税務訴訟資料第２６４号－８（順号１２３８９）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分取消請求事件
国側当事者・国（新潟税務署長）
平成２６年１月２１日棄却・控訴
判決
原告
甲
被告
国
同代表者法務大臣
谷垣禎一
処分行政庁
新潟税務署長
桑原和明
同指定代理人
別紙１指定代理人目録のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 新潟税務署長が平成２３年５月１９日付けで原告に対してした次の各処分をいずれも取り消す。
(1) 原告の平成１８年分の所得税に係る更正処分のうち納付すべき税額マイナス（還付金の額に相当する税額）１９万６８００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分
(2) 原告の平成１９年分の所得税に係る更正処分のうち納付すべき税額マイナス（還付金の額に相当する税額）２１万０９００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分
(3) 原告の平成２０年分の所得税に係る更正処分のうち納付すべき税額マイナス（還付金の額に相当する税額）２０万２８００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分
(4) 原告の平成２１年分の所得税に係る更正処分のうち納付すべき税額マイナス（還付金の額に相当する税額）１９万４６００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分
２ 被告は、原告に対し、３９４７円を支払え。
第２ 事案の概要
本件は、給与所得者である原告が、①平成１８年分から平成２１年分まで（以下「本件各係争年分」という。）の所得税の額につき、さいたま市内に所有する家屋（以下「本件家屋」という。）に係る住宅借入金等（以下「本件住宅借入金等」という。）に関し租税特別措置法（以下「措置法」という。）４１条に規定する住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除（以下、この特例を「本件特例」という。）が適用されるとして確定申告（還付申告）をし、同条所定の住宅借入金等特別税額控除額の還付を受けたところ、新潟税務署長から、本件各係争年分において、原告が本件家屋を各年の１２月３１日まで引き続きその居住の用に供していたとは認められず、本件住宅借入金等に関し本件特例は適用されないとして、本件各係争年分の所得税に係る更正処分（以下「本件各更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」といい、本件各更正処分と併せて「本件各更正処分等」という。）を受けたため、本件各更正処分等が違法であるとして、その取消しを求めるとともに、②新潟税務署長に対して納付した本件各更正処分に伴う延滞税に係る過誤納金について、新潟税務署長から還付を受けた額に不足があるなどと主張して、被告に対し、合計３９４７円の支払を求めている事案である。
１ 関係法令等の定め
別紙２（関係法令等の定め）のとおりである（別紙２で定義した略語は、本文においても用いることとする。）。
２ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
(1) 原告
原告は、Ｇに勤務する国家公務員である。
(2) 本件家屋の取得及び転入
原告は、平成１１年１０月、大宮市●●及び同●●（現さいたま市見沼区●●及び同●●）に所在する本件家屋（木造スレート葺２階建・延床面積９３．１５㎡）及びその敷地を取得し、同月１９日、大宮市長（現さいたま市長）に転入の届出をした。（乙１）
(3) 平成１１年分から平成１５年分までの所得税
原告は、本件住宅借入金等について、平成１１年分の所得税は確定申告により、平成１２年分から平成１５年分までの所得税は勤務先の年末調整により、それぞれ本件特例の適用を受けた。
(4) 原告の勤務状況等
ア 原告は、平成１６年４月１日付けの人事異動により、広島市に所在するＨでの勤務（以下「本件広島勤務」という。）を命ぜられ、広島市●●所在のＩ住宅●●号室（以下「本件広島宿舎」という。）の貸与を受けて入居した。
イ 原告は、平成２０年５月１６日付けの人事異動により、新潟市に所在するＪでの勤務（以下「本件新潟勤務」という。）を命ぜられ、新潟市●●所在のＫ住宅●●号室（以下「本件新潟宿舎」といい、本件広島宿舎と併せて「本件各宿舎」という。）の貸与を受けて入居した。
ウ 原告は、平成１６年４月以降も、本件家屋の住所から住民票上の住所の異動をしていない。
(5) 平成１６年分から平成２１年分までの所得税
ア 原告は、平成１６年分の所得税の年末調整に当たり、本件住宅借入金等について本件特例の適用を受けるため、勤務先に対し「給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書」と題する書面（以下「本件特例申告書」という。）を提出したが、勤務先から、本件住宅借入金等に係る本件特例の適用については年末調整では対応できないとして、関係書類の返却を受けた。
イ 原告は、平成１６年分及び平成１７年分の所得税については平成１８年８月２９日に、平成１８年分から平成２０年分までの所得税については平成２１年１０月２２日に、平成２１年分の所得税については平成２２年９月１０日に、いずれも本件住宅借入金等について本件特例の適用を受けるための確定申告書（還付申告書）を大宮税務署の窓口に提出し、各年分の所得税の還付を受けた。
(6) 本件各更正処分等に至る経緯等
ア 大宮税務署の担当職員は、平成２３年２月１４日、原告に対し、本件各係争年分の所得税について本件住宅借入金等に係る本件特例の適用は認められない旨を説明した上で、修正申告に応ずる意思があるか否かを確認したところ、原告は、同職員に対し、本件特例の適用を受けられない理由に関する資料をもらえないのであれば修正申告には応じられない旨回答した。
イ 新潟税務署長は、原告が、平成１６年４月以降、本件各係争年分の１２月３１日まで本件家屋を「引き続きその居住の用に供している」とは認められず、本件住宅借入金等について本件特例を適用することはできないとして、平成２３年５月１９日付けで本件各更正処分等をし、同日、原告に対し更正通知書を発した。（甲１）
ウ 原告は、本件各更正処分等を不服として、平成２３年６月８日付けで新潟税務署長に対し異議申立てをした。新潟税務署長は、同月３０日付けで同異議申立てを棄却する旨の決定をした。（甲３、４）
エ 原告は、上記ウの決定を不服として、平成２３年７月２８日付けで国税不服審判所長に対し審査請求をした。国税不服審判所長は、平成２４年６月２５日付けで同審査請求を棄却する旨の裁決をした。（甲６、１８）
オ 本件各係争年分に係る本件各更正処分等の経緯は、それぞれ別紙３から６までのとおりである。
(7) 本件各更正処分に係る延滞税について
ア 原告は、本件各更正処分により納付することとなった各本税（還付を受けていた税額相当額）について、平成１８年分は平成２３年６月１８日に、平成１９年分から平成２１年分までは平成２３年６月１９日に、それぞれコンビニエンスストアにおける納付の方法により納付した。
イ 新潟税務署管理運営担当職員は、平成２３年７月２７日付けで、原告に対し、本件各更正処分により納付すべき所得税に係る延滞税の納付を促すため、「延滞税等のお知らせ」と題する書面（以下「本件連絡書面」という。）を送付した。本件連絡書面には、それぞれ次のとおり延滞税の額が記載されていた。（甲５）
(ア) 平成１８年分３万１４００円
(イ) 平成１９年分２万５３００円
(ウ) 平成２０年分１万４８００円
(エ) 平成２１年分１万０３００円
ウ 原告は、平成２３年８月２１日、コンビニエンスストアにおける納付の方法により、上記イの各延滞税を納付した（当該納付金は、納付受託者である同ストアを通じ、同年９月１日付けで日本銀行に納付された。）。
エ 新潟税務署長は、本件連絡書面記載の各延滞税の額が過大であるとの誤りがあったため、平成２３年１１月７日、原告が本来納付すべきである各延滞税（以下「本件各延滞税」という。）の額を超えた部分の金額（以下「本件各誤納金」という。）を過誤納金として、原告名義の銀行預金口座に振り込む手続をした。なお、同口座に振り込まれた本件各誤納金の額は、次のとおりである。（甲８）
(ア) 平成１８年分２万２５００円
(イ) 平成１９年分１万５５００円
(ウ) 平成２０年分５４００円
(エ) 平成２１年分４０００円
オ 原告は、平成２３年８月２３日付けで新潟税務署長に対し本件連絡書面の取消し又は変更を求める異議申立てをした。新潟税務署長は、同年１１月１７日付けで同異議申立てを却下する旨の決定をした。（甲７、１１）
カ 原告は、上記オの決定を不服として、平成２４年１月１６日付けで国税不服審判所長に対し審査請求をした。国税不服審判所長は、同年２月８日付けで同審査請求を却下する旨の裁決をした。（甲１３、１６）
(8) 本件訴えの提起
原告は、平成２４年１２月２６日、本件訴えを提起した。（顕著な事実）
３ 課税処分の根拠
本件において被告が主張する本件各更正処分等の根拠は、別紙７記載の１（本件各更正処分の根拠）及び２（本件各賦課決定処分の根拠）のとおりである。
４ 争点
(1) 本件各更正処分等に係る新潟税務署長の処分権限の有無（平成２３年５月１９日時点の原告の住所地が本件新潟宿舎であったか否か。）
(2) 本件特例の適用の可否（本件各係争年分において原告が本件家屋を引き続きその居住の用に供していたといえるか。）
(3) 「正当な理由」（通則法６５条４項）の有無
(4) 納付済み延滞税の一部返還請求の可否（延滞税の算定内容の適法性）
(5) 延滞税の過誤納金の還付に伴う利息請求の可否（還付加算金の算定内容の適法性）
５ 争点に関する当事者の主張の要旨
(1) 争点(1)（本件各更正処分等に係る新潟税務署長の処分権限の有無）について（被告の主張の要旨）
ア 更正は、その処分をする際における国税の納税地を所轄する税務署長が行うとされ（通則法３０条１項）、所得税の納税地は、納税義務者が国内に住所を有する場合、その住所地とするとされている（所得税法１５条）ところ、原告は、国内に住所を有すると認められることから、その住所地を所轄する税務署長が更正等の処分権限を有することとなる。
そして、住所とは、反対の解釈をすべき特段の事由がない以上、生活の本拠、すなわち、その者の生活に最も関係の深い一般的生活、全生活の中心を指すものであり、一定の場所がある者の住所であるか否かは、客観的に生活の本拠たる実体を具備しているか否かにより決すべきものと解するのが相当である。
また、生活の本拠たる実体を具備しているか否かは、一般的には、住居、職業、生計を一にする配偶者その他の親族の居所、資産の所在等の客観的事実に基づき、総合的に判定するのが相当である。これに対し、主観的な居住意思は、通常は、客観的な居住の事実に具体化されているはずであるため、住所の判定に無関係であるとはいえないものの、必ずしも常に存在するものではなく、外部から認識し難い場合が多いため、補充的な考慮要素にとどまるものと解される。
イ 原告についてみるに、原告は、平成２０年５月の人事異動により勤務地が広島市から新潟市となり、本件新潟勤務に伴い、３Ｋ仕様の本件新潟宿舎に入居し、本件新潟宿舎に家電製品を持ち込むとともに、自己所有の自動車を本件新潟宿舎付近の駐車場に駐車するなど、本件新潟宿舎に生活に使用する動産を常備していた。そして、原告は、本件各更正処分等がされた平成２３年５月１９日時点においても、平日は本件新潟宿舎から新潟市内の勤務先に自転車で通勤する一方、休日は、多い時で月に３回程度本件家屋に帰って寝泊まりすることがあったにすぎず、また、原告宛ての郵便物についても、本件新潟宿舎に転送されるように手続をし、本件新潟宿舎でこれを受領していたというのである。さらに、本件新潟勤務の期間を通じて、本件家屋に原告と生計を一にする親族が居住していたという事実もない。
