税務訴訟資料第２６４号－２６（順号１２４０７）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号課税処分取消請求事件
国側当事者・国（行田税務署長）
平成２６年２月１２日却下・棄却・控訴
判決
原告
有限会社Ａ
同代表者代表取締役
甲
同訴訟代理人弁護士
鈴木裕史
被告
国
同代表者法務大臣
谷垣禎一
処分行政庁
行田税務署長
熊﨑文夫
被告指定代理人
大西勝
ほか別紙１指定代理人目録記載のとおり
主文
１ 本件訴えのうち別紙２「訴え却下部分目録」記載の各部分を却下する。
２ 本件訴えのその余の部分に係る原告の請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 行田税務署長が平成２２年８月２７日付けで原告に対してした原告の平成１９年９月１日から平成２０年８月３１日までの事業年度（以下「平成２０年８月期」という。）に係る法人税の更正の処分（ただし、行田税務署長が平成２２年１２月２２日付けで原告に対してした決定（以下「本件異議決定」という。）により一部取り消された後のもの。以下、この一部取消しの前後を問わず、上記更正の処分を「平成２０年８月期法人税更正処分」という。）及び重加算税の賦課決定処分（以下「平成２０年８月期法人税賦課決定処分」という。）を取り消す。
２ 行田税務署長が平成２２年８月２７日付けで原告に対してした原告の平成２０年９月１日から平成２１年８月３１日までの事業年度（以下「平成２１年８月期」といい、平成２０年８月期と総称するときは、「本件各事業年度」という。）に係る法人税の更正の処分（ただし、本件異議決定により一部取り消された後のもの。以下、この一部取消しの前後を問わず、上記更正の処分を「平成２１年８月期法人税更正処分」といい、平成２０年８月期法人税更正処分と総称するときは「本件各法人税更正処分」という。）及び重加算税の賦課決定処分（以下、「平成２１年８月期法人税賦課決定処分」といい、平成２０年８月期法人税賦課決定処分と総称するときは「本件法人税各賦課決定処分」という。また、本件各法人税更正処分と本件法人税各賦課決定処分を総称するときは「本件各法人税更正処分等」という。）を取り消す。
３ 行田税務署長が平成２２年８月２７日付けで原告に対してした原告の平成２０年６月１日から同年８月３１日までの課税期間（以下「平成２０年８月課税期間」という。）の消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の更正の処分（以下「平成２０年８月課税期間消費税等更正処分」という。）並びに重加算税の賦課決定処分（以下「平成２０年８月課税期間消費税等賦課決定処分」という。）を取り消す。
４ 行田税務署長が平成２２年８月２７日付けで原告に対してした原告の平成２０年９月１日から同年１１月３０日までの課税期間（以下「平成２０年１１月課税期間」という。）の消費税等の更正の処分（以下「平成２０年１１月課税期間消費税等更正処分」という。）及び重加算税の賦課決定処分（以下「平成２０年１１月課税期間消費税等賦課決定処分」という。）を取り消す。
５ 行田税務署長が平成２２年８月２７日付で原告に対してした原告の平成２１年３月１日から同年５月３１日までの課税期間（以下「平成２１年５月課税期間」といい、平成２０年８月課税期間及び平成２０年１１月課税期間と総称するときは「本件各課税期間」という。）の消費税等の更正の処分（以下「平成２１年５月課税期間消費税等更正処分」といい、平成２０年８月課税期間消費税等更正処分及び平成２０年１１月課税期間消費税等更正処分と総称するときは「本件各消費税等更正処分」という。）及び重加算税の賦課決定処分（以下「平成２１年５月課税期間消費税等賦課決定処分」といい、平成２０年８月課税期間消費税等賦課決定処分及び平成２０年１１月課税期間消費税等賦課決定処分と総称するときは「本件消費税等各賦課決定処分」という。また、本件各消費税等更正処分と本件消費税等各賦課決定処分を総称するときは「本件各消費税等更正処分等」という。）を取り消す。
６ 行田税務署長が平成２２年８月２７日付けで原告に対してした平成２１年１月から平成２１年６月までの期間（以下「本件期間」という。）分の源泉徴収に係る所得税（以下「源泉所得税」という。）の納税告知処分（ただし、本件異議決定により一部取り消された後のもの。以下、この一部取消しの前後を問わず、上記告知処分を「本件告知処分」といい、本件各法人税更正処分及び本件各消費税等更正処分と総称するときは「本件各処分」という。）並びに不納付加算税及び重加算税の各賦課決定処分（以下「本件源泉所得税各賦課決定処分」といい、本件告知処分と総称するときは「本件告知処分等」という。また、本件法人税各賦課決定処分、本件消費税等各賦課決定処分及び本件源泉所得税各賦課決定処分を総称するときは「本件各賦課決定処分」といい、本件各法人税更正処分等、本件各消費税等更正処分等及び本件告知処分等を総称するときは「本件各処分等」という。）を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、行田税務署長が、原告の代表者（以下「原告代表者」という。）及び原告の取締役であって原告代表者の妻である乙（以下「原告代表者妻」といい、原告代表者と総称するときは「原告代表者ら」という。）が平成２１年４月２４日に購入した別紙３物件目録記載の土地及び建物（以下「本件不動産」という。）に係る売買代金の原資が原告に帰属する金員によるものであるとして、本件各処分等をしたのに対し、原告が、①本件不動産の購入資金は、原告代表者が第三者から個人的に借り入れるなどして準備した金員であって、原告に帰属する金員によるものではない、②平成２１年１２月から平成２２年８月にかけて行田税務署職員がした法人税、消費税及び所得税に関する調査（以下「本件調査」という。）は、原告に実質的に反論の機会を与えないままに実施されたものであるから、本件各処分等は適正な手続を経ていないなどと主張し、本件各処分の取消しを求める事案である。
１ 前提事実（証拠等の掲記のない事実は、当事者間に争いがないか、当事者において争うことを明らかにしない事実である。以下「前提事実」という。）
(1) 原告及び原告を巡る客観的事実
ア 原告について
原告は、自動車及び中古自動車の輸出入及び販売等を目的として平成８年９月●日に成立した有限会社である。原告の取締役には、原告代表者（平成１２年２月●日以降は代表取締役に就任している。）及び原告代表者妻が就任していた（乙２）。
原告は、同年１０月３１日、当時の原告の納税地を所轄していた大和税務署長に対し、法人税の申告について、青色の申告書により提出することについての申請書を提出した。また、原告は、平成１３年９月２８日、大和税務署長に対し、消費税等の課税期間について、平成１５年法律第８号による改正前の消費税法１９条１項４号の規定する期間を３か月ごとの期間に短縮する旨の届出書を提出した。（乙１５、１６）
イ 原告名義の銀行預金口座について
原告は、平成１７年９月１日から平成１８年８月３１日までの事業年度以降平成２１年８月期までの各事業年度について、株式会社Ｂ銀行（ただし、平成●年●月●日までは株式会社Ｃ銀行。以下、株式会社Ｄ銀行との合併（平成●年●月●日）の前後を問わず「Ｂ銀行」という。）大和支店の原告名義の普通預金口座（口座番号が「」のもの。以
下「本件申告預金口座」という。）に振り込まれた金員の額を原告の益金の額に算入すべき金額に含まれるものとしてそれぞれ法人税の確定申告をするとともに、本件申告預金口座の出入金額を基に総勘定元帳を作成していた（乙３の１ないし４、５ないし８）。
また、原告は、平成２０年６月１３日、株式会社Ｅ銀行（以下「Ｅ銀行」という。）港北ニュータウン支店に原告名義の普通預金口座（乙９。以下「本件普通預金口座」という。）及び外貨普通預金口座（乙１０。以下「本件外貨普通預金口座」といい、本件普通預金口座と総称するときは「本件各口座」という。）を開設したが、平成２１年５月１５日に解約した。なお、本件各口座に係る入金（以下「本件各金員」という。）の概要（送金年月日、送金額、送金名義人、支払明細）は、別表１－１及び２各記載のとおりである。（乙９、１０、１１の１ないし２２）
(2) 本件不動産の購入等
原告代表者らは、平成２１年３月２０日、本件不動産の所有者であった丙（以下「丙」という。）との間で、本件不動産の売買代金を７０００万円（うち１４００万円については、手付として、同日に支払うものとする。）とすること等を内容とする売買契約（以下「本件売買契約」といい、同契約に係る契約書を「本件売買契約書」という。）を締結した。
原告代表者らは、同月１９日に本件普通預金口座の１４００万円をもってＥ銀行に対しいわゆる自己宛小切手の振出しを依頼し、これを上記の手付に充当したほか、同年４月２４日に５５００万円を本件普通預金口座から丙名義のＥ銀行の預金口座に振替送金（なお、その際、送金手数料４２０円をＥ銀行に支払っている。）をして本件不動産の売買代金の一部に充当した。なお、同日、上記の５５００万円の振替送金の前に本件普通預金口座に８４５万円が預け入れられている。（乙９、１２、１３）
(3) 本件訴えの提起に至る経緯
ア(ア)ａ(a) 原告は、平成２０年１０月２２日、行田税務署長に対し、所得の金額及び納付すべき税額をいずれも零円、繰越欠損金の当期控除額を２９５万０１５１円、翌期へ繰り越すべき欠損金額を１２０万７６８９円等とする平成２０年８月期の法人
税の確定申告をしたが、本件普通預金口座に入金された金員の一部（平成２０年７月３１日に入金された１万６５００円及び同年８月２８日に入金された１０３万
円）について、原告に係る売上げ又は雑収入の各計上漏れであったことを理由に、平成２１年９月２５日、繰越欠損金の当期控除額を３８８万５８５１円、翌期へ繰り越すべき欠損金額を２７万１９８９円とする修正申告をした（乙７、９、１９）。
(b) 原告は、平成２１年１０月２３日、行田税務署長に対し、欠損金額を５４５万９９８２円、納付すべき税額を零円、翌期へ繰り越すべき欠損金額を５７３万１９７１円等とする平成２１年８月期の法人税の確定申告をした（乙８）。
ｂ 行田税務署長は、平成２２年８月２７日、①原告の平成２０年８月期の法人税について、所得の金額を２６０６万９４２４円、納付すべき税額を７１８万０７００円、繰越欠損金の当期控除額を４１５万７８４０円等とする更正の処分（平成２０年８月期法人税更正処分）及び同法人税に係る重加算税の額を２５１万３０００円とする重加算税の賦課決定処分（平成２０年８月期法人税賦課決定処分）並びに②原告の平成２１年８月期の法人税について、所得の金額を２３２５万１０５６円、納付すべき税額を６０１万５３００円等とする更正の処分（平成２１年８月期法人税更正処分）及び同法人税に係る重加算税の額を２１０万３５００円とする重加算税の賦課決定処分（平成２１年８月期法人税賦課決定処分）をした。
(イ)ａ(a) 原告は、平成２０年１０月２２日、行田税務署長に対し、平成２０年８月課税期間の消費税等の課税標準額を２３万５０００円、仕入税額控除の額を４５２万０７２５円、還付金の額に相当する消費税額を４５１万１３２５円、還付金の額に相当する譲渡割額を１１２万７８３１円等とする平成２０年８月期課税期間の消費
税等の確定申告をしたが、平成２１年９月２５日、課税標準額を１２１万６０００円、仕入税額控除の額を４４７万１２０１円、還付金の額に相当する消費税額を４４２万２５６１円、還付金の額に相当する譲渡割額を１１０万５６４０円等とする修正申告をした（乙２０）。
(b) 原告は、平成２１年１月２６日、行田税務署長に対し、平成２０年１１月課税期間の消費税等の課税標準額を７６７万２０００円、仕入税額控除の額を３３９万１４２１円、還付金の額に相当する消費税額を３０８万４５４１円、還付金の額に相当する譲渡割額を７１万１１３５円等とする平成２０年１１月課税期間の消費
税等の確定申告をした（乙２１）。
(c) 原告は、平成２１年７月２９日、行田税務署長に対し、平成２１年５月課税期間の消費税等の課税標準額を６２万２０００円、仕入税額控除の額を１２７万２５６３円、還付金の額に相当する消費税額を１２４万７６８３円、還付金の額に相当する譲渡割額を３１万１９２０円等とする平成２１年５月課税期間の消費税等の
確定申告をした（乙２２）。
ｂ 行田税務署長は、平成２２年８月２７日、①平成２０年８月課税期間の消費税等の課税標準額を２７３１万円、仕入税額控除の額を４４７万１６９０円、還付金の額に相当する消費税額を３３７万９２９０円、還付金の額に相当する譲渡割額を８４万４８２２円等とする更正の処分（平成２０年８月課税期間消費税等更正処分）及び平成２０年８月課税期間の消費税等に係る重加算税の額を４５万５０００円とする重加算税の賦課決定処分（平成２０年８月課税期間消費税等賦課決定処分）、②平成２０年１１月課税期間の消費税等の課税標準額を１５７０万６０００円、仕入税額控除の額を３４０万０７７１円、還付金の額に相当する消費税額を２７７万２５３１円、還付金の額に相当する譲渡割額を６９万３１３２円等とする更正の処分（平成２０年１１月課税期間消費税等更正処分）及び平成２０年１１月課税期間の消費税等に係る重加算税の額を１３万６５００円とする重加算税の賦課決定処分（平成２０年１１月課税期間消費税等賦課決定処分）並びに③平成２１年５月課税期間の消費税等の課税標準額を２３７４万２０００円、仕入税額控除の額を１２７万２５６３円、還付金の額に相当する消費税額を３２万２８８３円、還付金の額に相当する譲渡割額を８万０７２０円等とする更正の処分（平成２１年５月課税期間消費税等更正処分）及び平成２１年５月課税期間の消費税等に係る重加算税の額を４０万２５００円とする重加算税の賦課決定処分（平成２１年５月課税期間消費税等賦課決定処分）をした。
(ウ) 行田税務署長は、平成２２年８月２７日、原告に対し、本件期間の源泉所得税の額を１７２７万９８３２円とする納税告知処分（本件告知処分）並びに不納付加算税の額を１５１万円及び重加算税の額を７５万９５００円とする各賦課決定処分（本件源泉所得税各賦課決定処分）をした。
