（中間配当）に規定する金銭の分配を含む。）及び残余財産の分配又は引渡しをいう。
６ 附則〔平成二〇年四月三〇日法律第二三号抄〕第十条（公益法人等の範囲に関する経過措置）
(1) １項
第二条の規定による改正前の法人税法（以下附則第二十二条までにおいて「旧法人税法」という。）別表第二第一号の表に掲げる社団法人又は財団法人であって一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（以下この条において「整備法」という。）第四十条第一項の規定により一般社団法人又は一般財団法人として存続するもののうち、整備法第百六条第一項（整備法第百二十一条第一項において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をしていないもの（整備法第百三十一条第一項の規定により整備法第四十五条の認可を取り消されたもの（以下この条においてそれぞれ「認可取消社団法人」又は「認可取消財団法人」という。）にあっては、新法人税法第二条第九号の二に規定する非営利型法人に該当するものに限る。）は、新法人税法第二条第六号に規定する公益法人等（以下附則第二十四条までにおいて「公益法人等」という。）とみなして、新法人税法その他法人税に関する法令の規定を適用する。
(2) ２項
前項の規定により公益法人等とみなされる認可取消社団法人及び整備法第二条第一項に規定する旧有限責任中間法人で整備法第三条第一項本文の規定の適用を受けるもの（新法人税法第二条第九号の二に規定する非営利型法人に該当するものに限る。）は新法人税法別表第二に掲げる一般社団法人に、前項の規定により公益法人等とみなされる認可取消財団法人は同表に掲げる一般財団法人に、それぞれ該当するものとする。
(3) ３項
整備法第二十五条第二項に規定する特例無限責任中間法人及び整備法第四十二条第二項に規定する特例民法法人（第一項の規定により公益法人等とみなされる認可取消社団法人及び認可取消財団法人を除く。）は、新法人税法第二条第九号の二に規定する非営利型法人に該当しないものとする。
第２ 法人税法施行令（固定資産の範囲）
１ ５条（収益事業の範囲）
(1) １項
法第二条第十三号（収益事業の意義）に規定する政令で定める事業は、次に掲げる事業（その性質上その事業に付随して行われる行為を含む。）とする。
一ないし九略
十請負業（事務処理の委託を受ける業を含む。）のうち次に掲げるもの以外のもの
イ 法令の規定に基づき国又は地方公共団体の事務処理を委託された法人の行うその委託に係るもので、その委託の対価がその事務処理のために必要な費用を超えないことが法令の規定により明らかなことその他の財務省令で定める要件に該当するもの
ロ 土地改良事業団体連合会が会員又は国若しくは都道府県に対し土地改良法第百十一条の九に掲げる事業として行う請負業
ハ 特定法人が農業者団体等に対し農業者団体等の行う農業又は林業の目的に供される土地の造成及び改良並びに耕うん整地その他の農作業のために行う請負業
ニ 私立学校法（昭和二十四年法律第二百七十号）第三条（定義）に規定する学校法人がその設置している大学に対する他の者の委託を受けて行う研究に係るもの（当該研究に係る実施期間が三月以上のもの並びにその委託に係る契約又は協定において当該研究の成果の帰属及び公表に関する事項が定められているものに限る。）
十一以下略
(2) ２項
次に掲げる事業は、前項に規定する事業に含まれないものとする。
一公益社団法人又は公益財団法人が行う前項各号に掲げる事業のうち、公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律第二条第四号（定義）に規定する公益目的事業に該当するもの
二公益法人等が行う前項各号に掲げる事業のうち、その事業に従事する次に掲げる者がその事業に従事する者の総数の半数以上を占め、かつ、その事業がこれらの者の生活の保護に寄与しているもの
イ 身体障害者福祉法（昭和二十四年法律第二百八十三号）第四条（身体障害者の意義）に規定する身体障害者
ロ 生活保護法（昭和二十五年法律第百四十四号）の規定により生活扶助を受ける者
ハ 児童相談所、知的障害者福祉法（昭和三十五年法律第三十七号）第九条第五項（更生援護の実施者）に規定する知的障害者更生相談所、精神保健及び精神障害者福祉に関する法律（昭和二十五年法律第百二十三号）第六条第一項（精神保健福祉センター）に規定する精神保健福祉センター又は精神保健指定医により知的障害者として判定された者
ニ 精神保健及び精神障害者福祉に関する法律第四十五条第二項（精神障害者保健福祉手帳の交付）の規定により精神障害者保健福祉手帳の交付を受けている者
ホ 年齢六十五歳以上の者
ヘ 母子及び寡婦福祉法（昭和三十九年法律第百二十九号）第六条第一項（定義）に規定する配偶者のない女子であつて民法第八百七十七条（扶養義務者）の規定により現に母子及び寡婦福祉法第六条第二項に規定する児童を扶養しているもの又は同条第三項に規定する寡婦