これらの客観的事実に照らせば、本件各更正処分等がされた時点における原告の生活の本拠は、本件新潟宿舎のほかに考えられない。
ウ これに対し、原告は、銀行の預金通帳やクレジットカード等の住所をさいたま市に集中させ、町内会費も支払っており、選挙権もさいたま市で行使するなど、通勤以外の生活については、さいたま市を本拠地とするものであり、また、本件特例が住民税からの控除もできることとされていることからみても、納税地は、住民票があり、住民税を納めている本拠地であるさいたま市をおいてほかにないなどと主張する。しかし、前記アのとおり、住所地の判断は、客観的に生活の本拠たる実体を具備しているか否かという点に着目して行われるべきものであり、原告の主張する居住意思や住民登録等の事実は、補充的な考慮要素になり得るとしても、その判断の決め手にはならない。そして、原告の生活状況等に関する客観的事実に照らせば、原告の主張する事実を補充的に考慮したとしても、本件各更正処分等がされた時点における原告の生活の本拠が本件家屋にあるのではなく、本件新潟宿舎にあることは明らかである。
なお、原告は、被告側において新潟税務署長に本件各更正処分等の処分権限があるとしながら、大宮税務署の職員が原告に対し修正申告のしょうようをしたことを問題視しているようである。しかし、所得税法上、質問検査権の行使に係る税務署等の所轄に関する制限はなく、原告は、本件各係争年分の確定申告書を大宮税務署長に提出し、納税地を異動する旨の届出等をしていないのであるから、原告の納税地が大宮税務署管内にあるとして、大宮税務署の職員が原告に対し修正申告のしょうようをしたことにも何ら問題はない。
エ 以上のとおり、本件各更正処分等が行われた時点における原告の住所地は、本件新潟宿舎の住所地であるから、原告の住所地を所轄する新潟税務署長が、原告に対する本件各更正処分等の処分権限を有していたものである。
（原告の主張の要旨）
原告は、銀行の預金通帳やクレジットカード等の住所をさいたま市に集中させ、町内会費も支払っており、選挙権もさいたま市で行使するなど、通勤以外の生活については、全てさいたま市民として行動しているのであって、さいたま市を本拠地とするものである。また、本件特例が住民税からの控除もできることとされていることからみても、納税地は、住民票があり、住民税を納めている本拠地であるさいたま市をおいてほかにない。したがって、通勤等に必要な日常的な起居等を除き、本件家屋が原告の全生活の中心を指すものであるということができる。
原告は、本件家屋を所有する一方、本件新潟宿舎については賃借していたにすぎない。そして、原告は、本件家屋について、家財道具の大半を置き、電気、ガス、水道及び電話の全てを使える状態にしていたものである。原告のような全国転勤が予定されている国家公務員にとっては、特定の場所を本拠地として定め、そこから赴任先に必要最小限の荷物を持って異動することとすることには合理性があり、本件家屋は、単に余暇を過ごすための場所ではなく、生涯の生活基盤となるものである。
したがって、原告の住所地は本件家屋の住所地であって、本件新潟宿舎は一時的な居所にすぎず、住所地であるとはいえないというべきである。
なお、仮に、新潟税務署長が本件各更正処分等の処分権限を有すると解するのであるならば、大宮税務署の職員が、処分権限を有しないにもかかわらず、原告を呼び出し、修正申告のしょうようをしたことは違法ということになる。
(2) 争点(2)（本件特例の適用の可否）について
（被告の主張の要旨）
ア 措置法４１条１項は、「引き続きその居住の用に供している」との要件（以下「本件居住要件」という。）を本件特例の要件の一つとして定めているところ、本件居住要件は、その文言から社会通念上想起される意味内容からも明らかであるとおり、居住者が家屋に居住して生活しているという事実に着目した要件であると解される。そして、一般に、ある家屋に居住して本件特例の適用を受けていた居住者が、転任の命令等により当該家屋から転居した場合には、生活の拠点が当該家屋から転居後の住居に移転するのが通常であるから、転居後の期間については、これに反する特段の事情がない限り、本件居住要件を満たさなくなるものと解すべきである。このことは、同条１１項が、転任の命令等により居住用家屋から転居した場合には本件居住要件に当たらなくなることを当然の前提としていることによっても裏付けられているというべきである。
イ 本件についてみるに、原告は、平成１６年４月の人事異動により本件広島勤務となり、本件家屋から通勤することができなくなったため、本件広島宿舎に入居した。そして、原告は、家電製品等を購入し、自己所有の自動車を本件広島宿舎の敷地内に駐車し、平日は本件広島宿舎から広島市内の勤務先にバスで通勤し、休日は中国地方の各地に自動車で行くことが多かった一方で、本件家屋には休日等が連続する場合や東京での会議がある場合に、月に１回程度寝泊まりするのみであり、原告宛ての郵便物についても、本件広島宿舎へ転送されるように手続をし、本件広島宿舎でこれを受領していた。
また、原告は、平成２０年５月に本件新潟勤務となった以後も、上記(1)（被告の主張の要旨）イのとおり、本件家屋から通勤することができないため、本件新潟宿舎に入居し、本件新潟宿舎に家電製品等の生活に使用する動産を常備するとともに、自己所有の自動車を本件新潟宿舎付近の駐車場に駐車していた。また、原告は、平日は本件新潟宿舎から新潟市内の勤務先に自転車で通勤する一方、休日は、多い時で月に３回程度本件家屋に帰って寝泊まりすることがあったにすぎず、原告宛ての郵便物についても、本件新潟宿舎に転送されるように手続をし、本件新潟宿舎でこれを受領していたというのである。
さらに、本件家屋における平成１８年から平成２１年までのガス及び水道の各使用量をみても、０㎥の月が各年において数か月あるほか、その他の月の使用量も極めて少ない。また、これらの期間を通じて、本件家屋に原告と生計を一にする親族が居住していた事実はない。
以上の客観的事実を社会通念に照らして総合的に考慮すれば、原告が本件家屋から転居した平成１６年４月以降、原告が本件家屋を生活の拠点として利用していなかったことは明らかであり、本件各係争年分について、原告が、本件家屋から転居したにもかかわらず、本件家屋を生活の拠点として継続的に利用していたと認めるに足りる特段の事情があるとは到底認められない。
なお、銀行の預金通帳やクレジットカード等は、運転免許証等により住所、氏名及び生年月日を確認して発行されるものであり（犯罪による収益の移転防止に関する法律４条参照）、住民税は、その年の１月１日現在において市町村内に住所を有する個人に対して賦課されるものであり（地方税法２９４条、３１８条）、選挙権についても、日本国民で、年齢満２０歳以上で引き続き３か月以上同じ区市町村に住所を有する者が、選挙人名簿に登録され、地方公共団体の議会の議員及び長の選挙権を有することとなるものである（公職選挙法９条２項）。したがって、これらの事実は、いずれも住民登録上の住所等を基礎とするものであるということができ、原告の生活の拠点を客観的に示すものではない。
（原告の主張の要旨）
本件居住要件について、それが社会通念に照らして総合的に判断されるものであるならば、その判断基準が明らかにされるべきであるが、新潟税務署長や大宮税務署は、その判断基準を明らかにしない。
この点について、本件居住要件を満たさなくなったかどうかは、家財道具を全て移転し、公共料金等や電話等の契約を全て停止することをもって判断すべきであって、一時的にでも帰宅して生活する必要があり、電気等の必要な生活基盤が全て整っている状態であれば、客観的に生活の本拠たる実態を具備していないとはいい難いものというべきである。
そして、原告は、本件家屋について、家財道具の大半を置き、電気、ガス、水道及び電話の全てを使用できる状態にしていたものである。原告は、本件各宿舎には、本件家屋から必要最小限の物を持って出向いていた旨の認識しか有していない。
また、原告は、住民票をさいたま市に置き、納税もさいたま市で行い、選挙権の行使もさいたま市で行うなど、行政との関わりにおいては全てさいたま市を本拠地としている。さらに、原告は、本件広島宿舎からの郵便物の転送先をさいたま市の本件家屋とした上で、更に本件家屋から本件新潟宿舎に転送していたものであるところ、そのようにしていたのは、転送先を頻繁に変えると重要な連絡が途絶えてしまうおそれがあるため、本拠地である本件家屋に一旦転送した上で、勤務地に再度転送することが合理的であると判断したからである。
加えて、原告は、銀行の預金通帳やクレジットカードの住所も、本件家屋としている。これらの住所は、銀行又はクレジットカードの発行会社からの連絡を滞りなく受けるため、本拠地を定めた場所とすべきものであって、本人確認のための書類である運転免許証や住民票に書かれた住所を必ずしもそのまま記入するものではなく、原告は、自らの明確な意思に基づき、主たる住所である本件家屋の住所としたものである。また、これと同様に、原告の運転免許証の住所についても、運転免許証の更新手続の連絡を滞りなく受ける観点から、本拠地である本件家屋が記載されている。本件居住要件の判断において決定的なのは、住民票上の住所地である。
(3) 争点(3)（「正当な理由」〔通則法６５条４項〕の有無）について
（原告の主張の要旨）
原告は、本件住宅借入金等に係る本件特例の適用について年末調整では対応できないとされたため、大宮税務署の税務相談を訪れた。原告のような公務員やサラリーマンが本件特例の適用を受ける場合、通常は、初年度以外は年末調整において手続をするものである（原告も、平成１２年分から平成１５年分までの所得税については、年末調整により本件住宅借入金等に係る本件特例の適用を受けていた。）ことからすれば、大宮税務署の職員は、税務相談に訪れた原告に対し、必要な調査や聞き取り等をすべきであった。しかし、原告は、同署の職員から住民票上の住所のみを問われたため、住民票上の住所については動かしていない旨を回答したところ、そうであれば本件特例の適用を受けられる旨言われたため、窓口で書類を作成し、これを同署に提出したものである。
以上の事情によれば、原告には、本件各賦課決定処分を課されないための「正当な理由」（通則法６５条４項）があるというべきである。
（被告の主張の要旨）
ア 通則法６５条４項にいう「正当な理由」とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情がある場合をいうところ、課税実務では、確定申告の納税相談等において、納税者から十分な資料の提出等があったにもかかわらず、税務職員等が納税者に対して誤った指導を行い、納税者がその指導に従ったことにより過少申告となった場合で、かつ、納税者がその指導を信じたことについてやむを得ないと認められる事情がある場合には、「正当な理由」があるものとして取り扱っている（平成１２年７月３日付け課所４－１６ほか「申告所得税の過少申告加算税及び無申告加算税の取扱いについて（事務運営指針）」第１の１(4)）。そして、過少申告加算税の趣旨及び通則法６５条４項が同条１項の例外規定であることからすると、「正当な理由」の主張立証責任は、納税者が負うものと解される。
イ 原告についてみるに、原告が大宮税務署において申告書を作成し、提出した際の同署の職員との具体的な応答の内容については不明であるが、原告の主張によっても、原告が同職員に対し、本件家屋の具体的な利用状況や生活状況等を説明した上で、本件住宅借入金等について本件特例の適用を受けることができるか否かについて相談した事実は認められない。また、原告の住民登録上の住所が本件家屋の住所とされている事実は、その場所が原告の生活の拠点であることを一定程度推認させるものであることからすると、仮に、大宮税務署の職員が原告の住民登録上の住所を確認した上で、原告が本件家屋を引き続きその居住の用に供していると判断し、原告に対し本件特例の適用があることを前提とする回答をしたとしても、このことをもって、同職員が、原告から十分な資料の提出等があったにもかかわらず本件特例の適用につき誤った指導を行ったということはできない（なお、実務上、税務署の窓口で対応する職員は、本件特例の適用を受けるために必要な居住の事実について、まずは住民登録上の住所をもって判断し、事後的に当該住所に本件特例申告書を転送不要として郵送することにより、当該住所に実際に居住しているか否かを確認することとしている。本件においても、本件家屋に郵送した本件特例申告書が返戻されたことにより、原告の本件家屋への居住の事実について疑義が生じたものである。）。