イ 原告は、平成２２年１０月２４日、行田税務署長に対し、本件各処分等について異議申立てをしたところ、行田税務署長は、同年１２月２２日、原告に対し、本件各法人税更正処分及び本件告知処分の一部を取り消し、その余の異議申立てをいずれも棄却する旨の決定（本件異議決定）をした。
ウ 原告は、平成２３年１月２５日、国税不服審判所長に対し、本件異議決定を経た後の本件各処分等になお不服があるとして審査請求をしたが、国税不服審判所長は、同年１１月９日、上記審査請求を棄却する旨の裁決をした。
エ 原告は、平成２４年４月２５日、本件訴えを提起した（当裁判所に顕著な事実）。
２ 本件各更正処分等の根拠及び適法性に関する被告の主張
後記４に掲げるほか、別紙４「本件各処分等の根拠及び適法性」に記載のとおりである（なお、同別紙で定める略称等は、以下においても用いることとする。）。
３ 争点
(1) 本件訴えのうち別紙２「訴え却下部分目録」記載の各部分の適法性（争点１）
(2) 本件各金員が原告に帰属するものであるか否か（争点２）
(3) 本件調査の手続の違法等が本件各処分等の取消事由となるか否か（争点３）
４ 争点に関する当事者の主張の要点
(1) 本件訴えのうち別紙２「訴え却下部分目録」記載の各部分の適法性（争点１）について（被告の主張の要点）
原告は、本件各法人税更正処分及び本件各消費税等更正処分について、原告がした法人税又は消費税等の各確定申告及び修正申告における納付すべき税額又は還付金の額に相当する税額を超えない部分（別紙２「訴え却下部分目録」記載の各部分）を含めて取消しを求めるものと解される。
ところで、いわゆる申告納税制度の下において、納付すべき税額等は、納税者のする申告により確定することを原則とし（通則法１５条及び１６条）、納税申告書を提出した者は、申告により一旦確定した課税標準等又は税額等を自己に有利に変更しようとする場合には、更正の請求をする必要がある（同法２３条）。
そして、納税者側からの自己に有利に申告の是正を求めるための方法として、通則法が専ら更正の請求の手続に関する規定を設けた趣旨に照らせば、納税者が申告に係る納付すべき税額が過大であるなどとしてその誤りを是正するためには、原則として更正の請求の手続によらなければならないのであり（最高裁昭和●●年(○○)第●●号同３９年１０月２２日第一小法廷判決・民集１８巻８号１７６２頁、最高裁昭和●●年（○○）第●●号同５７年２月２３日第三小法廷判決・民集３６巻２号２１５頁参照）、この手続を執ることなく、更正処分のうち申告額を超えない部分の取消しを求めることは、訴えの利益を欠くものとして許されないというべきである。
そうすると、原告は、本件各事業年度の法人税及び消費税等の各確定申告及び修正申告を行った後、本件各事業年度の法人税及び消費税等について更正の請求を行っていないのであるから、本件各法人税更正処分及び本件各消費税等更正処分のうち確定申告又は修正申告により既に確定している税額等を超えない部分の取消しを求める部分の訴えについては、訴えの利益を欠き、不適法というべきである。
したがって、本件訴えのうち、別紙２「訴え却下部分目録」記載の各部分は、訴えの利益を欠く不適法なものであるから、却下されるべきである。
（原告の主張の要点）
被告の主張については、不知ないし否認する。
(2) 本件各金員が原告に帰属するものであるか否か（争点２）について
（被告の主張の要点）
ア 本件各金員に係る客観的な事実関係からの推認
(ア) 本件各金員の送金理由がいわゆる中古重機の代金等であること
原告は、中古自動車の輸出入等を営む有限会社であり、Ｅ銀行が本件各口座に対する海外の顧客が依頼した送金を同銀行が受ける取引（いわゆる被仕向送金）につき作成した送金が到着した旨を案内する書面（乙１１の１ないし２２。以下「本件入金案内」という。）の「支払明細」欄には「ＵＳＥＤＷＨＥＥＬＬＯＡＤＥＲ」（中古ホイールロ一ダー）、「ＩＭＰＯＲＴＯＦＳＰＡＲＥＰＡＲＴＳ」（交換部品の輸入）等と記載されていることからすれば、本件各金員は、原告の事業に関する中古重機や交換部品の代金に係る金員であるといえ、このことは、原告の総勘定元帳及び被仕向送金計算書に、輸入売上げとして現に中古重機や交換部品の代金が計上されていることからも明らかである。なお、次の(イ)に述べるように、本件各金員の送金者は、いずれも原告の取引先であるから、本件入金案内の「支払明細」欄が空白であることは、原告の売上代金の支払であるとの認定を妨げない。
(イ) 本件各金員を送金した者が原告の事業上の取引先であること
次のとおり、本件入金案内、原告の取引に係るＢ銀行発行の「外国送金・本支店間外貨送金計算書（被仕向送金）」（乙２３ないし２７。以下「本件送金計算書」という。）及び原告の総勘定元帳の記載事項と本件各金員に係る本件各口座への送金状況を併せて考慮すれば、本件各金員は、原告の業務上の取引先から送金されたものであり、原告の売上代金の送金であることは明らかである。
ａ 丁について
「丁」は、①２００８年（平成２０年）７月４日に１万４４４５米ドル、②同月３０日に８万９９４０米ドル、③同年９月１６日に１万５９４５米ドル及び④同年１１月５日に１万５３４５米ドルを、それぞれ本件外貨普通預金口座に送金しているところ、当該各送金に係る本件入金案内の「支払明細」欄には、いずれも「ＵＳＥＤＷＨＥＥＬＬＯＡＤＥＲ」（中古ホイールローダー）と記載されている（乙１０、１１の１０ないし１２・１４ないし２２）上、本件送金計算書（乙２３）の「送金人」欄には本件入金案内の「送金人」欄と同じ「丁」との記載があることからすれば、上記①ないし④の金員を本件外貨普通預金口座に送金した者と本件送金計算書に記載された取引により本件申告預金口座に送金した者は同一であると認められる。これに加え、本件送金計算書に係る取引については、原告の総勘定元帳（乙３の１ないし４）の輸出売上げの科目に計上されていることからすれば、「丁」は原告の事業上の取引先と認められる。
本件入金案内及び本件送金計算書によれば、「丁」から本件申告預金口座及び本件外貨普通預金口座に、継続的に送金されていることが認められるのであり、「丁」は原告との取引を継続的に行っているといえる。そして、同人から、本件外貨普通預金口座への送金があった同年７月４日から同年１１月５日までの間は、本件申告預金口座への送金がないことからすれば、同人による同年７月４日から同年１１月５日までの本件外貨普通預金口座への送金も、原告との間の継続的な取引に基づく送金と考えるのが自然である。
したがって、本件外貨普通預金口座へ振り込まれた上記①ないし④の金員は、原告の売上代金の送金であると認めるのが相当である。
ｂ Ｇについて
「Ｇ」は、平成２１年３月１１日に、８６９万１３０３円を本件普通預金口座に送金している（乙９、１１の３・４）ところ、原告の取引に係る本件送金計算書（乙２４）の「送金人」欄には「Ｇ」との記載があり、本件入金案内（乙１１の３・４）の「送金人」欄の「Ｇ」と同一の社名と認められるから、本件普通預金口座に送金した者と本件送金計算書（乙２４）に記載された取引により本件申告預金口座に送金している者は同一であると認められ、本件送金計算書（乙２４）に係る取引については、原告の総勘定元帳（乙３の２・３）の輸出売上げの科目に計上されていることも合わせ考慮すれば、「Ｇ」は原告の事業上の取引先と認められる。
本件送金計算書（乙２４）及び本件入金案内（乙１１の３）によれば、「Ｇ」から本件申告預金口座及び本件普通預金口座に、複数回にわたって送金されていることが認められるところ、総勘定元帳（乙３の２・３）に記載されている本件申告預金口座への送金額は約２４０万円から約６６０万円（乙２４）であるのに対し、本件普通預金口座への送金額は約８７０万円であり（乙１１の３・４）、大きな違いはないから、本件普通預金口座への送金も、総勘定元帳に記載されている本件申告預金口座への送金と原告との間の同種の取引に基づく送金と考えるのが自然である。
したがって、本件普通預金口座へ振り込まれた上記金員は、原告の売上代金の送金であると認めるのが相当である。
ｃ Ｈについて
「Ｈ」は、平成２１年３月１３日に、４５９万５０００円を本件普通預金口座に送金している（乙９、１１の５・６）ところ、原告の取引に係る本件送金計算書（乙２５）の「送金人」欄には本件入金案内（乙１１の５）の「送金人」欄と同じ「Ｈ」との記載があることからすれば、本件普通預金口座に送金した者と本件送金計算書（乙２５）に記載された取引により本件申告預金口座に送金した者は同一であると認められる。これに加え、本件送金計算書（乙２５）に係る取引については、原告の総勘定元帳（乙３の１ないし３）の輸出売上げの科目に計上されていることを考慮すれば、「Ｈ」は、原告の事業上の取引先であると認められる。
本件入金案内（乙１１の５・６）及び本件送金計算書（乙２５）によれば、「Ｈ」から本件申告預金口座及び本件普通預金口座に継続的に送金されていることが認められるのであり、「Ｈ」は、原告との取引を継続的に行っていたものといえる。そして、本件普通預金口座への送金の前後において、本件申告預金口座への送金がされていることからすれば、本件普通預金口座への送金も、原告との間の継続的な取引に基づく入金と考えるのが自然である。
したがって、本件普通預金口座へ振り込まれた上記金員は、原告の売上代金の送金であると認めるのが相当である。
ｄ Ｉについて
「Ｉ」は、平成２１年４月１５日に、５２４万４７５２円を本件普通預金口座に送金しているところ（乙９、１１の７・８）、本件入金案内の「支払明細」欄には、「／ＲＦＢ／Ａ．Ｐ．ＦＯＲＩＭＰＯＲＴＩＮＧＥＱＵＩＰＭＥＮＴ」と機器の輸入を示す記載がされているから（乙１１の７）、上記の送金は、機器の売買代金の送金と考えられる上、原告の取引に係る本件送金計算書（乙２６）の「送金人」欄に「Ｉ」又は「Ｉ」と記載され、本件入金案内の「送金人」欄の記載と同一であることからすれば、本件普通預金口座に送金した者と本件送金計算書（乙２６）に記載された取引により本件申告預金口座に送金した者は同一であると認められる。これに加え、本件送金計算書（乙２６）に係る取引については、原告の総勘定元帳（乙３の３・４）の輸出売上げの科目に計上されていることを考慮すれば、「Ｉ」は、原告の事業上の取引先であると認められる。
本件入金案内（乙１１の７）及び本件送金計算書（乙２６）によれば、「Ｉ」から本件申告預金口座及び本件普通預金口座に継続的に送金されていることが認められ、本件普通預金口座への送金の前後において総勘定元帳に記載された本件申告預金口座への送金が継続的に行われていることからすれば、本件普通預金口座に送金された上記の金員も、事業上の取引によるものと認められる。
したがって、本件普通預金口座へ振り込まれた上記金員は、原告の売上代金の送金と認めるのが相当である。
ｅ Ｊについて
「Ｊ」は、平成２１年４月２０日に、５７４万４１２７円を本件普通預金口座に送金している（乙９、１１の９）ところ、原告の取引に係る本件送金計算書（乙２７）の「送金人」欄と本件入金案内（乙１１の９）の「送金人」欄の記載は同一の社名と認められることを考慮すれば、本件普通預金口座に送金した者と本件送金計算書（乙２７）により本件申告預金口座に送金している者は同一であると認められる。これに加え、本件送金計算書（乙２７）に係る取引については、原告の総勘定元帳（乙３の１ないし４）の輸出売上げの科目に計上されていることからすれば、「Ｊ」は、原告の事業上の取引先であると認められる。
本件送金計算書（乙２７）及び本件入金案内（乙１１の９）によれば、「Ｊ」から本件申告預金口座及び本件普通預金口座に複数回にわたって送金されていることが認められるところ、総勘定元帳（乙３の１ないし４）に記載されている本件申告預金口座への送金額は約７８万円から約１１９０万円（乙２７）であるのに対し、本件普通預金口座への送金額は約５７０万円であり（乙１１の９）、事業上の取引額との違いはないから、本件普通預金口座に送金された上記の金員も、総勘定元帳に記載されている本件申告預金口座への送金と同種の取引に基づく送金と考えるのが自然である。
したがって、本件普通預金口座へ振り込まれた上記金員は、原告の売上代金の送金であると認めるのが相当である。
ｆ Ｋについて
Ｋは、平成２０年９月１６日に、５２７万１５００円を本件普通預金口座（乙９）に送金している（乙１１の２）。本件入金案内（乙１１の２）の「送金人」欄には「Ｌ」と記載（ただし、原告代表者妻によれば、「Ｌ」は、両替商かなにかで原告の売上先ではない。乙２８の２枚目５(7)参照。）されているが、「支払明細」欄に「Ｋ」との記載がある。
原告の取引に係る本件送金計算書（乙２９）の「送金人」欄、「メッセージ」欄及び「送金銀行」欄と本件入金案内（乙１１の２）の「送金人」欄、「支払明細」欄及び「依頼銀行」欄の記載が同一であることからすれば、本件普通預金口座に送金した者と本件送金計算書（乙２９）に記載された取引より本件申告預金口座に送金した者は同一であると認められる。これに加え、「Ｋ」は、原告の総勘定元帳（乙３の２）の輸出売上げの科目に計上される取引を行っていることからすれば、「Ｋ」は原告の事業上の取引先と認められる。
そして、本件送金計算書（乙２９）の「メッセージ（ＭＥＳＳＡＧＥ）」欄を見ると、「ＴＲＡＤＩＧＭＡＣＨＩＮＥＲＹＰＡＲＴＳ」と機械部品を示す記載がされているところ、上記の本件入金案内の「支払明細」欄にも、「ＩＭＰＯＲＴＯＦＳＰＡＲＥＰＡＲＴＳ」と交換部品の輸入を示す記載がされていることに照らせば、本件普通預金口座に送金された上記の金員は、事業上の取引先である「Ｋ」との間で行われた交換部品の売買代金の送金であることは明らかである。
したがって、本件普通預金口座へ振り込まれた上記金員は、原告の売上代金の送金であると認めるのが相当である。
イ 本件各口座に関する事実からの推認
(ア) 本件各口座が原告名義であること
本件各口座は、原告名義で開設されているところ、租税法においては、法人と個人が別の納税義務の主体とされることから、法人と個人の経理は明確に区分経理されることが求められ、原告名義の口座へ入金された金員が原告代表者に帰属するのであれば、その根拠を明らかにすることが求められる。しかるに、原告代表者は、Ｂ銀行大和支店に原告代表者名義の外貨普通預金口座を開設し、個人的な借入金を受け取る銀行預金口座を有していた（乙３２の２）のであり、本件各口座を新たに開設して本件各金員の振込先とする合理的な理由は見当たらない。