三以下略
２ １２条
法第二条第二十二号（固定資産の意義）に規定する政令で定める資産は、棚卸資産、有価証券及び繰延資産以外の資産のうち次に掲げるものとする。
一土地（土地の上に存する権利を含む。）
二次条各号に掲げる資産
三電話加入権
四前三号に掲げる資産に準ずるもの
３ １３条（減価償却資産の範囲）
法第二条第二十三号（減価償却資産の意義）に規定する政令で定める資産は、棚卸資産、有価証券及び繰延資産以外の資産のうち次に掲げるもの（事業の用に供していないもの及び時の経過によりその価値の減少しないものを除く。）とする。
一建物及びその附属設備（暖冷房設備、照明設備、通風設備、昇降機その他建物に附属する設備をいう。）
二構築物（ドック、橋、岸壁、桟橋、軌道、貯水池、坑道、煙突その他土地に定着する土木設備又は工作物をいう。）
三機械及び装置
四船舶
五航空機
六車両及び運搬具
七工具、器具及び備品（観賞用、興行用その他これらに準ずる用に供する生物を含む。）八次に掲げる無形固定資産
イ 鉱業権（租鉱権及び採石権その他土石を採掘し又は採取する権利を含む。）
ロ 漁業権（入漁権を含む。）
ハ ダム使用権
ニ 水利権
ホ 特許権
へ実用新案権
ト 意匠権
チ 商標権
リ ソフトウエア
ヌ 育成者権
ル 公共施設等運営権
ヲ 営業権
ワ 専用側線利用権（鉄道事業法（昭和六十一年法律第九十二号）第二条第一項（定義）に規定する鉄道事業又は軌道法（大正十年法律第七十六号）第一条第一項（軌道法の適用対象）に規定する軌道を敷設して行う運輸事業を営む者（以下この号において「鉄道事業者等」という。）に対して鉄道又は軌道の敷設に要する費用を負担し、その鉄道又は軌道を専用する権利をいう。）
カ 鉄道軌道連絡通行施設利用権（鉄道事業者等が、他の鉄道事業者等、独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構、独立行政法人日本高速道路保有・債務返済機構又は国若しくは地方公共団体に対して当該他の鉄道事業者等、独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構若しくは独立行政法人日本高速道路保有・債務返済機構の鉄道若しくは軌道との連絡に必要な橋、地下道その他の施設又は鉄道若しくは軌道の敷設に必要な施設を設けるために要する費用を負担し、これらの施設を利用する権利をいう。）
ヨ 電気ガス供給施設利用権（電気事業法（昭和三十九年法律第百七十号）第二条第一項第一号（定義）に規定する一般電気事業若しくは同項第五号に規定する特定電気事業又はガス事業法（昭和二十九年法律第五十一号）第二条第一項（定義）に規定する一般ガス事業若しくは同条第三項に規定する簡易ガス事業を営む者に対して電気又はガスの供給施設（同条第五項に規定するガス導管事業又は同条第八項に規定する大口ガス事業の用に供するものを除く。）を設けるために要する費用を負担し、その施設を利用して電気又はガスの供給を受ける権利をいう。）
タ 熱供給施設利用権（熱供給事業法（昭和四十七年法律第八十八号）第二条第三項（定義）に規定する熱供給事業者に対して同条第四項に規定する熱供給施設を設けるために要する費用を負担し、その施設を利用して同条第一項に規定する熱供給を受ける権利をいう。）
レ 水道施設利用権（水道法（昭和三十二年法律第百七十七号）第三条第五項（定義）に規定する水道事業者に対して水道施設を設けるために要する費用を負担し、その施設を利用して水の供給を受ける権利をいう。）
ソ 工業用水道施設利用権（工業用水道事業法（昭和三十三年法律第八十四号）第二条第五項（定義）に規定する工業用水道事業者に対して工業用水道施設を設けるために要する費用を負担し、その施設を利用して工業用水の供給を受ける権利をいう。）
ツ 電気通信施設利用権（電気通信事業法（昭和五十九年法律第八十六号）第九条第一号（電気通信事業の登録）に規定する電気通信回線設備を設置する同法第二条第五号（定義）に規定する電気通信事業者に対して同条第四号に規定する電気通信事業の用に供する同条第二号に規定する電気通信設備の設置に要する費用を負担し、その設備を利用して同条第三号に規定する電気通信役務の提供を受ける権利（電話加入権及びこれに準ずる権利を除く。）をいう。）
九次に掲げる生物（第七号に掲げるものに該当するものを除く。）
イ 牛、馬、豚、綿羊及びやぎ
ロ かんきつ樹、りんご樹、ぶどう樹、梨樹、桃樹、桜桃樹、びわ樹、くり樹、梅樹、柿樹、あんず樹、すもも樹、いちじく樹、キウイフルーツ樹、ブルーベリー樹及びパイナップル
ハ 茶樹、オリーブ樹、つばき樹、桑樹、こりやなぎ、みつまた、こうぞ、もう宗竹、アスパラガス、ラミー、まおらん及びホップ
第３ 熊本市外郭団体助成条例（本件条例）
１ １条（趣旨）
この条例は、本市の外郭団体の自主的かつ自律的な経営体制の確立を促進するため、当該外郭団体がその職員等に支給すべき退職手当に係る財源不足の補てんに関する本市の支援を廃止することに併せて一時金として支給する助成金（以下「助成金」という。）に関し、必要な事項を定めるものとする。