また、納税申告に係る税務職員の税務相談は、行政サービスとして申告納税を支援するため、納税者から提供された情報に基づき、その範囲内で、税務職員が税法の解釈、運用又は納税手続等について知識を供与するものであるから、税務相談を担当する税務職員には、納税者の提示した資料及び情報の範囲を超えて事実関係を探索すべき義務はないというべきである。
(4) 争点(4)（納付済み延滞税の一部返還請求の可否）について
（原告の主張の要旨）
ア 本件各更正処分等の通知書には、「別添の『延滞税の計算方法』により延滞税を計算して同時に納付してください。」と記載されていたが、同通知書には書類が添付されておらず、原告は、延滞税の計算方法や納付方法を知り得なかったため、これを納付することができなかったことからすれば、延滞税の計算の終期（被告の主張のうち別紙７記載の３(1)から(4)までの各エに当たる部分）については、同通知書により通知がされた平成２３年５月１９日とすべきであり、それ以降の期間を計算期間に含めるべきではない。
また、延滞税の計算のうち控除期間（被告の主張のうち別紙７記載の３(1)から(4)までの各オに当たる部分）について、その始期は、還付申告の日の翌日から起算して１年を経過した日の翌日ではなく、税務署が当該案件を認知した日である平成２２年１０月１９日とすべきである。
そうすると、適用される延滞税の割合及び日数（被告の主張のうち別紙７記載の３(1)から(4)までの各カに当たる部分）について、平成１８年分から平成２０年分は平成２１年（年４．５％）が７０日、平成２２年（年４．３％）が２９２日となり、平成２１年分は平成２２年及び平成２３年（年４．３％）が２５４日となる。
イ 以上を基に延滞税額を計算すると、延滞税額は、平成１８年分が８１００円、平成１９年分が９０００円、平成２０年分が８６００円、平成２１年分が５６００円となることから、原告は、新潟税務署長に対して納付した延滞税額合計８万１８００円のうち、過誤納金として合計５万０５００円（平成１８年分は２万３３００円、平成１９年分は１万６３００円、平成２０年分は６２００円、平成２１年分は４７００円）の還付を受けるべきこととなるが、新潟税務署長からいまだ合計４万７４００円の還付しか受けていないため、被告に対し、その差額である３１００円の請求権を有するものである。
（被告の主張の要旨）
延滞税は、通則法６０条１項及び２項の規定に基づき算出され、その計算に係る割合のうち年７．３％の割合に対応する部分については、措置法９４条所定の割合が適用される。また、延滞税の計算期間については、通則法６１条１項の規定が適用される。
そして、別紙７記載の３（延滞税の計算方法及び税額）のとおり、本件各延滞税の額は、延滞税の算出方法等について定めた関係法令を適用した上で適正に算出されたものであり、これに従い、新潟税務署長は、原告に対し、本件各誤納金を還付した。
これに対し、原告は、延滞税の計算において、還付申告をした日の翌日から起算して１年を経過する日の翌日から更正決定をした日までではなく、税務署が当該案件を認知した日から更正決定をした日までの期間を除外すべきである旨主張するが、この主張は、何らの法的根拠にも基づかない原告独自の見解を述べるものにすぎない。
(5) 争点(5)（延滞税の過誤納金の還付に伴う利息請求の可否）について（原告の主張の要旨）
ア 本件は、新潟税務署の誤請求に基づく納付金の返還が問題とされており、納税者が誤って納付した誤納金とは区別して考えるべきであって、通則法が想定していない事態であるということができ、また、本件連絡書面に係る審査裁決において、本件連絡書面が「国税に関する法律に基づく処分」（通則法７５条１項）に当たらないと判断されている以上、本件各誤納金に加算される利息については、通則法の規定に基づき切捨て等をすることにより算出するのではなく、民法の規定に基づき、１円単位まで計算する方法によるべきである。さらに、利息の計算の始期についても、原告が本件各更正処分に基づき各本税を納付した日（平成１８年分については平成２３年６月１８日、平成１９年分から平成２１年分までについては同月１９日）とすべきである。
イ そうすると、原告は、被告に対し、延滞税の過誤納金の還付に伴う利息について、次のとおり、本件各係争年分の各過誤納金（上記(4)（原告の主張の要旨）イ）に平成２３年の法定利率（年４．３％）及び計算期間（平成１８年分は１４３日、平成１９年分から平成２１年分までは１４２日をそれぞれ３６５日で除したもの）を乗じた結果をそれぞれ加えることにより算出される８４７円の請求権を有するものである。
(ア) 平成１８年分
２万３３００円×４．３％×１４３日／３６５日＝３９２．５３円（小数点第三位四捨五入。以下、(イ)から(エ)までにおいて同じ。）
(イ) 平成１９年分
１万６３００円×４．３％×１４２日／３６５日＝２７２．６８円
(ウ) 平成２０年分
６２００円×４．３％×１４２日／３６５日＝１０３．７２円
(エ) 平成２１年分
４７００円×４．３％×１４２日／３６５日＝７８．６３円
(オ) (ア)から(エ)までの合計（円未満切捨て）
８４７円
（被告の主張の要旨）
本件各誤納金は、「還付金等」（通則法５６条１項）に該当することから、これを遅滞なく金銭で還付しなければならないところ、還付金等を返還する際に加算すべき金額は、通則法５８条１項に基づき計算することとされている。
そして、別紙７記載の４（本件各誤納金及びこれに加算される還付加算金の計算方法及び金額）のとおり、本件各誤納金に加算される還付加算金の合計額は０円であり、還付すべき本件各誤納金も既に原告に還付済みであることから、還付不足額は生じていない。
なお、本件連絡書面に係る審査裁決において本件連絡書面が「国税に関する法律に基づく処分」（通則法７５条１項）に当たらないと判断されたことと、本件各誤納金に加算される還付加算金を通則法等の規定に基づいて計算すべきであることは、次元を全く異にする問題であり、本件各誤納金に加算される利息を民法の規定により計算し、１円単位まで返還すべきである旨の原告の主張は、失当である。
第３ 当裁判所の判断
１ 認定事実
前提事実並びに証拠（甲４、６、１５、１８、２１、乙２）及び弁論の全趣旨によれば、原告の生活状況等について、次の事実が認められる。
(1)ア原告は、平成１１年１０月、さいたま市に所在する本件家屋及びその敷地を取得し、本件家屋に居住し始めた。
イ 本件家屋は、木造スレート葺２階建・延床面積９３．１５㎡であり、その間取りは、１階に居間、リビング・ダイニング、キッチン、浴室及びトイレがあり、２階に洋間３室及びトイレがある。（甲１８）
(2)ア原告は、平成１６年４月１日付けの人事異動により本件広島勤務を命ぜられ、本件広島宿舎の貸与を受けて入居した。
イ 本件広島宿舎は、鉄筋コンクリート造の集合住宅であり、居室２室、リビング・ダイニング及びキッチンから成る。（甲１８）
ウ 原告は、本件広島勤務中、本件広島宿舎において起居し、本件広島宿舎から広島市内の勤務先に通勤していた。原告は、本件広島宿舎にテレビ、洗濯機、扇風機等の日常生活に必要な物を購入するなどして備え付け、自動車も本件広島宿舎の敷地内に駐車していた。他方で、原告は、月に１回程度週末などを利用して本件家屋に帰り、寝泊まりすることがあった。
エ 原告は、原告宛ての郵便物について、本件家屋から転送を受けて、本件広島宿舎で受領していた。
(3)ア原告は、平成２０年５月１６日付けの人事異動により本件新潟勤務を命ぜられ、本件新潟宿舎の貸与を受けて入居した。
イ 本件新潟宿舎は、木造モルタル２階建て５棟のメゾネットタイプであり、居室３室及びキッチンから成る。（甲１８）
ウ 原告は、本件新潟勤務中、本件新潟宿舎において起居し、本件新潟宿舎から新潟市内の通勤先に通勤していた。原告は、本件新潟宿舎にテレビ、洗濯機、扇風機等の生活に必要な物を備え付け、自動車も本件新潟宿舎付近の駐車場に駐車していた。他方で、原告は、多い時で月に３回程度、週末などを利用して本件家屋に帰り、寝泊まりすることがあった。
エ 原告は、原告宛ての郵便物について、本件家屋から転送を受けて、本件新潟宿舎で受領していた。
(4)ア平成１８年から平成２１年までの本件各宿舎及び本件家屋において使用された電気量、ガス量及び水道量を比較した表は、別紙８記載のとおりである。（乙２）
イ 原告は、独身であり、本件家屋に生計を一にする親族が居住していることはない。（乙１）
２ 争点(1)（本件各更正処分等に係る新潟税務署長の処分権限の有無）について(1)ア更正は、その処分をする際におけるその国税の納税地を所轄する税務署長が行い（通則法３０条１項）、賦課決定は、その賦課決定の際におけるその国税の納税地を所轄する税務署長が行う（通則法３３条１項）とされている。
また、所得税の納税地は、納税義務者が国内に住所を有する場合には、その住所地とするとされている（所得税法１５条１号）。
したがって、所得税の更正及び賦課決定の処分権限を有するのは、納税義務者の住所地を所轄する税務署長である。
イ また、上記アの「住所」とは、所得税法にその定義が定められているわけではないが、反対の解釈をすべき特段の事由がない以上、生活の本拠、すなわち、その者の生活に最も関係の深い一般的生活、全生活の中心を指すものであり、一定の場所がある者の住所であるか否かは、客観的に生活の本拠たる実体を具備しているか否かにより決すべきものと解するのが相当である（最高裁昭和●年(○)第●号昭和２９年１０月２０日大法廷判決・民集８巻１０号１９０７頁、最高裁昭和●年(○)第●号昭和３２年９月１３日第二小法廷判決・裁判集民事２７号８０１頁、最高裁昭和●年(○)第●号昭和３５年３月２２日第三小法廷判決・民集１４巻４号５５１頁、最高裁平成●●年（○○）第●●号同２３年２月１８日最高裁第二小法廷判決・裁判集民事２３６号７１頁参照）。
(2) 以上を前提として本件について検討するに、上記１(3)及び(4)で認定したとおり、原告は、本件新潟勤務に伴い、平成２０年５月に、居室３室及びキッチンから成る本件新潟宿舎の貸与を受けて入居し、テレビ、洗濯機、扇風機等の日常生活に必要な物を備え付けた上で、本件新潟宿舎において起居し、本件新潟宿舎から勤務先に通勤し、原告宛ての郵便物も本件家屋からの転送により本件新潟宿舎において受領し、そのような生活を平成２３年５月１９日時点まで約３年にわたり続けていた一方で、本件家屋には、多い時で月に３回程度帰るにすぎなかったものである。また、平成２０年及び平成２１年における原告の本件家屋及び本件新潟宿舎におけるガス量及び水道量をみても、いずれも本件新潟宿舎における使用が９０％以上と大部分を占める一方で、本件家屋における使用が全く認められない月もあり、平成２３年におけるこれらの使用状況についても上記と異なることをうかがわせる事情は見当たらない（なお、電気については、本件家屋において一定程度使用されているものの、これは、証拠（甲４、６）によれば、本件家屋の空気清浄機を付けっ放しにするなどしていたことによるものと認められ、電気の使用事実が、原告の本件家屋における客観的な居住事実を裏付けるものであるとも認められない。）。さらに、原告と生計を一にする親族が本件家屋において居住していたこともない。
以上によれば、本件各更正処分等がされた平成２３年５月１９日時点において、原告の客観的な生活の本拠たる実体を有していたのは本件新潟宿舎であったということができる。