(イ) 本件普通預金口座が原告の事業に係る金員の出入金のために利用されていたこと
ａ 原告は、本件普通預金口座に入金された金員のうち、平成２０年７月３１日に入金された金員（１万６５００円）及び同年８月２８日に入金された金員（１０３万円）については、原告に係る売上げ又は雑収入の各計上漏れであったとして、平成２０年８月期に係る法人税の修正申告をしているのであり、本件普通預金口座は、原告の事業に係る入金がされる預金口座として利用されていたものである。また、原告は、平成２０年１０月２９日、本件普通預金口座から、原告の営む事業に係る仕入代金２４万円を振込送金しているのであり、本件普通預金口座が原告の事業に係る出金がされる預金口座としても利用されていたものである。
ｂ 本件普通預金口座には、中古建設機械の輸出入等を営む株式会社Ｍや中古建設機械に係る会員制オークションを主催するＮ株式会社からの入金もあるところ、これらの会社が原告の取引先や同業者であることに照らすと、本件普通預金口座に入金された金員は、原告の事業に関連する金員とみるのが相当である。
(ウ) 本件各口座の開設目的が原告代表者らによる本件不動産の取得にあったと推認されること
本件各口座は、平成２０年６月１３日に開設されたものであるところ、その後、原告の事業に関連する振込入金が継続的にされ、平成２１年３月１９日に１４００万円及び同年４月２４日に５５００万０４２０円という本件不動産の売買に関する出金がされた後、同年５月１５日に解約されている。このような状況に鑑みれば、本件各口座は、原告代表者が、原告に帰属すべき金員から本件不動産を取得する資金を調達するために開設した口座と推認することができる。
ウ 原告が提出した契約書が信用することのできないものであること
(ア) 原告が平成２１年６月２３日に行田税務署の職員に対して提出した金銭消費貸借契約書２通（以下、原告が１９０４万０１５０円の貸付けを受けた旨が記載された契約書（乙１７の１）を「本件Ａ契約書」、原告が１０００万円の貸付けを受けた旨が記載された契約書（乙１７の２）を「本件Ｂ契約書」とそれぞれいい、本件Ａ契約書と本件Ｂ契約書を総称するときは「本件契約書」という。）の内容が不自然であること
原告は、本件各金員が原告代表者の個人的な借入金であることの根拠として、平成２１年５月から同年９月にかけて行田税務署の職員が行った原告に対する所得税、法人税及び消費税に関する調査（以下「前回調査」という。）において、本件契約書（乙１７の１・２）を提出したが、同契約書は、以下に述べるとおり、その記載自体が不自然であり、後日作成されたことが疑われるなど、本件各金員が原告代表者の個人的な借入金であることを裏付けるものとはなり得ないというべきである。
ａ 契約金が円建てであること
本件Ａ契約書における契約金額は２２００万円、本件Ｂ契約書における契約金額は１０００万円と契約金額がいずれも円建てとなっているところ、円建てで貸付けや返済がなされることにより、外国に居住する又は外国人である貸主が為替変動リスクやその後の自国通貨への為替交換手数料の負担を負うことになるから、不自然である。
ｂ 本件Ａ契約書に係る送金は時期を異にし、同契約書に記載された貸主以外の者からもなされたものであること
本件Ａ契約書は、２００９年（平成２１年）３月１日付けで、原告とＯとの間で締結されたものであるが、原告に貸し付けたとされる１９０４万０１５０円は、原告の説明によれば、Ｇが同月９日に送金した８６９万５６５０円、Ｈが同月１３日に送金した４５９万７５００円及びＪが同年４月１６日に送金した５７４万７０００円の合計金額とのことであり（乙１８の５枚目）、契約内容と相違している。
ｃ 本件契約書は送金の後に作成されたものであること
本件Ａ契約書においては、同契約書に係る契約は「２００９年３月１日付け」で締結されたものとされているところ、本件Ａ契約書の条項をみると、同年４月末までに１９０４万０１５０円を受け取ったとされているが、そもそも、前記ｂに述べたとおり、原告が１９０４万０１５０円の借入れの内訳として主張する８６９万５６５０円、４５９万７５００円及び５７４万７０００円は、それぞれ、８７０万円、４６０万円及び５７５万円かち送金手数料を控除した後の金額である（乙１１の４・６・９）から、本件Ａ契約書の受領金額は、送金手数料を除いた金額により金額が印字されていることになり、同契約書が送金後に作成されたものであることは明らかである。この点をおくとしても、借主が借り入れた金額が送金手数料を控除した後の金額となっているということは、貸主が送金手数料を負担しているということになり、それ自体不自然である上、原告が借り入れたとされる金額が、外貨により受領したわけでもないにもかかわらず、端数の付いた金額となっていることも不自然である。
次に、本件Ｂ契約書によれば、同契約書に係る契約は、同年３月に締結されたとされるところ、本件Ｂ契約書には、原告が受領した金額（１０００万円）、原告が貸金を受領した日（同年４月１０日）及び契約書が作成された日（同月１３日）が、すべて印字されていることからすれば、早くても、本件Ｂ契約書は、同月１３日以降に作成されたこととなる。しかも、本件Ｂ契約書には、同月１０日に１０００万円を受領した旨の記載があるにもかかわらず、その日付に近い時期に、Ｉから金銭を受領したのは、同月１５日の５２４万４７５２円のみである。
したがって、本件契約書は、いずれも送金後に作成されたものである上、様々な点において不自然な部分があり、本件契約書に記載された内容のとおりの金銭消費貸借契約が締結されたとは到底認めることはできない。
(イ) 原告代表者が本件契約書に係る金銭消費貸借契約の各貸主に対して何ら返済をしていないこと
原告代表者は、本件契約書によれば、本件Ａ契約書の約定に基づき年間２２０万円、本件Ｂ契約書の約定に基づき年間３３３万円余りの返済をそれぞれしなければならないことになるところ、平成２１年８月期の原告代表者らの報酬又は給与は合計５７６万円にすぎず、原告代表者らに上記の報酬又は給与以外の収入があるとは認められないから、上記の約定どおりの返済をすることは不可能であるといわざるを得ないし、実際にも、原告は、原告代表者が本件契約書に基づく借入金の返済をしていることを示す証拠を何ら提出しない。しかも、本件契約書に基づく契約を締結した後の原告の平成２１年８月末の原告代表者から原告に対する貸付金残高は２３０７万２２９８円と、平成２０年８月末の同残高２０５８万２７８２円よりも増加しているのであり、返済が必要な金員が入金されたとの原告の説明とは矛盾する状況にある。
エ 原告の主張に対する反論
(ア) 原告は、自らの主張の根拠として、本件各金員の送金者が作成したとする陳述書（甲４、５、７、８）の記載を指摘する。
しかしながら、①陳述書（甲４、５、７）の「住所」及び「氏名」欄の各筆跡が右斜体であるのに対し、「契約内容」欄以下の項目の筆跡が左斜体である上に「住所」及び「氏名」欄の各筆跡と筆跡も異なっていること、②陳述書（甲５）の「契約内容」欄以下の筆跡と陳述書（甲７）の「契約内容」欄以下の筆跡が酷似しており、同陳述書（甲５、７）の住所氏名を記載した人物と「契約内容」欄以下の項目を記載した人物が異なっていることが強く疑われること、③陳述書（甲４、５、７、８）は、記載すべき項目（「契約内容」、「金額」等）が全て日本語で記載され、英語訳も付されていないにもかかわらず、英語で回答がされているから、上記各陳述書の作成者が日本語での記載を意味できるほどに日本語に精通していたとは考え難く、記載内容について原告側からの働きかけがあったものと推認できること等の事情に照らすと、陳述書（甲４、５、７、８）をその作成名義人本人が作成したものとは認められず、記載内容にも信ぴょう性があるとはいい難い。
(イ) 原告は、本件Ａ契約書に関する借入金について、Ｏが貸主であるが、本件各口座に振り込まれた金員の振込名義人は別人である旨主張する。
しかしながら、本件Ａ契約書に記載された貸主は「Ｏ」であるにもかかわらず、陳述書（甲４）の氏名欄には「Ｐ」又は「Ｑ」と記載されているようであり、本件Ａ契約書に記載された貸主と陳述書（甲４）の作成者が同一人物であるか否かが不明である。仮に、両者が同一人物であるとしても、陳述書（甲４）においては、本件各口座への送金を他人名義で行った理由については何ら説明がされていない上、原告が誤っていると主張する金額が記載されているのであり、陳述書（甲４）が真摯に作成されたものとは認め難い。
したがって、本件Ａ契約書に係る借入金があったとは認められない。
(ウ) 原告は、本件Ｂ契約書に関する借入金について、本件Ｂ契約書に記載された借入金額（１０００万円）と実際に本件普通預金口座に振込入金された額（５２５万円）が異なる旨主張する。
しかしながら、原告が主張するような違いが生じた理由について、陳述書（甲５）においては何ら説明がない上、貸付契約書（甲６）によれば、２０１２年（平成２４年）９月１７日付けで、借入金額を１０００万円としたまま、返済期限を１０年に変更する契約を締結したことになっていることとも整合しない。
したがって、本件Ｂ契約書に係る借入金があったとは認められない。
(エ) 原告は、平成２０年７月、丁との間で、同人から１３万５９００米ドルを原告が借り入れることを合意し、同合意に基づき、①同月４日に１万４５００米ドル、②同月３０日に９万米ドル、③同年９月１６日に１万６０００米ドル及び④同年１１月５日に１万５４００米ドルが本件外貨普通預金口座に振込入金された旨主張し、これに沿う記載のある証拠（甲７）もある。
しかしながら、原告が指摘する各振込入金に係る本件入金案内（乙１１の１０ないし１２・１４ないし２２）の「支払明細」欄には、「ＩＭＰＯＲＴＩＮＧＵＳＥＤＷＨＥＥＬＬＯＡＤＥＲＳ」と記載されており、中古ホイールローダーの代金に係る送金であると推認できる。また、陳述書（甲７）に記載されている「金額」欄には、「１３５，９００，０００ＵＳＤ」と記載されているのに対し、「その他」欄には、返済額として１４４０万円と記載されており、借入額と返済額が大きく食い違っているほか、陳述書（甲７）の「氏名」欄に記載されている氏名は「Ｒ」であるところ、本件入金案内（乙１１の１０ないし１２・１４ないし２２）や原告の総勘定元帳に記載されている取引に係る被仕向送金計算書（乙２３）の送金欄に記載されている者の名前は「Ｓ」であり、名前のつづりに食い違いがあり、陳述書（甲７）の「氏名」欄は、本件入金案内の送金欄に記載された者が自署したものとは認め難い。
したがって、陳述書（甲７）は信用することができず、原告の主張も理由がないというべきである。
(オ) 原告は、平成２０年７月、原告の取引相手であるＵとの間で、同人の資産を原告代表者が預かる旨の合意をし、同合意に基づいて、①同月９日に「Ｔ」を振込名義人として１０万米ドル、②同月１１日に「Ｌ」を振込名義人として５６０万円及び③同年９月１６日に「Ｌ」を振込名義人として５２７万５０００円が、それぞれ本件外貨普通預金口座又は本件普通預金口座に振込入金された旨主張し、これに沿う記載のある証拠（甲８）もある。
しかしながら、上記①の送金については、同送金に係る本件入金案内（乙１１の１３）の「銀行間情報」欄に「／ＡＣＣ／ＦＯＲＩＭＰＯＲＴＯＦＣＡＲＳＴＨＲＯ
ＡＴＴ」との記載があり、車両の購入代金に係る送金と、上記②の送金については、同送金に係る本件入金案内（乙１１の１）の「支払明細」欄に「ＩＭＰＯＲＴＯＦＩＮＤＵＳＴＲＩＬＲＡＷＭＡＴＥＲＩＡＬ」との記載があることから、工業用原材料の購入に係る送金と、上記③の送金については、原告の取引先である「Ｋ」との間で行われた交換部品の売買代金と、それぞれ認められるから、原告が、「Ｕ」から預かった金員とは認められない。
また陳述書（甲８）においては、預り金の実際の所有者と本件各口座への送金名義人が異なる理由や原告の取引先から送金されている経緯について何ら説明されていないほか、同陳述書の「金額」欄に記載されている金額（「２１，７５０，０００ＪＰ￥」）と実際の本件各口座に振込入金された金額が一致しておらず、同陳述書の「金銭授受の方法」欄の「ＢｙＣａｓｈ」との記載と実際の授受の方法（本件各口座への振込入金）とも整合しない。
したがって、陳述書（甲８）は信用することができず、原告の主張も理由がないというべきである。
(カ) 原告は、本件各金員について、母親の相続財産等から返済していく予定である旨主張する。
しかしながら、原告代表者が本件各金員の返済に亡母の相続財産等を充てる予定であるとしても、当初の返済予定額（６８１５万円）から原告が主張する相続財産の額（１６００万円。乙１８参照。）を差し引いた残額は５２１５万円と多額であり、原告代表者がこのような多額の返済を履行できるとは到底認められない。そして、原告の提出する証拠を前提としても、本件Ｂ契約書に基づく借入金について、貸付契約書（甲６）を作成した借り入れから３年５か月を経過した時点（平成２４年９月１７日）でも借入金額（１０００万円）に変化がなく、原告代表者が全く返済をしてないことは明らかである。
したがって、本件各金員は、原告代表者からの返済が予定されていたものとは認められないというべきである。
（原告の主張の要点）
本件各口座に海外から振込入金された本件各金員は、原告代表者が個人的に借り入れた金員又は預り金であって、原告名義の本件各口座は、外国人である原告代表者の海外との入送金の便宜のために開いていたものであり、本件各金員は、原告の売上代金ではない。
ア 本件Ａ契約書に関する借入金について
①平成２１年３月１１日に「Ｇ」を振込名義人として本件普通預金口座に振込入金された８７０万円、②同月１３日に「Ｈ」を振込名義人として本件普通預金口座に振込入金された４６０万円及び③同年４月２０日に「Ｐ」を振込名義人として本件普通預金口座に振込入金された５７５万円は、いずれも、「Ｏ」からの本件Ａ契約書（乙１７の１）に関する借入金である。また、本件Ａ契約書に記載された借入金額である「１９，０４０，１５０円」は「１９，０５０，０００円」の誤りである。
イ 本件Ｂ契約書に関する借入金について