２ ２条（定義）
この条例において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。一外郭団体地方自治法施行令（昭和２２年政令第１６号）第１４０条の７第１項に規定する法人及び本市が設立時から財政的支援又は人的支援を行いその運営に関与し、本市と密接な関係を有する法人のうち、別表第１に掲げるものをいう。
二共済金中小企業退職金共済法（昭和３４年法律第１６０号）に基づく退職金共済制度に係る退職金、社会福祉施設職員等退職手当共済法（昭和３６年法律第１５５号）に基づく退職手当共済制度に係る退職手当金又は社会福祉法人全国社会福祉協議会が設けた全国社会福祉団体職員退職手当積立基金に係る退職手当金をいう。
三引当金外郭団体が退職手当規程に基づく退職手当の支払のために積み立てた基準日における引当金をいう。
四基準日平成２１年３月３１日をいう。
五普通退職傷病（地方公務員等共済組合法（昭和３７年法律第１５２号）第８４条第２項又は厚生年金保険法（昭和２９年法律第１１５号）第４７条第２項に規定する障害等級に該当する程度の障害の状態にある傷病をいう。）又は死亡によらない、その者の都合による退職をいう。
六整理退職職制若しくは定数の改廃又は予算の減少により廃職又は過員を生ずることによる退職をいう。
七定年退職等前２号に掲げる退職以外の退職をいう。
八退職手当規程外郭団体の職員等に対し退職手当を支給するに当たっての基準について、外郭団体がそれぞれ定める規程をいう。
九一括助成対象者外郭団体の職員等のうち退職手当規程の適用を受ける者で基準日後も引き続き当該外郭団体に就労するものをいう。
十退職手当相当額一括助成対象者が基準日において普通退職するとした場合における、退職手当規程に基づき算定した当該者の退職手当の額をいう。
３ ３条（支給額）
(1) １項
外郭団体に対し支給する助成金の額は、次に掲げる額の合計額とする。
一退職手当相当額の別表第２に掲げる年齢区分ごとの合計額から、それぞれ同区分に応じ、一括助成対象者ごとの基準日における共済金の額（その額が当該一括助成対象者に係る退職手当相当額を上回る場合にあっては、当該退職手当相当額の額）の同区分ごとの合計額を控除した額（引当金がある場合にあっては、更に当該引当金を控除した額）に、それぞれ同表に掲げる補助率を乗じて得た額（その額に１,０００円未満の端数があるときは、その端数を切り捨てた額）の合計額
二退職手当規程の適用を受ける者で基準日までに整理退職又は定年退職等をしたもの（整理退職にあっては、別表第３に掲げる法人の退職手当規程の適用を受ける者に限る。）に対して支給する退職手当の合計額から、これらの者に係る共済金の合計額を控除して得た額（引当金がある場合にあっては、更に当該引当金を控除して得た額）（その額に１，０００円未満の端数があるときは、その端数を切り捨てた額）
(2) ２項
前項の額の算定において引当金を控除する場合は、最初に同項第２号に規定する額の算定において控除し、当該控除をしてもなお控除しきれない引当金があるときは、これを同項第１号に規定する額の算定において控除する。
(3) ３項
前項の規定により第１項第１号に規定する額の算定において控除すべき引当金がある場合における当該引当金の控除については、別表第２の年齢区分のうち最も高い年齢区分に属するものから控除し、当該控除をしてもなお控除しきれない引当金がある場合は、次に高い年齢区分に属するものから控除し、以後同様とする。
(4) ４項
第１項第１号の退職手当相当額及び同項第２号の退職手当の額は、熊本市職員の退職手当に関する条例（昭和３０年条例第１６号）の適用があるものとして算出した場合の退職手当の額を基準として市長が別に定める額を上限とする。
(5) ５項
外郭団体の財務状況により必要があると認められるときは、前各項の規定により算定された助成金の額を減額することができるものとする。
４ ４条（助成金の額の確定）
助成金は、基準日の属する会計年度内に額を確定する。
５ ５条（使途及び監督）
(1) １項
助成金は、外郭団体が支給する退職手当に充てなければならない。ただし、退職手当の支給に充てるまでの間、確実かつ効率的に運用することについては、これを妨げない。
(2) ２項
外郭団体に対する助成金の支給がなされた場合において、市長等は、その活用状況に関し報告を徴し、不適当であると認めたときは、必要な措置を講ずるよう勧告することができる。
(3) ３項
市長等は、外郭団体が前項の規定による勧告に従わないときは、支給した助成金の全部又は一部の返還を命ずることができる。
６ 別表第１ないし３略
以上
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2013/pdf/12340.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。