(3)アこれに対し、原告は、①銀行の預金通帳やクレジットカード等の住所をさいたま市に集中させ、町内会費も支払っており、選挙権もさいたま市で行使するなど、通勤以外の生活については、さいたま市を本拠地とするものであり、また、住民票上の住所も本件家屋にあること、②本件家屋については、これを所有する一方、本件新潟宿舎については、これを賃借していたにすぎず、本件家屋について、家財道具の大半を置き、電気、ガス、水道及び電話の全てを使える状態にしていたことなどを根拠として、平成２３年５月１９日時点における原告の住所が本件新潟宿舎であった旨主張する。
イ そこで、まず、上記①について検討するに、前提事実(4)ウのとおり、原告が、本件新潟宿舎に入居した平成１６年４月以降も本件家屋の住所から住民票上の住所の異動をしていないことからしても、原告は、本件家屋の住所地を自らの基本的な住所地とする旨の意思を有していたことが認められる。そして、原告は、上記①の主張に沿う証拠として、その住所を本件家屋の住所とする銀行預金通帳の写し（甲２３）を提出するところ、原告が銀行の預金通帳やクレジットカード等の住所を本件家屋の住所としているのも、原告の上記意思に基づくものであるということができる。
しかし、前記(1)で説示したとおり、住所地の判断は、客観的に生活の本拠たる実体を具備しているか否かにより決すべきものと解するのが相当であり、住民票等に反映されるある者のある住所地を自らの基本的な住所地とする旨の意思は、その意思に係る住所地が通常は客観的な生活の本拠と一致するものと考えられる（住民基本台帳法３条３項において、住民に、常に、住民としての地位の変更に関する届出を正確に行うことの努力義務が課せられていることからも、上記のとおり考えられる。）ことからすれば、客観的な生活の本拠を補充する考慮要素になり得ることまでは否定できないものの、客観的な生活状況を全く考慮しないまま、主観的な意思のみにより住所地を判断することは相当でないというべきである。
そして、上記(2)で説示した平成２３年５月１９日の時点における原告の客観的な生活状況に照らすと、原告が本件家屋の住所地を自らの基本的な住所地とする旨の意思を有していたことを考慮しても、本件家屋が原告の生活の本拠たる実体を具備していたということはできない。
ウ また、上記②についても、前記(1)及び上記イで説示したとおり、住所地の判断は、客観的に生活の本拠たる実体を具備しているか否かにより決すべきものと解するのが相当であるところ、上記(2)で説示した平成２３年５月１９日の時点における原告の客観的な生活状況（原告の本件家屋及び本件新潟宿舎における電気、ガス及び水道の使用状況を含む。）に照らすと、原告が、本件家屋についてはこれを所有し、本件新潟宿舎についてはこれを賃借していたにすぎないことや、本件家屋の電気、ガス、水道を停止していなかったことを考慮しても、本件家屋が原告の生活の本拠たる実体を具備していたということはできない。
エ なお、原告は、仮に、新潟税務署長が本件各更正処分等の処分権限を有すると解するのであるならば、大宮税務署の職員が、処分権限を有しないにもかかわらず、原告を呼び出し、修正申告のしょうようをしたことは違法ということになるなどと主張する。
この点について、前提事実(6)アのとおり、原告は、平成２３年５月に新潟税務署長から本件各更正処分等を受ける前に、同年２月に大宮税務署の担当職員から修正申告に応ずる意思があるか否かの確認を受けていることが認められる。
しかし、原告は、本件各係争年分の確定申告書を大宮税務署長に提出していたものである上、その所得税の納税地の異動の届出（所得税法２０条参照）をしていたことをうかがわせる事実又は証拠もないのであり、原告の所得税の確定申告を受け付けた大宮税務署の職員において、原告の所得税の申告内容について調査を進めること自体には何ら違法とすべき点はなく、その一環として、原告に対し修正申告に応ずる意思があるか否かの確認をしたとしても、そのことに違法の問題は生じないというべきである（なお、大宮税務署の職員による上記確認行為により、本件各更正処分等に係る新潟税務署長の処分権限の有無に関する判断が左右されることもない。）。
(4) したがって、本件各更正処分等がされた平成２３年５月１９日時点における原告の住所地は本件新潟宿舎の住所地であったということができ、そうである以上、本件新潟宿舎を所轄する新潟税務署長は、同日時点において本件各更正処分等をする権限を有していたということができる。
３ 争点(2)（本件特例の適用の可否）について
(1) 本件特例は、居住者が、国内において、住宅の新築、取得又は増改築等をして、これらの家屋を平成１１年１月１日から平成２５年１２月３１日までの間に自己の居住の用に供した場合において、住宅の取得等のための住宅借入金等を有するときは、その居住の用に供した年以後１０年間又は１５年間の各年にわたり、その年分の所得税額から法の定める住宅借入金等特別税額控除額を控除するというものである。
そして、措置法４１条１項の定める本件居住要件を満たすかどうかは、同項の定める文言（「引き続きその居住の用に供している」）に照らすと、居住者が実際に当該家屋に居住して生活し続けているとの事実の有無により判断すべきものと解される。この解釈は、同条１１項が、本件特例の適用を受けていた居住者が、転任の命令に伴う転居等により当該住宅をその者の居住の用に供しなくなったことにより本件特例の適用を受けられなくなることを前提とした上で、当該家屋を再びその者の居住の用に供した場合における本件特例の再適用について定めていることからも導くことができるものである。
(2) 以上を前提として本件について検討するに、前記１で認定したとおり、原告は、まず、本件広島勤務に伴い、平成１６年４月に、居室２室、リビング・ダイニング及びキッチンから成る本件広島宿舎の貸与を受けて入居し、テレビ、洗濯機、扇風機等の日常生活に必要な物を購入するなどして備え付けた上で、本件広島宿舎において起居し、本件広島宿舎から勤務先に通勤し、原告宛ての郵便物も本件家屋からの転送により本件広島宿舎において受領し、そのような生活を平成２０年５月まで続けていたものである。また、原告は、上記２(2)のとおり、本件新潟勤務に伴い同月に本件新潟宿舎に入居し、日常生活に必要な物を本件新潟宿舎に備え付けた上で、本件新潟宿舎において起居し、本件新潟宿舎から勤務先に通勤し、原告宛ての郵便物も本件家屋からの転送により本件新潟宿舎において受領し、同年及び平成２１年においてもそのような生活をしていたものである。さらに、平成１８年から平成２１年までにおける原告の本件家屋及び本件各宿舎におけるガス量及び水道量をみても、いずれも本件各宿舎における使用が９０％以上と大部分を占める一方で、本件家屋における使用が全く認められない月もある。他方で、原告は、本件家屋には、本件広島勤務中には月に１回程度帰り、本件新潟勤務の際には多い時で月に３回程度帰るにすぎなかったものであり、また、原告と生計を一にする親族が本件家屋において居住していたこともない。
以上によれば、原告が、本件各更正処分等に係る平成１８年から平成２１年までにおいて、本件家屋を引き続きその居住の用に供していたということはできない。
(3) これに対し、原告は、①本件家屋について、家財道具の大半を置き、電気、ガス、水道及び電話の全てを使用できる状態にしていたものであり、本件各宿舎には本件家屋から必要最小限の物を持って出向いていた旨の認識しか有していないこと、②住民票の所在、納税、選挙権の行使等、行政との関わりにおいてはさいたま市を本拠地としていたこと、③銀行の預金通帳、クレジットカード、運転免許証の住所も本件家屋の住所としていたことなどを根拠として、本件家屋における本件居住要件を満たしている旨主張する。
しかし、まず、上記①については、前記(1)で説示したとおり、本件居住要件は、居住者が実際に当該家屋に居住して生活し続けているとの事実の有無により判断すべきものと解されるところであり、原告が、その所有する本件家屋に家財道具の大半を置き、電気、ガス、水道及び電話の全てを使用できる状態にしていたとしても、そのことが、当然に、原告が実際に本件家屋に居住して生活し続けているとの事実を裏付ける事情に当たるものということはできないことからすれば、本件居住要件を充足していることの根拠となるものということはできない。
また、上記②については、前提事実(4)ウのとおり、原告は、平成１６年４月以降も、本件家屋の住所から住民票上の住所の異動をしていないところ、住民税は、その年の１月１日現在において市町村内に住所を有する個人に対して賦課されるものであり（地方税法２９４条１項１号、同条２項、３１８条）、選挙権も、市町村の選挙管理委員会が調製をする選挙人名簿の登録について、住民基本台帳に記録されている者について行われることとされている（公職選挙法２１条１項参照）ことからすれば、原告の指摘する諸事情は、原告が本件家屋の住所から住民票上の住所の異動をしなかったことによるものであるということができる。しかし、住民票上の住所が本件家屋の住所であるとの事情が、直ちに、原告が実際に本件家屋に居住して生活し続けているとの事実を裏付ける事情に当たるものということはできないことからすれば、それだけで本件居住要件を充足していることの根拠となるものということはできない。
さらに、上記③において指摘する各事情も、原告が本件家屋の住所地を自らの基本的な住所地とする旨の意思を有していたことに基づくものであると認められるものの、銀行の預金通帳、クレジットカード、運転免許証の住所を本件家屋の住所としていたとの事情が、当然に、原告が実際に本件家屋に居住して生活し続けているとの事実を裏付ける事情に当たるものということはできないことからすれば、本件居住要件を充足していることの根拠となるものということはできない。
なお、措置法４１条１７項、措置法施行規則１８条の２１第９項１号ハにおいて、新築家屋に係る住宅借入金等について本件特例を受ける場合に添付すべき資料の一つとして、その者の住民票の写しが定められているところ、これは、住民基本台帳法２２条、５３条において、転入をした者は、その届出をすべきことが罰則をもって定められ、また、各種申請や届出の際の添付資料として住民票が広く用いられていることもあって、その記載の正確性は相当程度に高いものと認識されていることから、住所及びこれを移転した場合の証明については住民票の記載をもって行うことが一般的であり、かつ、容易にこれを行うことができるものとして、本件特例を受けようとする者の居住の事実の証明資料として住民票の写しを求めたものと解される。しかしながら、本件特例を受けるために必要な本件居住要件は、前記(1)のとおり、居住者が実際に当該家屋に居住して生活し続けているとの事実があることによって満たされるものである。したがって、本件特例を受ける場合に住民票の写しの提出が求められているからといって、住民票上の住所が当該家屋にあれば直ちに本件居住要件を満たすものと判断すべきことにはならない。
(4) したがって、原告が平成１８年から平成２１年までにおいて本件居住要件を満たしているということができない以上、本件住宅借入金等について本件特例を適用することはできない。
４ 争点(3)（「正当な理由」〔通則法６５条４項〕の有無）について
(1) 過少申告加算税は、過少申告による納税義務違反の事実があれば、原則としてその違反者に対し課されるものであり、これによって、当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする行政上の措置である。
国税通則法６５条４項は、修正申告書の提出又は更正に基づき納付すべき税額に対して課される過少申告加算税につき、その納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちにその修正申告又は更正前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、その事実に対応する部分についてはこれを課さないこととしているが、過少申告加算税の上記の趣旨に照らせば、同項にいう「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、上記のような過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である（最高裁平成●●年（○）第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁、最高裁平成●●年（○○）第●●号、第●●号同１８年４月２５日第三小法廷判決・民集６０巻４号１７２８頁参照）。