平成２１年４月１５日に「Ｉ」を振込名義人として本件普通預金口座に振込入金された５２５万円が、同人からの本件Ｂ契約書（乙１７の２）に関する借入金である。本件Ｂ契約書に記載された借入金額は１０００万円であるが、実際に振込入金されたのは、上記の５２５万円のみである。
ウ その他の借入金について
原告代表者は、平成２０年７月、丁との間で、同人から１３万５９００米ドルを原告代表者が借り入れることを合意し（甲７）、同合意に基づき、①同月４日に１万４５００米ドル、②同月３０日に９万米ドル、③同年９月１６日に１万６０００米ドル及び④同年１１月５日に１万５４００米ドルが本件外貨普通預金口座に振込入金された。
エ 預り金について
原告代表者は、平成２０年７月、原告の取引相手であるＵとの間で、パキスタン国内で同人の資産を安全に預ける場所がないことから同人の資産を原告代表者が預かってほしい旨を依頼されたことから、同人から１０万米ドル及び１０８７万５０００円を原告代表者が預かることを合意し（甲８）、同合意に基づき、①同月９日に「Ｔ」を振込名義人として１０万米ドル、②同月１１日に「Ｌ」を振込名義人として５６０万円及び③同年９月１６日に「Ｌ」を振込名義人として５２７万５０００円が、それぞれ本件外貨普通預金口座又は本件普通預金口座に振込入金された。
オ 本件不動産の売買代金の原資について
原告代表者は、●●を信仰する者であるところ、●●においては、利息が発生する取引をすることは不適切な行為とされている（甲１０）ため、日本の金融機関から利子付きで借り入れることができず、前記アないしウのとおり、海外の取引相手である「Ｏ」、「Ｉ」及び「丁」から貸付け（これらの貸付けはいずれも無利息である。）を受けたり、前記エの預り金を本件不動産の購入代金に充当することの了承を得たりすることにより、本件不動産の購入代金の原資としたものである。原告は、母の相続財産等からこれらの借入金や預り金を返済していく予定である。
カ 被告の主張に対する反論
(ア) 被告は、本件契約書に係る貸付けについて、契約金額が円建てであり、外国人である貸主に為替変動リスクを負うことになるから、不自然である旨主張する。
しかしながら、本件契約書に係る貸付けは利息を要求されていない貸付けであり、貸主は為替変動リスクを考慮していないから、被告の主張は失当である。
(イ) 被告は、本件各口座に入金された金員は、原告に帰属すべきものである旨主張するが、本件各口座に入金された金員の一部に係る本件入金案内の「支払明細」欄が空白になっているものも存するのであり、これらの金員はもちろんのこと、原告が借入金又は預り金と主張している金員も原告の売上代金ではないことを示すものである。
(3) 本件調査の手続の違法等が本件各処分等の取消事由となるか否か（争点３）について（被告の主張の要点）
ア 税務署長が納税者のある経理処理を調査の対象とし、その調査の結果当該経理処理を否認しなかったとしても、その後の調査により前回の調査において把握した事実に誤りがあることが判明し、又は新たな事実を把握した結果、その申告に係る課税標準等又は税額等が調査したところと異なるときは、その調査の結果判明した事実関係に基づいて更正することができると解されており、これを否定する法令上の根拠も存在しない。
したがって、前回調査後に本件調査を行ったことが違法とはいえない。
イ 質問検査権の行使（法人税法１５３条１項、消費税法６２条１項及び所得税法２３４条１項。ただし、いずれも平成２３年法律第１１４号による改正前のもの。以下同じ。）に関し、その行使の時期、範囲、程度、場所等の法令上特段の定めのない実施の細目については、質問検査の必要があり、かつ、これと相手方の私的利益との比較衡量において、社会通念上相当な限度にとどまる限り、これを行使する税務職員の合理的な判断に委ねられていると解するのが相当（最高裁昭和●●年(○○)第●●号同４８年７月１０日第三小法廷決定・刑集２７巻７号１２０５頁参照）であり、また、更正処分をするに当たって、納税者の弁明、弁解を聴取しなければならないとする法令上の根拠は存在しない。
したがって、税務調査を行うに当たり、反論の機会を与えるため質問検査権を必ず行使しなければならないものではなく、その行使は税務職員の合理的な裁量に委ねられているから、仮に、原告に実質的な反論の機会が与えられていなかったとしても、調査が違法となるものではない。そして、本件においては、本件調査を担当した行田税務署の職員は、原告代表者と面接したり、同人に電話を掛けて話をしたりしているのであり、同人が弁解をする機会はあったといえるから、実質的に反論の機会が与えられないままに本件各処分等が行われたとする原告の主張は失当である。
ウ 税務調査は、租税実体法によって成立した抽象的な納税義務を具体的に確定するための事実行為であって、課税処分とは本来別個のものである。したがって、調査手続の違法は、それが刑罰法規に触れたり、公序良俗に反するなどおよそ税務調査を行ったとはいえないと評価されるほど違法性の程度が著しい場合を除いては、課税処分の取消事由にはならないと解するのが相当であると解されている。
したがって、仮に、本件調査が、原告が主張するような原告に実質的な反論の機会を与えなかったものとして違法であるとしても、それが刑罰法規に触れたり、公序良俗に反するなど税務調査を行ったとはいえないと評価されるほど違法性の程度が著しいものではないことは明らかであるから、本件各処分等の取消事由になり得ず、調査手続に違法があるから本件各処分等が違法であるとの原告の主張は失当である。
（原告の主張の要点）
次のような事情を踏まえると、本件調査は、原告に実質的に反論の機会が与えられないままに実施されたものであり、公序良俗に反するないしそれに匹敵するような著しい違法性を帯びたものであるといえる。
ア 原告は、前回調査に真摯に対応し、前回調査の担当職員の了承を得た上で、修正申告等をしたにも関わらず、前回調査がされたのと同じ年（平成２１年）の１２月頃から本件調査が開始されたものである。
イ 原告代表者は、平成２２年２月１９日頃、パキスタンに帰国したものの、本件調査に協力する意向を有しており、同年３月２６日に成田国際空港に到着したが、再入国することができず、パキスタンに戻らざるを得なかった。このように、原告代表者が本件調査の期間中の帰国後の時期に日本に不在であったにもかかわらず、本件調査が進められ、本件各処分等が行われたものである。
ウ 本件調査を担当した行田税務署の職員は、帰国後の原告代表者に対して何度か電話を掛けてきたものの、原告代表者は難解な日本語を理解することはできず、まして、税務に関する専門用語を理解することができなかったから、上記の電話による聴取は、実質的な意味での聴取とはいえない。
エ 本件各金員の帰属主体は、時期、金額その他具合的な状況について特定されなければ的確に回答することが難しいものであるにもかかわらず、本件調査を担当した行田税務署の職員は、原告代表者に対して、問題点を書面に明示して交付するなどの方法を採らなかった。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（本件訴えのうち別紙２「訴え却下部分目録」記載の各部分の適法性）について法人税及び消費税については、いずれも納付すべき税額の確定の手続につき申告納税方式によるものとされ、その納付すべき税額は、納税者のする申告により確定することを原則とし（通則法１５条１項、１６条１項１号、同条２項１号、法人税法７４条１項、消費税法４５条１項参照）、納税者が申告の内容を自己の利益に変更するためには、更正の請求の方法（通則法２３条）によらなければならないものとされている。そして、このようないわゆる申告納税制度が採られている国税において、確定申告書に記載された事項の過誤の是正につき更正の請求という特別の制度が設けられたのは、課税標準等の決定については、最もその間の事情に通じている納税者自身の申告に基づくものとし、その過誤の是正は法律が特に認めた場合に限るものとすることが、租税債務を可及的速やかに確定させるべき国家財政上の要請に応ずるものであり、納税者に対しても過当な不利益を強いるおそれがないと考えられるからであると解される。このような更正の請求の制度の趣旨に照らせば、申告に係る納付すべき税額等を更正する処分を受けた納税者は、申告の無効を主張することができるような特段の事情がある場合を除き、当該更正の処分のうち申告に係る納付すべき税額又は還付金の額に相当する税額を下回る部分については、上記の更正の請求の手続を経ない限り、抗告訴訟において取消しを求めることはできないものというべきである（以上につき前掲最高裁昭和３９年１０月２２日第一小法廷判決参照）。
これを本件についてみるに、本件訴えのうち別紙２「訴え却下部分目録」記載の各部分は、本件各更正処分のうち原告において確定申告書の提出により自ら納税義務の内容を確定させた部分についての取消しを求めるものであるところ、原告は、本件各法人税更正処分及び本件各消費税等更正処分について更正の請求の手続を執っておらず（弁論の全趣旨）、また、上記の特段の事情があることについての主張、立証はない。
したがって、本件訴えのうち別紙２「訴え却下部分目録」記載の各部分は、不適法であり、却下を免れないものというべきである。
２ 認定事実等
前提事実、後に掲記する証拠によれば、次の各事実（以下「認定事実」という。）が認められる。
(1) 本件普通預金口座宛てにされた送金について
ア 「Ｇ」の名義による送金について
本件普通預金口座には、平成２１年３月１１日、「Ｇ」の名義により同口座宛てに送金された８７０万円のうち、手数料合計８６９７円が控除された後の８６９万１３０３円が入金されている。また、本件申告預金口座には、「Ｇ」又は「Ｇ」の名義により、平成１９年７月１３日、同月１７日、同月１８日、同月２７日、同年９月１４日、同年１０月１１日、同年１１月１２日及び同月２７日、それぞれ、４２５万５３４６円、４０２万４２７８円、３５５万２９２３円、２４１万４５８５円、３４１万８１７９円、６６２万９９１７円、２３７万９７５６円及び５２４万３０１６円（ただし、いずれも手数料を控除した後に邦貨に換算した後のもの。）が送金されてそれぞれ同額が入金されており、そのいずれの送金についても、原告の総勘定元帳において、輸出売上げの科目における「貸方金額」欄に記載されているほか、同年９月１４日、同年１１月１２日及び同月２７日の送金については、当該各送金に係る各本件送金計算書に「ＶＡＬＵＥＯＦＵＳＥＤＥＱＩＵＰＭＥＮＴＳ」とのメッセージが付されている。（乙３の２・３、９、１１の３・４、２４）
イ 「Ｈ」の名義による送金について
本件普通預金口座には、平成２１年３月１３日、「Ｈ」の名義により同口座宛てに送金された４６０万円のうち、手数料合計５０００円が控除された後の４５９万５０００円が入金されている。また、本件申告預金口座には、「Ｈ」の名義により、少なくとも、平成１８年１２月５日、同月２９日、平成１９年２月２日、同月２８日、同年３月１５日、同月２２日、同月２９日、同年４月１０日、同月２４日、同年１０月１１日、平成２０年５月８日、同年６月１６日、同年７月７日、同月２２日及び同年８月７日、それぞれ、９７８万８７０３円、７１２万１８７２円、１８０８万６４０１円、２０７万５０００円、２０２６万７０１８円、２９７７万８２５４円、１０２３万９７５３円、１８５１万０５７６円、９３９万０６０３円、７０９万６４５０円、９９９万０００３円、６４９万３５０２円、１０６３万９３５３円、１３７８万６２０４円及び９８９万０１０３円（ただし、いずれも手数料等を控除した後のもの。）が送金されてそれぞれ同額が入金されており、そのいずれの送金に係る金員についても、原告の総勘定元帳において、輸出売上げの科目における「貸方」欄に記載されているほか、平成１８年１２月５日ないし平成１９年４月２４日の各送金については、当該各送金に係る各本件送金計算書にいずれも「ＰＡＹＭＥＮＴＦＯＲＵＳＥＤＥＸＥＣＥＶＡＴＯＲＳ」とのメッセージが付されている。（乙３の２・３、９、１１の５・６、２５）
ウ 「Ｊ」の名義による送金について
本件普通預金口座には、平成２１年４月２０日、「Ｊ」の名義により同口座宛てに送金された５７５万円のうち、手数料等合計５８７３円が控除された後の５７４万４１２７円が入金されている。また、本件申告預金口座には、「Ｊ」、「Ｊ」又は「Ｊ」の名義により、平成１８年８月３０日、同年１２月１４日、平成１９年１月２６日、同年２月５日、同年６月１９日、平成２０年１０月３１日、同年１１月１１日、同月１８日及び同月２０日、それぞれ、７７万７０２３円、７７７万５８８６円、３６１万４４４４円、５００万１７４８円、８７３万３５８９円、１１９２万５６５６円、３９９万６０６５円、２９８万０９０３円及び３９０万４６８７円（ただし、いずれも手数料を控除した後に邦貨に換算した後のもの。）が送金されてそれぞれ同額が入金されており、そのいずれの送金に係る金員についても、原告の総勘定元帳において、輸出売上げの科目における「貸方金額」欄に記載されているほか、平成１８年８月３０日及び平成１９年１月２６日の送金については、当該各送金に係る各本件送金計算書に「ＢＵＳＩＮＥＳＳＰＵＲＰＯＳＥＳ」とのメッセージが、同年６月１９日の送金については、当該送金に係る本件送金計算書に「ＶＡＬＵＥＯＦＵＳＥＤＥＱＵＩＰＭＥＮＴＳ」とのメッセージがそれぞれ付されている。（乙３の１ないし４、９、１１の９、２７）
(2) 原告に対する調査の経緯等
ア 前回調査の経緯等
(ア) 行田税務署の担当者は、平成２１年５月から同年９月まで、原告事業所へ臨場するなどして、原告に対する所得税、法人税及び消費税に関する前回調査をした。
原告代表者は、上記の調査の中で、原告の事業について、原告が取得している既存の建設機械等のいわゆるインターネットオークションに参加することができるＩＤ及びパスワードを海外の顧客に貸与し、当該顧客が当該ＩＤ及びパスワードを利用して当該オークションで商品を落札した場合に、当該顧客から当該落札商品に係る代金が送金されたことを確認した上で、当該落札商品の輸出の手続をするものである旨を述べた。また、原告代表者は、本件各口座について、パキスタンの友人に頼まれて開設したものであり、原告とは関係のない個人的な口座である旨を述べた。
原告の本件各事業年度の法人税の確定申告書（乙７、８）の作成に関与した戊税理士（以下「戊税理士」という。）は、上記調査の際、原告はインボイスを保管しておらず、売掛帳及び仕入帳も記帳されていないことから、本件申告預金口座の出入金を基に決算関係書類を作成している旨を述べた。（乙７、８、弁論の全趣旨）
(イ) 原告代表者は、平成２１年６月２３日、行田税務署に対し、本件各口座の通帳の写し（乙９、１０）と共に、本件入金案内及び原告代表者の自宅購入資金を借り入れた際に作成したものであるとする金銭消費貸借契約書の写し２通（本件契約書。乙１７の１・２）を提出した。また、原告代表者は、同月２５日、前回調査の担当者に対し、電話で、本件各口座への入金について口頭では上手く説明できないため、書面を送付する旨を述べ、同月３０日、行田税務署に対し、本件各口座への入金について説明する趣旨の文書（乙１８。以下「本件説明文書」という。）を提出した。（甲２、３、乙９、１０、１７の１・２、１８、弁論の全趣旨）
(ウ) 原告代表者は、平成２１年７月２２日、本件各口座への入金について、本件説明文書で説明したとおりである旨を繰り返し、自宅購入に係る関係書類については、本件説明文書において「書類が届き次第お送りします。」と記載していたにもかかわらず、提出しなかった。また、原告代表者は、同年９月１５日、本件入金案内の記述について、パキスタンから送金するには、理由のない送金ができないために、売上代金であるかのような記載がある旨を述べた。（乙１８、弁論の全趣旨）
(エ) 原告は、平成２１年９月２５日、行田税務署長に対し、本件普通預金口座に入金された平成２０年７月３１日の「Ｖ１万６５００円」及び同年８月２８日の「Ｗ１０３万円」（いずれも乙９参照）については、原告の平成２０年８月期の売上代金の入金であるとして、原告の平成２０年８月期の法人税の確定申告をした際の金額に上記金額を加算した平成２０年８月期修正申告書及び平成２０年８月課税期間修正申告書を提出した（乙９、１９、２０）。
イ 本件調査の経緯等（全体として甲２、３、１１、乙２８、弁論の全趣旨）
(ア) 関東信越国税局及び行田税務署の各職員（以下、全ての職員又はいずれかの複数の職員を特に区別することなく「本件調査担当者ら」といい、一人の職員を指す場合には、単に「本件調査担当者」という。）は、平成２１年１２月から平成２２年８月まで、原告代表者の住所地（本件不動産の所在地）及び原告の事業所へ臨場するなどして、原告に対する所得税、法人税及び消費税に関する本件調査をした。
本件調査担当者は、平成２１年１２月８日、原告代表者が不在であったため、同人の携帯電話に連絡したところ、原告代表者から、家族共々パキスタンにおり、日本へ戻る予定は未定である旨の返答を得たため、原告代表者に対し、日本へ帰国したら連絡するよう依頼するとともに、取引先等への確認を含めた調査を進める旨を説明し、原告代表者から了解を得た。また、本件調査担当者は、戊税理士と原告の事業所で面談し、原告の帳簿書類の借用について電話で原告代表者の承諾を得た後、当該帳簿書類を借用した。
(イ) 本件調査担当者らは、平成２２年１月１３日、原告の事業所へ臨場し、原告代表者及び戊税理士と面談した。本件調査担当者は、原告代表者に対し、本件各口座の取引について質問したが、具体的な回答が得られず、さらに、原告代表者に対し、本件各口座への入金が原告の売上げならば修正申告をするつもりがあるかという旨を質問したところ、原告代表者からは、本件各口座へ入金された金員について、前回調査において全て説明している旨が述べられた。
また、原告代表者は、本件調査担当者に対し、最近のインボイスの控えを自宅のパソコン内にデータで保存している旨を述べたため、本件調査担当者は、同月２１日、原告代表者の自宅へ臨場したが、上記のインボイスの控えが保存されているとされるパソコンの電源が入らなかったため、同パソコン内のデータを確認することができなかった。
(ウ) 本件調査担当者は、平成２２年３月９日頃、原告代表者に電話で連絡したところ、原告代表者は、海外に滞在中であり、同月２０日過ぎに日本に帰国する予定である旨を述べた。その際、本件調査担当者が、原告代表者に対し、再度、本件各口座への入金について説明を求めたところ、原告代表者は、前記(イ)と同様、前回調査において全て説明しているから、答えられない旨を述べた。
その後、本件調査担当者は、同月３０日、同年６月２２日及び同年７月１６日、それぞれ原告代表者に対し、電話で連絡をしたところ、原告代表者は、いずれの機会においても、海外に滞在中であり、本件各口座への入金について具体的に説明することもなかった。
３ 争点２（本件各金員が原告に帰属する金員であるか否か）について
(1) 前提事実（別表１－１及び２を含む。）に述べたとおり、①原告の目的が自動車及び中古自動車の輸出入及び販売等であり、②本件普通預金口座に入金された金員の一部（平成２０年７月１１日、同年９月１６日及び平成２１年４月１５日に入金されたもの）及び本件外貨普通預金口座に入金された金員については、いずれも、本件入金案内の「支払明細」欄に、物品（工業用原材料、スペア部品、機器、中古ホイールローダ又は自動車）の輸入に係る金員である旨の記載があるほか、③本件各口座はいずれも原告名義の預金口座であって、現に、原告は、本件各口座に入金された金員の一部（前提事実(3)ア(ア)ａ(a)参照）を原告に帰属するものと自認している上、認定事実を前提とすれば、④本件普通預金口座に入金された金員の一部（平成２１年３月１１日、同月１３日及び同年４月２０日に入金されたもの）の送金名義人（本件入金案内の「送金人」欄に記載された者）が、いずれも、原告と継続的な取引をしている者であると認められることにも照らすと、本件各金員はいずれも、原告に帰属すべきものと認めるのが相当である。
(2)ア原告は、本件普通預金口座に入金された金員の一部（平成２１年３月１１日、同月１３日及び同年４月２０日に入金されたもの）は、本件Ａ契約書（乙１７の１）に記載された内容による金銭消費貸借契約に基づく原告代表者の個人的な借入金である旨主張し、これに沿う証拠（甲４、１１、乙１７の１）もある旨指摘する。
しかしながら、証拠（甲４、乙１７の１）によれば、陳述書（甲４）の作成者とされる者の署名のつづり（Ｙ）と本件Ａ契約書（乙１７の１）の貸主とされる者の署名（Ｏ）のそれが異なっていることが認められ、これらの文書が同一の者が作成したものとは必ずしも認め難いところ、この点をひとまず措くとしても、前提事実及び証拠（甲４、１１、乙１７の１）によれば、①本件Ａ契約書（乙１７の１）に記載された貸主（Ｏ）と上記の本件普通預金口座に入金された金員の送金名義人（本件入金案内（乙１１の３ないし６）の「送金人」欄に記載された者）の一部とは全く異なっているところ（別表１－１参照）、本件Ａ契約書に記載された貸主と本件普通預金口座に金員を送金した名義人が異なった理由については、何ら合理的な説明がされていないこと、②本件Ａ契約書（乙１７の１）及び上記の陳述書（甲４）には、いずれも、原告代表者が貸主から受け取ったとされる金額が１９０４万０１５０円である旨が記載されている一方で、原告代表者の陳述書（甲１１）には、本件Ａ契約書に基づいて成立した金銭消費貸借契約における貸付金額は１９０５万円であって本件Ａ契約書（乙１７の１）の記載は誤記である旨の記載があり、原告代表者尋問においても原告代表者は本件Ａ契約書の記載が誤っている旨を述べるところ、これらの証拠相互間で内容に食い違いがある理由については、何ら合理的な説明がされていないこと、③上記の本件普通預金口座に入金された金員の合計は１９０４万０１５０円であるにもかかわらず、原告代表者の陳述書（甲１１）には、上記②に述べたように、本件Ａ契約書に記載された内容による金銭消費貸借契約の貸付金額は１９０５万円である旨の記載があるところ、実際に受け取った金額と契約上の貸付金額に食い違いがある理由について、原告は何ら説明しない（原告代表者尋問においても、分からない旨を述べるのみである。）ことがそれぞれ認められることに加え、④本件Ａ契約書（乙１７の１）には、原告代表者は、貸主に対して１０年以内に２２００万円を返済しなければならない旨が記載されているところ、借入れがあったとされる時から４年以上経過した現在においても、原告代表者がその一部でも貸主に返済したことを認めるに足りる証拠が格別見当たらないことも考慮すれば、原告の指摘する証拠をもっても、本件普通預金口座に入金された金員の一部（平成２１年３月１１日、同月１３日及び同年４月２０日に入金されたもの）が、本件Ａ契約書に記載された内容による金銭消費貸借契約に基づく原告代表者の個人的な借入金であるとは認め難いのであり、他に、上記金員が本件Ａ契約書に記載された内容による金銭消費貸借契約に基づく原告代表者本人の個人的な借入金であることを認めるに足りる証拠ないし事情等は見当たらない。
したがって、原告の主張は採用することができない。
イ 原告は、本件普通預金口座に入金された金員の一部（平成２１年４月１５日に入金されたもの）は、本件Ｂ契約書（乙１７の２）に記載された内容による金銭消費貸借契約に基づく原告代表者の個人的な借入金である旨主張し、これに沿う証拠（甲５、１１、乙１７の２）もある。
しかしながら、前提事実及び証拠（甲５、６、１１、乙１７の２）によれば、①本件Ｂ契約書（乙１７の２）には貸付金額及び返済金額がいずれも１０００万円である旨が記載されているところ、同契約書に記載された内容によるとされる金銭消費貸借契約の貸主が日本国外の者であるとされていることに照らすと、為替変動リスクや為替交換手数料は貸主が全面的に負担することになるが、そのことについて何ら合理的な説明がされていないこと、②本件Ｂ契約書（乙１７の２）には貸付金額及び返済金額がいずれも１０００万円である旨及び２００９年（平成２１年）４月１０日にこれを原告代表者が受領した旨が記載され、２０１２年（平成２４年）９月１７日に作成されたとされる貸付契約書（甲６）にも同様の記載があり、原告代表者尋問においても、原告代表者は１０００万円を受領した旨を述べる一方で、原告代表者の陳述書（甲１１）には、５２５万円しか受け取っていない旨の記載があるところ、実際に受け取った金額と契約上の貸付金額に食い違いがある理由や、本件Ｂ契約書（乙１７の２）が作成されたとされる日（平成２１年４月１３日）及び同契約書に記載された内容による金銭消費貸借契約に基づく入金があったとされる日（同月１５日）から約２年半経過した後（平成２４年９月１７日）に作成されたとされる貸付契約書（甲６）においても上記の食い違いについて何らの手当てもされていないことについて、何ら合理的な説明がされておらず、原告代表者の陳述書（甲１１）の記載と原告代表者尋問における供述の内容が異なっていることについても何ら説明がされていないことが認められることに加え、③本件Ｂ契約書には、原告代表者は、貸主に対して３年以内に１０００万円を返済しなければならない旨が記載され（乙１７の２）、貸付契約書（甲６）には、原告代表者は、貸主に対して１０年以内に１０００万円を返済しなければならない旨が記載されているところ、借入れがあったとされるときから４年以上経過した現在においても、原告代表者がその一部でも貸主に返済したことを認めるに足りる証拠が格別見当たらないことも考慮すれば、原告の指摘する証拠をもっても、本件普通預金口座に入金された金員の一部（平成２１年４月１５日に入金されたもの）が、本件Ｂ契約書に記載された内容による金銭消費貸借契約に基づく原告代表者の個人的な借入金であるとは認め難いのであり、他に、上記金員が本件Ｂ契約書に記載された内容による金銭消費貸借契約に基づく原告代表者の個人的な借入金であることを認めるに足りる証拠ないし事情等は見当たらない。
したがって、原告の主張は採用することができない。
ウ 原告は、本件外貨普通預金口座に入金された金員の一部（平成２０年７月４日、同月３０日、同年９月１６日及び同年１１月５日に入金されたもの）は、丁との間で同年７月に成立した金銭消費貸借契約による原告代表者の個人的な借入金である旨主張し、これに沿う証拠（甲７、１１）もある旨を指摘する。
しかしながら、証拠（甲７、乙１１の１０・１４・１７・２０）によれば、陳述書（甲７）の作成者とされる者の署名のつづり（Ｒ）と「外国送金到着後案内」（乙１１の１０・１４・１７・２０）の送金人とされる者のつづり（Ｓ）は異なっていることが認められるから、原告が指摘する日にされた本件外貨普通預金口座への入金が陳述書（甲７）の作成者とされる者によってされたものとは必ずしも認め難いところ、この点をひとまずおくとしても、前提事実及び証拠（甲７、１１、乙１１の１０・１４・１７・２０）によれば、①上記の本件外貨普通預金口座に入金された金員の一部に係る本件入金案内（乙１１の１０・１４・１７・２０）の「支払明細」欄には、中古ホイールローダの輸入に伴う金員である旨が記載されているところ、本件入金案内（乙１１の１０・１４・１７・２０）にこのような記載があることについては、貸主とされる者又は原告代表者の陳述書（甲７、１１）及び原告代表者尋問においても、何ら合理的な説明がされていないこと、②貸主とされる者の陳述書（甲７）には、原告代表者に対する貸付金額が１３万５９００米ドルであり、原告代表者による返済金額が１４４０万円である旨が記載されているところ、原告代表者との間で成立したとされる金銭消費貸借契約の貸主であるとされる者が日本国外に在住する者であるとされていることに照らすと、為替変動リスクや為替交換手数料は貸主が全面的に負担することとなるが、そのことについて何ら合理的な説明がされていないことに加え、③貸主とされる者の陳述書（甲７）には、原告代表者は、貸主に対して借入れから１０年以内に１４４０万円を返済しなければならない旨が記載されているところ、借入れがあったとされる時から５年以上経過した現在においても、原告代表者がその一部でも貸主に返済したことを認めるに足りる証拠が格別見当たらないことも考慮すれば、原告の指摘する証拠をもっても、本件普通預金口座に入金された金員の一部（平成２０年７月４日、同月３０日、同年９月１６日及び同年１１月５日に入金されたもの）は、丁との間の原告代表者の個人的な借入金であるとは認め難いのであり、他に、上記金員が丁との間の原告代表者の個人的な借入金であることを認めるに足りる証拠ないし事情等も見当たらない。