(2) 原告は、大宮税務署の職員が、本件住宅借入金等に係る本件特例の適用について同税務署の税務相談に訪れた原告に対し、必要な調査や聞き取り等をすべきであったにもかかわらず、住民票上の住所の所在を問うのみであったことからすれば、原告には、本件各賦課決定処分を課されないための正当な理由（通則法６５条４項）があるというべきである旨主張する。
この点について、前提事実(5)イのとおり、原告は、平成１６年分及び平成１７年分の所得税については平成１８年８月２９日に、平成１８年分から平成２０年分までの所得税については平成２１年１０月２２日に、平成２１年分の所得税については平成２２年９月１０日に、いずれも本件住宅借入金等について本件特例の適用を受けるための確定申告書（還付申告書）を大宮税務署の窓口に提出したことが認められる。
しかし、まず、原告が上記申告書を提出した際の原告と大宮税務署職員との間のやりとりに関する客観的な証拠はないため、両者の間でどのようなやりとりがされたのかを具体的に認定することができない。また、この点をおくとしても、仮に、原告が主張するとおり、原告が同職員から住民票上の住所の所在について問われ、本件家屋の住所にあることを回答したところ、同申告書を受け付けることが可能である旨言われたとしても、上記３(3)で説示したとおりの理由により、本件特例の適用を受けようとする者の居住の事実の証明資料として住民票を添付することが求められていると解されることからすれば、同職員において、原告に対し、住民票上の住所の所在を確認し、その上で同申告書を受け付けたとしても、そのことに違法とすべき点があるということはできないだけでなく、本件特例の適用があることを確認したということもできないし、また、そのような対応を超えて、原告に対し具体的な生活状況まで聴取すべき義務があったとも認めることはできない。
さらに、申告納税制度の下では、納税申告は、納税者が十分な検討をした上で自身の判断と責任においてすることが期待されているのであり、税務署における税務相談は、税務署側で具体的な調査を行うこともなく、相談者の申立ての範囲内で行政サービスとして納税申告をする際の参考とするための指導又は助言を行うものにすぎないのであるから、この点からも、原告から税務相談を受けた大宮税務署の職員において、原告の主張するような調査等の義務があったということはできない。
(3) 以上によれば、本件について、真に原告の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者である原告に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合に当たるということはできず、本件各更正処分によりその納付すべき税額の計算の基礎となった事実が更正前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて、国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」があると認めることはできない。
５ 争点(4)（納付済み延滞税の一部返還請求の可否）について
(1) 納税者は、更正を受けた場合において、通則法３５条２項の規定により納付すべき国税があるときは、延滞税を納付しなければならない（通則法６０条１項２号）。
そして、納税者である原告は、本件各係争年分の所得税の額につき本件各更正処分を受け、それが適法であって、これに従って納付すべき国税がある以上、同条２項その他法令の定める算出方法に従い算定される延滞税（本件各延滞税）の額を納付する必要がある。
(2)ア本件各延滞税の計算方法について、被告は、別紙７記載の３のとおり主張するところ、同(1)から(4)までのア（延滞税の計算基礎となる未納税額）、イ（延滞税の計算の基礎となる金額）及びウ（延滞税の計算の始期）については、当事者間に争いがない。
イ(ア) 本件各延滞税の計算の終期（被告の主張のうち別紙７記載の３(1)から(4)までの各エに当たる部分）については、通則法６０条２項において、「その国税を完納する日」であると定められている。
そこで、前提事実(7)アのとおり、原告は、本件各更正処分により納付することとなった各本税について、平成１８年分は平成２３年６月１８日に、平成１９年分から平成２１年分までは平成２３年６月１９日にそれぞれ納付したことから、上記各日が本件各延滞税の計算の終期となる。
これに対し、原告は、本件各更正処分等の通知書に書類が添付されておらず、延滞税の計算方法や納付方法を知り得なかったため、これを納付することができなかったことからすれば、延滞税の計算の終期については、同通知書により通知がされた平成２３年５月１９日であるとすべきであり、それ以降の期間を計算期間に含めるべきではない旨主張する。
しかし、上記(1)のとおり、延滞税の額は、通則法６０条２項その他法令の定める算出方法に従い算定されるものであるところ、本件各更正処分等の通知書を受領した日を延滞税の計算の終期とすべきことを定める法令上の規定がない以上、原告が延滞税の計算方法等について記載された書類を受領したかどうかにかかわらず、延滞税の計算の終期は、その国税を完納する日であるといわざるを得ず、原告の主張を採用することができないことは明らかである。
(イ) また、本件各延滞税の計算期間から控除すべき期間（被告の主張のうち別紙７記載の３(1)から(4)までの各オに当たる部分）については、更正に係る国税について期限後申告書が提出されている場合において、その期限後申告書の提出があった日の翌日から起算して１年を経過する日後に当該更正に係る更正通知書が発せられたときには、その期限後申告書の提出があった日の翌日から起算して１年を経過する日の翌日から当該更正に係る更正通知書が発せられた日までの期間を控除することとされている（通則法６１条１項２号、通則法施行令２６条）。
そこで、前提事実(5)イのとおり、平成１８年分から平成２０年分までの原告の所得税に係る延滞税については、原告が期限後申告書である還付申告書を提出したのが平成２１年１０月２２日であり、本件各更正処分に係る更正通知書が発せられたのが、同日の翌日から起算して１年を経過する日後である平成２３年５月１９日であるから、平成２１年１０月２２日の翌日から起算して１年を経過する日の翌日である平成２２年１０月２３日から平成２３年５月１９日までをその計算から控除することとなる（なお、平成２１年分の所得税に係る延滞税については、控除期間は生じない。）。
これに対し、原告は、控除期間の始期について、還付申告の日の翌日から起算して１年を経過した日の翌日ではなく、税務署が当該案件を認知した日である平成２２年１０月１９日とすべきである旨主張するが、原告の主張の根拠となる法令の定めがない以上、原告の主張は独自の見解によるものにすぎず、これを採用することができないことは明らかである。
ウ そして、適用される延滞税の割合は、法令の定め及び証拠（乙３）によれば、平成２１年が年４．５％、平成２２年及び平成２３年が年４．３％である（措置法９４条１項、通則法６０条２項）。
そうすると、本件各延滞税の額は、次のとおりとなる（通則法６０条２項、１１９条４項、措置法９６条）。
(ア) 平成１８年分の延滞税額
ａ 平成２１年の延滞税額（同年１０月２３日から同年１２月３１日までの合計７０日）（ただし、１円未満切捨て）
１９万円×４．５％×７０日／３６５日＝１６３９円
ｂ 平成２２年及び平成２３年の延滞税額（平成２２年１月１日から同年１０月２２日まで及び平成２３年５月２０日から同年６月１８日までの合計３２５日）（ただし、１円未満切捨て）
１９万円×４．３％×３２５日／３６５日＝７２７４円
ｃ ａとｂの合計額（ただし、１００円未満切捨て）
８９００円
(イ) 平成１９年分の延滞税額
ａ 平成２１年の延滞税額（同年１０月２３日から同年１２月３１日までの合計７０日）（ただし、１円未満切捨て）
２１万円×４．５％×７０日／３６５日＝１８１２円
ｂ 平成２２年及び平成２３年の延滞税額（平成２２年１月１日から同年１０月２２日まで及び平成２３年５月２０日から同年６月１９日までの合計３２６日）（ただし、１円未満切捨て）
２１万円×４．３％×３２６日／３６５日＝８０６５円
ｃ ａとｂの合計額（ただし、１００円未満切捨て）
９８００円
(ウ) 平成２０年分の延滞税額
ａ 平成２１年の延滞税額（同年１０月２３日から同年１２月３１日までの合計７０日）（ただし、１円未満切捨て）
２０万円×４．５％×７０日／３６５日＝１７２６円
ｂ 平成２２年及び平成２３年の延滞税額（平成２２年１月１日から同年１０月２２日まで及び平成２３年５月２０日から同年６月１９日までの合計３２６日）（ただし、１円未満切捨て）
２０万円×４．３％×３２６日／３６５日＝７６８１円
ｃ ａとｂの合計額（ただし、１００円未満切捨て）
９４００円
(エ) 平成２１年分の延滞税額
ａ 平成２２年及び平成２３年の延滞税額（平成２２年９月１１日から平成２３年６月１９日までの合計２８２日）（ただし、１円未満切捨て）
１９万円×４．３％×２８２日／３６５日＝６３１２円
ｂ ａについて、１００円未満切捨て
６３００円
(3) 前提事実(7)イからエまでによれば、原告は、本件各係争年分の所得税に係る延滞税として、本件連絡書面記載の額（平成１８年分は３万１４００円、平成１９年分は２万５３００円、平成２０年分は１万４８００円、平成２１年分は１万０３００円）を支払ったところ、その後、新潟税務署長から本件各誤納金の額（平成１８年分は２万２５００円、平成１９年分は１万５５００円、平成２０年分は５４００円、平成２１年分は４０００円）の還付を受けたため、結局、平成１８年分として８９００円、平成１９年分として９８００円、平成２０年分として９４００円、平成２１年分として６３００円の延滞税を納付したこととなるが、これらの額は、上記(2)ウの本件各延滞税の額と一致する。
よって、原告が新潟税務署長から還付を受けるべき過誤納金（本件各誤納金）の額に不足はないため、原告の被告に対する納付済み延滞税の一部返還請求は、理由がない。
６ 争点(5)（延滞税の過誤納金の還付に伴う利息請求の可否）について
(1) 本件各誤納金は、納税者である原告が納付すべき本件各延滞税を超えて納付されたものであるから、通則法５６条１項の定める国税に係る過誤納金に当たるものである。そして、前提事実(7)エのとおり、本件各誤納金の額は、平成１８年分は２万２５００円、平成１９年分は１万５５００円、平成２０年分は５４００円、平成２１年分は４０００円である。
(2) 税務署長等は、過誤納金があるときは、遅滞なく、金銭で還付しなければならないとされ（通則法５６条１項）、その場合には、通則法５８条１項の定める還付加算金をその還付すべき金額に加算しなければならないこととされている。
本件過誤納金に係る還付加算金は、その算出方法等を定める法令の定めによれば、次のとおり算定される。
ア 平成１８年分の誤納金に係る還付加算金については、還付加算金の計算の基礎となる金額が２万円であり（通則法１２０条４項）、計算期間が平成２３年１０月２日から同年１１月７日まで（３７日）であり（通則法５８条１項３号、通則法施行令２４条２項５号）、適用される割合が年４．３％であり（措置法９５条）、これらを基に、還付加算金が２万円×４．３％×３７日／３６５日＝８７円（ただし、１円未満切捨て）と算出される（通則法５８条１項、措置法９６条）ことから、１００円未満の端数を切り捨てることにより、還付加算金の額は０円となる（通則法１２０条３項）。