したがって、原告の主張は採用することができない。
エ 原告は、本件外貨普通預金口座に入金された金員の一部（平成２０年７月９日に入金されたもの）及び本件普通預金口座に入金された金員の一部（同月１１日及び同年９月１６日に入金されたもの）は、Ｕとの間で同年７月に成立した消費寄託契約による原告代表者の個人的な預り金である旨主張し、これに沿う証拠（甲８、１１）も指摘する。
しかしながら、前提事実及び証拠（甲８、１１、乙１１の１・２・１３、弁論の全趣旨）によれば、①平成２０年７月９日、同月１１日及び同年９月１６日に本件各口座へ送金した名義人は、「Ｌ」又は「Ｔ」であり、「Ｕ」の名義ではないところ、本件各口座へ送金した名義人と原告が主張する消費寄託契約における寄託者とされる者の名義が異なることについて、貸主とされる者又は原告代表者の陳述書（甲８、１１）及び原告代表者尋問においても、何ら合理的な説明がされていないこと、②上記の本件各口座に入金された金員の一部に係る本件入金案内（乙１１の１・２・１３）の「支払明細」欄には、工業用原材料、スペア部品又は自動車の輸入に伴う金員である旨が記載されているところ、本件入金案内（乙１１の１・２・１３）にこのような記載があることについては、上記の各陳述書（甲８、１１）及び原告代表者尋問においても、何ら合理的な説明がされていないこと、③貸主とされる者の陳述書（甲８）には、原告に寄託されたとされる金員の額が２１７５万円である旨が記載されているところ、実際に本件各口座に入金された金額（１０万米ドル及び１０８７万５０００円）とは一致しておらず、貸主とされる者又は原告代表者の陳述書（甲８、１１）及び原告代表者尋問においても、そのような食い違いが生じている理由について、何ら合理的な説明がされていないことがそれぞれ認められるから、原告の指摘する証拠をもっても、上記の本件各口座に入金された金員の一部は、Ｕとの間の原告代表者の個人的な預り金であるとは認め難いのであり、他に、上記金員がＵとの間の原告代表者の個人的な預り金であることを認めるに足りる証拠ないし事情等は見当たらない。
したがって、原告の主張は採用することができない。
４ 争点３（本件調査の手続の違法等が本件各処分等の取消事由となるか否か）について国税庁、国税局又は税務署の当該職員の調査に係る質問検査権に関する規定（法人税法１５３条１項、消費税法６２条１項及び所得税法２３４条１項）は、国税庁、国税局又は税務署の調査権限を有する職員において、当該調査の目的、調査すべき事項、申請や申告の体裁や内容、帳簿等の記入及び保存の状況、相手方の事業の形態等諸般の具体的事情に鑑み、客観的な必要性があると判断される場合には、職権による調査の一方法として、上記の各規定に定める者に対し質問し、又はその事業に関する帳簿、書類その他当該調査事項に関連性を有する物件の検査を行う権限を認めた趣旨であって、この場合の質問検査の範囲、程度、時期、場所等実定法上特段の定めのない実施の細目については、上記の質問検査の必要があり、かつ、これと相手方の私的利益との衡量において社会通念上相当な限度にとどまる限り、権限ある税務職員の合理的な選択に委ねられているものと解すべきもの（前掲最高裁昭和４８年７月１０日第三小法廷決定参照。）である。また、税務調査の手続の瑕疵が当該税務調査を基礎とした更正の処分の適法性に与える影響については、税務調査手続の単なる瑕疵は更正の処分に影響を及ぼさないものと解すべきであり、調査の手続が刑罰法規に触れ、公序良俗に反し又は社会通念上相当の限度を超えて濫用にわたる等重大な違法を帯び、何らの調査なしに更正の処分をしたに等しいものとの評価を受ける場合に限り、当該処分に取消原因があるものと解するのが相当である。
本件調査の経緯等（前回調査の経緯等を含む。）は、認定事実(2)に述べたとおりであるところ、これを前提とすれば、本件調査の手続が、刑罰法規に触れ、公序良俗に反し又は社会通念上相当の限度を超えて濫用にわたる等重大な違法を帯び、何らの調査なしに更正の処分をしたに等しいものであると評価し難いことは明らかであり、他に、本件調査が上記のような評価をすべきものであることを認めるに足りる証拠ないし事情等も格別見当たらない。
したがって、本件調査の手続が本件各処分等の違法性を基礎付ける事情となるとはいい難いというべきである。なお、原告は、前回調査後に修正申告をしたにもかかわらず本件調査が行われたことを本件調査の違法性を基礎付ける一事情として主張するようであるところ、税務署長が納税者のある経理処理を調査の対象とし、その調査の結果、当該経理処理を否認しなかったとしても、その後の調査により前の調査において把握した事実に誤りがあることが判明し、あるいは新たな事実を把握したような場合には、後の調査の結果判明した事実関係に基づいて更正の処分をすることが違法であるとはいえないと解すべきであるから、原告の主張は採用することができない。
５ 本件各処分等の適法性について
以上に述べたところのほか、証拠（甲２、３、乙１）及び弁論の全趣旨によれば、本件各処分等の根拠及びその適法性については、別紙４に記載のとおり認めることができ、この認定判断を左右するに足りる証拠ないし事情は見当たらない。
第４ 結論
以上によれば、原告の請求は、いずれも理由がないからこれらを棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官八木一洋
裁判官品川英基
裁判官福渡裕貴
（別紙１）
指定代理人目録
木村快、箕浦裕幸、北原浩幸、長澤聡子
以上
（別紙２）
訴え却下部分目録
１ 原告の平成１９年９月１日から平成２０年８月３１日までの事業年度に係る法人税の更正の処分（ただし、行田税務署長が平成２２年１２月２２日付けで原告に対してした決定により一部取り消された後のもの。）のうち、所得の金額０円及び納付すべき法人税の額０円を下回る部分並びに翌期へ繰り越す欠損金の額２７万１９８９円を超える部分
２ 原告の平成２０年９月１日から平成２１年８月３１日までの事業年度に係る法人税の更正の処分（ただし、前記１の決定により一部取り消された後のもの。）のうち、欠損金の額５４５万９９８２円及び納付すべき法人税の額０円を下回る部分並びに翌期へ繰り越す欠損金の額５７３万１９７１円を超える部分
３ 原告の平成２０年６月１日から同年８月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正の処分のうち、課税標準額１２１万６０００円及び還付金の額に相当する消費税額４４２万２５６１円を下回る部分並びに地方消費税の課税標準となる消費税額の控除不足還付税額４４２万２５６１円を超える部分及び還付金の額に相当する譲渡割額１１０万５６４０円を下回る部分
４ 原告の平成２０年９月１日から同年１１月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正の処分のうち、課税標準額７６７万２０００円及び還付金の額に相当する消費税額３０８万４５４１円を下回る部分並びに地方消費税の課税標準となる消費税額の控除不足還付税額３０８万４５４１円を超える部分及び還付金の額に相当する譲渡割額７７万１１３５円を下回る部分
５ 原告の平成２１年３月１日から同年５月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正の処分のうち、課税標準額６２万２０００円及び還付金の額に相当する消費税額１２４万７６８３円を下回る部分並びに地方消費税の課税標準となる控除不足還付税額１２４万７６８３円を超える部分及び還付金の額に相当する譲渡割３１万１９２０円を下回る部分
以上
（別紙３）
物件目録
１ 所在横浜市都筑区
地番●●
地目宅地
地積２２９．１１平方メートル
２ 所在横浜市都筑区
家屋番号●●
種類居宅
構造木造スレート葺２階建
床面積１階８９．２３平方メートル
２階６４．５８平方メートル
以上
（別紙４）
本件各処分等の根拠及び適法性
第１ 本件各法人税更正処分の根拠及び適法性
１ 本件各法人税更正処分の根拠
被告が本件訴えにおいて主張する原告の本件各事業年度の法人税の所得の金額及び納付すべき法人税の額は、次に述べるとおりである。なお、金額の前の「△」は、当該金額が欠損金額又は還付金の額に相当する税額であることを示すものである。
(1) 平成２０年８月期
ア 所得の金額（別表２－１・順号⑩）
２６０６万９４２５円
上記金額は、下記(ア)の金額に(イ)の金額を加算し(ウ)の金額を減算した後の金額である。
(ア) 申告に係る所得の金額（別表２－１・順号①）
０円
上記金額は、原告が平成２１年９月２５日に行田税務署長に提出した平成２０年８月期の法人税の修正確定申告書（乙１９。以下「平成２０年８月期修正申告書」という。）の「所得金額又は欠損金額１」欄に記載した所得の金額と同額である。
(イ) 所得の金額に加算すべき金額（別表２－１・順号⑥）
２６３７万３１７５円
上記金額は、次のａないしｄの金額の合計額である。
ａ 売上金額（別表２－１・順号②）
２６１１万２１８４円
上記金額は、別表３－１の「売上金額」欄中の「合計」欄に記載された海外からの送金により本件各口座に入金された金員（本件各金員）の額であり、当該金額は原告の平成２０年８月期の収益の額に該当するものであるから、原告の所得の金額の計算上、益金の額に算入すべき金額である。
ｂ 受取利息の額（別表２－１・順号③）
４４５６円
上記金額は、別表４－１の「受取利息」欄中の「合計」欄に記載された本件各口座の預金について発生した利息の額であり、本件各口座の金員は原告に帰属するものであって、当該金額は原告の平成２０年８月期の収益の額に該当するものであるから、原告の所得の金額の計算上、益金の額に算入すべき金額である。
ｃ 為替差益の額（別表２－１・順号④）
２５万４９２４円
上記金額は、原告が本件外貨普通預金口座に平成２０年６月１３日に入金した１０．００米ドル及び同年７月９日に入金した９万９９７０米ドルをそれぞれ入金日の為替レートで邦貨に換算した金額の合計額１０６４万３８９５円と、同年８月１９日に上記の９万９９８０米ドルを本件外貨普通預金口座から本件普通預金口座に振替入金した１０８９万８８１９円との差額であって、別表５－１の「為替差損益」欄中の「合計」欄に記載された金額であるところ、前記ｂに述べたとおり、本件各口座の金員は原告に帰属するものであって、上記の金額は原告の平成２０年８月期の収益の額に該当するものであるから、原告の所得の金額の計算上、益金の額に算入すべき金額である。
ｄ 雑収入の額（別表２－１・順号⑤）
１６１１円
上記金額は、平成２０年８月課税期間消費税等更正処分により、新たに納付すべき消費税額等の金額１３０万４０００円（別表６－１の「更正処分等」欄の「納付すべき消費税額」と「納付すべき地方消費税額」の合計額△４２２万４１１２円から同表の「修正申告等」欄中の「納付すべき消費税額」欄及び「納付すべき地方消費税額」欄に記載された金額の合計額△５５２万８２０１円を控除した後の金額。なお、国税通則法（以下「通則法」という。）１１９条１項の規定により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）と、前記ａに係る売上金額を原告の平成２０年８月期の収益の額に計上しなかったことによるいわゆる仮受消費税の額１３０万５６１１円（別表３－１の「消費税額等」欄の「合計」欄参照）との差額であり、当該金額は原告の平成２０年８月期の収益の額に該当するものであるから、原告の所得の金額の計算上、益金の額に算入すべき金額である。
(ウ) 所得の金額から減算すべき金額（別表２－１・順号⑨）
３０万３７５０円
上記金額は、次のａ及びｂの金額の合計額である。
ａ 支払手数料の額（別表２－１・順号⑦）
３万１７６１円
上記金額は、別表３－１の「送金手数料」欄中の「合計」欄に記載された金額である１万８９３４円及び同表の「為替手数料」欄中の「合計」欄に記載された金額である１万２８２６円を合計した金額であり、当該金額は原告の平成２０年８月期の費用に該当するものであるから、原告の所得の金額の計算上、損金の額に算入すべき金額である。
ｂ 繰越欠損金の当期控除額（別表２－１・順号⑧）
２７万１９８９円
上記金額は、平成２０年８月期修正申告書の「翌期へ繰り越す欠損金又は災害損失金２７」欄に記載された金額と同額であり、原告の所得の金額の計算上、損金の額に算入すべき金額である。
イ 所得の金額に対する法人税の額（別表２－１・順号⑪）
７１８万０７００円
上記金額は、前記アの所得の金額（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に平成２０年法律第２３号による改正前の法人税法６６条に規定する税率を乗じて計算した後の金額である。
ウ 納付すべき法人税の額（別表２－１・順号⑫）
７１８万０７００円
上記金額は、上記イの金額と同額である。
(2) 平成２１年８月期
ア 所得の金額（別表２－２・順号⑫）
２３２５万１０５６円
上記金額は、下記(ア)の金額に(イ)の金額を加算し(ウ)の金額を減算した後の金額である。
(ア) 申告に係る所得の金額（別表２－２・順号①）
△５４５万９９８２円
上記金額は、原告が平成２１年１０月２３日に行田税務署長に提出した原告の平成２１年８月期の法人税の確定申告書（乙８。以下「平成２１年８月期確定申告書」という。）の「所得金額又は欠損金額１」欄に記載された金額と同額である。
(イ) 所得の金額に加算すべき金額（別表２－２・順号⑤）
３１２２万２８０３円
上記金額は、次のａないしｃの金額の合計額である。
ａ 売上金額（別表２－２・順号②）
３１１９万０４６４円
上記金額は、別表３－２の「売上金額」欄中の「合計」欄に記載された海外からの送金により本件各口座に入金された金員（本件各金員）の額であり、当該金額は原告の平成２１年８月期の収益の額に該当するものであるから、原告の所得の金額の計算上、益金の額に算入すべき金額である。
ｂ 受取利息の額（別表２－２・順号③）
１万８８１３円