イ 平成１９年分の誤納金に係る還付加算金については、還付加算金の計算の基礎となる金額が１万円であり（通則法１２０条４項）、計算期間が平成２３年１０月２日から同年１１月７日まで（３７日）であり（通則法５８条１項３号、通則法施行令２４条２項５号）、適用される割合が年４．３％であり（措置法９５条）、これらを基に、還付加算金が１万円×４．３％×３７日／３６５日＝４３円（ただし、１円未満切捨て）と算出される（通則法５８条１項、措置法９６条）ことから、１００円未満の端数を切り捨てることにより、還付加算金の額は０円となる（通則法１２０条３項）。
ウ 平成２０年分及び平成２１年分の誤納金に係る還付加算金については、還付加算金の計算の基礎となる金額が０円である（通則法１２０条４項）ため、還付加算金の額は０円となる。
(3)アこれに対し、原告は、本件が、新潟税務署の誤請求に基づく納付金の返還が問題とされており、納税者が誤って納付した誤納金とは区別して考えるべきであって、通則法が想定していない事態であるということができ、また、本件連絡書面に係る審査裁決において、本件連絡書面が「国税に関する法律に基づく処分」（通則法７５条１項）に当たらないと判断されている以上、本件各誤納金に加算される利息については、通則法の規定に基づき切捨て等をすることにより算出するのではなく、民法の規定に基づき、１円単位まで計算する方法によるべきである旨主張する。
しかし、通則法５８条は、このような事態もあり得ることも踏まえた上で、還付金等（過誤納金）が生じた原因による区別をせずに、還付金等の還付に伴い還付加算金を加算することを定めていることからすると、（その立法政策上の当否は検討の余地があるとしても、）本件のように、新潟税務署の担当職員から原告に対し、原告が納付すべき延滞税の額について誤った内容が記載された本件連絡書面が送付され、このことを原因として本件各誤納金が生じたからといって、本件各誤納金の納付に伴う加算金について、通則法の適用が排除される理由にはならないというべきである。また、本件連絡書面に係る審査請求に対する裁決（甲１６）は、本件連絡書面による延滞税のお知らせが、単に延滞税の納税義務が存在すること及びその納付を促す旨の通知にすぎず、通則法７５条１項に規定する不服申立てをすることができる処分には当たらない旨の判断を示したにすぎず、上記裁決の判断の帰結として、本件各誤納金について通則法等の適用が排除されることにはならないというべきである。したがって、原告の上記主張を採用することはできない。
イ また、原告は、還付に伴う利息の計算の始期についても、原告が本件各更正処分に基づき各本税を納付した日とすべきである旨主張するが、還付加算金の計算の始期については、通則法５８条１項３号、通則法施行令２４条２項５号において、「その過誤納となった日として政令で定める日（当該過誤納金に係る国税の納付があった日）の翌日から起算して１月を経過する日」と定められており、原告の主張の根拠となる法令の定めがないことに照らすと、立法政策としての当否はともかくとして、原告の上記主張を採用することはできない。
(4) よって、原告が新潟税務署長から受けるべき本件各誤納金の還付に伴う還付加算金の額に不足はなく、これを超える原告の被告に対する本件各誤納金の還付に伴う利息請求は、理由がない。
第４ 結論
よって、原告の請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとし、訴訟費用の負担について、行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官川神裕
裁判官村田一広
裁判官不破大輔
（別紙１）
指定代理人目録
川﨑慎介、菊池豊、大平規史、林智彦、菊池幸雄、岡田真、鈴木秀也、塩田義通、奈良邦彦、松原英樹、大岡仁、滝澤知弘
以上
（別紙２）
関係法令等の定め
１ 本件各更正処分等の取消請求に関係する法令
(1) 措置法４１条１項（平成１８年分については平成１９年法律第６号による改正前（①）、平成１９年分及び平成２０年分については平成２１年法律第１３号による改正前（②）、平成２１年分については平成２２年法律第６号による改正前のもの（③）。以下同じ。）（住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除）
居住者が、国内において、住宅の用に供する家屋で政令で定めるもの…の新築若しくは居住用家屋で建築後使用されたことのないもの若しくは建築後使用されたことのある家屋で政令で定めるもの…の取得…をして、これらの家屋…を平成１１年１月１日から平成２５年１２月３１日までの間［引用注：①、②では「平成９年１月１日から平成２０年１２月３１日までの間」］にその者の居住の用に供した場合…において、その者が当該住宅の取得等に係る次に掲げる借入金又は債務（利息に対応するものを除く。…）の金額を有するときは、当該居住の用に供した日の属する年…以後１０年間［引用注：①、②では「６年間」］（同日…の属する年が平成１１年若しくは平成１２年である場合…には、１５年間）の各年（当該居住日以後その年の１２月３１日…まで引き続きその居住の用に供している年に限る。…）のうち、その者のその年分の所得税に係るその年の所得税法２条１項３０号の合計所得金額が３０００万円以下である年については、その年分の所得税の額から、住宅借入金等特別税額控除額を控除する。（以下略）
(2) 所得税法
ア １５条（納税地）
所得税の納税地は、納税義務者が次の各号に掲げる場合のいずれに該当するかに応じ当該各号に掲げる場所とする。
(ア) １号
国内に住所を有する場合その住所地
(イ) ２～６号（略）
イ ２３４条１項（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの。以下同じ。）（当該職員の質問検査権）
国税庁、国税局又は税務署の当該職員は、所得税に関する調査について必要があるときは、次に掲げる者に質問し、又はその者の事業に関する帳簿書類…その他の物件を検査することができる。
(ア) １号
納税義務がある者、納税義務があると認められる者（以下略）
(イ) ２、３号（略）
(3) 国税通則法（以下「通則法」という。）
ア ３０条１項（更正又は決定の所轄庁）
更正又は決定は、これらの処分をする際におけるその国税の納税地…を所轄する税務署長が行なう。
イ ３３条１項（賦課決定の所轄庁）
賦課決定は、その賦課決定の際におけるその国税の納税地…を所轄する税務署長が行なう。
ウ ６５条（過少申告加算税）
(ア) １項
期限内申告書（還付請求申告書を含む。…）が提出された場合…において、…更正があったときは、当該納税者に対し、その…更正に基づき３５条２項（期限後申告等による納付）の規定により納付すべき税額に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課する。
(イ) ２、３項（略）
(ウ) ４項
１項又は２項に規定する納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちにその…更正前の税額（還付金の額に相当する税額を含む。）の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、これらの項に規定する納付すべき税額からその正当な理由があると認められる事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除して、これらの項の規定を適用する。
(エ) ５項（略）
２ 納付済み延滞税の一部返還等請求に関係する法令
(1) 通則法
ア ６０条（延滞税）
(ア) １項
納税者は、次の各号の一に該当するときは、延滞税を納付しなければならない。
ａ １号（略）
ｂ ２号
…更正…を受けた場合において、３５条２項（期限後申告等による納付）の規定により納付すべき国税があるとき。
ｃ ３～５号（略）
(イ) ２項（平成１８年分については平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）
延滞税の額は、前項各号に規定する国税の法定納期限（…政令で定める国税については、政令で定める日）の翌日からその国税を完納する日までの期間の日数に応じ、その未納の税額に年１４．６パーセントの割合を乗じて計算した額とする。ただし、納期限…までの期間又は納期限の翌日から２月を経過する日までの期間については、その未納の税額に年７．３パーセントの割合を乗じて計算した額とする。
(ウ) ３、４項（略）
イ ６１条１項（延滞税の額の計算の基礎となる期間の特例）
…更正…があった場合において、次の各号の一に該当するときは、…更正により納付すべき国税については、６０条２項に規定する期間から当該各号に掲げる期間を控除して、同項の規定を適用する。
(ア) １号（略）
(イ) ２号
その…更正に係る国税について期限後申告書（還付金の還付を受けるための納税申告書で政令で定めるもの…を含む。…）が提出されている場合において、その期限後申告書の提出があった日の翌日から起算して１年を経過する日後に…当該更正に係る更正通知書が発せられたとき。その期限後申告書の提出があった日の翌日から起算して１年を経過する日の翌日から…当該更正に係る更正通知書が発せられた日までの期間
ウ ５６条１項（還付）
国税局長、税務署長又は税関長は、還付金又は国税に係る過誤納金（以下「還付金等」という。）があるときは、遅滞なく、金銭で還付しなければならない。
エ ５８条１項（還付加算金）
国税局長、税務署長又は税関長は、還付金等を還付…する場合には、次の各号に掲げる還付金等の区分に従い当該各号に定める日の翌日からその還付のための支払決定の日…までの期間…の日数に応じ、その金額に年７．３パーセントの割合を乗じて計算した金額（以下「還付加算金」という。）をその還付…すべき金額に加算しなければならない。
(ア) １、２号（略）
(イ) ３号
前２号に掲げる過納金以外の国税に係る過誤納金その過誤納となった日として政令で定める日の翌日から起算して１月を経過する日
オ １１８条３項（国税の課税標準の端数計算等）
附帯税の額を計算する場合において、その計算の基礎となる税額に１万円未満の端数があるとき、又はその税額の全額が１万円未満であるときは、その端数金額又はその全額を切り捨てる。
カ １１９条４項（国税の確定金額の端数計算等）
附帯税の確定金額に１００円未満の端数があるとき、又はその全額が１０００円未満…であるときは、その端数金額又はその全額を切り捨てる。
キ １２０条（還付金等の端数計算等）
(ア) １、２項（略）
(イ) ３項
還付加算金の確定金額に１００円未満の端数があるとき、又はその全額が１０００円未満であるときは、その端数金額又はその全額を切り捨てる。
(ウ) ４項
還付加算金の額を計算する場合において、その計算の基礎となる還付金等の額に１万円未満の端数があるとき、又はその還付金等の額の全額が１万円未満であるときは、その端数金額又はその全額を切り捨てる。
(2) 国税通則法施行令（以下「通則法施行令」という。）
ア ２５条１項（延滞税の計算期間の起算日の特例）
通則法６０条２項（延滞税の額の計算）に規定する政令で定める国税は、次に掲げる国税とし、同項に規定する政令で定める日は、それぞれ当該各号に定める日とする。
(ア) １、２号（略）
(イ) ３号
前２号に掲げる還付金以外の還付金…の額が過大であったことにより納付すべきこととなった国税当該還付金が生じた日（以下略）
(ウ) ４～７号（略）
イ ２６条（還付請求申告書）
通則法６１条１項２号（延滞税の額の計算の基礎とならない期間）に規定する還付請求申告書…は、還付金の還付を受けるための納税申告書…で通則法１７条２項（期限内申告書）に規定する期限内申告書以外のものをいう。
ウ(ア) ２４条２項（還付加算金）
通則法５８条１項３号に規定する政令で定める日は、次の各号に掲げる過誤納金の区分に応じ、当該各号に掲げる日…とする。
ａ １～４号（略）
ｂ ５号
通則法５８条１項３号に掲げる過誤納金のうち前各号に掲げる過誤納金以外のもの当該過誤納金に係る国税の納付…があった日
(イ) なお、「納付があった日」とは、国税が日本銀行又は国税収納官吏に納付された日である。
(3) 措置法
ア(ア) ９４条１項（平成２３年法律第８２号による改正前のもの。以下同じ。）（延滞税の割合の特例）
通則法６０条２項に規定する延滞税の年７．３パーセントの割合は、同項の規定にかかわらず、各年の特例基準割合［引用注：各年の前年の１１月３０日を経過する時における日本銀行法１５条１項１号の規定により定められる商業手形の基準割引率に年４パーセントの割合を加算した割合。措置法９３条１項参照］が年７．３パーセントの割合に満たない場合には、その年…中においては、当該特例基準割合（当該特例基準割合に０．１パーセント未満の端数があるときは、これを切り捨てる。）とする。
(イ) なお、特例基準割合について、平成１９年は４．４％、平成２０年は４．７％、平成２１年は４．５％、平成２２年は４．３％、平成２３年は４．３％である。（乙３）
イ ９５条（還付加算金の割合の特例）
各年の特例基準割合が年７．３パーセントの割合に満たない場合には、通則法５８条１項に規定する還付加算金…の計算の基礎となる期間であってその年に含まれる期間に対応する還付加算金についての同項の規定の適用については、同項中「年７．３パーセントの割合」とあるのは、「租税特別措置法（昭和３２年法律第２６号）９３条１項（利子税の割合の特例）に規定する特例基準割合（当該特例基準割合に０．１パーセント未満の端数があるときは、これを切り捨てる。）」とする。
ウ ９６条（利子税等の額の計算）
前３条のいずれかの規定の適用がある場合における利子税等（利子税、延滞税及び還付加算金をいう。）の額の計算において、その計算の過程における金額に１円未満の端数が生じたときは、これを切り捨てる。
以上
（別紙３）
本件各更正処分等の経緯（平成１８年分）
（単位：円）
項目
Ａ確定申告
Ｂ更正処分等
Ｃ異議申立て
Ｄ異議決定
Ｅ審査請求
Ｆ審査裁決
年月日
平成21年10月22日
平成23年5月19日
平成23年6月8日
平成23年6月30日
平成23年7月28日平成24年6月25日
総所得金
額①
5,415,874
5,415,874
5,415,874
5,415,874
給与所得の金
額②
5,415,874
5,415,874
5,415,874
5,415,874
所得控除の額の合計額
③
1,314,330
1,314,330
1,314,330
1,314,330
課税総所得金額④
4,101,000
4,101,000
4,101,000
4,101,000
課税総所得金額に対する税額
⑤
490,200
490,200
490,200
490,200
住宅借入金等特別控除額
⑥
218,800
218,800
218,800
定率減税額⑦
27,140
49,020
27,140
27,140
源泉徴収税額⑧
441,100
441,100
441,100
441,100
納付すべき税額⑨
△196,840
△196,840
△196,840
過少申告加算税の額
⑩－
19,000
棄却
棄却
（注）「納付すべき税額」欄の△は、還付金の額に相当する税額を表す。
（別紙４）
本件各更正処分等の経緯（平成１９年分）
（単位：円）
項目
Ａ確定申告
Ｂ更正処分等
Ｃ異議申立て
Ｄ異議決定
Ｅ審査請求
Ｆ審査裁決
年月日
平成21年10月22日
平成23年5月19日
平成23年6月8日
平成23年6月30日
平成23年7月28日平成24年6月25日
総所得金
額①
5,606,367
5,606,367
5,606,367
5,606,367
給与所得の金
額②
5,606,367
5,606,367
5,606,367
5,606,367
所得控除の額の合計額
③
1,274,022
1,274,022
1,274,022
1,274,022
課税総所得金額④
4,332,000
4,332,000
4,332,000
4,332,000
課税総所得金額に対する税額
⑤
438,900
438,900
438,900
438,900
住宅借入金等特別控除額
⑥
210,900
210,900
210,900
源泉徴収税額⑦
438,900
438,900
438,900
438,900
納付すべき税額⑧
△210,900
△210,900
△210,900
過少申告加算税の額
⑨－
21,000
棄却
棄却
（注）「納付すべき税額」欄の△は、還付金の額に相当する税額を表す。
（別紙５）
本件各更正処分等の経緯（平成２０年分）
（単位：円）
項目
Ａ確定申告
Ｂ更正処分等
Ｃ異議申立て
Ｄ異議決定
Ｅ審査請求
Ｆ審査裁決
年月日
平成21年10月22日
平成23年5月19日
平成23年6月8日
平成23年6月30日
平成23年7月28日平成24年6月25日
総所得金
額①
5,848,621
5,848,621
5,848,621
5,848,621
給与所得の金
額②
5,848,621
5,848,621
5,848,621
5,848,621
所得控除の額の合計額
③
1,327,783
1,327,783
1,327,783
1,327,783
課税総所得金額④
4,520,000
4,520,000
4,520,000
4,520,000
課税総所得金額に対する税額
⑤
476,500
476,500
476,500
476,500
住宅借入金等特別控除額
⑥
202,800
202,800
202,800
源泉徴収税額⑦
476,500
476,500
476,500
476,500
納付すべき税額⑧
△202,800
△202,800
△202,800
過少申告加算税の額
⑨－
20,000
棄却
棄却
（注）「納付すべき税額」欄の△は、還付金の額に相当する税額を表す。
（別紙６）
本件各更正処分等の経緯（平成２１年分）
（単位：円）
項目
Ａ確定申告
Ｂ更正処分等
Ｃ異議申立て
Ｄ異議決定
Ｅ審査請求
Ｆ審査裁決
年月日
平成22年9月10日
平成23年5月19日
平成23年6月8日
平成23年6月30日
平成23年7月28日
平成24年6月25日
総所得金
額①
5,868,291
5,868,291
5,868,291
5,868,291
給与所得の金
額②
5,868,291
5,868,291
5,868,291
5,868,291
所得控除の額の合計額
③
1,432,774
1,432,774
1,432,774
1,432,774
課税総所得金額④
4,435,000
4,435,000
4,435,000
4,435,000
課税総所得金額に対する税額
⑤
459,500
459,500
459,500
459,500
住宅借入金等特別控除額
⑥
194,600
194,600
194,600
源泉徴収税額⑦
459,500
459,500
459,500
459,500
納付すべき税額⑧
△194,600
△194,600
△194,600
過少申告加算税の額
⑨－
19,000
棄却
棄却
（注）「納付すべき税額」欄の△は、還付金の額に相当する税額を表す。
（別紙７）
課税処分の根拠
１ 本件各更正処分の根拠
原告の本件各係争年分における所得税の総所得金額及び納付すべき税額は、以下のとおりである。
(1) 平成１８年分（別紙３の「Ａ確定申告」欄及び「Ｂ更正処分等」欄参照）
ア 総所得金額
５４１万５８７４円
原告が平成１８年分所得税の確定申告書に記載した給与所得の金額と同額
イ 所得控除の額の合計額
１３１万４３３０円
原告が平成１８年分所得税の確定申告書に記載した所得控除の額の合計額と同額
ウ 課税総所得金額
４１０万１０００円
上記アの総所得金額５４１万５８７４円から上記イの所得控除の額の合計額１３１万４３３０円を控除した後の金額（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）であり、原告が平成１８年分所得税の確定申告書に記載した課税される所得金額と同額
エ 納付すべき税額
０円
次の(ア)の金額から(イ)から(エ)までの各金額を差し引いた後の金額（ただし、通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）
(ア) 課税総所得金額に対する税額
４９万０２００円
上記ウの課税総所得金額４１０万１０００円に所得税法８９条１項（平成１８年法律第１０号による改正前のもの）の税率（経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（平成１８年法律第１０号による廃止前のもの。以下「負担軽減法」という。）４条の特例を適用したもの）を乗じて算出した金額であり、原告が平成１８年分所得税の確定申告書に記載した金額と同額
(イ) 住宅借入金等特別控除額
０円
原告が平成１８年分所得税の確定申告書に記載した「住宅借入金等特別控除額」２１万８８００円については、第２の５(2)（被告の主張の要旨）のとおり、原告が本件家屋を平成１８年１２月３１日まで「引き続きその居住の用に供している」とは認められないため、措置法４１条１項を適用して本件特例をすることはできない。したがって、原告の平成１８年分の住宅借入金等特別控除額は０円となる。
(ウ) 定率減税額
４万９０２０円
負担軽減法６条２項により算定した金額
(エ) 源泉徴収税額
４４万１１００円
原告が平成１８年分所得税の確定申告書に記載した源泉徴収税額と同額
(2) 平成１９年分（別紙４の「Ａ確定申告」欄及び「Ｂ更正処分等」欄参照）
ア 総所得金額
５６０万６３６７円
原告が平成１９年分所得税の確定申告書に記載した給与所得の金額と同額
イ 所得控除の額の合計額
１２７万４０２２円
原告が平成１９年分所得税の確定申告書に記載した所得控除の額の合計額と同額
ウ 課税総所得金額
４３３万２０００円
上記アの総所得金額５６０万６３６７円から上記イの所得控除の額の合計額１２７万４０２２円を控除した後の金額（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）であり、原告が平成１９年分所得税の確定申告書に記載した課税される所得金額と同額
エ 納付すべき税額
０円
次の(ア)の金額から(イ)及び(ウ)の各金額を差し引いた後の金額
(ア) 課税総所得金額に対する税額
４３万８９００円
上記ウの課税総所得金額４３３万２０００円に所得税法８９条１項の税率を乗じて算出した金額であり、原告が平成１９年分所得税の確定申告書に記載した金額と同額
(イ) 住宅借入金等特別控除額
０円
原告が平成１９年分所得税の確定申告書に記載した「住宅借入金等特別控除額」２１万０９００円については、第２の５(2)（被告の主張の要旨）のとおり、原告が本件家屋を平成１９年１２月３１日まで「引き続きその居住の用に供している」とは認められないため、措置法４１条１項を適用して本件特例をすることはできない。したがって、原告の平成１９年分の住宅借入金等特別控除額は０円となる。
(ウ) 源泉徴収税額
４３万８９００円
原告が平成１９年分所得税の確定申告書に記載した源泉徴収税額と同額
(3) 平成２０年分（別紙５の「Ａ確定申告」欄及び「Ｂ更正処分等」欄参照）
ア 総所得金額
５８４万８６２１円
原告が平成２０年分所得税の確定申告書に記載した給与所得の金額と同額
イ 所得控除の額の合計額
１３２万７７８３円
原告が平成２０年分所得税の確定申告書に記載した所得控除の額の合計額と同額
ウ 課税総所得金額
４５２万円
上記アの総所得金額５８４万８６２１円から上記イの所得控除の額の合計額１３２万７７８３円を控除した後の金額（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）であり、原告が平成２０年分所得税の確定申告書に記載した課税される所得金額と同額
エ 納付すべき税額
０円
次の(ア)の金額から(イ)及び(ウ)の各金額を差し引いた後の金額
(ア) 課税総所得金額に対する税額
４７万６５００円
上記ウの課税総所得金額４５２万円に所得税法８９条１項の税率を乗じて算出した金額であり、原告が平成２０年分所得税の確定申告書に記載した金額と同額