上記金額は、別表４－２の「受取利息」欄中の「合計」欄に記載された本件各口座の預金について発生した利息の額であり、本件各口座の金員は原告に帰属するものであって、当該金額は原告の平成２１年８月期の収益の額に該当するものであるから、原告の所得の金額の計算上、益金の額に算入すべき金額である。
ｃ 雑収入の額（別表２－２④欄）
１万３５２６円
上記金額は、平成２０年１１月課税期間消費税等更正処分及び平成２１年５月課税期間消費税等更正処分により、新たに納付すべき消費税額等の増加額１５４万６０００円（別表６－２及び３の各「更正処分等」欄中の「納付すべき消費税額」欄及び「納付すべき地方消費税額」欄に記載された金額の合計額（平成２０年１１月課税期間については△３４６万５６６３円、平成２１年５月課税期間については△４０万３６０３円）から同各表「確定申告」欄中の「納付すべき消費税額」欄及び「納付すべき地方消費税額」欄に記載された金額の合計額（平成２０年１１月課税期間については△３８５万５６７６円、平成２１年５月課税期間については△１５５万９６０３円）を控除した後の金額。なお、通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）と、前記ａに係る売上金額を原告の平成２１年８月期の収益に計上しなかったことによる仮受消費税の額１５５万９５２６円（別表３－２の「消費税額等」欄中の「合計」欄参照）との差額であり、当該金額は原告の平成２１年８月期の収益の額に該当するものであるから、原告の所得の金額の計算上、益金の額に算入すべき金額である。
(ウ) 所得の金額から減算すべき金額（別表２－２・順号⑪）
２５１万１７６５円
上記金額は、次のａないしｅの金額の合計額である。
ａ 売上原価の額（別表２－２・順号⑥）
２２万８５７１円
上記金額は、平成２０年１０月２９日にＸに振り込んだ２４万円（乙９）から、いわゆる仮払消費税等に相当する額を控除した金額であり、原告の平成２１年８月期の売上原価の額であると認められるから、原告の所得の金額の計算上、損金の額に算入すべき金額である。
ｂ 支払手数料の額（別表２－２・順号⑦）
４万４８３７円
上記金額は、別表３－２の「送金手数料」欄中の「合計」欄に記載された金額である２万７０９４円及び同表の「為替手数料」欄中の「合計」欄に記載された金額である１万７３４３円を合計した額に、原告が平成２０年１０月２９日に支払った振込手数料の額（４２０円）から仮払消費税等に相当する額（２０円）を控除した後の額（４００円。以上の計算につき乙９参照。）を加算した金額であり、当該金額は原告の平成２１年８月期の費用に該当するものであるから、原告の所得の金額の計算上、損金の額に算入すべき金額である。
ｃ 為替差損の額（別表２－２・順号⑧）
３０８円
上記金額は、原告が平成２０年８月１８日に本件外貨普通預金口座に入金された２１．９３米ドル及び平成２１年２月２３日に入金された０．５７米ドルをそれぞれ入金日の為替レートで邦貨に換算した金額の合計額２４４６円と、平成２１年５月１５日に、上記の合計２２．５米ドルを本件外貨普通預金口座から本件普通預金口座に振替入金した金額２１３８円との差額であって、別表５－２の「為替差損益」欄中の「合計」欄に記載された金額であるところ、前記(イ)ｂに述べたとおり、本件各口座の金員は原告に帰属するものであるから、原告の所得の金額の計算上、損金の額に算入すべき金額である。
ｄ 雑損失の額（別表２－２・順号⑨）
１万１４４９円
上記金額は、前記ａの売上原価の額に係る消費税等の額１万１４２９円及び前記ｂの支払手数料の額に含まれる振込手数料に係る消費税等の額２０円を合計した額であり、原告の所得の金額の計算上、損金の額に算入すべき金額である。
ｅ 損金の額に算入すべき事業税の額（別表２－２・順号⑩）
２２２万６６００円
上記金額は、行田税務署長が平成２２年８月２７日付けでした平成２０年８月期法人税更正処分に伴い原告が納付することとなる事業税の額に相当する金額であり、原告の所得の金額の計算上、損金の額に算入すべき金額である。
イ 所得の金額に対する法人税の額（別表２－２・順号⑬）
６０１万５３００円
上記金額は、前記アの所得の金額（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に平成２３年法律第１１４号による改正前の法人税法６６条及び平成２２年法律第６号による改正前の租税特別措置法４２条の３の２に規定する税率を乗じて計算した金額である。
ウ 納付すべき法人税の額（別表２－２・順号⑭）
６０１万５３００円
上記金額は、前記イの金額と同額である。
２ 本件各法人税更正処分の適法性
被告が本件訴えにおいて主張する原告の本件各事業年度の法人税に係る所得の金額及び納付すべき法人税の額は、前記１で述べたとおりであるところ、これらの各金額は、本件各法人税更正処分における所得の金額及び納付すべき法人税の額（別表７－１及び２の各「異議決定」欄中の「所得金額」欄及び「納付すべき税額」欄各参照）を上回るから、本件各法人税更正処分はいずれも適法である。
３ 本件法人税各賦課決定処分の根拠
前記２のとおり、本件各法人税更正処分はいずれも適法であるところ、本件各法人税更正処分により新たに納付すべきこととなった法人税の額については、その計算の基礎となった事実について、これを計算の基礎としなかったことに通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるとは認められない。
さらに、原告は、課税標準の基礎となるべき事実の一部（本件各金員の存在）を隠ぺいし又は仮装し、その隠ぺいし又は仮装したところに基づき平成２０年８月期修正申告書及び平成２１年８月期確定申告書を提出していたことから、本件各法人税更正処分により新たに納付すべきこととなった法人税額については、同法６８条１項の規定に基づき、過少申告加算税に代えて重加算税が課されることとなる。
原告に課されるべき重加算税の額は、次のとおりである。
(1) 平成２０年８月期
２５１万３０００円
上記金額は、原告が平成２０年８月期法人税更正処分によって新たに納付すべきこととなった税額７１８万円（ただし、通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。以下同じ。）に、同法６８条１項の規定により１００分の３５を乗じて計算した金額である。
(2) 平成２１年８月期
２１０万３５００円
上記金額は、原告が平成２１年８月期法人税更正処分によって新たに納付すべきこととなった税額６０１万円に、通則法６８条１項の規定により１００分の３５を乗じて計算した金額である。
４ 本件法人税各賦課決定処分の適法性
被告が本件訴えにおいて主張する本件各法人税更正処分に伴って賦課されるべき重加算税の額は、前記３のとおりであるところ、これらの金額は、本件法人税各賦課決定処分における重加算税の額といずれも同額である（別表７－１及び２の各「更正処分等」欄中の「重加算税の額」欄各参照）から、本件法人税各賦課決定処分はいずれも適法である。
第２ 本件各消費税等更正処分等の根拠及び適法性
１ 本件各消費税等更正処分の根拠
被告が本件訴えにおいて主張する原告の本件各課税期間の消費税等の課税標準額及び納付すべき消費税等の額は、それぞれ次のとおりである。
(1) 平成２０年８月課税期間消費税等更正処分の根拠
ア 課税標準額（別表８－１・順号③）
２７３２万８０００円
上記金額は、下記(ア)の金額に(イ)の金額を加算し、通則法１１８条１項により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額である。
(ア) 確定申告における課税売上高（別表８－１・順号①）
１２１万６３６７円
上記金額は、原告が平成２１年９月２５日に行田税務署長に対して提出した平成２０年８月課税期間の消費税等の修正確定申告書（乙２０。以下「平成２０年８月課税期間修正申告書」という。）の付表２の「項目」欄中の「課税売上額（税抜き）①」欄に記載された金額と同額である。
(イ) 課税売上高に加算すべき課税資産等の譲渡等の対価の額の合計額（別表８－１・順号②）２６１１万２１８４円
上記金額は、前記第１の１(1)ア(イ)ａの平成２０年８月期において益金の額に算入すべき本件各金員のうち平成２０年８月課税期間において本件各口座に送金された金員の額であり、同課税期間の課税資産等の譲渡等の対価の額に加算すべき金額である。
イ 課税標準に対する消費税額（別表８－１・順号④）
１０９万３１２０円
上記金額は、前記アの金額２７３２万８０００円に消費税法２９条（平成２４年法律第６８号による改正前のもの。以下同じ。）に規定する１００分の４の税率を乗じて算出した金額である。
ウ 控除対象仕入税額（別表８－１・順号⑤）
４４７万１２０１円
上記金額は、原告の平成２０年８月課税期間修正申告書の「控除税額」欄中の「控除対象仕入税額④」欄に記載された金額と同額である。
エ 控除不足還付税額（別表８－１・順号⑥）
３３７万８０８１円
上記金額は、前記ウの金額から前記イの金額を控除した後の額である。
オ 地方消費税の課税標準となる控除不足還付税額（別表８－１・順号⑦）
３３７万８０８１円
上記金額は、地方税法７２条の７７第２号及び７２条の８２の各規定により、地方消費税（譲渡割）の課税標準額とされる消費税額であり、前記エの金額と同額である。
カ 譲渡割額還付額（別表８－１・順号⑧）
８４万４５２０円
上記金額は、前記オの地方消費税の課税標準となる控除不足還付税額に地方税法７２条の８３（平成２４年法律第６９号による改正前のもの。以下同じ。）の規定により１００分の２５の税率を乗じて算出した金額である。
(2) 平成２０年１１月課税期間消費税等更正処分の根拠
ア 課税標準額（別表８－２・順号③）
１５７２万円
上記金額は、下記(ア)の金額に(イ)の金額を加算し、通則法１１８条１項により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額である。
(ア) 確定申告における課税売上高（別表８－２・順号①）
７６７万２５２０円
上記金額は、原告が平成２１年１月２６日に行田税務署長に対して提出した原告の平成２０年１１月課税期間の消費税等の確定申告書（乙２１。以下「平成２０年１１月課税期間確定申告書」という。）の付表２の「項目」欄中の「課税売上額（税抜き）①」欄に記載された金額と同額である。
(イ) 課税標準額に加算すべき課税資産等の譲渡等の対価の額の合計額（別表８－２・順号②）８０４万７６０８円
上記金額は、前記第１の１(2)ア(イ)ａの平成２１年８月期において益金の額に算入すべき本件各金員の一部を成す金員の額のうち平成２０年１１月課税期間において本件各口座に送金された金員の額であり、同課税期間の課税資産等の譲渡等の対価の額に加算すべき金額である。
イ 課税標準額に対する消費税額（別表８－２・順号④）
６２万８８００円
上記金額は、前記アの金額１５７２万円に消費税法２９条に規定する１００分の４の税率を乗じて算出した金額である。
ウ 控除対象仕入税額（別表８－２・順号⑤）
３３９万１４２１円
上記金額は、原告の平成２０年１１月課税期間確定申告書の「控除税額」欄中の「控除対象仕入税額④」欄に記載された金額と同額である。
エ 控除不足還付税額（別表８－２・順号⑥）
２７６万２６２１円
上記金額は、前記ウの金額から前記イの金額を控除した後の金額である。
オ 地方消費税の課税標準となる控除不足還付税額（別表８－２・順号⑦）
２７６万２６２１円
上記金額は、地方税法７２条の７７第２号及び７２条の８２の各規定により、地方消費税（譲渡割）の課税標準額とされる消費税額であり、前記エの金額と同額である。
カ 譲渡割額還付額（別表８－２・順号⑧）
６９万０６５５円
上記金額は、前記オの地方消費税の課税標準となる控除不足還付税額に地方税法７２条の８３の規定により１００分の２５の税率を乗じて算出した金額である。
(3) 平成２１年５月課税期間消費税等更正処分の根拠
ア 課税標準額（別表８－３・順号③）
２３７６万５０００円
上記金額は、下記(ア)の金額に(イ)の金額を加算し、通則法１１８条１項により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の額である。
(ア) 確定申告における課税売上高（別表８－３・順号①）
６２万２８３８円
上記金額は、原告が平成２１年７月２８日に行田税務署長に対して提出した原告の平成２１年５月課税期間の消費税等の確定申告書（乙２２。以下「平成２１年５月課税期間確定申告書」という。）の付表２の「項目」欄中の「課税売上額（税抜き）①」欄に記載された金額と同額である。
(イ) 課税標準額に加算すべき課税資産等の譲渡等の対価の額の合計額（別表８－３・順号②）２３１４万２８５６円
上記金額は、前記第１の１(2)ア(イ)ａの平成２１年８月期において益金の額に算入すべき本件各金員の一部を成す金員の額のうち平成２１年５月課税期間において本件各口座に送金された金額であり、同課税期間の課税資産等の譲渡等の対価の額に加算すべき金額である。
イ 課税標準額に対する消費税額（別表８－３・順号④）
９５万０６００円
上記金額は、前記アの金額２３７６万５０００円に消費税法２９条に規定する１００分の４の税率を乗じて算出した金額である。
ウ 控除対象仕入税額（別表８－３・順号⑤）
１２７万２５６３円
上記金額は、原告の平成２１年５月課税期間確定申告書の「控除税額」欄中の「控除対象仕入税額④」欄に記載された金額と同額である。
エ 控除不足還付税額（別表８－３・順号⑥）
３２万１９６３円
上記金額は、前記ウの金額から前記イの金額を控除した後の金額である。
オ 地方消費税の課税標準となる控除不足還付税額（別表８－３・順号⑦）３２万１９６３円上記金額は、地方税法７２条の７７第２号及び同法７２条の８２の各規定により、地方消費税（譲渡割）の課税標準額とされる譲渡割額であり、前記エの金額と同額である。
カ 譲渡割額還付額（別表８－３・順号⑧）
８万０４９０円
上記金額は、前記オの地方消費税の課税標準となる控除不足還付税額に地方税法７２条の８３の規定により税率１００分の２５の税率を乗じて算出した金額である。
２ 本件各消費税等更正処分の適法性
被告が本件訴えにおいて主張する原告の本件各消費税等更正処分に係る本件各課税期間における還付されるべき消費税額及び譲渡割額は、前記１のとおりであるところ、これらの各金額は、本件各消費税等更正処分の還付されるべき消費税額及び譲渡割額（地方消費税額）（別表６－１ないし３の各「更正処分等」欄中の「納付すべき消費税額」及び「納付すべき地方消費税額」欄各参照）よりもいずれも少額であるから、本件各消費税等更正処分はいずれも適法である。
３ 本件消費税等各賦課決定処分の根拠
前記２のとおり、本件各消費税等更正処分はいずれも適法であるところ、本件各消費税等更正処分により新たに納付すべきこととなった消費税等の額については、その計算の基礎となった事実について、これを計算の基礎としなかったことに通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるとは認められない。
さらに、原告は、課税標準の基礎となるべき事実の一部（本件各金員の存在）を隠ぺいし又は仮装し、その隠ぺいし又は仮装したところに基づき平成２０年８月課税期間修正申告書、平成２０年１１月課税期間確定申告書及び平成２１年５月課税期間確定申告書を提出していたことから、本件各消費税等更正処分により新たに納付すべきこととなった消費税等の額については、同法６８条１項及び地方税法附則９条の９第１項の規定に基づき、過少申告加算税に代えて重加算税が課されることとなる。
原告に課されるべき重加算税の額は、次のとおりである。
(1) 平成２０年８月課税期間
４５万５０００円
上記金額は、原告が平成２０年８月課税期間消費税等更正処分により新たに納付すべきこととなった消費税等の額１３０万円（ただし、通則法１１８条３項及び地方税法付則９条の９第３項の規定により１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。以下同じ。）に、１００分の３５の割合を乗じて算出した金額である。
(2) 平成２０年１１月課税期間
１３万６５００円
上記金額は、原告が平成２０年１１月課税期間消費税等更正処分により新たに納付すべきこととなった消費税等の額３９万円に、１００分の３５の割合を乗じて算出した金額である。
(3) 平成２１年５月課税期間
４０万２５００円
上記金額は、原告が平成２１年５月課税期間消費税等更正処分により新たに納付すべきこととなった消費税額等の合計額１１５万円に、１００分の３５の割合を乗じて算出した金額である。
４ 本件消費税等各賦課決定処分の適法性
被告が本件訴えにおいて主張する本件各消費税等更正処分に伴って賦課されるべき重加算税の額は、前記３のとおりであるところ、これらの金額は、本件消費税等各賦課決定処分における重加算税の額（別表６－１ないし３の各「更正処分等」欄中の「重加算税の額」欄各参照）といずれも同額であるから、本件消費税等各賦課決定処分は適法である。
第３ 本件告知処分の根拠及び適法性
１ 本件告知処分の根拠
(1) 本件各口座に入金された金員は原告に帰属するものであると認められるところ、本件普通預金口座から平成２１年３月１９日に引き出された１４００万円及び同年４月２４日に引き出された５５００万０４２０円（いずれも乙９）は、いずれも原告代表者らが共有する本件不動産の購入代金又はそれを丙名義の預金口座に送金するための手数料に充てられている。よって、これらの金員は、原告代表者らに対する経済的利益の供与、すなわち、所得税法２８条１項に規定する給与等に該当するものと認めるのが相当である。ただし、前提事実(2)に述べたとおり、同日に、本件普通預金口座に８４５万円が預け入れられた後に上記の５５００万円が丙名義の預金口座に送金された（そして、その際、手数料として４２０円がＥ銀行に支払われた。）という経緯であるところ、当該８４５万円については、原告に帰属する金員であるとは直ちには認め難いから、原告が原告代表者らに対して支払をした給与等の額は、上記の１４００万円及び５５００万０４２０円を合計した金額から上記の８４５万円を控除した後の６０５５万０４２０円であると認めるのが相当である。そして、これは、あらかじめ定められた支給基準に基づいて規則的に反復又は継続して支払われたものではないことからすれば、原告が原告代表者らに対して賞与を支払ったものと認めるのが相当である。
なお、本件不動産の持分は、原告代表者が１００分の６３、原告代表者妻が１００分の３７である（甲１の１・２）ことから、原告代表者及び原告代表者妻に対する各賞与の額（以下、総称するときは「本件賞与額」という。）は、上記の本件不動産に係る持分の割合に応じて計算するのが相当であるところ、その詳細は別表９の「支払金額」欄に記載された各金額のとおりである。
(2) したがって、原告は、原告代表者らに対する賞与の支払の際、同賞与について平成２２年法律第６号による改正前の所得税法１８６条２項の規定に基づき計算した額の源泉所得税を徴収し、同法１８３条１項に基づきその徴収の日の属する月の翌月１０日までにこれを国に納付しなければならない。
なお、本件賞与額に係る納付すべき源泉所得税の額は、別表９の「源泉所得税の額」欄に記載された各金額のとおりである。
２ 本件告知処分の適法性
被告が本件訴えにおいて主張する原告の本件期間分の納付すべき源泉所得税の額は、別表９の「源泉所得税の額」欄に記載された各金額であるところ、これらの金額は、いずれも本件告知処分に係る源泉所得税の額と同額であるから、本件告知処分は適法である。
３ 本件源泉所得税各賦課決定処分の根拠
前記２のとおり、本件告知処分は適法であるところ、原告が納付すべき源泉所得税を法定納期限までに納付しなかったことに、通則法６７条１項ただし書に規定する「正当な理由」があったとは認められない。
さらに、原告は、源泉所得税の計算の基礎となるべき事実の一部（本件各金員の存在）を隠ぺいし又は仮装し、その隠ぺいし又は仮装したところに基づき本件賞与額に係る源泉所得税額を納付していないことから、通則法６８条３項の規定に基づき、不納付加算税に代えて重加算税が課されることとなる。
なお、法人税及び源泉所得税について重加算税が賦課される場合の取扱いについては、「源泉所得税の重加算税の取扱いについて（事務運営指針）」（平成１２年７月３日付け課法7-8課所4-18課科3-16査察1-32国税庁長官通達）によれば、法人税について重加算税が賦課される場合において、法人税の所得の金額の計算上損金の額に算入されない役員又は使用人の賞与、報酬、給与若しくは退職給与と認められるもの又は配当等として支出したと認められるもの（以下「認定賞与等」という。）の金額が当該重加算税の計算の基礎とされているときは、原則として、当該基礎とされている認定賞与等の金額のうち当該重加算税の対象とされる所得の金額に達するまでの認定賞与等の金額については、源泉所得税及び復興特別所得税の重加算税の対象として取り扱わないものとされており、当該金額については、重加算税ではなく不納付加算税が賦課されることになる。
したがって、原告に課されるべき重加算税及び不納付加算税の額は、それぞれ次のとおりである。
(1) 重加算税の額
１３９万６５００円
上記金額は、原告が本件告知処分により新たに納付すべきこととなった源泉所得税の額１４１９万７９８０円のうち、前記１に述べた本件賞与額６０５５万０４２０円から本件各法人税更正処分に伴って賦課されるべき重加算税の対象となる本件各事業年度の所得の金額を合計した額である４９３２万０４８１円を超える１１２２万９９３９円を重加算税の計算の基礎となるべき税額として計算された３９９万円（ただし、通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。以下同じ。）に１００分の３５の割合を乗じて算出した金額である。
(2) 不納付加算税の額
１０２万円
上記金額は、原告が本件告知処分により新たに納付すべきこととなった源泉所得税額１４１９万７９８０円のうち、不納付加算税の計算の基礎となるべき税額１０２０万円に１００分の１０の割合を乗じて算出した金額である。
４ 本件源泉所得税各賦課決定処分の適法性
被告が本件訴えにおいて主張する本件告知処分に伴って賦課されるべき重加算税の額（１３９万６５００円）及び不納付加算税の額（１０２万円）の合計額は、２４１万６５００円であるところ、これらの金額は、本件源泉所得税各賦課決定処分における重加算税の額及び不納付加算税の額（別表１０の「納税告知処分等」欄中の「重加算税の額」欄及び「不納付加算税の額」欄各参照）をいずれも上回るから、本件源泉所得税各賦課決定処分はいずれも適法である。
以上
別表１－１、１－２、２－１、２－２、３－１、３－２、４－１、４－２、５－１、５－２、８－１、８－２、８－３及び９省略
別表６－１
本件各消費税等更正処分の経緯（平成２０年８月課税期間）
（単位：円）
区分
年月日
課税標凖額
仕入税額控除
の額
納付すべき
消費税額
納付すべき
地方消費税額
過少申告
加算税の額
重加算税の
額
確定申告平成20年10月22日
235,000
4,520,725
△4,511,325
△1,127,831
修正申告等
平成21年9月25日
1,216,000
4,471,201
△4,422,561
△1,105,640
6,000
14,000
更正処分等平成22年8月27日
27,310,000
4,471,690
△3,379,290
△844,822
455,000
異議申立て平成22年10月24日
1,216,000
4,471,201
△4,422,561
△1,105,640
6,000
14,000
異議決定平成22年12月22日
棄却
審査請求
平成23年1月25日
1,216,000
4,471,201
△4,422,561
△1,105,640
6,000
14,000
審査裁決
平成23年11月9日
棄却
別表６－２
本件各消費税等更正処分の経緯（平成２０年１１月課税期間）
（単位：円）
区分
年月日
課税標凖額
仕入税額控除
の額
納付すべき
消費税額
納付すべき
地方消費税額
過少申告
加算税の額
重加算税の
額
確定申告
平成21年1月26日
7,672,000
3,391,421
△3,084,541
△771,135
更正処分等
平成22年8月27日
15,706,000
3,400,771
△2,772,531
△693,132
136,500
異議申立て平成22年10月24日
7,672,000
3,391,421
△3,084,541
△771,135
異議決定平成22年12月22日
棄却
審査請求
平成23年1月25日
7,672,000
3,391,421
△3,084,541
△771,135
審査裁決平成23年11月9日
棄却
別表６－３
本件各消費税等更正処分の経緯（平成２１年５月課税期間）
（単位：円）
区分
年月日
課税標凖額
仕入税額控除
の額
納付すべき
消費税額
納付すべき
地方消費税額
過少申告
加算税の額
重加算税の
額
確定申告平成21年7月29日
622,000
1,272,563
△1,247,683
△311,920
更正処分等
平成22年8月27日
23,742,000
1,272,563
△322,883
△80,720
402,500
異議申立て平成22年10月24日
622,000
1,272,563
△1,247,683
△311,920
異議決定平成22年12月22日
棄却
審査請求
平成23年1月25日
622,000
1,272,563
△1,247,683
△311,920
審査裁決平成23年11月9日
棄却
（注）「納付すべき消費税額」欄及び「納付すべき地方消費税額」欄の△印は、還付金の額に相当する税額を示す。別表７－１
本件各法人税更正処分の経緯（平成２０年８月期）
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき
税額
繰越欠損金の
当期控除額
翌期へ繰り越す
べき欠損金額
重加算税の額
確定申告平成20年10月22日
2,950,151
1,207,689
修正申告等平成21年9月25日
3,885,851
271,989
更正処分等平成22年8月27日
26,069,424
7,180,700
4,157,840
2,513,000
異議申立て平成22年10月24日
3,885,851
271,989
異議決定平成22年12月22日
26,067,924
7,180,100
4,157,840
棄却
審査請求平成23年1月25日
3,885,851
271,989
審査裁決平成23年11月9日
棄却
別表７－２
本件各法人税更正処分の経緯（平成２１年８月期）
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき
税額
繰越欠損金の
当期控除額
翌期へ繰り越す
べき欠損金額
重加算税の額
確定申告平成21年10月23日
△5,459,982
5,731,971
更正処分等平成22年8月27日
23,251,056
6,015,300
2,103,500
異議申立て平成22年10月24日
△5,459,982
5,731,971
異議決定平成22年12月22日
23,237,856
6,011,100
棄却
審査請求平成23年1月25日
△5,459,982
5,731,971
審査裁決平成23年11月9日
棄却
（注）「所得金額」欄の「△」印は、欠損金額を示す。
別表１０
本件告知処分の経緯
（単位：円）
年月日
源泉所得税の額
不納付加算税の額
重加算税の額
納税告知処分等
平成22年8月27日
17,279,832
1,510,000
759,500
異議申立て
平成22年10月24日
全部取消し
異議決定
平成22年12月22日
14,197,980
棄却
審査請求
平成23年1月25日
全部取消し
平成
年
月から
月までの期間
審査裁決
平成23年11月9日
棄却
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2014/pdf/12407.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。