(イ) 住宅借入金等特別控除額
０円
原告が平成２０年分所得税の確定申告書に記載した「住宅借入金等特別控除額」２０万２８００円については、第２の５(2)（被告の主張の要旨）のとおり、原告が本件家屋を平成２０年１２月３１日まで「引き続きその居住の用に供している」とは認められないため、措置法４１条１項を適用して本件特例をすることはできない。したがって、原告の平成２０年分の住宅借入金等特別控除額は０円となる。
(ウ) 源泉徴収税額
４７万６５００円
原告が平成２０年分所得税の確定申告書に記載した源泉徴収税額と同額
(4) 平成２１年分（別紙６の「Ａ確定申告」欄及び「Ｂ更正処分等」欄参照）
ア 総所得金額
５８６万８２９１円
原告が平成２１年分所得税の確定申告書に記載した給与所得の金額と同額
イ 所得控除の額の合計額
１４３万２７７４円
原告が平成２１年分所得税の確定申告書に記載した所得控除の額の合計額と同額
ウ 課税総所得金額
４４３万５０００円
上記アの総所得金額５８６万８２９１円から上記イの所得控除の額の合計額１４３万２７７４円を控除した後の金額（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）であり、原告が平成２１年分所得税の確定申告書に記載した課税される所得金額と同額
エ 納付すべき税額
０円
次の(ア)の金額から(イ)及び(ウ)の各金額を差し引いた後の金額
(ア) 課税総所得金額に対する税額
４５万９５００円
上記ウの課税総所得金額４４３万５０００円に所得税法８９条１項の税率を乗じて算出した金額であり、原告が平成２１年分所得税の確定申告書に記載した金額と同額
(イ) 住宅借入金等特別控除額
０円
原告が平成２１年分所得税の確定申告書に記載した「住宅借入金等特別控除額」１９万４６００円については、第２の５(2)（被告の主張の要旨）のとおり、原告が本件家屋を平成２１年１２月３１日まで「引き続きその居住の用に供している」とは認められないため、措置法４１条１項を適用して本件特例をすることはできない。したがって、原告の平成２１年分の住宅借入金等特別控除額は０円となる。
(ウ) 源泉徴収税額
４５万９５００円
原告が平成２１年分所得税の確定申告書に記載した源泉徴収税額と同額
２ 本件各賦課決定処分の根拠
本件各更正処分に伴って賦課される過少申告加算税の額は、次のとおりである。
(1) 平成１８年分
１万９０００円
通則法６５条１項に基づき、本件各更正処分により新たに納付することとなった所得税額１９万円（ただし、通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の１０を乗じて算出した金額
(2) 平成１９年分
２万１０００円
通則法６５条１項に基づき、本件各更正処分により新たに納付することとなった所得税額２１万円（ただし、通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の１０を乗じて算出した金額
(3) 平成２０年分
２万円
通則法６５条１項に基づき、本件各更正処分により新たに納付することとなった所得税額２０万円（ただし、通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の１０を乗じて算出した金額
(4) 平成２１年分
１万９０００円
通則法６５条１項に基づき、本件各更正処分により新たに納付することとなった所得税額１９万円（ただし、通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の１０を乗じて算出した金額
３ 延滞税の計算方法及び税額
(1) 平成１８年分の延滞税額
ア 延滞税の計算基礎となる未納税額
１９万６８００円
［根拠法令：通則法６０条１項２号］
イ 延滞税の計算の基礎となる金額
１９万円
［根拠法令：通則法１１８条３項］
ウ 延滞税の計算の始期（還付申告の日の翌日）
平成２１年１０月２３日
［根拠法令：通則法６０条２項、通則法施行令２５条１項３号］
エ 延滞税の計算の終期
平成２３年６月１８日
［根拠法令：通則法６０条２項］
オ 延滞税の計算の控除期間
平成２２年１０月２３日から平成２３年５月１９日まで
［根拠法令：通則法６１条１項２号、通則法施行令２６条］
カ 適用される延滞税の割合（特例基準割合）及び日数
(ア) 平成２１年１０月２３日から平成２１年１２月３１日まで
年４．５％、７０日
(イ) 平成２２年１月１日から平成２２年１０月２２日まで
年４．３％、２９５日
(ウ) 平成２３年５月２０日から平成２３年６月１８日まで
年４．３％、３０日
［根拠法令：措置法９４条］
キ 延滞税額の計算
(ア) 上記カ(ア)の期間に係る延滞税額
１９万円×４．５％×７０日／３６５日≒１６３９円
(イ) 上記カ(イ)及び(ウ)の期間に係る延滞税額
１９万円×４．３％×３２５日／３６５日≒７２７４円
(ウ) 延滞税額（確定金額）
(ア)＋(イ)＝８９１３円
(エ) 端数処理後の延滞税額
８９００円
［根拠法令：通則法６０条２項、１１９条４項、措置法９６条］
(2) 平成１９年分の延滞税額
ア 延滞税の計算基礎となる未納税額
２１万０９００円
［根拠法令：通則法６０条１項２号］
イ 延滞税の計算の基礎となる金額
２１万円
［根拠法令：通則法１１８条３項］
ウ 延滞税の計算の始期（還付申告の日の翌日）
平成２１年１０月２３日
［根拠法令：通則法６０条２項、通則法施行令２５条１項３号］
エ 延滞税の計算の終期
平成２３年６月１９日
［根拠法令：通則法６０条２項］
オ 延滞税の計算の控除期間
平成２２年１０月２３日から平成２３年５月１９日まで
［根拠法令：通則法６１条１項２号、通則法施行令２６条］
カ 適用される延滞税の割合（特例基準割合）及び日数
(ア) 平成２１年１０月２３日から平成２１年１２月３１日まで
年４．５％、７０日
(イ) 平成２２年１月１日から平成２２年１０月２２日まで
年４．３％、２９５日
(ウ) 平成２３年５月２０日から平成２３年６月１９日まで
年４．３％、３１日
［根拠法令：措置法９４条］
キ 延滞税額の計算
(ア) 上記カ(ア)の期間に係る延滞税額
２１万円×４．５％×７０日／３６５日≒１８１２円
(イ) 上記カ(イ)及び(ウ)の期間に係る延滞税額
２１万円×４．３％×３２６日／３６５日≒８０６５円
(ウ) 延滞税額（確定金額）
(ア)＋(イ)＝９８７７円
(エ) 端数処理後の延滞税額
９８００円
［根拠法令：通則法６０条２項、１１９条４項、措置法９６条］
(3) 平成２０年分の延滞税額
ア 延滞税の計算基礎となる未納税額
２０万２８００円
［根拠法令：通則法６０条１項２号］
イ 延滞税の計算の基礎となる金額
２０万円
［根拠法令：通則法１１８条３項］
ウ 延滞税の計算の始期（還付申告の日の翌日）
平成２１年１０月２３日
［根拠法令：通則法６０条２項、通則法施行令２５条１項３号］
エ 延滞税の計算の終期
平成２３年６月１９日
［根拠法令：通則法６０条２項］
オ 延滞税の計算の控除期間
平成２２年１０月２３日から平成２３年５月１９日まで
［根拠法令：通則法６１条１項２号、通則法施行令２６条］
カ 適用される延滞税の割合（特例基準割合）及び日数
(ア) 平成２１年１０月２３日から平成２１年１２月３１日まで
年４．５％、７０日
(イ) 平成２２年１月１日から平成２２年１０月２２日まで
年４．３％、２９５日
(ウ) 平成２３年５月２０日から平成２３年６月１９日まで
年４．３％、３１日
［根拠法令：措置法９４条］
キ 延滞税額の計算
(ア) 上記カ(ア)の期間に係る延滞税額
２０万円×４．５％×７０日／３６５日≒１７２６円
(イ) 上記カ(イ)及び(ウ)の期間に係る延滞税額
２０万円×４．３％×３２６日／３６５日≒７６８１円
(ウ) 延滞税額（確定金額）
(ア)＋(イ)＝９４０７円
(エ) 端数処理後の延滞税額
９４００円
［根拠法令：通則法６０条２項、１１９条４項、措置法９６条］
(4) 平成２１年分の延滞税額
ア 延滞税の計算基礎となる未納税額
１９万４６００円
［根拠法令：通則法６０条１項２号］
イ 延滞税の計算の基礎となる金額
１９万円
［根拠法令：通則法１１８条３項］
ウ 延滞税の計算の始期（還付申告の日の翌日）
平成２２年９月１１日
［根拠法令：通則法６０条２項、通則法施行令２５条１項３号］
エ 延滞税の計算の終期
平成２３年６月１９日
［根拠法令：通則法６０条２項］
オ 延滞税の計算の控除期間
なし
カ 適用される延滞税の割合（特例基準割合）及び日数
(ア) 平成２２年９月１１日から平成２２年１２月３１日まで
年４．３％、１１２日
(イ) 平成２３年１月１日から平成２３年６月１９日まで
年４．３％、１７０日
［根拠法令：措置法９４条］
キ 延滞税額の計算
(ア) 上記カ(ア)及び(イ)の期間に係る延滞税額
１９万円×４．３％×２８２日／３６５日≒６３１２円
(イ) 延滞税額（確定金額）
(ア)＝６３１２円
(ウ) 端数処理後の延滞税額
６３００円
［根拠法令：通則法６０条２項、１１９条４項、措置法９６条］
４ 本件各誤納金及びこれに加算される還付加算金の計算方法及び金額
(1) 平成１８年分の誤納金及び還付加算金の額
ア 誤納金の額
３万１４００円－８９００円＝２万２５００円
［根拠法令：通則法５６条１項］
イ 還付加算金の計算の基礎となる金額
２万円
［根拠法令：通則法１２０条４項］
ウ 還付加算金の計算の始期（納付受託者が日本銀行に納付した日〔平成２３年９月１日〕の翌日から起算して１月を経過する日の翌日）
平成２３年１０月２日
［根拠法令：通則法５８条１項３号］
エ 還付加算金の計算の終期
平成２３年１１月７日
［根拠法令：通則法５８条１項］
オ 適用される還付加算金の割合（特例基準割合）及び日数
平成２３年１０月２日から同年１１月７日まで
年４．３％、３７日
［根拠法令：措置法９５条］
カ 還付加算金の計算
２万円×４．３％×３７日／３６５日≒８７円
［根拠法令：通則法５８条１項、措置法９６条］
キ 還付加算金の額
０円
［根拠法令：通則法１２０条３項］
(2) 平成１９年分の誤納金及び還付加算金の額
ア 誤納金の額
２万５３００円－９８００円＝１万５５００円
［根拠法令：通則法５６条１項］
イ 還付加算金の計算の基礎となる金額
１万円
［根拠法令：通則法１２０条４項］
ウ 還付加算金の計算の始期（納付受託者が日本銀行に納付した日〔平成２３年９月１日〕の翌日から起算して１月を経過する日の翌日）
平成２３年１０月２日
［根拠法令：通則法５８条１項３号］
エ 還付加算金の計算の終期
平成２３年１１月７日
［根拠法令：通則法５８条１項］
オ 適用される還付加算金の割合（特例基準割合）及び日数
平成２３年１０月２日から同年１１月７日まで
年４．３％、３７日
［根拠法令：措置法９５条］
カ 還付加算金の計算
１万円×４．３％×３７日／３６５日≒４３円
［根拠法令：通則法５８条１項、措置法９６条］
キ 還付加算金の額
０円
［根拠法令：通則法１２０条３項］
(3) 平成２０年分の誤納金及び還付加算金の額
ア 誤納金の額
１万４８００円－９４００円＝５４００円
［根拠法令：通則法５６条１項］
イ 還付加算金の計算の基礎となる金額
０円
［根拠法令：通則法１２０条４項］
ウ 還付加算金の額
０円
(4) 平成２１年分の誤納金及び還付加算金の額
ア 誤納金の額
１万０３００円－６３００円＝４０００円
［根拠法令：通則法５６条１項］
イ 還付加算金の計算の基礎となる金額
０円
［根拠法令：通則法１２０条４項］
ウ 還付加算金の額
０円
以上
別紙８省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2014/pdf/12389.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/choshu/2014/pdf/H26_3.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。